SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_022950143.1 NCBI__GCF_000421465.1:WP_022950143.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 19 hits to proteins with known functional sites (download)

4grsA Crystal structure of a chimeric dah7ps (see paper)
35% identity, 92% coverage: 13:364/381 of query aligns to 1:326/333 of 4grsA

query
sites
4grsA
M
|
M
I
 
I
L
 
V
I
 
V
L
 
L
T
 
K
P
 
P
D
 
G
I
 
S
D
 
-
I
 
-
A
 
T
G
 
E
D
 
E
D
 
D
Y
 
I
R
 
R
R
 
K
L
 
V
M
 
V
D
 
-
H
 
K
L
 
L
S
 
A
H
 
E
L
 
S
P
 
Y
N
 
N
I
 
L
K
 
K
T
 
C
R
 
H
I
 
I
H
x
S
Q
 
K
E
 
-
I
 
-
G
|
G
T
 
Q
Q
x
E
Q
x
R
T
 
T
L
x
V
T
 
-
E
 
-
V
 
I
Y
x
G
L
x
I
V
x
I
G
|
G
D
 
D
T
x
D
A
 
R
A
 
Y
L
 
V
A
 
V
V
 
A
A
 
D
A
 
K
M
 
F
E
 
E
Q
 
S
L
 
L
P
 
D
G
 
C
V
 
V
D
 
E
R
 
S
V
 
V
V
 
V
R
 
R
V
 
V
S
 
L
E
 
K
E
 
P
Y
 
Y
R
 
K
I
 
L
L
 
V
G
 
S
R
 
R
-
 
E
-
 
F
H
 
H
R
 
P
D
 
E
D
 
D
K
 
-
R
 
-
A
 
-
T
 
T
Y
 
V
F
 
I
D
 
D
Y
 
L
N
 
G
G
 
D
V
 
V
R
 
K
F
 
I
G
 
G
Q
 
N
D
 
G
N
 
Y
L
 
F
H
 
T
V
 
I
F
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
P
C
 
C
A
 
S
V
 
I
N
 
E
S
 
S
P
 
R
E
 
D
H
 
Q
V
 
I
E
 
M
A
 
K
M
 
V
M
 
A
K
 
E
A
 
F
L
 
L
K
 
A
D
 
E
N
 
V
G
 
G
Q
 
I
V
 
K
C
 
V
T
 
L
R
 
R
M
 
G
G
 
G
A
 
A
Y
 
F
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
S
 
S
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
K
 
E
A
 
K
C
 
A
L
 
L
P
 
R
Y
 
W
V
 
M
F
 
R
E
 
E
L
 
A
A
 
A
G
 
D
K
 
E
Y
 
Y
G
 
G
I
 
L
R
 
-
V
 
V
I
 
T
A
 
V
M
 
T
E
 
E
V
 
V
T
 
M
H
 
D
E
 
T
A
 
R
H
 
H
V
 
V
A
 
E
E
 
L
I
 
V
H
 
A
E
 
K
A
 
Y
L
 
S
E
 
D
Q
 
-
T
 
-
G
 
-
H
 
-
P
 
-
T
 
-
G
 
-
V
 
-
M
 
I
L
 
L
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
T
 
A
R
 
R
N
 
N
T
 
S
Q
 
Q
N
 
N
F
 
F
E
 
E
L
 
L
L
 
L
K
 
K
S
 
E
V
 
V
G
 
G
R
 
K
Q
 
V
R
 
-
E
 
E
F
 
N
P
 
P
V
 
V
L
 
L
F
 
L
K
 
K
R
 
R
G
 
G
F
 
M
G
 
G
I
 
N
T
 
T
L
 
I
E
 
Q
E
 
E
S
 
L
L
 
L
N
 
Y
A
 
S
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
L
 
I
A
 
M
S
 
A
E
 
Q
G
 
G
N
 
N
R
 
E
K
 
N
V
 
V
V
 
I
F
 
L
G
 
C
L
 
E
R
 
R
G
 
G
M
 
I
K
 
R
T
 
T
N
 
-
M
 
F
G
 
E
D
 
T
P
 
A
H
 
T
R
 
R
N
 
F
F
 
T
V
 
L
D
 
D
F
 
I
A
 
S
H
 
A
V
 
V
P
 
P
V
 
V
V
 
V
K
 
K
R
 
E
L
 
L
T
 
S
R
 
H
M
 
L
P
 
P
V
 
I
C
 
I
I
 
V
D
 
D
P
 
P
S
 
S
H
 
H
S
 
P
V
 
A
G
 
G
S
 
R
R
 
R
E
 
S
S
 
L
D
 
-
P
 
-
D
 
-
G
 
-
I
 
-
L
 
-
D
 
-
V
 
V
F
 
I
H
 
P
V
 
L
T
 
A
A
 
K
Q
 
A
G
 
A
V
 
Y
I
 
A
A
 
I
G
 
G
A
 
A
N
 
D
M
 
G
I
 
I
L
 
M
V
 
V
D
 
E
F
 
V
H
 
H
P
 
P
D
 
E
P
 
P
S
 
E
H
 
K
A
 
A
L
 
L
V
 
S
D
 
D
G
 
S
P
 
Q
Q
 
Q
A
 
Q
L
 
L
L
 
T
L
 
F
E
 
D
E
 
D
L
 
F
P
 
L
L
 
Q
F
 
L
L
 
L
E
 
K
D
 
E
V
 
L

3pg9A Thermotoga maritima dah7p synthase in complex with inhibitor (see paper)
35% identity, 93% coverage: 13:365/381 of query aligns to 1:327/338 of 3pg9A

query
sites
3pg9A
M
|
M
I
 
I
L
 
V
I
 
V
L
 
L
T
 
K
P
 
P
D
 
G
I
 
S
D
 
-
I
 
-
A
 
T
G
 
E
D
 
E
D
 
D
Y
 
I
R
 
R
R
 
K
L
 
V
M
 
V
D
 
-
H
 
K
L
 
L
S
 
A
H
 
E
L
 
S
P
 
Y
N
 
N
I
 
L
K
 
K
T
 
C
R
 
H
I
 
I
H
x
S
Q
 
K
E
 
-
I
 
-
G
|
G
T
x
Q
Q
x
E
Q
x
R
T
 
T
L
x
V
T
 
-
E
 
-
V
 
I
Y
x
G
L
x
I
V
x
I
G
|
G
D
 
D
T
 
D
A
 
R
A
 
Y
L
 
V
A
 
V
V
 
A
A
 
D
A
 
K
M
 
F
E
 
E
Q
 
S
L
 
L
P
 
D
G
 
C
V
 
V
D
 
E
R
 
S
V
 
V
V
 
V
R
 
R
V
 
V
S
x
L
E
 
K
E
 
P
Y
 
Y
R
 
K
I
 
L
L
 
V
G
 
S
R
 
R
-
 
E
-
 
F
H
 
H
R
 
P
D
 
E
D
 
D
K
 
-
R
 
-
A
 
-
T
 
T
Y
 
V
F
 
I
D
 
D
Y
 
L
N
 
G
G
 
D
V
 
V
R
 
K
F
 
I
G
 
G
Q
 
N
D
 
G
N
 
Y
L
 
F
H
 
T
V
 
I
F
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
P
C
 
C
A
 
S
V
 
V
N
 
E
S
 
G
P
 
R
E
 
E
H
 
M
V
 
L
E
 
M
A
 
E
M
 
T
M
 
A
K
 
H
A
 
F
L
 
L
K
 
S
D
 
E
N
 
L
G
 
G
Q
 
V
V
 
K
C
 
V
T
 
L
R
 
R
M
 
G
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
S
 
S
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
L
G
 
G
K
 
E
A
 
K
C
 
G
L
 
L
P
 
E
Y
 
Y
V
 
L
F
 
R
E
 
E
L
 
A
A
 
A
G
 
D
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
I
 
M
R
 
Y
V
 
V
I
 
V
A
 
T
M
 
-
E
 
E
V
 
A
T
 
L
H
 
G
E
 
E
A
 
D
H
 
D
V
 
L
A
 
P
E
 
K
I
 
V
H
 
A
E
 
E
A
 
Y
L
 
A
E
 
D
Q
 
-
T
 
-
G
 
-
H
 
-
P
 
-
T
 
-
G
 
-
V
 
-
M
 
I
L
 
I
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
T
 
A
R
 
R
N
 
N
T
 
A
Q
 
Q
N
 
N
F
 
F
E
 
R
L
 
L
L
 
L
K
 
S
S
 
K
V
 
A
G
 
G
R
 
S
Q
 
Y
R
 
N
E
 
K
F
 
-
P
 
P
V
 
V
L
 
L
F
 
L
K
 
K
R
 
R
G
 
G
F
 
F
G
 
M
I
 
N
T
 
T
L
 
I
E
 
E
E
 
E
S
 
F
L
 
L
N
 
L
A
 
S
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
L
 
I
A
 
A
S
 
N
E
 
S
G
 
G
N
 
N
R
 
T
K
 
K
V
 
I
V
 
I
F
 
L
G
 
C
L
 
E
R
 
R
G
 
G
M
 
I
K
 
R
T
 
T
N
 
-
M
 
F
G
 
E
D
 
K
P
 
A
H
 
T
R
 
R
N
 
N
F
 
T
V
 
L
D
 
D
F
 
I
A
 
S
H
 
A
V
 
V
P
 
P
V
 
I
V
 
I
K
 
R
R
 
K
L
 
E
T
 
S
R
 
H
M
 
L
P
 
P
V
 
I
C
 
L
I
 
V
D
 
D
P
 
P
S
 
S
H
 
H
S
 
S
V
 
G
G
 
G
S
 
R
R
 
R
E
 
D
S
 
L
D
 
-
P
 
-
D
 
-
G
 
-
I
 
-
L
 
-
D
 
-
V
 
V
F
 
I
H
 
P
V
 
L
T
 
S
A
 
R
Q
 
A
G
 
A
V
 
I
I
 
A
A
 
V
G
 
G
A
 
A
N
 
H
M
 
G
I
 
I
L
 
I
V
 
V
D
 
E
F
 
V
H
 
H
P
 
P
D
 
E
P
 
P
S
 
E
H
 
K
A
 
A
L
 
L
V
 
S
D
 
D
G
 
G
P
 
K
Q
 
Q
A
 
S
L
 
L
L
 
D
L
 
F
E
 
E
E
 
L
L
 
F
P
 
K
L
 
E
F
 
L
L
 
V
E
 
Q
D
 
E
V
 
M
R
 
K

1rzmA Crystal structure of 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase (dahps) from thermotoga maritima complexed with cd2+, pep and e4p (see paper)
35% identity, 93% coverage: 13:365/381 of query aligns to 1:327/338 of 1rzmA

query
sites
1rzmA
M
 
M
I
 
I
L
 
V
I
 
V
L
 
L
T
 
K
P
 
P
D
 
G
I
 
S
D
 
-
I
 
-
A
 
T
G
 
E
D
 
E
D
 
D
Y
 
I
R
 
R
R
 
K
L
 
V
M
 
V
D
 
-
H
 
K
L
 
L
S
 
A
H
 
E
L
 
S
P
 
Y
N
 
N
I
 
L
K
 
K
T
 
C
R
 
H
I
 
I
H
 
S
Q
 
K
E
 
-
I
 
-
G
 
G
T
 
Q
Q
 
E
Q
 
R
T
 
T
L
 
V
T
 
-
E
 
-
V
 
I
Y
 
G
L
 
I
V
 
I
G
 
G
D
 
D
T
 
D
A
 
R
A
 
Y
L
 
V
A
 
V
V
 
A
A
 
D
A
 
K
M
 
F
E
 
E
Q
 
S
L
 
L
P
 
D
G
 
C
V
 
V
D
 
E
R
 
S
V
 
V
V
 
V
R
 
R
V
 
V
S
 
L
E
 
K
E
 
P
Y
 
Y
R
 
K
I
 
L
L
 
V
G
 
S
R
 
R
-
 
E
-
 
F
H
 
H
R
 
P
D
 
E
D
 
D
K
 
-
R
 
-
A
 
-
T
 
T
Y
 
V
F
 
I
D
 
D
Y
 
L
N
 
G
G
 
D
V
 
V
R
 
K
F
 
I
G
 
G
Q
 
N
D
 
G
N
 
Y
L
 
F
H
 
T
V
 
I
F
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
P
C
 
C
A
 
S
V
 
V
N
 
E
S
 
G
P
 
R
E
 
E
H
 
M
V
 
L
E
 
M
A
 
E
M
 
T
M
 
A
K
 
H
A
 
F
L
 
L
K
 
S
D
 
E
N
 
L
G
 
G
Q
 
V
V
 
K
C
 
V
T
 
L
R
|
R
M
 
G
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
K
|
K
P
|
P
R
|
R
T
|
T
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
S
 
S
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
L
G
 
G
K
 
E
A
 
K
C
 
G
L
 
L
P
 
E
Y
 
Y
V
 
L
F
 
R
E
 
E
L
 
A
A
 
A
G
 
D
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
I
 
M
R
 
Y
V
 
V
I
 
V
A
 
T
M
 
-
E
 
E
V
 
A
T
 
L
H
 
G
E
 
E
A
 
D
H
 
D
V
 
L
A
 
P
E
 
K
I
 
V
H
 
A
E
 
E
A
 
Y
L
 
A
E
 
D
Q
 
-
T
 
-
G
 
-
H
 
-
P
 
-
T
 
-
G
 
-
V
 
-
M
 
I
L
 
I
Q
|
Q
I
 
I
G
|
G
T
x
A
R
|
R
N
 
N
T
 
A
Q
 
Q
N
 
N
F
 
F
E
 
R
L
 
L
L
 
L
K
 
S
S
 
K
V
 
A
G
 
G
R
 
S
Q
 
Y
R
 
N
E
 
K
F
 
-
P
 
P
V
 
V
L
 
L
F
 
L
K
|
K
R
 
R
G
 
G
F
 
F
G
 
M
I
 
N
T
 
T
L
 
I
E
 
E
E
 
E
S
 
F
L
 
L
N
 
L
A
 
S
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
L
 
I
A
 
A
S
 
N
E
 
S
G
 
G
N
 
N
R
 
T
K
 
K
V
 
I
V
 
I
F
 
L
G
 
C
L
 
E
R
|
R
G
 
G
M
 
I
K
 
R
T
 
T
N
 
-
M
 
F
G
 
E
D
 
K
P
 
A
H
 
T
R
 
R
N
 
N
F
 
T
V
 
L
D
 
D
F
 
I
A
 
S
H
 
A
V
 
V
P
 
P
V
 
I
V
 
I
K
 
R
R
 
K
L
 
E
T
 
S
R
 
H
M
 
L
P
 
P
V
 
I
C
 
L
I
 
V
D
 
D
P
 
P
S
 
S
H
|
H
S
 
S
V
 
G
G
 
G
S
 
R
R
 
R
E
 
D
S
 
L
D
 
-
P
 
-
D
 
-
G
 
-
I
 
-
L
 
-
D
 
-
V
 
V
F
 
I
H
 
P
V
 
L
T
 
S
A
 
R
Q
 
A
G
 
A
V
 
I
I
 
A
A
 
V
G
 
G
A
 
A
N
 
H
M
 
G
I
 
I
L
 
I
V
 
V
D
 
E
F
 
V
H
 
H
P
 
P
D
 
E
P
 
P
S
 
E
H
 
K
A
 
A
L
 
L
V
 
S
D
 
D
G
 
G
P
 
K
Q
 
Q
A
 
S
L
 
L
L
 
D
L
 
F
E
 
E
E
 
L
L
 
F
P
 
K
L
 
E
F
 
L
L
 
V
E
 
Q
D
 
E
V
 
M
R
 
K

5j6fA Crystal structure of dah7ps-cm complex from geobacillus sp. With prephenate (see paper)
39% identity, 70% coverage: 101:365/381 of query aligns to 103:349/352 of 5j6fA

query
sites
5j6fA
T
 
T
Y
 
I
F
 
V
D
 
E
Y
 
V
N
 
K
G
 
G
V
 
E
R
 
R
F
 
I
G
 
G
Q
 
D
D
 
G
N
 
N
L
 
Q
H
 
Y
V
 
F
F
 
V
A
 
M
G
 
G
L
 
P
C
|
C
A
 
A
V
 
V
N
 
E
S
 
S
P
 
Y
E
 
E
H
 
Q
V
 
V
E
 
A
A
 
A
M
 
V
M
 
A
K
 
E
A
 
A
L
 
V
K
 
K
D
 
K
N
 
Q
G
 
G
Q
 
I
V
 
K
C
 
L
T
 
L
R
 
R
M
 
G
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
S
 
D
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
L
G
 
G
K
 
V
A
 
E
C
 
G
L
 
L
P
 
K
Y
 
I
V
 
L
F
 
K
E
 
R
L
 
I
A
 
A
G
 
D
K
 
E
Y
 
F
G
 
D
I
 
L
R
 
A
V
 
V
I
 
I
A
 
S
M
 
E
E
 
I
V
 
V
T
 
T
H
 
P
E
 
-
A
 
-
H
 
-
V
 
-
A
 
A
E
 
D
I
 
I
H
 
E
E
 
I
A
 
A
L
 
L
E
 
D
Q
 
Y
T
 
I
G
 
D
H
 
-
P
 
-
T
 
-
G
 
-
V
 
-
M
 
V
L
 
I
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
T
 
A
R
 
R
N
 
N
T
 
M
Q
 
Q
N
 
N
F
 
F
E
 
E
L
 
L
L
 
L
K
 
K
S
 
A
V
 
A
G
 
G
R
 
-
Q
 
Q
R
 
V
E
 
N
F
 
K
P
 
P
V
 
I
L
 
L
F
 
L
K
 
K
R
 
R
G
 
G
F
 
L
G
 
A
I
 
A
T
 
T
L
 
I
E
 
E
E
 
E
S
 
F
L
 
I
N
 
N
A
 
A
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
L
 
I
A
 
M
S
 
S
E
 
Q
G
 
G
N
 
N
R
 
G
K
 
Q
V
 
I
V
 
I
F
 
L
G
 
C
L
 
E
R
 
R
G
 
G
M
 
I
K
 
R
T
 
T
N
 
-
M
 
Y
G
 
E
D
 
R
P
 
A
H
 
T
R
 
R
N
 
N
F
 
T
V
 
L
D
 
D
F
 
I
A
 
S
H
 
A
V
 
V
P
 
P
V
 
I
V
 
L
K
 
K
R
 
K
L
 
E
T
 
T
R
 
H
M
 
L
P
 
P
V
 
V
C
 
F
I
 
V
D
 
D
P
 
V
S
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
T
G
 
G
S
 
R
R
 
R
E
 
-
S
 
-
D
 
-
P
 
-
D
 
-
G
 
-
I
 
-
L
 
-
D
 
D
V
 
L
F
 
L
H
 
I
V
 
P
T
 
C
A
 
A
Q
 
K
G
 
A
V
 
A
I
 
L
A
 
A
-
 
I
G
 
G
A
 
A
N
 
D
M
 
G
I
 
V
L
 
M
V
 
A
D
x
E
F
 
V
H
 
H
P
 
P
D
 
D
P
 
P
S
 
A
H
 
V
A
 
A
L
 
L
V
 
S
D
|
D
G
 
S
P
 
A
Q
 
Q
A
 
Q
L
 
M
L
 
D
L
 
I
E
 
A
E
 
Q
L
 
F
P
 
N
L
 
E
F
 
F
L
 
M
E
 
E
D
 
E
V
 
V
R
 
R

Sites not aligning to the query:

4c1kA Crystal structure of pyrococcus furiosus 3-deoxy-d-arabino- heptulosonate 7-phosphate synthase (see paper)
38% identity, 71% coverage: 95:364/381 of query aligns to 5:255/262 of 4c1kA

query
sites
4c1kA
R
 
K
D
 
E
D
 
Y
K
 
K
R
 
E
A
 
K
T
 
T
Y
 
V
F
 
V
D
 
K
Y
 
I
N
 
N
G
 
D
V
 
V
R
 
K
F
 
F
G
 
G
Q
 
E
D
 
-
N
 
G
L
 
F
H
 
T
V
 
I
F
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
P
C
 
C
A
 
S
V
 
I
N
 
E
S
 
S
P
 
R
E
 
D
H
 
Q
V
 
I
E
 
M
A
 
K
M
 
V
M
 
A
K
 
E
A
 
F
L
 
L
K
 
A
D
 
E
N
 
V
G
 
G
Q
 
I
V
 
K
C
 
V
T
 
L
R
|
R
M
 
G
G
 
G
A
 
A
Y
 
F
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
S
 
S
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
K
 
E
A
 
K
C
 
A
L
 
L
P
 
R
Y
 
W
V
 
M
F
 
R
E
 
E
L
 
A
A
 
A
G
 
D
K
 
E
Y
 
Y
G
 
G
I
 
L
R
 
-
V
 
V
I
 
T
A
 
V
M
 
T
E
 
E
V
 
V
T
 
M
H
 
D
E
 
T
A
 
R
H
 
H
V
 
V
A
 
E
E
 
L
I
 
V
H
 
A
E
 
K
A
 
Y
L
 
S
E
 
D
Q
 
-
T
 
-
G
 
-
H
 
-
P
 
-
T
 
-
G
 
-
V
 
-
M
 
I
L
 
L
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
T
x
A
R
|
R
N
 
N
T
 
S
Q
 
Q
N
 
N
F
 
F
E
 
E
L
 
L
L
 
L
K
 
K
S
 
E
V
 
V
G
 
G
R
 
K
Q
 
V
R
 
-
E
 
E
F
 
N
P
 
P
V
 
V
L
 
L
F
 
L
K
|
K
R
 
R
G
 
G
F
 
M
G
 
G
I
 
N
T
 
T
L
 
I
E
 
Q
E
 
E
S
 
L
L
 
L
N
 
Y
A
 
S
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
L
 
I
A
 
M
S
 
A
E
 
Q
G
 
G
N
 
N
R
 
E
K
 
N
V
 
V
V
 
I
F
 
L
G
 
C
L
 
E
R
|
R
G
 
G
M
 
I
K
 
R
T
 
T
N
 
-
M
 
F
G
 
E
D
 
T
P
 
A
H
 
T
R
 
R
N
 
F
F
 
T
V
 
L
D
 
D
F
 
I
A
 
S
H
 
A
V
 
V
P
 
P
V
 
V
V
 
V
K
 
K
R
 
E
L
 
L
T
 
S
R
 
H
M
 
L
P
 
P
V
 
I
C
 
I
I
 
V
D
 
D
P
 
P
S
 
S
H
|
H
S
 
P
V
 
A
G
 
G
S
 
R
R
 
R
E
 
S
S
 
L
D
 
-
P
 
-
D
 
-
G
 
-
I
 
-
L
 
-
D
 
-
V
 
V
F
 
I
H
 
P
V
 
L
T
 
A
A
 
K
Q
 
A
G
 
A
V
 
Y
I
 
A
A
 
I
G
 
G
A
 
A
N
 
D
M
 
G
I
 
I
L
 
M
V
 
V
D
 
E
F
 
V
H
 
H
P
 
P
D
 
E
P
 
P
S
 
E
H
 
K
A
 
A
L
 
L
V
 
S
D
 
D
G
 
S
P
 
Q
Q
 
Q
A
 
Q
L
 
L
L
 
T
L
 
F
E
 
D
E
 
D
L
 
F
P
 
L
L
 
Q
F
 
L
L
 
L
E
 
K
D
 
E
V
 
L

1zcoB Crystal structure of pyrococcus furiosus 3-deoxy-d-arabino- heptulosonate 7-phosphate synthase (see paper)
38% identity, 71% coverage: 93:364/381 of query aligns to 5:255/262 of 1zcoB

query
sites
1zcoB
R
 
K
H
 
E
R
 
Y
D
 
D
D
 
E
K
 
K
R
 
-
A
 
-
T
 
T
Y
 
V
F
 
V
D
 
K
Y
 
I
N
 
N
G
 
D
V
 
V
R
 
K
F
 
F
G
 
G
Q
 
E
D
 
-
N
 
G
L
 
F
H
 
T
V
 
I
F
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
P
C
|
C
A
 
S
V
 
I
N
 
E
S
 
S
P
 
R
E
 
E
H
 
Q
V
 
I
E
 
M
A
 
K
M
 
V
M
 
A
K
 
E
A
 
F
L
 
L
K
 
A
D
 
E
N
 
V
G
 
G
Q
 
I
V
 
K
C
 
V
T
 
L
R
|
R
M
 
G
G
 
G
A
 
A
Y
 
F
K
|
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
S
 
S
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
K
 
E
A
 
K
C
 
A
L
 
L
P
 
R
Y
 
W
V
 
M
F
 
R
E
 
E
L
 
A
A
 
A
G
 
D
K
 
E
Y
 
Y
G
 
G
I
 
L
R
 
-
V
 
V
I
 
T
A
 
V
M
 
T
E
 
E
V
 
V
T
 
M
H
 
D
E
 
T
A
 
R
H
 
H
V
 
V
A
 
E
E
 
L
I
 
V
H
 
A
E
 
K
A
 
Y
L
 
S
E
 
D
Q
 
-
T
 
-
G
 
-
H
 
-
P
 
-
T
 
-
G
 
-
V
 
-
M
 
I
L
 
L
Q
|
Q
I
 
I
G
 
G
T
x
A
R
 
R
N
 
N
T
 
S
Q
 
Q
N
 
N
F
 
F
E
 
E
L
 
L
L
 
L
K
 
K
S
 
E
V
 
V
G
 
G
R
 
K
Q
 
V
R
 
-
E
 
E
F
 
N
P
 
P
V
 
V
L
 
L
F
 
L
K
|
K
R
 
R
G
 
G
F
 
M
G
 
G
I
 
N
T
 
T
L
 
I
E
 
Q
E
 
E
S
 
L
L
 
L
N
 
Y
A
 
S
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
L
 
I
A
 
M
S
 
A
E
 
Q
G
 
G
N
 
N
R
 
E
K
 
N
V
 
V
V
 
I
F
 
L
G
 
C
L
 
E
R
|
R
G
 
G
M
 
I
K
 
R
T
 
T
N
 
-
M
 
F
G
 
E
D
 
T
P
 
A
H
 
T
R
 
R
N
 
F
F
 
T
V
 
L
D
 
D
F
 
I
A
 
S
H
 
A
V
 
V
P
 
P
V
 
V
V
 
V
K
 
K
R
 
E
L
 
L
T
 
S
R
 
H
M
 
L
P
 
P
V
 
I
C
 
I
I
 
V
D
 
D
P
 
P
S
 
S
H
|
H
S
 
P
V
 
A
G
 
G
S
 
R
R
 
R
E
 
S
S
 
L
D
 
-
P
 
-
D
 
-
G
 
-
I
 
-
L
 
-
D
 
-
V
 
V
F
 
I
H
 
P
V
 
L
T
 
A
A
 
K
Q
 
A
G
 
A
V
 
Y
I
 
A
A
 
I
G
 
G
A
 
A
N
 
D
M
 
G
I
 
I
L
 
M
V
 
V
D
x
E
F
 
V
H
 
H
P
 
P
D
 
E
P
 
P
S
 
E
H
 
K
A
 
A
L
 
L
V
 
S
D
|
D
G
 
S
P
 
Q
Q
 
Q
A
 
Q
L
 
L
L
 
T
L
 
F
E
 
D
E
 
D
L
 
F
P
 
L
L
 
Q
F
 
L
L
 
L
E
 
K
D
 
E
V
 
L

1zcoA Crystal structure of pyrococcus furiosus 3-deoxy-d-arabino- heptulosonate 7-phosphate synthase (see paper)
38% identity, 71% coverage: 93:364/381 of query aligns to 5:255/262 of 1zcoA

query
sites
1zcoA
R
 
K
H
 
E
R
 
Y
D
 
D
D
 
E
K
 
K
R
 
-
A
 
-
T
 
T
Y
 
V
F
 
V
D
 
K
Y
 
I
N
 
N
G
 
D
V
 
V
R
 
K
F
 
F
G
 
G
Q
 
E
D
 
-
N
 
G
L
 
F
H
 
T
V
 
I
F
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
P
C
 
C
A
 
S
V
 
I
N
 
E
S
 
S
P
 
R
E
 
E
H
 
Q
V
 
I
E
 
M
A
 
K
M
 
V
M
 
A
K
 
E
A
 
F
L
 
L
K
 
A
D
 
E
N
 
V
G
 
G
Q
 
I
V
 
K
C
 
V
T
 
L
R
|
R
M
 
G
G
 
G
A
 
A
Y
 
F
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
S
 
S
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
K
 
E
A
 
K
C
 
A
L
 
L
P
 
R
Y
 
W
V
 
M
F
 
R
E
 
E
L
 
A
A
 
A
G
 
D
K
 
E
Y
 
Y
G
 
G
I
 
L
R
 
-
V
 
V
I
 
T
A
 
V
M
 
T
E
 
E
V
 
V
T
 
M
H
 
D
E
 
T
A
 
R
H
 
H
V
 
V
A
 
E
E
 
L
I
 
V
H
 
A
E
 
K
A
 
Y
L
 
S
E
 
D
Q
 
-
T
 
-
G
 
-
H
 
-
P
 
-
T
 
-
G
 
-
V
 
-
M
 
I
L
 
L
Q
|
Q
I
 
I
G
|
G
T
x
A
R
 
R
N
 
N
T
 
S
Q
 
Q
N
 
N
F
 
F
E
 
E
L
 
L
L
 
L
K
 
K
S
 
E
V
 
V
G
 
G
R
 
K
Q
 
V
R
 
-
E
 
E
F
 
N
P
 
P
V
 
V
L
 
L
F
 
L
K
|
K
R
 
R
G
 
G
F
 
M
G
 
G
I
 
N
T
 
T
L
 
I
E
 
Q
E
 
E
S
 
L
L
 
L
N
 
Y
A
 
S
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
L
 
I
A
 
M
S
 
A
E
 
Q
G
 
G
N
 
N
R
 
E
K
 
N
V
 
V
V
 
I
F
 
L
G
 
C
L
 
E
R
|
R
G
 
G
M
 
I
K
 
R
T
 
T
N
 
-
M
 
F
G
 
E
D
 
T
P
 
A
H
 
T
R
 
R
N
 
F
F
 
T
V
 
L
D
 
D
F
 
I
A
 
S
H
 
A
V
 
V
P
 
P
V
 
V
V
 
V
K
 
K
R
 
E
L
 
L
T
 
S
R
 
H
M
 
L
P
 
P
V
 
I
C
 
I
I
 
V
D
 
D
P
 
P
S
 
S
H
|
H
S
 
P
V
 
A
G
 
G
S
 
R
R
 
R
E
 
S
S
 
L
D
 
-
P
 
-
D
 
-
G
 
-
I
 
-
L
 
-
D
 
-
V
 
V
F
 
I
H
 
P
V
 
L
T
 
A
A
 
K
Q
 
A
G
 
A
V
 
Y
I
 
A
A
 
I
G
 
G
A
 
A
N
 
D
M
 
G
I
 
I
L
 
M
V
 
V
D
 
E
F
 
V
H
 
H
P
 
P
D
 
E
P
 
P
S
 
E
H
 
K
A
 
A
L
 
L
V
 
S
D
 
D
G
 
S
P
 
Q
Q
 
Q
A
 
Q
L
 
L
L
 
T
L
 
F
E
 
D
E
 
D
L
 
F
P
 
L
L
 
Q
F
 
L
L
 
L
E
 
K
D
 
E
V
 
L

3tfcA 1.95 angstrom crystal structure of a bifunctional 3-deoxy-7- phosphoheptulonate synthase/chorismate mutase (aroa) from listeria monocytogenes egd-e in complex with phosphoenolpyruvate (see paper)
36% identity, 71% coverage: 90:360/381 of query aligns to 81:333/343 of 3tfcA

query
sites
3tfcA
I
 
L
L
 
L
G
 
V
R
 
S
H
 
R
R
 
K
D
 
N
D
 
K
K
 
K
R
 
E
A
 
D
T
 
T
Y
 
I
F
 
V
D
 
T
Y
 
V
N
 
K
G
 
G
V
 
L
R
 
P
F
 
I
G
 
G
Q
 
N
D
 
G
N
 
E
L
 
P
H
 
V
V
 
F
F
 
V
A
 
F
G
 
G
L
 
P
C
|
C
A
 
S
V
 
V
N
 
E
S
 
S
P
 
Y
E
 
E
H
 
Q
V
 
V
E
 
A
A
 
A
M
 
V
M
 
A
K
 
E
A
 
S
L
 
I
K
 
K
D
 
A
N
 
K
G
 
G
Q
 
L
V
 
K
C
 
L
T
 
I
R
|
R
M
 
G
G
 
G
A
 
A
Y
 
F
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
S
 
D
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
L
G
 
G
K
 
L
A
 
E
C
 
G
L
 
L
P
 
K
Y
 
I
V
 
L
F
 
K
E
 
R
L
 
V
A
 
S
G
 
D
K
 
E
Y
 
Y
G
 
G
I
 
L
R
 
G
V
 
V
I
 
I
A
 
S
M
 
E
E
 
I
V
 
V
T
 
T
H
 
P
E
 
-
A
 
-
H
 
-
V
 
-
A
 
A
E
 
D
I
 
I
H
 
E
E
 
V
A
 
A
L
 
L
E
 
D
Q
 
Y
T
 
V
G
 
D
H
 
-
P
 
-
T
 
-
G
 
-
V
 
-
M
 
V
L
 
I
Q
|
Q
I
 
I
G
 
G
T
x
A
R
 
R
N
 
N
T
 
M
Q
 
Q
N
 
N
F
 
F
E
 
E
L
 
L
L
 
L
K
 
K
S
 
A
V
 
A
G
 
G
R
 
R
Q
 
V
R
 
D
E
 
K
F
 
-
P
 
P
V
 
I
L
 
L
F
 
L
K
|
K
R
 
R
G
 
G
F
 
L
G
 
S
I
 
A
T
 
T
L
 
I
E
 
E
E
 
E
S
 
F
L
 
I
N
 
G
A
 
A
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
L
 
I
A
 
M
S
 
S
E
 
Q
G
 
G
N
 
N
R
 
G
K
 
K
V
 
I
V
 
I
F
 
L
G
 
C
L
 
E
R
|
R
G
 
G
M
 
I
K
 
R
T
 
T
N
 
-
M
 
Y
G
 
E
D
 
K
P
 
A
H
 
T
R
 
R
N
 
N
F
 
T
V
 
L
D
 
D
F
 
I
A
 
S
H
 
A
V
 
V
P
 
P
V
 
I
V
 
L
K
 
K
R
 
K
L
 
E
T
 
T
R
 
H
M
 
L
P
 
P
V
 
V
C
 
M
I
 
V
D
 
D
P
 
V
S
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
T
G
 
G
S
 
R
R
 
K
E
 
-
S
 
-
D
 
-
P
 
-
D
 
-
G
 
-
I
 
-
L
 
-
D
 
D
V
 
L
F
 
L
H
 
L
V
 
P
T
 
C
A
 
A
Q
 
K
G
 
A
V
 
A
I
 
L
A
 
A
-
 
I
G
 
E
A
 
A
N
 
D
M
 
G
I
 
V
L
 
M
V
 
A
D
x
E
F
 
V
H
 
H
P
 
P
D
 
D
P
 
P
S
 
A
H
 
V
A
 
A
L
 
L
V
 
S
D
|
D
G
 
S
P
 
A
Q
 
Q
A
 
Q
L
 
M
L
 
D
L
 
I
E
 
P
E
 
E
L
 
F
P
 
E
L
 
E
F
 
F

3nvtA 1.95 angstrom crystal structure of a bifunctional 3-deoxy-7- phosphoheptulonate synthase/chorismate mutase (aroa) from listeria monocytogenes egd-e (see paper)
36% identity, 71% coverage: 90:360/381 of query aligns to 82:334/345 of 3nvtA

query
sites
3nvtA
I
 
L
L
 
L
G
 
V
R
 
S
H
 
R
R
 
K
D
 
N
D
 
K
K
 
K
R
 
E
A
 
D
T
 
T
Y
 
I
F
 
V
D
 
T
Y
 
V
N
 
K
G
 
G
V
 
L
R
 
P
F
 
I
G
 
G
Q
 
N
D
 
G
N
 
E
L
 
P
H
 
V
V
 
F
F
 
V
A
 
F
G
 
G
L
 
P
C
|
C
A
 
S
V
 
V
N
 
E
S
 
S
P
 
Y
E
 
E
H
 
Q
V
 
V
E
 
A
A
 
A
M
 
V
M
 
A
K
 
E
A
 
S
L
 
I
K
 
K
D
 
A
N
 
K
G
 
G
Q
 
L
V
 
K
C
 
L
T
 
I
R
 
R
M
 
G
G
 
G
A
 
A
Y
 
F
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
S
 
D
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
L
G
 
G
K
 
L
A
 
E
C
 
G
L
 
L
P
 
K
Y
 
I
V
 
L
F
 
K
E
 
R
L
 
V
A
 
S
G
 
D
K
 
E
Y
 
Y
G
 
G
I
 
L
R
 
G
V
 
V
I
 
I
A
 
S
M
 
E
E
 
I
V
 
V
T
 
T
H
 
P
E
 
-
A
 
-
H
 
-
V
 
-
A
 
A
E
 
D
I
 
I
H
 
E
E
 
V
A
 
A
L
 
L
E
 
D
Q
 
Y
T
 
V
G
 
D
H
 
-
P
 
-
T
 
-
G
 
-
V
 
-
M
 
V
L
 
I
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
T
 
A
R
 
R
N
 
N
T
 
M
Q
 
Q
N
 
N
F
 
F
E
 
E
L
 
L
L
 
L
K
 
K
S
 
A
V
 
A
G
 
G
R
 
R
Q
 
V
R
 
D
E
 
K
F
 
-
P
 
P
V
 
I
L
 
L
F
 
L
K
 
K
R
 
R
G
 
G
F
 
L
G
 
S
I
 
A
T
 
T
L
 
I
E
 
E
E
 
E
S
 
F
L
 
I
N
 
G
A
 
A
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
L
 
I
A
 
M
S
 
S
E
 
Q
G
 
G
N
 
N
R
 
G
K
 
K
V
 
I
V
 
I
F
 
L
G
 
C
L
 
E
R
 
R
G
 
G
M
 
I
K
 
R
T
 
T
N
 
-
M
 
Y
G
 
E
D
 
K
P
 
A
H
 
T
R
 
R
N
 
N
F
 
T
V
 
L
D
 
D
F
 
I
A
 
S
H
 
A
V
 
V
P
 
P
V
 
I
V
 
L
K
 
K
R
 
K
L
 
E
T
 
T
R
 
H
M
 
L
P
 
P
V
 
V
C
 
M
I
 
V
D
 
D
P
 
V
S
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
T
G
 
G
S
 
R
R
 
K
E
 
-
S
 
-
D
 
-
P
 
-
D
 
-
G
 
-
I
 
-
L
 
-
D
 
D
V
 
L
F
 
L
H
 
L
V
 
P
T
 
C
A
 
A
Q
 
K
G
 
A
V
 
A
I
 
L
A
 
A
-
 
I
G
 
E
A
 
A
N
 
D
M
 
G
I
 
V
L
 
M
V
 
A
D
x
E
F
 
V
H
 
H
P
 
P
D
 
D
P
 
P
S
 
A
H
 
V
A
 
A
L
 
L
V
 
S
D
|
D
G
 
S
P
 
A
Q
 
Q
A
 
Q
L
 
M
L
 
D
L
 
I
E
 
P
E
 
E
L
 
F
P
 
E
L
 
E
F
 
F

P39912 Protein AroA(G); EC 2.5.1.54; EC 5.4.99.5 from Bacillus subtilis (strain 168) (see paper)
37% identity, 70% coverage: 101:365/381 of query aligns to 105:351/358 of P39912

query
sites
P39912
T
 
T
Y
 
I
F
 
V
D
 
D
Y
 
I
N
 
K
G
 
G
V
 
E
R
 
K
F
 
I
G
 
G
Q
 
D
D
 
G
N
 
Q
L
 
Q
H
 
R
V
 
F
F
 
I
A
 
V
G
 
G
L
 
P
C
 
C
A
 
A
V
 
V
N
 
E
S
 
S
P
 
Y
E
 
E
H
 
Q
V
 
V
E
 
A
A
 
E
M
 
V
M
 
A
K
 
A
A
 
A
L
 
A
K
 
K
D
 
K
N
 
Q
G
 
G
Q
 
I
V
 
K
C
 
I
T
 
L
R
 
R
M
 
G
G
 
G
A
 
A
Y
 
F
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
S
 
D
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
L
G
 
G
K
 
V
A
 
E
C
 
G
L
 
L
P
 
Q
Y
 
I
V
 
L
F
 
K
E
 
R
L
 
V
A
 
A
G
 
D
K
 
E
Y
 
F
G
 
D
I
 
L
R
 
A
V
 
V
I
 
I
A
 
S
M
 
-
E
 
E
V
 
I
T
 
V
H
 
T
E
 
P
A
 
A
H
 
H
V
 
I
A
 
E
E
 
E
I
 
A
H
 
L
E
 
D
A
 
Y
L
 
I
E
 
D
Q
 
-
T
 
-
G
 
-
H
 
-
P
 
-
T
 
-
G
 
-
V
 
-
M
 
V
L
 
I
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
T
 
A
R
 
R
N
 
N
T
 
M
Q
 
Q
N
 
N
F
 
F
E
 
E
L
 
L
L
 
L
K
 
K
S
 
A
V
 
A
G
 
G
R
 
A
Q
 
V
R
 
K
E
 
K
F
 
-
P
 
P
V
 
V
L
 
L
F
 
L
K
 
K
R
 
R
G
 
G
F
 
L
G
 
A
I
 
A
T
 
T
L
 
I
E
 
S
E
 
E
S
 
F
L
 
I
N
 
N
A
 
A
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
L
 
I
A
 
M
S
 
S
E
 
Q
G
 
G
N
 
N
R
 
D
K
 
Q
V
 
I
V
 
I
F
 
L
G
 
C
L
 
E
R
 
R
G
 
G
M
 
I
K
 
R
T
 
T
N
 
-
M
 
Y
G
 
E
D
 
T
P
 
A
H
 
T
R
 
R
N
 
N
F
 
T
V
 
L
D
 
D
F
 
I
A
 
S
H
 
A
V
 
V
P
 
P
V
 
I
V
 
L
K
 
K
R
 
Q
L
 
E
T
 
T
R
 
H
M
 
L
P
 
P
V
 
V
C
 
F
I
 
V
D
 
D
P
 
V
S
 
T
H
 
H
S
 
S
V
 
T
G
 
G
S
 
R
R
 
R
E
 
-
S
 
-
D
 
-
P
 
-
D
 
-
G
 
-
I
 
-
L
 
-
D
 
D
V
 
L
F
 
L
H
 
L
V
 
P
T
 
T
A
 
A
Q
 
K
G
 
A
V
 
A
I
 
L
A
 
A
-
 
I
G
 
G
A
 
A
N
 
D
M
 
G
I
 
V
L
 
M
V
 
A
D
 
E
F
 
V
H
 
H
P
 
P
D
 
D
P
 
P
S
 
S
H
 
V
A
 
A
L
 
L
V
 
S
D
 
D
G
 
S
P
 
A
Q
 
Q
A
 
Q
L
 
M
L
 
A
L
 
I
E
 
P
E
 
E
L
 
F
P
 
E
L
 
K
F
 
W
L
 
L
E
 
N
D
 
E
V
 
L
R
 
K

Sites not aligning to the query:

1vs1D Crystal structure of 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase (dahp synthase) from aeropyrum pernix in complex with mn2+ and pep
40% identity, 72% coverage: 96:368/381 of query aligns to 15:269/271 of 1vs1D

query
sites
1vs1D
D
 
E
D
 
E
K
 
R
R
 
R
A
 
E
T
 
T
Y
 
V
F
 
V
D
 
E
Y
 
V
N
 
E
G
 
G
V
 
V
R
 
R
F
 
I
G
 
G
Q
 
G
D
 
G
N
 
S
L
 
K
H
 
A
V
 
V
F
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
P
C
|
C
A
 
S
V
 
V
N
 
E
S
 
S
P
 
W
E
 
E
H
 
Q
V
 
V
E
 
R
A
 
E
M
 
A
M
 
A
K
 
L
A
 
A
L
 
V
K
 
K
D
 
E
N
 
A
G
 
G
Q
 
A
V
 
H
C
 
M
T
 
L
R
|
R
M
 
G
G
 
G
A
 
A
Y
 
F
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
S
 
S
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
L
G
 
G
K
 
L
A
 
E
C
 
G
L
 
L
P
 
K
Y
 
L
V
 
L
F
 
R
E
 
R
L
 
A
A
 
G
G
 
D
K
 
E
Y
 
A
G
 
G
I
 
L
R
 
P
V
 
V
I
 
V
A
 
T
M
 
-
E
 
E
V
 
V
T
 
L
H
 
D
E
 
P
A
 
R
H
 
H
V
 
V
A
 
E
E
 
T
I
 
V
H
 
S
E
 
R
A
 
Y
L
 
A
E
 
D
Q
 
-
T
 
-
G
 
-
H
 
-
P
 
-
T
 
-
G
 
-
V
 
-
M
 
M
L
 
L
Q
|
Q
I
 
I
G
|
G
T
 
A
R
 
R
N
 
N
T
 
M
Q
 
Q
N
 
N
F
 
F
E
 
P
L
 
L
L
 
L
K
 
R
S
 
E
V
 
V
G
 
G
R
 
R
Q
 
S
R
 
G
E
 
K
F
 
-
P
 
P
V
 
V
L
 
L
F
 
L
K
|
K
R
 
R
G
 
G
F
 
F
G
 
G
I
 
N
T
 
T
L
 
V
E
 
E
E
 
E
S
 
L
L
 
L
N
 
A
A
 
A
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
L
 
I
A
 
L
S
 
L
E
 
E
G
 
G
N
 
N
R
 
W
K
 
Q
V
 
V
V
 
V
F
 
L
G
 
V
L
 
E
R
|
R
G
 
G
M
 
I
K
 
R
T
 
T
N
 
F
M
 
-
G
 
-
D
 
E
P
 
P
H
 
S
R
 
T
N
 
R
F
 
F
-
 
T
V
 
L
D
 
D
F
 
V
A
 
A
H
 
A
V
 
V
P
 
A
V
 
V
V
 
L
K
 
K
R
 
E
L
 
A
T
 
T
R
 
H
M
 
L
P
 
P
V
 
V
C
 
I
I
 
V
D
 
D
P
 
P
S
 
S
H
|
H
S
 
P
V
 
A
G
 
G
S
 
R
R
 
R
E
 
S
S
 
L
D
 
V
P
 
P
D
 
A
G
 
L
I
 
A
L
 
K
D
 
A
V
 
G
F
 
L
H
 
A
V
 
A
T
 
G
A
 
A
Q
 
D
G
 
G
V
 
L
I
 
I
A
 
-
G
 
-
A
 
-
N
 
-
M
 
-
I
 
-
L
 
-
V
 
V
D
x
E
F
 
V
H
 
H
P
 
P
D
 
N
P
 
P
S
 
E
H
 
E
A
 
A
L
 
L
V
 
S
D
|
D
G
 
A
P
 
K
Q
 
Q
A
 
Q
L
 
L
L
 
T
L
 
P
E
 
G
E
 
E
L
 
F
P
 
A
L
 
R
F
 
L
L
 
M
E
 
G
D
 
E
V
 
L
R
 
R
I
 
W
A
 
H
R
 
R

2nx3D Structural and mechanistic changes along an engineered path from metallo to non-metallo kdo8p synthase (see paper)
24% identity, 58% coverage: 153:373/381 of query aligns to 47:257/262 of 2nx3D

query
sites
2nx3D
R
|
R
T
x
S
S
 
S
P
 
I
Y
 
H
S
 
S
F
 
F
Q
 
R
G
 
G
Y
 
H
G
 
G
K
 
L
A
 
-
C
 
-
L
 
-
P
 
-
Y
 
-
V
 
-
F
 
-
E
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
K
 
E
Y
 
Y
G
 
G
I
 
V
R
 
K
V
 
A
I
 
L
-
 
R
-
 
K
-
 
V
-
 
K
-
 
E
-
 
E
-
 
F
A
 
G
M
 
L
E
 
K
V
 
I
T
 
T
H
 
T
E
 
D
A
 
I
H
 
H
V
 
E
A
 
S
E
 
W
I
 
Q
H
 
A
E
 
E
A
 
P
L
 
V
E
 
A
Q
 
E
T
 
V
G
 
A
H
 
D
P
 
-
T
 
-
G
 
-
V
 
-
M
 
I
L
 
I
Q
|
Q
I
 
I
G
x
P
T
x
A
R
 
F
N
 
L
T
 
C
Q
 
R
N
 
Q
F
 
T
E
 
D
L
 
L
L
 
L
K
 
L
S
 
A
V
 
A
G
 
A
R
 
K
Q
 
T
R
 
G
E
 
R
F
 
-
P
 
A
V
 
V
L
 
N
F
 
V
K
|
K
R
 
K
G
 
G
F
 
Q
G
 
F
I
 
L
T
 
A
L
 
P
E
 
W
E
 
D
S
 
T
L
 
K
N
 
N
A
 
V
A
 
V
E
 
E
Y
 
K
L
 
L
A
 
K
S
 
F
E
 
G
G
 
G
N
 
A
R
 
K
K
 
E
V
 
I
V
 
Y
F
 
L
G
 
T
L
 
E
R
|
R
G
 
G
M
 
-
K
 
-
T
 
T
N
 
T
M
 
F
G
 
G
D
 
-
P
 
-
H
 
Y
R
 
N
N
 
N
F
 
L
V
 
V
-
 
V
D
 
D
F
 
F
A
 
R
H
 
S
V
 
L
P
 
P
V
 
I
V
 
M
K
 
K
R
 
Q
L
 
W
T
 
A
R
 
K
M
 
-
P
 
-
V
 
V
C
 
I
I
 
Y
D
 
D
P
 
A
S
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
G
 
-
S
 
-
R
 
-
E
 
-
S
 
Q
D
 
L
P
 
P
D
 
G
G
 
G
I
 
L
L
 
G
D
 
D
-
x
K
-
x
S
-
 
G
-
 
G
-
 
M
-
 
R
-
 
E
-
 
F
V
 
I
F
 
F
H
 
P
V
 
L
T
 
I
A
 
R
Q
 
A
G
 
A
V
 
V
I
 
A
A
 
V
G
 
G
A
 
C
N
 
D
M
 
G
I
 
V
L
 
F
V
 
M
D
 
E
F
 
T
H
 
H
P
 
P
D
 
E
P
 
P
S
 
E
H
 
K
A
 
A
L
 
L
V
 
S
D
|
D
G
 
A
P
 
P
Q
 
T
A
 
A
L
 
L
L
 
P
L
 
L
E
 
S
E
 
Q
L
 
L
P
 
E
L
 
G
F
 
I
L
 
I
E
 
E
D
 
A
V
 
I
R
 
L
I
 
E
A
 
I
R
 
R
E
 
E
A
 
V
Y
 
A
E
 
S
K
 
K

Sites not aligning to the query:

1g7vA Crystal structures of kdo8p synthase in its binary complexes with the mechanism-based inhibitor (see paper)
25% identity, 56% coverage: 153:365/381 of query aligns to 63:268/284 of 1g7vA

query
sites
1g7vA
R
|
R
T
 
S
S
 
S
P
 
I
Y
 
H
S
 
S
F
 
Y
Q
 
R
G
 
G
Y
 
P
G
 
G
K
 
L
A
 
E
C
 
E
L
 
G
P
 
M
Y
 
K
V
 
I
F
 
F
-
 
Q
E
 
E
L
 
L
A
 
K
G
 
Q
K
 
T
Y
 
F
G
 
G
I
 
V
R
 
K
V
 
I
I
 
I
A
 
T
M
 
-
E
 
D
V
 
V
T
 
H
H
 
E
E
 
P
A
 
S
H
 
Q
V
 
A
A
 
Q
E
 
P
I
 
V
H
 
A
E
 
D
A
 
V
L
 
V
E
 
D
Q
 
V
T
 
I
G
 
Q
H
 
L
P
 
P
T
 
A
G
x
F
V
 
L
M
 
-
L
 
-
Q
 
-
I
 
-
G
 
-
T
 
A
R
 
R
N
 
Q
T
 
T
Q
 
D
N
 
L
F
 
V
E
 
E
L
 
A
L
 
M
K
 
A
S
 
K
V
 
T
G
 
G
R
 
A
Q
 
V
R
 
-
E
 
-
F
 
-
P
 
-
V
 
I
L
 
N
F
 
V
K
 
K
R
 
K
G
 
P
F
 
Q
G
 
F
I
 
V
T
 
S
L
 
P
E
 
G
E
 
Q
S
 
M
L
 
G
N
 
N
A
 
I
A
 
V
E
 
D
Y
 
K
L
 
F
A
 
K
S
 
E
E
 
G
G
 
G
N
 
N
R
 
E
K
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
L
G
 
C
L
 
D
R
|
R
G
 
G
M
 
-
K
 
-
T
 
A
N
 
N
M
 
F
G
 
G
D
 
-
P
 
-
H
 
Y
R
 
D
N
 
N
F
 
L
V
 
V
-
 
V
D
 
D
F
 
M
A
 
L
H
 
G
V
 
F
P
 
S
V
 
I
V
 
M
K
 
K
R
 
K
L
 
V
T
 
S
-
 
G
R
 
N
M
 
S
P
 
P
V
 
V
C
 
I
I
 
F
D
 
D
P
 
V
S
 
T
H
|
H
S
 
A
V
 
L
G
x
Q
S
 
C
R
 
R
E
 
-
S
 
-
D
 
D
P
 
P
D
 
F
G
 
G
I
 
A
L
 
A
D
 
S
-
 
G
-
 
G
-
 
R
-
 
R
-
 
A
-
 
Q
V
 
V
F
 
A
H
 
E
V
 
L
T
 
A
A
 
R
Q
 
A
G
 
G
V
 
M
I
 
A
A
 
V
G
 
G
A
 
L
N
 
A
M
 
G
I
 
L
L
 
F
V
 
I
D
 
E
F
 
A
H
 
H
P
 
P
D
 
D
P
 
P
S
 
E
H
 
H
A
|
A
L
 
K
V
 
C
D
|
D
G
|
G
P
|
P
Q
 
S
A
 
A
L
 
L
L
 
P
L
 
L
E
 
A
E
 
K
L
 
L
P
 
E
L
 
P
F
 
F
L
 
L
E
 
K
D
 
Q
V
 
M
R
 
K

Sites not aligning to the query:

1gg0A Crystal structure analysis of kdop synthase at 3.0 a (see paper)
25% identity, 56% coverage: 153:365/381 of query aligns to 63:259/275 of 1gg0A

query
sites
1gg0A
R
 
R
T
 
S
S
 
S
P
 
I
Y
 
H
S
 
S
F
 
Y
Q
 
R
G
 
G
Y
 
P
G
 
G
K
 
L
A
 
E
C
 
E
L
 
G
P
 
M
Y
 
K
V
 
I
F
 
F
-
 
Q
E
 
E
L
 
L
A
 
K
G
 
Q
K
 
T
Y
 
F
G
 
G
I
 
V
R
 
K
V
 
I
I
 
I
A
 
T
M
 
-
E
 
D
V
 
V
T
 
H
H
 
E
E
 
P
A
 
S
H
 
Q
V
 
A
A
 
Q
E
 
P
I
 
V
H
 
A
E
 
D
A
 
V
L
 
V
E
 
D
Q
 
V
T
 
I
G
 
Q
H
 
L
P
 
P
T
x
A
G
 
F
V
 
L
M
 
-
L
 
-
Q
 
-
I
 
-
G
 
-
T
 
A
R
 
R
N
 
Q
T
 
T
Q
 
D
N
 
L
F
 
V
E
 
E
L
 
A
L
 
M
K
 
A
S
 
K
V
 
T
G
 
G
R
 
A
Q
 
V
R
 
-
E
 
-
F
 
-
P
 
-
V
 
I
L
 
N
F
 
V
K
|
K
R
 
K
G
 
P
F
 
Q
G
 
F
I
 
V
T
 
S
L
 
P
E
 
G
E
 
Q
S
 
M
L
 
G
N
 
N
A
 
I
A
 
V
E
 
D
Y
 
K
L
 
F
A
 
K
S
 
E
E
 
G
G
 
G
N
 
N
R
 
E
K
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
L
G
 
C
L
 
D
R
|
R
G
 
G
M
 
-
K
 
-
T
 
A
N
 
N
M
 
F
G
 
G
D
 
-
P
 
-
H
 
Y
R
 
D
N
 
N
F
 
L
V
 
V
-
 
V
D
 
D
F
 
M
A
 
L
H
 
G
V
 
F
P
 
S
V
 
I
V
 
M
K
 
K
R
 
K
L
 
V
T
 
S
-
 
G
R
 
N
M
 
S
P
 
P
V
 
V
C
 
I
I
 
F
D
 
D
P
 
V
S
 
T
H
 
H
S
 
A
V
 
L
G
 
Q
S
 
C
R
 
R
E
 
R
S
 
R
D
 
-
P
 
-
D
 
-
G
 
-
I
 
-
L
 
A
D
 
Q
V
 
V
F
 
A
H
 
E
V
 
L
T
 
A
A
 
R
Q
 
A
G
 
G
V
 
M
I
 
A
A
 
V
G
 
G
A
 
L
N
 
A
M
 
G
I
 
L
L
 
F
V
 
I
D
 
E
F
 
A
H
 
H
P
 
P
D
 
D
P
 
P
S
 
E
H
 
H
A
 
A
L
 
K
V
 
C
D
|
D
G
 
G
P
 
P
Q
 
S
A
 
A
L
 
L
L
 
P
L
 
L
E
 
A
E
 
K
L
 
L
P
 
E
L
 
P
F
 
F
L
 
L
E
 
K
D
 
Q
V
 
M
R
 
K

Sites not aligning to the query:

1g7uA Crystal structures of kdo8p synthase in its binary complex with substrate phosphoenol pyruvate (see paper)
24% identity, 56% coverage: 153:365/381 of query aligns to 63:268/284 of 1g7uA

query
sites
1g7uA
R
 
R
T
 
S
S
 
S
P
 
I
Y
 
H
S
 
S
F
 
Y
Q
 
R
G
 
G
Y
 
P
G
 
G
K
 
L
A
 
E
C
 
E
L
 
G
P
 
M
Y
 
K
V
 
I
F
 
F
-
 
Q
E
 
E
L
 
L
A
 
K
G
 
Q
K
 
T
Y
 
F
G
 
G
I
 
V
R
 
K
V
 
I
I
 
I
A
 
T
M
 
-
E
 
D
V
 
V
T
 
H
H
 
E
E
 
P
A
 
S
H
 
Q
V
 
A
A
 
Q
E
 
P
I
 
V
H
 
A
E
 
D
A
 
V
L
 
V
E
 
D
Q
 
V
T
 
I
G
 
Q
H
 
L
P
 
P
T
 
A
G
x
F
V
 
L
M
 
-
L
 
-
Q
 
-
I
 
-
G
 
-
T
 
A
R
 
R
N
 
Q
T
 
T
Q
 
D
N
 
L
F
 
V
E
 
E
L
 
A
L
 
M
K
 
A
S
 
K
V
 
T
G
 
G
R
 
A
Q
 
V
R
 
-
E
 
-
F
 
-
P
 
-
V
 
I
L
 
N
F
 
V
K
 
K
R
 
K
G
 
P
F
 
Q
G
 
F
I
 
V
T
 
S
L
 
P
E
 
G
E
 
Q
S
 
M
L
 
G
N
 
N
A
 
I
A
 
V
E
 
D
Y
 
K
L
 
F
A
 
K
S
 
E
E
 
G
G
 
G
N
 
N
R
 
E
K
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
L
G
 
C
L
 
D
R
|
R
G
 
G
M
 
-
K
 
-
T
 
A
N
 
N
M
 
F
G
 
G
D
 
-
P
 
-
H
 
Y
R
 
D
N
 
N
F
 
L
V
 
V
-
 
V
D
 
D
F
 
M
A
 
L
H
 
G
V
 
F
P
 
S
V
 
I
V
 
M
K
 
K
R
 
K
L
 
V
T
 
S
-
 
G
R
 
N
M
 
S
P
 
P
V
 
V
C
 
I
I
 
F
D
 
D
P
 
V
S
 
T
H
|
H
S
 
A
V
 
L
G
 
Q
S
 
C
R
 
R
E
 
D
-
 
P
-
 
F
-
 
V
-
 
A
S
 
A
D
 
S
P
 
G
D
 
G
G
 
R
I
 
R
L
 
A
D
 
Q
V
 
V
F
 
A
H
 
E
V
 
L
T
 
A
A
 
R
Q
 
A
G
 
G
V
 
M
I
 
A
A
 
V
G
 
G
A
 
L
N
 
A
M
 
G
I
 
L
L
 
F
V
 
I
D
 
E
F
 
A
H
 
H
P
 
P
D
 
D
P
 
P
S
 
E
H
 
H
A
 
A
L
 
K
V
 
C
D
 
D
G
 
G
P
 
P
Q
 
S
A
 
A
L
 
L
L
 
P
L
 
L
E
 
A
E
 
K
L
 
L
P
 
E
L
 
P
F
 
F
L
 
L
E
 
K
D
 
Q
V
 
M
R
 
K

1x6uA Kdo8p synthase in it's binary complex with the product kdo8p (see paper)
24% identity, 56% coverage: 153:365/381 of query aligns to 63:256/272 of 1x6uA

query
sites
1x6uA
R
 
R
T
 
S
S
 
S
P
 
I
Y
 
H
S
 
S
F
 
Y
Q
 
R
G
 
G
Y
 
P
G
 
G
K
 
L
A
 
E
C
 
E
L
 
G
P
 
M
Y
 
K
V
 
I
F
 
F
-
 
Q
E
 
E
L
 
L
A
 
K
G
 
Q
K
 
T
Y
 
F
G
 
G
I
 
V
R
 
K
V
 
I
I
 
I
A
 
T
M
 
-
E
 
D
V
 
V
T
 
H
H
 
E
E
 
P
A
 
S
H
 
Q
V
 
A
A
 
Q
E
 
P
I
 
V
H
 
A
E
 
D
A
 
V
L
 
V
E
 
D
Q
 
V
T
 
I
G
x
Q
H
 
L
P
 
P
T
 
A
G
x
F
V
 
L
M
 
-
L
 
-
Q
 
-
I
 
-
G
 
-
T
 
A
R
 
R
N
 
Q
T
 
T
Q
 
D
N
 
L
F
 
V
E
 
E
L
 
A
L
 
M
K
 
A
S
 
K
V
 
T
G
 
G
R
 
A
Q
 
V
R
 
-
E
 
-
F
 
-
P
 
-
V
 
I
L
 
N
F
 
V
K
|
K
R
 
K
G
 
P
F
 
Q
G
 
F
I
 
V
T
 
S
L
 
P
E
 
G
E
 
Q
S
 
M
L
 
G
N
 
N
A
 
I
A
 
V
E
 
D
Y
 
K
L
 
F
A
 
K
S
 
E
E
 
G
G
 
G
N
 
N
R
 
E
K
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
L
G
 
C
L
 
D
R
 
R
G
 
G
M
 
-
K
 
-
T
 
A
N
 
N
M
 
F
G
 
G
D
 
-
P
 
-
H
 
Y
R
 
D
N
 
N
F
 
L
V
 
V
-
 
V
D
 
D
F
 
M
A
 
L
H
 
G
V
 
F
P
 
S
V
 
I
V
 
M
K
 
K
R
 
K
L
 
V
T
 
S
-
 
G
R
 
N
M
 
S
P
 
P
V
 
V
C
 
I
I
 
F
D
|
D
P
 
V
S
 
T
H
|
H
S
 
A
V
 
L
G
 
Q
S
 
R
R
 
A
E
 
Q
S
 
-
D
 
-
P
 
-
D
 
-
G
 
-
I
 
-
L
 
-
D
 
-
V
 
V
F
 
A
H
 
E
V
 
L
T
 
A
A
 
R
Q
 
A
G
 
G
V
 
M
I
 
A
A
 
V
G
 
G
A
 
L
N
 
A
M
 
G
I
 
L
L
x
F
V
 
I
D
x
E
F
 
A
H
 
H
P
 
P
D
 
D
P
 
P
S
 
E
H
 
H
A
 
A
L
 
K
V
 
C
D
|
D
G
 
G
P
|
P
Q
 
S
A
 
A
L
 
L
L
 
P
L
 
L
E
 
A
E
 
K
L
 
L
P
 
E
L
 
P
F
 
F
L
 
L
E
 
K
D
 
Q
V
 
M
R
 
K

Sites not aligning to the query:

1phwA Crystal structure of kdo8p synthase in its binary complex with substrate analog 1-deoxy-a5p (see paper)
24% identity, 56% coverage: 153:365/381 of query aligns to 63:256/272 of 1phwA

query
sites
1phwA
R
 
R
T
 
S
S
 
S
P
 
I
Y
 
H
S
 
S
F
 
Y
Q
 
R
G
 
G
Y
 
P
G
 
G
K
 
L
A
 
E
C
 
E
L
 
G
P
 
M
Y
 
K
V
 
I
F
 
F
-
 
Q
E
 
E
L
 
L
A
 
K
G
 
Q
K
 
T
Y
 
F
G
 
G
I
 
V
R
 
K
V
 
I
I
 
I
A
 
T
M
 
-
E
 
D
V
 
V
T
 
H
H
 
E
E
 
P
A
 
S
H
 
Q
V
 
A
A
 
Q
E
 
P
I
 
V
H
 
A
E
 
D
A
 
V
L
 
V
E
 
D
Q
 
V
T
 
I
G
 
Q
H
 
L
P
|
P
T
x
A
G
x
F
V
 
L
M
 
-
L
 
-
Q
 
-
I
 
-
G
 
-
T
 
A
R
 
R
N
 
Q
T
 
T
Q
 
D
N
 
L
F
 
V
E
 
E
L
 
A
L
 
M
K
 
A
S
 
K
V
 
T
G
 
G
R
 
A
Q
 
V
R
 
-
E
 
-
F
 
-
P
 
-
V
 
I
L
 
N
F
 
V
K
|
K
R
 
K
G
 
P
F
 
Q
G
 
F
I
 
V
T
 
S
L
 
P
E
 
G
E
 
Q
S
 
M
L
 
G
N
 
N
A
 
I
A
 
V
E
 
D
Y
 
K
L
 
F
A
 
K
S
 
E
E
 
G
G
 
G
N
 
N
R
 
E
K
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
L
G
 
C
L
 
D
R
|
R
G
 
G
M
 
-
K
 
-
T
 
A
N
 
N
M
 
F
G
 
G
D
 
-
P
 
-
H
 
Y
R
 
D
N
 
N
F
 
L
V
 
V
-
 
V
D
 
D
F
 
M
A
 
L
H
 
G
V
 
F
P
 
S
V
 
I
V
 
M
K
 
K
R
 
K
L
 
V
T
 
S
-
 
G
R
 
N
M
 
S
P
 
P
V
 
V
C
 
I
I
 
F
D
 
D
P
 
V
S
 
T
H
|
H
S
 
A
V
 
L
G
 
Q
S
 
R
R
 
A
E
 
Q
S
 
-
D
 
-
P
 
-
D
 
-
G
 
-
I
 
-
L
 
-
D
 
-
V
 
V
F
 
A
H
 
E
V
 
L
T
 
A
A
 
R
Q
 
A
G
 
G
V
 
M
I
 
A
A
 
V
G
 
G
A
 
L
N
 
A
M
 
G
I
 
L
L
 
F
V
 
I
D
 
E
F
 
A
H
 
H
P
 
P
D
 
D
P
 
P
S
 
E
H
 
H
A
 
A
L
 
K
V
 
C
D
|
D
G
 
G
P
 
P
Q
 
S
A
 
A
L
 
L
L
 
P
L
 
L
E
 
A
E
 
K
L
 
L
P
 
E
L
 
P
F
 
F
L
 
L
E
 
K
D
 
Q
V
 
M
R
 
K

Sites not aligning to the query:

1phqA Crystal structure of kdo8p synthase in its binary complex with substrate analog e-fpep
24% identity, 56% coverage: 153:365/381 of query aligns to 63:256/272 of 1phqA

query
sites
1phqA
R
 
R
T
 
S
S
 
S
P
 
I
Y
 
H
S
 
S
F
 
Y
Q
 
R
G
 
G
Y
 
P
G
 
G
K
 
L
A
 
E
C
 
E
L
 
G
P
 
M
Y
 
K
V
 
I
F
 
F
-
&n