SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_028999723.1 NCBI__GCF_000430725.1:WP_028999723.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

7bbrA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t (see paper)
41% identity, 91% coverage: 26:333/339 of query aligns to 2:309/310 of 7bbrA

query
sites
7bbrA
D
 
D
I
 
I
Q
 
K
A
 
P
R
 
R
T
 
I
I
 
I
K
 
R
F
 
F
P
 
G
A
 
Y
A
x
G
S
x
L
N
 
A
K
 
D
G
 
D
H
 
S
P
 
P
Q
 
T
V
 
G
M
 
K
G
 
A
V
 
S
E
 
A
K
 
H
F
 
F
A
 
A
E
 
E
L
 
V
V
 
V
A
 
S
Q
 
K
K
 
L
S
 
S
G
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
M
T
 
K
V
 
V
K
 
K
P
 
T
F
 
F
P
 
G
G
 
N
G
 
G
T
 
A
L
 
L
G
 
G
P
 
P
D
|
D
A
 
E
Q
 
Q
V
 
L
V
 
I
S
 
N
A
 
S
M
 
L
Q
 
I
G
 
S
G
 
G
T
 
S
V
 
G
E
 
E
M
 
I
N
 
T
V
 
F
M
 
V
N
x
S
A
 
T
S
 
A
L
 
P
L
 
I
A
 
A
G
 
S
N
 
L
V
 
I
K
 
P
E
 
E
M
 
F
A
 
G
V
 
V
F
 
F
D
 
D
Y
 
L
P
 
P
F
 
F
M
 
L
F
 
F
N
 
D
N
 
N
V
 
E
K
 
K
E
 
V
A
 
A
D
 
D
A
 
T
V
 
V
A
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
E
G
 
G
R
 
K
K
 
K
L
 
L
L
 
L
D
 
D
K
 
K
L
 
L
Q
 
P
E
 
A
R
 
K
G
 
G
L
 
L
V
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
N
Y
 
Y
W
 
W
D
 
E
L
x
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
Q
 
N
M
 
I
H
 
T
T
 
N
V
 
S
K
 
R
K
 
H
P
 
E
I
 
I
Q
 
S
K
 
K
A
 
L
D
 
D
D
 
D
L
 
I
K
 
G
G
 
G
M
 
I
K
 
K
M
 
L
R
|
R
V
 
V
I
x
M
P
 
Q
T
 
N
S
 
Q
Q
 
V
Y
 
A
V
 
L
D
 
S
F
 
V
M
 
F
N
 
K
A
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
N
A
 
A
T
 
I
P
 
P
M
 
M
P
 
P
Y
x
F
T
 
T
E
 
E
T
 
L
Y
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Q
 
T
G
 
K
A
 
T
I
 
V
D
 
D
G
 
G
M
 
Q
T
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
L
 
S
N
 
T
I
 
I
V
 
Q
N
 
T
E
 
S
K
 
K
F
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
S
 
Q
K
 
P
H
 
Y
L
 
L
T
 
T
L
 
L
T
 
S
N
 
N
H
 
H
M
 
V
Y
 
Y
T
 
T
P
 
P
Q
 
F
A
 
V
V
 
F
I
 
L
V
 
A
S
 
S
K
 
K
K
 
K
F
 
W
W
 
F
D
 
D
K
 
Q
L
 
L
S
 
S
A
 
Q
D
 
D
E
 
E
K
 
K
K
 
D
I
 
V
L
 
I
Q
 
T
D
 
Q
A
 
A
A
 
A
S
 
A
E
 
D
T
 
S
A
 
Q
L
 
A
Y
 
F
Q
 
Q
R
 
R
K
 
K
V
 
A
A
 
S
R
 
R
E
 
Q
E
 
G
A
 
N
A
 
E
K
 
D
A
 
A
L
 
L
D
 
K
E
 
Y
L
 
L
K
 
K
K
 
E
R
 
H
G
 
N
M
 
V
Q
 
K
V
 
V
H
 
A
E
 
E
L
 
F
P
 
S
A
 
T
A
 
E
E
 
E
V
 
R
A
 
E
K
 
K
L
 
I
R
 
R
E
 
E
R
 
K
A
 
V
K
 
A
P
 
P
A
 
I
M
 
V
D
 
E
K
 
S
L
 
L
T
 
K
A
 
A
Q
 
K
V
 
I
G
 
G
E
 
K
P
 
E
L
 
T
V
 
V
K
 
E
E
 
G
V
 
V
M
 
L
A
 
D
E
 
A
V
 
A
E
 
K
K
 
K

7bcrA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t in complex with galactonate (see paper)
41% identity, 91% coverage: 26:333/339 of query aligns to 1:308/310 of 7bcrA

query
sites
7bcrA
D
 
D
I
 
I
Q
 
K
A
 
P
R
 
R
T
 
I
I
 
I
K
 
R
F
 
F
P
 
G
A
 
Y
A
x
G
S
x
L
N
 
A
K
 
D
G
 
D
H
 
S
P
 
P
Q
 
T
V
 
G
M
 
K
G
 
A
V
 
S
E
 
A
K
 
H
F
 
F
A
 
A
E
 
E
L
 
V
V
 
V
A
 
S
Q
 
K
K
 
L
S
 
S
G
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
M
T
 
K
V
 
V
K
 
K
P
 
T
F
 
F
P
 
G
G
 
N
G
 
G
T
 
A
L
 
L
G
 
G
P
 
P
D
|
D
A
 
E
Q
 
Q
V
 
L
V
 
I
S
 
N
A
 
S
M
 
L
Q
 
I
G
 
S
G
 
G
T
 
S
V
 
G
E
 
E
M
 
I
N
 
T
V
 
F
M
 
V
N
x
S
A
 
T
S
 
A
L
 
P
L
 
I
A
 
A
G
 
S
N
 
L
V
 
I
K
 
P
E
 
E
M
 
F
A
 
G
V
 
V
F
 
F
D
 
D
Y
 
L
P
 
P
F
 
F
M
 
L
F
 
F
N
 
D
N
 
N
V
 
E
K
 
K
E
 
V
A
 
A
D
 
D
A
 
T
V
 
V
A
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
E
G
 
G
R
 
K
K
 
K
L
 
L
L
 
L
D
 
D
K
 
K
L
 
L
Q
 
P
E
 
A
R
 
K
G
 
G
L
 
L
V
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
N
Y
 
Y
W
 
W
D
 
E
L
x
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
Q
 
N
M
 
I
H
 
T
T
 
N
V
 
S
K
 
R
K
 
H
P
 
E
I
 
I
Q
 
S
K
 
K
A
 
L
D
 
D
D
 
D
L
 
I
K
 
G
G
 
G
M
 
I
K
 
K
M
 
L
R
|
R
V
 
V
I
x
M
P
 
Q
T
 
N
S
 
Q
Q
 
V
Y
 
A
V
 
L
D
 
S
F
 
V
M
 
F
N
 
K
A
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
N
A
 
A
T
 
I
P
 
P
M
 
M
P
 
P
Y
x
F
T
 
T
E
 
E
T
 
L
Y
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Q
 
T
G
 
K
A
 
T
I
 
V
D
 
D
G
 
G
M
 
Q
T
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
L
 
S
N
 
T
I
 
I
V
 
Q
N
 
T
E
 
S
K
 
K
F
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
S
 
Q
K
 
P
H
 
Y
L
 
L
T
 
T
L
 
L
T
 
S
N
 
N
H
 
H
M
 
V
Y
 
Y
T
 
T
P
 
P
Q
x
F
A
 
V
V
 
F
I
 
L
V
 
A
S
 
S
K
 
K
K
 
K
F
 
W
W
 
F
D
 
D
K
 
Q
L
 
L
S
 
S
A
 
Q
D
 
D
E
 
E
K
 
K
K
 
D
I
 
V
L
 
I
Q
 
T
D
 
Q
A
 
A
A
 
A
S
 
A
E
 
D
T
 
S
A
 
Q
L
 
A
Y
 
F
Q
 
Q
R
 
R
K
 
K
V
 
A
A
 
S
R
 
R
E
 
Q
E
 
G
A
 
N
A
 
E
K
 
D
A
 
A
L
 
L
D
 
K
E
 
Y
L
 
L
K
 
K
K
 
E
R
 
H
G
 
N
M
 
V
Q
 
K
V
 
V
H
 
A
E
 
E
L
 
F
P
 
S
A
 
T
A
 
E
E
 
E
V
 
R
A
 
E
K
 
K
L
 
I
R
 
R
E
 
E
R
 
K
A
 
V
K
 
A
P
 
P
A
 
I
M
 
V
D
 
E
K
 
S
L
 
L
T
 
K
A
 
A
Q
 
K
V
 
I
G
 
G
E
 
K
P
 
E
L
 
T
V
 
V
K
 
E
E
 
G
V
 
V
M
 
L
A
 
D
E
 
A
V
 
A
E
 
K
K
 
K

7bcpA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t in complex with gluconate (see paper)
41% identity, 91% coverage: 26:333/339 of query aligns to 1:308/310 of 7bcpA

query
sites
7bcpA
D
 
D
I
 
I
Q
 
K
A
 
P
R
 
R
T
 
I
I
 
I
K
 
R
F
 
F
P
 
G
A
 
Y
A
x
G
S
x
L
N
 
A
K
 
D
G
 
D
H
 
S
P
 
P
Q
 
T
V
 
G
M
 
K
G
 
A
V
 
S
E
 
A
K
 
H
F
 
F
A
 
A
E
 
E
L
 
V
V
 
V
A
 
S
Q
 
K
K
 
L
S
 
S
G
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
M
T
 
K
V
 
V
K
 
K
P
 
T
F
 
F
P
 
G
G
 
N
G
 
G
T
 
A
L
 
L
G
 
G
P
 
P
D
|
D
A
 
E
Q
 
Q
V
 
L
V
 
I
S
 
N
A
 
S
M
 
L
Q
 
I
G
 
S
G
 
G
T
 
S
V
 
G
E
 
E
M
 
I
N
 
T
V
x
F
M
 
V
N
x
S
A
 
T
S
 
A
L
 
P
L
 
I
A
 
A
G
 
S
N
 
L
V
 
I
K
 
P
E
 
E
M
 
F
A
 
G
V
 
V
F
 
F
D
 
D
Y
 
L
P
 
P
F
 
F
M
 
L
F
 
F
N
 
D
N
 
N
V
 
E
K
 
K
E
 
V
A
 
A
D
 
D
A
 
T
V
 
V
A
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
E
G
 
G
R
 
K
K
 
K
L
 
L
L
 
L
D
 
D
K
 
K
L
 
L
Q
 
P
E
 
A
R
 
K
G
 
G
L
 
L
V
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
N
Y
 
Y
W
 
W
D
 
E
L
x
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
Q
 
N
M
 
I
H
 
T
T
 
N
V
 
S
K
 
R
K
 
H
P
 
E
I
 
I
Q
 
S
K
 
K
A
 
L
D
 
D
D
 
D
L
 
I
K
 
G
G
 
G
M
 
I
K
 
K
M
 
L
R
|
R
V
 
V
I
x
M
P
 
Q
T
 
N
S
 
Q
Q
 
V
Y
 
A
V
 
L
D
 
S
F
 
V
M
 
F
N
 
K
A
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
N
A
 
A
T
 
I
P
 
P
M
 
M
P
 
P
Y
x
F
T
 
T
E
 
E
T
 
L
Y
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Q
 
T
G
 
K
A
 
T
I
 
V
D
 
D
G
 
G
M
 
Q
T
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
L
 
S
N
 
T
I
 
I
V
 
Q
N
 
T
E
 
S
K
 
K
F
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
S
 
Q
K
 
P
H
 
Y
L
 
L
T
 
T
L
 
L
T
 
S
N
 
N
H
 
H
M
 
V
Y
 
Y
T
 
T
P
 
P
Q
x
F
A
 
V
V
 
F
I
 
L
V
 
A
S
 
S
K
 
K
K
 
K
F
 
W
W
 
F
D
 
D
K
 
Q
L
 
L
S
 
S
A
 
Q
D
 
D
E
 
E
K
 
K
K
 
D
I
 
V
L
 
I
Q
 
T
D
 
Q
A
 
A
A
 
A
S
 
A
E
 
D
T
 
S
A
 
Q
L
 
A
Y
 
F
Q
 
Q
R
 
R
K
 
K
V
 
A
A
 
S
R
 
R
E
 
Q
E
 
G
A
 
N
A
 
E
K
 
D
A
 
A
L
 
L
D
 
K
E
 
Y
L
 
L
K
 
K
K
 
E
R
 
H
G
 
N
M
 
V
Q
 
K
V
 
V
H
 
A
E
 
E
L
 
F
P
 
S
A
 
T
A
 
E
E
 
E
V
 
R
A
 
E
K
 
K
L
 
I
R
 
R
E
 
E
R
 
K
A
 
V
K
 
A
P
 
P
A
 
I
M
 
V
D
 
E
K
 
S
L
 
L
T
 
K
A
 
A
Q
 
K
V
 
I
G
 
G
E
 
K
P
 
E
L
 
T
V
 
V
K
 
E
E
 
G
V
 
V
M
 
L
A
 
D
E
 
A
V
 
A
E
 
K
K
 
K

7bcoA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t in complex with d-foconate (see paper)
41% identity, 91% coverage: 26:333/339 of query aligns to 1:308/310 of 7bcoA

query
sites
7bcoA
D
 
D
I
 
I
Q
 
K
A
 
P
R
 
R
T
 
I
I
 
I
K
 
R
F
 
F
P
 
G
A
 
Y
A
 
G
S
x
L
N
 
A
K
 
D
G
 
D
H
 
S
P
 
P
Q
 
T
V
 
G
M
 
K
G
 
A
V
 
S
E
 
A
K
 
H
F
 
F
A
 
A
E
 
E
L
 
V
V
 
V
A
 
S
Q
 
K
K
 
L
S
 
S
G
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
M
T
 
K
V
 
V
K
 
K
P
 
T
F
 
F
P
 
G
G
 
N
G
 
G
T
 
A
L
 
L
G
 
G
P
 
P
D
|
D
A
 
E
Q
 
Q
V
 
L
V
 
I
S
 
N
A
 
S
M
 
L
Q
 
I
G
 
S
G
 
G
T
 
S
V
 
G
E
 
E
M
 
I
N
 
T
V
 
F
M
 
V
N
x
S
A
 
T
S
 
A
L
 
P
L
 
I
A
 
A
G
 
S
N
 
L
V
 
I
K
 
P
E
 
E
M
 
F
A
 
G
V
 
V
F
 
F
D
 
D
Y
 
L
P
 
P
F
 
F
M
 
L
F
 
F
N
 
D
N
 
N
V
 
E
K
 
K
E
 
V
A
 
A
D
 
D
A
 
T
V
 
V
A
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
E
G
 
G
R
 
K
K
 
K
L
 
L
L
 
L
D
 
D
K
 
K
L
 
L
Q
 
P
E
 
A
R
 
K
G
 
G
L
 
L
V
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
N
Y
 
Y
W
 
W
D
 
E
L
x
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
Q
 
N
M
 
I
H
 
T
T
 
N
V
 
S
K
 
R
K
 
H
P
 
E
I
 
I
Q
 
S
K
 
K
A
 
L
D
 
D
D
 
D
L
 
I
K
 
G
G
 
G
M
 
I
K
 
K
M
 
L
R
|
R
V
 
V
I
x
M
P
 
Q
T
 
N
S
 
Q
Q
 
V
Y
 
A
V
 
L
D
 
S
F
 
V
M
 
F
N
 
K
A
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
N
A
 
A
T
 
I
P
 
P
M
 
M
P
 
P
Y
x
F
T
 
T
E
 
E
T
 
L
Y
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Q
 
T
G
 
K
A
 
T
I
 
V
D
 
D
G
 
G
M
 
Q
T
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
L
 
S
N
 
T
I
 
I
V
 
Q
N
 
T
E
 
S
K
 
K
F
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
S
 
Q
K
 
P
H
 
Y
L
 
L
T
 
T
L
 
L
T
 
S
N
 
N
H
 
H
M
 
V
Y
 
Y
T
 
T
P
 
P
Q
 
F
A
 
V
V
 
F
I
 
L
V
 
A
S
 
S
K
 
K
K
 
K
F
 
W
W
 
F
D
 
D
K
 
Q
L
 
L
S
 
S
A
 
Q
D
 
D
E
 
E
K
 
K
K
 
D
I
 
V
L
 
I
Q
 
T
D
 
Q
A
 
A
A
 
A
S
 
A
E
 
D
T
 
S
A
 
Q
L
 
A
Y
 
F
Q
 
Q
R
 
R
K
 
K
V
 
A
A
 
S
R
 
R
E
 
Q
E
 
G
A
 
N
A
 
E
K
 
D
A
 
A
L
 
L
D
 
K
E
 
Y
L
 
L
K
 
K
K
 
E
R
 
H
G
 
N
M
 
V
Q
 
K
V
 
V
H
 
A
E
 
E
L
 
F
P
 
S
A
 
T
A
 
E
E
 
E
V
 
R
A
 
E
K
 
K
L
 
I
R
 
R
E
 
E
R
 
K
A
 
V
K
 
A
P
 
P
A
 
I
M
 
V
D
 
E
K
 
S
L
 
L
T
 
K
A
 
A
Q
 
K
V
 
I
G
 
G
E
 
K
P
 
E
L
 
T
V
 
V
K
 
E
E
 
G
V
 
V
M
 
L
A
 
D
E
 
A
V
 
A
E
 
K
K
 
K

7bcnA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t in complex with xylonic acid (see paper)
41% identity, 91% coverage: 26:333/339 of query aligns to 1:308/310 of 7bcnA

query
sites
7bcnA
D
 
D
I
 
I
Q
 
K
A
 
P
R
 
R
T
 
I
I
 
I
K
 
R
F
 
F
P
 
G
A
 
Y
A
 
G
S
 
L
N
 
A
K
 
D
G
 
D
H
 
S
P
 
P
Q
 
T
V
 
G
M
 
K
G
 
A
V
 
S
E
 
A
K
 
H
F
 
F
A
 
A
E
 
E
L
 
V
V
 
V
A
 
S
Q
 
K
K
 
L
S
 
S
G
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
M
T
 
K
V
 
V
K
 
K
P
 
T
F
 
F
P
 
G
G
 
N
G
 
G
T
 
A
L
 
L
G
 
G
P
 
P
D
|
D
A
 
E
Q
 
Q
V
 
L
V
 
I
S
 
N
A
 
S
M
 
L
Q
 
I
G
 
S
G
 
G
T
 
S
V
 
G
E
 
E
M
 
I
N
 
T
V
 
F
M
 
V
N
x
S
A
 
T
S
 
A
L
 
P
L
 
I
A
 
A
G
 
S
N
 
L
V
 
I
K
 
P
E
 
E
M
 
F
A
 
G
V
 
V
F
 
F
D
 
D
Y
 
L
P
 
P
F
 
F
M
 
L
F
 
F
N
 
D
N
 
N
V
 
E
K
 
K
E
 
V
A
 
A
D
 
D
A
 
T
V
 
V
A
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
E
G
 
G
R
 
K
K
 
K
L
 
L
L
 
L
D
 
D
K
 
K
L
 
L
Q
 
P
E
 
A
R
 
K
G
 
G
L
 
L
V
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
N
Y
 
Y
W
 
W
D
 
E
L
x
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
Q
 
N
M
 
I
H
 
T
T
 
N
V
 
S
K
 
R
K
 
H
P
 
E
I
 
I
Q
 
S
K
 
K
A
 
L
D
 
D
D
 
D
L
 
I
K
 
G
G
 
G
M
 
I
K
 
K
M
 
L
R
|
R
V
 
V
I
x
M
P
 
Q
T
 
N
S
 
Q
Q
 
V
Y
 
A
V
 
L
D
 
S
F
 
V
M
 
F
N
 
K
A
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
N
A
 
A
T
 
I
P
 
P
M
 
M
P
 
P
Y
x
F
T
 
T
E
 
E
T
 
L
Y
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Q
 
T
G
 
K
A
 
T
I
 
V
D
 
D
G
 
G
M
 
Q
T
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
L
 
S
N
 
T
I
 
I
V
 
Q
N
 
T
E
 
S
K
 
K
F
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
S
 
Q
K
 
P
H
 
Y
L
 
L
T
 
T
L
 
L
T
 
S
N
 
N
H
 
H
M
 
V
Y
 
Y
T
 
T
P
 
P
Q
x
F
A
 
V
V
 
F
I
 
L
V
 
A
S
 
S
K
 
K
K
 
K
F
 
W
W
 
F
D
 
D
K
 
Q
L
 
L
S
 
S
A
 
Q
D
 
D
E
 
E
K
 
K
K
 
D
I
 
V
L
 
I
Q
 
T
D
 
Q
A
 
A
A
 
A
S
 
A
E
 
D
T
 
S
A
 
Q
L
 
A
Y
 
F
Q
 
Q
R
 
R
K
 
K
V
 
A
A
 
S
R
 
R
E
 
Q
E
 
G
A
 
N
A
 
E
K
 
D
A
 
A
L
 
L
D
 
K
E
 
Y
L
 
L
K
 
K
K
 
E
R
 
H
G
 
N
M
 
V
Q
 
K
V
 
V
H
 
A
E
 
E
L
 
F
P
 
S
A
 
T
A
 
E
E
 
E
V
 
R
A
 
E
K
 
K
L
 
I
R
 
R
E
 
E
R
 
K
A
 
V
K
 
A
P
 
P
A
 
I
M
 
V
D
 
E
K
 
S
L
 
L
T
 
K
A
 
A
Q
 
K
V
 
I
G
 
G
E
 
K
P
 
E
L
 
T
V
 
V
K
 
E
E
 
G
V
 
V
M
 
L
A
 
D
E
 
A
V
 
A
E
 
K
K
 
K

4xeqB Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from desulfovibrio vulgaris (deval_0042, target efi-510114) bound to copurified (r)-pantoic acid
34% identity, 83% coverage: 29:310/339 of query aligns to 1:279/304 of 4xeqB

query
sites
4xeqB
A
 
A
R
 
E
T
 
D
I
 
I
K
 
T
F
 
L
P
 
A
A
 
V
A
 
V
S
 
T
N
 
K
K
 
P
G
 
G
H
 
S
P
 
A
Q
|
Q
V
 
Y
M
 
V
G
 
C
V
 
A
E
 
E
K
 
R
F
 
F
A
 
A
E
 
Q
L
 
L
V
 
L
A
 
A
Q
 
E
K
 
R
S
 
S
G
 
D
G
 
K
K
 
R
L
 
F
T
 
N
V
 
V
K
 
V
P
 
L
F
 
H
P
 
H
G
 
S
G
 
A
T
 
S
L
 
L
G
 
G
P
 
T
D
 
E
A
 
T
Q
 
D
V
 
I
V
 
L
S
 
Q
A
 
Q
M
 
V
Q
 
Q
G
 
L
G
 
G
T
 
A
V
 
V
E
 
Q
M
 
M
N
 
A
V
 
I
M
 
V
N
x
T
A
 
T
S
 
G
L
 
T
L
 
L
A
 
D
G
 
A
N
 
F
V
 
V
K
 
P
E
 
E
M
 
M
A
 
A
V
 
A
F
 
L
D
 
D
Y
 
F
P
 
P
F
 
F
M
 
L
F
 
F
N
 
T
N
 
D
V
 
T
K
 
T
E
 
T
A
 
A
D
 
D
A
 
R
V
 
V
A
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
V
G
 
G
R
 
R
K
 
G
L
 
L
L
 
L
D
 
D
K
 
R
L
 
L
Q
 
S
E
 
T
R
 
A
G
 
G
L
 
F
V
 
K
G
 
G
L
 
L
A
 
H
Y
 
F
W
 
S
D
 
E
L
 
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
Q
 
H
M
 
L
H
 
T
T
 
N
V
 
S
K
 
I
K
 
R
P
 
P
I
 
V
Q
 
M
K
 
T
A
 
P
D
 
D
D
 
D
L
 
V
K
 
R
G
 
G
M
 
L
K
 
K
M
 
I
R
|
R
V
 
V
I
x
M
P
 
E
T
 
S
S
 
Q
Q
 
V
Y
 
H
V
 
R
D
 
E
F
 
L
M
 
W
N
 
R
A
 
T
I
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
N
A
 
P
T
 
T
P
 
P
M
 
M
P
 
G
Y
x
W
T
 
-
E
 
P
T
 
I
Y
 
Y
T
 
A
A
 
E
L
 
L
E
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
A
 
T
I
 
L
D
 
D
G
 
G
M
 
Q
T
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
L
 
W
N
 
V
I
 
I
V
 
A
N
 
E
E
 
Y
K
 
R
F
 
L
Y
 
N
E
 
E
V
 
V
S
 
Q
K
 
K
H
 
H
L
 
L
T
 
S
L
 
L
T
 
T
N
 
G
H
 
H
M
 
V
Y
 
Y
T
 
S
P
 
T
Q
 
H
A
 
T
V
 
D
I
 
L
V
 
A
S
 
N
K
 
L
K
 
A
F
 
W
W
 
F
D
 
E
K
 
A
L
 
L
S
 
P
A
 
A
D
 
N
E
 
D
K
 
R
K
 
R
I
 
L
L
 
L
Q
 
A
D
 
S
A
 
C
A
 
M
S
 
Q
E
 
D
T
 
A
A
 
A
L
 
L
Y
 
W
Q
 
Q
R
 
R
K
 
T
V
 
W
A
 
S
R
 
R
E
 
Q
E
 
R
A
 
D
A
 
A
K
 
A
A
 
Y
L
 
L
D
 
E
E
 
Q
L
 
L
K
 
R
K
 
T
R
 
A
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
V
 
V
H
 
I
E
 
E
L
 
R
P
 
P
A
 
-
A
 
-
E
 
D
V
 
I
A
 
A
K
 
T
L
 
F
R
 
R
E
 
Q
R
 
R
A
 
V
K
 
Q
P
 
P

4pddA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from polaromonas sp js666 (bpro_0088, target efi-510167) bound to d- erythronate (see paper)
35% identity, 86% coverage: 46:336/339 of query aligns to 18:302/303 of 4pddA

query
sites
4pddA
M
 
V
G
 
G
V
 
A
E
 
T
K
 
T
F
 
F
A
 
C
E
 
D
L
 
E
V
 
V
A
 
E
Q
 
K
K
 
G
S
 
T
G
 
Q
G
 
E
K
 
R
L
 
Y
T
 
K
V
 
C
K
 
Q
P
 
H
F
 
F
P
 
P
G
 
S
G
 
S
T
 
A
L
 
L
G
 
G
P
 
G
D
x
E
A
 
R
Q
 
E
V
 
M
V
 
I
S
 
E
A
 
S
M
 
V
Q
 
Q
G
 
L
G
 
G
T
 
T
V
 
Q
E
 
D
M
 
L
N
 
V
V
 
N
M
 
T
N
 
S
A
 
T
S
 
G
L
 
P
L
 
L
A
 
G
G
 
N
N
 
F
V
 
V
K
 
P
E
 
E
M
 
T
A
 
R
V
 
I
F
 
V
D
 
D
Y
 
I
P
 
P
F
 
F
M
 
L
F
 
F
N
 
R
N
 
D
V
 
Y
K
 
E
E
 
H
A
 
A
D
 
R
A
 
K
V
 
V
A
 
M
D
 
D
G
 
G
P
 
A
V
 
I
G
 
G
R
 
Q
K
 
D
L
 
L
L
 
L
D
 
K
K
 
K
L
 
M
Q
 
Q
E
 
A
R
 
K
G
 
G
L
 
L
V
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
A
Y
 
W
W
 
T
D
 
E
L
x
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
Q
 
H
M
 
M
H
 
T
T
 
N
V
 
S
K
 
K
K
 
R
P
 
P
I
 
I
Q
 
L
K
 
Q
A
 
A
D
 
S
D
 
D
L
 
A
K
 
A
G
 
G
M
 
L
K
 
K
M
 
V
R
|
R
V
 
T
I
x
M
P
 
E
T
 
N
S
 
K
Q
 
V
Y
 
H
V
 
M
D
 
D
F
 
G
M
 
Y
N
 
K
A
 
T
I
 
F
G
 
G
A
 
L
V
 
L
A
 
P
T
 
T
P
 
P
M
 
M
P
 
A
Y
x
F
T
 
P
E
 
E
T
 
L
Y
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
A
 
T
I
 
V
D
 
D
G
 
G
M
 
Q
T
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
I
L
 
P
N
 
V
I
 
I
V
 
L
N
 
S
E
 
S
K
 
K
F
 
F
Y
 
S
E
 
Q
V
 
V
S
 
Q
K
 
K
H
 
H
L
 
L
T
 
S
L
 
L
T
 
T
N
 
G
H
 
H
M
 
V
Y
 
Y
T
 
S
P
 
P
Q
 
A
A
 
V
V
 
L
I
 
I
V
 
L
S
 
S
K
 
S
K
 
R
F
 
V
W
 
W
D
 
D
K
 
K
L
 
L
S
 
S
A
 
E
D
 
A
E
 
D
K
 
K
K
 
K
I
 
V
L
 
F
Q
 
V
D
 
A
A
 
A
A
 
A
S
 
Q
E
 
K
T
 
A
A
 
T
L
 
V
Y
 
A
Q
 
Q
R
 
R
K
 
K
V
 
R
A
 
V
R
 
N
E
 
D
E
 
D
A
 
E
A
 
A
K
 
N
A
 
G
L
 
I
D
 
T
E
 
Q
L
 
L
K
 
K
K
 
K
R
 
D
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
V
 
V
H
 
V
E
 
E
L
 
K
P
 
V
A
 
D
A
 
G
E
 
E
V
 
-
A
 
-
K
 
S
L
 
F
R
 
R
E
 
K
R
 
A
A
 
V
K
 
A
P
 
P
A
 
A
M
 
Y
D
 
A
K
 
G
L
 
F
T
 
A
A
 
K
Q
 
E
V
 
F
G
 
G
E
 
-
P
 
-
L
 
-
V
 
-
K
 
A
E
 
E
V
 
R
M
 
I
A
 
A
E
 
A
V
 
I
E
 
Q
K
 
A
V
 
V
R
 
K
A
 
A

Sites not aligning to the query:

4pdhA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from polaromonas sp js666 (bpro_1871, target efi-510164) bound to d- erythronate (see paper)
34% identity, 90% coverage: 31:335/339 of query aligns to 3:298/301 of 4pdhA

query
sites
4pdhA
T
 
T
I
 
M
K
 
K
F
 
I
P
 
S
A
 
I
A
 
S
S
 
T
N
 
S
K
 
Q
G
 
N
H
 
S
P
 
H
Q
|
Q
V
 
G
M
 
V
G
 
A
V
 
I
E
 
D
K
 
T
F
 
F
A
 
A
E
 
K
L
 
E
V
 
V
A
 
E
Q
 
K
K
 
R
S
 
T
G
 
G
G
 
G
K
 
R
L
 
Y
T
 
K
V
 
V
K
 
Q
P
 
T
F
 
F
P
 
Y
G
 
S
G
 
G
T
 
A
L
 
L
G
 
G
P
 
G
D
x
E
A
 
R
Q
 
E
V
 
S
V
 
I
S
 
E
A
 
A
M
 
V
Q
 
Q
G
 
L
G
 
G
T
 
T
V
 
Q
E
 
E
M
 
L
N
 
A
V
 
F
M
 
S
N
 
S
A
 
T
S
 
G
L
 
P
L
 
V
A
 
P
G
 
N
N
 
F
V
 
V
K
 
P
E
 
E
M
 
T
A
 
K
V
 
I
F
 
L
D
 
D
Y
 
V
P
 
P
F
 
F
M
 
L
F
 
F
N
 
R
N
 
D
V
 
K
K
 
A
E
 
H
A
 
A
D
 
R
A
 
A
V
 
V
A
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
I
G
 
G
R
 
Q
K
 
D
L
 
L
L
 
L
D
 
G
K
 
K
L
 
F
Q
 
D
E
 
A
R
 
K
G
 
G
L
 
F
V
 
K
G
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
W
W
 
G
D
 
E
L
x
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
Q
 
H
M
 
M
H
 
T
T
 
N
V
 
S
K
 
K
K
 
R
P
 
D
I
 
V
Q
 
K
K
 
G
A
 
P
D
 
E
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
M
 
M
R
|
R
V
 
T
I
x
M
P
 
E
T
 
N
S
 
P
Q
 
V
Y
 
H
V
 
I
D
 
A
F
 
A
M
 
Y
N
 
K
A
 
G
I
 
F
G
 
G
A
 
I
V
 
I
A
 
T
T
 
T
P
 
P
M
 
M
P
 
A
Y
x
F
T
 
P
E
 
E
T
 
V
Y
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
A
 
T
I
 
V
D
 
D
G
 
G
M
 
Q
T
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
L
 
S
N
 
V
I
 
I
V
 
I
N
 
A
E
 
S
K
 
K
F
 
F
Y
 
D
E
 
Q
V
 
V
S
 
Q
K
 
K
H
 
H
L
 
L
T
 
S
L
 
L
T
 
T
N
 
G
H
 
H
M
 
V
Y
 
Y
T
 
S
P
 
P
Q
 
C
A
 
I
V
 
W
I
 
V
V
 
M
S
 
N
K
 
K
K
 
A
F
 
V
W
 
F
D
 
D
K
 
K
L
 
L
S
 
S
A
 
A
D
 
A
E
 
D
K
 
K
K
 
Q
I
 
A
L
 
F
Q
 
L
D
 
D
A
 
A
A
 
A
S
 
K
E
 
E
T
 
G
A
 
T
L
 
K
Y
 
A
Q
 
N
R
 
R
K
 
A
V
 
R
A
 
V
R
 
D
E
 
E
E
 
D
A
 
D
A
 
A
K
 
K
A
 
G
L
 
V
D
 
A
E
 
D
L
 
L
K
 
R
K
 
A
R
 
K
G
 
G
M
 
M
Q
 
T
V
 
V
H
 
-
E
 
-
L
 
I
P
 
D
A
 
N
A
 
I
E
 
D
V
 
K
A
 
S
K
 
K
L
 
F
R
 
V
E
 
T
R
 
A
A
 
L
K
 
A
P
 
P
A
 
V
M
 
N
D
 
A
K
 
E
L
 
F
T
 
E
A
 
K
Q
 
Q
V
 
F
G
 
G
E
 
K
P
 
-
L
 
-
V
 
-
K
 
-
E
 
-
V
 
-
M
 
-
A
 
A
E
 
N
V
 
I
E
 
E
K
 
K
V
 
I
R
 
R

4p9kA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from verminephrobacter eiseniae ef01-2 (veis_3954, target efi-510324) a nephridial symbiont of the earthworm eisenia foetida, bound to d- erythronate with residual density suggestive of superposition with copurified alternative ligand. (see paper)
35% identity, 78% coverage: 31:293/339 of query aligns to 5:267/303 of 4p9kA

query
sites
4p9kA
T
 
T
I
 
M
K
 
R
F
 
I
P
 
N
A
 
I
A
 
S
S
 
T
N
 
A
K
 
Q
G
 
N
H
 
S
P
 
H
Q
|
Q
V
 
G
M
 
V
G
 
A
V
 
I
E
 
D
K
 
T
F
 
F
A
 
A
E
 
K
L
 
E
V
 
V
A
 
E
Q
 
K
K
 
R
S
 
T
G
 
G
G
 
G
K
 
R
L
 
Y
T
 
K
V
 
V
K
 
Q
P
 
T
F
 
F
P
 
Y
G
 
N
G
 
A
T
 
A
L
 
L
G
 
G
P
 
A
D
x
E
A
 
R
Q
 
E
V
 
S
V
 
V
S
 
E
A
 
A
M
 
V
Q
 
Q
G
 
L
G
 
G
T
 
T
V
 
H
E
 
E
M
 
L
N
 
T
V
 
F
M
 
S
N
 
S
A
 
S
S
 
G
L
 
P
L
 
I
A
 
P
G
 
N
N
 
F
V
 
V
K
 
P
E
 
E
M
 
T
A
 
K
V
 
I
F
 
L
D
 
D
Y
 
V
P
 
P
F
 
F
M
 
L
F
 
F
N
 
R
N
 
D
V
 
K
K
 
A
E
 
H
A
 
A
D
 
R
A
 
A
V
 
V
A
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
I
G
 
G
R
 
Q
K
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
T
K
 
R
L
 
F
Q
 
D
E
 
G
R
 
K
G
 
G
L
 
F
V
 
K
G
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
W
W
 
A
D
 
E
L
x
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
Q
 
H
M
 
M
H
 
S
T
 
N
V
 
S
K
 
K
K
 
R
P
 
A
I
 
V
Q
 
K
K
 
E
A
 
P
D
 
G
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
M
 
M
R
|
R
V
 
T
I
x
M
P
 
E
T
 
N
S
 
P
Q
 
V
Y
 
H
V
 
I
D
 
A
F
 
A
M
 
Y
N
 
K
A
 
G
I
 
F
G
 
G
A
 
I
V
 
V
A
 
T
T
 
T
P
 
P
M
 
M
P
 
A
Y
x
F
T
 
S
E
 
E
T
 
V
Y
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
A
 
T
I
 
V
D
 
D
G
 
G
M
 
Q
T
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
L
 
S
N
 
V
I
 
I
V
 
I
N
 
S
E
 
A
K
 
K
F
 
F
Y
 
D
E
 
Q
V
 
V
S
 
Q
K
 
K
H
 
H
L
 
L
T
 
T
L
 
L
T
 
T
N
 
G
H
 
H
M
 
V
Y
 
Y
T
 
S
P
 
P
Q
 
A
A
 
L
V
 
F
I
 
L
V
 
M
S
 
N
K
 
K
K
 
A
F
 
L
W
 
F
D
 
D
K
 
K
L
 
L
S
 
P
A
 
A
D
 
A
E
 
D
K
 
Q
K
 
Q
I
 
A
L
 
F
Q
 
I
D
 
D
A
 
A
A
 
A
S
 
R
E
 
Q
T
 
G
A
 
A
L
 
K
Y
 
L
Q
 
N
R
 
R
K
 
A
V
 
R
A
 
V
R
 
D
E
 
E
E
 
D
A
 
D
A
 
A
K
 
K
A
 
G
L
 
V
D
 
A
E
 
D
L
 
L
K
 
R
K
 
A
R
 
K
G
 
G
M
 
M
Q
 
T
V
 
V

4pakA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from verminephrobacter eiseniae ef01-2 (veis_3954, target efi-510324) a nephridial symbiont of the earthworm eisenia foetida, bound to (r)- pantoic acid (see paper)
35% identity, 78% coverage: 31:293/339 of query aligns to 6:268/304 of 4pakA

query
sites
4pakA
T
 
T
I
 
M
K
 
R
F
 
I
P
 
N
A
 
I
A
 
S
S
 
T
N
 
A
K
 
Q
G
 
N
H
 
S
P
 
H
Q
|
Q
V
 
G
M
 
V
G
 
A
V
 
I
E
 
D
K
 
T
F
 
F
A
 
A
E
 
K
L
 
E
V
 
V
A
 
E
Q
 
K
K
 
R
S
 
T
G
 
G
G
 
G
K
 
R
L
 
Y
T
 
K
V
 
V
K
 
Q
P
 
T
F
 
F
P
 
Y
G
 
N
G
 
A
T
 
A
L
 
L
G
 
G
P
 
A
D
x
E
A
 
R
Q
 
E
V
 
S
V
 
V
S
 
E
A
 
A
M
 
V
Q
 
Q
G
 
L
G
 
G
T
 
T
V
 
H
E
 
E
M
 
L
N
 
T
V
 
F
M
 
S
N
 
S
A
 
S
S
 
G
L
 
P
L
 
I
A
 
P
G
 
N
N
 
F
V
 
V
K
 
P
E
 
E
M
 
T
A
 
K
V
 
I
F
 
L
D
 
D
Y
 
V
P
 
P
F
 
F
M
 
L
F
 
F
N
 
R
N
 
D
V
 
K
K
 
A
E
 
H
A
 
A
D
 
R
A
 
A
V
 
V
A
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
I
G
 
G
R
 
Q
K
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
T
K
 
R
L
 
F
Q
 
D
E
 
G
R
 
K
G
 
G
L
 
F
V
 
K
G
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
W
W
 
A
D
 
E
L
x
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
Q
 
H
M
 
M
H
 
S
T
 
N
V
 
S
K
 
K
K
 
R
P
 
A
I
 
V
Q
 
K
K
 
E
A
 
P
D
 
G
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
M
 
M
R
|
R
V
 
T
I
x
M
P
 
E
T
 
N
S
 
P
Q
 
V
Y
 
H
V
 
I
D
 
A
F
 
A
M
 
Y
N
 
K
A
 
G
I
 
F
G
 
G
A
 
I
V
 
V
A
 
T
T
 
T
P
 
P
M
 
M
P
 
A
Y
x
F
T
 
S
E
 
E
T
 
V
Y
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
A
 
T
I
 
V
D
 
D
G
 
G
M
 
Q
T
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
L
 
S
N
x
V
I
 
I
V
 
I
N
 
S
E
 
A
K
 
K
F
 
F
Y
 
D
E
 
Q
V
 
V
S
 
Q
K
 
K
H
 
H
L
 
L
T
 
T
L
 
L
T
 
T
N
 
G
H
 
H
M
 
V
Y
 
Y
T
 
S
P
 
P
Q
 
A
A
 
L
V
 
F
I
 
L
V
 
M
S
 
N
K
 
K
K
 
A
F
 
L
W
 
F
D
 
D
K
 
K
L
 
L
S
 
P
A
 
A
D
 
A
E
 
D
K
 
Q
K
 
Q
I
 
A
L
 
F
Q
 
I
D
 
D
A
 
A
A
 
A
S
 
R
E
 
Q
T
 
G
A
 
A
L
 
K
Y
 
L
Q
 
N
R
 
R
K
 
A
V
 
R
A
 
V
R
 
D
E
 
E
E
 
D
A
 
D
A
 
A
K
 
K
A
 
G
L
 
V
D
 
A
E
 
D
L
 
L
K
 
R
K
 
A
R
 
K
G
 
G
M
 
M
Q
 
T
V
 
V

4x8rA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from rhodobacter sphaeroides (rsph17029_2138, target efi-510205) with bound glucuronate
35% identity, 75% coverage: 41:293/339 of query aligns to 15:267/304 of 4x8rA

query
sites
4x8rA
G
 
G
H
 
Y
P
 
P
Q
 
T
V
 
V
M
 
E
G
 
G
V
 
V
E
 
K
K
 
F
F
 
M
A
 
A
E
 
E
L
 
R
V
 
A
A
 
K
Q
 
E
K
 
L
S
 
S
G
 
N
G
 
G
K
 
R
L
 
I
T
 
C
V
 
I
K
 
E
P
 
V
F
 
F
P
 
P
G
 
S
G
 
S
T
 
Q
L
 
L
G
 
G
P
 
E
D
x
E
A
 
K
Q
 
D
V
 
T
V
 
I
S
 
E
A
 
Q
M
 
T
Q
 
Q
G
 
F
G
 
G
T
 
V
V
 
I
E
 
D
M
 
M
N
 
-
V
 
-
M
 
V
N
x
R
A
 
A
S
 
S
L
 
F
L
 
G
A
 
S
G
 
F
N
 
N
-
 
D
-
 
I
V
 
V
K
 
P
E
 
E
M
 
A
A
 
Q
V
 
L
F
 
L
D
 
S
Y
 
L
P
 
P
F
 
Y
M
 
L
F
 
F
N
 
R
N
 
S
V
 
E
K
 
E
E
 
H
A
 
L
D
 
H
A
x
N
V
 
V
A
 
M
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
I
G
|
G
R
 
D
K
 
E
L
 
L
L
 
A
D
 
K
K
 
A
L
 
F
Q
x
E
E
 
A
R
 
K
G
 
D
L
 
L
V
 
I
G
 
A
L
 
V
A
 
A
Y
 
Y
W
 
Y
D
 
D
L
 
G
G
 
G
F
 
S
R
|
R
Q
 
S
M
 
F
H
 
Y
T
 
N
V
 
S
K
 
Q
K
 
K
P
 
P
I
 
I
Q
 
T
K
 
K
A
 
V
D
 
E
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
M
 
M
K
 
K
M
 
F
R
|
R
V
 
V
I
x
M
P
 
Q
T
 
S
S
 
D
Q
 
V
Y
 
F
V
 
V
D
 
D
F
 
M
M
 
M
N
 
S
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
N
A
 
A
T
 
T
P
 
P
M
 
M
P
 
P
Y
|
Y
T
 
G
E
 
E
T
 
V
Y
 
Y
T
 
S
A
 
S
L
 
I
E
 
Q
Q
 
T
G
 
G
A
 
V
I
 
I
D
 
D
G
 
G
M
 
A
T
 
E
N
|
N
P
 
N
L
 
W
L
 
P
N
x
S
I
 
Y
V
 
D
N
 
S
E
 
S
K
 
G
F
 
H
Y
 
F
E
 
E
V
 
V
S
 
A
K
 
K
H
 
Y
L
 
Y
T
 
T
L
 
L
T
 
D
N
 
Q
H
 
H
M
 
L
Y
 
M
T
 
V
P
 
P
Q
x
E
A
x
L
V
 
V
I
 
A
V
 
I
S
 
S
K
 
K
K
 
I
F
 
K
W
 
W
D
 
D
K
 
A
L
 
L
S
 
S
A
 
P
D
 
E
E
 
D
K
 
Q
K
 
Q
I
 
V
L
 
L
Q
 
R
D
 
Q
A
 
A
A
 
A
S
 
E
E
 
E
T
 
S
A
 
E
L
 
P
Y
 
V
Q
 
Q
R
 
R
K
 
K
V
 
L
A
 
W
R
 
A
E
 
E
E
 
Q
A
 
E
A
 
K
K
 
A
A
 
S
L
 
E
D
 
E
E
 
K
L
 
V
K
 
V
K
 
A
R
 
S
G
 
G
M
 
A
Q
 
E
V
 
V

Sites not aligning to the query:

4n8yA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from bradyrhizobium sp. Btai1 b (bbta_0128), target efi-510056 (bbta_0128), complex with alpha/beta-d-galacturonate (see paper)
35% identity, 74% coverage: 42:293/339 of query aligns to 13:264/300 of 4n8yA

query
sites
4n8yA
H
 
Y
P
 
P
Q
 
T
V
 
V
M
 
E
G
 
A
V
 
V
E
 
K
K
 
F
F
 
M
A
 
G
E
 
K
L
 
Q
V
 
L
A
 
A
Q
 
A
K
 
A
S
 
S
G
 
G
G
 
G
K
 
K
L
 
L
T
 
G
V
 
V
K
 
K
P
 
V
F
 
F
P
 
P
G
 
N
G
 
G
T
 
A
L
 
L
G
 
G
P
 
S
D
x
E
A
 
K
Q
 
D
V
 
T
V
 
I
S
 
E
A
 
Q
M
 
L
Q
 
K
G
 
I
G
 
G
T
 
A
V
 
L
E
 
D
M
 
M
N
 
M
V
x
R
M
 
I
N
 
N
A
 
S
S
 
S
L
 
P
L
 
L
A
 
N
G
 
N
N
 
F
V
 
V
K
 
P
E
 
E
M
 
T
A
 
V
V
 
A
F
 
L
D
 
C
Y
 
L
P
 
P
F
 
F
M
 
V
F
 
F
N
 
R
N
 
D
V
 
T
K
 
Q
E
 
H
A
 
M
D
 
R
A
 
N
V
 
V
A
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
I
G
 
G
R
 
D
K
 
E
L
 
I
L
 
L
D
 
A
K
 
A
L
 
M
Q
 
E
E
 
P
R
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
A
Y
 
Y
W
 
Y
D
 
D
L
 
S
G
 
G
F
 
A
R
|
R
Q
 
S
M
 
I
H
 
Y
T
 
T
V
 
V
K
 
K
K
 
A
P
 
P
I
 
V
Q
 
K
K
 
S
A
 
L
D
 
A
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
M
 
I
R
|
R
V
 
V
I
x
Q
P
 
Q
T
 
S
S
 
D
Q
 
L
Y
 
W
V
 
V
D
 
G
F
 
M
M
 
I
N
 
Q
A
 
S
I
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
N
A
 
P
T
 
T
P
 
P
M
 
M
P
 
P
Y
|
Y
T
 
G
E
 
E
T
 
V
Y
 
Y
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
K
Q
 
T
G
 
G
A
 
L
I
 
V
D
 
D
G
 
A
M
 
A
T
 
E
N
|
N
P
 
N
L
 
W
L
 
P
N
x
S
I
 
Y
V
 
E
N
 
S
E
 
S
K
 
R
F
 
H
Y
 
F
E
 
E
V
 
A
S
 
A
K
 
K
H
 
F
L
 
Y
T
 
N
L
 
I
T
 
T
N
 
E
H
 
H
M
 
S
Y
 
L
T
 
A
P
 
P
Q
x
E
A
 
V
V
 
L
I
 
V
V
 
M
S
 
S
K
 
K
K
 
K
F
 
V
W
 
W
D
 
D
K
 
T
L
 
L
S
 
S
A
 
K
D
 
E
E
 
D
K
 
Q
K
 
A
I
 
L
L
 
V
Q
 
R
D
 
K
A
 
A
A
 
A
S
 
K
E
 
D
T
 
S
A
 
V
L
 
P
Y
 
V
Q
 
M
R
 
R
K
 
K
V
 
L
A
 
W
R
 
D
E
 
E
E
 
R
A
 
E
A
 
Q
K
 
A
A
 
S
L
 
R
D
 
K
E
 
A
L
 
V
K
 
E
K
 
A
R
 
A
G
 
G
M
 
V
Q
 
Q
V
 
V

Sites not aligning to the query:

8te9B Crystal structure of an isethionate bound substrate binding protein (isep) from an isethionate trap transporter
36% identity, 85% coverage: 41:327/339 of query aligns to 15:304/309 of 8te9B

query
sites
8te9B
G
 
G
H
 
N
P
 
N
Q
 
V
V
 
T
M
 
V
G
 
G
V
 
Y
E
 
E
K
 
K
F
 
F
A
 
K
E
 
E
L
 
L
V
 
V
A
 
A
Q
 
E
K
 
K
S
 
S
G
 
N
G
 
G
K
 
R
L
 
V
T
 
R
V
 
I
K
 
Q
P
 
L
F
 
F
P
 
G
G
 
N
G
 
C
T
 
M
L
 
L
G
 
G
P
 
S
D
|
D
A
 
R
Q
 
V
V
 
T
V
 
M
S
 
E
A
 
A
M
 
A
Q
 
Q
G
 
R
G
 
G
T
 
T
V
 
L
E
 
E
M
 
M
N
 
A
V
 
S
M
 
S
N
x
S
A
 
S
S
 
P
L
x
N
L
 
M
A
 
A
G
 
N
N
 
F
V
 
S
K
 
K
E
 
Q
M
 
W
A
 
M
V
 
V
F
 
F
D
 
D
Y
 
L
P
 
P
F
 
Y
M
 
I
F
 
T
-
 
S
-
 
P
-
 
E
N
 
H
N
 
Q
V
 
Q
K
 
K
E
 
L
A
 
Y
D
 
K
A
 
A
V
 
I
A
 
D
D
 
D
G
 
G
P
 
E
V
 
L
G
 
G
R
 
K
K
 
K
L
 
L
L
 
D
D
 
E
K
 
I
L
 
A
Q
 
A
E
 
S
R
 
I
G
 
G
L
 
L
V
 
K
G
 
P
L
 
I
A
 
M
Y
 
Y
W
 
S
D
 
E
L
x
Y
G
 
G
F
 
Y
R
|
R
Q
 
N
M
 
F
H
 
V
T
 
T
V
 
T
K
 
K
K
 
K
P
 
P
I
 
I
Q
 
K
K
 
T
A
 
A
D
 
D
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
N
M
 
L
K
 
K
M
 
V
R
|
R
V
 
T
I
x
T
P
 
D
T
 
S
S
 
P
Q
 
I
Y
 
E
V
 
V
D
 
A
F
 
V
M
 
A
N
 
A
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
M
V
 
A
A
 
P
T
 
T
P
 
P
M
 
I
P
 
S
Y
x
W
T
 
G
E
 
E
T
 
T
Y
 
Y
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
A
 
T
I
 
V
D
 
D
G
 
G
M
 
E
T
 
G
N
 
N
P
 
T
L
 
F
L
 
S
N
 
L
I
 
L
V
 
N
N
 
D
E
 
A
K
 
K
F
 
H
Y
 
T
E
 
E
V
 
V
S
 
L
K
 
K
H
 
Y
L
 
A
T
 
I
L
 
D
T
 
S
N
 
A
H
 
H
M
 
N
Y
 
Y
T
 
S
P
 
M
Q
x
H
A
 
L
V
 
L
I
 
M
V
 
M
S
 
N
K
 
K
K
 
A
F
 
Y
W
 
Y
D
 
D
K
 
S
L
 
L
S
 
P
A
 
A
D
 
N
E
 
V
K
 
Q
K
 
Q
I
 
I
L
 
L
Q
 
T
D
 
E
A
 
A
A
 
G
S
 
R
E
 
E
T
 
A
A
 
L
L
 
T
Y
 
Y
Q
 
Q
R
 
R
K
 
S
V
 
I
A
 
T
R
 
S
E
 
E
E
 
L
A
 
E
A
 
K
K
 
K
A
 
A
L
 
E
D
 
D
E
 
A
L
 
F
K
 
I
K
 
E
R
 
Q
G
 
G
M
 
I
Q
 
T
V
 
V
H
 
T
E
 
R
L
 
L
P
 
S
A
 
P
A
 
E
E
 
E
V
 
R
A
 
A
K
 
K
L
 
L
R
 
V
E
 
E
R
 
R
A
 
T
K
 
R
P
 
P
A
 
V
M
 
W
D
 
D
K
 
K
L
 
F
T
 
K
A
 
D
Q
 
D
V
 
I
G
 
P
E
 
A
P
 
E
L
 
L
V
 
I
K
 
K
E
 
L
V
 
V

Sites not aligning to the query:

4nq8B Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from bordetella bronchispeptica (bb3421), target efi-510039, with density modeled as pantoate (see paper)
34% identity, 74% coverage: 47:296/339 of query aligns to 19:268/301 of 4nq8B

query
sites
4nq8B
G
 
G
V
 
A
E
 
E
K
 
A
F
 
F
A
 
A
E
 
K
L
 
S
V
 
I
A
 
E
Q
 
G
K
 
A
S
 
S
G
 
G
G
 
G
K
 
K
L
 
Y
T
 
K
V
 
V
K
 
Q
P
 
Q
F
 
F
P
 
A
G
 
N
G
 
S
T
 
A
L
 
L
G
 
G
P
 
G
D
x
E
A
 
R
Q
 
E
V
 
V
V
 
I
S
 
E
A
 
G
M
 
L
Q
 
Q
G
 
I
G
 
G
T
 
T
V
 
I
E
 
D
M
 
L
N
 
A
V
 
I
M
 
V
N
x
S
A
 
T
S
 
G
L
 
A
L
 
T
A
 
L
G
 
N
N
 
F
V
 
V
K
 
P
E
 
E
M
 
T
A
 
G
V
 
V
F
 
F
D
 
D
Y
 
I
P
 
P
F
 
F
M
 
L
F
 
L
N
 
R
N
 
D
V
 
L
K
 
P
E
 
H
A
 
A
D
 
R
A
 
A
V
 
V
A
 
L
D
 
D
G
 
S
P
 
K
V
 
I
G
 
G
R
 
Q
K
 
D
L
 
M
L
 
L
D
 
A
K
 
K
L
 
F
Q
 
P
E
 
D
R
 
R
G
 
G
L
 
I
V
 
I
G
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
W
W
 
G
D
 
E
L
x
Q
G
 
G
F
 
F
R
|
R
Q
 
H
M
 
L
H
 
T
T
 
N
V
 
N
K
 
V
K
 
R
P
 
P
I
 
V
Q
 
K
K
 
T
A
 
P
D
 
A
D
 
D
L
 
A
K
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
M
 
I
R
|
R
V
 
T
I
x
T
P
 
E
T
 
N
S
 
P
Q
 
I
Y
 
H
V
 
I
D
 
T
F
 
A
M
 
F
N
 
R
A
 
Q
I
 
I
G
 
G
A
 
I
V
 
L
A
 
P
T
 
T
P
 
P
M
 
M
P
 
A
Y
x
W
T
 
P
E
 
E
T
 
V
Y
 
A
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
A
 
T
I
 
I
D
 
D
G
 
G
M
 
Q
T
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
L
 
S
N
 
V
I
 
I
V
 
T
N
 
S
E
 
A
K
 
K
F
 
L
Y
 
S
E
 
Q
V
 
L
S
 
Q
K
 
K
H
 
Y
L
 
L
T
 
S
L
 
L
T
 
T
N
 
G
H
 
H
M
 
V
Y
 
Y
T
 
G
P
 
P
Q
 
A
A
 
L
V
 
V
I
 
L
V
 
M
S
 
S
K
 
A
K
 
N
F
 
V
W
 
Y
D
 
N
K
 
G
L
 
L
S
 
S
A
 
D
D
 
A
E
 
E
K
 
K
K
 
A
I
 
S
L
 
F
Q
 
K
D
 
A
A
 
A
A
 
G
S
 
K
E
 
D
T
 
S
A
 
A
L
 
Q
Y
 
A
Q
 
M
R
 
R
K
 
A
V
 
Y
A
 
V
R
 
D
E
 
N
E
 
I
A
 
E
A
 
Q
K
 
T
A
 
G
L
 
V
D
 
E
E
 
Q
L
 
L
K
 
K
K
 
K
R
 
E
G
 
G
M
 
M
Q
 
E
V
 
V
H
 
S
E
 
E
L
 
V

Sites not aligning to the query:

Q0B2F6 Solute-binding protein Bamb_6123 from Burkholderia ambifaria (strain ATCC BAA-244 / DSM 16087 / CCUG 44356 / LMG 19182 / AMMD) (Burkholderia cepacia (strain AMMD)) (see paper)
31% identity, 98% coverage: 5:335/339 of query aligns to 9:328/328 of Q0B2F6

query
sites
Q0B2F6
R
 
R
T
 
T
L
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
V
A
 
A
L
 
L
A
 
-
G
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
L
 
-
S
 
-
L
 
M
P
 
A
A
 
G
L
 
F
A
 
A
A
 
M
D
 
S
I
 
A
Q
 
Q
A
 
A
R
 
R
T
 
V
I
 
F
K
 
R
F
 
S
P
 
A
A
 
D
A
 
V
S
x
H
N
 
G
K
 
D
G
 
S
H
 
F
P
 
P
Q
 
T
V
 
N
M
 
M
G
 
A
V
 
V
E
 
K
K
 
F
F
 
M
A
 
G
E
 
D
L
 
E
V
 
L
A
 
S
Q
 
K
K
 
L
S
 
T
G
 
G
G
 
G
K
 
K
L
 
D
T
 
S
V
 
I
K
 
K
P
 
V
F
 
F
P
 
G
G
 
N
G
 
S
T
 
A
L
 
L
G
 
G
P
 
S
D
x
E
A
 
K
Q
 
D
V
 
T
V
 
V
S
 
D
A
 
Q
M
 
V
Q
 
R
G
 
I
G
 
G
T
 
A
V
 
I
E
 
D
M
 
M
N
 
A
V
x
R
M
 
V
N
 
N
A
 
G
S
 
A
L
 
S
L
 
F
A
 
N
G
 
E
N
 
I
V
 
V
K
 
P
E
 
E
M
 
S
A
 
L
V
 
I
F
 
P
D
 
S
Y
 
F
P
 
P
F
 
F
M
 
L
F
 
F
N
 
R
N
 
D
V
 
V
K
 
D
E
 
H
A
 
F
D
 
R
A
 
K
V
 
A
A
 
M
D
 
Y
G
 
G
P
 
P
V
 
A
G
 
G
R
 
Q
K
 
K
L
 
I
L
 
L
D
 
D
K
 
A
L
 
F
Q
 
A
E
 
A
R
 
K
G
 
G
L
 
M
V
 
I
G
 
A
L
 
L
A
 
T
Y
 
F
W
 
Y
D
 
E
L
 
S
G
 
G
F
 
A
R
|
R
Q
 
S
M
 
I
H
 
Y
T
 
-
V
 
A
K
 
K
K
 
R
P
 
P
I
 
V
Q
 
R
K
 
T
A
 
P
D
 
A
D
 
D
L
 
M
K
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
M
 
V
R
 
R
V
 
V
I
 
Q
P
 
P
T
 
S
S
 
D
Q
 
L
Y
 
M
V
 
V
D
 
D
F
 
E
M
 
I
N
 
R
A
 
A
I
 
M
G
 
G
A
 
G
V
 
T
A
 
P
T
 
T
P
 
P
M
 
M
P
 
P
Y
 
F
T
 
A
E
 
E
T
 
V
Y
 
Y
T
 
T
A
 
G
L
 
L
E
 
K
Q
 
T
G
 
G
A
 
L
I
 
V
D
 
D
G
 
A
M
 
A
T
 
E
N
|
N
P
 
N
L
 
L
L
 
P
N
 
S
I
 
Y
V
 
E
N
 
E
E
 
T
K
 
K
F
 
H
Y
 
F
E
 
E
V
 
V
S
 
A
K
 
P
H
 
D
L
 
Y
T
 
S
L
 
E
T
 
T
N
 
Q
H
 
H
M
 
A
Y
 
M
T
 
T
P
 
P
Q
x
E
A
 
V
V
 
L
I
 
V
V
 
F
S
 
S
K
 
K
K
 
K
F
 
I
W
 
W
D
 
D
K
 
T
L
 
L
S
 
S
A
 
P
D
 
Q
E
 
E
K
 
Q
K
 
A
I
 
A
L
 
I
Q
 
R
D
 
K
A
 
A
A
 
A
S
 
A
E
 
D
T
 
S
A
 
V
L
 
P
Y
 
Y
Q
 
Y
R
 
Q
K
 
K
V
 
L
A
 
W
R
 
T
E
 
A
E
 
R
A
 
E
A
 
A
K
 
S
A
 
A
L
 
Q
D
 
Q
E
 
A
L
 
V
K
 
T
K
 
K
R
 
G
G
 
G
M
 
A
Q
 
N
V
 
I
H
 
-
E
 
-
L
 
L
P
 
P
A
 
A
A
 
A
E
 
Q
V
 
V
A
 
D
K
 
-
L
 
-
R
 
R
E
 
A
R
 
A
A
 
F
K
 
V
P
 
K
A
 
A
M
 
M
D
 
Q
K
 
P
L
 
L
-
 
W
T
 
T
A
 
K
Q
 
Y
V
 
E
G
 
K
E
 
T
P
 
P
L
 
Q
V
 
M
K
 
K
E
 
Q
V
 
I
M
 
V
A
 
D
E
 
E
V
 
I
E
 
E
K
 
A
V
 
T
R
 
K

4x04A Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from citrobacter koseri (cko_04899, target efi-510094) with bound d- glucuronate
33% identity, 86% coverage: 30:321/339 of query aligns to 2:288/301 of 4x04A

query
sites
4x04A
R
 
Q
T
 
V
I
 
I
K
 
K
F
 
A
P
 
A
A
 
D
A
 
V
S
x
H
N
 
P
K
 
Q
G
 
G
H
 
Y
P
 
P
Q
 
N
V
 
V
M
 
V
G
 
A
V
 
V
E
 
Q
K
 
K
F
 
M
A
 
G
E
 
E
L
 
K
V
 
L
A
 
K
Q
 
Q
K
 
Q
S
 
T
G
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
L
T
 
E
V
 
I
K
 
K
P
 
V
F
 
F
P
 
P
G
 
G
G
 
G
T
 
V
L
 
L
G
 
G
P
 
D
D
x
E
A
 
K
Q
 
Q
V
 
M
V
 
I
S
 
E
A
 
Q
M
 
A
Q
 
Q
G
 
I
G
 
G
T
 
A
V
 
I
E
 
D
M
 
M
N
 
I
V
x
R
M
 
V
N
x
S
A
 
M
S
 
A
L
 
P
L
 
V
A
 
A
G
 
A
N
 
I
V
 
L
K
 
P
E
 
D
M
 
I
A
 
E
V
 
V
F
 
F
D
 
T
Y
 
L
P
 
P
F
 
Y
M
 
V
F
 
F
N
 
R
N
 
D
V
 
E
K
 
D
E
 
H
A
 
M
D
 
H
A
 
K
V
 
I
A
 
I
D
 
D
G
 
G
P
 
D
V
 
I
G
 
G
R
 
K
K
 
S
L
 
I
L
 
G
D
 
D
K
 
K
L
 
L
Q
 
T
E
 
N
R
 
N
-
 
P
-
 
K
-
 
S
G
 
R
L
 
L
V
 
V
G
 
F
L
 
L
A
 
G
Y
 
W
W
 
M
D
 
D
L
 
S
G
 
G
F
 
T
R
|
R
Q
 
N
M
 
L
H
 
I
T
 
T
V
 
-
K
 
K
K
 
N
P
 
P
I
 
V
Q
 
E
K
 
K
A
 
P
D
 
E
D
 
D
L
 
L
K
 
H
G
 
G
M
 
M
K
 
K
M
 
I
R
|
R
V
 
V
I
x
Q
P
 
G
T
 
S
S
 
P
Q
 
V
Y
 
A
V
 
L
D
 
D
F
 
T
M
 
L
N
 
K
A
 
D
I
 
M
G
 
G
A
 
A
V
 
N
A
 
S
T
 
V
P
 
A
M
 
M
P
 
G
Y
x
V
T
 
S
E
 
E
T
 
V
Y
 
F
T
 
S
A
 
G
L
 
M
E
 
Q
Q
 
T
G
 
G
A
 
V
I
 
I
D
 
D
G
 
G
M
 
A
T
 
E
N
|
N
P
 
N
L
 
P
L
 
P
N
x
T
I
 
F
V
 
V
N
 
A
E
 
H
K
 
N
F
 
Y
Y
 
M
E
 
P
V
 
V
S
 
A
K
 
K
H
 
N
L
 
Y
T
 
T
L
 
L
T
 
S
N
 
G
H
 
H
M
 
F
Y
 
I
T
 
T
P
 
P
Q
x
E
A
 
M
V
 
L
I
 
L
V
 
Y
S
 
S
K
 
K
K
 
V
F
 
K
W
 
W
D
 
D
K
 
K
L
 
L
S
 
T
A
 
A
D
 
D
E
 
E
K
 
Q
K
 
Q
I
 
K
L
 
I
Q
 
L
D
 
T
A
 
L
A
 
A
S
 
R
E
 
E
T
 
A
A
 
Q
L
 
F
Y
 
E
Q
 
Q
R
 
R
K
 
K
V
 
L
A
 
W
R
 
D
E
 
A
E
 
Y
A
 
N
A
 
Q
K
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
A
E
 
K
L
 
M
K
 
K
K
 
A
R
 
G
G
 
G
M
 
V
Q
 
Q
V
 
F
H
 
H
E
 
E
L
 
I
P
 
D
A
 
K
A
 
A
E
 
Y
V
 
F
A
 
V
K
 
K
L
 
-
R
 
-
E
 
-
R
 
-
A
 
-
K
 
-
P
 
-
A
 
A
M
 
T
D
 
E
K
 
P
L
 
V
T
 
R
A
 
A
Q
 
Q
V
 
Y
G
 
G
E
 
E

4xfeA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from pseudomonas putida f1 (pput_1203), target efi-500184, with bound d- glucuronate
32% identity, 77% coverage: 32:292/339 of query aligns to 3:264/306 of 4xfeA

query
sites
4xfeA
I
 
I
K
 
K
F
 
F
P
 
A
A
 
E
A
 
I
S
x
H
N
 
P
K
 
A
G
 
G
H
 
Y
P
 
P
Q
 
T
V
 
V
M
 
V
G
 
A
V
 
E
E
 
Q
K
 
N
F
 
M
A
 
G
E
 
K
L
 
K
V
 
L
A
 
E
Q
 
Q
K
 
A
S
 
S
G
 
N
G
 
G
K
 
D
L
 
I
T
 
T
V
 
F
K
 
K
P
 
M
F
 
F
P
 
A
G
 
G
G
 
G
T
 
V
L
 
L
G
 
G
P
 
S
D
x
E
A
 
K
Q
 
E
V
 
V
V
 
I
S
 
E
A
 
Q
M
 
A
Q
 
Q
G
 
I
G
 
G
T
 
A
V
 
V
E
 
Q
M
 
M
N
 
T
V
x
R
M
 
V
N
 
S
A
 
L
S
 
G
L
 
I
L
 
V
A
 
G
G
 
P
N
 
V
V
 
V
K
 
P
E
 
D
M
 
V
A
 
N
V
 
V
F
 
F
D
 
N
Y
 
M
P
 
P
F
 
F
M
 
V
F
 
F
N
 
R
N
 
D
V
 
H
K
 
D
E
 
H
A
 
M
D
 
R
A
 
K
V
 
I
A
 
I
D
 
D
G
 
G
P
 
E
V
 
I
G
 
G
R
 
Q
K
 
E
L
 
I
L
 
L
D
 
D
K
 
K
L
 
I
-
 
T
-
 
N
Q
 
S
E
 
D
R
 
F
G
 
N
L
 
L
V
 
V
G
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
W
W
 
M
D
 
D
L
 
G
G
 
G
F
 
S
R
|
R
Q
 
S
M
 
I
H
 
Y
T
 
T
V
 
-
K
 
K
K
 
K
P
 
P
I
 
V
Q
 
R
K
 
S
A
 
L
D
 
E
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
M
 
M
K
 
K
M
 
I
R
|
R
V
 
V
I
x
Q
P
 
G
T
 
N
S
 
P
Q
 
L
Y
 
F
V
 
I
D
 
D
F
 
M
M
 
M
N
 
N
A
 
A
I
 
M
G
 
G
A
 
G
V
 
N
A
 
G
T
 
I
P
 
A
M
 
M
P
 
D
Y
x
T
T
 
G
E
 
E
T
 
I
Y
 
F
T
 
S
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
Q
 
T
G
 
G
A
 
V
I
 
I
D
 
D
G
 
G
M
 
A
T
 
E
N
|
N
P
 
N
L
 
P
L
 
P
N
x
T
I
 
L
V
 
L
N
 
E
E
 
H
K
 
N
F
 
H
Y
 
F
E
 
Q
V
 
S
S
 
A
K
 
K
H
 
Y
L
 
Y
T
 
T
L
 
L
T
 
T
N
 
G
H
 
H
M
 
L
Y
 
I
T
 
L
P
 
P
Q
x
E
A
 
P
V
 
V
I
 
V
V
 
M
S
 
S
K
 
K
K
 
T
F
 
T
W
 
W
D
 
N
K
 
K
L
 
L
S
 
T
A
 
P
D
 
E
E
 
Q
K
 
Q
K
 
V
I
 
L
L
 
V
Q
 
K
D
 
K
A
 
V
A
 
A
S
 
R
E
 
E
T
 
A
A
 
Q
L
 
M
Y
 
E
Q
 
E
R
 
R
K
 
A
V
 
L
A
 
W
R
 
D
E
 
A
E
 
K
A
 
S
A
 
A
K
 
A
A
 
S
L
 
E
D
 
E
E
 
K
L
 
L
K
 
K
K
 
A
R
 
A
G
 
G
M
 
V
Q
 
E

4p8bA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from ralstonia eutropha h16 (h16_a1328), target efi-510189, with bound (s)-2-hydroxy-2-methyl-3-oxobutanoate ((s)-2-acetolactate) (see paper)
31% identity, 86% coverage: 43:333/339 of query aligns to 16:313/314 of 4p8bA

query
sites
4p8bA
P
 
P
Q
x
W
V
 
G
M
 
K
G
 
G
V
 
G
E
 
E
K
 
I
F
 
W
A
 
A
E
 
D
L
 
L
V
 
V
A
 
K
Q
 
Q
K
 
R
S
 
T
G
 
N
G
 
G
K
 
R
L
 
I
T
 
N
V
 
I
K
 
K
P
 
L
F
 
Y
P
 
P
G
 
G
G
 
T
T
 
S
L
 
L
-
 
V
-
 
A
G
 
G
P
 
D
D
x
Q
A
 
T
Q
 
R
V
 
E
V
 
F
S
 
S
A
 
A
M
 
I
Q
 
R
G
 
Q
G
 
G
T
 
V
V
 
I
E
 
D
M
 
M
N
 
A
V
 
V
M
 
G
N
 
S
A
 
T
S
 
I
L
 
N
L
 
W
A
 
S
G
 
P
N
 
Q
V
 
V
K
 
R
E
 
E
M
 
L
A
 
N
V
 
L
F
 
F
D
 
S
Y
 
L
P
 
P
F
 
F
M
 
L
F
 
M
N
 
P
N
 
D
V
 
Y
K
 
K
E
 
A
A
 
L
D
 
D
A
 
A
V
 
L
A
 
T
D
 
Q
G
 
G
P
 
E
V
 
V
G
 
G
R
 
K
K
 
S
L
 
I
L
 
F
D
 
A
K
 
T
L
 
L
Q
 
E
E
 
K
R
 
A
G
 
G
L
 
V
V
 
V
G
 
P
L
 
L
A
 
A
Y
 
W
W
 
G
D
 
E
L
 
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
Q
 
E
M
 
V
H
 
S
T
 
N
V
 
S
K
 
K
K
 
R
P
 
E
I
 
I
Q
 
R
K
 
K
A
 
P
D
 
E
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
M
 
M
K
 
K
M
 
L
R
|
R
V
 
V
I
 
V
P
 
G
T
 
S
S
 
P
Q
 
L
Y
 
Y
V
 
I
D
 
E
F
 
T
M
 
F
N
 
N
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
N
A
 
P
T
 
T
P
 
Q
M
 
M
P
 
S
Y
 
W
T
 
A
E
 
D
T
 
A
Y
 
Q
T
 
P
A
 
A
L
 
M
E
 
A
Q
 
S
G
 
G
A
 
A
I
 
V
D
 
D
G
 
G
M
 
Q
T
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
Q
L
 
S
N
 
V
I
 
F
V
 
A
N
 
A
E
 
A
K
 
K
F
 
L
Y
 
Y
E
 
T
V
 
V
S
 
G
-
 
Q
K
 
K
H
 
F
L
 
V
T
 
T
L
 
T
T
 
W
N
 
G
H
 
Y
M
 
V
Y
 
A
T
 
D
P
 
P
Q
 
L
A
 
I
V
 
F
I
 
V
V
 
V
S
 
N
K
 
K
K
 
Q
F
 
I
W
 
W
D
 
E
K
 
S
L
 
W
S
 
T
A
 
P
D
 
A
E
 
D
K
 
R
K
 
E
I
 
I
L
 
V
Q
 
K
D
 
Q
A
 
A
A
 
A
-
 
V
-
 
D
-
 
A
-
 
G
-
 
K
S
 
Q
E
 
E
T
 
I
A
 
A
L
 
L
Y
 
A
Q
 
R
R
 
K
K
 
G
V
 
L
A
 
A
R
 
-
E
 
E
E
 
P
A
 
G
A
 
A
K
 
P
A
 
A
L
 
W
D
 
K
E
 
D
L
 
M
K
 
E
K
 
A
R
 
H
G
 
G
M
 
V
Q
 
K
V
 
V
H
 
T
E
 
H
L
 
L
P
 
T
A
 
P
A
 
A
E
 
E
V
 
H
A
 
D
K
 
A
L
 
F
R
 
R
E
 
K
R
 
A
A
 
T
K
 
A
P
 
K
A
 
V
M
 
Y
D
 
D
K
 
K
L
 
W
T
 
K
A
 
K
Q
 
Q
V
 
I
G
 
G
E
 
T
P
 
D
L
 
L
V
 
V
K
 
T
E
 
K
V
 
A
M
 
E
A
 
G
E
 
A
V
 
I
E
 
A
K
 
K

4n17A Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from burkholderia ambifaria (bam_6123), target efi-510059, with bound beta-d-galacturonate (see paper)
32% identity, 86% coverage: 43:332/339 of query aligns to 14:299/301 of 4n17A

query
sites
4n17A
P
 
P
Q
 
T
V
 
N
M
 
M
G
 
A
V
 
V
E
 
K
K
 
F
F
 
M
A
 
G
E
 
D
L
 
E
V
 
L
A
 
S
Q
 
K
K
 
L
S
 
T
G
 
G
G
 
G
K
 
K
L
 
D
T
 
S
V
 
I
K
 
K
P
 
V
F
 
F
P
 
G
G
 
N
G
 
S
T
 
A
L
 
L
G
 
G
P
 
S
D
x
E
A
 
K
Q
 
D
V
 
T
V
 
V
S
 
D
A
 
Q
M
 
V
Q
 
R
G
 
I
G
 
G
T
 
A
V
 
I
E
 
D
M
 
M
N
 
A
V
x
R
M
 
V
N
|
N
A
 
G
S
 
A
L
 
S
L
 
F
A
 
N
G
 
E
N
 
I
V
 
V
K
 
P
E
 
E
M
 
S
A
 
L
V
 
I
F
 
P
D
 
S
Y
 
F
P
 
P
F
 
F
M
 
L
F
 
F
N
 
R
N
 
D
V
 
V
K
 
D
E
 
H
A
 
F
D
 
R
A
 
K
V
 
A
A
 
M
D
 
Y
G
 
G
P
 
P
V
 
A
G
 
G
R
 
Q
K
 
K
L
 
I
L
 
L
D
 
D
K
 
A
L
 
F
Q
 
A
E
 
A
R
 
K
G
 
G
L
 
M
V
 
I
G
 
A
L
 
L
A
 
T
Y
 
F
W
 
Y
D
 
E
L
 
S
G
 
G
F
 
A
R
|
R
Q
 
S
M
 
I
H
 
Y
T
 
-
V
 
A
K
 
K
K
 
R
P
 
P
I
 
V
Q
 
R
K
 
T
A
 
P
D
 
A
D
 
D
L
 
M
K
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
M
 
V
R
|
R
V
 
V
I
x
Q
P
 
P
T
 
S
S
 
D
Q
 
L
Y
 
M
V
 
V
D
 
D
F
 
E
M
 
I
N
 
R
A
 
A
I
 
M
G
 
G
A
 
G
V
 
T
A
 
P
T
 
T
P
 
P
M
 
M
P
 
P
Y
x
F
T
 
A
E
 
E
T
 
V
Y
 
Y
T
 
T
A
 
G
L
 
L
E
 
K
Q
 
T
G
 
G
A
 
L
I
 
V
D
 
D
G
 
A
M
 
A
T
 
E
N
|
N
P
 
N
L
 
L
L
 
P
N
 
S
I
 
Y
V
 
E
N
 
E
E
 
T
K
 
K
F
 
H
Y
 
F
E
 
E
V
 
V
S
 
A
K
 
P
H
 
D
L
 
Y
T
 
S
L
 
E
T
 
T
N
 
Q
H
 
H
M
 
A
Y
 
M
T
 
T
P
 
P
Q
x
E
A
 
V
V
 
L
I
 
V
V
 
F
S
 
S
K
 
K
K
 
K
F
 
I
W
 
W
D
 
D
K
 
T
L
 
L
S
 
S
A
 
P
D
 
Q
E
 
E
K
 
Q
K
 
A
I
 
A
L
 
I
Q
 
R
D
 
K
A
 
A
A
 
A
S
 
A
E
 
D
T
 
S
A
 
V
L
 
P
Y
 
Y
Q
 
Y
R
 
Q
K
 
K
V
 
L
A
 
W
R
 
T
E
 
A
E
 
R
A
 
E
A
 
A
K
 
S
A
 
A
L
 
Q
D
 
Q
E
 
A
L
 
V
K
 
T
K
 
K
R
 
G
G
 
G
M
 
A
Q
 
N
V
 
I
H
 
-
E
 
-
L
 
L
P
 
P
A
 
A
A
 
A
E
 
Q
V
 
V
A
 
D
K
 
-
L
 
-
R
 
R
E
 
A
R
 
A
A
 
F
K
 
V
P
 
K
A
 
A
M
 
M
D
 
Q
K
 
P
L
 
L
-
 
W
T
 
T
A
 
K
Q
 
Y
V
 
E
G
 
K
E
 
T
P
 
P
L
 
Q
V
 
M
K
 
K
E
 
Q
V
 
I
M
 
V
A
 
D
E
 
E
V
 
I
E
 
E

Sites not aligning to the query:

4n15A Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from burkholderia ambifaria (bam_6123), target efi-510059, with bound beta-d-glucuronate (see paper)
32% identity, 86% coverage: 43:332/339 of query aligns to 14:299/301 of 4n15A

query
sites
4n15A
P
 
P
Q
 
T
V
 
N
M
 
M
G
 
A
V
 
V
E
 
K
K
 
F
F
 
M
A
 
G
E
 
D
L
 
E
V
 
L
A
 
S
Q
 
K
K
 
L
S
 
T
G
 
G
G
 
G
K
 
K
L
 
D
T
 
S
V
 
I
K
 
K
P
 
V
F
 
F
P
 
G
G
 
N
G
 
S
T
 
A
L
 
L
G
 
G
P
 
S
D
x
E
A
 
K
Q
 
D
V
 
T
V
 
V
S
 
D
A
 
Q
M
 
V
Q
 
R
G
 
I
G
 
G
T
 
A
V
 
I
E
 
D
M
 
M
N
 
A
V
x
R
M
 
V
N
|
N
A
 
G
S
 
A
L
 
S
L
 
F
A
 
N
G
 
E
N
 
I
V
 
V
K
 
P
E
 
E
M
 
S
A
 
L
V
 
I
F
 
P
D
 
S
Y
 
F
P
 
P
F
 
F
M
 
L
F
 
F
N
 
R
N
 
D
V
 
V
K
 
D
E
 
H
A
 
F
D
 
R
A
 
K
V
 
A
A
 
M
D
 
Y
G
 
G
P
 
P
V
 
A
G
 
G
R
 
Q
K
 
K
L
 
I
L
 
L
D
 
D
K
 
A
L
 
F
Q
 
A
E
 
A
R
 
K
G
 
G
L
 
M
V
 
I
G
 
A
L
 
L
A
 
T
Y
 
F
W
 
Y
D
 
E
L
 
S
G
 
G
F
 
A
R
|
R
Q
 
S
M
 
I
H
 
Y
T
 
-
V
 
A
K
 
K
K
 
R
P
 
P
I
 
V
Q
 
R
K
 
T
A
 
P
D
 
A
D
 
D
L
 
M
K
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
M
 
V
R
|
R
V
 
V
I
x
Q
P
 
P
T
 
S
S
 
D
Q
 
L
Y
 
M
V
 
V
D
 
D
F
 
E
M
 
I
N
 
R
A
 
A
I
 
M
G
 
G
A
 
G
V
 
T
A
 
P
T
 
T
P
 
P
M
 
M
P
 
P
Y
x
F
T
 
A
E
 
E
T
 
V
Y
 
Y
T
 
T
A
 
G
L
 
L
E
 
K
Q
 
T
G
 
G
A
 
L
I
 
V
D
 
D
G
 
A
M
 
A
T
 
E
N
|
N
P
 
N
L
 
L
L
 
P
N
 
S
I
 
Y
V
 
E
N
 
E
E
 
T
K
 
K
F
 
H
Y
 
F
E
 
E
V
 
V
S
 
A
K
 
P
H
 
D
L
 
Y
T
 
S
L
 
E
T
 
T
N
 
Q
H
 
H
M
 
A
Y
 
M
T
 
T
P
 
P
Q
x
E
A
 
V
V
 
L
I
 
V
V
 
F
S
 
S
K
 
K
K
 
K
F
 
I
W
 
W
D
 
D
K
 
T
L
 
L
S
 
S
A
 
P
D
 
Q
E
 
E
K
 
Q
K
 
A
I
 
A
L
 
I
Q
 
R
D
 
K
A
 
A
A
 
A
S
 
A
E
 
D
T
 
S
A
 
V
L
 
P
Y
 
Y
Q
 
Y
R
 
Q
K
 
K
V
 
L
A
 
W
R
 
T
E
 
A
E
 
R
A
 
E
A
 
A
K
 
S
A
 
A
L
 
Q
D
 
Q
E
 
A
L
 
V
K
 
T
K
 
K
R
 
G
G
 
G
M
 
A
Q
 
N
V
 
I
H
 
-
E
 
-
L
 
L
P
 
P
A
 
A
A
 
A
E
 
Q
V
 
V
A
 
D
K
 
-
L
 
-
R
 
R
E
 
A
R
 
A
A
 
F
K
 
V
P
 
K
A
 
A
M
 
M
D
 
Q
K
 
P
L
 
L
-
 
W
T
 
T
A
 
K
Q
 
Y
V
 
E
G
 
K
E
 
T
P
 
P
L
 
Q
V
 
M
K
 
K
E
 
Q
V
 
I
M
 
V
A
 
D
E
 
E
V
 
I
E
 
E

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_028999723.1 NCBI__GCF_000430725.1:WP_028999723.1
MTLRRTLLAAALAGASLLSLPALAADIQARTIKFPAASNKGHPQVMGVEKFAELVAQKSG
GKLTVKPFPGGTLGPDAQVVSAMQGGTVEMNVMNASLLAGNVKEMAVFDYPFMFNNVKEA
DAVADGPVGRKLLDKLQERGLVGLAYWDLGFRQMHTVKKPIQKADDLKGMKMRVIPTSQY
VDFMNAIGAVATPMPYTETYTALEQGAIDGMTNPLLNIVNEKFYEVSKHLTLTNHMYTPQ
AVIVSKKFWDKLSADEKKILQDAASETALYQRKVAREEAAKALDELKKRGMQVHELPAAE
VAKLRERAKPAMDKLTAQVGEPLVKEVMAEVEKVRAASK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory