SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_027721532.1 NCBI__GCF_000425265.1:WP_027721532.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1isoA Isocitrate dehydrogenase: structure of an engineered NADP+--> NAD+ specificity-reversal mutant (see paper)
56% identity, 98% coverage: 8:380/380 of query aligns to 29:414/414 of 1isoA

query
sites
1isoA
F
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
|
I
G
 
G
P
 
V
E
 
D
V
 
V
W
 
T
G
 
P
A
 
A
A
 
M
R
 
L
P
 
K
V
 
V
L
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
I
 
V
E
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
-
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
R
K
 
K
I
 
I
E
 
S
W
 
W
K
 
M
E
 
E
L
 
I
L
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
S
F
 
T
K
 
Q
E
 
V
T
 
Y
G
 
G
S
 
Q
-
 
D
-
 
V
Y
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
E
 
E
T
 
T
L
 
L
D
 
D
A
 
L
L
 
I
A
 
R
A
 
E
A
 
Y
E
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
Q
 
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
K
 
G
G
 
G
F
 
I
R
 
R
S
 
S
L
 
L
N
 
N
V
 
V
T
 
A
L
 
L
R
 
R
Q
 
Q
T
 
E
F
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
I
C
 
C
I
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
V
R
 
R
Y
 
Y
F
 
Y
E
 
Q
G
 
G
I
 
T
E
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
R
 
H
P
 
P
D
 
E
L
 
L
V
 
T
D
 
D
V
 
M
V
 
V
V
 
I
F
 
F
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
V
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
W
 
W
S
 
K
S
 
A
E
 
D
S
 
S
A
 
A
E
 
D
S
 
A
K
 
E
R
 
K
V
 
V
I
 
I
D
 
K
F
 
F
L
 
L
V
 
R
G
 
E
E
 
E
M
 
M
G
 
G
A
 
V
K
 
K
-
 
K
-
 
I
-
 
R
I
 
F
D
 
P
P
 
E
T
 
H
A
 
C
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
K
 
K
P
 
P
I
 
M
T
 
S
P
 
E
A
 
E
G
 
G
S
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
A
A
 
A
L
 
I
D
 
E
Y
 
Y
A
 
A
L
 
I
D
 
A
Q
 
N
N
 
D
R
 
R
E
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
Y
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
G
 
A
F
 
F
R
 
K
Q
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
D
 
Q
V
 
L
A
 
A
E
 
R
E
 
E
E
 
E
Y
 
F
A
 
G
G
 
G
K
 
E
V
 
L
V
 
I
K
 
D
E
 
G
G
 
G
E
 
P
-
 
W
-
 
L
-
 
K
-
 
V
-
 
K
-
 
N
-
 
P
E
 
N
A
 
T
D
 
G
G
 
K
K
 
E
V
 
I
I
 
V
I
 
I
N
 
K
D
 
D
R
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
M
 
F
F
 
L
Q
 
Q
E
 
Q
L
 
I
L
 
L
M
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
A
K
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
V
V
 
I
A
 
A
T
 
C
T
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
D
|
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
V
 
A
N
 
N
M
 
I
G
 
G
D
 
D
K
 
E
L
 
Y
A
 
A
I
 
L
Y
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
T
H
|
H
G
|
G
T
 
T
A
|
A
P
 
P
T
x
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
D
M
 
K
A
|
A
N
|
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
V
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
G
 
A
A
 
E
M
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
R
N
 
H
N
 
M
G
 
G
W
 
W
G
 
T
D
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
D
L
 
L
I
 
I
K
 
V
K
 
K
S
 
G
V
 
M
E
 
E
K
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
N
A
 
A
K
 
K
K
 
T
V
 
V
T
 
T
V
 
K
D
 
D
L
 
F
A
 
E
S
 
S
Q
 
L
I
 
M
A
 
D
G
 
G
A
 
A
E
 
K
T
 
L
V
 
L
G
 
K
C
 
C
K
 
S
E
 
E
F
 
F
G
 
G
E
 
D
I
 
A
I
 
I
L
 
I
T
 
E
N
 
N
L
 
M

1bl5A Isocitrate dehydrogenase from e. Coli single turnover laue structure of rate-limited product complex, 10 msec time resolution (see paper)
55% identity, 98% coverage: 8:380/380 of query aligns to 29:414/414 of 1bl5A

query
sites
1bl5A
F
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
V
E
 
D
V
 
V
W
 
T
G
 
P
A
 
A
A
 
M
R
 
L
P
 
K
V
 
V
L
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
I
 
V
E
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
-
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
R
K
 
K
I
 
I
E
 
S
W
 
W
K
 
M
E
 
E
L
 
I
L
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
S
F
 
T
K
 
Q
E
 
V
T
 
Y
G
 
G
S
 
Q
-
 
D
-
 
V
Y
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
E
 
E
T
 
T
L
 
L
D
 
D
A
 
L
L
 
I
A
 
R
A
 
E
A
 
Y
E
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
Q
 
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
K
 
G
G
 
G
F
 
I
R
 
R
S
|
S
L
 
L
N
|
N
V
 
V
T
 
A
L
 
L
R
|
R
Q
 
Q
T
 
E
F
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
I
C
 
C
I
 
L
R
|
R
P
 
P
I
 
V
R
 
R
Y
 
Y
F
 
Y
E
 
Q
G
 
G
I
 
T
E
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
R
 
H
P
 
P
D
 
E
L
 
L
V
 
T
D
 
D
V
 
M
V
 
V
V
 
I
F
 
F
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
V
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
W
 
W
S
 
K
S
 
A
E
 
D
S
 
S
A
 
A
E
 
D
S
 
A
K
 
E
R
 
K
V
 
V
I
 
I
D
 
K
F
 
F
L
 
L
V
 
R
G
 
E
E
 
E
M
 
M
G
 
G
A
 
V
K
 
K
-
 
K
-
 
I
-
 
R
I
 
F
D
 
P
P
 
E
T
 
H
A
 
C
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
K
 
K
P
 
P
I
 
C
T
 
S
P
 
E
A
 
E
G
 
G
S
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
A
A
 
A
L
 
I
D
 
E
Y
 
Y
A
 
A
L
 
I
D
 
A
Q
 
N
N
 
D
R
 
R
E
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
Y
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
G
 
A
F
 
F
R
 
K
Q
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
D
 
Q
V
 
L
A
 
A
E
 
R
E
 
E
E
 
E
Y
 
F
A
 
G
G
 
G
K
 
E
V
 
L
V
 
I
K
 
D
E
 
G
G
 
G
E
 
P
-
 
W
-
 
L
-
 
K
-
 
V
-
 
K
-
 
N
-
 
P
E
 
N
A
 
T
D
 
G
G
 
K
K
 
E
V
 
I
I
 
V
I
 
I
N
 
K
D
 
D
R
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
M
 
F
F
 
L
Q
 
Q
E
 
Q
L
 
I
L
 
L
M
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
A
K
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
V
V
 
I
A
 
A
T
 
C
T
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
D
|
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
V
 
A
N
 
N
M
 
I
G
 
G
D
 
D
K
 
E
L
 
C
A
 
A
I
 
L
Y
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
T
H
|
H
G
|
G
T
 
T
A
|
A
P
 
P
T
 
K
I
x
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
D
M
 
K
A
 
V
N
|
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
V
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
G
 
A
A
 
E
M
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
R
N
 
H
N
 
M
G
 
G
W
 
W
G
 
T
D
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
D
L
 
L
I
 
I
K
 
V
K
 
K
S
 
G
V
 
M
E
 
E
K
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
N
A
 
A
K
 
K
K
 
T
V
 
V
T
 
T
V
x
Y
D
 
D
L
 
F
A
 
E
S
 
R
Q
 
L
I
 
M
A
 
D
G
 
G
A
 
A
E
 
K
T
 
L
V
 
L
G
 
K
C
 
C
K
 
S
E
 
E
F
 
F
G
 
G
E
 
D
I
 
A
I
 
I
L
 
I
T
 
E
N
 
N
L
 
M

1ai3A Orbital steering in the catalytic power of enzymes: small structural changes with large catalytic consequences (see paper)
55% identity, 98% coverage: 8:380/380 of query aligns to 29:414/414 of 1ai3A

query
sites
1ai3A
F
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
|
I
G
 
G
P
 
V
E
 
D
V
 
V
W
 
T
G
 
P
A
 
A
A
 
M
R
 
L
P
 
K
V
 
V
L
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
I
 
V
E
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
-
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
R
K
 
K
I
 
I
E
 
S
W
 
W
K
 
M
E
 
E
L
 
I
L
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
S
F
 
T
K
 
Q
E
 
V
T
 
Y
G
 
G
S
 
Q
-
 
D
-
 
V
Y
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
E
 
E
T
 
T
L
 
L
D
 
D
A
 
L
L
 
I
A
 
R
A
 
E
A
 
Y
E
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
K
 
K
G
|
G
P
|
P
L
|
L
Q
x
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
K
 
G
G
 
G
F
 
I
R
 
R
S
 
S
L
 
L
N
 
N
V
 
V
T
 
A
L
 
L
R
 
R
Q
 
Q
T
 
E
F
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
I
C
 
C
I
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
V
R
 
R
Y
 
Y
F
 
Y
E
 
Q
G
 
G
I
 
T
E
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
R
 
H
P
 
P
D
 
E
L
 
L
V
 
T
D
 
D
V
 
M
V
 
V
V
 
I
F
 
F
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
V
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
W
 
W
S
 
K
S
 
A
E
 
D
S
 
S
A
 
A
E
 
D
S
 
A
K
 
E
R
 
K
V
 
V
I
 
I
D
 
K
F
 
F
L
 
L
V
 
R
G
 
E
E
 
E
M
 
M
G
 
G
A
 
V
K
 
K
-
 
K
-
 
I
-
 
R
I
 
F
D
 
P
P
 
E
T
 
H
A
 
C
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
K
 
K
P
 
P
I
 
C
T
 
S
P
 
E
A
 
E
G
 
G
S
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
A
A
 
A
L
 
I
D
 
E
Y
 
Y
A
 
A
L
 
I
D
 
A
Q
 
N
N
 
D
R
 
R
E
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
Y
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
G
 
A
F
 
F
R
 
K
Q
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
D
 
Q
V
 
L
A
 
A
E
 
R
E
 
E
E
 
E
Y
 
F
A
 
G
G
 
G
K
 
E
V
 
L
V
 
I
K
 
D
E
 
G
G
 
G
E
 
P
-
 
W
-
 
L
-
 
K
-
 
V
-
 
K
-
 
N
-
 
P
E
 
N
A
 
T
D
 
G
G
 
K
K
 
E
V
 
I
I
 
V
I
 
I
N
 
K
D
 
D
R
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
M
 
F
F
 
L
Q
 
Q
E
 
Q
L
 
I
L
 
L
M
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
A
K
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
V
V
 
I
A
 
A
T
 
C
T
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
D
|
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
V
 
A
N
 
N
M
 
I
G
 
G
D
 
D
K
 
E
L
 
C
A
 
A
I
 
L
Y
 
F
E
 
E
A
|
A
T
|
T
H
|
H
G
|
G
T
|
T
A
 
A
P
|
P
T
 
K
I
 
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
D
M
 
K
A
x
V
N
|
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
V
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
G
 
A
A
 
E
M
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
R
N
 
H
N
 
M
G
 
G
W
 
W
G
 
T
D
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
D
L
 
L
I
 
I
K
 
V
K
 
K
S
 
G
V
 
M
E
 
E
K
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
N
A
 
A
K
 
K
K
 
T
V
 
V
T
 
T
V
x
Y
D
|
D
L
 
F
A
 
E
S
x
R
Q
 
L
I
 
M
A
 
D
G
 
G
A
 
A
E
 
K
T
 
L
V
 
L
G
 
K
C
 
C
K
 
S
E
 
E
F
 
F
G
 
G
E
 
D
I
 
A
I
 
I
L
 
I
T
 
E
N
 
N
L
 
M

1ai2A Isocitrate dehydrogenase complexed with isocitrate, NADP+, and calcium (flash-cooled) (see paper)
55% identity, 98% coverage: 8:380/380 of query aligns to 29:414/414 of 1ai2A

query
sites
1ai2A
F
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
|
I
G
 
G
P
 
V
E
 
D
V
 
V
W
 
T
G
 
P
A
 
A
A
 
M
R
 
L
P
 
K
V
 
V
L
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
I
 
V
E
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
-
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
R
K
 
K
I
 
I
E
 
S
W
 
W
K
 
M
E
 
E
L
 
I
L
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
S
F
 
T
K
 
Q
E
 
V
T
 
Y
G
 
G
S
 
Q
-
 
D
-
 
V
Y
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
E
 
E
T
 
T
L
 
L
D
 
D
A
 
L
L
 
I
A
 
R
A
 
E
A
 
Y
E
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
|
L
Q
x
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
K
 
G
G
 
G
F
 
I
R
 
R
S
|
S
L
 
L
N
|
N
V
 
V
T
 
A
L
 
L
R
|
R
Q
 
Q
T
 
E
F
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
I
C
 
C
I
 
L
R
|
R
P
 
P
I
 
V
R
 
R
Y
 
Y
F
 
Y
E
 
Q
G
 
G
I
 
T
E
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
R
 
H
P
 
P
D
 
E
L
 
L
V
 
T
D
 
D
V
 
M
V
 
V
V
 
I
F
 
F
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
V
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
W
 
W
S
 
K
S
 
A
E
 
D
S
 
S
A
 
A
E
 
D
S
 
A
K
 
E
R
 
K
V
 
V
I
 
I
D
 
K
F
 
F
L
 
L
V
 
R
G
 
E
E
 
E
M
 
M
G
 
G
A
 
V
K
 
K
-
 
K
-
 
I
-
 
R
I
 
F
D
 
P
P
 
E
T
 
H
A
 
C
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
K
 
K
P
 
P
I
 
C
T
 
S
P
 
E
A
 
E
G
 
G
S
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
A
A
 
A
L
 
I
D
 
E
Y
 
Y
A
 
A
L
 
I
D
 
A
Q
 
N
N
 
D
R
 
R
E
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
Y
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
G
 
A
F
 
F
R
 
K
Q
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
D
 
Q
V
 
L
A
 
A
E
 
R
E
 
E
E
 
E
Y
 
F
A
 
G
G
 
G
K
 
E
V
 
L
V
 
I
K
 
D
E
 
G
G
 
G
E
 
P
-
 
W
-
 
L
-
 
K
-
 
V
-
 
K
-
 
N
-
 
P
E
 
N
A
 
T
D
 
G
G
 
K
K
 
E
V
 
I
I
 
V
I
 
I
N
 
K
D
 
D
R
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
M
 
F
F
 
L
Q
 
Q
E
 
Q
L
 
I
L
 
L
M
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
A
K
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
V
V
 
I
A
 
A
T
 
C
T
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
D
|
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
V
 
A
N
 
N
M
 
I
G
 
G
D
 
D
K
 
E
L
 
C
A
 
A
I
 
L
Y
 
F
E
 
E
A
 
A
T
|
T
H
|
H
G
|
G
T
|
T
A
|
A
P
|
P
T
 
K
I
x
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
D
M
 
K
A
x
V
N
|
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
V
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
G
 
A
A
 
E
M
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
R
N
 
H
N
 
M
G
 
G
W
 
W
G
 
T
D
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
D
L
 
L
I
 
I
K
 
V
K
 
K
S
 
G
V
 
M
E
 
E
K
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
N
A
 
A
K
 
K
K
 
T
V
 
V
T
 
T
V
x
Y
D
|
D
L
 
F
A
 
E
S
x
R
Q
 
L
I
 
M
A
 
D
G
 
G
A
 
A
E
 
K
T
 
L
V
 
L
G
 
K
C
 
C
K
 
S
E
 
E
F
 
F
G
 
G
E
 
D
I
 
A
I
 
I
L
 
I
T
 
E
N
 
N
L
 
M

4ajaA 3d structure of e. Coli isocitrate dehydrogenase in complex with isocitrate, calcium(ii) and thionadp (see paper)
55% identity, 98% coverage: 8:380/380 of query aligns to 30:415/415 of 4ajaA

query
sites
4ajaA
F
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
V
E
 
D
V
 
V
W
 
T
G
 
P
A
 
A
A
 
M
R
 
L
P
 
K
V
 
V
L
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
I
 
V
E
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
-
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
R
K
 
K
I
 
I
E
 
S
W
 
W
K
 
M
E
 
E
L
 
I
L
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
S
F
 
T
K
 
Q
E
 
V
T
 
Y
G
 
G
S
 
Q
-
 
D
-
 
V
Y
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
E
 
E
T
 
T
L
 
L
D
 
D
A
 
L
L
 
I
A
 
R
A
 
E
A
 
Y
E
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
Q
x
T
T
|
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
K
 
G
G
 
G
F
 
I
R
 
R
S
 
S
L
 
L
N
 
N
V
 
V
T
 
A
L
 
L
R
 
R
Q
 
Q
T
 
E
F
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
I
C
 
C
I
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
V
R
 
R
Y
 
Y
F
 
Y
E
 
Q
G
 
G
I
 
T
E
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
R
 
H
P
 
P
D
 
E
L
 
L
V
 
T
D
 
D
V
 
M
V
 
V
V
 
I
F
 
F
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
V
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
W
 
W
S
 
K
S
 
A
E
 
D
S
 
S
A
 
A
E
 
D
S
 
A
K
 
E
R
 
K
V
 
V
I
 
I
D
 
K
F
 
F
L
 
L
V
 
R
G
 
E
E
 
E
M
 
M
G
 
G
A
 
V
K
 
K
-
 
K
-
 
I
-
 
R
I
 
F
D
 
P
P
 
E
T
 
H
A
 
C
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
K
 
K
P
 
P
I
 
C
T
 
S
P
 
E
A
 
E
G
 
G
S
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
A
A
 
A
L
 
I
D
 
E
Y
 
Y
A
 
A
L
 
I
D
 
A
Q
 
N
N
 
D
R
 
R
E
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
Y
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
G
 
A
F
 
F
R
 
K
Q
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
D
 
Q
V
 
L
A
 
A
E
 
R
E
 
E
E
 
E
Y
 
F
A
 
G
G
 
G
K
 
E
V
 
L
V
 
I
K
 
D
E
 
G
G
 
G
E
 
P
-
 
W
-
 
L
-
 
K
-
 
V
-
 
K
-
 
N
-
 
P
E
 
N
A
 
T
D
 
G
G
 
K
K
 
E
V
 
I
I
 
V
I
 
I
N
 
K
D
 
D
R
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
M
 
F
F
 
L
Q
 
Q
E
 
Q
L
 
I
L
 
L
M
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
A
K
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
V
V
 
I
A
 
A
T
 
C
T
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
D
|
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
V
 
A
N
 
N
M
 
I
G
 
G
D
 
D
K
 
E
L
 
C
A
 
A
I
 
L
Y
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
T
H
|
H
G
|
G
T
|
T
A
|
A
P
 
P
T
 
K
I
x
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
D
M
 
K
A
 
V
N
|
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
V
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
G
 
A
A
 
E
M
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
R
N
 
H
N
 
M
G
 
G
W
 
W
G
 
T
D
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
D
L
 
L
I
 
I
K
 
V
K
 
K
S
 
G
V
 
M
E
 
E
K
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
N
A
 
A
K
 
K
K
 
T
V
 
V
T
 
T
V
x
Y
D
|
D
L
 
F
A
 
E
S
x
R
Q
 
L
I
 
M
A
 
D
G
 
G
A
 
A
E
 
K
T
 
L
V
 
L
G
 
K
C
 
C
K
 
S
E
 
E
F
 
F
G
 
G
E
 
D
I
 
A
I
 
I
L
 
I
T
 
E
N
 
N
L
 
M

4aj3A 3d structure of e. Coli isocitrate dehydrogenase in complex with isocitrate, calcium(ii) and NADP - the pseudo-michaelis complex (see paper)
55% identity, 98% coverage: 8:380/380 of query aligns to 31:416/416 of 4aj3A

query
sites
4aj3A
F
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
V
E
 
D
V
 
V
W
 
T
G
 
P
A
 
A
A
 
M
R
 
L
P
 
K
V
 
V
L
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
I
 
V
E
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
-
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
R
K
 
K
I
 
I
E
 
S
W
 
W
K
 
M
E
 
E
L
 
I
L
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
S
F
 
T
K
 
Q
E
 
V
T
 
Y
G
 
G
S
 
Q
-
 
D
-
 
V
Y
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
E
 
E
T
 
T
L
 
L
D
 
D
A
 
L
L
 
I
A
 
R
A
 
E
A
 
Y
E
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
K
 
K
G
 
G
P
|
P
L
|
L
Q
 
T
T
|
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
K
 
G
G
 
G
F
 
I
R
 
R
S
 
S
L
 
L
N
|
N
V
 
V
T
 
A
L
 
L
R
 
R
Q
 
Q
T
 
E
F
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
I
C
 
C
I
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
V
R
 
R
Y
 
Y
F
 
Y
E
 
Q
G
 
G
I
 
T
E
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
R
 
H
P
 
P
D
 
E
L
 
L
V
 
T
D
 
D
V
 
M
V
 
V
V
 
I
F
 
F
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
V
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
W
 
W
S
 
K
S
 
A
E
 
D
S
 
S
A
 
A
E
 
D
S
 
A
K
 
E
R
 
K
V
 
V
I
 
I
D
 
K
F
 
F
L
 
L
V
 
R
G
 
E
E
 
E
M
 
M
G
 
G
A
 
V
K
 
K
-
 
K
-
 
I
-
 
R
I
 
F
D
 
P
P
 
E
T
 
H
A
 
C
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
K
 
K
P
 
P
I
 
C
T
 
S
P
 
E
A
 
E
G
 
G
S
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
A
A
 
A
L
 
I
D
 
E
Y
 
Y
A
 
A
L
 
I
D
 
A
Q
 
N
N
 
D
R
 
R
E
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
Y
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
G
 
A
F
 
F
R
 
K
Q
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
D
 
Q
V
 
L
A
 
A
E
 
R
E
 
E
E
 
E
Y
 
F
A
 
G
G
 
G
K
 
E
V
 
L
V
 
I
K
 
D
E
 
G
G
 
G
E
 
P
-
 
W
-
 
L
-
 
K
-
 
V
-
 
K
-
 
N
-
 
P
E
 
N
A
 
T
D
 
G
G
 
K
K
 
E
V
 
I
I
 
V
I
 
I
N
 
K
D
 
D
R
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
M
 
F
F
 
L
Q
 
Q
E
 
Q
L
 
I
L
 
L
M
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
A
K
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
V
V
 
I
A
 
A
T
 
C
T
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
D
|
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
L
x
I
G
 
G
L
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
V
 
A
N
 
N
M
 
I
G
 
G
D
 
D
K
 
E
L
 
C
A
 
A
I
 
L
Y
 
F
E
|
E
A
 
A
T
 
T
H
|
H
G
|
G
T
|
T
A
|
A
P
 
P
T
 
K
I
x
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
D
M
 
K
A
x
V
N
|
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
V
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
G
 
A
A
 
E
M
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
R
N
 
H
N
 
M
G
 
G
W
 
W
G
 
T
D
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
D
L
 
L
I
 
I
K
 
V
K
 
K
S
 
G
V
 
M
E
 
E
K
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
N
A
 
A
K
 
K
K
 
T
V
 
V
T
 
T
V
x
Y
D
|
D
L
 
F
A
 
E
S
 
R
Q
 
L
I
 
M
A
 
D
G
 
G
A
 
A
E
 
K
T
 
L
V
 
L
G
 
K
C
 
C
K
 
S
E
 
E
F
 
F
G
 
G
E
 
D
I
 
A
I
 
I
L
 
I
T
 
E
N
 
N
L
 
M

P08200 Isocitrate dehydrogenase [NADP]; IDH; IDP; NADP(+)-specific ICDH; Oxalosuccinate decarboxylase; EC 1.1.1.42 from Escherichia coli (strain K12) (see 9 papers)
55% identity, 98% coverage: 8:380/380 of query aligns to 31:416/416 of P08200

query
sites
P08200
F
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
V
E
 
D
V
 
V
W
 
T
G
 
P
A
 
A
A
 
M
R
 
L
P
 
K
V
 
V
L
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
I
 
V
E
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
-
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
R
K
 
K
I
 
I
E
 
S
W
 
W
K
 
M
E
 
E
L
 
I
L
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
S
F
 
T
K
 
Q
E
 
V
T
 
Y
G
 
G
S
 
Q
-
 
D
-
 
V
Y
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
E
 
E
T
 
T
L
 
L
D
 
D
A
 
L
L
 
I
A
 
R
A
 
E
A
 
Y
E
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
K
|
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
Q
x
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
K
 
G
G
 
G
F
 
I
R
 
R
S
|
S
L
 
L
N
|
N
V
 
V
T
 
A
L
 
L
R
|
R
Q
 
Q
T
 
E
F
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
I
C
 
C
I
 
L
R
|
R
P
 
P
I
 
V
R
 
R
Y
 
Y
F
 
Y
E
 
Q
G
 
G
I
 
T
E
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
|
K
R
 
H
P
 
P
D
 
E
L
 
L
V
 
T
D
 
D
V
 
M
V
 
V
V
 
I
F
 
F
R
|
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
V
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
W
 
W
S
 
K
S
 
A
E
 
D
S
 
S
A
 
A
E
 
D
S
 
A
K
 
E
R
 
K
V
 
V
I
 
I
D
 
K
F
 
F
L
 
L
V
 
R
G
 
E
E
 
E
M
 
M
G
 
G
A
 
V
K
 
K
-
 
K
-
 
I
-
 
R
I
 
F
D
 
P
P
 
E
T
 
H
A
 
C
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
K
 
K
P
 
P
I
 
C
T
 
S
P
 
E
A
 
E
G
 
G
S
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
A
A
 
A
L
 
I
D
 
E
Y
 
Y
A
 
A
L
 
I
D
 
A
Q
 
N
N
 
D
R
 
R
E
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
Y
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
G
 
A
F
 
F
R
x
K
Q
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
D
 
Q
V
 
L
A
 
A
E
 
R
E
 
E
E
 
E
Y
 
F
A
 
G
G
 
G
K
 
E
V
 
L
V
 
I
K
 
D
E
 
G
G
 
G
E
 
P
-
 
W
-
 
L
-
 
K
-
 
V
-
 
K
-
 
N
-
 
P
E
 
N
A
 
T
D
 
G
G
 
K
K
 
E
V
 
I
I
 
V
I
 
I
N
 
K
D
 
D
R
 
V
I
 
I
A
 
A
D
 
D
A
 
A
M
 
F
F
 
L
Q
 
Q
E
 
Q
L
 
I
L
 
L
M
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
A
K
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
V
V
 
I
A
 
A
T
 
C
T
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
D
 
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
V
 
A
N
 
N
M
 
I
G
 
G
D
 
D
K
 
E
L
 
C
A
 
A
I
 
L
Y
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
T
H
|
H
G
|
G
T
|
T
A
|
A
P
|
P
T
x
K
I
x
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
D
M
 
K
A
 
V
N
|
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
V
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
G
 
A
A
 
E
M
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
R
N
 
H
N
 
M
G
 
G
W
 
W
G
 
T
D
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
D
L
 
L
I
 
I
K
 
V
K
 
K
S
 
G
V
 
M
E
 
E
K
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
N
A
 
A
K
 
K
K
 
T
V
 
V
T
 
T
V
x
Y
D
 
D
L
 
F
A
 
E
S
x
R
Q
 
L
I
 
M
A
 
D
G
 
G
A
 
A
E
 
K
T
 
L
V
 
L
G
 
K
C
 
C
K
 
S
E
 
E
F
 
F
G
 
G
E
 
D
I
 
A
I
 
I
L
 
I
T
 
E
N
 
N
L
 
M

Q02NB5 Isocitrate dehydrogenase [NADP]; IDH; IDP; NADP(+)-specific ICDH; Oxalosuccinate decarboxylase; EC 1.1.1.42 from Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (see 2 papers)
55% identity, 98% coverage: 8:380/380 of query aligns to 33:418/418 of Q02NB5

query
sites
Q02NB5
F
 
F
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
V
E
 
D
V
 
I
W
 
S
G
 
P
A
 
V
A
 
M
R
 
I
P
 
K
V
 
V
L
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
I
 
V
E
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
-
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
R
K
 
K
I
 
I
E
 
A
W
 
W
K
 
M
E
 
E
L
 
V
L
 
Y
A
 
A
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
A
F
 
T
K
 
Q
-
 
V
-
 
Y
E
 
D
T
 
Q
G
 
D
S
 
T
Y
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
E
 
E
T
 
T
L
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
V
A
 
R
A
 
D
A
 
Y
E
 
V
L
 
V
A
 
S
I
 
I
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
Q
 
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
K
 
G
G
 
G
F
 
I
R
 
R
S
|
S
L
 
L
N
 
N
V
 
V
T
 
A
L
 
L
R
 
R
Q
 
Q
T
 
Q
F
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
V
C
 
C
I
 
Q
R
 
R
P
 
P
I
 
V
R
 
R
Y
 
W
F
 
F
E
 
E
G
 
G
I
 
V
E
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
R
 
K
P
 
P
D
 
G
L
 
D
V
 
V
D
 
D
V
 
M
V
 
V
V
 
I
F
 
F
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
V
 
I
Y
 
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
V
E
 
E
W
 
W
S
 
K
S
 
A
E
 
G
S
 
S
A
 
P
E
 
E
S
 
A
K
 
E
R
 
K
V
 
V
I
 
I
D
 
K
F
 
F
L
 
L
V
 
T
G
 
E
E
 
E
M
 
M
G
 
G
A
 
V
K
 
K
-
 
K
-
 
I
-
 
R
I
 
F
D
x
T
P
 
E
T
 
N
A
 
C
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
K
 
K
P
 
P
I
 
V
T
 
S
P
 
Q
A
 
E
G
 
G
S
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
Q
Y
 
Y
A
 
A
L
 
V
D
 
D
Q
 
N
N
 
D
R
 
R
E
 
S
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
 
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
Y
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
G
 
A
F
 
F
R
 
K
Q
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
D
 
E
V
 
V
A
 
A
E
 
R
E
 
D
E
 
E
Y
 
F
A
 
G
G
 
A
K
 
E
V
 
L
V
 
L
K
 
D
E
 
G
G
 
G
E
 
P
E
 
W
A
 
M
D
 
Q
G
 
F
K
 
K
-
 
N
-
 
P
-
 
K
-
 
T
-
 
G
-
 
K
-
 
N
V
 
V
I
 
V
I
 
V
N
 
K
D
 
D
R
 
V
I
 
I
A
 
A
D
 
D
A
 
A
M
 
M
F
 
L
Q
 
Q
E
 
Q
L
 
I
L
 
L
M
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
A
K
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
V
V
 
I
A
 
A
T
 
T
T
 
L
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
 
D
Y
 
Y
I
 
L
S
 
S
D
 
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
E
V
 
V
G
 
G
G
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
V
 
A
N
 
N
M
 
L
G
 
S
D
 
D
K
 
S
L
 
V
A
 
A
I
 
M
Y
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
T
H
 
H
G
 
G
T
 
T
A
 
A
P
 
P
T
 
K
I
 
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
D
M
 
K
A
 
V
N
 
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
V
 
L
I
 
I
L
 
L
S
 
S
G
 
A
A
 
E
M
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
R
N
 
H
N
 
M
G
 
G
W
 
W
G
 
T
D
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
D
L
 
L
I
 
I
K
 
I
K
 
K
S
 
G
V
 
T
E
 
N
K
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
A
A
 
A
K
 
K
K
 
T
V
 
V
T
 
T
V
 
Y
D
 
D
L
 
F
A
 
E
S
 
R
Q
 
L
I
 
M
A
 
D
G
 
G
A
 
A
E
 
T
T
 
L
V
 
L
G
 
S
C
 
C
K
 
S
E
 
E
F
 
F
G
 
G
E
 
D
I
 
A
I
 
M
L
 
I
T
 
A
N
 
K
L
 
M

1hj6A Isocitrate dehydrogenase s113e mutant complexed with isopropylmalate, NADP+ and magnesium (flash-cooled) (see paper)
55% identity, 98% coverage: 8:380/380 of query aligns to 29:414/414 of 1hj6A

query
sites
1hj6A
F
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
V
E
 
D
V
 
V
W
 
T
G
 
P
A
 
A
A
 
M
R
 
L
P
 
K
V
 
V
L
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
I
 
V
E
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
-
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
R
K
 
K
I
 
I
E
 
S
W
 
W
K
 
M
E
 
E
L
 
I
L
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
S
F
 
T
K
 
Q
E
 
V
T
 
Y
G
 
G
S
 
Q
-
 
D
-
 
V
Y
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
E
 
E
T
 
T
L
 
L
D
 
D
A
 
L
L
 
I
A
 
R
A
 
E
A
 
Y
E
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
K
 
K
G
 
G
P
|
P
L
|
L
Q
x
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
K
 
G
G
 
G
F
 
I
R
 
R
S
x
E
L
 
L
N
|
N
V
 
V
T
 
A
L
 
L
R
|
R
Q
 
Q
T
 
E
F
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
I
C
 
C
I
 
L
R
|
R
P
 
P
I
 
V
R
 
R
Y
 
Y
F
 
Y
E
 
Q
G
 
G
I
 
T
E
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
R
 
H
P
 
P
D
 
E
L
 
L
V
 
T
D
 
D
V
 
M
V
 
V
V
 
I
F
 
F
R
|
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
V
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
W
 
W
S
 
K
S
 
A
E
 
D
S
 
S
A
 
A
E
 
D
S
 
A
K
 
E
R
 
K
V
 
V
I
 
I
D
 
K
F
 
F
L
 
L
V
 
R
G
 
E
E
 
E
M
 
M
G
 
G
A
 
V
K
 
K
-
 
K
-
 
I
-
 
R
I
 
F
D
 
P
P
 
E
T
 
H
A
 
C
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
K
 
K
P
 
P
I
 
C
T
 
S
P
 
E
A
 
E
G
 
G
S
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
A
A
 
A
L
 
I
D
 
E
Y
 
Y
A
 
A
L
 
I
D
 
A
Q
 
N
N
 
D
R
 
R
E
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
Y
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
G
 
A
F
 
F
R
 
K
Q
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
D
 
Q
V
 
L
A
 
A
E
 
R
E
 
E
E
 
E
Y
 
F
A
 
G
G
 
G
K
 
E
V
 
L
V
 
I
K
 
D
E
 
G
G
 
G
E
 
P
-
 
W
-
 
L
-
 
K
-
 
V
-
 
K
-
 
N
-
 
P
E
 
N
A
 
T
D
 
G
G
 
K
K
 
E
V
 
I
I
 
V
I
 
I
N
 
K
D
 
D
R
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
M
 
F
F
 
L
Q
 
Q
E
 
Q
L
 
I
L
 
L
M
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
A
K
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
V
V
 
I
A
 
A
T
 
C
T
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
D
|
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
L
x
I
G
|
G
L
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
V
 
A
N
 
N
M
 
I
G
 
G
D
 
D
K
 
E
L
 
C
A
 
A
I
 
L
Y
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
T
H
|
H
G
|
G
T
|
T
A
|
A
P
 
P
T
 
K
I
x
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
D
M
 
K
A
x
V
N
|
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
V
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
G
 
A
A
 
E
M
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
R
N
 
H
N
 
M
G
 
G
W
 
W
G
 
T
D
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
D
L
 
L
I
 
I
K
 
V
K
 
K
S
 
G
V
 
M
E
 
E
K
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
N
A
 
A
K
 
K
K
 
T
V
 
V
T
 
T
V
x
Y
D
|
D
L
 
F
A
 
E
S
 
R
Q
 
L
I
 
M
A
 
D
G
 
G
A
 
A
E
 
K
T
 
L
V
 
L
G
 
K
C
 
C
K
 
S
E
 
E
F
 
F
G
 
G
E
 
D
I
 
A
I
 
I
L
 
I
T
 
E
N
 
N
L
 
M

1idcA Isocitrate dehydrogenase from e.Coli (mutant k230m), steady-state intermediate complex determined by laue crystallography (see paper)
55% identity, 98% coverage: 8:380/380 of query aligns to 29:414/414 of 1idcA

query
sites
1idcA
F
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
V
E
 
D
V
 
V
W
 
T
G
 
P
A
 
A
A
 
M
R
 
L
P
 
K
V
 
V
L
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
I
 
V
E
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
-
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
R
K
 
K
I
 
I
E
 
S
W
 
W
K
 
M
E
 
E
L
 
I
L
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
S
F
 
T
K
 
Q
E
 
V
T
 
Y
G
 
G
S
 
Q
-
 
D
-
 
V
Y
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
E
 
E
T
 
T
L
 
L
D
 
D
A
 
L
L
 
I
A
 
R
A
 
E
A
 
Y
E
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
Q
 
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
K
 
G
G
 
G
F
 
I
R
 
R
S
|
S
L
 
L
N
|
N
V
 
V
T
 
A
L
 
L
R
|
R
Q
 
Q
T
 
E
F
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
I
C
 
C
I
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
V
R
 
R
Y
 
Y
F
 
Y
E
 
Q
G
 
G
I
 
T
E
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
R
 
H
P
 
P
D
 
E
L
 
L
V
 
T
D
 
D
V
 
M
V
 
V
V
 
I
F
 
F
R
|
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
V
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
W
 
W
S
 
K
S
 
A
E
 
D
S
 
S
A
 
A
E
 
D
S
 
A
K
 
E
R
 
K
V
 
V
I
 
I
D
 
K
F
 
F
L
 
L
V
 
R
G
 
E
E
 
E
M
 
M
G
 
G
A
 
V
K
 
K
-
 
K
-
 
I
-
 
R
I
 
F
D
 
P
P
 
E
T
 
H
A
 
C
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
K
 
K
P
 
P
I
 
C
T
 
S
P
 
E
A
 
E
G
 
G
S
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
A
A
 
A
L
 
I
D
 
E
Y
 
Y
A
 
A
L
 
I
D
 
A
Q
 
N
N
 
D
R
 
R
E
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
x
M
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
Y
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
G
 
A
F
 
F
R
 
K
Q
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
D
 
Q
V
 
L
A
 
A
E
 
R
E
 
E
E
 
E
Y
 
F
A
 
G
G
 
G
K
 
E
V
 
L
V
 
I
K
 
D
E
 
G
G
 
G
E
 
P
-
 
W
-
 
L
-
 
K
-
 
V
-
 
K
-
 
N
-
 
P
E
 
N
A
 
T
D
 
G
G
 
K
K
 
E
V
 
I
I
 
V
I
 
I
N
 
K
D
 
D
R
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
M
 
F
F
 
L
Q
 
Q
E
 
Q
L
 
I
L
 
L
M
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
A
K
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
V
V
 
I
A
 
A
T
 
C
T
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
D
|
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
V
 
A
N
 
N
M
 
I
G
 
G
D
 
D
K
 
E
L
 
C
A
 
A
I
 
L
Y
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
T
H
 
H
G
 
G
T
 
T
A
 
A
P
 
P
T
 
K
I
 
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
D
M
 
K
A
 
V
N
 
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
V
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
G
 
A
A
 
E
M
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
R
N
 
H
N
 
M
G
 
G
W
 
W
G
 
T
D
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
D
L
 
L
I
 
I
K
 
V
K
 
K
S
 
G
V
 
M
E
 
E
K
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
N
A
 
A
K
 
K
K
 
T
V
 
V
T
 
T
V
 
Y
D
 
D
L
 
F
A
 
E
S
 
R
Q
 
L
I
 
M
A
 
D
G
 
G
A
 
A
E
 
K
T
 
L
V
 
L
G
 
K
C
 
C
K
 
S
E
 
E
F
 
F
G
 
G
E
 
D
I
 
A
I
 
I
L
 
I
T
 
E
N
 
N
L
 
M

4ajcA 3d structure of e. Coli isocitrate dehydrogenase k100m mutant in complex with alpha-ketoglutarate, calcium(ii) and adenine nucleotide phosphate (see paper)
55% identity, 98% coverage: 8:380/380 of query aligns to 30:415/415 of 4ajcA

query
sites
4ajcA
F
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
V
E
 
D
V
 
V
W
 
T
G
 
P
A
 
A
A
 
M
R
 
L
P
 
K
V
 
V
L
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
I
 
V
E
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
-
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
R
K
 
K
I
 
I
E
 
S
W
 
W
K
 
M
E
 
E
L
 
I
L
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
S
F
 
T
K
 
Q
E
 
V
T
 
Y
G
 
G
S
 
Q
-
 
D
-
 
V
Y
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
E
 
E
T
 
T
L
 
L
D
 
D
A
 
L
L
 
I
A
 
R
A
 
E
A
 
Y
E
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
K
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
L
Q
 
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
K
 
G
G
 
G
F
 
I
R
 
R
S
|
S
L
 
L
N
 
N
V
 
V
T
 
A
L
 
L
R
|
R
Q
 
Q
T
 
E
F
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
I
C
 
C
I
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
V
R
 
R
Y
 
Y
F
 
Y
E
 
Q
G
 
G
I
 
T
E
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
R
 
H
P
 
P
D
 
E
L
 
L
V
 
T
D
 
D
V
 
M
V
 
V
V
 
I
F
 
F
R
|
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
V
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
W
 
W
S
 
K
S
 
A
E
 
D
S
 
S
A
 
A
E
 
D
S
 
A
K
 
E
R
 
K
V
 
V
I
 
I
D
 
K
F
 
F
L
 
L
V
 
R
G
 
E
E
 
E
M
 
M
G
 
G
A
 
V
K
 
K
-
 
K
-
 
I
-
 
R
I
 
F
D
 
P
P
 
E
T
 
H
A
 
C
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
K
 
K
P
 
P
I
 
C
T
 
S
P
 
E
A
 
E
G
 
G
S
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
A
A
 
A
L
 
I
D
 
E
Y
 
Y
A
 
A
L
 
I
D
 
A
Q
 
N
N
 
D
R
 
R
E
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
Y
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
G
 
A
F
 
F
R
 
K
Q
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
D
 
Q
V
 
L
A
 
A
E
 
R
E
 
E
E
 
E
Y
 
F
A
 
G
G
 
G
K
 
E
V
 
L
V
 
I
K
 
D
E
 
G
G
 
G
E
 
P
-
 
W
-
 
L
-
 
K
-
 
V
-
 
K
-
 
N
-
 
P
E
 
N
A
 
T
D
 
G
G
 
K
K
 
E
V
 
I
I
 
V
I
 
I
N
 
K
D
 
D
R
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
M
 
F
F
 
L
Q
 
Q
E
 
Q
L
 
I
L
 
L
M
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
A
K
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
V
V
 
I
A
 
A
T
 
C
T
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
D
|
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
V
 
A
N
 
N
M
 
I
G
 
G
D
 
D
K
 
E
L
 
C
A
 
A
I
 
L
Y
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
T
H
|
H
G
|
G
T
 
T
A
|
A
P
 
P
T
 
K
I
x
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
D
M
 
K
A
x
V
N
|
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
V
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
G
 
A
A
 
E
M
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
R
N
 
H
N
 
M
G
 
G
W
 
W
G
 
T
D
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
D
L
 
L
I
 
I
K
 
V
K
 
K
S
 
G
V
 
M
E
 
E
K
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
N
A
 
A
K
 
K
K
 
T
V
 
V
T
 
T
V
x
Y
D
|
D
L
 
F
A
 
E
S
 
R
Q
 
L
I
 
M
A
 
D
G
 
G
A
 
A
E
 
K
T
 
L
V
 
L
G
 
K
C
 
C
K
 
S
E
 
E
F
 
F
G
 
G
E
 
D
I
 
A
I
 
I
L
 
I
T
 
E
N
 
N
L
 
M

1cw4A Crystal structure of k230m isocitrate dehydrogenase in complex with alpha-ketoglutarate (see paper)
55% identity, 98% coverage: 8:380/380 of query aligns to 30:415/415 of 1cw4A

query
sites
1cw4A
F
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
V
E
 
D
V
 
V
W
 
T
G
 
P
A
 
A
A
 
M
R
 
L
P
 
K
V
 
V
L
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
I
 
V
E
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
-
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
R
K
 
K
I
 
I
E
 
S
W
 
W
K
 
M
E
 
E
L
 
I
L
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
S
F
 
T
K
 
Q
E
 
V
T
 
Y
G
 
G
S
 
Q
-
 
D
-
 
V
Y
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
E
 
E
T
 
T
L
 
L
D
 
D
A
 
L
L
 
I
A
 
R
A
 
E
A
 
Y
E
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
Q
 
T
T
 
T
P
 
P
V
|
V
G
|
G
K
 
G
G
|
G
F
 
I
R
 
R
S
|
S
L
 
L
N
|
N
V
 
V
T
 
A
L
 
L
R
|
R
Q
 
Q
T
 
E
F
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
I
C
 
C
I
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
V
R
 
R
Y
 
Y
F
 
Y
E
 
Q
G
 
G
I
 
T
E
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
R
 
H
P
 
P
D
 
E
L
 
L
V
 
T
D
 
D
V
 
M
V
 
V
V
 
I
F
 
F
R
|
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
V
 
I