SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_025167220.1 NCBI__GCF_000498575.2:WP_025167220.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 3 hits to proteins with known functional sites (download)

7ndsA Crystal structure of tphc in a closed conformation (see paper)
23% identity, 76% coverage: 70:318/327 of query aligns to 42:287/294 of 7ndsA

query
sites
7ndsA
P
 
P
G
 
G
G
 
A
I
 
G
G
 
G
A
 
N
V
 
I
A
 
G
Y
 
A
N
 
D
A
 
L
I
 
V
A
 
F
A
 
R
N
 
A
R
 
P
R
 
P
D
 
D
E
 
G
S
 
M
G
 
T
T
 
V
L
 
L
I
 
A
A
 
S
F
x
P
S
 
P
G
 
G
A
 
P
S
 
I
L
 
A
L
 
I
N
 
N
L
 
H
A
 
N
L
 
L
G
 
Y
K
 
Q
Y
 
K
G
 
L
R
 
S
Y
 
F
D
 
D
E
 
P
N
 
T
S
 
R
V
 
W
Q
 
V
W
 
P
L
 
V
T
 
T
T
 
I
I
 
L
G
 
A
T
 
T
D
 
V
Y
 
P
G
 
N
T
 
V
L
 
L
A
 
V
V
 
I
R
 
N
E
 
P
D
 
K
S
 
L
P
 
P
F
 
V
K
 
K
T
 
S
L
 
L
D
 
G
D
 
E
V
 
F
I
 
I
Q
 
A
A
 
Y
L
 
A
K
 
K
K
 
A
D
 
N
P
 
P
K
 
K
S
 
K
I
 
V
T
 
T
V
 
V
G
 
A
G
 
T
G
x
Q
G
 
G
S
 
D
I
 
-
G
 
G
G
x
S
Q
x
T
G
 
S
W
 
H
A
 
L
K
 
T
I
 
A
A
 
A
L
 
M
L
 
F
A
 
M
K
 
Q
A
 
L
A
 
T
G
 
G
V
 
T
D
 
-
P
 
-
R
 
-
E
 
E
L
 
L
R
 
T
Y
 
V
A
 
I
A
 
P
F
 
Y
E
 
K
G
|
G
G
x
T
A
 
A
E
 
P
H
 
A
Y
 
L
M
 
I
A
 
D
L
 
L
M
 
I
G
 
G
K
 
G
H
 
N
V
 
V
D
 
D
L
 
V
V
 
F
T
 
F
G
 
D
S
x
N
-
 
I
A
 
S
S
 
S
E
 
S
I
 
A
R
 
T
A
 
Y
Q
 
H
R
 
Q
G
 
A
N
 
G
K
 
K
I
 
V
R
 
R
A
 
I
L
 
L
V
 
A
V
 
V
Y
 
A
S
 
D
E
 
E
E
 
Q
R
 
R
L
 
-
P
 
S
G
 
Q
E
 
I
L
 
L
A
 
P
S
 
Q
V
 
V
P
 
P
T
 
T
A
 
F
K
 
A
E
 
E
Q
 
Q
G
 
-
Y
 
-
D
 
-
I
 
-
Q
 
Q
W
 
W
P
 
P
L
 
A
I
 
M
R
 
Q
G
 
A
Y
 
V
Y
x
T
M
 
F
-
x
F
-
 
S
-
 
V
-
 
V
-
 
A
G
 
P
P
 
P
E
 
G
V
 
T
K
 
S
Q
 
A
E
 
E
D
 
I
L
 
A
D
 
Q
W
 
K
W
 
L
K
 
Q
A
 
K
A
 
Q
F
 
M
A
 
A
K
 
L
L
 
A
Q
 
L
S
 
S
S
 
S
E
 
N
E
 
D
F
 
I
Q
 
R
Q
 
K
Y
 
H
L
 
F
Q
 
Q
D
 
E
R
 
Q
D
 
G
V
 
A
L
 
V
P
 
P
L
 
C
N
 
G
V
 
W
T
 
D
G
 
P
Q
 
S
A
 
K
L
 
T
N
 
A
D
 
Q
L
 
F
V
 
I
K
 
R
K
 
Q
Q
 
E
V
 
T
E
 
E
D
 
K
Y
 
W
R
 
K
K
 
K
L
 
V

Sites not aligning to the query:

7ndrD Crystal structure of tphc in an open conformation (see paper)
23% identity, 76% coverage: 70:318/327 of query aligns to 42:287/293 of 7ndrD

query
sites
7ndrD
P
 
P
G
 
G
G
 
A
I
 
G
G
 
G
A
 
N
V
 
I
A
 
G
Y
 
A
N
 
D
A
 
L
I
 
V
A
x
F
A
 
R
N
 
A
R
 
P
R
 
P
D
 
D
E
 
G
S
 
M
G
 
T
T
 
V
L
 
L
I
 
A
A
 
S
F
 
P
S
 
P
G
 
G
A
 
P
S
 
I
L
 
A
L
 
I
N
 
N
L
 
H
A
 
N
L
 
L
G
 
Y
K
 
Q
Y
 
K
G
 
L
R
x
S
Y
x
F
D
|
D
E
 
P
N
 
T
S
x
R
V
 
W
Q
 
V
W
 
P
L
 
V
T
 
T
T
 
I
I
 
L
G
 
A
T
 
T
D
 
V
Y
 
P
G
 
N
T
 
V
L
 
L
A
 
V
V
 
I
R
 
N
E
 
P
D
 
K
S
 
L
P
 
P
F
 
V
K
 
K
T
 
S
L
 
L
D
 
G
D
 
E
V
 
F
I
 
I
Q
 
A
A
 
Y
L
 
A
K
 
K
K
 
A
D
 
N
P
 
P
K
 
K
S
 
K
I
 
V
T
 
T
V
 
V
G
 
A
G
 
T
G
 
Q
G
 
G
S
 
D
I
 
-
G
 
G
G
 
S
Q
 
T
G
 
S
W
 
H
A
 
L
K
 
T
I
 
A
A
 
A
L
 
M
L
 
F
A
 
M
K
 
Q
A
 
L
A
 
T
G
 
G
V
 
T
D
 
-
P
 
-
R
 
-
E
 
E
L
 
L
R
 
T
Y
 
V
A
 
I
A
 
P
F
 
Y
E
 
K
G
 
G
G
 
T
A
 
A
E
 
P
H
 
A
Y
 
L
M
 
I
A
 
D
L
 
L
M
 
I
G
 
G
K
 
G
H
 
N
V
 
V
D
 
D
L
 
V
V
 
F
T
 
F
G
 
D
S
 
N
-
 
I
A
 
S
S
 
S
E
 
S
I
 
A
R
 
T
A
 
Y
Q
 
H
R
 
Q
G
 
A
N
 
G
K
 
K
I
 
V
R
 
R
A
 
I
L
 
L
V
 
A
V
 
V
Y
 
A
S
 
D
E
 
E
E
 
Q
R
 
R
L
 
-
P
 
S
G
 
Q
E
 
I
L
 
L
A
 
P
S
 
Q
V
 
V
P
 
P
T
 
T
A
 
F
K
 
A
E
 
E
Q
 
Q
G
 
-
Y
 
-
D
 
-
I
 
-
Q
 
Q
W
 
W
P
 
P
L
 
A
I
 
M
R
 
Q
G
 
A
Y
 
V
Y
 
T
M
 
F
-
 
F
-
 
S
-
 
V
-
 
V
-
 
A
G
 
P
P
 
P
E
 
G
V
 
T
K
 
S
Q
 
A
E
 
E
D
 
I
L
 
A
D
 
Q
W
 
K
W
 
L
K
 
Q
A
 
K
A
 
Q
F
 
M
A
 
A
K
 
L
L
 
A
Q
 
L
S
 
S
S
 
S
E
 
N
E
 
D
F
 
I
Q
 
R
Q
 
K
Y
 
H
L
 
F
Q
 
Q
D
 
E
R
 
Q
D
 
G
V
 
A
L
 
V
P
 
P
L
 
C
N
 
G
V
 
W
T
 
D
G
 
P
Q
 
S
A
 
K
L
 
T
N
 
A
D
 
Q
L
 
F
V
 
I
K
 
R
K
 
Q
Q
 
E
V
 
T
E
 
E
D
 
K
Y
 
W
R
 
K
K
 
K
L
 
V

2f5xB Structure of periplasmic binding protein bugd (see paper)
25% identity, 60% coverage: 128:324/327 of query aligns to 102:297/300 of 2f5xB

query
sites
2f5xB
T
 
T
L
 
I
A
 
I
V
 
A
R
 
R
E
 
G
D
 
D
S
 
F
P
 
P
F
 
P
K
 
N
T
 
N
L
 
I
D
 
K
D
 
E
V
 
L
I
 
A
Q
 
E
A
 
Y
L
 
V
K
 
K
K
 
K
D
 
N
P
 
A
K
 
D
S
 
K
I
 
I
T
 
S
V
 
L
G
 
A
G
 
N
G
x
A
G
 
G
S
 
-
I
 
I
G
 
G
G
x
A
Q
x
A
G
x
S
W
 
H
A
 
L
K
 
C
I
 
G
A
 
T
L
 
M
L
 
L
A
 
V
K
 
E
A
 
A
A
 
L
G
 
G
V
 
V
D
 
N
P
 
-
R
 
-
E
 
-
L
 
L
R
 
L
Y
 
T
A
 
I
A
 
P
F
 
Y
E
 
K
G
|
G
G
x
T
A
 
A
E
 
P
H
 
A
Y
 
M
M
 
N
A
 
D
L
 
L
M
 
L
G
 
G
K
 
K
H
 
Q
V
 
V
D
 
D
L
 
L
V
 
M
T
 
C
G
 
D
S
 
Q
A
 
T
S
 
T
E
 
N
I
 
T
R
 
T
A
 
Q
Q
 
Q
R
 
I
G
 
T
N
 
S
-
 
G
K
 
K
I
 
V
R
 
K
A
 
A
L
 
Y
V
 
A
V
 
V
Y
 
T
S
 
S
E
 
L
E
 
K
R
 
R
L
 
V
P
 
P
G
 
-
E
 
T
L
 
L
A
 
P
S
 
D
V
 
L
P
 
P
T
 
T
A
 
M
K
 
D
E
 
E
Q
 
S
G
 
G
Y
 
Y
D
 
K
-
 
G
I
 
F
Q
 
E
W
 
V
P
 
G
L
 
I
I
 
W
R
 
H
G
 
G
Y
 
M
Y
 
W
M
 
A
G
 
P
P
 
K
E
 
G
V
 
T
K
 
P
Q
 
K
E
 
P
D
 
V
L
 
V
D
 
D
W
 
K
W
 
L
K
 
V
A
 
K
A
 
S
F
 
L
A
 
Q
K
 
A
L
 
G
Q
 
L
S
 
A
S
 
D
E
 
P
E
 
K
F
 
F
Q
 
Q
Q
 
E
Y
 
R
L
 
M
Q
 
K
D
 
Q
-
 
L
-
 
G
R
 
A
D
 
E
V
 
V
L
 
L
P
 
T
L
 
N
N
 
E
V
 
A
T
 
N
G
 
P
Q
 
E
A
 
A
L
 
L
N
 
Q
D
 
A
L
 
K
V
 
V
K
 
K
K
 
Q
Q
 
Q
V
 
V
E
 
P
D
 
Q
Y
 
W
R
 
A
K
 
E
L
 
L
G
 
F
E
 
K
E
 
K
F
 
A
G
 
G
L
 
V

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_025167220.1 NCBI__GCF_000498575.2:WP_025167220.1
MKTVTLSKFLPLACALMLGSVNAQAGEPSRPECIAPSKPGGGFDMTCKLAQAGLKDHHLL
DSPMRVTYMPGGIGAVAYNAIAANRRDESGTLIAFSGASLLNLALGKYGRYDENSVQWLT
TIGTDYGTLAVREDSPFKTLDDVIQALKKDPKSITVGGGGSIGGQGWAKIALLAKAAGVD
PRELRYAAFEGGAEHYMALMGKHVDLVTGSASEIRAQRGNKIRALVVYSEERLPGELASV
PTAKEQGYDIQWPLIRGYYMGPEVKQEDLDWWKAAFAKLQSSEEFQQYLQDRDVLPLNVT
GQALNDLVKKQVEDYRKLGEEFGLVAE

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory