SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_034273642.1 NCBI__GCF_000504245.1:WP_034273642.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 5 hits to proteins with known functional sites (download)

P30952 Malate synthase 1; EC 2.3.3.9 from Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (Baker's yeast) (see paper)
53% identity, 98% coverage: 12:534/535 of query aligns to 22:544/554 of P30952

query
sites
P30952
S
 
K
P
 
P
S
 
S
T
 
S
S
 
T
E
 
T
R
 
V
S
 
G
D
 
D
E
 
-
I
 
I
L
 
L
T
 
T
P
 
K
A
 
D
A
 
A
L
 
L
E
 
E
F
 
F
V
 
I
A
 
V
R
 
L
L
 
L
D
 
H
N
 
R
E
 
T
F
 
F
A
 
N
G
 
N
R
 
K
R
 
R
R
 
K
E
 
Q
L
 
L
L
 
L
D
 
E
E
 
N
R
 
R
R
 
Q
V
 
V
R
 
V
K
 
Q
D
 
K
E
 
K
L
 
L
N
 
D
S
 
S
G
 
G
E
 
S
R
 
Y
Q
 
H
L
 
L
D
 
D
F
 
F
L
 
L
P
 
P
E
 
E
T
 
T
A
 
A
H
 
N
I
 
I
R
 
R
D
 
N
D
 
D
D
 
P
S
 
T
W
 
W
R
 
Q
V
 
G
A
 
P
G
 
I
A
 
L
A
 
A
A
 
P
G
 
G
L
 
L
A
 
I
D
 
N
R
 
R
R
 
S
V
 
T
E
 
E
I
 
I
T
 
T
G
 
G
P
 
P
T
 
P
D
 
L
R
 
R
K
 
N
M
 
M
T
 
L
V
 
I
N
 
N
A
 
A
L
 
L
N
 
N
S
 
A
G
 
P
A
 
V
K
 
N
V
 
T
W
 
Y
L
 
M
A
 
T
D
 
D
F
 
F
E
 
E
D
 
D
A
 
S
T
 
A
S
 
S
P
 
P
T
 
T
W
 
W
A
 
N
N
 
N
I
 
M
V
 
V
D
 
Y
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
N
 
N
L
 
L
Y
 
Y
D
 
D
A
 
A
I
 
I
G
 
R
G
 
N
D
 
Q
I
 
I
D
 
D
F
 
F
T
 
D
T
 
T
D
 
-
A
 
P
G
 
R
K
 
K
R
 
S
Y
 
Y
A
 
K
I
 
L
G
 
N
D
 
G
D
 
N
P
 
V
A
 
A
-
 
N
-
 
L
-
 
P
T
 
T
I
 
I
V
 
I
V
 
V
R
 
R
P
 
P
R
 
R
G
 
G
W
 
W
H
 
H
L
 
M
V
 
V
E
 
E
K
 
K
H
 
H
V
 
L
R
 
Y
I
 
V
D
 
D
G
 
D
R
 
E
P
 
P
V
 
I
S
 
S
A
 
A
A
 
S
L
 
I
F
 
F
D
 
D
F
 
F
G
 
G
I
 
L
Y
 
Y
F
 
F
F
 
Y
H
 
H
N
 
N
A
 
A
K
 
K
R
 
E
L
 
L
I
 
I
D
 
K
A
 
L
G
 
G
V
 
K
G
 
G
P
 
P
Y
 
Y
F
 
F
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
K
 
K
L
 
M
E
 
E
S
 
H
H
 
H
E
 
L
E
 
E
A
 
A
R
 
K
L
 
L
W
 
W
N
 
N
D
 
D
V
 
V
F
 
F
L
 
C
L
 
V
A
 
A
Q
 
Q
E
 
D
L
 
Y
L
 
I
G
 
G
I
 
I
P
 
P
R
 
R
G
 
G
T
 
T
I
 
I
R
 
R
A
 
A
T
 
T
V
 
V
L
 
L
I
 
I
E
 
E
T
 
T
I
 
L
T
 
P
A
 
A
A
 
A
F
 
F
E
 
Q
M
 
M
D
 
E
E
 
E
I
 
I
L
 
I
Y
 
Y
E
 
Q
L
 
L
R
 
R
E
 
Q
H
 
H
A
 
S
A
 
S
G
 
G
L
 
L
N
 
N
A
 
C
G
 
G
R
 
R
W
 
W
D
 
D
Y
 
Y
I
 
I
F
 
F
S
 
S
V
 
T
I
 
I
K
 
K
N
 
R
F
 
L
A
 
-
K
 
R
Q
 
N
G
 
D
A
 
P
D
 
N
F
 
H
V
 
I
L
 
L
P
 
P
N
 
N
R
 
R
A
 
N
E
 
Q
V
 
V
T
 
T
M
 
M
T
 
T
V
 
S
P
 
P
F
 
F
M
 
M
R
 
D
A
 
A
Y
 
Y
T
 
V
E
 
K
L
 
R
L
 
L
V
 
I
R
 
N
T
 
T
C
 
C
H
 
H
R
 
R
R
 
R
G
 
G
A
 
V
H
 
H
A
 
A
I
 
M
G
 
G
G
 
G
M
 
M
A
 
A
A
 
A
F
 
Q
I
 
I
P
 
P
S
 
I
K
 
K
-
 
D
D
 
D
P
 
P
D
 
A
A
 
A
N
 
N
A
 
E
L
 
K
A
 
A
F
 
M
E
 
T
K
 
K
V
 
V
R
 
R
Q
 
N
D
 
D
K
 
K
E
 
I
R
 
R
E
 
E
A
 
L
G
 
T
D
 
N
G
 
G
F
 
H
D
 
D
G
 
G
S
 
S
W
 
W
V
 
V
A
 
A
H
 
H
P
 
P
G
 
A
L
 
L
A
 
A
P
 
P
V
 
I
C
 
C
R
 
N
E
 
E
V
 
V
F
 
F
D
 
I
G
 
N
V
 
M
L
 
-
G
 
-
G
 
G
K
 
T
P
 
P
N
 
N
Q
 
Q
L
 
I
D
 
Y
R
 
F
L
 
I
R
 
P
E
 
E
D
 
N
V
 
V
S
 
-
V
 
V
G
 
T
A
 
A
E
 
A
D
 
N
L
 
L
L
 
L
N
 
E
V
 
T
A
 
K
S
 
I
A
 
P
G
 
N
G
 
G
D
 
E
V
 
I
T
 
T
E
 
T
E
 
E
G
 
G
L
 
I
R
 
V
A
 
Q
N
 
N
L
 
L
N
 
D
V
 
I
A
 
G
L
 
L
R
 
Q
Y
 
Y
V
 
M
D
 
E
S
 
A
W
 
W
L
 
L
R
 
R
G
 
G
T
 
S
G
 
G
A
 
C
A
 
V
A
 
P
I
 
I
S
 
N
N
 
N
L
 
L
M
 
M
E
 
E
D
 
D
A
 
A
A
 
A
T
 
T
A
 
A
E
 
E
I
 
V
A
 
S
R
 
R
C
 
C
Q
 
Q
V
 
L
W
 
Y
Q
 
Q
W
 
W
I
 
V
Y
 
K
N
 
H
G
 
G
T
 
V
K
 
T
L
 
L
S
 
K
D
 
D
-
 
T
G
 
G
T
 
E
A
 
K
I
 
V
T
 
T
T
 
P
E
 
E
L
 
L
V
 
T
T
 
E
E
 
K
L
 
I
L
 
L
D
 
K
E
 
E
E
 
Q
L
 
V
A
 
E
T
 
R
V
 
L
S
 
S
-
 
K
A
 
A
D
 
S
L
 
P
G
 
L
G
 
G
A
 
D
S
 
K
G
 
N
T
 
K
L
 
F
G
 
A
D
 
L
A
 
A
R
 
A
Q
 
K
I
 
Y
V
 
F
V
 
L
E
 
P
T
 
E
A
 
I
L
 
R
G
 
G
E
 
E
K
 
K
L
 
F
P
 
S
S
 
E
F
 
F
F
 
L
T
 
T
T
 
T
S
 
L
A
 
L
Y
 
Y
A
 
D
R
 
E
Y
 
I
L
 
V
T
 
S
T
 
T

Sites not aligning to the query:

3cuxA Atomic resolution structures of escherichia coli and bacillis anthracis malate synthase a: comparison with isoform g and implications for structure based drug design (see paper)
54% identity, 95% coverage: 20:528/535 of query aligns to 11:498/501 of 3cuxA

query
sites
3cuxA
D
 
N
E
 
E
I
 
I
L
 
L
T
 
T
P
 
P
A
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
S
F
 
F
V
 
L
A
 
K
R
 
E
L
 
L
D
 
H
N
 
E
E
 
N
F
 
F
A
 
N
G
 
E
R
 
R
R
 
R
R
 
I
E
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
Q
E
 
K
R
 
R
R
 
M
V
 
K
R
 
K
K
 
Q
D
 
Q
E
 
K
L
 
I
N
 
D
S
 
A
G
 
G
E
 
E
R
 
F
Q
 
P
L
 
-
D
 
K
F
 
F
L
 
L
P
 
E
E
 
E
T
 
T
A
 
K
H
 
R
I
 
I
R
 
R
D
 
E
D
 
A
D
 
D
S
 
-
W
 
W
R
 
T
V
 
I
A
 
A
G
 
K
A
 
L
A
 
P
A
 
K
G
 
D
L
 
L
A
 
E
D
 
D
R
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
E
I
 
I
T
 
T
G
 
G
P
 
P
T
 
V
D
 
D
R
 
R
K
 
K
M
 
M
T
 
V
V
 
I
N
 
N
A
 
A
L
 
L
N
 
N
S
 
S
G
 
G
A
 
A
K
 
H
V
 
L
W
 
F
L
 
M
A
 
A
D
 
D
F
 
F
E
 
E
D
 
D
A
 
S
T
 
N
S
 
S
P
 
P
T
 
T
W
 
W
A
 
E
N
 
N
I
 
A
V
 
I
D
 
E
G
 
G
Q
 
Q
V
 
I
N
 
N
L
 
L
Y
 
R
D
 
D
A
 
A
I
 
V
G
 
K
G
 
G
D
 
T
I
 
I
D
 
S
F
 
H
T
 
K
T
 
N
D
 
E
A
 
N
G
 
G
K
 
K
R
 
E
Y
 
Y
A
 
R
I
 
L
G
 
N
D
 
S
D
 
K
P
 
T
A
 
A
T
 
V
I
 
L
V
 
I
V
 
V
R
 
R
P
 
P
R
 
R
G
 
G
W
 
W
H
 
H
L
 
L
V
 
E
E
 
E
K
 
K
H
 
H
V
 
M
R
 
Q
I
 
V
D
 
D
G
 
G
R
 
K
P
 
N
V
 
M
S
 
S
A
 
G
A
 
S
L
 
L
F
 
V
D
 
D
F
 
F
G
 
G
I
 
L
Y
 
Y
F
 
F
F
 
F
H
 
H
N
 
N
A
 
A
K
 
K
R
 
A
L
 
L
I
 
L
D
 
E
A
 
K
G
 
G
V
 
S
G
 
G
P
 
P
Y
 
Y
F
 
F
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
K
 
K
L
 
M
E
 
E
S
 
S
H
 
Y
E
 
L
E
 
E
A
 
A
R
 
R
L
 
L
W
 
W
N
 
N
D
 
D
V
 
V
F
 
F
L
 
V
L
 
F
A
 
A
Q
 
Q
E
 
K
L
 
Y
L
 
I
G
 
G
I
 
I
P
 
P
R
 
N
G
 
G
T
 
T
I
 
I
R
 
K
A
 
A
T
 
T
V
 
V
L
 
L
I
 
L
E
|
E
T
 
T
I
 
I
T
 
H
A
 
A
A
 
S
F
 
F
E
 
E
M
 
M
D
 
D
E
 
E
I
 
I
L
 
L
Y
 
Y
E
 
E
L
 
L
R
 
K
E
 
D
H
 
H
A
 
S
A
 
A
G
 
G
L
 
L
N
 
N
A
 
C
G
 
G
R
 
R
W
 
W
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
F
 
F
S
 
S
V
 
F
I
 
L
K
 
K
N
 
A
F
 
F
A
 
-
K
 
R
Q
x
N
G
x
H
A
 
N
D
 
E
F
 
F
V
 
L
L
 
L
P
 
P
N
 
D
R
 
R
A
 
A
E
 
Q
V
 
V
T
 
T
M
 
M
T
 
T
V
 
A
P
 
P
F
 
F
M
 
M
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
T
 
S
E
 
L
L
 
K
L
 
V
V
 
I
R
 
Q
T
 
T
C
 
C
H
 
H
R
 
R
R
 
R
G
 
N
A
 
A
H
 
P
A
 
A
I
 
I
G
 
G
G
 
-
M
 
-
A
 
-
A
 
-
F
 
-
I
 
-
P
 
-
S
 
-
K
 
-
D
 
-
P
 
-
D
 
-
A
 
-
N
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
F
 
-
E
 
E
K
 
K
V
 
V
R
 
R
Q
 
A
D
 
D
K
 
K
E
 
E
R
 
R
E
 
E
A
 
A
G
 
L
D
 
D
G
 
G
F
 
H
D
 
D
G
 
G
S
 
T
W
 
W
V
 
V
A
 
A
H
 
H
P
 
P
G
 
G
L
 
L
A
 
V
P
 
P
V
 
V
C
 
A
R
 
M
E
 
E
V
 
V
F
 
F
D
 
N
G
 
H
V
 
I
L
 
M
G
 
-
G
 
K
K
 
T
P
 
P
N
 
N
Q
 
Q
L
 
I
D
 
F
R
 
R
L
 
K
R
 
R
E
 
E
D
 
E
V
 
I
S
 
H
V
 
V
G
 
T
A
 
E
E
 
K
D
 
D
L
 
L
L
 
L
N
 
E
V
 
V
A
 
P
S
 
V
A
 
-
G
 
-
G
 
G
D
 
T
V
 
I
T
 
T
E
 
E
E
 
E
G
 
G
L
 
L
R
 
R
A
 
M
N
 
N
L
 
I
N
 
S
V
 
V
A
 
G
L
 
I
R
 
Q
Y
 
Y
V
 
I
D
 
A
S
 
S
W
 
W
L
 
L
R
 
S
G
 
G
T
 
R
G
 
G
A
 
A
A
 
A
A
 
P
I
 
I
S
 
Y
N
 
N
L
 
L
M
 
M
E
 
E
D
 
D
A
 
A
A
 
A
T
 
T
A
 
A
E
 
E
I
 
I
A
 
S
R
 
R
C
 
A
Q
 
Q
V
 
V
W
 
W
Q
 
Q
W
 
W
I
 
I
-
 
R
Y
 
H
N
 
E
G
 
G
T
 
G
K
 
K
L
 
L
S
 
N
D
 
D
G
 
G
T
 
R
A
 
N
I
 
I
T
 
T
T
 
L
E
 
E
L
 
L
V
 
M
T
 
E
E
 
E
L
 
L
L
 
K
D
 
E
E
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
A
T
 
K
V
 
I
S
 
E
A
 
R
D
 
E
L
 
I
G
 
G
-
 
K
-
 
E
G
 
A
A
 
K
S
 
K
G
 
G
T
 
R
L
 
F
G
 
Q
D
 
E
A
 
A
R
 
T
Q
 
T
I
 
L
V
 
F
V
 
T
E
 
N
T
 
L
A
 
V
L
 
R
G
 
N
E
 
D
K
 
E
L
 
F
P
 
V
S
 
P
F
 
F
F
 
L
T
 
T
T
 
L
S
 
P
A
 
G
Y
 
Y

3cv2A Atomic resolution structures of escherichia coli and bacillis anthracis malate synthase a: comparison with isoform g and implications for structure based drug design (see paper)
48% identity, 97% coverage: 9:528/535 of query aligns to 2:520/524 of 3cv2A

query
sites
3cv2A
I
 
L
A
 
A
V
 
F
S
 
T
P
 
R
S
 
P
T
 
Y
S
 
G
E
 
E
R
 
Q
S
 
E
D
 
K
E
 
Q
I
 
I
L
 
L
T
 
T
P
 
A
A
 
E
A
 
A
L
 
V
E
 
E
F
 
F
V
 
L
A
 
T
R
 
E
L
 
L
D
 
V
N
 
T
E
 
H
F
 
F
A
 
T
G
 
P
R
 
Q
R
 
R
R
 
N
E
 
K
L
 
L
L
 
L
D
 
A
E
 
A
R
 
R
R
 
I
V
 
Q
R
 
Q
K
 
Q
D
 
Q
E
 
D
L
 
I
N
 
D
S
 
N
G
 
G
E
 
T
R
 
L
Q
 
P
L
 
-
D
 
D
F
 
F
L
 
I
P
 
S
E
 
E
T
 
T
A
 
A
H
 
S
I
 
I
R
 
R
D
 
D
D
 
A
D
 
D
S
 
-
W
 
W
R
 
K
V
 
I
A
 
R
G
 
G
A
 
I
A
 
P
A
 
A
G
 
D
L
 
L
A
 
E
D
 
D
R
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
E
I
 
I
T
 
T
G
 
G
P
 
P
T
 
V
D
 
E
R
 
R
K
|
K
M
|
M
T
 
V
V
 
I
N
|
N
A
|
A
L
 
L
N
 
N
S
 
A
G
 
N
A
 
V
K
 
K
V
 
V
W
 
F
L
 
M
A
 
A
D
 
D
F
 
F
E
 
E
D
 
D
A
 
S
T
 
L
S
 
A
P
 
P
T
 
D
W
 
W
A
 
N
N
 
K
I
 
V
V
 
I
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
V
 
I
N
 
N
L
 
L
Y
 
R
D
 
D
A
 
A
I
 
V
G
 
N
G
 
G
D
 
T
I
 
I
D
 
S
F
 
Y
T
 
T
T
 
N
D
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
K
R
 
I
Y
|
Y
A
 
Q
I
 
L
G
 
K
D
 
P
D
 
N
P
 
P
A
 
A
T
 
V
I
 
L
V
 
I
V
 
C
R
 
R
P
 
V
R
 
R
G
 
G
W
 
L
H
 
H
L
 
L
V
 
P
E
 
E
K
 
K
H
 
H
V
 
V
R
 
T
I
 
W
D
 
R
G
 
G
R
 
E
P
 
A
V
 
I
S
 
P
A
 
G
A
 
S
L
 
L
F
 
F
D
 
D
F
 
F
G
 
A
I
 
L
Y
 
Y
F
 
F
F
 
F
H
 
H
N
 
N
A
 
Y
K
 
Q
R
 
A
L
 
L
I
 
L
D
 
A
A
 
K
G
 
G
V
 
S
G
 
G
P
 
P
Y
 
Y
F
 
F
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
K
 
K
L
 
T
E
 
Q
S
 
S
H
 
W
E
 
Q
E
 
E
A
 
A
R
 
A
L
 
W
W
 
W
N
 
S
D
 
E
V
 
V
F
 
F
L
 
S
L
 
Y
A
 
A
Q
 
E
E
 
D
L
 
R
L
 
F
G
 
N
I
 
L
P
 
P
R
 
R
G
 
G
T
 
T
I
 
I
R
 
K
A
 
A
T
 
T
V
 
L
L
 
L
I
 
I
E
|
E
T
 
T
I
 
L
T
 
P
A
 
A
A
 
V
F
 
F
E
 
Q
M
 
M
D
 
D
E
 
E
I
 
I
L
 
L
Y
 
H
E
 
A
L
 
L
R
 
R
E
 
D
H
 
H
A
 
I
A
 
V
G
 
G
L
 
L
N
 
N
A
 
C
G
|
G
R
 
R
W
|
W
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
F
 
F
S
 
S
V
 
Y
I
 
I
K
 
K
N
 
T
F
 
L
A
 
-
K
 
K
Q
 
N
G
 
Y
A
 
P
D
 
D
F
 
R
V
 
V
L
 
L
P
 
P
N
 
D
R
 
R
A
 
Q
E
 
A
V
 
V
T
 
T
M
 
M
T
 
D
V
 
K
P
 
P
F
 
F
M
 
L
R
 
N
A
 
A
Y
 
Y
T
 
S
E
 
R
L
 
L
L
 
L
V
 
I
R
 
K
T
 
T
C
 
C
H
 
H
R
 
K
R
 
R
G
 
G
A
 
A
H
 
F
A
 
A
I
 
M
G
 
G
G
 
G
M
 
M
A
 
A
A
 
A
F
 
F
I
 
I
P
 
P
S
 
S
K
 
K
D
 
D
P
 
E
D
 
E
A
 
H
N
 
N
A
 
N
L
 
Q
A
 
V
F
 
L
E
 
N
K
 
K
V
 
V
R
 
K
Q
 
A
D
 
D
K
 
K
E
 
S
R
 
L
E
 
E
A
 
A
G
 
N
D
 
N
G
 
G
F
 
H
D
 
D
G
 
G
S
 
T
W
|
W
V
 
I
A
|
A
H
|
H
P
|
P
G
 
G
L
 
L
A
 
A
P
 
D
V
 
T
C
 
A
R
 
M
E
 
A
V
 
V
F
 
F
D
 
N
G
 
D
V
 
I
L
 
L
G
 
G
G
 
S
K
 
R
P
 
K
N
 
N
Q
 
Q
L
 
L
D
 
E
R
 
V
L
 
M
R
 
R
E
 
E
-
 
Q
D
 
D
V
 
A
S
 
P
V
 
I
G
 
T
A
 
A
E
 
D
D
 
Q
L
 
L
L
 
L
N
 
-
V
 
-
A
 
A
S
 
P
A
 
C
G
 
D
G
 
G
D
 
E
V
 
R
T
 
T
E
 
E
E
 
E
G
 
G
L
 
M
R
 
R
A
 
A
N
 
N
L
 
I
N
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
V
R
 
Q
Y
 
Y
V
 
I
D
 
E
S
 
A
W
 
W
L
 
I
R
 
S
G
 
G
T
 
N
G
 
G
A
 
C
A
 
V
A
 
P
I
 
I
S
 
Y
N
 
G
L
 
L
M
 
M
E
 
E
D
 
D
A
 
A
A
 
A
T
 
T
A
 
A
E
 
E
I
 
I
A
 
S
R
 
R
C
 
T
Q
 
S
V
 
I
W
 
W
Q
 
Q
W
 
W
I
 
I
Y
 
H
N
 
H
G
 
Q
T
 
K
K
 
T
L
 
L
S
 
S
D
 
N
G
 
G
T
 
K
A
 
P
I
 
V
T
 
T
T
 
K
E
 
A
L
 
L
V
 
F
T
 
R
E
 
Q
L
 
M
L
 
L
D
 
G
E
 
E
E
 
E
L
 
M
A
 
K
T
 
V
V
 
I
S
 
A
A
 
S
D
 
E
L
 
L
G
 
G
G
 
E
-
 
E
-
 
R
-
 
F
A
 
S
S
 
Q
G
 
G
T
 
R
L
 
F
G
 
D
D
 
D
A
 
A
R
 
A
Q
 
R
I
 
L
V
 
M
V
 
E
E
 
Q
T
 
I
A
 
T
L
 
T
G
 
S
E
 
D
K
 
E
L
 
L
P
 
I
S
 
D
F
 
F
F
 
L
T
 
T
T
 
L
S
 
P
A
 
G
Y
 
Y

3cv1A Atomic resolution structures of escherichia coli and bacillis anthracis malate synthase a: comparison with isoform g and implications for structure based drug design (see paper)
48% identity, 97% coverage: 9:528/535 of query aligns to 7:525/529 of 3cv1A

query
sites
3cv1A
I
 
L
A
 
A
V
 
F
S
 
T
P
 
R
S
 
P
T
 
Y
S
 
G
E
 
E
R
 
Q
S
 
E
D
 
K
E
 
Q
I
 
I
L
 
L
T
 
T
P
 
A
A
 
E
A
 
A
L
 
V
E
 
E
F
 
F
V
 
L
A
 
T
R
 
E
L
 
L
D
 
V
N
 
T
E
 
H
F
 
F
A
 
T
G
 
P
R
 
Q
R
 
R
R
 
N
E
 
K
L
 
L
L
 
L
D
 
A
E
 
A
R
 
R
R
 
I
V
x
Q
R
 
Q
K
 
Q
D
x
Q
E
 
D
L
 
I
N
 
D
S
 
N
G
 
G
E
 
T
R
 
L
Q
 
P
L
 
-
D
 
D
F
 
F
L
 
I
P
 
S
E
 
E
T
 
T
A
 
A
H
 
S
I
 
I
R
 
R
D
 
D
D
 
A
D
 
D
S
 
-
W
 
W
R
 
K
V
 
I
A
 
R
G
 
G
A
 
I
A
 
P
A
 
A
G
 
D
L
 
L
A
 
E
D
 
D
R
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
E
I
 
I
T
 
T
G
 
G
P
 
P
T
 
V
D
 
E
R
 
R
K
 
K
M
 
M
T
 
V
V
 
I
N
 
N
A
 
A
L
 
L
N
 
N
S
 
A
G
 
N
A
 
V
K
 
K
V
 
V
W
 
F
L
 
M
A
 
A
D
 
D
F
 
F
E
 
E
D
 
D
A
 
S
T
 
L
S
 
A
P
 
P
T
 
D
W
 
W
A
 
N
N
 
K
I
 
V
V
 
I
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
V
 
I
N
 
N
L
 
L
Y
 
R
D
 
D
A
 
A
I
 
V
G
 
N
G
 
G
D
 
T
I
 
I
D
 
S
F
 
Y
T
 
T
T
 
N
D
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
K
R
 
I
Y
 
Y
A
 
Q
I
 
L
G
 
K
D
 
P
D
 
N
P
 
P
A
 
A
T
 
V
I
 
L
V
 
I
V
 
C
R
 
R
P
 
V
R
 
R
G
 
G
W
 
L
H
 
H
L
 
L
V
 
P
E
 
E
K
 
K
H
 
H
V
 
V
R
 
T
I
 
W
D
 
R
G
 
G
R
 
E
P
 
A
V
 
I
S
 
P
A
 
G
A
 
S
L
 
L
F
 
F
D
 
D
F
 
F
G
 
A
I
 
L
Y
 
Y
F
 
F
F
 
F
H
 
H
N
 
N
A
 
Y
K
 
Q
R
 
A
L
 
L
I
 
L
D
 
A
A
 
K
G
 
G
V
 
S
G
 
G
P
 
P
Y
 
Y
F
 
F
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
K
 
K
L
 
T
E
 
Q
S
 
S
H
 
W
E
 
Q
E
 
E
A
 
A
R
 
A
L
 
W
W
 
W
N
 
S
D
 
E
V
 
V
F
 
F
L
 
S
L
 
Y
A
 
A
Q
 
E
E
 
D
L
 
R
L
 
F
G
 
N
I
 
L
P
 
P
R
 
R
G
 
G
T
 
T
I
 
I
R
 
K
A
 
A
T
 
T
V
 
L
L
 
L
I
 
I
E
|
E
T
 
T
I
 
L
T
 
P
A
 
A
A
 
V
F
 
F
E
 
Q
M
 
M
D
 
D
E
 
E
I
 
I
L
 
L
Y
 
H
E
 
A
L
 
L
R
 
R
E
 
D
H
 
H
A
 
I
A
 
V
G
 
G
L
 
L
N
 
N
A
 
C
G
 
G
R
 
R
W
 
W
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
F
 
F
S
 
S
V
 
Y
I
 
I
K
 
K
N
 
T
F
 
L
A
 
-
K
 
K
Q
 
N
G
 
Y
A
 
P
D
 
D
F
 
R
V
 
V
L
 
L
P
 
P
N
 
D
R
 
R
A
 
Q
E
 
A
V
 
V
T
 
T
M
 
M
T
 
D
V
 
K
P
 
P
F
 
F
M
 
L
R
 
N
A
 
A
Y
 
Y
T
 
S
E
 
R
L
 
L
L
 
L
V
 
I
R
 
K
T
 
T
C
 
C
H
 
H
R
 
K
R
 
R
G
 
G
A
 
A
H
 
F
A
 
A
I
 
M
G
 
G
G
 
G
M
 
M
A
 
A
A
 
A
F
 
F
I
 
I
P
 
P
S
 
S
K
 
K
D
 
D
P
 
E
D
 
E
A
 
H
N
 
N
A
 
N
L
 
Q
A
 
V
F
 
L
E
 
N
K
 
K
V
 
V
R
 
K
Q
 
A
D
 
D
K
 
K
E
 
S
R
 
L
E
 
E
A
 
A
G
 
N
D
 
N
G
 
G
F
 
H
D
 
D
G
 
G
S
 
T
W
 
W
V
 
I
A
 
A
H
 
H
P
 
P
G
 
G
L
 
L
A
 
A
P
 
D
V
 
T
C
 
A
R
 
M
E
 
A
V
 
V
F
 
F
D
 
N
G
 
D
V
 
I
L
 
L
G
 
G
G
 
S
K
 
R
P
 
K
N
 
N
Q
 
Q
L
 
L
D
 
E
R
 
V
L
 
M
R
 
R
E
 
E
-
 
Q
D
 
D
V
 
A
S
 
P
V
 
I
G
 
T
A
 
A
E
 
D
D
 
Q
L
 
L
L
 
L
N
 
-
V
 
-
A
 
A
S
 
P
A
 
C
G
 
D
G
 
G
D
 
E
V
 
R
T
 
T
E
 
E
E
 
E
G
 
G
L
 
M
R
 
R
A
 
A
N
 
N
L
 
I
N
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
V
R
 
Q
Y
 
Y
V
 
I
D
 
E
S
 
A
W
 
W
L
 
I
R
 
S
G
 
G
T
 
N
G
 
G
A
 
C
A
 
V
A
 
P
I
 
I
S
 
Y
N
 
G
L
 
L
M
 
M
E
 
E
D
 
D
A
 
A
A
 
A
T
 
T
A
 
A
E
 
E
I
 
I
A
 
S
R
 
R
C
 
T
Q
 
S
V
 
I
W
 
W
Q
 
Q
W
 
W
I
 
I
Y
 
H
N
 
H
G
 
Q
T
 
K
K
 
T
L
 
L
S
 
S
D
 
N
G
 
G
T
 
K
A
 
P
I
 
V
T
 
T
T
 
K
E
 
A
L
 
L
V
 
F
T
 
R
E
 
Q
L
 
M
L
 
L
D
 
G
E
 
E
E
 
E
L
 
M
A
 
K
T
 
V
V
 
I
S
 
A
A
 
S
D
 
E
L
 
L
G
 
G
G
 
E
-
 
E
-
 
R
-
 
F
A
 
S
S
 
Q
G
 
G
T
 
R
L
 
F
G
 
D
D
 
D
A
 
A
R
 
A
Q
 
R
I
 
L
V
 
M
V
 
E
E
 
Q
T
 
I
A
 
T
L
 
T
G
 
S
E
 
D
K
 
E
L
 
L
P
 
I
S
 
D
F
 
F
F
 
L
T
 
T
T
 
L
S
 
P
A
 
G
Y
 
Y

3cuzA Atomic resolution structures of escherichia coli and bacillis anthracis malate synthase a: comparison with isoform g and implications for structure based drug design (see paper)
48% identity, 97% coverage: 9:528/535 of query aligns to 7:525/529 of 3cuzA

query
sites
3cuzA
I
 
L
A
 
A
V
 
F
S
 
T
P
 
R
S
 
P
T
 
Y
S
 
G
E
 
E
R
 
Q
S
 
E
D
 
K
E
 
Q
I
 
I
L
 
L
T
 
T
P
 
A
A
 
E
A
 
A
L
 
V
E
 
E
F
 
F
V
 
L
A
 
T
R
 
E
L
 
L
D
 
V
N
 
T
E
 
H
F
 
F
A
 
T
G
 
P
R
 
Q
R
 
R
R
 
N
E
 
K
L
 
L
L
 
L
D
 
A
E
 
A
R
 
R
R
 
I
V
 
Q
R
 
Q
K
 
Q
D
 
Q
E
 
D
L
 
I
N
 
D
S
 
N
G
 
G
E
 
T
R
 
L
Q
 
P
L
 
-
D
 
D
F
 
F
L
 
I
P
 
S
E
 
E
T
 
T
A
 
A
H
 
S
I
 
I
R
 
R
D
 
D
D
 
A
D
 
D
S
 
-
W
 
W
R
 
K
V
 
I
A
 
R
G
 
G
A
 
I
A
 
P
A
 
A
G
 
D
L
 
L
A
 
E
D
 
D
R
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
E
I
 
I
T
 
T
G
 
G
P
 
P
T
 
V
D
 
E
R
 
R
K
 
K
M
 
M
T
 
V
V
 
I
N
 
N
A
 
A
L
 
L
N
 
N
S
 
A
G
 
N
A
 
V
K
 
K
V
 
V
W
 
F
L
 
M
A
 
A
D
 
D
F
 
F
E
 
E
D
 
D
A
 
S
T
 
L
S
 
A
P
 
P
T
 
D
W
 
W
A
 
N
N
 
K
I
 
V
V
 
I
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
V
 
I
N
 
N
L
 
L
Y
 
R
D
 
D
A
 
A
I
 
V
G
 
N
G
 
G
D
 
T
I
 
I
D
 
S
F
 
Y
T
 
T
T
 
N
D
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
K
R
 
I
Y
 
Y
A
 
Q
I
 
L
G
 
K
D
 
P
D
 
N
P
 
P
A
 
A
T
 
V
I
 
L
V
 
I
V
 
C
R
 
R
P
 
V
R
 
R
G
 
G
W
 
L
H
 
H
L
 
L
V
 
P
E
 
E
K
 
K
H
 
H
V
 
V
R
 
T
I
 
W
D
 
R
G
 
G
R
 
E
P
 
A
V
 
I
S
 
P
A
 
G
A
 
S
L
 
L
F
 
F
D
 
D
F
 
F
G
 
A
I
 
L
Y
 
Y
F
 
F
F
 
F
H
 
H
N
 
N
A
 
Y
K
 
Q
R
 
A
L
 
L
I
 
L
D
 
A
A
 
K
G
 
G
V
 
S
G
 
G
P
 
P
Y
 
Y
F
 
F
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
K
 
K
L
 
T
E
 
Q
S
 
S
H
 
W
E
 
Q
E
 
E
A
 
A
R
 
A
L
 
W
W
 
W
N
 
S
D
 
E
V
 
V
F
 
F
L
 
S
L
 
Y
A
 
A
Q
 
E
E
 
D
L
 
R
L
 
F
G
 
N
I
 
L
P
 
P
R
 
R
G
 
G
T
 
T
I
 
I
R
 
K
A
 
A
T
 
T
V
 
L
L
 
L
I
 
I
E
|
E
T
 
T
I
 
L
T
 
P
A
 
A
A
 
V
F
 
F
E
 
Q
M
 
M
D
 
D
E
 
E
I
 
I
L
 
L
Y
 
H
E
 
A
L
 
L
R
 
R
E
 
D
H
 
H
A
 
I
A
 
V
G
 
G
L
 
L
N
 
N
A
 
C
G
 
G
R
 
R
W
 
W
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
F
 
F
S
 
S
V
 
Y
I
 
I
K
 
K
N
 
T
F
 
L
A
 
-
K
 
K
Q
 
N
G
 
Y
A
 
P
D
 
D
F
 
R
V
 
V
L
 
L
P
 
P
N
 
D
R
 
R
A
 
Q
E
 
A
V
 
V
T
 
T
M
 
M
T
 
D
V
 
K
P
 
P
F
 
F
M
 
L
R
 
N
A
 
A
Y
 
Y
T
 
S
E
 
R
L
 
L
L
 
L
V
 
I
R
 
K
T
 
T
C
 
C
H
 
H
R
 
K
R
 
R
G
 
G
A
 
A
H
 
F
A
 
A
I
 
M
G
 
G
G
 
G
M
 
M
A
 
A
A
 
A
F
 
F
I
 
I
P
 
P
S
 
S
K
 
K
D
 
D
P
 
E
D
 
E
A
 
H
N
 
N
A
 
N
L
 
Q
A
 
V
F
 
L
E
 
N
K
 
K
V
 
V
R
 
K
Q
 
A
D
 
D
K
 
K
E
 
S
R
 
L
E
 
E
A
 
A
G
 
N
D
 
N
G
 
G
F
 
H
D
 
D
G
 
G
S
 
T
W
 
W
V
 
I
A
 
A
H
 
H
P
 
P
G
 
G
L
 
L
A
 
A
P
 
D
V
 
T
C
 
A
R
 
M
E
 
A
V
 
V
F
 
F
D
 
N
G
 
D
V
 
I
L
 
L
G
 
G
G
 
S
K
 
R
P
 
K
N
 
N
Q
 
Q
L
 
L
D
 
E
R
 
V
L
 
M
R
 
R
E
 
E
-
 
Q
D
 
D
V
 
A
S
 
P
V
 
I
G
 
T
A
 
A
E
 
D
D
 
Q
L
 
L
L
 
L
N
 
-
V
 
-
A
 
A
S
 
P
A
 
C
G
 
D
G
 
G
D
 
E
V
 
R
T
 
T
E
 
E
E
 
E
G
 
G
L
 
M
R
 
R
A
 
A
N
 
N
L
 
I
N
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
V
R
 
Q
Y
 
Y
V
 
I
D
 
E
S
 
A
W
 
W
L
 
I
R
 
S
G
 
G
T
 
N
G
 
G
A
 
C
A
 
V
A
 
P
I
 
I
S
 
Y
N
 
G
L
 
L
M
 
M
E
 
E
D
 
D
A
 
A
A
 
A
T
 
T
A
 
A
E
 
E
I
 
I
A
 
S
R
 
R
C
 
T
Q
 
S
V
 
I
W
 
W
Q
 
Q
W
 
W
I
 
I
Y
 
H
N
 
H
G
 
Q
T
 
K
K
 
T
L
 
L
S
 
S
D
 
N
G
 
G
T
 
K
A
 
P
I
 
V
T
 
T
T
 
K
E
 
A
L
 
L
V
 
F
T
 
R
E
 
Q
L
 
M
L
 
L
D
 
G
E
 
E
E
 
E
L
 
M
A
 
K
T
 
V
V
 
I
S
 
A
A
 
S
D
 
E
L
 
L
G
 
G
G
 
E
-
 
E
-
 
R
-
 
F
A
 
S
S
 
Q
G
 
G
T
 
R
L
 
F
G
 
D
D
 
D
A
 
A
R
 
A
Q
 
R
I
 
L
V
 
M
V
 
E
E
 
Q
T
 
I
A
 
T
L
 
T
G
 
S
E
 
D
K
 
E
L
 
L
P
 
I
S
 
D
F
 
F
F
 
L
T
 
T
T
 
L
S
 
P
A
 
G
Y
 
Y

Query Sequence

>WP_034273642.1 NCBI__GCF_000504245.1:WP_034273642.1
MATSLGYRIAVSPSTSERSDEILTPAALEFVARLDNEFAGRRRELLDERRVRKDELNSGE
RQLDFLPETAHIRDDDSWRVAGAAAGLADRRVEITGPTDRKMTVNALNSGAKVWLADFED
ATSPTWANIVDGQVNLYDAIGGDIDFTTDAGKRYAIGDDPATIVVRPRGWHLVEKHVRID
GRPVSAALFDFGIYFFHNAKRLIDAGVGPYFYLPKLESHEEARLWNDVFLLAQELLGIPR
GTIRATVLIETITAAFEMDEILYELREHAAGLNAGRWDYIFSVIKNFAKQGADFVLPNRA
EVTMTVPFMRAYTELLVRTCHRRGAHAIGGMAAFIPSKDPDANALAFEKVRQDKEREAGD
GFDGSWVAHPGLAPVCREVFDGVLGGKPNQLDRLREDVSVGAEDLLNVASAGGDVTEEGL
RANLNVALRYVDSWLRGTGAAAISNLMEDAATAEIARCQVWQWIYNGTKLSDGTAITTEL
VTELLDEELATVSADLGGASGTLGDARQIVVETALGEKLPSFFTTSAYARYLTTT

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory