SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_034526472.1 NCBI__GCF_000740055.1:WP_034526472.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P14295 L-2-hydroxyisocaproate dehydrogenase; L-HicDH; EC 1.1.1.- from Weissella confusa (Lactobacillus confusus) (see paper)
46% identity, 99% coverage: 2:304/306 of query aligns to 3:306/310 of P14295

query
sites
P14295
R
 
R
K
 
K
I
 
I
G
 
G
L
 
I
I
 
I
G
 
G
M
 
L
G
 
G
N
 
N
V
 
V
G
 
G
A
 
A
T
 
A
I
 
V
A
 
A
Y
 
H
T
 
G
L
 
L
V
 
I
T
 
A
K
 
Q
G
 
G
I
 
V
T
 
A
D
 
D
E
 
D
L
 
Y
V
 
V
L
 
F
I
 
I
D
|
D
K
x
A
N
|
N
E
|
E
K
x
A
K
|
K
V
|
V
V
x
K
A
|
A
D
|
D
K
x
Q
L
x
I
D
|
D
L
x
F
Q
|
Q
D
|
D
A
|
A
M
|
M
G
x
A
R
x
N
L
|
L
N
x
E
S
 
A
N
 
H
T
 
G
V
 
N
I
 
I
K
 
V
I
 
I
Q
 
N
D
 
D
Y
 
W
A
 
A
E
 
A
L
 
L
K
 
A
D
 
D
A
 
A
D
 
D
I
 
V
L
 
V
I
 
I
I
 
S
T
 
T
A
 
L
G
 
G
K
 
N
S
 
I
S
 
K
A
 
L
V
 
Q
D
 
Q
G
 
D
S
 
N
A
 
P
N
 
T
G
 
G
-
 
D
R
 
R
M
 
F
G
 
A
E
 
E
L
 
L
G
 
K
F
 
F
N
 
T
K
 
S
E
 
S
V
 
M
I
 
V
K
 
Q
D
 
S
M
 
V
A
 
G
P
 
T
Q
 
N
I
 
L
K
 
K
A
 
E
S
 
S
G
 
G
F
 
F
D
 
H
G
 
G
I
 
V
I
 
L
I
 
V
G
 
V
I
 
I
M
 
S
N
 
N
P
 
P
N
 
V
D
 
D
C
 
V
M
 
I
T
 
T
Q
 
A
Y
 
L
L
 
F
Q
 
Q
E
 
H
Q
 
V
L
 
T
D
 
G
Y
 
F
P
 
P
R
 
A
H
 
H
K
 
K
I
 
V
F
 
I
G
 
G
T
 
T
G
 
G
T
 
T
F
 
L
L
 
L
D
 
D
T
 
T
A
 
A
R
 
R
M
 
M
Q
 
Q
K
 
R
V
 
A
V
 
V
G
 
G
E
 
E
S
 
A
F
 
F
G
 
D
V
 
L
N
 
D
A
 
P
K
 
R
N
 
S
V
 
V
S
 
S
G
 
G
V
 
Y
A
 
N
M
 
L
G
 
G
E
 
E
H
 
H
G
 
G
A
 
N
S
 
S
Q
 
Q
F
 
F
V
 
V
A
 
A
W
 
W
S
 
S
T
 
T
V
 
V
Q
 
R
V
 
V
N
 
M
G
 
G
V
 
Q
P
 
P
L
 
I
R
 
V
T
 
T
L
 
L
E
 
A
R
 
D
S
 
A
H
 
G
S
 
D
I
 
I
D
 
D
L
 
L
A
 
A
K
 
A
L
 
I
E
 
E
E
 
E
A
 
E
T
 
A
M
 
R
L
 
K
G
 
G
G
 
G
I
 
F
M
 
T
V
 
V
L
 
L
Q
 
N
G
 
G
K
 
K
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
N
 
S
F
 
Y
A
 
G
I
 
V
A
 
A
T
 
T
C
 
S
A
 
A
V
 
I
R
 
R
L
 
I
A
 
A
T
 
K
A
 
A
V
 
V
F
 
M
A
 
A
D
 
D
E
 
A
K
 
H
L
 
A
A
 
E
C
 
L
P
 
V
V
 
V
S
 
S
A
 
N
Y
 
R
S
 
R
D
 
D
D
 
D
L
 
M
Q
 
G
V
 
M
Y
 
Y
I
 
L
G
 
S
Q
 
Y
P
 
P
A
 
A
I
 
I
I
 
I
G
 
G
K
 
R
N
 
D
G
 
G
V
 
V
E
 
L
A
 
A
L
 
E
T
 
T
Q
 
T
I
 
L
A
 
D
L
 
L
T
 
T
A
 
T
E
 
D
E
 
E
E
 
Q
Q
 
E
K
 
K
L
 
L
T
 
L
N
 
Q
S
 
S
A
 
R
K
 
D
V
 
Y
I
 
I
L
 
Q
E
 
Q
K
 
R
V
 
F
N
 
D
Q
 
E
L
 
I

Sites not aligning to the query:

1hyhA Crystal structure of l-2-hydroxyisocaproate dehydrogenase from lactobacillus confusus at 2.2 angstroms resolution-an example of strong asymmetry between subunits (see paper)
46% identity, 99% coverage: 2:304/306 of query aligns to 2:293/297 of 1hyhA

query
sites
1hyhA
R
 
R
K
 
K
I
 
I
G
 
G
L
 
I
I
 
I
G
|
G
M
 
L
G
|
G
N
|
N
V
|
V
G
 
G
A
 
A
T
 
A
I
 
V
A
 
A
Y
 
H
T
 
G
L
 
L
V
 
I
T
 
A
K
 
Q
G
 
G
I
 
V
T
 
A
D
 
D
E
 
D
L
 
Y
V
 
V
L
 
F
I
 
I
D
|
D
K
x
A
N
 
N
E
 
E
K
 
A
K
 
K
V
 
V
V
 
K
A
 
A
D
 
D
K
 
Q
L
 
I
D
 
D
L
 
F
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
M
 
M
G
 
A
R
 
N
L
 
L
N
 
E
S
 
A
N
 
H
T
 
G
V
 
N
I
 
I
K
 
V
I
 
I
Q
 
N
D
 
D
Y
 
W
A
 
A
E
 
A
L
 
L
K
 
A
D
 
D
A
 
A
D
 
D
I
 
V
L
 
V
I
 
I
I
 
S
T
|
T
A
x
L
G
|
G
K
 
N
S
x
I
S
 
K
A
 
L
V
 
-
D
 
-
G
 
-
S
 
-
A
 
-
N
 
-
G
 
Q
R
 
Q
M
 
F
G
 
A
E
|
E
L
 
L
G
 
K
F
 
F
N
 
T
K
 
S
E
 
S
V
x
M
I
 
V
K
 
Q
D
 
S
M
 
V
A
 
G
P
 
T
Q
 
N
I
 
L
K
 
K
A
 
E
S
 
S
G
 
G
F
 
F
D
 
H
G
 
G
I
 
V
I
 
L
I
 
V
G
 
V
I
|
I
M
 
S
N
|
N
P
 
P
N
 
V
D
 
D
C
 
V
M
 
I
T
 
T
Q
 
A
Y
 
L
L
 
F
Q
 
Q
E
 
H
Q
 
V
L
 
T
D
 
G
Y
 
F
P
 
P
R
 
A
H
 
H
K
 
K
I
 
V
F
 
I
G
 
G
T
 
T
G
 
G
T
 
T
F
 
L
L
 
L
D
|
D
T
 
T
A
 
A
R
|
R
M
 
M
Q
 
Q
K
 
R
V
 
A
V
 
V
G
 
G
E
 
E
S
 
A
F
 
F
G
 
D
V
 
L
N
 
D
A
 
P
K
 
R
N
 
S
V
 
V
S
 
S
G
 
G
V
 
Y
A
 
N
M
 
L
G
 
G
E
 
E
H
|
H
G
 
G
A
 
N
S
 
S
Q
 
Q
F
 
F
V
 
V
A
 
A
W
 
W
S
 
S
T
 
T
V
 
V
Q
 
R
V
 
V
N
 
M
G
 
G
V
 
Q
P
 
P
L
 
I
R
 
V
T
 
T
L
 
L
E
 
-
R
 
-
S
 
-
H
 
-
S
 
-
I
 
I
D
 
D
L
 
L
A
 
A
K
 
A
L
 
I
E
 
E
E
 
E
A
 
E
T
 
A
M
 
R
L
 
K
G
 
G
G
 
G
I
 
F
M
 
T
V
 
V
L
 
L
Q
 
N
G
 
G
K
 
K
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
N
 
S
F
 
Y
A
 
G
I
x
V
A
 
A
T
 
T
C
 
S
A
 
A
V
 
I
R
 
R
L
 
I
A
 
A
T
 
K
A
 
A
V
 
V
F
 
M
A
 
A
D
 
D
E
 
A
K
 
H
L
 
A
A
 
E
C
 
L
P
 
V
V
 
V
S
 
S
A
 
N
Y
 
R
S
 
R
D
 
D
D
 
D
L
 
M
Q
 
G
V
 
M
Y
 
Y
I
 
L
G
 
S
Q
 
Y
P
 
P
A
 
A
I
 
I
I
 
I
G
 
G
K
 
R
N
 
D
G
 
G
V
 
V
E
 
L
A
 
A
L
 
E
T
 
T
Q
 
T
I
 
L
A
 
D
L
 
L
T
 
T
A
 
T
E
 
D
E
 
E
E
 
Q
Q
 
E
K
 
K
L
 
L
T
 
L
N
 
Q
S
 
S
A
 
R
K
 
D
V
 
Y
I
 
I
L
 
Q
E
 
Q
K
 
R
V
 
F
N
 
D
Q
 
E
L
 
I

P56511 L-lactate dehydrogenase; L-LDH; EC 1.1.1.27 from Lactiplantibacillus pentosus (Lactobacillus pentosus) (see 3 papers)
32% identity, 98% coverage: 2:302/306 of query aligns to 8:311/320 of P56511

query
sites
P56511
R
 
Q
K
 
K
I
 
V
G
 
V
L
 
L
I
 
V
G
 
G
M
 
D
G
 
G
N
 
A
V
 
V
G
 
G
A
 
S
T
 
S
I
 
Y
A
 
A
Y
 
F
T
 
A
L
 
M
V
 
A
T
 
Q
K
 
Q
G
 
G
I
 
I
T
 
A
D
 
E
E
 
E
L
 
F
V
 
V
L
 
I
I
 
V
D
|
D
K
 
V
N
 
V
E
 
K
K
 
D
K
x
R
V
 
T
V
 
K
A
 
G
D
 
D
K
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
L
Q
 
E
D
 
D
A
 
A
M
 
Q
G
 
A
R
 
-
L
 
F
N
 
T
S
 
A
N
 
P
T
 
K
V
 
K
I
 
I
K
 
Y
I
 
S
Q
 
G
D
 
E
Y
 
Y
A
 
S
E
 
D
L
 
C
K
 
K
D
 
D
A
 
A
D
 
D
I
 
L
L
 
V
I
 
V
I
 
I
T
 
T
A
 
A
G
|
G
K
 
-
S
 
-
S
 
-
A
|
A
V
 
P
D
 
Q
G
 
K
S
 
P
A
 
G
N
 
E
G
 
S
R
 
R
M
 
L
G
 
D
E
 
L
L
 
V
G
 
N
F
 
K
N
 
N
K
 
L
E
 
N
V
 
I
I
 
L
K
 
S
D
x
S
M
 
I
A
 
V
P
 
K
Q
 
P
I
 
V
K
 
V
A
 
D
S
 
S
G
 
G
F
 
F
D
 
D
G
 
G
I
 
I
I
 
F
I
 
L
G
 
V
I
x
A
M
x
A
N
|
N
P
 
P
N
 
V
D
 
D
C
 
I
M
 
L
T
 
T
Q
 
Y
Y
 
A
L
 
T
Q
 
W
E
 
K
Q
 
F
L
 
S
D
 
G
Y
 
F
P
 
P
R
 
K
H
 
E
K
 
R
I
 
V
F
 
I
G
 
G
T
x
S
G
 
G
T
 
T
F
 
S
L
 
L
D
 
D
T
 
S
A
 
S
R
 
R
M
 
L
Q
 
R
K
 
V
V
 
A
V
 
L
G
 
G
E
 
K
S
 
Q
F
 
F
G
 
N
V
 
V
N
 
D
A
 
P
K
 
R
N
 
S
V
 
V
S
x
D
G
 
A
V
 
Y
A
 
I
M
 
M
G
 
G
E
 
E
H
 
H
G
 
G
A
 
D
S
 
S
Q
 
E
F
 
F
V
 
A
A
 
A
W
 
Y
S
 
S
T
 
T
V
 
A
Q
 
T
V
 
I
N
 
G
G
 
T
V
 
R
P
 
P
L
 
V
R
 
R
T
 
D
L
 
V
E
 
A
R
 
K
S
 
E
H
 
Q
S
 
G
I
 
V
-
 
S
-
 
D
-
 
D
D
 
D
L
 
L
A
 
A
K
 
K
L
 
L
E
 
E
E
 
D
A
 
G
T
 
V
M
 
R
L
 
N
G
 
K
G
 
A
I
 
Y
M
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
 
N
G
 
L
K
 
K
G
 
G
Y
 
A
T
 
T
N
 
F
F
 
Y
A
 
G
I
 
I
A
 
G
T
 
T
C
 
A
A
 
L
V
 
M
R
 
R
L
 
I
A
 
S
T
 
K
A
 
A
V
 
I
F
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
E
K
 
N
L
 
A
A
 
V
C
 
L
P
 
P
V
 
V
S
 
G
A
 
A
Y
 
Y
S
 
M
D
 
D
D
 
G
L
 
Q
-
 
Y
-
 
G
-
 
L
-
 
N
Q
 
D
V
 
I
Y
 
Y
I
 
I
G
 
G
Q
 
T
P
 
P
A
 
A
I
 
I
I
 
I
G
 
G
K
 
G
N
 
T
G
 
G
V
 
L
E
 
K
A
 
Q
L
 
I
T
 
I
Q
 
E
I
 
S
A
 
P
L
 
L
T
 
S
A
 
A
E
 
D
E
 
E
E
 
L
Q
 
K
K
 
K
L
 
M
T
 
Q
N
 
D
S
 
S
A
 
A
K
 
A
V
 
T
I
 
L
L
 
K
E
 
K
K
 
V
V
 
L
N
 
N

Sites not aligning to the query:

1ez4B Crystal structure of non-allosteric l-lactate dehydrogenase from lactobacillus pentosus at 2.3 angstrom resolution (see paper)
32% identity, 98% coverage: 2:302/306 of query aligns to 6:309/318 of 1ez4B

query
sites
1ez4B
R
 
Q
K
 
K
I
 
V
G
 
V
L
 
L
I
 
V
G
 
G
M
 
D
G
|
G
N
x
A
V
|
V
G
 
G
A
 
S
T
 
S
I
 
Y
A
 
A
Y
 
F
T
 
A
L
 
M
V
 
A
T
 
Q
K
 
Q
G
 
G
I
 
I
T
 
A
D
 
E
E
 
E
L
 
F
V
 
V
L
 
I
I
 
V
D
|
D
K
 
V
N
 
V
E
 
K
K
 
D
K
 
R
V
 
T
V
 
K
A
 
G
D
 
D
K
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
L
Q
 
E
D
 
D
A
 
A
M
 
Q
G
 
A
R
 
-
L
 
F
N
 
T
S
 
A
N
 
P
T
 
K
V
 
K
I
 
I
K
 
Y
I
 
S
Q
 
G
D
 
E
Y
 
Y
A
 
S
E
 
D
L
 
C
K
 
K
D
 
D
A
 
A
D
 
D
I
 
L
L
 
V
I
 
V
I
 
I
T
|
T
A
|
A
G
|
G
K
 
-
S
 
-
S
 
-
A
 
A
V
 
P
D
 
Q
G
 
K
S
 
P
A
 
G
N
 
E
G
 
S
R
|
R
M
 
L
G
 
D
E
 
L
L
 
V
G
 
N
F
 
K
N
 
N
K
 
L
E
 
N
V
x
I
I
 
L
K
 
S
D
 
S
M
 
I
A
 
V
P
 
K
Q
 
P
I
 
V
K
 
V
A
 
D
S
 
S
G
 
G
F
 
F
D
 
D
G
 
G
I
 
I
I
 
F
I
 
L
G
 
V
I
x
A
M
 
A
N
|
N
P
 
P
N
x
V
D
 
D
C
 
I
M
 
L
T
 
T
Q
 
Y
Y
 
A
L
 
T
Q
 
W
E
 
K
Q
 
F
L
 
S
D
 
G
Y
 
F
P
 
P
R
 
K
H
 
E
K
 
R
I
 
V
F
 
I
G
 
G
T
x
S
G
 
G
T
 
T
F
 
S
L
 
L
D
|
D
T
 
S
A
 
S
R
|
R
M
 
L
Q
 
R
K
 
V
V
 
A
V
 
L
G
 
G
E
 
K
S
 
Q
F
 
F
G
 
N
V
 
V
N
 
D
A
 
P
K
 
R
N
 
S
V
 
V
S
 
D
G
 
A
V
 
Y
A
 
I
M
 
M
G
 
G
E
 
E
H
|
H
G
 
G
A
 
D
S
 
S
Q
 
E
F
 
F
V
 
A
A
 
A
W
 
Y
S
 
S
T
 
T
V
 
A
Q
 
T
V
 
I
N
 
G
G
 
T
V
 
R
P
 
P
L
 
V
R
 
R
T
 
D
L
 
V
E
 
A
R
 
K
S
 
E
H
 
Q
S
 
G
I
 
V
-
 
S
-
 
D
-
 
D
D
 
D
L
 
L
A
 
A
K
 
K
L
 
L
E
 
E
E
 
D
A
 
G
T
 
V
M
 
R
L
 
N
G
 
K
G
 
A
I
 
Y
M
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
 
N
G
 
L
K
 
K
G
 
G
Y
 
A
T
 
T
N
 
F
F
 
Y
A
 
G
I
|
I
A
 
G
T
 
T
C
 
A
A
 
L
V
 
M
R
 
R
L
 
I
A
 
S
T
 
K
A
 
A
V
 
I
F
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
E
K
 
N
L
 
A
A
 
V
C
 
L
P
 
P
V
 
V
S
 
G
A
 
A
Y
 
Y
S
 
M
D
 
D
D
 
G
L
 
Q
-
 
Y
-
 
G
-
 
L
-
 
N
Q
 
D
V
 
I
Y
 
Y
I
 
I
G
 
G
Q
 
T
P
 
P
A
 
A
I
 
I
I
 
I
G
 
G
K
 
G
N
 
T
G
 
G
V
 
L
E
 
K
A
 
Q
L
 
I
T
 
I
Q
 
E
I
 
S
A
 
P
L
 
L
T
 
S
A
 
A
E
 
D
E
 
E
E
 
L
Q
 
K
K
 
K
L
 
M
T
 
Q
N
 
D
S
 
S
A
 
A
K
 
A
V
 
T
I
 
L
L
 
K
E
 
K
K
 
V
V
 
L
N
 
N

Q5HJD7 L-lactate dehydrogenase 1; L-LDH 1; EC 1.1.1.27 from Staphylococcus aureus (strain COL)
33% identity, 96% coverage: 3:297/306 of query aligns to 8:306/317 of Q5HJD7

query
sites
Q5HJD7
K
 
K
I
 
V
G
 
V
L
 
L
I
 
I
G
 
G
M
 
N
G
 
G
N
x
A
V
|
V
G
 
G
A
 
S
T
 
S
I
 
Y
A
 
A
Y
 
F
T
 
S
L
 
L
V
 
V
T
 
N
K
 
Q
G
 
S
I
 
I
T
 
V
D
 
D
E
 
E
L
 
L
V
 
V
L
 
I
I
 
I
D
|
D
K
 
L
N
 
D
E
 
T
K
 
E
K
 
K
V
 
V
V
 
R
A
 
G
D
 
D
K
 
V
L
 
M
D
 
D
L
 
L
Q
 
K
D
 
H
A
 
A
M
 
T
G
 
P
R
 
Y
L
 
S
N
 
P
S
 
T
N
 
T
T
 
V
V
 
R
I
 
V
K
 
K
I
 
A
Q
 
G
D
 
E
Y
 
Y
A
 
S
E
 
D
L
 
C
K
 
H
D
 
D
A
 
A
D
 
D
I
 
L
L
 
V
I
 
V
I
 
I
T
 
C
A
 
A
G
|
G
K
 
-
S
 
-
S
 
-
A
|
A
V
 
A
D
 
Q
G
 
K
S
 
P
A
 
G
N
 
E
G
 
T
R
|
R
M
 
L
G
 
D
E
 
L
L
 
V
G
 
S
F
 
K
N
 
N
K
 
L
E
 
K
V
 
I
I
 
F
K
 
K
D
 
S
M
 
I
A
 
V
P
 
G
Q
 
E
I
 
V
K
 
M
A
 
A
S
 
S
G
 
K
F
 
F
D
 
D
G
 
G
I
 
I
I
 
F
I
 
L
G
 
V
I
 
A
M
 
T
N
 
N
P
 
P
N
 
V
D
 
D
C
 
I
M
 
L
T
 
A
Q
 
Y
Y
 
A
L
 
T
Q
 
W
E
 
K
Q
 
F
L
 
S
D
 
G
Y
 
L
P
 
P
R
 
K
H
 
E
K
 
R
I
 
V
F
 
I
G
 
G
T
x
S
G
 
G
T
 
T
F
 
I
L
 
L
D
 
D
T
 
S
A
 
A
R
 
R
M
 
F
Q
 
R
K
 
L
V
 
L
V
 
L
G
 
S
E
 
E
S
 
A
F
 
F
G
 
D
V
 
V
N
 
A
A
 
P
K
 
R
N
 
S
V
 
V
S
 
D
G
 
A
V
 
Q
A
 
I
M
 
I
G
 
G
E
 
E
H
 
H
G
 
G
A
 
D
S
 
T
Q
 
E
F
 
L
V
 
P
A
 
V
W
 
W
S
 
S
T
 
H
V
 
A
Q
 
N
V
 
I
N
 
A
G
 
G
V
 
Q
P
 
P
L
 
L
R
 
K
T
 
T
L
 
L
E
 
L
R
 
E
S
 
Q
H
 
R
S
 
P
I
 
E
D
 
G
L
 
K
A
 
A
K
 
Q
L
 
I
E
 
E
E
 
Q
-
 
I
-
 
F
-
 
V
A
 
Q
T
 
T
M
 
R
L
 
D
G
 
A
G
 
A
I
 
Y
M
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
 
Q
G
 
A
K
 
K
G
 
G
Y
 
A
T
|
T
N
 
Y
F
 
Y
A
 
G
I
 
V
A
 
A
T
 
M
C
 
G
A
 
L
V
 
A
R
 
R
L
 
I
A
 
T
T
 
E
A
 
A
V
 
I
F
 
F
A
 
R
D
 
N
E
 
E
K
 
D
L
 
A
A
 
V
C
 
L
P
 
T
V
 
V
S
 
S
A
 
A
-
 
L
-
 
L
-
 
E
-
 
G
-
 
E
Y
 
Y
S
 
E
D
 
E
D
 
E
L
 
-
Q
 
D
V
 
V
Y
 
Y
I
 
I
G
 
G
Q
 
V
P
 
P
A
 
A
I
 
V
I
 
I
G
 
N
K
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
I
E
 
R
A
 
N
L
 
V
T
 
V
Q
 
E
I
 
I
A
 
P
L
 
L
T
 
N
A
 
D
E
 
E
E
 
E
E
 
Q
Q
 
S
K
 
K
L
 
F
T
 
A
N
 
H
S
 
S
A
 
A
K
 
K
V
 
T
I
 
L

6j9uA Complex structure of lactobacillus casei lactate dehydrogenase penta mutant with pyruvate
33% identity, 96% coverage: 2:294/306 of query aligns to 7:298/306 of 6j9uA

query
sites
6j9uA
R
 
Q
K
 
K
I
 
V
G
 
I
L
 
L
I
 
V
G
 
G
M
 
D
G
 
G
N
 
A
V
 
V
G
 
G
A
 
S
T
 
S
I
 
Y
A
 
A
Y
 
Y
T
 
A
L
 
M
V
 
V
T
 
L
K
 
Q
G
 
G
I
 
I
T
 
A
D
 
Q
E
 
E
L
 
I
V
 
G
L
 
I
I
 
V
D
 
D
K
 
I
N
 
F
E
 
K
K
 
D
K
 
K
V
 
T
V
 
K
A
 
G
D
 
D
K
 
A
L
 
I
D
 
D
L
 
L
Q
 
E
D
 
D
A
 
A
M
 
L
G
 
-
R
 
P
L
 
F
N
 
T
S
 
S
N
 
P
T
 
K
V
 
K
I
 
I
K
 
Y
I
 
S
Q
 
A
D
 
E
Y
 
Y
A
 
S
E
 
D
L
 
A
K
 
K
D
 
D
A
 
A
D
 
D
I
 
L
L
 
V
I
 
V
I
 
I
T
 
T
A
 
A
G
 
G
K
 
-
S
 
-
S
 
-
A
 
-
V
 
-
D
 
-
G
 
-
S
 
-
A
 
A
N
 
P
G
 
T
R
|
R
M
 
L
G
 
D
E
 
L
L
 
V
G
 
N
F
 
K
N
 
N
K
 
L
E
 
K
V
 
I
I
 
L
K
 
K
D
 
S
M
 
I
A
 
V
P
 
D
Q
 
P
I
 
I
K
 
V
A
 
D
S
 
S
G
 
G
F
 
F
D
 
N
G
 
G
I
 
I
I
 
F
I
 
L
G
 
V
I
 
A
M
 
A
N
|
N
P
 
P
N
 
V
D
 
D
C
 
I
M
 
L
T
 
T
Q
 
Y
Y
 
A
L
 
T
Q
 
W
E
 
K
Q
 
L
L
 
S
D
 
G
Y
 
F
P
 
P
R
 
K
H
 
N
K
 
R
I
 
V
F
 
V
G
 
G
T
 
S
G
 
G
T
 
T
F
 
S
L
|
L
D
|
D
T
 
T
A
 
A
R
|
R
M
 
F
Q
 
R
K
 
Q
V
 
S
V
 
I
G
 
A
E
 
K
S
 
M
F
 
V
G
 
N
V
 
V
N
 
D
A
 
A
K
 
R
N
 
S
V
 
V
S
 
H
G
 
A
V
 
Y
A
 
I
M
 
M
G
 
G
E
 
E
H
|
H
G
 
G
A
 
D
S
 
T
Q
 
E
F
 
F
V
 
P
A
 
V
W
 
W
S
 
S
T
 
H
V
 
A
Q
 
N
V
 
I
N
 
G
G
 
G
V
 
V
P
 
T
L
 
I
R
 
A
T
 
E
L
 
W
E
 
V
R
 
K
S
 
A
H
 
H
S
 
P
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
E
I
 
D
D
 
K
L
 
L
A
 
V
K
 
K
L
 
M
E
 
F
E
 
E
A
 
D
T
 
V
M
 
R
L
 
N
G
 
K
G
 
A
I
 
Y
M
 
E
V
 
I
L
 
I
Q
 
K
G
 
L
K
 
K
G
 
G
Y
 
A
T
 
T
N
 
F
F
 
Y
A
 
G
I
 
I
A
 
A
T
 
T
C
 
A
A
 
L
V
 
A
R
 
R
L
 
I
A
 
S
T
 
K
A
 
A
V
 
I
F
 
L
A
 
N
D
 
D
E
 
E
K
 
N
L
 
A
A
 
V
C
 
L
P
 
P
V
 
L
S
 
S
A
 
V
Y
 
Y
S
 
M
D
 
D
D
 
G
L
 
Q
-
 
Y
-
 
G
-
 
L
-
 
N
Q
 
D
V
 
I
Y
 
Y
I
 
I
G
 
G
Q
 
T
P
 
P
A
 
A
I
 
V
I
 
I
G
 
N
K
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
I
E
 
Q
A
 
N
L
 
I
T
 
L
Q
 
E
I
 
I
A
 
P
L
 
L
T
 
T
A
 
D
E
 
H
E
 
E
E
 
E
Q
 
E
K
 
S
L
 
M
T
 
Q
N
 
K
S
 
S
A
 
A

P00343 L-lactate dehydrogenase; L-LDH; EC 1.1.1.27 from Lacticaseibacillus casei (Lactobacillus casei) (see 3 papers)
33% identity, 96% coverage: 2:294/306 of query aligns to 10:306/326 of P00343

query
sites
P00343
R
 
Q
K
 
K
I
 
V
G
 
I
L
 
L
I
 
V
G
 
G
M
 
D
G
 
G
N
 
A
V
 
V
G
 
G
A
 
S
T
 
S
I
 
Y
A
 
A
Y
 
Y
T
 
A
L
 
M
V
 
V
T
 
L
K
 
Q
G
 
G
I
 
I
T
 
A
D
 
Q
E
 
E
L
 
I
V
 
G
L
 
I
I
 
V
D
 
D
K
 
I
N
 
F
E
 
K
K
 
D
K
 
K
V
 
T
V
 
K
A
 
G
D
 
D
K
 
A
L
 
I
D
 
D
L
 
L
Q
 
S
D
 
N
A
 
A
M
 
L
G
 
-
R
 
P
L
 
F
N
 
T
S
 
S
N
 
P
T
 
K
V
 
K
I
 
I
K
 
Y
I
 
S
Q
 
A
D
 
E
Y
 
Y
A
 
S
E
 
D
L
 
A
K
 
K
D
 
D
A
 
A
D
 
D
I
 
L
L
 
V
I
 
V
I
 
I
T
 
T
A
 
A
G
 
G
K
 
-
S
 
-
S
 
-
A
 
A
V
 
P
D
 
Q
G
 
K
S
 
P
A
 
G
N
 
E
G
 
T
R
|
R
M
 
L
G
 
D
E
 
L
L
 
V
G
 
N
F
 
K
N
 
N
K
 
L
E
 
K
V
 
I
I
 
L
K
 
K
D
 
S
M
 
I
A
 
V
P
 
D
Q
 
P
I
 
I
K
 
V
A
 
D
S
 
S
G
 
G
F
 
F
D
 
N
G
 
G
I
 
I
I
 
F
I
 
L
G
 
V
I
 
A
M
 
A
N
 
N
P
 
P
N
 
V
D
 
D
C
 
I
M
 
L
T
 
T
Q
 
Y
Y
 
A
L
 
T
Q
 
W
E
 
K
Q
 
L
L
 
S
D
 
G
Y
 
F
P
 
P
R
 
K
H
 
N
K
 
R
I
 
V
F
 
V
G
 
G
T
 
S
G
 
G
T
 
T
F
 
S
L
 
L
D
 
D
T
 
T
A
 
A
R
 
R
M
 
F
Q
x
R
K
 
Q
V
 
S
V
 
I
G
 
A
E
 
E
S
 
M
F
 
V
G
 
N
V
 
V
N
 
D
A
 
A
K
x
R
N
x
S
V
|
V
S
x
H
G
 
A
V
 
Y
A
 
I
M
 
M
G
 
G
E
 
E
H
 
H
G
 
G
A
 
D
S
 
T
Q
 
E
F
 
F
V
 
P
A
 
V
W
 
W
S
 
S
T
 
H
V
 
A
Q
 
N
V
 
I
N
 
G
G
 
G
V
 
V
P
 
T
L
 
I
R
 
A
T
 
E
L
 
W
E
 
V
R
 
K
S
 
A
H
 
H
S
 
P
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
E
I
 
D
D
 
K
L
 
L
A
 
V
K
 
K
L
 
M
E
 
F
E
 
E
A
 
D
T
 
V
M
 
R
L
 
D
G
 
A
G
 
A
I
 
Y
M
 
E
V
 
I
L
 
I
Q
 
K
G
 
L
K
 
K
G
 
G
Y
 
A
T
|
T
N
 
F
F
 
Y
A
 
G
I
 
I
A
 
A
T
 
T
C
 
A
A
 
L
V
 
A
R
 
R
L
 
I
A
 
S
T
 
K
A
 
A
V
 
I
F
 
L
A
 
N
D
 
D
E
 
E
K
 
N
L
 
A
A
 
V
C
 
L
P
 
P
V
 
L
S
 
S
A
 
V
Y
 
Y
S
 
M
D
 
D
D
 
G
L
 
Q
-
 
Y
-
 
G
-
 
L
-
 
N
Q
 
D
V
 
I
Y
 
Y
I
 
I
G
 
G
Q
 
T
P
 
P
A
 
A
I
 
V
I
 
I
G
 
N
K
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
I
E
 
Q
A
 
N
L
 
I
T
 
L
Q
 
E
I
 
I
A
 
P
L
 
L
T
 
T
A
 
D
E
 
H
E
 
E
E
 
E
Q
 
E
K
 
S
L
 
M
T
 
Q
N
 
K
S
 
S
A
 
A

Sites not aligning to the query:

6j9tB Complex structure of lactobacillus casei lactate dehydrogenase with fructose-1,6-bisphosphate
33% identity, 96% coverage: 2:294/306 of query aligns to 8:304/316 of 6j9tB

query
sites
6j9tB
R
 
Q
K
 
K
I
 
V
G
 
I
L
 
L
I
 
V
G
 
G
M
 
D
G
 
G
N
 
A
V
 
V
G
 
G
A
 
S
T
 
S
I
 
Y
A
 
A
Y
 
Y
T
 
A
L
 
M
V
 
V
T
 
L
K
 
Q
G
 
G
I
 
I
T
 
A
D
 
Q
E
 
E
L
 
I
V
 
G
L
 
I
I
 
V
D
 
D
K
 
I
N
 
F
E
 
K
K
 
D
K
 
K
V
 
T
V
 
K
A
 
G
D
 
D
K
 
A
L
 
I
D
 
D
L
 
L
Q
 
S
D
 
N
A
 
A
M
 
L
G
 
-
R
 
P
L
 
F
N
 
T
S
 
S
N
 
P
T
 
K
V
 
K
I
 
I
K
 
Y
I
 
S
Q
 
A
D
 
E
Y
 
Y
A
 
S
E
 
D
L
 
A
K
 
K
D
 
D
A
 
A
D
 
D
I
 
L
L
 
V
I
 
V
I
 
I
T
 
T
A
 
A
G
 
G
K
 
-
S
 
-
S
 
-
A
 
A
V
 
P
D
 
Q
G
 
K
S
 
P
A
 
G
N
 
E
G
 
T
R
|
R
M
 
L
G
 
D
E
 
L
L
 
V
G
 
N
F
 
K
N
 
N
K
 
L
E
 
K
V
 
I
I
 
L
K
 
K
D
 
S
M
 
I
A
 
V
P
 
D
Q
 
P
I
 
I
K
 
V
A
 
D
S
 
S
G
 
G
F
 
F
D
 
N
G
 
G
I
 
I
I
 
F
I
 
L
G
 
V
I
 
A
M
 
A
N
 
N
P
 
P
N
 
V
D
 
D
C
 
I
M
 
L
T
 
T
Q
 
Y
Y
 
A
L
 
T
Q
 
W
E
 
K
Q
 
L
L
 
S
D
 
G
Y
 
F
P
 
P
R
 
K
H
 
N
K
 
R
I
 
V
F
 
V
G
 
G
T
 
S
G
 
G
T
 
T
F
 
S
L
 
L
D
|
D
T
 
T
A
 
A
R
|
R
M
 
F
Q
x
R
K
 
Q
V
 
S
V
 
I
G
 
A
E
 
E
S
 
M
F
 
V
G
 
N
V
 
V
N
 
D
A
 
A
K
x
R
N
 
S
V
 
V
S
x
H
G
 
A
V
 
Y
A
 
I
M
 
M
G
 
G
E
 
E
H
|
H
G
 
G
A
 
D
S
 
T
Q
 
E
F
 
F
V
 
P
A
 
V
W
 
W
S
 
S
T
 
H
V
 
A
Q
 
N
V
 
I
N
 
G
G
 
G
V
 
V
P
 
T
L
 
I
R
 
A
T
 
E
L
 
W
E
 
V
R
 
K
S
 
A
H
 
H
S
 
P
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
E
I
 
D
D
 
K
L
 
L
A
 
V
K
 
K
L
 
M
E
 
F
E
 
E
A
 
D
T
 
V
M
 
R
L
 
D
G
 
A
G
 
A
I
 
Y
M
 
E
V
 
I
L
 
I
Q
 
K
G
 
L
K
 
K
G
 
G
Y
 
A
T
 
T
N
 
F
F
 
Y
A
 
G
I
 
I
A
 
A
T
 
T
C
 
A
A
 
L
V
 
A
R
 
R
L
 
I
A
 
S
T
 
K
A
 
A
V
 
I
F
 
L
A
 
N
D
 
D
E
 
E
K
 
N
L
 
A
A
 
V
C
 
L
P
 
P
V
 
L
S
 
S
A
 
V
Y
 
Y
S
 
M
D
 
D
D
 
G
L
 
Q
-
 
Y
-
 
G
-
 
L
-
 
N
Q
 
D
V
 
I
Y
 
Y
I
 
I
G
 
G
Q
 
T
P
 
P
A
 
A
I
 
V
I
 
I
G
 
N
K
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
I
E
 
Q
A
 
N
L
 
I
T
 
L
Q
 
E
I
 
I
A
 
P
L
 
L
T
 
T
A
 
D
E
 
H
E
 
E
E
 
E
Q
 
E
K
 
S
L
 
M
T
 
Q
N
 
K
S
 
S
A
 
A

3h3jB Crystal structure of lactate dehydrogenase mutant (a85r) from staphylococcus aureus complexed with NAD and pyruvate
33% identity, 96% coverage: 3:297/306 of query aligns to 5:303/314 of 3h3jB

query
sites
3h3jB
K
 
K
I
 
V
G
 
V
L
 
L
I
 
I
G
 
G
M
 
N
G
|
G
N
x
A
V
|
V
G
 
G
A
 
S
T
 
S
I
 
Y
A
 
A
Y
 
F
T
 
S
L
 
L
V
 
V
T
 
N
K
 
Q
G
 
S
I
 
I
T
 
V
D
 
D
E
 
E
L
 
L
V
 
V
L
 
I
I
 
I
D
|
D
K
x
L
N
 
D
E
 
T
K
 
E
K
 
K
V
 
V
V
 
R
A
 
G
D
 
D
K
 
V
L
 
M
D
 
D
L
 
L
Q
 
K
D
 
H
A
 
A
M
 
T
G
 
P
R
 
Y
L
 
S
N
 
P
S
 
T
N
 
T
T
 
V
V
 
R
I
 
V
K
 
K
I
 
A
Q
 
G
D
 
E
Y
 
Y
A
 
S
E
 
D
L
 
C
K
 
H
D
 
D
A
 
A
D
 
D
I
 
L
L
 
V
I
 
V
I
 
I
T
x
C
A
|
A
G
|
G
K
 
-
S
 
-
S
 
-
A
|
A
V
x
R
D
 
Q
G
 
K
S
 
P
A
 
G
N
 
E
G
 
T
R
|
R
M
 
L
G
 
D
E
 
L
L
 
V
G
 
S
F
 
K
N
 
N
K
 
L
E
 
K
V
 
I
I
 
F
K
 
K
D
 
S
M
 
I
A
 
V
P
 
G
Q
 
E
I
 
V
K
 
M
A
 
A
S
 
S
G
 
K
F
 
F
D
 
D
G
 
G
I
 
I
I
 
F
I
 
L
G
 
V
I
x
A
M
 
T
N
|
N
P
 
P
N
 
V
D
 
D
C
 
I
M
 
L
T
 
A
Q
 
Y
Y
 
A
L
 
T
Q
 
W
E
 
K
Q
 
F
L
 
S
D
 
G
Y
 
L
P
 
P
R
 
K
H
 
E
K
 
R
I
 
V
F
 
I
G
 
G
T
 
S
G
 
G
T
 
T
F
 
I
L
|
L
D
|
D
T
 
S
A
 
A
R
|
R
M
 
F
Q
 
R
K
 
L
V
 
L
V
 
L
G
 
S
E
 
E
S
 
A
F
 
F
G
 
D
V
 
V
N
 
A
A
 
P
K
 
R
N
 
S
V
 
V
S
 
D
G
 
A
V
 
Q
A
 
I
M
 
I
G
 
G
E
 
E
H
|
H
G
 
G
A
 
D
S
 
T
Q
 
E
F
 
L
V
 
P
A
 
V
W
 
W
S
 
S
T
 
H
V
 
A
Q
 
N
V
 
I
N
 
A
G
 
G
V
 
Q
P
 
P
L
 
L
R
 
K
T
 
T
L
 
L
E
 
L
R
 
E
S
 
Q
H
 
R
S
 
P
I
 
E
D
 
G
L
 
K
A
 
A
K
 
Q
L
 
I
E
 
E
E
 
Q
-
 
I
-
 
F
-
 
V
A
 
Q
T
 
T
M
 
R
L
 
D
G
 
A
G
x
A
I
 
Y
M
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
 
Q
G
 
A
K
 
K
G
 
G
Y
 
A
T
|
T
N
 
Y
F
 
Y
A
 
G
I
x
V
A
 
A
T
 
M
C
 
G
A
 
L
V
 
A
R
 
R
L
 
I
A
 
T
T
 
E
A
 
A
V
 
I
F
 
F
A
 
R
D
 
N
E
 
E
K
 
D
L
 
A
A
 
V
C
 
L
P
 
T
V
 
V
S
 
S
A
 
A
-
 
L
-
 
L
-
 
E
-
 
G
-
 
E
Y
 
Y
S
 
E
D
 
E
D
 
E
L
 
-
Q
 
D
V
 
V
Y
 
Y
I
 
I
G
 
G
Q
 
V
P
 
P
A
 
A
I
 
V
I
 
I
G
 
N
K
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
I
E
 
R
A
 
N
L
 
V
T
 
V
Q
 
E
I
 
I
A
 
P
L
 
L
T
 
N
A
 
D
E
 
E
E
 
E
E
 
Q
Q
 
S
K
 
K
L
 
F
T
 
A
N
 
H
S
 
S
A
 
A
K
 
K
V
 
T
I
 
L

2ldbA Structure determination and refinement of bacillus stearothermophilus lactate dehydrogenase (see paper)
32% identity, 96% coverage: 3:297/306 of query aligns to 8:291/301 of 2ldbA

query
sites
2ldbA
K
 
R
I
 
V
G
 
V
L
 
V
I
 
I
G
 
G
M
 
A
G
|
G
N
x
F
V
|
V
G
 
G
A
 
A
T
 
S
I
 
Y
A
 
V
Y
 
F
T
 
A
L
 
L
V
 
M
T
 
N
K
 
Q
G
|
G
I
 
I
T
x
A
D
|
D
E
 
E
L
 
I
V
 
V
L
 
L
I
 
I
D
|
D
K
x
A
N
 
N
E
 
E
K
 
S
K
 
K
V
 
A
V
 
I
A
 
G
D
 
D
K
 
A
L
 
M
D
 
D
L
 
F
Q
 
N
D
 
H
A
 
-
M
 
-
G
 
G
R
 
K
L
 
V
N
 
F
S
 
A
N
 
P
T
 
K
V
 
P
I
 
V
K
 
D
I
 
I
Q
 
W
D
 
D
Y
 
Y
A
 
D
E
 
D
L
 
C
K
 
R
D
 
D
A
 
A
D
 
D
I
 
L
L
 
V
I
 
V
I
 
I
T
 
C
A
|
A
G
 
G
K
 
A
S
 
L
S
 
D
A
 
L
V
 
V
D
 
D
G
 
K
S
 
-
A
 
-
N
 
-
G
 
-
R
 
-
M
 
-
G
 
-
E
 
-
L
 
-
G
 
-
F
 
-
N
 
N
K
 
I
E
 
A
V
 
I
I
 
F
K
 
R
D
 
S
M
 
I
A
 
V
P
 
E
Q
 
S
I
 
V
K
 
M
A
 
A
S
 
S
G
 
G
F
 
F
D
 
Q
G
 
G
I
 
L
I
 
F
I
 
L
G
 
V
I
x
A
M
x
T
N
|
N
P
 
P
N
 
V
D
 
D
C
 
I
M
 
L
T
 
T
Q
 
Y
Y
 
A
L
 
T
Q
 
W
E
 
K
Q
 
F
L
 
S
D
 
G
Y
 
L
P
 
P
R
 
H
H
 
E
K
 
R
I
 
V
F
 
I
G
 
G
T
 
S
G
 
G
T
 
T
F
 
I
L
|
L
D
|
D
T
 
T
A
 
A
R
|
R
M
 
F
Q
 
R
K
 
F
V
 
L
V
 
L
G
 
G
E
 
E
S
 
Y
F
 
F
G
 
S
V
 
V
N
 
A
A
 
P
K
x
Q
N
 
N
V
 
V
S
x
H
G
 
A
V
 
Y
A
 
I
M
 
I
G
 
G
E
 
E
H
|
H
G
 
G
A
 
D
S
 
T
Q
 
E
F
 
L
V
 
P
A
 
V
W
 
W
S
 
S
T
 
Q
V
 
A
Q
 
Y
V
 
I
N
 
G
G
 
V
V
 
M
P
 
P
L
 
I
R
 
R
T
 
K
L
 
L
E
 
V
R
 
E
S
 
S
H
 
K
S
 
-
I
 
-
D
 
D
L
 
L
A
 
E
K
 
R
L
 
I
E
 
F
E
 
V
A
 
N
T
 
V
M
 
R
L
 
D
G
 
A
G
 
A
I
 
Y
M
 
Q
V
 
I
L
 
I
Q
 
E
G
 
K
K
 
K
G
 
G
Y
 
A
T
|
T
N
 
Y
F
 
Y
A
 
G
I
|
I
A
 
A
T
 
M
C
 
G
A
 
L
V
 
A
R
 
R
L
 
V
A
 
T
T
 
R
A
 
A
V
 
I
F
 
L
A
 
H
D
 
N
E
 
E
K
 
N
L
 
A
A
 
I
C
 
L
P
 
T
V
 
V
S
 
S
A
 
A
Y
 
Y
S
 
L
D
 
D
D
 
G
L
 
L
-
 
Y
-
 
G
-
 
E
-
 
R
Q
 
D
V
 
V
Y
 
Y
I
 
I
G
 
G
Q
 
V
P
 
P
A
 
A
I
 
V
I
 
I
G
 
N
K
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
I
E
 
R
A
 
E
L
 
V
T
 
I
Q
 
E
I
 
I
A
 
E
L
 
L
T
 
N
A
 
D
E
 
D
E
 
E
E
 
K
Q
 
N
K
 
R
L
 
F
T
 
H
N
 
H
S
 
S
A
 
A
K
 
A
V
 
T
I
 
L

6h9sB Crystal dimeric structure of petrotoga mobilis lactate dehydrogenase with nadh
32% identity, 99% coverage: 3:305/306 of query aligns to 2:289/292 of 6h9sB

query
sites
6h9sB
K
 
K
I
 
I
G
 
S
L
 
I
I
 
I
G
 
G
M
 
T
G
|
G
N
x
R
V
|
V
G
 
G
A
 
S
T
 
S
I
 
T
A
 
A
Y
 
F
T
 
A
L
 
L
V
 
I
T
 
N
K
 
A
G
 
A
I
 
V
T
 
A
D
 
D
E
 
E
L
 
I
V
 
V
L
 
L
I
 
Y
D
|
D
K
x
L
N
 
N
E
 
K
K
 
E
K
 
M
V
 
A
V
 
E
A
 
G
D
 
E
K
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
L
Q
 
L
D
 
H
A
 
A
M
 
T
G
 
-
R
 
T
L
 
F
N
 
H
S
 
K
N
 
R
T
 
M
V
 
I
I
 
I
K
 
R
I
 
A
Q
 
G
D
 
E
Y
 
Y
A
 
S
E
 
D
L
 
I
K
 
E
D
 
G
A
 
S
D
 
D
I
 
I
L
 
V
I
 
L
I
 
I
T
 
T
A
|
A
G
|
G
K
 
-
S
 
-
S
 
-
A
 
-
V
 
-
D
 
-
G
 
-
S
x
A
A
 
A
N
 
E
G
 
T
R
 
R
M
 
L
G
 
D
E
 
L
L
 
T
G
 
I
F
 
K
N
 
N
K
 
A
E
 
K
V
 
I
I
 
I
K
 
K
D
 
G
M
 
I
A
 
S
P
 
E
Q
 
N
I
 
I
K
 
K
A
 
K
S
 
Y
G
 
A
F
 
P
D
 
N
G
 
T
I
 
L
I
 
I
I
 
I
G
 
N
I
|
I
M
 
T
N
|
N
P
 
P
N
 
V
D
 
D
C
 
V
M
 
M
T
 
S
Q
 
Y
Y
 
V
L
 
V
Q
 
W
E
 
K
Q
 
V
L
 
T
D
 
G
Y
 
F
P
 
E
R
 
S
H
 
N
K
 
R
I
 
V
F
 
I
G
 
G
T
 
T
G
 
G
T
 
T
F
 
I
L
 
L
D
 
D
T
 
T
A
 
A
R
 
R
M
 
L
Q
 
R
K
 
A
V
 
L
V
 
I
G
 
G
E
 
K
S
 
N
F
 
C
G
 
G
V
 
V
N
 
S
A
 
P
K
 
M
N
 
S
V
 
V
S
 
H
G
 
A
V
 
Y
A
 
I
M
 
I
G
 
G
E
 
E
H
 
H
G
 
G
A
 
D
S
 
S
Q
 
E
F
 
L
V
 
A
A
 
A
W
 
W
S
 
S
T
 
S
V
 
A
Q
 
M
V
 
I
N
 
G
G
 
G
V
 
V
P
 
P
L
 
I
R
 
K
T
 
G
L
 
F
E
 
-
R
 
-
S
 
-
H
 
-
S
 
-
I
 
C
D
 
D
L
 
L
A
 
S
K
 
K
L
 
I
E
 
F
E
 
D
A
 
D
T
 
V
M
 
K
L
 
N
G
 
S
G
 
A
I
 
Y
M
 
T
V
 
I
L
 
I
Q
 
S
G
 
K
K
 
K
G
 
G
Y
 
A
T
|
T
N
 
N
F
 
Y
A
 
G
I
 
I
A
 
A
T
 
S
C
 
A
A
 
T
V
 
T
R
 
A
L
 
L
A
 
V
T
 
E
A
 
S
V
 
I
F
 
I
A
 
K
D
 
N
E
 
E
K
 
G
L
 
R
A
 
V
C
 
Y
P
 
T
V
 
P
S
 
S
A
 
V
Y
 
L
S
 
L
D
 
D
D
 
D
L
 
-
Q
 
-
V
 
V
Y
 
Y
I
 
I
G
 
G
Q
 
Y
P
 
P
A
 
A
I
 
V
I
 
I
G
 
N
K
 
K
N
 
D
G
 
G
V
 
V
E
 
E
A
 
R
L
 
T
T
 
I
Q
 
D
I
 
I
A
 
T
L
 
L
T
 
N
A
 
D
E
 
E
E
 
E
E
 
T
Q
 
E
K
 
K
L
 
F
T
 
E
N
 
S
S
 
S
A
 
K
K
 
S
V
 
I
I
 
I
L
 
K
E
 
E
K
 
Y
V
 
L
N
 
E
Q
 
S
L
 
I
R
 
K

3wswA Crystal structure of minor l-lactate dehydrogenase from enterococcus mundtii in the ligands-bound form (see paper)
31% identity, 98% coverage: 2:301/306 of query aligns to 4:311/316 of 3wswA

query
sites
3wswA
R
 
R
K
 
K
I
 
V
G
 
V
L
 
I
I
 
V
G
 
G
M
 
T
G
|
G
N
x
F
V
|
V
G
 
G
A
 
T
T
 
S
I
 
I
A
 
A
Y
 
Y
T
 
A
L
 
M
V
 
I
T
 
N
K
 
Q
G
 
G
I
 
V
T
 
A
D
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
V
L
 
L
I
 
I
D
|
D
K
x
V
N
 
N
E
 
Q
K
 
E
K
 
K
V
 
A
V
 
E
A
 
G
D
 
E
K
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
L
Q
 
L
D
 
D
A
 
G
M
 
M
G
 
A
R
 
W
L
 
G
N
 
E
S
 
K
N
 
N
T
 
V
V
 
S
I
 
V
K
 
W
I
 
S
Q
 
G
D
 
T
Y
 
Y
A
 
E
E
 
E
L
 
C
K
 
Q
D
 
D
A
 
A
D
 
N
I
 
L
L
 
V
I
 
I
I
 
L
T
|
T
A
|
A
G
|
G
K
 
V
S
 
N
S
 
Q
A
 
K
V
 
-
D
 
-
G
 
-
S
 
P
A
 
G
N
 
Q
G
 
T
R
|
R
M
 
L
G
 
D
E
 
L
L
 
V
G
 
K
F
 
T
N
 
N
K
 
A
E
 
T
V
x
I
I
 
T
K
 
R
D
 
Q
M
 
I
A
 
V
P
 
K
Q
 
E
I
 
V
K
 
M
A
 
A
S
 
S
G
 
G
F
 
F
D
 
D
G
 
G
I
 
I
I
 
F
I
 
V
G
 
V
I
x
A
M
x
S
N
|
N
P
 
P
N
 
V
D
 
D
C
 
I
M
 
L
T
 
T
Q
 
Y
Y
 
L
L
 
T
Q
 
W
E
 
Q
Q
 
E
L
 
S
D
 
G
Y
 
L
P
 
P
R
 
A
H
 
S
K
 
R
I
 
V
F
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
T
 
T
F
 
T
L
|
L
D
|
D
T
 
T
A
 
T
R
|
R
M
 
F
Q
x
R
K
 
K
V
 
E
V
 
I
G
 
A
E
 
L
S
 
K
F
 
L
G
 
A
V
 
V
N
 
D
A
 
P
K
x
R
N
 
S
V
 
V
S
x
H
G
 
G
V
 
Y
A
 
I
M
 
L
G
 
G
E
 
E
H
|
H
G
 
G
A
 
D
S
 
S
Q
 
E
F
 
V
V
 
A
A
 
A
W
 
W
S
 
S
T
 
H
V
 
T
Q
 
T
V
 
V
N
 
G
G
 
G
V
 
K
P
 
P
-
 
I
L
 
M
R
 
E
T
 
Y
L
 
V
E
 
E
R
 
K
S
 
D
H
 
H
S
 
R
I
 
L
-
 
E
-
 
E
-
 
N
D
 
D
L
 
L
A
 
T
K
 
V
L
 
L
E
 
A
E
 
D
A
 
K
T
 
V
M
 
K
L
 
N
G
 
A
G
 
A
I
 
Y
M
 
E
V
 
I
L
 
I
Q
 
D
G
 
R
K
 
K
G
 
K
Y
 
A
T
 
T
N
 
Y
F
 
Y
A
 
G
I
|
I
A
 
G
T
 
M
C
 
S
A
 
T
V
 
T
R
 
R
L
 
I
A
 
V
T
 
K
A
 
A
V
 
I
F
 
L
A
 
N
D
 
N
E
 
E
K
 
Q
L
 
A
A
 
V
C
 
L
P
 
P
V
 
V
S
 
S
A
 
A
Y
 
Y
S
 
L
D
 
N
-
 
G
-
 
E
-
 
Y
-
 
G
D
 
E
L
 
E
Q
 
D
V
 
I
Y
 
F
I
 
T
G
 
G
Q
 
V
P
 
P
A
 
S
I
 
I
I
 
V
G
 
D
K
 
E
N
 
N
G
 
G
V
 
V
E
 
R
A
 
E
L
 
I
T
 
I
Q
 
D
I
 
L
A
 
S
L
 
I
T
 
T
A
 
P
E
 
Q
E
 
E
E
 
K
Q
 
A
K
 
M
L
 
F
T
 
H
N
 
Q
S
 
S
A
 
V
-
 
S
-
 
E
-
 
L
K
 
K
V
 
A
I
 
V
L
 
L
E
 
D
K
 
T
V
 
V

1ldbA Structure determination and refinement of bacillus stearothermophilus lactate dehydrogenase (see paper)
32% identity, 96% coverage: 3:297/306 of query aligns to 8:284/294 of 1ldbA

query
sites
1ldbA
K
 
R
I
 
V
G
 
V
L
 
V
I
 
I
G
 
G
M
 
A
G
 
G
N
 
F
V
 
V
G
 
G
A
 
A
T
 
S
I
 
Y
A
 
V
Y
 
F
T
 
A
L
 
L
V
 
M
T
 
N
K
 
Q
G
 
G
I
 
I
T
 
A
D
 
D
E
 
E
L
 
I
V
 
V
L
 
L
I
 
I
D
 
D
K
 
A
N
 
N
E
 
E
K
 
S
K
 
K
V
 
A
V
 
I
A
 
G
D
 
D
K
 
A
L
 
M
D
 
D
L
 
F
Q
 
N
D
 
H
A
 
-
M
 
-
G
 
G
R
 
K
L
 
V
N
 
F
S
 
A
N
 
P
T
 
K
V
 
P
I
 
V
K
 
D
I
 
I
Q
 
W
D
 
D
Y
 
Y
A
 
D
E
 
D
L
 
C
K
 
R
D
 
D
A
 
A
D
 
D
I
 
L
L
 
V
I
 
V
I
 
I
T
 
C
A
 
A
G
 
G
K
 
A
S
 
N
S
 
D
A
 
L
V
 
V
D
 
D
G
 
K
S
 
-
A
 
-
N
 
-
G
 
-
R
 
-
M
 
-
G
 
-
E
 
-
L
 
-
G
 
-
F
 
-
N
 
N
K
 
I
E
 
A
V
 
I
I
 
F
K
 
R
D
 
S
M
 
I
A
 
V
P
 
E
Q
 
S
I
 
V
K
 
M
A
 
A
S
 
S
G
 
G
F
 
F
D
 
Q
G
 
G
I
 
L
I
 
F
I
 
L
G
 
V
I
 
A
M
 
T
N
 
N
P
 
P
N
 
V
D
 
D
C
 
I
M
 
L
T
 
T
Q
 
Y
Y
 
A
L
 
T
Q
 
W
E
 
K
Q
 
F
L
 
S
D
 
G
Y
 
L
P
 
P
R
 
H
H
 
E
K
 
R
I
 
V
F
 
I
G
 
G
T
 
S
G
 
G
T
 
T
F
 
I
L
 
L
D
|
D
T
 
T
A
 
A
R
|
R
M
 
F
Q
 
R
K
 
F
V
 
L
V
 
L
G
 
G
E
 
E
S
 
Y
F
 
F
G
 
S
V
 
V
N
 
A
A
 
P
K
 
Q
N
 
N
V
 
V
S
 
H
G
 
A
V
 
Y
A
 
I
M
 
I
G
 
G
E
 
E
H
|
H
G
 
G
A
 
D
S
 
T
Q
 
E
F
 
L
V
 
P
A
 
V
W
 
W
S
 
S
T
 
Q
V
 
A
Q
 
Y
V
 
I
N
 
G
G
 
V
V
 
M
P
 
P
L
 
-
R
 
-
T
 
-
L
 
-
E
 
-
R
 
-
S
 
-
H
 
-
S
 
-
I
 
I
D
 
D
L
 
L
A
 
E
K
 
R
L
 
I
E
 
F
E
 
V
A
 
N
T
 
V
M
 
R
L
 
D
G
 
A
G
 
A
I
 
Y
M
 
Q
V
 
I
L
 
I
Q
 
E
G
 
K
K
 
K
G
 
G
Y
 
A
T
|
T
N
 
Y
F
 
Y
A
 
G
I
 
I
A
 
A
T
 
M
C
 
G
A
 
L
V
 
A
R
 
R
L
 
V
A
 
T
T
 
R
A
 
A
V
 
I
F
 
L
A
 
H
D
 
N
E
 
E
K
 
N
L
 
A
A
 
I
C
 
L
P
 
T
V
 
V
S
 
S
A
 
A
Y
 
Y
S
 
L
D
 
D
D
 
G
L
 
L
-
 
Y
-
 
G
-
 
E
-
 
R
Q
 
D
V
 
V
Y
 
Y
I
 
I
G
 
G
Q
 
V
P
 
P
A
 
A
I
 
V
I
 
I
G
 
N
K
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
I
E
 
R
A
 
E
L
 
V
T
 
I
Q
 
E
I
 
I
A
 
E
L
 
L
T
 
N
A
 
D
E
 
D
E
 
E
E
 
K
Q
 
N
K
 
R
L
 
F
T
 
H
N
 
H
S
 
S
A
 
A
K
 
A
V
 
T
I
 
L

1llcA Structure determination of the allosteric l-lactate dehydrogenase from lactobacillus casei at 3.0 angstroms resolution
32% identity, 96% coverage: 2:294/306 of query aligns to 9:305/320 of 1llcA

query
sites
1llcA
R
 
Q
K
 
K
I
 
V
G
 
I
L
 
L
I
 
V
G
 
G
M
 
D
G
 
G
N
 
A
V
 
V
G
 
G
A
 
S
T
 
S
I
 
Y
A
 
A
Y
 
F
T
 
A
L
 
M
V
 
V
T
 
L
K
 
Q
G
 
G
I
 
I
T
 
A
D
 
Q
E
 
E
L
 
I
V
 
G
L
 
I
I
 
V
D
 
D
K
 
I
N
 
F
E
 
K
K
 
D
K
 
K
V
 
T
V
 
K
A
 
G
D
 
D
K
 
A
L
 
I
D
 
D
L
 
L
Q
 
S
D
 
N
A
 
A
M
 
L
G
 
-
R
 
P
L
 
F
N
 
T
S
 
S
N
 
P
T
 
K
V
 
K
I
 
I
K
 
Y
I
 
S
Q
 
A
D
 
E
Y
 
Y
A
 
S
E
 
D
L
 
A
K
 
K
D
 
D
A
 
A
D
 
D
I
 
L
L
 
V
I
 
V
I
 
I
T
 
T
A
 
A
G
 
G
K
 
-
S
 
-
S
 
-
A
 
A
V
 
P
D
 
K
G
 
Q
S
 
P
A
 
G
N
 
E
G
 
T
R
|
R
M
 
L
G
 
D
E
 
L
L
 
V
G
 
N
F
 
K
N
 
N
K
 
L
E
 
K
V
 
I
I
 
L
K
 
K
D
 
S
M
 
I
A
 
V
P
 
D
Q
 
P
I
 
I
K
 
V
A
 
D
S
 
S
G
 
G
F
 
F
D
 
N
G
 
L
I
 
I
I
 
F
I
 
L
G
 
V
I
 
A
M
 
A
N
 
N
P
 
P
N
 
V
D
 
D
C
 
I
M
 
L
T
 
T
Q
 
Y
Y
 
A
L
 
T
Q
 
W
E
 
K
Q
 
L
L
 
S
D
 
G
Y
 
F
P
 
P
R
 
K
H
 
N
K
 
R
I
 
V
F
 
V
G
 
G
T
 
S
G
 
G
T
 
T
F
 
S
L
 
L
D
|
D
T
|
T
A
 
A
R
|
R
M
 
F
Q
x
R
K
 
Q
V
 
S
V
 
I
G
 
A
E
 
E
S
 
M
F
 
V
G
 
N
V
 
V
N
 
D
A
 
A
K
 
R
N
 
S
V
 
V
S
x
H
G
 
A
V
x
Y
A
 
I
M
 
M
G
 
G
E
 
E
H
|
H
G
 
G
A
 
D
S
 
T
Q
 
E
F
 
F
V
 
P
A
 
V
W
 
W
S
 
S
T
 
H
V
 
A
Q
 
N
V
 
I
N
 
G
G
 
G
V
 
V
P
 
T
L
 
I
R
 
A
T
 
E
L
 
W
E
 
V
R
 
K
S
 
A
H
 
H
S
 
P
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
E
I
 
D
D
 
K
L
 
L
A
 
V
K
 
K
L
 
M
E
 
F
E
 
E
A
 
D
T
 
V
M
 
R
L
 
D
G
 
A
G
 
A
I
 
Y
M
 
E
V
 
I
L
 
I
Q
 
K
G
 
L
K
 
K
G
 
G
Y
 
A
T
 
T
N
 
F
F
 
Y
A
 
G
I
 
I
A
 
A
T
 
T
C
 
A
A
 
L
V
 
A
R
|
R
L
 
I
A
 
S
T
 
K
A
 
A
V
 
I
F
 
L
A
 
N
D
 
D
E
 
E
K
 
N
L
 
A
A
x
V
C
x
L
P
 
P
V
 
L
S
 
S
A
 
V
Y
 
Y
S
 
M
D
 
D
D
 
G
L
 
Q
-
 
Y
-
 
G
-
 
I
-
 
N
Q
 
D
V
 
L
Y
 
Y
I
 
I
G
 
G
Q
 
T
P
 
P
A
 
A
I
 
V
I
 
I
G
 
N
K
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
I
E
 
Q
A
 
N
L
 
I
T
 
L
Q
 
E
I
 
I
A
 
P
L
 
L
T
 
T
A
 
D
E
 
H
E
 
E
E
 
E
Q
 
E
K
 
S
L
 
M
T
 
Q
N
 
K
S
 
S
A
 
A

Sites not aligning to the query:

P13714 L-lactate dehydrogenase; L-LDH; EC 1.1.1.27 from Bacillus subtilis (strain 168) (see paper)
32% identity, 97% coverage: 1:297/306 of query aligns to 5:306/320 of P13714

query
sites
P13714
M
 
V
R
 
N
K
 
K
I
 
V
G
 
A
L
 
L
I
 
I
G
 
G
M
 
A
G
 
G
N
x
F
V
|
V
G
 
G
A
 
S
T
 
S
I
 
Y
A
 
A
Y
 
F
T
 
A
L
 
L
V
 
I
T
 
N
K
 
Q
G
 
G
I
 
I
T
 
T
D
 
D
E
 
E
L
 
L
V
 
V
L
 
V
I
 
I
D
|
D
K
 
V
N
 
N
E
 
K
K
 
E
K
 
K
V
 
A
V
 
M
A
 
G
D
 
D
K
 
V
L
 
M
D
 
D
L
 
L
Q
 
N
D
 
H
A
 
G
M
 
K
G
 
A
R
 
F
L
 
A
N
 
P
S
 
Q
N
 
P
T
 
V
V
 
K
I
 
T
K
 
S
I
 
Y
Q
 
G
D
 
T
Y
 
Y
A
 
E
E
 
D
L
 
C
K
 
K
D
 
D
A
 
A
D
 
D
I
 
I
L
 
V
I
 
C
I
 
I
T
 
C
A
 
A
G
|
G
K
 
-
S
 
-
S
 
-
A
 
-
V
 
-
D
 
-
G
 
-
S
 
-
A
|
A
N
 
N
G
 
Q
R
 
K
M
 
P
G
 
G
E
 
E
L
 
T
G
 
R
F
 
L
-
 
E
-
 
L
-
 
V
-
 
E
-
 
K
N
 
N
K
 
L
E
 
K
V
 
I
I
 
F
K
 
K
D
 
G
M
 
I
A
 
V
P
 
S
Q
 
E
I
 
V
K
 
M
A
 
A
S
 
S
G
 
G
F
 
F
D
 
D
G
 
G
I
 
I
I
 
F
I
 
L
G
 
V
I
 
A
M
 
T
N
 
N
P
 
P
N
 
V
D
 
D
C
 
I
M
 
L
T
 
T
Q
 
Y
Y
 
A
L
 
T
Q
 
W
E
 
K
Q
 
F
L
 
S
D
 
G
Y
 
L
P
 
P
R
 
K
H
 
E
K
 
R
I
 
V
F
 
I
G
 
G
T
 
S
G
 
G
T
 
T
F
 
T
L
 
L
D
 
D
T
 
S
A
 
A
R
 
R
M
 
F
Q
x
R
K
 
F
V
 
M
V
 
L
G
 
S
E
 
E
S
 
Y
F
 
F
G
 
G
V
 
A
N
 
A
A