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SitesBLAST – Find functional sites

SitesBLAST

Comparing WP_015797717.1 NCBI__GCF_000023265.1:WP_015797717.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

A0R079 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
58% identity, 100% coverage: 1:474/475 of query aligns to 1:477/478 of A0R079

query
sites
A0R079

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K14 (≠ E14) modified: Isoglutamyl lysine isopeptide (Lys-Gln) (interchain with Q-Cter in protein Pup)

P77961 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa)
59% identity, 99% coverage: 4:475/475 of query aligns to 3:473/473 of P77961

query
sites
P77961

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E134 (= E135) binding Mg(2+)
E215 (= E216) binding Mg(2+)
E223 (= E224) binding Mg(2+)
E361 (= E363) binding Mn(2+)

P9WN39 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see 5 papers)
57% identity, 100% coverage: 1:475/475 of query aligns to 1:478/478 of P9WN39

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sites
P9WN39

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4acfA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with imidazopyridine inhibitor ((4-(6-bromo-3- (butylamino)imidazo(1,2-a)pyridin-2-yl)phenoxy) acetic acid) and l- methionine-s-sulfoximine phosphate.
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4acfA

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3zxvA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with tri-substituted imidazole inhibitor (4-(2-tert-butyl- 4-(6-methoxynaphthalen-2-yl)-1h-imidazol-5-yl)pyridin-2-amine) and l- methionine-s-sulfoximine phosphate (see paper)
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3zxvA

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3zxrA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with tri-substituted imidazole inhibitor (3-(2-tert-butyl- 5-(pyridin-4-yl)-1h-imidazol-4-yl)quinoline) and l-methionine-s- sulfoximine phosphate. (see paper)
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2bvcA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with a transition state mimic (see paper)
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2whiA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with a purine analogue inhibitor and l-methionine-s- sulfoximine phosphate. (see paper)
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active site: D52 (= D54), E131 (= E133), E133 (= E135), E217 (= E216), E225 (= E224), H274 (= H273), R345 (= R344), E364 (= E363), R366 (= R365)
binding 1-(3,4-dichlorobenzyl)-3,7-dimethyl-8-morpholin-4-yl-3,7-dihydro-1H-purine-2,6-dione: Y127 (= Y129), G129 (= G131), F230 (≠ Y229), H276 (= H275), S278 (= S277), W280 (= W279), K359 (= K358), R362 (= R361)
binding magnesium ion: E131 (= E133), E131 (= E133), E133 (= E135), E217 (= E216), E225 (= E224), E225 (= E224), H274 (= H273), E364 (= E363)
binding l-methionine-s-sulfoximine phosphate: E131 (= E133), E133 (= E135), E217 (= E216), E225 (= E224), G270 (= G269), H274 (= H273), R327 (= R326), E333 (= E332), R345 (= R344), R366 (= R365)
binding phosphate ion: E131 (= E133), R350 (= R349), E364 (= E363)

1htoA Crystallographic structure of a relaxed glutamine synthetase from mycobacterium tuberculosis (see paper)
57% identity, 99% coverage: 4:475/475 of query aligns to 3:477/477 of 1htoA

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sites
1htoA

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binding adenosine monophosphate: Y128 (= Y129), G130 (= G131), E132 (= E133), F231 (≠ Y229), H277 (= H275), S279 (= S277), R363 (= R361)
binding manganese (ii) ion: E132 (= E133), H275 (= H273), E365 (= E363)

3ng0A Crystal structure of glutamine synthetase from synechocystis sp. Pcc 6803
58% identity, 99% coverage: 4:475/475 of query aligns to 1:465/465 of 3ng0A

query
sites
3ng0A

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