SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_017223438.1 NCBI__GCF_000276805.1:WP_017223438.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2d3tC Fatty acid beta-oxidation multienzyme complex from pseudomonas fragi, form v (see paper)
66% identity, 99% coverage: 2:387/389 of query aligns to 5:390/390 of 2d3tC

query
sites
2d3tC
R
 
R
D
 
D
V
 
V
V
 
V
V
 
I
V
 
V
D
 
D
C
 
F
L
 
G
R
 
R
T
 
T
P
 
P
M
 
M
G
 
G
R
 
R
S
 
S
K
 
K
A
 
G
G
 
G
A
 
M
F
 
H
R
 
R
H
 
N
V
 
T
R
 
R
A
 
A
E
 
E
D
 
D
L
 
M
S
 
S
A
 
A
K
 
H
L
 
L
M
 
I
R
 
S
G
 
K
L
 
V
L
 
L
D
 
E
R
 
R
N
 
N
P
 
S
E
 
K
V
 
V
D
 
D
P
 
P
N
 
G
D
 
E
I
 
V
E
 
E
D
 
D
V
 
V
Y
 
I
W
 
W
G
 
G
C
 
C
V
 
V
Q
 
N
Q
 
Q
T
 
T
L
 
L
E
 
E
Q
 
Q
G
 
G
F
 
W
N
 
N
I
 
I
A
 
A
R
 
R
N
 
M
A
 
A
S
 
S
L
 
L
L
 
M
A
 
T
G
 
Q
I
 
I
P
 
P
I
 
H
T
 
T
A
 
S
G
 
A
A
 
A
T
 
Q
T
 
T
V
 
V
N
 
S
R
 
R
L
 
L
C
|
C
G
 
G
S
 
S
S
 
S
M
 
M
Q
 
S
A
 
A
I
 
L
H
 
H
D
 
T
A
 
A
T
 
A
R
 
Q
A
 
A
I
 
I
A
 
M
M
 
T
G
 
G
D
 
N
G
 
G
D
 
D
V
 
V
M
 
F
I
 
V
I
 
V
G
 
G
G
 
G
V
 
V
E
 
E
H
 
H
M
 
M
G
 
G
H
 
H
V
 
V
P
 
S
M
 
M
N
 
M
H
 
H
G
 
G
V
 
V
D
 
D
F
 
P
H
 
N
V
 
P
G
 
H
L
 
M
A
 
S
K
 
L
S
 
Y
T
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
A
A
 
S
G
 
G
M
 
M
M
 
M
G
 
G
L
 
L
T
 
T
A
 
A
E
 
E
M
 
M
L
 
L
G
 
G
K
 
K
M
 
M
H
 
H
G
 
G
I
 
I
T
 
S
R
 
R
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
F
 
F
A
 
A
V
 
V
R
 
R
S
 
S
H
 
H
K
 
Q
L
 
L
A
 
A
Q
 
H
A
 
K
A
 
A
T
 
T
V
 
V
S
 
E
G
 
G
R
 
K
F
 
F
K
 
K
R
 
D
E
 
E
I
 
I
L
 
I
P
 
P
I
 
M
E
 
Q
G
 
G
H
 
Y
D
 
D
A
 
E
D
 
N
G
 
G
I
 
F
L
 
L
K
 
K
L
 
I
Y
 
F
D
 
D
F
 
Y
D
 
D
E
 
E
V
 
T
I
 
I
R
|
R
P
 
P
E
 
D
T
 
T
T
 
T
M
 
L
E
 
E
S
 
S
L
|
L
A
 
A
G
 
A
L
|
L
R
 
K
P
 
P
V
 
A
F
 
F
D
 
N
P
 
P
V
 
K
N
 
G
G
 
G
T
 
T
V
 
V
T
 
T
A
|
A
G
|
G
T
 
T
S
 
S
S
|
S
A
 
Q
L
x
I
S
 
T
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
S
A
 
C
M
 
M
L
 
I
L
 
V
M
 
M
S
 
S
A
 
A
D
 
Q
K
 
R
A
 
A
K
 
K
E
 
D
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
E
P
 
P
R
 
L
A
 
A
R
 
V
V
 
I
V
 
R
S
 
S
M
 
M
A
 
A
V
 
V
A
 
A
G
 
G
C
 
V
D
 
D
P
 
P
S
 
A
I
 
I
M
 
M
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
P
 
P
V
 
V
P
 
P
A
 
A
T
 
T
K
 
Q
K
 
K
A
 
A
L
 
L
K
 
K
R
 
R
A
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
N
I
 
M
N
 
A
D
 
D
I
 
I
D
 
D
V
 
F
F
 
I
E
 
E
L
 
L
N
 
N
E
 
E
A
|
A
F
|
F
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
S
 
A
L
 
L
P
 
P
C
 
V
V
 
L
K
 
K
D
 
D
L
 
L
G
 
K
L
 
V
E
 
L
D
 
D
V
 
K
V
 
M
E
 
N
T
 
E
K
 
K
I
 
V
N
 
N
L
 
L
N
 
H
G
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
I
S
 
A
L
 
L
G
 
G
H
|
H
P
 
P
L
 
F
G
 
G
C
 
C
S
 
S
G
 
G
S
 
A
R
 
R
I
 
I
S
 
S
T
 
G
T
 
T
L
 
L
V
 
L
N
 
N
E
 
V
L
 
M
E
 
K
V
 
Q
Q
 
N
G
 
G
G
 
G
R
 
T
Y
 
F
G
 
G
L
 
L
A
 
S
T
 
T
M
 
M
C
|
C
I
 
I
G
|
G
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
I
 
I
A
 
A
T
 
T
I
 
V
F
 
F
E
 
E
R
 
R
I
 
V

8gqmA Crystal structure of thiolase complexed with acetyl coenzyme a
44% identity, 99% coverage: 3:388/389 of query aligns to 2:376/377 of 8gqmA

query
sites
8gqmA
D
 
S
V
 
V
V
 
V
V
 
I
V
 
A
D
 
G
C
 
Y
L
 
A
R
 
R
T
 
S
P
 
P
M
 
F
G
 
H
R
 
F
S
 
A
K
 
R
A
x
K
G
 
G
A
 
A
F
 
L
R
 
V
H
 
D
V
 
I
R
 
R
A
 
P
E
 
D
D
 
D
L
 
L
S
 
A
A
 
A
K
 
A
L
 
V
M
 
L
R
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
V
D
 
E
R
 
K
N
 
L
P
 
-
E
 
D
V
 
L
D
 
D
P
 
P
N
 
A
D
 
L
I
 
L
E
 
E
D
 
D
V
 
V
Y
 
V
W
 
M
G
 
G
C
 
C
V
 
A
Q
 
Y
Q
 
P
T
 
E
L
 
A
E
 
E
Q
 
Q
G
 
G
F
 
M
N
 
N
I
 
I
A
 
A
R
 
R
N
 
I
A
 
A
S
 
S
L
 
F
L
 
R
A
 
A
G
 
G
I
 
F
P
 
P
I
 
Q
T
 
S
A
 
L
G
 
G
A
 
G
T
 
A
T
 
T
V
 
L
N
 
N
R
 
R
L
 
F
C
x
S
G
 
G
S
 
S
S
 
S
M
 
M
Q
 
S
A
 
A
I
 
V
H
 
H
D
 
Y
A
 
A
T
 
A
R
 
G
A
 
Q
I
 
V
A
 
L
M
 
L
G
 
G
D
 
A
G
 
G
D
 
E
V
 
A
M
 
F
I
 
I
I
 
A
G
 
A
G
 
G
V
 
V
E
 
E
H
 
S
M
 
M
G
 
T
H
 
R
V
 
V
P
 
P
M
|
M
N
 
G
-
 
G
H
 
F
G
 
N
V
 
L
D
 
S
F
 
P
H
 
N
V
 
P
G
 
A
L
 
L
A
 
L
K
 
Q
S
 
D
T
 
Y
A
 
P
K
 
A
A
 
V
A
 
Y
G
 
M
M
 
S
M
|
M
G
 
G
L
 
Q
T
 
T
A
 
A
E
 
E
M
 
N
L
 
V
G
 
A
K
 
E
M
 
R
H
 
Y
G
 
A
I
 
V
T
 
S
R
 
R
E
 
V
Q
 
E
Q
 
Q
D
 
E
A
 
E
F
 
M
A
 
A
V
 
V
R
 
R
S
 
S
H
 
H
K
 
A
L
 
K
A
 
A
Q
 
V
A
 
A
A
 
A
T
 
R
V
 
E
S
 
A
G
 
G
R
 
L
F
 
L
K
 
R
R
 
E
E
 
E
I
 
I
L
 
V
P
 
A
I
 
I
E
 
D
-
 
T
-
 
P
-
 
A
G
 
G
H
 
R
D
 
V
A
 
A
D
 
E
G
 
-
I
 
-
L
 
-
K
 
-
L
 
-
Y
 
-
D
 
-
F
 
-
D
 
D
E
 
G
V
 
C
I
 
I
R
|
R
P
 
P
E
 
G
T
|
T
T
 
N
M
 
L
E
 
E
S
 
S
L
|
L
A
 
A
G
 
Q
L
|
L
R
 
K
P
 
P
V
 
A
F
 
F
D
 
-
P
 
-
V
 
-
N
 
G
G
 
G
T
 
S
V
 
V
T
 
T
A
|
A
G
x
A
T
 
T
S
|
S
S
|
S
A
 
P
L
 
L
S
 
T
D
 
D
G
 
G
A
 
S
S
 
A
A
 
A
M
 
L
L
 
L
L
 
V
M
 
C
S
 
S
A
 
E
D
 
D
K
 
F
A
 
A
K
 
R
E
 
R
L
 
H
G
 
G
L
 
L
K
 
V
P
 
I
R
 
L
A
 
A
R
 
R
V
 
I
V
 
K
S
 
A
M
 
V
A
 
A
V
 
V
A
 
A
G
 
G
C
 
C
D
 
A
P
 
P
S
 
E
I
 
I
M
|
M
G
 
G
Y
 
M
G
 
G
P
 
P
V
 
V
P
 
Q
A
 
A
T
 
T
K
 
R
K
 
K
A
 
V
L
 
L
K
 
Q
R
 
R
A
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
G
I
 
I
N
 
A
D
 
D
I
 
I
D
 
D
V
 
L
F
 
V
E
 
E
L
 
I
N
 
N
E
 
E
A
|
A
F
 
F
A
 
A
A
 
S
Q
 
Q
S
 
S
L
 
I
P
 
A
C
 
C
V
 
I
K
 
R
D
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
L
E
 
D
D
 
-
V
 
-
V
 
-
E
 
M
T
 
D
K
 
R
I
 
I
N
 
N
L
 
L
N
 
D
G
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
L
S
 
A
L
 
I
G
 
G
H
|
H
P
 
P
L
|
L
G
 
G
C
 
A
S
 
T
G
 
G
S
 
A
R
 
R
I
 
I
S
 
T
T
 
G
T
 
K
L
 
A
V
 
A
N
 
A
E
 
L
L
 
L
E
 
R
V
 
R
Q
 
T
G
 
G
G
 
G
R
 
R
Y
 
Y
G
 
A
L
 
I
A
 
A
T
 
T
M
 
Q
C
 
C
I
 
I
G
 
A
L
 
G
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
I
 
V
A
 
A
T
 
T
I
 
L
F
 
L
E
 
E
R
 
A
I
 
V
E
 
E

6pccA Crystal structure of beta-ketoadipyl-coa thiolase mutant (h356a) in complex hexanoyl coenzyme a (see paper)
44% identity, 99% coverage: 1:387/389 of query aligns to 4:403/403 of 6pccA

query
sites
6pccA
M
 
M
R
 
H
D
 
D
V
 
V
V
 
F
V
 
I
V
 
C
D
 
D
C
 
A
L
 
I
R
 
R
T
 
T
P
 
P
M
 
I
G
 
G
R
 
R
S
 
F
K
 
-
A
 
G
G
 
G
A
 
A
F
 
L
R
 
A
H
 
S
V
 
V
R
 
R
A
 
A
E
 
D
D
 
D
L
 
L
S
 
A
A
 
A
K
 
V
L
 
P
M
 
L
R
 
K
G
 
A
L
 
L
L
 
I
D
 
E
R
 
R
N
 
N
P
 
P
E
 
G
V
 
V
D
 
Q
P
 
W
N
 
D
D
 
Q
I
 
V
E
 
D
D
 
E
V
 
V
Y
 
F
W
 
F
G
 
G
C
 
C
V
 
A
Q
x
N
Q
 
Q
T
 
A
L
 
G
E
 
E
Q
 
D
G
 
N
F
 
R
N
 
N
I
 
V
A
 
A
R
 
R
N
 
M
A
 
A
S
 
L
L
 
L
L
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
L
P
 
P
I
 
E
T
 
S
A
 
I
G
 
P
A
 
G
T
 
V
T
 
T
V
 
L
N
 
N
R
 
R
L
 
L
C
|
C
G
 
A
S
 
S
S
 
G
M
 
M
Q
 
D
A
 
A
I
 
V
H
 
G
D
 
T
A
 
A
T
 
F
R
 
R
A
 
A
I
 
I
A
 
A
M
 
S
G
 
G
D
 
E
G
 
M
D
 
E
V
 
L
M
 
V
I
 
I
I
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
V
E
 
E
H
 
S
M
 
M
G
 
S
H
 
R
V
 
A
P
 
P
M
 
F
-
 
V
-
 
M
-
 
G
-
 
K
-
 
A
-
 
E
-
 
S
-
 
A
-
 
Y
-
 
S
-
 
R
-
 
N
-
 
M
-
 
K
-
 
L
-
 
E
-
 
D
-
x
T
N
 
T
H
x
I
G
|
G
V
 
W
D
x
R
F
 
F
H
 
I
V
 
N
G
 
P
L
 
L
A
 
M
K
 
K
S
 
S
T
 
Q
A
 
-
K
 
Y
A
 
G
A
 
V
G
 
D
M
 
S
M
 
M
G
 
P
L
 
E
T
 
T
A
 
A
E
 
D
M
 
N
L
 
V
G
 
A
K
 
D
M
 
D
H
 
Y
G
 
Q
I
 
V
T
 
S
R
 
R
E
 
A
Q
 
D
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
F
 
F
A
 
A
V
 
L
R
 
R
S
 
S
H
 
Q
K
 
Q
L
 
K
A
 
A
Q
 
A
A
 
A
A
 
A
T
 
Q
V
 
A
S
 
A
G
 
G
R
 
F
F
 
F
K
 
A
R
 
E
E
 
E
I
 
I
L
 
V
P
 
P
I
 
V
E
 
R
G
 
I
H
 
A
D
 
H
A
 
K
D
 
K
G
 
G
I
 
E
L
 
I
K
 
-
L
 
I
Y
 
V
D
 
E
F
 
R
D
 
D
E
 
E
V
 
H
I
 
L
R
|
R
P
 
P
E
 
E
T
|
T
T
 
T
M
 
L
E
 
E
S
 
A
L
 
L
A
 
T
G
 
K
L
 
L
R
 
K
P
 
P
V
 
V
F
 
N
D
 
G
P
 
P
V
 
-
N
 
D
G
 
K
T
 
T
V
 
V
T
 
T
A
|
A
G
 
G
T
 
N
S
 
A
S
|
S
A
 
G
L
 
V
S
 
N
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
A
A
 
A
M
 
M
L
 
I
L
 
L
M
 
A
S
 
S
A
 
A
D
 
A
K
 
A
A
 
V
K
 
K
E
 
K
L
 
H
G
 
G
L
 
L
K
 
T
P
 
P
R
 
R
A
 
A
R
 
R
V
 
V
V
 
L
S
 
G
M
 
M
A
 
A
V
 
S
A
 
G
G
 
G
C
 
V
D
 
A
P
 
P
S
 
R
I
 
V
M
 
M
G
 
G
Y
 
I
G
 
G
P
 
P
V
 
V
P
 
P
A
 
A
T
 
V
K
 
R
K
 
K
A
 
L
L
 
T
K
 
E
R
 
R
A
 
L
G
 
G
L
 
I
T
 
A
I
 
V
N
 
S
D
 
D
I
 
F
D
 
D
V
 
V
F
 
I
E
 
E
L
 
L
N
|
N
E
 
E
A
 
A
F
|
F
A
 
A
A
 
S
Q
 
Q
S
 
G
L
 
L
P
 
A
C
 
V
V
 
L
K
 
R
D
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
V
E
 
A
D
 
D
V
 
D
V
 
A
E
 
-
T
 
P
K
 
Q
I
 
V
N
 
N
L
 
P
N
 
N
G
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
I
S
 
A
L
 
L
G
 
G
H
x
A
P
 
P
L
|
L
G
 
G
C
 
M
S
 
S
G
 
G
S
 
A
R
 
R
I
 
L
S
 
V
T
 
L
T
 
T
L
 
A
V
 
L
N
 
H
E
 
Q
L
 
L
E
 
E
V
 
K
Q
 
S
G
 
G
G
 
G
R
 
R
Y
 
K
G
 
G
L
 
L
A
 
A
T
 
T
M
 
M
C
|
C
I
 
V
G
|
G
L
 
V
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
I
 
L
A
 
A
T
 
L
I
 
A
F
 
I
E
 
E
R
 
R
I
 
V

6pcbA Crystal structure of beta-ketoadipyl-coa thiolase mutant (h356a) in complex with coa (see paper)
44% identity, 99% coverage: 1:387/389 of query aligns to 4:403/403 of 6pcbA

query
sites
6pcbA
M
 
M
R
 
H
D
 
D
V
 
V
V
 
F
V
 
I
V
 
C
D
 
D
C
 
A
L
 
I
R
 
R
T
 
T
P
 
P
M
 
I
G
 
G
R
 
R
S
 
F
K
 
-
A
 
G
G
 
G
A
 
A
F
 
L
R
 
A
H
 
S
V
 
V
R
 
R
A
 
A
E
 
D
D
 
D
L
 
L
S
 
A
A
 
A
K
 
V
L
 
P
M
 
L
R
 
K
G
 
A
L
 
L
L
 
I
D
 
E
R
 
R
N
 
N
P
 
P
E
 
G
V
 
V
D
 
Q
P
 
W
N
 
D
D
 
Q
I
 
V
E
 
D
D
 
E
V
 
V
Y
 
F
W
 
F
G
 
G
C
 
C
V
 
A
Q
 
N
Q
 
Q
T
 
A
L
 
G
E
 
E
Q
 
D
G
 
N
F
 
R
N
 
N
I
 
V
A
 
A
R
 
R
N
 
M
A
 
A
S
 
L
L
 
L
L
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
L
P
 
P
I
 
E
T
 
S
A
 
I
G
 
P
A
 
G
T
 
V
T
 
T
V
 
L
N
 
N
R
 
R
L
 
L
C
|
C
G
 
A
S
 
S
S
 
G
M
 
M
Q
 
D
A
 
A
I
 
V
H
 
G
D
 
T
A
 
A
T
 
F
R
 
R
A
 
A
I
 
I
A
 
A
M
 
S
G
 
G
D
 
E
G
 
M
D
 
E
V
 
L
M
 
V
I
 
I
I
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
V
E
 
E
H
 
S
M
 
M
G
 
S
H
 
R
V
 
A
P
 
P
M
 
F
-
 
V
-
 
M
-
 
G
-
 
K
-
 
A
-
 
E
-
 
S
-
 
A
-
 
Y
-
 
S
-
 
R
-
 
N
-
 
M
-
 
K
-
 
L
-
 
E
-
 
D
-
 
T
N
 
T
H
x
I
G
 
G
V
 
W
D
 
R
F
 
F
H
 
I
V
 
N
G
 
P
L
 
L
A
 
M
K
 
K
S
 
S
T
 
Q
A
 
-
K
 
Y
A
 
G
A
 
V
G
 
D
M
 
S
M
 
M
G
 
P
L
 
E
T
 
T
A
 
A
E
 
D
M
 
N
L
 
V
G
 
A
K
 
D
M
 
D
H
 
Y
G
 
Q
I
 
V
T
 
S
R
 
R
E
 
A
Q
 
D
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
F
 
F
A
 
A
V
 
L
R
 
R
S
 
S
H
 
Q
K
 
Q
L
 
K
A
 
A
Q
 
A
A
 
A
A
 
A
T
 
Q
V
 
A
S
 
A
G
 
G
R
 
F
F
 
F
K
 
A
R
 
E
E
 
E
I
 
I
L
 
V
P
 
P
I
 
V
E
 
R
G
 
I
H
 
A
D
 
H
A
 
K
D
 
K
G
 
G
I
 
E
L
 
I
K
 
-
L
 
I
Y
 
V
D
 
E
F
 
R
D
 
D
E
 
E
V
 
H
I
 
L
R
|
R
P
 
P
E
 
E
T
 
T
T
 
T
M
 
L
E
 
E
S
 
A
L
 
L
A
 
T
G
 
K
L
 
L
R
 
K
P
 
P
V
 
V
F
 
N
D
 
G
P
 
P
V
 
-
N
 
D
G
 
K
T
 
T
V
 
V
T
 
T
A
|
A
G
 
G
T
 
N
S
 
A
S
|
S
A
x
G
L
 
V
S
 
N
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
A
A
 
A
M
 
M
L
 
I
L
 
L
M
 
A
S
 
S
A
 
A
D
 
A
K
 
A
A
 
V
K
 
K
E
 
K
L
 
H
G
 
G
L
 
L
K
 
T
P
 
P
R
 
R
A
 
A
R
 
R
V
 
V
V
 
L
S
 
G
M
 
M
A
 
A
V
 
S
A
 
G
G
 
G
C
 
V
D
 
A
P
 
P
S
 
R
I
 
V
M
 
M
G
 
G
Y
 
I
G
 
G
P
 
P
V
 
V
P
 
P
A
 
A
T
 
V
K
 
R
K
 
K
A
 
L
L
 
T
K
 
E
R
 
R
A
 
L
G
 
G
L
 
I
T
 
A
I
 
V
N
 
S
D
 
D
I
 
F
D
 
D
V
 
V
F
 
I
E
 
E
L
 
L
N
|
N
E
 
E
A
 
A
F
|
F
A
 
A
A
 
S
Q
 
Q
S
 
G
L
 
L
P
 
A
C
 
V
V
 
L
K
 
R
D
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
V
E
 
A
D
 
D
V
 
D
V
 
A
E
 
-
T
 
P
K
 
Q
I
 
V
N
 
N
L
 
P
N
 
N
G
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
I
S
 
A
L
 
L
G
 
G
H
x
A
P
 
P
L
 
L
G
 
G
C
 
M
S
 
S
G
 
G
S
 
A
R
 
R
I
 
L
S
 
V
T
 
L
T
 
T
L
 
A
V
 
L
N
 
H
E
 
Q
L
 
L
E
 
E
V
 
K
Q
 
S
G
 
G
G
 
G
R
 
R
Y
 
K
G
 
G
L
 
L
A
 
A
T
 
T
M
 
M
C
|
C
I
 
V
G
|
G
L
 
V
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
I
 
L
A
 
A
T
 
L
I
 
A
F
 
I
E
 
E
R
 
R
I
 
V

P45359 Acetyl-CoA acetyltransferase; Acetoacetyl-CoA thiolase; CaTHL; EC 2.3.1.9 from Clostridium acetobutylicum (strain ATCC 824 / DSM 792 / JCM 1419 / IAM 19013 / LMG 5710 / NBRC 13948 / NRRL B-527 / VKM B-1787 / 2291 / W) (see paper)
43% identity, 99% coverage: 1:386/389 of query aligns to 1:391/392 of P45359

query
sites
P45359
M
 
M
R
 
K
D
 
E
V
 
V
V
 
V
V
 
I
V
 
A
D
 
S
C
 
A
L
 
V
R
 
R
T
 
T
P
 
A
M
 
I
G
 
G
R
 
-
S
 
S
K
 
Y
A
 
G
G
 
K
A
 
S
F
 
L
R
 
K
H
 
D
V
 
V
R
 
P
A
 
A
E
 
V
D
 
D
L
 
L
S
 
G
A
 
A
K
 
T
L
 
A
M
 
I
R
 
K
G
 
E
L
 
A
L
 
V
D
 
-
R
 
K
N
 
K
P
 
A
E
 
G
V
 
I
D
 
K
P
 
P
N
 
E
D
 
D
I
 
V
E
 
N
D
 
E
V
 
V
Y
 
I
W
 
L
G
 
G
C
 
N
V
 
V
Q
 
L
Q
 
Q
T
 
A
L
 
-
E
 
G
Q
 
L
G
 
G
F
 
Q
N
 
N
I
 
P
A
 
A
R
 
R
N
 
Q
A
 
A
S
 
S
L
 
F
L
 
K
A
 
A
G
 
G
I
 
L
P
 
P
I
x
V
T
 
E
A
 
I
G
 
P
A
 
A
T
 
M
T
 
T
V
 
I
N
 
N
R
 
K
L
 
V
C
|
C
G
 
G
S
 
S
S
 
G
M
 
L
Q
 
R
A
 
T
I
 
V
H
x
S
D
 
L
A
 
A
T
 
A
R
 
Q
A
 
I
I
 
I
A
 
K
M
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
A
D
 
D
V
 
V
M
 
I
I
 
I
I
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
M
E
 
E
H
 
N
M
 
M
G
 
S
H
 
R
V
 
A
P
 
P
M
 
Y
-
 
L
-
 
A
-
 
N
N
 
N
H
 
A
G
 
R
V
 
W
D
 
G
F
 
Y
H
 
R
V
 
M
G
 
G
L
 
N
A
 
A
K
 
K
S
 
F
T
 
V
A
 
D
K
 
E
-
 
M
-
 
I
A
 
T
A
 
D
G
 
G
M
 
L
-
 
W
-
 
D
-
 
A
-
 
F
-
x
N
-
 
D
-
 
Y
-
 
H
M
 
M
G
 
G
L
 
I
T
 
T
A
 
A
E
 
E
M
 
N
L
 
I
G
 
A
K
 
E
M
 
R
H
 
W
G
 
N
I
 
I
T
 
S
R
 
R
E
 
E
Q
 
E
Q
 
Q
D
 
D
A
 
E
F
 
F
A
 
A
V
 
L
R
 
A
S
 
S
H
 
Q
K
 
K
L
 
K
A
 
A
Q
 
E
A
 
E
A
 
A
T
 
I
V
 
K
S
 
S
G
 
G
R
 
Q
F
 
F
K
 
K
R
 
D
E
 
E
I
 
I
L
 
V
P
 
P
-
 
V
-
 
V
I
 
I
E
 
K
G
 
G
H
 
R
D
 
K
A
 
G
D
 
E
G
 
T
I
 
V
L
 
V
K
 
-
L
 
-
Y
 
-
D
 
D
F
 
T
D
 
D
E
 
E
V
 
H
I
 
P
R
 
R
P
 
F
E
 
G
T
 
S
T
 
T
M
 
I
E
 
E
S
 
G
L
 
L
A
 
A
G
 
K
L
 
L
R
 
K
P
 
P
V
 
A
F
 
F
D
 
K
P
 
K
V
 
-
N
 
D
G
 
G
T
 
T
V
 
V
T
 
T
A
 
A
G
 
G
T
 
N
S
 
A
S
 
S
A
 
G
L
 
L
S
 
N
D
 
D
G
 
C
A
 
A
S
 
A
A
 
V
M
 
L
L
 
V
L
 
I
M
 
M
S
 
S
A
 
A
D
 
E
K
 
K
A
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
V
K
 
K
P
 
P
R
 
L
A
 
A
R
 
K
V
 
I
V
 
V
S
 
S
M
 
Y
A
x
G
V
x
S
A
 
A
G
 
G
C
 
V
D
 
D
P
 
P
S
x
A
I
 
I
M
 
M
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
P
 
P
V
 
F
P
 
Y
A
 
A
T
 
T
K
 
K
K
 
A
A
 
A
L
 
I
K
 
E
R
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
W
T
 
T
I
 
V
N
 
D
D
 
E
I
 
L
D
 
D
V
 
L
F
 
I
E
 
E
L
 
S
N
 
N
E
 
E
A
 
A
F
 
F
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
S
 
S
L
 
L
P
 
A
C
 
V
V
 
A
K
 
K
D
 
D
L
 
L
G
 
K
L
 
F
E
 
D
D
 
-
V
 
-
V
 
-
E
 
M
T
 
N
K
 
K
I
 
V
N
 
N
L
 
V
N
 
N
G
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
I
S
 
A
L
 
L
G
 
G
H
 
H
P
 
P
L
 
I
G
 
G
C
 
A
S
 
S
G
 
G
S
 
A
R
 
R
I
 
I
S
 
L
T
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
N
 
H
E
 
A
L
 
M
E
 
Q
V
 
K
Q
 
R
G
 
D
G
 
A
R
 
K
Y
 
K
G
 
G
L
 
L
A
 
A
T
 
T
M
 
L
C
|
C
I
 
I
G
 
G
L
 
G
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
I
 
T
A
|
A
T
 
I
I
 
L
F
 
L
E
 
E
R
 
K

8oqlC Structure of mycobacterium tuberculosis beta-oxidation trifunctional enzyme in complex with fragment-m-1 (see paper)
41% identity, 99% coverage: 3:387/389 of query aligns to 3:397/397 of 8oqlC

query
sites
8oqlC
D
 
E
V
 
A
V
 
F
V
 
I
V
 
Y
D
x
E
C
 
A
L
 
I
R
 
R
T
 
T
P
 
P
M
 
R
G
 
G
R
 
K
S
 
Q
K
 
K
A
 
N
G
 
G
A
 
S
F
 
L
R
 
H
H
 
E
V
 
V
R
 
K
A
 
P
E
 
L
D
 
S
L
 
L
S
 
V
A
 
V
K
 
G
L
 
L
M
 
I
R
 
D
G
 
E
L
 
L
L
 
R
D
 
K
R
 
R
N
x
H
P
 
P
E
 
D
V
 
L
D
 
D
P
 
E
N
 
N
D
 
L
I
 
I
E
 
S
D
 
D
V
 
V
Y
 
I
W
 
L
G
 
G
C
 
C
V
 
V
Q
 
S
Q
 
P
T
 
V
L
 
G
E
 
D
Q
 
Q
G
 
G
F
 
G
N
 
D
I
 
I
A
 
A
R
 
R
N
 
A
A
 
A
S
 
V
L
 
L
L
 
A
A
 
S
G
 
G
I
 
M
P
 
P
I
 
V
T
 
T
A
 
S
G
 
G
A
 
G
T
 
V
T
 
Q
V
 
L
N
 
N
R
 
R
L
x
F
C
 
C
G
 
A
S
 
S
S
 
G
M
 
L
Q
 
E
A
 
A
I
 
V
H
 
N
D
 
T
A
 
A
T
 
A
R
 
Q
A
 
K
I
 
V
A
 
R
M
 
S
G
 
G
D
 
W
G
 
D
D
 
D
V
 
L
M
 
V
I
 
L
I
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
V
E
 
E
H
 
S
M
 
M
G
 
S
H
 
R
V
 
V
P
 
P
M
 
M
N
 
-
H
 
-
G
 
G
V
 
S
D
 
D
F
 
G
-
 
G
H
 
A
V
x
M
G
 
G
L
 
L
A
 
D
K
 
P
S
 
A
T
 
T
A
 
N
K
 
Y
A
 
D
A
 
V
G
 
M
M
 
F
M
 
V
-
 
P
-
 
Q
G
 
S
L
 
I
T
 
G
A
 
A
E
 
D
M
 
L
L
 
I
G
 
A
K
 
T
M
 
I
H
 
E
G
 
G
I
 
F
T
 
S
R
 
R
E
 
E
Q
 
D
Q
 
V
D
 
D
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
V
 
L
R
 
R
S
 
S
H
 
Q
K
 
Q
L
 
K
A
 
A
Q
 
A
A
 
E
A
 
A
T
 
W
V
 
S
S
 
G
G
 
G
R
 
Y
F
 
F
K
 
A
R
 
K
E
 
S
I
 
V
L
 
V
P
 
P
I
 
V
E
 
-
G
 
-
H
 
R
D
 
D
A
 
Q
D
 
N
G
 
G
I
 
L
L
 
L
K
 
I
L
 
L
Y
 
-
D
 
D
F
 
H
D
 
D
E
 
E
V
 
H
I
 
M
R
 
R
P
 
P
E
 
D
T
 
T
T
 
T
M
 
K
E
 
E
S
 
G
L
 
L
A
 
A
G
 
K
L
 
L
R
 
K
P
 
P
V
 
A
F
 
F
D
 
E
-
 
G
-
 
G
-
 
F
-
 
D
-
 
D
-
 
V
-
 
A
-
 
L
-
 
Q
-
 
K
-
 
Y
-
 
H
-
 
W
-
 
V
-
 
E
P
 
K
V
 
I
N
 
N
G
 
H
T
 
V
V
 
H
T
 
T
A
 
G
G
 
G
T
 
N
S
 
S
S
 
S
A
 
G
L
 
I
S
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
A
A
 
L
M
 
V
L
x
M
L
 
I
M
 
G
S
 
S
A
 
A
D
 
A
K
 
A
A
 
G
K
 
K
E
 
L
L
 
Q
G
 
G
L
|
L
K
 
T
P
 
P
R
 
R
A
 
A
R
 
R
V
 
I
V
 
V
S
 
A
M
 
T
A
 
A
V
 
T
A
 
S
G
 
G
C
 
A
D
 
D
P
 
P
S
 
V
I
 
I
M
 
M
G
 
L
Y
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
T
P
 
P
A
 
A
T
 
T
K
 
R
K
 
K
A
 
V
L
 
L
K
 
D
R
 
R
A
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
T
I
 
V
N
 
D
D
 
D
I
 
I
D
 
D
V
 
L
F
 
F
E
 
E
L
 
L
N
 
N
E
 
E
A
 
A
F
 
F
A
 
A
A
 
S
Q
 
V
S
 
V
L
 
L
P
 
K
C
 
F
V
 
Q
K
 
K
D
 
D
L
 
L
G
 
N
L
 
I
E
 
P
D
 
D
V
 
-
V
 
-
E
 
-
T
 
E
K
 
K
I
 
L
N
 
N
L
 
V
N
 
N
G
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
I
S
 
A
L
 
M
G
 
G
H
 
H
P
 
P
L
 
L
G
 
G
C
 
A
S
 
T
G
 
G
S
 
A
R
 
M
I
 
I
S
 
L
T
 
G
T
 
T
L
 
M
V
 
V
N
 
D
E
 
E
L
 
L
E
 
E
V
 
R
Q
 
R
G
 
N
G
 
A
R
 
R
Y
 
R
G
 
A
L
 
L
A
 
I
T
 
T
M
 
L
C
 
C
I
 
I
G
 
G
L
 
G
G
 
G
Q
 
M
G
 
G
I
 
V
A
 
A
T
 
T
I
 
I
F
 
I
E
 
E
R
 
R
I
 
V

8oqmD Structure of mycobacterium tuberculosis beta-oxidation trifunctional enzyme in complex with fragment-m-10 (see paper)
41% identity, 99% coverage: 3:387/389 of query aligns to 4:399/399 of 8oqmD

query
sites
8oqmD
D
 
E
V
 
A
V
 
F
V
 
I
V
 
Y
D
 
E
C
 
A
L
 
I
R
 
R
T
 
T
P
 
P
M
 
R
G
 
G
R
 
K
S
 
Q
K
 
K
A
 
N
G
 
G
A
 
S
F
 
L
R
 
H
H
 
E
V
 
V
R
 
K
A
 
P
E
 
L
D
 
S
L
 
L
S
 
V
A
 
V
K
 
G
L
 
L
M
 
I
R
 
D
G
 
E
L
 
L
L
 
R
D
 
K
R
 
R
N
 
H
P
 
P
E
 
D
V
 
L
D
 
D
P
 
E
N
 
N
D
 
L
I
 
I
E
 
S
D
 
D
V
 
V
Y
 
I
W
 
L
G
 
G
C
 
C
V
 
V
Q
 
S
Q
 
P
T
 
V
L
 
G
E
 
D
Q
 
Q
G
 
G
F
 
G
N
 
D
I
 
I
A
 
A
R
 
R
N
 
A
A
 
A
S
 
V
L
 
L
L
 
A
A
 
S
G
 
G
I
 
M
P
 
P
I
 
V
T
 
T
A
 
S
G
 
G
A
 
G
T
 
V
T
 
Q
V
 
L
N
 
N
R
 
R
L
 
F
C
 
C
G
 
A
S
 
S
S
 
G
M
 
L
Q
 
E
A
 
A
I
 
V
H
 
N
D
 
T
A
 
A
T
 
A
R
 
Q
A
 
K
I
 
V
A
 
R
M
 
S
G
 
G
D
 
W
G
 
D
D
 
D
V
 
L
M
 
V
I
 
L
I
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
V
E
 
E
H
 
S
M
 
M
G
 
S
H
 
R
V
 
V
P
 
P
M
 
M
N
 
-
H
 
-
G
 
G
V
 
S
D
 
D
F
 
G
-
 
G
H
 
A
V
 
M
G
 
G
L
 
L
A
 
D
K
 
P
S
 
A
T
 
T
A
 
N
K
 
Y
A
 
D
A
 
V
G
 
M
M
 
F
M
 
V
-
 
P
-
 
Q
G
 
S
L
 
I
T
 
G
A
 
A
E
 
D
M
 
L
L
 
I
G
 
A
K
 
T
M
 
I
H
 
E
G
 
G
I
 
F
T
 
S
R
 
R
E
 
E
Q
 
D
Q
 
V
D
 
D
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
V
 
L
R
 
R
S
 
S
H
 
Q
K
 
Q
L
 
K
A
 
A
Q
 
A
A
 
E
A
 
A
T
 
W
V
 
S
S
 
G
G
 
G
R
 
Y
F
 
F
K
 
A
R
 
K
E
 
S
I
 
V
L
 
V
P
 
P
I
 
V
E
 
-
G
 
-
H
 
R
D
 
D
A
 
Q
D
 
N
G
 
G
I
 
L
L
 
L
K
 
I
L
 
L
Y
 
-
D
 
D
F
 
H
D
 
D
E
 
E
V
 
H
I
 
M
R
 
R
P
 
P
E
 
D
T
 
T
T
 
T
M
 
K
E
 
E
S
 
G
L
 
L
A
 
A
G
 
K
L
 
L
R
 
K
P
 
P
V
 
A
F
 
F
-
 
A
-
 
L
-
 
G
-
 
G
-
 
F
-
 
D
-
 
D
-
 
V
-
 
A
-
 
L
-
 
Q
-
 
K
-
 
Y
-
 
H
-
 
W
-
 
V
D
 
E
P
 
K
V
 
I
N
 
N
G
 
H
T
 
V
V
 
H
T
 
T
A
 
G
G
 
G
T
 
N
S
 
S
S
 
S
A
 
G
L
 
I
S
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
A
A
 
L
M
 
V
L
 
M
L
 
I
M
 
G
S
 
S
A
 
A
D
 
A
K
 
A
A
 
G
K
 
K
E
 
L
L
 
Q
G
 
G
L
 
L
K
 
T
P
 
P
R
 
R
A
 
A
R
 
R
V
 
I
V
 
V
S
 
A
M
 
T
A
 
A
V
 
T
A
 
S
G
 
G
C
 
A
D
 
D
P
 
P
S
 
V
I
 
I
M
 
M
G
 
L
Y
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
T
P
 
P
A
 
A
T
 
T
K
 
R
K
 
K
A
 
V
L
 
L
K
 
D
R
 
R
A
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
T
I
 
V
N
 
D
D
 
D
I
 
I
D
 
D
V
 
L
F
 
F
E
 
E
L
 
L
N
 
N
E
 
E
A
 
A
F
 
F
A
 
A
A
 
S
Q
 
V
S
 
V
L
 
L
P
 
K
C
 
F
V
 
Q
K
 
K
D
 
D
L
 
L
G
 
N
L
 
I
E
 
P
D
 
D
V
 
-
V
 
-
E
 
-
T
 
E
K
 
K
I
 
L
N
 
N
L
 
V
N
 
N
G
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
I
S
 
A
L
 
M
G
 
G
H
 
H
P
 
P
L
 
L
G
 
G
C
 
A
S
 
T
G
 
G
S
 
A
R
 
M
I
 
I
S
 
L
T
 
G
T
 
T
L
 
M
V
 
V
N
 
D
E
 
E
L
 
L
E
 
E
V
 
R
Q
 
R
G
 
N
G
x
A
R
|
R
Y
 
R
G
 
A
L
 
L
A
 
I
T
 
T
M
 
L
C
 
C
I
 
I
G
 
G
L
 
G
G
 
G
Q
 
M
G
 
G
I
 
V
A
 
A
T
 
T
I
 
I
F
 
I
E
 
E
R
|
R
I
 
V

8oqoC Structure of mycobacterium tuberculosis beta-oxidation trifunctional enzyme in complex with fragment-m-49 (see paper)
41% identity, 99% coverage: 3:387/389 of query aligns to 3:398/398 of 8oqoC

query
sites
8oqoC
D
 
E
V
 
A
V
 
F
V
 
I
V
 
Y
D
 
E
C
 
A
L
 
I
R
 
R
T
 
T
P
 
P
M
 
R
G
 
G
R
 
K
S
 
Q
K
 
K
A
 
N
G
 
G
A
 
S
F
 
L
R
 
H
H
 
E
V
 
V
R
 
K
A
 
P
E
 
L
D
 
S
L
 
L
S
 
V
A
 
V
K
 
G
L
 
L
M
 
I
R
 
D
G
 
E
L
 
L
L
 
R
D
 
K
R
 
R
N
 
H
P
 
P
E
 
D
V
 
L
D
 
D
P
 
E
N
 
N
D
 
L
I
 
I
E
 
S
D
 
D
V
 
V
Y
 
I
W
 
L
G
 
G
C
 
C
V
 
V
Q
 
S
Q
 
P
T
 
V
L
 
G
E
 
D
Q
 
Q
G
 
G
F
 
G
N
 
D
I
 
I
A
 
A
R
 
R
N
 
A
A
 
A
S
 
V
L
 
L
L
 
A
A
 
S
G
 
G
I
 
M
P
 
P
I
 
V
T
 
T
A
 
S
G
 
G
A
 
G
T
 
V
T
 
Q
V
 
L
N
 
N
R
 
R
L
 
F
C
 
C
G
 
A
S
 
S
S
 
G
M
 
L
Q
 
E
A
 
A
I
 
V
H
 
N
D
 
T
A
 
A
T
 
A
R
 
Q
A
 
K
I
 
V
A
 
R
M
 
S
G
 
G
D
 
W
G
 
D
D
 
D
V
 
L
M
 
V
I
 
L
I
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
V
E
 
E
H
 
S
M
 
M
G
 
S
H
 
R
V
 
V
P
 
P
M
 
M
N
 
-
H
 
-
G
 
G
V
 
S
D
 
D
F
 
G
-
 
G
H
 
A
V
 
M
G
 
G
L
 
L
A
 
D
K
 
P
S
 
A
T
 
T
A
 
N
K
 
Y
A
 
D
A
 
V
G
 
M
M
 
F
M
 
V
-
 
P
-
 
Q
G
 
S
L
 
I
T
 
G
A
 
A
E
 
D
M
 
L
L
 
I
G
 
A
K
x
T
M
 
I
H
 
E
G
 
G
I
 
F
T
 
S
R
 
R
E
 
E
Q
 
D
Q
 
V
D
 
D
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
V
 
L
R
 
R
S
 
S
H
 
Q
K
 
Q
L
 
K
A
 
A
Q
 
A
A
 
E
A
 
A
T
 
W
V
 
S
S
 
G
G
 
G
R
 
Y
F
 
F
K
 
A
R
 
K
E
 
S
I
 
V
L
 
V
P
 
P
I
 
V
E
 
-
G
 
-
H
 
R
D
 
D
A
 
Q
D
 
N
G
 
G
I
 
L
L
 
L
K
 
I
L
 
L
Y
 
-
D
 
D
F
 
H
D
 
D
E
 
E
V
 
H
I
 
M
R
 
R
P
 
P
E
 
D
T
 
T
T
 
T
M
 
K
E
 
E
S
 
G
L
 
L
A
 
A
G
 
K
L
 
L
R
 
K
P
 
P
V
 
A
F
 
F
D
 
E
-
 
L
-
 
G
-
 
G
-
 
F
-
 
D
-
 
D
-
 
V
-
 
A
-
 
L
-
 
Q
-
 
K
-
 
Y
-
 
H
-
 
W
-
x
V
-
x
E
P
x
K
V
 
I
N
 
N
G
 
H
T
 
V
V
 
H
T
 
T
A
 
G
G
 
G
T
 
N
S
 
S
S
 
S
A
 
G
L
 
I
S
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
A
A
 
L
M
 
V
L
 
M
L
 
I
M
 
G
S
 
S
A
 
A
D
 
A
K
 
A
A
 
G
K
 
K
E
 
L
L
 
Q
G
 
G
L
 
L
K
 
T
P
 
P
R
 
R
A
 
A
R
 
R
V
 
I
V
 
V
S
 
A
M
 
T
A
 
A
V
 
T
A
 
S
G
 
G
C
 
A
D
 
D
P
 
P
S
 
V
I
 
I
M
 
M
G
 
L
Y
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
T
P
 
P
A
 
A
T
 
T
K
 
R
K
 
K
A
 
V
L
 
L
K
 
D
R
 
R
A
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
T
I
 
V
N
 
D
D
 
D
I
 
I
D
 
D
V
 
L
F
 
F
E
 
E
L
 
L
N
 
N
E
 
E
A
 
A
F
 
F
A
 
A
A
 
S
Q
 
V
S
 
V
L
 
L
P
 
K
C
 
F
V
 
Q
K
 
K
D
 
D
L
 
L
G
 
N
L
 
I
E
 
P
D
 
D
V
 
-
V
 
-
E
 
-
T
 
E
K
 
K
I
 
L
N
 
N
L
 
V
N
 
N
G
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
I
S
 
A
L
 
M
G
 
G
H
 
H
P
 
P
L
 
L
G
 
G
C
 
A
S
 
T
G
 
G
S
 
A
R
 
M
I
 
I
S
 
L
T
 
G
T
 
T
L
 
M
V
 
V
N
 
D
E
 
E
L
 
L
E
 
E
V
 
R
Q
 
R
G
 
N
G
 
A
R
 
R
Y
 
R
G
 
A
L
 
L
A
 
I
T
 
T
M
 
L
C
 
C
I
 
I
G
 
G
L
 
G
G
 
G
Q
 
M
G
 
G
I
 
V
A
 
A
T
 
T
I
 
I
F
 
I
E
 
E
R
 
R
I
 
V

8opyD Structure of mycobacterium tuberculosis beta-oxidation trifunctional enzyme in complex with fragment-b-dnq (see paper)
41% identity, 99% coverage: 3:387/389 of query aligns to 4:401/401 of 8opyD

query
sites
8opyD
D
 
E
V
 
A
V
 
F
V
 
I
V
 
Y
D
 
E
C
 
A
L
 
I
R
 
R
T
 
T
P
 
P
M
 
R
G
 
G
R
 
K
S
 
Q
K
 
K
A
 
N
G
 
G
A
 
S
F
 
L
R
 
H
H
 
E
V
 
V
R
 
K
A
 
P
E
 
L
D
 
S
L
 
L
S
 
V
A
 
V
K
 
G
L
 
L
M
 
I
R
 
D
G
 
E
L
 
L
L
 
R
D
 
K
R
 
R
N
 
H
P
 
P
E
 
D
V
 
L
D
 
D
P
 
E
N
 
N
D
 
L
I
 
I
E
 
S
D
 
D
V
 
V
Y
 
I
W
 
L
G
 
G
C
 
C
V
 
V
Q
 
S
Q
 
P
T
 
V
L
 
G
E
 
D
Q
 
Q
G
 
G
F
 
G
N
 
D
I
 
I
A
 
A
R
 
R
N
 
A
A
 
A
S
 
V
L
 
L
L
 
A
A
 
S
G
 
G
I
 
M
P
 
P
I
 
V
T
 
T
A
 
S
G
 
G
A
 
G
T
 
V
T
 
Q
V
 
L
N
 
N
R
 
R
L
 
F
C
 
C
G
 
A
S
 
S
S
 
G
M
 
L
Q
 
E
A
 
A
I
 
V
H
 
N
D
 
T
A
 
A
T
 
A
R
 
Q
A
 
K
I
 
V
A
 
R
M
 
S
G
 
G
D
 
W
G
 
D
D
 
D
V
 
L
M
 
V
I
 
L
I
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
V
E
 
E
H
 
S
M
 
M
G
 
S
H
 
R
V
 
V
P
 
P
M
 
M
N
 
-
H
 
-
G
 
G
V
 
S
D
 
D
F
 
G
-
 
G
H
 
A
V
 
M
G
 
G
L
 
L
A
 
D
K
 
P
S
 
A
T
 
T
A
 
N
K
 
Y
A
 
D
A
 
V
G
 
M
M
 
F
M
 
V
-
 
P
-
 
Q
G
 
S
L
 
I
T
 
G
A
 
A
E
 
D
M
 
L
L
 
I
G
 
A
K
 
T
M
 
I
H
 
E
G
 
G
I
 
F
T
 
S
R
 
R
E
 
E
Q
 
D
Q
 
V
D
 
D
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
V
 
L
R
 
R
S
 
S
H
 
Q
K
 
Q
L
 
K
A
 
A
Q
 
A
A
 
E
A
 
A
T
 
W
V
 
S
S
 
G
G
 
G
R
 
Y
F
 
F
K
 
A
R
 
K
E
 
S
I
 
V
L
 
V
P
 
P
I
 
V
E
 
-
G
 
-
H
 
R
D
 
D
A
 
Q
D
 
N
G
 
G
I
 
L
L
 
L
K
 
I
L
 
L
Y
 
-
D
 
D
F
 
H
D
 
D
E
 
E
V
 
H
I
 
M
R
 
R
P
 
P
E
 
D
T
 
T
T
 
T
M
 
K
E
 
E
S
 
G
L
 
L
A
 
A
G
 
K
L
 
L
R
 
K
P
 
P
V
 
A
F
 
F
-
 
L
-
 
A
-
 
A
-
 
L
-
 
G
-
 
G
-
 
F
-
 
D
-
 
D
-
 
V
-
 
A
-
 
L
-
 
Q
-
 
K
-
 
Y
-
 
H
-
 
W
-
 
V
D
 
E
P
 
K
V
 
I
N
 
N
G
 
H
T
 
V
V
 
H
T
 
T
A
 
G
G
 
G
T
 
N
S
 
S
S
 
S
A
 
G
L
 
I
S
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
A
A
 
L
M
 
V
L
 
M
L
 
I
M
 
G
S
 
S
A
 
A
D
 
A
K
 
A
A
 
G
K
 
K
E
 
L
L
 
Q
G
 
G
L
 
L
K
 
T
P
 
P
R
 
R
A
 
A
R
|
R
V
 
I
V
 
V
S
 
A
M
 
T
A
 
A
V
 
T
A
 
S
G
 
G
C
 
A
D
 
D
P
 
P
S
 
V
I
 
I
M
 
M
G
 
L
Y
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
T
P
 
P
A
 
A
T
 
T
K
 
R
K
 
K
A
 
V
L
 
L
K
 
D
R
 
R
A
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
T
I
 
V
N
 
D
D
 
D
I
 
I
D
 
D
V
 
L
F
 
F
E
 
E
L
 
L
N
 
N
E
 
E
A
 
A
F
 
F
A
 
A
A
 
S
Q
 
V
S
 
V
L
 
L
P
 
K
C
 
F
V
 
Q
K
 
K
D
 
D
L
 
L
G
 
N
L
 
I
E
 
P
D
 
D
V
 
-
V
 
-
E
 
-
T
 
E
K
 
K
I
 
L
N
 
N
L
 
V
N
 
N
G
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
I
S
 
A
L
 
M
G
 
G
H
 
H
P
 
P
L
 
L
G
 
G
C
 
A
S
 
T
G
 
G
S
 
A
R
 
M
I
 
I
S
 
L
T
 
G
T
 
T
L
 
M
V
 
V
N
 
D
E
 
E
L
 
L
E
 
E
V
 
R
Q
 
R
G
 
N
G
 
A
R
|
R
Y
 
R
G
 
A
L
 
L
A
 
I
T
 
T
M
 
L
C
 
C
I
 
I
G
 
G
L
 
G
G
 
G
Q
 
M
G
 
G
I
 
V
A
 
A
T
 
T
I
 
I
F
 
I
E
|
E
R
 
R
I
 
V

8pf8C Structure of mycobacterium tuberculosis beta-oxidation trifunctional enzyme in complex with fragment-m-72 (see paper)
41% identity, 99% coverage: 2:387/389 of query aligns to 2:402/402 of 8pf8C

query
sites
8pf8C
R
 
E
D
 
E
V
 
A
V
 
F
V
 
I
V
 
Y
D
 
E
C
 
A
L
 
I
R
 
R
T
 
T
P
 
P
M
 
R
G
 
G
R
 
K
S
 
Q
K
 
K
A
 
N
G
 
G
A
 
S
F
 
L
R
 
H
H
 
E
V
 
V
R
 
K
A
 
P
E
 
L
D
 
S
L
 
L
S
 
V
A
 
V
K
 
G
L
 
L
M
 
I
R
 
D
G
 
E
L
 
L
L
 
R
D
 
K
R
 
R
N
 
H
P
 
P
E
 
D
V
 
L
D
 
D
P
 
E
N
 
N
D
 
L
I
 
I
E
 
S
D
 
D
V
 
V
Y
 
I
W
 
L
G
 
G
C
 
C
V
 
V
Q
 
S
Q
 
P
T
 
V
L
 
G
E
 
D
Q
 
Q
G
 
G
F
 
G
N
 
D
I
 
I
A
 
A
R
 
R
N
 
A
A
 
A
S
 
V
L
 
L
L
 
A
A
 
S
G
 
G
I
 
M
P
 
P
I
 
V
T
 
T
A
 
S
G
 
G
A
 
G
T
 
V
T
 
Q
V
 
L
N
 
N
R
 
R
L
x
F
C
 
C
G
 
A
S
 
S
S
 
G
M
 
L
Q
 
E
A
 
A
I
 
V
H
 
N
D
 
T
A
 
A
T
 
A
R
 
Q
A
 
K
I
 
V
A
 
R
M
 
S
G
 
G
D
 
W
G
 
D
D
 
D
V
 
L
M
 
V
I
 
L
I
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
V
E
 
E
H
 
S
M
 
M
G
 
S
H
 
R
V
 
V
P
 
P
M
 
M
N
 
-
H
 
-
G
 
G
V
 
S
D
 
D
F
 
G
-
 
G
H
 
A
V
x
M
G
 
G
L
 
L
A
 
D
K
 
P
S
 
A
T
 
T
A
 
N
K
 
Y
A
 
D
A
 
V
G
 
M
M
x
F
M
 
V
-
 
P
-
 
Q
G
 
S
L
 
I
T
 
G
A
 
A
E
 
D
M
 
L
L
 
I
G
 
A
K
 
T
M
 
I
H
 
E
G
 
G
I
 
F
T
 
S
R
 
R
E
 
E
Q
 
D
Q
 
V
D
 
D
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
V
 
L
R
 
R
S
 
S
H
 
Q
K
 
Q
L
 
K
A
 
A
Q
 
A
A
 
E
A
 
A
T
 
W
V
 
S
S
 
G
G
 
G
R
 
Y
F
 
F
K
 
A
R
 
K
E
 
S
I
 
V
L
 
V
P
 
P
I
 
V
E
 
-
G
 
-
H
 
R
D
 
D
A
 
Q
D
 
N
G
 
G
I
 
L
L
 
L
K
 
I
L
 
L
Y
 
-
D
 
D
F
 
H
D
 
D
E
 
E
V
 
H
I
 
M
R
 
R
P
 
P
E
 
D
T
 
T
T
 
T
M
 
K
E
 
E
S
 
G
L
 
L
A
 
A
G
 
K
L
 
L
R
 
K
P
 
P
V
 
A
F
 
F
D
 
E
-
 
G
-
 
L
-
 
A
-
 
A
-
 
L
-
 
G
-
 
G
-
 
F
-
 
D
-
 
D
-
 
V
-
 
A
-
 
L
-
 
Q
-
 
K
-
 
Y
-
 
H
-
 
W
-
 
V
-
 
E
P
 
K
V
 
I
N
 
N
G
 
H
T
 
V
V
 
H
T
 
T
A
 
G
G
 
G
T
 
N
S
 
S
S
 
S
A
 
G
L
 
I
S
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
A
A
 
L
M
 
V
L
 
M
L
 
I
M
 
G
S
 
S
A
 
A
D
 
A
K
 
A
A
 
G
K
 
K
E
 
L
L
 
Q
G
 
G
L
 
L
K
 
T
P
 
P
R
 
R
A
 
A
R
 
R
V
 
I
V
 
V
S
 
A
M
 
T
A
 
A
V
 
T
A
 
S
G
 
G
C
 
A
D
 
D
P
 
P
S
 
V
I
 
I
M
 
M
G
 
L
Y
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
T
P
 
P
A
 
A
T
 
T
K
 
R
K
 
K
A
 
V
L
 
L
K
 
D
R
 
R
A
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
T
I
 
V
N
 
D
D
 
D
I
 
I
D
 
D
V
 
L
F
 
F
E
 
E
L
 
L
N
 
N
E
 
E
A
 
A
F
 
F
A
 
A
A
 
S
Q
 
V
S
 
V
L
 
L
P
 
K
C
 
F
V
 
Q
K
 
K
D
 
D
L
 
L
G
 
N
L
 
I
E
 
P
D
 
D
V
 
-
V
 
-
E
 
-
T
 
E
K
 
K
I
 
L
N
 
N
L
 
V
N
 
N
G
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
I
S
 
A
L
 
M
G
 
G
H
 
H
P
 
P
L
 
L
G
 
G
C
 
A
S
 
T
G
 
G
S
 
A
R
 
M
I
 
I
S
 
L
T
 
G
T
 
T
L
 
M
V
 
V
N
 
D
E
 
E
L
 
L
E
 
E
V
 
R
Q
 
R
G
 
N
G
 
A
R
 
R
Y
 
R
G
 
A
L
 
L
A
 
I
T
 
T
M
 
L
C
 
C
I
 
I
G
 
G
L
 
G
G
 
G
Q
 
M
G
 
G
I
 
V
A
 
A
T
 
T
I
 
I
F
 
I
E
 
E
R
 
R
I
 
V

8oqsC Structure of mycobacterium tuberculosis beta-oxidation trifunctional enzyme in complex with fragment-m-83 (see paper)
41% identity, 99% coverage: 2:387/389 of query aligns to 2:402/402 of 8oqsC

query
sites
8oqsC
R
 
E
D
 
E
V
 
A
V
 
F
V
 
I
V
 
Y
D
 
E
C
 
A
L
 
I
R
 
R
T
 
T
P
 
P
M
 
R
G
 
G
R
 
K
S
 
Q
K
 
K
A
 
N
G
 
G
A
 
S
F
 
L
R
 
H
H
 
E
V
 
V
R
 
K
A
 
P
E
 
L
D
 
S
L
 
L
S
 
V
A
 
V
K
 
G
L
 
L
M
 
I
R
 
D
G
 
E
L
 
L
L
 
R
D
 
K
R
 
R
N
 
H
P
 
P
E
 
D
V
 
L
D
 
D
P
 
E
N
 
N
D
 
L
I
 
I
E
 
S
D
 
D
V
 
V
Y
 
I
W
 
L
G
 
G
C
 
C
V
 
V
Q
 
S
Q
 
P
T
 
V
L
 
G
E
 
D
Q
 
Q
G
 
G
F
 
G
N
 
D
I
 
I
A
 
A
R
 
R
N
 
A
A
 
A
S
 
V
L
 
L
L
 
A
A
 
S
G
 
G
I
 
M
P
 
P
I
 
V
T
 
T
A
 
S
G
 
G
A
 
G
T
 
V
T
 
Q
V
 
L
N
 
N
R
 
R
L
x
F
C
 
C
G
 
A
S
 
S
S
 
G
M
 
L
Q
 
E
A
 
A
I
 
V
H
 
N
D
 
T
A
 
A
T
 
A
R
 
Q
A
 
K
I
 
V
A
 
R
M
 
S
G
 
G
D
 
W
G
 
D
D
 
D
V
 
L
M
 
V
I
 
L
I
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
V
E
 
E
H
 
S
M
 
M
G
 
S
H
 
R
V
 
V
P
 
P
M
|
M
N
 
-
H
 
-
G
 
G
V
 
S
D
 
D
F
 
G
-
 
G
H
 
A
V
 
M
G
 
G
L
 
L
A
 
D
K
 
P
S
 
A
T
 
T
A
 
N
K
 
Y
A
 
D
A
 
V
G
 
M
M
x
F
M
x
V
-
 
P
-
x
Q
G
 
S
L
 
I
T
 
G
A
 
A
E
 
D
M
 
L
L
 
I
G
 
A
K
 
T
M
 
I
H
 
E
G
 
G
I
 
F
T
 
S
R
 
R
E
 
E
Q
 
D
Q
 
V
D
 
D
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
V
 
L
R
 
R
S
 
S
H
 
Q
K
 
Q
L
 
K
A
 
A
Q
 
A
A
 
E
A
 
A
T
 
W
V
 
S
S
 
G
G
 
G
R
 
Y
F
 
F
K
 
A
R
 
K
E
 
S
I
 
V
L
 
V
P
 
P
I
 
V
E
 
-
G
 
-
H
 
R
D
 
D
A
 
Q
D
 
N
G
 
G
I
 
L
L
 
L
K
 
I
L
 
L
Y
 
-
D
 
D
F
 
H
D
 
D
E
 
E
V
 
H
I
 
M
R
 
R
P
 
P
E
 
D
T
 
T
T
 
T
M
 
K
E
 
E
S
 
G
L
 
L
A
 
A
G
 
K
L
 
L
R
 
K
P
 
P
V
 
A
F
 
F
D
 
E
-
 
G
-
 
L
-
 
A
-
 
A
-
 
L
-
 
G
-
 
G
-
 
F
-
 
D
-
 
D
-
 
V
-
 
A
-
 
L
-
 
Q
-
 
K
-
 
Y
-
 
H
-
 
W
-
 
V
-
 
E
P
 
K
V
 
I
N
 
N
G
 
H
T
 
V
V
 
H
T
 
T
A
 
G
G
 
G
T
 
N
S
 
S
S
 
S
A
 
G
L
 
I
S
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
A
A
 
L
M
 
V
L
 
M
L
 
I
M
 
G
S
 
S
A
 
A
D
 
A
K
 
A
A
 
G
K
 
K
E
 
L
L
 
Q
G
 
G
L
 
L
K
 
T
P
 
P
R
 
R
A
 
A
R
 
R
V
 
I
V
 
V
S
 
A
M
 
T
A
 
A
V
 
T
A
 
S
G
 
G
C
 
A
D
 
D
P
 
P
S
 
V
I
 
I
M
|
M
G
 
L
Y
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
T
P
 
P
A
 
A
T
 
T
K
 
R
K
 
K
A
 
V
L
 
L
K
 
D
R
 
R
A
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
T
I
 
V
N
 
D
D
 
D
I
 
I
D
 
D
V
 
L
F
 
F
E
 
E
L
 
L
N
 
N
E
 
E
A
 
A
F
 
F
A
 
A
A
 
S
Q
 
V
S
 
V
L
 
L
P
 
K
C
 
F
V
 
Q
K
 
K
D
 
D
L
 
L
G
 
N
L
 
I
E
 
P
D
 
D
V
 
-
V
 
-
E
 
-
T
 
E
K
 
K
I
 
L
N
 
N
L
 
V
N
 
N
G
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
I
S
 
A
L
 
M
G
 
G
H
 
H
P
 
P
L
 
L
G
 
G
C
 
A
S
 
T
G
 
G
S
 
A
R
 
M
I
 
I
S
 
L
T
 
G
T
 
T
L
 
M
V
 
V
N
 
D
E
 
E
L
 
L
E
 
E
V
 
R
Q
 
R
G
 
N
G
 
A
R
 
R
Y
 
R
G
 
A
L
 
L
A
 
I
T
 
T
M
 
L
C
 
C
I
 
I
G
|
G
L
x
G
G
 
G
Q
 
M
G
 
G
I
 
V
A
 
A
T
 
T
I
 
I
F
 
I
E
 
E
R
 
R
I
 
V

8oqpC Structure of mycobacterium tuberculosis beta-oxidation trifunctional enzyme in complex with fragment-m-76 (see paper)
41% identity, 99% coverage: 2:387/389 of query aligns to 2:402/402 of 8oqpC

query
sites
8oqpC
R
 
E
D
 
E
V
 
A
V
 
F
V
 
I
V
 
Y
D
x
E
C
 
A
L
 
I
R
 
R
T
 
T
P
 
P
M
 
R
G
 
G
R
 
K
S
 
Q
K
 
K
A
 
N
G
 
G
A
 
S
F
 
L
R
 
H
H
 
E
V
 
V
R
 
K
A
 
P
E
 
L
D
 
S
L
 
L
S
 
V
A
 
V
K
 
G
L
 
L
M
 
I
R
 
D
G
 
E
L
 
L
L
 
R
D
 
K
R
 
R
N
 
H
P
 
P
E
 
D
V
 
L
D
 
D
P
 
E
N
 
N
D
 
L
I
 
I
E
 
S
D
 
D
V
 
V
Y
 
I
W
 
L
G
 
G
C
 
C
V
 
V
Q
 
S
Q
 
P
T
 
V
L
 
G
E
 
D
Q
 
Q
G
 
G
F
 
G
N
 
D
I
 
I
A
 
A
R
 
R
N
 
A
A
 
A
S
 
V
L
 
L
L
 
A
A
 
S
G
 
G
I
 
M
P
 
P
I
 
V
T
 
T
A
 
S
G
 
G
A
 
G
T
 
V
T
 
Q
V
 
L
N
 
N
R
 
R
L
 
F
C
 
C
G
 
A
S
 
S
S
 
G
M
 
L
Q
 
E
A
 
A
I
 
V
H
 
N
D
 
T
A
 
A
T
 
A
R
 
Q
A
 
K
I
 
V
A
 
R
M
 
S
G
 
G
D
 
W
G
 
D
D
 
D
V
 
L
M
 
V
I
 
L
I
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
V
E
 
E
H
 
S
M
 
M
G
 
S
H
 
R
V
 
V
P
 
P
M
 
M
N
 
-
H
 
-
G
 
G
V
 
S
D
 
D
F
 
G
-
 
G
H
 
A
V
 
M
G
 
G
L
 
L
A
 
D
K
 
P
S
 
A
T
 
T
A
 
N
K
 
Y
A
 
D
A
 
V
G
 
M
M
 
F
M
 
V
-
 
P
-
 
Q
G
 
S
L
 
I
T
 
G
A
 
A
E
 
D
M
 
L
L
 
I
G
 
A
K
 
T
M
 
I
H
 
E
G
 
G
I
 
F
T
 
S
R
 
R
E
 
E
Q
 
D
Q
 
V
D
 
D
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
V
 
L
R
 
R
S
 
S
H
 
Q
K
 
Q
L
 
K
A
 
A
Q
 
A
A
 
E
A
 
A
T
 
W
V
 
S
S
 
G
G
 
G
R
 
Y
F
 
F
K
 
A
R
x
K
E
 
S
I
 
V
L
 
V
P
 
P
I
 
V
E
 
-
G
 
-
H
 
R
D
 
D
A
 
Q
D
 
N
G
 
G
I
 
L
L
 
L
K
 
I
L
 
L
Y
 
-
D
 
D
F
 
H
D
 
D
E
 
E
V
 
H
I
 
M
R
 
R
P
 
P
E
 
D
T
 
T
T
 
T
M
 
K
E
 
E
S
 
G
L
 
L
A
 
A
G
 
K
L
 
L
R
 
K
P
 
P
V
 
A
F
 
F
D
 
E
-
 
G
-
 
L
-
 
A
-
 
A
-
 
L
-
 
G
-
 
G
-
 
F
-
 
D
-
 
D
-
 
V
-
 
A
-
 
L
-
 
Q
-
 
K
-
 
Y
-
 
H