SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_018125754.1 NCBI__GCF_000375485.1:WP_018125754.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1isoA Isocitrate dehydrogenase: structure of an engineered NADP+--> NAD+ specificity-reversal mutant (see paper)
55% identity, 97% coverage: 8:376/379 of query aligns to 29:411/414 of 1isoA

query
sites
1isoA
F
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
|
I
G
 
G
P
 
V
E
 
D
V
 
V
W
 
T
A
 
P
S
 
A
A
 
M
R
 
L
P
 
K
V
 
V
L
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
M
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
G
 
G
S
 
E
N
 
R
S
 
K
L
 
I
D
 
S
W
 
W
V
 
M
E
 
E
L
 
I
L
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
S
F
 
T
A
 
Q
E
 
V
T
 
Y
G
 
G
E
 
Q
-
 
D
-
 
V
Y
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
T
 
E
T
 
T
M
 
L
D
 
D
A
 
L
L
 
I
A
 
R
K
 
E
A
 
Y
E
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
I
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
K
 
G
G
 
G
F
 
I
R
 
R
S
 
S
L
 
L
N
 
N
V
 
V
T
 
A
M
 
L
R
 
R
Q
 
Q
A
 
E
F
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
I
C
 
C
I
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
V
R
 
R
H
 
Y
F
 
Y
A
 
Q
G
 
G
I
 
T
E
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
H
 
H
P
 
P
E
 
E
R
 
L
V
 
T
D
 
D
M
 
M
V
 
V
V
 
I
F
 
F
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
V
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
Y
 
W
A
 
K
S
 
A
G
 
D
S
 
S
A
 
A
E
 
D
A
 
A
K
 
E
K
 
K
L
 
V
I
 
I
A
 
K
F
 
F
L
 
L
R
 
R
D
 
E
E
 
E
L
 
M
G
 
G
A
 
V
D
 
K
-
 
K
-
 
I
-
 
R
V
 
F
D
 
P
P
 
E
S
 
H
A
 
C
G
 
G
V
 
I
G
 
G
I
 
I
K
 
K
P
 
P
M
 
M
T
 
S
E
 
E
K
 
E
G
 
G
S
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
A
A
 
A
I
 
I
E
 
E
F
 
Y
A
 
A
A
 
I
R
 
A
E
 
N
G
 
D
R
 
R
E
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
T
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
F
 
F
R
 
K
A
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
Q
V
 
L
A
 
A
E
 
R
Q
 
E
E
 
E
F
 
F
A
 
G
G
 
G
T
 
E
C
 
L
V
 
I
M
 
D
E
 
G
G
 
G
E
 
P
E
 
W
G
 
L
K
 
K
V
 
V
-
 
K
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
 
T
-
 
G
-
 
K
-
 
E
-
 
I
V
 
V
V
 
I
K
 
K
D
 
D
R
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
M
 
F
F
 
L
Q
 
Q
E
 
Q
C
 
I
L
 
L
M
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
A
Q
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
V
V
 
I
A
 
A
T
 
C
S
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
D
|
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
V
 
A
N
 
N
M
 
I
G
 
G
D
 
D
T
 
E
L
 
Y
A
 
A
M
 
L
F
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
T
H
|
H
G
|
G
T
 
T
A
|
A
P
 
P
T
x
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
D
M
 
K
A
|
A
N
|
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
L
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
G
 
A
A
 
E
M
 
M
L
 
M
L
 
L
D
 
R
H
 
H
A
 
M
G
 
G
F
 
W
G
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
E
 
D
L
 
L
V
 
I
R
 
V
G
 
K
S
 
G
V
 
M
E
 
E
K
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
N
A
 
A
R
 
K
K
 
T
V
 
V
T
 
T
V
 
K
D
 
D
L
 
F
A
 
E
S
 
S
Q
 
L
I
 
M
P
 
D
G
 
G
A
 
A
Q
 
K
Q
 
L
V
 
L
G
 
K
C
 
C
R
 
S
E
 
E
F
 
F
G
 
G
E
 
D
I
 
A
I
 
I
L
 
I

2d4vA Crystal structure of NAD dependent isocitrate dehydrogenase from acidithiobacillus thiooxidans (see paper)
55% identity, 94% coverage: 3:358/379 of query aligns to 24:406/427 of 2d4vA

query
sites
2d4vA
Q
 
Q
R
 
P
T
 
I
V
 
I
Y
 
P
F
 
F
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
|
I
G
 
G
P
 
C
E
 
D
V
 
V
W
 
T
A
 
P
S
 
A
A
 
M
R
 
R
P
 
S
V
 
V
L
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
M
 
V
D
 
A
K
 
K
A
 
V
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
S
 
Q
N
 
R
S
 
Q
L
 
I
D
 
A
W
 
W
V
 
M
E
 
E
L
 
L
L
 
F
A
 
A
G
 
G
E
 
Q
K
 
K
A
 
A
F
 
V
A
 
Q
E
 
L
T
 
Y
G
 
G
E
 
E
-
 
G
-
 
Q
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
Q
 
D
T
 
E
T
 
T
M
 
M
D
 
A
A
 
A
L
 
I
A
 
R
K
 
E
A
 
Y
E
 
K
L
 
V
A
 
A
M
 
I
K
 
K
G
 
G
P
|
P
L
|
L
G
x
E
T
|
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
K
 
G
G
 
G
F
 
I
R
 
R
S
|
S
L
 
L
N
|
N
V
 
V
T
 
A
M
 
M
R
|
R
Q
 
Q
A
 
D
F
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
V
C
 
C
I
 
L
R
|
R
P
 
P
V
 
V
R
 
R
H
 
Y
F
 
F
A
 
E
G
 
G
I
 
T
E
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
M
K
 
R
H
 
H
P
 
P
E
 
E
R
 
K
V
 
V
D
 
D
M
 
M
V
 
V
V
 
I
F
 
F
R
|
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
V
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
Y
 
W
A
 
P
S
 
A
G
 
G
S
 
S
A
 
P
E
 
E
A
 
A
K
 
E
K
 
K
L
 
I
I
 
I
A
 
R
F
 
F
L
 
L
R
 
R
D
 
E
E
 
E
L
 
M
G
 
G
A
 
V
D
 
T
-
 
K
-
 
I
-
 
R
V
 
F
D
 
P
P
 
D
S
 
S
A
 
S
G
 
A
V
 
I
G
 
G
I
 
I
K
 
K
P
 
P
M
 
V
T
 
S
E
 
T
K
 
E
G
 
G
S
 
S
K
 
E
R
 
R
L
 
L
V
 
I
R
 
R
R
 
R
A
 
T
I
 
I
E
 
Q
F
 
Y
A
 
A
A
 
L
R
 
E
E
 
H
G
 
G
R
 
K
E
 
P
S
 
S
V
 
V
T
 
S
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
|
N
I
|
I
M
 
M
K
 
K
T
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
G
F
 
F
R
 
R
A
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
A
V
 
L
A
 
A
E
 
E
Q
 
R
E
 
E
F
 
F
A
 
A
G
 
G
T
 
R
C
 
V
V
 
F
M
 
T
-
 
W
-
 
R
-
 
Q
-
 
K
-
 
A
-
 
A
-
 
I
-
 
S
-
 
K
-
 
A
E
 
E
G
 
G
E
 
K
-
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
Q
-
 
K
-
 
A
-
 
E
-
 
Q
-
 
Q
-
 
A
-
 
I
-
 
A
E
 
D
G
 
G
K
 
K
V
 
L
V
 
I
V
 
I
K
 
K
D
 
D
R
 
V
I
|
I
A
 
A
D
|
D
A
x
N
M
 
F
F
 
L
Q
 
Q
E
 
Q
C
 
I
L
 
L
M
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
E
Q
 
D
Y
 
Y
S
 
S
V
 
V
V
 
V
A
 
A
T
 
T
S
 
L
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
I
 
V
S
 
S
D
|
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
E
V
 
V
G
 
G
G
 
G
L
x
I
G
 
G
L
 
M
A
 
A
P
 
P
G
 
G
V
 
A
N
 
N
M
 
L
G
 
S
D
 
D
T
 
T
L
 
H
A
 
A
M
 
I
F
 
F
E
|
E
A
 
A
T
|
T
H
|
H
G
|
G
T
|
T
A
|
A
P
 
P
T
x
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
G
M
 
K
A
|
A
N
|
N
P
 
P
G
 
S
S
 
S
L
 
L
I
 
I
L
 
L
S
 
S
G
 
A
A
 
V
M
 
M
L
 
M
L
 
L
D
 
E
H
 
H
A
 
L
G
 
G
F
 
W
G
 
G
E
 
E
A
 
A
A
 
A
E
 
Q
L
 
A
V
 
I
R
 
V
G
 
A
S
 
A
V
 
M
E
 
N
K
 
A
A
 
T
L
 
I
A
 
A
A
 
A
R
 
G
K
 
E
V
 
V
T
 
T
V
 
G
D
|
D
L
 
L
A
 
A
S
 
A

1bl5A Isocitrate dehydrogenase from e. Coli single turnover laue structure of rate-limited product complex, 10 msec time resolution (see paper)
54% identity, 97% coverage: 8:376/379 of query aligns to 29:411/414 of 1bl5A

query
sites
1bl5A
F
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
V
E
 
D
V
 
V
W
 
T
A
 
P
S
 
A
A
 
M
R
 
L
P
 
K
V
 
V
L
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
M
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
G
 
G
S
 
E
N
 
R
S
 
K
L
 
I
D
 
S
W
 
W
V
 
M
E
 
E
L
 
I
L
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
S
F
 
T
A
 
Q
E
 
V
T
 
Y
G
 
G
E
 
Q
-
 
D
-
 
V
Y
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
T
 
E
T
 
T
M
 
L
D
 
D
A
 
L
L
 
I
A
 
R
K
 
E
A
 
Y
E
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
I
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
K
 
G
G
 
G
F
 
I
R
 
R
S
|
S
L
 
L
N
|
N
V
 
V
T
 
A
M
 
L
R
|
R
Q
 
Q
A
 
E
F
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
I
C
 
C
I
 
L
R
|
R
P
 
P
V
 
V
R
 
R
H
 
Y
F
 
Y
A
 
Q
G
 
G
I
 
T
E
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
H
 
H
P
 
P
E
 
E
R
 
L
V
 
T
D
 
D
M
 
M
V
 
V
V
 
I
F
 
F
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
V
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
Y
 
W
A
 
K
S
 
A
G
 
D
S
 
S
A
 
A
E
 
D
A
 
A
K
 
E
K
 
K
L
 
V
I
 
I
A
 
K
F
 
F
L
 
L
R
 
R
D
 
E
E
 
E
L
 
M
G
 
G
A
 
V
D
 
K
-
 
K
-
 
I
-
 
R
V
 
F
D
 
P
P
 
E
S
 
H
A
 
C
G
 
G
V
 
I
G
 
G
I
 
I
K
 
K
P
 
P
M
 
C
T
 
S
E
 
E
K
 
E
G
 
G
S
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
A
A
 
A
I
 
I
E
 
E
F
 
Y
A
 
A
A
 
I
R
 
A
E
 
N
G
 
D
R
 
R
E
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
T
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
F
 
F
R
 
K
A
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
Q
V
 
L
A
 
A
E
 
R
Q
 
E
E
 
E
F
 
F
A
 
G
G
 
G
T
 
E
C
 
L
V
 
I
M
 
D
E
 
G
G
 
G
E
 
P
E
 
W
G
 
L
K
 
K
V
 
V
-
 
K
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
 
T
-
 
G
-
 
K
-
 
E
-
 
I
V
 
V
V
 
I
K
 
K
D
 
D
R
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
M
 
F
F
 
L
Q
 
Q
E
 
Q
C
 
I
L
 
L
M
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
A
Q
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
V
V
 
I
A
 
A
T
 
C
S
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
D
|
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
V
 
A
N
 
N
M
 
I
G
 
G
D
 
D
T
 
E
L
 
C
A
 
A
M
 
L
F
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
T
H
|
H
G
|
G
T
 
T
A
|
A
P
 
P
T
 
K
I
x
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
D
M
 
K
A
 
V
N
|
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
L
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
G
 
A
A
 
E
M
 
M
L
 
M
L
 
L
D
 
R
H
 
H
A
 
M
G
 
G
F
 
W
G
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
E
 
D
L
 
L
V
 
I
R
 
V
G
 
K
S
 
G
V
 
M
E
 
E
K
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
N
A
 
A
R
 
K
K
 
T
V
 
V
T
 
T
V
x
Y
D
 
D
L
 
F
A
 
E
S
 
R
Q
 
L
I
 
M
P
 
D
G
 
G
A
 
A
Q
 
K
Q
 
L
V
 
L
G
 
K
C
 
C
R
 
S
E
 
E
F
 
F
G
 
G
E
 
D
I
 
A
I
 
I
L
 
I

1ai3A Orbital steering in the catalytic power of enzymes: small structural changes with large catalytic consequences (see paper)
54% identity, 97% coverage: 8:376/379 of query aligns to 29:411/414 of 1ai3A

query
sites
1ai3A
F
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
|
I
G
 
G
P
 
V
E
 
D
V
 
V
W
 
T
A
 
P
S
 
A
A
 
M
R
 
L
P
 
K
V
 
V
L
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
M
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
G
 
G
S
 
E
N
 
R
S
 
K
L
 
I
D
 
S
W
 
W
V
 
M
E
 
E
L
 
I
L
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
S
F
 
T
A
 
Q
E
 
V
T
 
Y
G
 
G
E
 
Q
-
 
D
-
 
V
Y
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
T
 
E
T
 
T
M
 
L
D
 
D
A
 
L
L
 
I
A
 
R
K
 
E
A
 
Y
E
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
I
K
 
K
G
|
G
P
|
P
L
|
L
G
x
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
K
 
G
G
 
G
F
 
I
R
 
R
S
 
S
L
 
L
N
 
N
V
 
V
T
 
A
M
 
L
R
 
R
Q
 
Q
A
 
E
F
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
I
C
 
C
I
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
V
R
 
R
H
 
Y
F
 
Y
A
 
Q
G
 
G
I
 
T
E
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
H
 
H
P
 
P
E
 
E
R
 
L
V
 
T
D
 
D
M
 
M
V
 
V
V
 
I
F
 
F
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
V
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
Y
 
W
A
 
K
S
 
A
G
 
D
S
 
S
A
 
A
E
 
D
A
 
A
K
 
E
K
 
K
L
 
V
I
 
I
A
 
K
F
 
F
L
 
L
R
 
R
D
 
E
E
 
E
L
 
M
G
 
G
A
 
V
D
 
K
-
 
K
-
 
I
-
 
R
V
 
F
D
 
P
P
 
E
S
 
H
A
 
C
G
 
G
V
 
I
G
 
G
I
 
I
K
 
K
P
 
P
M
 
C
T
 
S
E
 
E
K
 
E
G
 
G
S
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
A
A
 
A
I
 
I
E
 
E
F
 
Y
A
 
A
A
 
I
R
 
A
E
 
N
G
 
D
R
 
R
E
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
T
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
F
 
F
R
 
K
A
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
Q
V
 
L
A
 
A
E
 
R
Q
 
E
E
 
E
F
 
F
A
 
G
G
 
G
T
 
E
C
 
L
V
 
I
M
 
D
E
 
G
G
 
G
E
 
P
E
 
W
G
 
L
K
 
K
V
 
V
-
 
K
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
 
T
-
 
G
-
 
K
-
 
E
-
 
I
V
 
V
V
 
I
K
 
K
D
 
D
R
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
M
 
F
F
 
L
Q
 
Q
E
 
Q
C
 
I
L
 
L
M
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
A
Q
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
V
V
 
I
A
 
A
T
 
C
S
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
D
|
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
V
 
A
N
 
N
M
 
I
G
 
G
D
 
D
T
 
E
L
 
C
A
 
A
M
 
L
F
 
F
E
 
E
A
|
A
T
|
T
H
|
H
G
|
G
T
|
T
A
 
A
P
|
P
T
 
K
I
 
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
D
M
 
K
A
x
V
N
|
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
L
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
G
 
A
A
 
E
M
 
M
L
 
M
L
 
L
D
 
R
H
 
H
A
 
M
G
 
G
F
 
W
G
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
E
 
D
L
 
L
V
 
I
R
 
V
G
 
K
S
 
G
V
 
M
E
 
E
K
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
N
A
 
A
R
 
K
K
 
T
V
 
V
T
 
T
V
x
Y
D
|
D
L
 
F
A
 
E
S
x
R
Q
 
L
I
 
M
P
 
D
G
 
G
A
 
A
Q
 
K
Q
 
L
V
 
L
G
 
K
C
 
C
R
 
S
E
 
E
F
 
F
G
 
G
E
 
D
I
 
A
I
 
I
L
 
I

1ai2A Isocitrate dehydrogenase complexed with isocitrate, NADP+, and calcium (flash-cooled) (see paper)
54% identity, 97% coverage: 8:376/379 of query aligns to 29:411/414 of 1ai2A

query
sites
1ai2A
F
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
|
I
G
 
G
P
 
V
E
 
D
V
 
V
W
 
T
A
 
P
S
 
A
A
 
M
R
 
L
P
 
K
V
 
V
L
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
M
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
G
 
G
S
 
E
N
 
R
S
 
K
L
 
I
D
 
S
W
 
W
V
 
M
E
 
E
L
 
I
L
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
S
F
 
T
A
 
Q
E
 
V
T
 
Y
G
 
G
E
 
Q
-
 
D
-
 
V
Y
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
T
 
E
T
 
T
M
 
L
D
 
D
A
 
L
L
 
I
A
 
R
K
 
E
A
 
Y
E
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
I
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
|
L
G
x
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
K
 
G
G
 
G
F
 
I
R
 
R
S
|
S
L
 
L
N
|
N
V
 
V
T
 
A
M
 
L
R
|
R
Q
 
Q
A
 
E
F
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
I
C
 
C
I
 
L
R
|
R
P
 
P
V
 
V
R
 
R
H
 
Y
F
 
Y
A
 
Q
G
 
G
I
 
T
E
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
H
 
H
P
 
P
E
 
E
R
 
L
V
 
T
D
 
D
M
 
M
V
 
V
V
 
I
F
 
F
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
V
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
Y
 
W
A
 
K
S
 
A
G
 
D
S
 
S
A
 
A
E
 
D
A
 
A
K
 
E
K
 
K
L
 
V
I
 
I
A
 
K
F
 
F
L
 
L
R
 
R
D
 
E
E
 
E
L
 
M
G
 
G
A
 
V
D
 
K
-
 
K
-
 
I
-
 
R
V
 
F
D
 
P
P
 
E
S
 
H
A
 
C
G
 
G
V
 
I
G
 
G
I
 
I
K
 
K
P
 
P
M
 
C
T
 
S
E
 
E
K
 
E
G
 
G
S
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
A
A
 
A
I
 
I
E
 
E
F
 
Y
A
 
A
A
 
I
R
 
A
E
 
N
G
 
D
R
 
R
E
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
T
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
F
 
F
R
 
K
A
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
Q
V
 
L
A
 
A
E
 
R
Q
 
E
E
 
E
F
 
F
A
 
G
G
 
G
T
 
E
C
 
L
V
 
I
M
 
D
E
 
G
G
 
G
E
 
P
E
 
W
G
 
L
K
 
K
V
 
V
-
 
K
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
 
T
-
 
G
-
 
K
-
 
E
-
 
I
V
 
V
V
 
I
K
 
K
D
 
D
R
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
M
 
F
F
 
L
Q
 
Q
E
 
Q
C
 
I
L
 
L
M
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
A
Q
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
V
V
 
I
A
 
A
T
 
C
S
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
D
|
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
V
 
A
N
 
N
M
 
I
G
 
G
D
 
D
T
 
E
L
 
C
A
 
A
M
 
L
F
 
F
E
 
E
A
 
A
T
|
T
H
|
H
G
|
G
T
|
T
A
|
A
P
|
P
T
 
K
I
x
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
D
M
 
K
A
x
V
N
|
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
L
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
G
 
A
A
 
E
M
 
M
L
 
M
L
 
L
D
 
R
H
 
H
A
 
M
G
 
G
F
 
W
G
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
E
 
D
L
 
L
V
 
I
R
 
V
G
 
K
S
 
G
V
 
M
E
 
E
K
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
N
A
 
A
R
 
K
K
 
T
V
 
V
T
 
T
V
x
Y
D
|
D
L
 
F
A
 
E
S
x
R
Q
 
L
I
 
M
P
 
D
G
 
G
A
 
A
Q
 
K
Q
 
L
V
 
L
G
 
K
C
 
C
R
 
S
E
 
E
F
 
F
G
 
G
E
 
D
I
 
A
I
 
I
L
 
I

4aj3A 3d structure of e. Coli isocitrate dehydrogenase in complex with isocitrate, calcium(ii) and NADP - the pseudo-michaelis complex (see paper)
54% identity, 97% coverage: 8:376/379 of query aligns to 31:413/416 of 4aj3A

query
sites
4aj3A
F
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
V
E
 
D
V
 
V
W
 
T
A
 
P
S
 
A
A
 
M
R
 
L
P
 
K
V
 
V
L
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
M
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
G
 
G
S
 
E
N
 
R
S
 
K
L
 
I
D
 
S
W
 
W
V
 
M
E
 
E
L
 
I
L
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
S
F
 
T
A
 
Q
E
 
V
T
 
Y
G
 
G
E
 
Q
-
 
D
-
 
V
Y
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
T
 
E
T
 
T
M
 
L
D
 
D
A
 
L
L
 
I
A
 
R
K
 
E
A
 
Y
E
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
I
K
 
K
G
 
G
P
|
P
L
|
L
G
 
T
T
|
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
K
 
G
G
 
G
F
 
I
R
 
R
S
 
S
L
 
L
N
|
N
V
 
V
T
 
A
M
 
L
R
 
R
Q
 
Q
A
 
E
F
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
I
C
 
C
I
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
V
R
 
R
H
 
Y
F
 
Y
A
 
Q
G
 
G
I
 
T
E
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
H
 
H
P
 
P
E
 
E
R
 
L
V
 
T
D
 
D
M
 
M
V
 
V
V
 
I
F
 
F
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
V
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
Y
 
W
A
 
K
S
 
A
G
 
D
S
 
S
A
 
A
E
 
D
A
 
A
K
 
E
K
 
K
L
 
V
I
 
I
A
 
K
F
 
F
L
 
L
R
 
R
D
 
E
E
 
E
L
 
M
G
 
G
A
 
V
D
 
K
-
 
K
-
 
I
-
 
R
V
 
F
D
 
P
P
 
E
S
 
H
A
 
C
G
 
G
V
 
I
G
 
G
I
 
I
K
 
K
P
 
P
M
 
C
T
 
S
E
 
E
K
 
E
G
 
G
S
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
A
A
 
A
I
 
I
E
 
E
F
 
Y
A
 
A
A
 
I
R
 
A
E
 
N
G
 
D
R
 
R
E
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
T
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
F
 
F
R
 
K
A
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
Q
V
 
L
A
 
A
E
 
R
Q
 
E
E
 
E
F
 
F
A
 
G
G
 
G
T
 
E
C
 
L
V
 
I
M
 
D
E
 
G
G
 
G
E
 
P
E
 
W
G
 
L
K
 
K
V
 
V
-
 
K
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
 
T
-
 
G
-
 
K
-
 
E
-
 
I
V
 
V
V
 
I
K
 
K
D
 
D
R
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
M
 
F
F
 
L
Q
 
Q
E
 
Q
C
 
I
L
 
L
M
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
A
Q
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
V
V
 
I
A
 
A
T
 
C
S
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
D
|
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
L
x
I
G
 
G
L
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
V
 
A
N
 
N
M
 
I
G
 
G
D
 
D
T
 
E
L
 
C
A
 
A
M
 
L
F
 
F
E
|
E
A
 
A
T
 
T
H
|
H
G
|
G
T
|
T
A
|
A
P
 
P
T
 
K
I
x
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
D
M
 
K
A
x
V
N
|
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
L
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
G
 
A
A
 
E
M
 
M
L
 
M
L
 
L
D
 
R
H
 
H
A
 
M
G
 
G
F
 
W
G
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
E
 
D
L
 
L
V
 
I
R
 
V
G
 
K
S
 
G
V
 
M
E
 
E
K
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
N
A
 
A
R
 
K
K
 
T
V
 
V
T
 
T
V
x
Y
D
|
D
L
 
F
A
 
E
S
 
R
Q
 
L
I
 
M
P
 
D
G
 
G
A
 
A
Q
 
K
Q
 
L
V
 
L
G
 
K
C
 
C
R
 
S
E
 
E
F
 
F
G
 
G
E
 
D
I
 
A
I
 
I
L
 
I

P08200 Isocitrate dehydrogenase [NADP]; IDH; IDP; NADP(+)-specific ICDH; Oxalosuccinate decarboxylase; EC 1.1.1.42 from Escherichia coli (strain K12) (see 9 papers)
54% identity, 97% coverage: 8:376/379 of query aligns to 31:413/416 of P08200

query
sites
P08200
F
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
V
E
 
D
V
 
V
W
 
T
A
 
P
S
 
A
A
 
M
R
 
L
P
 
K
V
 
V
L
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
M
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
G
 
G
S
 
E
N
 
R
S
 
K
L
 
I
D
 
S
W
 
W
V
 
M
E
 
E
L
 
I
L
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
S
F
 
T
A
 
Q
E
 
V
T
 
Y
G
 
G
E
 
Q
-
 
D
-
 
V
Y
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
T
 
E
T
 
T
M
 
L
D
 
D
A
 
L
L
 
I
A
 
R
K
 
E
A
 
Y
E
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
I
K
|
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
G
x
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
K
 
G
G
 
G
F
 
I
R
 
R
S
|
S
L
 
L
N
|
N
V
 
V
T
 
A
M
 
L
R
|
R
Q
 
Q
A
 
E
F
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
I
C
 
C
I
 
L
R
|
R
P
 
P
V
 
V
R
 
R
H
 
Y
F
 
Y
A
 
Q
G
 
G
I
 
T
E
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
|
K
H
 
H
P
 
P
E
 
E
R
 
L
V
 
T
D
 
D
M
 
M
V
 
V
V
 
I
F
 
F
R
|
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
V
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
Y
 
W
A
 
K
S
 
A
G
 
D
S
 
S
A
 
A
E
 
D
A
 
A
K
 
E
K
 
K
L
 
V
I
 
I
A
 
K
F
 
F
L
 
L
R
 
R
D
 
E
E
 
E
L
 
M
G
 
G
A
 
V
D
 
K
-
 
K
-
 
I
-
 
R
V
 
F
D
 
P
P
 
E
S
 
H
A
 
C
G
 
G
V
 
I
G
 
G
I
 
I
K
 
K
P
 
P
M
 
C
T
 
S
E
 
E
K
 
E
G
 
G
S
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
A
A
 
A
I
 
I
E
 
E
F
 
Y
A
 
A
A
 
I
R
 
A
E
 
N
G
 
D
R
 
R
E
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
T
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
F
 
F
R
x
K
A
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
Q
V
 
L
A
 
A
E
 
R
Q
 
E
E
 
E
F
 
F
A
 
G
G
 
G
T
 
E
C
 
L
V
 
I
M
 
D
E
 
G
G
 
G
E
 
P
E
 
W
G
 
L
K
 
K
V
 
V
-
 
K
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
 
T
-
 
G
-
 
K
-
 
E
-
 
I
V
 
V
V
 
I
K
 
K
D
 
D
R
 
V
I
 
I
A
 
A
D
 
D
A
 
A
M
 
F
F
 
L
Q
 
Q
E
 
Q
C
 
I
L
 
L
M
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
A
Q
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
V
V
 
I
A
 
A
T
 
C
S
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
D
 
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
V
 
A
N
 
N
M
 
I
G
 
G
D
 
D
T
 
E
L
 
C
A
 
A
M
 
L
F
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
T
H
|
H
G
|
G
T
|
T
A
|
A
P
|
P
T
x
K
I
x
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
D
M
 
K
A
 
V
N
|
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
L
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
G
 
A
A
 
E
M
 
M
L
 
M
L
 
L
D
 
R
H
 
H
A
 
M
G
 
G
F
 
W
G
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
E
 
D
L
 
L
V
 
I
R
 
V
G
 
K
S
 
G
V
 
M
E
 
E
K
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
N
A
 
A
R
 
K
K
 
T
V
 
V
T
 
T
V
x
Y
D
 
D
L
 
F
A
 
E
S
x
R
Q
 
L
I
 
M
P
 
D
G
 
G
A
 
A
Q
 
K
Q
 
L
V
 
L
G
 
K
C
 
C
R
 
S
E
 
E
F
 
F
G
 
G
E
 
D
I
 
A
I
 
I
L
 
I

4ajaA 3d structure of e. Coli isocitrate dehydrogenase in complex with isocitrate, calcium(ii) and thionadp (see paper)
54% identity, 97% coverage: 8:376/379 of query aligns to 30:412/415 of 4ajaA

query
sites
4ajaA
F
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
V
E
 
D
V
 
V
W
 
T
A
 
P
S
 
A
A
 
M
R
 
L
P
 
K
V
 
V
L
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
M
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
G
 
G
S
 
E
N
 
R
S
 
K
L
 
I
D
 
S
W
 
W
V
 
M
E
 
E
L
 
I
L
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
S
F
 
T
A
 
Q
E
 
V
T
 
Y
G
 
G
E
 
Q
-
 
D
-
 
V
Y
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
T
 
E
T
 
T
M
 
L
D
 
D
A
 
L
L
 
I
A
 
R
K
 
E
A
 
Y
E
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
I
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
G
x
T
T
|
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
K
 
G
G
 
G
F
 
I
R
 
R
S
 
S
L
 
L
N
 
N
V
 
V
T
 
A
M
 
L
R
 
R
Q
 
Q
A
 
E
F
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
I
C
 
C
I
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
V
R
 
R
H
 
Y
F
 
Y
A
 
Q
G
 
G
I
 
T
E
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
H
 
H
P
 
P
E
 
E
R
 
L
V
 
T
D
 
D
M
 
M
V
 
V
V
 
I
F
 
F
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
V
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
Y
 
W
A
 
K
S
 
A
G
 
D
S
 
S
A
 
A
E
 
D
A
 
A
K
 
E
K
 
K
L
 
V
I
 
I
A
 
K
F
 
F
L
 
L
R
 
R
D
 
E
E
 
E
L
 
M
G
 
G
A
 
V
D
 
K
-
 
K
-
 
I
-
 
R
V
 
F
D
 
P
P
 
E
S
 
H
A
 
C
G
 
G
V
 
I
G
 
G
I
 
I
K
 
K
P
 
P
M
 
C
T
 
S
E
 
E
K
 
E
G
 
G
S
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
A
A
 
A
I
 
I
E
 
E
F
 
Y
A
 
A
A
 
I
R
 
A
E
 
N
G
 
D
R
 
R
E
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
T
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
F
 
F
R
 
K
A
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
Q
V
 
L
A
 
A
E
 
R
Q
 
E
E
 
E
F
 
F
A
 
G
G
 
G
T
 
E
C
 
L
V
 
I
M
 
D
E
 
G
G
 
G
E
 
P
E
 
W
G
 
L
K
 
K
V
 
V
-
 
K
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
 
T
-
 
G
-
 
K
-
 
E
-
 
I
V
 
V
V
 
I
K
 
K
D
 
D
R
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
M
 
F
F
 
L
Q
 
Q
E
 
Q
C
 
I
L
 
L
M
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
A
Q
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
V
V
 
I
A
 
A
T
 
C
S
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
D
|
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
V
 
A
N
 
N
M
 
I
G
 
G
D
 
D
T
 
E
L
 
C
A
 
A
M
 
L
F
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
T
H
|
H
G
|
G
T
|
T
A
|
A
P
 
P
T
 
K
I
x
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
D
M
 
K
A
 
V
N
|
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
L
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
G
 
A
A
 
E
M
 
M
L
 
M
L
 
L
D
 
R
H
 
H
A
 
M
G
 
G
F
 
W
G
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
E
 
D
L
 
L
V
 
I
R
 
V
G
 
K
S
 
G
V
 
M
E
 
E
K
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
N
A
 
A
R
 
K
K
 
T
V
 
V
T
 
T
V
x
Y
D
|
D
L
 
F
A
 
E
S
x
R
Q
 
L
I
 
M
P
 
D
G
 
G
A
 
A
Q
 
K
Q
 
L
V
 
L
G
 
K
C
 
C
R
 
S
E
 
E
F
 
F
G
 
G
E
 
D
I
 
A
I
 
I
L
 
I

Q02NB5 Isocitrate dehydrogenase [NADP]; IDH; IDP; NADP(+)-specific ICDH; Oxalosuccinate decarboxylase; EC 1.1.1.42 from Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (see 2 papers)
54% identity, 98% coverage: 8:377/379 of query aligns to 33:416/418 of Q02NB5

query
sites
Q02NB5
F
 
F
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
V
E
 
D
V
 
I
W
 
S
A
 
P
S
 
V
A
 
M
R
 
I
P
 
K
V
 
V
L
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
M
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
G
 
G
S
 
E
N
 
R
S
 
K
L
 
I
D
 
A
W
 
W
V
 
M
E
 
E
L
 
V
L
 
Y
A
 
A
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
A
-
 
T
-
 
Q
F
 
V
A
 
Y
E
 
D
T
 
Q
G
 
D
E
 
T
Y
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
T
 
E
T
 
T
M
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
V
A
 
R
K
 
D
A
 
Y
E
 
V
L
 
V
A
 
S
M
 
I
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
K
 
G
G
 
G
F
 
I
R
 
R
S
|
S
L
 
L
N
 
N
V
 
V
T
 
A
M
 
L
R
 
R
Q
 
Q
A
 
Q
F
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
V
C
 
C
I
 
Q
R
 
R
P
 
P
V
 
V
R
 
R
H
 
W
F
 
F
A
 
E
G
 
G
I
 
V
E
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
H
 
K
P
 
P
E
 
G
R
 
D
V
 
V
D
 
D
M
 
M
V
 
V
V
 
I
F
 
F
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
V
 
I
Y
 
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
V
E
 
E
Y
 
W
A
 
K
S
 
A
G
 
G
S
 
S
A
 
P
E
 
E
A
 
A
K
 
E
K
 
K
L
 
V
I
 
I
A
 
K
F
 
F
L
 
L
R
 
T
D
 
E
E
 
E
L
 
M
G
 
G
A
 
V
D
 
K
-
 
K
-
 
I
-
 
R
V
 
F
D
x
T
P
 
E
S
 
N
A
 
C
G
 
G
V
 
I
G
 
G
I
 
I
K
 
K
P
 
P
M
 
V
T
 
S
E
 
Q
K
 
E
G
 
G
S
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
K
A
 
A
I
 
L
E
 
Q
F
 
Y
A
 
A
A
 
V
R
 
D
E
 
N
G
 
D
R
 
R
E
 
S
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
 
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
T
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
F
 
F
R
 
K
A
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
A
E
 
R
Q
 
D
E
 
E
F
 
F
A
 
-
G
 
G
T
 
A
C
 
E
V
 
L
M
 
L
E
 
D
G
 
G
-
 
G
-
 
P
-
 
W
-
 
M
-
 
Q
-
 
F
-
 
K
-
 
N
-
 
P
E
 
K
E
 
T
G
 
G
K
 
K
-
 
N
V
 
V
V
 
V
V
 
V
K
 
K
D
 
D
R
 
V
I
 
I
A
 
A
D
 
D
A
 
A
M
 
M
F
 
L
Q
 
Q
E
 
Q
C
 
I
L
 
L
M
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
A
Q
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
V
V
 
I
A
 
A
T
 
T
S
 
L
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
 
D
Y
 
Y
I
 
L
S
 
S
D
 
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
E
V
 
V
G
 
G
G
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
V
 
A
N
 
N
M
 
L
G
 
S
D
 
D
T
 
S
L
 
V
A
 
A
M
 
M
F
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
T
H
 
H
G
 
G
T
 
T
A
 
A
P
 
P
T
 
K
I
 
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
D
M
 
K
A
 
V
N
 
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
L
 
L
I
 
I
L
 
L
S
 
S
G
 
A
A
 
E
M
 
M
L
 
M
L
 
L
D
 
R
H
 
H
A
 
M
G
 
G
F
 
W
G
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
E
 
D
L
 
L
V
 
I
R
 
I
G
 
K
S
 
G
V
 
T
E
 
N
K
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
A
A
 
A
R
 
K
K
 
T
V
 
V
T
 
T
V
 
Y
D
 
D
L
 
F
A
 
E
S
 
R
Q
 
L
I
 
M
P
 
D
G
 
G
A
 
A
Q
 
T
Q
 
L
V
 
L
G
 
S
C
 
C
R
 
S
E
 
E
F
 
F
G
 
G
E
 
D
I
 
A
I
 
M
L
 
I
A
 
A

1hj6A Isocitrate dehydrogenase s113e mutant complexed with isopropylmalate, NADP+ and magnesium (flash-cooled) (see paper)
54% identity, 97% coverage: 8:376/379 of query aligns to 29:411/414 of 1hj6A

query
sites
1hj6A
F
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
V
E
 
D
V
 
V
W
 
T
A
 
P
S
 
A
A
 
M
R
 
L
P
 
K
V
 
V
L
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
M
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
G
 
G
S
 
E
N
 
R
S
 
K
L
 
I
D
 
S
W
 
W
V
 
M
E
 
E
L
 
I
L
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
S
F
 
T
A
 
Q
E
 
V
T
 
Y
G
 
G
E
 
Q
-
 
D
-
 
V
Y
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
T
 
E
T
 
T
M
 
L
D
 
D
A
 
L
L
 
I
A
 
R
K
 
E
A
 
Y
E
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
I
K
 
K
G
 
G
P
|
P
L
|
L
G
x
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
K
 
G
G
 
G
F
 
I
R
 
R
S
x
E
L
 
L
N
|
N
V
 
V
T
 
A
M
 
L
R
|
R
Q
 
Q
A
 
E
F
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
I
C
 
C
I
 
L
R
|
R
P
 
P
V
 
V
R
 
R
H
 
Y
F
 
Y
A
 
Q
G
 
G
I
 
T
E
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
H
 
H
P
 
P
E
 
E
R
 
L
V
 
T
D
 
D
M
 
M
V
 
V
V
 
I
F
 
F
R
|
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
V
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
Y
 
W
A
 
K
S
 
A
G
 
D
S
 
S
A
 
A
E
 
D
A
 
A
K
 
E
K
 
K
L
 
V
I
 
I
A
 
K
F
 
F
L
 
L
R
 
R
D
 
E
E
 
E
L
 
M
G
 
G
A
 
V
D
 
K
-
 
K
-
 
I
-
 
R
V
 
F
D
 
P
P
 
E
S
 
H
A
 
C
G
 
G
V
 
I
G
 
G
I
 
I
K
 
K
P
 
P
M
 
C
T
 
S
E
 
E
K
 
E
G
 
G
S
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
A
A
 
A
I
 
I
E
 
E
F
 
Y
A
 
A
A
 
I
R
 
A
E
 
N
G
 
D
R
 
R
E
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
T
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
F
 
F
R
 
K
A
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
Q
V
 
L
A
 
A
E
 
R
Q
 
E
E
 
E
F
 
F
A
 
G
G
 
G
T
 
E
C
 
L
V
 
I
M
 
D
E
 
G
G
 
G
E
 
P
E
 
W
G
 
L
K
 
K
V
 
V
-
 
K
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
 
T
-
 
G
-
 
K
-
 
E
-
 
I
V
 
V
V
 
I
K
 
K
D
 
D
R
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
M
 
F
F
 
L
Q
 
Q
E
 
Q
C
 
I
L
 
L
M
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
A
Q
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
V
V
 
I
A
 
A
T
 
C
S
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
D
|
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
L
x
I
G
|
G
L
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
V
 
A
N
 
N
M
 
I
G
 
G
D
 
D
T
 
E
L
 
C
A
 
A
M
 
L
F
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
T
H
|
H
G
|
G
T
|
T
A
|
A
P
 
P
T
 
K
I
x
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
D
M
 
K
A
x
V
N
|
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
L
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
G
 
A
A
 
E
M
 
M
L
 
M
L
 
L
D
 
R
H
 
H
A
 
M
G
 
G
F
 
W
G
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
E
 
D
L
 
L
V
 
I
R
 
V
G
 
K
S
 
G
V
 
M
E
 
E
K
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
N
A
 
A
R
 
K
K
 
T
V
 
V
T
 
T
V
x
Y
D
|
D
L
 
F
A
 
E
S
 
R
Q
 
L
I
 
M
P
 
D
G
 
G
A
 
A
Q
 
K
Q
 
L
V
 
L
G
 
K
C
 
C
R
 
S
E
 
E
F
 
F
G
 
G
E
 
D
I
 
A
I
 
I
L
 
I

1idcA Isocitrate dehydrogenase from e.Coli (mutant k230m), steady-state intermediate complex determined by laue crystallography (see paper)
54% identity, 97% coverage: 8:376/379 of query aligns to 29:411/414 of 1idcA

query
sites
1idcA
F
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
V
E
 
D
V
 
V
W
 
T
A
 
P
S
 
A
A
 
M
R
 
L
P
 
K
V
 
V
L
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
M
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
G
 
G
S
 
E
N
 
R
S
 
K
L
 
I
D
 
S
W
 
W
V
 
M
E
 
E
L
 
I
L
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
S
F
 
T
A
 
Q
E
 
V
T
 
Y
G
 
G
E
 
Q
-
 
D
-
 
V
Y
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
T
 
E
T
 
T
M
 
L
D
 
D
A
 
L
L
 
I
A
 
R
K
 
E
A
 
Y
E
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
I
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
K
 
G
G
 
G
F
 
I
R
 
R
S
|
S
L
 
L
N
|
N
V
 
V
T
 
A
M
 
L
R
|
R
Q
 
Q
A
 
E
F
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
I
C
 
C
I
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
V
R
 
R
H
 
Y
F
 
Y
A
 
Q
G
 
G
I
 
T
E
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
H
 
H
P
 
P
E
 
E
R
 
L
V
 
T
D
 
D
M
 
M
V
 
V
V
 
I
F
 
F
R
|
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
V
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
Y
 
W
A
 
K
S
 
A
G
 
D
S
 
S
A
 
A
E
 
D
A
 
A
K
 
E
K
 
K
L
 
V
I
 
I
A
 
K
F
 
F
L
 
L
R
 
R
D
 
E
E
 
E
L
 
M
G
 
G
A
 
V
D
 
K
-
 
K
-
 
I
-
 
R
V
 
F
D
 
P
P
 
E
S
 
H
A
 
C
G
 
G
V
 
I
G
 
G
I
 
I
K
 
K
P
 
P
M
 
C
T
 
S
E
 
E
K
 
E
G
 
G
S
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
A
A
 
A
I
 
I
E
 
E
F
 
Y
A
 
A
A
 
I
R
 
A
E
 
N
G
 
D
R
 
R
E
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
x
M
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
T
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
F
 
F
R
 
K
A
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
Q
V
 
L
A
 
A
E
 
R
Q
 
E
E
 
E
F
 
F
A
 
G
G
 
G
T
 
E
C
 
L
V
 
I
M
 
D
E
 
G
G
 
G
E
 
P
E
 
W
G
 
L
K
 
K
V
 
V
-
 
K
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
 
T
-
 
G
-
 
K
-
 
E
-
 
I
V
 
V
V
 
I
K
 
K
D
 
D
R
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
M
 
F
F
 
L
Q
 
Q
E
 
Q
C
 
I
L
 
L
M
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
A
Q
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
V
V
 
I
A
 
A
T
 
C
S
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
D
|
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
V
 
A
N
 
N
M
 
I
G
 
G
D
 
D
T
 
E
L
 
C
A
 
A
M
 
L
F
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
T
H
 
H
G
 
G
T
 
T
A
 
A
P
 
P
T
 
K
I
 
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
D
M
 
K
A
 
V
N
 
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
L
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
G
 
A
A
 
E
M
 
M
L
 
M
L
 
L
D
 
R
H
 
H
A
 
M
G
 
G
F
 
W
G
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
E
 
D
L
 
L
V
 
I
R
 
V
G
 
K
S
 
G
V
 
M
E
 
E
K
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
N
A
 
A
R
 
K
K
 
T
V
 
V
T
 
T
V
 
Y
D
 
D
L
 
F
A
 
E
S
 
R
Q
 
L
I
 
M
P
 
D
G
 
G
A
 
A
Q
 
K
Q
 
L
V
 
L
G
 
K
C
 
C
R
 
S
E
 
E
F
 
F
G
 
G
E
 
D
I
 
A
I
 
I
L
 
I

4ajcA 3d structure of e. Coli isocitrate dehydrogenase k100m mutant in complex with alpha-ketoglutarate, calcium(ii) and adenine nucleotide phosphate (see paper)
54% identity, 97% coverage: 8:376/379 of query aligns to 30:412/415 of 4ajcA

query
sites
4ajcA
F
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
V
E
 
D
V
 
V
W
 
T
A
 
P
S
 
A
A
 
M
R
 
L
P
 
K
V
 
V
L
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
M
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
G
 
G
S
 
E
N
 
R
S
 
K
L
 
I
D
 
S
W
 
W
V
 
M
E
 
E
L
 
I
L
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
S
F
 
T
A
 
Q
E
 
V
T
 
Y
G
 
G
E
 
Q
-
 
D
-
 
V
Y
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
T
 
E
T
 
T
M
 
L
D
 
D
A
 
L
L
 
I
A
 
R
K
 
E
A
 
Y
E
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
I
K
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
K
 
G
G
 
G
F
 
I
R
 
R
S
|
S
L
 
L
N
 
N
V
 
V
T
 
A
M
 
L
R
|
R
Q
 
Q
A
 
E
F
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
I
C
 
C
I
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
V
R
 
R
H
 
Y
F
 
Y
A
 
Q
G
 
G
I
 
T
E
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
H
 
H
P
 
P
E
 
E
R
 
L
V
 
T
D
 
D
M
 
M
V
 
V
V
 
I
F
 
F
R
|
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
V
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
Y
 
W
A
 
K
S
 
A
G
 
D
S
 
S
A
 
A
E
 
D
A
 
A
K
 
E
K
 
K
L
 
V
I
 
I
A
 
K
F
 
F
L
 
L
R
 
R
D
 
E
E
 
E
L
 
M
G
 
G
A
 
V
D
 
K
-
 
K
-
 
I
-
 
R
V
 
F
D
 
P
P
 
E
S
 
H
A
 
C
G
 
G
V
 
I
G
 
G
I
 
I
K
 
K
P
 
P
M
 
C
T
 
S
E
 
E
K
 
E
G
 
G
S
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
A
A
 
A
I
 
I
E
 
E
F
 
Y
A
 
A
A
 
I
R
 
A
E
 
N
G
 
D
R
 
R
E
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
T
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
F
 
F
R
 
K
A
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
Q
V
 
L
A
 
A
E
 
R
Q
 
E
E
 
E
F
 
F
A
 
G
G
 
G
T
 
E
C
 
L
V
 
I
M
 
D
E
 
G
G
 
G
E
 
P
E
 
W
G
 
L
K
 
K
V
 
V
-
 
K
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
 
T
-
 
G
-
 
K
-
 
E
-
 
I
V
 
V
V
 
I
K
 
K
D
 
D
R
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
M
 
F
F
 
L
Q
 
Q
E
 
Q
C
 
I
L
 
L
M
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
A
Q
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
V
V
 
I
A
 
A
T
 
C
S
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
D
|
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
V
 
A
N
 
N
M
 
I
G
 
G
D
 
D
T
 
E
L
 
C
A
 
A
M
 
L
F
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
T
H
|
H
G
|
G
T
 
T
A
|
A
P
 
P
T
 
K
I
x
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
D
M
 
K
A
x
V
N
|
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
L
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
G
 
A
A
 
E
M
 
M
L
 
M
L
 
L
D
 
R
H
 
H
A
 
M
G
 
G
F
 
W
G
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
E
 
D
L
 
L
V
 
I
R
 
V
G
 
K
S
 
G
V
 
M
E
 
E
K
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
N
A
 
A
R
 
K
K
 
T
V
 
V
T
 
T
V
x
Y
D
|
D
L
 
F
A
 
E
S
 
R
Q
 
L
I
 
M
P
 
D
G
 
G
A
 
A
Q
 
K
Q
 
L
V
 
L
G
 
K
C
 
C
R
 
S
E
 
E
F
 
F
G
 
G
E
 
D
I
 
A
I
 
I
L
 
I

1cw4A Crystal structure of k230m isocitrate dehydrogenase in complex with alpha-ketoglutarate (see paper)
54% identity, 97% coverage: 8:376/379 of query aligns to 30:412/415 of 1cw4A

query
sites
1cw4A
F
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
V
E
 
D
V
 
V
W
 
T
A
 
P
S
 
A
A
 
M
R
 
L
P
 
K
V
 
V
L
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
M
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
G
 
G
S
 
E
N
 
R
S
 
K
L
 
I
D
 
S
W
 
W
V
 
M
E
 
E
L
 
I
L
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
S
F
 
T
A
 
Q
E
 
V
T
 
Y
G
 
G
E
 
Q
-
 
D
-
 
V
Y
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
T
 
E
T
 
T
M
 
L
D
 
D
A
 
L
L
 
I
A
 
R
K
 
E
A
 
Y
E
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
I
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
T
T
 
T
P
 
P
V
|
V
G
|
G
K
 
G
G
|
G
F
 
I
R
 
R
S
|
S
L
 
L
N
|
N
V
 
V
T
 
A
M
 
L
R
|
R
Q
 
Q
A
 
E
F
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
I
C
 
C
I
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
V
R
 
R
H
 
Y
F
 
Y
A
 
Q
G
 
G
I
 
T
E
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
H
 
H
P
 
P
E
 
E
R
 
L
V
 
T
D
 
D
M
 
M
V
 
V
V
 
I
F
 
F
R
|
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
V
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
Y
 
W
A
 
K
S
 
A
G
 
D
S
 
S
A
 
A
E
 
D
A
 
A
K
 
E
K
 
K
L
 
V
I
 
I
A
 
K
F
 
F
L
 
L
R
 
R
D
 
E
E
 
E
L
 
M
G
 
G
A
 
V
D
 
K
-
 
K
-
 
I
-
 
R
V
 
F
D
 
P
P
 
E
S
 
H
A
 
C
G
 
G
V
 
I
G
 
G
I
 
I
K
 
K
P
 
P
M
 
C
T
 
S
E
 
E
K
 
E
G
 
G
S
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
A
A
 
A
I
 
I
E
 
E
F
 
Y
A
 
A
A
 
I
R
 
A
E
 
N
G
 
D
R
 
R
E
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
x
M
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
T
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
F
 
F
R
 
K
A
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
Q
V
 
L
A
 
A
E
 
R
Q
 
E
E
 
E
F
 
F
A
 
G
G
 
G
T
 
E
C
 
L
V
 
I
M
 
D
E
 
G
G
 
G
E
 
P
E
 
W
G
 
L
K
 
K
V
 
V
-
 
K
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
 
T
-
 
G
-
 
K
-
 
E
-
 
I
V
 
V
V
 
I
K
 
K
D
 
D
R
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
M
 
F
F
 
L
Q
 
Q
E
 
Q
C
 
I
L
 
L
M
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
A
Q
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
V
V
 
I
A
 
A
T
 
C
S
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
D
|
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
V
 
A
N
 
N
M
 
I
G
 
G
D
 
D
T
 
E
L
 
C
A
 
A
M
 
L
F
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
T
H
 
H
G
 
G
T
 
T
A
 
A
P
 
P
T
 
K
I
 
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
D
M
 
K
A
 
V
N
 
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
L
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
G
 
A
A
 
E
M
 
M
L
 
M
L
 
L
D
 
R
H
 
H
A
 
M
G
 
G
F
 
W
G
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
E
 
D
L
 
L
V
 
I
R
 
V
G
 
K
S
 
G
V
 
M
E
 
E
K
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
N
A
 
A
R
 
K
K
 
T
V
 
V
T
 
T
V
 
Y
D
 
D
L
 
F
A
 
E
S
 
R
Q
 
L
I
 
M
P
 
D
G
 
G
A
 
A
Q
 
K
Q
 
L
V
 
L
G
 
K
C
 
C
R
 
S
E
 
E
F
 
F
G
 
G
E
 
D
I
 
A
I
 
I
L
 
I

1cw1A Crystal structure of isocitrate dehydrogenase mutant k230m bound to isocitrate and mn2+ (see paper)
54% identity, 97% coverage: 8:376/379 of query aligns to 30:412/415 of 1cw1A

query
sites
1cw1A
F
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
V
E
 
D
V
 
V
W
 
T
A
 
P
S
 
A
A
 
M
R
 
L
P
 
K
V
 
V
L
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
M
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
G
 
G
S
 
E
N
 
R
S
 
K
L
 
I
D
 
S
W
 
W
V
 
M
E
 
E
L
 
I
L
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
S
F
 
T
A
 
Q
E
 
V
T
 
Y
G
 
G
E
 
Q
-
 
D
-
 
V
Y
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
T
 
E
T
 
T
M
 
L
D
 
D
A
 
L
L
 
I
A
 
R
K
 
E
A
 
Y
E
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
I
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
|
G
K
 
G
G
|
G
F
 
I
R
 
R
S
 
S
L
 
L
N
 
N
V
 
V
T
 
A
M
 
L
R
 
R
Q
 
Q
A
 
E
F
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
I
C
 
C
I
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
V
R
 
R
H
 
Y
F
 
Y
A
 
Q
G
 
G
I
 
T
E
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
H
 
H
P
 
P
E
 
E
R
 
L
V
 
T
D
 
D
M
 
M
V
 
V
V
 
I
F
 
F
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
V
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
Y
 
W
A
 
K
S
 
A
G
 
D
S
 
S
A
 
A
E
 
D
A
 
A
K
 
E
K
 
K
L
 
V
I
 
I
A
 
K
F
 
F
L
 
L
R
 
R
D
 
E
E
 
E
L
 
M
G
 
G
A
 
V
D
 
K
-
 
K
-
 
I
-
 
R
V
 
F
D
 
P
P
 
E
S
 
H
A
 
C
G
 
G
V
 
I
G
 
G
I
 
I
K
 
K
P
 
P
M
 
C
T
 
S
E
 
E
K
 
E
G
 
G
S
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
A
A
 
A
I
 
I
E
 
E
F
 
Y
A
 
A
A
 
I
R
 
A
E
 
N
G
 
D
R
 
R
E
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
x
M
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
T
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
F
 
F
R
 
K
A
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
Q
V
 
L
A
 
A
E
 
R
Q
 
E
E
 
E
F
 
F
A
 
G
G
 
G
T
 
E
C
 
L
V
 
I
M
 
D
E
 
G
G
 
G
E
 
P
E
 
W
G
 
L
K
 
K
V
 
V
-
 
K
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
 
T
-
 
G
-
 
K
-
 
E
-
 
I
V
 
V
V
 
I
K
 
K
D
 
D
R
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
M
 
F
F
 
L
Q
 
Q
E
 
Q
C
 
I
L
 
L
M
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
A
Q
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
V
V
 
I
A
 
A
T
 
C
S
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
D
|
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
V
 
A
N
 
N
M
 
I
G
 
G
D
 
D
T
 
E
L
 
C
A
 
A
M
 
L
F
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
T
H
 
H
G
 
G
T
 
T
A
 
A
P
 
P
T
 
K
I
 
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
D
M
 
K
A
 
V
N
 
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
L
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
G
 
A
A
 
E
M
 
M
L
 
M
L
 
L
D
 
R
H
 
H
A
 
M
G
 
G
F
 
W
G
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
E
 
D
L
 
L
V
 
I
R
 
V
G
 
K
S
 
G
V
 
M
E
 
E
K
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
N
A
 
A
R
 
K
K
 
T
V
 
V
T
 
T
V
 
Y
D
 
D
L
 
F
A
 
E
S
 
R
Q
 
L
I
 
M
P
 
D
G
 
G
A
 
A
Q
 
K
Q
 
L
V
 
L
G
 
K
C
 
C
R
 
S
E
 
E
F
 
F
G
 
G
E
 
D
I
 
A
I
 
I
L
 
I

1groA Regulatory and catalytic mechanisms in escherichia coli isocitrate dehydrogenase: multiple roles for n115 (see paper)
53% identity, 97% coverage: 8:376/379 of query aligns to 29:411/414 of 1groA

query
sites
1groA
F
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
V
E
 
D
V
 
V
W
 
T
A
 
P
S
 
A
A
 
M
R
 
L
P
 
K
V
 
V
L
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
M
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
G
 
G
S
 
E
N
 
R
S
 
K
L
 
I
D
 
S
W
 
W
V
 
M
E
 
E
L
 
I
L
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
S
F
 
T
A
 
Q
E
 
V
T
 
Y
G
 
G
E
 
Q
-
 
D
-
 
V
Y
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
T
 
E
T
 
T
M
 
L
D
 
D
A
 
L
L
 
I
A
 
R
K
 
E
A
 
Y
E
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
I
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
K
 
G
G
 
G
F
 
I
R
 
R
S
 
E
L
 
L
N
 
L
V
 
V
T
 
A
M
 
L
R
 
R
Q
 
Q
A
 
E
F
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
I
C
 
C
I
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
V
R
 
R
H
 
Y
F
 
Y
A
 
Q
G
 
G
I
 
T
E
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
H
 
H
P
 
P
E
 
E
R
 
L
V
 
T
D
 
D
M
 
M
V
 
V
V
 
I
F
 
F
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
V
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
Y
 
W
A
 
K
S
 
A
G
 
D
S
 
S
A
 
A
E
 
D
A
 
A
K
 
E
K
 
K
L
 
V
I
 
I
A
 
K
F
 
F
L
 
L
R
 
R
D
 
E
E
 
E
L
 
M
G
 
G
A
 
V
D
 
K
-
 
K
-
 
I
-
 
R
V
 
F
D
 
P
P
 
D
S
 
H
A
 
C
G
 
G
V
 
I
G
 
G
I
 
I
K
 
K
P
 
P
M
 
C
T
 
S
E
 
E
K
 
E
G
 
G
S
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
A
A
 
A
I
 
I
E
 
E
F
 
Y
A
 
A
A
 
I
R
 
A
E
 
N
G
 
D
R
 
R
E
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
T
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
F
 
F
R
 
K
A
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
Q
V
 
L
A
 
A
E
 
R
Q
 
E
E
 
E
F
 
F
A
 
G
G
 
G
T
 
E
C
 
L
V
 
I
M
 
D
E
 
G
G
 
G
E
 
P
E
 
W
G
 
L
K
 
K
V
 
V
-
 
K
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
 
T
-
 
G
-
 
K
-
 
E
-
 
I
V
 
V
V
 
I
K
 
K
D
 
D
R
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
M
 
F
F
 
L
Q
 
Q
E
 
Q
C
 
I
L
 
L
M
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
A
Q
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
V
V
 
I
A
 
A
T
 
C
S
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
D
|
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
V
 
A
N
 
N
M
 
I
G
 
G
D
 
D
T
 
E
L
 
C
A
 
A
M
 
L
F
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
T
H
 
H
G
 
G
T
 
T
A
 
A
P
 
P
T
 
K
I
 
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
D
M
 
K
A
 
V
N
 
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
L
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
G
 
A
A
 
E
M
 
M
L
 
M
L
 
L
D
 
R
H
 
H
A
 
M
G
 
G
F
 
W
G
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
E
 
D
L
 
L
V
 
I
R
 
V
G
 
K
S
 
G
V
 
M
E
 
E
K
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
N
A
 
A
R
 
K
K
 
T
V
 
V
T
 
T
V
 
Y
D
 
D
L
 
F
A
 
E
S
 
R
Q
 
L
I
 
M
P
 
D
G
 
G
A
 
A
Q
 
K
Q
 
L
V
 
L
G
 
K
C
 
C
R
 
S
E
 
E
F
 
F
G
 
G
E
 
D
I
 
A
I
 
I
L
 
I

2iv0A Thermal stability of isocitrate dehydrogenase from archaeoglobus fulgidus studied by crystal structure analysis and engineering of chimers (see paper)
52% identity, 98% coverage: 8:379/379 of query aligns to 32:409/412 of 2iv0A

query
sites
2iv0A
F
 
Y
I
 
F
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
K
E
 
D
V
 
V
W
 
V
A
 
P
S
 
A
A
 
A
R
 
I
P
 
R
V
 
V
L
 
L
D
 
D
A
 
A
A
 
A
M
 
A
D
 
D
K
 
K
A
 
I
Y
 
-
G
 
-
G
 
-
S
 
G
N
 
K
S
 
E
L
 
V
D
 
V
W
 
W
V
 
F
E
 
Q
L
 
V
L
 
Y
A
 
A
G
 
G
E
 
E
K
 
D
A
 
A
F
 
Y
A
 
K
E
 
L
T
 
Y
G
 
G
E
 
N
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
Q
 
D
T
 
D
T
 
T
M
 
L
D
 
N
A
 
A
L
 
I
A
 
K
K
 
E
A
 
F
E
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
L
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
K
 
G
G
 
G
F
 
Y
R
 
R
S
 
S
L
 
L
N
 
N
V
 
V
T
 
T
M
 
I
R
 
R
Q
 
Q
A
 
V
F
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
A
C
 
N
I
 
V
R
 
R
P
 
P
V
 
V
R
 
Y
H
 
Y
F
 
L
A
 
K
G
 
G
I
 
V
E
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
I
K
 
K
H
 
H
P
 
P
E
 
E
R
 
K
V
 
V
D
 
N
M
 
F
V
 
V
V
 
I
F
 
F
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
T
E
 
E
D
 
D
V
 
V
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
Y
 
W
A
 
P
S
 
R
G
 
G
S
 
S
A
 
E
E
 
E
A
 
A
K
 
L
K
 
K
L
 
L
I
 
I
A
 
R
F
 
F
L
 
L
R
 
K
D
 
N
E
 
E
L
 
F
G
 
G
A
 
V
D
 
T
V
 
I
D
 
R
P
 
E
S
 
D
A
 
S
G
 
G
V
 
I
G
 
G
I
 
I
K
 
K
P
 
P
M
 
I
T
 
S
E
 
E
K
 
F
G
 
A
S
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
M
A
 
A
I
 
I
E
 
R
F
 
Y
A
 
A
A
 
I
R
 
E
E
 
N
G
 
N
R
 
R
E
 
K
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
T
 
Y
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
F
 
F
R
 
R
A
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
A
E
 
K
Q
 
Q
E
 
E
F
 
F
A
 
G
G
 
E
T
 
Y
C
 
C
V
 
I
M
 
T
E
 
E
G
 
D
E
 
E
-
 
L
-
 
W
-
 
D
-
 
K
-
 
Y
-
 
G
-
 
G
-
 
K
-
 
Q
-
 
P
E
 
E
G
 
G
K
 
K
V
 
I
V
 
V
V
 
V
K
 
K
D
 
D
R
 
R
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
N
M
 
M
F
 
F
Q
 
Q
E
 
Q
C
 
I
L
 
L
M
 
T
R
 
R
P
 
T
E
 
D
Q
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
V
V
 
I
A
 
A
T
 
L
S
 
P
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
I
 
L
S
 
S
D
|
D
A
 
A
L
 
A
A
 
A
A
 
A
Q
 
L
V
 
I
G
 
G
G
 
G
L
 
L
G
 
G
L
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
V
 
S
N
 
N
M
 
I
G
 
G
D
 
D
T
 
G
L
 
I
A
 
G
M
 
V
F
 
F
E
 
E
A
 
P
T
 
V
H
 
H
G
 
G
T
 
S
A
 
A
P
 
P
T
 
K
I
 
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
N
M
 
K
A
 
V
N
 
N
P
 
P
G
 
T
S
 
A
L
 
E
I
 
I
L
 
L
S
 
T
G
 
G
A
 
A
M
 
L
L
 
M
L
 
F
D
 
E
H
 
Y
A
 
I
G
 
G
F
 
W
G
 
K
E
 
D
A
 
A
A
 
S
E
 
E
L
 
M
V
 
I
R
 
K
G
 
K
S
 
A
V
 
V
E
 
E
K
 
M
A
 
T
L
 
I
A
 
S
A
 
S
R
 
G
K
 
I
V
 
V
T
 
T
V
 
Y
D
 
D
L
 
I
A
x
H
S
 
R
Q
 
H
I
 
M
P
 
-
G
 
G
A
x
G
Q
 
T
Q
 
K
V
 
V
G
 
G
C
 
T
R
 
R
E
 
E
F
 
F
G
 
A
E
 
E
I
 
A
I
 
V
L
 
V
A
 
E
G
 
N
I
 
L

6c0eA Crystal structure of isocitrate dehydrogenase from legionella pneumophila with bound NADPH with an alpha-ketoglutarate adduct
51% identity, 97% coverage: 8:376/379 of query aligns to 34:416/419 of 6c0eA

query
sites
6c0eA
F
 
F
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
V
E
 
D
V
 
V
W
 
T
A
 
P
S
 
P
A
 
M
R
 
I
P
 
R
V
 
V
L
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
M
 
V
D
 
Q
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
G
 
N
S
 
K
N
 
R
S
 
K
L
 
I
D
 
S
W
 
W
V
 
M
E
 
E
L
 
V
L
 
Y
A
 
A
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
A
F
 
T
A
 
K
E
 
V
T
 
Y
G
 
G
-
 
G
-
 
D
E
 
Q
Y
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
K
T
 
E
T
 
T
M
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
M
A
 
K
K
 
K
A
 
Y
E
 
V
L
 
V
A
 
S
M
 
I
K
 
K
G
 
G
P
|
P
L
|
L
G
 
T
T
|
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
K
 
G
G
 
G
F
 
I
R
 
R
S
|
S
L
 
L
N
|
N
V
 
V
T
 
A
M
 
I
R
|
R
Q
 
Q
A
 
D
F
 
M
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
V
C
 
C
I
 
L
R
|
R
P
 
P
V
 
I
R
 
R
H
 
Y
F
 
F
A
 
N
G
 
G
I
 
V
E
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
R
H
 
E
P
 
P
E
 
W
R
 
K
V
 
T
D
 
D
M
 
M
V
 
V
V
 
I
F
 
F
R
|
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
V
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
Y
 
W
A
 
Q
S
 
A
G
 
D
S
 
T
A
 
P
E
 
E
A
 
A
K
 
K
K
 
K
L
 
V
I
 
I
A
 
Q
F
 
F
L
 
L
R
 
T
D
 
K
E
 
E
L
 
M
G
 
G
A
 
V
D
 
K
-
 
K
-
 
I
-
 
R
V
 
F
D
 
P
P
 
E
S
 
H
A
 
C
G
 
G
V
 
I
G
 
G
I
 
V
K
 
K
P
 
P
M
 
V
T
 
S
E
 
R
K
 
E
G
 
G
S
 
T
K
 
T
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
K
R
 
A
A
 
A
I
 
I
E
 
Q
F
 
Y
A
 
A
A
 
I
R
 
D
E
 
N
G
 
D
R
 
R
E
 
S
S
 
T
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
|
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
T
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
F
 
F
R
 
K
A
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
Q
V
 
V
A
 
A
E
 
R
-
 
D
-
 
S
-
 
F
-
 
G
-
 
A
Q
 
K
E
 
E
F
 
Y
A
 
Q
G
 
G
T
 
G
C
 
P
V
 
W
M
 
M
E
 
E
G
 
F
E
 
K
E
 
N
G
 
P
K
 
K
-
 
T
-
 
G
-
 
K
-
 
Q
V
 
I
V
 
I
V
 
I
K
 
N
D
 
D
R
 
V
I
|
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
M
 
F
F
 
L
Q
 
Q
E
x
Q
C
 
I
L
 
L
M
 
L
R
|
R
P
 
P
E
 
E
Q
 
D
Y
 
Y
S
 
S
V
 
V
V
 
I
A
 
A
T
 
T
S
 
L
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
D
 
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
L
x
I
G
 
G
L
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
V
 
A
N
 
N
M
 
I
G
 
S
D
 
D
T
 
Q
L
 
M
A
 
A
M
 
V
F
 
F
E
|
E
A
 
A
T
 
T
H
|
H
G
|
G
T
|
T
A
|
A
P
 
P
T
x
K
I
x
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
N
M
 
K
A
x
V
N
|
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
L
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
G
 
A
A
 
E
M
 
M
L
 
M
L
 
L
D
 
R
H
 
H
A
 
M
G
 
G
F
 
W
G
 
Y
E
 
E
A
 
A
A
 
A
E
 
D
L
 
L
V
 
I
R
 
I
G
 
R
S
 
G
V
 
M
E
 
E
K
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
E
A
 
A
R
 
K
K
 
T
V
 
V
T
 
T
V
x
Y
D
|
D
L
 
F
A
 
E
S
 
R
Q
 
G
I
 
M
P
 
Q
G
 
G
A
 
A
Q
 
T
Q
 
L
V
 
V
G
 
S
C
 
S
R
 
S
E
 
G
F
 
F
G
 
A
E
 
D
I
 
A
I
 
M
L
 
I

Sites not aligning to the query:

1tyoA Isocitrate dehydrogenase from the hyperthermophile aeropyrum pernix in complex with etheno-NADP (see paper)
51% identity, 99% coverage: 5:379/379 of query aligns to 32:416/427 of 1tyoA

query
sites
1tyoA
T
 
V
V
 
V
Y
 
A
F
 
F
I
 
I
E
 
R
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
V
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
W
 
V
A
 
E
S
 
S
A
 
A
R
 
L
P
 
K
V
 
V
L
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
M
 
V
D
 
K
K
 
K
A
 
V
Y
|
Y
G
 
G
G
 
G
S
|
S
N
x
R
S
 
R
L
 
I
D
 
V
W
 
W
V
 
W
E
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
A
G
 
G
E
 
H
K
 
L
A
 
A
F
 
R
A
 
E
E
 
K
T
 
C
G
 
G
E
 
E
Y
 
L
L
 
L
P
 
P
Q
 
K
T
 
A
T
 
T
M
 
L
D
 
E
A
 
G
L
 
I
A
 
R
K
 
L
A
 
A
E
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
L
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
E
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
K
 
T
G
 
G
F
 
Y
R
 
R
S
 
S
L
 
L
N
 
N
V
 
V
T
 
A
M
 
I
R
 
R
Q
 
Q
A
 
A
F
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
A
C
 
N
I
 
I
R
 
R
P
 
P
V
 
V
R
 
R
H
 
Y
F
 
Y
A
 
-
G
 
G
I
 
Q
E
 
P
S
 
A
P
 
P
V
 
H
K
 
K
H
 
Y
P
 
A
E
 
D
R
 
R
V
 
V
D
 
D
M
 
M
V
 
V
V
 
I
F
 
F
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
T
E
 
E
D
 
D
V
 
V
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
Y
 
W
A
 
P
S
 
H
G
 
D
S
 
S
A
 
P
E
 
E
A
 
A
K
 
A
K
 
R
L
 
I
I
 
R
A
 
R
F
 
F
L
 
L
R
 
A
D
 
E
E
 
E
L
 
F
G
 
G
A
 
I
D
 
S
V
 
I
D
 
R
P
 
E
S
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
I
G
 
G
I
 
V
K
 
K
P
 
P
M
 
I
T
 
S
E
 
R
K
 
F
G
 
A
S
 
T
K
 
R
R
 
R
L
 
L
V
 
M
R
 
E
R
 
R
A
 
A
I
 
L
E
 
E
F
 
W
A
 
A
A
 
L
R
 
R
E
 
N
G
 
G
R
 
N
E
 
T
S
 
V
V
 
V
T
 
T
L
 
I
V
 
M
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
T
 
Y
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
F
 
F
R
 
M
A
 
R
W
 
W
G
 
A
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
A
E
 
L
Q
 
E
E
 
K
F
 
F
A
 
R
G
 
E
T
 
H
C
 
V
V
 
V
M
 
T
E
 
E
G
 
Q
E
 
E
-
 
V
-
 
Q
-
 
E
-
 
K
-
 
Y
-
 
G
-
 
G
-
 
V
-
 
R
-
 
P
E
 
E
G
 
G
K
 
K
V
 
I
V
 
L
V
 
V
K
 
N
D
 
D
R
 
R
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
N
M
 
M
F
 
L
Q
 
Q
E
 
Q
C
 
I
L
 
I
M
 
T
R
 
R
P
 
P
E
 
W
Q
 
D
Y
 
Y
S
 
Q
V
 
V
V
 
I
A
 
V
T
 
A
S
 
P
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
D
|
D
A
 
A
L
 
A
A
 
S
A
 
A
Q
 
L
V
 
V
G
 
G
G
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
M
A
 
A
P
 
A
G
 
G
V
 
M
N
 
N
M
 
M
G
 
G
D
 
D
T
 
G
L
 
I
A
 
A
M
 
V
F
 
A
E
 
E
A
 
P
T
 
V
H
 
H
G
 
G
T
 
T
A
 
A
P
 
P
T
 
K
I
 
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
K
D
 
D
M
 
L
A
 
I
N
 
N
P
 
P
G
 
S
S
 
A
L
 
E
I
 
I
L
 
L
S
 
S
G
 
A
A
 
S
M
 
L
L
 
L
L
 
I
-
 
G
D
 
E
H
 
F
A
 
M
G
 
G
F
 
W
G
x
R
E
|
E
A
 
V
A
 
K
E
 
S
L
 
I
V
 
V
R
 
E
G
 
Y
S
 
A
V
 
I
E
 
R
K
 
K
A
 
A
L
 
V
A
 
Q
A
 
S
R
 
K
K
 
K
V
 
V
T
 
T
V
 
Q
D
 
D
L
 
L
A
 
A
S
 
R
Q
 
H
I
 
M
P
 
P
G
 
G
A
 
V
Q
 
Q
Q
 
P
V
 
L
G
 
R
C
 
T
R
 
S
E
 
E
F
 
Y
G
 
T
E
 
E
I
 
T
I
 
L
L
 
I
A
 
A
G
 
Y
I
 
I

Sites not aligning to the query:

1xkdA Ternary complex of isocitrate dehydrogenase from the hyperthermophile aeropyrum pernix (see paper)
50% identity, 99% coverage: 5:379/379 of query aligns to 33:413/427 of 1xkdA

query
sites
1xkdA
T
 
V
V
 
V
Y
 
A
F
 
F
I
 
I
E
 
R
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
V
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
W
 
V
A
 
E
S
 
S
A
 
A
R
 
L
P
 
K
V
 
V
L
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
M
 
V
D
 
K
K
 
K
A
 
V
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
S
 
S
N
 
R
S
 
R
L
 
I
D
 
V
W
 
W
V
 
W
E
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
A
G
 
G
E
 
H
K
 
L
A
 
A
F
 
R
A
 
E
E
 
K
T
 
C
G
 
G
E
 
E
Y
 
L
L
 
L
P
 
P
Q
 
K
T
 
A
T
 
T
M
 
L
D
 
E
A
 
G
L
 
I
A
 
R
K
 
L
A
 
A
E
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
L
K
 
K
G
 
G
P
|
P
L
|
L
G
 
E
T
|
T
P
 
P
V
 
V
G
 
-
K
 
-
G
 
-
F
 
-
R
 
R
S
 
S
L
 
L
N
|
N
V
 
V
T
 
A
M
 
I
R
 
R
Q
 
Q
A
 
A
F
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
A
C
 
N
I
 
I
R
 
R
P
 
P
V
 
V
R
 
R
H
 
Y
F
 
Y
A
 
-
G
 
G
I
 
Q
E
 
P
S
 
A
P
 
P
V
 
H
K
 
K
H
 
Y
P
 
A
E
 
D
R
 
R
V
 
V
D
 
D
M
 
M
V
 
V
V
 
I
F
 
F
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
T
E
 
E
D
 
D
V
 
V
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
Y
 
W
A
 
P
S
 
H
G
 
D
S
 
S
A
 
P
E
 
E
A
 
A
K
 
A
K
 
R
L
 
I
I
 
R
A
 
R
F
 
F
L
 
L
R
 
A
D
 
E
E
 
E
L
 
F
G
 
G
A
 
I
D
 
S
V
 
I
D
 
R
P
 
E
S
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
I
G
 
G
I
 
V
K
 
K
P
 
P
M
 
I
T
 
S
E
 
R
K
 
F
G
 
A
S
 
T
K
 
R
R
 
R
L
 
L
V
 
M
R
 
E
R
 
R
A
 
A
I
 
L
E
 
E
F
 
W
A
 
A
A
 
L
R
 
R
E
 
N
G
 
G
R
 
N
E
 
T
S
 
V
V
 
V
T
 
T
L
 
I
V
 
M
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
T
 
Y
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
F
 
F
R
 
M
A
 
R
W
 
W
G
 
A
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
A
E
 
L
Q
 
E
E
 
K
F
 
F
A
 
R
G
 
E
T
 
H
C
 
V
V
 
V
M
 
T
E
 
E
G
 
Q
E
 
E
-
 
V
-
 
Q
-
 
E
-
 
K
-
 
Y
-
 
G
-
 
G
-
 
V
-
 
R
-
 
P
E
 
E
G
 
G
K
 
K
V
 
I
V
 
L
V
 
V
K
 
N
D
 
D
R
 
R
I
|
I
A
 
A
D
|
D
A
x
N
M
 
M
F
 
L
Q
|
Q
E
x
Q
C
 
I
L
 
I
M
 
T
R
|
R
P
 
P
E
 
W
Q
 
D
Y
 
Y
S
 
Q
V
 
V
V
 
I
A
 
V
T
 
A
S
 
P
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
D
|
D
A
 
A
L
 
A
A
 
S
A
 
A
Q
 
L
V
 
V
G
 
G
G
 
G
L
 
I
G
|
G
L
 
M
A
 
A
P
 
A
G
 
G
V
 
M
N
 
N
M
 
M
G
 
G
D
 
D
T
 
G
L
 
I
A
 
A
M
 
V
F
 
A
E
|
E
A
 
P
T
 
V
H
|
H
G
|
G
T
|
T
A
|
A
P
 
P
T
 
K
I
x
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
K
D
 
D
M
 
L
A
x
I
N
|
N
P
 
P
G
 
S
S
 
A
L
 
E
I
 
I
L
 
L
S
 
S
G
 
A
A
 
S
M
 
L
L
 
L
L
 
I
-
 
G
D
 
E
H
 
F
A
 
M
G
 
G
F
 
W
G
 
R
E
 
E
A
 
V
A
 
K
E
 
S
L
 
I
V
 
V
R
 
E
G
 
Y
S
 
A
V
 
I
E
 
R
K
 
K
A
 
A
L
 
V
A
 
Q
A
 
S
R
 
K
K
 
K
V
 
V
T
 
T
V
 
Q
D
|
D
L
 
L
A
 
A
S
x
R
Q
 
H
I
 
M
P
 
P
G
 
G
A
 
V
Q
 
Q
Q
 
P
V
 
L
G
 
R
C
 
T
R
 
S
E
 
E
F
 
Y
G
 
T
E
 
E
I
 
T
I
 
L
L
 
I
A
 
A
G
 
Y
I
 
I

2e5mA Crystal structure of isocitrate dehydrogenase from sulfolobus tokodaii strain 7 (see paper)
46% identity, 97% coverage: 5:373/379 of query aligns to 26:394/403 of 2e5mA

query
sites
2e5mA
T
 
V
V
 
I
Y
 
L
F
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
I
W
 
T
A
 
N
S
 
A
A
 
A
R
 
I
P
 
K
V
 
V
L
 
I
D
 
N
A
 
K
A
 
A
M
 
V
D
 
E
K
 
R
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
G
 
S
S
 
S
N
 
R
S
 
E
L
 
I
D
 
K
W
 
W
V
 
L
E
 
E
L
 
V
L
 
Y
A
 
A
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
A
F
 
E
A
 
K
E
 
L
T
 
V
G
 
N
E
 
D
Y
 
R
L
 
F
P
 
P
Q
 
K
T
 
E
T
 
T
M
 
Q
D
 
E
A
 
M
L
 
L
A
 
L
K
 
K
A
 
Y
E
 
R
L
 
V
A
 
V
M
 
L
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
|
L
G
 
E
T
|
T
P
 
P
V
 
-
G
 
-
K
 
-
G
 
-
F
 
-
R
 
-
S
 
S
L
 
V
N
|
N
V
 
V
T
 
A
M
 
I
R
 
R
Q
 
L
A
 
M
F
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
A
C
 
N
I
 
I
R
 
R
P
 
P
V
 
V
R
 
K
H
 
Y
F
 
I
A
 
E
G
 
G
I
 
L
E
 
E
S
 
S
P
 
P
V
 
L
K
 
K
H
 
H
P
 
P
E
 
E
R
 
K
V
 
V
D
 
D
M
 
M
V
 
I
V
 
I
F
 
F
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
T
E
 
D
D
 
D
V
 
L
Y
|
Y
A
 
R
G
 
G
I
 
I
E
 
E
Y
 
Y
A
 
P
S
 
F
G
 
N
S
 
S
A
 
E
E
 
E
A
 
A
K
 
K
K
 
K
L
 
I
I
 
R
A
 
D
F
 
F
L
 
L
R
 
R
D
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
K
A
 
V
D
 
E
V
 
I
D
 
E
P
 
D
S
 
D
A
 
T
G
 
G
V
 
I
G
 
G
I
 
I
K
 
K
P
 
V
M
 
M
T
 
S
E
 
K
K
 
Y
G
 
K
S
 
T
K
 
Q
R
 
R
L
 
I
V
 
T
R
 
R
R
 
L
A
 
A
I
 
I
E
 
Q
F
 
Y
A
 
A
A
 
I
R
 
E
E
 
H
G
 
K
R
 
R
E
 
K
S
 
K
V
 
V
T
 
T
L
 
I
V
 
M
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
V
M
 
M
K
 
K
T
 
Y
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
F
 
F
R
 
R
A
 
E
W
 
W
G
 
A
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
A
E
 
L
Q
 
K
E
 
E
F
 
Y
A
 
R
G
 
D
T
 
F
C
 
I
V
 
V
M
 
T
E
 
E
G
 
E
E
 
E
-
 
I
-
 
N
-
 
Q
-
 
G
-
 
K
-
 
P
-
 
D
E
 
Q
G
 
G
K
 
K
V
 
I
V
 
I
V
 
L
K
 
N
D
 
D
R
 
R
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
N
M
 
M
F
 
F
Q
 
Q
E
 
Q
C
 
I
L
 
I
M
 
I
R
 
R
P
 
P
E
 
E
Q
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
I
V
 
I
A
 
L
T
 
A
S
 
P
N
 
N
L
 
V
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
D
|
D
A
 
A
L
 
A
A
 
G
A
 
A
Q
 
L
V
 
I
G
 
G
G
 
N
L
 
I
G
 
G
L
 
M
A
 
L
P
 
G
G
 
G
V
 
A
N
 
N
M
 
I
G
 
G
D
 
D
T
 
E
L
 
G
A
 
G
M
 
M
F
 
F
E
|
E
A
 
A
T
 
I
H
|
H
G
|
G
T
 
T
A
 
A
P
 
P
T
x
K
I
x
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
K
D
 
N
M
 
V
A
 
A
N
|
N
P
 
P
G
 
T
S
 
G
L
 
I
I
 
I
L
 
K
S
 
A
G
 
G
A
 
E
M
 
L
L
 
M
L
 
L
D
 
R
H
 
W
A
 
M
G
 
G
F
 
W
G
 
N
E
 
E
A
 
A
A
 
A
E
 
D
L
 
L
V
 
I
R
 
E
G
 
K
S
 
A
V
 
I
E
 
N
K
 
M
A
 
A
L
 
I
A
 
R
A
 
D
R
 
K
K
 
K
V
 
V
T
 
T
V
 
Q
D
 
D
L
 
I
A
 
A
S
 
-
Q
 
R
I
 
F
P
 
M
G
 
G
A
 
V
Q
 
K
Q
 
A
V
 
L
G
 
G
C
 
T
R
 
K
E
 
E
F
 
Y
G
 
A
E
 
D

Query Sequence

>WP_018125754.1 NCBI__GCF_000375485.1:WP_018125754.1
MTQRTVYFIEGDGIGPEVWASARPVLDAAMDKAYGGSNSLDWVELLAGEKAFAETGEYLP
QTTMDALAKAELAMKGPLGTPVGKGFRSLNVTMRQAFDLYACIRPVRHFAGIESPVKHPE
RVDMVVFRENTEDVYAGIEYASGSAEAKKLIAFLRDELGADVDPSAGVGIKPMTEKGSKR
LVRRAIEFAAREGRESVTLVHKGNIMKTTEGAFRAWGYEVAEQEFAGTCVMEGEEGKVVV
KDRIADAMFQECLMRPEQYSVVATSNLNGDYISDALAAQVGGLGLAPGVNMGDTLAMFEA
THGTAPTIAGKDMANPGSLILSGAMLLDHAGFGEAAELVRGSVEKALAARKVTVDLASQI
PGAQQVGCREFGEIILAGI

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory