SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_015927042.1 NCBI__GCF_000022085.1:WP_015927042.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 8 hits to proteins with known functional sites (download)

1ordA Crystallographic structure of a plp-dependent ornithine decarboxylase from lactobacillus 30a to 3.1 angstroms resolution (see paper)
45% identity, 82% coverage: 126:772/786 of query aligns to 92:713/730 of 1ordA

query
sites
1ordA
A
 
A
R
 
R
G
 
E
L
 
I
V
 
E
S
 
T
R
 
A
V
 
V
T
 
N
Q
 
N
Y
 
Y
A
 
E
E
 
D
T
 
S
L
 
I
K
 
L
T
 
P
P
 
P
F
 
F
F
 
F
G
 
K
A
 
S
L
 
L
V
 
K
D
 
E
Y
 
Y
A
 
V
E
 
S
K
 
R
G
 
G
N
 
L
Q
 
I
L
 
Q
W
 
F
T
 
D
C
 
C
P
 
P
G
 
G
H
 
H
N
 
Q
G
 
G
G
 
G
I
 
Q
F
 
Y
Y
 
Y
N
 
R
R
 
K
S
 
H
P
 
P
I
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
E
F
 
F
V
 
Y
E
 
D
H
 
F
L
 
F
G
 
G
E
 
E
A
 
T
I
 
V
F
 
F
R
 
R
D
 
A
D
 
D
L
 
L
D
 
C
N
 
N
S
 
A
V
 
D
L
 
V
D
 
A
L
 
L
G
 
G
D
 
D
L
 
L
L
 
L
T
 
I
H
 
H
E
 
E
G
 
G
P
 
P
A
 
A
L
 
V
K
 
A
A
 
A
Q
 
E
K
 
K
E
 
H
A
 
A
A
 
A
A
 
R
I
 
V
F
 
Y
G
 
N
A
 
A
E
 
D
K
 
K
T
 
T
Y
 
Y
F
 
F
V
 
V
L
 
L
N
 
G
G
|
G
T
x
S
S
|
S
A
 
N
S
 
A
N
 
N
K
 
N
I
 
T
V
 
V
L
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
V
 
V
A
 
S
E
 
N
D
 
G
D
 
D
L
 
L
V
 
V
L
 
L
F
 
F
D
 
D
R
 
R
N
 
N
N
 
N
H
|
H
K
 
K
A
 
S
A
 
V
H
 
Y
H
 
N
G
 
S
A
 
A
L
 
L
F
 
A
L
 
M
G
 
A
G
 
G
G
 
G
I
 
R
P
 
P
I
 
V
F
 
Y
L
 
L
E
 
Q
T
 
T
D
 
N
R
 
R
N
 
N
A
 
P
H
 
Y
G
 
G
L
 
F
I
 
I
G
 
G
P
 
G
I
 
I
Y
 
Y
H
 
D
E
 
S
A
 
D
F
 
F
D
 
D
E
 
E
A
 
K
A
 
K
I
 
I
R
 
R
D
 
E
-
 
L
K
 
A
I
 
A
R
 
K
R
 
V
N
 
D
P
 
P
L
 
-
V
 
-
R
 
-
D
 
E
R
 
R
Q
 
A
A
 
K
W
 
W
R
 
K
R
 
R
Q
 
-
R
 
-
P
 
P
F
 
F
R
 
R
V
 
L
A
 
A
V
 
V
I
 
I
E
 
Q
Q
 
L
C
 
G
T
 
T
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
T
 
T
I
 
I
Y
 
Y
D
 
N
A
 
A
R
 
H
E
 
E
I
 
V
L
 
V
A
 
K
R
 
R
I
 
I
G
 
G
H
 
H
L
 
L
C
 
C
D
 
D
Y
 
Y
I
 
I
L
 
E
F
 
F
D
|
D
E
 
S
A
|
A
W
|
W
A
 
V
G
 
G
F
 
Y
M
 
E
K
 
Q
F
 
F
H
 
I
P
 
P
L
 
M
Y
 
M
A
 
R
G
 
N
R
 
S
F
 
S
A
 
P
M
 
L
G
 
L
L
 
I
D
 
D
G
 
D
L
 
L
G
 
G
P
 
P
D
 
E
S
 
D
P
 
P
G
 
G
I
 
I
I
 
I
A
 
V
T
 
V
Q
 
Q
S
|
S
T
 
V
H
|
H
K
|
K
Q
 
Q
L
 
Q
A
 
A
S
 
G
F
 
F
S
 
S
Q
 
Q
A
 
T
S
 
S
Q
 
Q
I
 
I
H
 
H
T
 
K
K
 
K
D
 
D
G
 
S
H
 
H
I
 
I
R
 
K
G
 
G
Q
 
Q
S
 
L
R
 
R
R
 
Y
V
 
C
E
 
D
H
 
H
R
 
K
R
 
H
L
 
F
N
 
N
E
 
N
S
 
S
F
 
F
L
 
N
V
 
L
H
 
F
A
 
M
S
 
S
T
|
T
S
|
S
P
 
P
F
 
F
Y
 
Y
P
 
P
L
 
M
F
 
Y
A
 
A
S
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
V
G
 
N
A
 
A
Q
 
A
M
 
M
M
 
Q
K
 
E
G
 
G
R
 
E
S
 
A
G
 
G
M
 
R
I
 
K
L
 
L
W
 
W
D
 
H
D
 
D
T
 
L
I
 
L
R
 
I
L
 
T
G
 
T
I
 
I
E
 
E
W
 
A
R
 
R
K
 
K
K
 
K
V
 
L
R
 
I
A
 
K
I
 
A
R
 
G
K
 
S
E
 
-
F
 
-
E
 
-
E
 
-
N
 
-
E
 
-
A
 
-
D
 
-
P
 
-
Q
 
-
R
 
-
R
 
-
W
 
-
F
 
M
F
 
F
D
 
R
P
 
P
F
 
F
V
 
V
P
 
P
D
 
P
L
 
V
V
 
V
E
 
N
G
 
G
P
 
K
D
 
-
G
 
-
T
 
-
V
 
-
L
 
-
P
 
K
W
 
W
E
 
E
S
 
D
L
 
G
P
 
D
T
 
T
D
 
E
L
 
D
L
 
M
A
 
A
S
 
N
E
 
N
P
 
I
R
 
D
Y
 
Y
W
 
W
E
 
R
L
 
F
A
 
E
P
 
K
G
 
G
A
 
A
R
 
K
W
 
W
H
 
H
G
 
A
F
 
Y
T
 
E
K
 
G
V
 
Y
A
 
G
P
 
D
G
 
N
Y
 
Q
A
 
Y
I
 
Y
T
 
V
D
 
D
P
 
P
N
 
N
K
 
K
L
 
F
T
 
M
V
 
L
L
 
T
T
 
T
P
 
P
G
 
G
F
 
I
D
 
N
R
 
P
E
 
E
T
 
T
G
 
G
E
 
D
Y
 
Y
A
 
E
E
 
D
H
 
F
G
 
G
V
 
V
P
 
P
A
 
A
P
 
T
I
 
I
V
 
V
A
 
A
Q
 
N
Y
 
Y
L
 
L
R
 
R
E
 
D
N
 
H
R
 
G
I
 
I
V
 
I
P
 
P
E
 
E
K
 
K
N
 
S
D
 
D
L
 
L
N
 
N
S
 
S
L
 
I
L
 
L
F
 
F
L
 
L
L
 
M
T
 
T
P
 
P
G
 
A
V
 
E
E
 
T
S
 
P
S
 
A
K
 
K
A
 
M
G
 
N
T
 
N
L
 
L
I
 
I
S
 
T
G
 
Q
L
 
L
V
 
L
A
 
Q
F
 
L
K
 
Q
R
 
R
L
 
L
H
 
I
D
 
E
D
 
E
N
 
D
V
 
A
P
 
P
L
 
L
E
 
K
E
 
Q
A
 
V
M
 
L
P
 
P
D
 
S
F
 
I
V
 
Y
R
 
A
R
 
A
R
 
N
P
 
E
R
 
E
R
 
R
Y
 
Y
Q
 
N
G
 
G
V
 
Y
R
 
T
L
 
I
R
 
R
D
 
E
L
 
L
C
 
C
A
 
Q
E
 
E
F
 
L
H
 
H
A
 
D
F
 
F
H
 
Y
R
 
K
E
 
N
A
 
N
G
 
N
T
 
T
S
 
F
T
 
T
L
 
Y
Q
 
Q
R
 
K
K
 
R
Q
 
L
F
 
F
A
 
L
P
 
R
E
 
E
H
 
F
L
 
F
P
 
P
E
 
E
M
 
Q
A
 
G
M
 
M
P
 
L
P
 
P
K
 
Y
A
 
E
A
 
A
A
 
R
Q
 
Q
M
 
E
L
 
F
T
 
I
R
 
R
N
 
N
Q
 
H
V
 
N
D
 
K
F
 
L
V
 
V
P
 
P
I
 
L
A
 
N
E
 
K
A
 
I
A
 
E
G
 
G
R
 
E
I
 
I
A
 
A
T
 
L
T
 
E
L
 
G
M
 
A
L
 
L
V
 
P
Y
 
Y
P
 
P
P
 
P
G
 
G
I
 
V
G
 
F
T
 
C
V
 
V
L
 
A
P
 
P
G
 
G
E
 
E
R
 
K
L
 
W
D
 
S
E
 
E
R
 
T
A
 
A
K
 
-
P
 
-
M
 
-
L
 
V
D
 
K
Y
 
Y
F
 
F
T
 
T
M
 
I
F
 
L
E
 
Q
T
 
D
S
 
G
A
 
I
N
 
N
L
 
N
F
 
F
P
 
P
G
 
G
F
 
F
E
 
A
A
 
P
E
 
E
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
Y
 
Y
R
 
F
Q
 
K
V
 
Q
E
 
E
P
 
G
D
 
D
G
 
K
R
 
V
I
 
V
R
 
A
F
 
Y

1c4kA Ornithine decarboxylase mutant (gly121tyr) (see paper)
45% identity, 82% coverage: 126:772/786 of query aligns to 90:711/728 of 1c4kA

query
sites
1c4kA
A
 
A
R
 
R
G
 
E
L
 
I
V
 
E
S
 
T
R
 
A
V
 
V
T
 
N
Q
 
N
Y
 
Y
A
 
E
E
 
D
T
 
S
L
 
I
K
 
L
T
 
P
P
 
P
F
 
F
F
 
F
G
 
K
A
 
S
L
 
L
V
 
K
D
 
E
Y
 
Y
A
 
V
E
 
S
K
 
R
G
 
Y
N
 
L
Q
 
I
L
 
Q
W
 
F
T
 
D
C
 
C
P
 
P
G
 
G
H
 
H
N
 
Q
G
 
G
G
 
G
I
 
Q
F
 
Y
Y
 
Y
N
 
R
R
 
K
S
 
H
P
 
P
I
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
E
F
 
F
V
 
Y
E
 
D
H
 
F
L
 
F
G
 
G
E
 
E
A
 
T
I
 
V
F
 
F
R
 
R
D
 
A
D
 
D
L
 
L
D
 
C
N
 
N
S
 
A
V
 
D
L
 
V
D
 
A
L
 
L
G
 
G
D
 
D
L
 
L
L
 
L
T
 
I
H
|
H
E
 
E
G
 
G
P
 
P
A
 
A
L
 
V
K
 
A
A
 
A
Q
x
E
K
 
K
E
 
H
A
 
A
A
 
A
A
 
R
I
 
V
F
 
Y
G
 
N
A
 
A
E
 
D
K
|
K
T
|
T
Y
|
Y
F
 
F
V
 
V
L
 
L
N
 
G
G
|
G
T
x
S
S
|
S
A
 
N
S
 
A
N
 
N
K
 
N
I
 
T
V
 
V
L
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
V
 
V
A
 
S
E
 
N
D
 
G
D
 
D
L
 
L
V
 
V
L
 
L
F
 
F
D
 
D
R
 
R
N
 
N
N
 
N
H
|
H
K
 
K
A
 
S
A
 
V
H
 
Y
H
 
N
G
 
S
A
 
A
L
 
L
F
 
A
L
 
M
G
 
A
G
 
G
G
 
G
I
 
R
P
 
P
I
 
V
F
 
Y
L
 
L
E
 
Q
T
 
T
D
 
N
R
 
R
N
 
N
A
 
P
H
 
Y
G
 
G
L
 
F
I
 
I
G
 
G
P
 
G
I
 
I
Y
 
Y
H
 
D
E
 
S
A
 
D
F
 
F
D
 
D
E
 
E
A
 
K
A
 
K
I
 
I
R
 
R
D
 
E
-
 
L
K
 
A
I
 
A
R
 
K
R
 
V
N
 
D
P
 
P
L
 
-
V
 
-
R
 
-
D
 
E
R
 
R
Q
 
A
A
 
K
W
 
W
R
 
K
R
 
R
Q
 
-
R
 
-
P
 
P
F
 
F
R
 
R
V
 
L
A
 
A
V
 
V
I
 
I
E
 
Q
Q
 
L
C
 
G
T
 
T
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
T
 
T
I
 
I
Y
 
Y
D
 
N
A
 
A
R
 
H
E
 
E
I
 
V
L
 
V
A
 
K
R
 
R
I
 
I
G
 
G
H
 
H
L
 
L
C
 
C
D
 
D
Y
 
Y
I
 
I
L
 
E
F
 
F
D
|
D
E
 
S
A
|
A
W
 
W
A
 
V
G
 
G
F
 
Y
M
 
E
K
 
Q
F
 
F
H
 
I
P
 
P
L
 
M
Y
 
M
A
 
R
G
 
N
R
 
S
F
 
S
A
 
P
M
 
L
G
 
L
L
 
I
D
 
D
G
 
D
L
 
L
G
 
G
P
 
P
D
 
E
S
 
D
P
 
P
G
 
G
I
 
I
I
 
I
A
 
V
T
 
V
Q
 
Q
S
|
S
T
 
V
H
|
H
K
|
K
Q
 
Q
L
 
Q
A
 
A
S
 
G
F
 
F
S
 
S
Q
 
Q
A
 
T
S
 
S
Q
 
Q
I
 
I
H
 
H
T
 
K
K
 
K
D
 
D
G
 
S
H
 
H
I
 
I
R
x
K
G
 
G
Q
 
Q
S
 
L
R
 
R
R
x
Y
V
 
C
E
x
D
H
|
H
R
x
K
R
 
H
L
 
F
N
 
N
E
 
N
S
 
S
F
 
F
L
 
N
V
 
L
H
 
F
A
 
M
S
 
S
T
 
T
S
 
S
P
 
P
F
 
F
Y
 
Y
P
 
P
L
 
M
F
 
Y
A
 
A
S
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
V
G
 
N
A
 
A
Q
 
A
M
 
M
M
 
Q
K
 
E
G
 
G
R
 
E
S
 
A
G
 
G
M
 
R
I
 
K
L
 
L
W
 
W
D
 
H
D
 
D
T
 
L
I
 
L
R
 
I
L
 
T
G
 
T
I
 
I
E
 
E
W
 
A
R
 
R
K
 
K
K
 
K
V
 
L
R
 
I
A
 
K
I
 
A
R
 
G
K
 
S
E
 
-
F
 
-
E
 
-
E
 
-
N
 
-
E
 
-
A
 
-
D
 
-
P
 
-
Q
 
-
R
 
-
R
 
-
W
 
-
F
 
M
F
 
F
D
 
R
P
 
P
F
 
F
V
 
V
P
 
P
D
 
P
L
 
V
V
 
V
E
 
N
G
 
G
P
 
K
D
 
-
G
 
-
T
 
-
V
 
-
L
 
-
P
 
K
W
 
W
E
 
E
S
 
D
L
 
G
P
 
D
T
 
T
D
 
E
L
 
D
L
 
M
A
 
A
S
 
N
E
 
N
P
 
I
R
 
D
Y
 
Y
W
 
W
E
 
R
L
 
F
A
 
E
P
 
K
G
 
G
A
 
A
R
 
K
W
 
W
H
 
H
G
 
A
F
 
Y
T
 
E
K
 
G
V
 
Y
A
 
G
P
 
D
G
 
N
Y
 
Q
A
 
Y
I
 
Y
T
 
V
D
 
D
P
 
P
N
 
N
K
 
K
L
 
F
T
 
M
V
 
L
L
 
T
T
 
T
P
 
P
G
 
G
F
 
I
D
 
N
R
 
P
E
 
E
T
 
T
G
 
G
E
 
D
Y
 
Y
A
 
E
E
 
D
H
 
F
G
 
G
V
 
V
P
 
P
A
 
A
P
 
T
I
 
I
V
 
V
A
 
A
Q
 
N
Y
 
Y
L
 
L
R
 
R
E
 
D
N
 
H
R
 
G
I
 
I
V
 
I
P
 
P
E
 
E
K
 
K
N
 
S
D
 
D
L
 
L
N
 
N
S
 
S
L
 
I
L
 
L
F
 
F
L
 
L
L
 
M
T
 
T
P
 
P
G
 
A
V
 
E
E
 
T
S
 
P
S
 
A
K
 
K
A
 
M
G
 
N
T
 
N
L
 
L
I
 
I
S
 
T
G
 
Q
L
 
L
V
 
L
A
 
Q
F
 
L
K
 
Q
R
 
R
L
 
L
H
 
I
D
 
E
D
 
E
N
 
D
V
 
A
P
 
P
L
 
L
E
 
K
E
 
Q
A
 
V
M
 
L
P
 
P
D
 
S
F
 
I
V
 
Y
R
 
A
R
 
A
R
 
N
P
 
E
R
 
E
R
 
R
Y
 
Y
Q
 
N
G
 
G
V
 
Y
R
 
T
L
 
I
R
 
R
D
 
E
L
 
L
C
 
C
A
 
Q
E
 
E
F
 
L
H
 
H
A
 
D
F
 
F
H
 
Y
R
 
K
E
 
N
A
 
N
G
 
N
T
 
T
S
 
F
T
 
T
L
 
Y
Q
 
Q
R
 
K
K
 
R
Q
 
L
F
 
F
A
 
L
P
 
R
E
 
E
H
 
F
L
 
F
P
 
P
E
 
E
M
 
Q
A
 
G
M
 
M
P
 
L
P
 
P
K
 
Y
A
 
E
A
 
A
A
 
R
Q
 
Q
M
 
E
L
 
F
T
 
I
R
 
R
N
 
N
Q
 
H
V
 
N
D
 
K
F
 
L
V
 
V
P
 
P
I
 
L
A
 
N
E
 
K
A
 
I
A
 
E
G
 
G
R
 
E
I
 
I
A
 
A
T
 
L
T
 
E
L
 
G
M
 
A
L
 
L
V
 
P
Y
 
Y
P
 
P
P
 
P
G
 
G
I
 
V
G
 
F
T
 
C
V
 
V
L
 
A
P
 
P
G
 
G
E
 
E
R
 
K
L
 
W
D
 
S
E
 
E
R
 
T
A
 
A
K
 
-
P
 
-
M
 
-
L
 
V
D
 
K
Y
 
Y
F
 
F
T
 
T
M
 
I
F
 
L
E
 
Q
T
 
D
S
 
G
A
 
I
N
 
N
L
 
N
F
 
F
P
 
P
G
 
G
F
 
F
E
 
A
A
 
P
E
 
E
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
Y
 
Y
R
 
F
Q
 
K
V
 
Q
E
 
E
P
 
G
D
 
D
G
 
K
R
 
V
I
 
V
R
 
A
F
 
Y

6q6iA Lysine decarboxylase a from pseudomonas aeruginosa
37% identity, 97% coverage: 6:769/786 of query aligns to 5:741/749 of 6q6iA

query
sites
6q6iA
R
 
K
F
 
F
T
 
P
V
 
V
L
 
L
M
 
I
C
 
V
A
 
H
P
 
R
A
 
D
F
 
I
D
 
K
P
 
A
D
 
D
D
 
T
L
 
V
E
 
A
G
 
G
A
 
E
R
 
R
V
 
V
N
 
R
Q
 
G
I
 
I
V
 
A
A
 
H
A
 
E
V
 
L
E
 
E
A
 
Q
R
 
D
G
 
G
F
 
F
E
 
S
V
 
I
V
 
L
R
 
S
A
 
T
R
 
A
R
 
S
V
 
S
E
 
A
D
 
E
A
 
G
A
 
R
I
 
I
A
 
V
V
 
A
Q
 
S
T
 
T
D
 
H
A
 
H
A
 
G
I
 
L
G
 
A
C
 
C
M
 
I
V
 
L
V
 
V
D
 
A
W
 
A
G
 
E
K
 
G
R
 
A
G
 
G
L
 
E
D
 
N
G
 
Q
K
 
R
-
 
L
-
 
L
-
 
Q
-
 
D
A
 
V
A
 
V
A
 
E
L
 
L
I
 
I
D
 
R
M
 
V
M
 
A
R
 
R
Q
 
V
R
 
R
G
 
A
L
 
P
E
 
Q
M
 
L
P
 
P
I
 
I
V
 
F
I
 
A
M
 
L
V
 
G
R
 
E
R
 
Q
K
 
V
R
 
T
L
 
I
E
 
E
D
 
N
I
 
A
P
 
P
V
 
A
E
 
E
L
 
S
-
 
M
-
 
A
-
 
D
L
 
L
D
 
H
F
 
Q
I
 
L
D
 
R
G
 
G
Y
 
I
I
 
L
F
 
Y
L
 
L
A
 
F
E
 
E
E
 
D
T
 
T
P
 
V
E
 
P
F
 
F
I
 
L
A
 
A
R
 
R
G
 
Q
L
 
V
V
 
A
S
 
R
R
 
A
V
 
A
T
 
R
Q
 
N
Y
 
Y
A
 
L
E
 
A
T
 
G
L
 
L
K
 
L
T
 
P
P
 
P
F
 
F
F
 
F
G
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
V
D
 
E
Y
 
H
A
 
T
E
 
A
K
 
Q
G
 
S
N
 
N
Q
 
Y
L
 
S
W
 
W
T
 
H
C
 
T
P
 
P
G
 
G
H
 
H
N
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
V
F
 
A
Y
 
Y
N
 
R
R
 
K
S
 
S
P
 
P
I
 
V
G
 
G
R
 
Q
I
 
A
F
 
F
V
 
H
E
 
Q
H
 
F
L
 
F
G
 
G
E
 
E
A
 
N
I
 
T
F
 
L
R
 
R
D
 
S
D
 
D
L
 
L
D
 
S
N
 
V
S
 
S
V
 
V
L
 
P
D
 
E
L
 
L
G
 
G
D
 
S
L
 
L
L
 
L
T
 
D
H
 
H
E
 
T
G
 
G
P
 
P
A
 
L
L
 
A
K
 
E
A
 
A
Q
 
E
K
 
D
E
 
R
A
 
A
A
 
A
A
 
R
I
 
N
F
 
F
G
 
G
A
 
A
E
 
D
K
 
H
T
 
T
Y
 
F
F
 
F
V
 
V
L
 
I
N
 
N
G
 
G
T
|
T
S
|
S
A
 
T
S
 
A
N
 
N
K
 
K
I
 
I
V
 
V
L
 
W
S
 
H
A
 
S
L
 
M
V
 
V
A
 
G
E
 
R
D
 
E
D
 
D
L
 
L
V
 
V
L
 
L
F
 
V
D
 
D
R
 
R
N
 
N
N
 
C
H
|
H
K
 
K
A
 
S
A
 
I
H
 
L
H
 
H
G
 
-
A
 
S
L
 
I
F
 
I
L
 
M
G
 
T
G
 
G
G
 
A
I
 
I
P
 
P
I
 
L
F
 
Y
L
 
L
E
 
T
T
 
P
D
 
E
R
 
R
N
 
N
A
 
E
H
 
L
G
 
G
L
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
I
 
I
Y
 
P
H
 
L
E
 
S
A
 
E
F
 
F
D
 
S
E
 
K
A
 
E
A
 
S
I
 
I
R
 
A
D
 
A
K
 
K
I
 
I
R
 
A
R
 
A
N
 
S
P
 
P
L
 
L
V
 
A
R
 
R
D
 
G
R
 
R
Q
 
E
A
 
P
W
 
-
R
 
-
R
 
-
Q
 
-
R
 
-
P
 
K
F
 
V
R
 
K
V
 
L
A
 
A
V
 
V
I
 
V
E
 
T
Q
 
N
C
 
S
T
 
T
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
T
 
L
I
 
C
Y
 
Y
D
 
N
A
 
A
R
 
E
E
 
L
I
 
I
L
 
K
A
 
Q
R
 
T
I
 
L
G
 
G
H
 
D
L
 
S
C
 
V
D
 
E
Y
 
V
I
 
L
L
 
H
F
 
F
D
|
D
E
 
E
A
|
A
W
|
W
A
 
Y
G
 
A
F
 
Y
M
 
A
K
 
A
F
 
F
H
 
H
P
 
E
L
 
F
Y
 
Y
A
 
D
G
 
G
R
 
R
F
 
Y
A
 
G
M
 
M
G
 
G
L
 
T
D
 
S
G
 
-
L
 
R
G
 
S
P
 
E
D
 
E
S
 
G
P
 
P
G
 
L
I
 
V
I
 
F
A
 
A
T
 
T
Q
 
H
S
 
S
T
 
T
H
|
H
K
|
K
Q
 
M
L
 
L
A
 
A
S
 
A
F
 
F
S
 
S
Q
 
Q
A
 
A
S
 
S
Q
 
M
I
 
I
H
 
H
T
 
V
K
 
Q
D
 
D
G
 
-
H
 
-
I
 
-
R
 
-
G
 
G
Q
 
G
S
 
T
R
 
R
R
 
K
V
 
L
E
 
D
H
 
V
R
 
A
R
 
R
L
 
F
N
 
N
E
 
E
S
 
A
F
 
F
L
 
M
V
 
M
H
 
H
A
 
I
S
 
S
T
 
T
S
 
S
P
 
P
F
 
Q
Y
 
Y
P
 
G
L
 
I
F
 
I
A
 
A
S
 
S
L
 
L
D
 
D
V
 
V
G
 
A
A
 
S
Q
 
A
M
 
M
M
 
M
K
 
E
G
 
G
R
 
P
S
 
A
G
 
G
M
 
R
I
 
S
L
 
L
W
 
I
D
 
Q
D
 
E
T
 
T
I
 
F
R
 
D
L
 
E
G
 
A
I
 
L
E
 
S
W
 
F
R
 
R
K
 
R
K
 
A
V
 
L
R
 
A
A
 
N
I
 
V
R
 
R
K
 
Q
E
 
N
F
 
L
E
 
D
E
 
R
N
 
N
E
 
D
A
 
-
D
 
-
P
 
-
Q
 
-
R
 
-
R
 
-
W
 
W
F
 
W
F
 
F
D
 
G
P
 
V
F
 
W
V
 
Q
P
 
P
D
 
E
L
 
Q
V
 
V
E
 
E
G
 
G
P
 
-
D
 
-
G
 
-
T
 
-
V
 
-
L
 
-
P
 
-
W
 
-
E
 
-
S
 
-
L
 
-
P
 
-
T
 
T
D
 
D
L
 
Q
L
 
V
A
 
G
S
 
T
E
 
H
P
 
D
R
 
-
Y
 
-
W
 
W
E
 
V
L
 
L
A
 
E
P
 
P
G
 
S
A
 
A
R
 
D
W
 
W
H
 
H
G
 
G
F
 
F
T
 
G
K
 
D
V
 
I
A
 
A
P
 
E
G
 
D
Y
 
Y
A
 
V
I
 
L
T
 
L
D
 
D
P
 
P
N
 
I
K
 
K
L
 
V
T
 
T
V
 
L
L
 
T
T
 
T
P
 
P
G
 
G
F
 
L
D
 
S
R
 
-
E
 
A
T
 
G
G
 
G
E
 
K
Y
 
L
A
 
S
E
 
E
H
 
Q
G
 
G
V
 
I
P
 
P
A
 
A
P
 
A
I
 
I
V
 
V
A
 
S
Q
 
R
Y
 
F
L
 
L
R
 
W
E
 
E
N
 
R
R
 
G
I
 
L
V
 
V
P
 
V
E
 
E
K
 
K
N
 
T
D
 
G
L
 
L
N
 
Y
S
 
S
L
 
F
L
 
L
F
 
V
L
 
L
L
 
F
T
 
S
P
 
M
G
 
G
V
 
I
E
 
T
S
 
K
S
 
G
K
 
K
A
 
W
G
 
S
T
 
T
L
 
L
I
 
V
S
 
T
G
 
E
L
 
L
V
 
L
A
 
E
F
 
F
K
 
K
R
 
R
L
 
C
H
 
Y
D
 
D
D
 
A
N
 
N
V
 
L
P
 
P
L
 
L
E
 
L
E
 
D
A
 
V
M
 
L
P
 
P
D
 
S
F
 
V
V
 
A
R
 
Q
R
 
A
R
 
G
P
 
G
R
 
K
R
 
R
Y
 
Y
Q
 
N
G
 
G
V
 
V
R
 
G
L
 
L
R
 
R
D
 
D
L
 
L
C
 
S
A
 
D
E
 
A
F
 
M
H
 
H
A
 
A
F
 
S
H
 
Y
R
 
R
E
 
D
A
 
N
G
 
A
T
 
T
S
 
A
T
 
K
L
 
A
Q
 
M
R
 
K
K
 
R
Q
 
M
F
 
Y
A
 
T
P
 
V
E
 
-
H
 
-
L
 
L
P
 
P
E
 
E
M
 
V
A
 
A
M
 
M
P
 
R
P
 
P
K
 
S
A
 
E
A
 
A
A
 
Y
Q
 
D
M
 
K
L
 
L
T
 
V
R
 
R
N
 
G
Q
 
E
V
 
V
D
 
E
F
 
A
V
 
V
P
 
P
I
 
I
A
 
A
E
 
R
A
 
L
A
 
E
G
 
G
R
 
R
I
 
I
A
 
A
T
 
A
T
 
V
L
 
M
M
 
L
L
 
V
V
 
P
Y
 
Y
P
 
P
P
 
P
G
 
G
I
 
I
G
 
P
T
 
L
V
 
I
L
 
M
P
 
P
G
 
G
E
 
E
R
 
R
L
 
F
D
 
T
E
 
E
R
 
A
A
 
T
K
 
R
P
 
S
M
 
I
L
 
L
D
 
D
Y
 
Y
F
 
L
T
 
E
M
 
F
F
 
A
E
 
R
T
 
T
S
 
F
A
 
E
N
 
R
L
 
A
F
 
F
P
 
P
G
 
G
F
 
F
E
 
D
A
 
S
E
 
D
I
 
V
Q
 
H
G
 
G
V
 
L
Y
 
Q
R
 
H
Q
 
Q
V
 
D
E
 
G
P
 
P
D
 
S
G
 
G
R
 
R

2vycA Crystal structure of acid induced arginine decarboxylase from e. Coli (see paper)
33% identity, 94% coverage: 19:760/786 of query aligns to 14:741/755 of 2vycA

query
sites
2vycA
D
 
D
D
 
T
L
 
W
E
 
V
G
 
G
A
 
N
R
 
A
V
 
V
N
 
E
Q
 
R
I
 
L
V
 
A
A
 
D
A
 
A
V
 
L
E
 
S
A
 
Q
R
 
Q
G
 
N
F
 
V
E
 
T
V
 
V
V
 
I
R
 
K
A
 
S
R
 
T
R
 
S
V
 
F
E
 
D
D
 
D
A
 
G
A
 
F
I
 
A
A
 
I
V
 
L
Q
 
S
T
 
S
D
 
N
A
 
E
A
 
A
I
 
I
G
 
D
C
 
C
M
 
L
V
 
M
V
 
F
D
 
S
W
 
Y
G
 
Q
K
 
M
R
 
E
G
 
H
L
 
P
D
 
D
-
 
E
-
 
H
G
 
Q
K
 
N
A
 
V
A
 
R
A
 
Q
L
 
L
I
 
I
D
 
G
M
 
K
M
 
L
R
 
H
Q
 
E
R
 
R
G
 
Q
L
 
Q
E
 
N
M
 
V
P
 
P
I
 
V
V
 
F
I
 
L
M
 
L
V
 
G
-
 
D
R
 
R
R
 
E
K
 
K
R
 
A
L
 
L
E
 
A
D
 
A
I
 
M
P
 
D
V
 
R
E
 
D
L
 
L
L
 
L
D
 
E
F
 
L
I
 
V
D
 
D
G
 
E
Y
 
F
I
 
A
F
 
W
L
 
I
A
 
L
E
 
E
E
 
D
T
 
T
P
 
A
E
 
D
F
 
F
I
 
I
A
 
A
R
 
G
G
 
R
L
 
A
V
 
V
S
 
A
R
 
A
V
 
M
T
 
T
Q
 
R
Y
 
Y
A
 
R
E
 
Q
T
 
Q
L
 
L
K
 
L
T
 
P
P
 
P
F
 
L
F
 
F
G
 
S
A
 
A
L
 
L
V
 
M
D
 
K
Y
 
Y
A
 
S
E
 
D
K
 
I
G
 
H
N
 
E
Q
 
Y
L
 
S
W
 
W
T
 
A
C
 
A
P
 
P
G
 
G
H
 
H
N
 
Q
G
 
G
G
 
G
I
 
V
F
 
G
Y
 
F
N
 
T
R
 
K
S
 
T
P
 
P
I
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
F
F
 
Y
V
 
H
E
 
D
H
 
Y
L
 
Y
G
 
G
E
 
E
A
 
N
I
 
L
F
 
F
R
 
R
D
 
T
D
 
D
L
 
M
D
 
G
N
 
I
S
 
E
V
 
R
L
 
T
D
 
S
L
 
L
G
 
G
D
 
S
L
 
L
L
 
L
T
 
D
H
 
H
E
 
T
G
 
G
P
 
A
A
 
F
L
 
G
K
 
E
A
 
S
Q
 
E
K
 
K
E
 
Y
A
 
A
A
 
A
A
 
R
I
 
V
F
 
F
G
 
G
A
 
A
E
 
D
K
 
R
T
 
S
Y
 
W
F
 
S
V
 
V
L
 
V
N
 
V
G
|
G
T
|
T
S
|
S
A
 
G
S
 
S
N
 
N
K
 
R
I
 
T
V
 
I
L
 
M
S
 
Q
A
 
A
L
 
C
V
 
M
A
 
T
E
 
D
D
 
N
D
 
D
L
 
V
V
 
V
L
 
V
F
 
V
D
 
D
R
 
R
N
 
N
N
 
C
H
|
H
K
 
K
A
 
S
A
 
I
H
 
E
H
 
Q
G
 
G
A
 
-
L
 
L
F
 
M
L
 
L
G
 
T
G
 
G
G
 
A
I
 
K
P
 
P
I
 
V
F
 
Y
L
 
M
E
 
V
T
 
P
D
 
S
R
 
R
N
 
N
A
 
R
H
 
Y
G
 
G
L
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
I
 
I
Y
 
Y
H
 
P
E
 
Q
A
 
E
F
 
M
D
 
Q
E
 
P
A
 
E
A
 
T
I
 
L
R
 
Q
D
 
K
K
 
K
I
 
I
R
 
S
R
 
E
N
 
S
P
 
P
L
 
L
V
 
T
R
 
K
D
 
D
R
 
K
Q
 
A
A
 
G
W
 
-
R
 
-
R
 
-
Q
 
Q
R
 
K
P
 
P
F
 
-
R
 
S
V
 
Y
A
 
C
V
 
V
I
 
V
E
 
T
Q
 
N
C
 
C
T
 
T
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
T
 
V
I
 
C
Y
 
Y
D
 
N
A
 
A
R
 
K
E
 
E
I
 
A
L
 
Q
A
 
D
R
 
L
I
 
L
G
 
E
H
 
K
L
 
T
C
 
S
D
 
D
Y
 
R
I
 
L
L
 
H
F
 
F
D
|
D
E
 
E
A
|
A
W
|
W
A
 
Y
G
 
G
F
 
Y
M
 
A
K
 
R
F
 
F
H
 
N
P
 
P
L
 
I
Y
 
Y
A
 
A
G
 
D
R
 
H
F
 
Y
A
 
A
M
 
M
G
 
R
L
 
G
D
 
E
G
 
P
L
 
G
G
 
D
P
 
H
D
 
N
S
 
G
P
 
P
G
 
T
I
 
V
I
 
F
A
 
A
T
 
T
Q
 
H
S
|
S
T
 
T
H
|
H
K
|
K
Q
 
L
L
 
L
A
 
N
S
 
A
F
 
L
S
 
S
Q
 
Q
A
 
A
S
 
S
Q
 
Y
I
 
I
H
 
H
T
 
V
K
 
R
D
 
E
G
 
G
H
 
-
I
 
-
R
 
R
G
 
G
Q
 
A
S
 
-
R
 
-
R
 
-
V
 
I
E
 
N
H
 
F
R
 
S
R
 
R
L
 
F
N
 
N
E
 
Q
S
 
A
F
 
Y
L
 
M
V
 
M
H
 
H
A
 
A
S
 
T
T
 
T
S
 
S
P
 
P
F
 
L
Y
 
Y
P
 
A
L
 
I
F
 
C
A
 
A
S
 
S
L
 
N
D
 
D
V
 
V
G
 
A
A
 
V
Q
 
S
M
 
M
M
 
M
K
 
D
G
 
G
R
 
N
S
 
S
G
 
G
M
 
L
I
 
S
L
 
L
W
 
T
D
 
Q
D
 
E
T
 
V
I
 
I
R
 
D
L
 
E
G
 
A
I
 
V
E
 
D
W
 
F
R
 
R
K
 
Q
K
 
A
V
 
M
R
 
A
A
 
R
I
 
L
R
 
Y
K
 
K
E
 
E
F
 
F
E
 
T
E
 
A
N
 
D
E
 
G
A
 
S
D
 
-
P
 
-
Q
 
-
R
 
-
R
 
-
W
 
W
F
 
F
F
 
F
D
 
K
P
 
P
F
 
W
V
 
N
P
 
K
D
 
E
L
 
V
V
 
V
E
 
T
G
 
D
P
 
P
D
 
Q
-
 
T
G
 
G
T
 
K
V
 
T
L
 
Y
P
 
D
W
 
F
E
 
A
S
 
D
L
 
A
P
 
P
T
 
T
D
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
T
S
 
T
E
 
V
P
 
Q
R
 
D
Y
 
C
W
 
W
E
 
V
L
 
M
A
 
H
P
 
P
G
 
G
A
 
E
R
 
S
W
 
W
H
 
H
G
 
G
F
 
F
T
 
K
K
 
D
V
 
I
A
 
P
P
 
D
G
 
N
Y
 
W
A
 
S
I
 
M
T
 
L
D
 
D
P
 
P
N
 
I
K
 
K
L
 
V
T
 
S
V
 
I
L
 
L
T
 
A
P
 
P
G
 
G
F
 
M
D
 
G
R
 
-
E
 
E
T
 
D
G
 
G
E
 
E
Y
 
L
A
 
E
E
 
E
H
 
T
G
 
G
V
 
V
P
 
P
A
 
A
P
 
A
I
 
L
V
 
V
A
 
T
Q
 
A
Y
 
W
L
 
L
R
 
G
E
 
R
N
 
H
R
 
G
I
 
I
V
 
V
P
 
P
E
 
T
K
 
R
N
 
T
D
 
T
L
 
D
N
 
F
S
 
Q
L
 
I
L
 
M
F
 
F
L
 
L
L
 
F
T
 
S
P
 
M
G
 
G
V
 
V
E
 
T
S
 
R
S
 
G
K
 
K
A
 
W
G
 
G
T
 
T
L
 
L
I
 
V
S
 
N
G
 
T
L
 
L
V
 
C
A
 
S
F
 
F
K
 
K
R
 
R
L
 
H
H
 
Y
D
 
D
D
 
A
N
 
N
V
 
T
P
 
P
L
 
L
E
 
A
E
 
Q
A
 
V
M
 
M
P
 
P
D
 
E
F
 
L
V
 
V
R
 
E
R
 
Q
R
 
Y
P
 
P
R
 
D
R
 
T
Y
 
Y
Q
 
A
G
 
N
V
 
M
R
 
G
L
 
I
R
 
H
D
 
D
L
 
L
C
 
G
A
 
D
E
 
T
F
 
M
H
 
F
A
 
A
F
 
W
H
 
L
R
 
K
E
 
E
A
 
N
G
 
N
T
 
P
S
 
G
T
 
A
L
 
-
Q
 
-
R
 
R
K
 
L
Q
 
N
F
 
E
A
 
A
P
 
Y
E
 
S
H
 
G
L
 
L
P
 
P
E
 
V
M
 
A
A
 
E
M
 
V
P
 
T
P
 
P
K
 
R
A
 
E
A
 
A
A
 
Y
Q
 
N
M
 
A
L
 
I
T
 
V
R
 
D
N
 
N
Q
 
N
V
 
V
D
 
E
F
 
L
V
 
V
P
 
S
I
 
I
A
 
E
E
 
N
A
 
L
A
 
P
G
 
G
R
 
R
I
 
I
A
 
A
T
 
A
T
 
N
L
 
S
M
 
V
L
 
I
V
 
P
Y
 
Y
P
 
P
P
 
P
G
 
G
I
 
I
G
 
P
T
 
M
V
 
L
L
 
L
P
 
S
G
 
G
E
 
E
R
 
N
L
 
F
D
 
G
E
 
D
R
 
K
A
 
N
K
 
S
P
 
P
M
 
Q
L
 
V
D
 
S
Y
 
Y
F
 
L
T
 
R
M
 
S
F
 
L
E
 
Q
T
 
S
S
 
W
A
 
D
N
 
H
L
 
H
F
 
F
P
 
P
G
 
G
F
 
F
E
 
E
A
 
H
E
 
E
I
 
T
Q
 
E
G
 
G
V
 
T

P28629 Biodegradative arginine decarboxylase; ADC; EC 4.1.1.19 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
33% identity, 94% coverage: 19:760/786 of query aligns to 14:741/755 of P28629

query
sites
P28629
D
 
D
D
 
T
L
 
W
E
 
V
G
 
G
A
 
N
R
 
A
V
 
V
N
 
E
Q
 
R
I
 
L
V
 
A
A
 
D
A
 
A
V
 
L
E
 
S
A
 
Q
R
 
Q
G
 
N
F
 
V
E
 
T
V
 
V
V
 
I
R
 
K
A
 
S
R
 
T
R
 
S
V
 
F
E
 
D
D
 
D
A
 
G
A
 
F
I
 
A
A
 
I
V
 
L
Q
 
S
T
 
S
D
 
N
A
 
E
A
 
A
I
 
I
G
 
D
C
 
C
M
 
L
V
 
M
V
 
F
D
 
S
W
 
Y
G
 
Q
K
 
M
R
 
E
G
 
H
L
 
P
D
 
D
-
 
E
-
 
H
G
 
Q
K
 
N
A
 
V
A
 
R
A
 
Q
L
 
L
I
 
I
D
 
G
M
 
K
M
 
L
R
 
H
Q
 
E
R
 
R
G
 
Q
L
 
Q
E
 
N
M
 
V
P
 
P
I
 
V
V
 
F
I
 
L
M
 
L
V
 
G
-
 
D
R
 
R
R
 
E
K
 
K
R
 
A
L
 
L
E
 
A
D
 
A
I
 
M
P
 
D
V
 
R
E
 
D
L
 
L
L
 
L
D
 
E
F
 
L
I
 
V
D
 
D
G
 
E
Y
 
F
I
 
A
F
 
W
L
 
I
A
 
L
E
 
E
E
 
D
T
 
T
P
 
A
E
 
D
F
 
F
I
 
I
A
 
A
R
 
G
G
 
R
L
 
A
V
 
V
S
 
A
R
 
A
V
 
M
T
 
T
Q
 
R
Y
 
Y
A
 
R
E
 
Q
T
 
Q
L
 
L
K
 
L
T
 
P
P
 
P
F
 
L
F
 
F
G
 
S
A
 
A
L
 
L
V
 
M
D
 
K
Y
 
Y
A
 
S
E
 
D
K
 
I
G
 
H
N
 
E
Q
 
Y
L
 
S
W
 
W
T
 
A
C
 
A
P
 
P
G
 
G
H
 
H
N
 
Q
G
 
G
G
 
G
I
 
V
F
 
G
Y
 
F
N
 
T
R
 
K
S
 
T
P
 
P
I
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
F
F
 
Y
V
 
H
E
 
D
H
 
Y
L
 
Y
G
 
G
E
 
E
A
 
N
I
 
L
F
 
F
R
 
R
D
 
T
D
 
D
L
 
M
D
 
G
N
 
I
S
 
E
V
 
R
L
 
T
D
 
S
L
 
L
G
 
G
D
 
S
L
 
L
L
 
L
T
 
D
H
 
H
E
 
T
G
 
G
P
 
A
A
 
F
L
 
G
K
 
E
A
 
S
Q
 
E
K
 
K
E
 
Y
A
 
A
A
 
A
A
 
R
I
 
V
F
 
F
G
 
G
A
 
A
E
 
D
K
 
R
T
 
S
Y
 
W
F
 
S
V
 
V
L
 
V
N
 
V
G
 
G
T
 
T
S
 
S
A
 
G
S
 
S
N
 
N
K
 
R
I
 
T
V
 
I
L
 
M
S
 
Q
A
 
A
L
 
C
V
 
M
A
 
T
E
 
D
D
 
N
D
 
D
L
 
V
V
 
V
L
 
V
F
 
V
D
 
D
R
 
R
N
 
N
N
 
C
H
 
H
K
 
K
A
 
S
A
 
I
H
 
E
H
 
Q
G
 
G
A
 
-
L
 
L
F
 
M
L
 
L
G
 
T
G
 
G
G
 
A
I
 
K
P
 
P
I
 
V
F
 
Y
L
 
M
E
 
V
T
 
P
D
 
S
R
 
R
N
 
N
A
 
R
H
 
Y
G
 
G
L
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
I
 
I
Y
 
Y
H
 
P
E
 
Q
A
 
E
F
 
M
D
 
Q
E
 
P
A
 
E
A
 
T
I
 
L
R
 
Q
D
 
K
K
 
K
I
 
I
R
 
S
R
 
E
N
 
S
P
 
P
L
 
L
V
 
T
R
 
K
D
 
D
R
 
K
Q
 
A
A
 
G
W
 
-
R
 
-
R
 
-
Q
 
Q
R
 
K
P
 
P
F
 
-
R
 
S
V
 
Y
A
 
C
V
 
V
I
 
V
E
 
T
Q
 
N
C
 
C
T
 
T
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
T
 
V
I
 
C
Y
 
Y
D
 
N
A
 
A
R
 
K
E
 
E
I
 
A
L
 
Q
A
 
D
R
 
L
I
 
L
G
 
E
H
 
K
L
 
T
C
 
S
D
 
D
Y
 
R
I
 
L
L
 
H
F
 
F
D
 
D
E
 
E
A
 
A
W
 
W
A
 
Y
G
 
G
F
 
Y
M
 
A
K
 
R
F
 
F
H
 
N
P
 
P
L
 
I
Y
 
Y
A
 
A
G
 
D
R
 
H
F
 
Y
A
 
A
M
 
M
G
 
R
L
 
G
D
 
E
G
 
P
L
 
G
G
 
D
P
 
H
D
 
N
S
 
G
P
 
P
G
 
T
I
 
V
I
 
F
A
 
A
T
 
T
Q
 
H
S
 
S
T
 
T
H
 
H
K
|
K
Q
 
L
L
 
L
A
 
N
S
 
A
F
 
L
S
 
S
Q
 
Q
A
 
A
S
 
S
Q
 
Y
I
 
I
H
 
H
T
 
V
K
 
R
D
 
E
G
 
G
H
 
-
I
 
-
R
 
R
G
 
G
Q
 
A
S
 
-
R
 
-
R
 
-
V
 
I
E
 
N
H
 
F
R
 
S
R
 
R
L
 
F
N
 
N
E
 
Q
S
 
A
F
 
Y
L
 
M
V
 
M
H
 
H
A
 
A
S
 
T
T
 
T
S
 
S
P
 
P
F
 
L
Y
 
Y
P
 
A
L
 
I
F
 
C
A
 
A
S
 
S
L
 
N
D
 
D
V
 
V
G
 
A
A
 
V
Q
 
S
M
 
M
M
 
M
K
 
D
G
 
G
R
 
N
S
 
S
G
 
G
M
 
L
I
 
S
L
 
L
W
 
T
D
 
Q
D
 
E
T
 
V
I
 
I
R
 
D
L
 
E
G
 
A
I
 
V
E
 
D
W
 
F
R
 
R
K
 
Q
K
 
A
V
 
M
R
 
A
A
 
R
I
 
L
R
 
Y
K
 
K
E
 
E
F
 
F
E
 
T
E
 
A
N
 
D
E
 
G
A
 
S
D
 
-
P
 
-
Q
 
-
R
 
-
R
 
-
W
 
W
F
 
F
F
 
F
D
 
K
P
 
P
F
 
W
V
 
N
P
 
K
D
 
E
L
 
V
V
 
V
E
 
T
G
 
D
P
 
P
D
 
Q
-
 
T
G
 
G
T
 
K
V
 
T
L
 
Y
P
 
D
W
 
F
E
 
A
S
 
D
L
 
A
P
 
P
T
 
T
D
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
T
S
 
T
E
 
V
P
 
Q
R
 
D
Y
 
C
W
 
W
E
 
V
L
 
M
A
 
H
P
 
P
G
 
G
A
 
E
R
 
S
W
 
W
H
 
H
G
 
G
F
 
F
T
 
K
K
 
D
V
 
I
A
 
P
P
 
D
G
 
N
Y
 
W
A
 
S
I
 
M
T
 
L
D
 
D
P
 
P
N
 
I
K
 
K
L
 
V
T
 
S
V
 
I
L
 
L
T
 
A
P
 
P
G
 
G
F
 
M
D
 
G
R
 
-
E
 
E
T
 
D
G
 
G
E
 
E
Y
 
L
A
 
E
E
 
E
H
 
T
G
 
G
V
 
V
P
 
P
A
 
A
P
 
A
I
 
L
V
 
V
A
 
T
Q
 
A
Y
 
W
L
 
L
R
 
G
E
 
R
N
 
H
R
 
G
I
 
I
V
 
V
P
 
P
E
 
T
K
 
R
N
 
T
D
 
T
L
 
D
N
 
F
S
 
Q
L
 
I
L
 
M
F
 
F
L
 
L
L
 
F
T
 
S
P
 
M
G
 
G
V
 
V
E
 
T
S
 
R
S
 
G
K
 
K
A
 
W
G
 
G
T
 
T
L
 
L
I
 
V
S
 
N
G
 
T
L
 
L
V
 
C
A
 
S
F
 
F
K
 
K
R
 
R
L
 
H
H
 
Y
D
 
D
D
 
A
N
 
N
V
 
T
P
 
P
L
 
L
E
 
A
E
 
Q
A
 
V
M
 
M
P
 
P
D
 
E
F
 
L
V
 
V
R
 
E
R
 
Q
R
 
Y
P
 
P
R
 
D
R
 
T
Y
 
Y
Q
 
A
G
 
N
V
 
M
R
 
G
L
 
I
R
 
H
D
 
D
L
 
L
C
 
G
A
 
D
E
 
T
F
 
M
H
 
F
A
 
A
F
 
W
H
 
L
R
 
K
E
 
E
A
 
N
G
 
N
T
 
P
S
 
G
T
 
A
L
 
-
Q
 
-
R
 
R
K
 
L
Q
 
N
F
 
E
A
 
A
P
 
Y
E
 
S
H
 
G
L
 
L
P
 
P
E
 
V
M
 
A
A
 
E
M
 
V
P
 
T
P
 
P
K
 
R
A
 
E
A
 
A
A
 
Y
Q
 
N
M
 
A
L
 
I
T
 
V
R
 
D
N
 
N
Q
 
N
V
 
V
D
 
E
F
 
L
V
 
V
P
 
S
I
 
I
A
 
E
E
 
N
A
 
L
A
 
P
G
 
G
R
 
R
I
 
I
A
 
A
T
 
A
T
 
N
L
 
S
M
 
V
L
 
I
V
 
P
Y
 
Y
P
 
P
P
 
P
G
 
G
I
 
I
G
 
P
T
 
M
V
 
L
L
 
L
P
 
S
G
 
G
E
 
E
R
 
N
L
 
F
D
 
G
E
 
D
R
 
K
A
 
N
K
 
S
P
 
P
M
 
Q
L
 
V
D
 
S
Y
 
Y
F
 
L
T
 
R
M
 
S
F
 
L
E
 
Q
T
 
S
S
 
W
A
 
D
N
 
H
L
 
H
F
 
F
P
 
P
G
 
G
F
 
F
E
 
E
A
 
H
E
 
E
I
 
T
Q
 
E
G
 
G
V
 
T

5xx1G Crystal structure of arginine decarboxylase (adia) from salmonella typhimurium (see paper)
33% identity, 94% coverage: 19:760/786 of query aligns to 15:721/735 of 5xx1G

query
sites
5xx1G
D
 
D
D
 
T
L
 
W
E
 
V
G
 
G
A
 
N
R
 
A
V
 
V
N
 
E
Q
 
R
I
 
L
V
 
A
A
 
D
A
 
A
V
 
L
E
 
S
A
 
Q
R
 
Q
G
 
N
F
 
V
E
 
T
V
 
V
V
 
I
R
 
K
A
 
S
R
 
T
R
 
S
V
 
F
E
 
D
D
 
D
A
 
G
A
 
Y
I
 
A
A
 
I
V
 
L
Q
 
S
T
 
A
D
 
N
A
 
E
A
 
A
I
 
I
G
 
D
C
 
C
M
 
L
V
 
M
V
 
F
D
 
S
W
 
Y
G
 
Q
K
 
M
R
 
E
G
 
Q
L
 
P
D
 
D
G
 
E
K
 
H
A
 
L
A
 
S
A
 
V
-
 
R
-
 
Q
L
 
L
I
 
I
D
 
G
M
 
K
M
 
L
R
 
H
Q
 
E
R
 
R
G
 
Q
L
 
Q
E
 
N
M
 
V
P
 
P
I
 
V
V
 
F
I
 
L
M
 
L
V
 
G
-
 
D
R
 
R
R
 
E
K
 
K
R
 
A
L
 
T
E
 
A
D
 
S
I
 
L
P
 
D
V
 
R
E
 
D
L
 
L
L
 
L
D
 
E
F
 
L
I
 
V
D
 
D
G
 
E
Y
 
F
I
 
A
F
 
W
L
 
I
A
 
L
E
 
E
E
 
D
T
 
T
P
 
A
E
 
D
F
 
F
I
 
I
A
 
A
R
 
G
G
 
R
L
 
A
V
 
V
S
 
A
R
 
A
V
 
M
T
 
T
Q
 
R
Y
 
Y
A
 
R
E
 
Q
T
 
Q
L
 
L
K
 
L
T
 
P
P
 
P
F
 
L
F
 
F
G
 
N
A
 
A
L
 
L
V
 
M
D
 
-
Y
 
-
A
 
-
E
 
-
K
 
-
G
 
-
N
 
-
Q
 
-
L
 
-
W
 
-
T
 
-
C
 
-
P
 
-
G
 
-
H
 
K
N
 
Q
G
 
G
G
 
G
I
 
V
F
 
G
Y
 
F
N
 
T
R
 
K
S
 
T
P
 
P
I
 
S
G
 
G
R
 
R
I
 
F
F
 
Y
V
 
H
E
 
D
H
 
Y
L
 
Y
G
 
G
E
 
E
A
 
N
I
 
L
F
 
F
R
 
R
D
 
S
D
 
D
L
 
M
D
 
T
N
 
T
S
 
-
V
 
-
L
 
-
D
 
-
L
 
L
G
 
G
D
 
S
L
 
L
L
 
L
T
 
D
H
 
H
E
 
T
G
 
G
P
 
A
A
 
F
L
 
G
K
 
E
A
 
S
Q
 
E
K
 
K
E
 
N
A
 
A
A
 
A
A
 
R
I
 
V
F
 
F
G
 
G
A
 
A
E
 
D
K
 
R
T
 
S
Y
 
W
F
 
S
V
 
V
L
 
V
N
 
V
G
|
G
T
|
T
S
|
S
A
 
G
S
 
S
N
 
N
K
 
R
I
 
T
V
 
I
L
 
M
S
 
Q
A
 
A
L
 
C
V
 
M
A
 
T
E
 
D
D
 
N
D
 
D
L
 
V
V
 
V
L
 
V
F
 
L
D
 
D
R
 
R
N
 
N
N
 
C
H
 
H
K
 
K
A
 
S
A
 
I
H
 
E
H
 
Q
G
 
G
A
 
-
L
 
L
F
 
I
L
 
L
G
 
T
G
 
G
G
 
A
I
 
K
P
 
P
I
 
V
F
 
Y
L
 
M
E
 
V
T
 
P
D
 
S
R
 
R
N
 
N
A
 
R
H
 
Y
G
 
G
L
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
I
 
I
Y
 
Y
H
 
P
E
 
Q
A
 
E
F
 
M
D
 
Q
E
 
P
A
 
E
A
 
T
I
 
L
R
 
Q
D
 
K
K
 
K
I
 
I
R
 
S
R
 
A
N
 
S
P
 
P
L
 
L
V
 
T
R
 
K
D
 
T
R
 
K
Q
 
A
A
 
G
W
 
-
R
 
-
R
 
-
Q
 
Q
R
 
K
P
 
P
F
 
S
R
 
Y
V
 
S
A
 
V
V
 
V
I
 
T
E
 
-
Q
 
-
C
 
C
T
 
T
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
T
 
V
I
 
C
Y
 
Y
D
 
N
A
 
A
R
 
K
E
 
E
I
 
A
L
 
Q
A
 
D
R
 
L
I
 
L
G
 
A
H
 
K
L
 
T
C
 
S
D
 
D
Y
 
R
I
 
I
L
 
H
F
 
F
D
 
D
E
 
E
A
 
A
W
 
W
A
 
Y
G
 
G
F
 
Y
M
 
A
K
 
R
F
 
F
H
 
N
P
 
P
L
 
I
Y
 
Y
A
 
C
G
 
D
R
 
H
F
 
Y
A
 
A
M
 
M
G
 
-
L
 
-
D
 
R
G
 
G
L
 
E
G
 
P
P
 
G
D
 
D
S
 
G
P
 
P
G
 
T
I
 
V
I
 
F
A
 
A
T
 
T
Q
 
H
S
 
S
T
 
T
H
|
H
K
 
K
Q
 
L
L
 
L
A
 
N
S
 
A
F
 
L
S
 
S
Q
 
Q
A
 
A
S
 
S
Q
 
Y
I
 
I
H
 
H
T
 
V
K
 
R
D
 
E
G
 
G
H
 
-
I
 
-
R
 
R
G
 
G
Q
 
A
S
 
-
R
 
-
R
 
-
V
 
V
E
 
N
H
 
F
R
 
S
R
 
R
L
 
F
N
 
N
E
 
Q
S
 
A
F
 
Y
L
 
M
V
 
M
H
 
H
A
 
A
S
 
T
T
 
T
S
 
S
P
 
P
F
 
L
Y
 
Y
P
 
A
L
 
I
F
 
C
A
 
A
S
 
S
L
 
N
D
 
D
V
 
V
G
 
A
A
 
V
Q
 
S
M
 
M
M
 
M
K
 
D
G
 
G
R
 
N
S
 
S
G
 
G
M
 
L
I
 
S
L
 
L
W
 
T
D
 
Q
D
 
E
T
 
V
I
 
I
R
 
D
L
 
E
G
 
A
I
 
V
E
 
D
W
 
F
R
 
R
K
 
Q
K
 
A
V
 
M
R
 
A
A
 
R
I
 
L
R
 
Y
K
 
K
E
 
E
F
 
F
E
 
T
E
 
D
N
 
-
E
 
E
A
 
G
D
 
D
P
 
-
Q
 
-
R
 
-
R
 
-
W
 
W
F
 
F
F
 
F
D
 
K
P
 
P
F
 
W
V
 
N
P
 
K
D
 
D
L
 
V
V
 
V
E
 
T
G
 
D
P
 
P
D
 
Q
-
 
T
G
 
G
T
 
K
V
 
T
L
 
Y
P
 
D
W
 
F
E
 
A
S
 
D
L
 
A
P
 
P
T
 
A
D
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
A
S
 
T
E
 
D
P
 
Q
R
 
N
Y
 
C
W
 
W
E
 
V
L
 
M
A
 
R
P
 
P
G
 
G
A
 
E
R
 
T
W
 
W
H
 
H
G
 
G
F
 
F
T
 
K
K
 
D
V
 
L
A
 
P
P
 
D
G
 
N
Y
 
W
A
 
S
I
 
M
T
 
L
D
 
D
P
 
P
N
 
I
K
 
K
L
 
V
T
 
S
V
 
I
L
 
L
T
 
A
P
 
P
G
 
G
F
 
M
D
 
G
R
 
-
E
 
D
T
 
D
G
 
G
E
 
E
Y
 
L
A
 
E
E
 
A
H
 
S
G
 
G
V
 
V
P
 
P
A
 
A
P
 
A
I
 
L
V
 
V
A
 
T
Q
 
A
Y
 
W
L
 
L
R
 
G
E
 
R
N
 
H
R
 
G
I
 
I
V
 
V
P
 
P
E
 
T
K
 
R
N
 
T
D
 
T
L
 
D
N
 
F
S
 
Q
L
 
I
L
 
M
F
 
F
L
 
L
L
 
F
T
 
S
P
 
M
G
 
G
V
 
V
E
 
T
S
 
R
S
 
G
K
 
K
A
 
W
G
 
G
T
 
T
L
 
L
I
 
I
S
 
N
G
 
T
L
 
L
V
 
C
A
 
S
F
 
F
K
 
K
R
 
H
L
 
H
H
 
Y
D
 
D
D
 
A
N
 
N
V
 
T
P
 
P
L
 
L
E
 
A
E
 
Q
A
 
V
M
 
M
P
 
P
D
 
E
F
 
L
V
 
V
R
 
Q
R
 
D
R
 
Y
P
 
P
R
 
D
R
 
T
Y
 
Y
Q
 
A
G
 
N
V
 
M
R
 
G
L
 
I
R
 
H
D
 
D
L
 
L
C
 
G
A
 
D
E
 
K
F
 
M
H
 
F
A
 
A
F
 
W
H
 
L
R
 
R
E
 
E
A
 
N
G
 
N
T
 
P
S
 
G
T
 
A
L
 
-
Q
 
-
R
 
R
K
 
L
Q
 
N
F
 
A
A
 
A
P
 
Y
E
 
S
H
 
T
L
 
L
P
 
P
E
 
V
M
 
A
A
 
E
M
 
I
P
 
T
P
 
P
K
 
R
A
 
D
A
 
A
A
 
Y
Q
 
N
M
 
A
L
 
I
T
 
V
R
 
N
N
 
N
Q
 
N
V
 
I
D
 
E
F
 
M
V
 
V
P
 
A
I
 
I
A
 
E
E
 
N
A
 
L
A
 
P
G
 
G
R
 
R
I
 
I
A
 
A
T
 
A
T
 
N
L
 
S
M
 
V
L
 
I
V
 
P
Y
 
Y
P
 
P
P
 
P
G
 
G
I
 
I
G
 
P
T
 
M
V
 
L
L
 
L
P
 
S
G
 
G
E
 
E
R
 
N
L
 
F
D
 
G
E
 
D
R
 
E
A
 
N
K
 
S
P
 
P
M
 
Q
L
 
V
D
 
G
Y
 
Y
F
 
L
T
 
R
M
 
S
F
 
L
E
 
Q
T
 
S
S
 
W
A
 
D
N
 
H
L
 
H
F
 
F
P
 
P
G
 
G
F
 
F
E
 
E
A
 
H
E
 
E
I
 
T
Q
 
E
G
 
G
V
 
T

6q7lA Inducible lysine decarboxylase (see paper)
32% identity, 96% coverage: 26:779/786 of query aligns to 19:711/711 of 6q7lA

query
sites
6q7lA
V
 
I
N
 
R
Q
 
E
I
 
L
V
 
H
A
 
R
A
 
A
V
 
L
E
 
E
A
 
R
R
 
L
G
 
N
F
 
F
E
 
Q
V
 
I
V
 
V
R
 
Y
A
 
P
R
 
N
R
 
D
V
 
R
E
 
D
D
 
D
A
 
L
A
 
L
I
 
K
A
 
L
V
 
I
Q
 
E
T
 
N
D
 
N
A
 
A
A
 
R
I
 
L
G
 
C
C
 
G
M
 
V
V
 
I
V
 
F
D
 
D
W
 
W
G
 
D
K
 
K
R
 
Y
G
 
N
L
 
L
D
 
E
G
 
-
K
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
L
I
 
C
D
 
E
M
 
E
M
 
I
R
 
S
Q
 
K
R
 
M
G
 
N
L
 
E
E
 
N
M
 
L
P
 
P
I
 
L
V
 
Y
I
 
A
M
 
F
V
 
A
R
 
N
R
 
T
K
 
Y
R
 
S
L
 
T
E
 
L
D
 
D
I
 
V
P
 
S
V
 
L
E
 
N
L
 
D
L
 
L
D
 
R
F
 
L
I
 
Q
D
 
I
G
 
S
Y
 
F
I
 
F
F
 
E
L
 
Y
A
 
A
E
 
L
E
 
G
T
 
A
P
 
A
E
 
E
F
 
D
I
 
I
A
 
A
R
 
N
G
 
K
L
 
I
V
 
K
S
 
Q
R
 
T
V
 
T
T
 
D
Q
 
E
Y
 
Y
A
 
I
E
 
N
T
 
T
L
 
I
K
 
L
T
 
P
P
 
P
F
 
L
F
 
T
G
 
K
A
 
A
L
 
L
V
 
F
D
 
K
Y
 
Y
A
 
V
E
 
R
K
 
E
G
 
G
N
 
K
Q
 
Y
L
 
T
W
 
F
T
 
C
C
 
T
P
 
P
G
 
G
H
 
H
N
 
M
G
 
G
G
 
G
I
 
T
F
 
A
Y
 
F
N
 
Q
R
 
K
S
 
S
P
 
P
I
 
V
G
 
G
R
 
S
I
 
L
F
 
F
V
 
Y
E
 
D
H
 
F
L
 
F
G
 
G
E
 
P
A
 
N
I
 
T
F
 
M
R
 
K
D
 
S
D
 
D
L
 
I
D
 
S
N
 
I
S
 
S
V
 
V
L
 
S
D
 
E
L
 
L
G
 
G
D
 
S
L
 
L
L
 
L
T
 
D
H
 
H
E
 
S
G
 
G
P
 
P
A
 
H
L
 
K
K
 
E
A
 
A
Q
 
E
K
 
Q
E
 
Y
A
 
I
A
 
A
A
 
R
I
 
V
F
 
F
G
 
N
A
 
A
E
 
D
K
 
R
T
 
S
Y
 
Y
F
 
M
V
 
V
L
 
T
N
 
N
G
|
G
T
|
T
S
|
S
A
 
T
S
 
A
N
 
N
K
 
K
I
 
I
V
 
V
L
 
G
S
 
M
A
 
Y
L
 
S
V
 
A
A
 
P
E
 
A
D
 
G
D
 
S
L
 
T
V
 
I
L
 
L
F
 
I
D
 
D
R
 
R
N
 
N
N
 
C
H
|
H
K
 
K
A
 
S
A
 
L
H
 
T
H
 
H
G
 
-
A
 
L
L
 
M
F
 
M
L
 
M
G
 
S
G
 
D
G
 
V
I
 
T
P
 
P
I
 
I
F
 
Y
L
 
F
E
 
R
T
 
P
D
 
T
R
 
R
N
 
N
A
 
A
H
 
Y
G
 
G
L
 
I
I
 
L
G
 
G
P
 
G
I
 
I
Y
 
P
H
 
Q
E
 
S
A
 
E
F
 
F
D
 
Q
E
 
H
A
 
A
A
 
T
I
 
I
R
 
A
D
 
K
K
 
R
I
 
V
R
 
K
R
 
E
N
 
T
P
 
P
L
 
-
V
 
-
R
 
-
D
 
-
R
 
N
Q
 
A
A
 
T
W
 
W
R
 
P
R
 
V
Q
 
H
R
 
-
P
 
-
F
 
-
R
 
-
V
 
-
A
 
A
V
 
V
I
 
I
E
 
T
Q
 
N
C
 
S
T
 
T
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
T
 
L
I
 
L
Y
 
Y
D
 
N
A
 
T
R
 
D
E
 
F
I
 
I
L
 
K
A
 
K
R
 
T
I
 
L
G
 
D
H
 
-
L
 
-
C
 
V
D
 
K
Y
 
S
I
 
I
L
 
H
F
 
F
D
|
D
E
 
S
A
|
A
W
|
W
A
 
V
G
 
P
F
 
Y
M
 
T
K
 
N
F
 
F
H
 
S
P
 
P
L
 
I
Y
 
Y
A
 
E
G
 
G
R
 
K
F
 
-
A
 
-
M
 
C
G
 
G
L
 
M
D
 
S
G
 
G
L
 
G
G
 
R
P
 
V
D
 
E
S
 
G
P
 
K
G
 
V
I
 
I
I
 
Y
A
 
E
T
 
T
Q
 
Q
S
 
S
T
 
T
H
|
H
K
|
K
Q
 
L
L
 
L
A
 
A
S
 
A
F
 
F
S
 
S
Q
 
Q
A
 
A
S
 
S
Q
 
M
I
 
I
H
 
H
T
 
V
K
 
K
D
 
G
G
 
D
H
 
-
I
 
-
R
 
-
G
 
-
Q
 
-
S
 
-
R
 
-
R
 
-
V
 
V
E
 
N
H
 
E
R
 
E
R
 
T
L
 
F
N
 
N
E
 
E
S
 
A
F
 
Y
L
 
M
V
 
M
H
 
H
A
 
T
S
x
T
T
 
T
S
|
S
P
 
P
F
 
H
Y
 
Y
P
 
G
L
 
I
F
 
V
A
 
A
S
 
S
L
 
T
D
 
E
V
 
T
G
 
A
A
 
A
Q
 
A
M
 
M
M
 
M
K
 
K
G
 
G
R
 
N
S
 
A
G
 
G
M
 
K
I
 
R
L
 
L
W
 
I
D
 
N
D
 
G
T
 
S
I
 
I
R
 
E
L
 
R
G
 
A
I
 
I
E
 
K
W
 
F
R
 
R
K
 
K
K
 
E
V
 
I
R
 
K
A
 
R
I
 
L
R
 
R
K
 
T
E
 
E
F
 
S
E
 
D
E
 
-
N
 
-
E
 
-
A
 
-
D
 
-
P
 
-
Q
 
-
R
 
-
R
 
G
W
 
W
F
 
F
F
 
F
D
 
D
P
 
V
F
 
W
V
 
Q
P
 
P
D
 
D
L
 
H
V
 
I
E
 
D
G
 
T
P
 
T
D
 
E
G
 
C
T
 
-
V
 
-
L
 
-
P
 
-
W
 
-
E
 
-
S
 
-
L
 
-
P
 
-
T
 
-
D
 
-
L
 
-
L
 
-
A
 
-
S
 
-
E
 
-
P
 
-
R
 
-
Y
 
-
W
 
W
E
 
P
L
 
L
A
 
R
P
 
S
G
 
D
A
 
S
R
 
T
W
 
W
H
 
H
G
 
G
F
 
F
T
 
K
K
 
N
V
 
I
A
 
D
P
 
N
G
 
E
Y
 
H
A
 
M
I
 
Y
T
 
L
D
 
D
P
 
P
N
 
I
K
 
K
L
 
V
T
 
T
V
 
L
L
 
L
T
 
T
P
 
P
G
 
G
F
 
M
D
 
E
R
 
K
E
 
D
T
 
-
G
 
G
E
 
T
Y
 
M
A
 
S
E
 
D
H
 
F
G
 
G
V
 
I
P
 
P
A
 
A
P
 
S
I
 
I
V
 
V
A
 
A
Q
 
K
Y
 
Y
L
 
L
R
 
D
E
 
E
N
 
H
R
 
G
I
 
I
V
 
V
P
 
V
E
 
E
K
 
K
N
 
T
D
 
G
L
 
P
N
 
Y
S
 
N
L
 
L
L
 
L
F
 
F
L
 
L
L
 
F
T
 
S
P
 
I
G
 
G
V
 
I
E
 
D
S
 
K
S
 
T
K
 
K
A
 
A
G
 
L
T
 
S
L
 
L
I
 
L
S
 
R
G
 
A
L
 
L
V
 
T
A
 
D
F
 
F
K
 
K
R
 
R
L
 
A
H
 
F
D
 
D
D
 
L
N
 
N
V
 
L
P
 
R
L
 
V
E
 
K
E
 
N
A
 
M
M
 
L
P
 
P
D
 
S
F
 
L
V
 
Y
R
 
R
R
 
E
R
 
D
P
 
P
R
 
E
R
 
F
Y
 
Y
Q
 
E
G
 
N
V
 
M
R
 
R
L
 
I
R
 
Q
D
 
E
L
 
L
C
 
A
A
 
Q
E
 
N
F
 
I
H
 
H
A
 
K
F
 
L
H
 
I
R
 
V
E
 
H
A
 
H
G
 
N
T
 
L
S
 
P
T
 
D
L
 
L
Q
 
M
R
 
Y
K
 
R
Q
 
A
F
 
F
A
 
-
P
 
-
E
 
E
H
 
V
L
 
L
P
 
P
E
 
T
M
 
M
A
 
V
M
 
M
P
 
T
P
 
P
K
 
Y
A
 
A
A
 
A
A
 
F
Q
 
Q
M
 
K
L
 
E
T
 
L
R
 
H
N
 
G
Q
 
M
V
 
T
D
 
E
F
 
E
V
 
V
P
 
Y
I
 
L
A
 
D
E
 
E
A
 
M
A
 
V
G
 
G
R
 
R
I
 
I
A
 
N
T
 
A
T
 
N
L
 
M
M
 
I
L
 
L
V
 
P
Y
 
Y
P
 
P
P
 
P
G
 
G
I
 
V
G
 
P
T
 
L
V
 
V
L
 
M
P
 
P
G
 
G
E
 
E
R
 
M
L
 
I
D
 
T
E
 
E
R
 
E
A
 
S
K
 
R
P
 
P
M
 
V
L
 
L
D
 
E
Y
 
F
F
 
L
T
 
Q
M
 
M
F
 
L
E
 
C
T
 
E
S
 
I
A
 
G
N
 
A
L
 
H
F
 
Y
P
 
P
G
 
G
F
 
F
E
 
E
A
 
T
E
 
D
I
 
I
Q
 
H
G
 
G
V
 
A
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
Q
V
 
A
E
 
-
P
 
-
D
 
D
G
 
G
R
 
-
I
 
-
R
 
R
F
 
Y
Y
 
T
T
 
V
Y
 
K
V
 
V
L
 
L
R
 
K
E
 
E

3n75A X-ray crystal structure of the escherichia coli inducible lysine decarboxylase ldci (see paper)
32% identity, 96% coverage: 26:779/786 of query aligns to 19:711/711 of 3n75A

query
sites
3n75A
V
 
I
N
 
R
Q
 
E
I
 
L
V
 
H
A
 
R
A
 
A
V
 
L
E
 
E
A
 
R
R
 
L
G
 
N
F
 
F
E
 
Q
V
 
I
V
 
V
R
 
Y
A
 
P
R
 
N
R
 
D
V
 
R
E
 
D
D
 
D
A
 
L
A
 
L
I
 
K
A
 
L
V
 
I
Q
 
E
T
 
N
D
 
N
A
 
A
A
 
R
I
 
L
G
 
C
C
 
G
M
 
V
V
 
I
V
 
F
D
 
D
W
 
W
G
 
D
K
 
K
R
 
Y
G
 
N
L
 
L
D
 
E
G
 
-
K
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
L
I
 
C
D
 
E
M
 
E
M
 
I
R
 
S
Q
 
K
R
 
M
G
 
N
L
 
E
E
 
N
M
 
L
P
 
P
I
 
L
V
 
Y
I
 
A
M
 
F
V
 
A
R
 
N
R
 
T
K
 
Y
R
 
S
L
 
T
E
 
L
D
 
D
I
 
V
P
 
S
V
 
L
E
 
N
L
 
D
L
 
L
D
x
R
F
 
L
I
 
Q
D
 
I
G
 
S
Y
 
F
I
 
F
F
 
E
L
 
Y
A
 
A
E
 
L
E
 
G
T
 
A
P
 
A
E
 
E
F
 
D
I
 
I
A
 
A
R
 
N
G
 
K
L
 
I
V
 
K
S
 
Q
R
 
T
V
 
T
T
 
D
Q
 
E
Y
 
Y
A
 
I
E
 
N
T
 
T
L
 
I
K
 
L
T
 
P
P
 
P
F
 
L
F
 
T
G
 
K
A
 
A
L
 
L
V
 
F
D
 
K
Y
 
Y
A
 
V
E
 
R
K
 
E
G
 
G
N
 
K
Q
 
Y
L
 
T
W
 
F
T
 
C
C
 
T
P
 
P
G
 
G
H
 
H
N
 
M
G
 
G
G
 
G
I
 
T
F
 
A
Y
 
F
N
 
Q
R
 
K
S
 
S
P
 
P
I
 
V
G
 
G
R
 
S
I
 
L
F
 
F
V
 
Y
E
 
D
H
 
F
L
 
F
G
 
G
E
 
P
A
 
N
I
 
T
F
 
M
R
 
K
D
 
S
D
 
D
L
 
I
D
 
S
N
 
I
S
 
S
V
 
V
L
 
S
D
 
E
L
 
L
G
 
G
D
 
S
L
 
L
L
 
L
T
 
D
H
 
H
E
 
S
G
 
G
P
 
P
A
 
H
L
 
K
K
 
E
A
 
A
Q
 
E
K
 
Q
E
 
Y
A
 
I
A
 
A
A
x
R
I
 
V
F
 
F
G
 
N
A
 
A
E
 
D
K
 
R
T
 
S
Y
 
Y
F
 
M
V
 
V
L
 
T
N
 
N
G
 
G
T
 
T
S
 
S
A
 
T
S
 
A
N
 
N
K
 
K
I
 
I
V
 
V
L
 
G
S
 
M
A
 
Y
L
 
S
V
 
A
A
 
P
E
 
A
D
 
G
D
 
S
L
 
T
V
 
I
L
 
L
F
 
I
D
 
D
R
 
R
N
 
N
N
 
C
H
|
H
K
 
K
A
 
S
A
 
L
H
 
T
H
 
H
G
 
-
A
 
L
L
 
M
F
 
M
L
 
M
G
 
S
G
 
D
G
 
V
I
 
T
P
 
P
I
 
I
F
 
Y
L
 
F
E
 
R
T
 
P
D
 
T
R
 
R
N
 
N
A
 
A
H
 
Y
G
 
G
L
 
I
I
 
L
G
 
G
P
 
G
I
 
I
Y
 
P
H
 
Q
E
 
S
A
 
E
F
 
F
D
 
Q
E
 
H
A
 
A
A
 
T
I
 
I
R
 
A
D
 
K
K
 
R
I
 
V
R
 
K
R
 
E
N
 
T
P
 
P
L
 
-
V
 
-
R
 
-
D
 
-
R
 
N
Q
 
A
A
 
T
W
 
W
R
 
P
R
 
V
Q
 
H
R
 
-
P
 
-
F
 
-
R
 
-
V
 
-
A
 
A
V
 
V
I
 
I
E
 
T
Q
 
N
C
 
S
T
 
T
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
T
 
L
I
 
L
Y
 
Y
D
 
N
A
 
T
R
 
D
E
 
F
I
 
I
L
 
K
A
 
K
R
 
T
I
 
L
G
 
D
H
 
-
L
 
-
C
 
V
D
 
K
Y
 
S
I
 
I
L
 
H
F
 
F
D
|
D
E
 
S
A
 
A
W
 
W
A
 
V
G
 
P
F
 
Y
M
 
T
K
 
N
F
 
F
H
 
S
P
 
P
L
 
I
Y
 
Y
A
 
E
G
 
G
R
 
K
F
 
-
A
 
-
M
 
C
G
 
G
L
 
M
D
 
S
G
 
G
L
 
G
G
 
R
P
 
V
D
 
E
S
 
G
P
 
K
G
 
V
I
 
I
I
 
Y
A
 
E
T
 
T
Q
 
Q
S
 
S
T
 
T
H
 
H
K
|
K
Q
 
L
L
 
L
A
 
A
S
 
A
F
 
F
S
 
S
Q
 
Q
A
 
A
S
 
S
Q
 
M
I
 
I
H
 
H
T
 
V
K
 
K
D
 
G
G
 
D
H
 
-
I
 
-
R
 
-
G
 
-
Q
 
-
S
 
-
R
 
-
R
 
-
V
 
V
E
 
N
H
 
E
R
 
E
R
 
T
L
 
F
N
 
N
E
 
E
S
 
A
F
 
Y
L
 
M
V
 
M
H
 
H
A
 
T
S
 
T
T
 
T
S
 
S
P
 
P
F
 
H
Y
 
Y
P
 
G
L
 
I
F
 
V
A
 
A
S
 
S
L
 
T
D
 
E
V
 
T
G
 
A
A
 
A
Q
 
A
M
 
M
M
 
M
K
|
K
G
|
G
R
 
N
S
 
A
G
 
G
M
 
K
I
 
R
L
 
L
W
 
I
D
 
N
D
 
G
T
 
S
I
 
I
R
 
E
L
 
R
G
 
A
I
 
I
E
 
K
W
 
F
R
 
R
K
 
K
K
 
E
V
 
I
R
 
K
A
 
R
I
 
L
R
 
R
K
 
T
E
 
E
F
 
S
E
 
D
E
 
-
N
 
-
E
 
-
A
 
-
D
 
-
P
 
-
Q
 
-
R
 
-
R
 
G
W
 
W
F
 
F
F
 
F
D
 
D
P
 
V
F
 
W
V
 
Q
P
 
P
D
 
D
L
 
H
V
 
I
E
 
D
G
 
T
P
 
T
D
 
E
G
 
C
T
 
-
V
 
-
L
 
-
P
 
-
W
 
-
E
 
-
S
 
-
L
 
-
P
 
-
T
 
-
D
 
-
L
 
-
L
 
-
A
 
-
S
 
-
E
 
-
P
 
-
R
 
-
Y
 
-
W
 
W
E
 
P
L
 
L
A
 
R
P
 
S
G
 
D
A
 
S
R
 
T
W
 
W
H
 
H
G
 
G
F
 
F
T
 
K
K
 
N
V
 
I
A
 
D
P
 
N
G
 
E
Y
 
H
A
 
M
I
 
Y
T
 
L
D
 
D
P
 
P
N
 
I
K
 
K
L
 
V
T
 
T
V
 
L
L
 
L
T
 
T
P
 
P
G
 
G
F
 
M
D
 
E
R
 
K
E
 
D
T
 
-
G
 
G
E
 
T
Y
 
M
A
 
S
E
 
D
H
 
F
G
 
G
V
 
I
P
 
P
A
 
A
P
 
S
I
 
I
V
 
V
A
 
A
Q
 
K
Y
 
Y
L
 
L
R
 
D
E
 
E
N
 
H
R
 
G
I
 
I
V
 
V
P
 
V
E
 
E
K
 
K
N
 
T
D
 
G
L
 
P
N
 
Y
S
 
N
L
 
L
L
 
L
F
 
F
L
 
L
L
 
F
T
 
S
P
 
I
G
 
G
V
 
I
E
 
D
S
 
K
S
 
T
K
 
K
A
 
A
G
 
L
T
 
S
L
 
L
I
 
L
S
 
R
G
 
A
L
 
L
V
 
T
A
 
D
F
 
F
K
 
K
R
|
R
L
 
A
H
 
F
D
 
D
D
 
L
N
 
N
V
x
L
P
x
R
L
 
V
E
 
K
E
x
N
A
 
M
M
 
L
P
 
P
D
 
S
F
 
L
V
 
Y
R
 
R
R
 
E
R
 
D
P
 
P
R
 
E
R
 
F
Y
 
Y
Q
 
E
G
 
N
V
 
M
R
|
R
L
 
I
R
 
Q
D
 
E
L
 
L
C
 
A
A
 
Q
E
 
N
F
 
I
H
 
H
A
 
K
F
 
L
H
 
I
R
 
V
E
 
H
A
 
H
G
 
N
T
 
L
S
 
P
T
 
D
L
 
L
Q
 
M
R
 
Y
K
 
R
Q
 
A
F
 
F
A
 
-
P
 
-
E
 
E
H
 
V
L
 
L
P
 
P
E
 
T
M
 
M
A
 
V
M
 
M
P
 
T
P
 
P
K
 
Y
A
 
A
A
 
A
A
 
F
Q
 
Q
M
 
K
L
 
E
T
 
L
R
 
H
N
 
G
Q
 
M
V
 
T
D
 
E
F
 
E
V
 
V
P
 
Y
I
 
L
A
 
D
E
 
E
A
 
M
A
 
V
G
 
G
R
 
R
I
 
I
A
 
N
T
 
A
T
 
N
L
 
M
M
 
I
L
 
L
V
 
P
Y
 
Y
P
 
P
P
 
P
G
 
G
I
 
V
G
 
P
T
 
L
V
 
V
L
 
M
P
 
P
G
 
G
E
 
E
R
 
M
L
 
I
D
 
T
E
 
E
R
 
E
A
 
S
K
 
R
P
 
P
M
 
V
L
 
L
D
 
E
Y
 
F
F
 
L
T
 
Q
M
 
M
F
 
L
E
 
C
T
 
E
S
 
I
A
 
G
N
 
A
L
 
H
F
 
Y
P
 
P
G
 
G
F
 
F
E
 
E
A
 
T
E
 
D
I
 
I
Q
 
H
G
 
G
V
 
A
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
Q
V
 
A
E
 
-
P
 
-
D
 
D
G
 
G
R
 
-
I
 
-
R
 
R
F
 
Y
Y
 
T
T
 
V
Y
 
K
V
 
V
L
 
L
R
 
K
E
 
E

Query Sequence

>WP_015927042.1 NCBI__GCF_000022085.1:WP_015927042.1
MDFHRRFTVLMCAPAFDPDDLEGARVNQIVAAVEARGFEVVRARRVEDAAIAVQTDAAIG
CMVVDWGKRGLDGKAAALIDMMRQRGLEMPIVIMVRRKRLEDIPVELLDFIDGYIFLAEE
TPEFIARGLVSRVTQYAETLKTPFFGALVDYAEKGNQLWTCPGHNGGIFYNRSPIGRIFV
EHLGEAIFRDDLDNSVLDLGDLLTHEGPALKAQKEAAAIFGAEKTYFVLNGTSASNKIVL
SALVAEDDLVLFDRNNHKAAHHGALFLGGGIPIFLETDRNAHGLIGPIYHEAFDEAAIRD
KIRRNPLVRDRQAWRRQRPFRVAVIEQCTYDGTIYDAREILARIGHLCDYILFDEAWAGF
MKFHPLYAGRFAMGLDGLGPDSPGIIATQSTHKQLASFSQASQIHTKDGHIRGQSRRVEH
RRLNESFLVHASTSPFYPLFASLDVGAQMMKGRSGMILWDDTIRLGIEWRKKVRAIRKEF
EENEADPQRRWFFDPFVPDLVEGPDGTVLPWESLPTDLLASEPRYWELAPGARWHGFTKV
APGYAITDPNKLTVLTPGFDRETGEYAEHGVPAPIVAQYLRENRIVPEKNDLNSLLFLLT
PGVESSKAGTLISGLVAFKRLHDDNVPLEEAMPDFVRRRPRRYQGVRLRDLCAEFHAFHR
EAGTSTLQRKQFAPEHLPEMAMPPKAAAQMLTRNQVDFVPIAEAAGRIATTLMLVYPPGI
GTVLPGERLDERAKPMLDYFTMFETSANLFPGFEAEIQGVYRQVEPDGRIRFYTYVLREG
AGTTAR

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory