SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_015934189.1 NCBI__GCF_000022085.1:WP_015934189.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P04983 Ribose import ATP-binding protein RbsA; EC 7.5.2.7 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
27% identity, 58% coverage: 347:841/859 of query aligns to 4:491/501 of P04983

query
sites
P04983
I
 
L
L
 
L
V
 
Q
V
 
L
R
 
K
G
 
G
L
 
I
S
 
D
K
 
K
R
 
A
F
 
F
G
 
P
S
 
G
I
 
V
V
 
K
T
 
A
Q
 
L
N
 
S
D
 
G
V
 
A
S
 
A
L
 
L
E
 
N
V
 
V
S
 
Y
R
 
P
T
 
G
G
 
R
L
 
V
H
 
M
S
 
A
L
 
L
I
 
V
G
 
G
P
 
E
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
|
K
T
 
S
T
 
T
F
 
M
F
 
M
N
 
K
L
 
V
L
 
L
T
 
T
G
 
G
I
 
I
I
 
Y
R
 
T
A
 
R
D
 
D
A
 
A
G
 
G
S
 
T
I
 
L
Q
 
L
F
 
W
E
 
L
G
 
G
Q
 
K
E
 
E
I
 
T
G
 
T
R
 
F
L
 
T
P
 
G
P
 
P
H
 
K
R
 
S
R
 
S
A
 
Q
R
 
E
L
 
A
G
 
G
L
 
I
A
 
G
R
 
I
S
 
I
F
 
H
Q
 
Q
I
 
E
L
 
L
S
 
N
V
 
L
F
 
I
P
 
P
H
 
Q
L
 
L
T
 
T
A
 
I
F
 
A
E
 
E
N
 
N
V
 
I
R
 
F
I
 
L
A
 
G
V
 
R
Q
 
E
A
 
F
A
 
V
E
 
N
G
 
R
H
 
F
W
 
G
Y
 
K
G
 
I
F
 
D
W
 
W
R
 
K
D
 
T
A
 
M
Y
 
Y
D
 
-
D
 
-
E
 
-
V
 
-
A
 
-
N
 
-
G
 
A
R
 
E
V
 
A
W
 
D
S
 
K
L
 
L
L
 
L
D
 
A
A
 
K
V
 
L
G
 
N
L
 
L
A
 
R
G
 
F
R
 
K
A
 
S
D
 
D
E
 
K
L
 
L
C
 
V
A
 
G
S
 
D
L
 
L
S
 
S
H
 
I
G
 
G
E
 
D
K
 
Q
R
 
Q
L
 
M
L
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
V
 
K
S
 
V
L
 
L
A
 
S
T
 
F
N
 
E
A
 
S
K
 
K
L
 
V
L
 
I
L
 
I
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
T
A
 
D
G
 
A
L
 
L
A
 
T
E
 
D
S
 
T
D
 
E
R
 
T
K
 
E
V
 
S
V
 
L
S
 
F
A
 
R
L
 
V
I
 
I
R
 
R
R
 
E
L
 
L
-
 
K
A
 
S
Q
 
Q
S
 
G
H
 
R
A
 
G
I
 
I
L
 
V
L
 
Y
I
 
I
E
 
S
H
 
H
D
 
R
I
 
M
D
 
K
R
 
E
V
 
I
L
 
F
A
 
E
M
 
I
S
 
C
D
 
D
R
 
D
I
 
V
T
 
T
V
 
V
L
 
F
H
 
R
Q
 
D
G
 
G
R
 
Q
L
 
F
I
 
I
A
 
A
D
 
E
G
 
R
K
 
E
P
 
V
A
 
A
E
 
S
V
 
L
A
 
T
R
 
E
N
 
D
P
 
S
D
 
-
V
 
L
V
 
I
T
 
E
A
 
M
Y
 
M
L
 
V
G
 
G
R
 
R
A
 
K
H
 
L
G
 
-
A
 
-
P
 
-
P
 
-
R
 
-
R
 
-
V
 
-
G
 
-
Q
 
E
M
 
D
A
 
Q
T
 
Y
P
 
P
P
 
H
V
 
L
P
 
D
R
 
K
P
 
A
A
 
P
A
 
G
A
 
D
P
 
I
L
 
R
L
 
L
Q
 
K
L
 
V
E
 
D
G
 
N
V
 
L
S
 
C
A
 
-
G
 
-
Y
 
-
G
 
-
G
 
-
G
 
G
T
 
P
V
 
G
L
 
V
D
 
N
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
F
T
 
T
V
 
L
Q
 
R
A
 
K
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
L
A
 
G
L
 
V
L
 
S
G
 
G
R
 
L
N
 
M
G
 
G
V
 
A
G
 
G
K
 
R
T
 
T
T
 
E
L
 
L
L
 
M
R
 
K
T
 
V
I
 
L
T
 
Y
G
 
G
T
 
A
L
 
L
P
 
P
A
 
R
S
 
T
A
 
S
G
 
G
R
 
Y
I
 
V
L
 
T
L
 
L
D
 
D
G
 
G
R
 
H
E
 
E
I
 
V
G
 
V
A
 
T
L
 
R
R
 
S
P
 
P
D
 
Q
Q
 
D
I
 
G
N
 
L
R
 
A
H
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
V
L
 
Y
V
 
I
P
 
S
E
 
E
G
 
D
R
 
R
R
 
K
-
 
R
-
 
D
-
 
G
L
 
L
F
 
V
P
 
L
N
 
G
L
 
M
T
 
S
V
 
V
Q
 
K
E
 
E
N
 
N
L
 
M
K
 
S
L
 
L
A
 
T
M
 
A
-
 
L
-
 
R
-
 
Y
-
 
F
-
 
S
R
 
R
P
 
A
G
 
G
G
 
G
T
 
S
-
 
L
-
 
K
-
 
H
-
 
A
-
 
D
S
 
E
Q
 
Q
E
 
Q
E
 
A
I
 
V
C
 
S
D
 
D
L
 
F
F
 
I
P
 
R
K
 
L
L
 
F
R
 
N
V
 
V
L
 
K
M
 
T
R
 
P
A
 
S
R
 
M
A
 
E
E
 
Q
N
 
A
-
 
I
-
 
G
-
 
L
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
N
R
 
Q
Q
 
Q
M
 
K
V
 
V
A
 
A
I
 
I
S
 
A
R
 
R
A
 
G
L
 
L
M
 
M
M
 
T
P
 
R
S
 
P
R
 
K
L
 
V
I
 
L
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
T
E
 
R
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
V
A
 
G
V
 
A
V
 
K
Q
 
K
E
 
E
V
 
I
R
 
Y
E
 
Q
A
 
L
V
 
I
A
 
N
K
 
Q
L
 
F
T
 
K
A
 
A
R
 
D
A
 
G
-
 
L
S
 
S
L
 
I
M
 
I
I
 
L
V
 
V
E
 
S
H
 
S
H
 
E
A
 
M
E
 
P
S
 
E
V
 
V
L
 
L
A
 
G
M
 
M
A
 
S
D
 
D
R
 
R
A
 
I
Y
 
I
V
 
V
L
 
M
V
 
H
N
 
E
G
 
G
R
 
H
V
 
L
A
 
-
F
 
-
G
 
-
G
 
-
S
 
-
A
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
F
A
 
T
A
 
R
D
 
E
T
 
Q
A
 
A
L
 
T
Q
 
Q
E
 
E
R
 
V
L
 
L
L
 
M
G
 
A
V
 
A
A
 
A

1ji0A Crystal structure analysis of the abc transporter from thermotoga maritima
40% identity, 27% coverage: 614:841/859 of query aligns to 6:240/240 of 1ji0A

query
sites
1ji0A
L
 
V
L
 
L
Q
 
E
L
 
V
E
 
Q
G
 
S
V
 
L
S
 
H
A
 
V
G
 
Y
Y
|
Y
G
 
G
G
 
A
G
 
I
T
 
H
V
 
A
L
 
I
D
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
D
L
 
L
T
 
K
V
 
V
Q
 
P
A
 
R
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
V
A
 
T
L
 
L
L
 
I
G
 
G
R
 
A
N
 
N
G
|
G
V
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
L
 
L
R
 
S
T
 
A
I
 
I
T
 
A
G
 
G
T
 
L
L
 
V
P
 
R
A
 
A
S
 
Q
A
 
K
G
 
G
R
 
K
I
 
I
L
 
I
L
 
F
D
 
N
G
 
G
R
 
Q
E
 
D
I
 
I
G
 
T
A
 
N
L
 
K
R
 
P
P
 
A
D
 
H
Q
 
V
I
 
I
N
 
N
R
 
R
H
 
M
G
 
G
I
 
I
A
 
A
L
 
L
V
 
V
P
 
P
E
|
E
G
 
G
R
 
R
R
 
R
L
 
I
F
 
F
P
 
P
N
 
E
L
 
L
T
 
T
V
 
V
Q
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
L
K
 
M
L
 
M
A
 
G
M
 
A
R
 
Y
P
 
N
G
 
R
G
 
K
T
 
D
S
 
K
Q
 
E
-
 
G
-
 
I
-
 
K
-
 
R
-
 
D
-
 
L
E
 
E
E
 
W
I
 
I
C
 
F
D
 
S
L
 
L
F
 
F
P
 
P
K
 
R
L
 
L
R
 
K
V
 
E
L
 
R
M
 
L
R
 
K
A
 
Q
R
 
L
A
 
G
E
 
G
N
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
Q
Q
 
Q
M
 
M
V
 
L
A
 
A
I
 
I
S
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
M
 
S
P
 
R
S
 
P
R
 
K
L
 
L
I
 
L
L
 
M
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
F
 
S
E
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
A
P
 
P
A
 
I
V
 
L
V
 
V
Q
 
S
E
 
E
V
 
V
R
 
F
E
 
E
A
 
V
V
 
I
A
 
Q
K
 
K
L
 
I
T
 
N
A
 
Q
R
 
E
-
 
G
A
 
T
S
 
T
L
 
I
M
 
L
I
 
L
V
 
V
E
 
E
H
 
Q
H
 
N
A
 
A
E
 
L
S
 
G
V
 
A
L
 
L
A
 
K
M
 
V
A
 
A
D
 
H
R
 
Y
A
 
G
Y
 
Y
V
 
V
L
 
L
V
 
E
N
 
T
G
 
G
R
 
Q
V
 
I
A
 
V
F
 
L
G
 
E
G
 
G
S
 
K
A
 
A
G
 
S
E
 
E
L
 
L
A
 
L
A
 
D
D
 
N
T
 
E
A
 
M
L
 
V
Q
 
R
E
 
K
R
 
A
L
 
Y
L
 
L
G
 
G
V
 
V
A
 
A

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
32% identity, 28% coverage: 347:588/859 of query aligns to 2:235/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
I
 
I
L
 
L
V
 
K
V
 
A
R
 
Q
G
 
H
L
 
L
S
 
A
K
 
K
R
 
S
F
 
Y
G
 
K
S
 
K
I
 
R
V
 
K
T
 
V
Q
 
V
N
 
S
D
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
E
 
Q
V
 
V
S
 
E
R
 
S
T
 
G
G
 
Q
L
 
I
H
 
V
S
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
F
 
S
F
 
F
N
 
Y
L
 
M
L
 
I
T
 
V
G
 
G
I
 
L
I
 
V
R
 
A
A
 
R
D
 
D
A
 
E
G
 
G
S
 
T
I
 
I
Q
 
T
F
 
I
E
 
D
G
 
D
Q
 
N
E
 
D
I
 
I
G
 
S
R
 
I
L
 
L
P
 
P
P
 
M
H
 
H
R
 
S
R
 
R
A
 
S
R
 
R
L
 
M
G
 
G
L
 
I
A
 
G
R
 
Y
S
 
L
F
 
P
Q
 
Q
I
 
E
L
 
A
S
 
S
V
 
I
F
 
F
P
 
R
H
 
K
L
 
L
T
 
S
A
 
V
F
 
E
E
 
D
N
 
N
V
 
I
R
 
M
I
 
A
A
 
V
V
 
L
Q
 
Q
A
 
T
A
 
R
E
 
E
G
 
E
H
 
L
W
 
T
Y
 
H
G
x
E
F
 
E
W
 
R
R
 
Q
D
|
D
A
 
K
Y
 
L
D
 
E
D
 
D
E
 
L
V
 
L
A
 
E
N
 
E
G
 
F
R
 
H
V
 
I
W
 
Q
S
 
H
L
 
I
L
 
R
D
 
K
A
 
S
V
 
A
G
 
G
L
 
M
A
 
A
G
 
-
R
 
-
A
 
-
D
 
-
E
 
-
L
 
-
C
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
E
 
E
K
 
R
R
 
R
L
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
V
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
T
 
A
N
 
N
A
 
P
K
 
Q
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
L
 
F
A
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
E
 
P
S
 
I
D
 
S
R
 
V
K
 
I
V
 
D
V
 
I
S
 
K
A
 
K
L
 
I
I
 
I
R
 
E
R
 
H
L
 
L
A
 
R
-
 
D
Q
 
R
S
 
G
H
 
L
A
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
I
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
I
 
V
D
 
R
R
 
E
V
 
T
L
 
L
A
 
D
M
 
V
S
 
C
D
 
E
R
 
K
I
 
A
T
 
Y
V
 
I
L
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
R
L
 
L
I
 
I
A
 
A
D
 
E
G
 
G
K
 
T
P
 
P
A
 
Q
E
 
D
V
 
V
A
 
L
R
 
N
N
 
N
P
 
E
D
 
Q
V
 
V
V
 
K
T
 
Q
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
31% identity, 28% coverage: 347:588/859 of query aligns to 4:253/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
I
 
I
L
 
L
V
 
R
V
 
T
R
 
E
G
 
N
L
 
I
S
 
V
K
 
K
R
 
Y
F
|
F
G
 
G
S
 
E
I
x
F
V
 
K
T
 
A
Q
 
L
N
 
D
D
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
I
E
 
S
V
 
V
S
 
C
R
 
K
T
 
G
G
 
D
L
 
V
H
 
T
S
 
L
L
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
F
 
L
F
 
I
N
 
N
L
 
V
L
 
I
T
 
T
G
 
G
I
 
F
I
 
L
R
 
K
A
 
A
D
 
D
A
 
E
G
 
G
S
 
R
I
 
V
Q
 
Y
F
 
F
E
 
E
G
 
N
Q
 
K
E
 
D
I
 
I
G
 
T
R
 
N
L
 
K
P
 
E
P
 
P
H
 
A
R
 
E
R
 
L
A
 
Y
R
 
H
L
 
Y
G
 
G
L
 
I
A
 
V
R
 
R
S
 
T
F
 
F
Q
 
Q
I
 
T
L
 
P
S
 
Q
V
 
P
F
 
L
P
 
K
H
 
E
L
 
M
T
 
T
A
 
V
F
 
L
E
 
E
N
 
N
V
 
L
R
 
L
I
 
I
A
 
G
-
 
E
V
 
I
Q
 
N
A
 
P
A
 
G
E
 
E
G
 
S
H
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
S
-
 
L
W
 
F
Y
 
Y
G
 
K
F
 
K
W
 
W
R
 
I
D
 
P
A
 
K
Y
 
E
D
 
E
D
 
E
E
 
M
V
 
V
A
 
E
N
 
-
G
 
-
R
 
K
V
 
A
W
 
F
S
 
K
L
 
I
L
 
L
D
 
E
A
 
F
V
 
L
G
 
K
L
 
L
A
 
S
G
 
H
R
 
L
A
 
Y
D
 
D
E
 
R
L
 
K
C
 
A
A
 
G
S
 
E
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
E
 
Q
K
 
M
R
 
K
L
 
L
L
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
G
V
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
M
T
 
T
N
 
N
A
 
P
K
 
K
L
 
M
L
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
L
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
A
E
 
P
S
 
G
-
 
L
D
 
A
R
 
H
K
 
D
V
 
I
V
 
F
S
 
N
A
 
H
L
 
V
I
 
L
R
 
E
R
 
L
L
 
K
A
 
A
Q
 
K
S
 
G
H
 
I
A
 
T
I
 
F
L
 
L
L
 
I
I
 
I
E
 
E
H
 
H
D
 
R
I
 
L
D
 
D
R
 
I
V
 
V
L
 
L
A
 
N
M
 
Y
S
 
I
D
 
D
R
 
H
I
 
L
T
 
Y
V
 
V
L
 
M
H
 
F
Q
 
N
G
 
G
R
 
Q
L
 
I
I
 
I
A
 
A
D
 
E
G
 
G
K
 
R
P
 
G
A
 
E
E
 
E
V
 
E
A
 
I
R
 
K
N
 
N
-
 
V
-
 
L
-
 
S
-
 
D
P
 
P
D
 
K
V
 
V
V
 
V
T
 
E
A
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
31% identity, 28% coverage: 347:588/859 of query aligns to 4:253/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
I
 
I
L
 
L
V
 
R
V
 
T
R
 
E
G
 
N
L
 
I
S
 
V
K
 
K
R
 
Y
F
|
F
G
 
G
S
 
E
I
x
F
V
 
K
T
 
A
Q
 
L
N
 
D
D
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
I
E
 
S
V
 
V
S
 
N
R
 
K
T
 
G
G
 
D
L
 
V
H
 
T
S
 
L
L
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
F
 
L
F
 
I
N
 
N
L
 
V
L
 
I
T
 
T
G
 
G
I
 
F
I
 
L
R
 
K
A
 
A
D
 
D
A
 
E
G
 
G
S
 
R
I
 
V
Q
 
Y
F
 
F
E
 
E
G
 
N
Q
 
K
E
 
D
I
 
I
G
 
T
R
 
N
L
 
K
P
 
E
P
 
P
H
 
A
R
 
E
R
 
L
A
 
Y
R
 
H
L
 
Y
G
 
G
L
 
I
A
 
V
R
 
R
S
 
T
F
 
F
Q
 
Q
I
 
T
L
 
P
S
 
Q
V
 
P
F
 
L
P
 
K
H
 
E
L
 
M
T
 
T
A
 
V
F
 
L
E
 
E
N
 
N
V
 
L
R
 
L
I
 
I
A
 
G
V
 
-
Q
 
E
A
 
I
A
 
C
E
 
P
G
 
G
H
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
S
-
 
L
W
 
F
Y
 
Y
G
 
K
F
 
K
W
 
W
R
 
I
D
 
P
A
 
K
Y
 
E
D
 
E
D
 
E
E
 
M
V
 
V
A
 
E
N
 
-
G
 
-
R
 
K
V
 
A
W
 
F
S
 
K
L
 
I
L
 
L
D
 
E
A
 
F
V
 
L
G
 
K
L
 
L
A
 
S
G
 
H
R
 
L
A
 
Y
D
 
D
E
 
R
L
 
K
C
 
A
A
 
G
S
 
E
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
E
 
Q
K
 
M
R
 
K
L
 
L
L
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
G
V
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
M
T
 
T
N
 
N
A
 
P
K
 
K
L
 
M
L
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
A
E
 
P
S
 
G
-
 
L
D
 
A
R
 
H
K
 
D
V
 
I
V
 
F
S
 
N
A
 
H
L
 
V
I
 
L
R
 
E
R
 
L
L
 
K
A
 
A
Q
 
K
S
 
G
H
 
I
A
 
T
I
 
F
L
 
L
L
 
I
I
 
I
E
 
E
H
 
H
D
 
R
I
 
L
D
 
D
R
 
I
V
 
V
L
 
L
A
 
N
M
 
Y
S
 
I
D
 
D
R
 
H
I
 
L
T
 
Y
V
 
V
L
 
M
H
 
F
Q
 
N
G
 
G
R
 
Q
L
 
I
I
 
I
A
 
A
D
 
E
G
 
G
K
 
R
P
 
G
A
 
E
E
 
E
V
 
E
A
 
I
R
 
K
N
 
N
-
 
V
-
 
L
-
 
S
-
 
D
P
 
P
D
 
K
V
 
V
V
 
V
T
 
E
A
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
35% identity, 28% coverage: 348:588/859 of query aligns to 3:235/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
L
 
L
V
 
T
V
 
A
R
 
K
G
 
N
L
 
L
S
 
A
K
 
K
R
 
A
F
x
Y
G
 
K
S
 
G
I
 
R
V
 
R
T
 
V
Q
 
V
N
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
E
 
T
V
 
V
S
 
N
R
 
S
T
 
G
G
 
E
L
 
I
H
 
V
S
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
F
 
T
F
 
F
N
 
Y
L
 
M
L
 
V
T
 
V
G
 
G
I
 
I
I
 
V
R
 
P
A
 
R
D
 
D
A
 
A
G
 
G
S
 
N
I
 
I
Q
 
I
F
 
I
E
 
D
G
 
D
Q
 
D
E
 
D
I
 
I
G
 
S
R
 
L
L
 
L
P
 
P
P
 
L
H
 
H
R
 
A
R
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
L
 
I
A
 
G
R
 
Y
S
 
L
F
 
P
Q
|
Q
I
 
E
L
 
A
S
 
S
V
 
I
F
 
F
P
 
R
H
 
R
L
 
L
T
 
S
A
 
V
F
 
Y
E
 
D
N
 
N
V
 
L
R
 
M
I
 
A
A
 
V
V
 
L
Q
 
Q
A
 
-
A
 
-
E
 
-
G
 
-
H
 
-
W
 
-
Y
 
-
G
 
-
F
 
-
W
 
I
R
 
R
D
 
D
A
 
D
Y
 
L
D
 
S
D
 
A
E
 
E
V
 
Q
A
 
R
N
 
E
G
 
D
R
 
R
V
 
A
W
 
N
S
 
E
L
 
L
L
 
M
D
 
E
A
 
E
V
 
F
G
 
H
L
 
I
A
 
E
G
 
H
R
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
S
L
 
M
C
 
G
A
 
Q
S
|
S
L
 
L
S
|
S
H
x
G
G
|
G
E
 
E
K
 
R
R
 
R
L
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
V
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
T
 
A
N
 
N
A
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
L
 
F
A
 
A
G
|
G
L
 
V
A
 
D
E
 
P
S
 
I
D
 
S
R
 
V
K
 
I
V
 
D
V
 
I
S
 
K
A
 
R
L
 
I
I
 
I
R
 
E
R
 
H
L
 
L
A
 
R
Q
 
D
S
 
S
H
 
G
-
 
L
A
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
I
 
T
E
 
D
H
|
H
D
 
N
I
 
V
D
 
R
R
 
E
V
 
T
L
 
L
A
 
A
M
 
V
S
 
C
D
 
E
R
 
R
I
 
A
T
 
Y
V
 
I
L
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
L
 
L
I
 
I
A
 
A
D
 
H
G
 
G
K
 
T
P
 
P
A
 
T
E
 
E
V
 
I
A
 
L
R
 
Q
N
 
D
P
 
E
D
 
H
V
 
V
V
 
K
T
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
35% identity, 28% coverage: 348:588/859 of query aligns to 3:235/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
L
 
L
V
 
T
V
 
A
R
 
K
G
 
N
L
 
L
S
 
A
K
 
K
R
 
A
F
 
Y
G
 
K
S
 
G
I
 
R
V
 
R
T
 
V
Q
 
V
N
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
E
 
T
V
 
V
S
 
N
R
 
S
T
 
G
G
 
E
L
 
I
H
 
V
S
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
F
 
T
F
 
F
N
 
Y
L
 
M
L
 
V
T
 
V
G
 
G
I
 
I
I
 
V
R
 
P
A
 
R
D
 
D
A
 
A
G
 
G
S
 
N
I
 
I
Q
 
I
F
 
I
E
 
D
G
 
D
Q
 
D
E
 
D
I
 
I
G
 
S
R
 
L
L
 
L
P
 
P
P
 
L
H
 
H
R
 
A
R
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
L
 
I
A
 
G
R
 
Y
S
 
L
F
 
P
Q
 
Q
I
 
E
L
 
A
S
 
S
V
 
I
F
 
F
P
x
R
H
 
R
L
 
L
T
 
S
A
 
V
F
 
Y
E
 
D
N
 
N
V
 
L
R
 
M
I
 
A
A
 
V
V
 
L
Q
 
Q
A
 
-
A
 
-
E
 
-
G
 
-
H
 
-
W
 
-
Y
 
-
G
 
-
F
 
-
W
 
I
R
 
R
D
 
D
A
 
D
Y
 
L
D
 
S
D
 
A
E
 
E
V
 
Q
A
 
R
N
 
E
G
 
D
R
 
R
V
 
A
W
 
N
S
 
E
L
 
L
L
 
M
D
 
E
A
 
E
V
 
F
G
 
H
L
 
I
A
 
E
G
 
H
R
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
S
L
x
M
C
x
G
A
x
Q
S
 
S
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
E
 
E
K
 
R
R
 
R
L
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
V
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
T
 
A
N
 
N
A
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
F
A
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
E
 
P
S
 
I
D
 
S
R
 
V
K
 
I
V
 
D
V
 
I
S
 
K
A
 
R
L
 
I
I
 
I
R
 
E
R
 
H
L
 
L
A
 
R
Q
 
D
S
 
S
H
 
G
-
 
L
A
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
I
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
I
 
V
D
 
R
R
 
E
V
 
T
L
 
L
A
 
A
M
 
V
S
 
C
D
 
E
R
 
R
I
 
A
T
 
Y
V
 
I
L
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
L
 
L
I
 
I
A
 
A
D
 
H
G
 
G
K
 
T
P
 
P
A
 
T
E
 
E
V
 
I
A
 
L
R
 
Q
N
 
D
P
 
E
D
 
H
V
 
V
V
 
K
T
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
35% identity, 28% coverage: 348:588/859 of query aligns to 3:235/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
L
 
L
V
 
T
V
 
A
R
 
K
G
 
N
L
 
L
S
 
A
K
 
K
R
 
A
F
x
Y
G
 
K
S
 
G
I
x
R
V
 
R
T
 
V
Q
 
V
N
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
E
 
T
V
 
V
S
 
N
R
 
S
T
 
G
G
 
E
L
 
I
H
 
V
S
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
 
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
F
 
T
F
 
F
N
 
Y
L
 
M
L
 
V
T
 
V
G
 
G
I
 
I
I
 
V
R
 
P
A
 
R
D
 
D
A
 
A
G
 
G
S
 
N
I
 
I
Q
 
I
F
 
I
E
 
D
G
 
D
Q
 
D
E
 
D
I
 
I
G
 
S
R
 
L
L
 
L
P
 
P
P
 
L
H
 
H
R
 
A
R
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
L
 
I
A
 
G
R
 
Y
S
 
L
F
 
P
Q
|
Q
I
 
E
L
 
A
S
 
S
V
 
I
F
 
F
P
 
R
H
 
R
L
 
L
T
 
S
A
 
V
F
 
Y
E
 
D
N
 
N
V
 
L
R
 
M
I
 
A
A
 
V
V
 
L
Q
 
Q
A
 
-
A
 
-
E
 
-
G
 
-
H
 
-
W
 
-
Y
 
-
G
 
-
F
 
-
W
 
I
R
 
R
D
 
D
A
 
D
Y
 
L
D
 
S
D
 
A
E
 
E
V
 
Q
A
 
R
N
 
E
G
 
D
R
 
R
V
 
A
W
 
N
S
 
E
L
 
L
L
 
M
D
 
E
A
 
E
V
 
F
G
 
H
L
 
I
A
 
E
G
 
H
R
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
S
L
 
M
C
 
G
A
 
Q
S
|
S
L
 
L
S
|
S
H
 
G
G
 
G
E
|
E
K
 
R
R
 
R
L
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
V
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
T
 
A
N
 
N
A
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
F
A
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
E
 
P
S
 
I
D
 
S
R
 
V
K
 
I
V
 
D
V
 
I
S
 
K
A
 
R
L
 
I
I
 
I
R
 
E
R
 
H
L
 
L
A
 
R
Q
 
D
S
 
S
H
 
G
-
 
L
A
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
I
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
I
 
V
D
 
R
R
 
E
V
 
T
L
 
L
A
 
A
M
 
V
S
 
C
D
 
E
R
 
R
I
 
A
T
 
Y
V
 
I
L
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
L
 
L
I
 
I
A
 
A
D
 
H
G
 
G
K
 
T
P
 
P
A
 
T
E
 
E
V
 
I
A
 
L
R
 
Q
N
 
D
P
 
E
D
 
H
V
 
V
V
 
K
T
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6mbnA Lptb e163q in complex with atp (see paper)
35% identity, 28% coverage: 348:588/859 of query aligns to 4:236/241 of 6mbnA

query
sites
6mbnA
L
 
L
V
 
T
V
 
A
R
 
K
G
 
N
L
 
L
S
 
A
K
 
K
R
 
A
F
x
Y
G
 
K
S
 
G
I
x
R
V
 
R
T
x
V
Q
 
V
N
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
E
 
T
V
 
V
S
 
N
R
 
S
T
 
G
G
 
E
L
 
I
H
 
V
S
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
F
 
T
F
 
F
N
 
Y
L
 
M
L
 
V
T
 
V
G
 
G
I
 
I
I
 
V
R
 
P
A
 
R
D
 
D
A
 
A
G
 
G
S
 
N
I
 
I
Q
 
I
F
 
I
E
 
D
G
 
D
Q
 
D
E
 
D
I
 
I
G
 
S
R
 
L
L
 
L
P
 
P
P
 
L
H
 
H
R
 
A
R
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
L
 
I
A
 
G
R
 
Y
S
 
L
F
 
P
Q
 
Q
I
 
E
L
 
A
S
 
S
V
 
I
F
 
F
P
 
R
H
 
R
L
 
L
T
 
S
A
 
V
F
 
Y
E
 
D
N
 
N
V
 
L
R
 
M
I
 
A
A
 
V
V
 
L
Q
 
Q
A
 
-
A
 
-
E
 
-
G
 
-
H
 
-
W
 
-
Y
 
-
G
 
-
F
 
-
W
 
I
R
 
R
D
 
D
A
 
D
Y
 
L
D
 
S
D
 
A
E
 
E
V
 
Q
A
 
R
N
 
E
G
 
D
R
 
R
V
 
A
W
 
N
S
 
E
L
 
L
L
 
M
D
 
E
A
 
E
V
 
F
G
 
H
L
 
I
A
 
E
G
 
H
R
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
S
L
 
M
C
 
G
A
 
Q
S
 
S
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
E
 
E
K
 
R
R
 
R
L
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
V
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
T
 
A
N
 
N
A
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
L
 
F
A
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
E
 
P
S
 
I
D
 
S
R
 
V
K
 
I
V
 
D
V
 
I
S
 
K
A
 
R
L
 
I
I
 
I
R
 
E
R
 
H
L
 
L
A
 
R
Q
 
D
S
 
S
H
 
G
-
 
L
A
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
I
 
T
E
 
D
H
|
H
D
 
N
I
 
V
D
 
R
R
 
E
V
 
T
L
 
L
A
 
A
M
 
V
S
 
C
D
 
E
R
 
R
I
 
A
T
 
Y
V
 
I
L
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
L
 
L
I
 
I
A
 
A
D
 
H
G
 
G
K
 
T
P
 
P
A
 
T
E
 
E
V
 
I
A
 
L
R
 
Q
N
 
D
P
 
E
D
 
H
V
 
V
V
 
K
T
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
35% identity, 28% coverage: 348:587/859 of query aligns to 3:234/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
L
 
L
V
 
T
V
 
A
R
 
K
G
 
N
L
 
L
S
 
A
K
 
K
R
 
A
F
x
Y
G
 
K
S
 
G
I
x
R
V
 
R
T
x
V
Q
 
V
N
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
E
 
T
V
 
V
S
 
N
R
 
S
T
 
G
G
 
E
L
 
I
H
 
V
S
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
F
 
T
F
 
F
N
 
Y
L
 
M
L
 
V
T
 
V
G
 
G
I
 
I
I
 
V
R
 
P
A
 
R
D
 
D
A
 
A
G
 
G
S
 
N
I
 
I
Q
 
I
F
 
I
E
 
D
G
 
D
Q
 
D
E
 
D
I
 
I
G
 
S
R
 
L
L
 
L
P
 
P
P
x
L
H
|
H
R
 
A
R
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
L
 
I
A
 
G
R
 
Y
S
 
L
F
x
P
Q
|
Q
I
 
E
L
x
A
S
|
S
V
 
I
F
|
F
P
x
R
H
x
R
L
|
L
T
 
S
A
 
V
F
 
Y
E
 
D
N
 
N
V
 
L
R
 
M
I
 
A
A
x
V
V
 
L
Q
 
Q
A
 
-
A
 
-
E
 
-
G
 
-
H
 
-
W
 
-
Y
 
-
G
 
-
F
 
-
W
 
I
R
 
R
D
 
D
A
 
D
Y
 
L
D
 
S
D
 
A
E
 
E
V
 
Q
A
 
R
N
 
E
G
 
D
R
 
R
V
 
A
W
 
N
S
 
E
L
 
L
L
 
M
D
 
E
A
 
E
V
 
F
G
 
H
L
 
I
A
 
E
G
 
H
R
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
S
L
 
M
C
 
G
A
x
Q
S
 
S
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
E
 
E
K
 
R
R
 
R
L
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
V
x
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
T
 
A
N
 
N
A
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
F
A
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
E
 
P
S
 
I
D
 
S
R
 
V
K
 
I
V
 
D
V
 
I
S
 
K
A
 
R
L
 
I
I
 
I
R
 
E
R
 
H
L
 
L
A
 
R
Q
 
D
S
 
S
H
 
G
-
 
L
A
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
I
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
I
 
V
D
 
R
R
 
E
V
 
T
L
 
L
A
 
A
M
 
V
S
 
C
D
 
E
R
 
R
I
 
A
T
 
Y
V
 
I
L
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
L
 
L
I
 
I
A
 
A
D
 
H
G
 
G
K
 
T
P
 
P
A
 
T
E
 
E
V
 
I
A
 
L
R
 
Q
N
 
D
P
 
E
D
 
H
V
 
V
V
 
K
T
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L

4p31A Crystal structure of a selenomethionine derivative of e. Coli lptb in complex with adp-magensium (see paper)
35% identity, 28% coverage: 348:587/859 of query aligns to 3:234/234 of 4p31A

query
sites
4p31A
L
 
L
V
 
T
V
 
A
R
 
K
G
 
N
L
 
L
S
 
A
K
 
K
R
 
A
F
x
Y
G
 
K
S
 
G
I
x
R
V
 
R
T
x
V
Q
 
V
N
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
E
 
T
V
 
V
S
 
N
R
 
S
T
 
G
G
 
E
L
 
I
H
 
V
S
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
F
 
T
F
 
F
N
 
Y
L
 
M
L
 
V
T
 
V
G
 
G
I
 
I
I
 
V
R
 
P
A
 
R
D
 
D
A
 
A
G
 
G
S
 
N
I
 
I
Q
 
I
F
 
I
E
 
D
G
 
D
Q
 
D
E
 
D
I
 
I
G
 
S
R
 
L
L
 
L
P
 
P
P
 
L
H
 
H
R
 
A
R
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
L
 
I
A
 
G
R
 
Y
S
 
L
F
 
P
Q
|
Q
I
 
E
L
 
A
S
 
S
V
 
I
F
 
F
P
 
R
H
 
R
L
 
L
T
 
S
A
 
V
F
 
Y
E
 
D
N
 
N
V
 
L
R
 
M
I
 
A
A
 
V
V
 
L
Q
 
Q
A
 
-
A
 
-
E
 
-
G
 
-
H
 
-
W
 
-
Y
 
-
G
 
-
F
 
-
W
 
I
R
 
R
D
 
D
A
 
D
Y
 
L
D
 
S
D
 
A
E
 
E
V
 
Q
A
 
R
N
 
E
G
 
D
R
 
R
V
 
A
W
 
N
S
 
E
L
 
L
L
 
M
D
 
E
A
 
E
V
 
F
G
 
H
L
 
I
A
 
E
G
 
H
R
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
S
L
 
M
C
 
G
A
 
Q
S
 
S
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
E
 
E
K
 
R
R
 
R
L
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
V
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
T
 
A
N
 
N
A
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
F
A
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
E
 
P
S
 
I
D
 
S
R
 
V
K
 
I
V
 
D
V
 
I
S
 
K
A
 
R
L
 
I
I
 
I
R
 
E
R
 
H
L
 
L
A
 
R
Q
 
D
S
 
S
H
 
G
-
 
L
A
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
I
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
I
 
V
D
 
R
R
 
E
V
 
T
L
 
L
A
 
A
M
 
V
S
 
C
D
 
E
R
 
R
I
 
A
T
 
Y
V
 
I
L
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
L
 
L
I
 
I
A
 
A
D
 
H
G
 
G
K
 
T
P
 
P
A
 
T
E
 
E
V
 
I
A
 
L
R
 
Q
N
 
D
P
 
E
D
 
H
V
 
V
V
 
K
T
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L

6b8bA E. Coli lptb in complex with adp and a novobiocin derivative (see paper)
35% identity, 28% coverage: 348:586/859 of query aligns to 3:233/233 of 6b8bA

query
sites
6b8bA
L
 
L
V
 
T
V
 
A
R
 
K
G
 
N
L
 
L
S
 
A
K
 
K
R
 
A
F
x
Y
G
 
K
S
 
G
I
x
R
V
 
R
T
x
V
Q
 
V
N
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
E
 
T
V
 
V
S
 
N
R
 
S
T
 
G
G
 
E
L
 
I
H
 
V
S
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
F
 
T
F
 
F
N
 
Y
L
 
M
L
 
V
T
 
V
G
 
G
I
 
I
I
 
V
R
 
P
A
 
R
D
 
D
A
 
A
G
 
G
S
 
N
I
 
I
Q
 
I
F
 
I
E
 
D
G
 
D
Q
 
D
E
 
D
I
 
I
G
 
S
R
 
L
L
 
L
P
 
P
P
 
L
H
 
H
R
 
A
R
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
L
 
I
A
 
G
R
 
Y
S
 
L
F
 
P
Q
 
Q
I
 
E
L
 
A
S
 
S
V
 
I
F
|
F
P
x
R
H
x
R
L
 
L
T
 
S
A
 
V
F
 
Y
E
 
D
N
 
N
V
 
L
R
 
M
I
 
A
A
 
V
V
 
L
Q
 
Q
A
 
-
A
 
-
E
 
-
G
 
-
H
 
-
W
 
-
Y
 
-
G
 
-
F
 
-
W
 
I
R
 
R
D
 
D
A
 
D
Y
 
L
D
 
S
D
 
A
E
 
E
V
 
Q
A
 
R
N
 
E
G
 
D
R
 
R
V
 
A
W
 
N
S
 
E
L
 
L
L
 
M
D
 
E
A
 
E
V
 
F
G
 
H
L
 
I
A
 
E
G
 
H
R
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
S
L
 
M
C
 
G
A
 
Q
S
 
S
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
E
 
E
K
 
R
R
 
R
L
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
V
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
T
 
A
N
 
N
A
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
F
A
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
E
 
P
S
 
I
D
 
S
R
 
V
K
 
I
V
 
D
V
 
I
S
 
K
A
 
R
L
 
I
I
 
I
R
 
E
R
 
H
L
 
L
A
 
R
Q
 
D
S
 
S
H
 
G
-
 
L
A
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
I
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
I
 
V
D
 
R
R
 
E
V
 
T
L
 
L
A
 
A
M
 
V
S
 
C
D
 
E
R
 
R
I
 
A
T
 
Y
V
 
I
L
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
L
 
L
I
 
I
A
 
A
D
 
H
G
 
G
K
 
T
P
 
P
A
 
T
E
 
E
V
 
I
A
 
L
R
 
Q
N
 
D
P
 
E
D
 
H
V
 
V
V
 
K
T
 
R
A
 
V
Y
 
Y

3d31A Modbc from methanosarcina acetivorans (see paper)
33% identity, 25% coverage: 614:827/859 of query aligns to 1:215/348 of 3d31A

query
sites
3d31A
L
 
M
L
 
I
Q
 
E
L
 
I
E
 
E
G
 
S
V
 
L
S
 
S
A
 
R
G
 
K
Y
 
W
G
 
K
G
 
N
G
 
F
T
 
S
V
 
-
L
 
L
D
 
D
G
 
N
V
 
L
S
 
S
L
 
L
T
 
K
V
 
V
Q
 
E
A
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
Y
V
 
F
A
 
V
L
 
I
L
 
L
G
 
G
R
 
P
N
 
T
G
 
G
V
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
L
L
 
F
L
 
L
R
 
E
T
 
L
I
 
I
T
 
A
G
 
G
T
 
F
L
 
H
P
 
V
A
 
P
S
 
D
A
 
S
G
 
G
R
 
R
I
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
G
 
G
R
 
K
E
 
D
I
 
V
G
 
T
A
 
D
L
 
L
R
 
S
P
 
P
D
 
E
Q
 
-
I
 
-
N
 
-
R
 
K
H
 
H
G
 
D
I
 
I
A
 
A
L
 
F
V
 
V
P
 
Y
E
 
Q
G
 
N
R
 
Y
R
 
S
L
 
L
F
 
F
P
 
P
N
 
H
L
 
M
T
 
N
V
 
V
Q
 
K
E
 
K
N
 
N
L
 
L
K
 
E
L
 
F
A
 
G
M
 
M
R
 
R
P
 
M
G
 
K
G
 
K
T
 
I
S
 
K
Q
 
D
-
 
P
E
 
K
E
 
R
I
 
V
C
 
L
D
 
D
L
 
T
F
 
A
P
 
R
K
 
D
L
 
L
R
 
K
V
 
I
-
 
E
-
 
H
L
 
L
M
 
L
R
 
D
A
 
R
R
 
N
A
 
P
E
 
L
N
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
L
S
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
V
M
 
T
P
 
N
S
 
P
R
 
K
L
 
I
I
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
L
E
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
A
 
R
V
 
T
V
 
Q
Q
 
E
E
 
N
V
 
A
R
 
R
E
 
E
A
 
M
V
 
L
A
 
S
K
 
V
L
 
L
T
 
H
A
 
K
R
 
K
A
 
N
S
 
K
L
 
L
M
 
T
I
 
V
-
 
L
-
 
H
V
 
I
E
 
T
H
 
H
H
 
D
A
 
Q
E
 
T
S
 
E
V
 
A
L
 
R
A
 
I
M
 
M
A
 
A
D
 
D
R
 
R
A
 
I
Y
 
A
V
 
V
L
 
V
V
 
M
N
 
D
G
 
G
R
 
K
V
 
L
A
 
I
F
 
Q
G
 
V
G
 
G
S
 
K
A
 
P
G
 
E
E
 
E
L
 
I

Sites not aligning to the query:

P69874 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA; EC 7.6.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
33% identity, 25% coverage: 612:830/859 of query aligns to 15:238/378 of P69874

query
sites
P69874
A
 
S
P
 
P
L
 
L
L
 
V
Q
 
Q
L
 
L
E
 
A
G
 
G
V
 
I
S
 
R
A
 
K
G
x
C
Y
x
F
G
 
D
G
 
G
G
 
K
T
 
E
V
 
V
L
 
I
D
 
P
G
 
Q
V
 
L
S
 
D
L
 
L
T
 
T
V
 
I
Q
 
N
A
 
N
G
 
G
E
 
E
V
x
F
V
 
L
A
 
T
L
 
L
L
 
L
G
 
G
R
 
P
N
 
S
G
 
G
V
x
C
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
L
 
V
L
|
L
R
 
R
T
 
L
I
 
I
T
 
A
G
 
G
T
 
L
L
 
E
P
 
T
A
 
V
S
 
D
A
 
S
G
 
G
R
 
R
I
 
I
L
 
M
L
|
L
D
 
D
G
 
N
R
 
E
E
 
D
I
 
I
G
 
T
A
 
H
L
 
V
R
 
P
P
 
A
D
 
E
Q
 
-
I
 
-
N
 
N
R
 
R
H
 
Y
G
 
-
I
 
V
A
 
N
L
 
T
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
S
R
 
Y
R
 
A
L
 
L
F
 
F
P
 
P
N
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
Q
 
F
E
 
E
N
 
N
L
 
V
K
 
A
L
 
F
A
 
G
M
 
L
R
 
R
P
 
M
G
 
Q
G
 
K
T
 
T
S
 
P
Q
 
A
E
 
A
E
 
E
I
 
I
C
 
T
D
 
P
-
 
R
-
 
V
-
 
M
-
 
E
-
 
A
-
 
L
L
 
R
F
 
M
P
x
V
K
 
Q
L
 
L
R
 
E
V
 
T
L
 
F
M
 
A
R
 
Q
A
 
R
R
 
K
A
 
P
E
 
H
N
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
S
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
M
 
V
M
 
N
P
 
K
S
 
P
R
 
R
L
 
L
I
 
L
L
 
L
L
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
S
F
 
L
E
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
Y
A
 
K
V
 
L
V
 
R
Q
 
K
E
 
Q
V
 
M
R
 
Q
E
 
N
A
 
E
V
 
L
A
 
K
K
 
A
L
 
L
T
 
Q
A
 
R
R
 
K
-
 
L
-
 
G
A
 
I
S
 
T
L
 
F
M
 
V
I
 
F
V
 
V
E
 
T
H
 
H
H
 
D
A
 
Q
E
 
E
S
 
E
V
 
A
L
 
L
A
 
T
M
 
M
A
 
S
D
 
D
R
 
R
A
 
I
Y
 
V
V
 
V
L
 
M
V
 
R
N
 
D
G
 
G
R
 
R
V
 
I
A
 
E
F
 
Q
G
 
D
G
 
G
S
 
T
A
 
P
G
 
R
E
 
E
L
 
I
A
 
Y
A
 
E
D
 
E

Sites not aligning to the query:

8y5iA Cryo-em structure of e.Coli spermidine transporter potd-potabc in translocation intermidiate state (see paper)
32% identity, 25% coverage: 613:830/859 of query aligns to 1:223/358 of 8y5iA

query
sites
8y5iA
P
 
P
L
 
L
L
 
V
Q
 
Q
L
 
L
E
 
A
G
 
G
V
 
I
S
 
R
A
 
K
G
 
C
Y
x
F
G
 
D
G
 
G
G
x
K
T
 
E
V
 
V
L
 
I
D
 
P
G
 
Q
V
 
L
S
 
D
L
 
L
T
 
T
V
 
I
Q
 
N
A
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
F
V
 
L
A
 
T
L
 
L
L
 
L
G
 
G
R
 
P
N
 
S
G
|
G
V
 
C
G
 
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
V
L
 
L
R
 
R
T
 
L
I
 
I
T
 
A
G
 
G
T
 
L
L
 
E
P
 
T
A
 
V
S
 
D
A
 
S
G
 
G
R
 
R
I
 
I
L
 
M
L
 
L
D
 
D
G
 
N
R
 
E
E
 
D
I
 
I
G
 
T
A
 
H
L
 
V
R
 
P
P
 
A
D
 
E
Q
 
-
I
 
-
N
 
N
R
 
R
H
 
Y
G
 
-
I
 
V
A
 
N
L
 
T
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
S
R
 
Y
R
 
A
L
 
L
F
 
F
P
 
P
N
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
Q
 
F
E
 
E
N
 
N
L
 
V
K
 
A
L
 
F
A
 
G
M
 
L
R
 
R
P
 
M
G
 
Q
G
 
K
T
 
T
S
 
P
Q
 
A
E
 
A
E
 
E
I
 
I
C
 
T
D
 
P
-
 
R
-
 
V
-
 
M
-
 
E
-
 
A
-
 
L
L
 
R
F
 
M
P
 
V
K
 
Q
L
 
L
R
 
E
V
 
T
L
 
F
M
 
A
R
 
Q
A
x
R
R
 
K
A
 
P
E
 
H
N
x
Q
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
S
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
M
 
V
M
 
N
P
 
K
S
 
P
R
 
R
L
 
L
I
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
S
F
 
L
E
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
Y
A
 
K
V
 
L
V
 
R
Q
 
K
E
 
Q
V
 
M
R
 
Q
E
 
N
A
 
E
V
 
L
A
 
K
K
 
A
L
 
L
T
 
Q
A
 
R
R
 
K
-
 
L
-
 
G
A
 
I
S
 
T
L
 
F
M
 
V
I
 
F
V
 
V
E
 
T
H
 
H
H
 
D
A
 
Q
E
 
E
S
 
E
V
 
A
L
 
L
A
 
T
M
 
M
A
 
S
D
 
D
R
 
R
A
 
I
Y
 
V
V
 
V
L
 
M
V
 
R
N
 
D
G
 
G
R
 
R
V
 
I
A
 
E
F
 
Q
G
 
D
G
 
G
S
 
T
A
 
P
G
 
R
E
 
E
L
 
I
A
 
Y
A
 
E
D
 
E

4yerA Crystal structure of an abc transporter atp-binding protein (tm_1403) from thermotoga maritima msb8 at 2.35 a resolution
33% identity, 27% coverage: 347:578/859 of query aligns to 4:225/285 of 4yerA

query
sites
4yerA
I
 
I
L
 
I
V
 
V
V
 
V
R
 
E
G
 
N
L
 
L
S
 
V
K
 
K
R
 
K
F
|
F
G
 
G
S
 
D
I
x
F
V
 
E
T
 
A
Q
 
V
N
 
K
D
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
F
E
 
S
V
 
V
S
 
K
R
 
K
T
 
G
G
 
E
L
 
I
H
 
F
S
 
A
L
 
F
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
F
 
T
F
 
I
N
 
H
L
 
M
L
 
L
T
 
T
G
 
T
I
 
L
I
 
L
R
 
K
A
 
P
D
 
T
A
 
S
G
 
G
S
 
K
I
 
A
Q
 
W
F
 
V
E
 
A
G
 
G
Q
 
H
E
 
D
I
 
V
G
 
L
R
 
K
L
 
E
P
 
P
P
 
R
H
 
E
R
 
V
R
 
R
A
 
R
R
 
K
L
 
I
G
 
G
L
 
I
A
 
V
R
 
-
S
 
-
F
 
F
Q
 
Q
I
 
D
L
 
Q
S
 
S
V
 
L
F
 
D
P
 
R
H
 
E
L
 
L
T
 
T
A
 
A
F
 
Y
E
 
E
N
 
N
V
 
M
R
 
Y
I
 
I
A
 
-
V
 
-
Q
 
-
A
 
-
A
 
-
E
 
H
G
 
G
H
 
K
W
 
I
Y
 
Y
G
 
G
F
 
-
W
 
-
R
 
-
D
 
-
A
 
-
Y
 
Y
D
 
G
D
 
G
E
 
E
V
 
K
A
 
L
N
 
K
G
 
K
R
 
R
V
 
I
W
 
L
S
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
E
A
 
F
V
 
V
G
 
E
L
 
L
A
 
L
G
 
E
R
 
F
A
 
K
D
 
D
E
 
K
L
 
P
C
 
V
A
 
K
S
x
T
L
x
F
S
|
S
H
 
G
G
 
G
E
 
M
K
 
A
R
 
R
L
 
R
L
 
L
E
 
E
I
 
I
A
 
A
V
 
R
S
 
S
L
 
L
A
 
I
T
 
H
N
 
E
A
 
P
K
 
E
L
 
V
L
 
L
L
 
F
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
T
A
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
D
E
 
P
S
 
H
D
 
T
R
 
R
K
 
A
V
 
H
V
 
M
S
 
W
A
 
E
L
 
Y
I
 
I
R
 
S
R
 
K
L
 
M
A
 
K
Q
 
K
S
 
E
H
 
H
-
 
N
-
 
M
A
 
T
I
 
I
L
 
F
L
 
L
I
 
T
E
 
T
H
 
H
D
 
Y
I
 
M
D
 
D
R
 
E
V
 
A
L
 
E
A
 
Q
M
 
L
S
 
A
D
 
D
R
 
R
I
 
V
T
 
A
V
 
I
L
 
I
H
 
D
Q
 
H
G
 
G
R
 
K
L
 
I
I
 
I
A
 
A
D
 
L
G
 
G
K
 
T
P
 
P
A
 
T
E
 
E
V
 
L
A
 
K
R
 
R

P34358 ABC transporter ced-7; Cell death protein 7 from Caenorhabditis elegans (see 2 papers)
27% identity, 49% coverage: 159:576/859 of query aligns to 1191:1590/1704 of P34358

query
sites
P34358
L
 
L
A
 
A
F
 
F
H
 
H
-
 
W
A
 
M
F
 
Y
T
 
D
V
 
H
A
 
L
V
 
A
V
 
I
L
 
V
G
 
I
L
 
L
L
 
F
W
 
W
G
 
F
L
 
L
W
 
Y
R
 
F
L
 
F
A
 
S
H
 
S
A
 
V
P
 
P
F
 
F
G
 
I
R
 
Y
L
 
A
M
 
V
Q
 
S
A
 
F
L
 
L
R
 
F
D
 
Q
N
 
S
E
 
P
Q
 
-
R
 
-
V
 
-
V
 
-
S
 
-
L
 
-
G
 
-
Y
 
-
D
 
-
T
 
-
Y
 
-
R
 
-
T
 
S
K
 
K
L
 
A
I
 
N
A
 
V
L
 
L
T
 
L
I
 
I
A
 
I
G
 
W
G
 
Q
V
 
V
I
 
V
G
 
I
V
 
S
G
 
G
G
 
A
G
 
A
L
 
L
M
 
L
A
 
A
L
 
V
L
 
F
L
 
L
Q
 
I
G
 
F
V
 
M
Y
 
I
A
 
F
N
 
N
N
 
I
L
 
D
D
 
E
W
 
W
Q
 
-
H
 
-
A
 
-
G
 
-
D
 
-
A
 
-
V
 
-
L
 
L
M
 
K
A
 
S
A
 
I
L
 
L
G
 
V
G
 
N
V
 
I
H
 
F
H
 
M
F
 
F
L
 
L
G
 
L
P
 
P
L
 
S
W
 
Y
-
 
A
-
 
F
-
 
G
G
 
S
A
 
A
I
 
I
V
 
I
F
 
T
I
 
I
V
 
N
L
 
T
E
 
Y
D
 
G
R
 
M
L
 
I
S
 
L
A
 
P
I
 
S
T
 
E
E
 
E
-
 
L
-
 
M
N
 
N
W
 
W
-
 
D
-
 
H
-
 
C
-
 
G
-
 
K
-
 
N
-
 
A
W
 
W
L
 
L
I
 
M
F
 
G
A
 
T
P
 
F
L
 
G
I
 
V
I
 
C
V
 
S
F
 
F
A
 
A
L
 
L
L
 
F
S
 
V
P
 
L
E
 
-
G
 
-
I
 
L
Q
 
Q
G
 
F
I
 
K
F
 
F
Q
 
V
R
 
R
L
 
R
V
 
F
G
 
L
R
 
S
N
 
Q
R
 
V
W
 
W
T
 
T
L
 
V
T
 
R
R
 
R
D
 
S
G
 
S
-
 
H
-
 
N
-
 
N
-
 
V
-
 
Q
-
 
P
-
 
M
I
 
M
P
 
G
E
 
D
R
 
L
P
 
P
A
 
V
R
 
C
I
 
E
V
 
S
P
 
V
Y
 
S
A
 
E
P
 
E
G
 
R
G
 
E
A
 
R
V
 
V
T
 
H
G
 
R
R
 
V
D
 
N
G
 
S
G
 
Q
T
 
N
P
 
S
I
 
A
L
 
L
V
 
V
V
 
I
R
 
K
G
 
D
L
 
L
S
 
T
K
 
K
R
 
T
F
 
F
G
 
G
S
 
R
I
 
F
V
 
T
T
 
A
Q
 
V
N
 
N
D
 
E
V
 
L
S
 
C
L
 
L
E
 
A
V
 
V
S
 
D
R
 
Q
T
 
K
G
 
E
L
 
C
H
 
F
S
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
V
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
|
K
T
 
T
T
 
T
F
 
T
F
 
F
N
 
N
L
 
I
L
 
L
T
 
T
G
 
G
I
 
Q
I
 
S
R
 
F
A
 
A
D
 
S
A
 
S
G
 
G
S
 
E
I
 
A
Q
 
M
F
 
I
E
 
G
G
 
G
Q
 
R
E
 
D
I
 
V
G
 
T
R
 
E
L
 
L
P
 
-
P
 
-
H
 
-
R
 
-
R
 
-
A
 
I
R
 
S
L
 
I
G
 
G
L
 
Y
A
 
C
R
 
P
S
 
Q
F
 
F
Q
 
D
I
 
A
L
 
L
S
 
M
V
 
L
F
 
-
P
 
-
H
 
D
L
 
L
T
 
T
A
 
G
F
 
R
E
 
E
N
 
S
V
 
L
R
 
E
I
 
I
A
 
L
V
 
A
Q
 
Q
A
 
M
A
 
-
E
 
-
G
 
-
H
 
-
W
 
-
Y
 
H
G
 
G
F
 
F
W
 
-
R
 
-
D
 
-
A
 
-
Y
 
-
D
 
-
D
 
-
E
 
E
V
 
N
A
 
Y
N
 
K
G
 
A
R
 
K
V
 
A
W
 
E
S
 
L
L
 
I
L
 
L
D
 
E
A
 
C
V
 
V
G
 
G
L
 
M
A
 
I
G
 
A
R
 
H
A
 
A
D
 
D
E
 
K
L
 
L
C
 
V
A
 
R
S
 
F
L
 
Y
S
 
S
H
 
G
G
 
G
E
 
Q
K
 
K
R
 
R
L
 
K
L
 
I
E
 
S
I
 
V
A
 
G
V
 
V
S
 
A
L
 
L
A
 
L
T
 
A
N
 
P
A
 
T
K
 
Q
L
 
M
L
 
I
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
T
A
 
A
G
 
G
L
 
I
A
 
D
E
 
P
S
 
K
D
 
A
R
 
R
K
 
R
V
 
E
V
 
V
S
 
W
A
 
E
L
 
L
I
 
L
-
 
L
-
 
W
R
 
C
R
 
R
L
 
E
A
 
H
Q
 
S
S
 
N
H
 
S
A
 
A
I
 
L
L
 
M
L
 
L
I
 
T
E
 
S
H
 
H
D
 
S
I
 
M
D
 
D
R
 
E
V
 
C
L
 
E
A
 
A
M
 
L
S
 
C
D
 
S
R
 
R
I
 
I
T
 
A
V
 
V
L
 
L
H
 
N
Q
 
R
G
 
G
R
 
S
L
 
L
I
 
I
A
 
A
D
 
I
G
 
G
K
 
S
P
 
S
A
 
Q
E
 
E
V
 
L

Sites not aligning to the query:

P19566 Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK; EC 7.5.2.1 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see paper)
31% identity, 25% coverage: 615:827/859 of query aligns to 4:221/369 of P19566

query
sites
P19566
L
 
V
Q
 
Q
L
 
L
E
 
R
G
 
N
V
 
V
S
 
T
A
 
K
G
 
A
Y
 
W
G
 
G
G
 
D
G
 
V
T
 
V
V
 
V
L
 
S
D
 
K
G
 
D
V
 
I
S
 
N
L
 
L
T
 
D
V
 
I
Q
 
H
A
 
D
G
 
G
E
 
E
V
 
F
V
 
V
A
 
V
L
 
F
L
 
V
G
 
G
R
 
P
N
 
S
G
 
G
V
 
C
G
 
G
K
 
K
T
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
T
 
M
I
 
I
T
 
A
G
 
G
T
 
L
L
 
E
P
 
T
A
 
I
S
 
T
A
 
S
G
 
G
R
 
D
I
 
L
L
 
F
L
 
I
D
 
G
G
 
E
R
 
T
E
 
R
I
 
M
G
 
N
A
 
D
L
 
I
R
 
P
P
 
P
D
 
A
Q
 
E
I
 
-
N
 
-
R
 
-
H
 
R
G
 
G
I
 
V
A
 
G
L
 
M
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
S
R
 
Y
R
 
A
L
|
L
F
 
Y
P
 
P
N
 
H
L
 
L
T
 
S
V
 
V
Q
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
K
 
S
L
 
F
A
 
G
M
 
L
R
 
K
P
 
L
G
 
A
G
 
G
T
 
A
S
 
K
Q
 
K
E
 
E
-
 
V
-
 
M
-
 
N
-
 
Q
-
 
R
-
 
V
-
 
N
E
 
Q
I
 
V
C
 
A
D
 
E
L
 
V
F
 
L
P
 
-
K
 
Q
L
 
L
R
 
A
V
 
H
L
 
L
M
 
L
R
 
E
A
 
R
R
 
K
A
 
P
E
 
K
N
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
M
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
S
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
M
 
V
M
 
A
P
 
E
S
 
P
R
 
R
L
 
V
I
 
F
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
|
P
F
 
L
E
 
S
G
 
N
L
 
L
A
x
D
P
 
A
A
 
A
V
 
L
V
 
R
Q
 
V
E
 
Q
V
 
M
R
 
R
E
 
I
A
 
E
V
 
I
A
 
S
K
 
R
L
 
L
T
 
H
A
 
K
R
 
R
-
 
L
-
 
G
A
 
R
S
 
T
L
 
M
M
 
I
I
 
Y
V
 
V
E
 
T
H
 
H
H
 
D
A
 
Q
E
 
V
S
 
E
V
 
A
L
 
M
A
 
T
M
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
K
A
 
I
Y
 
V
V
 
V
L
 
L
V
 
D
N
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
V
A
 
A
F
 
Q
G
 
V
G
 
G
S
 
K
A
 
P
G
 
L
E
 
E
L
 
L

Sites not aligning to the query:

8wm7C Cryo-em structure of cyanobacterial nitrate/nitrite transporter nrtbcd in complex with signalling protein pii (see paper)
29% identity, 32% coverage: 358:630/859 of query aligns to 18:308/658 of 8wm7C

query
sites
8wm7C
G
 
G
S
 
R
I
x
Y
V
 
I
T
 
A
Q
 
L
N
 
K
D
 
N
V
 
I
S
 
E
L
 
L
E
 
K
V
 
I
S
 
K
R
 
Q
T
 
G
G
 
E
L
 
F
H
 
V
S
 
S
L
 
L
I
 
I
G
 
G
P
 
H
N
 
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
 
K
T
x
S
T
 
T
F
 
L
F
 
L
N
 
N
L
 
I
L
 
I
T
 
A
G
 
G
I
 
L
I
 
D
R
 
R
A
 
A
D
 
S
A
 
I
G
 
G
S
 
G
I
 
V
Q
 
T
F
 
L
E
 
E
G
 
G
Q
 
R
E
 
E
I
 
I
G
 
R
R
 
E
L
 
P
P
 
S
P
 
P
H
 
D
R
 
R
R
 
M
A
 
V
R
 
-
L
 
-
G
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
S
 
V
F
 
F
Q
 
Q
I
 
N
L
 
Y
S
 
S
V
 
L
F
 
L
P
 
P
H
 
W
L
 
L
T
 
T
A
 
V
F
 
R
E
 
E
N
 
N
V
 
V
R
 
A
I
 
L
A
 
A
V
 
V
-
 
D
Q
 
E
A
 
V
A
 
Y
E
 
Q
G
 
G
H
 
K
W
 
S
Y
 
K
G
 
G
F
 
E
W
 
R
R
 
R
D
 
A
A
 
I
Y
 
I
D
 
E
D
 
E
E
 
H
V
 
I
A
 
-
N
 
-
G
 
-
R
 
-
V
 
-
W
 
-
S
 
-
L
 
-
L
 
-
D
 
D
A
 
M
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
R
G
 
L
R
 
A
A
 
A
D
 
N
E
 
K
L
 
R
C
 
P
A
 
S
S
 
E
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
E
 
M
K
 
K
R
 
Q
L
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
V
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
T
 
T
N
 
R
A
 
P
K
 
K
L
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
F
A
 
G
G
 
A
L
 
L
A
 
D
E
 
A
S
 
L
D
 
T
R
 
R
K
 
G
V
 
S
V
 
L
S
 
Q
A
 
E
L
 
Q
I
 
L
R
 
M
R
 
K
L
 
I
A
 
C
Q
 
N
S
 
E
H
 
H
A
 
Q
I
 
I
-
 
T
-
 
C
L
 
V
L
 
M
I
 
V
E
 
T
H
 
H
D
 
D
I
 
V
D
 
D
R
 
E
V
 
A
L
 
L
A
 
L
M
 
L
S
 
S
D
 
D
R
 
R
I
 
V
T
 
V
V
 
M
L
 
L
-
 
T
-
 
N
-
 
G
-
 
P
-
 
E
-
 
A
H
 
H
Q
 
I
G
 
G
R
 
Q
L
 
I
-
 
L
-
 
E
I
 
V
A
 
P
D
 
I
G
 
S
K
 
R
P
 
P
A
 
R
-
 
Q
-
 
R
-
 
L
E
 
E
V
 
V
A
 
V
R
 
K
N
 
H
P
 
P
-
 
S
-
 
Y
-
 
Y
-
 
N
-
 
L
-
 
R
D
 
N
V
 
E
V
 
I
T
 
I
A
 
Y
Y
 
F
L
 
L
G
 
N
R
 
Q
A
 
Q
H
 
K
G
 
L
A
 
A
P
 
K
P
 
K
R
 
R
R
 
Q
V
 
T
G
 
Q
Q
 
Q
M
 
A
A
 
S
T
 
A
P
 
P
P
 
L
-
 
G
-
 
T
-
 
A
-
 
K
-
 
A
-
 
V
-
 
I
-
 
E
-
 
I
-
 
G
-
 
F
V
 
M
P
 
P
R
 
L
P
 
T
A
 
D
A
 
S
A
 
A
P
 
P
L
 
L
L
 
I
-
 
V
-
 
A
Q
 
K
L
 
E
E
 
K
G
 
G
V
 
F
S
 
F
A
 
A
G
 
K
Y
 
Y
G
 
G
G
 
L
G
 
D
T
 
N
V
 
V
L
 
I

Sites not aligning to the query:

6z5uK Cryo-em structure of the a. Baumannii mlabdef complex bound to appnhp (see paper)
31% identity, 25% coverage: 614:829/859 of query aligns to 2:228/253 of 6z5uK

query
sites
6z5uK
L
 
L
L
 
I
Q
 
E
L
 
V
E
 
K
G
 
N
V
 
L
S
 
S
A
 
F
G
 
N
Y
x
R
G
 
G
G
 
E
G
 
R
T
 
V
V
 
I
L
 
Y
D
 
D
G
 
N
V
 
I
S
 
S
L
 
L
T
 
N
V
 
I
Q
 
R
A
 
R
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
T
A
 
A
L
 
I
L
 
M
G
 
G
R
 
P
N
x
S
G
|
G
V
 
T
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
T
 
L
I
 
I
T
 
G
G
 
G
T
 
Q
L
 
L
P
 
V
A
 
P
S
 
D
A
 
Q
G
 
G
R
 
E
I
 
V
L
 
L
L
 
L
D
 
D
G
 
G
R
 
K
E
 
D
I
 
I
G
 
A
A
 
Q
L
 
M
R
 
S
P
 
R
D
 
Q
Q
 
E
I
 
L
-
 
F
-
 
A
N
 
A
R
 
R
H
 
A
G
 
R
I
 
M
A
 
G
L
 
M
V
 
L
P
 
F
E
x
Q
G
 
S
R
 
G
R
 
A
L
 
L
F
 
F
P
 
T
N
 
D
L
 
M
T
 
S
V
 
V
Q
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
V
K
 
A
L
 
F
A
 
P
M
 
I
R
 
R
P
 
A
G
 
H
G
 
T
T
 
K
S
 
L
Q
 
S
E
 
E
E
 
N
I
 
L
C
 
I
D
 
A
L
 
E
F
 
L
P
 
V
K
 
A
L
 
L
R
 
K
-
 
L
-
 
E
-
 
S
V
 
V
L
 
G
M
 
L
R
 
R
A
 
G
R
 
T
A
 
E
E
 
Q
-
 
L
-
 
M
-
 
P
-
 
T
N
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
M
R
 
N
Q
 
R
M
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
L
S
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
M
 
A
M
 
L
P
 
D
S
 
P
R
 
D
L
 
L
I
 
I
L
 
M
L
 
Y
D
 
D
E
|
E
P
 
P
F
 
F
E
 
A
G
 
G
L
 
Q
A
 
D
P
 
P
A
 
I
V
 
V
-
 
K
-
 
G
-
 
V
-
 
L
-
 
T
-
 
R
-
 
L
V
 
I
Q
 
R
E
 
S
V
 
L
R
 
R
E
 
E
A
 
A
V
 
L
A
 
D
K
 
L
L
 
T
T
 
T
A
 
-
R
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
M
 
I
I
 
I
V
 
V
E
 
S
H
|
H
H
 
D
A
 
V
E
 
P
S
 
E
V
 
T
L
 
L
A
 
S
M
 
I
A
 
A
D
 
D
R
 
Y
A
 
I
Y
 
Y
V
 
V
L
 
V
V
 
A
N
 
E
G
 
G
R
 
K
V
 
I
A
 
Q
F
 
G
G
 
E
G
 
G
S
 
T
A
 
P
G
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
Q
A
 
A

Query Sequence

>WP_015934189.1 NCBI__GCF_000022085.1:WP_015934189.1
MRTGPSASRRLWEHPIVVLTAVLLAASGLALAWGMPIQRITQIAIYTLYGAGVNFLIGYL
GLVPFGASFFFGCAGYALAITSGALGGSEISGLVIAAGFALILAALVGSVILRRRGLYFS
LLTLACSQIAFEVAFKWTSVTGGENGLQNVLRPLFPSALAFHAFTVAVVLGLLWGLWRLA
HAPFGRLMQALRDNEQRVVSLGYDTYRTKLIALTIAGGVIGVGGGLMALLLQGVYANNLD
WQHAGDAVLMAALGGVHHFLGPLWGAIVFIVLEDRLSAITENWWLIFAPLIIVFALLSPE
GIQGIFQRLVGRNRWTLTRDGIPERPARIVPYAPGGAVTGRDGGTPILVVRGLSKRFGSI
VTQNDVSLEVSRTGLHSLIGPNGAGKTTFFNLLTGIIRADAGSIQFEGQEIGRLPPHRRA
RLGLARSFQILSVFPHLTAFENVRIAVQAAEGHWYGFWRDAYDDEVANGRVWSLLDAVGL
AGRADELCASLSHGEKRLLEIAVSLATNAKLLLLDEPLAGLAESDRKVVSALIRRLAQSH
AILLIEHDIDRVLAMSDRITVLHQGRLIADGKPAEVARNPDVVTAYLGRAHGAPPRRVGQ
MATPPVPRPAAAPLLQLEGVSAGYGGGTVLDGVSLTVQAGEVVALLGRNGVGKTTLLRTI
TGTLPASAGRILLDGREIGALRPDQINRHGIALVPEGRRLFPNLTVQENLKLAMRPGGTS
QEEICDLFPKLRVLMRARAENLSGGERQMVAISRALMMPSRLILLDEPFEGLAPAVVQEV
REAVAKLTARASLMIVEHHAESVLAMADRAYVLVNGRVAFGGSAGELAADTALQERLLGV
AQVSESVAPRDGLMIEGAA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory