SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_017549667.1 NCBI__GCF_000330705.1:WP_017549667.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

P28008 PTS system mannitol-specific EIICB component; EIICB-Mtl; EII-Mtl; EC 2.7.1.197 from Staphylococcus carnosus (see paper)
58% identity, 81% coverage: 2:479/591 of query aligns to 7:517/518 of P28008

query
sites
P28008
S
 
S
E
 
Q
Q
 
Q
K
 
N
S
 
K
G
 
G
I
 
I
S
 
G
R
 
R
K
 
K
V
 
V
Q
 
Q
A
 
A
F
 
F
G
 
G
S
 
S
F
 
F
L
 
L
S
 
S
S
 
S
M
 
M
I
 
I
M
 
M
P
 
P
N
 
N
I
 
I
A
 
G
A
 
A
F
 
F
I
 
I
A
 
A
W
 
W
G
 
G
L
 
F
I
 
I
T
 
A
A
 
A
M
 
I
F
 
F
I
 
I
D
 
D
V
 
N
G
 
G
W
 
W
F
 
F
P
 
P
N
 
N
E
 
K
D
 
D
L
 
L
A
 
A
T
 
Q
M
 
L
V
 
A
D
 
G
P
 
P
M
 
M
I
 
I
V
 
T
Y
 
Y
L
 
L
L
 
I
P
 
P
L
 
L
L
 
L
I
 
I
A
 
A
Y
 
F
T
 
S
G
 
G
G
 
G
K
 
R
L
 
L
I
 
I
S
 
H
D
 
D
V
 
L
R
 
R
G
 
G
G
 
G
V
 
I
V
 
I
G
 
A
A
 
A
T
 
T
A
 
A
T
 
T
M
 
M
G
 
G
V
 
V
I
 
I
A
 
V
A
 
A
F
 
L
P
 
P
D
 
D
S
 
T
P
 
P
M
 
M
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
A
M
 
M
V
 
I
M
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
V
G
 
G
Y
 
W
L
 
L
M
 
M
K
 
K
Q
 
K
V
 
T
D
 
D
A
 
E
V
 
F
L
 
V
V
 
Q
P
 
P
R
 
R
I
 
T
R
 
P
Q
 
Q
G
 
G
L
 
F
E
 
E
M
 
M
L
 
L
V
 
F
N
 
N
N
 
N
F
 
F
S
 
S
A
 
A
G
 
G
F
 
I
L
 
L
A
 
G
F
 
F
F
 
I
L
 
M
A
 
T
L
 
I
F
 
F
G
 
G
Y
 
F
Y
 
E
G
 
V
L
 
L
G
 
A
P
 
P
V
 
I
V
 
M
S
 
K
W
 
F
L
 
I
T
 
M
Q
 
H
L
 
I
L
 
L
G
 
S
R
 
V
L
 
G
V
 
V
D
 
E
V
 
A
I
 
L
V
 
V
D
 
H
A
 
A
G
 
H
L
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
L
A
 
V
S
 
S
I
 
I
F
 
L
I
 
V
E
 
E
P
 
P
A
 
A
K
 
K
V
 
I
L
 
V
F
 
F
L
 
L
N
 
N
N
 
N
A
 
A
I
 
I
N
 
N
H
 
H
G
 
G
V
 
V
L
 
F
T
 
T
P
 
P
L
 
L
A
 
G
S
 
A
E
 
D
E
 
Q
V
 
A
R
 
A
E
 
H
V
 
A
G
 
G
R
 
Q
S
 
S
I
 
I
L
 
L
F
 
Y
T
 
T
L
 
I
E
 
E
S
 
S
N
 
N
P
 
P
G
 
G
P
 
P
G
 
G
F
 
I
G
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
A
 
A
Y
 
Y
M
 
M
I
 
I
F
 
F
G
 
G
K
 
K
G
 
G
T
 
T
A
 
A
R
 
K
A
 
A
T
 
T
A
 
S
P
 
Y
G
 
G
A
 
A
A
 
G
I
 
I
I
 
I
H
 
Q
F
 
F
V
 
F
G
 
G
G
 
G
I
 
I
H
 
H
E
 
E
I
 
I
Y
 
Y
F
 
F
P
 
P
Y
 
Y
I
 
V
L
 
L
M
 
M
K
 
R
P
 
P
T
 
L
L
 
L
V
 
F
V
 
V
A
 
S
A
 
V
I
 
I
L
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
M
S
 
T
G
 
G
I
 
V
L
 
A
T
 
T
F
 
Y
S
 
S
L
 
L
L
 
L
D
 
D
F
 
F
G
 
G
L
 
F
S
 
K
G
 
T
P
 
P
A
 
A
A
 
S
P
 
P
G
 
G
S
 
S
I
 
I
L
 
I
A
 
V
Y
 
Y
I
 
A
A
 
I
M
 
N
T
 
A
P
 
P
R
 
K
G
 
G
E
 
E
Y
 
F
L
 
L
T
 
H
M
 
M
F
 
L
L
 
T
G
 
G
I
 
V
L
 
V
A
 
L
A
 
A
T
 
A
L
 
L
V
 
V
S
 
S
F
 
F
L
 
V
V
 
V
A
 
S
A
 
A
A
 
L
I
 
I
L
 
L
K
 
K
F
 
F
S
 
T
K
 
K
Q
 
D
K
 
P
D
 
K
E
 
Q
A
 
-
D
 
D
L
 
L
E
 
A
A
 
E
A
 
A
T
 
T
A
 
A
Q
 
Q
M
 
M
E
 
E
E
 
A
S
 
T
K
 
K
G
 
G
K
 
K
K
 
K
S
 
S
S
 
S
V
 
V
A
 
A
G
 
S
S
 
K
L
 
L
T
 
S
-
 
A
-
 
K
-
 
D
-
 
D
-
 
N
-
 
K
-
 
A
-
 
A
-
 
D
-
 
N
-
 
K
-
 
T
-
 
A
-
 
E
-
 
T
-
 
T
-
 
T
-
 
A
-
 
T
-
 
A
-
 
A
-
 
S
-
 
N
K
 
K
T
 
A
E
 
E
D
 
D
A
 
K
E
 
D
T
 
S
T
 
D
E
 
E
A
 
L
G
 
L
V
 
D
D
 
D
-
 
Y
-
 
N
-
 
T
-
 
E
-
 
D
-
 
V
-
 
D
-
 
A
-
 
H
-
 
N
Y
 
Y
K
 
N
N
 
N
V
 
V
D
 
D
K
 
H
I
 
V
V
 
I
F
 
F
A
 
A
C
|
C
D
 
D
A
 
A
G
 
G
M
 
M
G
 
G
S
 
S
S
 
S
A
 
A
M
 
M
G
 
G
A
 
A
G
 
S
M
 
M
L
 
L
K
 
R
N
 
N
K
 
K
F
 
F
K
 
K
K
 
N
A
 
A
G
 
G
L
 
L
-
 
E
D
 
N
I
 
I
E
 
Q
V
 
V
T
 
T
N
 
N
S
 
T
A
 
A
I
 
I
N
 
N
Q
 
Q
L
 
L
K
 
P
G
 
K
D
 
N
E
 
A
D
 
Q
I
 
L
I
 
V
I
 
I
T
 
T
Q
 
Q
K
 
K
T
 
K
L
 
L
T
 
T
E
 
D
R
 
R
A
 
A
E
 
I
N
 
K
K
 
Q
V
 
S
P
 
P
T
 
D
A
 
A
K
 
I
H
 
H
I
 
I
S
 
S
V
 
V
D
 
E
N
 
N
F
 
F
L
 
L
N
 
N
S
 
S
P
 
P
K
 
R
Y
 
Y
D
 
E
E
 
E
L
 
L
L
 
I
E
 
N
E
 
N
L
 
L
K
 
K
E
 
E
E
 
D
Q
 
Q

P00550 PTS system mannitol-specific EIICBA component; EIICBA-Mtl; EII-Mtl; EC 2.7.1.197 from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
55% identity, 84% coverage: 6:501/591 of query aligns to 3:492/637 of P00550

query
sites
P00550
S
 
S
G
 
D
I
 
I
S
 
K
R
 
I
K
 
K
V
 
V
Q
 
Q
A
 
S
F
 
F
G
 
G
S
 
R
F
 
F
L
 
L
S
 
S
S
 
N
M
 
M
I
 
V
M
 
M
P
 
P
N
 
N
I
 
I
A
 
G
A
 
A
F
 
F
I
 
I
A
 
A
W
 
W
G
 
G
L
 
I
I
 
I
T
 
T
A
 
A
M
 
L
F
 
F
I
 
I
D
 
P
V
 
T
G
 
G
W
 
W
F
 
L
P
 
P
N
 
N
E
 
E
D
 
T
L
 
L
A
 
A
T
 
K
M
 
L
V
 
V
D
 
G
P
 
P
M
 
M
I
 
I
V
 
T
Y
 
Y
L
 
L
L
 
L
P
 
P
L
 
L
L
 
L
I
 
I
A
 
G
Y
 
Y
T
 
T
G
 
G
G
 
G
K
 
K
L
 
L
I
 
V
S
 
G
D
 
G
V
 
E
R
 
R
G
 
G
G
 
G
V
 
V
V
 
V
G
 
G
A
 
A
T
 
I
A
 
T
T
 
T
M
 
M
G
 
G
V
 
V
I
 
I
A
 
V
A
 
G
F
 
-
P
 
A
D
 
D
S
 
M
P
 
P
M
 
M
L
 
F
L
 
L
G
 
G
A
 
S
M
 
M
V
 
I
M
 
A
G
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
G
G
 
G
Y
 
W
L
 
C
M
 
I
K
 
K
Q
 
H
V
 
F
D
 
D
A
 
R
V
 
W
L
 
V
V
 
D
P
 
G
R
 
K
I
 
I
R
 
K
Q
 
S
G
 
G
L
 
F
E
 
E
M
 
M
L
 
L
V
 
V
N
 
N
N
 
N
F
 
F
S
 
S
A
 
A
G
 
G
F
 
I
L
 
I
A
 
G
F
 
M
F
 
I
L
 
L
A
 
A
L
 
I
F
 
L
G
 
A
Y
 
F
Y
 
L
G
 
G
L
 
I
G
 
G
P
 
P
V
 
I
V
 
V
S
 
E
W
 
A
L
 
L
T
 
S
Q
 
K
L
 
M
L
 
L
G
 
A
R
 
A
L
 
G
V
 
V
D
 
N
V
 
F
I
 
M
V
 
V
D
 
V
A
 
H
G
 
D
L
 
M
L
 
L
P
 
P
I
 
L
A
 
A
S
 
S
I
 
I
F
 
F
I
 
V
E
 
E
P
 
P
A
 
A
K
 
K
V
 
I
L
 
L
F
 
F
L
 
L
N
 
N
N
 
N
A
 
A
I
 
I
N
 
N
H
 
H
G
 
G
V
 
I
L
 
F
T
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
G
S
 
I
E
 
Q
E
 
Q
V
 
S
R
 
H
E
 
E
V
 
L
G
 
G
R
 
K
S
 
S
I
 
I
L
 
F
F
 
F
T
 
L
L
 
I
E
 
E
S
 
A
N
 
N
P
 
P
G
 
G
P
 
P
G
 
G
F
 
M
G
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
L
A
 
A
Y
 
Y
M
 
M
I
 
F
F
 
F
G
 
G
K
 
R
G
 
G
T
 
S
A
 
A
R
 
K
A
 
Q
T
 
S
A
 
A
P
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
A
I
 
I
I
 
I
H
 
H
F
 
F
V
 
L
G
 
G
G
 
G
I
 
I
H
 
H
E
 
E
I
 
I
Y
 
Y
F
 
F
P
 
P
Y
 
Y
I
 
V
L
 
L
M
 
M
K
 
N
P
 
P
T
 
R
L
 
L
V
 
I
V
 
L
A
 
A
A
 
V
I
 
I
L
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
M
S
 
T
G
 
G
I
 
V
L
 
F
T
 
T
F
 
L
S
 
T
L
 
I
L
 
L
D
 
G
F
 
G
G
 
G
L
 
L
S
 
V
G
 
S
P
 
P
A
 
A
A
 
S
P
 
P
G
 
G
S
 
S
I
 
I
L
 
L
A
 
A
Y
 
V
I
 
L
A
 
A
M
 
M
T
 
T
P
 
P
R
 
K
G
 
G
E
 
A
Y
 
Y
L
 
F
T
 
A
M
 
N
F
 
I
L
 
A
G
 
G
I
 
V
L
 
C
A
 
A
A
 
A
T
 
M
L
 
A
V
 
V
S
 
S
F
 
F
L
 
V
V
 
V
A
 
S
A
 
A
A
 
I
I
 
L
L
 
L
K
 
K
F
 
T
S
 
S
K
 
K
Q
 
V
K
 
K
D
 
E
E
 
E
A
 
D
D
 
D
L
 
I
E
 
E
A
 
A
A
 
A
T
 
T
A
 
R
Q
 
R
M
 
M
E
 
Q
-
 
D
-
 
M
-
 
K
-
 
A
E
 
E
S
 
S
K
 
K
G
 
G
K
 
A
K
 
S
S
 
P
S
 
L
V
 
S
A
 
A
G
 
G
S
 
D
L
 
V
T
 
T
K
 
N
T
 
-
E
 
-
D
 
-
A
 
-
E
 
-
T
 
-
T
 
-
E
 
-
A
 
-
G
 
-
V
 
-
D
 
D
Y
 
L
K
 
S
N
 
H
V
 
V
D
 
R
K
 
K
I
 
I
V
 
I
F
 
V
A
 
A
C
|
C
D
 
D
A
 
A
G
 
G
M
 
M
G
 
G
S
 
S
S
 
S
A
 
A
M
 
M
G
 
G
A
 
A
G
 
G
M
 
V
L
 
L
K
 
R
N
 
K
K
 
K
F
 
I
K
 
Q
K
 
D
A
 
A
G
 
G
L
 
L
-
 
S
D
 
Q
I
 
I
E
 
S
V
 
V
T
 
T
N
 
N
S
 
S
A
 
A
I
 
I
N
 
N
Q
 
N
L
 
L
K
 
P
G
 
P
D
 
D
E
 
V
D
 
D
I
 
L
I
 
V
I
 
I
T
 
T
Q
 
H
K
 
R
T
 
D
L
 
L
T
 
T
E
 
E
R
 
R
A
 
A
E
 
M
N
 
R
K
 
Q
V
 
V
P
 
P
T
 
Q
A
 
A
K
 
Q
H
 
H
I
 
I
S
 
S
V
 
L
D
 
T
N
 
N
F
 
F
L
 
L
N
 
D
S
 
S
P
 
G
K
 
L
Y
 
Y
D
 
T
E
 
S
L
 
L
L
 
T
E
 
E
E
 
R
L
 
L
K
 
V
E
 
A
E
 
A
Q
 
Q
G
 
R
P
 
H
S
 
T
Q
 
A
T
 
N
E
 
E
E
 
E
S
 
K
T
 
V
-
 
K
E
 
D
S
 
S
E
 
L
P
 
K
A
 
D
G
 
S
F
 
F
D
 
D
Y
 
D
S
 
S
K
 
S
V
 
A
D
 
N

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_017549667.1 NCBI__GCF_000330705.1:WP_017549667.1
MSEQKSGISRKVQAFGSFLSSMIMPNIAAFIAWGLITAMFIDVGWFPNEDLATMVDPMIV
YLLPLLIAYTGGKLISDVRGGVVGATATMGVIAAFPDSPMLLGAMVMGPLGGYLMKQVDA
VLVPRIRQGLEMLVNNFSAGFLAFFLALFGYYGLGPVVSWLTQLLGRLVDVIVDAGLLPI
ASIFIEPAKVLFLNNAINHGVLTPLASEEVREVGRSILFTLESNPGPGFGILLAYMIFGK
GTARATAPGAAIIHFVGGIHEIYFPYILMKPTLVVAAILGGASGILTFSLLDFGLSGPAA
PGSILAYIAMTPRGEYLTMFLGILAATLVSFLVAAAILKFSKQKDEADLEAATAQMEESK
GKKSSVAGSLTKTEDAETTEAGVDYKNVDKIVFACDAGMGSSAMGAGMLKNKFKKAGLDI
EVTNSAINQLKGDEDIIITQKTLTERAENKVPTAKHISVDNFLNSPKYDELLEELKEEQG
PSQTEESTESEPAGFDYSKVDKVVFACDAGMGSSAMGAGMLKNKFKKAGLDINVTNSAIN
QLKGDEDIIITQKTLTERAENKVPTAKHISVDNFLNSPHYDELTEELKKRQ

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory