SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_028310866.1 NCBI__GCF_000482785.1:WP_028310866.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

Q9KVT3 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961)
49% identity, 97% coverage: 3:269/274 of query aligns to 6:270/278 of Q9KVT3

query
sites
Q9KVT3
D
 
D
R
 
Q
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
T
 
F
G
 
G
H
 
N
P
 
P
L
 
I
G
 
N
H
 
H
T
x
S
K
|
K
S
|
S
P
 
P
F
 
F
I
 
I
H
 
H
T
 
T
S
 
L
F
 
F
A
 
A
R
 
R
S
 
Q
T
 
T
G
 
Q
Q
 
Q
D
 
S
M
 
M
E
 
I
Y
 
Y
L
 
T
A
 
A
I
 
Q
E
 
C
A
 
V
A
 
P
P
 
V
G
 
D
S
 
G
F
 
F
R
 
T
E
 
E
T
 
A
A
 
A
E
 
K
A
 
H
F
 
F
R
 
F
A
 
A
S
 
Q
G
 
G
G
 
G
R
 
R
G
 
G
L
 
C
N
 
N
I
 
V
T
 
T
A
 
V
P
 
P
F
 
F
K
 
K
L
 
E
D
 
E
A
 
A
F
 
Y
A
 
R
F
 
F
A
 
A
T
 
D
E
 
R
H
 
L
S
 
T
E
 
E
A
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
L
A
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
V
N
|
N
A
 
T
L
 
L
S
 
K
F
 
K
D
 
L
D
 
D
D
 
D
G
 
G
R
 
E
I
 
I
R
 
L
A
 
G
E
 
D
N
 
N
F
 
T
D
|
D
G
 
G
V
 
E
G
 
G
L
 
L
V
 
V
N
 
Q
D
 
D
V
 
L
Q
 
L
R
 
A
N
 
Q
L
 
Q
G
 
V
L
 
L
A
 
-
L
 
L
A
 
K
C
 
G
K
 
A
R
 
T
V
 
I
L
 
L
M
 
L
L
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
A
R
 
R
S
 
G
A
 
V
L
 
L
L
 
K
P
 
P
F
 
L
L
 
L
A
 
D
Q
 
Q
G
 
Q
P
 
P
A
 
A
A
 
S
F
 
I
V
 
T
L
 
V
V
 
T
N
|
N
R
|
R
D
x
T
T
x
F
A
|
A
K
|
K
A
 
A
R
 
E
E
 
Q
L
 
L
A
 
A
A
 
E
R
 
L
V
 
V
A
 
A
G
 
A
A
 
Y
G
 
G
P
 
E
I
 
V
T
 
K
A
 
A
A
 
Q
G
 
A
Y
 
F
D
 
E
E
 
Q
L
 
L
G
 
K
D
 
Q
A
 
S
P
 
-
F
 
Y
D
 
D
L
 
V
V
 
I
L
 
I
N
 
N
A
 
S
T
 
T
S
 
S
A
 
A
S
 
S
L
 
L
R
 
D
A
 
G
E
 
E
L
 
L
P
 
P
P
 
A
V
 
I
P
 
D
P
 
P
G
 
V
V
 
I
F
 
F
A
 
S
G
 
S
H
 
R
T
 
S
L
 
V
A
 
C
Y
 
Y
E
 
D
L
 
M
A
 
M
Y
 
Y
G
 
G
K
 
K
G
 
G
L
 
Y
T
 
T
P
 
V
F
 
F
L
 
N
A
 
Q
L
 
W
A
 
A
R
 
R
Q
 
Q
A
 
H
G
 
G
A
 
C
A
 
A
R
 
Q
L
 
A
A
 
I
D
 
D
G
 
G
V
 
L
G
 
G
M
 
M
L
 
L
V
 
V
E
 
G
Q
|
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
E
A
 
S
F
 
F
A
 
M
W
 
L
W
 
W
R
 
R
G
 
G
V
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
G
T
 
T
G
 
K
E
 
Q
V
 
I
I
 
L
R
 
R
A
 
E
L
 
L

3pgjA 2.49 angstrom resolution crystal structure of shikimate 5- dehydrogenase (aroe) from vibrio cholerae o1 biovar eltor str. N16961 in complex with shikimate
49% identity, 97% coverage: 3:269/274 of query aligns to 2:266/272 of 3pgjA

query
sites
3pgjA
D
 
D
R
 
Q
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
T
 
F
G
 
G
H
 
N
P
 
P
L
 
I
G
 
N
H
 
H
T
x
S
K
 
K
S
|
S
P
 
P
F
 
F
I
 
I
H
 
H
T
 
T
S
 
L
F
 
F
A
 
A
R
 
R
S
 
Q
T
 
T
G
 
Q
Q
 
Q
D
 
S
M
 
M
E
 
I
Y
 
Y
L
 
T
A
 
A
I
 
Q
E
 
C
A
 
V
A
 
P
P
 
V
G
 
D
S
 
G
F
 
F
R
 
T
E
 
E
T
 
A
A
 
A
E
 
K
A
 
H
F
 
F
R
 
F
A
 
A
S
 
Q
G
 
G
G
 
G
R
 
R
G
 
G
L
 
C
N
|
N
I
 
V
T
|
T
A
 
V
P
 
P
F
 
F
K
|
K
L
 
E
D
 
E
A
 
A
F
 
Y
A
 
R
F
 
F
A
 
A
T
 
D
E
 
R
H
 
L
S
 
T
E
 
E
A
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
L
A
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
V
N
|
N
A
 
T
L
 
L
S
 
K
F
 
K
D
 
L
D
 
D
D
 
D
G
 
G
R
 
E
I
 
I
R
 
L
A
 
G
E
 
D
N
 
N
F
 
T
D
|
D
G
 
G
V
 
E
G
 
G
L
 
L
V
 
V
N
 
Q
D
 
D
V
 
L
Q
 
L
R
 
A
N
 
Q
L
 
Q
G
 
V
L
 
L
A
 
-
L
 
L
A
 
K
C
 
G
K
 
A
R
 
T
V
 
I
L
 
L
M
 
L
L
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
A
R
 
R
S
 
G
A
 
V
L
 
L
L
 
K
P
 
P
F
 
L
L
 
L
A
 
D
Q
 
Q
G
 
Q
P
 
P
A
 
A
A
 
S
F
 
I
V
 
T
L
 
V
V
 
T
N
 
N
R
 
R
D
 
T
T
 
F
A
 
A
K
 
K
A
 
A
R
 
E
E
 
Q
L
 
L
A
 
A
A
 
E
R
 
L
V
 
V
A
 
A
G
 
A
A
 
Y
G
 
G
P
 
E
I
 
V
T
 
K
A
 
A
A
 
Q
G
 
A
Y
 
F
D
 
E
E
 
Q
L
 
L
G
 
K
D
 
Q
A
 
S
P
 
-
F
 
Y
D
 
D
L
 
V
V
 
I
L
 
I
N
 
N
A
 
S
T
 
T
S
 
S
A
 
A
S
 
S
L
 
L
R
 
D
A
 
G
E
 
E
L
 
L
P
 
P
P
 
A
V
 
I
P
 
D
P
 
P
G
 
V
V
 
I
F
 
F
A
 
S
G
 
S
H
 
R
T
 
S
L
 
V
A
 
C
Y
 
Y
E
 
D
L
 
M
A
 
M
Y
 
Y
G
 
G
K
 
K
G
 
G
L
 
Y
T
 
T
P
 
V
F
 
F
L
 
N
A
 
Q
L
 
W
A
 
A
R
 
R
Q
 
Q
A
 
H
G
 
G
A
 
C
A
 
A
R
 
Q
L
 
A
A
 
I
D
 
D
G
 
G
V
 
L
G
 
G
M
 
M
L
 
L
V
 
V
E
 
G
Q
|
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
E
A
 
S
F
 
F
A
 
M
W
 
L
W
 
W
R
 
R
G
 
G
V
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
G
T
 
T
G
 
K
E
 
Q
V
 
I
I
 
L
R
 
R
A
 
E
L
 
L

3sefA 2.4 angstrom resolution crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase (aroe) from vibrio cholerae o1 biovar eltor str. N16961 in complex with shikimate and NADPH
49% identity, 97% coverage: 3:269/274 of query aligns to 2:262/268 of 3sefA

query
sites
3sefA
D
 
D
R
 
Q
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
T
 
F
G
 
G
H
 
N
P
 
P
L
 
-
G
 
-
H
 
-
T
 
S
K
 
K
S
 
S
P
 
P
F
 
F
I
 
I
H
 
H
T
 
T
S
 
L
F
 
F
A
 
A
R
 
R
S
 
Q
T
 
T
G
 
Q
Q
 
Q
D
 
S
M
 
M
E
 
I
Y
 
Y
L
 
T
A
 
A
I
 
-
E
 
Q
A
 
C
A
 
V
P
 
P
G
 
D
S
 
G
F
 
F
R
 
T
E
 
E
T
 
A
A
 
A
E
 
K
A
 
H
F
 
F
R
 
F
A
 
A
S
 
Q
G
 
G
G
 
G
R
 
R
G
 
G
L
 
C
N
 
N
I
 
V
T
 
T
A
 
V
P
 
P
F
 
F
K
 
K
L
 
E
D
 
E
A
 
A
F
 
Y
A
 
R
F
 
F
A
 
A
T
 
D
E
 
R
H
 
L
S
 
T
E
 
E
A
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
L
A
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
V
N
 
N
A
 
T
L
 
L
S
 
K
F
 
K
D
 
L
D
 
D
D
 
D
G
 
G
R
 
E
I
 
I
R
 
L
A
 
G
E
 
D
N
 
N
F
 
T
D
 
D
G
 
G
V
 
E
G
 
G
L
 
L
V
 
V
N
 
Q
D
 
D
V
 
L
Q
 
L
R
 
A
N
 
Q
L
 
Q
G
 
V
L
 
L
A
 
-
L
 
L
A
 
K
C
 
G
K
 
A
R
 
T
V
 
I
L
 
L
M
 
L
L
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
G
 
G
A
|
A
A
 
A
R
 
R
S
 
G
A
 
V
L
 
L
L
 
K
P
 
P
F
 
L
L
 
L
A
 
D
Q
 
Q
G
 
Q
P
 
P
A
 
A
A
 
S
F
 
I
V
 
T
L
 
V
V
 
T
N
|
N
R
|
R
D
x
T
T
 
F
A
 
A
K
 
K
A
 
A
R
 
E
E
 
Q
L
 
L
A
 
A
A
 
E
R
 
L
V
 
V
A
 
A
G
 
A
A
 
Y
G
 
G
P
 
E
I
 
V
T
 
K
A
 
A
A
 
Q
G
 
A
Y
 
F
D
 
E
E
 
Q
L
 
L
G
 
K
D
 
Q
A
 
S
P
 
-
F
 
Y
D
 
D
L
 
V
V
 
I
L
 
I
N
 
N
A
x
S
T
|
T
S
|
S
A
|
A
S
 
S
L
 
L
R
 
D
A
 
G
E
 
E
L
 
L
P
 
P
P
 
A
V
 
I
P
 
D
P
 
P
G
 
V
V
 
I
F
 
F
A
 
S
G
 
S
H
 
R
T
 
S
L
 
V
A
 
C
Y
 
Y
E
 
D
L
 
M
A
x
M
Y
 
Y
G
 
G
K
 
K
G
 
G
L
 
Y
T
 
T
P
 
V
F
 
F
L
 
N
A
 
Q
L
 
W
A
 
A
R
 
R
Q
 
Q
A
 
H
G
 
G
A
 
C
A
 
A
R
 
Q
L
 
A
A
 
I
D
 
D
G
 
G
V
 
L
G
 
G
M
 
M
L
 
L
V
 
V
E
 
G
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
E
A
 
S
F
 
F
A
 
M
W
 
L
W
 
W
R
 
R
G
 
G
V
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
G
T
 
T
G
 
K
E
 
Q
V
 
I
I
 
L
R
 
R
A
 
E
L
 
L

1nytA Shikimate dehydrogenase aroe complexed with NADP+ (see paper)
44% identity, 99% coverage: 3:274/274 of query aligns to 2:271/271 of 1nytA

query
sites
1nytA
D
 
E
R
 
T
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
T
 
F
G
 
G
H
 
N
P
 
P
L
 
I
G
 
A
H
 
H
T
 
S
K
 
K
S
 
S
P
 
P
F
 
F
I
 
I
H
 
H
T
 
Q
S
 
Q
F
 
F
A
 
A
R
 
Q
S
 
Q
T
 
L
G
 
N
Q
 
I
D
 
E
M
 
H
E
 
P
Y
 
Y
L
 
G
A
 
R
I
 
V
E
 
L
A
 
A
A
 
P
P
 
I
G
 
N
S
 
D
F
 
F
R
 
I
E
 
N
T
 
T
A
 
L
E
 
N
A
 
A
F
 
F
R
 
F
A
 
S
S
 
A
G
 
G
G
 
G
R
 
K
G
 
G
L
 
A
N
 
N
I
 
V
T
 
T
A
 
V
P
 
P
F
 
F
K
|
K
L
 
E
D
 
E
A
 
A
F
 
F
A
 
A
F
 
R
A
 
A
T
 
D
E
 
E
H
 
L
S
 
T
E
 
E
A
 
R
A
 
A
R
 
A
L
 
L
A
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
V
N
 
N
A
 
T
L
 
L
S
 
M
F
 
R
D
 
L
D
 
E
D
 
D
G
 
G
R
 
R
I
 
L
R
 
L
A
 
G
E
 
D
N
 
N
F
 
T
D
|
D
G
 
G
V
 
V
G
 
G
L
 
L
V
 
L
N
 
S
D
 
D
V
 
L
Q
 
E
R
 
R
N
 
-
L
 
L
G
 
S
L
 
F
A
 
I
L
 
R
A
 
P
C
 
G
K
 
L
R
 
R
V
 
I
L
 
L
M
 
L
L
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
S
R
 
R
S
 
G
A
 
V
L
 
L
L
 
L
P
 
P
F
 
L
L
 
L
A
 
S
Q
 
L
G
 
D
P
 
-
A
 
C
A
 
A
F
 
V
V
 
T
L
 
I
V
 
T
N
|
N
R
|
R
D
x
T
T
 
V
A
 
S
K
x
R
A
 
A
R
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
K
R
 
L
V
 
F
A
 
A
G
 
H
A
 
T
G
 
G
P
 
S
I
 
I
T
 
Q
A
 
A
A
 
L
G
 
S
Y
 
M
D
 
D
E
 
E
L
 
L
G
 
E
D
 
G
A
 
H
P
 
E
F
 
F
D
 
D
L
 
L
V
 
I
L
 
I
N
 
N
A
 
A
T
|
T
S
|
S
A
x
S
S
 
G
L
 
I
R
 
S
A
 
G
E
 
D
L
 
I
P
 
P
P
 
A
V
 
I
P
 
P
P
 
S
G
 
S
V
 
L
F
 
I
A
 
H
G
 
P
H
 
G
T
 
I
L
 
Y
A
 
C
Y
 
Y
E
 
D
L
x
M
A
 
F
Y
 
Y
G
 
Q
K
 
K
G
 
G
L
 
K
T
 
T
P
 
P
F
 
F
L
 
L
A
 
A
L
 
W
A
 
C
R
 
E
Q
 
Q
A
 
R
G
 
G
A
 
S
A
 
K
R
 
R
L
 
N
A
 
A
D
 
D
G
|
G
V
 
L
G
 
G
M
|
M
L
|
L
V
 
V
E
 
A
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
H
A
 
A
F
 
F
A
 
L
W
 
L
W
 
W
R
 
H
G
 
G
V
 
V
R
 
L
P
 
P
A
 
D
T
 
V
G
 
E
E
 
P
V
 
V
I
 
I
R
 
K
A
 
Q
L
 
L
T
 
Q
V
 
E
P
 
E
L
 
L
A
 
S

P15770 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SD; SDH; EC 1.1.1.25 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
44% identity, 99% coverage: 3:274/274 of query aligns to 2:271/272 of P15770

query
sites
P15770
D
 
E
R
 
T
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
T
 
F
G
 
G
H
 
N
P
 
P
L
 
I
G
 
A
H
 
H
T
 
S
K
 
K
S
 
S
P
 
P
F
 
F
I
 
I
H
 
H
T
 
Q
S
 
Q
F
 
F
A
 
A
R
 
Q
S
 
Q
T
 
L
G
 
N
Q
 
I
D
 
E
M
 
H
E
 
P
Y
 
Y
L
 
G
A
 
R
I
 
V
E
 
L
A
 
A
A
 
P
P
 
I
G
 
N
S
 
D
F
 
F
R
 
I
E
 
N
T
 
T
A
 
L
E
 
N
A
 
A
F
 
F
R
 
F
A
 
S
S
 
A
G
 
G
G
 
G
R
 
K
G
 
G
L
 
A
N
 
N
I
 
V
T
 
T
A
 
V
P
 
P
F
 
F
K
 
K
L
 
E
D
 
E
A
 
A
F
 
F
A
 
A
F
 
R
A
 
A
T
 
D
E
 
E
H
 
L
S
 
T
E
 
E
A
 
R
A
 
A
R
 
A
L
 
L
A
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
V
N
 
N
A
 
T
L
 
L
S
 
M
F
 
R
D
 
L
D
 
E
D
 
D
G
 
G
R
 
R
I
 
L
R
 
L
A
 
G
E
 
D
N
 
N
F
 
T
D
 
D
G
 
G
V
 
V
G
 
G
L
 
L
V
 
L
N
 
S
D
 
D
V
 
L
Q
 
E
R
 
R
N
 
-
L
 
L
G
 
S
L
 
F
A
 
I
L
 
R
A
 
P
C
 
G
K
 
L
R
 
R
V
 
I
L
 
L
M
 
L
L
 
I
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
S
R
 
R
S
 
G
A
 
V
L
 
L
L
 
L
P
 
P
F
 
L
L
 
L
A
 
S
Q
 
L
G
 
D
P
 
-
A
 
C
A
 
A
F
 
V
V
 
T
L
 
I
V
 
T
N
|
N
R
|
R
D
x
T
T
x
V
A
x
S
K
x
R
A
 
A
R
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
K
R
 
L
V
 
F
A
 
A
G
 
H
A
 
T
G
 
G
P
 
S
I
 
I
T
 
Q
A
 
A
A
 
L
G
 
S
Y
 
M
D
 
D
E
 
E
L
 
L
G
 
E
D
 
G
A
 
H
P
 
E
F
 
F
D
 
D
L
 
L
V
 
I
L
 
I
N
 
N
A
 
A
T
 
T
S
 
S
A
 
S
S
 
G
L
 
I
R
 
S
A
 
G
E
 
D
L
 
I
P
 
P
P
 
A
V
 
I
P
 
P
P
 
S
G
 
S
V
 
L
F
 
I
A
 
H
G
 
P
H
 
G
T
 
I
L
 
Y
A
 
C
Y
 
Y
E
 
D
L
x
M
A
 
F
Y
 
Y
G
 
Q
K
 
K
G
 
G
L
 
K
T
 
T
P
 
P
F
 
F
L
 
L
A
 
A
L
 
W
A
 
C
R
 
E
Q
 
Q
A
 
R
G
 
G
A
 
S
A
 
K
R
 
R
L
 
N
A
 
A
D
 
D
G
|
G
V
 
L
G
 
G
M
 
M
L
 
L
V
 
V
E
 
A
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
H
A
 
A
F
 
F
A
 
L
W
 
L
W
 
W
R
 
H
G
 
G
V
 
V
R
 
L
P
 
P
A
 
D
T
 
V
G
 
E
E
 
P
V
 
V
I
 
I
R
 
K
A
 
Q
L
 
L
T
 
Q
V
 
E
P
 
E
L
 
L
A
 
S

3sefC 2.4 angstrom resolution crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase (aroe) from vibrio cholerae o1 biovar eltor str. N16961 in complex with shikimate and NADPH
43% identity, 97% coverage: 3:269/274 of query aligns to 2:239/244 of 3sefC

query
sites
3sefC
D
 
D
R
 
Q
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
T
 
F
G
 
G
H
 
N
P
 
P
L
 
I
G
 
N
H
 
H
T
x
S
K
 
K
S
|
S
P
 
P
F
 
F
I
 
I
H
 
H
T
 
T
S
 
L
F
 
F
A
 
A
R
 
R
S
 
Q
T
 
T
G
 
Q
Q
 
Q
D
 
S
M
 
M
E
 
I
Y
 
Y
L
 
T
A
 
A
I
 
Q
E
 
C
A
 
V
A
 
P
P
 
V
G
 
D
S
 
G
F
 
F
R
 
T
E
 
E
T
 
A
A
 
A
E
 
K
A
 
H
F
 
F
R
 
F
A
 
A
S
 
Q
G
 
G
G
 
G
R
 
R
G
 
G
L
 
C
N
 
N
I
 
V
T
 
T
A
 
V
P
 
P
F
 
F
K
|
K
L
 
E
D
 
E
A
 
A
F
 
Y
A
 
R
F
 
F
A
 
A
T
 
D
E
 
R
H
 
L
S
 
T
E
 
E
A
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
L
A
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
V
N
 
N
A
 
T
L
 
L
S
 
K
F
 
-
D
 
K
D
 
D
D
 
D
G
 
G
R
 
E
I
 
I
R
 
L
A
 
G
E
 
D
N
 
N
F
 
T
D
|
D
G
 
G
V
 
E
G
 
G
L
 
L
V
 
V
N
 
Q
D
 
D
V
 
L
Q
 
L
R
 
A
N
 
Q
L
 
Q
G
 
V
L
 
L
A
 
-
L
 
L
A
 
K
C
 
G
K
 
A
R
 
T
V
 
I
L
 
L
M
 
L
L
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
A
R
 
R
S
 
G
A
 
V
L
 
L
L
 
K
P
 
P
F
 
L
L
 
L
A
 
D
Q
 
Q
G
 
Q
P
 
P
A
 
A
A
 
S
F
 
I
V
 
T
L
 
V
V
 
T
N
 
N
R
 
R
D
 
T
T
 
F
A
 
A
K
 
K
A
 
A
R
 
E
E
 
Q
L
 
L
A
 
A
A
 
E
R
 
L
V
 
V
A
 
A
G
 
A
A
 
Y
G
 
G
P
 
E
I
 
V
T
 
K
A
 
A
A
 
Q
G
 
A
Y
 
F
D
 
E
E
 
Q
L
 
L
G
 
K
D
 
Q
A
 
S
P
 
-
F
 
Y
D
 
D
L
 
V
V
 
I
L
 
I
N
 
N
A
 
S
T
 
T
S
 
S
A
 
A
S
 
-
L
 
-
R
 
-
A
 
-
E
 
-
L
 
-
P
 
-
P
 
-
V
 
I
P
 
D
P
 
P
G
 
V
V
 
I
F
 
F
A
 
S
G
 
S
H
 
R
T
 
S
L
 
V
A
 
C
Y
 
Y
E
 
D
L
 
M
A
 
M
Y
 
Y
G
 
G
K
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
-
P
 
-
F
 
-
L
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
Q
 
-
A
 
-
G
 
-
A
 
-
A
 
-
R
 
-
L
 
-
A
 
I
D
 
D
G
 
G
V
 
L
G
 
G
M
 
M
L
 
L
V
 
V
E
 
G
Q
|
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
E
A
 
S
F
 
F
A
 
M
W
 
L
W
 
W
R
 
R
G
 
G
V
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
G
T
 
T
G
 
K
E
 
Q
V
 
I
I
 
L
R
 
R
A
 
E
L
 
L

1p77A Crystal structure of shikimate dehydrogenase (aroe) from haemophilus influenzae (see paper)
43% identity, 97% coverage: 3:269/274 of query aligns to 2:260/265 of 1p77A

query
sites
1p77A
D
 
D
R
 
L
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
T
 
W
G
 
G
H
 
N
P
 
P
L
 
I
G
 
A
H
 
Q
T
 
S
K
 
K
S
 
S
P
 
P
F
 
L
I
 
I
H
 
Q
T
 
N
S
 
K
F
 
L
A
 
A
R
 
A
S
 
Q
T
 
T
G
 
H
Q
 
Q
D
 
T
M
 
M
E
 
E
Y
 
Y
L
 
I
A
 
A
I
 
K
E
 
L
A
 
G
A
 
D
P
 
L
G
 
D
S
 
A
F
 
F
R
 
E
E
 
Q
T
 
Q
A
 
L
E
 
L
A
 
A
F
 
F
R
 
F
A
 
E
S
 
E
G
 
G
G
 
A
R
 
K
G
 
G
L
 
C
N
 
N
I
 
I
T
 
T
A
 
S
P
 
P
F
 
F
K
 
K
L
 
E
D
 
R
A
 
A
F
 
Y
A
 
Q
F
 
L
A
 
A
T
 
D
E
 
E
H
 
Y
S
 
S
E
 
Q
A
 
R
A
 
A
R
 
K
L
 
L
A
 
A
G
 
E
A
 
A
A
 
C
N
 
N
A
 
T
L
 
L
S
 
K
F
 
K
D
 
L
D
 
D
D
 
D
G
 
G
R
 
K
I
 
L
R
 
Y
A
 
A
E
 
D
N
 
N
F
 
T
D
 
D
G
 
G
V
 
I
G
 
G
L
 
L
V
 
V
N
 
T
D
 
D
V
 
L
Q
 
Q
R
 
R
N
 
-
L
 
L
G
 
N
L
 
W
A
 
L
L
 
R
A
 
P
C
 
N
K
 
Q
R
 
H
V
 
V
L
 
L
M
 
I
L
 
L
G
|
G
A
 
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
T
R
 
K
S
 
G
A
 
V
L
 
L
L
 
L
P
 
P
F
 
L
L
 
L
A
 
-
Q
 
Q
G
 
A
P
 
Q
A
 
Q
A
 
N
F
 
I
V
 
V
L
 
L
V
 
A
N
|
N
R
|
R
D
x
T
T
 
F
A
 
S
K
|
K
A
 
T
R
 
K
E
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
E
R
 
R
V
 
F
A
 
Q
G
 
P
A
 
Y
G
 
G
P
 
N
I
 
I
T
 
Q
A
 
A
A
 
V
G
 
S
Y
 
M
D
 
D
E
 
S
L
 
I
G
 
P
D
 
L
A
 
Q
P
 
T
F
 
Y
D
 
D
L
 
L
V
 
V
L
 
I
N
 
N
A
 
A
T
|
T
S
|
S
A
|
A
S
 
S
L
 
V
R
 
D
A
 
A
E
 
E
L
 
I
P
 
L
P
 
K
V
 
L
P
 
G
P
 
S
G
 
A
V
 
F
F
 
-
A
 
-
G
 
-
H
 
-
T
 
-
L
 
-
A
 
-
Y
 
Y
E
 
D
L
 
M
A
 
Q
Y
 
Y
G
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
T
-
 
D
T
 
T
P
 
P
F
 
F
L
 
I
A
 
A
L
 
L
A
 
C
R
 
K
Q
 
S
A
 
L
G
 
G
A
 
L
A
 
T
R
 
N
L
 
V
A
 
S
D
 
D
G
 
G
V
 
F
G
 
G
M
 
M
L
 
L
V
 
V
E
 
A
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
H
A
 
S
F
 
F
A
 
H
W
 
L
W
 
W
R
 
R
G
 
G
V
 
V
R
 
M
P
 
P
A
 
D
T
 
F
G
 
V
E
 
S
V
 
V
I
 
Y
R
 
E
A
 
Q
L
 
L

P43876 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (see paper)
43% identity, 97% coverage: 3:269/274 of query aligns to 2:267/272 of P43876

query
sites
P43876
D
 
D
R
 
L
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
T
 
W
G
 
G
H
 
N
P
 
P
L
 
I
G
 
A
H
 
Q
T
 
S
K
 
K
S
 
S
P
 
P
F
 
L
I
 
I
H
 
Q
T
 
N
S
 
K
F
 
L
A
 
A
R
 
A
S
 
Q
T
 
T
G
 
H
Q
 
Q
D
 
T
M
 
M
E
 
E
Y
 
Y
L
 
I
A
 
A
I
 
K
E
 
L
A
 
G
A
 
D
P
 
L
G
 
D
S
 
A
F
 
F
R
 
E
E
 
Q
T
 
Q
A
 
L
E
 
L
A
 
A
F
 
F
R
 
F
A
 
E
S
 
E
G
 
G
G
 
A
R
 
K
G
 
G
L
 
C
N
 
N
I
 
I
T
 
T
A
 
S
P
 
P
F
 
F
K
 
K
L
 
E
D
 
R
A
 
A
F
 
Y
A
 
Q
F
 
L
A
 
A
T
 
D
E
 
E
H
 
Y
S
 
S
E
 
Q
A
 
R
A
 
A
R
 
K
L
 
L
A
 
A
G
 
E
A
 
A
A
 
C
N
 
N
A
 
T
L
 
L
S
 
K
F
 
K
D
 
L
D
 
D
D
 
D
G
 
G
R
 
K
I
 
L
R
 
Y
A
 
A
E
 
D
N
 
N
F
 
T
D
 
D
G
 
G
V
 
I
G
 
G
L
 
L
V
 
V
N
 
T
D
 
D
V
 
L
Q
 
Q
R
 
R
N
 
-
L
 
L
G
 
N
L
 
W
A
 
L
L
 
R
A
 
P
C
 
N
K
 
Q
R
 
H
V
 
V
L
 
L
M
 
I
L
 
L
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
T
R
 
K
S
 
G
A
 
V
L
 
L
L
 
L
P
 
P
F
 
L
L
 
L
A
 
-
Q
 
Q
G
 
A
P
 
Q
A
 
Q
A
 
N
F
 
I
V
 
V
L
 
L
V
 
A
N
|
N
R
|
R
D
x
T
T
x
F
A
x
S
K
|
K
A
 
T
R
 
K
E
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
E
R
 
R
V
 
F
A
 
Q
G
 
P
A
 
Y
G
 
G
P
 
N
I
 
I
T
 
Q
A
 
A
A
 
V
G
 
S
Y
 
M
D
 
D
E
 
S
L
 
I
G
 
P
D
 
L
A
 
Q
P
 
T
F
 
Y
D
 
D
L
 
L
V
 
V
L
 
I
N
 
N
A
 
A
T
 
T
S
|
S
A
 
A
S
 
G
L
 
L
R
 
S
A
 
G
E
 
G
L
 
T
P
 
A
P
 
S
V
 
V
P
 
D
P
 
A
G
 
E
V
 
I
F
 
L
A
 
K
G
 
L
H
 
G
T
 
S
L
 
A
A
 
F
Y
 
Y
E
 
D
L
 
M
A
 
Q
Y
 
Y
G
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
T
-
 
D
T
 
T
P
 
P
F
 
F
L
 
I
A
 
A
L
 
L
A
 
C
R
 
K
Q
 
S
A
 
L
G
 
G
A
 
L
A
 
T
R
 
N
L
 
V
A
 
S
D
 
D
G
 
G
V
 
F
G
 
G
M
 
M
L
 
L
V
 
V
E
 
A
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
H
A
 
S
F
 
F
A
 
H
W
 
L
W
 
W
R
 
R
G
 
G
V
 
V
R
 
M
P
 
P
A
 
D
T
 
F
G
 
V
E
 
S
V
 
V
I
 
Y
R
 
E
A
 
Q
L
 
L

2hk9B Crystal structure of shikimate dehydrogenase from aquifex aeolicus in complex with shikimate and NADP+ at 2.2 angstrom resolution (see paper)
30% identity, 93% coverage: 2:257/274 of query aligns to 6:252/267 of 2hk9B

query
sites
2hk9B
T
 
T
D
 
Q
R
 
L
Y
 
Y
A
 
G
V
 
V
T
 
I
G
 
G
H
 
F
P
 
P
L
 
V
G
 
K
H
 
H
T
x
S
K
 
L
S
|
S
P
 
P
F
 
V
I
 
F
H
 
Q
T
 
N
S
 
A
F
 
L
A
 
I
R
 
R
S
 
Y
T
 
A
G
 
G
Q
 
L
D
 
N
M
 
A
E
 
V
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
I
 
F
E
 
E
A
 
I
A
 
N
P
 
P
G
 
E
S
 
E
F
 
L
R
 
K
E
 
K
T
 
A
A
 
F
E
 
E
A
 
G
F
 
F
R
 
K
A
 
A
S
 
L
G
 
K
G
 
V
R
 
K
G
 
G
L
 
I
N
|
N
I
 
V
T
|
T
A
x
V
P
 
P
F
 
F
K
|
K
L
 
E
D
 
E
A
 
I
F
 
I
A
 
P
F
 
L
A
 
L
T
 
D
E
 
Y
H
 
V
S
 
E
E
 
D
A
 
T
A
 
A
R
 
K
L
 
E
A
 
I
G
 
G
A
 
A
A
 
V
N
|
N
A
 
T
L
 
V
S
 
K
F
 
F
D
 
-
D
 
E
D
 
N
G
 
G
R
 
K
I
 
A
R
 
Y
A
 
G
E
 
Y
N
 
N
F
 
T
D
|
D
G
 
W
V
 
I
G
 
G
L
 
F
V
 
L
N
 
K
D
 
S
V
 
L
Q
 
-
R
 
K
N
 
S
L
 
L
G
 
I
L
 
P
A
 
E
L
 
V
A
 
K
C
 
E
K
 
K
R
 
S
V
 
I
L
 
L
M
 
V
L
 
L
G
|
G
A
 
A
G
 
G
G
|
G
A
|
A
A
 
S
R
 
R
S
 
A
A
 
V
L
 
I
L
 
Y
P
 
A
F
 
L
L
 
V
A
 
K
Q
 
E
G
 
G
P
 
A
A
 
K
A
 
V
F
 
F
V
 
-
L
 
L
V
 
W
N
|
N
R
|
R
D
x
T
T
 
K
A
 
E
K
|
K
A
 
A
R
 
I
E
 
K
L
 
L
A
 
A
A
 
Q
R
 
K
V
 
F
A
 
-
G
 
-
A
 
-
G
 
-
P
 
P
I
 
L
T
 
E
A
 
V
A
 
V
G
 
N
Y
 
S
D
 
P
E
 
E
L
 
E
G
 
V
D
 
I
A
 
D
P
 
K
F
 
V
D
 
Q
L
 
V
V
 
I
L
 
V
N
 
N
A
 
T
T
|
T
S
|
S
A
x
V
S
 
G
L
 
L
R
 
K
A
 
D
E
 
E
L
 
D
P
 
P
P
 
E
V
 
I
-
 
F
P
 
N
P
 
Y
G
 
D
V
 
L
F
 
I
A
 
K
G
 
K
H
 
D
T
 
H
L
 
V
A
 
V
Y
 
V
E
 
D
L
x
I
A
 
I
Y
|
Y
G
 
K
K
 
E
G
 
-
L
 
-
T
 
T
P
 
K
F
 
L
L
 
L
A
 
K
L
 
K
A
 
A
R
 
K
Q
 
E
A
 
K
G
 
G
A
 
-
A
 
A
R
 
K
L
 
L
A
 
L
D
 
D
G
 
G
V
 
L
G
 
P
M
|
M
L
|
L
V
 
L
E
 
W
Q
|
Q
A
 
G
A
 
I
E
 
E
A
 
A
F
 
F
A
 
K
W
 
I
W
 
W
R
 
N
G
 
G

2hk9A Crystal structure of shikimate dehydrogenase from aquifex aeolicus in complex with shikimate and NADP+ at 2.2 angstrom resolution (see paper)
30% identity, 93% coverage: 2:257/274 of query aligns to 6:252/269 of 2hk9A

query
sites
2hk9A
T
 
T
D
 
Q
R
 
L
Y
 
Y
A
 
G
V
 
V
T
 
I
G
 
G
H
 
F
P
 
P
L
 
V
G
 
K
H
 
H
T
x
S
K
 
L
S
|
S
P
 
P
F
 
V
I
 
F
H
 
Q
T
 
N
S
 
A
F
 
L
A
 
I
R
 
R
S
 
Y
T
 
A
G
 
G
Q
 
L
D
 
N
M
 
A
E
 
V
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
I
 
F
E
 
E
A
 
I
A
 
N
P
 
P
G
 
E
S
 
E
F
 
L
R
 
K
E
 
K
T
 
A
A
 
F
E
 
E
A
 
G
F
 
F
R
 
K
A
 
A
S
 
L
G
 
K
G
 
V
R
 
K
G
 
G
L
 
I
N
|
N
I
 
V
T
 
T
A
x
V
P
 
P
F
 
F
K
|
K
L
 
E
D
 
E
A
 
I
F
 
I
A
 
P
F
 
L
A
 
L
T
 
D
E
 
Y
H
 
V
S
 
E
E
 
D
A
 
T
A
 
A
R
 
K
L
 
E
A
 
I
G
 
G
A
 
A
A
 
V
N
|
N
A
 
T
L
 
V
S
 
K
F
 
F
D
 
-
D
 
E
D
 
N
G
 
G
R
 
K
I
 
A
R
 
Y
A
 
G
E
 
Y
N
 
N
F
 
T
D
|
D
G
 
W
V
 
I
G
 
G
L
 
F
V
 
L
N
 
K
D
 
S
V
 
L
Q
 
-
R
 
K
N
 
S
L
 
L
G
 
I
L
 
P
A
 
E
L
 
V
A
 
K
C
 
E
K
 
K
R
 
S
V
 
I
L
 
L
M
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
S
R
 
R
S
 
A
A
 
V
L
 
I
L
 
Y
P
 
A
F
 
L
L
 
V
A
 
K
Q
 
E
G
 
G
P
 
A
A
 
K
A
 
V
F
 
F
V
 
-
L
 
L
V
 
W
N
|
N
R
|
R
D
x
T
T
 
K
A
 
E
K
 
K
A
 
A
R
 
I
E
 
K
L
 
L
A
 
A
A
 
Q
R
 
K
V
 
F
A
 
-
G
 
-
A
 
-
G
 
-
P
 
P
I
 
L
T
 
E
A
 
V
A
 
V
G
 
N
Y
 
S
D
 
P
E
 
E
L
 
E
G
 
V
D
 
I
A
 
D
P
 
K
F
 
V
D
 
Q
L
 
V
V
 
I
L
 
V
N
 
N
A
 
T
T
|
T
S
|
S
A
x
V
S
 
G
L
 
L
R
 
K
A
 
D
E
 
E
L
 
D
P
 
P
P
 
E
V
 
I
-
 
F
P
 
N
P
 
Y
G
 
D
V
 
L
F
 
I
A
 
K
G
 
K
H
 
D
T
 
H
L
 
V
A
 
V
Y
 
V
E
 
D
L
 
I
A
 
I
Y
|
Y
G
 
K
K
 
E
G
 
-
L
 
-
T
 
T
P
 
K
F
 
L
L
 
L
A
 
K
L
 
K
A
 
A
R
 
K
Q
 
E
A
 
K
G
 
G
A
 
-
A
 
A
R
 
K
L
 
L
A
 
L
D
 
D
G
 
G
V
 
L
G
 
P
M
 
M
L
|
L
V
 
L
E
 
W
Q
|
Q
A
 
G
A
 
I
E
 
E
A
 
A
F
 
F
A
 
K
W
 
I
W
 
W
R
 
N
G
 
G

O67049 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SD; SDH; EC 1.1.1.25 from Aquifex aeolicus (strain VF5) (see paper)
30% identity, 93% coverage: 2:257/274 of query aligns to 6:252/269 of O67049

query
sites
O67049
T
 
T
D
 
Q
R
 
L
Y
 
Y
A
 
G
V
 
V
T
 
I
G
 
G
H
 
F
P
 
P
L
 
V
G
 
K
H
 
H
T
x
S
K
x
L
S
|
S
P
 
P
F
 
V
I
 
F
H
 
Q
T
 
N
S
 
A
F
 
L
A
 
I
R
 
R
S
 
Y
T
 
A
G
 
G
Q
 
L
D
 
N
M
 
A
E
 
V
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
I
 
F
E
 
E
A
 
I
A
 
N
P
 
P
G
 
E
S
 
E
F
 
L
R
 
K
E
 
K
T
 
A
A
 
F
E
 
E
A
 
G
F
 
F
R
 
K
A
 
A
S
 
L
G
 
K
G
 
V
R
 
K
G
 
G
L
 
I
N
 
N
I
 
V
T
 
T
A
 
V
P
 
P
F
 
F
K
 
K
L
 
E
D
 
E
A
 
I
F
 
I
A
 
P
F
 
L
A
 
L
T
 
D
E
 
Y
H
 
V
S
 
E
E
x
D
A
 
T
A
 
A
R
 
K
L
 
E
A
 
I
G
 
G
A
 
A
A
 
V
N
|
N
A
 
T
L
 
V
S
 
K
F
 
F
D
 
-
D
 
E
D
 
N
G
 
G
R
 
K
I
 
A
R
 
Y
A
 
G
E
 
Y
N
 
N
F
 
T
D
|
D
G
 
W
V
 
I
G
 
G
L
 
F
V
 
L
N
 
K
D
 
S
V
 
L
Q
 
-
R
 
K
N
 
S
L
 
L
G
 
I
L
 
P
A
 
E
L
 
V
A
 
K
C
 
E
K
 
K
R
 
S
V
 
I
L
 
L
M
 
V
L
 
L
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
S
R
 
R
S
 
A
A
 
V
L
 
I
L
 
Y
P
 
A
F
 
L
L
 
V
A
 
K
Q
 
E
G
 
G
P
 
A
A
 
K
A
 
V
F
 
F
V
 
-
L
 
L
V
 
W
N
 
N
R
 
R
D
 
T
T
 
K
A
 
E
K
 
K
A
 
A
R
 
I
E
 
K
L
 
L
A
 
A
A
 
Q
R
 
K
V
 
F
A
 
-
G
 
-
A
 
-
G
 
-
P
 
P
I
 
L
T
 
E
A
 
V
A
 
V
G
 
N
Y
 
S
D
 
P
E
 
E
L
 
E
G
 
V
D
 
I
A
 
D
P
 
K
F
 
V
D
 
Q
L
 
V
V
 
I
L
 
V
N
 
N
A
 
T
T
 
T
S
 
S
A
 
V
S
 
G
L
 
L
R
 
K
A
 
D
E
 
K
L
 
D
P
 
P
P
 
E
V
 
I
-
 
F
P
 
N
P
 
Y
G
 
D
V
 
L
F
 
I
A
 
K
G
 
K
H
 
D
T
 
H
L
 
V
A
 
V
Y
 
V
E
 
D
L
x
I
A
 
I
Y
|
Y
G
 
K
K
 
E
G
 
-
L
 
-
T
 
T
P
 
K
F
 
L
L
 
L
A
 
K
L
 
K
A
 
A
R
 
K
Q
 
E
A
 
K
G
 
G
A
 
-
A
 
A
R
 
K
L
 
L
A
 
F
D
 
D
G
|
G
V
 
L
G
 
P
M
 
M
L
 
L
V
 
L
E
 
W
Q
|
Q
A
 
G
A
 
I
E
 
E
A
 
A
F
 
F
A
 
K
W
 
I
W
 
W
R
 
N
G
 
G

Q5HNV1 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Staphylococcus epidermidis (strain ATCC 35984 / RP62A) (see paper)
27% identity, 94% coverage: 4:260/274 of query aligns to 2:252/269 of Q5HNV1

query
sites
Q5HNV1
R
 
K
Y
 
F
A
 
A
V
 
V
T
 
I
G
 
G
H
 
N
P
 
P
L
 
I
G
 
S
H
 
H
T
x
S
K
x
L
S
|
S
P
 
P
F
 
L
I
 
M
H
 
H
T
 
H
S
 
A
F
 
N
A
 
F
R
 
Q
S
 
S
T
 
L
G
 
N
Q
 
L
D
 
E
M
 
N
E
 
T
Y
 
Y
L
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
N
A
 
V
A
 
P
P
 
V
G
 
N
S
 
Q
F
 
F
R
 
Q
E
 
D
T
 
I
A
 
K
E
 
K
A
 
I
F
 
I
R
 
S
A
 
E
S
 
K
G
 
S
G
 
I
R
 
D
G
 
G
L
 
F
N
 
N
I
 
V
T
|
T
A
 
I
P
 
P
F
 
H
K
 
K
L
 
E
D
 
R
A
 
I
F
 
I
A
 
P
F
 
Y
A
 
L
T
 
D
E
 
D
H
 
I
S
 
N
E
 
E
A
 
Q
A
 
A
R
 
K
L
 
S
A
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
V
N
|
N
A
 
T
L
 
V
S
 
-
F
 
L
D
 
V
D
 
K
D
 
D
G
 
G
R
 
K
I
 
W
R
 
I
A
 
G
E
 
Y
N
 
N
F
 
T
D
|
D
G
 
G
V
 
I
G
 
G
L
 
Y
V
 
V
N
 
N
D
 
G
V
 
L
Q
 
K
R
 
Q
N
 
-
L
 
I
G
 
Y
L
 
E
A
 
G
L
 
I
A
 
E
C
 
D
K
 
A
R
 
Y
V
 
I
L
 
L
M
 
I
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
S
R
 
K
S
 
G
A
 
I
L
 
A
L
 
N
P
 
E
F
 
L
L
 
Y
A
 
K
Q
 
I
G
 
V
P
 
R
A
 
P
A
 
T
F
 
L
V
 
T
L
 
V
V
 
A
N
 
N
R
 
R
D
 
T
T
 
M
A
 
S
K
 
R
A
 
F
R
 
N
E
 
N
L
 
W
A
 
S
A
 
L
R
 
N
V
 
I
A
 
N
G
 
K
A
 
I
G
 
N
P
 
L
I
 
S
T
 
H
A
 
A
A
 
E
G
 
S
Y
 
H
-
 
L
D
 
D
E
 
E
L
 
-
G
 
-
D
 
-
A
 
-
P
 
-
F
 
F
D
 
D
L
 
I
V
 
I
L
 
I
N
 
N
A
 
T
T
 
T
S
 
P
A
 
A
S
 
G
L
 
M
R
 
N
A
 
G
E
 
N
L
 
T
P
 
D
P
 
S
V
 
V
P
 
I
P
 
S
-
 
L
G
 
N
V
 
R
F
 
L
A
 
A
G
 
S
H
 
H
T
 
T
L
 
L
A
 
V
Y
 
S
E
 
D
L
 
I
A
 
V
Y
|
Y
G
 
N
K
 
P
G
 
Y
L
 
K
T
 
T
P
 
P
F
 
I
L
 
L
A
 
I
L
 
E
A
 
A
R
 
E
Q
 
Q
A
 
R
G
 
G
A
 
N
A
 
P
R
 
-
L
 
I
A
 
Y
D
 
N
G
 
G
V
 
L
G
 
D
M
 
M
L
 
F
V
 
V
E
 
H
Q
|
Q
A
 
G
A
 
A
E
 
E
A
 
S
F
 
F
A
 
K
W
 
I
W
 
W
R
 
T
G
 
N
V
 
L
R
 
E
P
 
P

3dooA Crystal structure of shikimate dehydrogenase from staphylococcus epidermidis complexed with shikimate (see paper)
26% identity, 94% coverage: 4:260/274 of query aligns to 2:243/258 of 3dooA

query
sites
3dooA
R
 
K
Y
 
F
A
 
A
V
 
V
T
 
I
G
 
G
H
 
N
P
 
P
L
 
I
G
 
S
H
 
H
T
x
S
K
 
L
S
|
S
P
 
P
F
 
L
I
 
M
H
 
H
T
 
H
S
 
A
F
 
N
A
 
F
R
 
Q
S
 
S
T
 
L
G
 
N
Q
 
L
D
 
E
M
 
N
E
 
T
Y
 
Y
L
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
N
A
 
V
A
 
P
P
 
V
G
 
N
S
 
Q
F
 
F
R
 
Q
E
 
D
T
 
I
A
 
K
E
 
K
A
 
I
F
 
I
R
 
S
A
 
E
S
 
K
G
 
S
G
 
I
R
 
D
G
 
G
L
 
F
N
|
N
I
 
V
T
|
T
A
 
I
P
 
P
F
 
H
K
|
K
L
 
E
D
 
R
A
 
I
F
 
I
A
 
P
F
 
Y
A
 
L
T
 
D
E
 
D
H
 
I
S
 
N
E
 
E
A
 
Q
A
 
A
R
 
K
L
 
S
A
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
V
N
|
N
A
 
T
L
 
V
S
 
-
F
 
L
D
 
V
D
 
K
D
 
D
G
 
G
R
 
K
I
 
W
R
 
I
A
 
G
E
 
Y
N
 
N
F
 
T
D
|
D
G
 
G
V
 
I
G
 
G
L
 
Y
V
 
V
N
 
N
D
 
G
V
 
L
Q
 
K
R
 
Q
N
 
-
L
 
I
G
 
Y
L
 
E
A
 
G
L
 
I
A
 
E
C
 
D
K
 
A
R
 
Y
V
 
I
L
 
L
M
 
I
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
S
R
 
K
S
 
G
A
 
I
L
 
A
L
 
N
P
 
E
F
 
L
L
 
Y
A
 
K
Q
 
I
G
 
V
P
 
R
A
 
P
A
 
T
F
 
L
V
 
T
L
 
V
V
 
A
N
 
N
R
 
R
D
 
T
T
 
M
A
 
S
K
 
R
A
 
F
R
 
N
E
 
N
L
 
W
A
 
S
A
 
L
R
 
N
V
 
I
A
 
N
G
 
K
A
 
I
G
 
N
P
 
L
I
 
S
T
 
H
A
 
A
A
 
E
G
 
S
Y
 
H
-
 
L
D
 
D
E
 
E
L
 
-
G
 
-
D
 
-
A
 
-
P
 
-
F
 
F
D
 
D
L
 
I
V
 
I
L
 
I
N
 
N
A
 
T
T
 
T
S
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
R
 
-
A
 
-
E
 
-
L
 
-
P
 
P
P
 
V
V
 
I
P
 
S
P
 
L
G
 
N
V
 
R
F
 
L
A
 
A
G
 
S
H
 
H
T
 
T
L
 
L
A
 
V
Y
 
S
E
 
D
L
 
I
A
 
V
Y
 
Y
G
 
N
K
 
P
G
 
Y
L
 
K
T
 
T
P
 
P
F
 
I
L
 
L
A
 
I
L
 
E
A
 
A
R
 
E
Q
 
Q
A
 
R
G
 
G
A
 
N
A
 
P
R
 
-
L
 
I
A
 
Y
D
 
N
G
 
G
V
 
L
G
 
D
M
 
M
L
x
F
V
 
V
E
 
H
Q
|
Q
A
 
G
A
 
A
E
 
E
A
 
S
F
 
F
A
 
K
W
 
I
W
 
W
R
 
T
G
 
N
V
 
L
R
 
E
P
 
P

3phiA Shikimate 5-dehydrogenase (aroe) from helicobacter pylori in complex with shikimate and NADPH
32% identity, 97% coverage: 5:269/274 of query aligns to 6:259/259 of 3phiA

query
sites
3phiA
Y
 
F
A
 
G
V
 
V
T
 
F
G
 
G
H
 
N
P
 
P
L
 
I
G
 
K
H
 
H
T
x
S
K
 
K
S
|
S
P
 
P
F
 
L
I
 
I
H
 
H
T
 
N
S
 
A
F
 
C
A
 
F
R
 
L
S
 
T
T
 
F
G
 
Q
Q
 
K
D
 
E
M
 
L
E
 
R
Y
 
F
L
 
L
A
 
-
I
 
-
E
 
-
A
 
-
A
 
-
P
 
-
G
 
G
S
 
H
F
 
Y
R
 
H
-
 
P
-
 
I
-
 
L
-
 
L
-
 
P
-
 
L
-
 
E
-
 
S
E
 
H
T
 
I
A
 
K
E
 
S
A
 
E
F
 
F
R
 
L
A
 
H
S
 
L
G
 
G
G
 
L
R
 
S
G
 
G
L
 
A
N
|
N
I
 
V
T
 
T
A
x
L
P
|
P
F
 
F
K
|
K
L
 
E
D
 
R
A
 
A
F
 
F
A
 
Q
F
 
V
A
 
C
T
 
D
E
 
K
H
 
I
S
 
K
E
 
G
A
 
I
A
 
A
R
 
L
L
 
E
A
 
C
G
 
G
A
 
A
A
 
V
N
|
N
A
 
T
L
 
L
S
 
V
F
 
L
D
 
E
D
 
N
D
 
D
G
 
-
R
 
E
I
 
L
R
 
V
A
 
G
E
 
Y
N
 
N
F
 
T
D
|
D
G
 
A
V
 
L
G
 
G
L
 
F
V
 
Y
N
 
-
D
 
-
V
 
-
Q
 
-
R
 
-
N
 
-
L
 
-
G
 
-
L
 
L
A
 
S
L
 
L
A
 
K
C
 
Y
K
 
Q
R
 
N
V
 
A
L
 
L
M
 
I
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
|
G
G
|
G
A
x
S
A
 
A
R
 
K
S
 
A
A
 
L
L
 
A
L
 
C
P
 
E
F
 
L
L
 
K
A
 
K
Q
 
Q
G
 
G
P
 
L
A
 
Q
A
 
V
F
 
S
V
 
V
L
 
L
V
 
-
N
 
N
R
|
R
D
 
-
T
 
S
A
 
S
K
 
R
A
 
G
R
 
L
E
 
D
L
 
F
A
 
F
A
 
Q
R
 
R
V
 
L
A
 
-
G
 
-
A
 
-
G
 
-
P
 
-
I
 
-
T
 
-
A
 
-
A
 
-
G
 
G
Y
 
C
D
 
D
E
 
C
L
 
F
G
 
M
D
 
E
A
 
P
P
 
P
-
 
K
-
 
S
-
 
A
F
 
F
D
 
D
L
 
L
V
 
I
L
 
I
N
 
N
A
 
A
T
|
T
S
|
S
A
|
A
S
 
S
L
|
L
R
 
H
A
 
N
E
 
E
L
 
L
P
|
P
-
 
L
-
 
N
-
 
K
P
 
E
V
 
V
P
 
L
P
 
K
G
 
G
V
 
Y
F
 
F
A
 
K
G
 
E
H
 
G
T
 
K
L
 
L
A
 
A
Y
 
Y
E
 
D
L
|
L
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
K
 
-
G
 
F
L
 
L
T
 
T
P
 
P
F
 
F
L
 
L
A
 
S
L
 
L
A
 
A
R
 
K
Q
 
E
A
 
L
G
 
K
A
 
T
A
 
P
R
 
-
L
 
F
A
 
Q
D
 
D
G
|
G
V
 
K
G
 
D
M
|
M
L
|
L
V
 
I
E
 
Y
Q
|
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
L
A
 
S
F
 
F
A
 
E
W
 
K
W
 
F
R
 
S
G
 
A
V
 
S
R
 
Q
-
 
I
P
 
P
A
 
Y
T
 
S
G
 
K
-
 
A
-
 
F
E
 
E
V
 
V
I
 
M
R
 
R
A
 
S
L
 
V

P56119 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (Campylobacter pylori)
32% identity, 97% coverage: 5:269/274 of query aligns to 6:262/263 of P56119

query
sites
P56119
Y
 
F
A
 
G
V
 
V
T
 
F
G
 
G
H
 
N
P
 
P
L
 
I
G
 
K
H
 
H
T
x
S
K
|
K
S
|
S
P
 
P
F
 
L
I
 
I
H
 
H
T
 
N
S
 
A
F
 
C
A
 
F
R
 
L
S
 
T
T
 
F
G
 
Q
Q
 
K
D
 
E
M
 
L
E
 
R
Y
 
F
L
 
L
A
 
-
I
 
-
E
 
-
A
 
-
A
 
-
P
 
-
G
 
G
S
 
H
F
 
Y
R
 
H
-
 
P
-
 
I
-
 
L
-
 
L
-
 
P
-
 
L
-
 
E
-
 
S
E
 
H
T
 
I
A
 
K
E
 
S
A
 
E
F
 
F
R
 
L
A
 
H
S
 
L
G
 
G
G
 
L
R
 
S
G
 
G
L
 
A
N
 
N
I
 
V
T
|
T
A
 
L
P
 
P
F
 
F
K
 
K
L
 
E
D
 
R
A
 
A
F
 
F
A
 
Q
F
 
V
A
 
C
T
 
D
E
 
K
H
 
I
S
 
K
E
 
G
A
 
I
A
 
A
R
 
L
L
 
E
A
 
C
G
 
G
A
 
A
A
 
V
N
|
N
A
 
T
L
 
L
S
 
V
F
 
L
D
 
E
D
 
N
D
 
D
G
 
-
R
 
E
I
 
L
R
 
V
A
 
G
E
 
Y
N
 
N
F
 
T
D
|
D
G
 
A
V
 
L
G
 
G
L
 
F
V
 
Y
N
 
L
D
 
S
V
 
L
-
 
K
Q
 
Q
R
 
K
N
 
N
L
 
Y
G
 
-
L
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
C
 
-
K
 
Q
R
 
N
V
 
A
L
 
L
M
 
I
L
 
L
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
x
S
A
 
A
R
 
K
S
 
A
A
 
L
L
 
A
L
 
C
P
 
E
F
 
L
L
 
K
A
 
K
Q
 
Q
G
 
G
P
 
L
A
 
Q
A
 
V
F
 
S
V
 
V
L
 
L
V
 
-
N
 
N
R
 
R
D
 
-
T
 
S
A
 
S
K
 
R
A
 
G
R
 
L
E
 
D
L
 
F
A
 
F
A
 
Q
R
 
R
V
 
L
A
 
-
G
 
-
A
 
-
G
 
-
P
 
-
I
 
-
T
 
-
A
 
-
A
 
-
G
 
G
Y
 
C
D
 
D
E
 
C
L
 
F
G
 
M
D
 
E
A
 
P
P
 
P
-
 
K
-
 
S
-
 
A
F
 
F
D
 
D
L
 
L
V
 
I
L
 
I
N
 
N
A
 
A
T
 
T
S
|
S
A
 
A
S
 
S
L
 
L
R
 
H
A
 
N
E
 
E
L
 
L
P
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
K
P
 
E
V
 
V
P
 
L
P
 
K
G
 
G
V
 
Y
F
 
F
A
 
K
G
 
E
H
 
G
T
 
K
L
 
L
A
 
A
Y
 
Y
E
 
D
L
 
L
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
K
 
-
G
 
F
L
 
L
T
 
T
P
 
P
F
 
F
L
 
L
A
 
S
L
 
L
A
 
A
R
 
K
Q
 
E
A
 
L
G
 
K
A
 
T
A
 
P
R
 
-
L
 
F
A
 
Q
D
 
D
G
|
G
V
 
K
G
 
D
M
 
M
L
 
L
V
 
I
E
 
Y
Q
|
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
L
A
 
S
F
 
F
A
 
E
W
 
K
W
 
F
R
 
S
G
 
A
V
 
S
R
 
Q
-
 
I
P
 
P
A
 
Y
T
 
S
G
 
K
-
 
A
-
 
F
E
 
E
V
 
V
I
 
M
R
 
R
A
 
S
L
 
V

4fosA Crystal structure of shikimate dehydrogenase (aroe) q237a mutant from helicobacter pylori in complex with shikimate
32% identity, 97% coverage: 5:269/274 of query aligns to 6:262/263 of 4fosA

query
sites
4fosA
Y
 
F
A
 
G
V
 
V
T
 
F
G
 
G
H
 
N
P
 
P
L
 
I
G
 
K
H
 
H
T
x
S
K
 
K
S
|
S
P
 
P
F
 
L
I
 
I
H
 
H
T
 
N
S
 
A
F
 
C
A
 
F
R
 
L
S
 
T
T
 
F
G
 
Q
Q
 
K
D
 
E
M
 
L
E
 
R
Y
 
F
L
 
L
A
 
-
I
 
-
E
 
-
A
 
-
A
 
-
P
 
-
G
 
G
S
 
H
F
 
Y
R
 
H
-
 
P
-
 
I
-
 
L
-
 
L
-
 
P
-
 
L
-
 
E
-
 
S
E
 
H
T
 
I
A
 
K
E
 
S
A
 
E
F
 
F
R
 
L
A
 
H
S
 
L
G
 
G
G
 
L
R
 
S
G
 
G
L
 
A
N
|
N
I
x
V
T
|
T
A
 
L
P
 
P
F
 
F
K
|
K
L
 
E
D
 
R
A
 
A
F
 
F
A
 
Q
F
 
V
A
 
C
T
 
D
E
 
K
H
 
I
S
 
K
E
 
G
A
 
I
A
 
A
R
 
L
L
 
E
A
 
C
G
 
G
A
 
A
A
 
V
N
|
N
A
 
T
L
 
L
S
 
V
F
 
L
D
 
E
D
 
N
D
 
D
G
 
-
R
 
E
I
 
L
R
 
V
A
 
G
E
 
Y
N
 
N
F
 
T
D
|
D
G
 
A
V
 
L
G
 
G
L
 
F
V
 
Y
N
 
L
D
 
S
V
 
L
-
 
K
Q
 
Q
R
 
K
N
 
N
L
 
Y
G
 
-
L
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
C
 
-
K
 
Q
R
 
N
V
 
A
L
 
L
M
 
I
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
S
A
 
A
R
 
K
S
 
A
A
 
L
L
 
A
L
 
C
P
 
E
F
 
L
L
 
K
A
 
K
Q
 
Q
G
 
G
P
 
L
A
 
Q
A
 
V
F
 
S
V
 
V
L
 
L
V
 
-
N
 
N
R
 
R
D
 
-
T
 
S
A
 
S
K
 
R
A
 
G
R
 
L
E
 
D
L
 
F
A
 
F
A
 
Q
R
 
R
V
 
L
A
 
-
G
 
-
A
 
-
G
 
-
P
 
-
I
 
-
T
 
-
A
 
-
A
 
-
G
 
G
Y
 
C
D
 
D
E
 
C
L
 
F
G
 
M
D
 
E
A
 
P
P
 
P
-
 
K
-
 
S
-
 
A
F
 
F
D
 
D
L
 
L
V
 
I
L
 
I
N
 
N
A
 
A
T
 
T
S
 
S
A
 
A
S
 
S
L
 
L
R
 
H
A
 
N
E
 
E
L
 
L
P
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
K
P
 
E
V
 
V
P
 
L
P
 
K
G
 
G
V
 
Y
F
 
F
A
 
K
G
 
E
H
 
G
T
 
K
L
 
L
A
 
A
Y
 
Y
E
 
D
L
 
L
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
K
 
-
G
 
F
L
 
L
T
 
T
P
 
P
F
 
F
L
 
L
A
 
S
L
 
L
A
 
A
R
 
K
Q
 
E
A
 
L
G
 
K
A
 
T
A
 
P
R
 
-
L
 
F
A
 
Q
D
 
D
G
 
G
V
 
K
G
 
D
M
 
M
L
|
L
V
 
I
E
 
Y
Q
 
A
A
 
A
A
 
A
E
 
L
A
 
S
F
 
F
A
 
E
W
 
K
W
 
F
R
 
S
G
 
A
V
 
S
R
 
Q
-
 
I
P
 
P
A
 
Y
T
 
S
G
 
K
-
 
A
-
 
F
E
 
E
V
 
V
I
 
M
R
 
R
A
 
S
L
 
V

1npdB X-ray structure of shikimate dehydrogenase complexed with NAD+ from e.Coli (ydib) northeast structural genomics research consortium (nesg) target er24 (see paper)
29% identity, 94% coverage: 1:257/274 of query aligns to 3:272/288 of 1npdB

query
sites
1npdB
M
 
V
T
 
T
D
 
A
R
 
K
Y
 
Y
A
 
E
V
 
L
T
 
I
G
 
G
-
 
L
-
 
M
-
 
A
H
 
Y
P
 
P
L
 
I
G
 
R
H
 
H
T
 
S
K
 
L
S
 
S
P
 
P
F
 
E
I
 
M
H
 
Q
T
 
N
S
 
K
F
 
A
A
 
L
R
 
E
S
 
K
T
 
A
G
 
G
Q
 
L
D
 
P
M
 
F
E
 
T
Y
 
Y
L
 
M
A
 
A
I
 
F
E
 
E
A
 
V
A
 
D
P
 
N
G
 
D
S
 
S
F
 
F
R
 
P
E
 
G
T
 
A
A
 
I
E
 
E
A
 
G
F
 
L
R
 
K
A
 
A
S
 
L
G
 
K
G
 
M
R
 
R
G
 
G
L
 
T
N
 
G
I
 
V
T
 
S
A
 
M
P
 
P
F
 
N
K
 
K
L
 
Q
D
 
L
A
 
A
F
 
C
A
 
E
F
 
Y
A
 
V
T
 
D
E
 
E
H
 
L
S
 
T
E
 
P
A
 
A
A
 
A
R
 
K
L
 
L
A
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
I
N
 
N
A
 
T
L
 
I
S
 
-
F
 
V
D
 
N
D
 
D
D
 
D
G
 
G
R
 
Y
I
 
L
R
 
R
A
 
G
E
 
Y
N
 
N
F
 
T
D
 
D
G
 
G
V
 
T
G
 
G
L
 
H
V
 
I
N
 
R
D
 
A
V
 
I
Q
 
K
R
 
E
N
 
S
L
 
-
G
 
G
L
 
F
A