SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_028310872.1 NCBI__GCF_000482785.1:WP_028310872.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3jyqA Quinate dehydrogenase from corynebacterium glutamicum in complex with shikimate and nadh (see paper)
51% identity, 96% coverage: 8:284/288 of query aligns to 3:282/282 of 3jyqA

query
sites
3jyqA
Q
 
S
F
 
I
L
 
L
A
 
L
G
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
Q
G
 
G
I
 
L
Q
 
D
R
 
L
S
|
S
L
 
R
S
 
T
P
 
P
T
 
A
M
 
M
H
 
H
E
 
E
R
 
A
E
 
E
G
 
G
Q
 
L
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
L
 
R
N
 
A
Y
 
T
Q
 
V
Y
 
Y
R
 
R
I
 
R
L
 
I
D
 
D
I
 
T
E
 
L
Q
 
G
L
 
S
G
 
R
L
 
A
T
 
S
P
 
G
V
 
Q
D
 
D
L
 
L
P
 
K
R
 
T
L
 
L
L
 
L
E
 
D
A
 
A
A
 
A
K
 
L
L
 
Y
M
 
L
G
 
G
F
 
F
G
 
N
G
 
G
L
 
L
N
|
N
V
 
I
T
|
T
H
 
H
P
 
P
C
 
Y
K
 
K
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
I
 
L
P
 
P
H
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
L
 
V
S
 
S
P
 
E
D
 
Q
A
 
A
K
 
T
A
 
Q
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
V
 
V
V
 
V
I
 
I
R
 
D
-
 
A
D
 
T
G
 
G
R
 
H
T
 
T
I
 
T
G
 
G
H
 
H
N
 
N
T
 
T
D
|
D
W
 
V
W
 
S
G
 
G
F
 
F
A
 
G
E
 
R
G
 
G
F
 
M
K
 
E
R
 
E
G
 
G
L
 
L
P
 
P
G
 
N
V
 
A
K
 
K
L
 
L
D
 
D
R
 
S
A
 
V
V
 
V
Q
 
Q
L
x
V
G
 
G
A
 
A
G
|
G
G
|
G
A
x
V
G
 
G
A
 
N
A
 
A
V
 
V
A
 
A
H
 
Y
A
 
A
L
 
L
L
 
V
T
 
T
M
 
H
G
 
G
V
 
V
G
 
Q
R
 
K
L
 
L
A
 
Q
I
 
V
F
 
A
D
|
D
M
x
L
D
 
D
P
 
T
T
 
S
R
|
R
A
 
A
A
 
Q
R
 
A
L
 
L
A
 
A
E
 
D
E
 
V
L
 
I
C
 
N
E
 
N
R
 
A
F
 
V
G
 
G
A
 
R
G
 
E
R
 
A
A
 
V
V
 
V
G
 
G
-
 
V
-
 
D
G
 
A
S
 
R
S
 
G
L
 
I
E
 
E
D
 
D
E
 
V
M
 
I
A
 
A
A
 
A
T
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
V
V
 
V
H
 
N
C
 
A
T
|
T
P
|
P
T
 
M
G
 
G
M
|
M
A
 
P
A
 
A
H
 
H
P
 
P
G
 
G
L
 
T
P
 
A
L
 
F
D
 
D
A
 
V
A
 
S
L
 
C
L
 
L
R
 
T
P
 
K
A
 
D
I
 
H
W
 
W
V
 
V
S
 
G
E
 
D
I
x
V
V
 
V
Y
 
Y
F
 
M
P
 
P
L
 
I
E
 
E
T
 
T
E
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
K
T
 
A
A
 
A
R
 
R
K
 
A
L
 
L
G
 
G
C
 
C
K
 
E
V
 
T
V
 
L
S
 
D
G
 
G
G
 
T
G
 
R
M
 
M
A
|
A
V
 
I
F
 
H
Q
|
Q
A
 
A
V
 
V
G
 
D
A
 
A
F
 
F
Q
 
R
H
 
L
F
 
F
T
 
T
G
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
P
D
 
D
A
 
V
A
 
S
R
 
R
M
 
M
L
 
R
A
 
E
H
 
T
F
 
F
E
 
L
E
 
S
L
 
L

3jypA Quinate dehydrogenase from corynebacterium glutamicum in complex with quinate and nadh (see paper)
51% identity, 96% coverage: 8:284/288 of query aligns to 3:282/282 of 3jypA

query
sites
3jypA
Q
 
S
F
 
I
L
 
L
A
 
L
G
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
Q
G
 
G
I
 
L
Q
 
D
R
 
L
S
|
S
L
 
R
S
x
T
P
 
P
T
 
A
M
 
M
H
 
H
E
 
E
R
 
A
E
 
E
G
 
G
Q
 
L
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
L
 
R
N
 
A
Y
 
T
Q
 
V
Y
 
Y
R
 
R
I
 
R
L
 
I
D
 
D
I
 
T
E
 
L
Q
 
G
L
 
S
G
 
R
L
 
A
T
 
S
P
 
G
V
 
Q
D
 
D
L
 
L
P
 
K
R
 
T
L
 
L
L
 
L
E
 
D
A
 
A
A
 
A
K
 
L
L
 
Y
M
 
L
G
 
G
F
 
F
G
 
N
G
 
G
L
 
L
N
|
N
V
 
I
T
|
T
H
 
H
P
 
P
C
 
Y
K
|
K
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
I
 
L
P
 
P
H
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
L
 
V
S
 
S
P
 
E
D
 
Q
A
 
A
K
 
T
A
 
Q
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
V
 
V
V
 
V
I
 
I
R
 
D
-
 
A
D
 
T
G
 
G
R
 
H
T
 
T
I
 
T
G
 
G
H
 
H
N
 
N
T
 
T
D
|
D
W
 
V
W
 
S
G
 
G
F
 
F
A
 
G
E
 
R
G
 
G
F
 
M
K
 
E
R
 
E
G
 
G
L
 
L
P
 
P
G
 
N
V
 
A
K
 
K
L
 
L
D
 
D
R
 
S
A
 
V
V
 
V
Q
 
Q
L
x
V
G
 
G
A
 
A
G
|
G
G
 
G
A
x
V
G
 
G
A
 
N
A
 
A
V
 
V
A
 
A
H
 
Y
A
 
A
L
 
L
L
 
V
T
 
T
M
 
H
G
 
G
V
 
V
G
 
Q
R
 
K
L
 
L
A
 
Q
I
 
V
F
 
A
D
|
D
M
x
L
D
 
D
P
 
T
T
 
S
R
|
R
A
 
A
A
 
Q
R
 
A
L
 
L
A
 
A
E
 
D
E
 
V
L
 
I
C
 
N
E
 
N
R
 
A
F
 
V
G
 
G
A
 
R
G
 
E
R
 
A
A
 
V
V
 
V
G
 
G
-
 
V
-
 
D
G
 
A
S
 
R
S
 
G
L
 
I
E
 
E
D
 
D
E
 
V
M
 
I
A
 
A
A
 
A
T
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
V
V
 
V
H
 
N
C
 
A
T
|
T
P
|
P
T
 
M
G
 
G
M
|
M
A
 
P
A
 
A
H
 
H
P
 
P
G
 
G
L
 
T
P
x
A
L
 
F
D
 
D
A
 
V
A
 
S
L
 
C
L
 
L
R
 
T
P
 
K
A
 
D
I
 
H
W
 
W
V
 
V
S
 
G
E
 
D
I
x
V
V
 
V
Y
|
Y
F
 
M
P
 
P
L
 
I
E
 
E
T
 
T
E
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
K
T
 
A
A
 
A
R
 
R
K
 
A
L
 
L
G
 
G
C
 
C
K
 
E
V
 
T
V
 
L
S
 
D
G
 
G
G
 
T
G
 
R
M
 
M
A
|
A
V
 
I
F
 
H
Q
|
Q
A
 
A
V
 
V
G
 
D
A
 
A
F
 
F
Q
 
R
H
 
L
F
 
F
T
 
T
G
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
P
D
 
D
A
 
V
A
 
S
R
 
R
M
 
M
L
 
R
A
 
E
H
 
T
F
 
F
E
 
L
E
 
S
L
 
L

3jyoA Quinate dehydrogenase from corynebacterium glutamicum in complex with NAD (see paper)
51% identity, 96% coverage: 8:284/288 of query aligns to 3:282/282 of 3jyoA

query
sites
3jyoA
Q
 
S
F
 
I
L
 
L
A
 
L
G
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
Q
G
 
G
I
 
L
Q
 
D
R
 
L
S
 
S
L
 
R
S
 
T
P
 
P
T
 
A
M
 
M
H
 
H
E
 
E
R
 
A
E
 
E
G
 
G
Q
 
L
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
L
 
R
N
 
A
Y
 
T
Q
 
V
Y
 
Y
R
 
R
I
 
R
L
 
I
D
 
D
I
 
T
E
 
L
Q
 
G
L
 
S
G
 
R
L
 
A
T
 
S
P
 
G
V
 
Q
D
 
D
L
 
L
P
 
K
R
 
T
L
 
L
L
 
L
E
 
D
A
 
A
A
 
A
K
 
L
L
 
Y
M
 
L
G
 
G
F
 
F
G
 
N
G
 
G
L
 
L
N
 
N
V
 
I
T
 
T
H
 
H
P
 
P
C
 
Y
K
 
K
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
I
 
L
P
 
P
H
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
L
 
V
S
 
S
P
 
E
D
 
Q
A
 
A
K
 
T
A
 
Q
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
V
 
V
V
 
V
I
 
I
R
 
D
-
 
A
D
 
T
G
 
G
R
 
H
T
 
T
I
 
T
G
 
G
H
 
H
N
 
N
T
 
T
D
 
D
W
 
V
W
 
S
G
 
G
F
 
F
A
 
G
E
 
R
G
 
G
F
 
M
K
 
E
R
 
E
G
 
G
L
 
L
P
 
P
G
 
N
V
 
A
K
 
K
L
 
L
D
 
D
R
 
S
A
 
V
V
 
V
Q
 
Q
L
x
V
G
 
G
A
 
A
G
|
G
G
 
G
A
x
V
G
 
G
A
 
N
A
 
A
V
 
V
A
 
A
H
 
Y
A
 
A
L
 
L
L
 
V
T
 
T
M
 
H
G
 
G
V
 
V
G
 
Q
R
 
K
L
 
L
A
 
Q
I
 
V
F
 
A
D
|
D
M
x
L
D
 
D
P
 
T
T
 
S
R
|
R
A
 
A
A
 
Q
R
 
A
L
 
L
A
 
A
E
 
D
E
 
V
L
 
I
C
 
N
E
 
N
R
 
A
F
 
V
G
 
G
A
 
R
G
 
E
R
 
A
A
 
V
V
 
V
G
 
G
-
 
V
-
 
D
G
 
A
S
 
R
S
 
G
L
 
I
E
 
E
D
 
D
E
 
V
M
 
I
A
 
A
A
 
A
T
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
V
V
 
V
H
 
N
C
 
A
T
|
T
P
|
P
T
 
M
G
 
G
M
|
M
A
 
P
A
 
A
H
 
H
P
 
P
G
 
G
L
 
T
P
 
A
L
 
F
D
 
D
A
 
V
A
 
S
L
 
C
L
 
L
R
 
T
P
 
K
A
 
D
I
 
H
W
 
W
V
 
V
S
 
G
E
 
D
I
x
V
V
 
V
Y
|
Y
F
 
M
P
 
P
L
 
I
E
 
E
T
 
T
E
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
K
T
 
A
A
 
A
R
 
R
K
 
A
L
 
L
G
 
G
C
 
C
K
 
E
V
 
T
V
 
L
S
 
D
G
 
G
G
 
T
G
 
R
M
 
M
A
|
A
V
 
I
F
 
H
Q
 
Q
A
 
A
V
 
V
G
 
D
A
 
A
F
 
F
Q
 
R
H
 
L
F
 
F
T
 
T
G
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
P
D
 
D
A
 
V
A
 
S
R
 
R
M
 
M
L
 
R
A
 
E
H
 
T
F
 
F
E
 
L
E
 
S
L
 
L

Q9X5C9 Quinate/shikimate dehydrogenase (NAD(+)); QSDH; EC 1.1.1.-; EC 1.1.1.24 from Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (see paper)
51% identity, 96% coverage: 8:284/288 of query aligns to 4:283/283 of Q9X5C9

query
sites
Q9X5C9
Q
 
S
F
 
I
L
 
L
A
 
L
G
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
Q
G
 
G
I
 
L
Q
 
D
R
 
L
S
|
S
L
x
R
S
x
T
P
 
P
T
 
A
M
 
M
H
 
H
E
 
E
R
 
A
E
 
E
G
 
G
Q
 
L
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
L
 
R
N
 
A
Y
 
T
Q
 
V
Y
 
Y
R
 
R
I
 
R
L
 
I
D
 
D
I
 
T
E
 
L
Q
 
G
L
 
S
G
 
R
L
 
A
T
 
S
P
 
G
V
 
Q
D
 
D
L
 
L
P
 
K
R
 
T
L
 
L
L
 
L
E
 
D
A
 
A
A
 
A
K
 
L
L
 
Y
M
 
L
G
 
G
F
 
F
G
 
N
G
 
G
L
 
L
N
 
N
V
 
I
T
|
T
H
 
H
P
 
P
C
 
Y
K
|
K
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
I
 
L
P
 
P
H
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
L
 
V
S
 
S
P
 
E
D
 
Q
A
 
A
K
 
T
A
 
Q
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
V
 
V
V
 
V
I
 
I
R
 
D
-
 
A
D
 
T
G
 
G
R
 
H
T
 
T
I
 
T
G
 
G
H
 
H
N
 
N
T
 
T
D
|
D
W
 
V
W
 
S
G
 
G
F
 
F
A
 
G
E
 
R
G
 
G
F
 
M
K
 
E
R
 
E
G
 
G
L
 
L
P
 
P
G
 
N
V
 
A
K
 
K
L
 
L
D
 
D
R
 
S
A
 
V
V
 
V
Q
 
Q
L
 
V
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
|
G
A
x
V
G
 
G
A
 
N
A
 
A
V
 
V
A
 
A
H
 
Y
A
 
A
L
 
L
L
 
V
T
 
T
M
 
H
G
 
G
V
 
V
G
 
Q
R
 
K
L
 
L
A
 
Q
I
 
V
F
 
A
D
|
D
M
 
L
D
 
D
P
 
T
T
 
S
R
|
R
A
 
A
A
 
Q
R
 
A
L
 
L
A
 
A
E
 
D
E
 
V
L
 
I
C
 
N
E
 
N
R
 
A
F
 
V
G
 
G
A
 
R
G
 
E
R
 
A
A
 
V
V
 
V
G
 
G
-
 
V
-
 
D
G
 
A
S
 
R
S
 
G
L
 
I
E
 
E
D
 
D
E
 
V
M
 
I
A
 
A
A
 
A
T
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
V
V
 
V
H
 
N
C
 
A
T
 
T
P
|
P
T
x
M
G
|
G
M
|
M
A
 
P
A
 
A
H
 
H
P
 
P
G
 
G
L
 
T
P
x
A
L
 
F
D
 
D
A
 
V
A
 
S
L
 
C
L
 
L
R
 
T
P
 
K
A
 
D
I
 
H
W
 
W
V
 
V
S
 
G
E
 
D
I
x
V
V
 
V
Y
 
Y
F
 
M
P
 
P
L
 
I
E
 
E
T
 
T
E
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
K
T
 
A
A
 
A
R
 
R
K
 
A
L
 
L
G
 
G
C
 
C
K
 
E
V
 
T
V
 
L
S
 
D
G
|
G
G
 
T
G
 
R
M
 
M
A
 
A
V
 
I
F
 
H
Q
|
Q
A
 
A
V
 
V
G
 
D
A
 
A
F
 
F
Q
 
R
H
 
L
F
 
F
T
 
T
G
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
P
D
 
D
A
 
V
A
 
S
R
 
R
M
 
M
L
 
R
A
 
E
H
 
T
F
 
F
E
 
L
E
 
S
L
 
L

Q58484 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (Methanococcus jannaschii) (see paper)
34% identity, 93% coverage: 10:277/288 of query aligns to 8:272/282 of Q58484

query
sites
Q58484
L
 
V
A
 
I
G
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
H
G
 
P
I
 
V
Q
 
E
R
 
H
S
 
S
L
 
F
S
 
S
P
 
P
T
 
I
M
 
M
H
 
H
E
 
N
R
 
A
E
 
A
G
 
F
Q
 
K
A
 
D
Q
 
K
G
 
G
L
 
L
N
 
N
Y
 
Y
Q
 
V
Y
 
Y
R
 
V
I
 
A
L
 
F
D
 
D
I
 
V
E
 
-
Q
 
-
L
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
L
P
 
P
V
 
E
D
 
N
L
 
L
P
 
K
R
 
Y
L
 
V
L
 
I
E
 
D
A
 
G
A
 
A
K
 
K
L
 
A
M
 
L
G
 
G
F
 
I
G
 
V
G
 
G
L
 
F
N
 
N
V
 
V
T
 
T
H
 
I
P
 
P
C
 
H
K
 
K
Q
 
I
A
 
E
I
 
I
I
 
M
P
 
K
H
 
Y
L
 
L
D
 
D
E
 
E
L
 
I
S
 
D
P
 
K
D
 
D
A
 
A
K
 
Q
A
 
L
L
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
V
 
I
V
 
K
I
 
I
R
 
E
D
 
D
G
 
G
R
 
K
T
 
A
I
 
I
G
 
G
H
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
 
D
W
 
G
W
 
I
G
 
G
F
 
A
A
 
R
E
 
M
G
 
A
F
 
L
K
 
E
R
 
E
G
 
E
L
 
I
P
 
G
G
 
R
V
 
V
K
 
K
L
 
-
D
 
D
R
 
K
A
 
N
V
 
I
Q
 
V
L
 
I
G
 
Y
A
x
G
G
x
A
G
|
G
A
x
G
G
x
A
A
 
A
A
 
R
V
 
A
A
 
V
H
 
A
A
 
F
L
 
E
L
 
L
T
 
A
M
 
K
G
 
D
V
 
-
G
 
N
R
 
N
L
 
I
A
 
I
I
 
I
F
 
A
D
x
N
M
x
R
D
x
T
P
x
V
T
x
E
R
x
K
A
 
A
A
 
E
R
 
A
L
 
L
A
 
A
E
 
K
E
 
E
L
 
I
C
 
A
E
 
E
R
 
K
F
 
L
G
 
N
A
 
K
-
 
K
-
 
F
G
 
G
R
 
E
A
 
E
V
 
V
G
 
K
G
 
F
S
 
S
S
 
G
L
 
L
E
 
D
D
 
V
E
 
D
M
 
L
A
 
D
A
 
G
T
 
V
D
 
D
G
 
I
L
 
I
V
 
I
H
 
N
C
 
A
T
|
T
P
 
P
T
 
I
G
 
G
M
|
M
A
 
-
A
 
-
H
 
Y
P
 
P
G
 
N
L
 
I
P
 
D
L
 
V
D
 
E
-
 
P
-
 
I
-
 
V
-
 
K
A
 
A
A
 
E
L
 
K
L
 
L
R
 
R
P
 
E
A
 
D
I
 
M
W
 
V
V
 
V
S
 
M
E
 
D
I
x
L
V
 
I
Y
 
Y
F
 
N
P
 
P
L
 
L
E
 
E
T
 
T
E
 
V
L
 
L
L
 
L
A
 
K
T
 
E
A
 
A
R
 
K
K
 
K
L
 
V
G
 
N
C
 
A
K
 
K
V
 
T
V
 
I
S
 
N
G
 
G
G
 
L
G
 
G
M
 
M
A
 
L
V
 
I
F
 
Y
Q
 
Q
A
 
G
V
 
A
G
 
V
A
 
A
F
 
F
Q
 
K
H
 
I
F
 
W
T
 
T
G
 
G
L
 
V
E
 
E
A
 
P
D
 
N
A
 
I
A
 
E
R
 
V
M
 
M

1nvtB Crystal structure of shikimate dehydrogenase (aroe or mj1084) in complex with NADP+ (see paper)
34% identity, 93% coverage: 10:277/288 of query aligns to 13:277/287 of 1nvtB

query
sites
1nvtB
L
 
V
A
 
I
G
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
H
G
 
P
I
 
V
Q
x
E
R
x
H
S
 
S
L
 
F
S
 
S
P
 
P
T
 
I
M
 
M
H
 
H
E
 
N
R
 
A
E
 
A
G
 
F
Q
 
K
A
 
D
Q
 
K
G
 
G
L
 
L
N
 
N
Y
 
Y
Q
 
V
Y
 
Y
R
 
V
I
 
A
L
 
F
D
 
D
I
 
V
E
 
-
Q
 
-
L
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
L
P
 
P
V
 
E
D
 
N
L
 
L
P
 
K
R
 
Y
L
 
V
L
 
I
E
 
D
A
 
G
A
 
A
K
 
K
L
 
A
M
 
L
G
 
G
F
 
I
G
 
V
G
 
G
L
 
F
N
 
N
V
 
V
T
 
T
H
x
I
P
 
P
C
 
H
K
|
K
Q
 
I
A
 
E
I
 
I
I
 
M
P
 
K
H
 
Y
L
 
L
D
 
D
E
 
E
L
 
I
S
 
D
P
 
K
D
 
D
A
 
A
K
 
Q
A
 
L
L
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
V
 
I
V
 
K
I
 
I
R
 
E
D
 
D
G
 
G
R
 
K
T
 
A
I
 
I
G
 
G
H
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
W
 
G
W
 
I
G
 
G
F
 
A
A
 
R
E
 
M
G
 
A
F
 
L
K
 
E
R
 
E
G
 
E
L
 
I
P
 
G
G
 
R
V
 
V
K
 
K
L
 
-
D
 
D
R
 
K
A
 
N
V
 
I
Q
 
V
L
 
I
G
 
Y
A
x
G
G
 
A
G
|
G
A
x
G
G
x
A
A
 
A
A
 
R
V
 
A
A
 
V
H
 
A
A
 
F
L
 
E
L
 
L
T
 
A
M
 
K
G
 
D
V
 
-
G
 
N
R
 
N
L
 
I
A
 
I
I
 
I
F
 
A
D
x
N
M
x
R
D
x
T
P
 
V
T
 
E
R
x
K
A
 
A
A
 
E
R
 
A
L
 
L
A
 
A
E
 
K
E
 
E
L
 
I
C
 
A
E
 
E
R
 
K
F
 
L
G
 
N
A
 
K
-
 
K
-
 
F
G
 
G
R
 
E
A
 
E
V
 
V
G
 
K
G
 
F
S
 
S
S
 
G
L
 
L
E
 
D
D
 
V
E
 
D
M
 
L
A
 
D
A
 
G
T
 
V
D
 
D
G
 
I
L
 
I
V
 
I
H
 
N
C
x
A
T
|
T
P
|
P
T
x
I
G
 
G
M
|
M
A
 
-
A
 
-
H
 
Y
P
 
P
G
 
N
L
 
I
P
 
D
L
 
V
D
 
E
-
 
P
-
 
I
-
 
V
-
 
K
A
 
A
A
 
E
L
 
K
L
 
L
R
 
R
P
 
E
A
 
D
I
 
M
W
 
V
V
 
V
S
 
M
E
 
D
I
x
L
V
 
I
Y
|
Y
F
 
N
P
 
P
L
 
L
E
 
E
T
 
T
E
 
V
L
 
L
L
 
L
A
 
K
T
 
E
A
 
A
R
 
K
K
 
K
L
 
V
G
 
N
C
 
A
K
 
K
V
 
T
V
 
I
S
 
N
G
 
G
G
 
L
G
 
G
M
|
M
A
x
L
V
 
I
F
 
Y
Q
 
Q
A
 
G
V
 
A
G
 
V
A
 
A
F
 
F
Q
 
K
H
 
I
F
 
W
T
 
T
G
 
G
L
 
V
E
 
E
A
 
P
D
 
N
A
 
I
A
 
E
R
 
V
M
 
M

1nvtA Crystal structure of shikimate dehydrogenase (aroe or mj1084) in complex with NADP+ (see paper)
34% identity, 93% coverage: 10:277/288 of query aligns to 13:277/287 of 1nvtA

query
sites
1nvtA
L
 
V
A
 
I
G
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
H
G
 
P
I
 
V
Q
 
E
R
 
H
S
 
S
L
 
F
S
 
S
P
 
P
T
 
I
M
 
M
H
 
H
E
 
N
R
 
A
E
 
A
G
 
F
Q
 
K
A
 
D
Q
 
K
G
 
G
L
 
L
N
 
N
Y
 
Y
Q
 
V
Y
 
Y
R
 
V
I
 
A
L
 
F
D
 
D
I
 
V
E
 
-
Q
 
-
L
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
L
P
 
P
V
 
E
D
 
N
L
 
L
P
 
K
R
 
Y
L
 
V
L
 
I
E
 
D
A
 
G
A
 
A
K
 
K
L
 
A
M
 
L
G
 
G
F
 
I
G
 
V
G
 
G
L
 
F
N
 
N
V
 
V
T
 
T
H
 
I
P
 
P
C
 
H
K
|
K
Q
 
I
A
 
E
I
 
I
I
 
M
P
 
K
H
 
Y
L
 
L
D
 
D
E
 
E
L
 
I
S
 
D
P
 
K
D
 
D
A
 
A
K
 
Q
A
 
L
L
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
V
 
I
V
 
K
I
 
I
R
 
E
D
 
D
G
 
G
R
 
K
T
 
A
I
 
I
G
 
G
H
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
W
 
G
W
 
I
G
 
G
F
 
A
A
 
R
E
 
M
G
 
A
F
 
L
K
 
E
R
 
E
G
 
E
L
 
I
P
 
G
G
 
R
V
 
V
K
 
K
L
 
-
D
 
D
R
 
K
A
 
N
V
 
I
Q
 
V
L
 
I
G
 
Y
A
x
G
G
 
A
G
 
G
A
 
G
G
x
A
A
 
A
A
 
R
V
 
A
A
 
V
H
 
A
A
 
F
L
 
E
L
 
L
T
 
A
M
 
K
G
 
D
V
 
-
G
 
N
R
 
N
L
 
I
A
 
I
I
 
I
F
 
A
D
x
N
M
x
R
D
x
T
P
 
V
T
 
E
R
x
K
A
 
A
A
 
E
R
 
A
L
 
L
A
 
A
E
 
K
E
 
E
L
 
I
C
 
A
E
 
E
R
 
K
F
 
L
G
 
N
A
 
K
-
 
K
-
 
F
G
 
G
R
 
E
A
 
E
V
 
V
G
 
K
G
 
F
S
 
S
S
 
G
L
 
L
E
 
D
D
 
V
E
 
D
M
 
L
A
 
D
A
 
G
T
 
V
D
 
D
G
 
I
L
 
I
V
 
I
H
 
N
C
x
A
T
|
T
P
|
P
T
x
I
G
 
G
M
|
M
A
 
-
A
 
-
H
 
Y
P
 
P
G
 
N
L
 
I
P
 
D
L
 
V
D
 
E
-
 
P
-
 
I
-
 
V
-
 
K
A
 
A
A
 
E
L
 
K
L
 
L
R
 
R
P
 
E
A
 
D
I
 
M
W
 
V
V
 
V
S
 
M
E
 
D
I
x
L
V
 
I
Y
|
Y
F
 
N
P
 
P
L
 
L
E
 
E
T
 
T
E
 
V
L
 
L
L
 
L
A
 
K
T
 
E
A
 
A
R
 
K
K
 
K
L
 
V
G
 
N
C
 
A
K
 
K
V
 
T
V
 
I
S
 
N
G
|
G
G
 
L
G
 
G
M
|
M
A
x
L
V
 
I
F
 
Y
Q
 
Q
A
 
G
V
 
A
G
 
V
A
 
A
F
 
F
Q
 
K
H
 
I
F
 
W
T
 
T
G
 
G
L
 
V
E
 
E
A
 
P
D
 
N
A
 
I
A
 
E
R
 
V
M
 
M

Q5HNV1 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Staphylococcus epidermidis (strain ATCC 35984 / RP62A) (see paper)
31% identity, 92% coverage: 13:277/288 of query aligns to 5:257/269 of Q5HNV1

query
sites
Q5HNV1
L
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
N
G
 
P
I
 
I
Q
 
S
R
 
H
S
|
S
L
|
L
S
|
S
P
 
P
T
 
L
M
 
M
H
 
H
E
 
H
R
 
A
E
 
N
G
 
F
Q
 
Q
A
 
S
Q
 
L
G
 
N
L
 
L
N
 
E
Y
 
N
Q
 
T
Y
 
Y
R
 
E
I
 
A
L
 
I
D
 
N
I
 
V
E
 
-
Q
 
-
L
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
-
P
 
P
V
 
V
-
 
N
-
 
Q
-
 
F
-
 
Q
D
 
D
L
 
I
P
 
K
R
 
K
L
 
I
L
 
I
E
 
S
A
 
E
A
 
K
K
 
S
L
 
I
M
 
D
G
 
G
F
 
F
G
 
-
G
 
-
L
 
-
N
 
N
V
 
V
T
|
T
H
 
I
P
 
P
C
 
H
K
 
K
Q
 
E
A
 
R
I
 
I
I
 
I
P
 
P
H
 
Y
L
 
L
D
 
D
E
 
D
L
 
I
S
 
N
P
 
E
D
 
Q
A
 
A
K
 
K
A
 
S
L
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
V
 
V
V
 
L
I
 
V
R
 
K
D
 
D
G
 
G
R
 
K
T
 
W
I
 
I
G
 
G
H
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
W
 
G
W
 
I
G
 
G
F
 
Y
A
 
V
E
 
N
G
 
G
F
 
L
K
 
K
R
 
Q
G
 
I
L
 
Y
P
 
E
G
 
G
V
 
I
K
 
E
L
 
D
D
 
A
R
 
Y
A
 
I
V
 
L
Q
 
I
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
S
A
 
K
A
 
G
V
 
I
A
 
A
H
 
N
A
 
E
L
 
L
L
 
Y
T
 
K
M
 
I
G
 
V
V
 
R
G
 
P
R
 
T
L
 
L
A
 
T
I
 
V
F
 
A
D
 
N
M
 
R
D
 
T
P
 
M
T
 
S
R
 
R
A
 
F
A
 
N
R
 
N
L
 
W
A
 
S
E
 
L
E
 
N
L
 
I
C
 
N
E
 
K
R
 
-
F
 
-
G
 
-
A
 
-
G
 
-
R
 
-
A
 
-
V
 
I
G
 
N
G
 
L
S
 
S
S
 
H
L
 
A
E
 
E
D
 
S
E
 
H
M
 
L
A
 
D
A
 
E
T
 
F
D
 
D
G
 
I
L
 
I
V
 
I
H
 
N
C
 
T
T
 
T
P
 
P
T
 
A
G
 
G
M
 
M
A
 
N
A
 
G
H
 
N
P
 
T
G
 
D
L
 
S
P
 
V
L
 
I
D
 
S
A
 
L
A
 
N
L
 
R
L
 
L
R
 
A
P
 
S
A
 
H
I
 
T
W
 
L
V
 
V
S
 
S
E
 
D
I
 
I
V
 
V
Y
|
Y
F
 
N
P
 
P
L
 
Y
E
 
K
T
 
T
E
 
P
L
 
I
L
 
L
A
 
I
T
 
E
A
 
A
R
 
E
K
 
Q
L
 
R
G
 
G
C
 
N
K
 
P
V
 
I
V
 
Y
S
 
N
G
 
G
G
 
L
G
 
D
M
 
M
A
 
F
V
 
V
F
 
H
Q
|
Q
A
 
G
V
 
A
G
 
E
A
 
S
F
 
F
Q
 
K
H
 
I
F
 
W
T
 
T
G
 
N
L
 
L
E
 
E
A
 
P
D
 
D
A
 
I
A
 
K
R
 
A
M
 
M

2hk9A Crystal structure of shikimate dehydrogenase from aquifex aeolicus in complex with shikimate and NADP+ at 2.2 angstrom resolution (see paper)
32% identity, 91% coverage: 10:272/288 of query aligns to 8:255/269 of 2hk9A

query
sites
2hk9A
L
 
L
A
 
Y
G
 
G
L
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
F
G
 
P
I
 
V
Q
 
K
R
 
H
S
|
S
L
 
L
S
|
S
P
 
P
T
 
V
M
 
F
H
 
Q
E
 
N
R
 
A
E
 
L
G
 
I
Q
 
R
A
 
Y
Q
 
A
G
 
G
L
 
L
N
 
N
Y
 
A
Q
 
V
Y
 
Y
R
 
L
I
 
A
L
 
F
D
 
E
I
 
I
E
 
-
Q
 
-
L
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
N
P
 
P
V
 
E
D
 
E
L
 
L
P
 
K
R
 
K
L
 
A
L
 
F
E
 
E
A
 
G
A
 
F
K
 
K
L
 
A
M
 
L
G
 
K
F
 
V
G
 
K
G
 
G
L
 
I
N
|
N
V
 
V
T
 
T
H
x
V
P
 
P
C
 
F
K
|
K
Q
 
E
A
 
E
I
 
I
I
 
I
P
 
P
H
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Y
L
 
V
S
 
E
P
 
D
D
 
T
A
 
A
K
 
K
A
 
E
L
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
V
 
V
V
 
K
I
 
F
R
 
E
D
 
N
G
 
G
R
 
K
T
 
A
I
 
Y
G
 
G
H
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
W
 
W
W
 
I
G
 
G
F
 
F
A
 
L
E
 
K
G
 
S
F
 
L
K
 
K
R
 
S
G
 
L
L
 
I
P
 
P
G
 
E
V
 
V
K
 
K
L
 
E
D
 
K
R
 
S
A
 
I
V
 
L
Q
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
G
 
S
A
 
R
A
 
A
V
 
V
A
 
I
H
 
Y
A
 
A
L
 
L
L
 
V
T
 
K
M
 
E
G
 
G
V
 
-
G
 
A
R
 
K
L
 
V
A
 
F
I
 
L
F
 
W
D
x
N
M
x
R
D
x
T
P
 
K
T
 
E
R
 
K
A
 
A
A
 
I
R
 
K
L
 
L
A
 
A
E
 
Q
E
 
K
L
 
F
C
 
P
E
 
L
R
 
E
F
 
V
G
 
-
A
 
-
G
 
-
R
 
-
A
 
-
V
 
-
G
 
-
G
 
V
S
 
N
S
 
S
L
 
P
E
 
E
D
 
E
E
 
V
M
 
I
A
 
D
A
 
K
T
 
V
D
 
Q
G
 
V
L
 
I
V
 
V
H
 
N
C
 
T
T
|
T
P
x
S
T
x
V
G
 
G
M
 
L
A
 
K
A
 
D
H
 
E
P
 
D
G
 
P
L
 
E
P
 
I
L
 
F
D
 
N
A
 
Y
A
 
D
L
 
L
L
 
I
R
 
K
P
 
K
A
 
D
I
 
H
W
 
V
V
 
V
S
 
V
E
 
D
I
 
I
V
 
I
Y
|
Y
F
 
-
P
 
-
L
 
K
E
 
E
T
 
T
E
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
K
T
 
K
A
 
A
R
 
K
K
 
E
L
 
K
G
 
G
C
 
A
K
 
K
V
 
L
V
 
L
S
 
D
G
 
G
G
 
L
G
 
P
M
 
M
A
x
L
V
 
L
F
 
W
Q
|
Q
A
 
G
V
 
I
G
 
E
A
 
A
F
 
F
Q
 
K
H
 
I
F
 
W
T
 
N
G
 
G
L
 
C
E
 
E
A
 
V

2hk9B Crystal structure of shikimate dehydrogenase from aquifex aeolicus in complex with shikimate and NADP+ at 2.2 angstrom resolution (see paper)
32% identity, 91% coverage: 10:272/288 of query aligns to 8:255/267 of 2hk9B

query
sites
2hk9B
L
 
L
A
 
Y
G
 
G
L
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
F
G
 
P
I
 
V
Q
 
K
R
 
H
S
|
S
L
 
L
S
|
S
P
 
P
T
 
V
M
 
F
H
 
Q
E
 
N
R
 
A
E
 
L
G
 
I
Q
 
R
A
 
Y
Q
 
A
G
 
G
L
 
L
N
 
N
Y
 
A
Q
 
V
Y
 
Y
R
 
L
I
 
A
L
 
F
D
 
E
I
 
I
E
 
-
Q
 
-
L
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
N
P
 
P
V
 
E
D
 
E
L
 
L
P
 
K
R
 
K
L
 
A
L
 
F
E
 
E
A
 
G
A
 
F
K
 
K
L
 
A
M
 
L
G
 
K
F
 
V
G
 
K
G
 
G
L
 
I
N
|
N
V
 
V
T
|
T
H
x
V
P
 
P
C
 
F
K
|
K
Q
 
E
A
 
E
I
 
I
I
 
I
P
 
P
H
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Y
L
 
V
S
 
E
P
 
D
D
 
T
A
 
A
K
 
K
A
 
E
L
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
V
 
V
V
 
K
I
 
F
R
 
E
D
 
N
G
 
G
R
 
K
T
 
A
I
 
Y
G
 
G
H
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
W
 
W
W
 
I
G
 
G
F
 
F
A
 
L
E
 
K
G
 
S
F
 
L
K
 
K
R
 
S
G
 
L
L
 
I
P
 
P
G
 
E
V
 
V
K
 
K
L
 
E
D
 
K
R
 
S
A
 
I
V
 
L
Q
 
V
L
 
L
G
|
G
A
 
A
G
 
G
G
|
G
A
|
A
G
 
S
A
 
R
A
 
A
V
 
V
A
 
I
H
 
Y
A
 
A
L
 
L
L
 
V
T
 
K
M
 
E
G
 
G
V
 
-
G
 
A
R
 
K
L
 
V
A
 
F
I
 
L
F
 
W
D
x
N
M
x
R
D
x
T
P
 
K
T
 
E
R
x
K
A
 
A
A
 
I
R
 
K
L
 
L
A
 
A
E
 
Q
E
 
K
L
 
F
C
 
P
E
 
L
R
 
E
F
 
V
G
 
-
A
 
-
G
 
-
R
 
-
A
 
-
V
 
-
G
 
-
G
 
V
S
 
N
S
 
S
L
 
P
E
 
E
D
 
E
E
 
V
M
 
I
A
 
D
A
 
K
T
 
V
D
 
Q
G
 
V
L
 
I
V
 
V
H
 
N
C
 
T
T
|
T
P
x
S
T
x
V
G
 
G
M
 
L
A
 
K
A
 
D
H
 
E
P
 
D
G
 
P
L
 
E
P
 
I
L
 
F
D
 
N
A
 
Y
A
 
D
L
 
L
L
 
I
R
 
K
P
 
K
A
 
D
I
 
H
W
 
V
V
 
V
S
 
V
E
 
D
I
|
I
V
 
I
Y
|
Y
F
 
-
P
 
-
L
 
K
E
 
E
T
 
T
E
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
K
T
 
K
A
 
A
R
 
K
K
 
E
L
 
K
G
 
G
C
 
A
K
 
K
V
 
L
V
 
L
S
 
D
G
 
G
G
 
L
G
 
P
M
|
M
A
x
L
V
 
L
F
 
W
Q
|
Q
A
 
G
V
 
I
G
 
E
A
 
A
F
 
F
Q
 
K
H
 
I
F
 
W
T
 
N
G
 
G
L
 
C
E
 
E
A
 
V

O67049 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SD; SDH; EC 1.1.1.25 from Aquifex aeolicus (strain VF5) (see paper)
32% identity, 91% coverage: 10:272/288 of query aligns to 8:255/269 of O67049

query
sites
O67049
L
 
L
A
 
Y
G
 
G
L
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
F
G
 
P
I
 
V
Q
 
K
R
 
H
S
|
S
L
|
L
S
|
S
P
 
P
T
 
V
M
 
F
H
 
Q
E
 
N
R
 
A
E
 
L
G
 
I
Q
 
R
A
 
Y
Q
 
A
G
 
G
L
 
L
N
 
N
Y
 
A
Q
 
V
Y
 
Y
R
 
L
I
 
A
L
 
F
D
 
E
I
 
I
E
 
-
Q
 
-
L
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
N
P
 
P
V
 
E
D
 
E
L
 
L
P
 
K
R
 
K
L
 
A
L
 
F
E
 
E
A
 
G
A
 
F
K
 
K
L
 
A
M
 
L
G
 
K
F
 
V
G
 
K
G
 
G
L
 
I
N
 
N
V
 
V
T
 
T
H
 
V
P
 
P
C
 
F
K
 
K
Q
 
E
A
 
E
I
 
I
I
 
I
P
 
P
H
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Y
L
 
V
S
 
E
P
x
D
D
 
T
A
 
A
K
 
K
A
 
E
L
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
V
 
V
V
 
K
I
 
F
R
 
E
D
 
N
G
 
G
R
 
K
T
 
A
I
 
Y
G
 
G
H
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
W
 
W
W
 
I
G
 
G
F
 
F
A
 
L
E
 
K
G
 
S
F
 
L
K
 
K
R
 
S
G
 
L
L
 
I
P
 
P
G
 
E
V
 
V
K
 
K
L
 
E
D
 
K
R
 
S
A
 
I
V
 
L
Q
 
V
L
 
L
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
G
 
S
A
 
R
A
 
A
V
 
V
A
 
I
H
 
Y
A
 
A
L
 
L
L
 
V
T
 
K
M
 
E
G
 
G
V
 
-
G
 
A
R
 
K
L
 
V
A
 
F
I
 
L
F
 
W
D
 
N
M
 
R
D
 
T
P
 
K
T
 
E
R
 
K
A
 
A
A
 
I
R
 
K
L
 
L
A
 
A
E
 
Q
E
 
K
L
 
F
C
 
P
E
 
L
R
 
E
F
 
V
G
 
-
A
 
-
G
 
-
R
 
-
A
 
-
V
 
-
G
 
-
G
 
V
S
 
N
S
 
S
L
 
P
E
 
E
D
 
E
E
 
V
M
 
I
A
 
D
A
 
K
T
 
V
D
 
Q
G
 
V
L
 
I
V
 
V
H
 
N
C
 
T
T
 
T
P
 
S
T
 
V
G
 
G
M
 
L
A
 
K
A
 
D
H
 
K
P
 
D
G
 
P
L
 
E
P
 
I
L
 
F
D
 
N
A
 
Y
A
 
D
L
 
L
L
 
I
R
 
K
P
 
K
A
 
D
I
 
H
W
 
V
V
 
V
S
 
V
E
 
D
I
|
I
V
 
I
Y
|
Y
F
 
-
P
 
-
L
 
K
E
 
E
T
 
T
E
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
K
T
 
K
A
 
A
R
 
K
K
 
E
L
 
K
G
 
G
C
 
A
K
 
K
V
 
L
V
 
F
S
 
D
G
|
G
G
 
L
G
 
P
M
 
M
A
 
L
V
 
L
F
 
W
Q
|
Q
A
 
G
V
 
I
G
 
E
A
 
A
F
 
F
Q
 
K
H
 
I
F
 
W
T
 
N
G
 
G
L
 
C
E
 
E
A
 
V

3tozA 2.2 angstrom crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase from listeria monocytogenes in complex with NAD.
33% identity, 91% coverage: 10:271/288 of query aligns to 15:280/291 of 3tozA

query
sites
3tozA
L
 
L
A
 
I
G
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
A
A
 
T
G
 
P
I
 
I
Q
 
R
R
 
H
S
 
S
L
 
L
S
 
S
P
 
P
T
 
T
M
 
M
H
 
H
E
 
N
R
 
E
E
 
A
G
 
F
Q
 
A
A
 
K
Q
 
L
G
 
G
L
 
L
N
 
D
Y
 
Y
Q
 
V
Y
 
Y
R
 
L
I
 
A
L
 
F
D
 
E
I
 
V
E
 
G
Q
 
D
L
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
-
P
 
-
V
 
K
D
 
E
L
 
L
P
 
K
R
 
D
L
 
V
L
 
V
E
 
Q
A
 
G
A
 
F
K
 
R
L
 
A
M
 
M
G
 
N
F
 
L
G
 
R
G
 
G
L
 
W
N
 
N
V
 
V
T
 
S
H
 
M
P
 
P
C
 
N
K
 
K
Q
 
T
A
 
N
I
 
I
I
 
H
P
 
K
H
 
Y
L
 
L
D
 
D
E
 
K
L
 
L
S
 
S
P
 
P
D
 
A
A
 
A
K
 
E
A
 
L
L
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
V
 
V
V
 
V
I
 
N
R
 
D
D
 
D
G
 
G
R
 
V
T
 
L
I
 
T
G
 
G
H
 
H
N
 
I
T
 
T
D
 
D
W
 
G
W
 
T
G
 
G
F
 
Y
A
 
M
E
 
R
G
 
A
F
 
L
K
 
K
R
 
E
G
 
A
L
 
G
P
 
H
G
 
D
V
 
I
K
 
I
L
 
G
D
 
K
R
 
K
A
 
M
V
 
T
Q
 
I
L
 
C
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
G
 
A
A
 
T
A
 
A
V
 
I
A
 
C
H
 
I
A
 
Q
L
 
A
L
 
A
T
 
L
M
 
D
G
 
G
V
 
V
G
 
K
R
 
E
L
 
I
A
 
S
I
 
I
F
 
F
D
x
N
M
x
R
D
 
K
P
x
D
T
 
D
R
x
F
A
 
Y
A
 
A
R
 
N
L
 
-
A
 
A
E
 
E
E
 
K
L
 
T
C
 
V
E
 
E
R
 
K
F
 
I
G
 
N
A
 
S
G
 
K
R
 
T
A
 
D
V
 
C
G
 
K
G
 
A
-
 
Q
-
 
L
-
 
F
-
 
D
-
 
I
-
 
E
-
 
D
-
 
H
S
 
E
S
 
Q
L
 
L
E
 
R
D
 
K
E
 
E
M
 
I
A
 
A
A
 
E
T
 
S
D
 
V
G
 
I
L
 
F
V
 
T
H
 
N
C
 
A
T
|
T
P
x
G
T
x
V
G
 
G
M
|
M
A
 
K
A
 
P
H
x
F
P
 
E
G
 
G
L
 
E
P
 
T
L
 
L
-
 
L
-
 
P
D
 
S
A
 
A
A
 
D
L
 
M
L
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
E
I
 
L
W
 
I
V
 
V
S
 
S
E
 
D
I
x
V
V
 
V
Y
|
Y
F
 
K
P
 
P
L
 
T
E
 
K
T
 
T
E
 
R
L
 
L
L
 
L
A
 
E
T
 
I
A
 
A
R
 
E
K
 
E
L
 
Q
G
 
G
C
 
C
K
 
Q
V
 
T
V
 
L
S
 
N
G
|
G
G
 
L
G
 
G
M
|
M
A
x
M
V
 
L
F
 
W
Q
 
Q
A
 
G
V
 
A
G
 
K
A
 
A
F
 
F
Q
 
E
H
 
I
F
 
W
T
 
T
G
 
H
L
 
K
E
 
E

Q8Y9N5 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain ATCC BAA-679 / EGD-e)
33% identity, 91% coverage: 10:271/288 of query aligns to 15:280/291 of Q8Y9N5

query
sites
Q8Y9N5
L
 
L
A
 
I
G
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
A
A
 
T
G
 
P
I
 
I
Q
 
R
R
 
H
S
|
S
L
|
L
S
|
S
P
 
P
T
 
T
M
 
M
H
 
H
E
 
N
R
 
E
E
 
A
G
 
F
Q
 
A
A
 
K
Q
 
L
G
 
G
L
 
L
N
 
D
Y
 
Y
Q
 
V
Y
 
Y
R
 
L
I
 
A
L
 
F
D
 
E
I
 
V
E
 
G
Q
 
D
L
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
-
P
 
-
V
 
K
D
 
E
L
 
L
P
 
K
R
 
D
L
 
V
L
 
V
E
 
Q
A
 
G
A
 
F
K
 
R
L
 
A
M
 
M
G
 
N
F
 
L
G
 
R
G
 
G
L
 
W
N
 
N
V
 
V
T
 
S
H
 
M
P
 
P
C
 
N
K
 
K
Q
 
T
A
 
N
I
 
I
I
 
H
P
 
K
H
 
Y
L
 
L
D
 
D
E
 
K
L
 
L
S
 
S
P
 
P
D
 
A
A
 
A
K
 
E
A
 
L
L
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
V
 
V
V
 
V
I
 
N
R
 
D
D
 
D
G
 
G
R
 
V
T
 
L
I
 
T
G
 
G
H
 
H
N
 
I
T
 
T
D
 
D
W
 
G
W
 
T
G
 
G
F
 
Y
A
 
M
E
 
R
G
 
A
F
 
L
K
 
K
R
 
E
G
 
A
L
 
G
P
 
H
G
 
D
V
 
I
K
 
I
L
 
G
D
 
K
R
 
K
A
 
M
V
 
T
Q
 
I
L
 
C
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
A
A
 
T
A
 
A
V
 
I
A
 
C
H
 
I
A
 
Q
L
 
A
L
 
A
T
 
L
M
 
D
G
 
G
V
 
V
G
 
K
R
 
E
L
 
I
A
 
S
I
 
I
F
 
F
D
x
N
M
x
R
D
x
K
P
x
D
T
 
D
R
 
F
A
 
Y
A
 
A
R
 
N
L
 
-
A
 
A
E
 
E
E
 
K
L
 
T
C
 
V
E
 
E
R
 
K
F
 
I
G
 
N
A
 
S
G
 
K
R
 
T
A
 
D
V
 
C
G
 
K
G
 
A
-
 
Q
-
 
L
-
 
F
-
 
D
-
 
I
-
 
E
-
 
D
-
 
H
S
 
E
S
 
Q
L
 
L
E
 
R
D
 
K
E
 
E
M
 
I
A
 
A
A
 
E
T
 
S
D
 
V
G
 
I
L
 
F
V
 
T
H
 
N
C
 
A
T
 
T
P
 
G
T
 
V
G
 
G
M
|
M
A
 
K
A
 
P
H
 
F
P
 
E
G
 
G
L
 
E
P
 
T
L
 
L
-
 
L
-
 
P
D
 
S
A
 
A
A
 
D
L
 
M
L
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
E
I
 
L
W
 
I
V
 
V
S
 
S
E
 
D
I
 
V
V
 
V
Y
 
Y
F
 
K
P
 
P
L
 
T
E
 
K
T
 
T
E
 
R
L
 
L
L
 
L
A
 
E
T
 
I
A
 
A
R
 
E
K
 
E
L
 
Q
G
 
G
C
 
C
K
 
Q
V
 
T
V
 
L
S
 
N
G
 
G
G
 
L
G
 
G
M
 
M
A
 
M
V
 
L
F
 
W
Q
 
Q
A
 
G
V
 
A
G
 
K
A
 
A
F
 
F
Q
 
E
H
 
I
F
 
W
T
 
T
G
 
H
L
 
K
E
 
E

3tnlA 1.45 angstrom crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase from listeria monocytogenes in complex with shikimate and NAD.
33% identity, 91% coverage: 10:271/288 of query aligns to 12:277/288 of 3tnlA

query
sites
3tnlA
L
 
L
A
 
I
G
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
A
A
 
T
G
 
P
I
 
I
Q
 
R
R
 
H
S
|
S
L
 
L
S
|
S
P
 
P
T
 
T
M
 
M
H
 
H
E
 
N
R
 
E
E
 
A
G
 
F
Q
 
A
A
 
K
Q
 
L
G
 
G
L
 
L
N
 
D
Y
 
Y
Q
 
V
Y
 
Y
R
 
L
I
 
A
L
 
F
D
 
E
I
 
V
E
 
-
Q
 
-
L
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
G
P
 
D
V
 
K
D
 
E
L
 
L
P
 
K
R
 
D
L
 
V
L
 
V
E
 
Q
A
 
G
A
 
F
K
 
R
L
 
A
M
 
M
G
 
N
F
 
L
G
 
R
G
 
G
L
 
W
N
|
N
V
 
V
T
x
S
H
x
M
P
 
P
C
 
N
K
|
K
Q
 
T
A
 
N
I
 
I
I
 
H
P
 
K
H
 
Y
L
 
L
D
 
D
E
 
K
L
 
L
S
 
S
P
 
P
D
 
A
A
 
A
K
 
E
A
 
L
L
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
V
 
V
V
 
V
I
 
N
R
 
D
D
 
D
G
 
G
R
 
V
T
 
L
I
 
T
G
 
G
H
 
H
N
 
I
T
 
T
D
|
D
W
 
G
W
 
T
G
 
G
F
 
Y
A
 
M
E
 
R
G
 
A
F
 
L
K
 
K
R
 
E
G
 
A
L
 
G
P
 
H
G
 
D
V
 
I
K
 
I
L
 
G
D
 
K
R
 
K
A
 
M
V
 
T
Q
 
I
L
 
C
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
G
 
A
A
 
T
A
 
A
V
 
I
A
 
C
H
 
I
A
 
Q
L
 
A
L
 
A
T
 
L
M
 
D
G
 
G
V
 
V
G
 
K
R
 
E
L
 
I
A
 
S
I
 
I
F
 
F
D
x
N
M
x
R
D
 
K
P
x
D
T
 
D
R
x
F
A
 
Y
A
 
A
R
 
N
L
 
-
A
 
A
E
 
E
E
 
K
L
 
T
C
 
V
E
 
E
R
 
K
F
 
I
G
 
N
A
 
S
G
 
K
R
 
T
A
 
D
V
 
C
G
 
K
G
 
A
-
 
Q
-
 
L
-
 
F
-
 
D
-
 
I
-
 
E
-
 
D
-
 
H
S
 
E
S
 
Q
L
 
L
E
 
R
D
 
K
E
 
E
M
 
I
A
 
A
A
 
E
T
 
S
D
 
V
G
 
I
L
 
F
V
 
T
H
 
N
C
 
A
T
|
T
P
 
G
T
x
V
G
 
G
M
|
M
A
 
K
A
 
P
H
x
F
P
 
E
G
 
G
L
 
E
P
 
T
L
 
L
-
 
L
-
 
P
D
 
S
A
 
A
A
 
D
L
 
M
L
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
E
I
 
L
W
 
I
V
 
V
S
 
S
E
 
D
I
x
V
V
 
V
Y
|
Y
F
 
K
P
 
P
L
 
T
E
 
K
T
 
T
E
 
R
L
 
L
L
 
L
A
 
E
T
 
I
A
 
A
R
 
E
K
 
E
L
 
Q
G
 
G
C
 
C
K
 
Q
V
 
T
V
 
L
S
 
N
G
 
G
G
 
L
G
 
G
M
|
M
A
x
M
V
 
L
F
 
W
Q
|
Q
A
 
G
V
 
A
G
 
K
A
 
A
F
 
F
Q
 
E
H
 
I
F
 
W
T
 
T
G
 
H
L
 
K
E
 
E

3dooA Crystal structure of shikimate dehydrogenase from staphylococcus epidermidis complexed with shikimate (see paper)
30% identity, 92% coverage: 13:277/288 of query aligns to 5:248/258 of 3dooA

query
sites
3dooA
L
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
N
G
 
P
I
 
I
Q
 
S
R
 
H
S
|
S
L
 
L
S
|
S
P
 
P
T
 
L
M
 
M
H
 
H
E
 
H
R
 
A
E
 
N
G
 
F
Q
 
Q
A
 
S
Q
 
L
G
 
N
L
 
L
N
 
E
Y
 
N
Q
 
T
Y
 
Y
R
 
E
I
 
A
L
 
I
D
 
N
I
 
V
E
 
-
Q
 
-
L
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
-
P
 
P
V
 
V
-
 
N
-
 
Q
-
 
F
-
 
Q
D
 
D
L
 
I
P
 
K
R
 
K
L
 
I
L
 
I
E
 
S
A
 
E
A
 
K
K
 
S
L
 
I
M
 
D
G
 
G
F
 
F
G
 
-
G
 
-
L
 
-
N
|
N
V
 
V
T
|
T
H
 
I
P
 
P
C
 
H
K
|
K
Q
 
E
A
 
R
I
 
I
I
 
I
P
 
P
H
 
Y
L
 
L
D
 
D
E
 
D
L
 
I
S
 
N
P
 
E
D
 
Q
A
 
A
K
 
K
A
 
S
L
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
V
 
V
V
 
L
I
 
V
R
 
K
D
 
D
G
 
G
R
 
K
T
 
W
I
 
I
G
 
G
H
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
W
 
G
W
 
I
G
 
G
F
 
Y
A
 
V
E
 
N
G
 
G
F
 
L
K
 
K
R
 
Q
G
 
I
L
 
Y
P
 
E
G
 
G
V
 
I
K
 
E
L
 
D
D
 
A
R
 
Y
A
 
I
V
 
L
Q
 
I
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
S
A
 
K
A
 
G
V
 
I
A
 
A
H
 
N
A
 
E
L
 
L
L
 
Y
T
 
K
M
 
I
G
 
V
V
 
R
G
 
P
R
 
T
L
 
L
A
 
T
I
 
V
F
 
A
D
 
N
M
 
R
D
 
T
P
 
M
T
 
S
R
 
R
A
 
F
A
 
N
R
 
N
L
 
W
A
 
S
E
 
L
E
 
N
L
 
I
C
 
N
E
 
K
R
 
-
F
 
-
G
 
-
A
 
-
G
 
-
R
 
-
A
 
-
V
 
I
G
 
N
G
 
L
S
 
S
S
 
H
L
 
A
E
 
E
D
 
S
E
 
H
M
 
L
A
 
D
A
 
E
T
 
F
D
 
D
G
 
I
L
 
I
V
 
I
H
 
N
C
 
T
T
 
T
P
 
P
T
 
V
G
 
-
M
 
-
A
 
-
A
 
-
H
 
-
P
 
-
G
 
-
L
 
-
P
 
-
L
 
I
D
 
S
A
 
L
A
 
N
L
 
R
L
 
L
R
 
A
P
 
S
A
 
H
I
 
T
W
 
L
V
 
V
S
 
S
E
 
D
I
 
I
V
 
V
Y
 
Y
F
 
N
P
 
P
L
 
Y
E
 
K
T
 
T
E
 
P
L
 
I
L
 
L
A
 
I
T
 
E
A
 
A
R
 
E
K
 
Q
L
 
R
G
 
G
C
 
N
K
 
P
V
 
I
V
 
Y
S
 
N
G
 
G
G
 
L
G
 
D
M
 
M
A
x
F
V
 
V
F
 
H
Q
|
Q
A
 
G
V
 
A
G
 
E
A
 
S
F
 
F
Q
 
K
H
 
I
F
 
W
T
 
T
G
 
N
L
 
L
E
 
E
A
 
P
D
 
D
A
 
I
A
 
K
R
 
A
M
 
M

1o9bA Quinate/shikimate dehydrogenase ydib complexed with nadh (see paper)
32% identity, 90% coverage: 10:269/288 of query aligns to 3:266/280 of 1o9bA

query
sites
1o9bA
L
 
L
A
 
I
G
 
G
L
 
L
I
 
M
G
 
A
A
 
Y
G
 
P
I
 
I
Q
 
R
R
 
H
S
 
S
L
 
L
S
 
S
P
 
P
T
 
E
M
 
M
H
 
Q
E
 
N
R
 
K
E
 
A
G
 
L
Q
 
E
A
 
K
Q
 
A
G
 
G
L
 
L
N
 
P
Y
 
F
Q
 
T
Y
 
Y
R
 
M
I
 
A
L
 
F
D
 
E
I
 
V
E
 
D
Q
 
N
L
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
-
P
 
-
V
 
D
D
 
S
L
 
F
P
 
P
R
 
G
L
 
A
L
 
I
E
 
E
A
 
G
A
 
L
K
 
K
L
 
A
M
 
L
G
 
K
F
 
M
G
 
R
G
 
G
L
 
T
N
 
G
V
 
V
T
 
S
H
 
M
P
 
P
C
 
N
K
 
K
Q
 
Q
A
 
L
I
 
A
I
 
C
P
 
E
H
 
Y
L
 
V
D
 
D
E
 
E
L
 
L
S
 
T
P
 
P
D
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
L
L
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
I
N
 
N
T
 
T
V
 
I
V
 
V
I
 
N
R
 
D
D
 
D
G
 
G
R
 
Y
T
 
L
I
 
R
G
 
G
H
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
 
D
W
 
G
W
 
T
G
 
G
F
 
H
A
 
I
E
 
R
G
 
A
F
 
I
K
 
K
R
 
E
G
 
S
L
 
G
P
 
F
G
 
D
V
 
I
K
 
K
L
 
G
D
 
K
R
 
T
A
 
M
V
 
V
Q
 
L
L
 
L
G
 
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
G
 
S
A
 
T
A
 
A
V
 
I
A
 
G
H
 
A
A
 
Q
L
 
G
L
 
A
T
 
I
M
 
E
G
 
G
V
 
L
G
 
K
R
 
E
L
 
I
A
 
K
I
 
L
F
 
F
-
 
N
-
x
R
-
 
R
D
 
D
M
 
E
D
x
F
P
 
F
T
 
D
R
 
K
A
 
A
A
 
L
R
 
A
L
 
F
A
 
A
E
 
Q
E
 
R
L
 
V
C
 
N
E
 
E
R
 
N
F
 
T
G
 
D
A
 
C
G
 
-
R
 
-
A
 
V
V
 
V