SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_018436371.1 NCBI__GCF_000092885.1:WP_018436371.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2h3hA Crystal structure of the liganded form of thermotoga maritima glucose binding protein (see paper)
31% identity, 89% coverage: 37:329/330 of query aligns to 12:294/313 of 2h3hA

query
sites
2h3hA
N
 
H
P
 
P
Y
 
Y
F
 
W
D
 
S
L
 
Q
M
 
V
H
 
E
Q
 
Q
G
 
G
C
 
V
E
 
K
R
 
A
A
 
A
N
 
G
K
 
K
E
 
A
L
 
L
N
 
-
K
 
-
Q
 
-
G
 
G
Y
 
V
N
 
D
C
 
T
Y
 
K
Y
 
F
T
 
F
G
 
V
P
 
P
A
 
-
T
 
Q
A
 
K
A
 
E
D
 
D
E
 
I
S
 
N
A
 
A
Q
 
Q
V
 
L
Q
 
Q
I
 
M
I
 
L
D
 
E
D
 
S
L
 
F
L
 
I
T
 
A
K
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
N
S
 
G
M
 
I
A
 
A
I
 
I
S
 
A
P
 
P
A
 
S
N
 
D
A
 
P
P
 
T
A
 
A
V
 
V
A
 
I
E
 
P
V
 
T
L
 
I
R
 
K
R
 
K
R
 
A
-
 
L
G
 
E
G
 
M
S
 
G
V
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
V
T
 
T
A
 
L
D
|
D
A
 
T
D
 
D
L
 
-
L
 
-
P
 
-
K
 
S
D
 
P
A
 
D
S
 
S
L
 
G
R
 
R
K
 
Y
S
 
V
Y
 
Y
V
 
I
G
 
G
T
 
T
D
 
D
N
 
N
Y
 
Y
E
 
Q
L
 
A
G
 
G
A
 
Y
K
 
T
L
 
A
G
 
G
E
 
L
Q
 
I
L
 
M
K
 
K
M
 
E
L
 
L
M
 
L
P
 
G
K
 
G
G
 
K
G
 
G
K
 
K
V
 
V
C
 
V
L
 
I
V
 
G
M
 
T
G
 
G
N
 
S
P
 
L
A
 
T
A
 
A
E
 
M
N
|
N
I
 
S
N
 
L
Q
 
Q
R
|
R
A
 
I
Q
 
Q
G
 
G
A
 
F
R
 
K
D
 
D
V
 
A
L
 
I
S
 
-
G
 
-
K
 
-
K
 
-
G
 
-
I
 
-
T
 
-
K
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
E
 
K
N
 
D
G
 
S
W
 
E
Q
 
I
E
 
E
I
 
I
S
 
V
G
 
D
C
 
I
P
 
-
L
 
L
Y
 
N
V
 
D
N
 
E
D
x
E
D
 
D
A
 
G
A
 
A
K
 
R
A
 
A
N
 
V
Q
 
S
M
 
L
M
 
A
Q
 
E
D
 
A
T
 
A
L
 
L
T
 
N
A
 
A
N
 
H
P
 
P
T
 
D
G
 
-
L
 
L
D
 
D
A
 
A
F
 
F
L
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
-
W
 
F
P
 
G
L
 
V
F
x
Y
A
|
A
P
 
Y
Q
 
N
A
 
G
F
 
P
S
 
A
Q
 
Q
V
 
A
V
 
L
A
 
V
P
 
-
I
 
V
M
 
K
D
 
N
K
 
A
I
 
G
K
 
K
N
 
V
G
 
G
K
 
K
F
 
V
V
 
K
I
 
I
V
 
V
S
 
C
A
 
F
D
|
D
T
 
T
L
 
T
G
 
P
P
 
D
E
 
I
L
 
L
Q
 
Q
A
 
Y
L
 
V
K
 
K
D
 
E
R
 
G
K
 
V
V
 
I
N
 
Q
V
 
A
L
 
T
V
 
M
G
 
G
Q
|
Q
R
 
R
P
 
P
E
 
Y
E
 
M
M
 
M
G
 
G
Y
 
Y
R
 
L
A
 
S
A
 
V
M
 
T
V
 
V
M
 
L
R
 
Y
D
 
L
L
 
M
-
 
N
-
 
K
-
 
I
-
 
G
-
 
V
-
 
Q
-
 
N
-
 
T
-
 
L
-
 
M
-
 
M
-
 
L
-
 
P
-
 
K
-
 
V
-
 
K
A
 
V
E
 
D
G
 
G
K
 
K
S
 
-
V
 
V
P
 
D
P
 
Y
V
 
V
I
 
I
H
 
D
T
 
T
G
 
G
L
 
V
D
 
D
V
 
V
C
 
V
T
 
T
W
 
P
K
 
E
N
 
N
A
 
L
D
 
D
T
 
E
C
 
Y
L
 
L
K
 
K

Sites not aligning to the query:

3c6qC Apo and ligand-bound form of a thermophilic glucose/xylose binding protein
31% identity, 89% coverage: 37:329/330 of query aligns to 12:294/305 of 3c6qC

query
sites
3c6qC
N
 
H
P
 
P
Y
 
Y
F
x
W
D
 
S
L
 
Q
M
 
V
H
 
E
Q
 
Q
G
 
G
C
 
V
E
 
K
R
 
A
A
 
A
N
 
G
K
 
K
E
 
A
L
 
L
N
 
-
K
 
-
Q
 
-
G
 
G
Y
 
V
N
 
D
C
 
T
Y
 
K
Y
 
F
T
 
F
G
 
V
P
 
P
A
 
-
T
 
Q
A
 
K
A
 
C
D
 
D
E
 
I
S
 
N
A
 
A
Q
 
Q
V
 
L
Q
 
Q
I
 
M
I
 
L
D
 
E
D
 
S
L
 
F
L
 
I
T
 
A
K
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
N
S
 
G
M
 
I
A
 
A
I
 
I
S
 
A
P
 
P
A
 
S
N
 
D
A
 
P
P
 
T
A
 
A
V
 
V
A
 
I
E
 
P
V
 
T
L
 
I
R
 
K
R
 
K
R
 
A
-
 
L
G
 
E
G
 
M
S
 
G
V
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
V
T
 
T
A
 
L
D
|
D
A
 
T
D
 
D
L
 
-
L
 
-
P
 
-
K
 
S
D
 
P
A
 
D
S
 
S
L
 
G
R
 
R
K
 
Y
S
 
V
Y
 
Y
V
 
I
G
 
G
T
 
T
D
 
D
N
 
N
Y
 
Y
E
 
Q
L
 
A
G
 
G
A
 
Y
K
 
T
L
 
A
G
 
G
E
 
L
Q
 
I
L
 
M
K
 
K
M
 
E
L
 
L
M
 
L
P
 
G
K
 
G
G
 
K
G
 
G
K
 
K
V
 
V
C
 
V
L
 
I
V
 
G
M
 
T
G
 
G
N
 
S
P
 
L
A
 
T
A
 
A
E
 
M
N
|
N
I
 
S
N
 
L
Q
 
Q
R
|
R
A
 
I
Q
 
Q
G
 
G
A
 
F
R
 
K
D
 
D
V
 
A
L
 
I
S
 
K
G
 
D
K
 
-
K
 
-
G
 
-
I
 
-
T
 
-
K
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
E
 
-
N
 
-
G
 
-
W
 
-
Q
 
S
E
 
E
I
 
I
S
 
E
G
 
I
C
 
V
P
 
D
L
 
I
Y
 
-
V
 
L
N
 
N
D
 
D
-
 
C
-
x
E
D
 
D
A
 
G
A
 
A
K
 
R
A
 
A
N
 
V
Q
 
S
M
 
L
M
 
A
Q
 
E
D
 
A
T
 
A
L
 
L
T
 
N
A
 
A
N
 
H
P
 
P
T
 
D
G
 
-
L
 
L
D
 
D
A
 
A
F
 
F
L
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
-
W
 
F
P
 
G
L
 
V
F
x
Y
A
|
A
P
 
Y
Q
 
N
A
 
G
F
 
P
S
 
A
Q
 
Q
V
 
A
V
 
L
A
 
V
P
 
-
I
 
V
M
 
K
D
 
N
K
 
A
I
 
G
K
 
K
N
 
V
G
 
G
K
 
K
F
 
V
V
 
K
I
 
I
V
 
V
S
 
C
A
 
F
D
|
D
T
 
T
L
 
T
G
 
P
P
 
D
E
 
I
L
 
L
Q
 
Q
A
 
Y
L
 
V
K
 
K
D
 
E
R
 
G
K
 
V
V
 
I
N
 
Q
V
 
A
L
 
T
V
 
M
G
 
G
Q
|
Q
R
 
R
P
 
P
E
 
Y
E
 
M
M
 
M
G
 
G
Y
 
Y
R
 
L
A
 
S
A
 
V
M
 
T
V
 
V
M
 
L
R
 
Y
D
 
L
L
 
M
-
 
N
-
 
K
-
 
I
-
 
G
-
 
V
-
 
Q
-
 
N
-
 
T
-
 
L
-
 
M
-
 
M
-
 
L
-
 
P
-
 
K
-
 
V
-
 
K
A
 
V
E
 
D
G
 
G
K
 
K
S
 
-
V
 
V
P
 
D
P
 
Y
V
 
V
I
 
I
H
 
D
T
 
T
G
 
G
L
 
V
D
 
D
V
 
V
C
 
V
T
 
T
W
 
P
K
 
E
N
 
N
A
 
L
D
 
D
T
 
E
C
 
Y
L
 
L
K
 
K

Sites not aligning to the query:

5hqjA Crystal structure of abc transporter solute binding protein b1g1h7 from burkholderia graminis c4d1m, target efi-511179, in complex with d-arabinose
30% identity, 93% coverage: 23:329/330 of query aligns to 4:289/289 of 5hqjA

query
sites
5hqjA
A
 
A
A
 
K
D
 
D
K
 
I
T
 
S
L
 
V
A
 
A
L
 
V
V
 
I
V
 
P
K
|
K
G
 
-
L
 
V
D
 
A
N
 
V
P
 
P
Y
x
F
F
 
F
D
 
D
L
 
D
M
 
C
H
 
N
Q
 
K
G
 
G
C
 
A
E
 
K
R
 
T
A
 
A
N
 
-
K
 
-
E
 
-
L
 
A
N
 
D
K
 
K
Q
 
A
G
 
G
Y
 
V
N
 
K
C
 
Y
Y
 
Q
Y
 
W
T
 
V
G
 
V
P
 
P
A
 
Q
T
 
N
A
 
T
A
 
Q
D
 
G
E
 
-
S
 
S
A
 
T
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
I
 
I
I
 
I
D
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
I
T
 
S
K
 
R
G
 
H
V
 
V
A
 
D
S
 
G
M
 
I
A
 
A
I
 
I
S
 
S
P
 
V
A
 
N
N
 
E
A
 
P
P
 
K
A
 
S
V
 
V
A
 
E
E
 
S
V
 
V
L
 
M
R
 
K
R
 
R
R
 
A
G
 
E
G
 
Q
S
 
S
-
 
G
V
 
I
P
 
K
V
 
V
I
 
L
T
 
T
A
 
Y
D
|
D
A
 
S
D
 
D
L
 
S
L
 
-
P
 
P
K
 
K
D
 
-
A
 
-
S
 
S
L
 
G
R
 
R
K
 
S
S
 
M
Y
 
Y
V
 
I
G
 
G
T
 
T
D
 
N
N
 
N
Y
 
E
E
 
Q
L
 
A
G
 
G
A
 
A
K
 
T
L
 
M
G
 
A
E
 
E
Q
 
T
L
 
M
K
 
G
M
 
K
L
 
A
M
 
L
P
 
N
K
 
G
G
 
Q
G
 
G
K
 
E
V
 
V
C
 
A
L
 
I
V
 
I
M
 
T
G
 
G
N
 
Q
P
 
L
A
 
G
A
 
A
E
 
V
N
|
N
I
 
L
N
 
N
Q
 
E
R
|
R
A
 
I
Q
 
A
G
 
G
A
 
I
R
 
-
D
 
-
V
 
-
L
 
-
S
 
-
G
 
-
K
 
K
K
 
K
G
 
G
I
 
L
T
 
A
K
 
K
L
 
Y
A
 
P
G
 
G
E
 
I
N
 
K
G
 
-
W
 
V
Q
 
V
E
 
E
I
 
T
S
 
Q
G
 
G
C
 
T
P
 
-
L
 
-
Y
 
-
V
 
-
N
 
D
D
 
D
D
 
D
A
 
L
A
 
A
K
 
R
A
 
G
N
 
V
Q
 
S
M
 
V
M
 
V
Q
 
E
D
 
T
T
 
T
L
 
L
T
 
R
A
 
A
N
 
H
P
 
P
T
 
N
G
 
L
L
 
K
D
 
G
A
 
I
F
 
F
L
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
-
W
 
-
P
 
-
L
 
-
F
 
-
A
 
-
P
 
-
Q
 
-
A
 
G
F
 
V
S
|
S
Q
|
Q
V
 
V
V
 
G
A
 
G
P
 
P
I
 
A
M
 
V
D
 
A
K
 
K
I
 
V
K
 
L
N
 
N
-
 
T
-
 
R
-
 
E
-
 
F
-
 
G
-
 
A
-
 
M
-
 
K
G
 
G
K
 
K
F
 
L
V
 
E
I
 
V
V
 
L
S
 
A
A
 
F
D
|
D
T
 
D
L
 
L
G
 
P
P
 
D
E
 
T
L
 
L
Q
 
K
A
 
G
L
 
L
K
 
K
D
 
D
R
 
G
K
 
Y
V
 
I
N
 
Q
V
 
G
L
 
I
V
 
M
G
 
V
Q
|
Q
R
 
R
P
 
P
E
 
V
E
 
T
M
 
M
G
 
G
Y
 
S
R
 
L
A
 
A
A
 
V
M
 
D
V
 
H
M
 
L
R
 
V
D
 
A
L
 
Q
A
 
I
E
 
Q
G
 
G
K
 
Q
S
 
E
-
 
G
V
 
Q
P
 
P
P
 
K
V
 
D
I
 
I
H
 
D
T
 
T
G
 
G
L
 
V
D
 
T
V
 
V
C
 
V
T
 
T
W
 
K
K
 
D
N
 
N
A
 
M
D
 
T
T
 
S
C
 
Y
L
 
T
K
 
K

6guqA Crystal structure of ganp, a glucose-galactose binding protein from geobacillus stearothermophilus, in complex with glucose
27% identity, 90% coverage: 28:323/330 of query aligns to 4:275/278 of 6guqA

query
sites
6guqA
L
 
F
A
 
V
L
 
L
V
 
V
V
 
P
K
x
E
G
 
E
L
 
L
D
 
D
N
|
N
P
 
D
Y
|
Y
F
 
W
D
 
R
L
 
L
M
 
V
H
 
E
Q
 
K
G
 
G
C
 
A
E
 
K
R
 
A
A
 
A
N
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
L
N
 
-
K
 
-
Q
 
-
G
 
G
Y
 
V
N
 
D
C
 
L
Y
 
E
Y
 
Y
T
 
I
G
 
G
P
 
P
A
 
R
T
 
Q
A
 
A
-
 
N
A
 
I
D
 
D
E
 
E
S
 
H
A
 
L
Q
 
R
V
 
I
-
 
L
-
 
K
-
 
K
-
 
A
-
 
A
-
 
A
Q
 
A
I
 
K
I
 
V
D
 
D
D
 
G
L
 
I
L
 
I
T
 
T
K
 
Q
G
 
G
V
 
L
A
 
T
S
 
E
M
 
A
A
 
E
I
 
F
S
 
-
P
 
-
A
 
-
N
 
-
A
 
V
P
 
P
A
 
V
V
 
I
A
 
N
E
 
E
V
 
I
L
 
T
R
 
D
R
 
K
R
 
-
G
 
-
G
 
-
S
 
N
V
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
V
T
 
T
A
 
I
D
|
D
A
 
T
D
 
D
L
 
-
L
 
-
P
 
-
K
 
A
D
 
P
A
 
T
S
 
S
L
 
R
R
 
R
K
 
V
S
 
A
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
T
 
T
D
 
D
N
 
N
Y
 
Y
E
 
Y
L
 
A
G
 
G
A
 
F
K
 
L
L
 
A
G
 
G
E
 
R
Q
 
A
L
 
L
K
 
A
M
 
E
L
 
D
M
 
T
P
 
K
K
 
G
G
 
K
G
 
A
K
 
T
V
 
V
C
 
A
L
 
I
V
 
I
M
 
T
G
 
G
N
 
S
P
 
L
A
 
T
A
 
A
E
 
A
N
x
H
I
 
Q
N
 
Q
Q
 
L
R
|
R
A
 
V
Q
 
R
G
 
G
A
 
F
R
 
E
D
 
D
V
 
A
L
 
V
S
 
R
G
 
Q
K
 
E
K
 
K
G
 
G
I
 
I
T
 
R
K
 
I
L
 
V
A
 
A
G
 
I
E
 
E
N
 
E
G
 
S
W
 
-
Q
 
-
E
 
-
I
 
-
S
 
-
G
 
-
C
 
-
P
 
-
L
 
-
Y
 
-
V
 
-
N
 
H
D
x
I
D
 
T
A
 
R
A
 
V
K
 
Q
A
 
A
N
 
A
Q
 
E
M
 
K
M
 
A
Q
 
Y
D
 
T
T
 
I
L
 
L
T
 
K
A
 
K
N
 
H
P
 
P
T
 
-
G
 
D
L
 
V
D
 
N
A
 
A
F
 
F
L
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
-
W
 
-
P
 
-
L
 
-
F
 
Y
A
 
G
P
 
T
Q
x
S
A
|
A
F
 
L
S
 
D
Q
 
A
V
 
I
-
 
G
V
 
V
A
 
A
P
 
K
I
 
V
M
 
V
D
 
E
K
 
Q
I
 
F
-
 
H
K
 
R
N
 
E
G
 
Q
K
 
K
F
 
T
V
 
Y
I
 
I
V
 
I
S
 
G
A
 
F
D
|
D
T
 
T
L
 
L
G
 
P
P
 
E
E
 
T
L
 
I
Q
 
R
A
 
Y
L
 
L
K
 
Q
D
 
K
R
 
G
K
 
T
V
 
I
N
 
A
V
 
A
L
 
T
V
 
V
G
 
V
Q
|
Q
R
 
E
P
 
P
E
 
Y
E
 
E
M
 
M
G
 
G
Y
 
Y
R
 
K
A
 
A
A
 
V
M
 
K
V
 
M
M
 
M
R
 
A
D
 
E
L
 
I
A
 
V
E
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
D
V
 
V
P
 
P
P
 
V
V
 
V
I
 
T
H
 
N
T
 
T
G
 
E
L
 
T
D
 
K
V
 
V
C
 
I
T
 
R
W
 
K
K
 
K
N
 
D

6gt9A Crystal structure of ganp, a glucose-galactose binding protein from geobacillus stearothermophilus, in complex with galactose
27% identity, 90% coverage: 28:323/330 of query aligns to 9:280/283 of 6gt9A

query
sites
6gt9A
L
 
F
A
 
V
L
 
L
V
 
V
V
 
P
K
x
E
G
 
E
L
 
L
D
 
D
N
|
N
P
 
D
Y
|
Y
F
x
W
D
 
R
L
 
L
M
 
V
H
 
E
Q
 
K
G
 
G
C
 
A
E
 
K
R
 
A
A
 
A
N
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
L
N
 
-
K
 
-
Q
 
-
G
 
G
Y
 
V
N
 
D
C
 
L
Y
 
E
Y
 
Y
T
 
I
G
 
G
P
 
P
A
 
R
T
 
Q
A
 
A
-
 
N
A
 
I
D
 
D
E
 
E
S
 
H
A
 
L
Q
 
R
V
 
I
-
 
L
-
 
K
-
 
K
-
 
A
-
 
A
-
 
A
Q
 
A
I
 
K
I
 
V
D
 
D
D
 
G
L
 
I
L
 
I
T
 
T
K
 
Q
G
 
G
V
 
L
A
 
T
S
 
E
M
 
A
A
 
E
I
 
F
S
 
-
P
 
-
A
 
-
N
 
-
A
 
V
P
 
P
A
 
V
V
 
I
A
 
N
E
 
E
V
 
I
L
 
T
R
 
D
R
 
K
R
 
-
G
 
-
G
 
-
S
 
N
V
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
V
T
 
T
A
 
I
D
|
D
A
 
T
D
 
D
L
 
-
L
 
-
P
 
-
K
 
A
D
 
P
A
 
T
S
 
S
L
 
R
R
 
R
K
 
V
S
 
A
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
T
 
T
D
 
D
N
 
N
Y
 
Y
E
 
Y
L
 
A
G
 
G
A
 
F
K
 
L
L
 
A
G
 
G
E
 
R
Q
 
A
L
 
L
K
 
A
M
 
E
L
 
D
M
 
T
P
 
K
K
 
G
G
 
K
G
 
A
K
 
T
V
 
V
C
 
A
L
 
I
V
 
I
M
 
T
G
 
G
N
 
S
P
 
L
A
 
T
A
 
A
E
 
A
N
x
H
I
 
Q
N
 
Q
Q
 
L
R
|
R
A
 
V
Q
 
R
G
 
G
A
 
F
R
 
E
D
 
D
V
 
A
L
 
V
S
 
R
G
 
Q
K
 
E
K
 
K
G
 
G
I
 
I
T
 
R
K
 
I
L
 
V
A
 
A
G
 
I
E
 
E
N
 
E
G
 
S
W
 
-
Q
 
-
E
 
-
I
 
-
S
 
-
G
 
-
C
 
-
P
 
-
L
 
-
Y
 
-
V
 
-
N
 
H
D
x
I
D
 
T
A
 
R
A
 
V
K
 
Q
A
 
A
N
 
A
Q
 
E
M
 
K
M
 
A
Q
 
Y
D
 
T
T
 
I
L
 
L
T
 
K
A
 
K
N
 
H
P
 
P
T
 
-
G
 
D
L
 
V
D
 
N
A
 
A
F
 
F
L
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
-
W
 
-
P
 
-
L
 
-
F
 
Y
A
 
G
P
 
T
Q
x
S
A
|
A
F
 
L
S
 
D
Q
 
A
V
 
I
-
 
G
V
 
V
A
 
A
P
 
K
I
 
V
M
 
V
D
 
E
K
 
Q
I
 
F
-
 
H
K
 
R
N
 
E
G
 
Q
K
 
K
F
 
T
V
 
Y
I
 
I
V
 
I
S
 
G
A
 
F
D
|
D
T
 
T
L
 
L
G
 
P
P
 
E
E
 
T
L
 
I
Q
 
R
A
 
Y
L
 
L
K
 
Q
D
 
K
R
 
G
K
 
T
V
 
I
N
 
A
V
 
A
L
 
T
V
 
V
G
 
V
Q
|
Q
R
 
E
P
 
P
E
 
Y
E
 
E
M
 
M
G
 
G
Y
 
Y
R
 
K
A
 
A
A
 
V
M
 
K
V
 
M
M
 
M
R
 
A
D
 
E
L
 
I
A
 
V
E
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
D
V
 
V
P
 
P
P
 
V
V
 
V
I
 
T
H
 
N
T
 
T
G
 
E
L
 
T
D
 
K
V
 
V
C
 
I
T
 
R
W
 
K
K
 
K
N
 
D

4rxtA Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein arad_9553 from agrobacterium radiobacter, target efi-511541, in complex with d-arabinose
25% identity, 91% coverage: 24:323/330 of query aligns to 3:284/295 of 4rxtA

query
sites
4rxtA
A
 
A
D
 
E
K
 
V
T
 
T
L
 
I
A
 
P
L
 
I
V
 
I
V
 
V
K
|
K
G
 
D
L
 
T
D
 
T
N
 
S
P
 
F
Y
|
Y
F
 
W
D
 
Q
L
 
I
M
 
V
H
 
L
Q
 
A
G
 
G
C
 
A
E
 
R
R
 
K
A
 
A
N
 
G
K
 
K
E
 
D
L
 
L
N
 
-
K
 
-
Q
 
-
G
 
G
Y
 
V
N
 
K
C
 
V
Y
 
P
Y
 
E
T
 
L
G
 
G
P
 
A
A
 
Q
T
 
A
A
x
E
A
 
T
D
 
D
E
 
V
S
 
N
A
 
G
Q
 
Q
V
 
I
Q
 
S
I
 
I
I
 
L
D
 
E
D
 
N
L
 
A
L
 
V
T
 
A
K
 
G
G
 
K
V
 
P
A
 
A
S
 
A
M
 
I
A
 
V
I
 
I
S
 
S
P
 
P
A
 
T
N
 
E
A
 
F
P
 
K
A
 
A
V
 
L
A
 
G
E
 
K
V
 
P
L
 
V
R
 
D
R
 
E
R
 
A
G
 
A
G
 
K
S
 
S
V
 
V
P
 
P
V
 
I
I
 
I
T
 
G
A
 
I
D
|
D
A
 
S
D
 
G
L
 
-
L
 
-
P
 
-
K
 
A
D
 
D
A
 
S
S
 
K
L
 
A
R
 
F
K
 
K
S
 
S
Y
 
F
V
 
L
G
 
T
T
 
T
D
 
D
N
 
N
Y
 
T
E
 
Q
L
 
G
G
 
G
A
 
R
K
 
I
L
 
A
G
 
A
E
 
D
Q
 
G
L
 
L
-
 
A
-
 
A
-
 
A
-
 
I
-
 
K
K
 
A
M
 
M
L
 
T
M
 
G
P
 
K
K
 
E
G
 
E
G
 
G
K
 
D
V
 
V
C
 
V
L
 
I
V
 
I
M
 
T
G
 
N
N
 
T
P
 
P
A
 
G
A
 
A
E
 
G
N
x
S
I
 
L
N
 
E
Q
 
Q
R
|
R
A
 
R
Q
 
T
G
 
G
A
 
F
R
 
L
D
 
D
V
 
Q
L
 
V
S
 
K
G
 
T
K
 
K
K
 
Y
G
 
P
I
 
G
T
 
L
K
 
K
L
 
V
A
 
V
G
 
A
E
 
D
N
 
K
G
 
-
W
 
-
Q
 
-
E
 
-
I
 
-
S
 
-
G
 
-
C
 
-
P
 
-
L
 
-
Y
 
Y
V
 
A
N
 
D
D
 
G
D
 
Q
A
 
A
A
 
T
K
 
T
A
 
G
N
 
L
Q
 
N
M
 
I
M
 
M
Q
 
T
D
 
D
T
 
L
L
 
I
T
 
T
A
 
A
N
 
N
P
 
P
T
 
K
G
 
I
L
 
V
D
 
G
A
 
V
F
 
F
L
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
A
W
 
S
P
x
N
L
 
L
F
 
I
A
 
M
P
 
A
Q
 
Q
A
 
G
F
 
V
S
 
G
Q
 
Q
V
 
A
V
 
I
A
 
A
P
 
E
-
 
N
-
 
K
I
 
L
M
 
S
D
 
D
K
 
K
I
 
V
K
 
K
N
 
-
G
 
-
K
 
-
F
 
-
V
 
-
I
 
V
V
 
I
S
 
G
A
 
F
D
|
D
T
 
S
L
 
D
G
 
D
P
 
K
E
 
T
L
 
L
Q
 
G
A
 
F
L
 
L
K
 
K
D
 
S
R
 
G
K
 
A
V
 
I
N
 
A
V
 
G
L
 
L
V
 
V
G
 
V
Q
|
Q
R
 
D
P
 
P
E
 
Y
E
 
R
M
 
M
G
 
G
Y
 
Y
R
 
D
A
 
G
A
 
I
M
 
K
V
 
T
M
 
A
R
 
L
D
 
A
L
 
V
A
 
S
E
 
K
G
 
G
K
 
E
S
 
K
V
 
V
P
 
E
P
 
A
V
 
N
I
 
V
H
 
D
T
 
T
G
 
G
L
 
A
D
 
N
V
 
L
C
 
V
T
 
T
W
 
K
K
 
A
N
 
N

5xssA Xylfii molecule (see paper)
27% identity, 82% coverage: 37:307/330 of query aligns to 15:261/274 of 5xssA

query
sites
5xssA
N
 
N
P
 
P
Y
 
Y
F
x
W
D
 
L
L
 
D
M
 
I
H
 
K
Q
 
A
G
 
G
C
 
A
E
 
E
R
 
R
A
 
A
N
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
-
N
 
-
K
 
-
Q
 
R
G
 
G
Y
 
A
N
 
V
C
 
V
Y
 
E
Y
 
F
T
 
L
G
 
G
P
 
P
A
 
T
T
 
T
A
 
A
A
 
S
D
 
T
E
 
E
-
 
D
-
 
G
-
 
L
-
 
K
-
 
L
-
 
F
-
 
D
-
 
M
-
 
A
-
 
T
S
 
S
A
 
A
Q
 
K
V
 
V
Q
 
S
-
 
G
I
 
I
I
 
I
D
 
T
D
 
Y
L
 
V
L
 
Q
T
 
E
K
 
E
G
 
G
V
 
Q
A
 
Y
S
 
K
M
 
K
A
 
K
I
 
I
S
 
N
P
 
S
A
 
A
N
 
-
A
 
-
P
 
-
A
 
-
V
 
-
A
 
-
E
 
-
V
 
-
L
 
-
R
 
M
R
 
E
R
 
K
G
 
G
G
 
-
S
 
-
V
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
V
T
 
T
A
 
I
D
|
D
A
 
S
D
 
D
L
 
-
L
 
-
P
 
-
K
 
E
D
 
E
A
 
D
S
 
S
L
 
N
R
 
R
K
 
I
S
 
A
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
T
 
T
D
 
D
N
 
N
Y
 
V
E
 
L
L
 
A
G
 
G
A
 
Q
K
 
V
L
 
A
G
 
G
E
 
K
Q
 
E
L
 
M
K
 
V
M
 
K
L
 
Q
M
 
I
P
 
G
K
 
T
G
 
S
G
 
G
K
 
N
V
 
V
C
 
A
L
 
I
V
 
V
M
 
M
G
 
G
N
 
G
P
 
K
A
 
N
A
 
V
E
 
K
N
 
N
I
 
Q
N
 
K
Q
 
E
R
|
R
A
 
V
Q
 
E
G
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
-
V
 
-
L
 
-
S
 
-
G
 
-
K
 
-
K
 
-
G
 
G
I
 
F
T
 
T
K
 
Q
L
 
Y
A
 
I
G
 
K
E
 
S
N
 
N
G
 
S
W
 
N
Q
 
L
E
 
K
I
 
I
S
 
-
G
 
-
C
 
-
P
 
-
L
 
-
Y
 
-
V
 
V
N
 
D
D
 
T
D
 
D
A
 
S
A
 
S
K
 
D
A
 
A
N
 
M
Q
 
L
M
 
L
M
 
E
Q
 
A
D
 
E
T
 
I
L
 
I
T
 
T
A
 
R
N
 
K
P
 
I
T
 
L
G
 
N
L
 
R
D
 
N
A
 
D
F
 
N
L
 
I
L
 
N
A
 
A
G
 
-
G
 
-
W
 
-
P
 
-
L
 
L
F
 
F
A
 
C
P
 
T
Q
x
S
A
|
A
F
 
L
S
 
D
Q
 
G
V
 
I
V
 
G
A
 
A
-
 
A
-
 
R
P
 
A
I
 
V
M
 
K
D
 
D
K
 
L
I
 
N
K
 
Y
N
 
K
G
 
D
K
 
R
F
 
V
V
 
K
I
 
I
V
 
I
S
 
C
A
 
F
D
|
D
T
 
D
L
 
L
G
 
D
P
 
D
E
 
T
L
 
L
Q
 
S
A
 
N
L
 
I
K
 
R
D
 
N
R
 
G
K
 
L
V
 
V
N
 
S
V
 
A
L
 
T
V
 
I
G
 
V
Q
|
Q
R
 
K
P
 
S
E
 
N
E
 
E
M
 
M
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
A
 
V
M
 
N
V
 
I
M
 
I
R
 
M
D
 
D
L
 
K
A
 
I
E
 
E
G
 
G
K
 
K
S
 
S

Sites not aligning to the query:

5dkvA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein from agrobacterium vitis(avis_5339, target efi-511225) bound with alpha-d- tagatopyranose
24% identity, 75% coverage: 75:323/330 of query aligns to 52:290/303 of 5dkvA

query
sites
5dkvA
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
P
I
 
V
I
 
L
D
 
D
D
 
A
L
 
V
L
 
I
T
 
A
K
 
K
G
 
K
V
 
P
A
 
D
S
 
A
M
 
I
A
 
L
I
 
I
S
 
A
P
 
P
A
 
T
N
 
D
A
 
T
P
 
T
A
 
Q
V
 
L
A
 
V
E
 
Q
V
 
P
L
 
L
R
 
K
R
 
K
R
 
A
G
 
A
G
 
D
S
 
A
-
 
G
V
 
I
P
 
P
V
 
M
I
 
I
T
 
T
A
 
V
D
|
D
A
 
T
D
 
F
L
 
I
L
 
G
P
 
T
K
 
G
D
 
D
-
 
Y
-
 
Q
-
 
T
-
 
G
-
 
A
-
 
G
-
 
D
A
 
G
S
 
D
L
 
F
R
 
P
K
 
L
S
 
S
Y
 
Y
V
 
I
G
 
A
T
 
S
D
 
D
N
 
N
Y
 
V
E
 
L
L
 
G
G
 
G
A
 
E
K
 
I
L
 
A
G
 
A
E
 
R
Q
 
S
L
 
L
K
 
A
M
 
L
L
 
A
M
 
I
P
 
G
K
 
D
G
 
K
G
 
G
K
 
K
V
 
V
C
 
Y
L
 
V
V
 
S
M
 
N
G
 
V
N
 
K
P
 
P
A
 
G
A
 
V
E
 
S
N
x
T
I
 
T
N
 
D
Q
 
Q
R
|
R
A
 
E
Q
 
Q
G
 
G
A
 
F
R
 
K
D
 
S
V
 
E
L
 
M
S
 
A
G
 
K
K
 
H
K
 
P
G
 
G
I
 
I
T
 
T
K
 
V
L
 
L
A
 
E
G
 
T
E
 
Q
N
 
-
G
 
-
W
 
-
Q
 
-
E
 
-
I
 
-
S
 
-
G
 
-
C
 
-
P
 
-
L
 
-
Y
 
F
V
 
N
N
 
D
D
 
N
D
 
D
A
 
A
A
 
N
K
 
K
A
 
A
N
 
A
Q
 
S
M
 
Q
M
 
L
Q
 
Q
D
 
A
T
 
V
L
 
Y
T
 
A
A
 
R
N
 
N
P
 
P
T
 
D
G
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
-
F
 
-
L
 
-
L
 
L
A
 
A
G
 
G
G
 
-
W
 
-
P
 
-
L
 
V
F
 
F
A
 
G
P
 
A
Q
x
N
A
x
L
F
 
F
S
 
S
Q
 
G
V
 
L
V
 
G
A
 
S
P
 
A
-
 
N
-
 
G
I
 
V
M
 
Q
D
 
Q
K
 
A
I
 
G
K
 
Q
N
 
S
G
 
G
K
 
T
F
 
I
V
 
K
I
 
V
V
 
V
S
 
A
A
 
F
D
|
D
T
 
A
L
 
P
G
 
G
P
 
S
E
 
V
L
 
V
Q
 
D
A
 
N
L
 
L
K
 
K
D
 
S
R
 
G
K
 
L
V
 
I
N
 
D
V
 
F
L
 
A
V
 
I
G
 
A
Q
|
Q
R
 
H
P
 
P
E
 
A
E
 
E
M
 
I
G
 
G
Y
 
Y
R
 
Y
A
 
G
A
 
V
M
 
I
V
 
S
M
 
A
R
 
Y
D
 
A
L
 
H
A
 
L
E
 
T
G
 
G
K
 
Q
S
 
S
V
 
I
P
 
P
P
 
T
V
 
K
I
 
I
H
 
G
T
 
T
G
 
G
L
 
F
D
 
T
V
 
V
C
 
I
T
 
N
W
 
K
K
 
S
N
 
N

Sites not aligning to the query:

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
23% identity, 90% coverage: 26:323/330 of query aligns to 1:272/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
K
 
K
T
 
T
L
 
I
A
 
G
L
 
L
V
 
V
V
 
I
K
 
S
G
 
T
L
 
L
D
 
N
N
|
N
P
 
P
Y
x
F
F
|
F
D
 
V
L
 
T
M
 
L
H
 
K
Q
 
N
G
 
G
C
 
A
E
 
E
R
 
E
A
 
K
N
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
L
N
 
-
K
 
-
Q
 
-
G
 
G
Y
 
Y
N
 
K
C
 
I
Y
 
I
Y
 
V
T
 
E
G
 
D
P
 
-
A
 
-
T
 
S
A
 
Q
A
 
N
D
 
D
E
 
S
S
 
S
A
 
K
Q
 
E
V
 
L
Q
 
S
I
 
N
I
 
V
D
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
I
T
 
Q
K
 
Q
G
 
K
V
 
V
A
 
D
S
 
V
M
 
L
A
 
L
I
 
I
S
 
N
P
 
P
A
 
V
N
 
D
A
 
S
P
 
D
A
 
A
V
 
V
A
 
V
E
 
T
V
 
A
L
 
I
R
 
K
R
 
E
-
 
A
R
 
N
G
 
S
G
 
K
S
 
N
V
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
T
 
T
A
 
I
D
|
D
A
x
R
D
 
S
L
 
A
L
 
N
P
 
G
K
 
G
D
 
D
A
 
V
S
 
V
L
 
-
R
 
-
K
 
-
S
 
C
Y
 
H
V
 
I
G
 
A
T
 
S
D
 
D
N
 
N
Y
 
V
E
 
K
L
 
G
G
 
G
A
 
E
K
 
M
L
 
A
G
 
A
E
 
E
Q
 
F
L
 
I
K
 
A
M
 
K
L
 
A
M
 
L
P
 
K
K
 
G
G
 
K
G
 
G
K
 
N
V
 
V
C
 
V
L
 
E
V
 
L
M
 
E
G
 
G
N
 
I
P
 
P
A
 
G
A
 
A
E
 
S
N
x
A
I
 
A
N
 
R
Q
 
D
R
|
R
A
 
G
Q
 
K
G
 
G
A
 
F
R
 
D
D
 
E
V
 
A
L
 
I
S
 
A
G
 
K
K
 
Y
K
 
P
G
 
D
I
 
I
T
 
K
K
 
I
L
 
V
A
 
A
G
 
K
E
 
Q
N
 
-
G
 
-
W
 
-
Q
 
-
E
 
-
I
 
-
S
 
-
G
 
-
C
 
-
P
 
-
L
 
-
Y
 
A
V
 
A
N
 
D
D
x
F
D
 
D
A
 
R
A
 
S
K
 
K
A
 
G
N
 
L
Q
 
S
M
 
V
M
 
M
Q
 
E
D
 
N
T
 
I
L
 
L
T
 
Q
A
 
A
N
 
Q
P
 
P
T
 
K
G
 
I
L
 
D
D
 
A
A
 
V
F
 
F
L
 
A
L
 
Q
A
x
N
G
 
D
G
 
E
W
 
M
P
 
A
L
 
L
F
 
G
A
 
A
P
 
I
Q
 
K
A
 
A
F
 
-
S
 
-
Q
 
-
V
 
-
V
 
-
A
 
-
P
 
-
I
 
-
M
 
I
D
 
E
K
 
A
I
 
A
K
 
N
N
 
R
G
 
Q
K
 
G
F
 
I
V
 
I
I
 
V
V
 
V
S
 
G
A
 
F
D
|
D
T
 
G
L
 
T
G
 
E
P
 
D
E
 
A
L
 
L
Q
 
K
A
 
A
L
 
I
K
 
K
D
 
E
R
 
G
K
 
K
V
 
M
N
 
A
V
 
A
L
 
T
V
 
I
G
 
A
Q
|
Q
R
 
Q
P
 
P
E
 
A
E
 
L
M
 
M
G
 
G
Y
 
S
R
 
L
A
 
G
A
 
V
M
 
E
V
 
M
M
 
A
R
 
D
D
 
K
L
 
Y
A
 
L
E
 
K
G
 
G
K
 
E
S
 
K
V
 
I
P
 
P
P
 
N
V
 
F
I
 
I
H
 
P
T
 
A
G
 
E
L
 
L
D
 
K
V
 
L
C
 
I
T
 
T
W
 
K
K
 
E
N
 
N

3ksmA Crystal structure of abc-type sugar transport system, periplasmic component from hahella chejuensis
27% identity, 88% coverage: 28:316/330 of query aligns to 3:271/276 of 3ksmA

query
sites
3ksmA
L
 
L
A
 
L
L
 
L
V
 
V
V
 
L
K
|
K
G
 
G
L
 
D
D
 
S
N
 
N
P
 
A
Y
|
Y
F
 
W
D
 
R
L
 
Q
M
 
V
H
 
Y
Q
 
L
G
 
G
C
 
A
E
 
Q
R
 
K
A
 
A
N
 
A
K
 
D
E
 
E
L
 
-
N
 
-
K
 
-
Q
 
A
G
 
G
Y
 
V
N
 
T
C
 
L
Y
 
L
Y
 
H
T
 
R
G
 
S
P
 
T
A
 
K
T
 
D
A
 
D
A
 
G
D
 
D
E
 
I
S
 
A
A
 
G
Q
 
Q
V
 
I
Q
 
Q
I
 
I
I
 
L
D
 
S
D
 
Y
L
 
H
L
 
L
T
 
S
K
 
Q
G
 
A
V
 
P
A
 
P
-
 
D
S
 
A
M
 
L
A
 
I
I
 
L
S
 
A
P
 
P
A
 
N
N
 
S
A
 
A
-
 
E
-
 
D
-
 
L
-
 
T
P
 
P
A
 
S
V
 
V
A
 
A
E
 
Q
V
 
Y
L
 
-
R
 
-
R
 
-
R
 
R
G
 
A
G
 
R
S
 
N
V
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
L
T
 
V
A
 
V
D
|
D
A
 
S
D
 
D
L
 
L
L
 
-
P
 
A
K
 
G
D
 
D
A
 
A
S
 
-
L
 
-
R
 
H
K
 
Q
S
 
G
Y
 
L
V
 
V
G
 
A
T
 
T
D
 
D
N
 
N
Y
 
Y
E
 
A
L
 
A
G
 
G
A
 
Q
K
 
L
L
 
A
G
 
A
E
 
R
Q
 
A
L
 
L
K
 
L
M
 
A
L
 
T
M
 
L
-
 
D
-
 
L
P
 
S
K
 
K
G
 
E
G
 
R
K
 
N
V
 
I
C
 
A
L
 
L
V
 
L
M
 
R
G
x
L
N
 
R
P
 
A
A
 
G
A
x
N
E
 
A
N
x
S
I
 
T
N
 
D
Q
 
Q
R
|
R
A
 
E
Q
 
Q
G
 
G
A
 
F
R
 
L
D
 
D
V
 
V
L
 
L
S
 
R
G
 
K
K
 
H
K
 
D
G
 
K
I
 
I
T
 
R
K
 
I
L
 
I
A
 
A
G
 
A
E
 
P
N
 
-
G
 
-
W
 
-
Q
 
-
E
 
-
I
 
-
S
 
-
G
 
-
C
 
-
P
 
-
L
 
-
Y
 
Y
V
 
A
N
 
G
D
 
D
D
 
D
A
 
R
A
 
G
K
 
A
A
 
A
N
 
R
Q
 
S
M
 
E
M
 
M
Q
 
L
D
 
R
T
 
L
L
 
L
T
 
K
A
 
E
N
 
T
P
 
P
T
 
T
G
 
-
L
 
I
D
 
D
A
 
G
F
 
-
L
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
-
W
 
-
P
 
-
L
 
L
F
 
F
A
 
T
P
 
P
Q
x
N
A
 
E
F
 
S
S
 
T
Q
 
T
V
 
I
-
 
G
-
 
A
V
 
L
A
 
V
P
 
A
I
 
I
M
 
R
D
 
Q
K
 
S
I
 
G
K
 
M
N
 
S
G
 
K
K
 
Q
F
 
F
V
 
G
I
 
F
V
 
I
S
 
G
A
 
F
D
|
D
T
 
Q
L
 
T
G
 
E
P
 
E
E
 
L
L
 
E
Q
 
A
A
 
A
L
 
M
K
 
Y
D
 
A
R
 
G
K
 
E
V
 
I
N
 
S
V
 
N
L
 
L
V
 
V
G
 
V
Q
|
Q
R
 
N
P
 
P
E
 
E
E
 
Y
M
 
M
G
 
G
Y
 
Y
R
 
L
A
 
A
A
 
V
M
 
Q
V
 
R
M
 
A
R
 
L
D
 
D
L
 
L
A
 
V
E
 
R
G
 
G
K
 
K
S
 
P
V
 
I
P
 
P
P
 
A
V
 
F
I
 
T
H
 
D
T
 
T
G
 
G
L
 
V

5dteB Crystal structure of an abc transporter periplasmic solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z(asuc_0081, target efi-511065) with bound d-allose
27% identity, 60% coverage: 28:225/330 of query aligns to 5:192/287 of 5dteB

query
sites
5dteB
L
 
I
A
 
A
L
 
L
V
 
L
V
 
M
K
|
K
G
 
T
L
 
L
D
 
S
N
|
N
P
 
E
Y
|
Y
F
 
F
D
 
I
L
 
S
M
 
M
H
 
R
Q
 
Q
G
 
G
C
 
A
E
 
E
R
 
-
A
 
-
N
 
-
K
 
-
E
 
E
L
 
T
N
 
A
K
 
K
Q
 
Q
G
 
K
Y
 
D
N
 
I
C
 
D
Y
 
L
Y
 
I
T
 
V
G
 
Q
P
 
V
A
 
A
T
 
E
A
 
K
A
 
E
D
 
D
E
 
S
S
 
T
A
 
E
Q
 
Q
-
 
L
V
 
V
Q
 
G
I
 
L
I
 
V
D
 
E
D
 
N
L
 
M
L
 
I
T
 
A
K
 
K
G
 
K
V
 
V
A
 
D
S
 
A
M
 
I
A
 
I
I
 
V
S
 
T
P
 
P
A
 
N
N
 
D
A
 
S
P
 
I
A
 
A
V
 
F
A
 
I
E
 
P
V
 
A
L
 
F
R
 
Q
R
 
K
-
 
A
R
 
E
G
 
K
G
 
A
S
 
G
V
 
I
P
 
P
V
 
I
I
 
I
T
 
D
A
 
L
D
|
D
A
 
V
D
 
R
L
 
L
L
 
D
P
 
A
K
 
K
D
 
A
A
 
A
S
 
E
-
 
A
-
 
A
-
 
G
L
 
L
R
 
K
K
 
F
S
 
N
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
T
 
V
D
 
D
N
 
N
Y
 
F
E
 
N
L
 
G
G
 
G
A
 
Y
K
 
L
L
 
E
G
 
A
E
 
K
Q
 
N
L
 
L
K
 
A
M
 
E
L
 
A
M
 
I
P
 
G
K
 
K
G
 
K
G
 
G
K
 
N
V
 
V
C
 
A
L
 
I
V
 
L
M
 
E
G
 
G
N
 
I
P
 
P
A
 
G
A
 
V
E
 
D
N
|
N
I
 
G
N
 
E
Q
 
Q
R
|
R
A
 
K
Q
 
G
G
 
G
A
 
A
R
 
L
D
 
K
V
 
A
L
 
F
S
 
A
G
 
E
K
 
Y
K
 
P
G
 
D
I
 
I
T
 
K
K
 
I
L
 
V
A
 
A
G
 
S
E
 
Q
N
 
S
G
 
A
W
 
-
Q
 
-
E
 
-
I
 
-
S
 
-
G
 
-
C
 
-
P
 
-
L
 
-
Y
 
-
V
 
-
N
 
N
D
x
W
D
 
E
A
 
T
A
 
E
K
 
Q
A
 
A
N
 
L
Q
 
N
M
 
V
M
 
T
Q
 
T
D
 
N
T
 
I
L
 
L
T
 
T
A
 
A
N
 
N
P
 
P
T
 
N

Sites not aligning to the query:

7x0hA Crystal structure of sugar binding protein cbpa complexed wtih glucose from clostridium thermocellum (see paper)
25% identity, 90% coverage: 28:325/330 of query aligns to 12:283/287 of 7x0hA

query
sites
7x0hA
L
 
M
A
 
V
L
 
T
V
x
F
V
 
L
K
 
S
G
 
G
L
 
I
D
 
D
N
 
-
P
 
-
Y
 
Y
F
x
W
D
 
K
L
 
Y
M
 
C
H
 
F
Q
 
E
G
 
G
C
 
F
E
 
E
R
 
D
A
 
A
N
 
A
K
 
K
E
 
A
L
 
I
N
 
-
K
 
-
Q
 
-
G
 
G
Y
 
V
N
 
T
C
 
A
Y
 
K
Y
 
Y
T
 
T
G
 
G
P
 
Q
A
 
-
T
 
T
A
 
D
A
 
T
D
 
D
E
 
V
S
 
S
A
 
G
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
A
I
 
V
I
 
L
D
 
E
D
 
Q
L
 
V
L
 
I
T
 
A
K
 
Q
G
 
K
V
 
P
A
 
K
S
 
G
M
 
I
A
 
A
I
 
V
S
 
T
P
 
A
A
 
V
N
 
N
A
 
S
P
 
T
A
 
A
V
 
L
A
 
A
E
 
D
V
 
T
L
 
I
R
 
N
R
 
S
R
 
A
-
 
I
G
 
E
G
 
Q
S
 
G
V
 
I
P
 
S
V
 
V
I
 
V
T
 
C
A
 
F
D
|
D
A
 
S
D
 
D
L
 
-
L
 
-
P
 
-
K
 
S
D
 
P
A
 
T
S
 
S
L
 
N
R
 
R
K
 
S
S
 
A
Y
 
Y
V
 
L
G
 
G
T
 
T
D
 
G
N
 
N
Y
 
Y
E
 
A
L
 
A
G
 
G
A
 
Q
K
 
K
L
 
A
G
 
A
E
 
E
Q
 
F
L
 
L
K
 
V
M
 
P
L
 
L
M
 
V
P
 
N
K
 
Y
G
 
K
G
 
G
K
 
K
V
 
I
C
 
A
L
 
-
V
 
V
M
 
L
G
 
Y
N
 
T
P
 
V
A
 
G
A
 
A
E
 
E
N
|
N
I
 
S
N
 
E
Q
 
S
R
|
R
A
 
V
Q
 
Q
G
 
G
A
 
F
R
 
E
D
 
D
V
 
W
L
 
C
S
 
K
G
 
Q
K
 
N
K
 
A
G
 
P
I
 
E
T
 
V
K
 
S
L
 
L
A
 
-
G
 
-
E
 
-
N
 
-
G
 
-
W
 
-
Q
 
-
E
 
-
I
 
-
S
 
-
G
 
-
C
 
-
P
 
-
L
 
V
Y
 
K
V
 
V
N
 
N
D
 
D
-
 
A
-
 
G
D
 
D
A
 
T
A
 
T
K
 
V
A
 
A
N
 
A
Q
 
D
M
 
N
M
 
L
Q
 
A
D
 
A
T
 
A
L
 
L
T
 
Q
A
 
A
N
 
N
P
 
D
T
 
D
G
 
I
L
 
V
D
 
G
A
 
V
F
 
F
L
 
C
L
 
V
A
x
D
G
|
G
G
x
V
W
 
A
P
 
G
L
 
T
F
 
A
A
 
G
P
 
P
Q
 
T
A
 
A
F
 
V
S
 
A
Q
 
E
V
 
-
V
 
-
A
 
-
P
 
-
I
 
-
M
 
-
D
 
-
K
 
-
I
 
-
K
 
S
N
 
K
G
 
K
K
 
D
F
 
L
V
 
R
I
 
V
V
 
L
S
 
A
A
 
F
D
|
D
T
 
V
L
 
D
G
 
V
P
 
T
E
 
V
L
 
L
Q
 
D
A
 
K
L
 
V
K
 
K
D
 
S
R
 
G
K
 
E
V
 
I
N
 
D
V
 
G
L
 
T
V
 
V
G
 
A
Q
|
Q
R
 
G
P
 
M
E
 
Y
E
 
N
M
 
M
G
 
G
Y
 
Y
R
 
W
A
 
S
A
 
L
M
 
M
V
 
M
M
 
L
R
 
Y
D
 
T
L
 
E
A
 
A
E
 
N
G
 
G
-
 
L
-
 
S
-
 
S
K
 
K
S
 
A
V
 
L
P
 
P
P
 
G
V
 
N
I
 
L
H
 
D
T
 
T
G
 
G
L
 
V
D
 
V
V
 
I
C
 
V
T
 
T
W
 
K
K
 
D
N
 
N
A
 
V
D
 
D

1dbpA Identical mutations at corresponding positions in two homologous proteins with non-identical effects (see paper)
25% identity, 85% coverage: 27:308/330 of query aligns to 3:257/271 of 1dbpA

query
sites
1dbpA
T
 
T
L
 
I
A
 
A
L
 
L
V
 
V
V
 
V
K
 
S
G
 
T
L
 
L
D
 
N
N
|
N
P
 
P
Y
x
F
F
 
F
D
 
V
L
 
S
M
 
L
H
 
K
Q
 
D
G
 
G
C
 
-
E
 
-
R
 
-
A
 
A
N
 
Q
K
 
K
E
 
E
L
 
A
N
 
D
K
 
K
Q
 
L
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
-
 
L
C
 
V
Y
 
V
Y
 
L
T
 
D
G
 
S
P
 
Q
A
 
N
T
 
N
A
 
P
A
 
A
D
 
K
E
 
E
S
 
L
A
 
A
Q
 
N
V
 
V
Q
 
Q
I
 
-
I
 
-
D
 
-
D
 
D
L
 
L
L
 
T
T
 
V
K
 
R
G
 
G
V
 
T
A
 
K
S
 
I
M
 
L
A
 
L
I
 
I
S
 
N
P
 
P
A
 
T
N
 
D
A
 
S
P
 
D
A
 
A
V
 
V
A
 
D
E
 
N
V
 
A
L
 
V
R
 
K
R
 
M
R
 
A
G
 
N
-
 
Q
G
 
A
S
 
N
V
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
T
 
T
A
 
L
D
|
D
A
x
R
D
 
Q
L
 
A
L
 
T
P
 
K
K
 
G
D
 
E
A
 
V
S
 
V
L
 
-
R
 
-
K
 
-
S
 
S
Y
 
H
V
 
I
G
 
A
T
 
S
D
 
D
N
 
N
Y
 
V
E
 
-
L
 
L
G
 
G
A
 
G
K
 
K
L
 
I
-
 
A
G
 
G
E
 
D
Q
 
Y
L
 
I
K
 
A
M
 
K
L
 
K
M
 
A
P
 
G
K
 
E
G
 
G
G
 
A
K
 
K
V
 
V
C
 
I
L
 
E
V
 
L
M
 
Q
G
 
G
N
 
I
P
 
A
A
 
G
A
 
T
E
 
S
N
 
A
I
 
A
N
 
R
Q
 
E
R
|
R
A
 
G
Q
 
E
G
 
G
A
 
F
R
 
Q
D
 
Q
V
 
A
L
 
V
S
 
A
G
 
A
K
 
H
K
 
K
G
 
-
I
 
-
T
 
-
K
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
E
 
-
N
 
-
G
 
-
W
 
F
Q
 
N
E
 
V
I
 
L
S
 
A
G
 
S
C
 
Q
P
 
P
L
 
-
Y
 
-
V
 
A
N
 
D
D
x
F
D
 
D
A
 
R
A
 
I
K
 
K
A
 
G
N
 
L
Q
 
N
M
 
V
M
 
M
Q
 
Q
D
 
N
T
 
L
L
 
L
T
 
T
A
 
A
N
 
H
P
 
P
T
 
D
G
 
V
L
 
Q
D
 
A
A
 
V
F
 
F
L
 
A
L
 
Q
A
x
N
G
 
D
G
 
E
W
 
M
P
 
A
L
 
L
F
 
G
A
 
A
P
 
L
Q
 
R
A
 
A
F
 
L
S
 
Q
Q
 
T
V
 
A
V
 
-
A
 
-
P
 
-
I
 
-
M
 
-
D
 
-
K
 
-
I
 
-
K
 
G
N
 
K
G
 
S
K
 
D
F
 
V
V
 
M
I
 
V
V
 
V
S
 
G
A
 
F
D
|
D
T
 
G
L
 
T
G
 
P
P
 
D
E
 
G
L
 
E
Q
 
K
A
 
A
L
 
V
K
 
N
D
 
D
R
 
G
K
 
K
V
 
L
N
 
A
V
 
A
L
 
T
V
 
I
G
 
A
Q
 
Q
R
 
L
P
 
P
E
 
D
E
 
Q
M
 
I
G
 
G
Y
 
A
R
 
K
A
 
G
A
 
V
M
 
E
V
 
T
M
 
A
R
 
D
D
 
K
L
 
V
A
 
L
E
 
K
G
 
G
K
 
E
S
 
K
V
 
V

4wutA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from agrobacterium vitis (avi_5133, target efi-511220) with bound d-fucose
25% identity, 90% coverage: 28:325/330 of query aligns to 3:281/290 of 4wutA

query
sites
4wutA
L
 
I
A
 
A
L
 
V
V
 
I
V
 
V
K
|
K
G
 
T
L
 
V
D
 
N
N
 
S
P
 
T
Y
 
F
F
x
W
D
 
Q
L
 
N
M
 
V
H
 
Q
Q
 
K
G
 
G
C
 
A
E
 
D
R
 
A
A
 
A
N
 
-
K
 
-
E
 
-
L
 
I
N
 
G
K
 
K
Q
 
Q
-
 
K
G
 
A
Y
 
H
N
 
T
C
 
I
Y
 
T
Y
 
F
T
 
Q
G
 
G
P
 
P
A
 
A
T
 
A
A
x
E
A
 
S
D
 
A
E
 
I
S
 
A
A
 
D
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
N
I
 
M
I
 
V
D
 
E
D
 
N
L
 
A
L
 
V
T
 
N
K
 
R
G
 
K
V
 
V
A
 
D
S
 
A
M
 
I
A
 
L
I
 
L
S
 
A
P
 
P
A
 
S
N
 
D
-
 
P
-
 
D
-
 
A
-
 
L
A
 
V
P
 
P
A
 
A
V
 
V
A
 
K
E
 
K
V
 
A
L
 
W
R
 
E
R
 
A
R
 
R
G
 
-
G
 
-
S
 
-
V
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
V
T
 
I
A
 
I
D
|
D
A
 
S
D
 
-
L
 
M
L
 
L
P
 
S
K
 
K
D
 
D
A
 
A
S
 
E
-
 
K
L
 
Y
R
 
Y
K
 
Q
S
 
A
Y
 
F
V
 
L
G
 
A
T
 
T
D
 
D
N
 
N
Y
 
K
E
 
A
L
 
A
G
 
G
A
 
E
K
 
L
L
 
A
G
 
A
E
 
K
Q
 
A
L
 
M
K
 
I
M
 
Q
L
 
K
M
 
V
P
 
G
K
 
T
G
 
E
G
 
G
K
 
K
V
 
I
C
 
A
L
 
-
V
 
V
M
 
M
G
 
S
N
 
Y
P
 
V
A
 
A
A
 
-
E
 
-
N
 
-
I
 
-
N
 
-
Q
 
-
R
 
-
A
 
-
Q
 
-
G
 
G
A
 
A
R
 
G
D
 
S
V
 
E
L
 
I
S
 
G
G
x
R
K
 
V
K
 
G
G
 
G
I
 
F
T
 
T
K
 
D
L
 
Y
A
 
I
G
x
K
E
 
A
N
 
N
G
x
S
W
 
K
Q
 
L
E
 
Q
I
 
I
S
 
V
G
 
G
C
 
-
P
 
P
L
 
Y
Y
 
Y
V
 
S
N
 
Q
D
 
S
D
 
Q
A
 
M
A
 
A
K
 
T
A
 
A
N
 
L
Q
x
N
M
 
Q
M
 
T
Q
 
T
D
|
D
T
 
V
L
 
L
T
 
A
A
 
A
N
 
N
P
 
A
T
 
D
G
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
-
F
 
-
L
 
-
L
 
L
A
 
K
G
 
G
G
 
I
W
 
F
P
 
G
L
 
A
F
x
N
A
 
E
P
 
P
Q
 
T
A
 
A
F
 
I
S
 
G
Q
 
M
V
 
G
V
 
R
A
 
A
P
 
-
I
 
I
M
 
K
D
 
Q
K
 
A
I
 
G
K
 
K
N
 
A
G
 
G
K
 
K
F
 
L
V
 
V
I
 
A
V
 
I
S
 
G
A
 
F
D
|
D
T
 
G
L
 
N
G
 
Q
P
 
D
E
 
L
L
 
Q
Q
 
E
A
 
F
L
 
V
K
 
K
D
 
D
R
 
G
K
 
T
V
 
L
N
 
E
V
 
A
L
 
T
V
 
V
G
 
V
Q
|
Q
R
 
G
P
 
S
E
 
Y
E
 
Q
M
 
M
G
 
G
Y
 
E
R
 
K
A
 
G
A
 
V
M
 
D
V
 
T
M
 
L
R
 
L
D
 
K
L
 
L
A
 
L
E
 
S
G
 
K
K
 
E
S
 
K
V
 
V
P
 
E
P
 
K
V
 
F
I
 
I
H
 
D
T
 
T
G
 
G
L
 
V
D
 
V
V
 
V
C
 
V
T
 
T
W
 
K
K
 
Q
N
 
N
A
 
I
D
 
D

4zjpA Structure of an abc-transporter solute binding protein (sbp_ipr025997) from actinobacillus succinogenes (asuc_0197, target efi-511067) with bound beta-d-ribopyranose
23% identity, 89% coverage: 26:320/330 of query aligns to 3:269/270 of 4zjpA

query
sites
4zjpA
K
 
E
T
 
T
L
 
I
A
 
A
L
 
L
V
 
T
V
 
V
K
 
S
G
 
T
L
 
L
D
 
D
N
|
N
P
 
P
Y
x
F
F
|
F
D
 
V
L
 
S
M
 
L
H
 
K
Q
 
D
G
 
G
C
 
A
E
 
Q
R
 
K
A
 
K
N
 
A
K
 
T
E
 
E
L
 
L
N
 
-
K
 
-
Q
 
-
G
 
G
Y
 
Y
N
 
K
C
 
L
Y
 
V
Y
 
V
T
 
L
G
 
D
P
 
S
A
 
Q
T
 
N
A
 
-
A
 
-
D
 
D
E
 
P
S
 
S
A
 
K
Q
 
E
V
 
L
Q
 
S
I
 
N
I
 
V
D
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
T
T
 
V
K
 
R
G
 
G
V
 
A
A
 
K
S
 
V
M
 
L
A
 
L
I
 
I
S
 
N
P
 
P
A
 
T
N
 
D
A
 
S
P
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
S
E
 
N
-
 
A
V
 
V
L
 
A
R
 
I
R
 
A
R
 
N
G
 
R
G
 
N
S
 
K
V
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
T
 
T
A
 
L
D
|
D
A
x
R
D
 
G
L
 
A
L
 
A
P
 
K
K
 
G
D
 
E
A
 
V
S
 
V
L
 
-
R
 
-
K
 
-
S
 
S
Y
 
H
V
 
I
G
 
A
T
 
S
D
 
D
N
 
N
Y
 
V
E
 
A
L
 
G
G
 
G
A
 
K
K
 
M
L
 
A
G
 
G
E
 
D
Q
 
F
L
 
I
K
 
A
M
 
Q
L
 
K
M
 
L
P
 
G
K
 
D
G
 
G
G
 
A
K
 
K
V
 
V
C
 
I
L
 
Q
V
 
L
M
 
E
G
 
G
N
 
L
P
 
A
A
 
G
A
 
T
E
 
S
N
 
A
I
 
A
N
 
R
Q
 
E
R
|
R
A
 
G
Q
 
E
G
 
G
A
 
F
R
 
K
D
 
Q
V
 
A
L
 
I
S
 
E
G
 
A
K
 
H
K
 
K
G
 
-
I
 
-
T
 
-
K
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
E
 
-
N
 
-
G
 
-
W
 
F
Q
 
D
E
 
V
I
 
L
S
 
A
G
 
S
C
 
Q
P
 
P
L
 
-
Y
 
-
V
 
A
N
 
D
D
x
F
D
 
D
A
 
R
A
 
T
K
 
K
A
 
G
N
 
L
Q
 
N
M
 
V
M
 
T
Q
 
E
D
 
N
T
 
L
L
 
L
T
 
A
A
 
S
N
 
K
P
 
G
T
 
S
G
 
V
L
 
Q
D
 
A
A
 
I
F
 
F
L
 
A
L
 
Q
A
x
N
G
 
D
G
 
E
W
 
M
P
 
A
L
 
L
F
 
G
A
 
A
P
 
L
Q
 
R
A
 
A
F
 
I
S
 
S
Q
 
A
V
 
A
V
 
-
A
 
-
P
 
-
I
 
-
M
 
-
D
 
-
K
 
-
I
 
-
K
 
-
N
 
G
G
 
K
K
 
K
F
 
V
V
 
L
I
 
V
V
 
V
S
 
G
A
 
F
D
|
D
T
 
G
L
 
T
G
 
E
P
 
D
E
 
G
L
 
V
Q
 
K
A
 
A
L
 
V
K
 
K
D
 
S
R
 
G
K
 
K
V
 
L
N
 
A
V
 
A
L
 
T
V
 
V
G
 
A
Q
|
Q
R
 
Q
P
 
P
E
 
E
E
 
L
M
 
I
G
 
G
Y
 
S
R
 
L
A
 
G
A
 
V
M
 
E
V
 
T
M
 
A
R
 
D
D
 
K
L
 
I
A
 
L
E
 
K
G
 
G
K
 
E
S
 
K
V
 
V
P
 
D
P
 
A
V
 
K
I
 
I
H
 
P
T
 
V
G
 
A
L
 
L
D
 
K
V
 
V
C
 
V
T
 
T

8wlbA X-ray structure of enterobacter cloacae allose-binding protein in complex with d-psicose (see paper)
25% identity, 87% coverage: 29:314/330 of query aligns to 5:275/288 of 8wlbA

query
sites
8wlbA
A
 
A
L
 
V
V
 
V
V
 
L
K
|
K
G
 
T
L
 
L
D
 
S
N
|
N
P
 
P
Y
x
F
F
x
W
D
 
V
L
 
D
M
 
M
H
 
K
Q
 
K
G
 
G
C
 
I
E
 
E
R
 
D
A
 
E
N
 
A
K
 
K
E
 
T
L
 
L
N
 
-
K
 
-
Q
 
-
G
 
G
Y
 
V
N
 
S
C
 
V
Y
 
D
Y
 
I
T
 
F
G
 
A
P
 
S
A
 
P
T
 
S
A
 
E
A
 
G
D
 
D
E
 
F
S
 
Q
A
 
S
Q
 
Q
V
 
L
Q
 
Q
I
 
L
I
 
F
D
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
S
T
 
N
K
 
K
G
 
K
V
 
Y
A
 
K
S
 
G
M
 
I
A
 
A
I
 
F
S
 
A
P
 
P
-
 
L
A
 
S
N
 
S
A
 
V
P
 
N
A
 
L
V
 
V
A
 
M
E
 
P
V
 
V
L
 
A
R
 
R
R
 
A
R
 
W
G
 
Q
G
 
K
S
 
G
V
 
L
P
 
Y
V
 
L
I
 
V
T
 
N
A
 
L
D
|
D
A
x
E
-
 
K
-
 
I
-
 
D
-
 
M
D
 
D
L
 
N
L
 
L
P
 
K
K
 
K
D
 
A
A
 
G
S
 
G
L
 
N
R
 
V
K
 
E
S
 
G
Y
 
F
V
 
V
G
 
T
T
 
T
D
 
D
N
 
N
Y
 
V
E
 
A
L
 
V
G
 
G
A
 
A
K
 
K
L
 
G
G
 
A
E
 
D
-
 
F
Q
 
I
L
 
I
K
 
N
M
 
K
L
 
L
M
 
G
P
 
A
K
 
E
G
 
G
G
 
G
K
 
E
V
 
V
C
 
A
L
 
I
V
 
I
M
 
E
G
 
G
N
 
K
P
 
A
A
 
G
A
 
N
E
 
A
N
x
S
I
 
G
N
 
E
Q
 
A
R
|
R
A
 
R
Q
 
N
G
 
G
A
 
A
R
 
T
D
 
E
V
 
A
L
 
F
S
 
K
G
 
K
K
 
A
K
 
N
G
 
Q
I
 
I
T
 
K
K
 
L
L
 
V
A
 
A
G
 
S
E
 
Q
N
 
P
G
 
A
-
 
D
W
 
W
Q
 
D
E
 
R
I
 
I
S
 
-
G
 
-
C
 
-
P
 
-
L
 
-
Y
 
-
V
 
-
N
 
-
D
 
-
D
 
-
A
 
-
A
 
-
K
 
K
A
 
A
N
 
L
Q
 
D
M
 
V
M
 
A
Q
 
T
D
 
N
T
 
V
L
 
L
T
 
Q
A
 
R
N
 
N
P
 
P
T
 
N
G
 
-
L
 
L
D
 
K
A
 
A
F
 
F
L
 
Y
L
 
C
A
 
A
G
x
N
G
 
D
W
 
-
P
 
-
L
 
-
F
 
T
A
 
M
P
 
A
Q
 
M
A
 
G
F
 
V
S
 
A
Q
 
Q
V
 
A
V
 
V
A
 
A
P
 
-
I
 
-
M
 
-
D
 
N
K
 
A
I
 
G
K
 
K
N
 
I
G
 
G
K
 
K
F
 
V
V
 
L
I
 
V
V
 
V
S
 
G
A
 
T
D
|
D
T
 
G
L
 
I
G
 
P
P
 
E
E
 
A
L
 
R
Q
 
K
A
 
M
L
 
V
K
 
E
D
 
A
R
 
G
K
 
Q
V
 
M
N
 
T
V
 
A
L
 
T
V
 
V
G
 
A
Q
|
Q
R
 
N
P
 
P
E
 
A
E
 
D
M
 
I
G
 
G
Y
 
A
R
 
T
A
 
G
A
 
L
M
 
K
V
 
L
M
 
M
R
 
V
D
 
D
L
 
A
A
 
A
E
 
K
G
 
T
K
 
G
S
 
K
V
 
V
P
 
I
P
 
P
V
 
L
I
 
E
H
 
K
T
 
T

8wl9A X-ray structure of enterobacter cloacae allose-binding protein in complex with d-ribose (see paper)
25% identity, 87% coverage: 29:314/330 of query aligns to 5:275/288 of 8wl9A

query
sites
8wl9A
A
 
A
L
 
V
V
 
V
V
 
L
K
 
K
G
 
T
L
 
L
D
 
S
N
|
N
P
 
P
Y
x
F
F
 
W
D
 
V
L
 
D
M
 
M
H
 
K
Q
 
K
G
 
G
C
 
I
E
 
E
R
 
D
A
 
E
N
 
A
K
 
K
E
 
T
L
 
L
N
 
-
K
 
-
Q
 
-
G
 
G
Y
 
V
N
 
S
C
 
V
Y
 
D
Y
 
I
T
 
F
G
 
A
P
 
S
A
 
P
T
 
S
A
 
E
A
 
G
D
 
D
E
 
F
S
 
Q
A
 
S
Q
 
Q
V
 
L
Q
 
Q
I
 
L
I
 
F
D
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
S
T
 
N
K
 
K
G
 
K
V
 
Y
A
 
K
S
 
G
M
 
I
A
 
A
I
 
F
S
 
A
P
 
P
-
 
L
A
 
S
N
 
S
A
 
V
P
 
N
A
 
L
V
 
V
A
 
M
E
 
P
V
 
V
L
 
A
R
 
R
R
 
A
R
 
W
G
 
Q
G
 
K
S
 
G
V
 
L
P
 
Y
V
 
L
I
 
V
T
 
N
A
 
L
D
|
D
A
 
E
-
 
K
-
 
I
-
 
D
-
 
M
D
 
D
L
 
N
L
 
L
P
 
K
K
 
K
D
 
A
A
 
G
S
 
G
L
 
N
R
 
V
K
 
E
S
 
G
Y
 
F
V
 
V
G
 
T
T
 
T
D
 
D
N
 
N
Y
 
V
E
 
A
L
 
V
G
 
G
A
 
A
K
 
K
L
 
G
G
 
A
E
 
D
-
 
F
Q
 
I
L
 
I
K
 
N
M
 
K
L
 
L
M
 
G
P
 
A
K
 
E
G
 
G
G
 
G
K
 
E
V
 
V
C
 
A
L
 
I
V
 
I
M
 
E
G
 
G
N
 
K
P
 
A
A
 
G
A
 
N
E
 
A
N
 
S
I
 
G
N
 
E
Q
 
A
R
|
R
A
 
R
Q
 
N
G
 
G
A
 
A
R
 
T
D
 
E
V
 
A
L
 
F
S
 
K
G
 
K
K
 
A
K
 
N
G
 
Q
I
 
I
T
 
K
K
 
L
L
 
V
A
 
A
G
 
S
E
 
Q
N
 
P
G
 
A
-
 
D
W
|
W
Q
 
D
E
 
R
I
 
I
S
 
-
G
 
-
C
 
-
P
 
-
L
 
-
Y
 
-
V
 
-
N
 
-
D
 
-
D
 
-
A
 
-
A
 
-
K
 
K
A
 
A
N
 
L
Q
 
D
M
 
V
M
 
A
Q
 
T
D
 
N
T
 
V
L
 
L
T
 
Q
A
 
R
N
 
N
P
 
P
T
 
N
G
 
-
L
 
L
D
 
K
A
 
A
F
 
F
L
 
Y
L
 
C
A
 
A
G
x
N
G
 
D
W
 
-
P
 
-
L
 
-
F
 
T
A
 
M
P
 
A
Q
 
M
A
 
G
F
 
V
S
 
A
Q
 
Q
V
 
A
V
 
V
A
 
A
P
 
-
I
 
-
M
 
-
D
 
N
K
 
A
I
 
G
K
 
K
N
 
I
G
 
G
K
 
K
F
 
V
V
 
L
I
 
V
V
 
V
S
 
G
A
 
T
D
|
D
T
 
G
L
 
I
G
 
P
P
 
E
E
 
A
L
 
R
Q
 
K
A
 
M
L
 
V
K
 
E
D
 
A
R
 
G
K
 
Q
V
 
M
N
 
T
V
 
A
L
 
T
V
 
V
G
 
A
Q
|
Q
R
 
N
P
 
P
E
 
A
E
 
D
M
 
I
G
 
G
Y
 
A
R
 
T
A
 
G
A
 
L
M
 
K
V
 
L
M
 
M
R
 
V
D
 
D
L
 
A
A
 
A
E
 
K
G
 
T
K
 
G
S
 
K
V
 
V
P
 
I
P
 
P
V
 
L
I
 
E
H
 
K
T
 
T

1rpjA Crystal structure of d-allose binding protein from escherichia coli (see paper)
24% identity, 85% coverage: 29:309/330 of query aligns to 5:271/288 of 1rpjA

query
sites
1rpjA
A
 
A
L
 
V
V
 
V
V
 
L
K
|
K
G
 
T
L
 
L
D
 
S
N
|
N
P
 
P
Y
x
F
F
 
W
D
 
V
L
 
D
M
 
M
H
 
K
Q
 
K
G
 
G
C
 
I
E
 
E
R
 
D
A
 
E
N
 
A
K
 
K
E
 
T
L
 
L
N
 
-
K
 
-
Q
 
-
G
 
G
Y
 
V
N
 
S
C
 
V
Y
 
D
Y
 
I
T
 
F
G
 
A
P
 
S
A
 
P
T
 
S
A
x
E
A
 
G
D
 
D
E
 
F
S
 
Q
A
 
S
Q
 
Q
V
 
L
Q
 
Q
I
 
L
I
 
F
D
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
S
T
 
N
K
 
K
G
 
N
V
 
Y
A
 
K
S
 
G
M
 
I
A
 
A
I
 
F
S
 
A
P
 
P
-
 
L
A
 
S
N
 
S
A
 
V
P
 
N
A
 
L
V
 
V
A
 
M
E
 
P
V
 
V
L
 
A
R
 
R
R
 
A
R
 
W
G
 
K
G
 
K
S
 
G
V
 
I
P
 
Y
V
 
L
I
 
V
T
 
N
-
 
L
-
x
D
-
 
E
-
 
K
A
 
I
D
 
D
A
 
M
D
 
D
L
 
N
L
 
L
P
 
K
K
 
K
D
 
A
A
 
G
S
 
G
L
 
N
R
 
V
K
 
E
S
 
A
Y
 
F
V
 
V
G
 
T
T
 
T
D
 
D
N
 
N
Y
 
V
E
 
A
L
 
V
G
 
G
A
 
A
K
 
K
L
 
G
G
 
A
E
 
S
-
 
F
Q
 
I
L
 
I
K
 
D
M
 
K
L
 
L
M
 
G
P
 
A
K
 
E
G
 
G
G
 
G
K
 
E
V
 
V
C
 
A
L
 
I
V
 
I
M
 
E
G
 
G
N
 
K
P
 
A
A
 
G
A
 
N
E
 
A
N
x
S
I
 
G
N
 
E
Q
 
A
R
|
R
A
 
R
Q
 
N
G
 
G
A
 
A
R
 
T
D
 
E
V
 
A
L
 
F
S
 
K
G
 
K
K
 
A
K
 
S
G
 
Q
I
 
I
T
 
K
K
 
L
L
 
V
A
 
A
G
 
S
E
 
Q
N
 
P
G
 
A
-
 
D
W
|
W
Q
 
D
E
 
R
I
 
I
S
 
K
G
 
A
C
 
L
P
 
D
L
 
V
Y
 
A
V
 
T
N
 
N
D
 
-
D
 
-
A
 
V
A
 
L
K
 
Q
A
 
R
N
 
N
Q
 
P
M
 
N
M
 
I
Q
 
K
D
 
A
T
 
I
L
 
Y
T
 
C
A
 
A
N
|
N
P
 
D
T
 
T
G
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
-
F
 
-
L
 
-
L
 
M
A
 
A
G
 
M
G
 
G
W
 
-
P
 
-
L
 
-
F
 
-
A
 
-
P
 
-
Q
 
-
A
 
-
F
 
-
S
 
-
Q
 
-
V
 
V
V
 
A
A
 
Q
P
 
A
I
 
V
M
 
A
D
 
N
K
 
A
I
 
G
K
 
K
N
 
T
G
 
G
K
 
K
F
 
V
V
 
L
I
 
V
V
 
V
S
 
G
A
 
T
D
|
D
T
 
G
L
 
I
G
 
P
P
 
E
E
 
A
L
 
R
Q
 
K
A
 
M
L
 
V
K
 
E
D
 
A
R
 
G
K
 
Q
V
 
M
N
 
T
V
 
A
L
 
T
V
 
V
G
 
A
Q
|
Q
R
 
N
P
 
P
E
 
A
E
 
D
M
 
I
G
 
G
Y
 
A
R
 
T
A
 
G
A
 
L
M
 
K
V
 
L
M
 
M
R
 
V
D
 
D
L
 
A
A
 
E
E
 
K
-
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
V
V
 
I
P
 
P

1gudA Hinge-bending motion of d-allose binding protein from escherichia coli: three open conformations (see paper)
24% identity, 85% coverage: 29:309/330 of query aligns to 5:271/288 of 1gudA

query
sites
1gudA
A
 
A
L
 
V
V
 
V
V
 
L
K
 
K
G
 
T
L
 
L
D
 
S
N
 
N
P
 
P
Y
 
F
F
 
W
D
 
V
L
 
D
M
 
M
H
 
K
Q
 
K
G
 
G
C
 
I
E
 
E
R
 
D
A
 
E
N
 
A
K
 
K
E
 
T
L
 
L
N
 
-
K
 
-
Q
 
-
G
 
G
Y
 
V
N
 
S
C
 
V
Y
x
D
Y
 
I
T
 
F
G
 
A
P
 
S
A
 
P
T
 
S
A
 
E
A
 
G
D
 
D
E
 
F
S
 
Q
A
 
S
Q
 
Q
V
 
L
Q
 
Q
I
 
L
I
 
F
D
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
S
T
 
N
K
 
K
G
 
N
V
 
Y
A
 
K
S
 
G
M
 
I
A
 
A
I
 
F
S
 
A
P
 
P
-
 
L
A
 
S
N
 
S
A
 
V
P
 
N
A
 
L
V
 
V
A
 
M
E
 
P
V
 
V
L
 
A
R
 
R
R
 
A
R
 
W
G
 
K
G
 
K
S
 
G
V
 
I
P
 
Y
V
 
L
I
 
V
T
 
N
-
 
L
-
 
D
-
 
E
-
 
K
A
 
I
D
 
D
A
 
M
D
 
D
L
 
N
L
 
L
P
 
K
K
 
K
D
 
A
A
 
G
S
 
G
L
 
N
R
 
V
K
 
E
S
 
A
Y
 
F
V
 
V
G
 
T
T
 
T
D
 
D
N
 
N
Y
 
V
E
 
A
L
 
V
G
 
G
A
 
A
K
 
K
L
 
G
G
 
A
E
 
S
-
 
F
Q
 
I
L
 
I
K
 
D
M
 
K
L
 
L
M
 
G
P
 
A
K
 
E
G
 
G
G
 
G
K
 
E
V
 
V
C
 
A
L
 
I
V
 
I
M
 
E
G
 
G
N
 
K
P
 
A
A
 
G
A
 
N
E
 
A
N
 
S
I
 
G
N
 
E
Q
 
A
R
 
R
A
 
R
Q
 
N
G
 
G
A
 
A
R
 
T
D
 
E
V
 
A
L
 
F
S
 
K
G
 
K
K
 
A
K
 
S
G
 
Q
I
 
I
T
 
K
K
 
L
L
 
V
A
 
A
G
 
S
E
 
Q
N
 
P
G
 
A
-
 
D
W
 
W
Q
 
D
E
 
R
I
 
I
S
 
K
G
 
A
C
 
L
P
 
D
L
 
V
Y
 
A
V
 
T
N
 
N
D
 
-
D
 
-
A
 
V
A
 
L
K
 
Q
A
 
R
N
 
N
Q
 
P
M
 
N
M
 
I
Q
 
K
D
 
A
T
 
I
L
 
Y
T
 
C
A
 
A
N
 
N
P
 
D
T
 
T
G
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
-
F
 
-
L
 
-
L
 
M
A
 
A
G
 
M
G
 
G
W
 
-
P
 
-
L
 
-
F
 
-
A
 
-
P
 
-
Q
 
-
A
 
-
F
 
-
S
 
-
Q
 
-
V
 
V
V
 
A
A
 
Q
P
 
A
I
 
V
M
 
A
D
 
N
K
 
A
I
 
G
K
 
K
N
 
T
G
 
G
K
 
K
F
 
V
V
 
L
I
 
V
V
 
V
S
 
G
A
 
T
D
 
D
T
 
G
L
 
I
G
 
P
P
 
E
E
 
A
L
 
R
Q
 
K
A
 
M
L
 
V
K
 
E
D
 
A
R
 
G
K
 
Q
V
 
M
N
 
T
V
 
A
L
 
T
V
 
V
G
 
A
Q
 
Q
R
 
N
P
 
P
E
 
A
E
 
D
M
 
I
G
 
G
Y
 
A
R
 
T
A
 
G
A
 
L
M
 
K
V
 
L
M
 
M
R
 
V
D
 
D
L
 
A
A
 
E
E
 
K
-
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
V
V
 
I
P
 
P

Sites not aligning to the query:

4pz0A The crystal structure of a solute binding protein from bacillus anthracis str. Ames in complex with quorum-sensing signal autoinducer-2 (ai-2)
26% identity, 47% coverage: 42:197/330 of query aligns to 21:178/321 of 4pz0A

query
sites
4pz0A
L
x
F
M
 
F
H
 
T
Q
 
S
G
 
G
C
 
G
E
 
E
R
 
G
A
 
A
N
 
K
K
 
E
E
 
M
L
 
G
N
 
D
K
 
K
Q
 
L
G
 
G
Y
 
V
N
 
Q
C
 
V
Y
 
K
Y
 
Y
T
 
D
G
 
G
P
 
P
A
 
S
T
 
E
A
 
A
A
 
S
D
 
-
E
 
V
S
 
S
A
 
G
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
K
I
 
Y
I
 
I
D
 
N
D
 
N
L
 
F
L
 
I
T
 
N
K
 
Q
G
 
N
V
 
Y
A
 
D
S
 
A
M
 
L
A
 
M
I
 
V
S
 
S
P
 
S
A
 
T
N
 
S
A
 
V
P
 
D
A
 
G
V
 
L
A
 
S
E
 
Q
V
 
S
L
 
L
R
 
Q
R
 
R
-
 
A
R
 
K
G
 
K
G
 
K
S
 
G
V
 
M
P
 
T
V
 
V
I
 
L
T
 
T
A
 
W
D
|
D
A
 
S
D
 
D
L
 
V
L
 
N
P
 
P
K
 
K
D
 
D
A
 
R
S
 
S
L
 
F
R
 
Y
K
 
I
S
 
S
Y
 
Q
V
 
G
G
 
T
T
 
P
D
 
D
N
 
-
Y
 
-
E
 
Q
L
 
L
G
 
A
A
 
N
K
 
L
L
 
L
G
 
I
E
 
E
Q
 
M
L
 
T
K
 
S
M
 
K
L
 
Q
M
 
I
P
 
G
K
 
D
G
 
K
G
 
G
K
 
K
V
 
V
C
 
A
L
 
F
V
 
F
M
 
Y
G
 
S
N
 
S
P
 
P
A
 
T
A
 
V
E
 
T
N
x
D
I
x
Q
N
 
N
Q
 
Q
R
x
W
A
 
V
Q
 
T
G
 
K
A
 
A
R
 
K
D
 
E
V
 
I
L
 
I
S
 
K
G
 
E
K
 
K
-
 
Y
-
 
P
-
 
N
-
 
W
K
 
E
G
 
I
I
 
V
T
 
T
K
 
T
L
 
Q
A
 
Y
G
 
G
E
 
E
N
 
N
G
 
N
W
 
A
Q
 
Q
E
 
K

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_018436371.1 NCBI__GCF_000092885.1:WP_018436371.1
MKKLLMCLAAAGGLAMLASPGFAADKTLALVVKGLDNPYFDLMHQGCERANKELNKQGYN
CYYTGPATAADESAQVQIIDDLLTKGVASMAISPANAPAVAEVLRRRGGSVPVITADADL
LPKDASLRKSYVGTDNYELGAKLGEQLKMLMPKGGKVCLVMGNPAAENINQRAQGARDVL
SGKKGITKLAGENGWQEISGCPLYVNDDAAKANQMMQDTLTANPTGLDAFLLAGGWPLFA
PQAFSQVVAPIMDKIKNGKFVIVSADTLGPELQALKDRKVNVLVGQRPEEMGYRAAMVMR
DLAEGKSVPPVIHTGLDVCTWKNADTCLKH

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory