SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_017549913.1 NCBI__GCF_000330705.1:WP_017549913.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4n91A Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from anaerococcus prevotii dsm 20548 (apre_1383), target efi-510023, with bound alpha/beta d-glucuronate (see paper)
43% identity, 88% coverage: 32:328/336 of query aligns to 4:300/308 of 4n91A

query
sites
4n91A
L
 
I
T
 
R
L
 
V
A
 
G
H
 
H
N
 
N
H
x
Q
P
 
S
T
 
Q
S
 
N
H
 
H
P
 
P
V
 
T
H
 
H
S
 
L
S
 
G
L
 
L
E
 
L
K
 
A
F
 
F
K
 
E
E
 
E
E
 
Y
V
 
V
E
 
E
E
 
D
R
 
K
S
 
L
D
 
G
G
 
D
D
 
K
I
 
Y
T
 
D
I
 
I
S
 
Q
L
 
V
Y
 
Y
P
 
P
N
 
S
G
 
E
E
 
L
L
 
L
G
 
G
D
 
S
E
x
Q
R
 
I
E
 
D
V
 
M
I
 
V
E
 
Q
L
 
L
T
 
T
Q
 
Q
T
 
T
G
 
G
A
 
A
V
 
I
D
 
N
I
 
I
T
 
C
K
 
V
V
 
A
S
 
S
A
 
N
A
 
A
A
 
I
L
 
L
E
 
E
S
 
T
F
 
F
R
 
N
P
 
D
E
 
V
Y
 
W
S
 
E
I
 
I
F
 
F
G
 
N
I
 
L
P
 
P
Y
 
Y
M
 
L
F
 
F
D
 
A
S
 
S
E
 
S
E
 
E
E
 
A
F
 
Y
E
 
H
E
 
H
K
 
V
M
 
M
N
 
D
D
 
D
P
 
P
E
 
E
I
 
I
S
 
V
E
 
K
T
 
P
I
 
I
Y
 
F
Q
 
E
S
 
S
S
 
T
K
 
R
D
 
E
I
 
G
G
 
G
F
 
F
V
 
E
G
 
G
L
 
V
T
 
T
Y
 
W
F
 
L
D
 
D
A
 
A
G
 
G
M
 
S
R
|
R
S
 
S
L
 
F
Y
 
Y
T
 
T
A
 
K
N
 
D
R
 
K
M
 
P
V
 
V
E
 
N
T
 
S
P
 
P
E
 
E
D
 
D
M
 
L
A
 
S
G
 
G
M
 
L
K
 
K
V
 
I
R
|
R
V
 
V
Q
|
Q
P
 
Q
S
 
S
A
 
P
T
 
T
S
 
N
V
 
V
N
 
R
M
 
M
I
 
M
E
 
D
A
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
S
T
 
S
A
 
A
T
 
S
P
 
P
M
 
M
A
 
G
Y
x
F
G
 
G
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
T
S
 
A
L
 
L
Q
 
Q
S
 
S
G
 
G
I
 
I
I
 
I
D
 
D
A
 
G
A
 
A
E
 
E
N
|
N
N
 
N
L
 
E
S
 
M
S
 
S
L
 
L
V
 
T
S
 
D
S
 
N
K
 
G
H
 
H
G
 
G
E
 
E
V
 
V
S
 
C
K
 
K
Y
 
Y
W
 
Y
F
 
S
Y
 
Y
T
 
D
E
 
M
H
 
H
A
 
Q
I
 
M
V
 
V
P
 
P
D
|
D
M
 
I
L
 
V
I
 
I
M
 
A
N
 
N
N
 
Y
E
 
S
L
 
W
L
 
L
E
 
E
K
 
G
M
 
L
S
 
P
P
 
E
E
 
E
H
 
D
R
 
R
E
 
K
I
 
V
I
 
F
R
 
D
T
 
E
S
 
G
A
 
F
D
 
K
V
 
V
A
 
L
N
 
N
E
 
E
Y
 
V
H
 
Q
K
 
R
G
 
K
V
 
E
W
 
W
D
 
K
E
 
V
A
 
A
M
 
V
K
 
D
E
 
K
A
 
A
K
 
K
D
 
E
E
 
K
A
 
A
Q
 
-
N
 
S
E
 
E
M
 
M
G
 
G
V
 
V
E
 
E
F
 
F
H
 
I
E
 
Y
V
 
P
D
 
D
K
 
Q
E
 
K
A
 
P
F
 
F
K
 
V
E
 
D
A
 
A
A
 
V
Q
 
A
P
 
P
L
 
L
H
 
T
E
 
K
E
 
E
-
 
V
M
 
L
K
 
E
Q
 
R
D
 
N
E
 
D
T
 
K
M
 
L
A
 
A
P
 
P
I
 
F
Y
 
Y
E
 
D
M
 
A
F
 
I
K
 
Q

4p3lA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from chromohalobacter salexigens dsm 3043 (csal_2479), target efi-510085, with bound glucuronate, spg p6122 (see paper)
38% identity, 83% coverage: 38:317/336 of query aligns to 9:287/303 of 4p3lA

query
sites
4p3lA
H
|
H
P
 
P
T
 
P
S
 
S
H
 
Y
P
 
P
V
 
N
H
 
G
S
 
K
S
 
A
L
 
L
E
 
E
K
 
S
F
 
F
K
 
A
E
 
K
E
 
E
V
 
V
E
 
A
E
 
E
R
 
K
S
 
T
D
 
E
G
 
G
D
 
R
I
 
V
T
 
E
I
 
P
S
 
K
L
 
V
Y
 
Y
P
 
H
N
 
N
G
 
A
E
 
V
L
 
L
G
 
G
D
 
D
E
x
Q
R
 
P
E
 
D
V
 
A
I
 
I
E
 
E
L
 
Q
T
 
T
Q
 
R
T
 
S
G
 
G
A
 
A
V
 
L
D
 
D
I
 
F
T
 
A
K
 
N
V
 
F
S
x
N
A
 
M
A
 
G
A
 
P
L
 
M
E
 
G
S
 
P
F
 
I
R
 
V
P
 
P
E
 
A
Y
 
A
S
 
N
I
 
V
F
 
L
G
 
S
I
 
L
P
 
P
Y
 
F
M
 
I
F
 
F
D
 
K
S
 
S
E
 
P
E
 
D
E
 
D
F
 
M
E
 
Y
E
 
R
K
 
I
M
 
M
N
 
-
D
 
D
P
 
G
E
 
E
I
 
I
S
 
G
E
 
E
T
 
R
I
 
F
Y
 
A
Q
 
D
S
 
A
S
 
L
K
 
A
D
 
E
I
 
K
G
 
N
F
 
L
V
 
I
G
 
V
L
 
L
T
 
S
Y
 
W
F
 
F
D
 
G
A
 
S
G
 
G
M
 
A
R
|
R
S
 
S
L
 
L
Y
 
Y
T
 
N
A
 
T
N
 
D
R
 
H
M
 
P
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
E
 
D
D
 
D
M
 
V
A
 
E
G
 
G
M
 
L
K
 
K
V
 
V
R
|
R
V
 
V
Q
x
M
P
 
N
S
 
N
A
 
D
T
 
L
S
 
Y
V
 
V
N
 
Q
M
 
M
I
 
I
E
 
D
A
 
E
L
 
M
G
 
G
G
 
G
T
 
N
A
 
A
T
 
T
P
 
P
M
 
M
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
Q
S
 
S
L
 
L
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
I
 
V
I
 
I
D
 
D
A
 
G
A
 
A
E
 
E
N
|
N
N
 
N
L
 
Y
S
 
P
S
|
S
L
 
Y
V
 
E
S
 
S
S
 
S
K
 
G
H
 
H
G
 
Y
E
 
E
V
 
V
S
 
A
K
 
N
Y
 
Y
W
 
Y
F
 
S
Y
 
L
T
 
T
E
 
E
H
 
H
A
 
L
I
 
I
V
 
L
P
 
P
D
x
E
M
 
C
L
 
L
I
 
C
M
 
V
N
 
A
N
 
K
E
 
A
L
 
S
L
 
W
E
 
E
K
 
E
M
 
L
S
 
S
P
 
E
E
 
K
H
 
D
R
 
R
E
 
Q
I
 
A
I
 
I
R
 
R
T
 
E
S
 
A
A
 
A
D
 
E
V
 
D
A
 
A
N
 
A
E
 
K
Y
 
E
H
 
Q
K
 
R
G
 
A
V
 
L
W
 
W
D
 
E
E
 
E
A
 
G
M
 
V
K
 
Q
E
 
A
A
 
S
K
 
K
D
 
Q
E
 
K
A
 
I
Q
 
L
N
 
-
E
 
D
M
 
A
G
 
G
V
 
V
E
 
K
F
 
I
H
 
N
E
 
E
V
 
V
-
 
D
D
 
D
K
 
K
E
 
S
A
 
A
F
 
F
K
 
Q
E
 
A
A
 
K
A
 
M
Q
 
Q
P
 
P
L
 
I
H
 
Y
E
 
D
E
 
Q
M
 
F
K
 
V
Q
 
Q
D
 
E

Sites not aligning to the query:

4n8yA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from bradyrhizobium sp. Btai1 b (bbta_0128), target efi-510056 (bbta_0128), complex with alpha/beta-d-galacturonate (see paper)
33% identity, 88% coverage: 35:328/336 of query aligns to 6:298/300 of 4n8yA

query
sites
4n8yA
A
 
A
H
 
D
N
 
V
H
|
H
P
 
P
T
 
A
S
 
D
H
 
Y
P
 
P
V
 
T
H
 
V
S
 
E
S
 
A
L
 
V
E
 
K
K
 
F
F
 
M
K
 
G
E
 
K
E
 
Q
V
 
L
E
 
A
E
 
A
R
 
A
S
 
S
D
 
G
G
 
G
D
 
K
I
 
L
T
 
G
I
 
V
S
 
K
L
 
V
Y
 
F
P
 
P
N
 
N
G
 
G
E
 
A
L
 
L
G
 
G
D
 
S
E
|
E
R
 
K
E
 
D
V
 
T
I
 
I
E
 
E
L
 
Q
T
 
L
Q
 
K
T
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
L
D
 
D
I
 
M
T
 
M
K
x
R
V
 
I
S
 
N
A
 
S
A
 
S
A
 
P
L
 
L
E
 
N
S
 
N
F
 
F
R
 
V
P
 
P
E
 
E
Y
 
T
S
 
V
I
 
A
F
 
L
G
 
C
I
 
L
P
 
P
Y
 
F
M
 
V
F
 
F
D
 
R
S
 
D
E
 
T
E
 
Q
E
 
H
F
 
M
E
 
R
E
 
N
K
 
V
M
 
L
N
 
D
D
 
G
P
 
P
E
 
-
I
 
I
S
 
G
E
 
D
T
 
E
I
 
I
Y
 
L
Q
 
A
S
 
A
S
 
M
K
 
E
D
 
P
I
 
A
G
 
G
F
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
T
 
A
Y
 
Y
F
 
Y
D
 
D
A
 
S
G
 
G
M
 
A
R
|
R
S
 
S
L
 
I
Y
 
Y
T
 
T
A
 
V
N
 
K
R
 
A
M
 
P
V
 
V
E
 
K
T
 
S
P
 
L
E
 
A
D
 
D
M
 
L
A
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
V
 
I
R
|
R
V
 
V
Q
|
Q
P
 
Q
S
 
S
A
 
D
T
 
L
S
 
W
V
 
V
N
 
G
M
 
M
I
 
I
E
 
Q
A
 
S
L
 
L
G
 
G
G
 
A
T
 
N
A
 
P
T
 
T
P
 
P
M
 
M
A
 
P
Y
|
Y
G
 
G
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
T
S
 
A
L
 
L
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
I
 
L
I
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
E
 
E
N
|
N
N
 
N
L
 
W
S
 
P
S
|
S
L
 
Y
V
 
E
S
 
S
S
 
S
K
 
R
H
 
H
G
 
F
E
 
E
V
 
A
S
 
A
K
 
K
Y
 
F
W
 
Y
F
 
N
Y
 
I
T
 
T
E
 
E
H
 
H
A
 
S
I
 
L
V
 
A
P
 
P
D
x
E
M
 
V
L
 
L
I
 
V
M
 
M
N
 
S
N
 
K
E
 
K
L
 
V
L
 
W
E
 
D
K
 
T
M
 
L
S
 
S
P
 
K
E
 
E
H
 
D
R
 
Q
E
 
A
I
 
L
I
 
V
R
 
R
T
 
K
S
 
A
A
 
A
D
 
K
V
 
D
A
 
S
N
 
V
E
 
P
Y
 
V
H
 
M
K
 
R
G
 
K
V
 
L
W
 
W
D
 
D
E
 
E
A
 
-
M
 
R
K
 
E
E
 
Q
A
 
A
K
 
S
D
 
R
E
 
K
A
 
A
Q
 
V
N
 
E
E
 
A
M
 
A
G
 
G
V
 
V
E
 
Q
F
 
V
H
 
V
E
 
T
V
 
V
-
 
A
D
 
N
K
 
K
E
 
Q
A
 
E
F
 
F
K
 
V
E
 
D
A
 
A
A
 
M
Q
 
K
P
 
P
L
 
V
H
 
Y
E
 
Q
E
 
K
M
 
F
K
 
A
Q
 
G
D
 
D
E
 
E
T
 
K
M
 
L
A
 
S
P
 
S
I
 
L
Y
 
V
E
 
K
M
 
R
F
 
I
K
 
Q

4x8rA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from rhodobacter sphaeroides (rsph17029_2138, target efi-510205) with bound glucuronate
34% identity, 84% coverage: 31:313/336 of query aligns to 5:286/304 of 4x8rA

query
sites
4x8rA
N
 
T
L
 
L
T
 
R
L
 
S
A
 
S
H
 
D
N
 
T
H
|
H
P
 
P
T
 
D
S
 
G
H
 
Y
P
 
P
V
 
T
H
 
V
S
 
E
S
 
G
L
 
V
E
 
K
K
 
F
F
 
M
K
 
A
E
 
E
E
 
R
V
 
A
E
 
K
E
 
E
R
 
L
S
 
S
D
 
N
G
 
G
D
 
R
I
 
I
T
 
C
I
 
I
S
 
E
L
 
V
Y
 
F
P
 
P
N
 
S
G
 
S
E
 
Q
L
 
L
G
 
G
D
 
E
E
|
E
R
 
K
E
 
D
V
 
T
I
 
I
E
 
E
L
 
Q
T
 
T
Q
 
Q
T
 
F
G
 
G
A
 
V
V
 
I
D
 
D
I
 
M
T
 
V
K
x
R
V
 
A
S
 
S
A
 
F
A
 
G
A
 
S
L
 
F
E
 
N
S
 
D
F
 
I
R
 
V
P
 
P
E
 
E
Y
 
A
S
 
Q
I
 
L
F
 
L
G
 
S
I
 
L
P
 
P
Y
 
Y
M
 
L
F
 
F
D
 
R
S
 
S
E
 
E
E
 
E
E
 
H
F
 
L
E
 
H
E
x
N
K
 
V
M
 
M
N
 
D
D
 
G
P
 
P
E
 
-
I
 
I
S
x
G
E
 
D
T
 
E
I
 
L
Y
 
A
Q
 
K
S
 
A
S
 
F
K
x
E
D
 
A
I
 
K
G
 
D
F
 
L
V
 
I
G
 
A
L
 
V
T
 
A
Y
 
Y
F
 
Y
D
 
D
A
 
G
G
 
G
M
 
S
R
|
R
S
 
S
L
 
F
Y
 
Y
T
 
N
A
 
S
N
 
Q
R
 
K
M
 
P
V
 
I
E
 
T
T
 
K
P
 
V
E
 
E
D
 
D
M
 
L
A
 
K
G
 
G
M
 
M
K
 
K
V
 
F
R
|
R
V
 
V
Q
x
M
P
 
Q
S
 
S
A
 
D
T
 
V
S
 
F
V
 
V
N
 
D
M
 
M
I
 
M
E
 
S
A
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
A
T
 
N
A
 
A
T
 
T
P
 
P
M
 
M
A
 
P
Y
|
Y
G
 
G
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
S
S
 
S
L
 
I
Q
 
Q
S
 
T
G
 
G
I
 
V
I
 
I
D
 
D
A
 
G
A
 
A
E
 
E
N
|
N
N
 
N
L
 
W
S
 
P
S
|
S
L
 
Y
V
 
D
S
 
S
S
 
S
K
 
G
H
 
H
G
 
F
E
 
E
V
 
V
S
 
A
K
 
K
Y
 
Y
W
 
Y
F
 
T
Y
 
L
T
 
D
E
 
Q
H
 
H
A
 
L
I
 
M
V
 
V
P
 
P
D
x
E
M
x
L
L
 
V
I
 
A
M
 
I
N
 
S
N
 
K
E
 
I
L
 
K
L
 
W
E
 
D
K
 
A
M
 
L
S
 
S
P
 
P
E
 
E
H
 
D
R
 
Q
E
 
Q
I
 
V
I
 
L
R
 
R
T
 
Q
S
 
A
A
 
A
D
 
E
V
 
E
A
 
S
N
 
E
E
 
P
Y
 
V
H
 
Q
K
 
R
G
 
K
V
 
L
W
 
W
D
 
A
E
 
E
A
 
Q
M
 
E
K
 
K
E
 
A
A
 
S
K
 
E
D
 
E
E
 
K
A
 
V
Q
 
V
N
 
A
E
 
S
M
 
G
G
 
A
V
 
E
E
 
V
F
 
V
H
 
R
E
 
E
V
 
I
D
 
D
K
 
K
E
 
T
A
 
P
F
 
F
K
 
I
E
 
E
A
 
A
A
 
M
Q
 
A
P
 
P
L
 
V
H
 
Y
E
 
E
E
 
K

4pf8A Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from sulfitobacter sp. Nas-14.1 (target efi-510299) with bound beta-d- galacturonate (see paper)
35% identity, 87% coverage: 38:328/336 of query aligns to 8:298/300 of 4pf8A

query
sites
4pf8A
H
|
H
P
 
V
T
 
E
S
 
D
H
 
Y
P
 
P
V
 
V
H
 
S
S
 
H
S
 
G
L
 
M
E
 
E
K
 
A
F
 
F
K
 
M
E
 
E
E
 
E
V
 
V
E
 
T
E
 
E
R
 
K
S
 
T
D
 
G
G
 
G
D
 
E
I
 
I
T
 
K
I
 
G
S
 
K
L
 
V
Y
 
F
P
 
H
N
 
A
G
 
G
E
 
V
L
 
L
G
 
G
D
 
S
E
x
Q
R
 
P
E
 
D
V
 
A
I
 
I
E
 
E
L
 
Q
T
 
L
Q
 
R
T
 
L
G
 
G
A
 
I
V
 
M
D
 
D
I
 
F
T
 
G
K
 
V
V
 
F
S
|
S
A
 
L
A
 
G
A
 
P
L
 
M
E
 
G
S
 
Q
F
 
A
R
 
V
P
 
P
E
 
A
Y
 
T
S
 
N
I
 
V
F
 
V
G
 
S
I
 
L
P
 
P
Y
 
F
M
 
V
F
 
F
D
 
K
S
 
S
E
 
V
E
 
P
E
 
Q
F
 
M
E
 
Y
E
 
E
K
 
L
M
 
M
N
 
-
D
 
D
P
 
G
E
 
E
I
 
P
S
 
G
E
 
A
T
 
A
I
 
L
Y
 
G
Q
 
K
S
 
A
S
 
L
K
 
E
D
 
E
I
 
K
G
 
G
F
 
I
V
 
V
G
 
A
L
 
L
T
 
G
Y
 
Y
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
G
 
G
M
 
A
R
|
R
S
 
S
L
 
F
Y
 
Y
T
 
N
A
 
S
N
 
V
R
 
K
M
 
P
V
 
I
E
 
N
T
 
T
P
 
P
E
 
E
D
 
D
M
 
V
A
 
Q
G
 
G
M
 
M
K
 
K
V
 
V
R
|
R
V
 
V
Q
x
M
P
 
N
S
 
N
A
 
D
T
 
L
S
 
F
V
 
V
N
 
G
M
 
M
I
 
I
E
 
E
A
 
S
L
 
M
G
 
G
G
 
G
T
 
N
A
 
A
T
 
T
P
 
P
M
 
M
A
 
A
Y
x
F
G
 
A
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
Q
S
 
S
L
 
I
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
I
 
V
I
 
V
D
 
D
A
 
G
A
 
A
E
 
E
N
|
N
N
 
N
L
 
P
S
 
P
S
|
S
L
 
Y
V
 
E
S
 
S
S
 
T
K
 
S
H
 
H
G
 
F
E
 
E
V
 
V
S
 
A
K
 
K
Y
 
Y
W
 
Y
F
 
S
Y
 
L
T
 
T
E
 
Q
H
 
H
A
 
L
I
 
I
V
 
I
P
 
P
D
x
E
M
 
C
L
 
L
I
 
C
M
 
M
N
 
S
N
 
K
E
 
K
L
 
T
L
 
F
E
 
D
K
 
G
M
 
L
S
 
T
P
 
P
E
 
E
H
 
Q
R
 
Q
E
 
E
I
 
I
I
 
V
R
 
K
T
 
T
S
 
A
A
 
G
D
 
K
V
 
N
A
 
S
N
 
T
E
 
D
Y
 
L
H
 
Q
K
 
R
G
 
K
V
 
L
W
 
W
D
 
G
E
 
E
A
 
R
M
 
-
K
 
E
E
 
A
A
 
A
K
 
S
D
 
M
E
 
K
A
 
I
Q
 
I
N
 
M
E
 
D
M
 
G
G
 
G
V
 
V
E
 
E
F
 
V
H
 
N
E
 
E
V
 
I
-
 
A
D
 
D
K
 
K
E
 
S
A
 
A
F
 
F
K
 
Q
E
 
E
A
 
A
A
 
M
Q
 
V
P
 
P
L
 
V
H
 
Y
E
 
E
E
 
K
-
 
Y
M
 
L
K
 
A
Q
 
A
D
 
N
E
 
P
T
 
E
M
 
M
A
 
T
P
 
D
I
 
L
Y
 
V
E
 
N
M
 
L
F
 
F
K
 
R

Sites not aligning to the query:

4xfeA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from pseudomonas putida f1 (pput_1203), target efi-500184, with bound d- glucuronate
34% identity, 84% coverage: 31:313/336 of query aligns to 2:283/306 of 4xfeA

query
sites
4xfeA
N
 
D
L
 
I
T
 
K
L
 
F
A
 
A
H
 
E
N
 
I
H
|
H
P
 
P
T
 
A
S
 
G
H
 
Y
P
 
P
V
 
T
H
 
V
S
 
V
S
 
A
L
 
E
E
 
Q
K
 
N
F
 
M
K
 
G
E
 
K
E
 
K
V
 
L
E
 
E
E
 
Q
R
 
A
S
 
S
D
 
N
G
 
G
D
 
D
I
 
I
T
 
T
I
 
F
S
 
K
L
 
M
Y
 
F
P
 
A
N
 
G
G
 
G
E
 
V
L
 
L
G
 
G
D
 
S
E
|
E
R
 
K
E
 
E
V
 
V
I
 
I
E
 
E
L
 
Q
T
 
A
Q
 
Q
T
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
D
 
Q
I
 
M
T
 
T
K
x
R
V
 
V
S
 
S
A
 
L
A
 
G
A
 
I
L
 
V
E
 
G
S
 
P
F
 
V
R
 
V
P
 
P
E
 
D
Y
 
V
S
 
N
I
 
V
F
 
F
G
 
N
I
 
M
P
 
P
Y
 
F
M
 
V
F
 
F
D
 
R
S
 
D
E
 
H
E
 
D
E
 
H
F
 
M
E
 
R
E
 
-
K
 
K
M
 
I
N
 
I
D
 
D
P
 
G
E
 
E
I
 
I
S
 
G
E
 
Q
T
 
E
I
 
I
Y
 
L
Q
 
D
-
 
K
-
 
I
S
 
T
S
 
N
K
 
S
D
 
D
I
 
F
G
 
N
F
 
L
V
 
V
G
 
A
L
 
L
T
 
A
Y
 
W
F
 
M
D
 
D
A
 
G
G
 
G
M
 
S
R
|
R
S
 
S
L
 
I
Y
 
Y
T
 
T
A
 
-
N
 
K
R
 
K
M
 
P
V
 
V
E
 
R
T
 
S
P
 
L
E
 
E
D
 
D
M
 
L
A
 
K
G
 
G
M
 
M
K
 
K
V
 
I
R
|
R
V
 
V
Q
|
Q
P
 
G
S
 
N
A
 
P
T
 
L
S
 
F
V
 
I
N
 
D
M
 
M
I
 
M
E
 
N
A
 
A
L
 
M
G
 
G
G
 
G
T
 
N
A
 
G
T
 
I
P
 
A
M
 
M
A
 
D
Y
x
T
G
 
G
E
 
E
V
 
I
Y
 
F
T
 
S
S
 
A
L
 
L
Q
 
Q
S
 
T
G
 
G
I
 
V
I
 
I
D
 
D
A
 
G
A
 
A
E
 
E
N
|
N
N
 
N
L
 
P
S
 
P
S
x
T
L
 
L
V
 
L
S
 
E
S
 
H
K
 
N
H
 
H
G
 
F
E
 
Q
V
 
S
S
 
A
K
 
K
Y
 
Y
W
 
Y
F
 
T
Y
 
L
T
 
T
E
 
G
H
 
H
A
 
L
I
 
I
V
 
L
P
 
P
D
x
E
M
 
P
L
 
V
I
 
V
M
 
M
N
 
S
N
 
K
E
 
T
L
 
T
L
 
W
E
 
N
K
 
K
M
 
L
S
 
T
P
 
P
E
 
E
H
 
Q
R
 
Q
E
 
V
I
 
L
I
 
V
R
 
K
T
 
K
S
 
V
A
 
A
D
 
R
V
 
E
A
 
A
N
 
Q
E
 
M
Y
 
E
H
 
E
K
 
R
G
 
A
V
 
L
W
 
W
D
 
D
E
 
-
A
 
A
M
 
K
K
 
S
E
 
A
A
 
A
K
 
S
D
 
E
E
 
E
A
 
K
Q
 
L
N
 
K
E
 
A
M
 
A
G
 
G
V
 
V
E
 
E
F
 
F
H
 
I
E
 
T
V
 
V
D
 
D
K
 
K
E
 
K
A
 
P
F
 
F
K
 
Y
E
 
D
A
 
A
A
 
T
Q
 
A
P
 
S
L
 
V
H
 
R
E
 
E
E
 
K

Q0B2F6 Solute-binding protein Bamb_6123 from Burkholderia ambifaria (strain ATCC BAA-244 / DSM 16087 / CCUG 44356 / LMG 19182 / AMMD) (Burkholderia cepacia (strain AMMD)) (see paper)
32% identity, 94% coverage: 10:325/336 of query aligns to 11:322/328 of Q0B2F6

query
sites
Q0B2F6
S
 
A
V
 
L
S
 
A
I
 
V
F
 
A
L
 
L
L
 
M
A
 
A
G
 
G
C
 
F
T
 
A
D
 
M
S
 
S
V
 
A
A
 
Q
G
 
A
E
 
R
D
 
V
D
 
F
K
 
R
H
 
S
N
 
-
L
 
-
T
 
-
L
 
-
A
 
A
H
 
D
N
 
V
H
|
H
P
 
G
T
 
D
S
 
S
H
 
F
P
 
P
V
 
T
H
 
N
S
 
M
S
 
A
L
 
V
E
 
K
K
 
F
F
 
M
K
 
G
E
 
D
E
 
E
V
 
L
E
 
S
E
 
K
R
 
L
S
 
T
D
 
G
G
 
G
D
 
K
I
 
D
T
 
S
I
 
I
S
 
K
L
 
V
Y
 
F
P
 
G
N
 
N
G
 
S
E
 
A
L
 
L
G
 
G
D
 
S
E
|
E
R
 
K
E
 
D
V
 
T
I
 
V
E
 
D
L
 
Q
T
 
V
Q
 
R
T
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
I
D
 
D
I
 
M
T
 
A
K
x
R
V
 
V
S
 
N
A
 
G
A
 
A
A
 
S
L
 
F
E
 
N
S
 
E
F
 
I
R
 
V
P
 
P
E
 
E
Y
 
S
S
 
L
I
 
I
F
 
P
G
 
S
I
 
F
P
 
P
Y
 
F
M
 
L
F
 
F
D
 
R
S
 
D
E
 
V
E
 
D
E
 
H
F
 
F
E
 
R
E
 
K
K
 
A
M
 
M
N
 
Y
D
 
G
P
 
P
E
 
A
I
 
-
S
 
G
E
 
Q
T
 
K
I
 
I
Y
 
L
Q
 
D
S
 
A
S
 
F
K
 
A
D
 
A
I
 
K
G
 
G
F
 
M
V
 
I
G
 
A
L
 
L
T
 
T
Y
 
F
F
 
Y
D
 
E
A
 
S
G
 
G
M
 
A
R
|
R
S
 
S
L
 
I
Y
 
Y
T
 
-
A
 
A
N
 
K
R
 
R
M
 
P
V
 
V
E
 
R
T
 
T
P
 
P
E
 
A
D
 
D
M
 
M
A
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
V
 
V
R
 
R
V
 
V
Q
 
Q
P
 
P
S
 
S
A
 
D
T
 
L
S
 
M
V
 
V
N
 
D
M
 
E
I
 
I
E
 
R
A
 
A
L
 
M
G
 
G
G
 
G
T
 
T
A
 
P
T
 
T
P
 
P
M
 
M
A
 
P
Y
 
F
G
 
A
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
T
S
 
G
L
 
L
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
I
 
L
I
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
E
 
E
N
|
N
N
 
N
L
 
L
S
 
P
S
 
S
L
 
Y
V
 
E
S
 
E
S
 
T
K
 
K
H
 
H
G
 
F
E
 
E
V
 
V
S
 
A
K
 
P
Y
 
D
W
 
Y
F
 
S
Y
 
E
T
 
T
E
 
Q
H
 
H
A
 
A
I
 
M
V
 
T
P
 
P
D
x
E
M
 
V
L
 
L
I
 
V
M
 
F
N
 
S
N
 
K
E
 
K
L
 
I
L
 
W
E
 
D
K
 
T
M
 
L
S
 
S
P
 
P
E
 
Q
H
 
E
R
 
Q
E
 
A
I
 
A
I
 
I
R
 
R
T
 
K
S
 
A
A
 
A
D
 
A
V
 
D
A
 
S
N
 
V
E
 
P
Y
 
Y
H
 
Y
K
 
Q
G
 
K
V
 
L
W
 
W
D
 
-
E
 
T
A
 
A
M
 
R
K
 
E
E
 
A
A
 
S
K
 
A
D
 
Q
E
 
Q
A
 
A
Q
 
V
N
 
T
E
 
K
M
 
G
G
 
G
V
 
A
E
 
N
F
 
I
-
 
L
-
 
P
-
 
A
H
 
A
E
 
Q
V
 
V
D
 
D
K
 
R
E
 
A
A
 
A
F
 
F
K
 
V
E
 
K
A
 
A
A
 
M
Q
 
Q
P
 
P
L
 
L
H
 
W
E
 
T
E
 
K
M
 
Y
K
 
E
Q
 
K
D
 
T
E
 
P
T
 
Q
M
 
M
A
 
K
P
 
Q
I
 
I
Y
 
V
E
 
D

4n17A Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from burkholderia ambifaria (bam_6123), target efi-510059, with bound beta-d-galacturonate (see paper)
34% identity, 87% coverage: 35:325/336 of query aligns to 6:296/301 of 4n17A

query
sites
4n17A
A
 
A
H
 
D
N
 
V
H
|
H
P
 
G
T
 
D
S
 
S
H
 
F
P
 
P
V
 
T
H
 
N
S
 
M
S
 
A
L
 
V
E
 
K
K
 
F
F
 
M
K
 
G
E
 
D
E
 
E
V
 
L
E
 
S
E
 
K
R
 
L
S
 
T
D
 
G
G
 
G
D
 
K
I
 
D
T
 
S
I
 
I
S
 
K
L
 
V
Y
 
F
P
 
G
N
 
N
G
 
S
E
 
A
L
 
L
G
 
G
D
 
S
E
|
E
R
 
K
E
 
D
V
 
T
I
 
V
E
 
D
L
 
Q
T
 
V
Q
 
R
T
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
I
D
 
D
I
 
M
T
 
A
K
x
R
V
 
V
S
x
N
A
 
G
A
 
A
A
 
S
L
 
F
E
 
N
S
 
E
F
 
I
R
 
V
P
 
P
E
 
E
Y
 
S
S
 
L
I
 
I
F
 
P
G
 
S
I
 
F
P
 
P
Y
 
F
M
 
L
F
 
F
D
 
R
S
 
D
E
 
V
E
 
D
E
 
H
F
 
F
E
 
R
E
 
K
K
 
A
M
 
M
N
 
Y
D
 
G
P
 
P
E
 
A
I
 
-
S
 
G
E
 
Q
T
 
K
I
 
I
Y
 
L
Q
 
D
S
 
A
S
 
F
K
 
A
D
 
A
I
 
K
G
 
G
F
 
M
V
 
I
G
 
A
L
 
L
T
 
T
Y
 
F
F
 
Y
D
 
E
A
 
S
G
 
G
M
 
A
R
|
R
S
 
S
L
 
I
Y
 
Y
T
 
-
A
 
A
N
 
K
R
 
R
M
 
P
V
 
V
E
 
R
T
 
T
P
 
P
E
 
A
D
 
D
M
 
M
A
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
V
 
V
R
|
R
V
 
V
Q
|
Q
P
 
P
S
 
S
A
 
D
T
 
L
S
 
M
V
 
V
N
 
D
M
 
E
I
 
I
E
 
R
A
 
A
L
 
M
G
 
G
G
 
G
T
 
T
A
 
P
T
 
T
P
 
P
M
 
M
A
 
P
Y
x
F
G
 
A
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
T
S
 
G
L
 
L
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
I
 
L
I
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
E
 
E
N
|
N
N
 
N
L
 
L
S
 
P
S
 
S
L
 
Y
V
 
E
S
 
E
S
 
T
K
 
K
H
 
H
G
 
F
E
 
E
V
 
V
S
 
A
K
 
P
Y
 
D
W
 
Y
F
 
S
Y
 
E
T
 
T
E
 
Q
H
 
H
A
 
A
I
 
M
V
 
T
P
 
P
D
x
E
M
 
V
L
 
L
I
 
V
M
 
F
N
 
S
N
 
K
E
 
K
L
 
I
L
 
W
E
 
D
K
 
T
M
 
L
S
 
S
P
 
P
E
 
Q
H
 
E
R
 
Q
E
 
A
I
 
A
I
 
I
R
 
R
T
 
K
S
 
A
A
 
A
D
 
A
V
 
D
A
 
S
N
 
V
E
 
P
Y
 
Y
H
 
Y
K
 
Q
G
 
K
V
 
L
W
 
W
D
 
-
E
 
T
A
 
A
M
 
R
K
 
E
E
 
A
A
 
S
K
 
A
D
 
Q
E
 
Q
A
 
A
Q
 
V
N
 
T
E
 
K
M
 
G
G
 
G
V
 
A
E
 
N
F
 
I
-
 
L
-
 
P
-
 
A
H
 
A
E
 
Q
V
 
V
D
 
D
K
 
R
E
 
A
A
 
A
F
 
F
K
 
V
E
 
K
A
 
A
A
 
M
Q
 
Q
P
 
P
L
 
L
H
 
W
E
 
T
E
 
K
M
 
Y
K
 
E
Q
 
K
D
 
T
E
 
P
T
 
Q
M
 
M
A
 
K
P
 
Q
I
 
I
Y
 
V
E
 
D

4n15A Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from burkholderia ambifaria (bam_6123), target efi-510059, with bound beta-d-glucuronate (see paper)
34% identity, 87% coverage: 35:325/336 of query aligns to 6:296/301 of 4n15A

query
sites
4n15A
A
 
A
H
 
D
N
 
V
H
|
H
P
 
G
T
 
D
S
 
S
H
 
F
P
 
P
V
 
T
H
 
N
S
 
M
S
 
A
L
 
V
E
 
K
K
 
F
F
 
M
K
 
G
E
 
D
E
 
E
V
 
L
E
 
S
E
 
K
R
 
L
S
 
T
D
 
G
G
 
G
D
 
K
I
 
D
T
 
S
I
 
I
S
 
K
L
 
V
Y
 
F
P
 
G
N
 
N
G
 
S
E
 
A
L
 
L
G
 
G
D
 
S
E
|
E
R
 
K
E
 
D
V
 
T
I
 
V
E
 
D
L
 
Q
T
 
V
Q
 
R
T
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
I
D
 
D
I
 
M
T
 
A
K
x
R
V
 
V
S
x
N
A
 
G
A
 
A
A
 
S
L
 
F
E
 
N
S
 
E
F
 
I
R
 
V
P
 
P
E
 
E
Y
 
S
S
 
L
I
 
I
F
 
P
G
 
S
I
 
F
P
 
P
Y
 
F
M
 
L
F
 
F
D
 
R
S
 
D
E
 
V
E
 
D
E
 
H
F
 
F
E
 
R
E
 
K
K
 
A
M
 
M
N
 
Y
D
 
G
P
 
P
E
 
A
I
 
-
S
 
G
E
 
Q
T
 
K
I
 
I
Y
 
L
Q
 
D
S
 
A
S
 
F
K
 
A
D
 
A
I
 
K
G
 
G
F
 
M
V
 
I
G
 
A
L
 
L
T
 
T
Y
 
F
F
 
Y
D
 
E
A
 
S
G
 
G
M
 
A
R
|
R
S
 
S
L
 
I
Y
 
Y
T
 
-
A
 
A
N
 
K
R
 
R
M
 
P
V
 
V
E
 
R
T
 
T
P
 
P
E
 
A
D
 
D
M
 
M
A
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
V
 
V
R
|
R
V
 
V
Q
|
Q
P
 
P
S
 
S
A
 
D
T
 
L
S
 
M
V
 
V
N
 
D
M
 
E
I
 
I
E
 
R
A
 
A
L
 
M
G
 
G
G
 
G
T
 
T
A
 
P
T
 
T
P
 
P
M
 
M
A
 
P
Y
x
F
G
 
A
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
T
S
 
G
L
 
L
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
I
 
L
I
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
E
 
E
N
|
N
N
 
N
L
 
L
S
 
P
S
 
S
L
 
Y
V
 
E
S
 
E
S
 
T
K
 
K
H
 
H
G
 
F
E
 
E
V
 
V
S
 
A
K
 
P
Y
 
D
W
 
Y
F
 
S
Y
 
E
T
 
T
E
 
Q
H
 
H
A
 
A
I
 
M
V
 
T
P
 
P
D
x
E
M
 
V
L
 
L
I
 
V
M
 
F
N
 
S
N
 
K
E
 
K
L
 
I
L
 
W
E
 
D
K
 
T
M
 
L
S
 
S
P
 
P
E
 
Q
H
 
E
R
 
Q
E
 
A
I
 
A
I
 
I
R
 
R
T
 
K
S
 
A
A
 
A
D
 
A
V
 
D
A
 
S
N
 
V
E
 
P
Y
 
Y
H
 
Y
K
 
Q
G
 
K
V
 
L
W
 
W
D
 
-
E
 
T
A
 
A
M
 
R
K
 
E
E
 
A
A
 
S
K
 
A
D
 
Q
E
 
Q
A
 
A
Q
 
V
N
 
T
E
 
K
M
 
G
G
 
G
V
 
A
E
 
N
F
 
I
-
 
L
-
 
P
-
 
A
H
 
A
E
 
Q
V
 
V
D
 
D
K
 
R
E
 
A
A
 
A
F
 
F
K
 
V
E
 
K
A
 
A
A
 
M
Q
 
Q
P
 
P
L
 
L
H
 
W
E
 
T
E
 
K
M
 
Y
K
 
E
Q
 
K
D
 
T
E
 
P
T
 
Q
M
 
M
A
 
K
P
 
Q
I
 
I
Y
 
V
E
 
D

4mhfA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from polaromonas sp. Js666 (bpro_3107), target efi-510173, with bound alpha/beta d-glucuronate, space group p21 (see paper)
34% identity, 85% coverage: 28:313/336 of query aligns to 7:282/301 of 4mhfA

query
sites
4mhfA
D
 
D
K
 
T
H
|
H
N
 
N
L
 
-
T
 
-
L
 
-
A
 
A
H
 
D
N
 
D
H
 
Y
P
 
P
T
 
T
S
 
V
H
 
-
P
 
-
V
 
-
H
 
-
S
 
A
S
 
A
L
 
V
E
 
K
K
 
Y
F
 
M
K
 
G
E
 
E
E
 
L
V
 
L
E
 
E
E
 
K
R
 
K
S
 
S
D
 
G
G
 
G
D
 
K
I
 
H
T
 
K
I
 
I
S
 
K
L
 
V
Y
 
F
P
 
N
N
 
K
G
 
Q
E
 
A
L
 
L
G
 
G
D
 
S
E
|
E
R
 
K
E
 
E
V
 
T
I
 
I
E
 
D
L
 
Q
T
 
V
Q
 
K
T
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
L
D
 
D
I
 
F
T
 
T
K
x
R
V
 
V
S
 
N
A
 
V
A
 
G
A
 
P
L
 
M
E
 
N
S
 
A
F
 
I
R
 
C
P
 
P
E
 
L
Y
 
T
S
 
Q
I
 
V
F
 
P
G
 
T
I
 
M
P
 
P
Y
 
F
M
 
L
F
 
F
D
 
S
S
 
S
E
 
I
E
 
A
E
 
H
F
 
M
E
 
R
E
 
K
K
 
S
M
 
L
N
 
D
D
 
G
P
 
P
E
 
-
I
 
V
S
 
G
E
 
D
T
 
E
I
 
I
Y
 
L
Q
 
K
S
 
S
S
 
C
K
 
E
D
 
S
I
 
A
G
 
G
F
 
F
V
 
I
G
 
G
L
 
L
T
 
A
Y
 
F
F
 
Y
D
 
D
A
 
S
G
 
G
M
 
A
R
|
R
S
 
S
L
 
I
Y
 
Y
T
 
-
A
 
A
N
 
K
R
 
K
M
 
P
V
 
I
E
 
R
T
 
T
P
 
V
E
 
A
D
 
D
M
 
A
A
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
V
 
I
R
|
R
V
 
V
Q
|
Q
P
 
Q
S
 
S
A
 
D
T
 
L
S
 
W
V
 
V
N
 
A
M
 
L
I
 
V
E
 
S
A
 
A
L
 
M
G
 
G
G
 
A
T
 
N
A
 
A
T
 
T
P
 
P
M
 
M
A
 
P
Y
|
Y
G
 
G
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
T
S
 
G
L
 
L
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
I
 
L
I
 
I
D
 
D
A
 
A
A
 
A
E
 
E
N
|
N
N
 
N
L
 
I
S
 
P
S
|
S
L
 
F
V
 
D
S
 
T
S
 
A
K
 
K
H
 
H
G
 
V
E
 
E
V
 
A
S
 
V
K
 
K
Y
 
V
W
 
Y
F
 
S
Y
 
K
T
 
T
E
 
E
H
 
H
A
 
S
I
 
M
V
 
A
P
 
P
D
x
E
M
 
I
L
 
L
I
 
V
M
 
M
N
 
S
N
 
K
E
 
I
L
 
I
L
 
Y
E
 
D
K
 
K
M
 
L
S
 
P
P
 
K
E
 
A
H
 
E
R
 
Q
E
 
D
I
 
M
I
 
I
R
 
R
T
 
A
S
 
A
A
 
A
D
 
K
V
 
E
A
 
S
N
 
V
E
 
A
Y
 
F
H
 
E
K
 
R
G
 
Q
V
 
K
W
 
W
D
 
D
E
 
E
A
 
-
M
 
-
K
 
Q
E
 
E
A
 
A
K
 
K
D
 
S
E
 
L
A
 
A
Q
 
N
-
 
V
N
 
K
E
 
A
M
 
A
G
 
G
V
 
A
E
 
E
F
 
I
H
 
V
E
 
E
V
 
V
D
 
D
K
 
K
E
 
K
A
 
S
F
 
F
K
 
Q
E
 
A
A
 
V
A
 
M
Q
 
G
P
 
P
L
 
V
H
 
Y
E
 
D
E
 
K

Q128M1 Solute-binding protein Bpro_3107 from Polaromonas sp. (strain JS666 / ATCC BAA-500) (see paper)
34% identity, 85% coverage: 28:313/336 of query aligns to 37:312/330 of Q128M1

query
sites
Q128M1
D
 
D
K
 
T
H
|
H
N
 
N
L
 
-
T
 
-
L
 
-
A
 
A
H
 
D
N
 
D
H
 
Y
P
 
P
T
 
T
S
 
V
H
 
-
P
 
-
V
 
-
H
 
-
S
 
A
S
 
A
L
 
V
E
 
K
K
 
Y
F
 
M
K
 
G
E
 
E
E
 
L
V
 
L
E
 
E
E
 
K
R
 
K
S
 
S
D
 
G
G
 
G
D
 
K
I
 
H
T
 
K
I
 
I
S
 
K
L
 
V
Y
 
F
P
 
N
N
 
K
G
 
Q
E
 
A
L
 
L
G
 
G
D
 
S
E
|
E
R
 
K
E
 
E
V
 
T
I
 
I
E
 
D
L
 
Q
T
 
V
Q
 
K
T
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
L
D
 
D
I
 
F
T
 
T
K
x
R
V
 
V
S
 
N
A
 
V
A
 
G
A
 
P
L
 
M
E
 
N
S
 
A
F
 
I
R
 
C
P
 
P
E
 
L
Y
 
T
S
 
Q
I
 
V
F
 
P
G
 
T
I
 
M
P
 
P
Y
 
F
M
 
L
F
 
F
D
 
S
S
 
S
E
 
I
E
 
A
E
 
H
F
 
M
E
 
R
E
 
K
K
 
S
M
 
L
N
 
D
D
 
G
P
 
P
E
 
-
I
 
V
S
 
G
E
 
D
T
 
E
I
 
I
Y
 
L
Q
 
K
S
 
S
S
 
C
K
 
E
D
 
S
I
 
A
G
 
G
F
 
F
V
 
I
G
 
G
L
 
L
T
 
A
Y
 
F
F
 
Y
D
 
D
A
 
S
G
 
G
M
 
A
R
|
R
S
 
S
L
 
I
Y
 
Y
T
 
-
A
 
A
N
 
K
R
 
K
M
 
P
V
 
I
E
 
R
T
 
T
P
 
V
E
 
A
D
 
D
M
 
A
A
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
V
 
I
R
|
R
V
|
V
Q
|
Q
P
 
Q
S
 
S
A
 
D
T
 
L
S
 
W
V
 
V
N
 
A
M
 
L
I
 
V
E
 
S
A
 
A
L
 
M
G
 
G
G
 
A
T
 
N
A
 
A
T
 
T
P
 
P
M
 
M
A
 
P
Y
|
Y
G
 
G
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
T
S
 
G
L
 
L
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
I
 
L
I
 
I
D
 
D
A
 
A
A
 
A
E
 
E
N
|
N
N
 
N
L
 
I
S
 
P
S
|
S
L
 
F
V
 
D
S
 
T
S
 
A
K
 
K
H
 
H
G
 
V
E
 
E
V
 
A
S
 
V
K
 
K
Y
 
V
W
 
Y
F
 
S
Y
 
K
T
 
T
E
 
E
H
 
H
A
 
S
I
 
M
V
 
A
P
 
P
D
x
E
M
 
I
L
 
L
I
 
V
M
 
M
N
 
S
N
 
K
E
 
I
L
 
I
L
 
Y
E
 
D
K
 
K
M
 
L
S
 
P
P
 
K
E
 
A
H
 
E
R
 
Q
E
 
D
I
 
M
I
 
I
R
 
R
T
 
A
S
 
A
A
 
A
D
 
K
V
 
E
A
 
S
N
 
V
E
 
A
Y
 
F
H
 
E
K
 
R
G
 
Q
V
 
K
W
 
W
D
 
D
E
 
E
A
 
-
M
 
-
K
 
Q
E
 
E
A
 
A
K
 
K
D
 
S
E
 
L
A
 
A
Q
 
N
-
 
V
N
 
K
E
 
A
M
 
A
G
 
G
V
 
A
E
 
E
F
 
I
H
 
V
E
 
E
V
 
V
D
 
D
K
 
K
E
 
K
A
 
S
F
 
F
K
 
Q
E
 
A
A
 
V
A
 
M
Q
 
G
P
 
P
L
 
V
H
 
Y
E
 
D
E
 
K

4mijA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from polaromonas sp. Js666 (bpro_3107), target efi-510173, with bound alpha/beta d-galacturonate, space group p21 (see paper)
34% identity, 85% coverage: 28:313/336 of query aligns to 7:282/302 of 4mijA

query
sites
4mijA
D
 
D
K
 
T
H
|
H
N
 
N
L
 
-
T
 
-
L
 
-
A
 
A
H
 
D
N
 
D
H
 
Y
P
 
P
T
 
T
S
 
V
H
 
-
P
 
-
V
 
-
H
 
-
S
 
A
S
 
A
L
 
V
E
 
K
K
 
Y
F
 
M
K
 
G
E
 
E
E
 
L
V
 
L
E
 
E
E
 
K
R
 
K
S
 
S
D
 
G
G
 
G
D
 
K
I
 
H
T
 
K
I
 
I
S
 
K
L
 
V
Y
 
F
P
 
N
N
 
K
G
 
Q
E
 
A
L
 
L
G
 
G
D
 
S
E
|
E
R
 
K
E
 
E
V
 
T
I
 
I
E
 
D
L
 
Q
T
 
V
Q
 
K
T
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
L
D
 
D
I
 
F
T
 
T
K
x
R
V
 
V
S
 
N
A
 
V
A
 
G
A
 
P
L
 
M
E
 
N
S
 
A
F
 
I
R
 
C
P
 
P
E
 
L
Y
 
T
S
 
Q
I
 
V
F
 
P
G
 
T
I
 
M
P
 
P
Y
 
F
M
 
L
F
 
F
D
 
S
S
 
S
E
 
I
E
 
A
E
 
H
F
 
M
E
 
R
E
 
K
K
 
S
M
 
L
N
 
D
D
 
G
P
 
P
E
 
-
I
 
V
S
 
G
E
 
D
T
 
E
I
 
I
Y
 
L
Q
 
K
S
 
S
S
 
C
K
 
E
D
 
S
I
 
A
G
 
G
F
 
F
V
 
I
G
 
G
L
 
L
T
 
A
Y
 
F
F
 
Y
D
 
D
A
 
S
G
 
G
M
 
A
R
|
R
S
 
S
L
 
I
Y
 
Y
T
 
-
A
 
A
N
 
K
R
 
K
M
 
P
V
 
I
E
 
R
T
 
T
P
 
V
E
 
A
D
 
D
M
 
A
A
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
V
 
I
R
|
R
V
 
V
Q
|
Q
P
 
Q
S
 
S
A
 
D
T
 
L
S
 
W
V
 
V
N
 
A
M
 
L
I
 
V
E
 
S
A
 
A
L
 
M
G
 
G
G
 
A
T
 
N
A
 
A
T
 
T
P
 
P
M
 
M
A
 
P
Y
|
Y
G
 
G
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
T
S
 
G
L
 
L
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
I
 
L
I
 
I
D
 
D
A
 
A
A
 
A
E
 
E
N
|
N
N
 
N
L
 
I
S
 
P
S
|
S
L
 
F
V
 
D
S
 
T
S
 
A
K
 
K
H
 
H
G
 
V
E
 
E
V
 
A
S
 
V
K
 
K
Y
 
V
W
 
Y
F
 
S
Y
 
K
T
 
T
E
 
E
H
 
H
A
 
S
I
 
M
V
 
A
P
 
P
D
x
E
M
 
I
L
 
L
I
 
V
M
 
M
N
 
S
N
 
K
E
 
I
L
 
I
L
 
Y
E
 
D
K
 
K
M
 
L
S
 
P
P
 
K
E
 
A
H
 
E
R
 
Q
E
 
D
I
 
M
I
 
I
R
 
R
T
 
A
S
 
A
A
 
A
D
 
K
V
 
E
A
 
S
N
 
V
E
 
A
Y
 
F
H
 
E
K
 
R
G
 
Q
V
 
K
W
 
W
D
 
D
E
 
E
A
 
-
M
 
-
K
 
Q
E
 
E
A
 
A
K
 
K
D
 
S
E
 
L
A
 
A
Q
 
N
-
 
V
N
 
K
E
 
A
M
 
A
G
 
G
V
 
A
E
 
E
F
 
I
H
 
V
E
 
E
V
 
V
D
 
D
K
 
K
E
 
K
A
 
S
F
 
F
K
 
Q
E
 
A
A
 
V
A
 
M
Q
 
G
P
 
P
L
 
V
H
 
Y
E
 
D
E
 
K

4ovrA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from xanthobacter autotrophicus py2, target efi-510329, with bound beta-d- galacturonate (see paper)
32% identity, 85% coverage: 35:320/336 of query aligns to 6:288/298 of 4ovrA

query
sites
4ovrA
A
 
A
H
 
D
N
 
V
H
x
Q
P
 
P
T
 
A
S
 
D
H
 
Y
P
 
P
V
 
T
H
 
V
S
 
K
S
 
A
L
 
V
E
 
Q
K
 
S
F
 
M
K
 
S
E
 
D
E
 
E
V
 
L
E
 
N
E
 
K
R
 
E
S
 
T
D
 
N
G
 
G
D
 
K
I
 
I
T
 
S
I
 
I
S
 
K
L
 
V
Y
 
F
P
 
P
N
 
N
G
 
S
E
 
Q
L
 
L
G
 
G
D
 
S
E
|
E
R
 
K
E
 
D
V
 
T
I
 
I
E
 
E
L
 
Q
T
 
V
Q
 
K
T
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
L
D
 
D
I
 
F
T
 
I
K
x
R
V
 
I
S
 
N
A
 
S
A
 
G
A
 
T
L
 
L
E
 
N
S
 
T
F
 
V
R
 
C
P
 
P
E
 
A
Y
 
M
S
 
T
I
 
V
F
 
P
G
 
V
I
 
L
P
 
P
Y
 
F
M
 
L
F
 
F
D
 
R
S
 
D
E
 
K
E
 
A
E
 
H
F
 
M
E
 
R
E
 
A
K
 
V
M
 
L
N
 
D
D
 
G
P
 
P
E
 
-
I
 
I
S
 
G
E
 
D
T
 
E
I
 
I
Y
 
L
Q
 
A
S
 
D
S
 
C
K
 
A
D
 
S
I
 
H
G
 
G
F
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
T
 
A
Y
 
F
F
 
Y
D
 
D
A
 
S
G
 
G
M
 
A
R
|
R
S
 
S
L
 
F
Y
 
Y
T
 
-
A
 
A
N
 
T
R
 
T
M
 
P
V
 
I
E
 
R
T
 
K
P
 
L
E
 
E
D
 
D
M
 
L
A
 
K
G
 
G
M
 
K
K
 
K
V
 
I
R
|
R
V
 
V
Q
|
Q
P
 
Q
S
 
S
A
 
D
T
 
I
S
 
W
V
 
V
N
 
S
M
 
M
I
 
M
E
 
K
A
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
A
T
 
N
A
 
A
T
 
T
P
 
P
M
 
M
A
 
P
Y
 
A
G
 
G
E
 
E
V
 
V
Y
 
F
T
 
T
S
 
G
L
 
L
Q
 
K
S
 
S
G
 
G
I
 
L
I
 
I
D
 
D
A
 
G
A
 
A
E
 
E
N
|
N
N
 
N
L
 
W
S
 
P
S
|
S
L
 
Y
V
 
D
S
 
N
S
 
F
K
 
H
H
 
H
G
 
Y
E
 
E
V
 
A
S
 
A
K
 
K
Y
 
N
W
 
Y
F
 
S
Y
 
L
T
 
S
E
 
E
H
 
H
A
 
S
I
 
M
V
 
A
P
 
P
D
x
E
M
 
V
L
 
L
I
 
L
M
 
I
N
 
S
N
 
K
E
 
R
L
 
V
L
 
F
E
 
D
K
 
S
M
 
F
S
 
T
P
 
P
E
 
E
H
 
E
R
 
Q
E
 
V
I
 
Q
I
 
V
R
 
R
T
 
K
S
 
A
A
 
A
D
 
K
V
 
N
A
 
S
N
 
V
E
 
G
Y
 
Y
H
 
M
K
 
R
G
 
Q
V
 
L
W
 
W
D
 
D
E
 
-
A
 
A
M
 
M
K
 
E
E
 
I
A
 
S
K
 
S
D
 
R
E
 
E
A
 
K
Q
 
V
N
 
E
E
 
K
M
 
A
G
 
G
V
 
V
E
 
E
F
 
V
H
 
I
E
 
T
V
 
I
D
 
D
K
 
K
E
 
A
A
 
P
F
 
F
K
 
Q
E
 
A
A
 
A
A
 
V
Q
 
Q
P
 
P
L
 
L
H
 
Y
E
 
D
E
 
Q
M
 
F
K
 
V
Q
 
T
D
 
D
E
 
P
T
 
K
M
 
L

4x04A Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from citrobacter koseri (cko_04899, target efi-510094) with bound d- glucuronate
33% identity, 82% coverage: 38:313/336 of query aligns to 10:285/301 of 4x04A

query
sites
4x04A
H
|
H
P
 
P
T
 
Q
S
 
G
H
 
Y
P
 
P
V
 
N
H
 
V
S
 
V
S
 
A
L
 
V
E
 
Q
K
 
K
F
 
M
K
 
G
E
 
E
E
 
K
V
 
L
E
 
K
E
 
Q
R
 
Q
S
 
T
D
 
D
G
 
G
D
 
K
I
 
L
T
 
E
I
 
I
S
 
K
L
 
V
Y
 
F
P
 
P
N
 
G
G
 
G
E
 
V
L
 
L
G
 
G
D
 
D
E
|
E
R
 
K
E
 
Q
V
 
M
I
 
I
E
 
E
L
 
Q
T
 
A
Q
 
Q
T
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
I
D
 
D
I
 
M
T
 
I
K
x
R
V
 
V
S
|
S
A
 
M
A
 
A
A
 
P
L
 
V
E
 
A
S
 
A
F
 
I
R
 
L
P
 
P
E
 
D
Y
 
I
S
 
E
I
 
V
F
 
F
G
 
T
I
 
L
P
 
P
Y
 
Y
M
 
V
F
 
F
D
 
R
S
 
D
E
 
E
E
 
D
E
 
H
F
 
M
E
 
H
E
 
-
K
 
K
M
 
I
N
 
I
D
 
D
P
 
G
E
 
D
I
 
I
S
 
G
E
 
K
T
 
S
I
 
I
-
 
G
-
 
D
-
 
K
Y
 
L
Q
 
T
S
 
N
S
 
N
K
 
P
D
 
K
I
 
S
G
 
R
F
 
L
V
 
V
G
 
F
L
 
L
T
 
G
Y
 
W
F
 
M
D
 
D
A
 
S
G
 
G
M
 
T
R
|
R
S
 
N
L
 
L
Y
 
I
T
 
T
A
 
K
N
 
N
R
 
P
M
 
-
V
 
V
E
 
E
T
 
K
P
 
P
E
 
E
D
 
D
M
 
L
A
 
H
G
 
G
M
 
M
K
 
K
V
 
I
R
|
R
V
 
V
Q
|
Q
P
 
G
S
 
S
A
 
P
T
 
V
S
 
A
V
 
L
N
 
D
M
 
T
I
 
L
E
 
K
A
 
D
L
 
M
G
 
G
G
 
A
T
 
N
A
 
S
T
 
V
P
 
A
M
 
M
A
 
G
Y
x
V
G
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
F
T
 
S
S
 
G
L
 
M
Q
 
Q
S
 
T
G
 
G
I
 
V
I
 
I
D
 
D
A
 
G
A
 
A
E
 
E
N
|
N
N
 
N
L
 
P
S
 
P
S
x
T
L
 
F
V
 
V
S
 
A
S
 
H
K
 
N
H
 
Y
G
 
M
E
 
P
V
 
V
S
 
A
K
 
K
Y
 
N
W
 
Y
F
 
T
Y
 
L
T
 
S
E
 
G
H
 
H
A
 
F
I
 
I
V
 
T
P
 
P
D
x
E
M
 
M
L
 
L
I
 
L
M
 
Y
N
 
S
N
 
K
E
 
V
L
 
K
L
 
W
E
 
D
K
 
K
M
 
L
S
 
T
P
 
A
E
 
D
H
 
E
R
 
Q
E
 
Q
I
 
K
I
 
I
R
 
L
T
 
T
S
 
L
A
 
A
D
 
R
V
 
E
A
 
A
N
 
Q
E
 
F
Y
 
E
H
 
Q
K
 
R
G
 
K
V
 
L
W
 
W
D
 
D
E
 
A
A
 
Y
M
 
N
K
 
Q
E
 
E
A
 
A
K
 
L
D
 
A
E
 
K
A
 
M
Q
 
K
N
 
A
E
 
G
M
 
-
G
 
G
V
 
V
E
 
Q
F
 
F
H
 
H
E
 
E
V
 
I
D
 
D
K
 
K
E
 
A
A
 
Y
F
 
F
K
 
V
E
 
K
A
 
A
A
 
T
Q
 
E
P
 
P
L
 
V
H
 
R
E
 
A
E
 
Q

P44542 Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP; Extracytoplasmic solute receptor protein SiaP; N-acetylneuraminic-binding protein; Neu5Ac-binding protein from Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (see 2 papers)
30% identity, 93% coverage: 1:314/336 of query aligns to 1:309/329 of P44542

query
sites
P44542
M
 
M
R
 
M
K
 
K
Y
 
L
F
 
T
M
 
K
L
 
L
F
 
F
V
 
L
S
 
A
V
 
T
S
 
A
I
 
I
F
 
S
L
 
L
L
 
-
A
 
-
G
 
G
C
 
V
T
 
S
D
 
S
S
 
A
V
 
V
A
 
L
G
 
A
E
 
A
D
 
D
D
 
-
K
 
-
H
 
Y
N
 
D
L
 
L
T
 
K
L
 
F
A
 
G
H
 
M
N
|
N
H
 
A
P
 
G
T
 
T
S
 
S
H
 
S
P
 
N
V
 
E
H
 
Y
S
 
K
S
 
A
L
 
A
E
 
E
K
 
M
F
 
F
K
 
A
E
 
K
E
 
E
V
 
V
E
 
K
E
 
E
R
 
K
S
 
S
D
 
Q
G
 
G
D
 
K
I
 
I
T
 
E
I
 
I
S
 
S
L
 
L
Y
 
Y
P
 
P
N
 
S
G
 
S
E
 
Q
L
 
L
G
 
G
D
 
D
E
x
D
R
 
R
E
 
A
V
 
M
I
 
L
E
 
K
L
 
Q
T
 
L
Q
 
K
T
 
D
G
 
G
A
 
S
V
 
L
D
 
D
I
 
F
T
|
T
K
 
F
V
 
A
S
x
E
A
 
S
A
 
A
A
 
R
L
 
F
E
 
Q
S
 
L
F
 
F
R
 
Y
P
 
P
E
 
E
Y
 
A
S
 
A
I
 
V
F
 
F
G
 
A
I
 
L
P
 
P
Y
 
Y
M
 
V
F
 
I
D
 
S
S
 
N
E
 
Y
E
 
N
E
 
V
F
 
A
E
 
Q
E
 
K
K
 
A
M
 
L
N
 
F
D
 
D
P
 
T
E
 
E
I
 
F
-
 
G
S
 
K
E
 
D
T
 
L
I
 
I
Y
 
K
Q
 
K
S
 
M
S
 
D
K
 
K
D
 
D
I
 
L
G
 
G
F
 
V
V
 
T
G
 
L
L
 
L
T
 
S
Y
 
Q
F
 
A
D
 
Y
A
 
N
G
 
G
M
 
T
R
|
R
S
 
Q
L
 
T
Y
 
-
T
 
T
A
 
S
N
 
N
R
 
R
M
 
A
V
 
I
E
 
N
T
 
S
P
 
I
E
 
A
D
 
D
M
 
M
A
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
V
 
L
R
|
R
V
 
V
Q
 
P
P
 
N
S
 
A
A
 
A
T
 
T
S
 
N
V
 
L
N
 
A
M
 
Y
I
 
A
E
 
K
A
 
Y
L
 
V
G
 
G
G
 
A
T
 
S
A
 
P
T
 
T
P
 
P
M
 
M
A
 
A
Y
 
F
G
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
L
S
 
A
L
 
L
Q
 
Q
S
 
T
G
 
N
I
 
A
I
 
V
D
 
D
A
 
G
A
 
Q
E
 
E
N
|
N
N
 
P
L
 
L
S
 
A
S
 
A
L
 
V
V
 
Q
S
 
A
S
 
Q
K
 
K
H
 
F
G
 
Y
E
 
E
V
 
V
S
 
Q
K
 
K
Y
 
F
W
 
L
F
 
A
Y
 
M
T
 
T
E
 
N
H
 
H
A
 
I
I
 
L
V
 
N
P
 
D
D
 
Q
M
 
L
L
 
Y
I
 
L
M
 
V
N
 
S
N
 
N
E
 
E
L
 
T
L
 
Y
E
 
K
K
 
E
M
 
L
S
 
P
P
 
E
E
 
D
H
 
L
R
 
Q
E
 
K
I
 
V
I
 
V
R
 
K
T
 
D
S
 
A
A
 
A
D
 
E
V
 
N
A
 
A
N
 
A
E
 
K
Y
 
Y
H
 
H
K
 
T
G
 
K
V
 
L
W
 
F
D
 
V
E
 
D
A
 
G
M
 
E
K
 
K
E
 
D
A
 
L
K
 
V
D
 
T
E
 
F
A
 
F
Q
 
E
N
 
K
E
 
Q
M
 
-
G
 
G
V
 
V
E
 
K
F
 
I
H
 
T
E
 
H
V
 
P
D
 
D
K
 
L
E
 
V
A
 
P
F
 
F
K
 
K
E
 
E
A
 
S
A
 
M
Q
 
K
P
 
P
L
 
Y
H
 
Y
E
 
A
E
 
E
M
 
F