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SitesBLAST – Find functional sites

SitesBLAST

Comparing WP_015898939.1 NCBI__GCF_000021565.1:WP_015898939.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6thqB Crystal structure of branched-chain aminotransferase from thermophilic archaea thermoproteus uzoniensis with norvaline
42% identity, 99% coverage: 4:301/302 of query aligns to 9:300/301 of 6thqB

query
sites
6thqB

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binding pyridoxal-5'-phosphate: R60 (= R57), K156 (= K154), Y161 (= Y159), E190 (= E188), N195 (= N193), L214 (= L212), G216 (= G214), I217 (= I215), T218 (= T216), T254 (= T252)
binding 2-[o-phosphonopyridoxyl]-amino-pentanoic acid: R60 (= R57), Y97 (= Y94), K156 (= K154), Y161 (= Y159), E190 (= E188), G193 (≠ A191), E194 (= E192), N195 (= N193), G216 (= G214), I217 (= I215), T218 (= T216), G253 (= G251), T254 (= T252), A255 (≠ G253)

2ej0B Crystal structure of t.Th.Hb8 branched-chain amino acid aminotransferase with pyridoxamine 5'-phosphate
42% identity, 99% coverage: 4:302/302 of query aligns to 7:305/305 of 2ej0B

query
sites
2ej0B

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active site: F35 (= F32), G37 (= G34), K158 (= K154), E192 (= E188), L215 (= L212)
binding 4'-deoxy-4'-aminopyridoxal-5'-phosphate: R58 (= R57), Y163 (= Y159), E192 (= E188), G195 (≠ A191), E196 (= E192), L215 (= L212), G217 (= G214), I218 (= I215), T219 (= T216), G254 (= G251), T255 (= T252)

1iyeA Crystal structure of eschelichia coli branched-chain amino acid aminotransferase (see paper)
41% identity, 98% coverage: 2:298/302 of query aligns to 3:300/304 of 1iyeA

query
sites
1iyeA

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binding N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methyl)-L-glutamic acid: R56 (= R57), Y92 (= Y94), Y126 (= Y127), K156 (= K154), Y161 (= Y159), E190 (= E188), G193 (≠ A191), E194 (= E192), N195 (= N193), L214 (= L212), G216 (= G214), I217 (= I215), T218 (= T216), G253 (= G251), T254 (= T252), A255 (≠ G253)

1iydA Crystal structure of eschelichia coli branched-chain amino acid aminotransferase (see paper)
41% identity, 98% coverage: 2:298/302 of query aligns to 3:300/304 of 1iydA

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sites
1iydA

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binding pyridoxal-5'-phosphate: R56 (= R57), K156 (= K154), Y161 (= Y159), E190 (= E188), G193 (≠ A191), E194 (= E192), L214 (= L212), G216 (= G214), I217 (= I215), T218 (= T216), T254 (= T252)

1i1mA Crystal structure of escherichia coli branched-chain amino acid aminotransferase. (see paper)
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1i1mA

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1i1lA Crystal structure of eschelichia coli branched-chain amino acid aminotransferase. (see paper)
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2ej3A Crystal structure of t.Th.Hb8 branched-chain amino acid aminotransferase complexed with gabapentin
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2ej3A

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2eiyA Crystal structure of t.Th.Hb8 branched-chain amino acid aminotransferase complexed with 4-methylvaleric acid
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2eiyA

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1wrvA Crystal structure of t.Th.Hb8 branched-chain amino acid aminotransferase
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1wrvA

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2ej2A Crystal structure of t.Th.Hb8 branched-chain amino acid aminotransferase complexed with n-(5'-phosphopyridoxyl)-l-glutamate
42% identity, 98% coverage: 4:298/302 of query aligns to 7:290/294 of 2ej2A

query
sites
2ej2A

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6q8eA Crystal structure of branched-chain amino acid aminotransferase from thermobaculum terrenum in pmp-form (see paper)
36% identity, 99% coverage: 2:301/302 of query aligns to 4:304/307 of 6q8eA

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sites
6q8eA

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6h65C Crystal structure of the branched-chain-amino-acid aminotransferase from haliangium ochraceum
36% identity, 99% coverage: 3:301/302 of query aligns to 6:306/308 of 6h65C

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sites
6h65C

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4whxA X-ray crystal structure of an amino acid aminotransferase from burkholderia pseudomallei bound to the co-factor pyridoxal phosphate
40% identity, 99% coverage: 4:301/302 of query aligns to 9:306/306 of 4whxA

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4whxA

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7neaA Crystal structure of branched-chain amino acid aminotransferase from thermobaculum terrenum (m3 mutant). (see paper)
35% identity, 99% coverage: 2:301/302 of query aligns to 4:304/309 of 7neaA

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7neaA

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binding pyridoxal-5'-phosphate: R59 (= R57), K156 (= K154), Y161 (= Y159), E190 (= E188), G193 (≠ A191), S194 (≠ E192), L214 (= L212), S216 (≠ G214), I217 (= I215), T218 (= T216), T255 (= T252)

5mr0D Thermophilic archaeal branched-chain amino acid transaminases from geoglobus acetivorans and archaeoglobus fulgidus: biochemical and structural characterisation (see paper)
44% identity, 94% coverage: 1:283/302 of query aligns to 1:277/290 of 5mr0D

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5mr0D

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