SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_028488110.1 NCBI__GCF_000621325.1:WP_028488110.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 18 hits to proteins with known functional sites (download)

4z9nB Abc transporter / periplasmic binding protein from brucella ovis with glutathione bound
57% identity, 93% coverage: 26:343/343 of query aligns to 3:324/324 of 4z9nB

query
sites
4z9nB
H
 
H
A
 
H
G
 
A
K
 
D
T
 
T
L
 
L
D
 
S
T
 
D
I
 
V
K
 
K
S
 
A
R
 
K
D
 
G
Q
 
F
L
 
L
V
 
Q
C
 
C
G
 
G
V
 
V
N
|
N
V
x
T
A
 
G
L
 
L
A
 
L
G
 
G
F
 
F
S
 
A
S
 
S
T
 
P
D
 
N
S
 
D
E
 
K
G
 
G
K
 
E
W
 
W
S
 
S
G
 
G
M
 
F
D
 
D
V
 
V
D
 
D
Y
 
Y
C
 
C
K
 
R
A
 
A
L
 
V
A
 
A
A
 
S
S
 
A
I
 
I
L
 
F
G
 
G
D
 
D
A
 
P
N
 
T
K
 
K
V
 
V
K
 
K
Y
 
F
V
 
T
P
 
P
L
 
L
N
|
N
A
|
A
Q
 
K
Q
 
E
R
|
R
F
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
S
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
V
D
 
D
I
 
V
L
 
L
S
 
I
R
|
R
N
|
N
T
|
T
T
|
T
W
 
W
T
 
T
L
 
I
T
 
S
R
|
R
D
 
D
A
 
T
S
 
S
L
 
L
G
 
G
A
 
L
N
 
D
F
 
F
V
 
A
G
 
G
V
 
I
M
 
N
Y
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
F
 
F
M
 
M
V
 
I
-
 
N
-
 
S
K
 
K
K
 
K
E
 
L
L
 
A
K
 
G
I
 
I
A
 
N
S
 
S
A
 
A
K
 
L
E
 
Q
L
 
L
N
 
S
G
 
G
A
 
A
T
 
S
V
 
I
C
 
C
T
 
V
Q
|
Q
S
 
A
G
 
G
T
|
T
T
|
T
T
 
T
E
 
E
K
 
L
N
 
N
L
 
M
S
 
A
D
 
D
F
 
Y
A
 
F
R
 
R
A
 
A
N
 
N
K
 
K
L
 
M
D
 
E
I
 
Y
K
 
N
P
 
P
L
 
V
V
 
V
F
 
F
E
 
E
K
 
K
N
x
I
E
 
E
A
 
E
A
 
A
T
 
N
G
 
A
A
 
A
Y
 
Y
Q
 
D
S
 
S
G
 
G
R
 
R
C
 
C
Q
 
D
A
 
A
Y
 
Y
T
 
T
T
|
T
D
|
D
A
 
Q
S
 
S
G
 
S
L
 
L
A
 
Y
A
 
G
E
 
V
R
 
R
S
 
L
I
 
A
S
 
L
K
 
A
T
 
N
P
 
P
D
 
D
E
 
D
H
 
H
M
 
V
I
 
I
L
 
L
P
 
P
E
 
E
I
 
I
I
 
I
S
 
S
K
 
K
E
 
E
P
 
P
L
 
F
G
 
G
P
 
L
L
 
T
V
 
V
R
 
R
R
 
Q
G
 
G
D
 
D
D
 
A
E
 
R
F
 
W
F
 
A
A
 
D
I
 
V
S
 
V
K
 
R
W
 
W
V
 
T
L
 
H
N
 
N
A
 
A
L
 
L
L
 
L
E
 
N
G
 
A
E
 
E
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
L
 
I
T
 
T
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
L
 
V
D
 
E
E
 
E
K
 
M
K
 
K
S
 
K
S
 
S
D
 
D
D
 
N
P
 
P
N
 
D
I
 
I
Q
 
K
R
 
R
I
 
L
L
 
L
G
 
G
T
 
A
S
 
E
E
 
A
N
 
D
-
 
T
-
 
K
M
 
I
G
 
G
T
 
T
L
 
D
L
 
L
G
 
G
L
 
L
D
 
D
K
 
K
E
 
D
W
 
W
A
 
V
Y
 
V
R
 
K
A
 
I
L
 
I
K
 
K
A
 
G
T
 
V
G
 
G
N
 
N
Y
 
Y
G
 
G
E
 
E
I
 
I
F
 
F
E
 
E
R
 
R
N
 
N
V
 
I
G
 
G
K
 
S
D
 
G
S
 
S
P
 
P
L
 
L
K
 
K
L
 
I
E
 
A
R
 
R
G
 
G
L
 
L
N
 
N
Q
 
A
P
 
Q
W
 
W
N
 
N
K
 
K
G
 
G
G
 
G
I
 
L
M
 
Q
Y
 
Y
A
 
G
P
 
I
P
 
P
I
 
V
R
 
R

2v25A Structure of the campylobacter jejuni antigen peb1a, an aspartate and glutamate receptor with bound aspartate (see paper)
32% identity, 62% coverage: 31:243/343 of query aligns to 3:208/231 of 2v25A

query
sites
2v25A
L
 
L
D
 
E
T
 
S
I
 
I
K
 
K
S
 
S
R
 
K
D
 
G
Q
 
Q
L
 
L
V
 
I
C
 
V
G
 
G
V
 
V
N
x
K
V
 
N
A
 
D
L
 
V
A
 
P
G
 
H
F
 
Y
S
 
A
S
 
L
T
 
L
D
 
D
-
 
Q
S
 
A
E
 
T
G
 
G
K
 
E
W
 
I
S
 
K
G
 
G
M
 
F
D
 
E
V
 
V
D
 
D
Y
 
V
C
 
A
K
 
K
A
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
K
S
 
S
I
 
I
L
 
L
G
 
G
D
 
D
A
 
D
N
 
K
K
 
K
V
 
I
K
 
K
Y
 
L
V
 
V
P
 
A
L
 
V
N
 
N
A
 
A
Q
 
K
Q
 
T
R
|
R
F
 
G
T
 
P
A
 
L
L
 
L
Q
 
D
S
 
N
G
 
G
E
 
S
I
 
V
D
 
D
I
 
A
L
 
V
S
 
I
R
 
-
N
 
-
T
 
A
T
|
T
W
 
F
T
|
T
L
 
I
T
 
T
R
 
P
D
 
E
A
x
R
S
 
K
L
 
R
G
 
I
A
 
Y
N
 
N
F
 
F
V
 
S
G
 
E
V
 
P
M
 
Y
Y
 
Y
Y
 
Q
D
 
D
G
 
A
Q
 
I
G
 
G
F
 
L
M
 
L
V
 
V
K
 
L
K
 
K
E
 
E
L
 
K
K
 
K
I
 
Y
A
 
K
S
 
S
A
 
L
K
 
A
E
 
D
L
 
M
N
 
K
G
 
G
A
 
A
T
 
N
V
 
I
C
 
G
T
 
V
Q
 
A
S
 
Q
G
 
A
T
x
A
T
|
T
T
 
T
E
 
K
K
 
K
N
 
A
L
 
I
S
 
G
D
 
E
F
 
A
A
 
A
R
 
K
A
 
K
N
 
I
K
 
G
L
 
I
D
 
D
I
 
V
K
 
K
P
 
F
L
 
S
V
 
E
F
 
F
E
 
P
K
 
D
N
x
Y
E
 
P
A
 
S
A
 
I
T
 
K
G
 
A
A
 
A
Y
 
L
Q
 
D
S
 
A
G
 
K
R
 
R
C
 
V
Q
 
D
A
 
A
Y
 
F
T
 
S
T
 
V
D
|
D
A
 
K
S
 
S
G
x
I
L
 
L
A
 
-
A
 
-
E
 
-
R
 
-
S
 
-
I
 
L
S
 
G
K
 
Y
T
 
V
P
 
D
D
 
D
E
 
K
H
 
S
M
 
E
I
 
I
L
 
L
P
 
P
E
 
D
I
 
S
I
 
F
S
 
E
K
 
P
E
 
Q
P
 
S
L
 
Y
G
 
G
P
 
-
L
 
I
V
 
V
R
 
T
R
 
K
G
 
K
D
 
D
D
 
D
E
 
P
F
 
A
F
 
F
A
 
A

2ia4B Crystal structure of novel amino acid binding protein from shigella flexneri
30% identity, 63% coverage: 27:241/343 of query aligns to 5:221/278 of 2ia4B

query
sites
2ia4B
A
 
A
G
 
G
K
 
S
T
 
T
L
 
L
D
 
D
T
 
K
I
 
I
K
 
A
S
 
K
R
 
N
D
 
G
Q
 
V
L
 
I
V
 
V
C
 
V
G
 
G
V
 
H
N
x
R
V
 
E
A
 
S
L
 
S
A
 
V
G
 
P
F
 
F
S
 
S
S
 
Y
T
 
Y
D
 
D
S
 
N
E
 
Q
G
 
Q
K
 
K
W
 
V
S
 
V
G
 
G
M
 
Y
D
 
S
V
 
Q
D
 
D
Y
 
Y
C
 
S
K
 
N
A
 
A
L
 
I
A
 
V
A
 
E
S
 
A
I
 
V
L
 
K
G
 
K
D
 
K
A
 
L
N
 
N
K
 
K
-
 
P
-
 
D
-
 
L
-
 
Q
V
 
V
K
 
K
Y
 
L
V
 
I
P
 
P
L
 
I
N
 
T
A
x
S
Q
 
Q
Q
 
N
R
|
R
F
 
I
T
 
P
A
 
L
L
 
L
Q
 
Q
S
 
N
G
 
G
E
 
T
I
 
F
D
 
D
I
 
F
L
 
E
S
 
C
R
 
G
N
x
S
T
|
T
T
|
T
W
 
N
T
 
N
L
 
V
T
 
E
R
|
R
D
 
Q
A
 
K
S
 
Q
L
 
-
G
 
-
A
 
A
N
 
A
F
 
F
V
 
S
G
 
D
V
 
T
M
 
I
Y
 
F
Y
 
V
D
 
V
G
 
G
Q
 
T
G
 
R
F
 
L
M
 
L
V
 
T
K
 
K
K
 
K
E
 
G
L
 
G
K
 
D
I
 
I
A
 
K
S
 
D
A
 
F
K
 
A
E
 
D
L
 
L
N
 
K
G
 
G
A
 
K
T
 
A
V
 
V
C
 
V
T
 
V
Q
 
T
S
 
S
G
 
G
T
|
T
T
|
T
T
 
S
E
 
E
K
 
V
N
 
L
L
 
L
S
 
N
D
 
K
F
 
L
A
 
N
R
 
E
A
 
E
N
 
Q
K
 
K
L
 
M
D
 
N
I
 
M
K
 
R
P
 
I
L
 
I
V
 
S
F
 
A
E
 
K
K
 
D
N
x
H
E
 
G
A
 
D
A
 
S
T
 
F
G
 
R
A
 
T
Y
 
L
Q
 
E
S
 
S
G
 
G
R
 
R
C
 
A
Q
 
V
A
 
A
Y
 
F
T
 
M
T
x
M
D
|
D
A
 
D
S
 
A
G
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
G
E
 
E
R
 
R
S
 
A
I
 
K
S
 
A
K
 
K
T
 
K
P
 
P
D
 
D
E
 
N
H
 
W
M
 
D
I
 
I
L
 
V
P
 
G
E
 
K
I
 
P
I
 
Q
S
 
S
K
 
Q
E
 
E
P
 
A
L
 
Y
G
 
G
P
 
C
L
 
M
V
 
L
R
 
R
R
 
K
G
 
D
D
 
D
D
 
P
E
 
Q
F
 
F

2vhaA Debp (see paper)
30% identity, 63% coverage: 27:241/343 of query aligns to 4:220/276 of 2vhaA

query
sites
2vhaA
A
 
A
G
 
G
K
 
S
T
 
T
L
 
L
D
 
D
T
 
K
I
 
I
K
 
A
S
 
K
R
 
N
D
 
G
Q
 
V
L
 
I
V
 
V
C
 
V
G
 
G
V
 
H
N
x
R
V
 
E
A
 
S
L
 
S
A
 
V
G
 
P
F
 
F
S
 
S
S
 
Y
T
 
Y
D
 
D
S
 
N
E
 
Q
G
 
Q
K
 
K
W
 
V
S
 
V
G
 
G
M
 
Y
D
 
S
V
 
Q
D
 
D
Y
 
Y
C
 
S
K
 
N
A
 
A
L
 
I
A
 
V
A
 
E
S
 
A
I
 
V
L
 
K
G
 
K
D
 
K
A
 
L
N
 
N
K
 
K
-
 
P
-
 
D
-
 
L
-
 
Q
V
 
V
K
 
K
Y
 
L
V
 
I
P
 
P
L
 
I
N
 
T
A
x
S
Q
 
Q
Q
 
N
R
|
R
F
 
I
T
 
P
A
 
L
L
 
L
Q
 
Q
S
 
N
G
 
G
E
 
T
I
 
F
D
 
D
I
 
F
L
 
E
S
 
C
R
 
G
N
x
S
T
|
T
T
|
T
W
 
N
T
 
N
L
 
V
T
 
E
R
|
R
D
 
Q
A
 
K
S
 
Q
L
 
-
G
 
-
A
 
A
N
 
A
F
 
F
V
 
S
G
 
D
V
 
T
M
 
I
Y
 
F
Y
 
V
D
 
V
G
 
G
Q
 
T
G
 
R
F
 
L
M
 
L
V
 
T
K
 
K
K
 
K
E
 
G
L
 
G
K
 
D
I
 
I
A
 
K
S
 
D
A
 
F
K
 
A
E
 
D
L
 
L
N
 
K
G
 
G
A
 
K
T
 
A
V
 
V
C
 
V
T
 
V
Q
 
T
S
 
S
G
 
G
T
|
T
T
|
T
T
 
S
E
 
E
K
 
V
N
 
L
L
 
L
S
 
N
D
 
K
F
 
L
A
 
N
R
 
E
A
 
E
N
 
Q
K
 
K
L
 
M
D
 
N
I
 
M
K
 
R
P
 
I
L
 
I
V
 
S
F
 
A
E
 
K
K
 
D
N
x
H
E
 
G
A
 
D
A
 
S
T
 
F
G
 
R
A
 
T
Y
 
L
Q
 
E
S
 
S
G
 
G
R
 
R
C
 
A
Q
 
V
A
 
A
Y
 
F
T
 
M
T
x
M
D
|
D
A
 
D
S
 
A
G
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
G
E
 
E
R
 
R
S
 
A
I
 
K
S
 
A
K
 
K
T
 
K
P
 
P
D
 
D
E
 
N
H
 
W
M
 
D
I
 
I
L
 
V
P
 
G
E
 
K
I
 
P
I
 
Q
S
 
S
K
 
Q
E
 
E
P
 
A
L
 
Y
G
 
G
P
 
C
L
 
M
V
 
L
R
 
R
R
 
K
G
 
D
D
 
D
D
 
P
E
 
Q
F
 
F

5t0wA Crystal structure of the ancestral amino acid-binding protein anccdt- 1, a precursor of cyclohexadienyl dehydratase
32% identity, 67% coverage: 30:259/343 of query aligns to 2:218/229 of 5t0wA

query
sites
5t0wA
T
 
T
L
 
L
D
 
D
T
 
E
I
 
I
K
 
M
S
 
K
R
 
R
D
 
G
Q
 
T
L
 
L
V
 
R
C
 
V
G
 
G
V
 
T
N
x
D
V
 
A
A
 
D
L
x
Y
A
 
K
G
 
P
F
 
F
S
 
S
S
 
F
T
 
K
D
 
D
S
 
K
E
 
N
G
 
G
K
 
Q
W
 
Y
S
 
T
G
 
G
M
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
Y
 
L
C
 
A
K
 
K
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
K
S
 
E
I
 
L
L
 
-
G
 
-
D
 
-
A
 
G
N
 
V
K
 
K
V
 
V
K
 
E
Y
 
F
V
 
V
P
 
P
L
 
T
N
 
T
A
x
W
Q
 
D
Q
 
G
R
 
I
F
 
I
T
 
P
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
S
 
T
G
 
G
E
 
K
I
 
F
D
 
D
I
 
I
L
 
V
S
 
M
R
x
S
N
x
G
T
x
M
T
|
T
W
 
I
T
 
T
L
 
P
T
 
E
R
|
R
D
 
K
A
 
K
S
 
K
L
 
V
G
 
-
A
 
-
N
 
D
F
 
F
V
 
S
G
 
D
V
 
P
M
 
Y
Y
 
M
Y
 
T
D
 
A
G
 
G
Q
 
Q
G
 
T
F
 
I
M
 
L
V
 
V
K
 
K
K
 
K
E
 
D
-
 
N
-
 
A
L
 
D
K
 
K
I
 
I
A
 
K
S
 
S
A
 
F
K
 
E
E
 
D
L
 
L
N
 
N
-
 
K
-
 
P
G
 
D
A
 
V
T
 
K
V
 
V
C
 
A
T
 
V
Q
|
Q
S
 
L
G
 
G
T
|
T
T
|
T
T
 
S
E
 
E
K
 
Q
N
 
A
L
 
A
S
 
K
D
 
E
F
 
F
A
 
L
R
 
P
A
 
K
N
 
A
K
 
K
L
 
I
D
 
-
I
 
-
K
 
-
P
 
-
L
 
R
V
 
T
F
 
F
E
 
E
K
 
N
N
 
N
E
 
A
A
 
E
A
 
A
T
 
F
G
 
Q
A
 
E
Y
 
V
Q
 
V
S
 
S
G
 
G
R
 
R
C
 
A
Q
 
D
A
 
A
Y
 
M
T
 
V
T
 
T
D
|
D
A
 
S
S
 
P
G
 
V
L
 
A
A
 
A
A
 
Y
E
 
Y
R
 
A
S
 
K
I
 
L
S
 
A
K
 
-
T
 
-
P
 
-
D
 
-
E
 
-
H
 
V
M
 
V
I
 
V
L
 
V
P
 
D
E
 
E
I
 
P
I
 
F
S
 
T
K
 
H
E
 
E
P
 
P
L
 
L
G
 
G
P
 
F
L
 
A
V
 
I
R
 
R
R
 
K
G
 
G
D
 
D
D
 
P
E
 
E
F
 
L
F
 
L
A
 
-
I
 
-
S
 
-
K
 
N
W
 
W
V
 
V
L
 
N
N
 
N
A
 
W
L
 
L
L
 
K
E
 
Q
G
 
M
E
 
K
E
 
K
Y
 
D
G
 
G

8ovoA X-ray structure of the sf-iglusnfr-s72a in complex with l-aspartate
30% identity, 63% coverage: 27:241/343 of query aligns to 2:218/503 of 8ovoA

query
sites
8ovoA
A
 
A
G
 
G
K
 
S
T
 
T
L
 
L
D
 
D
T
 
K
I
 
I
K
 
A
S
 
K
R
 
N
D
 
G
Q
 
V
L
 
I
V
 
V
C
 
V
G
 
G
V
 
H
N
x
R
V
 
E
A
 
S
L
 
S
A
 
V
G
 
P
F
 
F
S
 
S
S
 
Y
T
 
Y
D
 
D
S
 
N
E
 
Q
G
 
Q
K
 
K
W
 
V
S
 
V
G
 
G
M
 
Y
D
 
S
V
 
Q
D
 
D
Y
 
Y
C
 
S
K
 
N
A
 
A
L
 
I
A
 
V
A
 
E
S
 
A
I
 
V
L
 
K
G
 
K
D
 
K
A
 
L
N
 
N
K
 
K
-
 
P
-
 
D
-
 
L
-
 
Q
V
 
V
K
 
K
Y
 
L
V
 
I
P
 
P
L
 
I
N
 
T
A
 
A
Q
 
Q
Q
 
N
R
|
R
F
 
I
T
 
P
A
 
L
L
 
L
Q
 
Q
S
 
N
G
 
G
E
 
T
I
 
F
D
 
D
I
 
F
L
 
E
S
 
C
R
 
G
N
x
S
T
 
T
T
|
T
W
 
N
T
 
N
L
 
V
T
 
E
R
|
R
D
 
Q
A
 
K
S
 
Q
L
 
-
G
 
-
A
 
A
N
 
A
F
 
F
V
 
S
G
 
D
V
 
T
M
 
I
Y
 
F
Y
 
V
D
 
V
G
 
G
Q
 
T
G
 
R
F
 
L
M
 
L
V
 
T
K
 
K
K
 
K
E
 
G
L
 
G
K
 
D
I
 
I
A
 
K
S
 
D
A
 
F
K
 
A
E
 
N
L
 
L
N
 
K
G
 
D
A
 
K
T
 
A
V
 
V
C
 
V
T
 
V
Q
 
T
S
 
S
G
 
G
T
|
T
T
|
T
T
 
S
E
 
E
K
 
V
N
 
L
L
 
L
S
 
N
D
 
K
F
 
L
A
 
N
R
 
E
A
 
E
N
 
Q
K
 
K
L
 
M
D
 
N
I
 
M
K
 
R
P
 
I
L
 
I
V
 
S
F
 
A
E
 
K
K
 
D
N
x
H
E
 
G
A
 
D
A
 
S
T
 
F
G
 
R
A
 
T
Y
 
L
Q
 
E
S
 
S
G
 
G
R
 
R
C
 
A
Q
 
V
A
 
A
Y
 
F
T
 
M
T
 
M
D
|
D
A
 
D
S
 
V
G
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
G
E
 
E
R
 
R
S
 
A
I
 
K
S
 
A
K
 
K
T
 
K
P
 
P
D
 
D
E
 
N
H
 
W
M
 
E
I
 
I
L
 
V
P
 
G
E
 
K
I
 
P
I
 
Q
S
 
S
K
 
Q
E
 
E
P
 
A
L
 
Y
G
 
G
P
 
C
L
 
M
V
 
L
R
 
R
R
 
K
G
 
D
D
 
D
D
 
P
E
 
Q
F
 
F

5eyfB Crystal structure of solute-binding protein from enterococcus faecium with bound glutamate
31% identity, 62% coverage: 31:242/343 of query aligns to 6:210/243 of 5eyfB

query
sites
5eyfB
L
 
L
D
 
E
T
 
R
I
 
S
K
 
K
S
 
S
R
 
T
D
 
N
Q
 
E
L
 
I
V
 
I
C
 
W
G
 
G
V
 
V
N
 
K
V
 
Y
A
 
D
L
 
T
A
 
R
G
 
L
F
 
F
S
 
G
S
 
M
T
 
M
D
 
D
S
 
I
E
 
E
G
 
S
K
 
R
-
 
T
W
 
V
S
 
Q
G
 
G
M
 
F
D
 
D
V
 
V
D
 
D
Y
 
I
C
 
A
K
 
K
A
 
A
L
 
I
A
 
T
A
 
K
S
 
K
I
 
I
L
 
L
G
 
G
D
 
D
A
 
N
N
 
G
K
 
K
V
 
T
K
 
E
Y
 
F
V
 
V
P
 
E
L
 
V
N
 
T
A
x
S
Q
 
K
Q
 
T
R
|
R
F
 
I
T
 
P
A
 
L
L
 
L
Q
 
K
S
 
N
G
 
G
E
 
N
I
 
I
D
 
D
I
 
A
L
 
I
S
 
I
R
 
-
N
 
-
T
 
A
T
|
T
W
x
M
T
|
T
L
 
I
T
 
T
R
 
D
D
 
E
A
x
R
S
 
K
L
 
K
G
 
Q
A
 
V
N
 
D
F
 
F
V
 
S
G
 
D
V
 
V
M
 
Y
Y
 
F
Y
 
D
D
 
A
G
 
G
Q
 
Q
G
 
A
F
 
L
M
 
L
V
 
V
K
 
K
K
 
K
E
 
G
L
 
S
K
 
Q
I
 
I
A
 
K
S
 
S
A
 
V
K
 
D
E
 
D
L
 
L
N
 
N
G
 
A
A
 
S
-
 
T
T
 
T
V
 
V
C
 
L
T
 
A
Q
 
V
S
 
K
G
 
G
T
x
S
T
|
T
T
 
S
E
 
A
K
 
A
N
 
N
L
 
I
S
 
-
D
 
-
F
 
-
A
 
-
R
 
R
A
 
Q
N
 
H
K
 
A
L
 
P
D
 
D
I
 
A
K
 
K
P
 
I
L
 
L
V
 
E
F
 
L
E
 
E
K
 
N
N
x
Y
E
 
A
A
 
E
A
 
A
T
 
F
G
 
T
A
 
A
Y
 
L
Q
 
Q
S
 
S
G
 
G
R
 
Q
C
 
G
Q
 
D
A
 
A
Y
 
M
T
 
T
T
 
T
D
|
D
A
 
N
S
 
A
G
 
I
L
 
L
A
 
L
A
 
G
E
 
-
R
 
-
S
 
-
I
 
I
S
 
A
K
 
D
T
 
E
P
 
N
D
 
P
E
 
E
H
 
Y
M
 
E
I
 
L
L
 
V
P
 
G
E
 
G
I
 
T
I
 
F
S
 
T
K
 
N
E
 
E
P
 
P
L
 
Y
G
 
G
P
 
I
L
 
A
V
 
I
R
 
N
R
 
K
G
 
G
D
 
Q
D
 
E
E
 
N
F
 
F
F
 
L

4zv1A An ancestral arginine-binding protein bound to arginine (see paper)
30% identity, 60% coverage: 37:242/343 of query aligns to 3:201/226 of 4zv1A

query
sites
4zv1A
R
 
R
D
 
G
Q
 
T
L
 
L
V
 
R
C
 
V
G
 
G
V
 
T
N
x
E
V
 
A
A
 
T
L
x
F
A
 
P
G
 
P
F
 
F
S
 
G
S
 
F
T
 
K
D
 
D
S
 
E
E
 
N
G
 
G
K
 
K
W
 
L
S
 
V
G
 
G
M
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
Y
 
L
C
 
A
K
 
K
A
 
A
L
 
I
A
 
A
A
 
K
S
 
K
I
 
L
L
 
-
G
 
-
D
 
-
A
 
G
N
 
V
K
 
K
V
 
V
K
 
E
Y
 
F
V
 
K
P
 
P
L
 
M
N
 
D
A
x
F
Q
 
D
Q
 
G
R
 
I
F
 
I
T
 
P
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
S
 
S
G
 
G
E
 
K
I
 
I
D
 
D
I
 
V
L
 
V
S
 
I
R
x
A
N
x
G
T
x
M
T
|
T
W
 
I
T
 
T
L
 
E
T
 
E
R
|
R
D
 
K
A
 
K
S
 
Q
L
 
V
G
 
-
A
 
-
N
 
D
F
 
F
V
 
S
G
 
D
V
 
P
M
 
Y
Y
 
F
Y
 
E
D
 
A
G
 
G
Q
 
Q
G
 
A
F
 
I
M
 
V
V
 
V
K
 
K
K
 
K
-
 
G
E
 
N
L
 
D
K
 
S
I
 
I
A
 
K
S
 
S
A
 
L
K
 
E
E
 
D
L
 
L
N
 
K
G
 
G
A
 
K
T
 
K
V
 
V
C
 
G
T
 
V
Q
|
Q
S
 
L
G
 
G
T
x
S
T
|
T
T
 
S
E
 
E
K
 
Q
N
 
H
L
 
V
S
 
K
D
 
K
F
 
V
A
 
A
R
 
K
A
 
D
N
 
A
K
 
G
L
 
V
D
 
K
I
 
V
K
 
K
P
 
K
L
 
-
V
 
-
F
 
F
E
 
D
K
 
N
N
 
F
E
 
S
A
 
E
A
 
A
T
 
F
G
 
Q
A
 
E
Y
 
L
Q
 
K
S
 
S
G
 
G
R
 
R
C
 
V
Q
 
D
A
 
A
Y
 
V
T
 
V
T
 
T
D
|
D
A
 
N
S
 
A
G
 
-
L
 
-
A
 
V
A
 
A
E
 
L
R
 
A
S
 
Y
I
 
V
S
 
K
K
 
Q
T
 
N
P
 
P
D
 
N
E
 
A
H
 
G
M
 
V
-
 
K
I
 
I
L
 
V
P
 
G
E
 
E
I
 
T
I
 
F
S
 
S
K
 
G
E
 
E
P
 
P
L
 
Y
G
 
G
P
 
I
L
 
A
V
 
V
R
 
R
R
 
K
G
 
G
D
 
N
D
 
S
E
 
E
F
 
L
F
 
L

1xt8B Crystal structure of cysteine-binding protein from campylobacter jejuni at 2.0 a resolution (see paper)
28% identity, 68% coverage: 30:263/343 of query aligns to 6:229/251 of 1xt8B

query
sites
1xt8B
T
 
S
L
 
L
D
 
D
T
 
K
I
 
I
K
 
K
S
 
Q
R
 
N
D
 
G
Q
 
V
L
 
V
V
 
R
C
 
I
G
 
G
V
 
V
N
x
F
V
 
G
A
 
D
L
x
K
A
 
P
G
 
P
F
 
F
S
 
G
S
 
Y
T
 
V
D
 
D
S
 
E
E
 
K
G
 
G
K
 
N
W
 
N
S
 
Q
G
 
G
M
 
Y
D
 
D
V
 
I
D
 
A
Y
 
L
C
 
A
K
 
K
A
 
R
L
 
I
A
 
A
A
 
K
S
 
E
I
 
L
L
 
F
G
 
G
D
 
D
A
 
E
N
 
N
K
 
K
V
 
V
K
 
Q
Y
 
F
V
 
V
P
 
L
L
 
V
N
 
E
A
 
A
Q
 
A
Q
 
N
R
|
R
F
 
V
T
 
E
A
 
F
L
 
L
Q
 
K
S
 
S
G
 
N
E
 
K
I
 
V
D
 
D
I
 
I
L
 
I
S
 
L
R
 
A
N
|
N
T
 
F
T
|
T
W
 
Q
T
 
T
L
 
P
T
 
Q
R
|
R
D
 
A
A
 
E
S
 
Q
L
 
V
G
 
-
A
 
-
N
 
D
F
 
F
V
 
C
G
 
S
V
 
P
M
 
Y
Y
 
M
Y
 
K
D
 
V
G
 
A
Q
 
L
G
 
G
F
 
V
M
 
A
V
 
V
K
 
P
K
 
K
E
 
D
L
 
S
K
 
N
I
 
I
A
 
T
S
 
S
A
 
V
K
 
E
E
 
D
L
 
L
N
 
K
G
 
D
A
 
K
T
 
T
V
 
L
C
 
L
T
 
L
Q
 
N
S
 
K
G
 
G
T
|
T
T
|
T
T
 
A
E
 
D
K
 
A
N
 
Y
L
 
F
S
 
T
D
 
-
F
 
-
A
 
-
R
 
-
A
 
Q
N
 
N
K
 
Y
L
 
P
D
 
N
I
 
I
K
 
K
P
 
T
L
 
L
V
 
K
F
 
Y
E
 
D
K
 
Q
N
 
N
E
 
T
A
 
E
A
 
T
T
 
F
G
 
A
A
 
A
Y
 
L
Q
 
M
S
 
D
G
 
K
R
 
R
C
 
G
Q
 
D
A
 
A
Y
 
L
T
 
S
T
x
H
D
|
D
A
 
N
S
 
T
G
 
L
L
 
L
A
 
F
A
 
A
E
 
-
R
 
-
S
 
W
I
 
V
S
 
K
K
 
D
T
 
H
P
 
P
D
 
D
E
 
F
H
 
K
M
 
M
I
 
G
L
 
I
P
 
K
E
 
E
I
 
L
I
 
G
S
 
N
K
 
K
E
 
D
P
 
V
L
 
I
G
 
A
P
 
P
L
 
A
V
 
V
R
 
K
R
 
K
G
 
G
D
 
D
D
 
K
E
 
E
F
 
-
F
 
-
A
 
-
I
 
L
S
 
K
K
 
E
W
 
F
V
 
I
L
 
D
N
 
N
A
 
L
L
 
I
L
 
I
E
 
K
-
 
L
G
 
G
E
 
Q
E
 
E
Y
 
Q
G
 
F
L
 
F
T
 
H
Q
 
K
A
 
A

4zv2A An ancestral arginine-binding protein bound to glutamine (see paper)
30% identity, 60% coverage: 37:242/343 of query aligns to 3:199/225 of 4zv2A

query
sites
4zv2A
R
 
R
D
 
G
Q
 
T
L
 
L
V
 
R
C
 
V
G
 
G
V
 
T
N
x
E
V
 
A
A
 
T
L
x
F
A
 
P
G
 
P
F
 
F
S
 
G
S
 
F
T
 
K
D
 
D
S
 
E
E
 
N
G
 
G
K
 
K
W
 
L
S
 
V
G
 
G
M
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
Y
 
L
C
 
A
K
 
K
A
 
A
L
 
I
A
 
A
A
 
K
S
 
K
I
 
L
L
 
-
G
 
-
D
 
-
A
 
G
N
 
V
K
 
K
V
 
V
K
 
E
Y
 
F
V
 
K
P
 
P
L
 
M
N
 
D
A
x
F
Q
 
D
Q
 
G
R
 
I
F
 
I
T
 
P
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
S
 
S
G
 
G
E
 
K
I
 
I
D
 
D
I
 
V
L
 
V
S
 
I
R
 
A
N
x
G
T
x
M
T
|
T
W
 
I
T
 
T
L
 
E
T
 
E
R
|
R
D
 
K
A
 
K
S
 
Q
L
 
V
G
 
-
A
 
-
N
 
D
F
 
F
V
 
S
G
 
D
V
 
P
M
 
Y
Y
 
F
Y
 
E
D
 
A
G
 
G
Q
 
Q
G
 
A
F
 
I
M
 
V
V
 
V
K
 
K
K
 
K
-
 
G
E
 
N
L
 
D
K
 
S
I
 
I
A
 
K
S
 
S
A
 
L
K
 
E
E
 
D
L
 
L
N
 
K
G
 
G
A
 
K
T
 
K
V
 
V
C
 
G
T
 
V
Q
 
Q
S
 
L
G
 
G
T
x
S
T
|
T
T
 
S
E
 
E
K
 
Q
N
 
H
L
 
V
S
 
K
D
 
K
F
 
V
A
 
A
R
 
A
A
 
G
N
 
-
K
 
-
L
 
-
D
 
-
I
 
V
K
 
K
P
 
V
L
 
K
V
 
K
F
 
F
E
 
D
K
 
N
N
 
F
E
 
S
A
 
E
A
 
A
T
 
F
G
 
Q
A
 
E
Y
 
L
Q
 
K
S
 
S
G
 
G
R
 
R
C
 
V
Q
 
D
A
 
A
Y
 
V
T
 
V
T
 
T
D
|
D
A
 
N
S
 
A
G
 
-
L
 
-
A
 
V
A
 
A
E
 
L
R
 
A
S
 
Y
I
 
V
S
 
K
K
 
Q
T
 
N
P
 
P
D
 
N
E
 
A
H
 
G
M
 
V
-
 
K
I
 
I
L
 
V
P
 
G
E
 
E
I
 
T
I
 
F
S
 
S
K
 
G
E
 
E
P
 
P
L
 
Y
G
 
G
P
 
I
L
 
A
V
 
V
R
 
R
R
 
K
G
 
G
D
 
N
D
 
S
E
 
E
F
 
L
F
 
L

6h2tA Glnh bound to glu, mycobacterium tuberculosis (see paper)
27% identity, 60% coverage: 25:231/343 of query aligns to 39:237/288 of 6h2tA

query
sites
6h2tA
A
 
A
H
 
E
A
 
A
G
 
D
K
 
A
T
 
A
L
 
V
D
 
A
T
 
D
I
 
I
K
 
R
S
 
A
R
 
R
D
 
G
Q
 
R
L
 
L
V
 
I
C
 
V
G
 
G
V
 
L
N
 
D
V
 
I
A
 
G
L
 
S
A
 
N
G
 
L
F
 
F
S
 
S
S
 
F
T
 
R
D
 
D
S
 
P
-
 
I
E
 
T
G
 
G
K
 
E
W
 
I
S
 
T
G
 
G
M
 
F
D
 
D
V
 
V
D
 
D
Y
 
I
C
 
A
K
 
G
A
 
E
L
 
V
A
 
A
A
 
R
S
 
D
I
 
I
L
 
F
G
 
G
D
 
V
A
 
P
N
 
S
K
 
H
V
 
V
K
 
E
Y
 
Y
V
 
R
P
 
I
L
 
L
N
 
S
A
 
A
Q
 
A
Q
 
E
R
|
R
F
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
S
 
K
G
 
S
E
 
Q
I
 
V
D
 
D
I
 
I
L
 
V
S
 
V
R
 
K
N
x
T
T
 
M
T
x
S
W
 
I
T
 
T
L
 
C
T
 
E
R
|
R
D
 
R
A
 
K
S
 
L
L
 
V
G
 
-
A
 
-
N
 
N
F
 
F
V
 
S
G
 
T
V
 
V
M
 
Y
Y
 
L
Y
 
D
D
 
A
G
 
N
Q
 
Q
G
 
R
F
 
I
M
 
L
V
 
A
K
 
P
K
 
R
E
 
D
L
 
S
K
 
P
I
 
I
A
 
T
S
 
K
A
 
V
K
 
S
E
 
D
L
 
L
N
 
S
G
 
G
A
 
K
T
 
R
V
 
V
C
 
C
T
 
V
Q
 
A
S
 
R
G
 
G
T
|
T
T
|
T
T
 
S
E
 
L
K
 
R
N
 
R
L
 
I
S
 
R
D
 
E
F
 
I
A
 
A
R
 
P
A
 
-
N
 
-
K
 
-
L
 
-
D
 
-
I
 
-
K
 
P
P
 
P
L
 
V
V
 
I
F
 
V
E
 
S
K
 
V
N
 
V
E
 
N
A
x
W
A
 
A
T
 
D
G
 
C
-
 
L
-
 
V
A
 
A
Y
 
L
Q
 
Q
S
 
Q
G
 
R
R
 
E
C
 
I
Q
 
D
A
 
A
Y
 
V
T
 
S
T
 
T
D
|
D
A
 
D
S
 
T
G
 
I
L
 
L
A
 
A
A
 
G
E
 
-
R
 
-
S
 
L
I
 
V
S
 
E
K
 
E
T
 
D
P
 
P
D
 
Y
E
 
L
H
 
H
M
 
I
I
 
V
L
 
G
P
 
P
E
 
D
I
 
-
I
 
M
S
 
A
K
 
D
E
 
Q
P
 
P
L
 
Y
G
 
G

6h20A Glnh bound to asn, mycobacterium tuberculosis (see paper)
27% identity, 60% coverage: 25:231/343 of query aligns to 38:236/287 of 6h20A

query
sites
6h20A
A
 
A
H
 
E
A
 
A
G
 
D
K
 
A
T
 
A
L
 
V
D
 
A
T
 
D
I
 
I
K
 
R
S
 
A
R
 
R
D
 
G
Q
 
R
L
 
L
V
 
I
C
 
V
G
 
G
V
 
L
N
 
D
V
 
I
A
 
G
L
 
S
A
 
N
G
 
L
F
 
F
S
 
S
S
 
F
T
 
R
D
 
D
S
 
P
-
 
I
E
 
T
G
 
G
K
 
E
W
 
I
S
 
T
G
 
G
M
 
F
D
 
D
V
 
V
D
 
D
Y
 
I
C
 
A
K
 
G
A
 
E
L
 
V
A
 
A
A
 
R
S
 
D
I
 
I
L
 
F
G
 
G
D
 
V
A
 
P
N
 
S
K
 
H
V
 
V
K
 
E
Y
 
Y
V
 
R
P
 
I
L
 
L
N
 
S
A
 
A
Q
 
A
Q
 
E
R
|
R
F
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
S
 
K
G
 
S
E
 
Q
I
 
V
D
 
D
I
 
I
L
 
V
S
 
V
R
 
K
N
x
T
T
 
M
T
x
S
W
 
I
T
 
T
L
 
C
T
 
E
R
|
R
D
 
R
A
 
K
S
 
L
L
 
V
G
 
-
A
 
-
N
 
N
F
 
F
V
 
S
G
 
T
V
 
V
M
 
Y
Y
 
L
Y
 
D
D
 
A
G
 
N
Q
 
Q
G
 
R
F
 
I
M
 
L
V
 
A
K
 
P
K
 
R
E
 
D
L
 
S
K
 
P
I
 
I
A
 
T
S
 
K
A
 
V
K
 
S
E
 
D
L
 
L
N
 
S
G
 
G
A
 
K
T
 
R
V
 
V
C
 
C
T
 
V
Q
 
A
S
 
R
G
 
G
T
|
T
T
|
T
T
 
S
E
 
L
K
 
R
N
 
R
L
 
I
S
 
R
D
 
E
F
 
I
A
 
A
R
 
P
A
 
-
N
 
-
K
 
-
L
 
-
D
 
-
I
 
-
K
 
P
P
 
P
L
 
V
V
 
I
F
 
V
E
 
S
K
 
V
N
 
V
E
 
N
A
x
W
A
 
A
T
 
D
G
 
C
-
 
L
-
 
V
A
 
A
Y
 
L
Q
 
Q
S
 
Q
G
 
R
R
 
E
C
 
I
Q
 
D
A
 
A
Y
 
V
T
 
S
T
 
T
D
|
D
A
 
D
S
 
T
G
 
I
L
 
L
A
 
A
A
 
G
E
 
-
R
 
-
S
 
L
I
 
V
S
 
E
K
 
E
T
 
D
P
 
P
D
 
Y
E
 
L
H
 
H
M
 
I
I
 
V
L
 
G
P
 
P
E
 
D
I
 
-
I
 
M
S
 
A
K
 
D
E
 
Q
P
 
P
L
 
Y
G
 
G

6h1uA Glnh bound to asp, mycobacterium tuberculosis (see paper)
27% identity, 60% coverage: 25:231/343 of query aligns to 38:236/287 of 6h1uA

query
sites
6h1uA
A
 
A
H
 
E
A
 
A
G
 
D
K
 
A
T
 
A
L
 
V
D
 
A
T
 
D
I
 
I
K
 
R
S
 
A
R
 
R
D
 
G
Q
 
R
L
 
L
V
 
I
C
 
V
G
 
G
V
 
L
N
 
D
V
 
I
A
 
G
L
 
S
A
 
N
G
 
L
F
 
F
S
 
S
S
 
F
T
 
R
D
 
D
S
 
P
-
 
I
E
 
T
G
 
G
K
 
E
W
 
I
S
 
T
G
 
G
M
 
F
D
 
D
V
 
V
D
 
D
Y
 
I
C
 
A
K
 
G
A
 
E
L
 
V
A
 
A
A
 
R
S
 
D
I
 
I
L
 
F
G
 
G
D
 
V
A
 
P
N
 
S
K
 
H
V
 
V
K
 
E
Y
 
Y
V
 
R
P
 
I
L
 
L
N
 
S
A
 
A
Q
 
A
Q
 
E
R
|
R
F
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
S
 
K
G
 
S
E
 
Q
I
 
V
D
 
D
I
 
I
L
 
V
S
 
V
R
 
K
N
x
T
T
 
M
T
x
S
W
 
I
T
 
T
L
 
C
T
 
E
R
|
R
D
 
R
A
 
K
S
 
L
L
 
V
G
 
-
A
 
-
N
 
N
F
 
F
V
 
S
G
 
T
V
 
V
M
 
Y
Y
 
L
Y
 
D
D
 
A
G
 
N
Q
 
Q
G
 
R
F
 
I
M
 
L
V
 
A
K
 
P
K
 
R
E
 
D
L
 
S
K
 
P
I
 
I
A
 
T
S
 
K
A
 
V
K
 
S
E
 
D
L
 
L
N
 
S
G
 
G
A
 
K
T
 
R
V
 
V
C
 
C
T
 
V
Q
 
A
S
 
R
G
 
G
T
|
T
T
|
T
T
 
S
E
 
L
K
 
R
N
 
R
L
 
I
S
 
R
D
 
E
F
 
I
A
 
A
R
 
P
A
 
-
N
 
-
K
 
-
L
 
-
D
 
-
I
 
-
K
 
P
P
 
P
L
 
V
V
 
I
F
 
V
E
 
S
K
 
V
N
 
V
E
 
N
A
x
W
A
 
A
T
 
D
G
 
C
-
 
L
-
 
V
A
 
A
Y
 
L
Q
 
Q
S
 
Q
G
 
R
R
 
E
C
 
I
Q
 
D
A
 
A
Y
 
V
T
 
S
T
 
T
D
|
D
A
 
D
S
 
T
G
x
I
L
 
L
A
 
A
A
 
G
E
 
-
R
 
-
S
 
L
I
 
V
S
 
E
K
 
E
T
 
D
P
 
P
D
 
Y
E
 
L
H
 
H
M
 
I
I
 
V
L
 
G
P
 
P
E
 
D
I
 
-
I
 
M
S
 
A
K
 
D
E
 
Q
P
 
P
L
 
Y
G
 
G

2yjpA Crystal structure of the solute receptors for l-cysteine of neisseria gonorrhoeae (see paper)
26% identity, 64% coverage: 30:248/343 of query aligns to 3:210/247 of 2yjpA

query
sites
2yjpA
T
 
T
L
 
V
D
 
A
T
 
A
I
 
I
K
 
K
S
 
E
R
 
K
D
 
G
Q
 
V
L
 
I
V
 
R
C
 
I
G
 
G
V
 
V
N
x
F
V
 
G
A
 
D
L
x
K
A
 
P
G
 
P
F
 
F
S
 
G
S
 
Y
T
 
V
D
 
D
S
 
A
E
 
N
G
 
G
K
 
K
W
 
N
S
 
Q
G
 
G
M
 
F
D
 
D
V
 
V
D
 
E
Y
 
I
C
 
A
K
 
K
A
 
D
L
 
L
A
 
A
A
 
K
S
 
D
I
 
L
L
 
L
G
 
G
D
 
S
A
 
P
N
 
D
K
 
K
V
 
V
K
 
E
Y
 
F
V
 
V
P
 
L
L
 
T
N
x
E
A
 
A
Q
 
A
Q
 
N
R
|
R
F
 
V
T
 
E
A
 
Y
L
 
V
Q
 
R
S
 
S
G
 
G
E
 
K
I
 
V
D
 
D
I
 
L
L
 
I
S
 
L
R
 
A
N
|
N
T
x
F
T
|
T
W
 
Q
T
 
T
L
 
P
T
 
E
R
|
R
D
 
A
A
 
E
S
 
A
L
 
V
G
 
-
A
 
-
N
 
D
F
 
F
V
 
A
G
 
D
V
 
P
M
 
Y
Y
 
M
Y
 
K
D
 
V
G
 
A
Q
 
L
G
 
G
F
 
V
M
 
V
V
 
S
K
 
P
K
 
K
E
 
N
L
 
K
K
 
P
I
 
I
A
 
T
S
 
D
A
 
M
K
 
A
E
 
Q
L
 
L
N
 
K
G
 
D
A
 
Q
T
 
T
V
 
L
C
 
L
T
 
V
Q
 
N
S
 
K
G
 
G
T
|
T
T
|
T
T
 
A
E
 
D
K
 
A
N
 
-
L
 
-
S
 
-
D
 
-
F
 
F
A
 
F
R
 
T
A
 
K
N
 
S
K
x
H
L
 
P
D
x
E
I
 
V
K
 
K
P
 
L
L
 
L
V
 
K
F
 
F
E
x
D
K
 
Q
N
 
N
E
 
T
A
 
E
A
 
T
T
 
F
G
 
D
A
 
A
Y
 
L
Q
 
K
S
 
D
G
 
G
R
 
R
C
 
G
Q
 
V
A
 
A
Y
 
L
T
 
A
T
x
H
D
|
D
A
 
N
S
 
A
G
 
L
L
 
L
A
 
W
A
 
A
E
 
-
R
 
-
S
 
W
I
 
A
S
 
K
K
 
E
T
 
N
P
 
P
D
 
N
E
 
F
H
 
E
M
 
V
I
 
A
L
 
I
P
 
G
E
 
N
I
 
L
I
 
G
S
 
P
K
 
A
E
 
E
P
 
F
L
 
I
G
 
A
P
 
P
L
 
A
V
 
V
R
 
Q
R
 
K
G
 
G
D
 
N
D
 
A
E
 
D
F
 
L
F
 
L
A
 
-
I
 
-
S
 
-
K
 
N
W
 
W
V
 
V

6svfA Crystal structure of the p235gk mutant of argbp from t. Maritima (see paper)
27% identity, 66% coverage: 31:258/343 of query aligns to 3:219/229 of 6svfA

query
sites
6svfA
L
 
I
D
 
D
T
 
E
I
 
I
K
 
K
S
 
S
R
 
R
D
 
G
Q
 
Y
L
 
L
V
 
L
C
 
V
G
 
G
V
 
L
N
 
S
V
 
A
A
 
D
L
x
F
A
 
P
G
 
P
F
 
F
S
 
E
S
 
F
T
 
V
D
 
D
S
 
E
E
 
N
G
 
G
K
 
N
W
 
I
S
 
V
G
 
G
M
 
F
D
 
D
V
 
V
D
 
D
Y
 
L
C
 
A
K
 
K
A
 
E
L
 
I
A
 
A
A
 
R
S
 
R
I
 
L
L
 
-
G
 
-
D
 
-
A
 
G
N
 
V
K
 
E
V
 
L
K
 
K
Y
 
I
V
 
V
P
 
D
L
 
M
N
 
T
A
x
F
Q
 
D
Q
 
G
R
 
L
F
 
I
T
 
P
A
 
S
L
 
L
Q
 
L
S
 
T
G
 
K
E
 
K
I
 
I
D
 
D
I
 
V
L
 
I
S
 
I
R
x
S
N
x
G
T
x
M
T
|
T
W
 
I
T
 
T
L
 
E
T
 
E
R
|
R
D
 
K
A
 
K
S
 
V
L
 
V
G
 
A
A
 
F
N
 
S
F
 
-
V
 
-
G
 
-
V
 
D
M
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
D
 
D
-
 
A
G
 
G
Q
 
Q
G
 
V
F
 
I
M
 
V
V
 
V
K
 
R
K
 
K
-
 
D
-
 
S
E
 
D
L
 
F
K
 
R
I
 
P
A
 
K
S
 
T
A
 
Y
K
 
E
E
 
D
L
 
L
N
 
V
G
 
G
A
 
K
T
 
T
V
 
V
C
 
A
T
 
V
Q
|
Q
S
 
I
G
 
G
T
|
T
T
|
T
T
 
G
E
 
D
K
 
I
N
 
E
L
 
V
S
 
S
D
 
K
F
 
Y
A
 
D
R
 
-
A
 
-
N
 
-
K
 
-
L
 
-
D
 
G
I
 
I
K
 
K
P
 
V
L
 
V
V
 
R
F
 
F
E
 
D
K
 
K
N
 
F
E
 
T
A
 
D
A
 
A
T
 
F
G
 
L
A
 
E
Y
 
L
Q
 
K
S
 
R
G
 
G
R
 
R
C
 
A
Q
 
D
A
 
A
Y
 
V
T
 
V
T
 
L
D
|
D
A
 
S
S
 
A
G
 
-
L
 
-
A
 
T
A
 
A
E
 
R
R
 
A
S
 
F
I
 
V
S
 
A
K
 
K
T
 
N
P
 
P
D
 
D
E
 
-
H
 
L
M
 
V
I
 
I
L
 
S
P
 
S
E
 
G
I
 
V
I
 
L
S
 
S
K
 
S
E
 
E
P
 
Q
L
 
Y
G
 
G
P
 
I
L
 
A
V
 
V
R
 
R
R
 
K
G
 
E
D
 
D
D
 
T
E
 
D
F
 
L
F
 
L
A
 
E
I
 
F
S
 
I
K
 
N
W
 
S
V
 
V
L
 
L
N
 
R
A
 
E
L
 
L
L
 
K
E
 
K
G
 
S
E
 
G
E
 
K
Y
 
Y

9e2bC Structure of a solute binding protein from desulfonauticus sp. Bound to l-tryptophan
26% identity, 66% coverage: 30:255/343 of query aligns to 19:238/258 of 9e2bC

query
sites
9e2bC
T
 
T
L
 
L
D
 
E
T
 
T
I
 
I
K
 
L
S
 
K
R
 
R
D
 
G
Q
 
V
L
 
L
V
 
K
C
 
V
G
 
G
V
 
M
N
 
S
V
 
-
A
 
T
L
 
F
A
 
V
G
 
P
F
x
W
S
 
A
S
 
M
T
 
K
D
 
D
S
 
K
E
 
E
G
 
G
K
 
Q
W
 
L
S
 
I
G
 
G
M
 
F
D
 
E
V
 
I
D
 
D
Y
 
V
C
 
A
K
 
K
A
 
R
L
 
L
A
 
A
A
 
R
S
 
D
I
 
M
L
 
-
G
 
-
D
 
-
A
 
G
N
 
V
K
 
K
V
 
V
K
 
Q
Y
 
F
V
 
V
P
 
P
L
 
T
N
 
K
A
x
W
Q
 
S
Q
 
G
R
 
I
F
 
I
T
 
P
A
 
A
L
 
L
Q
 
L
S
 
T
G
 
G
E
 
K
I
 
F
D
 
D
I
 
I
L
 
I
S
 
I
R
 
G
N
x
G
T
x
M
T
x
S
W
 
-
T
 
-
L
 
I
T
 
R
R
 
P
D
 
D
A
x
R
S
 
N
L
 
L
G
 
K
A
 
V
N
 
N
F
 
F
V
 
S
G
 
I
V
 
P
M
 
Y
Y
 
D
Y
 
Y
D
 
S
G
 
G
Q
 
M
G
 
S
F
 
L
M
 
V
V
 
A
K
 
N
K
 
K
E
 
K
L
 
L
K
 
A
-
 
Q
-
 
G
I
 
F
A
 
S
S
 
R
A
 
L
K
 
E
E
 
D
L
 
F
N
 
N
G
 
K
A
 
S
T
 
E
V
 
V
C
 
L
T
 
I
Q
 
A
S
 
A
-
 
R
-
 
L
G
 
G
T
|
T
T
|
T
T
 
A
E
 
A
K
 
K
N
 
A
L
 
A
S
 
E
D
 
K
F
 
Y
A
 
F
R
 
P
A
 
R
N
 
A
K
 
Q
L
 
L
D
 
K
I
 
L
K
 
-
P
 
-
L
 
-
V
 
-
F
 
F
E
 
D
K
 
D
N
 
E
E
 
A
A
 
Q
A
 
A
T
 
I
G
 
Q
A
 
E
Y
 
L
Q
 
L
S
 
N
G
 
G
R
 
R
C
 
V
Q
 
H
A
 
A
Y
 
V
T
 
V
T
 
A
D
 
S
A
 
A
S
 
P
G
 
-
L
 
L
A
 
P
A
 
A
E
 
F
R
 
K
S
 
A
I
 
L
S
 
E
K
 
Y
T
 
P
P
 
-
D
 
-
E
 
E
H
 
Q
M
 
L
I
 
F
L
 
L
P
 
P
-
 
I
-
 
S
E
 
G
I
 
T
I
 
F
S
 
T
K
 
K
E
 
E
P
 
P
L
 
I
G
 
G
P
 
F
L
 
A
V
 
I
R
 
R
R
 
K
G
 
G
D
 
D
D
 
P
E
 
D
F
 
F
F
 
L
-
 
N
A
 
Y
I
 
L
S
 
N
K
 
S
W
 
W
V
 
I
L
 
R
N
 
V
A
 
V
L
 
E
L
 
A
E
 
E
G
 
G

3k4uE Crystal structure of putative binding component of abc transporter from wolinella succinogenes dsm 1740 complexed with lysine
24% identity, 60% coverage: 37:241/343 of query aligns to 3:201/234 of 3k4uE

query
sites
3k4uE
R
 
R
D
 
G
Q
 
E
L
 
L
V
 
R
C
 
V
G
 
G
V
 
L
N
x
E
V
 
P
A
 
G
L
x
Y
A
 
L
G
 
P
F
 
F
S
 
E
S
 
M
T
 
K
D
 
D
S
 
K
E
 
K
G
 
G
K
 
N
W
 
V
S
 
I
G
 
G
M
 
F
D
 
D
V
 
V
D
 
D
Y
 
L
C
 
A
K
 
R
A
 
E
L
 
M
A
 
A
A
 
K
S
 
A
I
 
M
L
 
-
G
 
-
D
 
-
A
 
G
N
 
V
K
 
K
V
 
L
K
 
K
Y
 
L
V
 
V
P
 
P
L
 
T
N
 
S
A
x
W
Q
 
D
Q
 
G
R
 
L
F
 
I
T
 
P
A
 
G
L
 
L
Q
 
V
S
 
T
G
 
E
E
 
K
I
 
F
D
 
D
I
 
I
L
 
I
S
 
I
R
 
S
N
x
G
T
 
M
T
|
T
W
 
-
T
 
-
L
 
I
T
 
S
R
 
Q
D
 
E
A
x
R
S
 
N
L
 
L
G
 
R
A
 
V
N
 
N
F
 
F
V
 
V
G
 
E
V
 
P
M
 
Y
Y
 
I
Y
 
V
D
 
V
G
 
G
Q
 
Q
G
 
S
F
 
L
M
 
L
V
 
V
K
 
K
K
 
K
E
 
G
L
 
L
K
 
E
-
 
K
-
 
G
I
 
V
A
 
K
S
 
S
A
 
Y
K
 
K
E
 
D
L
 
L
N
 
D
G
 
K
A
 
P
-
 
E
-
 
L
T
 
T
V
 
L
C
 
V
T
 
T
Q
x
K
S
 
F
G
 
G
T
x
V
T
x
S
T
 
A
E
 
E
K
 
Y
N
 
A
L
 
A
S
 
K
D
 
R
F
 
L
A
 
F
R
 
K
A
 
N
N
 
A
K
 
K
L
 
L
D
 
K
I
 
-
K
 
-
P
 
-
L
 
-
V
 
T
F
 
Y
E
 
D
K
 
T
N
x
E
E
 
A
A
 
E
A
 
A
T
 
V
G
 
Q
A
 
E
Y
 
V
Q
 
L
S
 
N
G
 
G
R
 
K
C
 
A
Q
 
D
A
 
M
Y
 
F
T
 
I
T
 
F
D
|
D
A
 
L
S
 
P
G
 
F
L
 
N
A
 
V
A
 
A
E
 
F
R
 
M
S
 
A
I
 
-
S
 
Q
K
 
K
T
 
G
P
 
Q
D
 
G
E
 
Y
H
 
L
M
 
V
I
 
H
L
 
L
P
 
D
E
 
T
I
 
S
I
 
L
S
 
T
K
 
Y
E
 
E
P
 
P
L
 
L
G
 
G
P
 
W
L
 
A
V
 
I
R
 
K
R
 
K
G
 
G
D
 
D
D
 
P
E
 
D
F
 
F

4g4pA Crystal structure of glutamine-binding protein from enterococcus faecalis at 1.5 a (see paper)
30% identity, 48% coverage: 39:201/343 of query aligns to 15:171/235 of 4g4pA

query
sites
4g4pA
Q
 
K
L
 
Y
V
 
T
C
 
I
G
 
G
V
 
T
N
 
D
V
 
L
A
 
T
L
x
F
A
 
A
G
 
P
F
 
F
S
 
E
S
 
F
T
 
Q
D
 
D
S
 
S
E
 
K
G
 
G
K
 
K
W
 
Y
S
 
I
G
 
G
M
 
I
D
 
D
V
 
V
D
 
D
Y
 
L
C
 
L
K
 
D
A
 
A
L
 
I
A
 
A
A
 
K
S
 
D
I
 
-
L
 
-
G
 
-
D
 
Q
A
 
D
N
 
F
K
 
E
V
 
V
K
 
D
Y
 
L
V
 
K
P
 
P
L
 
L
N
 
G
A
x
F
Q
 
D
Q
 
S
R
 
A
F
 
V
T
 
Q
A
 
A
L
 
I
Q
 
Q
S
 
S
G
 
K
E
 
Q
I
 
I
D
 
D
I
 
G
L
 
M
S
 
I
R
x
A
N
x
G
T
x
M
T
x
S
W
 
I
T
 
T
L
 
D
T
 
E
R
|
R
D
 
K
A
 
K
S
 
S
L
 
F
G
 
-
A
 
-
N
 
D
F
 
F
V
 
S
G
 
D
V
 
P
M
 
Y
Y
 
F
Y
 
D
D
 
S
G
 
G
Q
 
L
G
 
Q
F
 
L
M
 
A
V
 
V
K
 
K
K
 
K
-
 
G
E
 
N
L
 
D
K
 
K
I
 
I
A
 
K
S
 
S
A
 
Y
K
 
D
E
 
D
L
 
L
N
 
K
G
 
G
A
 
K
T
 
T
V
 
V
C
 
A
T
 
A
Q
x
K
S
 
V
G
 
G
T
|
T
T
x
E
T
 
S
E
 
-
K
 
-
N
 
-
L
 
-
S
 
A
D
 
N
F
 
F
A
 
L
R
 
E
A
 
K
N
 
N
K
 
K
L
 
E
D
 
K
I
 
Y
K
 
D
P
 
Y
L
 
T
V
 
I
F
 
-
E
 
-
K
 
K
N
 
N
-
 
F
E
 
D
A
 
D
A
 
A
T
 
T
G
 
G
A
 
L
Y
 
Y
-
 
K
-
 
A
-
 
L
Q
 
E
S
 
N
G
 
G
R
 
E
C
 
A
Q
 
D
A
 
A
Y
 
I
T
 
V
T
 
D
D
|
D

Query Sequence

>WP_028488110.1 NCBI__GCF_000621325.1:WP_028488110.1
MLKNTLSRTIASVALCATAVVSLPAHAGKTLDTIKSRDQLVCGVNVALAGFSSTDSEGKW
SGMDVDYCKALAASILGDANKVKYVPLNAQQRFTALQSGEIDILSRNTTWTLTRDASLGA
NFVGVMYYDGQGFMVKKELKIASAKELNGATVCTQSGTTTEKNLSDFARANKLDIKPLVF
EKNEAATGAYQSGRCQAYTTDASGLAAERSISKTPDEHMILPEIISKEPLGPLVRRGDDE
FFAISKWVLNALLEGEEYGLTQANLDEKKSSDDPNIQRILGTSENMGTLLGLDKEWAYRA
LKATGNYGEIFERNVGKDSPLKLERGLNQPWNKGGIMYAPPIR

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory