SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_018123675.1 NCBI__GCF_000375485.1:WP_018123675.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 5 hits to proteins with known functional sites (download)

1piiA Three-dimensional structure of the bifunctional enzyme phosphoribosylanthranilate isomerase: indoleglycerolphosphate synthase from escherichia coli refined at 2.0 angstroms resolution (see paper)
32% identity, 98% coverage: 3:210/213 of query aligns to 245:450/452 of 1piiA

query
sites
1piiA
L
 
L
H
 
H
G
 
A
S
 
A
R
 
V
P
 
R
R
 
R
P
 
V
L
 
L
I
 
L
-
 
G
-
 
E
-
 
N
K
 
K
V
 
V
C
|
C
G
 
G
M
 
L
T
 
T
R
 
R
M
 
G
E
 
Q
D
 
D
V
 
A
K
 
K
L
 
A
C
 
A
T
 
Y
A
 
D
L
 
A
G
 
G
V
 
A
D
 
I
M
 
Y
V
 
G
G
 
G
F
 
L
I
 
I
F
 
F
H
 
V
P
 
A
P
 
T
S
 
S
P
 
P
R
 
R
C
 
C
A
 
V
A
 
N
P
 
V
A
 
E
F
 
Q
V
 
A
R
 
Q
S
 
E
V
 
V
P
 
M
E
 
A
G
 
A
F
 
A
P
 
P
A
 
L
K
 
Q
-
 
Y
V
 
V
G
 
G
V
 
V
F
 
F
V
 
R
R
 
N
Q
 
H
D
 
D
A
 
I
Q
 
A
E
 
D
I
 
V
L
 
V
D
 
D
I
 
K
M
 
A
D
 
K
E
 
V
C
 
L
R
 
S
L
 
L
D
 
A
M
 
A
A
 
V
Q
 
Q
L
 
L
H
 
H
G
 
G
D
 
N
H
 
E
D
 
E
P
 
Q
K
 
L
T
 
Y
C
 
I
E
 
D
A
 
T
V
 
L
G
 
R
R
 
E
D
 
A
R
 
L
V
 
P
I
 
A
K
 
H
V
 
V
-
 
A
L
 
I
W
 
W
P
 
K
Q
 
A
R
 
L
H
 
S
D
 
V
S
 
G
A
 
E
T
 
T
T
 
L
L
 
P
Q
 
A
D
 
R
E
 
E
V
 
F
D
 
Q
R
 
-
F
 
-
S
 
-
P
 
-
H
 
H
C
 
V
K
 
D
H
 
K
L
 
Y
L
 
V
F
 
L
D
|
D
A
 
N
G
 
G
K
 
Q
K
 
-
G
 
-
G
 
G
G
 
G
H
 
S
G
|
G
E
 
Q
S
 
R
F
 
F
D
 
D
F
 
W
T
 
S
K
 
L
L
 
L
Q
 
N
T
 
G
L
 
-
E
 
Q
I
 
S
I
 
L
K
 
G
P
 
N
W
 
V
F
 
L
L
 
L
A
 
A
G
 
G
N
x
G
I
 
L
G
 
G
S
 
A
H
 
D
N
 
N
V
 
C
Q
 
V
G
 
E
A
 
A
L
 
A
E
 
Q
S
 
T
G
 
G
A
 
C
C
 
A
G
 
G
L
 
L
D
 
D
L
 
F
N
|
N
S
|
S
S
 
A
V
 
V
E
 
E
S
 
S
E
 
Q
P
 
P
G
 
G
I
 
I
K
 
K
D
 
D
S
 
A
K
 
R
K
 
L
I
 
L
R
 
A
D
 
S
L
 
V
F
 
F
S
 
Q
R
 
T
L
 
L
R
 
R

Sites not aligning to the query:

1nsjA Crystal structure of phosphoribosyl anthranilate isomerase from thermotoga maritima (see paper)
30% identity, 90% coverage: 12:203/213 of query aligns to 4:196/205 of 1nsjA

query
sites
1nsjA
I
 
V
K
 
K
V
 
I
C
|
C
G
 
G
M
 
I
T
 
T
R
 
N
M
 
L
E
 
E
D
 
D
V
 
A
K
 
L
L
 
F
C
 
S
T
 
V
A
 
E
L
 
S
G
 
G
V
 
A
D
 
D
M
 
A
V
 
V
G
 
G
F
 
F
I
 
V
F
 
F
H
 
Y
P
 
P
P
 
K
S
 
S
P
 
K
R
 
R
C
 
Y
A
 
I
A
 
S
P
 
P
A
 
E
F
 
D
V
 
A
R
 
R
S
 
R
V
 
I
P
 
S
E
 
V
G
 
E
F
 
L
P
 
P
A
 
P
-
 
F
-
 
V
-
 
F
K
 
R
V
 
V
G
 
G
V
 
V
F
 
F
V
 
V
R
 
N
Q
 
E
D
 
E
A
 
P
Q
 
E
E
 
K
I
 
I
L
 
L
D
 
D
I
 
V
M
 
A
D
 
S
E
 
Y
C
 
V
R
 
Q
L
 
L
D
 
N
M
 
A
A
 
V
Q
 
Q
L
 
L
H
 
H
G
 
G
D
 
E
H
 
E
D
 
P
P
 
I
K
 
E
T
 
L
C
 
C
E
 
R
A
 
K
V
 
I
G
 
A
-
 
E
R
 
R
D
 
I
R
 
L
V
 
V
I
 
I
K
 
K
V
 
A
L
 
V
W
 
-
P
 
-
Q
 
-
R
 
-
H
 
-
D
 
-
S
 
-
A
 
G
T
 
V
T
 
S
L
 
N
Q
 
E
D
 
R
E
 
D
V
 
M
D
 
E
R
 
R
F
 
A
S
 
L
P
 
N
H
 
Y
C
 
R
K
 
E
H
 
F
-
 
P
-
 
I
L
 
L
L
 
L
F
x
D
D
 
T
A
 
K
G
 
T
K
 
P
K
 
E
G
 
Y
G
|
G
G
 
G
H
 
S
G
 
G
E
 
K
S
 
T
F
 
F
D
 
D
F
 
W
T
 
S
K
 
L
-
 
I
L
 
L
Q
 
P
T
 
Y
L
 
R
E
 
D
I
 
R
I
 
F
K
 
R
P
 
Y
W
 
L
F
 
V
L
 
L
A
 
S
G
 
G
N
 
G
I
 
L
G
 
N
S
 
P
H
 
E
N
 
N
V
 
V
Q
 
R
G
 
S
A
 
A
L
 
I
E
 
D
-
 
V
S
 
V
G
 
R
A
 
P
C
 
F
G
 
A
L
 
V
D
 
D
L
x
V
N
x
S
S
|
S
S
 
G
V
 
V
E
 
E
S
 
A
E
 
F
P
 
P
G
 
G
I
 
K
K
 
K
D
 
D
S
 
H
K
 
D
K
 
S
I
 
I
R
 
K

1lbmA Crystal structure of phosphoribosyl anthranilate isomerase (prai) in complex with reduced 1-(o-carboxyphenylamino)-1-deoxyribulose 5- phosphate (rcdrp) (see paper)
28% identity, 90% coverage: 12:203/213 of query aligns to 4:185/194 of 1lbmA

query
sites
1lbmA
I
 
V
K
 
K
V
 
I
C
|
C
G
 
G
M
 
I
T
 
T
R
 
N
M
 
L
E
 
E
D
 
D
V
 
A
K
 
L
L
 
F
C
 
S
T
 
V
A
 
E
L
 
S
G
 
G
V
 
A
D
 
D
M
 
A
V
 
V
G
 
G
F
 
F
I
 
V
F
 
F
H
 
Y
P
 
P
P
 
K
S
|
S
P
 
K
R
|
R
C
 
Y
A
 
I
A
 
S
P
 
P
A
 
E
F
 
D
V
 
A
R
 
R
S
 
R
V
 
I
P
 
S
E
 
V
G
 
E
F
 
L
P
 
P
A
 
P
-
 
F
-
 
V
-
 
F
K
 
R
V
 
V
G
 
G
V
 
V
F
 
F
V
 
V
R
 
N
Q
 
E
D
 
E
A
 
P
Q
 
E
E
 
K
I
 
I
L
 
L
D
 
D
I
 
V
M
 
A
D
 
S
E
 
Y
C
 
V
R
 
Q
L
 
L
D
 
N
M
 
A
A
 
V
Q
 
Q
L
 
L
H
|
H
G
 
G
D
 
E
H
 
E
D
 
P
P
 
I
K
 
E
T
 
L
C
 
C
E
 
R
A
 
K
V
 
I
G
 
A
-
 
E
R
 
R
D
 
I
R
 
L
V
 
V
I
 
I
K
 
K
V
 
A
L
 
V
W
 
-
P
 
-
Q
 
-
R
 
-
H
 
-
D
 
-
S
 
-
A
 
G
T
 
V
T
 
S
L
 
N
Q
 
E
D
 
R
E
 
D
V
 
M
D
 
E
R
 
R
F
 
A
S
 
L
P
 
N
H
 
Y
C
 
R
K
 
E
H
 
F
-
 
P
L
 
I
L
 
L
F
 
L
D
|
D
A
 
-
G
 
-
K
 
-
K
 
-
G
 
-
G
 
-
G
 
-
H
 
-
G
 
-
E
 
-
S
 
T
F
 
F
D
 
D
F
 
W
T
 
S
K
 
L
-
 
I
L
 
L
Q
 
P
T
 
Y
L
 
R
E
 
D
I
 
R
I
 
F
K
 
R
P
 
Y
W
 
L
F
 
V
L
 
L
A
 
S
G
|
G
N
x
G
I
 
L
G
 
N
S
 
P
H
 
E
N
 
N
V
 
V
Q
 
R
G
 
S
A
 
A
L
 
I
E
 
D
-
 
V
S
 
V
G
 
R
A
 
P
C
 
F
G
 
A
L
 
V
D
|
D
L
 
V
N
x
S
S
|
S
S
 
G
V
 
V
E
 
E
S
 
A
E
 
F
P
 
P
G
 
G
I
 
K
K
 
K
D
 
D
S
 
H
K
 
D
K
 
S
I
 
I
R
 
K

7etyA Crystal structure of bifunctional indole-3-glycerol phosphate synthase / phosphoribosylanthranilate isomerase (trpc) from corynebacterium glutamicum in complex with reduced 1-(o-carboxyphenylamino)-1- deoxyribulose 5-phosphate (rcdrp) (see paper)
27% identity, 92% coverage: 13:209/213 of query aligns to 259:464/470 of 7etyA

query
sites
7etyA
K
 
K
V
 
V
C
|
C
G
 
G
M
 
L
T
 
T
R
 
S
M
 
P
E
 
S
D
 
A
V
 
A
K
 
Q
L
 
T
C
 
A
T
 
R
A
 
A
L
 
A
G
 
G
V
 
A
D
 
V
M
 
Y
V
 
G
G
 
G
F
 
L
I
|
I
F
 
F
H
 
E
P
 
E
P
 
A
S
|
S
P
 
P
R
|
R
-
 
N
-
 
V
-
 
S
-
 
R
-
 
E
-
 
T
-
 
L
-
 
Q
-
 
K
-
 
I
C
 
I
A
 
A
A
 
A
P
 
E
A
 
P
F
 
N
V
 
L
R
 
R
S
 
Y
V
 
V
P
 
A
-
 
V
-
 
S
-
x
R
-
 
R
-
 
T
E
 
S
G
 
G
F
 
Y
P
 
K
A
 
D
K
 
L
V
 
L
-
 
V
-
 
D
G
 
G
V
 
I
F
 
F
V
 
A
R
 
V
Q
 
Q
D
 
I
A
x
H
Q
 
A
E
 
P
I
 
L
L
 
Q
D
 
D
I
 
S
M
 
V
D
 
E
E
 
A
C
 
E
R
 
K
L
 
A
D
 
L
M
 
I
A
 
A
Q
 
A
L
 
V
H
 
R
G
 
E
D
 
E
H
 
V
D
 
G
P
 
P
K
 
Q
T
 
-
C
 
-
E
 
-
A
 
-
V
 
V
G
 
Q
R
 
V
D
 
W
R
 
R
V
 
A
I
 
I
K
 
S
V
 
M
L
 
S
W
 
S
P
 
P
Q
 
L
R
 
G
H
 
A
D
 
E
S
 
V
A
 
A
T
 
A
T
 
A
L
 
V
Q
 
E
D
 
G
E
 
D
V
 
V
D
 
D
R
 
K
F
 
-
S
 
-
P
 
-
H
 
-
C
 
-
K
 
-
H
 
-
L
 
L
L
 
I
F
 
L
D
|
D
A
 
A
G
 
H
K
 
E
K
 
-
G
 
-
G
|
G
G
|
G
H
 
S
G
|
G
E
 
E
S
 
V
F
 
F
D
 
D
F
 
W
T
 
A
K
 
T
L
 
V
Q
 
P
T
 
A
L
 
A
E
 
V
I
 
K
I
 
A
K
 
K
P
 
S
W
 
-
F
 
L
L
 
L
A
 
A
G
 
G
N
x
G
I
 
I
G
 
S
S
 
P
H
 
D
N
 
N
V
 
A
Q
 
A
G
 
Q
A
 
A
L
 
L
E
 
A
S
 
V
G
 
G
A
 
C
C
 
A
G
 
G
L
 
L
D
|
D
L
 
I
N
|
N
S
|
S
S
 
G
V
 
V
E
 
E
-
 
Y
-
 
P
-
 
A
-
 
G
-
 
A
-
 
G
S
 
T
E
 
W
P
 
A
G
 
G
I
 
A
K
 
K
D
 
D
S
 
A
K
 
G
K
 
A
I
 
L
R
 
L
D
 
K
L
 
I
F
 
F
S
 
A
R
 
T
L
 
I

Sites not aligning to the query:

7etxA Crystal structure of bifunctional indole-3-glycerol phosphate synthase / phosphoribosylanthranilate isomerase (trpc) from corynebacterium glutamicum (see paper)
27% identity, 92% coverage: 13:209/213 of query aligns to 261:466/472 of 7etxA

query
sites
7etxA
K
 
K
V
 
V
C
 
C
G
 
G
M
 
L
T
 
T
R
 
S
M
 
P
E
 
S
D
 
A
V
 
A
K
 
Q
L
 
T
C
 
A
T
 
R
A
 
A
L
 
A
G
 
G
V
 
A
D
 
V
M
 
Y
V
 
G
G
 
G
F
 
L
I
 
I
F
 
F
H
 
E
P
 
E
P
 
A
S
 
S
P
 
P
R
 
R
-
 
N
-
 
V
-
 
S
-
 
R
-
 
E
-
 
T
-
 
L
-
 
Q
-
 
K
-
 
I
C
 
I
A
 
A
A
 
A
P
 
E
A
 
P
F
 
N
V
 
L
R
 
R
S
 
Y
V
 
V
P
 
A
-
 
V
-
 
S
-
 
R
-
 
R
-
 
T
E
 
S
G
 
G
F
 
Y
P
 
K
A
 
D
K
 
L
V
 
L
-
 
V
-
 
D
G
 
G
V
 
I
F
 
F
V
 
A
R
 
V
Q
 
Q
D
 
I
A
 
H
Q
x
A
E
 
P
I
x
L
L
 
Q
D
 
D
I
 
S
M
 
V
D
 
E
E
 
A
C
 
E
R
 
K
L
 
A
D
 
L
M
 
I
A
 
A
Q
 
A
L
 
V
H
 
R
G
 
E
D
 
E
H
 
V
D
 
G
P
 
P
K
 
Q
T
 
-
C
 
-
E
 
-
A
 
-
V
 
V
G
 
Q
R
 
V
D
 
W
R
|
R
V
x
A
I
 
I
K
x
S
V
 
M
L
 
S
W
 
S
P
 
P
Q
 
L
R
 
G
H
 
A
D
 
E
S
 
V
A
 
A
T
 
A
T
 
A
L
 
V
Q
 
E
D
 
G
E
 
D
V
 
V
D
 
D
R
 
K
F
 
-
S
 
-
P
 
-
H
 
-
C
 
-
K
 
-
H
 
-
L
 
L
L
 
I
F
 
L
D
 
D
A
 
A
G
 
H
K
 
E
K
 
-
G
 
-
G
 
G
G
 
G
H
 
S
G
 
G
E
 
E
S
 
V
F
 
F
D
 
D
F
 
W
T
 
A
K
 
T
L
 
V
Q
 
P
T
 
A
L
 
A
E
 
V
I
 
K
I
 
A
K
 
K
P
 
S
W
 
-
F
 
L
L
 
L
A
 
A
G
 
G
N
 
G
I
 
I
G
 
S
S
 
P
H
 
D
N
 
N
V
 
A
Q
 
A
G
 
Q
A
 
A
L
 
L
E
 
A
S
 
V
G
 
G
A
 
C
C
 
A
G
 
G
L
 
L
D
 
D
L
 
I
N
 
N
S
 
S
S
 
G
V
 
V
E
 
E
-
 
Y
-
 
P
-
 
A
-
 
G
-
 
A
-
 
G
S
 
T
E
 
W
P
 
A
G
 
G
I
 
A
K
 
K
D
 
D
S
 
A
K
 
G
K
 
A
I
 
L
R
 
L
D
 
K
L
 
I
F
 
F
S
 
A
R
 
T
L
 
I

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_018123675.1 NCBI__GCF_000375485.1:WP_018123675.1
MKLHGSRPRPLIKVCGMTRMEDVKLCTALGVDMVGFIFHPPSPRCAAPAFVRSVPEGFPA
KVGVFVRQDAQEILDIMDECRLDMAQLHGDHDPKTCEAVGRDRVIKVLWPQRHDSATTLQ
DEVDRFSPHCKHLLFDAGKKGGGHGESFDFTKLQTLEIIKPWFLAGNIGSHNVQGALESG
ACGLDLNSSVESEPGIKDSKKIRDLFSRLREES

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory