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SitesBLAST – Find functional sites

SitesBLAST

Comparing WP_015797717.1 NCBI__GCF_000023265.1:WP_015797717.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

A0R079 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
58% identity, 100% coverage: 1:474/475 of query aligns to 1:477/478 of A0R079

query
sites
A0R079

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K14 (≠ E14) modified: Isoglutamyl lysine isopeptide (Lys-Gln) (interchain with Q-Cter in protein Pup)

P77961 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa)
59% identity, 99% coverage: 4:475/475 of query aligns to 3:473/473 of P77961

query
sites
P77961

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E134 (= E135) binding Mg(2+)
E215 (= E216) binding Mg(2+)
E223 (= E224) binding Mg(2+)
E361 (= E363) binding Mn(2+)

P9WN39 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see 5 papers)
57% identity, 100% coverage: 1:475/475 of query aligns to 1:478/478 of P9WN39

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sites
P9WN39

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4acfA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with imidazopyridine inhibitor ((4-(6-bromo-3- (butylamino)imidazo(1,2-a)pyridin-2-yl)phenoxy) acetic acid) and l- methionine-s-sulfoximine phosphate.
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4acfA

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3zxvA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with tri-substituted imidazole inhibitor (4-(2-tert-butyl- 4-(6-methoxynaphthalen-2-yl)-1h-imidazol-5-yl)pyridin-2-amine) and l- methionine-s-sulfoximine phosphate (see paper)
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3zxvA

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3zxrA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with tri-substituted imidazole inhibitor (3-(2-tert-butyl- 5-(pyridin-4-yl)-1h-imidazol-4-yl)quinoline) and l-methionine-s- sulfoximine phosphate. (see paper)
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2bvcA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with a transition state mimic (see paper)
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2whiA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with a purine analogue inhibitor and l-methionine-s- sulfoximine phosphate. (see paper)
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binding 1-(3,4-dichlorobenzyl)-3,7-dimethyl-8-morpholin-4-yl-3,7-dihydro-1H-purine-2,6-dione: Y127 (= Y129), G129 (= G131), F230 (≠ Y229), H276 (= H275), S278 (= S277), W280 (= W279), K359 (= K358), R362 (= R361)
binding magnesium ion: E131 (= E133), E131 (= E133), E133 (= E135), E217 (= E216), E225 (= E224), E225 (= E224), H274 (= H273), E364 (= E363)
binding l-methionine-s-sulfoximine phosphate: E131 (= E133), E133 (= E135), E217 (= E216), E225 (= E224), G270 (= G269), H274 (= H273), R327 (= R326), E333 (= E332), R345 (= R344), R366 (= R365)
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1htoA Crystallographic structure of a relaxed glutamine synthetase from mycobacterium tuberculosis (see paper)
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1htoA

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3ng0A Crystal structure of glutamine synthetase from synechocystis sp. Pcc 6803
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binding manganese (ii) ion: E130 (= E133), E132 (= E135), E213 (= E216), E221 (= E224), H270 (= H273), E359 (= E363), R361 (= R365)

4xycA Nanomolar inhibitors of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase 1: synthesis, biological evaluation and x-ray crystallographic studies (see paper)
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4xycA

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2wgsA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with a purine analogue inhibitor. (see paper)
56% identity, 99% coverage: 4:475/475 of query aligns to 1:463/463 of 2wgsA

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2wgsA

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1fpyA Crystal structure of glutamine synthetase from salmonella typhimurium with inhibitor phosphinothricin (see paper)
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1fpyA

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binding adenosine-5'-diphosphate: G127 (= G131), E129 (= E133), E207 (= E211), T223 (≠ M227), F225 (≠ Y229), H271 (= H275), S273 (= S277), R355 (= R361), E357 (= E363)
binding manganese (ii) ion: E129 (= E133), E131 (= E135), E212 (= E216), E220 (= E224), H269 (= H273), E357 (= E363)
binding phosphinothricin: E131 (= E135), E212 (= E216), G265 (= G269), H269 (= H273), R321 (= R326), E327 (= E332), R359 (= R365)

1f1hA Crystal structure of glutamine synthetase from salmonella typhimurium with thallium ions (see paper)
55% identity, 98% coverage: 9:473/475 of query aligns to 5:466/468 of 1f1hA

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1f1hA

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binding adenosine-5'-diphosphate: E129 (= E133), E207 (= E211), H210 (= H214), E220 (= E224), T223 (≠ M227), F225 (≠ Y229), H271 (= H275), S273 (= S277), R355 (= R361)
binding manganese (ii) ion: E129 (= E133), E131 (= E135), E212 (= E216), E220 (= E224), H269 (= H273), E357 (= E363)

P0A1P6 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 4 papers)
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sites
P0A1P6

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E130 (= E133) binding Mn(2+)
E132 (= E135) binding Mn(2+)
E208 (= E211) binding ATP
E213 (= E216) binding Mn(2+)
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NG 265:266 (= NG 268:269) binding L-glutamate
H270 (= H273) binding Mn(2+)
HMS 272:274 (≠ HQS 275:277) binding ATP
R322 (= R326) binding L-glutamate
E358 (= E363) binding Mn(2+)
R360 (= R365) binding L-glutamate

P0A9C5 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
55% identity, 98% coverage: 9:473/475 of query aligns to 6:467/469 of P0A9C5

query
sites
P0A9C5

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1 modified: Initiator methionine, Removed

4s17A The crystal structure of glutamine synthetase from bifidobacterium adolescentis atcc 15703
53% identity, 97% coverage: 11:473/475 of query aligns to 9:450/452 of 4s17A

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sites
4s17A

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active site: D52 (= D54), E127 (= E133), E129 (= E135), E213 (= E216), E221 (= E224), H270 (= H273), R339 (= R344), E353 (= E363), R355 (= R365)
binding magnesium ion: E129 (= E135), E213 (= E216), E221 (= E224)

2lgsA Feedback inhibition of fully unadenylylated glutamine synthetase from salmonella typhimurium by glycine, alanine, and serine (see paper)
52% identity, 98% coverage: 9:473/475 of query aligns to 5:443/445 of 2lgsA

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sites
2lgsA

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binding glutamic acid: E125 (= E135), N258 (= N268), G259 (= G269), G261 (= G271), H263 (= H273), R315 (= R326), R349 (= R365)
binding manganese (ii) ion: E123 (= E133), E125 (= E135), E206 (= E216), E214 (= E224), H263 (= H273), E347 (= E363)

1lgrA Interactions of nucleotides with fully unadenylylated glutamine synthetase from salmonella typhimurium (see paper)
52% identity, 98% coverage: 9:473/475 of query aligns to 5:443/445 of 1lgrA

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1lgrA

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binding adenosine monophosphate: E201 (= E211), T217 (≠ M227), F219 (≠ Y229), H265 (= H275), S267 (= S277), R345 (= R361)
binding manganese (ii) ion: E123 (= E133), E125 (= E135), E206 (= E216), E214 (= E224), H263 (= H273), E347 (= E363)

5zlpL Crystal structure of glutamine synthetase from helicobacter pylori (see paper)
47% identity, 99% coverage: 8:475/475 of query aligns to 9:476/476 of 5zlpL

query
sites
5zlpL

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binding adenosine-5'-diphosphate: G132 (= G131), E134 (= E133), F213 (≠ E211), F230 (≠ Y229), H276 (= H275), S278 (= S277), R349 (= R349), R360 (= R361)
binding magnesium ion: E136 (= E135), E218 (= E216), E225 (= E224)
binding (2s)-2-amino-4-[methyl(phosphonooxy)phosphoryl]butanoic acid: E136 (= E135), E218 (= E216), G270 (= G269), H274 (= H273), E332 (= E332), R344 (= R344), R364 (= R365)

Query Sequence

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HYIGGILAHAPSILAFAAPTTNSYKRLVPGYEAPVNLVFSQRNRSAACRIPMYSLSPKAK
RVEFRCPDAMANPYLAFSAMLLAGLDGIRNKIEPAGPDDRDLFDLPPDEARALPTVPSSL
EGSLAALEADHDYLLEGGVFSQDLIDTWIAYKRAEEVDAIRLRPHPYEFALYYDA

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SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory