SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_018231340.1 NCBI__GCF_000378965.1:WP_018231340.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2zsjA Crystal structure of threonine synthase from aquifex aeolicus vf5
54% identity, 98% coverage: 6:375/379 of query aligns to 1:348/350 of 2zsjA

query
sites
2zsjA
R
 
R
Y
 
W
T
 
Q
G
 
G
L
 
I
I
 
I
D
 
K
R
 
Q
Y
 
Y
R
 
K
D
 
K
R
 
Y
L
 
L
P
 
P
V
 
V
H
 
D
D
 
E
D
 
N
T
 
T
R
 
P
I
 
I
I
 
V
S
 
T
L
 
L
G
 
Y
E
 
E
G
 
G
N
 
N
T
 
T
P
 
P
L
 
L
I
 
I
R
 
E
L
 
A
N
 
D
N
 
N
I
 
L
P
 
A
R
 
R
I
 
A
V
 
I
G
 
G
R
 
F
E
 
K
V
 
G
D
 
K
I
 
I
Y
 
Y
V
 
L
K
 
K
Y
 
Y
E
 
E
G
 
G
L
 
L
N
 
N
P
 
P
T
 
T
G
 
G
S
 
S
F
|
F
K
|
K
D
 
D
R
 
R
G
 
G
M
 
M
T
 
T
M
 
L
A
 
A
V
 
I
T
 
S
K
 
K
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
 
A
G
 
G
S
 
K
K
 
R
A
 
A
I
 
V
I
 
I
C
 
C
A
 
A
S
 
S
T
|
T
G
 
G
N
|
N
T
 
T
S
 
S
A
 
A
A
 
S
A
 
A
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
G
 
G
I
 
L
A
 
R
A
 
A
F
 
Y
V
 
V
I
 
L
I
 
L
P
 
P
D
 
K
G
 
G
K
 
A
I
 
V
A
 
A
M
 
I
G
 
G
K
 
K
L
 
L
A
 
S
Q
 
Q
A
 
A
M
 
M
M
 
I
H
 
Y
G
 
G
S
 
A
V
 
K
V
 
V
I
 
L
Q
 
A
I
 
I
K
 
Q
G
 
G
N
 
T
F
 
F
D
 
D
D
 
D
G
 
A
M
 
L
R
 
N
L
 
I
V
 
V
K
 
R
E
 
K
V
 
I
A
 
G
S
 
E
E
 
N
A
 
F
P
 
P
V
 
V
T
 
E
I
 
I
V
 
V
N
 
N
S
 
S
I
 
V
N
 
N
P
 
P
Y
 
Y
R
 
R
L
 
I
Q
 
E
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
T
 
T
A
 
A
A
 
A
F
 
F
E
 
E
I
 
I
T
 
C
E
 
D
E
 
T
L
 
L
G
 
G
R
 
E
A
 
A
P
 
P
D
 
D
Y
 
Y
H
 
H
C
 
F
L
 
I
P
 
P
V
|
V
G
|
G
N
|
N
A
|
A
G
|
G
N
|
N
I
 
I
T
 
T
A
 
A
H
 
Y
W
 
W
I
 
K
G
 
G
Y
 
F
C
 
K
E
 
I
Y
 
Y
S
 
-
S
 
-
A
 
-
S
 
-
G
 
-
D
 
-
H
 
-
V
 
-
T
 
-
E
 
-
A
 
-
C
 
-
T
 
-
F
 
-
C
 
-
K
 
-
G
 
-
H
 
-
C
 
-
A
 
-
Y
 
Y
A
 
E
G
 
E
G
 
G
A
 
K
I
 
I
V
 
T
G
 
-
N
 
K
R
 
L
P
 
P
K
 
R
M
 
M
V
 
M
G
 
G
Y
 
W
Q
|
Q
A
 
A
A
 
E
G
 
G
S
x
A
A
 
A
P
 
P
F
 
I
M
 
V
R
 
K
G
 
G
E
 
Y
M
 
P
V
 
I
D
 
K
N
 
N
P
 
P
D
 
Q
T
 
T
V
 
I
A
 
A
T
 
T
A
|
A
I
 
I
R
 
K
I
 
I
G
 
G
H
 
N
P
 
P
Q
 
Y
S
 
S
W
 
W
D
 
K
S
 
S
A
 
A
W
 
L
K
 
K
V
 
A
K
 
A
E
 
Q
E
 
E
S
 
S
G
 
G
G
 
G
W
 
K
F
 
I
D
 
D
E
 
A
C
 
V
T
 
S
D
 
D
A
 
S
E
 
E
I
 
I
L
 
L
A
 
Y
A
 
A
Q
 
Y
K
 
K
L
 
L
L
 
I
A
 
A
E
 
S
K
 
T
E
 
E
G
 
G
V
 
V
F
 
F
C
 
C
E
 
E
P
 
P
A
 
A
S
 
S
A
 
A
A
 
A
S
 
S
L
 
V
A
 
A
G
 
G
A
 
L
L
 
I
R
 
K
D
 
L
V
 
V
Q
 
R
N
 
E
D
 
G
R
 
F
I
 
F
P
 
K
E
 
G
G
 
G
S
 
E
S
 
V
I
 
V
V
 
T
C
 
C
T
 
T
L
 
L
T
|
T
G
|
G
H
 
N
G
 
G
L
 
L
K
 
K
D
 
D
P
 
P
D
 
D
T
 
T
A
 
A
I
 
I
A
 
K
Q
 
V
S
 
C
T
 
E
R
 
E
P
 
P
L
 
-
I
 
I
N
 
T
V
 
V
E
 
P
A
 
P
T
 
D
L
 
F
D
 
D
Q
 
E
V
 
V
K
 
V
R
 
K
A
 
V
I
 
L

6nmxA Threonine synthase from bacillus subtilis atcc 6633 with plp and appa (see paper)
53% identity, 97% coverage: 7:374/379 of query aligns to 3:350/350 of 6nmxA

query
sites
6nmxA
Y
 
W
T
 
K
G
 
G
L
 
L
I
 
I
D
 
H
R
 
Q
Y
 
Y
R
 
K
D
 
E
R
 
F
L
 
L
P
 
P
V
 
V
H
 
T
D
 
D
D
 
Q
T
 
T
R
 
P
I
 
A
I
 
L
S
 
T
L
 
L
G
 
H
E
 
E
G
 
G
N
 
N
T
 
T
P
 
P
L
 
L
I
 
I
R
 
H
L
 
L
N
 
P
N
 
K
I
 
L
P
 
S
R
 
E
I
 
Q
V
 
L
G
 
G
R
 
-
E
 
-
V
 
I
D
 
E
I
 
L
Y
 
H
V
 
V
K
 
K
Y
 
T
E
 
E
G
 
G
L
 
V
N
 
N
P
 
P
T
 
T
G
 
G
S
 
S
F
 
F
K
|
K
D
 
D
R
 
R
G
 
G
M
 
M
T
 
V
M
 
M
A
 
A
V
 
V
T
 
A
K
 
K
A
 
A
V
 
K
E
 
E
E
 
E
G
 
G
S
 
N
K
 
D
A
 
T
I
 
I
I
 
M
C
 
C
A
 
A
S
|
S
T
|
T
G
 
G
N
|
N
T
|
T
S
 
S
A
 
A
A
 
A
A
 
A
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
G
 
N
I
 
M
A
 
K
A
 
C
F
 
I
V
 
V
I
 
I
I
 
I
P
 
P
D
 
N
G
 
G
K
 
K
I
 
I
A
 
A
M
 
F
G
 
G
K
 
K
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
M
 
V
M
 
M
H
 
Y
G
 
G
S
 
A
V
 
E
V
 
I
I
 
I
Q
 
A
I
 
I
K
 
D
G
 
G
N
 
N
F
|
F
D
 
D
D
 
D
G
 
A
M
 
L
R
 
K
L
 
I
V
 
V
K
 
R
E
 
S
V
 
I
A
 
C
S
 
E
E
 
K
A
 
S
P
 
P
V
 
I
T
 
A
I
 
L
V
 
V
N
|
N
S
|
S
I
 
V
N
 
N
P
 
P
Y
 
Y
R
|
R
L
 
L
Q
 
E
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
T
 
T
A
 
A
A
 
A
F
 
F
E
 
E
I
 
V
T
 
C
E
 
E
E
 
Q
L
 
L
G
 
G
R
 
E
A
 
A
P
 
P
D
 
D
Y
 
V
H
 
L
C
 
A
L
 
I
P
 
P
V
|
V
G
|
G
N
|
N
A
|
A
G
|
G
N
|
N
I
 
I
T
 
S
A
 
A
H
 
Y
W
 
W
I
 
K
G
 
G
Y
 
F
C
 
K
E
 
E
Y
 
Y
S
 
H
S
 
E
A
 
K
S
 
N
G
 
G
D
 
T
H
 
S
V
 
L
T
 
-
E
 
-
A
 
-
C
 
-
T
 
-
F
 
-
C
 
-
K
 
-
G
 
-
H
 
-
C
 
-
A
 
-
Y
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
-
A
 
-
I
 
-
V
 
-
G
 
-
N
 
-
R
 
-
P
 
P
K
 
K
M
 
M
V
 
R
G
 
G
Y
 
F
Q
x
E
A
 
A
A
 
E
G
 
G
S
|
S
A
 
A
P
 
A
F
 
I
M
 
V
R
 
R
G
 
N
E
 
E
M
 
V
V
 
I
D
 
E
N
 
N
P
 
P
D
 
E
T
 
T
V
 
I
A
 
A
T
 
T
A
|
A
I
|
I
R
 
R
I
 
I
G
 
G
H
 
N
P
 
P
Q
 
A
S
 
S
W
 
W
D
 
D
S
 
K
A
 
A
W
 
V
K
 
K
V
 
A
K
 
A
E
 
E
E
 
E
S
 
S
G
 
N
G
 
G
W
 
K
F
 
I
D
 
D
E
 
E
C
 
V
T
 
T
D
 
D
A
 
D
E
 
E
I
 
I
L
 
L
A
 
H
A
 
A
Q
 
Y
K
 
Q
L
 
L
L
 
I
A
 
A
E
 
R
K
 
E
E
 
E
G
 
G
V
 
V
F
 
F
C
 
A
E
|
E
P
 
P
A
 
G
S
 
S
A
 
C
A
 
A
S
 
S
L
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
V
L
 
L
R
 
K
D
 
Q
V
 
V
Q
 
K
N
 
S
D
 
G
R
 
E
I
 
I
P
 
P
E
 
K
G
 
G
S
 
S
S
 
K
I
 
V
V
 
V
C
 
A
T
 
V
L
 
L
T
|
T
G
 
G
H
 
N
G
 
G
L
 
L
K
 
K
D
 
D
P
 
P
D
 
N
T
 
T
A
 
A
I
 
V
A
 
D
Q
 
I
S
 
S
-
 
E
T
 
I
R
 
K
P
 
P
L
 
V
-
 
T
-
 
L
-
 
P
I
 
T
N
 
N
V
 
E
E
 
D
A
 
S
T
 
I
L
 
L
D
 
E
Q
 
Y
V
 
V
K
 
K
R
 
G
A
 
A

1uimA Crystal structure of threonine synthase from thermus thermophilus hb8, orthorhombic crystal form (see paper)
54% identity, 91% coverage: 10:353/379 of query aligns to 5:327/350 of 1uimA

query
sites
1uimA
L
 
L
I
 
I
D
 
E
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
D
 
N
R
 
L
L
 
L
P
 
P
V
 
V
H
 
S
D
 
E
D
 
K
T
 
T
R
 
P
I
 
V
I
 
I
S
 
S
L
 
L
G
 
L
E
 
E
G
 
G
N
 
S
T
 
T
P
 
P
L
 
L
I
 
I
R
 
P
L
 
L
N
 
K
N
 
G
I
 
P
P
 
E
R
 
E
I
 
A
V
 
R
G
 
K
R
 
K
E
 
G
V
 
I
D
 
R
I
 
L
Y
 
Y
V
 
A
K
 
K
Y
 
Y
E
 
E
G
 
G
L
 
L
N
 
N
P
 
P
T
 
T
G
 
G
S
 
S
F
|
F
K
|
K
D
 
D
R
 
R
G
 
G
M
 
M
T
 
T
M
 
L
A
 
A
V
 
V
T
 
S
K
 
K
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
 
G
G
 
G
S
 
A
K
 
Q
A
 
A
I
 
V
I
 
A
C
 
C
A
 
A
S
 
S
T
|
T
G
 
G
N
|
N
T
 
T
S
 
A
A
 
A
A
 
S
A
 
A
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
L
A
 
A
F
 
I
V
 
V
I
 
V
I
 
L
P
 
P
D
 
A
G
 
G
K
 
Y
I
 
V
A
 
A
M
 
L
G
 
G
K
 
K
L
 
V
A
 
A
Q
 
Q
A
 
S
M
 
L
M
 
V
H
 
H
G
 
G
S
 
A
V
 
R
V
 
I
I
 
V
Q
 
Q
I
 
V
K
 
E
G
 
G
N
 
N
F
 
F
D
 
D
D
 
D
G
 
A
M
 
L
R
 
R
L
 
L
V
 
T
K
 
Q
E
 
K
V
 
L
A
 
T
S
 
E
E
 
A
A
 
F
P
 
P
V
 
V
T
 
A
I
 
L
V
 
V
N
 
N
S
 
S
I
 
V
N
 
N
P
 
P
Y
 
H
R
 
R
L
 
L
Q
 
E
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
T
 
T
A
 
L
A
 
A
F
 
F
E
 
E
I
 
V
T
 
V
E
 
D
E
 
E
L
 
L
G
 
G
R
 
D
A
 
A
P
 
P
D
 
H
Y
 
Y
H
 
H
C
 
A
L
 
L
P
 
P
V
 
V
G
|
G
N
|
N
A
|
A
G
|
G
N
|
N
I
 
I
T
 
T
A
 
A
H
 
H
W
 
W
I
 
M
G
 
G
Y
 
Y
C
 
K
E
 
A
Y
 
Y
S
 
H
S
 
A
A
 
L
S
 
G
G
 
K
D
 
A
H
 
K
V
 
-
T
 
-
E
 
-
A
 
-
C
 
-
T
 
-
F
 
-
C
 
-
K
 
-
G
 
-
H
 
-
C
 
-
A
 
-
Y
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
-
A
 
-
I
 
-
V
 
-
G
 
-
N
 
R
R
 
L
P
|
P
K
 
R
M
 
M
V
 
L
G
|
G
Y
 
F
Q
|
Q
A
 
A
A
 
A
G
 
G
S
 
A
A
 
A
P
 
P
F
 
L
M
 
V
R
 
L
G
 
G
E
 
R
M
 
P
V
 
V
D
 
E
N
 
R
P
 
P
D
 
E
T
 
T
V
 
L
A
 
A
T
 
T
A
|
A
I
 
I
R
 
R
I
 
I
G
 
G
H
 
N
P
 
P
Q
 
A
S
 
S
W
 
W
D
 
Q
S
 
G
A
 
A
W
 
V
K
 
R
V
 
A
K
 
K
E
 
E
E
 
E
S
 
S
G
 
G
G
 
G
W
 
V
F
 
I
D
 
E
E
 
A
C
 
V
T
 
T
D
 
D
A
 
E
E
 
E
I
 
I
L
 
L
A
 
F
A
 
A
Q
 
Y
K
 
R
L
 
Y
L
 
L
A
 
A
E
 
R
K
 
E
E
 
E
G
 
G
V
 
I
F
 
F
C
 
C
E
|
E
P
 
P
A
 
A
S
 
S
A
 
A
A
 
A
S
 
A
L
 
M
A
 
A
G
 
G
A
 
V
L
 
F
R
 
K
D
 
L
V
 
L
Q
 
R
N
 
E
D
 
G
R
 
R
I
 
L
P
 
E
E
 
P
G
 
E
S
 
S
S
 
T
I
 
V
V
 
V
C
 
L
T
 
T
L
 
L
T
|
T
G
|
G
H
 
H
G
 
G
L
 
L
K
 
K
D
 
D
P
 
P
D
 
A
T
 
T
A
 
A

3aeyA Apo form of threonine synthase from thermus thermophilus hb8 (see paper)
54% identity, 91% coverage: 10:353/379 of query aligns to 4:326/350 of 3aeyA

query
sites
3aeyA
L
 
L
I
 
I
D
 
E
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
D
 
N
R
 
L
L
 
L
P
 
P
V
 
V
H
 
S
D
 
E
D
 
K
T
 
T
R
 
P
I
 
V
I
 
I
S
 
S
L
 
L
G
 
L
E
 
E
G
 
G
N
 
S
T
 
T
P
 
P
L
 
L
I
 
I
R
 
P
L
 
L
N
 
K
N
 
G
I
 
P
P
 
E
R
 
E
I
 
A
V
 
R
G
 
K
R
 
K
E
 
G
V
 
I
D
 
R
I
 
L
Y
 
Y
V
 
A
K
 
K
Y
 
Y
E
 
E
G
 
G
L
 
L
N
 
N
P
 
P
T
 
T
G
 
G
S
 
S
F
 
F
K
|
K
D
 
D
R
 
R
G
 
G
M
 
M
T
 
T
M
 
L
A
 
A
V
 
V
T
 
S
K
 
K
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
 
G
G
 
G
S
 
A
K
 
Q
A
 
A
I
 
V
I
 
A
C
 
C
A
 
A
S
 
S
T
|
T
G
|
G
N
|
N
T
|
T
S
 
A
A
 
A
A
 
S
A
 
A
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
L
A
 
A
F
 
I
V
 
V
I
 
V
I
 
L
P
 
P
D
 
A
G
 
G
K
 
Y
I
 
V
A
 
A
M
 
L
G
 
G
K
 
K
L
 
V
A
 
A
Q
 
Q
A
 
S
M
 
L
M
 
V
H
 
H
G
 
G
S
 
A
V
 
R
V
 
I
I
 
V
Q
 
Q
I
 
V
K
 
E
G
 
G
N
 
N
F
 
F
D
 
D
D
 
D
G
 
A
M
 
L
R
 
R
L
 
L
V
 
T
K
 
Q
E
 
K
V
 
L
A
 
T
S
 
E
E
 
A
A
 
F
P
 
P
V
 
V
T
 
A
I
 
L
V
 
V
N
 
N
S
|
S
I
 
V
N
 
N
P
 
P
Y
 
H
R
|
R
L
 
L
Q
 
E
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
T
 
T
A
 
L
A
 
A
F
 
F
E
 
E
I
 
V
T
 
V
E
 
D
E
 
E
L
 
L
G
 
G
R
 
D
A
 
A
P
 
P
D
 
H
Y
 
Y
H
 
H
C
 
A
L
 
L
P
 
P
V
 
V
G
 
G
N
|
N
A
 
A
G
 
G
N
 
N
I
 
I
T
 
T
A
 
A
H
 
H
W
 
W
I
 
M
G
 
G
Y
 
Y
C
 
K
E
 
A
Y
 
Y
S
 
H
S
 
A
A
 
L
S
 
G
G
 
K
D
 
A
H
 
K
V
 
-
T
 
-
E
 
-
A
 
-
C
 
-
T
 
-
F
 
-
C
 
-
K
 
-
G
 
-
H
 
-
C
 
-
A
 
-
Y
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
-
A
 
-
I
 
-
V
 
-
G
 
-
N
 
R
R
 
L
P
|
P
K
 
R
M
 
M
V
 
L
G
|
G
Y
 
F
Q
|
Q
A
 
A
A
 
A
G
 
G
S
 
A
A
 
A
P
 
P
F
 
L
M
 
V
R
 
L
G
 
G
E
x
R
M
 
P
V
|
V
D
x
E
N
x
R
P
 
P
D
 
E
T
 
T
V
 
L
A
 
A
T
 
T
A
|
A
I
 
I
R
 
R
I
 
I
G
 
G
H
 
N
P
 
P
Q
 
A
S
 
S
W
 
W
D
 
Q
S
 
G
A
 
A
W
 
V
K
 
R
V
 
A
K
 
K
E
 
E
E
 
E
S
 
S
G
 
G
G
 
G
W
 
V
F
 
I
D
 
E
E
 
A
C
 
V
T
 
T
D
 
D
A
 
E
E
 
E
I
 
I
L
 
L
A
 
F
A
 
A
Q
 
Y
K
 
R
L
 
Y
L
 
L
A
 
A
E
 
R
K
 
E
E
 
E
G
 
G
V
 
I
F
 
F
C
 
C
E
 
E
P
 
P
A
 
A
S
 
S
A
 
A
A
 
A
S
 
A
L
 
M
A
 
A
G
 
G
A
 
V
L
 
F
R
 
K
D
 
L
V
 
L
Q
 
R
N
 
E
D
 
G
R
 
R
I
 
L
P
 
E
E
 
P
G
 
E
S
 
S
S
 
T
I
 
V
V
 
V
C
 
L
T
 
T
L
 
L
T
|
T
G
 
G
H
 
H
G
 
G
L
 
L
K
 
K
D
 
D
P
 
P
D
 
A
T
 
T
A
 
A

3aexA Catalytic intermediate analogue of threonine synthase from thermus thermophilus hb8 (see paper)
54% identity, 91% coverage: 10:353/379 of query aligns to 5:327/351 of 3aexA

query
sites
3aexA
L
 
L
I
 
I
D
 
E
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
D
 
N
R
 
L
L
 
L
P
 
P
V
 
V
H
 
S
D
 
E
D
 
K
T
 
T
R
 
P
I
 
V
I
 
I
S
 
S
L
 
L
G
 
L
E
 
E
G
 
G
N
 
S
T
 
T
P
 
P
L
 
L
I
 
I
R
 
P
L
 
L
N
 
K
N
 
G
I
 
P
P
 
E
R
 
E
I
 
A
V
 
R
G
 
K
R
 
K
E
 
G
V
 
I
D
 
R
I
 
L
Y
 
Y
V
 
A
K
 
K
Y
 
Y
E
 
E
G
 
G
L
 
L
N
 
N
P
 
P
T
 
T
G
 
G
S
 
S
F
 
F
K
|
K
D
 
D
R
 
R
G
 
G
M
 
M
T
 
T
M
 
L
A
 
A
V
 
V
T
 
S
K
 
K
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
 
G
G
 
G
S
 
A
K
 
Q
A
 
A
I
 
V
I
 
A
C
 
C
A
 
A
S
|
S
T
|
T
G
 
G
N
|
N
T
|
T
S
 
A
A
 
A
A
 
S
A
 
A
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
L
A
 
A
F
 
I
V
 
V
I
 
V
I
 
L
P
 
P
D
 
A
G
 
G
K
 
Y
I
 
V
A
 
A
M
 
L
G
 
G
K
 
K
L
 
V
A
 
A
Q
 
Q
A
 
S
M
 
L
M
 
V
H
 
H
G
 
G
S
 
A
V
 
R
V
 
I
I
 
V
Q
 
Q
I
 
V
K
 
E
G
 
G
N
 
N
F
 
F
D
 
D
D
 
D
G
 
A
M
 
L
R
 
R
L
 
L
V
 
T
K
 
Q
E
 
K
V
 
L
A
 
T
S
 
E
E
 
A
A
 
F
P
 
P
V
 
V
T
 
A
I
 
L
V
 
V
N
|
N
S
|
S
I
 
V
N
 
N
P
 
P
Y
 
H
R
|
R
L
 
L
Q
 
E
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
T
 
T
A
 
L
A
 
A
F
 
F
E
 
E
I
 
V
T
 
V
E
 
D
E
 
E
L
 
L
G
 
G
R
 
D
A
 
A
P
 
P
D
 
H
Y
 
Y
H
 
H
C
 
A
L
 
L
P
 
P
V
|
V
G
|
G
N
|
N
A
|
A
G
|
G
N
|
N
I
 
I
T
 
T
A
 
A
H
 
H
W
 
W
I
 
M
G
 
G
Y
 
Y
C
 
K
E
 
A
Y
 
Y
S
 
H
S
 
A
A
 
L
S
 
G
G
 
K
D
 
A
H
 
K
V
 
-
T
 
-
E
 
-
A
 
-
C
 
-
T
 
-
F
 
-
C
 
-
K
 
-
G
 
-
H
 
-
C
 
-
A
 
-
Y
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
-
A
 
-
I
 
-
V
 
-
G
 
-
N
 
R
R
 
L
P
|
P
K
 
R
M
 
M
V
 
L
G
|
G
Y
 
F
Q
|
Q
A
 
A
A
 
A
G
 
G
S
 
A
A
 
A
P
 
P
F
 
L
M
 
V
R
 
L
G
 
G
E
 
R
M
 
P
V
 
V
D
 
E
N
 
R
P
 
P
D
 
E
T
 
T
V
 
L
A
 
A
T
 
T
A
|
A
I
|
I
R
 
R
I
 
I
G
 
G
H
 
N
P
 
P
Q
 
A
S
 
S
W
 
W
D
 
Q
S
 
G
A
 
A
W
 
V
K
 
R
V
 
A
K
 
K
E
 
E
E
 
E
S
 
S
G
 
G
G
 
G
W
 
V
F
 
I
D
 
E
E
 
A
C
 
V
T
 
T
D
 
D
A
 
E
E
 
E
I
 
I
L
 
L
A
 
F
A
 
A
Q
 
Y
K
 
R
L
 
Y
L
 
L
A
 
A
E
 
R
K
 
E
E
 
E
G
 
G
V
 
I
F
 
F
C
 
C
E
|
E
P
 
P
A
 
A
S
 
S
A
 
A
A
 
A
S
 
A
L
 
M
A
 
A
G
 
G
A
 
V
L
 
F
R
 
K
D
 
L
V
 
L
Q
 
R
N
 
E
D
 
G
R
 
R
I
 
L
P
 
E
E
 
P
G
 
E
S
 
S
S
 
T
I
 
V
V
 
V
C
 
L
T
 
T
L
 
L
T
|
T
G
 
G
H
 
H
G
 
G
L
 
L
K
 
K
D
 
D
P
 
P
D
 
A
T
 
T
A
 
A

1v7cA Crystal structure of threonine synthase from thermus thermophilus hb8 in complex with a substrate analogue (see paper)
54% identity, 91% coverage: 10:353/379 of query aligns to 5:327/351 of 1v7cA

query
sites
1v7cA
L
 
L
I
 
I
D
 
E
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
D
 
N
R
 
L
L
 
L
P
 
P
V
 
V
H
 
S
D
 
E
D
 
K
T
 
T
R
 
P
I
 
V
I
 
I
S
 
S
L
 
L
G
 
L
E
 
E
G
 
G
N
 
S
T
 
T
P
 
P
L
 
L
I
 
I
R
 
P
L
 
L
N
 
K
N
 
G
I
 
P
P
 
E
R
 
E
I
 
A
V
 
R
G
 
K
R
 
K
E
 
G
V
 
I
D
 
R
I
 
L
Y
 
Y
V
 
A
K
 
K
Y
 
Y
E
 
E
G
 
G
L
 
L
N
 
N
P
 
P
T
 
T
G
 
G
S
 
S
F
 
F
K
|
K
D
 
D
R
 
R
G
 
G
M
 
M
T
 
T
M
 
L
A
 
A
V
 
V
T
 
S
K
 
K
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
 
G
G
 
G
S
 
A
K
 
Q
A
 
A
I
 
V
I
 
A
C
 
C
A
 
A
S
|
S
T
|
T
G
 
G
N
|
N
T
|
T
S
 
A
A
 
A
A
 
S
A
 
A
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
L
A
 
A
F
 
I
V
 
V
I
 
V
I
 
L
P
 
P
D
 
A
G
 
G
K
 
Y
I
 
V
A
 
A
M
 
L
G
 
G
K
 
K
L
 
V
A
 
A
Q
 
Q
A
 
S
M
 
L
M
 
V
H
 
H
G
 
G
S
 
A
V
 
R
V
 
I
I
 
V
Q
 
Q
I
 
V
K
 
E
G
 
G
N
 
N
F
|
F
D
 
D
D
 
D
G
 
A
M
 
L
R
 
R
L
 
L
V
 
T
K
 
Q
E
 
K
V
 
L
A
 
T
S
 
E
E
 
A
A
 
F
P
 
P
V
 
V
T
 
A
I
 
L
V
 
V
N
|
N
S
|
S
I
 
V
N
 
N
P
 
P
Y
 
H
R
|
R
L
 
L
Q
 
E
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
T
 
T
A
 
L
A
 
A
F
 
F
E
 
E
I
 
V
T
 
V
E
 
D
E
 
E
L
 
L
G
 
G
R
 
D
A
 
A
P
 
P
D
 
H
Y
 
Y
H
 
H
C
 
A
L
 
L
P
 
P
V
|
V
G
|
G
N
|
N
A
|
A
G
|
G
N
|
N
I
 
I
T
 
T
A
 
A
H
 
H
W
 
W
I
 
M
G
 
G
Y
 
Y
C
 
K
E
 
A
Y
 
Y
S
 
H
S
 
A
A
 
L
S
 
G
G
 
K
D
 
A
H
 
K
V
 
-
T
 
-
E
 
-
A
 
-
C
 
-
T
 
-
F
 
-
C
 
-
K
 
-
G
 
-
H
 
-
C
 
-
A
 
-
Y
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
-
A
 
-
I
 
-
V
 
-
G
 
-
N
 
R
R
 
L
P
|
P
K
 
R
M
 
M
V
 
L
G
|
G
Y
 
F
Q
|
Q
A
 
A
A
 
A
G
 
G
S
 
A
A
 
A
P
 
P
F
 
L
M
 
V
R
 
L
G
 
G
E
 
R
M
 
P
V
 
V
D
 
E
N
 
R
P
 
P
D
 
E
T
 
T
V
 
L
A
 
A
T
 
T
A
|
A
I
|
I
R
 
R
I
 
I
G
 
G
H
 
N
P
 
P
Q
 
A
S
 
S
W
 
W
D
 
Q
S
 
G
A
 
A
W
 
V
K
 
R
V
 
A
K
 
K
E
 
E
E
 
E
S
 
S
G
 
G
G
 
G
W
 
V
F
 
I
D
 
E
E
 
A
C
 
V
T
 
T
D
 
D
A
 
E
E
 
E
I
 
I
L
 
L
A
 
F
A
 
A
Q
 
Y
K
 
R
L
 
Y
L
 
L
A
 
A
E
 
R
K
 
E
E
 
E
G
 
G
V
 
I
F
 
F
C
 
C
E
|
E
P
 
P
A
 
A
S
 
S
A
 
A
A
 
A
S
 
A
L
 
M
A
 
A
G
 
G
A
 
V
L
 
F
R
 
K
D
 
L
V
 
L
Q
 
R
N
 
E
D
 
G
R
 
R
I
 
L
P
 
E
E
 
P
G
 
E
S
 
S
S
 
T
I
 
V
V
 
V
C
 
L
T
 
T
L
 
L
T
|
T
G
 
G
H
 
H
G
 
G
L
 
L
K
 
K
D
 
D
P
 
P
D
 
A
T
 
T
A
 
A

6cgqB Threonine synthase from bacillus subtilis atcc 6633 with plp and plp- ala (see paper)
55% identity, 92% coverage: 7:354/379 of query aligns to 1:324/345 of 6cgqB

query
sites
6cgqB
Y
 
W
T
 
K
G
 
G
L
 
L
I
 
I
D
 
H
R
 
Q
Y
 
Y
R
 
K
D
 
E
R
 
F
L
 
L
P
 
P
V
 
V
H
 
T
D
 
D
D
 
Q
T
 
T
R
 
P
I
 
A
I
 
L
S
 
T
L
 
L
G
 
H
E
 
E
G
 
G
N
 
N
T
 
T
P
 
P
L
 
L
I
 
I
R
 
H
L
 
L
N
 
P
N
 
K
I
 
L
P
 
S
R
 
E
I
 
Q
V
 
L
G
 
G
R
 
-
E
 
-
V
 
I
D
 
E
I
 
L
Y
 
H
V
 
V
K
 
K
Y
 
T
E
 
E
G
 
G
L
 
V
N
 
N
P
 
P
T
 
T
G
 
G
S
 
S
F
 
F
K
|
K
D
 
D
R
 
R
G
 
G
M
 
M
T
 
V
M
 
M
A
 
A
V
 
V
T
 
A
K
 
K
A
 
A
V
 
K
E
 
E
E
 
E
G
 
G
S
 
N
K
 
D
A
 
T
I
 
I
I
 
M
C
 
C
A
 
A
S
|
S
T
|
T
G
 
G
N
|
N
T
|
T
S
 
S
A
 
A
A
 
A
A
 
A
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
G
 
N
I
 
M
A
 
K
A
 
C
F
 
I
V
 
V
I
 
I
I
 
I
P
 
P
D
 
N
G
 
G
K
 
K
I
 
I
A
 
A
M
 
F
G
 
G
K
 
K
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
M
 
V
M
 
M
H
 
Y
G
 
G
S
 
A
V
 
E
V
 
I
I
 
I
Q
 
A
I
 
I
K
 
D
G
 
G
N
 
N
F
 
F
D
 
D
D
 
D
G
 
A
M
 
L
R
 
K
L
 
I
V
 
V
K
 
R
E
 
S
V
 
I
A
 
C
S
 
E
E
 
K
A
 
S
P
 
P
V
 
I
T
 
A
I
 
L
V
 
V
N
|
N
S
|
S
I
 
V
N
 
N
P
 
P
Y
 
Y
R
|
R
L
 
L
Q
 
E
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
T
 
T
A
 
A
A
 
A
F
 
F
E
 
E
I
 
V
T
 
C
E
 
E
E
 
Q
L
 
L
G
 
G
R
 
E
A
 
A
P
 
P
D
 
D
Y
 
V
H
 
L
C
 
A
L
 
I
P
 
P
V
|
V
G
|
G
N
|
N
A
|
A
G
 
G
N
|
N
I
 
I
T
 
S
A
 
A
H
 
Y
W
 
W
I
 
K
G
 
G
Y
 
F
C
 
K
E
 
E
Y
 
Y
S
 
H
S
 
E
A
 
K
S
 
N
G
 
G
D
 
T
H
 
S
V
 
L
T
 
-
E
 
-
A
 
-
C
 
-
T
 
-
F
 
-
C
 
-
K
 
-
G
 
-
H
 
-
C
 
-
A
 
-
Y
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
-
A
 
-
I
 
-
V
 
-
G
 
-
N
 
-
R
 
-
P
 
P
K
 
K
M
 
M
V
 
R
G
 
G
Y
 
F
Q
x
E
A
 
A
A
 
E
G
 
G
S
|
S
A
 
A
P
 
A
F
 
I
M
 
V
R
 
R
G
 
N
E
 
E
M
 
V
V
 
I
D
 
E
N
 
N
P
 
P
D
 
E
T
 
T
V
 
I
A
 
A
T
 
T
A
|
A
I
|
I
R
 
R
I
 
I
G
 
G
H
 
N
P
 
P
Q
 
A
S
 
S
W
 
W
D
 
D
S
 
K
A
 
A
W
 
V
K
 
K
V
 
A
K
 
A
E
 
E
E
 
E
S
 
S
G
 
N
G
 
G
W
 
K
F
 
I
D
 
D
E
 
E
C
 
V
T
 
T
D
 
D
A
 
D
E
 
E
I
 
I
L
 
L
A
 
H
A
 
A
Q
 
Y
K
 
Q
L
 
L
L
 
I
A
 
A
E
 
R
K
 
E
E
 
E
G
 
G
V
 
V
F
 
F
C
 
A
E
|
E
P
 
P
A
 
G
S
 
S
A
 
C
A
 
A
S
 
S
L
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
V
L
 
L
R
 
K
D
 
Q
V
 
V
Q
 
K
N
 
S
D
 
G
R
 
E
I
 
I
P
 
P
E
 
K
G
 
G
S
 
S
S
 
K
I
 
V
V
 
V
C
 
A
T
 
V
L
 
L
T
|
T
G
 
G
H
 
N
G
 
G
L
 
L
K
 
K
D
 
D
P
 
P
D
 
N
T
 
T
A
 
A
I
 
V

A0R220 Threonine synthase; TS; EC 4.2.3.1 from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
55% identity, 92% coverage: 7:354/379 of query aligns to 12:337/360 of A0R220

query
sites
A0R220
Y
 
W
T
 
P
G
 
G
L
 
L
I
 
I
D
 
E
R
 
A
Y
 
Y
R
 
R
D
 
D
R
 
R
L
 
L
P
 
P
V
 
I
H
 
G
D
 
D
D
 
D
T
 
W
R
 
T
I
 
T
I
 
V
S
 
T
L
 
L
G
 
L
E
 
E
G
 
G
N
 
G
T
 
T
P
 
P
L
 
L
I
 
I
R
 
H
L
 
A
N
 
K
N
 
R
I
 
I
P
 
S
R
 
E
I
 
L
V
 
T
G
 
G
R
 
-
E
 
-
V
 
C
D
 
T
I
 
V
Y
 
H
V
 
L
K
 
K
Y
 
V
E
 
E
G
 
G
L
 
L
N
 
N
P
 
P
T
 
T
G
 
G
S
 
S
F
 
F
K
 
K
D
 
D
R
 
R
G
 
G
M
 
M
T
 
T
M
 
V
A
 
A
V
 
V
T
 
T
K
 
E
A
 
S
V
 
L
E
 
A
E
 
R
G
 
G
S
 
Q
K
 
Q
A
 
A
I
 
V
I
 
L
C
 
C
A
 
A
S
 
S
T
 
T
G
 
G
N
 
N
T
 
T
S
 
S
A
 
A
A
 
S
A
 
A
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
T
A
 
C
F
 
A
V
 
V
I
 
L
I
 
I
P
 
P
D
 
Q
G
 
G
K
 
K
I
 
I
A
 
A
M
 
M
G
 
G
K
 
K
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
M
 
V
M
 
M
H
 
H
G
 
G
S
 
A
V
 
K
V
 
I
I
 
I
Q
 
Q
I
 
V
K
 
D
G
 
G
N
 
N
F
 
F
D
 
D
D
 
D
G
 
C
M
 
L
R
 
E
L
 
L
V
 
A
K
 
R
E
x
K
V
 
L
A
 
T
S
 
A
E
 
D
A
 
F
P
 
P
-
 
T
V
 
I
T
 
A
I
 
L
V
 
V
N
 
N
S
 
S
I
 
V
N
 
N
P
 
P
Y
 
Y
R
 
R
L
 
I
Q
 
E
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
T
 
T
A
 
A
A
 
A
F
 
F
E
 
E
I
 
I
T
 
V
E
 
D
E
 
A
L
 
L
G
 
G
R
 
T
A
 
A
P
 
P
D
 
D
Y
 
V
H
 
H
C
 
A
L
 
L
P
 
P
V
 
V
G
 
G
N
 
N
A
 
A
G
 
G
N
 
N
I
 
I
T
 
T
A
 
A
H
 
Y
W
 
W
I
 
K
G
 
G
Y
 
Y
C
 
S
E
 
E
Y
 
Y
S
 
H
S
 
R
A
 
-
S
 
-
G
 
-
D
 
D
H
 
G
V
 
V
T
 
S
E
 
D
A
 
-
C
 
-
T
 
-
F
 
-
C
 
-
K
 
-
G
 
-
H
 
-
C
 
-
A
 
-
Y
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
-
A
 
-
I
 
-
V
 
-
G
 
-
N
 
R
R
 
L
P
 
P
K
 
R
M
 
M
V
 
L
G
 
G
Y
 
T
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
G
 
G
S
 
A
A
 
A
P
 
P
F
 
L
M
 
V
R
 
T
G
 
G
E
 
A
M
 
P
V
 
V
D
 
K
N
 
D
P
 
P
D
 
E
T
 
T
V
 
I
A
 
A
T
 
T
A
 
A
I
 
I
R
 
R
I
 
I
G
 
G
H
 
S
P
 
P
Q
 
A
S
 
S
W
 
W
D
 
N
S
 
S
A
 
A
W
 
V
K
 
E
V
 
A
K
 
Q
E
 
Q
E
 
Q
S
 
S
G
 
D
G
 
G
W
 
R
F
 
F
D
 
L
E
 
A
C
 
A
T
 
T
D
 
D
A
 
E
E
 
E
I
 
I
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
Y
K
 
H
L
 
L
L
 
V
A
 
A
E
 
R
K
 
T
E
 
E
G
 
G
V
 
V
F
 
F
C
 
V
E
 
E
P
 
P
A
 
A
S
 
S
A
 
A
A
 
A
S
 
S
L
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
L
L
 
L
R
 
K
D
 
S
V
 
V
Q
 
E
N
 
D
D
 
G
R
 
W
I
 
V
P
 
K
E
 
R
G
 
G
S
 
S
S
 
T
I
 
V
V
 
V
C
 
C
T
 
T
L
 
V
T
 
T
G
 
G
H
 
N
G
 
G
L
 
L
K
 
K
D
 
D
P
 
P
D
 
D
T
 
T
A
 
A
I
 
L

P9WG59 Threonine synthase; TS; EC 4.2.3.1 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see 2 papers)
56% identity, 92% coverage: 7:354/379 of query aligns to 12:337/360 of P9WG59

query
sites
P9WG59
Y
 
W
T
 
P
G
 
G
L
 
V
I
 
I
D
 
A
R
 
A
Y
 
Y
R
 
R
D
 
D
R
 
R
L
 
L
P
 
P
V
 
V
H
 
G
D
 
D
D
 
D
T
 
W
R
 
T
I
 
P
I
 
V
S
 
T
L
 
L
G
 
L
E
 
E
G
 
G
N
 
G
T
 
T
P
 
P
L
 
L
I
 
I
R
 
A
L
 
A
N
 
T
N
 
N
I
 
L
P
 
S
R
 
K
I
 
Q
V
 
T
G
 
G
R
 
-
E
 
-
V
 
C
D
 
T
I
 
I
Y
 
H
V
 
L
K
 
K
Y
 
V
E
 
E
G
 
G
L
 
L
N
 
N
P
 
P
T
 
T
G
 
G
S
 
S
F
 
F
K
|
K
D
 
D
R
 
R
G
 
G
M
 
M
T
 
T
M
 
M
A
 
A
V
 
V
T
 
T
K
 
D
A
 
A
V
 
L
E
 
A
E
 
H
G
 
G
S
 
Q
K
 
R
A
 
A
I
 
V
I
 
L
C
 
C
A
 
A
S
 
S
T
 
T
G
 
G
N
|
N
T
 
T
S
 
S
A
 
A
A
 
S
A
 
A
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
T
A
 
C
F
 
A
V
 
V
I
 
L
I
 
I
P
 
P
D
 
Q
G
 
G
K
 
K
I
 
I
A
 
A
M
 
M
G
 
G
K
 
K
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
M
 
V
M
 
M
H
 
H
G
 
G
S
 
A
V
 
K
V
 
I
I
 
I
Q
 
Q
I
 
I
K
 
D
G
 
G
N
 
N
F
 
F
D
 
D
D
 
D
G
 
C
M
 
L
R
 
E
L
 
L
V
 
A
K
 
R
E
x
K
V
 
M
A
 
A
S
 
A
E
 
D
A
 
F
P
 
P
-
 
T
V
 
I
T
 
S
I
 
L
V
 
V
N
 
N
S
 
S
I
 
V
N
 
N
P
 
P
Y
 
V
R
 
R
L
 
I
Q
 
E
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
T
 
T
A
 
A
A
 
A
F
 
F
E
 
E
I
 
I
T
 
V
E
 
D
E
 
V
L
 
L
G
 
G
R
 
T
A
 
A
P
 
P
D
 
D
Y
 
V
H
 
H
C
 
A
L
 
L
P
 
P
V
 
V
G
|
G
N
|
N
A
|
A
G
|
G
N
|
N
I
 
I
T
 
T
A
 
A
H
 
Y
W
 
W
I
 
K
G
 
G
Y
 
Y
C
 
T
E
 
E
Y
 
Y
S
 
H
S
 
Q
A
 
L
S
 
-
G
 
-
D
 
-
H
 
-
V
 
-
T
 
-
E
 
-
A
 
-
C
 
-
T
 
-
F
 
-
C
 
-
K
 
-
G
 
-
H
 
-
C
 
-
A
 
-
Y
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
-
A
 
G
I
 
L
V
 
I
G
 
D
N
 
K
R
 
L
P
 
P
K
 
R
M
 
M
V
 
L
G
 
G
Y
 
T
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
G
 
G
S
 
A
A
 
A
P
 
P
F
 
L
M
 
V
R
 
L
G
 
G
E
 
E
M
 
P
V
 
V
D
 
S
N
 
H
P
 
P
D
 
E
T
 
T
V
 
I
A
 
A
T
 
T
A
 
A
I
 
I
R
 
R
I
 
I
G
 
G
H
 
S
P
 
P
Q
 
A
S
 
S
W
 
W
D
 
T
S
 
S
A
 
A
W
 
V
K
 
E
V
 
A
K
 
Q
E
 
Q
E
 
Q
S
 
S
G
 
K
G
 
G
W
 
R
F
 
F
D
 
L
E
 
A
C
 
A
T
 
S
D
 
D
A
 
E
E
 
E
I
 
I
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
Y
K
 
H
L
 
L
L
 
V
A
 
A
E
 
R
K
 
V
E
 
E
G
 
G
V
 
V
F
 
F
C
 
V
E
 
E
P
 
P
A
 
A
S
 
S
A
 
A
A
 
A
S
 
S
L
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
L
L
 
L
R
 
K
D
 
A
V
 
I
Q
 
D
N
 
D
D
 
G
R
 
W
I
 
V
P
 
A
E
 
R
G
 
G
S
 
S
S
 
T
I
 
V
V
 
V
C
 
C
T
 
T
L
 
V
T
|
T
G
 
G
H
 
N
G
 
G
L
 
L
K
 
K
D
 
D
P
 
P
D
 
D
T
 
T
A
 
A
I
 
L

2d1fA Structure of mycobacterium tuberculosis threonine synthase (see paper)
56% identity, 92% coverage: 7:354/379 of query aligns to 3:328/349 of 2d1fA

query
sites
2d1fA
Y
 
W
T
 
P
G
 
G
L
 
V
I
 
I
D
 
A
R
 
A
Y
 
Y
R
 
R
D
 
D
R
 
R
L
 
L
P
 
P
V
 
V
H
 
G
D
 
D
D
 
D
T
 
W
R
 
T
I
 
P
I
 
V
S
 
T
L
 
L
G
 
L
E
 
E
G
 
G
N
 
G
T
 
T
P
 
P
L
 
L
I
 
I
R
 
A
L
 
A
N
 
T
N
 
N
I
 
L
P
 
S
R
 
K
I
 
Q
V
 
T
G
 
G
R
 
-
E
 
-
V
 
C
D
 
T
I
 
I
Y
 
H
V
 
L
K
 
K
Y
 
V
E
 
E
G
 
G
L
 
L
N
 
N
P
 
P
T
 
T
G
 
G
S
 
S
F
|
F
K
|
K
D
 
D
R
 
R
G
 
G
M
 
M
T
 
T
M
 
M
A
 
A
V
 
V
T
 
T
K
 
D
A
 
A
V
 
L
E
 
A
E
 
H
G
 
G
S
 
Q
K
 
R
A
 
A
I
 
V
I
 
L
C
 
C
A
 
A
S
 
S
T
|
T
G
 
G
N
|
N
T
 
T
S
 
S
A
 
A
A
 
S
A
 
A
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
T
A
 
C
F
 
A
V
 
V
I
 
L
I
 
I
P
 
P
D
 
Q
G
 
G
K
 
K
I
 
I
A
 
A
M
 
M
G
 
G
K
 
K
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
M
 
V
M
 
M
H
 
H
G
 
G
S
 
A
V
 
K
V
 
I
I
 
I
Q
 
Q
I
 
I
K
 
D
G
 
G
N
 
N
F
 
F
D
 
D
D
 
D
G
 
C
M
 
L
R
 
E
L
 
L
V
 
A
K
 
R
E
 
K
V
 
M
A
 
A
S
 
A
E
 
D
A
 
F
P
 
P
-
 
T
V
 
I
T
 
S
I
 
L
V
 
V
N
 
N
S
 
S
I
 
V
N
 
N
P
 
P
Y
 
V
R
 
R
L
 
I
Q
 
E
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
T
 
T
A
 
A
A
 
A
F
 
F
E
 
E
I
 
I
T
 
V
E
 
D
E
 
V
L
 
L
G
 
G
R
 
T
A
 
A
P
 
P
D
 
D
Y
 
V
H
 
H
C
 
A
L
 
L
P
 
P
V
|
V
G
|
G
N
|
N
A
|
A
G
|
G
N
|
N
I
 
I
T
 
T
A
 
A
H
 
Y
W
 
W
I
 
K
G
 
G
Y
 
Y
C
 
T
E
 
E
Y
 
Y
S
 
H
S
 
Q
A
 
L
S
 
-
G
 
-
D
 
-
H
 
-
V
 
-
T
 
-
E
 
-
A
 
-
C
 
-
T
 
-
F
 
-
C
 
-
K
 
-
G
 
-
H
 
-
C
 
-
A
 
-
Y
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
-
A
 
G
I
 
L
V
 
I
G
x
D
N
 
K
R
 
L
P
 
P
K
x
R
M
 
M
V
x
L
G
 
G
Y
 
T
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
G
 
G
S
 
A
A
 
A
P
 
P
F
 
L
M
 
V
R
 
L
G
 
G
E
 
E
M
 
P
V
 
V
D
 
S
N
 
H
P
 
P
D
 
E
T
 
T
V
 
I
A
 
A
T
 
T
A
|
A
I
 
I
R
 
R
I
 
I
G
 
G
H
 
S
P
 
P
Q
 
A
S
 
S
W
 
W
D
 
T
S
 
S
A
 
A
W
 
V
K
 
E
V
 
A
K
 
Q
E
 
Q
E
 
Q
S
 
S
G
 
K
G
 
G
W
 
R
F
 
F
D
 
L
E
 
A
C
 
A
T
 
S
D
 
D
A
 
E
E
 
E
I
 
I
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
Y
K
 
H
L
 
L
L
 
V
A
 
A
E
 
R
K
 
V
E
 
E
G
 
G
V
 
V
F
 
F
C
 
V
E
 
E
P
 
P
A
 
A
S
 
S
A
 
A
A
 
A
S
 
S
L
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
L
L
 
L
R
 
K
D
 
A
V
 
I
Q
 
D
N
 
D
D
 
G
R
 
W
I
 
V
P
 
A
E
 
R
G
 
G
S
 
S
S
 
T
I
 
V
V
 
V
C
 
C
T
 
T
L
 
V
T
|
T
G
 
G
H
 
N
G
 
G
L
 
L
K
 
K
D
 
D
P
 
P
D
 
D
T
 
T
A
 
A
I
 
L

6cgqA Threonine synthase from bacillus subtilis atcc 6633 with plp and plp- ala (see paper)
52% identity, 96% coverage: 9:372/379 of query aligns to 1:338/339 of 6cgqA

query
sites
6cgqA
G
 
G
L
 
L
I
 
I
D
 
H
R
 
Q
Y
 
Y
R
 
K
D
 
E
R
 
F
L
 
L
P
 
P
V
 
V
H
 
T
D
 
D
D
 
Q
T
 
T
R
 
P
I
 
A
I
 
L
S
 
T
L
 
L
G
 
H
E
 
E
G
 
G
N
 
N
T
 
T
P
 
P
L
 
L
I
 
I
R
 
H
L
 
L
N
 
P
N
 
K
I
 
L
P
 
S
R
 
E
I
 
Q
V
 
L
G
 
G
R
 
-
E
 
-
V
 
I
D
 
E
I
 
L
Y
 
H
V
 
V
K
 
K
Y
 
T
E
 
E
G
 
G
L
 
V
N
 
N
P
 
P
T
 
T
G
 
G
S
 
S
F
|
F
K
|
K
D
 
D
R
 
R
G
 
G
M
 
M
T
 
V
M
 
M
A
 
A
V
 
V
T
 
A
K
 
K
A
 
A
V
 
K
E
 
E
E
 
E
G
 
G
S
 
N
K
 
D
A
 
T
I
 
I
I
 
M
C
 
C
A
 
A
S
 
S
T
|
T
G
 
G
N
|
N
T
 
T
S
 
S
A
 
A
A
 
A
A
 
A
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
G
 
N
I
 
M
A
 
K
A
 
C
F
 
I
V
 
V
I
 
I
I
 
I
P
 
P
D
 
N
G
 
-
K
 
-
I
 
-
A
 
-
M
 
-
G
 
-
K
 
K
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
M
 
V
M
 
M
H
 
Y
G
 
G
S
 
A
V
 
E
V
 
I
I
 
I
Q
 
A
I
 
I
K
 
D
G
 
G
N
 
N
F
 
F
D
 
D
D
 
D
G
 
A
M
 
L
R
 
K
L
 
I
V
 
V
K
 
R
E
 
S
V
 
I
A
 
C
S
 
E
E
 
K
A
 
S
P
 
P
V
 
I
T
 
A
I
 
L
V
 
V
N
 
N
S
 
S
I
 
V
N
 
N
P
 
P
Y
 
Y
R
 
R
L
 
L
Q
 
E
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
T
 
T
A
 
A
A
 
A
F
 
F
E
 
E
I
 
V
T
 
C
E
 
E
E
 
Q
L
 
L
G
 
G
R
 
E
A
 
A
P
 
P
D
 
D
Y
 
V
H
 
L
C
 
A
L
 
I
P
 
P
V
|
V
G
|
G
N
|
N
A
|
A
G
|
G
N
|
N
I
 
I
T
 
S
A
 
A
H
 
Y
W
 
W
I
 
K
G
 
G
Y
 
F
C
 
K
E
 
E
Y
 
Y
S
 
H
S
 
E
A
 
K
S
 
N
G
 
G
D
 
T
H
 
S
V
 
L
T
 
-
E
 
-
A
 
-
C
 
-
T
 
-
F
 
-
C
 
-
K
 
-
G
 
-
H
 
-
C
 
-
A
 
-
Y
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
-
A
 
-
I
 
-
V
 
-
G
 
-
N
 
-
R
 
-
P
 
P
K
 
K
M
 
M
V
 
R
G
 
G
Y
 
F
Q
x
E
A
 
A
A
 
E
G
 
G
S
|
S
A
 
A
P
 
A
F
 
I
M
 
V
R
 
R
G
 
N
E
 
E
M
 
V
V
 
I
D
 
E
N
 
N
P
 
P
D
 
E
T
 
T
V
 
I
A
 
A
T
 
T
A
|
A
I
 
I
R
 
R
I
 
I
G
 
G
H
 
N
P
 
P
Q
 
A
S
 
S
W
 
W
D
 
D
S
 
K
A
 
A
W
 
V
K
 
K
V
 
A
K
 
A
E
 
E
E
 
E
S
 
S
G
 
N
G
 
G
W
 
K
F
 
I
D
 
D
E
 
E
C
 
V
T
 
T
D
 
D
A
 
D
E
 
E
I
 
I
L
 
L
A
 
H
A
 
A
Q
 
Y
K
 
Q
L
 
L
L
 
I
A
 
A
E
 
R
K
 
E
E
 
E
G
 
G
V
 
V
F
 
F
C
 
A
E
|
E
P
 
P
A
 
G
S
 
S
A
 
C
A
 
A
S
 
S
L
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
V
L
 
L
R
 
K
D
 
Q
V
 
V
Q
 
K
N
 
S
D
 
G
R
 
E
I
 
I
P
 
P
E
 
K
G
 
G
S
 
S
S
 
K
I
 
V
V
 
V
C
 
A
T
 
V
L
 
L
T
|
T
G
|
G
H
 
N
G
 
G
L
 
L
K
 
K
D
 
D
P
 
P
D
 
N
T
 
T
A
 
A
I
 
V
A
 
D
Q
 
I
S
 
S
-
 
E
T
 
I
R
 
K
P
 
P
L
 
V
-
 
T
-
 
L
-
 
P
I
 
T
N
 
N
V
 
E
E
 
D
A
 
S
T
 
I
L
 
L
D
 
E
Q
 
Y
V
 
V
K
 
K

2c2bA Crystallographic structure of arabidopsis thaliana threonine synthase complexed with pyridoxal phosphate and s-adenosylmethionine (see paper)
33% identity, 92% coverage: 8:354/379 of query aligns to 70:408/444 of 2c2bA

query
sites
2c2bA
T
 
S
G
 
G
L
 
V
I
 
W
D
 
S
R
 
K
Y
 
K
R
 
E
D
 
W
R
 
V
L
 
L
P
 
P
V
 
E
H
 
I
D
 
D
D
 
D
T
 
D
R
 
D
I
 
I
I
 
V
S
|
S
L
 
A
G
x
F
E
 
E
G
 
G
N
 
N
T
 
S
P
x
N
L
|
L
I
 
F
R
x
W
L
 
A
N
 
E
N
 
R
I
 
F
P
 
G
R
 
K
I
 
Q
V
 
F
G
 
L
R
 
G
E
 
M
V
 
N
D
 
D
I
 
L
Y
x
W
V
 
V
K
 
K
Y
 
H
E
 
C
G
 
G
L
 
I
N
 
S
P
 
H
T
 
T
G
 
G
S
 
S
F
|
F
K
|
K
D
 
D
R
 
L
G
 
G
M
 
M
T
 
T
M
 
V
A
 
L
V
 
V
T
 
S
K
 
Q
A
 
V
-
 
N
-
 
R
V
 
L
E
 
R
E
 
K
G
 
M
S
 
K
K
 
R
A
 
P
I
 
V
I
 
V
-
 
G
-
 
V
-
 
G
C
 
C
A
 
A
S
 
S
T
 
T
G
 
G
N
x
D
T
 
T
S
 
S
A
 
A
A
 
A
A
 
L
A
 
S
A
 
A
Y
 
Y
A
 
C
A
 
A
R
 
S
A
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
P
A
 
S
F
 
I
V
 
V
I
 
F
I
 
L
P
 
P
D
 
A
G
 
N
K
 
K
I
 
I
A
 
S
M
 
M
G
 
A
K
 
Q
L
 
L
A
 
V
Q
 
Q
A
 
P
M
 
I
M
 
A
H
 
N
G
 
G
S
 
A
V
 
F
V
 
V
I
 
L
Q
 
S
I
 
I
K
 
D
G
 
T
N
 
D
F
 
F
D
 
D
D
 
G
G
 
C
M
 
M
R
 
K
L
 
L
V
 
I
K
 
R
E
 
E
V
 
I
A
 
T
S
 
A
E
 
E
A
 
L
P
 
P
V
 
I
T
 
Y
I
 
L
V
 
A
N
 
N
S
 
S
I
 
L
N
 
N
P
 
S
Y
 
L
R
 
R
L
 
L
Q
 
E
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
T
 
T
A
 
A
A
 
A
F
 
I
E
 
E
I
 
I
T
 
L
E
 
Q
E
x
Q
L
x
F
G
 
D
-
 
W
R
 
Q
A
 
V
P
 
P
D
 
D
Y
 
W
H
 
V
C
 
I
L
 
V
P
 
P
V
x
G
G
|
G
N
|
N
A
x
L
G
|
G
N
|
N
I
 
I
T
 
Y
A
 
A
H
 
F
W
 
Y
I
 
K
G
 
G
Y
 
F
C
 
-
E
 
-
Y
 
-
S
 
-
S
 
-
A
 
-
S
 
-
G
 
-
D
 
-
H
 
-
V
 
-
T
 
-
E
 
-
A
 
-
C
 
-
T
 
-
F
 
-
C
 
-
K
 
-
G
 
K
H
 
M
C
 
C
A
 
Q
Y
 
E
A
 
L
G
 
G
G
 
-
A
 
-
I
 
L
V
 
V
G
 
D
N
 
R
R
 
I
P
 
P
K
 
R
M
 
M
V
 
V
G
 
C
Y
 
A
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
G
 
N
S
 
A
A
 
N
P
 
P
-
 
L
-
 
Y
-
 
L
-
 
H
F
 
Y
M
 
K
R
 
S
G
 
G
E
 
W
M
 
K
V
 
D
D
 
F
N
 
K
P
 
P
-
 
M
-
 
T
-
 
A
-
 
S
D
 
T
T
 
T
V
 
F
A
 
A
T
 
S
A
|
A
I
 
I
R
 
Q
I
 
I
G
 
G
H
 
D
P
 
P
Q
 
V
S
 
S
W
 
I
D
 
D
S
 
R
A
 
A
W
 
V
K
 
Y
V
 
A
K
 
L
E
 
K
E
 
K
S
 
C
G
 
N
G
 
G
W
 
I
F
 
V
D
 
E
E
 
E
C
 
A
T
 
T
D
 
E
A
 
E
E
 
E
I
 
L
L
 
M
A
 
D
A
 
A
Q
 
M
K
 
A
L
 
-
L
 
Q
A
 
A
E
 
D
K
 
S
E
 
T
G
 
G
V
 
M
F
 
F
C
 
I
E
 
C
P
 
P
A
x
H
S
 
T
A
 
G
A
 
V
S
 
A
L
 
L
A
 
T
G
 
A
A
 
L
L
 
F
R
 
K
D
 
L
V
 
R
Q
 
N
N
 
Q
D
 
G
R
 
V
I
 
I
P
 
A
E
 
P
G
 
T
S
 
D
S
 
R
I
 
T
V
 
V
C
 
V
T
 
V
L
 
S
T
|
T
G
 
A
H
 
H
G
 
G
L
 
L
K
 
K
D
 
F
P
 
T
D
 
Q
T
 
S
A
 
K
I
 
I

Sites not aligning to the query:

Q9S7B5 Threonine synthase 1, chloroplastic; Protein METHIONINE OVER-ACCUMULATOR 2; EC 4.2.3.1 from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (see 2 papers)
34% identity, 87% coverage: 18:348/379 of query aligns to 155:477/526 of Q9S7B5

query
sites
Q9S7B5
L
 
L
P
 
P
V
 
E
H
 
I
D
 
D
D
 
D
T
 
D
R
 
D
I
 
I
I
 
V
S
 
S
L
 
A
G
 
F
E
 
E
G
 
G
N
 
N
T
 
S
P
x
N
L
|
L
I
 
F
R
 
W
L
 
A
N
 
E
N
 
R
I
 
F
P
 
G
R
x
K
I
 
Q
V
 
F
G
 
L
R
 
G
E
 
M
V
x
N
D
 
D
I
 
L
Y
 
W
V
 
V
K
 
K
Y
 
H
E
 
C
G
 
G
L
 
I
N
 
S
P
 
H
T
 
T
G
 
G
S
 
S
F
 
F
K
 
K
D
 
D
R
x
L
G
 
G
M
 
M
T
 
T
M
 
V
A
 
L
V
 
V
T
 
S
K
 
Q
A
 
V
-
 
N
-
 
R
V
 
L
E
 
R
E
 
K
G
 
M
S
 
K
K
 
R
A
 
P
I
 
V
I
 
V
-
 
G
-
 
V
-
 
G
C
 
C
A
 
A
S
 
S
T
 
T
G
 
G
N
 
D
T
 
T
S
 
S
A
 
A
A
 
A
A
 
L
A
 
S
A
 
A
Y
 
Y
A
 
C
A
 
A
R
 
S
A
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
P
A
 
S
F
 
I
V
 
V
I
 
F
I
 
L
P
 
P
D
 
A
G
 
N
K
 
K
I
 
I
A
 
S
M
 
M
G
 
A
K
 
Q
L
 
L
A
 
V
Q
 
Q
A
 
P
M
 
I
M
 
A
H
 
N
G
 
G
S
 
A
V
 
F
V
 
V
I
 
L
Q
 
S
I
 
I
K
 
D
G
 
T
N
 
D
F
 
F
D
 
D
D
 
G
G
 
C
M
 
M
R
 
K
L
 
L
V
 
I
K
 
R
E
 
E
V
 
I
A
 
T
S
 
A
E
 
E
A
 
L
P
 
P
V
 
I
T
 
Y
I
 
L
V
 
A
N
 
N
S
 
S
I
 
L
N
 
N
P
 
S
Y
 
L
R
 
R
L
 
L
Q
 
E
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
T
 
T
A
 
A
A
 
A
F
 
I
E
 
E
I
 
I
T
 
L
E
 
Q
E
 
Q
L
 
F
G
 
D
-
 
W
R
 
Q
A
 
V
P
 
P
D
 
D
Y
 
W
H
 
V
C
 
I
L
 
V
P
 
P
V
 
G
G
 
G
N
 
N
A
 
L
G
 
G
N
 
N
I
 
I
T
 
Y
A
 
A
H
 
F
W
 
Y
I
 
K
G
 
G
Y
 
F
C
 
-
E
 
-
Y
 
-
S
 
-
S
 
-
A
 
-
S
 
-
G
 
-
D
 
-
H
 
-
V
 
-
T
 
-
E
 
-
A
 
-
C
 
-
T
 
-
F
 
-
C
 
-
K
 
-
G
 
K
H
 
M
C
 
C
A
 
Q
Y
 
E
A
 
L
G
 
G
G
 
-
A
 
-
I
 
L
V
 
V
G
 
D
N
 
R
R
 
I
P
 
P
K
 
R
M
 
M
V
 
V
G
 
C
Y
 
A
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
G
 
N
S
 
A
A
 
N
P
 
P
-
 
L
-
 
Y
-
 
L
-
 
H
F
 
Y
M
 
K
R
 
S
G
 
G
E
 
W
M
 
K
V
 
D
D
 
F
N
 
K
P
 
P
-
 
M
-
 
T
-
 
A
-
 
S
D
 
T
T
 
T
V
 
F
A
 
A
T
 
S
A
 
A
I
 
I
R
 
Q
I
 
I
G
 
G
H
 
D
P
 
P
Q
 
V
S
 
S
W
 
I
D
 
D
S
 
R
A
 
A
W
 
V
K
 
Y
V
 
A
K
 
L
E
 
K
E
 
K
S
 
C
G
 
N
G
 
G
W
 
I
F
 
V
D
 
E
E
 
E
C
 
A
T
 
T
D
 
E
A
 
E
E
 
E
I
 
L
L
 
M
A
 
D
A
 
A
Q
 
M
K
 
A
L
 
-
L
 
Q
A
 
A
E
 
D
K
 
S
E
 
T
G
 
G
V
 
M
F
 
F
C
 
I
E
 
C
P
 
P
A
 
H
S
 
T
A
 
G
A
 
V
S
 
A
L
 
L
A
 
T
G
 
A
A
 
L
L
 
F
R
 
K
D
 
L
V
 
R
Q
 
N
N
 
Q
D
 
G
R
 
V
I
 
I
P
 
A
E
 
P
G
 
T
S
 
D
S
 
R
I
 
T
V
 
V
C
 
V
T
 
V
L
 
S
T
 
T
G
 
A
H
 
H
G
 
G
L
 
L
K
 
K

2c2gA Crystal structure of threonine synthase from arabidopsis thaliana in complex with its cofactor pyridoxal phosphate (see paper)
32% identity, 89% coverage: 18:354/379 of query aligns to 98:410/448 of 2c2gA

query
sites
2c2gA
L
 
L
P
 
P
V
 
E
H
 
I
D
 
D
D
 
D
T
 
D
R
 
D
I
 
I
I
 
V
S
 
S
L
 
A
G
 
F
E
 
E
G
 
G
N
 
N
T
 
S
P
 
N
L
 
L
I
 
F
R
 
W
L
 
A
N
 
E
N
 
R
I
 
F
P
 
G
R
 
K
I
 
Q
V
 
F
G
 
L
R
 
G
E
 
M
V
 
N
D
 
D
I
 
L
Y
 
W
V
 
V
K
 
K
Y
 
H
E
 
C
G
 
G
L
 
I
N
 
S
P
 
H
T
 
T
G
 
G
S
 
S
F
 
F
K
|
K
D
 
D
R
 
L
G
 
G
M
 
M
T
 
T
M
 
V
A
 
L
V
 
V
T
 
S
K
 
Q
A
 
V
-
 
N
-
 
R
V
 
L
E
 
R
E
 
K
G
 
M
S
 
K
K
 
R
A
 
P
I
 
V
I
 
V
-
 
G
-
 
V
-
 
G
C
 
C
A
 
A
S
|
S
T
 
T
G
 
G
N
 
D
T
|
T
S
 
S
A
 
A
A
 
A
A
 
L
A
 
S
A
 
A
Y
 
Y
A
 
C
A
 
A
R
 
S
A
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
P
A
 
S
F
 
I
V
 
V
I
 
F
I
 
L
P
 
P
D
 
A
G
 
N
K
 
K
I
 
I
A
 
S
M
 
M
G
 
A
K
 
Q
L
 
L
A
 
V
Q
 
Q
A
 
P
M
 
I
M
 
A
H
 
N
G
 
G
S
 
A
V
 
F
V
 
V
I
 
L
Q
 
S
I
 
I
K
 
D
G
 
T
N
 
D
F
 
F
D
 
D
D
 
G
G
 
C
M
 
M
R
 
K
L
 
L
V
 
I
K
 
R
E
 
E
V
 
I
A
 
T
S
 
A
E
 
E
A
 
L
P
 
P
V
 
I
T
 
Y
I
 
L
V
 
A
N
 
N
S
|
S
I
 
L
N
 
N
P
 
S
Y
 
L
R
|
R
L
 
L
Q
 
E
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
T
 
T
A
 
A
A
 
A
F
 
I
E
 
E
I
 
I
T
 
L
E
 
Q
E
 
Q
L
 
F
G
 
D
-
 
W
R
 
Q
A
 
V
P
 
P
D
 
D
Y
 
W
H
 
V
C
 
I
L
 
V
P
 
P
V
 
G
G
 
G
N
|
N
A
 
L
G
 
G
N
 
N
I
 
I
T
 
Y
A
 
A
H
 
F
W
 
Y
I
 
K
G
 
G
Y
 
F
C
 
-
E
 
-
Y
 
-
S
 
-
S
 
-
A
 
-
S
 
-
G
 
-
D
 
-
H
 
-
V
 
-
T
 
-
E
 
-
A
 
-
C
 
-
T
 
-
F
 
-
C
 
-
K
 
-
G
 
K
H
 
M
C
 
C
A
 
Q
Y
 
E
A
 
L
G
 
G
G
 
-
A
 
-
I
 
L
V
 
V
G
 
D
N
 
R
R
 
I
P
 
P
K
 
R
M
 
M
V
 
V
G
 
C
Y
 
A
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
G
 
N
S
 
A
A
 
N
P
 
P
F
 
L
M
 
Y
R
 
L
G
 
-
E
 
-
M
 
-
V
 
-
D
 
-
N
 
-
P
 
-
D
 
-
T
 
H
V
 
Y
A
 
K
T
 
S
A
 
G
I
 
W
R
 
K
I
 
D
G
 
F
H
 
K
P
 
P
Q
 
V
S
 
S
W
 
I
D
 
D
S
 
R
A
 
A
W
 
V
K
 
Y
V
 
A
K
 
L
E
 
K
E
 
K
S
 
C
G
 
N
G
 
G
W
 
I
F
 
V
D
 
E
E
 
E
C
 
A
T
 
T
D
 
E
A
 
E
E
 
E
I
 
L
L
 
M
A
 
D
A
 
A
Q
 
M
K
 
A
L
 
-
L
 
Q
A
 
A
E
 
D
K
 
S
E
 
T
G
 
G
V
 
M
F
 
F
C
 
I
E
 
C
P
 
P
A
 
H
S
 
T
A
 
G
A
 
V
S
 
A
L
 
L
A
 
T
G
 
A
A
 
L
L
 
F
R
 
K
D
 
L
V
 
R
Q
 
N
N
 
Q
D
 
G
R
 
V
I
 
I
P
 
A
E
 
P
G
 
T
S
 
D
S
 
R
I
 
T
V
 
V
C
 
V
T
 
V
L
 
S
T
 
T
G
 
A
H
 
H
G
 
G
L
 
L
K
 
K
D
 
F
P
 
T
D
 
Q
T
 
S
A
 
K
I
 
I

3pc4A Full length structure of cystathionine beta-synthase from drosophila in complex with serine (see paper)
31% identity, 44% coverage: 32:198/379 of query aligns to 48:225/504 of 3pc4A

query
sites
3pc4A
G
 
G
N
 
C
T
 
T
P
 
P
L
 
L
I
 
V
R
 
K
L
 
L
N
 
N
N
 
N
I
 
I
P
 
P
R
 
A
I
 
S
V
 
D
G
 
G
R
 
I
E
 
E
V
 
C
D
 
E
I
 
M
Y
 
Y
V
 
A
K
 
K
Y
 
C
E
 
E
G
 
F
L
 
L
N
 
N
P
 
P
T
 
G
G
 
G
S
 
S
F
 
V
K
|
K
D
 
D
R
 
R
G
 
I
M
 
G
T
 
Y
M
 
R
A
 
M
V
 
V
T
 
Q
K
 
D
A
 
A
V
 
E
E
 
E
E
 
Q
G
 
G
-
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
P
S
 
G
K
 
Y
A
 
T
I
 
I
I
 
I
C
 
E
A
 
P
S
x
T
T
x
S
G
 
G
N
|
N
T
|
T
S
 
G
A
 
I
A
 
G
A
 
L
A
 
A
A
 
M
Y
 
A
A
 
C
A
 
A
R
 
V
A
 
K
G
 
G
I
 
Y
A
 
K
A
 
C
F
 
I
V
 
I
I
 
V
I
 
M
P
 
P
D
 
E
G
 
-
K
 
K
I
 
M
A
 
S
M
 
N
G
 
E
K
 
K
L
 
V
A
 
S
Q
 
A
A
 
L
M
 
R
M
 
T
H
 
L
G
 
G
S
 
A
V
 
K
V
 
I
I
 
I
Q
 
R
-
 
T
-
 
P
I
 
T
K
 
E
G
 
A
N
 
A
F
 
Y
D
 
D
D
 
S
G
 
P
M
 
E
R
 
G
L
 
L
V
 
I
-
 
Y
-
 
V
-
 
A
K
 
Q
E
 
Q
V
 
L
A
 
Q
S
 
R
E
 
E
A
 
T
P
 
P
V
 
N
T
 
S
I
 
I
V
 
V
N
 
-
S
 
-
I
 
L
N
 
D
P
x
Q
Y
 
Y
R
 
R
L
 
N
Q
x
A
G
 
G
Q
 
N
K
x
P
T
x
L
A
 
A
A
 
H
F
x
Y
-
 
D
-
 
G
-
 
T
-
 
A
-
 
A
E
 
E
I
 
I
T
 
L
E
 
W
E
 
Q
L
 
L
G
 
D
R
 
N
A
 
K
P
 
V
D
 
D
Y
 
M
H
 
I
C
 
V
L
 
V
P
 
S
V
x
A
G
|
G
N
x
T
A
|
A
G
 
G
N
x
T
I
 
I
T
 
S

Sites not aligning to the query:

3pc3A Full length structure of cystathionine beta-synthase from drosophila in complex with aminoacrylate (see paper)
31% identity, 44% coverage: 32:198/379 of query aligns to 48:225/504 of 3pc3A

query
sites
3pc3A
G
 
G
N
 
C
T
 
T
P
 
P
L
 
L
I
 
V
R
 
K
L
 
L
N
 
N
N
 
N
I
 
I
P
 
P
R
 
A
I
 
S
V
 
D
G
 
G
R
 
I
E
 
E
V
 
C
D
 
E
I
 
M
Y
 
Y
V
 
A
K
 
K
Y
 
C
E
 
E
G
 
F
L
 
L
N
 
N
P
 
P
T
 
G
G
 
G
S
 
S
F
 
V
K
|
K
D
 
D
R
 
R
G
 
I
M
 
G
T
 
Y
M
 
R
A
 
M
V
 
V
T
 
Q
K
 
D
A
 
A
V
 
E
E
 
E
E
 
Q
G
 
G
-
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
P
S
 
G
K
 
Y
A
 
T
I
 
I
I
 
I
C
 
E
A
 
P
S
x
T
T
x
S
G
 
G
N
|
N
T
|
T
S
 
G
A
 
I
A
 
G
A
 
L
A
 
A
A
 
M
Y
 
A
A
 
C
A
 
A
R
 
V
A
 
K
G
 
G
I
 
Y
A
 
K
A
 
C
F
 
I
V
 
I
I
 
V
I
 
M
P
 
P
D
 
E
G
 
-
K
 
K
I
 
M
A
 
S
M
 
N
G
 
E
K
 
K
L
 
V
A
 
S
Q
 
A
A
 
L
M
 
R
M
 
T
H
 
L
G
 
G
S
 
A
V
 
K
V
 
I
I
 
I
Q
 
R
-
 
T
-
 
P
I
 
T
K
 
E
G
 
A
N
 
A
F
 
Y
D
 
D
D
 
S
G
 
P
M
 
E
R
 
G
L
 
L
V
 
I
-
 
Y
-
 
V
-
 
A
K
 
Q
E
 
Q
V
 
L
A
 
Q
S
 
R
E
 
E
A
 
T
P
 
P
V
 
N
T
 
S
I
 
I
V
 
V
N
 
-
S
 
-
I
 
L
N
 
D
P
x
Q
Y
 
Y
R
 
R
L
 
N
Q
x
A
G
 
G
Q
 
N
K
x
P
T
x
L
A
 
A
A
 
H
F
x
Y
-
 
D
-
 
G
-
 
T
-
 
A
-
 
A
E
 
E
I
 
I
T
 
L
E
 
W
E
 
Q
L
 
L
G
 
D
R
 
N
A
 
K
P
 
V
D
 
D
Y
 
M
H
 
I
C
 
V
L
 
V
P
 
S
V
x
A
G
|
G
N
x
T
A
|
A
G
 
G
N
x
T
I
 
I
T
 
S

Sites not aligning to the query:

3pc2A Full length structure of cystathionine beta-synthase from drosophila (see paper)
31% identity, 44% coverage: 32:198/379 of query aligns to 46:223/500 of 3pc2A

query
sites
3pc2A
G
 
G
N
 
C
T
 
T
P
 
P
L
 
L
I
 
V
R
 
K
L
 
L
N
 
N
N
 
N
I
 
I
P
 
P
R
 
A
I
 
S
V
 
D
G
 
G
R
 
I
E
 
E
V
 
C
D
 
E
I
 
M
Y
 
Y
V
 
A
K
 
K
Y
 
C
E
 
E
G
 
F
L
 
L
N
 
N
P
 
P
T
 
G
G
 
G
S
 
S
F
 
V
K
|
K
D
 
D
R
 
R
G
 
I
M
 
G
T
 
Y
M
 
R
A
 
M
V
 
V
T
 
Q
K
 
D
A
 
A
V
 
E
E
 
E
E
 
Q
G
 
G
-
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
P
S
 
G
K
 
Y
A
 
T
I
 
I
I
 
I
C
 
E
A
 
P
S
 
T
T
 
S
G
 
G
N
|
N
T
 
T
S
 
G
A
 
I
A
 
G
A
 
L
A
 
A
A
 
M
Y
 
A
A
 
C
A
 
A
R
 
V
A
 
K
G
 
G
I
 
Y
A
 
K
A
 
C
F
 
I
V
 
I
I
 
V
I
 
M
P
 
P
D
 
E
G
 
-
K
 
K
I
 
M
A
 
S
M
 
N
G
 
E
K
 
K
L
 
V
A
 
S
Q
 
A
A
 
L
M
 
R
M
 
T
H
 
L
G
 
G
S
 
A
V
 
K
V
 
I
I
 
I
Q
 
R
-
 
T
-
 
P
I
 
T
K
 
E
G
 
A
N
 
A
F
 
Y
D
 
D
D
 
S
G
 
P
M
 
E
R
 
G
L
 
L
V
 
I
-
 
Y
-
 
V
-
 
A
K
 
Q
E
 
Q
V
 
L
A
 
Q
S
 
R
E
 
E
A
 
T
P
 
P
V
 
N
T
 
S
I
 
I
V
 
V
N
 
-
S
 
-
I
 
L
N
 
D
P
 
Q
Y
 
Y
R
 
R
L
 
N
Q
x
A
G
 
G
Q
 
N
K
x
P
T
x
L
A
 
A
A
 
H
F
x
Y
-
 
D
-
 
G
-
 
T
-
 
A
-
 
A
E
 
E
I
 
I
T
 
L
E
 
W
E
 
Q
L
 
L
G
 
D
R
 
N
A
 
K
P
 
V
D
 
D
Y
 
M
H
 
I
C
 
V
L
 
V
P
 
S
V
x
A
G
|
G
N
x
T
A
|
A
G
 
G
N
x
T
I
 
I
T
 
S

Sites not aligning to the query:

Q9GZT4 Serine racemase; D-serine ammonia-lyase; D-serine dehydratase; L-serine ammonia-lyase; L-serine dehydratase; EC 5.1.1.18; EC 4.3.1.18; EC 4.3.1.17 from Homo sapiens (Human) (see 4 papers)
24% identity, 86% coverage: 34:360/379 of query aligns to 26:332/340 of Q9GZT4

query
sites
Q9GZT4
T
 
T
P
 
P
L
 
V
I
 
L
R
 
T
L
x
S
N
x
S
N
x
I
I
 
L
P
 
N
R
 
Q
I
 
L
V
 
T
G
 
G
R
 
R
E
 
-
V
 
-
D
 
N
I
 
L
Y
 
F
V
 
F
K
 
K
Y
 
C
E
 
E
G
 
L
L
 
F
N
 
Q
P
x
K
T
|
T
G
 
G
S
 
S
F
 
F
K
|
K
D
 
I
R
 
R
G
 
G
M
 
A
T
 
L
M
 
N
A
 
A
V
 
V
T
 
R
K
 
S
-
 
L
-
 
V
-
x
P
-
 
D
A
 
A
V
 
L
E
 
E
E
 
R
G
 
K
S
 
P
K
 
K
A
 
A
I
 
V
I
 
V
C
x
T
A
 
H
S
 
S
T
 
S
G
 
G
N
|
N
T
 
H
S
 
G
A
x
Q
A
 
A
A
 
L
A
 
T
A
 
Y
Y
 
A
A
 
A
A
 
K
R
 
L
A
 
E
G
 
G
I
 
I
A
 
P
A
 
A
F
 
Y
V
 
I
I
 
V
I
 
V
P
 
P
D
 
Q
G
 
T
K
 
A
I
 
P
A
 
D
M
 
C
G
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
A
Q
 
-
A
 
I
M
 
Q
M
 
A
H
x
Y
G
 
G
S
 
A
V
 
S
V
 
I
I
 
V
Q
 
Y
I
 
C
K
 
E
G
 
P
N
 
S
F
 
D
D
 
E
D
 
S
G
 
R
M
 
E
R
 
N
L
 
V
V
 
A
K
 
K
E
 
R
V
 
V
A
 
T
S
 
E
E
 
E
A
 
T
P
 
E
V
 
G
T
 
I
I
 
M
V
 
V
N
 
H
-
 
P
S
 
N
I
 
Q
N
 
E
P
 
P
Y
 
A
R
 
V
L
 
I
Q
 
A
G
 
G
Q
 
Q
K
 
G
T
 
T
A
 
I
A
 
A
F
 
L
E
 
E
I
 
V
T
 
L
E
 
N
E
 
Q
L
 
V
G
 
P
R
 
L
A
 
V
P
 
-
D
|
D
Y
 
A
H
 
L
C
 
V
L
 
V
P
 
P
V
 
V
G
|
G
N
x
G
A
x
G
G
|
G
N
x
M
I
 
L
T
 
A
A
 
G
H
 
I
W
 
A
I
 
I
G
 
T
Y
 
V
C
 
K
E
 
A
Y
 
L
S
 
K
S
 
P
A
 
S
S
 
V
G
 
K
D
 
V
H
 
Y
V
 
A
T
 
A
E
|
E
A
 
P
C
 
S
T
 
N
F
 
-
C
 
-
K
x
A
G
 
D
H
x
D
C
 
C
A
 
-
Y
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
-
A
 
-
I
 
-
V
 
-
G
 
-
N
 
-
R
 
-
P
 
-
K
 
-
M
 
-
V
 
-
G
 
-
Y
 
Y
Q
 
Q
A
 
S
A
 
K
G
 
-
S
 
-
A
 
-
P
 
-
F
 
-
M
 
L
R
 
K
G
 
G
E
 
K
M
 
L
V
 
M
D
 
P
N
 
N
-
 
L
-
 
Y
-
 
P
P
 
P
D
 
E
T
 
T
V
 
I
A
 
A
T
 
D
A
 
G
I
 
V
R
 
K
-
 
S
-
 
S
I
 
I
G
 
G
H
 
L
P
 
-
Q
 
-
S
 
-
W
 
-
D
 
-
S
x
N
A
 
T
W
 
W
K
 
P
V
 
I
K
 
I
E
 
R
E
 
D
S
 
L
G
 
V
G
 
D
W
 
D
F
 
I
D
 
F
E
 
T
C
 
V
T
 
T
D
 
E
A
 
D
E
 
E
I
 
I
L
 
K
A
 
C
A
 
A
Q
 
T
K
 
Q
L
 
L
L
 
V
A
 
W
E
 
E
K
 
R
E
 
M
G
x
K
V
 
L
F
 
L
C
 
I
E
 
E
P
 
P
A
 
T
S
 
A
A
 
G
A
 
V
S
 
G
L
 
V
A
 
A
G
 
A
A
 
V
L
 
L
R
 
S
D
 
Q
V
 
H
Q
 
F
N
 
Q
D
 
T
R
 
V
I
 
S
P
 
P
E
 
E
G
 
V
S
 
K
S
 
N
I
 
I
V
 
C
C
 
I
T
 
V
L
 
L
T
x
S
G
 
G
H
 
G
G
x
N
-
 
V
-
 
D
L
 
L
K
 
T
D
 
S
P
 
S
D
 
I
T
 
T
A
 
W
I
 
V
A
 
K
Q
 
Q
S
 
A
T
 
E
R
 
R
P
 
P

Sites not aligning to the query:

Q2V0C9 Cystathionine beta-synthase; EC 4.2.1.22 from Apis mellifera (Honeybee) (see paper)
36% identity, 27% coverage: 32:134/379 of query aligns to 44:149/504 of Q2V0C9

query
sites
Q2V0C9
G
 
G
N
 
Q
T
 
T
P
 
P
L
 
L
I
 
I
R
 
K
L
 
L
N
 
N
N
 
N
I
 
I
P
 
P
R
 
K
I
 
S
V
 
Y
G
 
G
R
 
I
E
 
K
V
 
C
D
 
E
I
 
I
Y
 
Y
V
 
A
K
 
K
Y
 
C
E
 
E
G
 
F
L
 
L
N
 
N
P
 
P
T
 
G
G
 
G
S
 
S
F
 
V
K
|
K
D
 
D
R
 
R
G
 
I
M
 
A
T
 
Y
M
 
R
A
 
M
V
 
I
T
 
Q
K
 
D
A
 
A
V
 
E
E
 
D
E
 
K
G
 
G
S
 
L
K
 
L
-
 
K
-
 
P
-
 
G
-
 
C
A
 
T
I
 
I
I
 
I
C
 
E
A
 
P
S
 
T
T
 
S
G
 
G
N
|
N
T
 
T
S
 
G
A
 
I
A
 
G
A
 
L
A
 
A
A
 
M
Y
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
V
A
 
R
G
 
G
I
 
Y
A
 
K
A
 
C
F
 
I
V
 
I
I
 
V
I
 
M
P
 
P
D
 
E
G
 
-
K
 
K
I
 
M
A
 
S
M
 
D
G
 
E
K
 
K
L
 
I
A
 
S
Q
 
T
A
 
L
M
 
Y
M
 
A
H
 
L
G
 
G
S
 
A
V
 
K
V
 
I
I
 
I
Q
 
R

Sites not aligning to the query:

5ohxA Structure of active cystathionine b-synthase from apis mellifera (see paper)
36% identity, 27% coverage: 32:134/379 of query aligns to 40:145/488 of 5ohxA

query
sites
5ohxA
G
 
G
N
 
Q
T
 
T
P
 
P
L
 
L
I
 
I
R
 
K
L
 
L
N
 
N
N
 
N
I
 
I
P
 
P
R
 
K
I
 
S
V
 
Y
G
 
G
R
 
I
E
 
K
V
 
C
D
 
E
I
 
I
Y
 
Y
V
 
A
K
 
K
Y
 
C
E
 
E
G
 
F
L
 
L
N
 
N
P
 
P
T
 
G
G
 
G
S
 
S
F
 
V
K
|
K
D
 
D
R
 
R
G
 
I
M
 
A
T
 
Y
M
 
R
A
 
M
V
 
I
T
 
Q
K
 
D
A
 
A
V
 
E
E
 
D
E
 
K
G
 
G
S
 
L
K
 
L
-
 
K
-
 
P
-
 
G
-
 
C
A
 
T
I
 
I
I
 
I
C
 
E
A
 
P
S
 
T
T
 
S
G
 
G
N
|
N
T
 
T
S
 
G
A
 
I
A
 
G
A
 
L
A
 
A
A
 
M
Y
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
V
A
 
R
G
 
G
I
 
Y
A
 
K
A
 
C
F
 
I
V
 
I
I
 
V
I
 
M
P
 
P
D
 
E
G
 
-
K
 
K
I
 
M
A
 
S
M
 
D
G
 
E
K
 
K
L
 
I
A
 
S
Q
 
T
A
 
L
M
 
Y
M
 
A
H
 
L
G
 
G
S
 
A
V
 
K
V
 
I
I
 
I
Q
 
R

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_018231340.1 NCBI__GCF_000378965.1:WP_018231340.1
MPFRTRYTGLIDRYRDRLPVHDDTRIISLGEGNTPLIRLNNIPRIVGREVDIYVKYEGLN
PTGSFKDRGMTMAVTKAVEEGSKAIICASTGNTSAAAAAYAARAGIAAFVIIPDGKIAMG
KLAQAMMHGSVVIQIKGNFDDGMRLVKEVASEAPVTIVNSINPYRLQGQKTAAFEITEEL
GRAPDYHCLPVGNAGNITAHWIGYCEYSSASGDHVTEACTFCKGHCAYAGGAIVGNRPKM
VGYQAAGSAPFMRGEMVDNPDTVATAIRIGHPQSWDSAWKVKEESGGWFDECTDAEILAA
QKLLAEKEGVFCEPASAASLAGALRDVQNDRIPEGSSIVCTLTGHGLKDPDTAIAQSTRP
LINVEATLDQVKRAILDNM

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory