SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_028488593.1 NCBI__GCF_000621325.1:WP_028488593.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1ji0A Crystal structure analysis of the abc transporter from thermotoga maritima
46% identity, 100% coverage: 1:231/231 of query aligns to 6:239/240 of 1ji0A

query
sites
1ji0A
M
 
V
L
 
L
K
 
E
V
 
V
E
 
Q
Q
 
S
L
 
L
N
 
H
Q
 
V
Y
 
Y
Y
|
Y
G
 
G
E
 
A
S
 
I
H
 
H
T
 
A
L
 
I
W
 
K
N
 
G
L
 
I
D
 
D
M
 
L
Q
 
K
V
 
V
P
 
P
E
 
R
G
 
G
E
 
Q
C
 
I
T
 
V
V
 
T
L
 
L
M
 
I
G
 
G
R
 
A
N
 
N
G
|
G
V
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
L
 
L
Q
 
S
C
 
A
I
 
I
M
 
A
G
 
G
L
 
L
I
 
V
K
 
R
A
 
A
R
 
Q
D
 
K
G
 
G
V
 
K
I
 
I
Q
 
I
Y
 
F
Q
 
N
G
 
G
Q
 
Q
N
 
D
L
 
I
L
 
T
E
 
N
V
 
K
D
 
P
A
 
A
E
 
H
K
 
V
R
 
I
A
 
N
N
 
R
L
 
M
G
 
G
I
 
I
G
 
A
Y
 
L
V
 
V
P
 
P
Q
x
E
G
 
G
R
 
R
Q
 
R
I
 
I
F
 
F
P
 
P
L
 
E
L
 
L
T
 
T
V
 
V
E
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
L
L
 
M
I
 
M
G
 
G
L
 
A
P
 
Y
A
 
N
R
 
R
R
 
K
D
 
D
K
 
K
-
 
E
-
 
G
V
 
I
R
 
K
S
 
R
I
 
D
P
 
L
P
 
E
F
 
W
I
 
I
F
 
F
E
 
S
L
 
L
F
 
F
P
 
P
V
 
R
L
 
L
K
 
K
E
 
E
M
 
R
L
 
L
G
 
K
R
 
Q
R
 
L
G
 
G
G
 
G
D
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
M
L
 
L
A
 
A
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
M
L
 
S
D
 
R
P
 
P
K
 
K
L
 
L
L
 
L
I
 
M
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
S
E
 
L
G
 
G
I
 
L
Q
 
A
P
 
P
N
 
I
I
 
L
V
 
V
A
 
S
E
 
E
I
 
V
G
 
F
D
 
E
I
 
V
I
 
I
R
 
Q
K
 
K
L
 
I
N
 
N
K
 
Q
D
 
E
I
 
-
G
 
G
L
 
T
T
 
T
V
 
I
L
 
L
L
 
L
V
 
V
E
 
E
Q
 
Q
K
 
N
L
 
A
P
 
L
F
 
G
A
 
A
R
 
L
K
 
K
V
 
V
G
 
A
D
 
H
R
 
Y
F
 
G
C
 
Y
I
 
V
L
 
L
D
 
E
R
 
T
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
I
V
 
V
A
 
L
Q
 
E
G
 
G
A
 
K
M
 
A
A
 
S
E
 
E
L
 
L
-
 
L
-
 
D
N
 
N
E
 
E
G
 
M
L
 
V
I
 
R
Q
 
K
R
 
A
Y
 
Y
L
 
L
T
 
G
V
 
V

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
32% identity, 95% coverage: 1:220/231 of query aligns to 2:223/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
M
 
I
L
 
I
K
 
R
V
 
I
E
 
R
Q
 
N
L
 
L
N
 
H
Q
 
K
Y
 
W
Y
x
F
G
 
G
E
 
P
S
 
L
H
 
H
T
x
V
L
 
L
W
 
K
N
 
G
L
 
I
D
 
H
M
 
L
Q
 
E
V
 
V
P
 
A
E
 
P
G
 
G
E
 
E
C
 
K
T
 
L
V
 
V
L
 
I
M
 
I
G
 
G
R
 
P
N
x
S
G
|
G
V
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
L
 
I
Q
 
R
C
 
T
I
 
I
M
 
N
G
 
R
L
 
L
I
 
E
K
 
D
A
 
F
R
 
Q
D
 
E
G
 
G
V
 
E
I
 
V
Q
 
V
Y
 
V
Q
 
D
G
 
G
Q
 
L
N
 
S
L
 
V
L
 
K
E
 
D
V
 
D
D
 
R
A
 
A
E
 
L
K
 
R
R
 
E
A
 
I
N
 
R
L
 
R
G
 
E
I
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
G
 
Q
R
 
F
Q
 
N
I
 
L
F
 
F
P
 
P
L
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
V
L
 
T
I
 
L
G
 
A
L
 
-
P
 
P
A
 
M
R
 
R
-
 
V
-
 
R
-
 
R
-
 
W
-
 
P
R
 
R
D
 
E
K
 
K
V
 
A
R
 
E
S
 
K
I
 
K
P
 
A
P
 
L
F
 
E
I
 
L
F
 
L
E
 
E
L
 
R
F
 
V
P
 
G
V
 
I
L
 
L
K
 
D
E
 
Q
M
 
A
L
 
-
G
 
R
R
 
K
R
 
Y
G
 
P
G
 
A
D
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
L
 
M
D
 
E
P
 
P
K
 
K
L
 
I
L
 
M
I
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
E
 
S
G
 
A
I
 
L
Q
 
D
P
 
P
N
 
E
I
 
M
V
 
V
A
 
G
E
 
E
I
 
V
G
 
L
D
 
D
I
 
V
I
 
M
R
 
R
K
 
D
L
 
L
N
 
A
K
 
Q
D
 
G
I
 
-
G
 
G
L
 
M
T
 
T
V
 
M
L
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
K
 
E
L
 
M
P
 
G
F
 
F
A
 
A
R
 
R
K
 
E
V
 
V
G
 
A
D
 
D
R
 
R
F
 
V
C
 
V
I
 
F
L
 
M
D
 
D
R
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
I
V
 
V
A
 
E
Q
 
E
G
 
G
A
 
R
M
 
P
A
 
E
E
 
E
L
 
I

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
30% identity, 93% coverage: 1:215/231 of query aligns to 4:232/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
M
 
I
L
 
L
K
 
R
V
 
T
E
 
E
Q
 
N
L
 
I
N
 
V
Q
 
K
Y
 
Y
Y
x
F
G
 
G
E
 
E
S
x
F
H
 
K
T
 
A
L
 
L
W
 
D
N
 
G
L
 
V
D
 
S
M
 
I
Q
 
S
V
 
V
P
 
N
E
 
K
G
 
G
E
 
D
C
 
V
T
 
T
V
 
L
L
 
I
M
 
I
G
 
G
R
 
P
N
|
N
G
|
G
V
 
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
L
 
I
Q
 
N
C
 
V
I
 
I
M
 
T
G
 
G
L
 
F
I
 
L
K
 
K
A
 
A
R
 
D
D
 
E
G
 
G
V
 
R
I
 
V
Q
 
Y
Y
 
F
Q
 
E
G
 
N
Q
 
K
N
 
D
L
 
I
L
 
T
E
 
N
V
 
K
D
 
E
A
 
P
E
 
A
K
 
E
R
 
L
A
 
Y
N
 
H
L
 
Y
G
 
G
I
 
I
G
 
V
Y
 
R
V
 
T
P
 
F
Q
 
Q
G
 
T
R
 
P
Q
 
Q
I
 
P
F
 
L
P
 
K
L
 
E
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
L
 
L
I
 
I
G
 
G
-
 
E
-
 
I
-
 
C
-
 
P
-
 
G
-
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
S
-
 
L
-
 
F
-
 
Y
-
 
K
-
 
K
-
 
W
L
 
I
P
 
P
A
 
K
R
 
E
R
 
E
D
 
E
K
 
M
V
 
V
R
 
E
S
 
K
I
 
-
P
 
-
P
 
A
F
 
F
I
 
K
F
 
I
E
 
L
L
 
E
F
 
F
P
 
L
V
 
K
L
 
L
K
 
S
E
 
H
M
 
L
L
 
Y
G
 
D
R
 
R
R
 
K
G
 
A
G
 
G
D
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
M
Q
 
K
Q
 
L
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
M
L
 
T
D
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
M
L
 
I
I
 
V
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
I
E
 
A
G
 
G
I
 
V
Q
 
A
P
 
P
N
 
G
I
 
L
V
 
A
A
 
H
E
 
D
I
 
I
G
 
F
D
 
N
I
 
H
I
 
V
R
 
L
K
 
E
L
 
L
N
 
-
K
 
K
D
 
A
I
 
K
G
 
G
L
 
I
T
 
T
V
 
F
L
 
L
L
 
I
V
 
I
E
 
E
Q
 
H
K
 
R
L
 
L
P
 
D
F
 
I
A
 
V
R
 
L
K
 
N
V
 
Y
G
 
I
D
 
D
R
 
H
F
 
L
C
 
Y
I
 
V
L
 
M
D
 
F
R
 
N
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
I
V
 
I
A
 
A
Q
 
E
G
 
G

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
30% identity, 93% coverage: 1:215/231 of query aligns to 4:232/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
M
 
I
L
 
L
K
 
R
V
 
T
E
 
E
Q
 
N
L
 
I
N
 
V
Q
 
K
Y
 
Y
Y
x
F
G
 
G
E
 
E
S
x
F
H
 
K
T
 
A
L
 
L
W
 
D
N
 
G
L
 
V
D
 
S
M
 
I
Q
 
S
V
 
V
P
 
C
E
 
K
G
 
G
E
 
D
C
 
V
T
 
T
V
 
L
L
 
I
M
 
I
G
 
G
R
 
P
N
 
N
G
|
G
V
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
L
 
I
Q
 
N
C
 
V
I
 
I
M
 
T
G
 
G
L
 
F
I
 
L
K
 
K
A
 
A
R
 
D
D
 
E
G
 
G
V
 
R
I
 
V
Q
 
Y
Y
 
F
Q
 
E
G
 
N
Q
 
K
N
 
D
L
 
I
L
 
T
E
 
N
V
 
K
D
 
E
A
 
P
E
 
A
K
 
E
R
 
L
A
 
Y
N
 
H
L
 
Y
G
 
G
I
 
I
G
 
V
Y
 
R
V
 
T
P
 
F
Q
 
Q
G
 
T
R
 
P
Q
 
Q
I
 
P
F
 
L
P
 
K
L
 
E
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
L
 
L
I
 
I
G
 
G
-
 
E
-
 
I
-
 
N
-
 
P
-
 
G
-
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
S
-
 
L
-
 
F
-
 
Y
-
 
K
-
 
K
-
 
W
L
 
I
P
 
P
A
 
K
R
 
E
R
 
E
D
 
E
K
 
M
V
 
V
R
 
E
S
 
K
I
 
-
P
 
-
P
 
A
F
 
F
I
 
K
F
 
I
E
 
L
L
 
E
F
 
F
P
 
L
V
 
K
L
 
L
K
 
S
E
 
H
M
 
L
L
 
Y
G
 
D
R
 
R
R
 
K
G
 
A
G
 
G
D
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
M
Q
 
K
Q
 
L
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
M
L
 
T
D
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
M
L
 
I
I
 
V
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
I
E
 
A
G
 
G
I
 
V
Q
 
A
P
 
P
N
 
G
I
 
L
V
 
A
A
 
H
E
 
D
I
 
I
G
 
F
D
 
N
I
 
H
I
 
V
R
 
L
K
 
E
L
 
L
N
 
-
K
 
K
D
 
A
I
 
K
G
 
G
L
 
I
T
 
T
V
 
F
L
 
L
L
 
I
V
 
I
E
 
E
Q
 
H
K
 
R
L
 
L
P
 
D
F
 
I
A
 
V
R
 
L
K
 
N
V
 
Y
G
 
I
D
 
D
R
 
H
F
 
L
C
 
Y
I
 
V
L
 
M
D
 
F
R
 
N
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
I
V
 
I
A
 
A
Q
 
E
G
 
G

3c4jA Abc protein artp in complex with atp-gamma-s
32% identity, 95% coverage: 1:220/231 of query aligns to 3:225/242 of 3c4jA

query
sites
3c4jA
M
 
M
L
 
I
K
 
D
V
 
V
E
 
H
Q
 
Q
L
 
L
N
 
K
Q
 
K
Y
 
S
Y
x
F
G
 
G
E
 
S
S
 
L
H
 
E
T
x
V
L
 
L
W
 
K
N
 
G
L
 
I
D
 
N
M
 
V
Q
 
H
V
 
I
P
 
R
E
 
E
G
 
G
E
 
E
C
 
V
T
 
V
V
 
V
L
 
V
M
 
I
G
 
G
R
 
P
N
x
S
G
|
G
V
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
F
L
 
L
Q
 
R
C
 
C
I
 
L
M
 
N
G
 
L
L
 
L
I
 
E
K
 
D
A
 
F
R
 
D
D
 
E
G
 
G
V
 
E
I
 
I
Q
 
I
Y
 
I
Q
 
D
G
 
G
Q
 
I
N
 
N
L
 
L
L
 
K
E
 
A
V
 
K
D
 
D
A
 
T
E
 
N
-
 
L
K
 
N
R
 
K
A
 
V
N
 
R
L
 
E
G
 
E
I
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
G
 
R
R
 
F
Q
 
N
I
 
L
F
 
F
P
 
P
L
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
N
N
 
N
L
 
I
L
 
T
I
 
L
G
 
A
-
 
P
L
 
M
P
 
K
A
 
V
R
 
R
R
 
K
D
 
W
K
 
P
V
 
R
R
 
E
S
 
K
I
 
A
P
 
E
P
 
A
F
 
K
I
 
A
F
 
M
E
 
E
L
 
L
F
 
L
P
 
D
V
 
K
-
 
V
-
 
G
L
 
L
K
 
K
E
 
D
M
 
K
L
 
A
G
 
H
R
 
A
R
 
Y
G
 
P
G
 
D
D
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
Q
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
L
 
M
D
 
E
P
 
P
K
 
K
L
 
I
L
 
M
I
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
E
 
S
G
 
A
I
 
L
Q
 
D
P
 
P
N
 
E
I
 
M
V
 
V
A
 
G
E
 
E
I
 
V
G
 
L
D
 
S
I
 
V
I
 
M
R
 
K
K
 
Q
L
 
L
N
 
A
K
 
N
D
 
E
I
 
-
G
 
G
L
 
M
T
 
T
V
 
M
L
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
K
 
E
L
 
M
P
 
G
F
 
F
A
 
A
R
 
R
K
 
E
V
 
V
G
 
G
D
 
D
R
 
R
F
 
V
C
 
L
I
 
F
L
 
M
D
 
D
R
 
G
G
 
G
Q
 
Y
Q
 
I
V
 
I
A
 
E
Q
 
E
G
 
G
A
 
K
M
 
P
A
 
E
E
 
D
L
 
L

3c41J Abc protein artp in complex with amp-pnp/mg2+
32% identity, 95% coverage: 1:220/231 of query aligns to 3:225/242 of 3c41J

query
sites
3c41J
M
 
M
L
 
I
K
 
D
V
 
V
E
 
H
Q
 
Q
L
 
L
N
 
K
Q
 
K
Y
 
S
Y
x
F
G
 
G
E
 
S
S
 
L
H
 
E
T
x
V
L
 
L
W
 
K
N
 
G
L
 
I
D
 
N
M
 
V
Q
 
H
V
 
I
P
 
R
E
 
E
G
 
G
E
 
E
C
 
V
T
 
V
V
 
V
L
 
V
M
 
I
G
 
G
R
 
P
N
x
S
G
|
G
V
 
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
F
L
 
L
Q
 
R
C
 
C
I
 
L
M
 
N
G
 
L
L
 
L
I
 
E
K
 
D
A
 
F
R
 
D
D
 
E
G
 
G
V
 
E
I
 
I
Q
 
I
Y
 
I
Q
 
D
G
 
G
Q
 
I
N
 
N
L
 
L
L
 
K
E
 
A
V
 
K
D
 
D
A
 
T
E
 
N
-
 
L
K
 
N
R
 
K
A
 
V
N
 
R
L
 
E
G
 
E
I
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
G
 
R
R
 
F
Q
 
N
I
 
L
F
 
F
P
 
P
L
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
N
N
 
N
L
 
I
L
 
T
I
 
L
G
 
A
-
 
P
L
 
M
P
 
K
A
 
V
R
 
R
R
 
K
D
 
W
K
 
P
V
 
R
R
 
E
S
 
K
I
 
A
P
 
E
P
 
A
F
 
K
I
 
A
F
 
M
E
 
E
L
 
L
F
 
L
P
 
D
V
 
K
-
 
V
-
 
G
L
 
L
K
 
K
E
 
D
M
 
K
L
 
A
G
 
H
R
 
A
R
 
Y
G
 
P
G
 
D
D
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
Q
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
L
 
M
D
 
E
P
 
P
K
 
K
L
 
I
L
 
M
I
 
L
L
 
F
D
|
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
E
 
S
G
 
A
I
 
L
Q
 
D
P
 
P
N
 
E
I
 
M
V
 
V
A
 
G
E
 
E
I
 
V
G
 
L
D
 
S
I
 
V
I
 
M
R
 
K
K
 
Q
L
 
L
N
 
A
K
 
N
D
 
E
I
 
-
G
 
G
L
 
M
T
 
T
V
 
M
L
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
K
 
E
L
 
M
P
 
G
F
 
F
A
 
A
R
 
R
K
 
E
V
 
V
G
 
G
D
 
D
R
 
R
F
 
V
C
 
L
I
 
F
L
 
M
D
 
D
R
 
G
G
 
G
Q
 
Y
Q
 
I
V
 
I
A
 
E
Q
 
E
G
 
G
A
 
K
M
 
P
A
 
E
E
 
D
L
 
L

2olkA Abc protein artp in complex with adp-beta-s
32% identity, 95% coverage: 1:220/231 of query aligns to 3:225/242 of 2olkA

query
sites
2olkA
M
 
M
L
 
I
K
 
D
V
 
V
E
 
H
Q
 
Q
L
 
L
N
 
K
Q
 
K
Y
 
S
Y
x
F
G
 
G
E
 
S
S
 
L
H
 
E
T
x
V
L
 
L
W
 
K
N
 
G
L
 
I
D
 
N
M
 
V
Q
 
H
V
 
I
P
 
R
E
 
E
G
 
G
E
 
E
C
 
V
T
 
V
V
 
V
L
 
V
M
 
I
G
 
G
R
 
P
N
x
S
G
|
G
V
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
F
L
 
L
Q
 
R
C
 
C
I
 
L
M
 
N
G
 
L
L
 
L
I
 
E
K
 
D
A
 
F
R
 
D
D
 
E
G
 
G
V
 
E
I
 
I
Q
 
I
Y
 
I
Q
 
D
G
 
G
Q
 
I
N
 
N
L
 
L
L
 
K
E
 
A
V
 
K
D
 
D
A
 
T
E
 
N
-
 
L
K
 
N
R
 
K
A
 
V
N
 
R
L
 
E
G
 
E
I
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
G
 
R
R
 
F
Q
 
N
I
 
L
F
 
F
P
 
P
L
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
N
N
 
N
L
 
I
L
 
T
I
 
L
G
 
A
-
 
P
L
 
M
P
 
K
A
 
V
R
 
R
R
 
K
D
 
W
K
 
P
V
 
R
R
 
E
S
 
K
I
 
A
P
 
E
P
 
A
F
 
K
I
 
A
F
 
M
E
 
E
L
 
L
F
 
L
P
 
D
V
 
K
-
 
V
-
 
G
L
 
L
K
 
K
E
 
D
M
 
K
L
 
A
G
 
H
R
 
A
R
 
Y
G
 
P
G
 
D
D
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
Q
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
L
 
M
D
 
E
P
 
P
K
 
K
L
 
I
L
 
M
I
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
E
 
S
G
 
A
I
 
L
Q
 
D
P
 
P
N
 
E
I
 
M
V
 
V
A
 
G
E
 
E
I
 
V
G
 
L
D
 
S
I
 
V
I
 
M
R
 
K
K
 
Q
L
 
L
N
 
A
K
 
N
D
 
E
I
 
-
G
 
G
L
 
M
T
 
T
V
 
M
L
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
K
 
E
L
 
M
P
 
G
F
 
F
A
 
A
R
 
R
K
 
E
V
 
V
G
 
G
D
 
D
R
 
R
F
 
V
C
 
L
I
 
F
L
 
M
D
 
D
R
 
G
G
 
G
Q
 
Y
Q
 
I
V
 
I
A
 
E
Q
 
E
G
 
G
A
 
K
M
 
P
A
 
E
E
 
D
L
 
L

2oljA Abc protein artp in complex with adp/mg2+
32% identity, 95% coverage: 1:220/231 of query aligns to 3:225/242 of 2oljA

query
sites
2oljA
M
 
M
L
 
I
K
 
D
V
 
V
E
 
H
Q
 
Q
L
 
L
N
 
K
Q
 
K
Y
 
S
Y
x
F
G
 
G
E
 
S
S
 
L
H
 
E
T
x
V
L
 
L
W
 
K
N
 
G
L
 
I
D
 
N
M
 
V
Q
 
H
V
 
I
P
 
R
E
 
E
G
 
G
E
 
E
C
 
V
T
 
V
V
 
V
L
 
V
M
 
I
G
 
G
R
 
P
N
x
S
G
|
G
V
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
F
L
 
L
Q
 
R
C
 
C
I
 
L
M
 
N
G
 
L
L
 
L
I
 
E
K
 
D
A
 
F
R
 
D
D
 
E
G
 
G
V
 
E
I
 
I
Q
 
I
Y
 
I
Q
 
D
G
 
G
Q
 
I
N
 
N
L
 
L
L
 
K
E
 
A
V
 
K
D
 
D
A
 
T
E
 
N
-
 
L
K
 
N
R
 
K
A
 
V
N
 
R
L
 
E
G
 
E
I
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
G
 
R
R
 
F
Q
 
N
I
 
L
F
 
F
P
 
P
L
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
N
N
 
N
L
 
I
L
 
T
I
 
L
G
 
A
-
 
P
L
 
M
P
 
K
A
 
V
R
 
R
R
 
K
D
 
W
K
 
P
V
 
R
R
 
E
S
 
K
I
 
A
P
 
E
P
 
A
F
 
K
I
 
A
F
 
M
E
 
E
L
 
L
F
 
L
P
 
D
V
 
K
-
 
V
-
 
G
L
 
L
K
 
K
E
 
D
M
 
K
L
 
A
G
 
H
R
 
A
R
 
Y
G
 
P
G
 
D
D
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
Q
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
L
 
M
D
 
E
P
 
P
K
 
K
L
 
I
L
 
M
I
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
E
 
S
G
 
A
I
 
L
Q
 
D
P
 
P
N
 
E
I
 
M
V
 
V
A
 
G
E
 
E
I
 
V
G
 
L
D
 
S
I
 
V
I
 
M
R
 
K
K
 
Q
L
 
L
N
 
A
K
 
N
D
 
E
I
 
-
G
 
G
L
 
M
T
 
T
V
 
M
L
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
K
 
E
L
 
M
P
 
G
F
 
F
A
 
A
R
 
R
K
 
E
V
 
V
G
 
G
D
 
D
R
 
R
F
 
V
C
 
L
I
 
F
L
 
M
D
 
D
R
 
G
G
 
G
Q
 
Y
Q
 
I
V
 
I
A
 
E
Q
 
E
G
 
G
A
 
K
M
 
P
A
 
E
E
 
D
L
 
L

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
31% identity, 99% coverage: 1:229/231 of query aligns to 2:234/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
M
 
I
L
 
L
K
 
K
V
 
A
E
 
Q
Q
 
H
L
 
L
N
 
A
Q
 
K
Y
 
S
Y
 
Y
G
 
K
E
 
K
S
 
R
H
 
K
T
 
V
L
 
V
W
 
S
N
 
D
L
 
V
D
 
S
M
 
L
Q
 
Q
V
 
V
P
 
E
E
 
S
G
 
G
E
 
Q
C
 
I
T
 
V
V
 
G
L
 
L
M
 
L
G
 
G
R
 
P
N
 
N
G
 
G
V
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
L
 
S
L
 
F
Q
 
Y
C
 
M
I
 
I
M
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
V
K
 
A
A
 
R
R
 
D
D
 
E
G
 
G
V
 
T
I
 
I
Q
 
T
Y
 
I
Q
 
D
G
 
D
Q
 
N
N
 
D
L
 
I
L
 
S
E
 
I
V
 
L
D
 
P
A
 
M
E
 
H
K
 
S
R
 
R
A
 
S
N
 
R
L
 
M
G
 
G
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
 
Q
G
 
E
R
 
A
Q
 
S
I
 
I
F
 
F
P
 
R
L
 
K
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
E
E
 
D
N
 
N
L
 
I
L
 
M
I
 
A
G
 
V
L
 
L
P
 
Q
A
 
T
-
 
R
-
 
E
-
 
E
-
 
L
-
 
T
-
 
H
-
x
E
-
 
E
R
 
R
R
 
Q
D
|
D
K
 
K
V
 
L
R
 
E
S
 
D
I
 
-
P
 
-
P
 
-
F
 
-
I
 
L
F
 
L
E
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
V
 
I
L
 
-
K
 
Q
E
 
H
M
 
I
L
 
R
G
 
K
R
 
S
R
 
A
G
 
G
G
 
M
D
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
Q
 
R
Q
 
R
Q
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
L
 
A
D
 
N
P
 
P
K
 
Q
L
 
F
L
 
I
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
F
E
 
A
G
 
G
I
 
V
Q
 
D
P
 
P
N
 
I
I
 
S
V
 
V
A
 
I
E
 
D
I
 
I
G
 
K
D
 
K
I
 
I
I
 
I
R
 
E
K
 
H
L
 
L
N
 
-
K
 
R
D
 
D
I
 
R
G
 
G
L
 
L
T
 
G
V
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
K
 
N
L
 
V
P
 
R
F
 
E
A
 
T
R
 
L
K
 
D
V
 
V
G
 
C
D
 
E
R
 
K
F
 
A
C
 
Y
I
 
I
L
 
V
D
 
S
R
 
Q
G
 
G
Q
 
R
Q
 
L
V
 
I
A
 
A
Q
 
E
G
 
G
A
 
T
M
 
P
A
 
Q
E
 
D
L
 
V
-
 
L
-
 
N
N
 
N
E
 
E
G
 
Q
L
 
V
I
 
K
Q
 
Q
R
 
V
Y
 
Y
L
 
L

3d31A Modbc from methanosarcina acetivorans (see paper)
32% identity, 96% coverage: 1:222/231 of query aligns to 1:217/348 of 3d31A

query
sites
3d31A
M
 
M
L
 
I
K
 
E
V
 
I
E
 
E
Q
 
S
L
 
L
N
 
S
Q
 
R
Y
 
K
Y
 
W
G
 
-
E
 
K
S
 
N
H
 
F
T
 
S
L
 
L
W
 
D
N
 
N
L
 
L
D
 
S
M
 
L
Q
 
K
V
 
V
P
 
E
E
 
S
G
 
G
E
 
E
C
 
Y
T
 
F
V
 
V
L
 
I
M
 
L
G
 
G
R
 
P
N
 
T
G
 
G
V
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
L
L
 
F
L
 
L
Q
 
E
C
 
L
I
 
I
M
 
A
G
 
G
L
 
F
I
 
H
K
 
V
A
 
P
R
 
D
D
 
S
G
 
G
V
 
R
I
 
I
Q
 
L
Y
 
L
Q
 
D
G
 
G
Q
 
K
N
 
D
L
 
V
L
 
T
E
 
D
V
 
L
D
 
S
A
 
P
E
 
E
K
 
K
R
 
H
A
 
-
N
 
-
L
 
-
G
 
D
I
 
I
G
 
A
Y
 
F
V
 
V
P
 
Y
Q
 
Q
G
 
N
R
 
Y
Q
 
S
I
 
L
F
 
F
P
 
P
L
 
H
L
 
M
T
 
N
V
 
V
E
 
K
E
 
K
N
 
N
L
 
L
L
 
E
I
 
F
G
 
G
L
 
M
P
 
-
A
 
-
R
 
R
R
 
M
D
 
K
K
 
K
V
 
I
R
 
K
S
 
D
I
 
-
P
 
P
P
 
K
F
 
R
I
 
V
F
 
L
E
 
D
L
 
T
F
 
A
P
 
R
V
 
D
L
 
L
K
 
K
-
 
I
-
 
E
E
 
H
M
 
L
L
 
L
G
 
D
R
 
R
R
 
N
G
 
P
G
 
L
D
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
L
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
V
L
 
T
D
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
I
L
 
L
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
L
E
 
S
G
 
A
I
 
L
Q
 
D
P
 
P
N
 
R
I
 
T
V
 
Q
A
 
E
E
 
N
I
 
A
G
 
R
D
 
E
I
 
M
I
 
L
R
 
S
K
 
V
L
 
L
N
 
H
K
 
K
D
 
K
I
 
N
G
 
K
L
 
L
T
 
T
V
 
V
L
 
L
L
 
H
V
 
I
E
 
T
Q
 
H
K
 
D
L
 
Q
P
 
T
F
 
E
A
 
A
R
 
R
K
 
I
V
 
M
G
 
A
D
 
D
R
 
R
F
 
I
C
 
A
I
 
V
L
 
V
D
 
M
R
 
D
G
 
G
Q
 
K
Q
 
L
V
 
I
A
 
Q
Q
 
V
G
 
G
A
 
K
M
 
P
A
 
E
E
 
E
L
 
I
N
 
F
E
 
E

Sites not aligning to the query:

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
30% identity, 95% coverage: 1:220/231 of query aligns to 1:223/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
M
 
M
L
 
I
K
 
F
V
 
V
E
 
N
Q
 
D
L
 
V
N
 
Y
Q
 
K
Y
 
N
Y
x
F
G
 
G
E
 
S
S
 
L
H
 
E
T
x
V
L
 
L
W
 
K
N
 
G
L
 
V
D
 
T
M
 
L
Q
 
K
V
 
V
P
 
N
E
 
K
G
 
G
E
 
E
C
 
V
T
 
V
V
 
V
L
 
I
M
 
I
G
 
G
R
 
P
N
x
S
G
|
G
V
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
Q
 
R
C
 
C
I
 
I
M
 
N
G
 
L
L
 
L
I
 
E
K
 
E
A
 
P
R
 
T
D
 
K
G
 
G
V
 
E
I
 
V
Q
 
F
Y
 
I
Q
 
D
G
 
G
Q
 
V
N
 
K
L
 
I
L
 
N
E
 
N
V
 
G
D
 
K
A
 
V
E
 
N
-
 
I
K
 
N
R
 
K
A
 
V
N
 
R
L
 
Q
G
 
K
I
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
G
 
H
R
 
F
Q
 
N
I
 
L
F
 
F
P
 
P
L
 
H
L
 
L
T
 
T
V
 
A
E
 
I
E
 
E
N
 
N
L
 
I
L
 
T
I
 
L
G
 
A
L
 
-
P
 
P
A
 
V
R
 
K
R
 
V
D
 
K
K
 
K
V
 
M
R
 
N
S
 
K
I
 
K
P
 
-
P
 
-
F
 
-
I
 
-
F
 
-
E
 
E
L
 
A
F
 
E
P
 
E
V
 
L
L
 
A
K
 
V
E
 
D
M
 
L
L
 
L
G
 
A
R
 
K
R
 
V
G
 
G
-
 
L
-
 
L
-
 
D
-
 
K
-
 
K
-
 
D
-
 
Q
-
 
Y
-
 
P
G
 
I
D
 
K
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
Q
 
R
L
 
L
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
L
 
M
D
 
Q
P
 
P
K
 
E
L
 
V
L
 
M
I
 
L
L
 
F
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
E
 
S
G
 
A
I
 
L
Q
 
D
P
 
P
N
 
E
I
 
M
V
 
V
A
 
K
E
 
E
I
 
V
G
 
L
D
 
N
I
 
V
I
 
M
R
 
K
K
 
Q
L
 
L
N
 
A
K
 
N
D
 
E
I
 
-
G
 
G
L
 
M
T
 
T
V
 
M
L
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
x
H
K
 
E
L
 
M
P
 
G
F
 
F
A
 
A
R
 
R
K
 
E
V
 
V
G
 
G
D
 
D
R
 
R
F
 
V
C
 
I
I
 
F
L
 
M
D
 
D
R
 
D
G
 
G
Q
 
V
Q
 
I
V
 
V
A
 
E
Q
 
E
G
 
G
A
 
T
M
 
P
A
 
E
E
 
E
L
 
I

P69874 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA; EC 7.6.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
32% identity, 88% coverage: 20:222/231 of query aligns to 36:237/378 of P69874

query
sites
P69874
L
 
L
D
 
D
M
 
L
Q
 
T
V
 
I
P
 
N
E
 
N
G
 
G
E
 
E
C
x
F
T
 
L
V
 
T
L
 
L
M
 
L
G
 
G
R
 
P
N
 
S
G
 
G
V
x
C
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
L
 
V
L
|
L
Q
 
R
C
 
L
I
 
I
M
 
A
G
 
G
L
 
L
I
 
E
K
 
T
A
 
V
R
 
D
D
 
S
G
 
G
V
 
R
I
 
I
Q
 
M
Y
x
L
Q
 
D
G
 
N
Q
 
E
N
 
D
L
 
I
L
 
T
E
 
H
V
 
V
D
 
P
A
 
A
E
 
E
K
 
N
R
 
R
A
 
Y
N
 
-
L
 
-
G
 
-
I
 
V
G
 
N
Y
 
T
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
G
 
S
R
 
Y
Q
 
A
I
 
L
F
 
F
P
 
P
L
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
F
E
 
E
N
 
N
L
 
V
L
 
A
I
 
F
G
 
G
L
 
L
P
 
R
A
 
M
R
 
Q
R
 
K
D
 
T
K
 
P
V
 
A
R
 
A
S
 
E
I
 
I
P
 
T
P
 
P
F
 
R
I
 
V
F
 
M
E
 
E
L
 
A
F
 
L
P
 
R
V
 
M
-
x
V
-
 
Q
L
 
L
K
 
E
E
 
T
M
 
F
L
 
A
G
 
Q
R
 
R
R
 
K
G
 
P
G
 
H
D
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
V
 
V
L
 
N
D
 
K
P
 
P
K
 
R
L
 
L
L
 
L
I
 
L
L
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
S
T
 
L
E
 
S
G
 
A
I
 
L
Q
 
D
P
 
Y
N
 
K
I
 
L
V
 
R
A
 
K
E
 
Q
I
 
M
G
 
Q
D
 
N
I
 
E
I
 
L
R
 
K
K
 
A
L
 
L
N
 
Q
K
 
R
D
 
K
I
 
L
G
 
G
L
 
I
T
 
T
V
 
F
L
 
V
L
 
F
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
K
 
D
L
 
Q
P
 
E
F
 
E
A
 
A
R
 
L
K
 
T
V
 
M
G
 
S
D
 
D
R
 
R
F
 
I
C
 
V
I
 
V
L
 
M
D
 
R
R
 
D
G
 
G
Q
 
R
Q
 
I
V
 
E
A
 
Q
Q
 
D
G
 
G
A
 
T
M
 
P
A
 
R
E
 
E
L
 
I
N
 
Y
E
 
E

Sites not aligning to the query:

8y5iA Cryo-em structure of e.Coli spermidine transporter potd-potabc in translocation intermidiate state (see paper)
31% identity, 88% coverage: 20:222/231 of query aligns to 21:222/358 of 8y5iA

query
sites
8y5iA
L
 
L
D
 
D
M
 
L
Q
 
T
V
 
I
P
 
N
E
 
N
G
 
G
E
 
E
C
 
F
T
 
L
V
 
T
L
 
L
M
 
L
G
 
G
R
 
P
N
 
S
G
|
G
V
 
C
G
 
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
V
L
 
L
Q
 
R
C
 
L
I
 
I
M
 
A
G
 
G
L
 
L
I
 
E
K
 
T
A
 
V
R
 
D
D
 
S
G
 
G
V
 
R
I
 
I
Q
 
M
Y
 
L
Q
 
D
G
 
N
Q
 
E
N
 
D
L
 
I
L
 
T
E
 
H
V
 
V
D
 
P
A
 
A
E
 
E
K
 
N
R
 
R
A
 
Y
N
 
-
L
 
-
G
 
-
I
 
V
G
 
N
Y
 
T
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
G
 
S
R
 
Y
Q
 
A
I
 
L
F
 
F
P
 
P
L
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
F
E
 
E
N
 
N
L
 
V
L
 
A
I
 
F
G
 
G
L
 
L
P
 
R
A
 
M
R
 
Q
R
 
K
D
 
T
K
 
P
V
 
A
R
 
A
S
 
E
I
 
I
P
 
T
P
 
P
F
 
R
I
 
V
F
 
M
E
 
E
L
 
A
F
 
L
P
 
R
V
 
M
-
 
V
-
 
Q
L
 
L
K
 
E
E
 
T
M
 
F
L
 
A
G
 
Q
R
|
R
R
 
K
G
 
P
G
 
H
D
x
Q
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
V
 
V
L
 
N
D
 
K
P
 
P
K
 
R
L
 
L
L
 
L
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
S
T
 
L
E
 
S
G
 
A
I
 
L
Q
 
D
P
 
Y
N
 
K
I
 
L
V
 
R
A
 
K
E
 
Q
I
 
M
G
 
Q
D
 
N
I
 
E
I
 
L
R
 
K
K
 
A
L
 
L
N
 
Q
K
 
R
D
 
K
I
 
L
G
 
G
L
 
I
T
 
T
V
 
F
L
 
V
L
 
F
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
K
 
D
L
 
Q
P
 
E
F
 
E
A
 
A
R
 
L
K
 
T
V
 
M
G
 
S
D
 
D
R
 
R
F
 
I
C
 
V
I
 
V
L
 
M
D
 
R
R
 
D
G
 
G
Q
 
R
Q
 
I
V
 
E
A
 
Q
Q
 
D
G
 
G
A
 
T
M
 
P
A
 
R
E
 
E
L
 
I
N
 
Y
E
 
E

Sites not aligning to the query:

6b8bA E. Coli lptb in complex with adp and a novobiocin derivative (see paper)
32% identity, 95% coverage: 2:220/231 of query aligns to 3:223/233 of 6b8bA

query
sites
6b8bA
L
 
L
K
 
T
V
 
A
E
 
K
Q
 
N
L
 
L
N
 
A
Q
 
K
Y
 
A
Y
|
Y
G
 
K
E
 
G
S
x
R
H
 
R
T
x
V
L
 
V
W
 
E
N
 
D
L
 
V
D
 
S
M
 
L
Q
 
T
V
 
V
P
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
C
 
I
T
 
V
V
 
G
L
 
L
M
 
L
G
 
G
R
 
P
N
 
N
G
|
G
V
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
Q
 
Y
C
 
M
I
 
V
M
 
V
G
 
G
L
 
I
I
 
V
-
 
P
-
 
R
K
 
D
A
 
A
R
 
G
D
 
N
G
 
I
V
 
I
I
 
I
Q
 
D
Y
 
D
Q
 
D
G
 
D
Q
 
I
N
 
S
L
 
L
L
 
L
E
 
P
V
 
L
D
 
H
A
 
A
E
 
-
K
 
-
R
 
R
A
 
A
N
 
R
L
 
R
G
 
G
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
 
Q
G
 
E
R
 
A
Q
 
S
I
 
I
F
|
F
P
x
R
L
x
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
L
 
M
I
 
A
G
 
V
L
 
L
P
 
Q
A
 
I
R
 
R
R
 
D
D
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
A
-
 
E
K
 
Q
V
 
R
R
 
E
S
 
D
I
 
R
P
 
A
P
 
N
F
 
E
I
 
L
F
 
M
E
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
V
 
I
L
 
-
K
 
E
E
 
H
M
 
L
L
 
R
G
 
D
R
 
S
R
 
M
G
 
G
G
 
Q
D
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
Q
 
R
Q
 
R
Q
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
L
 
A
D
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
E
 
A
G
 
G
I
 
V
Q
 
D
P
 
P
N
 
I
I
 
S
V
 
V
A
 
I
E
 
D
I
 
I
G
 
K
D
 
R
I
 
I
I
 
I
R
 
E
K
 
H
L
 
L
N
 
-
K
 
R
D
 
D
I
 
S
G
 
G
L
 
L
T
 
G
V
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
K
 
N
L
 
V
P
 
R
F
 
E
A
 
T
R
 
L
K
 
A
V
 
V
G
 
C
D
 
E
R
 
R
F
 
A
C
 
Y
I
 
I
L
 
V
D
 
S
R
 
Q
G
 
G
Q
 
H
Q
 
L
V
 
I
A
 
A
Q
 
H
G
 
G
A
 
T
M
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
32% identity, 95% coverage: 2:220/231 of query aligns to 3:223/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
L
 
L
K
 
T
V
 
A
E
 
K
Q
 
N
L
 
L
N
 
A
Q
 
K
Y
 
A
Y
|
Y
G
 
K
E
 
G
S
 
R
H
 
R
T
 
V
L
 
V
W
 
E
N
 
D
L
 
V
D
 
S
M
 
L
Q
 
T
V
 
V
P
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
C
 
I
T
 
V
V
 
G
L
 
L
M
 
L
G
 
G
R
 
P
N
|
N
G
|
G
V
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
Q
 
Y
C
 
M
I
 
V
M
 
V
G
 
G
L
 
I
I
 
V
-
 
P
-
 
R
K
 
D
A
 
A
R
 
G
D
 
N
G
 
I
V
 
I
I
 
I
Q
 
D
Y
 
D
Q
 
D
G
 
D
Q
 
I
N
 
S
L
 
L
L
 
L
E
 
P
V
 
L
D
 
H
A
 
A
E
 
-
K
 
-
R
 
R
A
 
A
N
 
R
L
 
R
G
 
G
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
|
Q
G
 
E
R
 
A
Q
 
S
I
 
I
F
 
F
P
 
R
L
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
L
 
M
I
 
A
G
 
V
L
 
L
P
 
Q
A
 
I
R
 
R
R
 
D
D
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
A
-
 
E
K
 
Q
V
 
R
R
 
E
S
 
D
I
 
R
P
 
A
P
 
N
F
 
E
I
 
L
F
 
M
E
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
V
 
I
L
 
-
K
 
E
E
 
H
M
 
L
L
 
R
G
 
D
R
 
S
R
 
M
G
 
G
G
 
Q
D
x
S
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
Q
 
E
Q
 
R
Q
 
R
Q
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
L
 
A
D
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
F
E
 
A
G
|
G
I
 
V
Q
 
D
P
 
P
N
 
I
I
 
S
V
 
V
A
 
I
E
 
D
I
 
I
G
 
K
D
 
R
I
 
I
I
 
I
R
 
E
K
 
H
L
 
L
N
 
-
K
 
R
D
 
D
I
 
S
G
 
G
L
 
L
T
 
G
V
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
x
H
K
 
N
L
 
V
P
 
R
F
 
E
A
 
T
R
 
L
K
 
A
V
 
V
G
 
C
D
 
E
R
 
R
F
 
A
C
 
Y
I
 
I
L
 
V
D
 
S
R
 
Q
G
 
G
Q
 
H
Q
 
L
V
 
I
A
 
A
Q
 
H
G
 
G
A
 
T
M
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
32% identity, 95% coverage: 2:220/231 of query aligns to 3:223/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
L
 
L
K
 
T
V
 
A
E
 
K
Q
 
N
L
 
L
N
 
A
Q
 
K
Y
 
A
Y
|
Y
G
 
K
E
 
G
S
x
R
H
 
R
T
x
V
L
 
V
W
 
E
N
 
D
L
 
V
D
 
S
M
 
L
Q
 
T
V
 
V
P
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
C
 
I
T
 
V
V
 
G
L
 
L
M
 
L
G
 
G
R
 
P
N
|
N
G
|
G
V
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
Q
 
Y
C
 
M
I
 
V
M
 
V
G
 
G
L
 
I
I
 
V
-
 
P
-
 
R
K
 
D
A
 
A
R
 
G
D
 
N
G
 
I
V
 
I
I
 
I
Q
 
D
Y
 
D
Q
 
D
G
 
D
Q
 
I
N
 
S
L
 
L
L
 
L
E
 
P
V
x
L
D
x
H
A
 
A
E
 
-
K
 
-
R
 
R
A
 
A
N
 
R
L
 
R
G
 
G
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
|
P
Q
|
Q
G
 
E
R
x
A
Q
x
S
I
 
I
F
|
F
P
x
R
L
x
R
L
|
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
L
 
M
I
 
A
G
x
V
L
 
L
P
 
Q
A
 
I
R
 
R
R
 
D
D
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
A
-
 
E
K
 
Q
V
 
R
R
 
E
S
 
D
I
 
R
P
 
A
P
 
N
F
 
E
I
 
L
F
 
M
E
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
V
 
I
L
 
-
K
 
E
E
 
H
M
 
L
L
 
R
G
 
D
R
 
S
R
 
M
G
 
G
G
x
Q
D
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
Q
 
R
Q
 
R
Q
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
|
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
L
 
A
D
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
E
 
A
G
 
G
I
 
V
Q
 
D
P
 
P
N
 
I
I
 
S
V
 
V
A
 
I
E
 
D
I
 
I
G
 
K
D
 
R
I
 
I
I
 
I
R
 
E
K
 
H
L
 
L
N
 
-
K
 
R
D
 
D
I
 
S
G
 
G
L
 
L
T
 
G
V
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
K
 
N
L
 
V
P
 
R
F
 
E
A
 
T
R
 
L
K
 
A
V
 
V
G
 
C
D
 
E
R
 
R
F
 
A
C
 
Y
I
 
I
L
 
V
D
 
S
R
 
Q
G
 
G
Q
 
H
Q
 
L
V
 
I
A
 
A
Q
 
H
G
 
G
A
 
T
M
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I

4p31A Crystal structure of a selenomethionine derivative of e. Coli lptb in complex with adp-magensium (see paper)
32% identity, 95% coverage: 2:220/231 of query aligns to 3:223/234 of 4p31A

query
sites
4p31A
L
 
L
K
 
T
V
 
A
E
 
K
Q
 
N
L
 
L
N
 
A
Q
 
K
Y
 
A
Y
|
Y
G
 
K
E
 
G
S
x
R
H
 
R
T
x
V
L
 
V
W
 
E
N
 
D
L
 
V
D
 
S
M
 
L
Q
 
T
V
 
V
P
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
C
 
I
T
 
V
V
 
G
L
 
L
M
 
L
G
 
G
R
 
P
N
 
N
G
|
G
V
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
Q
 
Y
C
 
M
I
 
V
M
 
V
G
 
G
L
 
I
I
 
V
-
 
P
-
 
R
K
 
D
A
 
A
R
 
G
D
 
N
G
 
I
V
 
I
I
 
I
Q
 
D
Y
 
D
Q
 
D
G
 
D
Q
 
I
N
 
S
L
 
L
L
 
L
E
 
P
V
 
L
D
 
H
A
 
A
E
 
-
K
 
-
R
 
R
A
 
A
N
 
R
L
 
R
G
 
G
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
|
Q
G
 
E
R
 
A
Q
 
S
I
 
I
F
 
F
P
 
R
L
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
L
 
M
I
 
A
G
 
V
L
 
L
P
 
Q
A
 
I
R
 
R
R
 
D
D
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
A
-
 
E
K
 
Q
V
 
R
R
 
E
S
 
D
I
 
R
P
 
A
P
 
N
F
 
E
I
 
L
F
 
M
E
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
V
 
I
L
 
-
K
 
E
E
 
H
M
 
L
L
 
R
G
 
D
R
 
S
R
 
M
G
 
G
G
 
Q
D
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
Q
 
R
Q
 
R
Q
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
L
 
A
D
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
E
 
A
G
 
G
I
 
V
Q
 
D
P
 
P
N
 
I
I
 
S
V
 
V
A
 
I
E
 
D
I
 
I
G
 
K
D
 
R
I
 
I
I
 
I
R
 
E
K
 
H
L
 
L
N
 
-
K
 
R
D
 
D
I
 
S
G
 
G
L
 
L
T
 
G
V
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
K
 
N
L
 
V
P
 
R
F
 
E
A
 
T
R
 
L
K
 
A
V
 
V
G
 
C
D
 
E
R
 
R
F
 
A
C
 
Y
I
 
I
L
 
V
D
 
S
R
 
Q
G
 
G
Q
 
H
Q
 
L
V
 
I
A
 
A
Q
 
H
G
 
G
A
 
T
M
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I

1g291 Malk (see paper)
32% identity, 89% coverage: 9:214/231 of query aligns to 11:223/372 of 1g291

query
sites
1g291
Q
 
K
Y
 
V
Y
 
F
G
 
G
E
 
E
S
 
V
H
 
T
T
 
A
L
 
V
W
 
R
N
 
E
L
 
M
D
 
S
M
 
L
Q
 
E
V
 
V
P
 
K
E
 
D
G
 
G
E
 
E
C
 
F
T
 
M
V
 
I
L
 
L
M
 
L
G
 
G
R
 
P
N
x
S
G
|
G
V
x
C
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
L
 
L
Q
 
R
C
 
M
I
 
I
M
 
A
G
 
G
L
 
L
I
 
E
K
 
E
A
 
P
R
 
S
D
 
R
G
 
G
V
 
Q
I
 
I
Q
 
-
Y
 
Y
Q
 
I
G
 
G
Q
 
D
N
 
K
L
 
L
L
 
V
E
 
-
V
 
A
D
|
D
A
 
P
E
|
E
K
|
K
-
 
G
-
 
I
-
 
F
-
 
V
-
 
P
R
 
P
A
x
K
N
x
D
L
 
R
G
 
D
I
 
I
G
 
A
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
G
 
S
R
 
Y
Q
 
A
I
 
L
F
 
Y
P
 
P
L
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
I
L
 
A
I
 
F
G
 
P
L
 
L
P
 
K
A
 
L
R
 
R
R
 
K
D
 
V
K
 
P
V
 
R
R
 
Q
S
 
E
I
 
I
P
 
D
P
 
Q
F
 
R
I
 
V
F
 
R
E
 
E
L
 
V
F
 
A
P
 
E
V
 
L
L
 
L
-
 
G
-
 
L
K
 
T
E
 
E
M
 
L
L
 
L
G
 
N
R
 
R
R
 
K
G
 
P
G
 
R
D
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
R
Q
 
Q
Q
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
L
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
V
 
V
L
 
R
D
 
K
P
 
P
K
 
Q
L
 
V
L
 
F
I
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
L
E
 
S
G
 
N
I
 
L
Q
 
D
P
 
A
N
 
K
I
 
L
V
 
R
A
 
V
E
 
R
I
 
M
G
 
R
D
 
A
I
 
E
I
 
L
R
 
K
K
 
K
L
 
L
N
 
Q
K
 
R
D
 
Q
I
 
L
G
 
G
L
 
V
T
 
T
V
 
T
L
 
I
L
 
Y
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
K
 
D
L
 
Q
P
 
V
F
 
E
A
 
A
R
 
M
K
 
T
V
 
M
G
 
G
D
 
D
R
 
R
F
 
I
C
 
A
I
 
V
L
 
M
D
 
N
R
 
R
G
 
G
-
 
V
-
 
L
Q
 
Q
Q
 
Q
V
 
V
A
 
G
Q
 
S

Sites not aligning to the query:

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
32% identity, 95% coverage: 2:220/231 of query aligns to 3:223/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
L
 
L
K
 
T
V
 
A
E
 
K
Q
 
N
L
 
L
N
 
A
Q
 
K
Y
 
A
Y
 
Y
G
 
K
E
 
G
S
 
R
H
 
R
T
 
V
L
 
V
W
 
E
N
 
D
L
 
V
D
 
S
M
 
L
Q
 
T
V
 
V
P
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
C
 
I
T
 
V
V
 
G
L
 
L
M
 
L
G
 
G
R
 
P
N
 
N
G
 
G
V
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
L
 
T
L
 
F
Q
 
Y
C
 
M
I
 
V
M
 
V
G
 
G
L
 
I
I
 
V
-
 
P
-
 
R
K
 
D
A
 
A
R
 
G
D
 
N
G
 
I
V
 
I
I
 
I
Q
 
D
Y
 
D
Q
 
D
G
 
D
Q
 
I
N
 
S
L
 
L
L
 
L
E
 
P
V
 
L
D
 
H
A
 
A
E
 
-
K
 
-
R
 
R
A
 
A
N
 
R
L
 
R
G
 
G
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
 
Q
G
 
E
R
 
A
Q
 
S
I
 
I
F
 
F
P
x
R
L
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
L
 
M
I
 
A
G
 
V
L
 
L
P
 
Q
A
 
I
R
 
R
R
 
D
D
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
A
-
 
E
K
 
Q
V
 
R
R
 
E
S
 
D
I
 
R
P
 
A
P
 
N
F
 
E
I
 
L
F
 
M
E
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
V
 
I
L
 
-
K
 
E
E
 
H
M
 
L
L
 
R
G
 
D
R
 
S
R
x
M
G
|
G
G
x
Q
D
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
Q
 
R
Q
 
R
Q
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
L
 
A
D
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
E
 
A
G
 
G
I
 
V
Q
 
D
P
 
P
N
 
I
I
 
S
V
 
V
A
 
I
E
 
D
I
 
I
G
 
K
D
 
R
I
 
I
I
 
I
R
 
E
K
 
H
L
 
L
N
 
-
K
 
R
D
 
D
I
 
S
G
 
G
L
 
L
T
 
G
V
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
K
 
N
L
 
V
P
 
R
F
 
E
A
 
T
R
 
L
K
 
A
V
 
V
G
 
C
D
 
E
R
 
R
F
 
A
C
 
Y
I
 
I
L
 
V
D
 
S
R
 
Q
G
 
G
Q
 
H
Q
 
L
V
 
I
A
 
A
Q
 
H
G
 
G
A
 
T
M
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
32% identity, 95% coverage: 2:220/231 of query aligns to 3:223/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
L
 
L
K
 
T
V
 
A
E
 
K
Q
 
N
L
 
L
N
 
A
Q
 
K
Y
 
A
Y
|
Y
G
 
K
E
 
G
S
x
R
H
 
R
T
 
V
L
 
V
W
 
E
N
 
D
L
 
V
D
 
S
M
 
L
Q
 
T
V
 
V
P
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
C
 
I
T
 
V
V
 
G
L
 
L
M
 
L
G
 
G
R
 
P
N
|
N
G
 
G
V
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
Q
 
Y
C
 
M
I
 
V
M
 
V
G
 
G
L
 
I
I
 
V
-
 
P
-
 
R
K
 
D
A
 
A
R
 
G
D
 
N
G
 
I
V
 
I
I
 
I
Q
 
D
Y
 
D
Q
 
D
G
 
D
Q
 
I
N
 
S
L
 
L
L
 
L
E
 
P
V
 
L
D
 
H
A
 
A
E
 
-
K
 
-
R
 
R
A
 
A
N
 
R
L
 
R
G
 
G
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
|
Q
G
 
E
R
 
A
Q
 
S
I
 
I
F
 
F
P
 
R
L
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
L
 
M
I
 
A
G
 
V
L
 
L
P
 
Q
A
 
I
R
 
R
R
 
D
D
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
A
-
 
E
K
 
Q
V
 
R
R
 
E
S
 
D
I
 
R
P
 
A
P
 
N
F
 
E
I
 
L
F
 
M
E
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
V
 
I
L
 
-
K
 
E
E
 
H
M
 
L
L
 
R
G
 
D
R
 
S
R
 
M
G
 
G
G
 
Q
D
x
S
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
x
E
Q
 
R
Q
 
R
Q
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
L
 
A
D
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
E
 
A
G
 
G
I
 
V
Q
 
D
P
 
P
N
 
I
I
 
S
V
 
V
A
 
I
E
 
D
I
 
I
G
 
K
D
 
R
I
 
I
I
 
I
R
 
E
K
 
H
L
 
L
N
 
-
K
 
R
D
 
D
I
 
S
G
 
G
L
 
L
T
 
G
V
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
K
 
N
L
 
V
P
 
R
F
 
E
A
 
T
R
 
L
K
 
A
V
 
V
G
 
C
D
 
E
R
 
R
F
 
A
C
 
Y
I
 
I
L
 
V
D
 
S
R
 
Q
G
 
G
Q
 
H
Q
 
L
V
 
I
A
 
A
Q
 
H
G
 
G
A
 
T
M
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I

Query Sequence

>WP_028488593.1 NCBI__GCF_000621325.1:WP_028488593.1
MLKVEQLNQYYGESHTLWNLDMQVPEGECTVLMGRNGVGKTTLLQCIMGLIKARDGVIQY
QGQNLLEVDAEKRANLGIGYVPQGRQIFPLLTVEENLLIGLPARRDKVRSIPPFIFELFP
VLKEMLGRRGGDLSGGQQQQLAIGRALVLDPKLLILDEPTEGIQPNIVAEIGDIIRKLNK
DIGLTVLLVEQKLPFARKVGDRFCILDRGQQVAQGAMAELNEGLIQRYLTV

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory