SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_028312267.1 NCBI__GCF_000482785.1:WP_028312267.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

8pnsA Crystal structure of the acyl-coa dehydrogenase pa0506 (fade1) from pseudomonas aeruginosa
57% identity, 99% coverage: 2:591/596 of query aligns to 1:591/600 of 8pnsA

query
sites
8pnsA
P
 
P
S
 
D
Y
 
Y
R
 
K
A
 
A
P
 
P
L
 
L
R
 
R
D
 
D
M
 
I
Q
 
R
F
 
F
V
 
V
L
 
R
H
 
D
E
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
G
A
 
Y
E
 
E
S
 
A
V
 
H
L
 
Y
K
 
Q
H
 
S
L
 
L
P
 
P
A
 
G
H
 
A
A
 
E
D
 
D
T
 
A
G
 
T
R
 
P
D
 
D
T
 
M
L
 
V
D
 
N
A
 
A
V
 
I
L
 
L
E
 
E
E
 
E
G
 
G
A
 
A
K
 
K
F
 
F
C
 
C
E
 
E
N
 
Q
V
 
V
I
 
I
A
 
A
P
 
P
L
 
L
N
 
N
L
 
R
P
 
V
G
 
G
D
 
D
A
 
L
E
 
E
G
 
G
C
 
C
H
 
T
Y
 
W
D
 
S
R
 
A
D
 
D
T
 
-
R
 
-
S
 
G
V
 
V
T
 
K
T
 
T
P
 
P
K
 
T
G
 
G
F
 
F
V
 
K
D
 
E
A
 
A
Y
 
Y
A
 
Q
Q
 
Q
Y
 
F
R
 
V
D
 
E
G
 
G
G
 
G
W
 
W
P
 
P
T
 
S
L
 
L
S
 
A
A
 
H
D
 
D
P
 
V
D
 
E
H
 
H
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
P
 
P
Y
 
E
V
 
S
L
 
L
N
 
G
T
 
L
A
 
A
F
 
I
F
 
S
E
 
E
M
 
M
G
 
V
N
 
G
S
 
Q
A
 
A
N
 
N
Q
 
W
A
 
S
W
 
W
L
 
G
M
 
M
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
T
 
S
H
 
H
G
 
G
A
 
A
Y
 
M
E
 
N
C
 
T
L
 
L
H
 
H
A
 
A
H
 
H
G
 
G
S
 
T
E
 
A
E
 
E
L
 
Q
K
 
Q
A
 
A
A
 
T
Y
 
Y
L
 
L
P
 
T
K
 
K
L
 
L
V
 
V
S
 
S
G
 
G
E
 
E
W
 
W
L
 
T
G
 
G
T
 
T
M
|
M
C
 
C
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
H
 
H
C
 
C
G
|
G
T
|
T
D
 
D
L
|
L
G
 
G
L
 
M
L
 
L
R
 
R
T
 
T
K
 
K
A
 
A
T
 
E
P
 
P
R
 
Q
D
 
A
D
 
D
G
 
G
S
 
S
Y
 
Y
A
 
K
I
 
V
T
 
T
G
 
G
S
 
T
K
 
K
I
 
I
F
|
F
I
 
I
S
|
S
A
 
A
G
 
G
E
 
E
H
 
H
D
 
D
M
 
M
T
 
A
P
 
D
N
 
N
I
 
I
V
 
V
H
 
H
L
 
I
V
 
V
L
 
L
A
 
A
R
 
R
L
 
L
P
 
P
G
 
D
A
 
A
P
 
P
E
 
Q
G
 
G
S
x
T
K
 
K
G
 
G
I
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
L
 
I
V
 
V
P
 
P
K
 
K
F
 
F
V
 
L
P
 
P
A
 
N
A
 
A
D
 
E
G
 
G
S
 
N
P
 
A
G
 
G
E
 
E
R
 
R
N
 
N
G
 
A
L
 
V
F
 
S
C
 
C
A
 
G
G
 
S
I
 
I
E
 
E
H
 
H
K
 
K
M
 
M
G
 
G
I
 
I
H
 
H
A
 
G
N
 
N
A
 
A
T
 
T
C
 
C
Q
 
V
L
 
M
V
 
N
L
 
F
E
 
D
D
 
A
A
 
A
R
 
T
G
 
G
W
 
F
L
 
L
I
 
I
G
 
G
E
 
P
P
 
P
H
 
N
R
 
K
G
 
G
L
|
L
A
 
N
A
 
C
M
 
M
F
|
F
V
 
T
M
 
F
M
|
M
N
 
N
A
 
T
A
 
A
R
 
R
V
 
L
A
 
G
V
 
T
G
 
A
V
 
L
Q
 
Q
S
 
G
L
 
L
G
 
A
L
 
H
G
 
A
E
 
E
V
 
V
A
 
G
Y
 
F
Q
 
Q
N
 
G
A
 
G
A
 
I
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
K
 
R
D
 
E
R
|
R
R
 
L
Q
|
Q
G
x
M
R
 
R
A
 
S
L
 
L
T
 
T
G
 
G
P
 
P
A
 
K
E
 
A
P
 
P
D
 
E
K
 
K
P
 
P
A
 
A
D
 
D
T
 
P
L
x
I
L
 
I
V
 
V
H
|
H
P
 
P
D
 
D
V
 
V
R
 
R
R
 
R
M
 
M
L
 
L
L
 
L
T
 
T
A
 
M
R
 
K
A
 
A
Y
 
F
T
 
A
E
 
E
G
 
G
A
 
N
R
 
R
A
 
A
L
 
M
L
 
L
Y
 
Y
Y
 
F
T
 
A
A
 
A
L
 
K
Q
 
Q
I
 
V
D
 
D
I
 
I
E
 
V
H
 
Q
H
 
R
H
 
S
P
 
Q
D
 
D
E
 
E
D
 
E
A
 
Q
R
 
K
R
 
K
D
 
A
A
 
A
A
 
D
D
 
S
V
 
M
V
 
L
A
 
A
L
 
F
L
 
L
T
 
T
P
 
P
I
 
I
C
 
A
K
 
K
A
 
A
F
 
F
V
 
M
T
 
T
D
 
E
N
 
V
G
 
G
F
 
F
T
 
E
A
 
S
A
 
A
T
 
N
A
 
H
A
 
G
Q
 
V
Q
|
Q
V
x
I
F
 
F
G
 
G
G
|
G
H
 
H
G
 
G
Y
 
F
I
 
I
H
 
A
E
 
E
W
 
H
G
 
G
V
 
M
E
 
E
Q
 
Q
F
 
N
V
 
V
R
 
R
D
 
D
A
 
S
R
 
R
I
|
I
N
 
S
M
 
M
I
 
L
Y
|
Y
E
|
E
G
 
G
T
|
T
N
 
T
G
 
G
V
 
V
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
D
|
D
L
 
L
L
 
L
G
 
G
R
|
R
K
|
K
V
 
V
L
 
L
G
 
M
D
 
T
M
 
Q
G
 
G
A
 
E
K
 
A
L
 
L
R
 
K
K
 
G
F
 
F
G
 
T
E
 
K
Q
 
I
V
 
V
K
 
H
A
 
K
F
 
F
I
 
C
E
 
Q
E
 
A
E
 
N
G
 
E
V
 
A
N
 
N
E
 
E
A
 
A
M
 
V
Q
 
K
E
 
E
F
 
F
V
 
V
N
 
A
P
 
P
L
 
L
A
 
A
D
 
Q
L
 
L
A
 
N
G
 
K
K
 
E
V
 
W
E
 
G
K
 
D
M
 
L
T
 
T
M
 
M
E
 
K
V
 
V
A
 
G
M
 
M
K
 
A
A
 
A
M
 
M
G
 
K
N
 
D
R
 
R
D
 
E
E
 
E
A
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
A
A
 
S
T
 
V
D
 
D
Y
 
Y
L
 
L
R
 
M
V
 
Y
V
 
S
G
 
G
H
 
Y
L
 
A
V
 
C
Y
 
L
A
 
A
W
 
Y
L
 
F
F
 
W
A
 
A
R
 
D
M
 
M
A
 
A
K
 
R
L
 
L
A
 
A
L
 
A
D
 
E
K
 
K
-
 
L
-
 
A
-
 
A
A
 
G
D
 
T
G
 
G
G
 
E
D
 
E
P
 
A
F
 
F
Y
 
Y
A
 
K
A
 
A
K
 
K
L
 
L
A
 
Q
T
 
T
A
 
A
R
 
R
F
 
F
Y
 
Y
F
 
F
V
 
Q
R
 
R
L
 
I
L
 
L
P
 
P
E
 
R
T
 
T
A
 
R
A
 
A
L
 
H
I
 
V
R
 
A
A
 
A
G
 
M
R
 
L
S
 
S
G
 
G
A
 
A
G
 
N
N
 
N
L
 
L
M
 
M
A
 
E
L
 
M

8pu5B Crystal structure of the acyl-coa dehydrogenase fade1(pa0506) e441a from pseudomonas aeruginosa complexed with c16coa
57% identity, 99% coverage: 4:591/596 of query aligns to 2:590/599 of 8pu5B

query
sites
8pu5B
Y
 
Y
R
 
K
A
 
A
P
 
P
L
 
L
R
 
R
D
 
D
M
 
I
Q
 
R
F
 
F
V
 
V
L
 
R
H
 
D
E
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
G
A
 
Y
E
 
E
S
 
A
V
 
H
L
 
Y
K
 
Q
H
 
S
L
 
L
P
 
P
A
 
G
H
 
A
A
 
E
D
 
D
T
 
A
G
 
T
R
 
P
D
 
D
T
 
M
L
 
V
D
 
N
A
 
A
V
 
I
L
 
L
E
 
E
E
 
E
G
 
G
A
 
A
K
 
K
F
 
F
C
 
C
E
 
E
N
 
Q
V
 
V
I
 
I
A
 
A
P
 
P
L
 
L
N
 
N
L
 
R
P
 
V
G
 
G
D
 
D
A
 
L
E
 
E
G
 
G
C
 
C
H
 
T
Y
 
W
D
 
S
R
 
A
D
 
D
T
 
-
R
 
-
S
 
G
V
 
V
T
 
K
T
 
T
P
 
P
K
 
T
G
 
G
F
 
F
V
 
K
D
 
E
A
 
A
Y
 
Y
A
 
Q
Q
 
Q
Y
 
F
R
 
V
D
 
E
G
 
G
G
 
G
W
 
W
P
 
P
T
 
S
L
 
L
S
 
A
A
 
H
D
 
D
P
 
V
D
 
E
H
 
H
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
P
 
P
Y
 
E
V
 
S
L
 
L
N
 
G
T
x
L
A
 
A
F
 
I
F
 
S
E
 
E
M
 
M
G
 
V
N
 
G
S
 
Q
A
 
A
N
 
N
Q
 
W
A
 
S
W
 
W
L
 
G
M
 
M
Y
 
Y
P
 
P
G
|
G
L
 
L
T
 
S
H
 
H
G
 
G
A
 
A
Y
 
M
E
 
N
C
 
T
L
 
L
H
 
H
A
 
A
H
 
H
G
 
G
S
 
T
E
 
A
E
 
E
L
 
Q
K
 
Q
A
 
A
A
 
T
Y
 
Y
L
 
L
P
 
T
K
 
K
L
 
L
V
 
V
S
 
S
G
 
G
E
 
E
W
 
W
L
 
T
G
 
G
T
 
T
M
|
M
C
 
C
L
 
L
T
 
T
E
 
E
P
 
P
H
 
H
C
 
C
G
 
G
T
|
T
D
 
D
L
|
L
G
 
G
L
 
M
L
 
L
R
 
R
T
 
T
K
 
K
A
 
A
T
 
E
P
 
P
R
 
Q
D
 
A
D
 
D
G
 
G
S
 
S
Y
 
Y
A
 
K
I
 
V
T
 
T
G
 
G
S
 
T
K
 
K
I
 
I
F
 
F
I
 
I
S
 
S
A
 
A
G
 
G
E
 
E
H
 
H
D
 
D
M
 
M
T
 
A
P
 
D
N
 
N
I
 
I
V
 
V
H
 
H
L
 
I
V
 
V
L
 
L
A
 
A
R
 
R
L
 
L
P
 
P
G
 
D
A
 
A
P
 
P
E
 
Q
G
 
G
S
x
T
K
 
K
G
 
G
I
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
L
 
I
V
 
V
P
 
P
K
 
K
F
 
F
V
 
L
P
 
P
A
 
N
A
 
A
D
 
E
G
 
G
S
 
N
P
 
A
G
 
G
E
 
E
R
 
R
N
 
N
G
 
A
L
 
V
F
 
S
C
 
C
A
 
G
G
 
S
I
 
I
E
 
E
H
 
H
K
 
K
M
 
M
G
 
G
I
 
I
H
 
H
A
 
G
N
 
N
A
 
A
T
 
T
C
 
C
Q
 
V
L
 
M
V
 
N
L
 
F
E
 
D
D
 
A
A
 
A
R
 
T
G
 
G
W
 
F
L
 
L
I
 
I
G
 
G
E
 
P
P
 
P
H
 
N
R
 
K
G
 
G
L
|
L
A
 
N
A
 
C
M
 
M
F
|
F
V
 
T
M
 
F
M
|
M
N
|
N
A
 
T
A
 
A
R
|
R
V
 
L
A
 
G
V
 
T
G
 
A
V
 
L
Q
 
Q
S
 
G
L
 
L
G
 
A
L
 
H
G
 
A
E
 
E
V
 
V
A
 
G
Y
 
F
Q
 
Q
N
 
G
A
 
G
A
 
I
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
K
 
R
D
 
E
R
 
R
R
 
L
Q
 
Q
G
 
M
R
 
R
A
 
S
L
 
L
T
 
T
G
 
G
P
 
P
A
 
K
E
 
A
P
 
P
D
 
E
K
 
K
P
 
P
A
 
A
D
 
D
T
 
P
L
 
I
L
 
I
V
 
V
H
 
H
P
 
P
D
 
D
V
 
V
R
 
R
R
 
R
M
 
M
L
 
L
L
 
L
T
 
T
A
 
M
R
 
K
A
 
A
Y
 
F
T
 
A
E
 
E
G
 
G
A
 
N
R
 
R
A
 
A
L
 
M
L
 
L
Y
 
Y
Y
 
F
T
 
A
A
 
A
L
 
K
Q
 
Q
I
 
V
D
 
D
I
 
I
E
 
V
H
 
Q
H
 
R
H
 
S
P
 
Q
D
 
D
E
 
E
D
 
E
A
 
Q
R
 
K
R
 
K
D
 
A
A
 
A
A
 
D
D
 
S
V
 
M
V
 
L
A
 
A
L
 
F
L
 
L
T
 
T
P
 
P
I
 
I
C
 
A
K
 
K
A
 
A
F
 
F
V
 
M
T
 
T
D
 
E
N
 
V
G
 
G
F
 
F
T
 
E
A
 
S
A
 
A
T
 
N
A
 
H
A
 
G
Q
 
V
Q
 
Q
V
 
I
F
 
F
G
 
G
G
 
G
H
 
H
G
 
G
Y
 
F
I
 
I
H
 
A
E
 
E
W
 
H
G
 
G
V
 
M
E
 
E
Q
 
Q
F
 
N
V
 
V
R
 
R
D
 
D
A
 
S
R
 
R
I
 
I
N
 
S
M
 
M
I
 
L
Y
|
Y
E
x
A
G
 
G
T
 
T
N
 
T
G
 
G
V
 
V
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
D
|
D
L
 
L
L
 
L
G
 
G
R
|
R
K
|
K
V
 
V
L
 
L
G
 
M
D
 
T
M
 
Q
G
 
G
A
 
E
K
 
A
L
 
L
R
 
K
K
 
G
F
 
F
G
 
T
E
 
K
Q
 
I
V
 
V
K
 
H
A
 
K
F
 
F
I
 
C
E
 
Q
E
 
A
E
 
N
G
 
E
V
 
A
N
 
N
E
 
E
A
 
A
M
 
V
Q
 
K
E
 
E
F
 
F
V
 
V
N
 
A
P
 
P
L
 
L
A
 
A
D
 
Q
L
 
L
A
 
N
G
 
K
K
 
E
V
 
W
E
 
G
K
 
D
M
 
L
T
 
T
M
 
M
E
 
K
V
 
V
A
 
G
M
 
M
K
 
A
A
 
A
M
 
M
G
 
K
N
 
D
R
 
R
D
 
E
E
 
E
A
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
A
A
 
S
T
 
V
D
 
D
Y
 
Y
L
 
L
R
 
M
V
 
Y
V
 
S
G
 
G
H
 
Y
L
 
A
V
 
C
Y
 
L
A
 
A
W
 
Y
L
 
F
F
 
W
A
 
A
R
 
D
M
 
M
A
 
A
K
 
R
L
 
L
A
 
A
L
 
A
D
 
E
K
 
K
-
 
L
-
 
A
-
 
A
A
 
G
D
 
T
G
 
G
G
 
E
D
 
E
P
 
A
F
 
F
Y
 
Y
A
 
K
A
 
A
K
 
K
L
 
L
A
 
Q
T
 
T
A
 
A
R
 
R
F
 
F
Y
 
Y
F
 
F
V
 
Q
R
 
R
L
 
I
L
 
L
P
 
P
E
 
R
T
 
T
A
 
R
A
 
A
L
 
H
I
 
V
R
 
A
A
 
A
G
 
M
R
 
L
S
 
S
G
 
G
A
 
A
G
 
N
N
 
N
L
 
L
M
 
M
A
 
E
L
 
M

8pngA Crystal structure of the apo acyl-coa dehydrogenase fade2 (pa0508) from pseudomonas aeruginosa
53% identity, 100% coverage: 1:596/596 of query aligns to 3:594/594 of 8pngA

query
sites
8pngA
M
 
M
P
 
A
S
 
D
Y
 
Y
R
 
K
A
 
A
P
 
P
L
 
L
R
 
R
D
 
D
M
 
M
Q
 
R
F
 
F
V
 
V
L
 
L
H
 
N
E
 
E
L
 
V
L
 
F
D
 
E
A
 
V
E
 
S
S
 
R
V
 
L
L
 
W
K
 
A
H
 
Q
L
 
L
P
 
P
A
 
A
H
 
L
A
 
A
D
 
E
T
 
V
-
 
V
G
 
D
R
 
A
D
 
E
T
 
T
L
 
A
D
 
A
A
 
A
V
 
I
L
 
L
E
 
E
E
 
E
G
 
A
A
 
G
K
 
K
F
 
V
C
 
T
E
 
A
N
 
G
V
 
T
I
 
I
A
 
A
P
 
P
L
 
L
N
 
N
L
 
R
P
 
P
G
 
G
D
 
D
A
 
E
E
 
E
G
 
G
C
 
C
H
 
Q
Y
 
W
D
 
N
R
 
-
D
 
-
T
 
A
R
 
G
S
 
A
V
 
V
T
 
S
T
 
T
P
 
P
K
 
A
G
 
G
F
 
F
V
 
P
D
 
E
A
 
A
Y
 
Y
A
 
R
Q
 
T
Y
 
Y
R
 
A
D
 
E
G
 
G
G
 
G
W
 
W
P
 
V
T
 
G
L
 
V
S
 
G
A
 
G
D
 
D
P
 
P
D
 
A
H
 
Y
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
G
 
G
L
 
M
P
 
P
Y
 
K
V
 
V
L
 
I
N
 
S
T
 
A
A
 
Q
F
 
V
F
 
E
E
 
E
M
 
L
G
 
V
N
 
N
S
 
S
A
 
A
N
 
N
Q
 
L
A
 
S
W
 
F
L
 
G
M
 
L
Y
 
Y
P
 
P
G
 
M
L
 
L
T
 
T
H
 
A
G
 
G
A
 
A
Y
 
C
E
 
L
C
 
A
L
 
L
H
 
N
A
 
A
H
 
H
G
 
A
S
 
S
E
 
D
E
 
E
L
 
L
K
 
K
A
 
D
A
 
K
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
K
 
N
L
 
M
V
 
Y
S
 
A
G
 
G
E
 
I
W
 
W
L
 
A
G
 
G
T
 
S
M
|
M
C
 
C
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
H
 
H
C
 
A
G
|
G
T
|
T
D
 
D
L
 
L
G
 
G
L
 
I
L
 
I
R
 
R
T
 
T
K
 
R
A
 
A
T
 
E
P
 
P
R
 
Q
D
 
A
D
 
D
G
 
G
S
 
S
Y
 
Y
A
 
K
I
 
I
T
 
S
G
 
G
S
 
T
K
 
K
I
 
I
F
|
F
I
 
I
S
x
T
A
 
G
G
 
G
E
 
E
H
 
H
D
 
D
M
 
L
T
 
T
P
 
E
N
 
N
I
 
I
V
 
I
H
 
H
L
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
A
R
 
K
L
 
L
P
 
P
G
 
D
A
 
A
P
 
P
E
 
A
G
 
G
S
 
P
K
 
K
G
 
G
I
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
L
 
L
V
 
V
P
 
P
K
 
K
F
 
V
V
 
L
P
 
V
A
 
N
A
 
A
D
 
D
G
 
G
S
 
S
P
 
L
G
 
G
E
 
E
R
 
K
N
 
N
G
 
S
L
 
L
F
 
G
C
 
C
A
 
G
G
 
S
I
 
I
E
 
E
H
 
H
K
 
K
M
 
M
G
 
G
I
 
I
H
 
K
A
 
A
N
 
S
A
 
A
T
 
T
C
 
C
Q
 
V
L
 
M
V
 
N
L
 
F
E
 
D
D
 
G
A
 
A
R
 
T
G
 
G
W
 
W
L
 
L
I
 
V
G
 
G
E
 
E
P
 
V
H
 
N
R
 
K
G
 
G
L
 
L
A
 
A
A
 
A
M
 
M
F
 
F
V
 
T
M
 
M
M
 
M
N
 
N
A
 
Y
A
 
E
R
 
R
V
 
L
A
 
G
V
 
V
G
 
G
V
 
I
Q
 
Q
S
 
G
L
 
L
G
 
A
L
 
T
G
 
G
E
 
E
V
 
R
A
 
S
Y
 
Y
Q
 
Q
N
 
S
A
 
A
A
 
I
A
 
E
Y
 
Y
A
 
A
K
 
R
D
 
E
R
|
R
R
 
I
Q
 
Q
G
x
S
R
 
R
A
 
A
L
 
P
T
 
T
G
 
G
P
 
P
A
 
V
E
 
A
P
 
K
D
 
D
K
 
K
P
 
A
A
 
A
D
 
D
T
 
P
L
 
I
L
 
I
V
 
V
H
|
H
P
 
P
D
 
D
V
|
V
R
 
R
R
 
R
M
 
M
L
 
L
L
 
L
T
 
T
A
 
M
R
 
K
A
 
A
Y
 
L
T
 
N
E
 
E
G
 
G
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
F
L
 
S
Y
 
S
Y
 
Y
T
 
V
A
 
A
L
 
M
Q
 
Q
I
 
L
D
 
D
I
 
T
E
 
A
H
 
K
H
 
Y
H
 
S
P
 
E
D
 
D
E
 
A
D
 
V
A
 
T
R
 
R
R
 
K
D
 
R
A
 
A
A
 
E
D
 
E
V
 
L
V
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
L
T
 
T
P
 
P
I
 
V
C
 
A
K
 
K
A
 
A
F
 
F
V
 
L
T
 
T
D
 
D
N
 
M
G
 
G
F
 
L
T
 
E
A
 
T
A
 
T
T
 
I
A
 
H
A
 
G
Q
 
Q
Q
|
Q
V
x
I
F
 
F
G
 
G
G
|
G
H
|
H
G
 
G
Y
 
F
I
 
I
H
 
R
E
 
E
W
 
W
G
 
G
V
 
Q
E
 
E
Q
 
Q
F
 
L
V
 
V
R
 
R
D
 
D
A
 
C
R
 
R
I
|
I
N
 
T
M
 
Q
I
 
I
Y
|
Y
E
 
E
G
 
G
T
|
T
N
 
N
G
 
G
V
x
I
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
L
L
 
V
G
 
G
R
 
R
K
 
K
V
 
V
L
 
I
G
 
G
D
 
S
M
 
G
G
 
G
A
 
A
K
 
F
L
 
S
R
 
R
K
 
H
F
 
F
G
 
T
E
 
D
Q
 
E
V
 
I
K
 
K
A
 
A
F
 
F
I
 
V
E
 
A
E
 
S
E
 
-
G
 
-
V
 
A
N
 
D
E
 
E
A
 
A
M
 
L
Q
 
G
E
 
E
F
 
F
V
 
S
N
 
K
P
 
P
L
 
L
A
 
A
D
 
A
L
 
A
A
 
V
G
 
E
K
 
N
V
 
L
E
 
E
K
 
E
M
 
L
T
 
T
M
 
A
E
 
W
V
 
L
A
 
L
M
 
D
K
 
R
A
 
A
M
 
K
G
 
G
N
 
N
R
 
P
D
 
N
E
 
E
A
 
I
G
 
G
A
 
A
A
 
A
A
 
S
T
 
V
D
 
E
Y
 
Y
L
 
L
R
 
H
V
 
V
V
 
F
G
 
G
H
 
Y
L
 
T
V
 
A
Y
 
Y
A
 
A
W
 
Y
L
 
M
F
 
W
A
 
A
R
 
L
M
 
M
A
 
A
K
 
R
L
 
T
A
 
A
L
 
L
D
 
A
K
 
K
A
 
-
D
 
Q
G
 
G
G
 
E
D
 
D
P
 
D
F
 
F
Y
 
Y
A
 
A
A
 
S
K
 
K
L
 
L
A
 
G
T
 
T
A
 
A
R
 
R
F
 
F
Y
 
Y
F
 
F
V
 
A
R
 
R
L
 
L
L
 
L
P
 
P
E
 
R
T
 
I
A
 
H
A
 
S
L
 
L
I
 
S
R
 
A
A
 
S
G
 
V
R
 
R
S
 
A
G
 
G
A
 
S
G
 
E
N
 
S
L
 
L
M
 
Y
A
 
L
L
 
L
D
 
D
A
 
A
G
 
E
L
 
Q
F
 
F

A3SI50 3-methylmercaptopropionyl-CoA dehydrogenase; MMPA-CoA dehydrogenase; EC 1.3.99.41 from Roseovarius nubinhibens (strain ATCC BAA-591 / DSM 15170 / ISM) (see paper)
51% identity, 100% coverage: 1:596/596 of query aligns to 1:591/591 of A3SI50

query
sites
A3SI50
M
 
M
P
 
T
S
 
R
Y
 
Y
R
 
T
A
 
A
P
 
P
L
 
T
R
 
Q
D
 
D
M
 
I
Q
 
Q
F
 
Y
V
 
L
L
 
L
H
 
H
E
 
D
L
 
V
L
 
L
D
 
D
A
 
V
E
 
A
S
 
N
V
 
-
L
 
-
K
 
D
H
 
P
L
 
T
P
 
P
A
 
G
H
 
Y
A
 
A
D
 
E
T
 
L
G
 
E
R
 
P
D
 
D
T
 
F
L
 
T
D
 
S
A
 
A
V
 
V
L
 
L
E
 
E
E
 
E
G
 
A
A
 
G
K
 
K
F
 
I
C
 
A
E
 
G
N
 
E
V
 
V
I
 
L
A
 
H
P
 
P
L
 
L
N
 
N
L
 
A
P
 
V
G
 
G
D
 
D
A
 
Q
E
 
E
G
 
G
C
 
C
H
 
V
Y
 
L
D
 
E
R
 
N
D
 
G
T
 
V
R
 
-
S
 
-
V
 
V
T
 
R
T
 
P
P
 
P
K
 
K
G
 
G
F
 
F
V
 
K
D
 
E
A
 
A
Y
 
F
A
 
D
Q
 
Q
Y
 
V
R
 
R
D
 
E
G
 
G
G
 
G
W
 
W
P
 
T
T
 
A
L
 
L
S
 
D
A
 
L
D
 
P
P
 
E
D
 
Q
H
 
Y
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
G
 
N
L
 
M
P
 
P
Y
 
Y
V
 
L
L
 
L
N
 
G
T
 
T
A
 
A
F
 
V
F
 
G
E
 
E
M
 
M
G
 
F
N
 
S
S
 
G
A
 
A
N
 
N
Q
 
Q
A
 
A
W
 
F
L
 
T
M
 
M
Y
 
Y
P
 
Q
G
 
G
L
 
L
T
 
T
H
 
H
G
 
G
A
 
A
Y
 
A
E
 
S
C
 
A
L
 
I
H
 
L
A
 
V
H
 
H
G
 
G
S
 
T
E
 
D
E
 
Q
L
 
Q
K
 
K
A
 
D
A
 
T
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
K
 
K
L
 
M
V
 
F
S
 
S
G
 
C
E
 
D
W
 
W
L
 
T
G
 
G
T
 
T
M
|
M
C
 
N
L
 
L
T
 
T
E
 
E
P
 
P
H
 
H
C
 
C
G
 
G
T
|
T
D
 
D
L
 
L
G
 
G
L
 
L
L
 
M
R
 
R
T
 
S
K
 
K
A
 
A
T
 
V
P
 
P
R
 
Q
D
 
D
D
 
D
G
 
G
S
 
S
Y
 
Y
A
 
A
I
 
I
T
 
S
G
 
G
S
 
Q
K
 
K
I
 
I
F
|
F
I
 
I
S
|
S
A
 
A
G
 
G
E
 
E
H
 
H
D
 
D
M
 
M
T
 
A
P
 
E
N
 
N
I
 
I
V
 
I
H
 
H
L
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
A
R
 
K
L
 
I
P
 
P
G
 
G
A
 
G
P
 
P
E
 
E
G
 
G
S
 
I
K
|
K
G
 
G
I
 
V
S
 
S
L
 
L
F
 
F
L
 
I
V
 
V
P
 
P
K
 
K
F
 
F
V
 
L
P
 
V
A
 
K
A
 
E
D
 
D
G
 
G
S
 
S
P
 
L
G
 
G
E
 
E
R
 
R
N
 
N
G
 
G
L
 
V
F
 
K
C
 
C
A
 
S
G
 
K
I
 
I
E
 
E
H
 
E
K
 
K
M
 
M
G
 
G
I
 
I
H
 
H
A
 
G
N
 
N
A
 
S
T
 
T
C
 
C
Q
 
V
L
 
M
V
 
D
L
 
Y
E
 
D
D
 
G
A
 
A
R
 
K
G
 
G
W
 
W
L
 
L
I
 
L
G
 
G
E
 
E
P
 
E
H
|
H
R
x
K
G
 
G
L
 
M
A
x
R
A
 
A
M
 
M
F
|
F
V
 
T
M
 
M
M
 
M
N
 
N
A
 
E
A
 
A
R
 
R
V
 
I
A
 
G
V
 
V
G
 
G
V
 
M
Q
 
Q
S
 
G
L
 
L
G
 
A
L
 
Q
G
 
A
E
 
E
V
 
V
A
 
A
Y
 
Y
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
A
 
L
A
 
D
Y
 
Y
A
 
A
K
 
R
D
 
D
R
 
R
R
 
L
Q
 
Q
G
 
G
R
 
R
A
 
S
L
 
V
T
 
T
G
 
G
P
 
V
A
 
E
E
 
N
P
 
P
D
 
D
K
 
G
P
 
P
A
 
A
D
 
D
T
 
P
L
 
L
L
 
I
V
 
V
H
 
H
P
 
P
D
 
D
V
 
I
R
 
R
R
 
R
M
 
N
L
 
L
L
 
L
T
 
D
A
 
Q
R
 
K
A
 
S
Y
 
F
T
 
I
E
 
E
G
 
G
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
F
L
 
L
Y
 
L
Y
 
W
T
 
G
A
 
A
L
 
Q
Q
 
M
I
 
I
D
 
D
I
 
R
E
 
A
H
 
E
H
 
R
H
 
G
P
 
K
D
 
D
E
 
E
D
 
A
A
 
A
R
 
H
R
 
-
D
 
-
A
 
-
A
 
-
D
 
G
V
 
M
V
 
V
A
 
S
L
 
L
L
 
L
T
 
T
P
 
P
I
 
V
C
 
I
K
 
K
A
 
G
F
 
F
V
 
L
T
 
T
D
 
D
N
 
E
G
 
G
F
 
Y
T
 
D
A
 
M
A
 
T
T
 
V
A
 
Q
A
 
A
Q
 
Q
Q
 
Q
V
 
V
F
 
Y
G
 
G
G
 
G
H
 
H
G
 
G
Y
 
Y
I
 
I
H
 
E
E
 
E
W
 
T
G
 
G
V
 
M
E
 
S
Q
 
Q
F
 
F
V
 
T
R
 
R
D
 
D
A
 
A
R
 
R
I
 
I
N
 
A
M
 
M
I
 
I
Y
|
Y
E
|
E
G
 
G
T
 
A
N
 
N
G
 
G
V
 
V
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
L
L
 
V
G
 
G
R
|
R
K
 
K
V
 
L
L
 
A
G
 
Q
D
 
D
M
 
G
G
 
G
A
 
K
K
 
H
L
 
V
R
 
M
K
 
A
F
 
F
G
 
F
E
 
D
Q
 
L
V
 
V
K
 
K
A
 
G
F
 
F
I
 
I
E
 
K
E
 
E
E
 
A
G
 
G
V
 
T
N
 
D
E
 
G
A
 
A
M
 
M
Q
 
A
E
 
E
F
 
F
V
 
T
N
 
E
P
 
P
L
 
L
A
 
K
D
 
S
L
 
A
A
 
S
G
 
K
K
 
D
V
 
L
E
 
Q
K
 
S
M
 
A
T
 
G
M
 
M
E
 
F
V
 
F
A
 
M
M
 
Q
K
 
N
A
 
G
M
 
M
G
 
K
N
 
N
R
 
P
D
 
N
E
 
A
A
 
A
G
 
L
A
 
A
A
 
G
A
 
S
T
 
Y
D
 
D
Y
 
F
L
 
M
R
 
H
V
 
L
V
 
F
G
 
G
H
 
H
L
 
V
V
 
C
Y
 
L
A
 
G
W
 
L
L
 
M
F
 
W
A
 
G
R
 
R
M
 
M
A
 
A
K
 
E
L
 
A
-
 
S
-
 
L
-
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
A
K
 
E
A
 
G
D
 
R
G
 
G
G
 
D
D
 
A
P
 
N
F
 
F
Y
 
H
A
 
E
A
 
T
K
 
K
L
 
L
A
 
A
T
 
T
A
 
A
R
 
R
F
 
F
Y
 
Y
F
 
M
V
 
T
R
 
R
L
 
R
L
 
L
P
 
P
E
 
A
T
 
T
A
 
K
A
 
L
L
 
H
I
 
L
R
 
A
A
 
R
G
 
I
R
 
E
S
 
S
G
 
G
A
 
A
G
 
D
N
 
P
L
 
V
M
 
M
A
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
A
G
 
D
L
 
R
F
 
F

6ksbA Crystal structure of e447a m130g acyl-coa dehydrogenase fade5 mutant from mycobacteria smegmatis in complex with c16coa (see paper)
37% identity, 100% coverage: 1:596/596 of query aligns to 1:608/608 of 6ksbA

query
sites
6ksbA
M
 
M
P
 
S
S
 
H
Y
 
Y
R
 
K
A
 
S
P
 
N
L
 
V
R
 
R
D
 
D
M
 
Q
Q
 
V
F
 
F
V
 
N
L
 
L
H
 
F
E
 
E
L
 
V
L
 
F
D
 
G
A
 
V
E
 
D
S
 
K
V
 
V
L
 
L
-
 
G
-
 
A
-
 
D
K
 
K
H
 
F
L
 
S
P
 
D
A
 
L
H
 
D
A
 
A
D
 
D
T
 
T
G
 
A
R
 
R
D
 
E
T
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
-
V
 
M
L
 
L
E
 
T
E
 
E
G
 
I
A
 
A
K
 
R
F
 
L
C
 
A
E
 
E
N
 
G
V
 
P
I
 
I
A
 
A
P
 
E
L
 
S
N
 
F
L
 
V
P
 
E
G
 
G
D
 
D
A
 
R
E
 
N
G
 
P
C
 
P
H
 
V
Y
 
F
D
 
D
R
 
P
D
 
E
T
 
T
R
 
H
S
 
T
V
 
V
T
 
T
T
 
L
P
 
P
K
 
E
G
 
G
F
 
F
V
 
K
D
 
K
A
 
S
Y
 
M
A
 
R
Q
 
A
Y
 
L
R
 
F
D
 
D
G
 
G
G
 
G
W
 
W
P
 
D
T
 
K
L
 
V
S
 
G
A
 
L
D
 
A
P
 
E
D
 
H
H
 
L
G
 
G
G
 
G
Q
 
I
G
 
P
L
 
M
P
 
P
Y
 
R
V
 
A
L
 
L
N
 
Q
T
 
W
A
 
A
F
 
L
F
 
I
E
 
E
M
 
H
G
 
I
N
 
L
S
 
G
A
 
A
N
 
N
Q
 
P
A
 
A
W
 
A
L
 
Y
M
 
M
Y
 
Y
P
 
A
G
 
G
L
 
-
T
 
G
H
 
P
G
 
G
A
 
M
Y
 
S
E
 
E
C
 
I
L
 
F
H
 
Y
A
 
N
H
 
N
G
 
G
S
 
T
E
 
D
E
 
E
L
 
Q
K
 
K
A
 
K
A
 
W
Y
 
A
L
 
T
P
 
I
K
 
A
L
 
A
V
 
E
S
 
R
G
 
G
E
 
-
W
 
W
L
 
G
G
 
A
T
 
T
M
|
M
C
 
V
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
H
 
D
C
 
A
G
|
G
T
x
S
D
 
D
L
x
V
G
 
G
L
 
A
L
 
G
R
 
R
T
 
T
K
 
K
A
 
A
T
 
V
P
 
Q
R
 
Q
D
 
P
D
 
D
G
 
G
S
 
T
Y
 
W
A
 
H
I
 
I
T
 
E
G
 
G
S
 
V
K
 
K
I
 
R
F
|
F
I
|
I
-
x
T
S
 
S
A
 
A
G
 
D
E
 
S
H
 
D
D
 
D
M
 
L
T
 
F
P
 
E
N
 
N
I
 
I
V
 
M
H
 
H
L
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
A
R
 
R
L
 
P
P
 
E
G
 
G
A
 
A
P
 
G
E
 
P
G
 
G
S
x
T
K
|
K
G
 
G
I
 
L
S
 
S
L
 
L
F
 
F
L
 
F
V
 
V
P
 
P
K
 
K
F
 
F
-
 
H
V
 
F
P
 
D
A
 
H
A
 
E
D
 
T
G
 
G
S
 
E
P
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
N
 
N
G
 
G
L
 
V
F
 
F
C
 
V
A
 
T
G
 
N
I
 
V
E
 
E
H
 
H
K
 
K
M
 
M
G
 
G
I
 
L
H
 
K
A
 
V
N
 
S
A
 
A
T
|
T
C
 
C
Q
 
E
L
 
L
V
 
S
L
 
L
E
 
G
D
 
Q
-
 
H
-
 
G
-
 
I
-
 
P
A
 
A
R
 
V
G
 
G
W
 
W
L
 
L
I
 
V
G
 
G
E
 
E
P
 
V
H
 
H
R
 
N
G
 
G
L
x
I
A
 
A
A
 
Q
M
 
M
F
|
F
V
 
D
M
 
V
M
 
I
N
x
E
A
 
Q
A
 
A
R
|
R
V
 
M
A
 
M
V
 
V
G
 
G
V
 
T
Q
 
K
S
 
A
L
 
I
G
 
A
L
 
T
G
 
L
E
 
S
V
 
T
A
 
G
Y
 
Y
Q
 
L
N
 
N
A
 
A
A
 
L
A
 
E
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
D
 
E
R
|
R
R
 
V
Q
 
Q
G
 
G
R
 
A
A
 
D
L
 
M
T
 
T
G
 
Q
P
 
M
A
 
T
E
 
D
P
 
K
D
 
T
K
 
A
P
 
P
A
 
R
D
 
V
T
 
T
L
x
I
L
 
T
V
 
H
H
|
H
P
 
P
D
 
D
V
 
V
R
 
R
R
 
R
M
 
S
L
 
L
L
 
M
T
 
T
A
 
Q
R
 
K
A
 
A
Y
 
Y
T
 
A
E
 
E
G
 
G
A
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
I
L
 
Y
Y
 
L
Y
 
Y
T
 
T
A
 
A
L
 
T
Q
 
F
I
 
Q
D
 
D
I
 
A
E
 
E
-
 
V
-
 
A
-
 
Q
-
 
A
H
 
V
H
 
H
H
 
G
P
 
V
D
 
D
E
 
G
D
 
D
A
 
L
R
 
-
R
 
-
D
 
-
A
 
A
A
 
A
D
 
R
V
 
V
V
 
N
A
 
D
L
 
L
L
 
L
T
 
L
P
 
P
I
 
I
C
 
V
K
 
K
A
 
G
F
 
F
V
 
G
T
 
S
D
 
E
N
 
T
G
 
A
F
 
Y
T
 
A
A
 
K
A
 
L
T
 
T
A
 
E
A
 
S
Q
 
L
Q
|
Q
V
x
T
F
 
L
G
|
G
G
|
G
H
 
S
G
 
G
Y
 
F
I
 
L
H
 
Q
E
 
D
W
 
Y
G
 
P
V
 
I
E
 
E
Q
 
Q
F
 
Y
V
 
I
R
 
R
D
 
D
A
 
S
R
 
K
I
|
I
N
 
D
M
 
S
I
 
L
Y
|
Y
E
x
A
G
|
G
T
|
T
N
 
T
G
 
A
V
x
I
Q
 
Q
A
 
A
L
x
Q
D
|
D
L
 
F
L
 
F
G
 
F
R
|
R
K
|
K
V
 
I
L
 
I
G
 
R
D
 
D
M
 
K
G
 
G
A
 
Q
K
 
A
L
 
L
R
 
A
K
 
Y
F
 
V
G
 
A
E
 
G
Q
 
E
V
 
I
K
 
E
A
 
Q
F
 
F
I
 
I
E
 
K
E
 
N
E
 
E
G
 
G
V
 
R
N
 
L
E
 
K
A
 
T
M
 
E
Q
 
R
E
 
E
F
 
L
V
 
L
-
 
A
N
 
T
P
 
A
L
 
L
A
 
A
D
 
D
L
 
V
A
 
Q
G
 
G
K
 
M
V
 
A
E
 
A
K
 
S
M
 
L
T
 
T
-
 
G
-
 
Y
M
 
L
E
 
M
V
 
A
A
 
A
M
 
Q
K
 
E
A
 
D
M
 
A
G
 
A
N
 
S
R
 
I
D
 
Y
E
 
K
A
 
V
G
 
G
A
 
L
A
 
G
A
 
S
T
 
V
D
 
R
Y
 
F
L
 
L
R
 
M
V
 
A
V
 
V
G
 
G
H
 
D
L
 
L
V
 
L
Y
 
S
A
 
G
W
 
W
L
 
L
F
 
L
A
 
A
R
 
R
M
 
Q
A
 
A
K
 
A
L
 
V
A
 
A
L
 
I
D
 
E
K
 
K
A
 
L
D
 
D
G
 
A
G
 
G
-
 
A
-
 
T
-
 
G
-
 
A
-
 
D
D
 
K
P
 
S
F
 
F
Y
 
Y
A
 
E
A
 
G
K
 
K
L
 
I
A
 
A
T
 
A
A
 
A
R
 
S
F
 
F
Y
 
F
F
 
A
V
 
K
R
 
N
L
 
M
L
 
L
P
 
P
E
 
L
T
 
L
A
 
T
A
 
S
L
 
T
I
 
R
R
 
Q
A
 
I
G
 
I
R
 
E
S
 
N
G
 
L
A
 
D
G
 
N
N
 
D
L
 
V
M
 
M
A
 
E
L
 
L
D
 
D
A
 
E
G
 
A
L
 
A
F
 
F

Q3L887 Broad-specificity linear acyl-CoA dehydrogenase FadE5; Long-chain-acyl-CoA dehydrogenase; Medium-chain-acyl-CoA dehydrogenase; Short-chain-acyl-CoA dehydrogenase; EC 1.3.8.8; EC 1.3.8.7; EC 1.3.8.1 from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
37% identity, 100% coverage: 1:596/596 of query aligns to 1:611/611 of Q3L887

query
sites
Q3L887
M
 
M
P
 
S
S
 
H
Y
 
Y
R
 
K
A
 
S
P
 
N
L
 
V
R
 
R
D
 
D
M
 
Q
Q
 
V
F
 
F
V
 
N
L
 
L
H
 
F
E
 
E
L
 
V
L
 
F
D
 
G
A
 
V
E
 
D
S
 
K
V
 
V
L
 
L
-
 
G
-
 
A
-
 
D
K
 
K
H
 
F
L
 
S
P
 
D
A
 
L
H
 
D
A
 
A
D
 
D
T
 
T
G
 
A
R
 
R
D
 
E
T
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
-
V
 
M
L
 
L
E
 
T
E
 
E
G
 
I
A
 
A
K
 
R
F
 
L
C
 
A
E
 
E
N
 
G
V
 
P
I
 
I
A
 
A
P
 
E
L
 
S
N
 
F
L
 
V
P
 
E
G
 
G
D
 
D
A
 
R
E
 
N
G
 
P
C
 
P
H
 
V
Y
 
F
D
 
D
R
 
P
D
 
E
T
 
T
R
 
H
S
 
T
V
 
V
T
 
T
T
 
L
P
 
P
K
 
E
G
 
G
F
 
F
V
 
K
D
 
K
A
 
S
Y
 
M
A
 
R
Q
 
A
Y
 
L
R
 
F
D
 
D
G
 
G
G
 
G
W
 
W
P
 
D
T
 
K
L
 
V
S
 
G
A
 
L
D
 
A
P
 
E
D
 
H
H
 
L
G
 
G
G
 
G
Q
 
I
G
 
P
L
 
M
P
 
P
Y
 
R
V
 
A
L
 
L
N
 
Q
T
 
W
A
 
A
F
 
L
F
 
I
E
 
E
M
 
H
G
 
I
N
 
L
S
 
G
A
 
A
N
 
N
Q
 
P
A
 
A
W
 
A
L
 
Y
M
 
M
Y
 
Y
-
 
A
-
 
M
-
 
G
P
 
P
G
 
G
L
 
M
T
 
S
H
 
-
G
 
-
A
 
-
Y
 
-
E
 
E
C
 
I
L
 
F
H
 
Y
A
 
N
H
 
N
G
 
G
S
 
T
E
 
D
E
 
E
L
 
Q
K
 
K
A
 
K
A
 
W
Y
 
A
L
 
T
P
 
I
K
 
A
L
 
A
V
 
E
S
 
R
G
 
G
E
 
-
W
 
W
L
 
G
G
 
A
T
 
T
M
|
M
C
x
V
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
H
 
D
C
 
A
G
 
G
T
x
S
D
 
D
L
 
V
G
 
G
L
 
A
L
 
G
R
 
R
T
 
T
K
 
K
A
 
A
T
 
V
P
 
Q
R
 
Q
D
 
P
D
 
D
G
 
G
S
 
T
Y
 
W
A
 
H
I
 
I
T
 
E
G
 
G
S
 
V
K
 
K
I
 
R
F
 
F
I
 
I
-
x
T
S
 
S
A
 
A
G
 
D
E
 
S
H
 
D
D
 
D
M
 
L
T
 
F
P
 
E
N
 
N
I
 
I
V
 
M
H
 
H
L
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
A
R
 
R
L
 
P
P
 
E
G
 
G
A
 
A
P
 
G
E
 
P
G
 
G
S
x
T
K
|
K
G
 
G
I
 
L
S
 
S
L
 
L
F
 
F
L
 
F
V
 
V
P
 
P
K
 
K
F
 
F
-
 
H
V
 
F
P
 
D
A
 
H
A
 
E
D
 
T
G
 
G
S
 
E
P
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
N
 
N
G
 
G
L
 
V
F
 
F
C
 
V
A
 
T
G
 
N
I
 
V
E
 
E
H
 
H
K
 
K
M
 
M
G
 
G
I
 
L
H
 
K
A
 
V
N
 
S
A
 
A
T
 
T
C
 
C
Q
 
E
L
 
L
V
 
S
L
 
L
E
 
G
D
 
Q
-
 
H
-
 
G
-
 
I
-
 
P
A
 
A
R
 
V
G
 
G
W
 
W
L
 
L
I
 
V
G
 
G
E
 
E
P
 
V
H
 
H
R
 
N
G
 
G
L
 
I
A
 
A
A
 
Q
M
 
M
F
 
F
V
 
D
M
 
V
M
 
I
N
 
E
A
 
Q
A
 
A
R
|
R
V
 
M
A
 
M
V
 
V
G
 
G
V
 
T
Q
 
K
S
 
A
L
 
I
G
 
A
L
 
T
G
 
L
E
 
S
V
 
T
A
 
G
Y
 
Y
Q
 
L
N
 
N
A
 
A
A
 
L
A
 
E
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
D
 
E
R
|
R
R
 
V
Q
 
Q
G
 
G
R
 
A
A
 
D
L
 
M
T
 
T
G
 
Q
P
 
M
A
 
T
E
 
D
P
x
K
D
 
T
K
 
A
P
 
P
A
 
R
D
 
V
T
 
T
L
 
I
L
 
T
V
 
H
H
 
H
P
 
P
D
 
D
V
 
V
R
 
R
R
 
R
M
 
S
L
 
L
L
 
M
T
 
T
A
 
Q
R
 
K
A
 
A
Y
 
Y
T
 
A
E
 
E
G
 
G
A
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
I
L
 
Y
Y
 
L
Y
 
Y
T
 
T
A
 
A
L
 
T
Q
 
F
I
 
Q
D
 
D
I
 
A
E
 
E
-
 
V
-
 
A
-
 
Q
-
 
A
H
 
V
H
 
H
H
 
G
P
 
V
D
 
D
E
 
G
D
 
D
A
 
L
R
 
-
R
 
-
D
 
-
A
 
A
A
 
A
D
 
R
V
 
V
V
 
N
A
 
D
L
 
L
L
 
L
T
 
L
P
 
P
I
 
I
C
 
V
K
 
K
A
 
G
F
 
F
V
 
G
T
 
S
D
 
E
N
 
T
G
 
A
F
 
Y
T
 
A
A
 
K
A
 
L
T
 
T
A
 
E
A
 
S
Q
 
L
Q
|
Q
V
x
T
F
x
L
G
|
G
G
|
G
H
 
S
G
 
G
Y
 
F
I
 
L
H
 
Q
E
 
D
W
 
Y
G
 
P
V
 
I
E
 
E
Q
 
Q
F
 
Y
V
 
I
R
 
R
D
 
D
A
 
S
R
 
K
I
 
I
N
 
D
M
 
S
I
 
L
Y
 
Y
E
|
E
G
 
G
T
|
T
N
 
T
G
 
A
V
 
I
Q
 
Q
A
 
A
L
 
Q
D
|
D
L
 
F
L
 
F
G
 
F
R
|
R
K
|
K
V
 
I
L
 
I
G
 
R
D
 
D
M
 
K
G
 
G
A
 
Q
K
 
A
L
 
L
R
 
A
K
 
Y
F
 
V
G
 
A
E
 
G
Q
 
E
V
 
I
K
 
E
A
 
Q
F
 
F
I
 
I
E
 
K
E
 
N
E
 
E
G
 
N
V
 
G
N
 
N
E
 
G
A
 
R
M
 
L
Q
 
K
E
 
T
-
 
E
-
 
R
-
 
E
-
 
L
F
 
L
V
 
A
N
 
T
P
 
A
L
 
L
A
 
A
D
 
D
L
 
V
A
 
Q
G
 
G
K
 
M
V
 
A
E
 
A
K
 
S
M
 
L
T
 
T
-
 
G
-
 
Y
M
 
L
E
 
M
V
 
A
A
 
A
M
 
Q
K
 
E
A
 
D
M
 
A
G
 
A
N
 
S
R
 
I
D
 
Y
E
 
K
A
 
V
G
 
G
A
 
L
A
 
G
A
 
S
T
 
V
D
 
R
Y
 
F
L
 
L
R
 
M
V
 
A
V
 
V
G
 
G
H
 
D
L
 
L
V
 
L
Y
 
S
A
 
G
W
 
W
L
 
L
F
 
L
A
 
A
R
 
R
M
 
Q
A
 
A
K
 
A
L
 
V
A
 
A
L
 
I
D
 
E
K
 
K
A
 
L
D
 
D
G
 
A
G
 
G
-
 
A
-
 
T
-
 
G
-
 
A
-
 
D
D
 
K
P
 
S
F
 
F
Y
 
Y
A
 
E
A
 
G
K
 
K
L
 
I
A
 
A
T
 
A
A
 
A
R
 
S
F
 
F
Y
 
F
F
 
A
V
 
K
R
 
N
L
 
M
L
 
L
P
 
P
E
 
L
T
 
L
A
 
T
A
 
S
L
 
T
I
 
R
R
 
Q
A
 
I
G
 
I
R
 
E
S
 
N
G
 
L
A
 
D
G
 
N
N
 
D
L
 
V
M
 
M
A
 
E
L
 
L
D
 
D
A
 
E
G
 
A
L
 
A
F
 
F

6ksaB Crystal structure of e447a acyl-coa dehydrogenase fade5 mutant from mycobacteria smegmatis in complex with c18coa (see paper)
37% identity, 100% coverage: 1:596/596 of query aligns to 4:611/611 of 6ksaB

query
sites
6ksaB
M
 
M
P
 
S
S
 
H
Y
 
Y
R
 
K
A
 
S
P
 
N
L
 
V
R
 
R
D
 
D
M
 
Q
Q
 
V
F
 
F
V
 
N
L
 
L
H
 
F
E
 
E
L
 
V
L
 
F
D
 
G
A
 
V
E
 
D
S
 
K
V
 
V
L
 
L
-
 
G
-
 
A
-
 
D
K
 
K
H
 
F
L
 
S
P
 
D
A
 
L
H
 
D
A
 
A
D
 
D
T
 
T
G
 
A
R
 
R
D
 
E
T
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
-
V
 
M
L
 
L
E
 
T
E
 
E
G
 
I
A
 
A
K
 
R
F
 
L
C
 
A
E
 
E
N
 
G
V
 
P
I
 
I
A
 
A
P
 
E
L
 
S
N
 
F
L
 
V
P
 
E
G
 
G
D
 
D
A
 
R
E
 
N
G
 
P
C
 
P
H
 
V
Y
 
F
D
 
D
R
 
P
D
 
E
T
 
T
R
 
H
S
 
T
V
 
V
T
 
T
T
 
L
P
 
P
K
 
E
G
 
G
F
 
F
V
 
K
D
 
K
A
 
S
Y
 
M
A
 
R
Q
 
A
Y
 
L
R
 
F
D
 
D
G
 
G
G
 
G
W
 
W
P
 
D
T
 
K
L
 
V
S
 
G
A
 
L
D
 
A
P
 
E
D
 
H
H
 
L
G
 
G
G
 
G
Q
 
I
G
 
P
L
 
M
P
 
P
Y
 
R
V
 
A
L
 
L
N
 
Q
T
x
W
A
 
A
F
 
L
F
 
I
E
 
E
M
 
H
G
 
I
N
 
L
S
 
G
A
 
A
N
 
N
Q
 
P
A
 
A
W
 
A
L
 
Y
M
 
M
Y
 
Y
-
 
A
-
x
M
-
 
G
P
 
P
G
 
G
L
x
M
T
 
S
H
 
-
G
 
-
A
 
-
Y
 
-
E
 
E
C
 
I
L
 
F
H
 
Y
A
 
N
H
 
N
G
 
G
S
 
T
E
 
D
E
 
E
L
 
Q
K
 
K
A
 
K
A
 
W
Y
 
A
L
 
T
P
 
I
K
 
A
L
 
A
V
 
E
S
 
R
G
 
G
E
 
-
W
 
W
L
 
G
G
x
A
T
 
T
M
|
M
C
 
V
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
H
 
D
C
 
A
G
|
G
T
x
S
D
 
D
L
x
V
G
 
G
L
 
A
L
 
G
R
 
R
T
 
T
K
 
K
A
 
A
T
 
V
P
 
Q
R
 
Q
D
 
P
D
 
D
G
 
G
S
 
T
Y
 
W
A
 
H
I
 
I
T
 
E
G
 
G
S
 
V
K
 
K
I
 
R
F
|
F
I
|
I
-
x
T
S
 
S
A
 
A
G
 
D
E
 
S
H
 
D
D
 
D
M
 
L
T
 
F
P
 
E
N
 
N
I
 
I
V
 
M
H
 
H
L
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
A
R
 
R
L
 
P
P
 
E
G
 
G
A
 
A
P
 
G
E
 
P
G
 
G
S
x
T
K
|
K
G
 
G
I
 
L
S
 
S
L
 
L
F
 
F
L
 
F
V
 
V
P
 
P
K
 
K
F
 
F
-
 
H
V
 
F
P
 
D
A
 
H
A
 
E
D
 
T
G
 
G
S
 
E
P
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
N
 
N
G
 
G
L
 
V
F
 
F
C
 
V
A
 
T
G
 
N
I
 
V
E
 
E
H
 
H
K
 
K
M
 
M
G
 
G
I
 
L
H
 
K
A
 
V
N
 
S
A
 
A
T
 
T
C
 
C
Q
 
E
L
 
L
V
 
S
L
 
L
E
 
G
D
 
Q
-
 
H
-
 
G
-
 
I
-
 
P
A
 
A
R
 
V
G
 
G
W
 
W
L
 
L
I
 
V
G
 
G
E
 
E
P
 
V
H
 
H
R
 
N
G
 
G
L
x
I
A
 
A
A
 
Q
M
 
M
F
|
F
V
 
D
M
 
V
M
 
I
N
 
E
A
x
Q
A
 
A
R
|
R
V
 
M
A
 
M
V
 
V
G
 
G
V
 
T
Q
 
K
S
 
A
L
 
I
G
 
A
L
 
T
G
 
L
E
 
S
V
 
T
A
 
G
Y
 
Y
Q
 
L
N
 
N
A
 
A
A
 
L
A
 
E
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
D
 
E
R
|
R
R
 
V
Q
 
Q
G
 
G
R
 
A
A
 
D
L
 
M
T
 
T
G
 
Q
P
 
M
A
 
T
E
 
D
P
 
K
D
 
T
K
 
A
P
 
P
A
 
R
D
 
V
T
 
T
L
x
I
L
 
T
V
 
H
H
|
H
P
 
P
D
 
D
V
 
V
R
 
R
R
 
R
M
 
S
L
 
L
L
 
M
T
 
T
A
 
Q
R
 
K
A
 
A
Y
 
Y
T
 
A
E
 
E
G
 
G
A
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
I
L
 
Y
Y
 
L
Y
 
Y
T
 
T
A
 
A
L
 
T
Q
 
F
I
 
Q
D
 
D
I
 
A
E
 
E
-
 
V
-
 
A
-
 
Q
-
 
A
H
 
V
H
|
H
H
 
G
P
 
V
D
 
D
E
 
G
D
 
D
A
 
L
R
 
-
R
 
-
D
 
-
A
 
A
A
 
A
D
 
R
V
 
V
V
 
N
A
 
D
L
 
L
L
 
L
T
 
L
P
 
P
I
 
I
C
 
V
K
 
K
A
 
G
F
 
F
V
 
G
T
 
S
D
 
E
N
 
T
G
 
A
F
 
Y
T
 
A
A
 
K
A
 
L
T
 
T
A
 
E
A
 
S
Q
 
L
Q
|
Q
V
x
T
F
 
L
G
|
G
G
|
G
H
 
S
G
 
G
Y
 
F
I
 
L
H
 
Q
E
 
D
W
 
Y
G
 
P
V
 
I
E
 
E
Q
 
Q
F
 
Y
V
 
I
R
 
R
D
 
D
A
 
S
R
 
K
I
|
I
N
 
D
M
 
S
I
 
L
Y
|
Y
E
x
A
G
 
G
T
|
T
N
 
T
G
 
A
V
x
I
Q
 
Q
A
 
A
L
 
Q
D
|
D
L
 
F
L
 
F
G
 
F
R
|
R
K
|
K
V
 
I
L
 
I
G
 
R
D
 
D
M
 
K
G
 
G
A
 
Q
K
 
A
L
 
L
R
 
A
K
x
Y
F
 
V
G
 
A
E
 
G
Q
x
E
V
 
I
K
 
E
A
 
Q
F
 
F
I
 
I
E
 
K
E
 
N
E
 
N
G
 
G
V
 
R
N
 
L
E
 
K
A
 
T
M
 
E
Q
 
R
E
 
E
F
 
L
V
 
L
-
 
A
N
 
T
P
 
A
L
 
L
A
 
A
D
 
D
L
 
V
A
 
Q
G
 
G
K
 
M
V
 
A
E
 
A
K
 
S
M
 
L
T
 
T
-
 
G
-
 
Y
M
 
L
E
 
M
V
 
A
A
 
A
M
 
Q
K
 
E
A
 
D
M
 
A
G
 
A
N
 
S
R
 
I
D
 
Y
E
 
K
A
 
V
G
 
G
A
 
L
A
 
G
A
 
S
T
 
V
D
 
R
Y
 
F
L
 
L
R
 
M
V
 
A
V
 
V
G
 
G
H
 
D
L
 
L
V
 
L
Y
 
S
A
 
G
W
 
W
L
 
L
F
 
L
A
 
A
R
 
R
M
 
Q
A
 
A
K
 
A
L
 
V
A
 
A
L
 
I
D
 
E
K
 
K
A
 
L
D
 
D
G
 
A
G
 
G
-
 
A
-
 
T
-
 
G
-
 
A
-
 
D
D
 
K
P
 
S
F
 
F
Y
 
Y
A
 
E
A
 
G
K
 
K
L
 
I
A
 
A
T
 
A
A
 
A
R
 
S
F
 
F
Y
 
F
F
 
A
V
 
K
R
 
N
L
 
M
L
 
L
P
 
P
E
 
L
T
 
L
A
 
T
A
 
S
L
 
T
I
 
R
R
 
Q
A
 
I
G
 
I
R
 
E
S
 
N
G
 
L
A
 
D
G
 
N
N
 
D
L
 
V
M
 
M
A
 
E
L
 
L
D
 
D
A
 
E
G
 
A
L
 
A
F
 
F

6lq8A Crystal structure of e447a acyl-coa dehydrogenase fade5 mutant from mycobacteria smegmatis in complex with c22coa (see paper)
36% identity, 100% coverage: 1:596/596 of query aligns to 1:607/607 of 6lq8A

query
sites
6lq8A
M
 
M
P
 
S
S
 
H
Y
 
Y
R
 
K
A
 
S
P
 
N
L
 
V
R
 
R
D
 
D
M
 
Q
Q
 
V
F
 
F
V
 
N
L
 
L
H
 
F
E
 
E
L
 
V
L
 
F
D
 
G
A
 
V
E
 
D
S
 
K
V
 
V
L
 
L
-
 
G
-
 
A
-
 
D
K
 
K
H
 
F
L
 
S
P
 
D
A
 
L
H
 
D
A
 
A
D
 
D
T
 
T
G
 
A
R
 
R
D
 
E
T
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
-
V
 
M
L
 
L
E
 
T
E
 
E
G
 
I
A
 
A
K
 
R
F
 
L
C
 
A
E
 
E
N
 
G
V
 
P
I
 
I
A
 
A
P
 
E
L
 
S
N
 
F
L
 
V
P
 
E
G
 
G
D
 
D
A
 
R
E
 
N
G
 
P
C
 
P
H
 
V
Y
 
F
D
 
D
R
 
P
D
 
E
T
 
T
R
 
H
S
 
T
V
 
V
T
 
T
T
 
L
P
 
P
K
 
E
G
 
G
F
 
F
V
 
K
D
 
K
A
 
S
Y
 
M
A
 
R
Q
 
A
Y
 
L
R
 
F
D
 
D
G
 
G
G
 
G
W
 
W
P
 
D
T
 
K
L
 
V
S
x
G
A
x
L
D
 
A
P
 
E
D
 
H
H
 
L
G
 
G
G
 
G
Q
 
I
G
 
P
L
 
M
P
 
P
Y
 
R
V
 
A
L
 
L
N
x
Q
T
 
W
A
 
A
F
 
L
F
 
I
E
 
E
M
 
H
G
 
I
N
 
L
S
 
G
A
 
A
N
 
N
Q
 
P
A
 
A
W
 
A
L
 
Y
M
 
M
Y
 
Y
-
 
A
-
x
M
-
 
G
P
 
P
G
|
G
L
x
M
T
 
S
H
 
-
G
 
-
A
 
-
Y
 
-
E
|
E
C
x
I
L
 
F
H
 
Y
A
 
N
H
 
N
G
 
G
S
 
T
E
 
D
E
 
E
L
 
Q
K
 
K
A
 
K
A
 
W
Y
 
A
L
 
T
P
 
I
K
 
A
L
 
A
V
 
E
S
 
R
G
 
G
E
 
-
W
 
W
L
 
G
G
 
A
T
 
T
M
|
M
C
 
V
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
H
 
D
C
 
A
G
|
G
T
x
S
D
 
D
L
x
V
G
 
G
L
 
A
L
 
G
R
 
R
T
 
T
K
 
K
A
 
A
T
 
V
P
 
Q
R
 
Q
D
 
P
D
 
D
G
 
G
S
 
T
Y
 
W
A
 
H
I
 
I
T
 
E
G
 
G
S
 
V
K
 
K
I
 
R
F
|
F
I
|
I
-
x
T
S
 
S
A
 
A
G
 
D
E
 
S
H
 
D
D
 
D
M
 
L
T
 
F
P
 
E
N
 
N
I
 
I
V
 
M
H
 
H
L
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
A
R
 
R
L
 
P
P
 
E
G
 
G
A
 
A
P
 
G
E
 
P
G
 
G
S
x
T
K
|
K
G
 
G
I
 
L
S
 
S
L
 
L
F
 
F
L
 
F
V
 
V
P
 
P
K
 
K
F
 
F
-
 
H
V
 
F
P
 
D
A
 
H
A
 
E
D
 
T
G
 
G
S
 
E
P
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
N
 
N
G
 
G
L
 
V
F
 
F
C
 
V
A
 
T
G
 
N
I
 
V
E
 
E
H
 
H
K
 
K
M
 
M
G
 
G
I
 
L
H
 
K
A
 
V
N
 
S
A
 
A
T
 
T
C
 
C
Q
 
E
L
 
L
V
 
S
L
 
L
E
 
G
D
 
Q
-
 
H
-
 
G
-
 
I
-
 
P
A
 
A
R
 
V
G
 
G
W
 
W
L
 
L
I
 
V
G
 
G
E
 
E
P
 
V
H
 
H
R
 
N
G
 
G
L
x
I
A
 
A
A
 
Q
M
 
M
F
|
F
V
 
D
M
 
V
M
 
I
N
 
E
A
x
Q
A
|
A
R
|
R
V
 
M
A
 
M
V
 
V
G
 
G
V
 
T
Q
 
K
S
 
A
L
 
I
G
 
A
L
 
T
G
 
L
E
 
S
V
 
T
A
 
G
Y
 
Y
Q
 
L
N
 
N
A
 
A
A
 
L
A
 
E
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
D
 
E
R
|
R
R
 
V
Q
 
Q
G
 
G
R
 
A
A
 
D
L
 
M
T
 
T
G
 
Q
P
 
M
A
 
T
E
 
D
P
 
K
D
 
T
K
 
A
P
 
P
A
 
R
D
 
V
T
 
T
L
x
I
L
 
T
V
 
H
H
|
H
P
 
P
D
 
D
V
 
V
R
 
R
R
 
R
M
 
S
L
 
L
L
 
M
T
 
T
A
 
Q
R
 
K
A
 
A
Y
 
Y
T
 
A
E
 
E
G
 
G
A
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
I
L
 
Y
Y
 
L
Y
 
Y
T
 
T
A
 
A
L
 
T
Q
 
F
I
 
Q
D
 
D
I
 
A
E
 
E
-
 
V
-
 
A
-
 
Q
-
 
A
H
 
V
H
 
H
H
 
G
P
 
V
D
 
D
E
 
G
D
 
D
A
 
L
R
 
-
R
 
-
D
 
-
A
 
A
A
 
A
D
 
R
V
 
V
V
 
N
A
 
D
L
 
L
L
 
L
T
 
L
P
 
P
I
 
I
C
 
V
K
 
K
A
 
G
F
 
F
V
 
G
T
 
S
D
 
E
N
 
T
G
 
A
F
 
Y
T
 
A
A
 
K
A
 
L
T
 
T
A
 
E
A
 
S
Q
 
L
Q
|
Q
V
x
T
F
 
L
G
|
G
G
|
G
H
 
S
G
 
G
Y
 
F
I
 
L
H
 
Q
E
 
D
W
 
Y
G
 
P
V
 
I
E
 
E
Q
 
Q
F
 
Y
V
 
I
R
 
R
D
 
D
A
 
S
R
 
K
I
|
I
N
 
D
M
 
S
I
 
L
Y
|
Y
E
x
A
G
|
G
T
|
T
N
 
T
G
 
A
V
x
I
Q
 
Q
A
 
A
L
 
Q
D
|
D
L
 
F
L
 
F
G
 
F
R
|
R
K
|
K
V
 
I
L
 
I
G
 
R
D
 
D
M
 
K
G
 
G
A
 
Q
K
 
A
L
 
L
R
 
A
K
 
Y
F
 
V
G
 
A
E
 
G
Q
 
E
V
 
I
K
 
E
A
 
Q
F
 
F
I
 
I
E
 
K
E
 
N
E
 
G
G
 
R
V
 
L
N
 
K
E
 
T
A
 
E
M
 
R
Q
 
E
E
 
L
F
 
L
V
 
A
N
 
T
P
 
A
L
 
L
A
 
A
D
 
D
L
 
V
A
 
Q
G
 
G
K
 
M
V
 
A
E
 
A
K
 
S
M
 
L
T
 
T
-
 
G
-
 
Y
M
 
L
E
 
M
V
 
A
A
 
A
M
 
Q
K
 
E
A
 
D
M
 
A
G
 
A
N
 
S
R
 
I
D
 
Y
E
 
K
A
 
V
G
 
G
A
 
L
A
 
G
A
 
S
T
 
V
D
 
R
Y
 
F
L
 
L
R
 
M
V
 
A
V
 
V
G
 
G
H
 
D
L
 
L
V
 
L
Y
 
S
A
 
G
W
 
W
L
 
L
F
 
L
A
 
A
R
 
R
M
 
Q
A
 
A
K
 
A
L
 
V
A
 
A
L
 
I
D
 
E
K
 
K
A
 
L
D
 
D
G
 
A
G
 
G
-
 
A
-
 
T
-
 
G
-
 
A
-
 
D
D
 
K
P
 
S
F
 
F
Y
 
Y
A
 
E
A
 
G
K
 
K
L
 
I
A
 
A
T
 
A
A
 
A
R
 
S
F
 
F
Y
 
F
F
 
A
V
 
K
R
 
N
L
 
M
L
 
L
P
 
P
E
 
L
T
 
L
A
 
T
A
 
S
L
 
T
I
 
R
R
 
Q
A
 
I
G
 
I
R
 
E
S
 
N
G
 
L
A
 
D
G
 
N
N
 
D
L
 
V
M
 
M
A
 
E
L
 
L
D
 
D
A
 
E
G
 
A
L
 
A
F
 
F

6lq7A Crystal structure of e447a acyl-coa dehydrogenase fade5 mutant from mycobacteria smegmatis in complex with c17coa (see paper)
36% identity, 100% coverage: 1:596/596 of query aligns to 1:607/607 of 6lq7A

query
sites
6lq7A
M
 
M
P
 
S
S
 
H
Y
 
Y
R
 
K
A
 
S
P
 
N
L
 
V
R
 
R
D
 
D
M
 
Q
Q
 
V
F
 
F
V
 
N
L
 
L
H
 
F
E
 
E
L
 
V
L
 
F
D
 
G
A
 
V
E
 
D
S
 
K
V
 
V
L
 
L
-
 
G
-
 
A
-
 
D
K
 
K
H
 
F
L
 
S
P
 
D
A
 
L
H
 
D
A
 
A
D
 
D
T
 
T
G
 
A
R
 
R
D
 
E
T
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
-
V
 
M
L
 
L
E
 
T
E
 
E
G
 
I
A
 
A
K
 
R
F
 
L
C
 
A
E
 
E
N
 
G
V
 
P
I
 
I
A
 
A
P
 
E
L
 
S
N
 
F
L
 
V
P
 
E
G
 
G
D
 
D
A
 
R
E
 
N
G
 
P
C
 
P
H
 
V
Y
 
F
D
 
D
R
 
P
D
 
E
T
 
T
R
 
H
S
 
T
V
 
V
T
 
T
T
 
L
P
 
P
K
 
E
G
 
G
F
 
F
V
 
K
D
 
K
A
 
S
Y
 
M
A
 
R
Q
 
A
Y
 
L
R
 
F
D
 
D
G
 
G
G
 
G
W
 
W
P
 
D
T
 
K
L
 
V
S
 
G
A
 
L
D
 
A
P
 
E
D
 
H
H
 
L
G
 
G
G
 
G
Q
 
I
G
 
P
L
 
M
P
 
P
Y
 
R
V
 
A
L
 
L
N
 
Q
T
 
W
A
 
A
F
 
L
F
 
I
E
 
E
M
 
H
G
 
I
N
 
L
S
 
G
A
 
A
N
 
N
Q
 
P
A
 
A
W
 
A
L
 
Y
M
 
M
Y
 
Y
-
 
A
-
x
M
-
 
G
P
 
P
G
 
G
L
 
M
T
 
S
H
 
-
G
 
-
A
 
-
Y
 
-
E
 
E
C
 
I
L
 
F
H
 
Y
A
 
N
H
 
N
G
 
G
S
 
T
E
 
D
E
 
E
L
 
Q
K
 
K
A
 
K
A
 
W
Y
 
A
L
 
T
P
 
I
K
 
A
L
 
A
V
 
E
S
 
R
G
 
G
E
 
-
W
 
W
L
 
G
G
x
A
T
 
T
M
|
M
C
 
V
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
H
 
D
C
 
A
G
|
G
T
x
S
D
 
D
L
x
V
G
 
G
L
 
A
L
 
G
R
 
R
T
 
T
K
 
K
A
 
A
T
 
V
P
 
Q
R
 
Q
D
 
P
D
 
D
G
 
G
S
 
T
Y
 
W
A
 
H
I
 
I
T
 
E
G
 
G
S
 
V
K
 
K
I
 
R
F
|
F
I
|
I
-
x
T
S
 
S
A
 
A
G
 
D
E
 
S
H
 
D
D
 
D
M
 
L
T
 
F
P
 
E
N
 
N
I
 
I
V
 
M
H
 
H
L
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
A
R
 
R
L
 
P
P
 
E
G
 
G
A
 
A
P
 
G
E
 
P
G
 
G
S
x
T
K
|
K
G
 
G
I
 
L
S
 
S
L
 
L
F
 
F
L
 
F
V
 
V
P
 
P
K
 
K
F
 
F
-
 
H
V
 
F
P
 
D
A
 
H
A
 
E
D
 
T
G
 
G
S
 
E
P
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
N
 
N
G
 
G
L
 
V
F
 
F
C
 
V
A
 
T
G
 
N
I
 
V
E
 
E
H
 
H
K
 
K
M
 
M
G
 
G
I
 
L
H
 
K
A
 
V
N
 
S
A
 
A
T
 
T
C
 
C
Q
 
E
L
 
L
V
 
S
L
 
L
E
 
G
D
 
Q
-
 
H
-
 
G
-
 
I
-
 
P
A
 
A
R
 
V
G
 
G
W
 
W
L
 
L
I
 
V
G
 
G
E
 
E
P
 
V
H
 
H
R
 
N
G
 
G
L
x
I
A
 
A
A
 
Q
M
 
M
F
|
F
V
 
D
M
 
V
M
 
I
N
 
E
A
x
Q
A
 
A
R
|
R
V
 
M
A
 
M
V
 
V
G
 
G
V
 
T
Q
 
K
S
 
A
L
 
I
G
 
A
L
 
T
G
 
L
E
 
S
V
 
T
A
 
G
Y
 
Y
Q
 
L
N
 
N
A
 
A
A
 
L
A
 
E
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
D
 
E
R
|
R
R
 
V
Q
 
Q
G
 
G
R
 
A
A
 
D
L
 
M
T
 
T
G
 
Q
P
 
M
A
 
T
E
 
D
P
 
K
D
 
T
K
 
A
P
 
P
A
 
R
D
 
V
T
 
T
L
x
I
L
 
T
V
 
H
H
|
H
P
 
P
D
 
D
V
 
V
R
 
R
R
 
R
M
 
S
L
 
L
L
 
M
T
 
T
A
 
Q
R
 
K
A
 
A
Y
 
Y
T
 
A
E
 
E
G
 
G
A
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
I
L
 
Y
Y
 
L
Y
 
Y
T
 
T
A
 
A
L
 
T
Q
 
F
I
 
Q
D
 
D
I
 
A
E
 
E
-
 
V
-
 
A
-
 
Q
-
 
A
H
 
V
H
 
H
H
 
G
P
 
V
D
 
D
E
 
G
D
 
D
A
 
L
R
 
-
R
 
-
D
 
-
A
 
A
A
 
A
D
 
R
V
 
V
V
 
N
A
 
D
L
 
L
L
 
L
T
 
L
P
 
P
I
 
I
C
 
V
K
 
K
A
 
G
F
 
F
V
 
G
T
 
S
D
 
E
N
 
T
G
 
A
F
 
Y
T
 
A
A
 
K
A
 
L
T
 
T
A
 
E
A
 
S
Q
 
L
Q
|
Q
V
x
T
F
 
L
G
|
G
G
|
G
H
 
S
G
 
G
Y
 
F
I
 
L
H
 
Q
E
 
D
W
 
Y
G
 
P
V
 
I
E
 
E
Q
 
Q
F
 
Y
V
 
I
R
 
R
D
 
D
A
 
S
R
 
K
I
|
I
N
 
D
M
 
S
I
 
L
Y
|
Y
E
x
A
G
|
G
T
|
T
N
 
T
G
 
A
V
x
I
Q
 
Q
A
 
A
L
 
Q
D
|
D
L
 
F
L
 
F
G
 
F
R
|
R
K
|
K
V
 
I
L
 
I
G
 
R
D
 
D
M
 
K
G
 
G
A
 
Q
K
 
A
L
 
L
R
 
A
K
 
Y
F
 
V
G
 
A
E
 
G
Q
 
E
V
 
I
K
 
E
A
 
Q
F
 
F
I
 
I
E
 
K
E
 
N
E
 
G
G
 
R
V
 
L
N
 
K
E
 
T
A
 
E
M
 
R
Q
 
E
E
 
L
F
 
L
V
 
A
N
 
T
P
 
A
L
 
L
A
 
A
D
 
D
L
 
V
A
 
Q
G
 
G
K
 
M
V
 
A
E
 
A
K
 
S
M
 
L
T
 
T
-
 
G
-
 
Y
M
 
L
E
 
M
V
 
A
A
 
A
M
 
Q
K
 
E
A
 
D
M
 
A
G
 
A
N
 
S
R
 
I
D
 
Y
E
 
K
A
 
V
G
 
G
A
 
L
A
 
G
A
 
S
T
 
V
D
 
R
Y
 
F
L
 
L
R
 
M
V
 
A
V
 
V
G
 
G
H
 
D
L
 
L
V
 
L
Y
 
S
A
 
G
W
 
W
L
 
L
F
 
L
A
 
A
R
 
R
M
 
Q
A
 
A
K
 
A
L
 
V
A
 
A
L
 
I
D
 
E
K
 
K
A
 
L
D
 
D
G
 
A
G
 
G
-
 
A
-
 
T
-
 
G
-
 
A
-
 
D
D
 
K
P
 
S
F
 
F
Y
 
Y
A
 
E
A
 
G
K
 
K
L
 
I
A
 
A
T
 
A
A
 
A
R
 
S
F
 
F
Y
 
F
F
 
A
V
 
K
R
 
N
L
 
M
L
 
L
P
 
P
E
 
L
T
 
L
A
 
T
A
 
S
L
 
T
I
 
R
R
 
Q
A
 
I
G
 
I
R
 
E
S
 
N
G
 
L
A
 
D
G
 
N
N
 
D
L
 
V
M
 
M
A
 
E
L
 
L
D
 
D
A
 
E
G
 
A
L
 
A
F
 
F

6lq6A Crystal structure of e447a acyl-coa dehydrogenase fade5 mutant from mycobacteria smegmatis in complex with c20coa (see paper)
36% identity, 100% coverage: 1:596/596 of query aligns to 1:607/607 of 6lq6A

query
sites
6lq6A
M
 
M
P
 
S
S
 
H
Y
 
Y
R
 
K
A
 
S
P
 
N
L
 
V
R
 
R
D
 
D
M
 
Q
Q
 
V
F
 
F
V
 
N
L
 
L
H
 
F
E
 
E
L
 
V
L
 
F
D
 
G
A
 
V
E
 
D
S
 
K
V
 
V
L
 
L
-
 
G
-
 
A
-
 
D
K
 
K
H
 
F
L
 
S
P
 
D
A
 
L
H
 
D
A
 
A
D
 
D
T
 
T
G
 
A
R
 
R
D
 
E
T
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
-
V
 
M
L
 
L
E
 
T
E
 
E
G
 
I
A
 
A
K
 
R
F
 
L
C
 
A
E
 
E
N
 
G
V
 
P
I
 
I
A
 
A
P
 
E
L
 
S
N
 
F
L
 
V
P
 
E
G
 
G
D
 
D
A
 
R
E
 
N
G
 
P
C
 
P
H
 
V
Y
 
F
D
 
D
R
 
P
D
 
E
T
 
T
R
 
H
S
 
T
V
 
V
T
 
T
T
 
L
P
 
P
K
 
E
G
 
G
F
 
F
V
 
K
D
 
K
A
 
S
Y
 
M
A
 
R
Q
 
A
Y
 
L
R
 
F
D
 
D
G
 
G
G
 
G
W
 
W
P
 
D
T
 
K
L
 
V
S
x
G
A
 
L
D
 
A
P
 
E
D
 
H
H
 
L
G
 
G
G
 
G
Q
 
I
G
 
P
L
 
M
P
 
P
Y
 
R
V
 
A
L
 
L
N
 
Q
T
 
W
A
 
A
F
 
L
F
 
I
E
 
E
M
 
H
G
 
I
N
 
L
S
 
G
A
 
A
N
 
N
Q
 
P
A
 
A
W
 
A
L
 
Y
M
 
M
Y
 
Y
-
 
A
-
x
M
-
 
G
P
 
P
G
|
G
L
x
M
T
 
S
H
 
-
G
 
-
A
 
-
Y
 
-
E
|
E
C
 
I
L
 
F
H
 
Y
A
 
N
H
 
N
G
 
G
S
 
T
E
 
D
E
 
E
L
 
Q
K
 
K
A
 
K
A
 
W
Y
 
A
L
 
T
P
 
I
K
 
A
L
 
A
V
 
E
S
 
R
G
 
G
E
 
-
W
 
W
L
 
G
G
x
A
T
 
T
M
|
M
C
 
V
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
H
 
D
C
 
A
G
|
G
T
x
S
D
 
D
L
x
V
G
 
G
L
 
A
L
 
G
R
 
R
T
 
T
K
 
K
A
 
A
T
 
V
P
 
Q
R
 
Q
D
 
P
D
 
D
G
 
G
S
 
T
Y
 
W
A
 
H
I
 
I
T
 
E
G
 
G
S
 
V
K
 
K
I
 
R
F
|
F
I
|
I
-
x
T
S
 
S
A
 
A
G
 
D
E
 
S
H
 
D
D
 
D
M
 
L
T
 
F
P
 
E
N
 
N
I
 
I
V
 
M
H
 
H
L
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
A
R
 
R
L
 
P
P
 
E
G
 
G
A
 
A
P
 
G
E
 
P
G
 
G
S
x
T
K
|
K
G
 
G
I
 
L
S
 
S
L
 
L
F
 
F
L
 
F
V
 
V
P
 
P
K
 
K
F
 
F
-
 
H
V
 
F
P
 
D
A
 
H
A
 
E
D
 
T
G
 
G
S
 
E
P
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
N
 
N
G
 
G
L
 
V
F
 
F
C
 
V
A
 
T
G
 
N
I
 
V
E
 
E
H
 
H
K
 
K
M
 
M
G
 
G
I
 
L
H
 
K
A
 
V
N
 
S
A
 
A
T
|
T
C
 
C
Q
 
E
L
 
L
V
 
S
L
 
L
E
 
G
D
 
Q
-
 
H
-
 
G
-
 
I
-
 
P
A
 
A
R
 
V
G
 
G
W
 
W
L
 
L
I
 
V
G
 
G
E
 
E
P
 
V
H
 
H
R
 
N
G
 
G
L
x
I
A
 
A
A
 
Q
M
 
M
F
|
F
V
 
D
M
 
V
M
 
I
N
 
E
A
x
Q
A
 
A
R
|
R
V
 
M
A
x
M
V
 
V
G
 
G
V
 
T
Q
 
K
S
 
A
L
 
I
G
 
A
L
 
T
G
 
L
E
 
S
V
 
T
A
 
G
Y
 
Y
Q
 
L
N
 
N
A
 
A
A
 
L
A
 
E
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
D
 
E
R
|
R
R
 
V
Q
 
Q
G
 
G
R
 
A
A
 
D
L
 
M
T
 
T
G
 
Q
P
 
M
A
 
T
E
 
D
P
 
K
D
 
T
K
 
A
P
 
P
A
 
R
D
 
V
T
 
T
L
 
I
L
 
T
V
 
H
H
|
H
P
 
P
D
 
D
V
 
V
R
 
R
R
 
R
M
 
S
L
 
L
L
 
M
T
 
T
A
 
Q
R
 
K
A
 
A
Y
 
Y
T
 
A
E
 
E
G
 
G
A
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
I
L
 
Y
Y
 
L
Y
 
Y
T
 
T
A
 
A
L
 
T
Q
 
F
I
 
Q
D
 
D
I
 
A
E
 
E
-
 
V
-
 
A
-
 
Q
-
 
A
H
 
V
H
 
H
H
 
G
P
 
V
D
 
D
E
 
G
D
 
D
A
 
L
R
 
-
R
 
-
D
 
-
A
 
A
A
 
A
D
 
R
V
 
V
V
 
N
A
 
D
L
 
L
L
 
L
T
 
L
P
 
P
I
 
I
C
 
V
K
 
K
A
 
G
F
 
F
V
 
G
T
 
S
D
 
E
N
 
T
G
 
A
F
 
Y
T
 
A
A
 
K
A
 
L
T
 
T
A
 
E
A
 
S
Q
 
L
Q
|
Q
V
x
T
F
 
L
G
|
G
G
|
G
H
 
S
G
 
G
Y
 
F
I
 
L
H
 
Q
E
 
D
W
 
Y
G
 
P
V
 
I
E
 
E
Q
 
Q
F
 
Y
V
 
I
R
 
R
D
 
D
A
 
S
R
 
K
I
|
I
N
 
D
M
 
S
I
 
L
Y
|
Y
E
x
A
G
|
G
T
|
T
N
 
T
G
 
A
V
x
I
Q
 
Q
A
 
A
L
 
Q
D
|
D
L
 
F
L
 
F
G
 
F
R
|
R
K
|
K
V
 
I
L
 
I
G
 
R
D
 
D
M
 
K
G
 
G
A
 
Q
K
 
A
L
 
L
R
 
A
K
 
Y
F
 
V
G
 
A
E
 
G
Q
 
E
V
 
I
K
 
E
A
 
Q
F
 
F
I
 
I
E
 
K
E
 
N
E
 
G
G
 
R
V
 
L
N
 
K
E
 
T
A
 
E
M
 
R
Q
 
E
E
 
L
F
 
L
V
 
A
N
 
T
P
 
A
L
 
L
A
 
A
D
 
D
L
 
V
A
 
Q
G
 
G
K
 
M
V
 
A
E
 
A
K
 
S
M
 
L
T
 
T
-
 
G
-
 
Y
M
 
L
E
 
M
V
 
A
A
 
A
M
 
Q
K
 
E
A
 
D
M
 
A
G
 
A
N
 
S
R
 
I
D
 
Y
E
 
K
A
 
V
G
 
G
A
 
L
A
 
G
A
 
S
T
 
V
D
 
R
Y
 
F
L
 
L
R
 
M
V
 
A
V
 
V
G
 
G
H
 
D
L
 
L
V
 
L
Y
 
S
A
 
G
W
 
W
L
 
L
F
 
L
A
 
A
R
 
R
M
 
Q
A
 
A
K
 
A
L
 
V
A
 
A
L
 
I
D
 
E
K
 
K
A
 
L
D
 
D
G
 
A
G
 
G
-
 
A
-
 
T
-
 
G
-
 
A
-
 
D
D
 
K
P
 
S
F
 
F
Y
 
Y
A
 
E
A
 
G
K
 
K
L
 
I
A
 
A
T
 
A
A
 
A
R
 
S
F
 
F
Y
 
F
F
 
A
V
 
K
R
 
N
L
 
M
L
 
L
P
 
P
E
 
L
T
 
L
A
 
T
A
 
S
L
 
T
I
 
R
R
 
Q
A
 
I
G
 
I
R
 
E
S
 
N
G
 
L
A
 
D
G
 
N
N
 
D
L
 
V
M
 
M
A
 
E
L
 
L
D
 
D
A
 
E
G
 
A
L
 
A
F
 
F

6lq1A Crystal structure of e447a acyl-coa dehydrogenase fade5 mutant from mycobacteria smegmatis in complex with c8coa (see paper)
36% identity, 100% coverage: 1:596/596 of query aligns to 1:607/607 of 6lq1A

query
sites
6lq1A
M
 
M
P
 
S
S
 
H
Y
 
Y
R
 
K
A
 
S
P
 
N
L
 
V
R
 
R
D
 
D
M
 
Q
Q
 
V
F
 
F
V
 
N
L
 
L
H
 
F
E
 
E
L
 
V
L
 
F
D
 
G
A
 
V
E
 
D
S
 
K
V
 
V
L
 
L
-
 
G
-
 
A
-
 
D
K
 
K
H
 
F
L
 
S
P
 
D
A
 
L
H
 
D
A
 
A
D
 
D
T
 
T
G
 
A
R
 
R
D
 
E
T
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
-
V
 
M
L
 
L
E
 
T
E
 
E
G
 
I
A
 
A
K
 
R
F
 
L
C
 
A
E
 
E
N
 
G
V
 
P
I
 
I
A
 
A
P
 
E
L
 
S
N
 
F
L
 
V
P
 
E
G
 
G
D
 
D
A
 
R
E
 
N
G
 
P
C
 
P
H
 
V
Y
 
F
D
 
D
R
 
P
D
 
E
T
 
T
R
 
H
S
 
T
V
 
V
T
 
T
T
 
L
P
 
P
K
 
E
G
 
G
F
 
F
V
 
K
D
 
K
A
 
S
Y
 
M
A
 
R
Q
 
A
Y
 
L
R
 
F
D
 
D
G
 
G
G
 
G
W
 
W
P
 
D
T
 
K
L
 
V
S
 
G
A
 
L
D
 
A
P
 
E
D
 
H
H
 
L
G
 
G
G
 
G
Q
 
I
G
 
P
L
 
M
P
 
P
Y
 
R
V
 
A
L
 
L
N
 
Q
T
 
W
A
 
A
F
 
L
F
 
I
E
 
E
M
 
H
G
 
I
N
 
L
S
 
G
A
 
A
N
 
N
Q
 
P
A
 
A
W
 
A
L
 
Y
M
 
M
Y
 
Y
-
 
A
-
x
M
-
 
G
P
 
P
G
 
G
L
 
M
T
 
S
H
 
-
G
 
-
A
 
-
Y
 
-
E
 
E
C
 
I
L
 
F
H
 
Y
A
 
N
H
 
N
G
 
G
S
 
T
E
 
D
E
 
E
L
 
Q
K
 
K
A
 
K
A
 
W
Y
 
A
L
 
T
P
 
I
K
 
A
L
 
A
V
 
E
S
 
R
G
 
G
E
 
-
W
 
W
L
 
G
G
 
A
T
 
T
M
|
M
C
 
V
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
H
 
D
C
 
A
G
|
G
T
x
S
D
 
D
L
x
V
G
 
G
L
 
A
L
 
G
R
 
R
T
 
T
K
 
K
A
 
A
T
 
V
P
 
Q
R
 
Q
D
 
P
D
 
D
G
 
G
S
 
T
Y
 
W
A
 
H
I
 
I
T
 
E
G
 
G
S
 
V
K
 
K
I
 
R
F
|
F
I
|
I
-
x
T
S
 
S
A
 
A
G
 
D
E
 
S
H
 
D
D
 
D
M
 
L
T
 
F
P
 
E
N
 
N
I
 
I
V
 
M
H
 
H
L
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
A
R
 
R
L
 
P
P
 
E
G
 
G
A
 
A
P
 
G
E
 
P
G
 
G
S
x
T
K
 
K
G
 
G
I
 
L
S
 
S
L
 
L
F
 
F
L
 
F
V
 
V
P
 
P
K
 
K
F
 
F
-
 
H
V
 
F
P
 
D
A
 
H
A
 
E
D
 
T
G
 
G
S
 
E
P
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
N
 
N
G
 
G
L
 
V
F
 
F
C
 
V
A
 
T
G
 
N
I
 
V
E
 
E
H
 
H
K
 
K
M
 
M
G
 
G
I
 
L
H
 
K
A
 
V
N
 
S
A
 
A
T
|
T
C
 
C
Q
 
E
L
 
L
V
 
S
L
 
L
E
 
G
D
 
Q
-
 
H
-
 
G
-
 
I
-
 
P
A
 
A
R
 
V
G
 
G
W
 
W
L
 
L
I
 
V
G
 
G
E
 
E
P
 
V
H
 
H
R
 
N
G
 
G
L
x
I
A
 
A
A
 
Q
M
 
M
F
|
F
V
 
D
M
 
V
M
 
I
N
 
E
A
 
Q
A
 
A
R
|
R
V
 
M
A
 
M
V
 
V
G
 
G
V
 
T
Q
 
K
S
 
A
L
 
I
G
 
A
L
 
T
G
 
L
E
 
S
V
 
T
A
 
G
Y
 
Y
Q
 
L
N
 
N
A
 
A
A
 
L
A
 
E
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
D
 
E
R
|
R
R
 
V
Q
 
Q
G
 
G
R
 
A
A
 
D
L
 
M
T
 
T
G
 
Q
P
 
M
A
 
T
E
 
D
P
 
K
D
 
T
K
 
A
P
 
P
A
 
R
D
 
V
T
 
T
L
 
I
L
 
T
V
 
H
H
|
H
P
 
P
D
 
D
V
 
V
R
 
R
R
 
R
M
 
S
L
 
L
L
 
M
T
 
T
A
 
Q
R
 
K
A
 
A
Y
 
Y
T
 
A
E
 
E
G
 
G
A
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
I
L
 
Y
Y
 
L
Y
 
Y
T
 
T
A
 
A
L
 
T
Q
 
F
I
 
Q
D
 
D
I
 
A
E
 
E
-
 
V
-
 
A
-
 
Q
-
 
A
H
 
V
H
 
H
H
 
G
P
 
V
D
 
D
E
 
G
D
 
D
A
 
L
R
 
-
R
 
-
D
 
-
A
 
A
A
 
A
D
 
R
V
 
V
V
 
N
A
 
D
L
 
L
L
 
L
T
 
L
P
 
P
I
 
I
C
 
V
K
 
K
A
 
G
F
 
F
V
 
G
T
 
S
D
 
E
N
 
T
G
 
A
F
 
Y
T
 
A
A
 
K
A
 
L
T
 
T
A
 
E
A
 
S
Q
 
L
Q
|
Q
V
x
T
F
 
L
G
|
G
G
|
G
H
 
S
G
 
G
Y
 
F
I
 
L
H
 
Q
E
 
D
W
 
Y
G
 
P
V
 
I
E
 
E
Q
 
Q
F
 
Y
V
 
I
R
 
R
D
 
D
A
 
S
R
 
K
I
|
I
N
 
D
M
 
S
I
 
L
Y
|
Y
E
x
A
G
 
G
T
|
T
N
 
T
G
 
A
V
x
I
Q
 
Q
A
 
A
L
 
Q
D
|
D
L
 
F
L
 
F
G
 
F
R
|
R
K
|
K
V
 
I
L
 
I
G
 
R
D
 
D
M
 
K
G
 
G
A
 
Q
K
 
A
L
 
L
R
 
A
K
 
Y
F
 
V
G
 
A
E
 
G
Q
 
E
V
 
I
K
 
E
A
 
Q
F
 
F
I
 
I
E
 
K
E
 
N
E
 
G
G
 
R
V
 
L
N
 
K
E
 
T
A
 
E
M
 
R
Q
 
E
E
 
L
F
 
L
V
 
A
N
 
T
P
 
A
L
 
L
A
 
A
D
 
D
L
 
V
A
 
Q
G
 
G
K
 
M
V
 
A
E
 
A
K
 
S
M
 
L
T
 
T
-
 
G
-
 
Y
M
 
L
E
 
M
V
 
A
A
 
A
M
 
Q
K
 
E
A
 
D
M
 
A
G
 
A
N
 
S
R
 
I
D
 
Y
E
 
K
A
 
V
G
 
G
A
 
L
A
 
G
A
 
S
T
 
V
D
 
R
Y
 
F
L
 
L
R
 
M
V
 
A
V
 
V
G
 
G
H
 
D
L
 
L
V
 
L
Y
 
S
A
 
G
W
 
W
L
 
L
F
 
L
A
 
A
R
 
R
M
 
Q
A
 
A
K
 
A
L
 
V
A
 
A
L
 
I
D
 
E
K
 
K
A
 
L
D
 
D
G
 
A
G
 
G
-
 
A
-
 
T
-
 
G
-
 
A
-
 
D
D
 
K
P
 
S
F
 
F
Y
 
Y
A
 
E
A
 
G
K
 
K
L
 
I
A
 
A
T
 
A
A
 
A
R
 
S
F
 
F
Y
 
F
F
 
A
V
 
K
R
 
N
L
 
M
L
 
L
P
 
P
E
 
L
T
 
L
A
 
T
A
 
S
L
 
T
I
 
R
R
 
Q
A
 
I
G
 
I
R
 
E
S
 
N
G
 
L
A
 
D
G
 
N
N
 
D
L
 
V
M
 
M
A
 
E
L
 
L
D
 
D
A
 
E
G
 
A
L
 
A
F
 
F

6lq0A Crystal structure of e447a acyl-coa dehydrogenase fade5 mutant from mycobacteria smegmatis in complex with c6coa (see paper)
36% identity, 100% coverage: 1:596/596 of query aligns to 1:607/607 of 6lq0A

query
sites
6lq0A
M
 
M
P
 
S
S
 
H
Y
 
Y
R
 
K
A
 
S
P
 
N
L
 
V
R
 
R
D
 
D
M
 
Q
Q
 
V
F
 
F
V
 
N
L
 
L
H
 
F
E
 
E
L
 
V
L
 
F
D
 
G
A
 
V
E
 
D
S
 
K
V
 
V
L
 
L
-
 
G
-
 
A
-
 
D
K
 
K
H
 
F
L
 
S
P
 
D
A
 
L
H
 
D
A
 
A
D
 
D
T
 
T
G
 
A
R
 
R
D
 
E
T
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
-
V
 
M
L
 
L
E
 
T
E
 
E
G
 
I
A
 
A
K
 
R
F
 
L
C
 
A
E
 
E
N
 
G
V
 
P
I
 
I
A
 
A
P
 
E
L
 
S
N
 
F
L
 
V
P
 
E
G
 
G
D
 
D
A
 
R
E
 
N
G
 
P
C
 
P
H
 
V
Y
 
F
D
 
D
R
 
P
D
 
E
T
 
T
R
 
H
S
 
T
V
 
V
T
 
T
T
 
L
P
 
P
K
 
E
G
 
G
F
 
F
V
 
K
D
 
K
A
 
S
Y
 
M
A
 
R
Q
 
A
Y
 
L
R
 
F
D
 
D
G
 
G
G
 
G
W
 
W
P
 
D
T
 
K
L
 
V
S
 
G
A
 
L
D
 
A
P
 
E
D
 
H
H
 
L
G
 
G
G
 
G
Q
 
I
G
 
P
L
 
M
P
 
P
Y
 
R
V
 
A
L
 
L
N
 
Q
T
 
W
A
 
A
F
 
L
F
 
I
E
 
E
M
 
H
G
 
I
N
 
L
S
 
G
A
 
A
N
 
N
Q
 
P
A
 
A
W
 
A
L
 
Y
M
 
M
Y
 
Y
-
 
A
-
 
M
-
 
G
P
 
P
G
 
G
L
 
M
T
 
S
H
 
-
G
 
-
A
 
-
Y
 
-
E
 
E
C
 
I
L
 
F
H
 
Y
A
 
N
H
 
N
G
 
G
S
 
T
E
 
D
E
 
E
L
 
Q
K
 
K
A
 
K
A
 
W
Y
 
A
L
 
T
P
 
I
K
 
A
L
 
A
V
 
E
S
 
R
G
 
G
E
 
-
W
 
W
L
 
G
G
 
A
T
 
T
M
|
M
C
 
V
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
H
 
D
C
 
A
G
|
G
T
x
S
D
 
D
L
x
V
G
 
G
L
 
A
L
 
G
R
 
R
T
 
T
K
 
K
A
 
A
T
 
V
P
 
Q
R
 
Q
D
 
P
D
 
D
G
 
G
S
 
T
Y
 
W
A
 
H
I
 
I
T
 
E
G
 
G
S
 
V
K
 
K
I
 
R
F
|
F
I
|
I
-
x
T
S
 
S
A
 
A
G
 
D
E
 
S
H
 
D
D
 
D
M
 
L
T
 
F
P
 
E
N
 
N
I
 
I
V
 
M
H
 
H
L
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
A
R
 
R
L
 
P
P
 
E
G
 
G
A
 
A
P
 
G
E
 
P
G
 
G
S
x
T
K
|
K
G
 
G
I
 
L
S
 
S
L
 
L
F
 
F
L
 
F
V
 
V
P
 
P
K
 
K
F
 
F
-
 
H
V
 
F
P
 
D
A
 
H
A
 
E
D
 
T
G
 
G
S
 
E
P
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
N
 
N
G
 
G
L
 
V
F
 
F
C
 
V
A
 
T
G
 
N
I
 
V
E
 
E
H
 
H
K
 
K
M
 
M
G
 
G
I
 
L
H
 
K
A
 
V
N
 
S
A
 
A
T
 
T
C
 
C
Q
 
E
L
 
L
V
 
S
L
 
L
E
 
G
D
 
Q
-
 
H
-
 
G
-
 
I
-
 
P
A
 
A
R
 
V
G
 
G
W
 
W
L
 
L
I
 
V
G
 
G
E
 
E
P
 
V
H
 
H
R
 
N
G
 
G
L
x
I
A
 
A
A
 
Q
M
 
M
F
|
F
V
 
D
M
 
V
M
 
I
N
 
E
A
 
Q
A
 
A
R
|
R
V
 
M
A
x
M
V
 
V
G
 
G
V
 
T
Q
 
K
S
 
A
L
 
I
G
 
A
L
 
T
G
 
L
E
 
S
V
 
T
A
 
G
Y
 
Y
Q
 
L
N
 
N
A
 
A
A
 
L
A
 
E
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
D
 
E
R
|
R
R
 
V
Q
 
Q
G
 
G
R
 
A
A
 
D
L
 
M
T
 
T
G
 
Q
P
 
M
A
 
T
E
 
D
P
 
K
D
 
T
K
 
A
P
 
P
A
 
R
D
 
V
T
 
T
L
x
I
L
 
T
V
 
H
H
|
H
P
 
P
D
 
D
V
 
V
R
 
R
R
 
R
M
 
S
L
 
L
L
 
M
T
 
T
A
 
Q
R
 
K
A
 
A
Y
 
Y
T
 
A
E
 
E
G
 
G
A
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
I
L
 
Y
Y
 
L
Y
 
Y
T
 
T
A
 
A
L
 
T
Q
 
F
I
 
Q
D
 
D
I
 
A
E
 
E
-
 
V
-
 
A
-
 
Q
-
 
A
H
 
V
H
 
H
H
 
G
P
 
V
D
 
D
E
 
G
D
 
D
A
 
L
R
 
-
R
 
-
D
 
-
A
 
A
A
 
A
D
 
R
V
 
V
V
 
N
A
 
D
L
 
L
L
 
L
T
 
L
P
 
P
I
 
I
C
 
V
K
 
K
A
 
G
F
 
F
V
 
G
T
 
S
D
 
E
N
 
T
G
 
A
F
 
Y
T
 
A
A
 
K
A
 
L
T
 
T
A
 
E
A
 
S
Q
 
L
Q
|
Q
V
x
T
F
 
L
G
|
G
G
|
G
H
 
S
G
 
G
Y
 
F
I
 
L
H
 
Q
E
 
D
W
 
Y
G
 
P
V
 
I
E
 
E
Q
 
Q
F
 
Y
V
 
I
R
 
R
D
 
D
A
 
S
R
 
K
I
|
I
N
 
D
M
 
S
I
 
L
Y
|
Y
E
x
A
G
|
G
T
|
T
N
 
T
G
 
A
V
x
I
Q
 
Q
A
 
A
L
x
Q
D
|
D
L
 
F
L
 
F
G
 
F
R
|
R
K
|
K
V
 
I
L
 
I
G
 
R
D
 
D
M
 
K
G
 
G
A
 
Q
K
 
A
L
 
L
R
 
A
K
 
Y
F
 
V
G
 
A
E
 
G
Q
 
E
V
 
I
K
 
E
A
 
Q
F
 
F
I
 
I
E
 
K
E
 
N
E
 
G
G
 
R
V
 
L
N
 
K
E
 
T
A
 
E
M
 
R
Q
 
E
E
 
L
F
 
L
V
 
A
N
 
T
P
 
A
L
 
L
A
 
A
D
 
D
L
 
V
A
 
Q
G
 
G
K
 
M
V
 
A
E
 
A
K
 
S
M
 
L
T
 
T
-
 
G
-
 
Y
M
 
L
E
 
M
V
 
A
A
 
A
M
 
Q
K
 
E
A
 
D
M
 
A
G
 
A
N
 
S
R
 
I
D
 
Y
E
 
K
A
 
V
G
 
G
A
 
L
A
 
G
A
 
S
T
 
V
D
 
R
Y
 
F
L
 
L
R
 
M
V
 
A
V
 
V
G
 
G
H
 
D
L
 
L
V
 
L
Y
 
S
A
 
G
W
 
W
L
 
L
F
 
L
A
 
A
R
 
R
M
 
Q
A
 
A
K
 
A
L
 
V
A
 
A
L
 
I
D
 
E
K
 
K
A
 
L
D
 
D
G
 
A
G
 
G
-
 
A
-
 
T
-
 
G
-
 
A
-
 
D
D
 
K
P
 
S
F
 
F
Y
 
Y
A
 
E
A
 
G
K
 
K
L
 
I
A
 
A
T
 
A
A
 
A
R
 
S
F
 
F
Y
 
F
F
 
A
V
 
K
R
 
N
L
 
M
L
 
L
P
 
P
E
 
L
T
 
L
A
 
T
A
 
S
L
 
T
I
 
R
R
 
Q
A
 
I
G
 
I
R
 
E
S
 
N
G
 
L
A
 
D
G
 
N
N
 
D
L
 
V
M
 
M
A
 
E
L
 
L
D
 
D
A
 
E
G
 
A
L
 
A
F
 
F

6lpyA Crystal structure of e447a acyl-coa dehydrogenase fade5 mutant from mycobacteria smegmatis in complex with c4coa (see paper)
36% identity, 100% coverage: 1:596/596 of query aligns to 1:607/607 of 6lpyA

query
sites
6lpyA
M
 
M
P
 
S
S
 
H
Y
 
Y
R
 
K
A
 
S
P
 
N
L
 
V
R
 
R
D
 
D
M
 
Q
Q
 
V
F
 
F
V
 
N
L
 
L
H
 
F
E
 
E
L
 
V
L
 
F
D
 
G
A
 
V
E
 
D
S
 
K
V
 
V
L
 
L
-
 
G
-
 
A
-
 
D
K
 
K
H
 
F
L
 
S
P
 
D
A
 
L
H
 
D
A
 
A
D
 
D
T
 
T
G
 
A
R
 
R
D
 
E
T
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
-
V
 
M
L
 
L
E
 
T
E
 
E
G
 
I
A
 
A
K
 
R
F
 
L
C
 
A
E
 
E
N
 
G
V
 
P
I
 
I
A
 
A
P
 
E
L
 
S
N
 
F
L
 
V
P
 
E
G
 
G
D
 
D
A
 
R
E
 
N
G
 
P
C
 
P
H
 
V
Y
 
F
D
 
D
R
 
P
D
 
E
T
 
T
R
 
H
S
 
T
V
 
V
T
 
T
T
 
L
P
 
P
K
 
E
G
 
G
F
 
F
V
 
K
D
 
K
A
 
S
Y
 
M
A
 
R
Q
 
A
Y
 
L
R
 
F
D
 
D
G
 
G
G
 
G
W
 
W
P
 
D
T
 
K
L
 
V
S
 
G
A
 
L
D
 
A
P
 
E
D
 
H
H
 
L
G
 
G
G
 
G
Q
 
I
G
 
P
L
 
M
P
 
P
Y
 
R
V
 
A
L
 
L
N
 
Q
T
 
W
A
 
A
F
 
L
F
 
I
E
 
E
M
 
H
G
 
I
N
 
L
S
 
G
A
 
A
N
 
N
Q
 
P
A
 
A
W
 
A
L
 
Y
M
 
M
Y
 
Y
-
 
A
-
 
M
-
 
G
P
 
P
G
 
G
L
 
M
T
 
S
H
 
-
G
 
-
A
 
-
Y
 
-
E
 
E
C
 
I
L
 
F
H
 
Y
A
 
N
H
 
N
G
 
G
S
 
T
E
 
D
E
 
E
L
 
Q
K
 
K
A
 
K
A
 
W
Y
 
A
L
 
T
P
 
I
K
 
A
L
 
A
V
 
E
S
 
R
G
 
G
E
 
-
W
 
W
L
 
G
G
 
A
T
 
T
M
|
M
C
 
V
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
H
 
D
C
 
A
G
|
G
T
x
S
D
 
D
L
x
V
G
 
G
L
 
A
L
 
G
R
 
R
T
 
T
K
 
K
A
 
A
T
 
V
P
 
Q
R
 
Q
D
 
P
D
 
D
G
 
G
S
 
T
Y
 
W
A
 
H
I
 
I
T
 
E
G
 
G
S
 
V
K
 
K
I
 
R
F
|
F
I
|
I
-
x
T
S
 
S
A
 
A
G
 
D
E
 
S
H
 
D
D
 
D
M
 
L
T
 
F
P
 
E
N
 
N
I
 
I
V
 
M
H
 
H
L
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
A
R
 
R
L
 
P
P
 
E
G
 
G
A
 
A
P
 
G
E
 
P
G
 
G
S
x
T
K
|
K
G
 
G
I
 
L
S
 
S
L
 
L
F
 
F
L
 
F
V
 
V
P
 
P
K
 
K
F
 
F
-
 
H
V
 
F
P
 
D
A
 
H
A
 
E
D
 
T
G
 
G
S
 
E
P
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
N
 
N
G
 
G
L
 
V
F
 
F
C
 
V
A
 
T
G
 
N
I
 
V
E
 
E
H
 
H
K
 
K
M
 
M
G
 
G
I
 
L
H
 
K
A
 
V
N
 
S
A
 
A
T
 
T
C
 
C
Q
 
E
L
 
L
V
 
S
L
 
L
E
 
G
D
 
Q
-
 
H
-
 
G
-
 
I
-
 
P
A
 
A
R
 
V
G
 
G
W
 
W
L
 
L
I
 
V
G
 
G
E
 
E
P
 
V
H
 
H
R
 
N
G
 
G
L
x
I
A
 
A
A
 
Q
M
 
M
F
|
F
V
 
D
M
 
V
M
 
I
N
 
E
A
 
Q
A
 
A
R
|
R
V
 
M
A
 
M
V
 
V
G
 
G
V
 
T
Q
 
K
S
 
A
L
 
I
G
 
A
L
 
T
G
 
L
E
 
S
V
 
T
A
 
G
Y
 
Y
Q
 
L
N
 
N
A
 
A
A
 
L
A
 
E
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
D
 
E
R
|
R
R
 
V
Q
 
Q
G
 
G
R
 
A
A
 
D
L
 
M
T
 
T
G
 
Q
P
 
M
A
 
T
E
 
D
P
 
K
D
 
T
K
 
A
P
 
P
A
 
R
D
 
V
T
 
T
L
x
I
L
 
T
V
 
H
H
|
H
P
 
P
D
 
D
V
 
V
R
 
R
R
 
R
M
 
S
L
 
L
L
 
M
T
 
T
A
 
Q
R
 
K
A
 
A
Y
 
Y
T
 
A
E
 
E
G
 
G
A
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
I
L
 
Y
Y
 
L
Y
 
Y
T
 
T
A
 
A
L
 
T
Q
 
F
I
 
Q
D
 
D
I
 
A
E
 
E
-
 
V
-
 
A
-
 
Q
-
 
A
H
 
V
H
 
H
H
 
G
P
 
V
D
 
D
E
 
G
D
 
D
A
 
L
R
 
-
R
 
-
D
 
-
A
 
A
A
 
A
D
 
R
V
 
V
V
 
N
A
 
D
L
 
L
L
 
L
T
 
L
P
 
P
I
 
I
C
 
V
K
 
K
A
 
G
F
 
F
V
 
G
T
 
S
D
 
E
N
 
T
G
 
A
F
 
Y
T
 
A
A
 
K
A
 
L
T
 
T
A
 
E
A
 
S
Q
 
L
Q
|
Q
V
x
T
F
 
L
G
|
G
G
|
G
H
 
S
G
 
G
Y
 
F
I
 
L
H
 
Q
E
 
D
W
 
Y
G
 
P
V
 
I
E
 
E
Q
 
Q
F
 
Y
V
 
I
R
 
R
D
 
D
A
 
S
R
 
K
I
|
I
N
 
D
M
 
S
I
 
L
Y
|
Y
E
x
A
G
 
G
T
|
T
N
 
T
G
 
A
V
x
I
Q
 
Q
A
 
A
L
 
Q
D
|
D
L
 
F
L
 
F
G
 
F
R
|
R
K
|
K
V
 
I
L
 
I
G
x
R
D
 
D
M
 
K
G
 
G
A
 
Q
K
 
A
L
 
L
R
 
A
K
 
Y
F
 
V
G
 
A
E
 
G
Q
 
E
V
 
I
K
 
E
A
 
Q
F
 
F
I
 
I
E
 
K
E
 
N
E
 
G
G
 
R
V
 
L
N
 
K
E
 
T
A
 
E
M
 
R
Q
 
E
E
 
L
F
 
L
V
 
A
N
 
T
P
 
A
L
 
L
A
 
A
D
 
D
L
 
V
A
 
Q
G
 
G
K
 
M
V
 
A
E
 
A
K
 
S
M
 
L
T
 
T
-
 
G
-
 
Y
M
 
L
E
 
M
V
 
A
A
 
A
M
 
Q
K
 
E
A
 
D
M
 
A
G
 
A
N
 
S
R
 
I
D
 
Y
E
 
K
A
 
V
G
 
G
A
 
L
A
 
G
A
 
S
T
 
V
D
 
R
Y
 
F
L
 
L
R
 
M
V
 
A
V
 
V
G
 
G
H
 
D
L
 
L
V
 
L
Y
 
S
A
 
G
W
 
W
L
 
L
F
 
L
A
 
A
R
 
R
M
 
Q
A
 
A
K
 
A
L
 
V
A
 
A
L
 
I
D
 
E
K
 
K
A
 
L
D
 
D
G
 
A
G
 
G
-
 
A
-
 
T
-
 
G
-
 
A
-
 
D
D
 
K
P
 
S
F
 
F
Y
 
Y
A
 
E
A
 
G
K
 
K
L
 
I
A
 
A
T
 
A
A
 
A
R
 
S
F
 
F
Y
 
F
F
 
A
V
 
K
R
 
N
L
 
M
L
 
L
P
 
P
E
 
L
T
 
L
A
 
T
A
 
S
L
 
T
I
 
R
R
 
Q
A
 
I
G
 
I
R
 
E
S
 
N
G
 
L
A
 
D
G
 
N
N
 
D
L
 
V
M
 
M
A
 
E
L
 
L
D
 
D
A
 
E
G
 
A
L
 
A
F
 
F

O53666 Broad-specificity linear acyl-CoA dehydrogenase FadE5; Long-chain-acyl-CoA dehydrogenase; Medium-chain-acyl-CoA dehydrogenase; Short-chain-acyl-CoA dehydrogenase; EC 1.3.8.8; EC 1.3.8.7; EC 1.3.8.1 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
35% identity, 100% coverage: 1:596/596 of query aligns to 1:611/611 of O53666

query
sites
O53666
M
 
M
P
 
S
S
 
H
Y
 
Y
R
 
R
A
 
S
P
 
N
L
 
V
R
 
R
D
 
D
M
 
Q
Q
 
V
F
 
F
V
 
N
L
 
L
H
 
F
E
 
E
L
 
V
L
 
L
D
 
G
A
 
V
E
 
D
S
 
K
V
 
A
L
 
L
K
 
G
H
 
H
L
 
-
P
 
G
A
 
E
H
 
F
A
 
S
D
 
D
T
 
V
G
 
D
R
 
V
D
 
D
T
 
T
L
 
A
D
 
R
A
 
D
V
 
M
L
 
L
E
 
A
E
 
E
G
 
V
A
 
S
K
 
R
F
 
L
C
 
A
E
 
E
N
 
G
V
 
P
I
 
V
A
 
A
P
 
E
L
 
S
N
 
F
L
 
V
P
 
E
G
 
G
D
 
D
A
 
R
E
 
N
G
 
P
C
 
P
H
 
V
Y
 
F
D
 
D
R
 
P
D
 
K
T
 
T
R
 
H
S
 
S
V
 
V
T
 
M
T
 
L
P
 
P
K
 
E
G
 
S
F
 
F
V
 
K
D
 
K
A
 
S
Y
 
V
A
 
N
Q
 
A
Y
 
M
R
 
L
D
 
E
G
 
A
G
 
G
W
 
W
P
 
D
T
 
K
L
 
V
S
 
G
A
 
I
D
 
D
P
 
E
D
 
A
H
 
L
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
G
 
P
L
 
M
P
 
P
Y
 
K
V
 
A
L
 
V
N
 
V
T
 
W
A
 
A
F
 
L
F
 
H
E
 
E
M
 
H
G
 
I
N
 
L
S
 
G
A
 
A
N
 
N
Q
 
P
A
 
A
W
 
V
L
 
W
M
 
M
Y
 
Y
P
 
A
G
 
G
L
 
-
T
 
G
H
 
A
G
 
G
A
 
F
Y
 
A
E
 
Q
C
 
I
L
 
L
H
 
Y
A
 
H
H
 
L
G
 
G
S
 
T
E
 
E
E
 
E
L
 
Q
K
 
K
A
 
K
A
 
W
Y
 
A
L
 
V
P
 
L
K
 
A
L
 
A
V
 
E
S
 
R
G
 
G
E
 
-
W
 
W
L
 
G
G
 
S
T
 
T
M
|
M
C
x
V
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
H
 
D
C
 
A
G
 
G
T
x
S
D
 
D
L
 
V
G
 
G
L
 
A
L
 
A
R
 
R
T
 
T
K
 
K
A
 
A
T
 
V
P
 
Q
R
 
Q
D
 
A
D
 
D
G
 
G
S
 
S
Y
 
W
A
 
H
I
 
I
T
 
D
G
 
G
S
 
V
K
 
K
I
 
R
F
 
F
I
 
I
S
x
T
A
 
S
G
 
G
E
 
D
H
 
S
-
 
G
D
 
D
M
 
L
T
 
F
P
 
E
N
 
N
I
 
I
V
 
F
H
 
H
L
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
A
R
 
R
L
 
P
P
 
E
G
 
G
A
 
A
P
 
G
E
 
P
G
 
G
S
x
T
K
|
K
G
 
G
I
 
L
S
 
S
L
 
L
F
 
Y
L
 
F
V
 
V
P
 
P
K
 
K
F
 
F
V
 
L
-
 
F
P
 
D
A
 
V
A
 
E
D
 
T
G
 
G
S
 
E
P
 
P
G
 
G
E
 
E
R
 
R
N
 
N
G
 
G
L
 
V
F
 
F
C
 
V
A
 
T
G
 
N
I
 
V
E
 
E
H
 
H
K
 
K
M
 
M
G
 
G
I
 
L
H
 
K
A
 
V
N
 
S
A
 
A
T
 
T
C
 
C
Q
 
E
L
 
L
V
 
A
L
 
F
E
 
G
D
 
Q
-
 
H
-
 
G
-
 
V
-
 
P
A
 
A
R
 
K
G
 
G
W
 
W
L
 
L
I
 
V
G
 
G
E
 
E
P
 
V
H
 
H
R
 
N
G
 
G
L
 
I
A
 
A
A
 
Q
M
 
M
F
|
F
V
 
E
M
 
V
M
 
I
N
 
E
A
 
Q
A
 
A
R
|
R
V
 
M
A
 
M
V
 
V
G
 
G
V
 
T
Q
 
K
S
 
A
L
 
I
G
 
A
L
 
T
G
 
L
E
 
S
V
 
T
A
 
G
Y
 
Y
Q
 
L
N
 
N
A
 
A
A
 
L
A
 
Q
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
D
 
S
R
|
R
R
 
V
Q
 
Q
G
 
G
R
 
A
A
 
D
L
 
L
T
 
T
G
 
Q
P
 
M
A
 
T
E
 
D
P
x
K
D
 
T
K
 
A
P
 
P
A
 
R
D
 
V
T
 
T
L
 
I
L
 
T
V
 
H
H
 
H
P
 
P
D
 
D
V
 
V
R
 
R
R
 
R
M
 
S
L
 
L
L
 
M
T
 
T
A
 
Q
R
 
K
A
 
A
Y
 
Y
T
 
A
E
 
E
G
 
G
A
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
Y
Y
 
L
Y
 
Y
T
 
T
A
 
A
L
 
T
Q
 
F
I
 
Q
D
 
D
-
 
A
-
 
A
I
 
V
E
 
A
H
 
E
H
 
V
H
 
V
P
 
H
D
 
G
E
 
V
D
 
D
A
 
A
R
 
K
R
 
L
D
 
-
A
 
A
A
 
V
D
 
K
V
 
V
V
 
N
A
 
D
L
 
L
L
 
M
T
 
L
P
 
P
I
 
V
C
 
V
K
 
K
A
 
G
F
 
V
V
 
G
T
 
S
D
 
E
N
 
Q
G
 
A
F
 
Y
T
 
A
A
 
K
A
 
L
T
 
T
A
 
E
A
 
S
Q
 
L
Q
|
Q
V
x
T
F
x
L
G
|
G
G
|
G
H
 
S
G
 
G
Y
 
F
I
 
L
H
 
Q
E
 
D
W
 
Y
G
 
P
V
 
I
E
 
E
Q
 
Q
F
 
Y
V
 
I
R
 
R
D
 
D
A
 
A
R
 
K
I
 
I
N
 
D
M
 
S
I
 
L
Y
 
Y
E
|
E
G
 
G
T
|
T
N
 
T
G
 
A
V
 
I
Q
 
Q
A
 
A
L
 
Q
D
|
D
L
 
F
L
 
F
G
 
F
R
|
R
K
|
K
V
 
I
L
 
V
G
 
R
D
 
D
M
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
A
L
 
L
R
 
A
K
 
H
F
 
V
G
 
S
E
 
G
Q
 
Q
V
 
I
K
 
Q
A
 
E
F
 
F
I
 
V
E
 
D
E
 
S
E
 
G
G
 
A
V
 
G
N
 
N
E
 
G
A
 
R
M
 
L
Q
 
K
E
 
T
-
 
E
-
 
R
-
 
A
-
 
L
F
 
L
V
 
A
N
 
K
P
 
A
L
 
L
A
 
T
D
 
D
L
 
V
A
 
Q
G
 
G
K
 
M
V
 
A
E
 
A
K
 
A
M
 
L
T
 
T
-
 
G
-
 
Y
M
 
L
E
 
M
V
 
A
A
 
A
M
 
Q
K
 
Q
A
 
D
M
 
V
G
 
T
N
 
S
R
 
L
D
 
Y
E
 
K
A
 
V
G
 
G
A
 
L
A
 
G
A
 
S
T
 
V
D
 
R
Y
 
F
L
 
L
R
 
M
V
 
S
V
 
V
G
 
G
H
 
D
L
 
L
V
 
I
Y
 
I
A
 
G
W
 
W
L
 
L
F
 
L
A
 
Q
R
 
R
M
 
Q
A
 
A
K
 
A
L
 
V
A
 
A
L
 
V
D
 
A
K
 
A
A
 
L
D
 
D
G
 
A
-
 
G
-
 
A
-
 
T
G
 
G
D
 
D
-
 
E
-
 
R
P
 
S
F
 
F
Y
 
Y
A
 
E
A
 
G
K
 
K
L
 
V
A
 
A
T
 
V
A
 
A
R
 
S
F
 
F
Y
 
F
F
 
A
V
 
K
R
 
N
L
 
F
L
 
L
P
 
P
E
 
L
T
 
L
A
 
T
A
 
S
L
 
T
I
 
R
R
 
E
A
 
V
G
 
I
R
 
E
S
 
T
G
 
L
A
 
D
G
 
N
N
 
D
L
 
I
M
 
M
A
 
E
L
 
L
D
 
D
A
 
E
G
 
A
L
 
A
F
 
F

6kseA Crystal structure of e447a acyl-coa dehydrogenase fade5 mutant from mycobacteria tuberculosisin complex with c18coa (see paper)
35% identity, 100% coverage: 1:596/596 of query aligns to 1:607/607 of 6kseA

query
sites
6kseA
M
 
M
P
 
S
S
 
H
Y
 
Y
R
 
R
A
 
S
P
 
N
L
 
V
R
 
R
D
 
D
M
 
Q
Q
 
V
F
 
F
V
 
N
L
 
L
H
 
F
E
 
E
L
 
V
L
 
L
D
 
G
A
 
V
E
 
D
S
 
K
V
 
A
L
 
L
K
 
G
H
 
H
L
 
-
P
 
G
A
 
E
H
 
F
A
 
S
D
 
D
T
 
V
G
 
D
R
 
V
D
 
D
T
 
T
L
 
A
D
 
R
A
 
D
V
 
M
L
 
L
E
 
A
E
 
E
G
 
V
A
 
S
K
 
R
F
 
L
C
 
A
E
 
E
N
 
G
V
 
P
I
 
V
A
 
A
P
 
E
L
 
S
N
 
F
L
 
V
P
 
E
G
 
G
D
 
D
A
 
R
E
 
N
G
 
P
C
 
P
H
 
V
Y
 
F
D
 
D
R
 
P
D
 
K
T
 
T
R
 
H
S
 
S
V
 
V
T
 
M
T
 
L
P
 
P
K
 
E
G
 
S
F
 
F
V
 
K
D
 
K
A
 
S
Y
 
V
A
 
N
Q
 
A
Y
 
M
R
 
L
D
 
E
G
 
A
G
 
G
W
 
W
P
x
D
T
 
K
L
 
V
S
 
G
A
 
I
D
 
D
P
 
E
D
 
A
H
 
L
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
G
 
P
L
 
M
P
 
P
Y
 
K
V
 
A
L
 
V
N
 
V
T
 
W
A
 
A
F
 
L
F
x
H
E
 
E
M
 
H
G
 
I
N
 
L
S
 
G
A
 
A
N
 
N
Q
 
P
A
 
A
W
 
V
L
x
W
M
 
M
Y
 
Y
P
 
A
G
|
G
L
 
-
T
 
G
H
 
A
G
|
G
A
x
F
Y
 
A
E
 
Q
C
 
I
L
 
L
H
 
Y
A
 
H
H
 
L
G
 
G
S
 
T
E
 
E
E
 
E
L
 
Q
K
 
K
A
 
K
A
 
W
Y
 
A
L
 
V
P
 
L
K
 
A
L
 
A
V
 
E
S
 
R
G
 
G
E
 
-
W
 
W
L
 
G
G
 
S
T
 
T
M
|
M
C
 
V
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
H
 
D
C
 
A
G
|
G
T
x
S
D
 
D
L
 
V
G
 
G
L
 
A
L
 
A
R
 
R
T
 
T
K
 
K
A
 
A
T
 
V
P
 
Q
R
 
Q
D
 
A
D
 
D
G
 
G
S
 
S
Y
 
W
A
 
H
I
 
I
T
 
D
G
 
G
S
 
V
K
 
K
I
 
R
F
|
F
I
 
I
S
x
T
A
 
S
G
 
G
E
 
D
H
 
S
-
 
G
D
 
D
M
 
L
T
 
F
P
 
E
N
 
N
I
 
I
V
 
F
H
 
H
L
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
A
R
 
R
L
 
P
P
 
E
G
 
G
A
 
A
P
 
G
E
 
P
G
 
G
S
x
T
K
|
K
G
 
G
I
 
L
S
 
S
L
 
L
F
 
Y
L
 
F
V
 
V
P
 
P
K
 
K
F
 
F
V
 
L
-
 
F
P
 
D
A
 
V
A
 
E
D
 
T
G
 
G
S
 
E
P
 
P
G
 
G
E
 
E
R
 
R
N
 
N
G
 
G
L
 
V
F
 
F
C
 
V
A
 
T
G
 
N
I
 
V
E
 
E
H
 
H
K
 
K
M
 
M
G
 
G
I
 
L
H
 
K
A
 
V
N
 
S
A
 
A
T
 
T
C
 
C
Q
 
E
L
 
L
V
 
A
L
 
F
E
 
G
D
 
Q
-
 
H
-
 
G
-
 
V
-
 
P
A
 
A
R
 
K
G
 
G
W
 
W
L
 
L
I
 
V
G
 
G
E
 
E
P
 
V
H
 
H
R
 
N
G
 
G
L
x
I
A
 
A
A
 
Q
M
 
M
F
|
F
V
 
E
M
 
V
M
 
I
N
 
E
A
 
Q
A
|
A
R
|
R
V
 
M
A
 
M
V
 
V
G
 
G
V
 
T
Q
 
K
S
 
A
L
 
I
G
 
A
L
 
T
G
 
L
E
 
S
V
 
T
A
 
G
Y
 
Y
Q
 
L
N
 
N
A
 
A
A
 
L
A
 
Q
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
D
 
S
R
|
R
R
 
V
Q
|
Q
G
 
G
R
 
A
A
 
D
L
 
L
T
 
T
G
 
Q
P
 
M
A
 
T
E
 
D
P
 
K
D
 
T
K
 
A
P
 
P
A
 
R
D
 
V
T
 
T
L
x
I
L
 
T
V
 
H
H
|
H
P
 
P
D
 
D
V
 
V
R
 
R
R
 
R
M
 
S
L
 
L
L
 
M
T
 
T
A
 
Q
R
 
K
A
 
A
Y
 
Y
T
 
A
E
 
E
G
 
G
A
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
Y
Y
 
L
Y
 
Y
T
 
T
A
 
A
L
 
T
Q
 
F
I
 
Q
D
 
D
-
 
A
-
 
A
I
 
V
E
 
A
H
 
E
H
 
V
H
 
V
P
 
H
D
 
G
E
 
V
D
 
D
A
 
A
R
 
K
R
 
L
D
 
-
A
 
A
A
 
V
D
 
K
V
 
V
V
 
N
A
 
D
L
 
L
L
 
M
T
 
L
P
 
P
I
 
V
C
 
V
K
 
K
A
 
G
F
 
V
V
 
G
T
 
S
D
 
E
N
 
Q
G
 
A
F
 
Y
T
 
A
A
 
K
A
 
L
T
 
T
A
 
E
A
 
S
Q
 
L
Q
|
Q
V
x
T
F
 
L
G
|
G
G
|
G
H
 
S
G
 
G
Y
 
F
I
 
L
H
 
Q
E
 
D
W
 
Y
G
 
P
V
 
I
E
 
E
Q
 
Q
F
 
Y
V
 
I
R
 
R
D
 
D
A
 
A
R
 
K
I
|
I
N
 
D
M
 
S
I
 
L
Y
|
Y
E
x
A
G
 
G
T
|
T
N
 
T
G
 
A
V
x
I
Q
 
Q
A
 
A
L
 
Q
D
|
D
L
 
F
L
 
F
G
 
F
R
|
R
K
|
K
V
 
I
L
 
V
G
 
R
D
 
D
M
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
A
L
 
L
R
 
A
K
 
H
F
 
V
G
 
S
E
 
G
Q
 
Q
V
 
I
K
 
Q
A
 
E
F
 
F
I
 
V
E
 
D
E
 
S
E
 
G
G
 
R
V
 
L
N
 
K
E
 
T
A
 
E
M
 
R
Q
 
A
E
 
L
F
 
L
V
 
A
N
 
K
P
 
A
L
 
L
A
 
T
D
 
D
L
 
V
A
 
Q
G
 
G
K
 
M
V
 
A
E
 
A
K
 
A
M
 
L
T
 
T
-
 
G
-
 
Y
M
 
L
E
 
M
V
 
A
A
 
A
M
 
Q
K
 
Q
A
 
D
M
 
V
G
 
T
N
 
S
R
 
L
D
 
Y
E
 
K
A
 
V
G
 
G
A
 
L
A
 
G
A
 
S
T
 
V
D
 
R
Y
 
F
L
 
L
R
 
M
V
 
S
V
 
V
G
 
G
H
 
D
L
 
L
V
 
I
Y
 
I
A
 
G
W
 
W
L
 
L
F
 
L
A
 
Q
R
 
R
M
 
Q
A
 
A
K
 
A
L
 
V
A
 
A
L
 
V
D
 
A
K
 
A
A
 
L
D
 
D
G
 
A
-
 
G
-
 
A
-
 
T
G
 
G
D
 
D
-
 
E
-
 
R
P
 
S
F
 
F
Y
 
Y
A
 
E
A
 
G
K
 
K
L
 
V
A
 
A
T
 
V
A
 
A
R
 
S
F
 
F
Y
 
F
F
 
A
V
 
K
R
 
N
L
 
F
L
 
L
P
 
P
E
 
L
T
 
L
A
 
T
A
 
S
L
 
T
I
 
R
R
 
E
A
 
V
G
 
I
R
 
E
S
 
T
G
 
L
A
 
D
G
 
N
N
 
D
L
 
I
M
 
M
A
 
E
L
 
L
D
 
D
A
 
E
G
 
A
L
 
A
F
 
F

1bucA Three-dimensional structure of butyryl-coa dehydrogenase from megasphaera elsdenii (see paper)
32% identity, 52% coverage: 144:451/596 of query aligns to 105:375/383 of 1bucA

query
sites
1bucA
G
 
G
S
 
T
E
 
E
E
 
A
L
 
Q
K
 
K
A
 
E
A
 
K
Y
 
F
L
 
L
P
 
V
K
 
P
L
 
L
V
 
V
S
 
E
G
 
G
E
 
T
W
 
K
L
 
L
G
 
G
T
 
A
M
x
F
C
 
G
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
H
 
N
C
 
A
G
|
G
T
|
T
D
 
D
L
 
A
G
 
S
L
 
G
L
 
Q
R
 
Q
T
 
T
K
 
I
A
 
A
T
 
T
P
 
K
R
 
N
D
 
D
D
 
D
G
 
G
S
 
T
Y
 
Y
A
 
T
I
 
L
T
 
N
G
 
G
S
 
S
K
 
K
I
 
I
F
|
F
I
 
I
S
x
T
A
 
N
G
 
G
E
 
-
H
 
-
D
 
-
M
 
-
T
 
G
P
 
A
N
 
A
I
 
D
V
 
I
H
 
Y
L
 
I
V
 
V
L
 
F
A
 
A
R
 
-
L
 
M
P
 
T
G
 
D
A
 
K
P
 
S
E
 
K
G
 
G
S
x
N
K
x
H
G
 
G
I
 
I
S
 
T
L
 
A
F
 
F
L
 
I
V
 
L
P
 
E
K
 
-
F
 
-
V
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
D
 
D
G
 
G
S
 
T
P
 
P
G
 
G
E
 
F
R
 
T
N
 
Y
G
 
G
L
 
-
F
 
-
C
 
-
A
 
-
G
 
K
I
 
K
E
 
E
H
 
D
K
 
K
M
 
M
G
 
G
I
 
I
H
 
H
A
 
T
N
 
S
A
 
Q
T
 
T
C
 
M
Q
 
E
L
 
L
V
 
V
L
 
F
E
 
Q
D
 
D
A
 
V
R
 
K
-
 
V
-
 
P
-
 
A
G
 
E
W
 
N
L
 
M
I
 
L
G
 
G
E
 
E
P
 
E
H
 
G
R
 
K
G
 
G
L
x
F
A
 
K
A
 
I
M
 
A
F
x
M
V
x
M
M
 
T
M
x
L
N
x
D
A
 
G
A
x
G
R
 
R
V
 
I
A
 
G
V
 
V
G
 
A
V
 
A
Q
 
Q
S
 
A
L
 
L
G
 
G
L
 
I
G
 
A
E
 
E
V
 
A
A
 
A
Y
 
L
Q
 
A
N
 
D
A
 
A
A
 
V
A
 
E
Y
 
Y
A
 
S
K
 
K
D
 
Q
R
 
R
R
 
V
Q
 
Q
G
 
-
R
 
-
A
 
-
L
 
-
T
 
-
G
 
-
P
 
-
A
 
-
E
 
-
P
 
F
D
 
G
K
 
K
P
 
P
A
 
-
D
 
-
T
 
-
L
 
L
L
 
C
V
 
K
H
 
F
P
 
Q
D
 
S
V
 
I
R
 
S
R
 
F
M
 
K
L
 
L
L
 
A
T
 
D
A
 
M
R
 
K
A
 
M
Y
 
Q
T
 
I
E
 
E
G
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
N
L
 
L
L
 
V
Y
 
Y
Y
 
K
T
 
A
A
 
A
L
 
-
Q
 
-
I
 
-
D
 
-
I
 
-
E
 
-
H
 
-
H
 
-
H
 
-
P
 
-
D
 
-
E
 
-
D
 
-
A
 
C
R
 
K
R
 
K
D
 
Q
A
 
E
A
 
G
D
 
K
V
 
P
V
 
F
A
x
T
L
 
V
L
 
D
T
 
A
P
 
A
I
 
I
C
 
A
K
 
K
A
 
R
F
 
V
V
 
A
T
 
S
D
 
D
N
 
V
G
 
A
F
 
M
T
 
R
A
 
V
A
 
T
T
 
T
A
 
E
A
 
A
Q
 
V
Q
 
Q
V
 
I
F
 
F
G
 
G
G
 
G
H
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
I
 
S
H
 
E
E
 
E
W
 
Y
G
 
P
V
 
V
E
 
A
Q
 
R
F
 
H
V
 
M
R
 
R
D
 
D
A
 
A
R
 
K
I
 
I
N
 
T
M
 
Q
I
 
I
Y
|
Y
E
|
E
G
|
G
T
|
T
N
 
N
G
x
E
V
 
V
Q
 
Q
A
 
L
L
x
M

Sites not aligning to the query:

Q06319 Acyl-CoA dehydrogenase, short-chain specific; Butyryl-CoA dehydrogenase; BCAD; SCAD; EC 1.3.8.1 from Megasphaera elsdenii (see paper)
32% identity, 52% coverage: 144:451/596 of query aligns to 105:375/383 of Q06319

query
sites
Q06319
G
 
G
S
 
T
E
 
E
E
 
A
L
 
Q
K
 
K
A
 
E
A
 
K
Y
 
F
L
 
L
P
 
V
K
 
P
L
 
L
V
 
V
S
 
E
G
 
G
E
 
T
W
 
K
L
 
L
G
 
G
T
 
A
M
 
F
C
 
G
L
 
L
T
 
T
E
 
E
P
 
P
H
 
N
C
 
A
G
 
G
T
 
T
D
 
D
L
 
A
G
 
S
L
 
G
L
 
Q
R
 
Q
T
 
T
K
 
I
A
 
A
T
 
T
P
 
K
R
 
N
D
 
D
D
 
D
G
 
G
S
 
T
Y
 
Y
A
 
T
I
 
L
T
 
N
G
 
G
S
 
S
K
 
K
I
 
I
F
 
F
I
 
I
S
 
T
A
 
N
G
 
G
E
 
-
H
 
-
D
 
-
M
 
-
T
 
G
P
 
A
N
 
A
I
 
D
V
 
I
H
 
Y
L
 
I
V
 
V
L
 
F
A
 
A
R
 
-
L
 
M
P
 
T
G
 
D
A
 
K
P
 
S
E
 
K
G
 
G
S
 
N
K
 
H
G
 
G
I
 
I
S
 
T
L
 
A
F
 
F
L
 
I
V
 
L
P
 
E
K
 
-
F
 
-
V
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
D
 
D
G
 
G
S
 
T
P
 
P
G
 
G
E
 
F
R
 
T
N
 
Y
G
 
G
L
 
-
F
 
-
C
 
-
A
 
-
G
 
K
I
 
K
E
 
E
H
 
D
K
 
K
M
 
M
G
 
G
I
 
I
H
 
H
A
 
T
N
 
S
A
 
Q
T
 
T
C
 
M
Q
 
E
L
 
L
V
 
V
L
 
F
E
 
Q
D
 
D
A
 
V
R
 
K
-
 
V
-
 
P
-
 
A
G
 
E
W
 
N
L
 
M
I
 
L
G
 
G
E
 
E
P
 
E
H
 
G
R
 
K
G
 
G
L
 
F
A
 
K
A
 
I
M
 
A
F
 
M
V
 
M
M
 
T
M
 
L
N
 
D
A
 
G
A
 
G
R
 
R
V
 
I
A
 
G
V
 
V
G
 
A
V
 
A
Q
 
Q
S
 
A
L
 
L
G
 
G
L
 
I
G
 
A
E
 
E
V
 
A
A
 
A
Y
 
L
Q
 
A
N
 
D
A
 
A
A
 
V
A
 
E
Y
 
Y
A
 
S
K
 
K
D
 
Q
R
 
R
R
 
V
Q
 
Q
G
 
-
R
 
-
A
 
-
L
 
-
T
 
-
G
 
-
P
 
-
A
 
-
E
 
-
P
 
F
D
 
G
K
 
K
P
 
P
A
 
-
D
 
-
T
 
-
L
 
L
L
 
C
V
 
K
H
 
F
P
 
Q
D
 
S
V
 
I
R
 
S
R
 
F
M
 
K
L
 
L
L
 
A
T
 
D
A
 
M
R
 
K
A
 
M
Y
 
Q
T
 
I
E
 
E
G
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
N
L
 
L
L
 
V
Y
 
Y
Y
 
K
T
 
A
A
 
A
L
 
-
Q
 
-
I
 
-
D
 
-
I
 
-
E
 
-
H
 
-
H
 
-
H
 
-
P
 
-
D
 
-
E
 
-
D
 
-
A
 
C
R
 
K
R
 
K
D
 
Q
A
 
E
A
 
G
D
 
K
V
 
P
V
 
F
A
 
T
L
 
V
L
 
D
T
 
A
P
 
A
I
 
I
C
 
A
K
 
K
A
 
R
F
 
V
V
 
A
T
 
S
D
 
D
N
 
V
G
 
A
F
 
M
T
 
R
A
 
V
A
 
T
T
 
T
A
 
E
A
 
A
Q
 
V
Q
 
Q
V
 
I
F
 
F
G
 
G
G
 
G
H
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
I
 
S
H
 
E
E
 
E
W
 
Y
G
 
P
V
 
V
E
 
A
Q
 
R
F
 
H
V
 
M
R
 
R
D
 
D
A
 
A
R
 
K
I
 
I
N
 
T
M
 
Q
I
 
I
Y
 
Y
E
|
E
G
 
G
T
 
T
N
 
N
G
 
E
V
 
V
Q
 
Q
A
 
L
L
 
M

5lnxD Crystal structure of mmgc, an acyl-coa dehydrogenase from bacillus subtilis.
32% identity, 53% coverage: 144:460/596 of query aligns to 99:374/374 of 5lnxD

query
sites
5lnxD
G
 
G
S
 
N
E
 
E
E
 
E
L
 
Q
K
 
K
A
 
M
A
 
K
Y
 
Y
L
 
I
P
 
P
K
 
N
L
 
L
V
 
A
S
 
S
G
 
G
E
 
D
W
 
H
L
 
L
G
 
G
T
 
A
M
 
F
C
 
A
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
H
 
H
C
 
S
G
|
G
T
x
S
D
 
D
L
 
A
G
 
G
L
 
S
L
 
L
R
 
R
T
 
T
K
 
T
A
 
A
T
 
I
P
 
-
R
 
K
D
 
K
D
 
N
G
 
G
S
 
K
Y
 
Y
A
 
L
I
 
L
T
 
N
G
 
G
S
 
S
K
 
K
I
 
I
F
|
F
I
 
I
S
x
T
A
 
N
G
 
G
E
 
-
H
 
-
D
 
-
M
 
-
T
 
G
P
 
A
N
 
A
I
 
D
V
 
I
H
 
Y
L
 
I
V
 
T
L
 
F
A
 
A
R
 
-
L
 
L
P
 
T
G
 
A
A
 
P
P
 
D
E
 
Q
G
 
G
S
 
R
K
 
H
G
 
G
I
 
I
S
 
S
L
 
A
F
 
F
L
 
I
V
 
V
P
 
E
K
 
K
F
 
N
V
 
T
P
 
P
A
 
-
A
 
-
D
 
-
G
 
-
S
 
-
P
 
-
G
 
-
E
 
-
R
 
-
N
 
-
G
 
G
L
 
F
F
 
T
C
 
V
A
 
G
G
 
K
I
 
K
E
 
E
H
 
R
K
 
K
M
 
L
G
 
G
I
 
L
H
 
Y
A
 
G
N
 
S
A
 
N
T
 
T
C
 
T
Q
 
E
L
 
L
V
 
I
L
 
F
E
 
D
D
 
N
A
 
A
-
 
E
-
 
V
-
 
P
R
 
E
G
 
A
W
 
N
L
 
L
I
 
L
G
 
G
E
 
K
P
 
E
H
 
G
R
 
D
G
 
G
L
 
F
A
 
H
A
 
I
M
 
A
F
 
M
V
 
A
M
 
N
M
 
L
N
 
N
A
 
V
A
x
G
R
 
R
V
 
I
A
 
G
V
 
I
G
 
A
V
 
A
Q
 
Q
S
 
A
L
 
L
G
 
G
L
 
I
G
 
A
E
 
E
V
 
A
A
 
A
Y
 
L
Q
 
E
N
 
H
A
 
A
A
 
V
A
 
D
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
D
 
Q
R
|
R
R
 
V
Q
|
Q
-
x
F
G
 
G
R
 
R
A
 
-
L
 
-
T
 
-
G
 
-
P
 
P
A
x
I
E
 
A
P
 
A
D
x
N
K
 
Q
P
 
G
A
x
I
D
 
S
T
 
F
L
 
K
L
 
L
V
 
A
H
 
D
P
 
M
D
 
A
V
 
T
R
 
R
R
 
-
M
 
-
L
 
-
L
 
-
T
 
-
A
 
-
R
 
-
A
 
-
Y
 
-
T
 
A
E
 
E
G
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
H
L
 
L
L
 
V
Y
 
Y
Y
 
H
T
 
A
A
 
A
L
 
-
Q
 
-
I
 
-
D
 
D
I
 
L
E
 
-
H
 
-
H
 
-
H
 
H
P
 
N
D
 
R
E
 
L
D
 
N
A
 
C
R
 
G
R
 
K
D
 
E
A
 
A
A
 
S
D
 
-
V
 
-
V
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
-
T
 
-
P
 
-
I
 
M
C
 
A
K
 
K
A
 
Q
F
 
F
V
 
A
T
 
S
D
 
D
N
 
A
G
 
A
F
 
V
T
 
K
A
 
A
A
 
L
T
 
D
A
 
A
A
 
V
Q
 
-
Q
|
Q
V
x
I
F
 
Y
G
 
G
G
|
G
H
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
I
 
M
H
 
K
E
 
D
W
 
Y
G
 
P
V
 
V
E
 
E
Q
 
R
F
 
L
V
 
L
R
 
R
D
 
D
A
 
A
R
 
K
I
 
V
N
 
T
M
 
Q
I
 
I
Y
|
Y
E
|
E
G
 
G
T
|
T
N
 
N
G
x
E
V
 
I
Q
 
Q
A
 
R
L
 
L
D
 
-
L
 
I
L
 
I
G
 
S
R
x
K
K
 
Y
V
 
L
L
 
L
G
 
G

5ol2F The electron transferring flavoprotein/butyryl-coa dehydrogenase complex from clostridium difficile (see paper)
30% identity, 68% coverage: 49:456/596 of query aligns to 18:375/378 of 5ol2F

query
sites
5ol2F
F
 
F
C
 
A
E
 
E
N
 
N
V
 
E
I
 
V
A
 
K
P
 
P
L
 
L
N
 
-
L
 
-
P
 
-
G
 
-
D
 
-
A
 
-
E
 
-
G
 
A
C
 
T
H
x
E
Y
 
L
D
 
D
R
 
E
D
x
E
T
 
E
R
|
R
S
 
-
V
 
-
T
 
-
T
 
F
P
 
P
K
 
Y
G
 
E
F
 
T
V
 
V
D
 
E
A
 
K
Y
 
M
A
 
A
Q
 
K
Y
 
A
R
 
G
D
 
M
G
 
M
G
 
G
W
 
I
P
 
P
T
 
Y
L
 
P
S
 
K
A
 
E
D
 
Y
P
 
G
D
 
G
H
 
E
G
 
G
G
 
G
Q
 
D
G
 
T
L
 
V
P
 
G
Y
 
Y
V
 
I
L
 
M
N
 
-
T
 
-
A
 
A
F
 
V
F
 
E
E
 
E
M
 
L
G
 
S
N
 
R
S
 
V
A
 
C
N
 
G
Q
 
T
A
 
T
W
 
G
L
 
V
M
 
I
Y
 
L
P
 
S
G
 
A
L
 
H
T
 
T
H
 
S
G
 
L
A
 
G
Y
 
S
E
 
W
C
 
P
L
 
I
H
 
Y
A
 
Q
H
 
Y
G
 
G
S
 
N
E
 
E
E
 
E
L
 
Q
K
 
K
A
 
Q
A
 
K
Y
 
F
L
 
L
P
 
R
K
 
P
L
 
L
V
 
A
S
 
S
G
 
G
E
 
E
W
 
K
L
 
L
G
 
G
T
 
A
M
x
F
C
 
G
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
|
P
H
 
N
C
 
A
G
 
G
T
|
T
D
 
D
L
 
A
G
 
S
L
 
G
L
 
Q
R
 
Q
T
 
T
K
 
T
A
 
A
T
 
V
P
 
-
R
 
L
D
 
D
D
 
G
G
 
D
S
 
E
Y
 
Y
A
 
I
I
 
L
T
 
N
G
 
G
S
 
S
K
 
K
I
 
I
F
|
F
I
|
I
S
x
T
A
 
-
G
 
-
E
 
-
H
 
-
D
 
N
M
 
A
T
 
I
P
 
A
N
 
G
I
 
D
V
 
I
H
 
Y
L
 
V
V
 
V
L
 
M
A
 
A
R
 
-
L
 
M
P
 
T
G
 
D
A
 
K
P
 
S
E
 
K
G
 
G
S
 
N
K
 
K
G
 
G
I
 
I
S
 
S
L
 
A
F
 
F
L
 
I
V
 
V
P
 
E
K
 
K
F
 
-
V
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
D
 
-
G
 
G
S
 
T
P
 
P
G
 
G
E
 
-
R
 
-
N
 
-
G
 
-
L
 
-
F
 
F
C
 
S
A
 
F
G
 
G
I
 
V
-
 
K
E
|
E
H
 
K
K
 
K
M
 
M
G
 
G
I
 
I
H
 
R
A
 
G
N
 
S
A
 
A
T
 
T
C
 
S
Q
 
E
L
 
L
V
 
I
L
 
F
E
 
E
D
 
D
A
 
C
R
 
R
-
 
I
-
 
P
-
 
K
G
 
E
W
 
N
L
 
L
I
 
L
G
 
G
E
 
K
P
 
E
H
 
G
R
 
Q
G
 
G
L
 
F
A
 
K
A
 
I
M
 
A
F
 
M
V
 
S
M
 
T
M
x
L
N
 
D
A
 
G
A
x
G
R
|
R
V
 
I
A
 
G
V
 
I
G
 
A
V
 
A
Q
 
Q
S
 
A
L
 
L
G
 
G
L
 
L
G
 
A
E
 
Q
V
 
G
A
 
A
Y
 
L
Q
 
D
N
 
E
A
 
T
A
 
V
A
 
K
Y
 
Y
A
 
V
K
 
K
D
 
E
R
|
R
R
 
V
Q
 
Q
-
x
F
G
 
G
R
 
R
A
 
P
L
|
L
T
 
S
G
 
-
P
 
-
A
 
-
E
 
-
P
 
-
D
 
-
K
 
K
P
x
F
A
 
Q
D
 
N
T
 
T
L
 
Q
L
 
F
V
 
Q
H
 
L
P
 
A
D
 
D
V
 
M
R
 
E
R
 
-
M
 
-
L
 
-
L
 
-
T
 
-
A
 
-
R
 
-
A
 
V
Y
 
K
T
 
V
E
 
Q
G
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
H
L
 
L
L
 
V
Y
 
Y
Y
 
Q
T
 
A
A
 
A
L
 
I
Q
 
N
I
 
K
D
 
D
I
 
L
E
 
G
H
 
K
H
 
P
H
 
Y
P
 
G
D
 
V
E
 
E
D
 
A
A
 
A
R
 
-
R
 
-
D
 
-
A
 
-
A
 
-
D
 
-
V
 
-
V
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
-
T
 
-
P
 
-
I
 
M
C
 
A
K
 
K
A
 
L
F
 
F
V
 
A
T
 
A
D
 
E
N
 
T
G
 
A
F
 
M
T
 
E
A
 
V
A
 
T
T
 
T
A
 
K
A
 
A
Q
 
V
Q
|
Q
V
x
L
F
 
H
G
|
G
G
|
G
H
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
I
 
T
H
 
R
E
 
D
W
 
Y
G
 
P
V
 
V
E
 
E
Q
 
R
F
 
M
V
 
M
R
 
R
D
 
D
A
 
A
R
 
K
I
 
I
N
 
T
M
 
E
I
 
I
Y
|
Y
E
|
E
G
|
G
T
|
T
N
 
S
G
x
E
V
 
V
Q
 
Q
A
 
R
L
 
M
D
 
V
L
 
I
L
 
S
G
|
G
R
 
K

3pfdC Crystal structure of an acyl-coa dehydrogenase from mycobacterium thermoresistibile bound to reduced flavin adenine dinucleotide solved by combined iodide ion sad mr (see paper)
28% identity, 63% coverage: 83:459/596 of query aligns to 32:368/369 of 3pfdC

query
sites
3pfdC
D
 
E
A
 
A
Y
 
L
A
 
A
Q
 
A
Y
 
L
R
 
N
D
 
S
G
 
S
G
 
G
W
 
F
P
 
S
T
 
A
L
 
I
S
 
H
A
 
V
D
 
P
P
 
E
D
 
E
H
 
Y
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
L
 
A
P
 
D
Y
 
S
V
 
V
L
 
A
N
 
T
T
 
C
A
 
I
F
 
V
F
 
I
E
 
E
M
 
E
G
 
V
N
 
A
S
 
R
A
 
V
N
 
D
Q
 
C
A
 
S
W
 
A
L
 
S
M
 
L
Y
 
I
P
 
P
G
 
A
L
 
V
T
 
N
H
 
K
G
 
L
A
 
G
Y
 
T
E
 
M
C
 
G
L
 
L
H
 
I
A
 
L
H
 
R
G
 
G
S
 
S
E
 
E
E
 
E
L
 
L
K
 
K
A
 
K
A
 
Q
Y
 
V
L
 
L
P
 
P
K
 
A
L
 
V
V
 
A
S
 
S
G
 
G
E
 
E
W
 
A
L
 
M
G
 
A
T
 
S
M
x
Y
C
 
A
L
|
L
T
x
S
E
 
E
P
 
R
H
 
E
C
 
A
G
|
G
T
x
S
D
 
D
L
 
A
G
 
A
L
 
S
L
 
M
R
 
R
T
 
T
K
 
R
A
 
A
T
 
V
P
 
A
R
 
-
D
 
D
D
 
G
G
 
D
S
 
D
Y
 
W
A
 
I
I
 
L
T
 
N
G
 
G
S
 
S
K
 
K
I
 
C
F
x
W
I
|
I
S
x
T
A
 
N
G
 
G
E
 
G
H
 
K
D
 
-
M
 
-
T
 
-
P
 
-
N
 
S
I
 
T
V
 
W
H
 
Y
L
 
T
V
 
V
L
 
M
A
 
A
R
 
-
L
 
V
P
 
T
G
 
D
A
 
P
P
 
D
E
 
K
G
 
G
S
 
A
K
 
N
G
 
G
I
 
I
S
 
S
L
 
A
F
 
F
L
 
M
V
 
V
P
 
H
K
 
K
F
 
-
V
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
D
 
-
G
 
-
S
 
-
P
 
-
G
 
-
E
 
D
R
 
D
N
 
E
G
 
G
L
 
F
F
 
T
C
 
V
A
 
G
G
 
P
I
 
K
E
 
E
H
 
R
K
 
K
M
 
L
G
 
G
I
 
I
H
 
K
A
 
G
N
 
S
A
 
P
T
 
T
C
 
T
Q
 
E
L
 
L
V
 
Y
L
 
F
E
 
E
D
 
N
A
 
C
R
 
R
-
 
I
-
 
P
-
 
G
G
 
D
W
 
R
L
 
I
I
 
I
G
 
G
E
 
E
P
 
P
H
 
G
R
 
T
G
 
G
L
 
F
A
 
K
A
 
T
M
 
A
F
 
L
V
 
A
M
 
T
M
 
L
N
 
D
A
 
H
A
x
T
R
 
R
V
 
P
A
 
T
V
 
I
G
 
G
V
 
A
Q
 
Q
S
 
A
L
 
V
G
 
G
L
 
I
G
 
A
E
 
Q
V
 
G
A
 
A
Y
 
L
Q
 
D
N
 
A
A
 
A
A
 
I
A
 
A
Y
 
Y
A
 
T
K
 
K
D
 
E
R
|
R
R
 
K
Q
 
Q
-
x
F
G
 
G
R
 
R
A
 
P
L
x
V
T
 
S
G
 
D
P
 
-
A
 
-
E
 
-
P
 
-
D
 
-
K
 
-
P
 
-
A
 
-
D
 
-
T
 
-
L
 
-
L
 
-
V
 
-
H
x
N
P
 
Q
D
 
G
V
 
V
R
 
Q
R
 
F
M
 
M
L
 
L
L
 
A
T
 
D
A
 
M
R
 
A
A
 
M
Y
 
K
T
 
I
E
 
E
G
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
L
L
 
M
L
 
V
Y
 
Y
Y
 
S
T
 
A
A
 
A
L
 
-
Q
 
-
I
 
-
D
 
-
I
 
-
E
 
-
H
 
-
H
 
-
H
 
-
P
 
-
D
 
-
E
 
-
D
 
-
A
 
A
R
 
R
R
 
A
D
 
E
A
 
R
A
 
G
D
 
D
V
 
L
V
 
-
A
 
G
L
 
F
L
 
I
T
 
S
P
 
A
I
 
A
C
 
S
K
 
K
A
 
C
F
 
F
V
 
A
T
 
S
D
 
D
N
 
V
G
 
A
F
 
M
T
 
E
A
 
V
A
 
T
T
 
T
A
 
D
A
 
A
Q
 
V
Q
|
Q
V
x
L
F
 
F
G
 
G
G
|
G
H
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
I
 
T
H
 
Q
E
 
D
W
 
F
G
 
P
V
 
V
E
 
E
Q
 
R
F
 
M
V
 
M
R
 
R
D
 
D
A
 
A
R
 
K
I
|
I
N
 
T
M
 
Q
I
 
I
Y
|
Y
E
|
E
G
 
G
T
|
T
N
 
N
G
x
Q
V
 
I
Q
 
Q
A
 
R
L
 
V
D
 
-
L
 
V
L
 
M
G
 
S
R
|
R
K
 
A
V
 
L
L
 
L

Query Sequence

>WP_028312267.1 NCBI__GCF_000482785.1:WP_028312267.1
MPSYRAPLRDMQFVLHELLDAESVLKHLPAHADTGRDTLDAVLEEGAKFCENVIAPLNLP
GDAEGCHYDRDTRSVTTPKGFVDAYAQYRDGGWPTLSADPDHGGQGLPYVLNTAFFEMGN
SANQAWLMYPGLTHGAYECLHAHGSEELKAAYLPKLVSGEWLGTMCLTEPHCGTDLGLLR
TKATPRDDGSYAITGSKIFISAGEHDMTPNIVHLVLARLPGAPEGSKGISLFLVPKFVPA
ADGSPGERNGLFCAGIEHKMGIHANATCQLVLEDARGWLIGEPHRGLAAMFVMMNAARVA
VGVQSLGLGEVAYQNAAAYAKDRRQGRALTGPAEPDKPADTLLVHPDVRRMLLTARAYTE
GARALLYYTALQIDIEHHHPDEDARRDAADVVALLTPICKAFVTDNGFTAATAAQQVFGG
HGYIHEWGVEQFVRDARINMIYEGTNGVQALDLLGRKVLGDMGAKLRKFGEQVKAFIEEE
GVNEAMQEFVNPLADLAGKVEKMTMEVAMKAMGNRDEAGAAATDYLRVVGHLVYAWLFAR
MAKLALDKADGGDPFYAAKLATARFYFVRLLPETAALIRAGRSGAGNLMALDAGLF

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory