SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_017550018.1 NCBI__GCF_000330705.1:WP_017550018.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 4 hits to proteins with known functional sites (download)

6j2lA Crystal structure of bi-functional enzyme (see paper)
47% identity, 91% coverage: 4:191/207 of query aligns to 10:200/200 of 6j2lA

query
sites
6j2lA
D
 
D
F
 
W
G
 
E
K
 
K
G
 
T
G
 
D
G
 
G
L
 
L
L
 
M
S
 
P
V
 
V
I
 
I
L
 
V
Q
 
Q
D
 
H
H
 
A
R
 
V
T
 
S
H
 
G
R
 
E
V
 
V
L
 
L
M
 
M
N
 
L
G
 
G
F
 
Y
M
 
M
N
 
N
E
 
P
D
 
E
A
 
A
Y
 
L
Q
 
D
K
 
K
T
 
T
L
 
I
D
 
E
E
 
S
G
 
G
V
 
K
V
 
V
W
 
T
F
 
F
Y
 
F
S
 
S
R
 
R
T
 
T
K
 
K
E
 
Q
R
 
R
L
 
L
W
 
W
K
 
I
K
 
K
G
 
G
E
 
E
T
 
T
S
 
S
G
 
G
H
 
N
I
 
F
Q
 
L
I
 
N
V
 
V
K
 
V
E
 
S
M
 
I
A
 
A
L
 
P
D
|
D
C
 
C
D
|
D
R
 
N
D
|
D
A
 
T
L
 
L
L
 
L
I
 
V
R
 
L
V
 
A
E
 
N
P
 
P
K
 
I
G
 
G
P
 
P
T
 
T
C
|
C
H
 
H
L
 
K
G
 
G
T
 
T
A
 
S
S
 
S
C
|
C
F
 
F
G
 
G
D
 
N
S
 
T
D
 
A
-
 
H
-
 
Q
-
 
W
F
 
L
S
 
F
L
 
L
Q
 
Y
T
 
Q
L
 
L
E
 
E
K
 
Q
I
 
L
V
 
L
A
 
A
Q
 
E
K
 
R
V
 
K
D
 
Y
H
 
A
P
 
D
K
 
P
E
 
E
G
 
T
S
 
S
Y
 
Y
T
 
T
K
 
A
Y
 
K
L
 
L
T
 
Y
E
 
A
E
 
S
G
 
G
I
 
T
D
 
K
K
 
R
I
 
I
L
 
A
K
 
Q
K
 
K
C
 
V
G
 
G
E
 
E
E
|
E
M
 
G
T
 
V
E
 
E
V
 
T
V
 
A
V
 
L
A
 
A
S
 
A
K
 
T
N
 
V
D
 
H
D
 
D
R
 
R
Q
 
F
E
 
E
L
 
L
I
 
T
N
 
N
E
|
E
T
 
A
G
 
S
D
|
D
L
 
L
V
 
M
Y
 
Y
H
 
H
L
 
L
L
 
L
V
 
V
L
 
L
L
 
L
R
 
Q
N
 
D
Q
 
Q
G
 
D
I
 
L
S
 
D
L
 
L
K
 
T
D
 
T
V
 
V
E
 
I
E
 
E
K
 
N
L
 
L
K
 
H
E
 
K
R
 
R

6j2lB Crystal structure of bi-functional enzyme (see paper)
42% identity, 80% coverage: 4:169/207 of query aligns to 9:163/185 of 6j2lB

query
sites
6j2lB
D
 
D
F
 
W
G
 
E
K
 
K
G
 
T
G
 
D
G
 
G
L
 
L
L
 
M
S
 
P
V
 
V
I
 
I
L
 
V
Q
 
Q
D
 
H
H
 
A
R
 
V
T
 
S
H
 
G
R
 
E
V
 
V
L
 
L
M
 
M
N
 
L
G
 
G
F
 
Y
M
 
M
N
 
N
E
 
P
D
 
E
A
 
A
Y
 
L
Q
 
D
K
 
K
T
 
T
L
 
I
D
 
E
E
 
S
G
 
G
V
 
K
V
 
V
W
 
T
F
 
F
Y
 
F
S
 
S
R
 
R
T
 
T
K
 
K
E
 
Q
R
 
R
L
 
L
W
 
W
K
 
I
K
 
K
G
 
G
E
 
E
T
 
T
S
 
S
G
 
G
H
 
N
I
 
F
Q
 
L
I
 
N
V
 
V
K
 
V
E
 
S
M
 
I
A
 
A
L
 
P
D
|
D
C
 
C
D
|
D
R
 
N
D
|
D
A
 
T
L
 
L
L
 
L
I
 
V
R
 
L
V
 
A
E
 
N
P
 
P
K
 
I
G
 
G
P
 
P
T
 
S
C
 
-
H
 
-
L
 
-
G
 
-
T
 
-
A
 
-
S
 
S
C
 
C
F
 
F
G
 
G
D
 
N
S
 
T
D
 
A
-
 
H
-
 
Q
-
 
W
F
 
L
S
 
F
L
 
L
Q
 
Y
T
 
Q
L
 
L
E
 
E
K
 
Q
I
 
L
V
 
L
A
 
A
Q
 
E
K
 
R
V
 
-
D
 
-
H
 
-
P
 
-
K
 
-
E
 
-
G
 
-
S
 
-
Y
 
-
T
 
-
K
 
K
Y
 
Y
-
 
A
-
 
D
L
 
L
T
 
Y
E
 
A
E
 
S
G
 
G
I
 
T
D
 
K
K
 
R
I
 
I
L
 
A
K
 
Q
K
 
K
C
 
V
G
 
G
E
 
E
E
|
E
M
 
G
T
 
V
E
|
E
V
 
T
V
 
A
V
 
L
A
 
A
S
 
A
K
 
T
N
 
V
D
 
H
D
 
D
R
 
R
Q
 
F
E
 
E
L
 
L
I
 
T
N
 
N
E
|
E
T
 
A
G
 
S
D
|
D
L
 
L
V
 
M
Y
 
Y
H
 
H

7bgnA Crystal structure of mthisn2-amp complex, a bifunctional enzyme from the histidine biosynthetic pathway (see paper)
35% identity, 88% coverage: 10:191/207 of query aligns to 15:203/204 of 7bgnA

query
sites
7bgnA
G
 
G
L
 
L
L
 
A
S
 
V
V
 
A
I
 
I
L
 
A
Q
 
Q
D
 
N
H
 
V
R
 
D
T
 
T
H
 
G
R
 
A
V
 
I
L
 
L
M
 
M
N
 
Q
G
 
G
F
 
F
M
 
A
N
 
N
E
 
R
D
 
E
A
 
A
Y
 
V
Q
 
A
K
 
T
T
 
T
L
 
I
D
 
S
E
 
S
G
 
R
V
 
K
V
 
A
W
 
T
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
R
 
R
T
 
S
K
 
R
E
 
S
R
 
S
L
 
L
W
|
W
K
 
T
K
|
K
G
|
G
E
 
E
T
|
T
S
|
S
G
 
N
H
 
N
I
 
F
Q
 
I
I
 
N
V
 
V
K
 
H
E
 
D
M
 
V
A
 
F
L
 
L
D
|
D
C
 
C
D
|
D
R
 
R
D
|
D
A
 
S
L
 
I
L
 
I
I
 
Y
R
 
L
V
 
G
E
 
K
P
 
P
K
 
D
G
 
G
P
 
P
T
|
T
C
|
C
H
|
H
L
 
T
G
 
G
T
 
A
A
 
E
S
 
T
C
|
C
F
 
Y
G
 
Y
D
 
T
S
 
P
D
 
V
F
 
F
-
 
D
-
 
L
-
 
N
-
 
K
-
 
L
-
 
A
-
 
L
-
 
T
S
 
S
L
 
L
Q
 
Y
T
 
A
L
|
L
E
 
E
K
 
S
I
 
T
V
 
I
A
 
S
Q
 
Q
K
x
R
V
 
-
D
 
K
H
 
A
P
 
E
K
 
V
E
 
V
G
 
P
S
|
S
Y
x
W
T
|
T
K
 
K
Y
 
R
L
 
L
T
 
L
E
 
L
E
 
N
G
 
-
I
 
-
D
 
D
K
 
K
I
 
L
L
 
L
-
 
C
K
 
S
K
 
K
C
 
I
G
 
R
E
 
E
E
|
E
M
 
A
T
 
N
E
 
E
V
 
L
V
 
C
-
 
E
V
 
T
A
 
L
S
 
E
K
 
N
N
 
N
D
 
E
D
 
D
R
 
K
Q
 
S
E
 
R
L
 
T
I
 
A
N
 
S
E
|
E
T
 
M
G
 
A
D
|
D
L
 
V
V
 
L
Y
|
Y
H
 
H
L
 
A
L
 
M
V
 
V
L
 
L
L
 
L
R
 
A
N
 
L
Q
 
K
G
 
D
I
 
V
S
 
K
L
 
V
K
 
E
D
 
E
V
 
V
E
 
L
E
 
Q
K
 
V
L
 
L
K
 
R
E
 
Q
R
|
R

Sites not aligning to the query:

7bgmA Crystal structure of mthisn2, a bifunctional enzyme from the histidine biosynthetic pathway (see paper)
34% identity, 88% coverage: 10:191/207 of query aligns to 17:212/213 of 7bgmA

query
sites
7bgmA
G
 
G
L
 
L
L
 
A
S
 
V
V
 
A
I
 
I
L
 
A
Q
 
Q
D
 
N
H
 
V
R
 
D
T
 
T
H
 
G
R
 
A
V
 
I
L
 
L
M
 
M
N
 
Q
G
 
G
F
 
F
M
 
A
N
 
N
E
 
R
D
 
E
A
 
A
Y
 
V
Q
 
A
K
 
T
T
 
T
L
 
I
D
 
S
E
 
S
G
 
R
V
 
K
V
 
A
W
 
T
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
R
 
R
T
 
S
K
 
R
E
 
S
R
 
S
L
 
L
W
 
W
K
 
T
K
 
K
G
 
G
E
 
E
T
 
T
S
 
S
G
 
N
H
 
N
I
 
F
Q
 
I
I
 
N
V
 
V
K
 
H
E
 
D
M
 
V
A
 
F
L
 
L
D
|
D
C
 
C
D
|
D
R
 
R
D
|
D
A
 
S
L
 
I
L
 
I
I
 
Y
R
 
L
V
 
G
E
 
K
P
 
P
K
 
D
G
 
G
P
 
P
T
 
T
C
|
C
H
 
H
L
 
T
G
 
G
T
 
A
A
 
E
S
 
T
C
|
C
F
 
Y
G
 
Y
D
 
T
S
 
P
D
 
V
F
 
F
-
 
D
-
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
E
-
 
E
-
 
E
-
 
V
-
 
E
-
 
G
-
 
N
-
 
K
-
 
L
-
 
A
-
 
L
-
 
T
S
 
S
L
 
L
Q
 
Y
T
 
A
L
 
L
E
 
E
K
 
S
I
 
T
V
 
I
A
 
S
Q
 
Q
K
 
R
V
 
-
D
 
-
H
 
K
P
 
A
K
 
E
E
 
V
G
 
V
S
 
S
Y
 
W
T
 
T
K
 
K
Y
 
R
L
 
L
T
 
L
E
 
L
E
 
N
G
 
-
I
 
-
D
 
D
K
 
K
I
 
L
L
 
L
-
 
C
K
 
S
K
 
K
C
 
I
G
 
R
E
 
E
E
|
E
M
 
A
T
 
N
E
 
E
V
 
L
V
 
C
-
 
E
V
 
T
A
 
L
S
 
E
K
 
N
N
 
N
D
 
E
D
 
D
R
 
K
Q
 
S
E
 
R
L
 
T
I
 
A
N
 
S
E
|
E
T
 
M
G
 
A
D
|
D
L
 
V
V
 
L
Y
 
Y
H
 
H
L
 
A
L
 
M
V
 
V
L
 
L
L
 
L
R
 
A
N
 
L
Q
 
K
G
 
D
I
 
V
S
 
K
L
 
V
K
 
E
D
 
E
V
 
V
E
 
L
E
 
Q
K
 
V
L
 
L
K
 
R
E
 
Q
R
 
R

Query Sequence

>WP_017550018.1 NCBI__GCF_000330705.1:WP_017550018.1
MKPDFGKGGGLLSVILQDHRTHRVLMNGFMNEDAYQKTLDEGVVWFYSRTKERLWKKGET
SGHIQIVKEMALDCDRDALLIRVEPKGPTCHLGTASCFGDSDFSLQTLEKIVAQKVDHPK
EGSYTKYLTEEGIDKILKKCGEEMTEVVVASKNDDRQELINETGDLVYHLLVLLRNQGIS
LKDVEEKLKERHGETLSYKVRGEIEEW

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory