SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_034212926.1 NCBI__GCF_000747155.1:WP_034212926.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 4 hits to proteins with known functional sites (download)

2x60A Crystal structure of t. Maritima gdp-mannose pyrophosphorylase in complex with gtp. (see paper)
36% identity, 74% coverage: 7:368/492 of query aligns to 5:332/333 of 2x60A

query
sites
2x60A
V
 
L
L
 
I
L
|
L
S
x
A
G
|
G
G
|
G
S
 
S
G
|
G
T
x
E
R
|
R
L
 
F
W
 
W
P
 
P
L
 
L
S
 
S
R
 
T
E
 
P
T
 
E
H
 
T
P
 
P
K
|
K
Q
 
Q
F
 
F
Q
 
L
P
 
K
L
 
L
V
 
F
G
 
G
E
 
N
Q
 
K
S
 
S
L
 
L
L
 
M
Q
 
R
A
 
W
T
 
T
W
 
F
R
 
E
R
 
R
L
 
V
A
 
L
G
 
E
M
 
E
P
 
M
G
 
D
A
 
P
A
 
K
A
 
D
P
 
V
I
 
I
V
 
V
V
|
V
A
 
T
N
 
H
E
 
K
E
 
D
H
 
Y
R
 
V
F
 
E
M
 
R
V
 
T
A
 
K
E
 
K
Q
 
E
L
 
L
R
 
P
Q
 
E
L
 
L
G
 
-
V
 
-
T
 
P
P
 
D
A
 
E
A
 
N
L
 
I
L
 
I
L
 
A
E
|
E
P
 
P
V
 
M
G
 
K
R
 
K
N
|
N
T
 
T
A
 
A
P
 
P
A
|
A
I
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
C
A
 
F
M
 
I
Q
 
G
A
 
T
Q
 
K
A
 
L
G
 
A
G
 
D
A
 
D
D
 
D
P
 
E
L
 
P
L
 
V
L
 
L
V
 
V
L
 
L
P
 
P
S
x
A
D
 
D
H
 
H
V
 
R
I
 
I
R
 
P
D
 
D
E
 
T
A
 
K
G
 
K
F
 
F
R
 
W
A
 
K
A
 
T
V
 
V
L
 
K
A
 
K
A
 
A
A
 
L
P
 
D
A
 
A
A
 
L
E
 
E
A
 
K
G
 
Y
K
 
D
-
 
G
L
 
L
V
 
F
T
 
T
F
 
F
G
 
G
I
 
I
V
 
V
P
 
P
T
 
T
G
 
R
P
 
P
E
 
E
T
 
T
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
I
 
I
K
 
E
S
 
I
A
 
G
A
 
E
L
 
E
P
 
L
V
 
-
G
 
-
G
 
-
P
 
-
S
 
-
G
 
-
P
 
-
K
 
-
L
 
-
S
 
-
A
 
-
K
 
-
G
 
-
F
 
-
G
 
-
T
 
-
E
 
-
V
 
-
P
 
-
P
 
-
T
 
E
G
 
E
G
 
G
A
 
V
R
 
H
V
 
K
V
 
V
E
 
A
R
 
Q
F
 
F
V
 
R
E
 
E
K
 
K
P
 
P
D
 
D
L
 
L
A
 
E
T
 
T
A
 
A
Q
 
K
A
 
K
Y
 
F
V
 
V
A
 
E
S
 
S
G
 
G
D
 
R
Y
 
F
F
 
L
W
 
W
N
 
N
S
 
S
G
 
G
M
 
M
F
 
F
L
 
L
F
 
W
R
 
K
A
 
A
S
 
R
R
 
E
Y
 
F
L
 
I
E
 
E
E
 
E
L
 
V
A
 
K
A
 
V
F
 
C
A
 
E
P
 
P
A
 
S
I
 
I
L
 
Y
A
 
E
A
 
N
A
 
L
K
 
K
T
 
D
A
 
V
L
 
-
A
 
-
G
 
-
A
 
-
K
 
-
R
 
-
D
 
D
A
 
P
D
 
R
F
 
N
L
 
F
R
 
E
L
 
E
D
 
L
R
 
K
A
 
K
A
 
A
F
 
Y
E
 
E
A
 
K
C
 
V
P
 
P
S
 
S
D
 
I
S
 
S
I
 
V
D
 
D
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
M
 
M
E
 
E
K
 
K
T
 
S
S
 
K
H
 
K
A
 
V
A
 
R
V
 
V
L
 
V
P
 
K
I
 
A
D
 
D
V
 
F
G
 
E
W
 
W
S
 
S
D
 
D
V
 
L
G
 
G
S
 
N
W
 
W
S
 
S
A
 
S
L
 
V
W
 
R
E
 
E
I
 
I
A
 
-
D
 
-
Q
 
-
D
 
-
P
 
-
D
 
E
G
 
G
N
 
Y
A
 
T
H
 
E
H
 
E
G
 
S
D
 
D
-
 
E
V
 
V
L
 
I
A
 
L
I
 
V
D
 
D
C
 
S
R
 
D
N
 
R
T
 
V
L
 
F
A
 
V
W
 
K
G
 
T
G
 
H
R
 
N
R
 
K
L
 
P
V
 
I
S
 
A
L
 
V
L
 
V
G
 
G
L
 
L
Q
 
S
D
 
D
V
 
V
I
 
I
V
 
V
V
 
I
D
 
D
T
 
T
D
 
P
D
 
N
A
 
G
L
 
I
L
 
L
V
 
I
A
 
C
A
 
K
K
 
E
D
 
E
Q
 
Y
V
 
A
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
K
 
R
E
 
E
I
 
V
V
 
V
S
 
K
V
 
K
L
 
L

2x5zA Crystal structure of t. Maritima gdp-mannose pyrophosphorylase in complex with gdp-mannose. (see paper)
36% identity, 74% coverage: 7:368/492 of query aligns to 5:332/333 of 2x5zA

query
sites
2x5zA
V
 
L
L
 
I
L
|
L
S
 
A
G
|
G
G
|
G
S
 
S
G
 
G
T
 
E
R
 
R
L
 
F
W
 
W
P
 
P
L
 
L
S
 
S
R
 
T
E
 
P
T
 
E
H
 
T
P
 
P
K
 
K
Q
 
Q
F
 
F
Q
 
L
P
 
K
L
 
L
V
 
F
G
 
G
E
 
N
Q
 
K
S
 
S
L
 
L
L
 
M
Q
 
R
A
 
W
T
 
T
W
 
F
R
 
E
R
 
R
L
 
V
A
 
L
G
 
E
M
 
E
P
 
M
G
 
D
A
 
P
A
 
K
A
 
D
P
 
V
I
 
I
V
 
V
V
|
V
A
 
T
N
 
H
E
 
K
E
 
D
H
 
Y
R
 
V
F
 
E
M
 
R
V
 
T
A
 
K
E
 
K
Q
 
E
L
 
L
R
 
P
Q
 
E
L
 
L
G
 
-
V
 
-
T
 
P
P
 
D
A
 
E
A
 
N
L
 
I
L
 
I
L
 
A
E
|
E
P
 
P
V
 
M
G
x
K
R
 
K
N
|
N
T
 
T
A
 
A
P
 
P
A
 
A
I
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
C
A
 
F
M
 
I
Q
 
G
A
 
T
Q
 
K
A
 
L
G
 
A
G
 
D
A
 
D
D
 
D
P
 
E
L
 
P
L
 
V
L
 
L
V
 
V
L
 
L
P
|
P
S
 
A
D
|
D
H
|
H
V
 
R
I
 
I
R
 
P
D
 
D
E
 
T
A
 
K
G
 
K
F
 
F
R
 
W
A
 
K
A
 
T
V
 
V
L
 
K
A
 
K
A
 
A
A
 
L
P
 
D
A
 
A
A
 
L
E
 
E
A
 
K
G
 
Y
K
 
D
-
 
G
L
 
L
V
 
F
T
 
T
F
 
F
G
 
G
I
 
I
V
 
V
P
 
P
T
 
T
G
 
R
P
 
P
E
 
E
T
 
T
G
 
G
Y
|
Y
G
|
G
Y
 
Y
I
 
I
K
 
E
S
 
I
A
 
G
A
 
E
L
 
E
P
 
L
V
 
-
G
 
-
G
 
-
P
 
-
S
 
-
G
 
-
P
 
-
K
 
-
L
 
-
S
 
-
A
 
-
K
 
-
G
 
-
F
 
-
G
 
-
T
 
-
E
 
-
V
 
-
P
 
-
P
 
-
T
 
E
G
 
E
G
 
G
A
 
V
R
 
H
V
 
K
V
 
V
E
 
A
R
 
Q
F
 
F
V
 
R
E
|
E
K
|
K
P
 
P
D
 
D
L
 
L
A
 
E
T
 
T
A
 
A
Q
 
K
A
 
K
Y
 
F
V
 
V
A
 
E
S
 
S
G
 
G
D
 
R
Y
 
F
F
 
L
W
 
W
N
|
N
S
|
S
G
 
G
M
 
M
F
 
F
L
 
L
F
 
W
R
 
K
A
 
A
S
 
R
R
 
E
Y
 
F
L
 
I
E
 
E
E
 
E
L
 
V
A
 
K
A
 
V
F
 
C
A
 
E
P
 
P
A
 
S
I
 
I
L
 
Y
A
 
E
A
 
N
A
 
L
K
 
K
T
 
D
A
 
V
L
 
-
A
 
-
G
 
-
A
 
-
K
 
-
R
 
-
D
 
D
A
 
P
D
 
R
F
 
N
L
 
F
R
 
E
L
 
E
D
 
L
R
 
K
A
 
K
A
 
A
F
 
Y
E
 
E
A
 
K
C
 
V
P
 
P
S
 
S
D
 
I
S
 
S
I
 
V
D
|
D
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
M
 
M
E
 
E
K
 
K
T
 
S
S
 
K
H
 
K
A
 
V
A
 
R
V
 
V
L
 
V
P
 
K
I
 
A
D
 
D
V
 
F
G
 
E
W
|
W
S
 
S
D
|
D
V
 
L
G
 
G
S
 
N
W
 
W
S
 
S
A
 
S
L
 
V
W
 
R
E
 
E
I
 
I
A
 
-
D
 
-
Q
 
-
D
 
-
P
 
-
D
 
E
G
 
G
N
 
Y
A
 
T
H
 
E
H
 
E
G
 
S
D
 
D
-
 
E
V
 
V
L
 
I
A
 
L
I
 
V
D
 
D
C
 
S
R
 
D
N
 
R
T
 
V
L
 
F
A
 
V
W
 
K
G
 
T
G
 
H
R
 
N
R
 
K
L
 
P
V
 
I
S
 
A
L
 
V
L
 
V
G
 
G
L
 
L
Q
 
S
D
 
D
V
 
V
I
 
I
V
 
V
V
 
I
D
 
D
T
 
T
D
 
P
D
 
N
A
 
G
L
 
I
L
 
L
V
 
I
A
 
C
A
 
K
K
 
E
D
 
E
Q
 
Y
V
 
A
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
K
 
R
E
 
E
I
 
V
V
 
V
S
 
K
V
 
K
L
 
L

2x65B Crystal structure of t. Maritima gdp-mannose pyrophosphorylase in complex with mannose-1-phosphate. (see paper)
36% identity, 74% coverage: 7:368/492 of query aligns to 5:332/334 of 2x65B

query
sites
2x65B
V
 
L
L
 
I
L
 
L
S
 
A
G
 
G
G
 
G
S
|
S
G
 
G
T
x
E
R
|
R
L
 
F
W
 
W
P
 
P
L
 
L
S
 
S
R
 
T
E
 
P
T
 
E
H
 
T
P
 
P
K
 
K
Q
 
Q
F
 
F
Q
 
L
P
 
K
L
 
L
V
 
F
G
 
G
E
 
N
Q
 
K
S
 
S
L
 
L
L
 
M
Q
 
R
A
 
W
T
 
T
W
 
F
R
 
E
R
 
R
L
 
V
A
 
L
G
 
E
M
 
E
P
 
M
G
 
D
A
 
P
A
 
K
A
 
D
P
 
V
I
 
I
V
 
V
V
 
V
A
 
T
N
 
H
E
 
K
E
 
D
H
 
Y
R
 
V
F
 
E
M
 
R
V
 
T
A
 
K
E
 
K
Q
 
E
L
 
L
R
 
P
Q
 
E
L
 
L
G
 
-
V
 
-
T
 
P
P
 
D
A
 
E
A
 
N
L
 
I
L
 
I
L
 
A
E
 
E
P
 
P
V
 
M
G
 
K
R
 
K
N
 
N
T
 
T
A
 
A
P
 
P
A
 
A
I
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
C
A
 
F
M
 
I
Q
 
G
A
 
T
Q
 
K
A
 
L
G
 
A
G
 
D
A
 
D
D
 
D
P
 
E
L
 
P
L
 
V
L
 
L
V
 
V
L
 
L
P
 
P
S
 
A
D
 
D
H
|
H
V
 
R
I
 
I
R
 
P
D
 
D
E
 
T
A
 
K
G
 
K
F
 
F
R
 
W
A
 
K
A
 
T
V
 
V
L
 
K
A
 
K
A
 
A
A
 
L
P
 
D
A
 
A
A
 
L
E
 
E
A
 
K
G
 
Y
K
 
D
-
 
G
L
 
L
V
 
F
T
 
T
F
 
F
G
 
G
I
 
I
V
 
V
P
 
P
T
 
T
G
 
R
P
 
P
E
 
E
T
 
T
G
 
G
Y
|
Y
G
|
G
Y
 
Y
I
 
I
K
 
E
S
 
I
A
 
G
A
 
E
L
 
E
P
 
L
V
 
-
G
 
-
G
 
-
P
 
-
S
 
-
G
 
-
P
 
-
K
 
-
L
 
-
S
 
-
A
 
-
K
 
-
G
 
-
F
 
-
G
 
-
T
 
-
E
 
-
V
 
-
P
 
-
P
 
-
T
 
E
G
 
E
G
 
G
A
 
V
R
 
H
V
 
K
V
 
V
E
 
A
R
 
Q
F
 
F
V
 
R
E
|
E
K
|
K
P
 
P
D
 
D
L
 
L
A
 
E
T
 
T
A
 
A
Q
 
K
A
 
K
Y
 
F
V
 
V
A
 
E
S
 
S
G
 
G
D
 
R
Y
 
F
F
 
L
W
 
W
N
|
N
S
|
S
G
 
G
M
 
M
F
 
F
L
 
L
F
 
W
R
 
K
A
 
A
S
 
R
R
 
E
Y
 
F
L
 
I
E
 
E
E
 
E
L
 
V
A
 
K
A
 
V
F
 
C
A
 
E
P
 
P
A
 
S
I
 
I
L
 
Y
A
 
E
A
 
N
A
 
L
K
 
K
T
 
D
A
 
V
L
 
-
A
 
-
G
 
-
A
 
-
K
 
-
R
 
-
D
 
D
A
 
P
D
 
R
F
 
N
L
 
F
R
 
E
L
 
E
D
 
L
R
 
K
A
 
K
A
 
A
F
 
Y
E
 
E
A
 
K
C
 
V
P
 
P
S
 
S
D
 
I
S
 
S
I
 
V
D
|
D
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
M
 
M
E
 
E
K
 
K
T
 
S
S
 
K
H
 
K
A
 
V
A
 
R
V
 
V
L
 
V
P
 
K
I
 
A
D
 
D
V
 
F
G
 
E
W
|
W
S
 
S
D
 
D
V
 
L
G
 
G
S
 
N
W
 
W
S
 
S
A
 
S
L
 
V
W
 
R
E
 
E
I
 
I
A
 
-
D
 
-
Q
 
-
D
 
-
P
 
-
D
 
E
G
 
G
N
 
Y
A
 
T
H
 
E
H
 
E
G
 
S
D
 
D
-
 
E
V
 
V
L
 
I
A
 
L
I
 
V
D
 
D
C
 
S
R
 
D
N
 
R
T
 
V
L
 
F
A
 
V
W
 
K
G
 
T
G
 
H
R
 
N
R
 
K
L
 
P
V
 
I
S
 
A
L
 
V
L
 
V
G
 
G
L
 
L
Q
 
S
D
 
D
V
 
V
I
 
I
V
 
V
V
 
I
D
 
D
T
 
T
D
 
P
D
 
N
A
 
G
L
 
I
L
 
L
V
 
I
A
 
C
A
 
K
K
 
E
D
 
E
Q
 
Y
V
 
A
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
K
x
R
E
 
E
I
 
V
V
 
V
S
 
K
V
 
K
L
 
L

2x65A Crystal structure of t. Maritima gdp-mannose pyrophosphorylase in complex with mannose-1-phosphate. (see paper)
36% identity, 74% coverage: 7:368/492 of query aligns to 5:332/334 of 2x65A

query
sites
2x65A
V
 
L
L
 
I
L
 
L
S
 
A
G
 
G
G
 
G
S
 
S
G
 
G
T
 
E
R
 
R
L
 
F
W
 
W
P
 
P
L
 
L
S
 
S
R
 
T
E
 
P
T
 
E
H
 
T
P
 
P
K
 
K
Q
 
Q
F
 
F
Q
 
L
P
 
K
L
 
L
V
 
F
G
 
G
E
 
N
Q
 
K
S
 
S
L
 
L
L
 
M
Q
 
R
A
 
W
T
 
T
W
 
F
R
 
E
R
 
R
L
 
V
A
 
L
G
 
E
M
 
E
P
 
M
G
 
D
A
 
P
A
 
K
A
 
D
P
 
V
I
 
I
V
 
V
V
 
V
A
 
T
N
 
H
E
 
K
E
 
D
H
 
Y
R
 
V
F
 
E
M
 
R
V
 
T
A
 
K
E
 
K
Q
 
E
L
 
L
R
 
P
Q
 
E
L
 
L
G
 
-
V
 
-
T
 
P
P
 
D
A
 
E
A
 
N
L
 
I
L
 
I
L
 
A
E
 
E
P
 
P
V
 
M
G
 
K
R
 
K
N
 
N
T
 
T
A
 
A
P
 
P
A
 
A
I
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
C
A
 
F
M
 
I
Q
 
G
A
 
T
Q
 
K
A
 
L
G
 
A
G
 
D
A
 
D
D
 
D
P
 
E
L
 
P
L
 
V
L
 
L
V
 
V
L
 
L
P
 
P
S
 
A
D
 
D
H
|
H
V
 
R
I
 
I
R
 
P
D
 
D
E
 
T
A
 
K
G
 
K
F
 
F
R
 
W
A
 
K
A
 
T
V
 
V
L
 
K
A
 
K
A
 
A
A
 
L
P
 
D
A
 
A
A
 
L
E
 
E
A
 
K
G
 
Y
K
 
D
-
 
G
L
 
L
V
 
F
T
 
T
F
 
F
G
 
G
I
 
I
V
 
V
P
 
P
T
 
T
G
 
R
P
 
P
E
 
E
T
 
T
G
 
G
Y
|
Y
G
|
G
Y
 
Y
I
 
I
K
 
E
S
 
I
A
 
G
A
 
E
L
 
E
P
 
L
V
 
-
G
 
-
G
 
-
P
 
-
S
 
-
G
 
-
P
 
-
K
 
-
L
 
-
S
 
-
A
 
-
K
 
-
G
 
-
F
 
-
G
 
-
T
 
-
E
 
-
V
 
-
P
 
-
P
 
-
T
 
E
G
 
E
G
 
G
A
 
V
R
 
H
V
 
K
V
 
V
E
 
A
R
 
Q
F
 
F
V
 
R
E
|
E
K
|
K
P
 
P
D
 
D
L
 
L
A
 
E
T
 
T
A
 
A
Q
 
K
A
 
K
Y
 
F
V
 
V
A
 
E
S
 
S
G
 
G
D
 
R
Y
 
F
F
 
L
W
 
W
N
|
N
S
|
S
G
 
G
M
 
M
F
 
F
L
 
L
F
 
W
R
 
K
A
 
A
S
 
R
R
 
E
Y
 
F
L
 
I
E
 
E
E
 
E
L
 
V
A
 
K
A
 
V
F
 
C
A
 
E
P
 
P
A
 
S
I
 
I
L
 
Y
A
 
E
A
 
N
A
 
L
K
 
K
T
 
D
A
 
V
L
 
-
A
 
-
G
 
-
A
 
-
K
 
-
R
 
-
D
 
D
A
 
P
D
 
R
F
 
N
L
 
F
R
 
E
L
 
E
D
 
L
R
 
K
A
 
K
A
 
A
F
 
Y
E
 
E
A
 
K
C
 
V
P
 
P
S
 
S
D
 
I
S
 
S
I
 
V
D
|
D
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
M
 
M
E
 
E
K
 
K
T
 
S
S
 
K
H
 
K
A
 
V
A
 
R
V
 
V
L
 
V
P
 
K
I
 
A
D
 
D
V
 
F
G
 
E
W
 
W
S
 
S
D
 
D
V
 
L
G
 
G
S
 
N
W
 
W
S
 
S
A
 
S
L
 
V
W
 
R
E
 
E
I
 
I
A
 
-
D
 
-
Q
 
-
D
 
-
P
 
-
D
 
E
G
 
G
N
 
Y
A
 
T
H
 
E
H
 
E
G
 
S
D
 
D
-
 
E
V
 
V
L
 
I
A
 
L
I
 
V
D
 
D
C
 
S
R
 
D
N
 
R
T
 
V
L
 
F
A
 
V
W
 
K
G
 
T
G
 
H
R
 
N
R
 
K
L
 
P
V
 
I
S
 
A
L
 
V
L
 
V
G
 
G
L
 
L
Q
 
S
D
 
D
V
 
V
I
 
I
V
 
V
V
 
I
D
 
D
T
 
T
D
 
P
D
 
N
A
 
G
L
 
I
L
 
L
V
 
I
A
 
C
A
 
K
K
 
E
D
 
E
Q
 
Y
V
 
A
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
K
 
R
E
 
E
I
 
V
V
 
V
S
 
K
V
 
K
L
 
L

Query Sequence

>WP_034212926.1 NCBI__GCF_000747155.1:WP_034212926.1
MPQIIPVLLSGGSGTRLWPLSRETHPKQFQPLVGEQSLLQATWRRLAGMPGAAAPIVVAN
EEHRFMVAEQLRQLGVTPAALLLEPVGRNTAPAIAAAAMQAQAGGADPLLLVLPSDHVIR
DEAGFRAAVLAAAPAAEAGKLVTFGIVPTGPETGYGYIKSAALPVGGPSGPKLSAKGFGT
EVPPTGGARVVERFVEKPDLATAQAYVASGDYFWNSGMFLFRASRYLEELAAFAPAILAA
AKTALAGAKRDADFLRLDRAAFEACPSDSIDYAVMEKTSHAAVLPIDVGWSDVGSWSALW
EIADQDPDGNAHHGDVLAIDCRNTLAWGGRRLVSLLGLQDVIVVDTDDALLVAAKDQVQK
VKEIVSVLKSQGRPQASVHRKVYRPWGSYDGIDSGDRFQVKRIVVKPGAALSLQMHHHRA
EHWIVVSGSARVTCDDKVFLLAENQSTYIPLGSKHRLENPGKVPLELIEVQSGSYLGEDD
IVRFEDVYGRSV

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory