SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_028314132.1 NCBI__GCF_000429905.1:WP_028314132.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 5 hits to proteins with known functional sites (download)

1ox4B Towards understanding the mechanism of the complex cyclization reaction catalyzed by imidazole glycerophosphate synthase (see paper)
36% identity, 100% coverage: 1:204/204 of query aligns to 6:215/538 of 1ox4B

query
sites
1ox4B
M
 
V
I
 
V
G
 
H
I
 
V
V
 
I
D
 
D
H
 
V
R
 
E
M
 
S
G
 
G
N
 
N
L
 
L
L
 
Q
S
 
S
V
 
L
Y
 
T
N
 
N
A
 
A
F
 
I
E
 
E
Y
 
H
M
 
L
G
 
G
A
 
Y
D
 
E
V
 
V
E
 
Q
L
 
L
C
 
V
G
 
K
D
 
S
P
 
P
R
 
K
D
 
D
-
 
F
-
 
N
L
 
I
E
 
S
D
 
G
A
 
T
D
 
S
K
 
R
I
 
L
V
 
I
L
 
L
P
 
P
G
 
G
V
 
V
G
 
G
A
 
N
F
 
Y
P
 
G
D
 
H
C
 
F
M
 
V
K
 
D
N
 
N
L
 
L
K
 
F
E
 
N
L
 
R
G
 
G
F
 
F
Q
 
E
E
 
K
V
 
P
L
 
I
N
 
-
R
 
R
L
 
E
V
 
Y
L
 
I
E
 
E
E
 
S
K
 
G
R
 
K
P
 
P
V
 
I
L
 
M
G
 
G
I
 
I
C
 
C
L
 
V
G
 
G
M
 
L
Q
 
Q
V
 
A
M
 
L
A
 
F
E
 
A
W
 
G
G
 
S
E
 
V
E
 
E
F
 
S
G
 
P
E
 
K
H
 
S
Q
 
T
G
 
G
L
 
L
G
 
N
W
 
Y
I
 
I
P
 
D
G
 
F
R
 
K
V
 
L
V
 
S
K
 
R
I
 
F
K
 
-
P
 
-
E
 
D
D
 
D
P
 
S
G
 
E
L
 
K
K
 
P
V
 
V
P
 
P
H
 
E
V
 
I
G
 
G
W
 
W
N
 
N
N
 
S
I
 
C
Q
 
I
Y
 
P
S
 
S
A
 
E
D
 
N
S
 
-
P
 
-
L
 
L
L
 
F
K
 
F
G
 
G
L
 
L
P
 
D
E
 
P
S
 
Y
P
 
K
D
 
R
F
 
Y
Y
 
Y
F
 
F
V
 
V
H
 
H
S
 
S
F
 
F
-
 
A
-
 
A
-
 
I
-
 
L
H
 
N
M
 
S
E
 
E
C
 
K
T
 
K
D
 
K
P
 
N
A
 
L
H
 
E
V
 
N
D
 
D
A
 
G
W
 
W
-
 
K
-
 
I
-
 
A
-
 
K
C
 
A
D
 
K
Y
 
Y
G
 
G
G
 
S
R
 
E
-
 
E
V
 
F
T
 
I
A
 
A
A
 
A
V
 
V
R
 
N
R
 
K
D
 
N
N
 
N
I
 
I
F
 
F
A
 
A
T
 
T
Q
 
Q
F
 
F
H
 
H
P
 
P
E
 
E
K
 
K
S
 
S
Q
 
G
D
 
K
F
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
N
I
 
V
I
 
I
E
 
E
N
 
N
F
 
F
L
 
L
S
 
K
W
 
Q
H
 
Q

Sites not aligning to the query:

P33734 Imidazole glycerol phosphate synthase hisHF; IGP synthase; IGPS; ImGP synthase; EC 4.3.2.10; EC 3.5.1.2 from Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (Baker's yeast) (see paper)
36% identity, 100% coverage: 1:204/204 of query aligns to 3:212/552 of P33734

query
sites
P33734
M
 
V
I
 
V
G
 
H
I
 
V
V
 
I
D
 
D
H
 
V
R
 
E
M
 
S
G
 
G
N
 
N
L
 
L
L
 
Q
S
 
S
V
 
L
Y
 
T
N
 
N
A
 
A
F
 
I
E
 
E
Y
 
H
M
 
L
G
 
G
A
 
Y
D
 
E
V
 
V
E
 
Q
L
 
L
C
 
V
G
 
K
D
 
S
P
 
P
R
 
K
D
 
D
-
 
F
-
 
N
L
 
I
E
 
S
D
 
G
A
 
T
D
 
S
K
 
R
I
 
L
V
 
I
L
 
L
P
 
P
G
 
G
V
 
V
G
 
G
A
 
N
F
 
Y
P
 
G
D
 
H
C
 
F
M
 
V
K
 
D
N
 
N
L
 
L
K
 
F
E
 
N
L
 
R
G
 
G
F
 
F
Q
 
E
E
 
K
V
 
P
L
 
I
N
 
-
R
 
R
L
 
E
V
 
Y
L
 
I
E
 
E
E
 
S
K
 
G
R
 
K
P
 
P
V
 
I
L
 
M
G
 
G
I
 
I
C
 
C
L
 
V
G
 
G
M
 
L
Q
 
Q
V
 
A
M
 
L
A
 
F
E
 
A
W
 
G
G
 
S
E
 
V
E
 
E
F
 
S
G
 
P
E
 
K
H
 
S
Q
 
T
G
 
G
L
 
L
G
 
N
W
 
Y
I
 
I
P
 
D
G
 
F
R
 
K
V
 
L
V
 
S
K
 
R
I
 
F
K
 
-
P
 
-
E
 
D
D
 
D
P
 
S
G
 
E
L
 
K
K
 
P
V
 
V
P
 
P
H
 
E
V
 
I
G
 
G
W
 
W
N
 
N
N
 
S
I
 
C
Q
 
I
Y
 
P
S
 
S
A
 
E
D
 
N
S
 
-
P
 
-
L
 
L
L
 
F
K
 
F
G
 
G
L
 
L
P
 
D
E
 
P
S
 
Y
P
 
K
D
 
R
F
 
Y
Y
 
Y
F
 
F
V
 
V
H
 
H
S
 
S
F
 
F
-
 
A
-
 
A
-
 
I
-
 
L
H
 
N
M
 
S
E
 
E
C
 
K
T
 
K
D
 
K
P
 
N
A
 
L
H
 
E
V
 
N
D
 
D
A
 
G
W
 
W
-
 
K
-
 
I
-
 
A
-
 
K
C
 
A
D
 
K
Y
 
Y
G
 
G
G
 
S
R
 
E
-
 
E
V
 
F
T
 
I
A
 
A
A
 
A
V
 
V
R
 
N
R
 
K
D
 
N
N
 
N
I
 
I
F
 
F
A
 
A
T
 
T
Q
 
Q
F
 
F
H
 
H
P
 
P
E
 
E
K
 
K
S
 
S
Q
 
G
D
 
K
F
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
N
I
 
V
I
 
I
E
 
E
N
 
N
F
 
F
L
 
L
S
 
K
W
 
Q
H
 
Q

Sites not aligning to the query:

1ox5A Towards understanding the mechanism of the complex cyclization reaction catalyzed by imidazole glycerophosphate synthase (see paper)
36% identity, 100% coverage: 1:204/204 of query aligns to 6:215/532 of 1ox5A

query
sites
1ox5A
M
 
V
I
 
V
G
 
H
I
 
V
V
 
I
D
 
D
H
 
V
R
 
E
M
 
S
G
 
G
N
 
N
L
 
L
L
 
Q
S
 
S
V
 
L
Y
 
T
N
 
N
A
 
A
F
 
I
E
 
E
Y
 
H
M
 
L
G
 
G
A
 
Y
D
 
E
V
 
V
E
 
Q
L
 
L
C
 
V
G
 
K
D
 
S
P
 
P
R
 
K
D
 
D
-
 
F
-
 
N
L
 
I
E
 
S
D
 
G
A
 
T
D
 
S
K
 
R
I
 
L
V
 
I
L
 
L
P
 
P
G
 
G
V
 
V
G
 
G
A
 
N
F
 
Y
P
 
G
D
 
H
C
 
F
M
 
V
K
 
D
N
 
N
L
 
L
K
 
F
E
 
N
L
 
R
G
 
G
F
 
F
Q
 
E
E
 
K
V
 
P
L
 
I
N
 
-
R
 
R
L
 
E
V
 
Y
L
 
I
E
 
E
E
 
S
K
 
G
R
 
K
P
 
P
V
 
I
L
 
M
G
 
G
I
 
I
C
 
C
L
 
V
G
 
G
M
 
L
Q
 
Q
V
 
A
M
 
L
A
 
F
E
 
A
W
 
G
G
 
S
E
 
V
E
 
E
F
 
S
G
 
P
E
 
K
H
 
S
Q
 
T
G
 
G
L
 
L
G
 
N
W
 
Y
I
 
I
P
 
D
G
 
F
R
 
K
V
 
L
V
 
S
K
 
R
I
 
F
K
 
-
P
 
-
E
 
D
D
 
D
P
 
S
G
 
E
L
 
K
K
 
P
V
 
V
P
 
P
H
 
E
V
 
I
G
 
G
W
 
W
N
 
N
N
 
S
I
 
C
Q
 
I
Y
 
P
S
 
S
A
 
E
D
 
N
S
 
-
P
 
-
L
 
L
L
 
F
K
 
F
G
 
G
L
 
L
P
 
D
E
 
P
S
 
Y
P
 
K
D
 
R
F
 
Y
Y
 
Y
F
 
F
V
 
V
H
 
H
S
 
S
F
 
F
-
 
A
-
 
A
-
 
I
-
 
L
H
 
N
M
 
S
E
 
E
C
 
K
T
 
K
D
 
K
P
 
N
A
 
L
H
 
E
V
 
N
D
 
D
A
 
G
W
 
W
-
 
K
-
 
I
-
 
A
-
 
K
C
 
A
D
 
K
Y
 
Y
G
 
G
G
 
S
R
 
E
-
 
E
V
 
F
T
 
I
A
 
A
A
 
A
V
 
V
R
 
N
R
 
K
D
 
N
N
 
N
I
 
I
F
 
F
A
 
A
T
 
T
Q
 
Q
F
 
F
H
 
H
P
 
P
E
 
E
K
 
K
S
 
S
Q
 
G
D
 
K
F
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
N
I
 
V
I
 
I
E
 
E
N
 
N
F
 
F
L
 
L
S
 
K
W
 
Q
H
 
Q

Sites not aligning to the query:

7ac8B Molecular basis for the unique allosteric activation mechanism of the heterodimeric imidazole glycerol phosphate synthase complex. (see paper)
33% identity, 98% coverage: 2:201/204 of query aligns to 5:196/202 of 7ac8B

query
sites
7ac8B
I
 
I
G
 
G
I
 
I
V
 
I
D
 
S
H
 
V
R
 
G
M
 
P
G
 
G
N
 
N
L
 
I
L
 
M
S
 
N
V
 
L
Y
 
Y
N
 
R
A
 
G
F
 
V
E
 
K
-
 
R
-
 
A
-
 
S
-
 
E
-
 
N
Y
 
F
M
 
E
G
 
D
A
 
V
D
 
S
V
 
I
E
 
E
L
 
L
C
 
V
G
 
E
D
 
S
P
 
P
R
 
R
D
 
N
L
 
-
E
 
D
D
 
L
A
 
Y
D
 
D
K
 
L
I
 
L
V
 
F
L
 
I
P
 
P
G
 
G
V
 
V
G
|
G
A
 
H
F
 
F
P
 
G
D
 
E
C
 
G
M
 
M
K
 
R
N
 
R
L
 
L
K
 
R
E
 
E
L
 
N
G
 
D
F
 
L
Q
 
I
E
 
D
V
 
F
L
 
V
N
 
R
R
 
K
L
 
H
V
 
V
L
 
-
E
 
E
E
 
D
K
 
E
R
 
R
P
 
Y
V
 
V
L
 
V
G
 
G
I
 
V
C
 
A
L
 
L
G
 
G
M
 
M
Q
|
Q
V
 
L
M
 
L
A
 
F
E
 
E
W
 
E
G
 
S
E
 
E
E
|
E
F
 
A
G
 
P
E
 
G
H
 
V
Q
 
K
G
 
G
L
 
L
G
 
S
W
 
L
I
 
I
P
 
E
G
 
G
R
 
N
V
 
V
V
 
V
K
 
K
I
 
L
K
 
R
P
 
S
E
 
R
D
 
-
P
 
-
G
 
-
L
 
-
K
 
R
V
 
L
P
 
P
H
 
H
V
 
M
G
 
G
W
 
W
N
 
N
N
 
E
I
 
V
Q
 
I
Y
 
F
S
 
K
A
 
D
D
 
T
S
 
F
P
 
P
L
 
-
L
 
-
K
 
-
G
 
-
L
 
-
P
 
-
E
 
-
S
 
N
P
 
G
D
 
Y
F
 
Y
Y
 
Y
F
 
F
V
|
V
H
|
H
S
x
T
F
x
Y
H
 
R
M
 
A
E
 
V
C
 
C
T
 
E
D
 
E
P
 
-
A
 
E
H
 
H
V
 
V
D
 
L
A
 
G
W
 
T
C
 
T
D
 
E
Y
 
Y
G
 
D
G
 
G
R
 
E
V
 
I
-
 
F
T
 
P
A
 
S
A
 
A
V
 
V
R
 
R
R
 
K
D
 
G
N
 
R
I
 
I
F
 
L
A
 
G
T
 
F
Q
 
Q
F
 
F
H
 
H
P
 
P
E
 
E
K
 
K
S
 
S
Q
 
S
D
 
K
F
 
I
G
 
G
L
 
R
K
 
K
I
 
L
I
 
L
E
 
E
N
 
K
F
 
V
L
 
I

8hx8A Crystal structure of 4-amino-4-deoxychorismate synthase from streptomyces venezuelae co-crystallized with chorismate (see paper)
30% identity, 91% coverage: 16:200/204 of query aligns to 17:187/673 of 8hx8A

query
sites
8hx8A
Y
 
H
N
 
N
A
 
L
F
 
F
E
 
Q
Y
 
Y
M
 
I
G
 
G
A
 
-
D
 
-
V
 
-
E
 
E
L
 
A
C
 
T
G
 
G
D
 
Q
P
 
P
R
 
P
-
 
V
-
 
V
-
 
V
-
 
P
-
 
N
-
 
D
-
 
A
-
 
D
-
 
W
-
 
S
-
 
R
-
 
L
D
 
P
L
 
V
E
 
E
D
 
D
A
 
F
D
 
D
K
 
A
I
 
I
V
 
V
L
 
V
-
 
S
P
 
P
G
 
G
V
 
P
G
 
G
A
 
S
F
 
-
P
 
P
D
 
D
C
 
-
M
 
-
K
 
-
N
 
-
L
 
-
K
 
R
E
 
E
L
 
R
G
 
D
F
 
F
Q
 
G
E
 
-
V
 
I
L
 
S
N
 
R
R
 
R
L
 
A
V
 
I
L
 
T
E
 
D
E
 
S
K
 
G
R
 
L
P
 
P
V
 
V
L
 
L
G
 
G
I
 
V
C
 
C
L
 
L
G
 
G
M
 
-
Q
 
-
V
 
-
M
 
-
A
 
-
E
 
-
W
 
-
G
 
-
E
 
-
E
 
-
F
 
-
G
 
-
E
 
-
H
 
H
Q
 
Q
G
 
G
L
 
I
G
 
A
W
 
Q
I
 
L
P
 
F
G
 
G
R
 
G
V
 
T
V
 
V
K
 
G
I
 
L
K
 
A
P
 
P
E
 
E
D
 
P
P
 
M
G
 
H
L
 
G
K
 
R
V
 
V
P
 
-
H
 
-
V
 
-
G
 
-
W
 
-
N
 
S
N
 
E
I
 
V
Q
 
R
Y
 
H
S
 
T
A
 
G
D
 
E
S
 
D
P
 
-
L
 
V
L
 
F
K
 
R
G
 
G
L
 
L
P
 
P
E
 
-
S
 
S
P
 
P
D
 
-
F
 
F
Y
 
T
F
 
A
V
 
V
H
 
R
S
 
Y
F
 
H
H
 
S
M
 
L
E
 
A
C
 
A
T
 
T
D
 
D
-
 
L
P
 
P
A
 
D
H
 
E
V
 
L
D
 
E
-
 
P
-
 
L
A
 
A
W
 
W
C
 
S
D
 
D
Y
 
D
G
 
G
G
 
V
R
 
V
V
 
M
T
 
G
A
 
L
A
 
R
V
 
H
R
 
R
R
 
E
D
 
K
N
 
P
I
 
L
F
 
W
A
 
G
T
 
V
Q
 
Q
F
 
F
H
 
H
P
 
P
E
 
E
K
 
S
-
x
I
S
 
G
Q
x
S
D
 
D
F
 
F
G
 
G
L
 
R
K
 
E
I
 
I
I
 
M
E
 
A
N
 
N
F
 
F

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_028314132.1 NCBI__GCF_000429905.1:WP_028314132.1
MIGIVDHRMGNLLSVYNAFEYMGADVELCGDPRDLEDADKIVLPGVGAFPDCMKNLKELG
FQEVLNRLVLEEKRPVLGICLGMQVMAEWGEEFGEHQGLGWIPGRVVKIKPEDPGLKVPH
VGWNNIQYSADSPLLKGLPESPDFYFVHSFHMECTDPAHVDAWCDYGGRVTAAVRRDNIF
ATQFHPEKSQDFGLKIIENFLSWH

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory