SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_034994552.1 NCBI__GCF_000745425.1:WP_034994552.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

O50657 Lysine/ornithine decarboxylase; LDC; EC 4.1.1.17; EC 4.1.1.18 from Selenomonas ruminantium (see paper)
35% identity, 94% coverage: 17:368/376 of query aligns to 21:363/393 of O50657

query
sites
O50657
P
 
P
C
 
F
L
 
L
V
 
V
L
 
A
D
 
S
L
 
L
D
 
D
V
 
K
V
 
V
R
 
E
D
 
E
N
 
N
Y
 
Y
N
 
Q
A
 
F
F
 
M
S
 
R
K
 
R
A
 
H
L
 
L
P
 
P
D
 
R
T
x
A
R
x
G
V
|
V
F
 
F
Y
 
Y
A
 
A
V
 
M
K
 
K
A
 
A
N
 
N
P
|
P
D
 
T
P
 
P
Q
 
E
V
 
I
L
 
L
E
 
S
L
 
L
L
 
L
A
 
A
G
 
G
L
 
L
G
 
G
S
 
S
C
 
H
F
 
F
D
 
D
T
 
V
A
 
A
S
 
S
V
 
A
V
 
G
E
 
E
I
 
M
Q
 
E
Q
 
I
V
 
L
L
 
H
A
 
E
A
 
L
G
 
G
A
 
V
S
 
D
A
 
G
D
 
S
R
 
Q
I
 
M
S
 
I
F
 
Y
G
 
A
N
 
N
T
 
P
I
 
V
K
 
K
K
 
D
E
 
A
R
 
R
D
 
G
I
 
L
A
 
K
R
 
A
A
 
A
Y
 
A
A
 
D
L
 
Y
G
 
N
V
 
V
R
 
R
L
 
R
F
 
F
A
 
T
V
 
F
D
 
D
C
 
D
E
 
P
A
 
S
E
 
E
V
 
I
E
 
D
K
 
K
I
 
M
A
 
A
R
 
K
V
 
A
A
 
V
P
 
P
G
 
G
S
 
A
R
 
D
V
 
V
F
 
L
C
 
V
R
 
R
I
 
I
L
 
A
C
 
V
N
 
R
G
 
N
E
 
N
G
 
K
A
 
A
E
 
L
W
 
V
P
 
D
L
 
L
S
 
N
R
 
T
K
 
K
F
 
F
G
 
G
C
 
A
A
 
P
P
 
V
E
 
E
L
 
E
A
 
A
A
 
L
R
 
D
V
 
L
L
 
L
E
 
K
H
 
A
A
 
A
H
 
Q
R
 
D
L
 
A
G
 
G
L
 
L
Q
 
H
A
 
A
Y
 
M
G
 
G
L
 
I
S
 
C
F
 
F
H
 
H
V
 
V
G
 
G
S
 
S
Q
 
Q
Q
 
S
R
 
L
N
 
S
P
 
T
L
 
A
M
 
A
W
 
Y
D
 
E
S
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
L
S
 
V
S
 
A
A
 
R
E
 
R
I
 
L
F
 
F
R
 
D
D
 
E
L
 
A
A
 
E
E
 
E
R
 
M
G
 
G
I
 
M
V
 
H
L
 
L
Q
 
T
M
 
D
V
 
L
N
 
D
L
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
F
 
F
P
 
P
T
 
-
K
 
-
Y
 
-
L
 
V
R
 
P
D
 
D
V
 
A
P
 
K
A
 
G
V
 
L
K
 
N
A
 
V
Y
 
D
G
 
L
E
 
A
A
 
A
I
 
M
F
 
M
N
 
E
S
 
A
L
 
I
R
 
N
K
 
K
H
 
Q
F
 
I
G
 
D
N
 
R
K
 
L
I
 
F
P
 
P
E
 
D
T
 
T
I
 
A
I
 
V
-
 
W
-
 
T
E
 
E
P
 
P
G
 
G
R
 
R
G
 
Y
M
 
M
V
 
C
G
 
G
N
 
T
A
 
A
G
 
V
I
 
N
I
 
L
E
 
V
A
 
T
E
 
S
V
 
V
V
 
I
L
 
G
I
 
T
S
 
K
K
 
T
K
 
R
A
 
G
D
 
E
D
 
Q
D
 
-
K
 
-
V
 
-
K
 
P
W
 
W
V
 
Y
Y
 
I
L
 
L
D
 
D
I
 
E
G
 
G
K
 
I
F
 
Y
N
 
G
G
 
C
L
 
F
A
 
S
E
 
G
T
 
I
M
 
M
D
 
Y
E
 
D
M
 
H
I
 
W
R
 
T
Y
 
Y
P
 
P
I
 
L
K
 
H
T
 
C
A
 
F
F
 
G
D
 
K
G
 
G
D
 
N
T
 
K
L
 
-
E
 
K
P
 
P
C
 
S
V
 
T
L
 
F
A
x
G
G
 
G
P
 
P
T
x
S
C
 
C
D
 
D
S
 
G
V
x
I
D
 
D
V
 
V
L
 
L
Y
 
Y
E
 
R
K
 
D
D
 
-
P
 
-
Y
 
F
M
 
M
L
 
A
P
 
P
V
 
-
S
 
E
L
 
L
E
 
K
I
 
I
G
 
G
S
 
D
K
 
K
V
 
V
L
 
L
I
 
V
E
 
T
G
 
E
T
 
M
G
|
G
A
 
S
Y
 
Y
T
 
T
T
 
S
M
 
V
Y
 
-
S
 
S
S
 
A
V
 
T
G
 
R
F
 
F
N
 
N
G
 
G
F
 
F

5gjoA Crystal structure of srldc mutant (a225c/t302c) in complex with plp (see paper)
35% identity, 94% coverage: 17:368/376 of query aligns to 22:364/385 of 5gjoA

query
sites
5gjoA
P
 
P
C
 
F
L
 
L
V
 
V
L
 
A
D
 
S
L
 
L
D
 
D
V
 
K
V
 
V
R
 
E
D
 
E
N
 
N
Y
 
Y
N
 
Q
A
 
F
F
 
M
S
 
R
K
 
R
A
 
H
L
 
L
P
 
P
D
 
R
T
 
A
R
 
G
V
 
V
F
 
F
Y
 
Y
A
|
A
V
 
M
K
|
K
A
 
A
N
 
N
P
 
P
D
 
T
P
 
P
Q
 
E
V
 
I
L
 
L
E
 
S
L
 
L
L
 
L
A
 
A
G
 
G
L
 
L
G
 
G
S
 
S
C
 
H
F
 
F
D
|
D
T
 
V
A
 
A
S
 
S
V
 
A
V
 
G
E
 
E
I
 
M
Q
 
E
Q
 
I
V
 
L
L
 
H
A
 
E
A
 
L
G
 
G
A
 
V
S
 
D
A
 
G
D
 
S
R
 
Q
I
 
M
S
 
I
F
 
Y
G
 
A
N
 
N
T
 
P
I
 
V
K
 
K
K
 
D
E
 
A
R
 
R
D
 
G
I
 
L
A
 
K
R
 
A
A
 
A
Y
 
A
A
 
D
L
 
Y
G
 
N
V
 
V
R
 
R
L
 
R
F
 
F
A
 
T
V
 
F
D
 
D
C
 
D
E
 
P
A
 
S
E
 
E
V
 
I
E
 
D
K
 
K
I
 
M
A
 
A
R
 
K
V
 
A
A
 
V
P
 
P
G
 
G
S
 
A
R
 
D
V
 
V
F
 
L
C
 
V
R
 
R
I
 
I
L
 
A
C
 
V
N
 
R
G
 
N
E
 
N
G
 
K
A
 
A
E
 
L
W
 
V
P
 
D
L
 
L
S
 
N
R
 
T
K
 
K
F
 
F
G
 
G
C
 
A
A
 
P
P
 
V
E
 
E
L
 
E
A
 
A
A
 
L
R
 
D
V
 
L
L
 
L
E
 
K
H
 
A
A
 
A
H
 
Q
R
 
D
L
 
A
G
 
G
L
 
L
Q
 
H
A
 
A
Y
 
M
G
 
G
L
 
I
S
 
C
F
 
F
H
|
H
V
 
V
G
 
G
S
|
S
Q
 
Q
Q
 
S
R
 
L
N
 
S
P
 
T
L
 
A
M
 
A
W
 
Y
D
 
E
S
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
L
S
 
V
S
 
A
A
 
R
E
 
R
I
 
L
F
 
F
R
 
D
D
 
E
L
 
A
A
 
E
E
 
E
R
 
M
G
 
G
I
 
M
V
 
H
L
 
L
Q
 
T
M
 
D
V
 
L
N
 
D
L
 
I
G
 
G
G
|
G
G
|
G
F
 
F
P
 
P
T
 
V
K
 
P
Y
 
-
L
 
-
R
 
-
D
 
D
V
 
C
P
 
K
A
 
G
V
 
L
K
 
N
A
 
V
Y
 
D
G
 
L
E
 
A
A
 
A
I
 
M
F
 
M
N
 
E
S
 
A
L
 
I
R
 
N
K
 
K
H
 
Q
F
 
I
G
 
D
N
 
R
K
 
L
I
 
F
P
 
P
E
 
D
T
 
T
I
 
A
I
 
V
-
 
W
-
 
T
E
|
E
P
 
P
G
|
G
R
|
R
G
 
Y
M
 
M
V
 
C
G
 
G
N
 
T
A
 
A
G
 
V
I
 
N
I
 
L
E
 
V
A
 
T
E
 
S
V
 
V
V
 
I
L
 
G
I
 
T
S
 
K
K
 
T
K
 
R
A
 
G
D
 
E
D
 
Q
D
 
-
K
 
-
V
 
-
K
 
P
W
 
W
V
 
Y
Y
 
I
L
 
L
D
 
D
I
 
E
G
 
G
K
 
I
F
 
Y
N
 
G
G
 
C
L
 
F
A
 
S
E
 
G
T
 
I
M
 
M
D
 
Y
E
 
D
M
 
H
I
 
W
R
 
C
Y
 
Y
P
 
P
I
 
L
K
 
H
T
 
C
A
 
F
F
 
G
D
 
K
G
 
G
D
 
N
T
 
K
L
 
-
E
 
K
P
 
P
C
 
S
V
 
T
L
 
F
A
 
G
G
 
G
P
 
P
T
 
S
C
 
C
D
 
D
S
 
G
V
 
I
D
 
D
V
 
V
L
 
L
Y
 
Y
E
 
R
K
 
D
D
 
-
P
 
-
Y
 
F
M
 
M
L
 
A
P
 
P
V
 
-
S
 
E
L
 
L
E
 
K
I
 
I
G
 
G
S
 
D
K
 
K
V
 
V
L
 
L
I
 
V
E
 
T
G
 
E
T
 
M
G
 
G
A
 
S
Y
|
Y
T
 
T
T
 
S
M
 
V
Y
 
-
S
 
S
S
 
A
V
 
T
G
 
R
F
 
F
N
 
N
G
 
G
F
 
F

5gjpA Crystal structure of srldc in complex with plp and cadaverine (see paper)
35% identity, 94% coverage: 17:368/376 of query aligns to 21:355/381 of 5gjpA

query
sites
5gjpA
P
 
P
C
 
F
L
 
L
V
 
V
L
 
A
D
 
S
L
 
L
D
 
D
V
 
K
V
 
V
R
 
E
D
 
E
N
 
N
Y
 
Y
N
 
Q
A
 
F
F
 
M
S
 
R
K
 
R
A
 
H
L
 
L
P
 
P
D
 
R
T
 
A
R
 
G
V
 
V
F
 
F
Y
 
Y
A
|
A
V
 
M
K
|
K
A
 
A
N
 
N
P
 
P
D
 
T
P
 
P
Q
 
E
V
 
I
L
 
L
E
 
S
L
 
L
L
 
L
A
 
A
G
 
G
L
 
L
G
 
G
S
 
S
C
 
H
F
 
F
D
 
D
T
 
V
A
 
A
S
 
S
V
 
A
V
 
G
E
 
E
I
 
M
Q
 
E
Q
 
I
V
 
L
L
 
H
A
 
E
A
 
L
G
 
G
A
 
V
S
 
D
A
 
G
D
 
S
R
 
Q
I
 
M
S
 
I
F
 
Y
G
 
A
N
 
N
T
 
P
I
 
V
K
 
K
K
 
D
E
 
A
R
 
R
D
 
G
I
 
L
A
 
K
R
 
A
A
 
A
Y
 
A
A
 
D
L
 
Y
G
 
N
V
 
V
R
 
R
L
 
R
F
 
F
A
 
T
V
 
F
D
 
D
C
 
D
E
 
P
A
 
S
E
 
E
V
 
I
E
 
D
K
 
K
I
 
M
A
 
A
R
 
K
V
 
A
A
 
V
P
 
P
G
 
G
S
 
A
R
 
D
V
 
V
F
 
L
C
 
V
R
 
R
I
 
I
L
 
A
C
 
V
N
 
R
G
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
-
E
 
-
W
 
-
P
 
-
L
 
-
S
 
N
R
 
T
K
 
K
F
 
F
G
 
G
C
 
A
A
 
P
P
 
V
E
 
E
L
 
E
A
 
A
A
 
L
R
 
D
V
 
L
L
 
L
E
 
K
H
 
A
A
 
A
H
 
Q
R
 
D
L
 
A
G
 
G
L
 
L
Q
 
H
A
 
A
Y
 
M
G
 
G
L
 
I
S
 
C
F
 
F
H
|
H
V
 
V
G
 
G
S
|
S
Q
 
Q
Q
 
S
R
 
L
N
 
S
P
 
T
L
 
A
M
 
A
W
 
Y
D
 
E
S
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
L
S
 
V
S
 
A
A
 
R
E
 
R
I
 
L
F
 
F
R
 
D
D
 
E
L
 
A
A
 
E
E
 
E
R
 
M
G
 
G
I
 
M
V
 
H
L
 
L
Q
 
T
M
 
D
V
 
L
N
 
D
L
 
I
G
 
G
G
 
G
G
|
G
F
 
F
P
 
P
T
 
-
K
 
-
Y
 
-
L
 
V
R
 
P
D
 
D
V
 
A
P
 
K
A
 
G
V
 
L
K
 
N
A
 
V
Y
 
D
G
 
L
E
 
A
A
 
A
I
 
M
F
 
M
N
 
E
S
 
A
L
 
I
R
 
N
K
 
K
H
 
Q
F
 
I
G
 
D
N
 
R
K
 
L
I
 
F
P
 
P
E
 
D
T
 
T
I
 
A
I
 
V
-
 
W
-
 
T
E
|
E
P
 
P
G
|
G
R
|
R
G
 
Y
M
 
M
V
 
C
G
 
G
N
 
T
A
 
A
G
 
V
I
 
N
I
 
L
E
 
V
A
 
T
E
 
S
V
 
V
V
 
I
L
 
G
I
 
T
S
 
K
K
 
T
K
 
R
A
 
G
D
 
E
D
 
Q
D
 
-
K
 
-
V
 
-
K
 
P
W
 
W
V
 
Y
Y
 
I
L
 
L
D
 
D
I
 
E
G
 
G
K
 
I
F
 
Y
N
 
G
G
 
C
L
 
F
A
 
S
E
 
G
T
 
I
M
 
M
D
x
Y
E
x
D
M
 
H
I
 
W
R
 
T
Y
 
Y
P
 
P
I
 
L
K
 
H
T
 
C
A
 
F
F
 
G
D
 
K
G
 
G
D
 
N
T
 
K
L
 
-
E
 
K
P
 
P
C
 
S
V
 
T
L
 
F
A
 
G
G
 
G
P
 
P
T
 
S
C
 
C
D
 
D
S
 
G
V
 
I
D
 
D
V
 
V
L
 
L
Y
 
Y
E
 
R
K
 
D
D
 
-
P
 
-
Y
 
F
M
 
M
L
 
A
P
 
P
V
 
-
S
 
E
L
 
L
E
 
K
I
 
I
G
 
G
S
 
D
K
 
K
V
 
V
L
 
L
I
 
V
E
 
T
G
 
E
T
 
M
G
 
G
A
 
S
Y
|
Y
T
 
T
T
 
S
M
 
V
Y
 
-
S
 
S
S
 
A
V
 
T
G
 
R
F
 
F
N
 
N
G
 
G
F
 
F

5gjnA Crystal structure of lysine decarboxylase from selenomonas ruminantium in p43212 space group (see paper)
35% identity, 94% coverage: 17:368/376 of query aligns to 21:352/369 of 5gjnA

query
sites
5gjnA
P
 
P
C
 
F
L
 
L
V
 
V
L
 
A
D
 
S
L
 
L
D
 
D
V
 
K
V
 
V
R
 
E
D
 
E
N
 
N
Y
 
Y
N
 
Q
A
 
F
F
 
M
S
 
R
K
 
R
A
 
H
L
 
L
P
 
P
D
 
R
T
 
A
R
 
G
V
 
V
F
 
F
Y
 
Y
A
 
A
V
 
M
K
|
K
A
 
A
N
 
N
P
 
P
D
 
T
P
 
P
Q
 
E
V
 
I
L
 
L
E
 
S
L
 
L
L
 
L
A
 
A
G
 
G
L
 
L
G
 
G
S
 
S
C
 
H
F
 
F
D
 
D
T
 
V
A
 
A
S
 
S
V
 
A
V
 
G
E
 
E
I
 
M
Q
 
E
Q
 
I
V
 
L
L
 
H
A
 
E
A
 
L
G
 
G
A
 
V
S
 
D
A
 
G
D
 
S
R
 
Q
I
 
M
S
 
I
F
 
Y
G
 
A
N
 
N
T
 
P
I
 
V
K
 
K
K
 
D
E
 
A
R
 
R
D
 
G
I
 
L
A
 
K
R
 
A
A
 
A
Y
 
A
A
 
D
L
 
Y
G
 
N
V
 
V
R
 
R
L
 
R
F
 
F
A
 
T
V
 
F
D
 
D
C
 
D
E
 
P
A
 
S
E
 
E
V
 
I
E
 
D
K
 
K
I
 
M
A
 
A
R
 
K
V
 
A
A
 
V
P
 
P
G
 
G
S
 
A
R
 
D
V
 
V
F
 
L
C
 
V
R
 
R
I
 
I
L
 
-
C
 
-
N
 
-
G
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
-
E
 
-
W
 
-
P
 
A
L
 
V
S
 
R
R
 
T
K
 
K
F
 
F
G
 
G
C
 
A
A
 
P
P
 
V
E
 
E
L
 
E
A
 
A
A
 
L
R
 
D
V
 
L
L
 
L
E
 
K
H
 
A
A
 
A
H
 
Q
R
 
D
L
 
A
G
 
G
L
 
L
Q
 
H
A
 
A
Y
 
M
G
 
G
L
 
I
S
 
C
F
 
F
H
|
H
V
 
V
G
 
G
S
 
S
Q
 
Q
Q
 
S
R
 
L
N
 
S
P
 
T
L
 
A
M
 
A
W
 
Y
D
 
E
S
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
L
S
 
V
S
 
A
A
 
R
E
 
R
I
 
L
F
 
F
R
 
D
D
 
E
L
 
A
A
 
E
E
 
E
R
 
M
G
 
G
I
 
M
V
 
H
L
 
L
Q
 
T
M
 
D
V
 
L
N
 
D
L
 
I
G
 
G
G
 
G
G
|
G
F
 
F
P
 
P
T
 
-
K
 
-
Y
 
-
L
 
-
R
 
-
D
 
-
V
 
V
P
 
P
-
 
D
A
 
A
V
 
L
K
 
N
A
 
V
Y
 
D
G
 
L
E
 
A
A
 
A
I
 
M
F
 
M
N
 
E
S
 
A
L
 
I
R
 
N
K
 
K
H
 
Q
F
 
I
G
 
D
N
 
R
K
 
L
I
x
F
P
|
P
E
x
D
T
|
T
I
 
A
I
 
V
-
 
W
-
 
T
E
|
E
P
 
P
G
 
G
R
 
R
G
x
Y
M
 
M
V
 
C
G
 
G
N
 
T
A
 
A
G
 
V
I
 
N
I
 
L
E
 
V
A
 
T
E
 
S
V
 
V
V
 
I
L
 
G
I
 
T
S
 
K
K
 
T
K
 
R
A
 
G
D
 
E
D
 
Q
D
 
-
K
 
-
V
 
-
K
 
P
W
 
W
V
 
Y
Y
 
I
L
 
L
D
 
D
I
 
E
G
 
G
K
 
I
F
 
Y
N
 
G
G
 
C
L
 
F
A
 
S
E
 
G
T
 
I
M
 
M
D
 
Y
E
 
D
M
 
H
I
 
W
R
 
T
Y
 
Y
P
 
P
I
 
L
K
 
H
T
 
C
A
 
F
F
 
G
D
 
K
G
 
G
D
 
N
T
 
K
L
 
-
E
 
K
P
 
P
C
 
S
V
 
T
L
 
F
A
 
G
G
 
G
P
 
P
T
 
S
C
 
C
D
 
D
S
 
G
V
 
I
D
 
D
V
 
V
L
 
L
Y
 
Y
E
 
R
K
 
D
D
 
-
P
 
-
Y
 
F
M
 
M
L
 
A
P
 
P
V
 
-
S
 
E
L
 
L
E
 
K
I
 
I
G
 
G
S
 
D
K
 
K
V
 
V
L
 
L
I
 
V
E
 
T
G
 
E
T
 
M
G
 
G
A
 
S
Y
 
Y
T
 
T
T
 
S
M
 
V
Y
 
-
S
 
S
S
 
A
V
 
T
G
 
R
F
 
F
N
 
N
G
 
G
F
 
F

2pljA Crystal structure of lysine/ornithine decarboxylase complexed with putrescine from vibrio vulnificus (see paper)
35% identity, 94% coverage: 16:368/376 of query aligns to 29:364/376 of 2pljA

query
sites
2pljA
G
 
A
P
 
P
C
 
L
L
 
L
V
 
L
L
 
L
D
 
D
L
 
C
D
 
D
V
 
V
V
 
I
R
 
R
D
 
Q
N
 
Q
Y
 
Y
N
 
R
A
 
A
F
 
L
S
 
K
K
 
N
A
 
A
L
 
L
P
 
P
D
 
N
T
 
V
R
 
T
V
 
L
F
 
H
Y
 
Y
A
 
A
V
 
L
K
|
K
A
 
P
N
 
L
P
 
P
D
 
H
P
 
P
Q
 
V
V
 
V
L
 
V
E
 
R
L
 
T
L
 
L
A
 
L
G
 
A
L
 
E
G
 
G
S
 
A
C
 
S
F
 
F
D
 
D
T
 
L
A
 
A
S
 
T
V
 
T
V
 
G
E
 
E
I
 
V
Q
 
E
Q
 
L
V
 
V
L
 
A
A
 
S
A
 
E
G
 
G
A
 
V
S
 
P
A
 
A
D
 
D
R
 
L
I
 
T
S
 
I
F
 
H
G
 
T
N
 
H
T
 
P
I
 
I
K
 
K
K
 
R
E
 
D
R
 
A
D
 
D
I
 
I
A
 
R
R
 
D
A
 
A
Y
 
L
A
 
A
L
 
Y
G
 
G
V
 
C
R
 
N
L
 
V
F
 
F
A
 
V
V
 
V
D
 
D
C
 
N
E
 
L
A
 
N
E
 
E
V
 
L
E
 
E
K
 
K
I
 
F
A
 
K
R
 
A
V
 
Y
A
 
R
P
 
D
G
 
D
S
 
V
R
 
E
V
 
L
F
 
L
C
 
V
R
 
R
I
 
L
L
 
-
C
 
-
N
 
-
G
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
-
E
 
-
W
 
-
P
 
S
L
 
F
S
 
S
R
 
K
K
 
K
F
 
F
G
 
G
C
 
C
A
 
S
P
 
P
E
 
E
L
 
Q
A
 
A
A
 
L
R
 
V
V
 
I
L
 
I
E
 
E
H
 
T
A
 
A
H
 
K
R
 
E
L
 
W
G
 
N
L
 
I
Q
 
R
A
 
I
Y
 
K
G
 
G
L
 
L
S
 
S
F
 
F
H
|
H
V
 
V
G
 
G
S
|
S
Q
 
Q
Q
 
T
R
 
T
N
 
N
P
 
P
L
 
N
M
 
K
W
 
Y
D
 
V
S
 
E
A
 
A
L
 
I
R
 
H
S
 
T
S
 
C
A
 
R
E
 
H
I
 
V
F
 
M
R
 
E
D
 
Q
L
 
V
A
 
V
E
 
E
R
 
R
G
 
G
I
 
L
-
 
P
V
 
A
L
 
L
Q
 
S
M
 
T
V
 
L
N
 
D
L
 
I
G
 
G
G
 
G
G
|
G
F
 
F
P
 
P
T
 
V
K
 
N
Y
 
Y
L
 
T
R
 
Q
D
 
Q
V
 
V
P
 
M
A
 
P
V
 
I
K
 
D
A
 
Q
Y
 
F
G
 
C
E
 
A
A
 
P
I
 
I
F
 
N
N
 
E
S
 
A
L
 
L
R
 
-
K
 
-
H
 
-
F
 
-
G
 
-
N
 
S
K
 
L
I
 
L
P
 
P
E
 
E
T
 
T
I
 
V
-
 
H
-
 
V
-
 
L
I
 
A
E
|
E
P
 
P
G
|
G
R
|
R
G
 
F
M
 
I
V
 
C
G
 
A
N
 
P
A
 
A
G
 
V
I
 
T
I
 
S
E
 
V
A
 
A
E
 
S
V
 
V
V
 
M
L
 
-
I
 
-
S
 
-
K
 
G
K
 
Q
A
 
A
D
 
E
D
 
R
D
 
E
K
 
G
V
 
Q
K
 
I
W
 
W
V
 
Y
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D
I
 
D
G
 
G
K
 
I
F
 
Y
N
 
G
G
 
S
L
 
F
A
 
S
E
 
G
T
 
L
M
 
M
D
 
F
E
x
D
M
 
D
I
 
A
R
 
R
Y
 
Y
P
 
P
I
 
L
K
 
T
T
 
T
A
 
I
F
 
K
D
 
Q
G
 
G
D
 
G
T
 
E
L
 
L
E
 
I
P
 
P
C
 
S
V
 
V
L
 
L
A
 
S
G
 
G
P
 
P
T
 
T
C
 
C
D
 
D
S
 
S
V
 
V
D
 
D
V
 
V
L
 
I
Y
 
A
E
 
E
K
 
N
D
 
-
P
 
-
Y
 
I
M
 
L
L
 
L
P
 
P
V
 
-
S
 
K
L
 
L
E
 
N
I
 
N
G
 
G
S
 
D
K
 
L
V
 
V
L
 
I
I
 
G
E
 
R
G
 
T
T
 
M
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
T
 
T
T
 
S
M
 
A
Y
 
-
S
 
T
S
 
A
V
 
T
G
 
D
F
 
F
N
 
N
G
 
F
F
 
F

2plkA Crystal structure of lysine/ornithine decarboxylase complexed with cadaverine from vibrio vulnificus (see paper)
35% identity, 94% coverage: 16:368/376 of query aligns to 25:359/370 of 2plkA

query
sites
2plkA
G
 
A
P
 
P
C
 
L
L
 
L
V
 
L
L
 
L
D
 
D
L
 
C
D
 
D
V
 
V
V
 
I
R
 
R
D
 
Q
N
 
Q
Y
 
Y
N
 
R
A
 
A
F
 
L
S
 
K
K
 
N
A
 
A
L
 
L
P
 
P
D
 
N
T
 
V
R
 
T
V
 
L
F
 
H
Y
 
Y
A
 
A
V
 
L
K
|
K
A
 
P
N
 
L
P
 
P
D
 
H
P
 
P
Q
 
V
V
 
V
L
 
V
E
 
R
L
 
T
L
 
L
A
 
L
G
 
A
L
 
E
G
 
G
S
 
A
C
 
S
F
 
F
D
 
D
T
 
L
A
 
A
S
 
T
V
 
T
V
 
G
E
 
E
I
 
V
Q
 
E
Q
 
L
V
 
V
L
 
A
A
 
S
A
 
E
G
 
G
A
 
V
S
 
P
A
 
A
D
 
D
R
 
L
I
 
T
S
 
I
F
 
H
G
 
T
N
 
H
T
 
P
I
 
I
K
 
K
K
 
R
E
 
D
R
 
A
D
 
D
I
 
I
A
 
R
R
 
D
A
 
A
Y
 
L
A
 
A
L
 
Y
G
 
G
V
 
C
R
 
N
L
 
V
F
 
F
A
 
V
V
 
V
D
 
D
C
 
N
E
 
L
A
 
N
E
 
E
V
 
L
E
 
E
K
 
K
I
 
F
A
 
K
R
 
A
V
 
Y
A
 
R
P
 
D
G
 
D
S
 
V
R
 
E
V
 
L
F
 
L
C
 
V
R
 
R
I
 
L
L
 
S
C
 
F
N
 
-
G
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
-
E
 
-
W
 
-
P
 
-
L
 
-
S
 
-
R
 
K
K
 
K
F
 
F
G
 
G
C
 
C
A
 
S
P
 
P
E
 
E
L
 
Q
A
 
A
A
 
L
R
 
V
V
 
I
L
 
I
E
 
E
H
 
T
A
 
A
H
 
K
R
 
E
L
 
W
G
 
N
L
 
I
Q
 
R
A
 
I
Y
 
K
G
 
G
L
 
L
S
 
S
F
 
F
H
|
H
V
 
V
G
 
G
S
|
S
Q
 
Q
Q
 
T
R
 
T
N
 
N
P
 
P
L
 
N
M
 
K
W
 
Y
D
 
V
S
 
E
A
 
A
L
 
I
R
 
H
S
 
T
S
 
C
A
 
R
E
 
H
I
 
V
F
 
M
R
 
E
D
 
Q
L
 
V
A
 
V
E
 
E
R
 
R
G
 
G
I
 
L
-
 
P
V
 
A
L
 
L
Q
 
S
M
 
T
V
 
L
N
 
D
L
 
I
G
 
G
G
 
G
G
|
G
F
 
F
P
 
P
T
 
V
K
 
N
Y
 
Y
L
 
T
R
 
Q
D
 
Q
V
 
V
P
 
M
A
 
P
V
 
I
K
 
D
A
 
Q
Y
 
F
G
 
C
E
 
A
A
 
P
I
 
I
F
 
N
N
 
E
S
 
A
L
 
L
R
 
-
K
 
-
H
 
-
F
 
-
G
 
-
N
 
S
K
 
L
I
 
L
P
 
P
E
 
E
T
 
T
I
 
V
-
 
H
-
 
V
-
 
L
I
 
A
E
|
E
P
 
P
G
|
G
R
|
R
G
 
F
M
 
I
V
 
C
G
 
A
N
 
P
A
 
A
G
 
V
I
 
T
I
 
S
E
 
V
A
 
A
E
 
S
V
 
V
V
 
M
L
 
-
I
 
-
S
 
-
K
 
G
K
 
Q
A
 
A
D
 
E
D
 
R
D
 
E
K
 
G
V
 
Q
K
 
I
W
 
W
V
 
Y
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D
I
 
D
G
 
G
K
 
I
F
 
Y
N
 
G
G
 
S
L
 
F
A
 
S
E
 
G
T
 
L
M
 
M
D
 
F
E
x
D
M
 
D
I
 
A
R
 
R
Y
 
Y
P
 
P
I
 
L
K
 
T
T
 
T
A
 
I
F
 
K
D
 
Q
G
 
G
D
 
G
T
 
E
L
 
L
E
 
I
P
 
P
C
 
S
V
 
V
L
 
L
A
 
S
G
 
G
P
 
P
T
 
T
C
 
C
D
 
D
S
 
S
V
 
V
D
 
D
V
 
V
L
 
I
Y
 
A
E
 
E
K
 
N
D
 
-
P
 
-
Y
 
I
M
 
L
L
 
L
P
 
P
V
 
-
S
 
K
L
 
L
E
 
N
I
 
N
G
 
G
S
 
D
K
 
L
V
 
V
L
 
I
I
 
G
E
 
R
G
 
T
T
 
M
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
T
 
T
T
 
S
M
 
A
Y
 
-
S
 
T
S
 
A
V
 
T
G
 
D
F
 
F
N
 
N
G
 
F
F
 
F

P07805 Ornithine decarboxylase; ODC; EC 4.1.1.17 from Trypanosoma brucei brucei (see 3 papers)
34% identity, 97% coverage: 14:376/376 of query aligns to 34:407/423 of P07805

query
sites
P07805
E
 
E
D
 
G
G
 
D
P
 
P
C
 
F
L
 
F
V
 
V
L
 
A
D
 
D
L
 
L
-
 
G
D
 
D
V
 
I
V
 
V
R
 
R
D
 
-
N
 
K
Y
 
H
N
 
E
A
 
T
F
 
W
S
 
K
K
 
K
A
 
C
L
 
L
P
 
P
D
 
R
T
 
V
R
 
T
V
 
P
F
 
F
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
K
|
K
A
 
C
N
 
N
P
 
D
D
 
D
P
 
W
Q
 
R
V
 
V
L
 
L
E
 
G
L
 
T
L
 
L
A
 
A
G
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
T
C
 
G
F
 
F
D
 
D
T
 
C
A
 
A
S
 
S
V
 
N
V
 
T
E
 
E
I
 
I
Q
 
Q
Q
 
R
V
 
V
L
 
R
A
 
G
A
 
I
G
 
G
A
 
V
S
 
P
A
 
P
D
 
E
R
 
K
I
 
I
S
 
I
F
 
Y
G
 
A
N
 
N
T
 
P
I
 
C
K
 
K
K
 
Q
E
 
I
R
 
S
D
 
H
I
 
I
A
 
R
R
 
Y
A
 
A
Y
 
R
A
 
D
L
 
S
G
 
G
V
 
V
R
 
D
L
 
V
F
 
M
A
 
T
V
 
F
D
 
D
C
 
C
E
 
V
A
 
D
E
 
E
V
 
L
E
 
E
K
 
K
I
 
V
A
 
A
R
 
K
V
 
T
A
 
H
P
 
P
G
 
K
S
 
A
R
 
K
V
 
M
F
 
V
C
 
L
R
 
R
I
 
I
L
 
S
C
 
T
N
 
D
G
 
D
E
 
S
G
 
L
A
 
A
E
 
R
W
 
C
P
 
R
L
 
L
S
 
S
R
 
V
K
 
K
F
 
F
G
 
G
C
 
A
A
 
K
P
 
V
E
 
E
L
 
D
A
 
C
A
 
R
R
 
F
V
 
I
L
 
L
E
 
E
H
 
Q
A
 
A
H
 
K
R
 
K
L
 
L
G
 
N
L
 
I
Q
 
D
A
 
V
Y
 
T
G
 
G
L
 
V
S
 
S
F
 
F
H
 
H
V
 
V
G
 
G
S
|
S
Q
 
G
Q
 
S
R
 
T
N
 
D
P
 
A
L
 
S
M
 
T
W
 
F
D
 
A
S
 
Q
A
 
A
L
 
I
R
 
S
S
 
D
S
 
S
A
 
R
E
 
F
I
 
V
F
 
F
R
 
D
D
 
M
L
 
G
A
 
T
E
 
E
R
 
L
G
 
G
I
 
F
V
 
N
L
 
M
Q
 
H
M
 
I
V
 
L
N
 
D
L
 
I
G
 
G
G
 
G
G
|
G
F
 
F
P
 
P
T
 
G
K
 
T
Y
 
-
L
 
-
R
 
R
D
 
D
V
 
A
P
 
P
-
 
L
A
 
K
V
 
F
K
 
E
A
 
E
Y
 
I
G
 
A
E
 
G
A
 
V
I
 
I
F
 
N
N
 
N
S
 
A
L
 
L
R
 
E
K
 
K
H
 
H
F
 
F
G
 
P
N
 
P
K
 
D
I
 
L
P
 
K
E
 
L
T
 
T
I
 
I
I
 
V
-
 
A
E
|
E
P
|
P
G
|
G
R
|
R
G
 
Y
M
 
Y
V
 
V
G
 
A
N
 
S
A
 
A
G
 
F
I
 
T
I
 
L
E
 
A
A
 
V
E
 
N
V
 
V
V
 
I
L
 
A
-
 
K
-
 
K
-
 
V
-
 
T
-
 
P
-
 
G
-
 
V
-
 
Q
-
 
T
-
 
D
I
 
V
S
 
G
K
 
A
K
 
H
A
 
A
D
 
E
D
 
S
D
 
N
K
 
A
V
 
Q
K
 
S
W
 
F
V
 
M
Y
 
Y
L
 
Y
-
 
V
-
 
N
-
 
D
-
 
G
D
 
V
I
 
Y
G
 
G
K
 
S
F
 
F
N
 
N
G
 
C
L
 
I
A
 
L
E
x
Y
T
x
D
M
 
H
D
 
A
E
 
V
M
 
V
I
 
R
R
 
P
Y
 
L
P
 
P
I
 
Q
K
 
R
T
 
E
A
 
P
F
 
I
D
 
P
G
 
N
D
 
E
T
 
K
L
 
L
E
 
Y
P
 
P
C
 
S
V
 
S
L
 
V
A
 
W
G
 
G
P
 
P
T
 
T
C
|
C
D
|
D
S
 
G
V
 
L
D
 
D
V
 
Q
L
 
I
Y
 
V
E
 
E
K
 
R
D
 
-
P
 
-
Y
 
Y
M
 
Y
L
 
L
P
 
P
V
 
-
S
 
E
L
 
M
E
 
Q
I
 
V
G
 
G
S
 
E
K
 
W
V
 
L
L
 
L
I
 
F
E
 
E
G
 
D
T
 
M
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
T
 
T
T
 
V
M
 
V
Y
 
G
S
 
T
S
 
S
V
 
-
G
 
S
F
 
F
N
 
N
G
 
G
F
 
F
-
 
Q
P
 
S
P
 
P
L
 
T
K
 
I
S
 
Y
Y
 
Y
V
 
V
I
 
V

1f3tB Crystal structure of trypanosoma brucei ornithine decarboxylase (odc) complexed with putrescine, odc's reaction product. (see paper)
35% identity, 96% coverage: 17:376/376 of query aligns to 20:368/381 of 1f3tB

query
sites
1f3tB
P
 
P
C
 
F
L
 
F
V
 
V
L
 
A
D
 
D
L
 
L
-
 
G
D
 
D
V
 
I
V
 
V
R
 
R
D
 
-
N
 
K
Y
 
H
N
 
E
A
 
T
F
 
W
S
 
K
K
 
K
A
 
C
L
 
L
P
 
P
D
 
R
T
 
V
R
 
T
V
 
P
F
 
F
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
K
|
K
A
 
C
N
 
N
P
 
D
D
 
D
P
 
W
Q
 
R
V
 
V
L
 
L
E
 
G
L
 
T
L
 
L
A
 
A
G
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
T
C
 
G
F
 
F
D
 
D
T
 
C
A
 
A
S
 
S
V
 
N
V
 
T
E
 
E
I
 
I
Q
 
Q
Q
 
R
V
 
V
L
 
R
A
 
G
A
 
I
G
 
G
A
 
V
S
 
P
A
 
P
D
 
E
R
 
K
I
 
I
S
 
I
F
 
Y
G
 
A
N
 
N
T
 
P
I
 
C
K
 
K
K
 
Q
E
 
I
R
 
S
D
 
H
I
 
I
A
 
R
R
 
Y
A
 
A
Y
 
R
A
 
D
L
 
S
G
 
G
V
 
V
R
 
D
L
 
V
F
 
M
A
 
T
V
 
F
D
 
D
C
 
C
E
 
V
A
 
D
E
 
E
V
 
L
E
 
E
K
 
K
I
 
V
A
 
A
R
 
K
V
 
T
A
 
H
P
 
P
G
 
K
S
 
A
R
 
K
V
 
M
F
 
V
C
 
L
R
|
R
I
 
I
L
 
S
C
 
T
N
 
D
G
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
-
E
 
-
W
 
-
P
 
-
L
 
L
S
 
S
R
 
V
K
 
K
F
 
F
G
 
G
C
 
A
A
 
K
P
 
V
E
 
E
L
 
D
A
 
C
A
 
R
R
 
F
V
 
I
L
 
L
E
 
E
H
 
Q
A
 
A
H
 
K
R
 
K
L
 
L
G
 
N
L
 
I
Q
 
D
A
 
V
Y
 
T
G
 
G
L
 
V
S
 
S
F
 
F
H
|
H
V
 
V
G
 
G
S
 
S
Q
 
G
Q
 
S
R
 
T
N
 
D
P
 
A
L
 
S
M
 
T
W
 
F
D
 
A
S
 
Q
A
 
A
L
 
I
R
 
S
S
 
D
S
 
S
A
 
R
E
 
F
I
 
V
F
 
F
R
 
D
D
 
M
L
 
G
A
 
T
E
 
E
R
 
L
G
 
G
I
 
F
V
 
N
L
 
M
Q
 
H
M
 
I
V
 
L
N
 
D
L
 
I
G
 
G
G
|
G
G
|
G
F
 
F
P
 
P
T
 
G
K
 
T
Y
 
-
L
 
-
R
 
R
D
 
D
V
 
A
P
 
P
-
 
L
A
 
K
V
 
F
K
 
E
A
 
E
Y
 
I
G
 
A
E
 
G
A
 
V
I
 
I
F
 
N
N
 
N
S
 
A
L
 
L
R
 
E
K
 
K
H
 
H
F
 
F
G
 
P
N
 
P
K
 
D
I
 
L
P
 
K
E
 
L
T
 
T
I
 
I
I
 
V
-
 
A
E
|
E
P
 
P
G
|
G
R
|
R
G
 
Y
M
 
Y
V
 
V
G
 
A
N
 
S
A
 
A
G
 
F
I
 
T
I
 
L
E
 
A
A
 
V
E
 
N
V
 
V
V
 
-
L
 
-
I
 
I
S
 
A
K
 
K
K
 
K
A
 
V
D
 
T
D
 
Q
D
 
S
K
 
F
V
 
M
K
 
Y
W
 
Y
V
 
V
Y
 
N
L
 
D
D
 
G
I
 
V
-
 
Y
G
 
G
K
 
S
F
 
F
N
 
N
G
 
C
L
 
I
A
 
L
E
 
Y
T
x
D
M
 
H
D
 
A
E
 
V
M
 
V
I
 
R
R
 
P
Y
 
L
P
 
P
I
 
Q
K
 
R
T
 
E
A
 
P
F
 
I
D
 
P
G
 
N
D
 
E
T
 
K
L
 
L
E
 
Y
P
 
P
C
 
S
V
 
S
L
 
V
A
 
W
G
 
G
P
 
P
T
 
T
C
 
C
D
 
D
S
 
G
V
 
L
D
 
D
V
 
Q
L
 
I
Y
 
V
E
 
E
K
 
R
D
 
-
P
 
-
Y
 
Y
M
 
Y
L
 
L
P
 
P
V
 
-
S
 
E
L
 
M
E
 
Q
I
 
V
G
 
G
S
 
E
K
 
W
V
 
L
L
 
L
I
 
F
E
 
E
G
 
D
T
 
M
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
T
 
T
T
 
V
M
 
V
Y
 
G
S
 
T
S
 
S
V
 
-
G
 
S
F
 
F
N
 
N
G
 
G
F
 
F
-
 
Q
P
 
S
P
 
P
L
 
T
K
 
I
S
 
Y
Y
 
Y
V
 
V
I
 
V

2todA Ornithine decarboxylase from trypanosoma brucei k69a mutant in complex with alpha-difluoromethylornithine (see paper)
35% identity, 96% coverage: 17:376/376 of query aligns to 3:352/353 of 2todA

query
sites
2todA
P
 
P
C
 
F
L
 
F
V
 
V
L
 
A
D
 
D
L
 
L
-
 
G
D
 
D
V
 
I
V
 
V
R
 
R
D
 
-
N
 
K
Y
 
H
N
 
E
A
 
T
F
 
W
S
 
K
K
 
K
A
 
C
L
 
L
P
 
P
D
 
R
T
 
V
R
 
T
V
 
P
F
 
F
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
K
x
A
A
 
C
N
 
N
P
 
D
D
 
D
P
 
W
Q
 
R
V
 
V
L
 
L
E
 
G
L
 
T
L
 
L
A
 
A
G
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
T
C
 
G
F
 
F
D
 
D
T
 
C
A
 
A
S
 
S
V
 
N
V
 
T
E
 
E
I
 
I
Q
 
Q
Q
 
R
V
 
V
L
 
R
A
 
G
A
 
I
G
 
G
A
 
V
S
 
P
A
 
P
D
 
E
R
 
K
I
 
I
S
 
I
F
 
Y
G
 
A
N
 
N
T
 
P
I
 
C
K
 
K
K
 
Q
E
 
I
R
 
S
D
 
H
I
 
I
A
 
R
R
 
Y
A
 
A
Y
 
R
A
 
D
L
 
S
G
 
G
V
 
V
R
 
D
L
 
V
F
 
M
A
 
T
V
 
F
D
 
D
C
 
C
E
 
V
A
 
D
E
 
E
V
 
L
E
 
E
K
 
K
I
 
V
A
 
A
R
 
K
V
 
T
A
 
H
P
 
P
G
 
K
S
 
A
R
 
K
V
 
M
F
 
V
C
 
L
R
 
R
I
 
I
L
 
S
C
 
T
N
 
-
G
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
-
E
 
-
W
 
-
P
 
-
L
 
L
S
 
S
R
 
V
K
 
K
F
 
F
G
 
G
C
 
A
A
 
K
P
 
V
E
 
E
L
 
D
A
 
C
A
 
R
R
 
F
V
 
I
L
 
L
E
 
E
H
 
Q
A
 
A
H
 
K
R
 
K
L
 
L
G
 
N
L
 
I
Q
 
D
A
 
V
Y
 
T
G
 
G
L
 
V
S
 
S
F
 
F
H
|
H
V
 
V
G
 
G
S
|
S
Q
 
G
Q
 
S
R
 
T
N
 
D
P
 
A
L
 
S
M
 
T
W
 
F
D
 
A
S
 
Q
A
 
A
L
 
I
R
 
S
S
 
D
S
 
S
A
 
R
E
 
F
I
 
V
F
 
F
R
 
D
D
 
M
L
 
G
A
 
T
E
 
E
R
 
L
G
 
G
I
 
F
V
 
N
L
 
M
Q
 
H
M
 
I
V
 
L
N
 
D
L
 
I
G
 
G
G
|
G
G
|
G
F
 
F
P
 
P
T
 
G
K
 
T
Y
 
-
L
 
-
R
 
R
D
 
D
V
 
A
P
 
P
-
 
L
A
 
K
V
 
F
K
 
E
A
 
E
Y
 
I
G
 
A
E
 
G
A
 
V
I
 
I
F
 
N
N
 
N
S
 
A
L
 
L
R
 
E
K
 
K
H
 
H
F
 
F
G
 
P
N
 
P
K
 
D
I
 
L
P
 
K
E
 
L
T
 
T
I
 
I
I
 
V
-
 
A
E
|
E
P
 
P
G
|
G
R
|
R
G
 
Y
M
 
Y
V
 
V
G
 
A
N
 
S
A
 
A
G
 
F
I
 
T
I
 
L
E
 
A
A
 
V
E
 
N
V
 
V
V
 
-
L
 
-
I
 
I
S
 
A
K
 
K
K
 
K
A
 
V
D
 
T
D
 
P
D
 
A
K
 
Q
V
 
S
K
 
F
W
 
M
V
 
Y
Y
 
Y
L
 
V
D
 
N
-
 
D
-
 
G
-
 
V
I
 
Y
G
 
G
K
 
S
F
 
F
N
 
N
G
 
C
L
 
I
A
 
L
E
 
Y
T
x
D
M
 
H
D
 
A
E
 
V
M
 
V
I
 
R
R
 
P
Y
 
L
P
 
P
I
 
Q
K
 
R
T
 
E
A
 
P
F
 
I
D
 
P
G
 
N
D
 
E
T
 
K
L
 
L
E
 
Y
P
 
P
C
 
S
V
 
S
L
 
V
A
 
W
G
 
G
P
 
P
T
 
T
C
|
C
D
|
D
S
 
G
V
 
L
D
 
D
V
 
Q
L
 
I
Y
 
V
E
 
E
K
 
R
D
 
-
P
 
-
Y
 
Y
M
 
Y
L
 
L
P
 
P
V
 
-
S
 
E
L
 
M
E
 
Q
I
 
V
G
 
G
S
 
E
K
 
W
V
 
L
L
 
L
I
 
F
E
 
E
G
 
D
T
 
M
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
T
 
T
T
 
V
M
 
V
Y
 
G
S
 
T
S
 
S
V
 
-
G
 
S
F
|
F
N
 
N
G
 
G
F
 
F
-
 
Q
P
 
S
P
 
P
L
 
T
K
 
I
S
 
Y
Y
 
Y
V
 
V
I
 
V

Q9FPK5 Ornithine decarboxylase, chloroplastic; Lysine decarboxylase; EC 4.1.1.17; EC 4.1.1.18 from Nicotiana glutinosa (Tobacco) (see paper)
33% identity, 97% coverage: 3:368/376 of query aligns to 45:417/432 of Q9FPK5

query
sites
Q9FPK5
D
 
D
R
 
A
I
 
L
Q
 
Q
E
 
D
F
 
F
L
 
M
R
 
L
S
 
S
-
 
I
-
 
I
-
 
T
-
 
Q
-
 
K
-
 
L
R
 
Q
T
 
D
E
 
E
D
 
K
G
 
Q
P
 
P
C
 
F
L
 
Y
V
 
V
L
 
L
D
 
D
L
 
L
D
 
G
V
 
E
V
 
V
R
 
V
D
 
S
N
 
L
Y
 
M
N
 
D
A
 
Q
F
 
W
S
 
K
K
 
S
A
 
S
L
 
L
P
 
P
D
 
N
T
 
I
R
 
R
V
 
P
F
 
F
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
K
|
K
A
x
C
N
 
N
P
 
P
D
 
E
P
 
P
Q
 
S
V
 
F
L
 
L
E
 
S
L
 
I
L
 
L
A
 
S
G
 
A
L
 
M
G
 
G
S
 
S
C
 
N
F
 
F
D
 
D
T
 
C
A
 
A
S
 
S
V
 
R
V
 
A
E
 
E
I
 
I
Q
 
E
Q
 
Y
V
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
L
G
 
G
A
 
I
S
 
S
A
 
P
D
 
D
R
 
R
I
 
I
S
 
V
F
 
F
G
 
A
N
 
N
T
 
P
I
 
C
K
 
K
K
 
P
E
 
E
R
 
S
D
 
D
I
 
I
A
 
I
R
 
F
A
 
A
Y
 
A
A
 
K
L
 
V
G
 
G
V
 
V
R
 
N
L
 
L
F
 
T
A
 
T
V
 
Y
D
 
D
C
 
S
E
 
E
A
 
D
E
 
E
V
 
V
E
 
Y
K
 
K
I
 
I
A
 
R
R
 
K
V
 
H
A
 
H
P
 
P
G
 
K
S
 
S
R
 
E
V
 
L
F
 
L
C
 
P
R
 
R
I
 
I
L
 
K
C
 
P
N
 
M
G
 
F
E
 
D
G
 
G
-
 
N
A
 
A
E
 
R
W
 
C
P
 
P
L
 
M
S
 
G
R
 
P
K
 
K
F
 
Y
G
 
G
C
 
A
A
 
L
P
 
P
E
 
E
L
 
E
A
 
V
A
 
E
R
 
P
V
 
L
L
 
L
E
 
R
H
 
A
A
 
A
H
 
Q
R
 
A
L
 
A
G
 
R
L
 
L
Q
 
T
A
 
V
Y
 
S
G
 
G
L
 
V
S
 
S
F
 
F
H
 
H
V
 
I
G
 
G
S
 
S
Q
 
G
Q
 
D
R
 
A
N
 
D
P
 
S
L
 
N
M
 
A
W
 
Y
D
 
L
S
 
G
A
 
A
L
 
I
R
 
A
S
 
A
S
 
A
A
 
K
E
 
E
I
 
V
F
 
F
R
 
E
D
 
T
L
 
A
A
 
A
E
 
K
R
 
L
G
 
G
I
 
M
V
 
S
-
 
K
L
 
M
Q
 
T
M
 
V
V
 
L
N
 
D
L
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
F
 
F
P
 
T
T
 
S
K
 
G
Y
 
H
L
 
Q
R
 
F
D
 
T
V
 
T
P
 
A
A
 
A
V
 
V
K
 
-
A
 
-
Y
 
-
G
 
-
E
 
-
A
 
A
I
 
V
F
 
K
N
 
S
S
 
A
L
 
L
R
 
K
K
 
Q
H
 
H
F
 
F
G
 
D
N
 
D
K
 
E
I
 
P
P
 
E
E
 
L
T
 
T
I
 
I
I
 
I
-
 
A
E
 
E
P
 
P
G
 
G
R
 
R
G
 
F
M
 
F
V
 
A
G
 
E
N
 
T
A
 
A
G
 
F
I
 
T
I
 
L
E
 
-
A
 
A
E
 
T
V
 
T
V
 
V
L
 
I
I
 
G
S
 
K
K
 
R
K
 
V
A
 
R
D
 
G
D
 
E
D
 
L
K
 
R
V
 
E
K
 
Y
W
 
W
V
 
I
Y
 
N
L
 
D
D
 
G
I
 
L
-
 
Y
G
 
G
K
 
S
F
 
M
N
 
N
G
x
C
L
 
V
A
 
L
E
 
Y
T
 
D
M
 
H
D
 
A
E
 
T
M
 
V
I
 
N
R
 
A
Y
 
T
P
 
P
I
 
L
K
 
A
T
 
V
A
 
L
F
 
S
D
 
N
-
 
R
-
 
T
-
 
N
-
 
V
-
 
T
-
 
C
-
 
G
G
 
G
D
 
S
T
 
K
L
 
T
E
 
F
P
 
P
C
 
T
V
 
T
L
 
V
A
 
F
G
 
G
P
 
P
T
 
T
C
|
C
D
 
D
S
 
A
V
 
L
D
 
D
V
 
T
L
 
V
Y
 
L
E
 
R
K
 
D
D
 
-
P
 
-
Y
 
Y
M
 
Q
L
 
L
P
 
P
V
 
-
S
 
E
L
 
L
E
 
Q
I
 
V
G
 
N
S
 
D
K
 
W
V
 
L
L
 
V
I
 
F
E
 
P
G
 
N
T
 
M
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
T
 
T
T
 
K
M
 
A
Y
 
A
S
 
G
S
 
S
V
 
-
G
 
N
F
 
F
N
 
N
G
 
G
F
 
F

1szrC A dimer interface mutant of ornithine decarboxylase reveals structure of gem diamine intermediate (see paper)
34% identity, 94% coverage: 17:368/376 of query aligns to 3:339/347 of 1szrC

query
sites
1szrC
P
 
P
C
 
F
L
 
F
V
 
V
L
 
A
D
 
D
L
 
L
-
 
G
D
 
D
V
 
I
V
 
V
R
 
R
D
 
-
N
 
K
Y
 
H
N
 
E
A
 
T
F
 
W
S
 
K
K
 
K
A
 
C
L
 
L
P
 
P
D
 
R
T
 
V
R
 
T
V
 
P
F
 
F
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
K
|
K
A
 
C
N
 
N
P
 
D
D
 
D
P
 
W
Q
 
R
V
 
V
L
 
L
E
 
G
L
 
T
L
 
L
A
 
A
G
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
T
C
 
G
F
 
F
D
 
D
T
 
C
A
 
A
S
 
S
V
 
N
V
 
T
E
 
E
I
 
I
Q
 
Q
Q
 
R
V
 
V
L
 
R
A
 
G
A
 
I
G
 
G
A
 
V
S
 
P
A
 
P
D
 
E
R
 
K
I
 
I
S
 
I
F
 
Y
G
 
A
N
 
N
T
 
P
I
 
C
K
 
K
K
 
Q
E
 
I
R
 
S
D
 
H
I
 
I
A
 
R
R
 
Y
A
 
A
Y
 
R
A
 
D
L
 
S
G
 
G
V
 
V
R
 
D
L
 
V
F
 
M
A
 
T
V
 
F
D
 
D
C
 
C
E
 
V
A
 
D
E
 
E
V
 
L
E
 
E
K
 
K
I
 
V
A
 
A
R
 
K
V
 
T
A
 
H
P
 
P
G
 
K
S
 
A
R
 
K
V
 
M
F
 
V
C
 
L
R
 
R
I
 
I
L
 
-
C
 
-
N
 
-
G
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
-
E
 
-
W
 
-
P
 
-
L
 
S
S
 
T
R
 
V
K
 
K
F
 
F
G
 
G
C
 
A
A
 
K
P
 
V
E
 
E
L
 
D
A
 
C
A
 
R
R
 
F
V
 
I
L
 
L
E
 
E
H
 
Q
A
 
A
H
 
K
R
 
K
L
 
L
G
 
N
L
 
I
Q
 
D
A
 
V
Y
 
T
G
 
G
L
 
V
S
 
S
F
 
F
H
|
H
V
 
V
G
 
G
S
 
S
Q
 
G
Q
 
S
R
 
T
N
 
D
P
 
A
L
 
S
M
 
T
W
 
F
D
 
A
S
 
Q
A
 
A
L
 
I
R
 
S
S
 
D
S
 
S
A
 
R
E
 
F
I
 
V
F
 
F
R
 
D
D
 
M
L
 
G
A
 
T
E
 
E
R
 
L
G
 
G
I
 
F
V
 
N
L
 
M
Q
 
H
M
 
I
V
 
L
N
 
D
L
 
I
G
 
G
G
 
G
G
|
G
F
 
F
P
 
P
T
 
G
K
 
T
Y
 
-
L
 
-
R
 
R
D
 
D
V
 
A
P
 
P
-
 
L
A
 
K
V
 
F
K
 
E
A
 
E
Y
 
I
G
 
A
E
 
G
A
 
V
I
 
I
F
 
N
N
 
N
S
 
A
L
 
L
R
 
E
K
 
K
H
 
H
F
 
F
G
 
P
N
 
P
K
 
D
I
 
L
P
 
K
E
 
L
T
 
T
I
 
I
I
 
V
-
 
A
E
|
E
P
 
P
G
|
G
R
|
R
G
 
Y
M
 
Y
V
 
V
G
 
A
N
 
S
A
 
A
G
 
F
I
 
T
I
 
L
E
 
A
A
 
V
E
 
N
V
 
V
V
 
-
L
 
-
I
 
I
S
 
A
K
 
K
K
 
A
A
 
V
D
 
T
D
 
Q
D
 
S
K
 
F
V
 
M
K
 
Y
W
 
Y
V
 
V
Y
 
N
L
 
D
D
 
G
I
 
V
-
 
Y
G
 
G
K
 
S
F
 
F
N
 
N
G
 
C
L
 
I
A
 
L
E
 
Y
T
 
D
M
 
H
D
 
A
E
 
V
M
 
V
I
 
R
R
 
P
Y
 
L
P
 
P
I
 
Q
K
 
R
T
 
E
A
 
P
F
 
I
D
 
P
G
 
N
D
 
E
T
 
K
L
 
L
E
 
Y
P
 
P
C
 
S
V
 
S
L
 
V
A
 
W
G
 
G
P
 
P
T
 
T
C
 
C
D
 
D
S
 
G
V
 
L
D
 
D
V
 
Q
L
 
I
Y
 
V
E
 
E
K
 
R
D
 
-
P
 
-
Y
 
Y
M
 
Y
L
 
L
P
 
P
V
 
-
S
 
E
L
 
M
E
 
Q
I
 
V
G
 
G
S
 
E
K
 
W
V
 
L
L
 
L
I
 
F
E
 
E
G
 
D
T
 
M
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
T
 
T
T
 
V
M
 
V
Y
 
G
S
 
T
S
 
S
V
 
-
G
 
S
F
 
F
N
 
N
G
 
G
F
 
F

1szrA A dimer interface mutant of ornithine decarboxylase reveals structure of gem diamine intermediate (see paper)
34% identity, 96% coverage: 17:376/376 of query aligns to 3:345/345 of 1szrA

query
sites
1szrA
P
 
P
C
 
F
L
 
F
V
 
V
L
 
A
D
 
D
L
 
L
-
 
G
D
 
D
V
 
I
V
 
V
R
 
R
D
 
-
N
 
K
Y
 
H
N
 
E
A
 
T
F
 
W
S
 
K
K
 
K
A
 
C
L
 
L
P
 
P
D
 
R
T
 
V
R
 
T
V
 
P
F
 
F
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
K
|
K
A
 
C
N
 
N
P
 
D
D
 
D
P
 
W
Q
 
R
V
 
V
L
 
L
E
 
G
L
 
T
L
 
L
A
 
A
G
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
T
C
 
G
F
 
F
D
 
D
T
 
C
A
 
A
S
 
S
V
 
N
V
 
T
E
 
E
I
 
I
Q
 
Q
Q
 
R
V
 
V
L
 
R
A
 
G
A
 
I
G
 
G
A
 
V
S
 
P
A
 
P
D
 
E
R
 
K
I
 
I
S
 
I
F
 
Y
G
 
A
N
 
N
T
 
P
I
 
C
K
 
K
K
 
Q
E
 
I
R
 
S
D
 
H
I
 
I
A
 
R
R
 
Y
A
 
A
Y
 
R
A
 
D
L
 
S
G
 
G
V
 
V
R
 
D
L
 
V
F
 
M
A
 
T
V
 
F
D
 
D
C
 
C
E
 
V
A
 
D
E
 
E
V
 
L
E
 
E
K
 
K
I
 
V
A
 
A
R
 
K
V
 
T
A
 
H
P
 
P
G
 
K
S
 
A
R
 
K
V
 
M
F
 
V
C
 
L
R
 
R
I
 
I
L
 
-
C
 
-
N
 
-
G
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
-
E
 
-
W
 
-
P
 
-
L
 
-
S
 
-
R
 
-
K
 
S
F
 
T
G
 
G
C
 
A
A
 
K
P
 
V
E
 
E
L
 
D
A
 
C
A
 
R
R
 
F
V
 
I
L
 
L
E
 
E
H
 
Q
A
 
A
H
 
K
R
 
K
L
 
L
G
 
N
L
 
I
Q
 
D
A
 
V
Y
 
T
G
 
G
L
 
V
S
 
S
F
 
F
H
|
H
V
 
V
G
 
G
S
 
S
Q
 
G
Q
 
S
R
 
T
N
 
D
P
 
A
L
 
S
M
 
T
W
 
F
D
 
A
S
 
Q
A
 
A
L
 
I
R
 
S
S
 
D
S
 
S
A
 
R
E
 
F
I
 
V
F
 
F
R
 
D
D
 
M
L
 
G
A
 
T
E
 
E
R
 
L
G
 
G
I
 
F
V
 
N
L
 
M
Q
 
H
M
 
I
V
 
L
N
 
D
L
 
I
G
 
G
G
 
G
G
|
G
F
 
F
P
 
P
T
 
G
K
 
T
Y
 
-
L
 
-
R
 
R
D
 
D
V
 
A
P
 
P
-
 
L
A
 
K
V
 
F
K
 
E
A
 
E
Y
 
I
G
 
A
E
 
G
A
 
V
I
 
I
F
 
N
N
 
N
S
 
A
L
 
L
R
 
E
K
 
K
H
 
H
F
 
F
G
 
P
N
 
P
K
 
D
I
 
L
P
 
K
E
 
L
T
 
T
I
 
I
I
 
V
-
 
A
E
|
E
P
 
P
G
|
G
R
|
R
G
 
Y
M
 
Y
V
 
V
G
 
A
N
 
S
A
 
A
G
 
F
I
 
T
I
 
L
E
 
A
A
 
V
E
 
N
V
 
V
V
 
-
L
 
-
I
 
I
S
 
A
K
 
K
K
 
A
A
 
V
D
 
T
D
 
Q
D
 
S
K
 
F
V
 
M
K
 
Y
W
 
Y
V
 
V
Y
 
N
L
 
D
D
 
G
I
 
V
-
 
Y
G
 
G
K
 
S
F
 
F
N
 
N
G
 
C
L
 
I
A
 
L
E
 
Y
T
 
D
M
 
H
D
 
A
E
 
V
M
 
V
I
 
R
R
 
P
Y
 
L
P
 
P
I
 
Q
K
 
R
T
 
E
A
 
P
F
 
I
D
 
P
G
 
N
D
 
E
T
 
K
L
 
L
E
 
Y
P
 
P
C
 
S
V
 
S
L
 
V
A
 
W
G
 
G
P
 
P
T
 
T
C
|
C
D
|
D
S
 
G
V
 
L
D
 
D
V
 
Q
L
 
I
Y
 
V
E
 
E
K
 
R
D
 
-
P
 
-
Y
 
Y
M
 
Y
L
 
L
P
 
P
V
 
-
S
 
E
L
 
M
E
 
Q
I
 
V
G
 
G
S
 
E
K
 
W
V
 
L
L
 
L
I
 
F
E
 
E
G
 
D
T
 
M
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
T
 
T
T
 
V
M
 
V
Y
 
G
S
 
T
S
 
S
V
 
-
G
 
S
F
 
F
N
 
N
G
 
G
F
 
F
-
 
Q
P
 
S
P
 
P
L
 
T
K
 
I
S
 
Y
Y
 
Y
V
 
V
I
 
V

1njjA Crystal structure determination of t. Brucei ornithine decarboxylase bound to d-ornithine and to g418 (see paper)
34% identity, 94% coverage: 17:369/376 of query aligns to 12:348/349 of 1njjA

query
sites
1njjA
P
 
P
C
 
F
L
 
F
V
 
V
L
 
A
D
 
D
L
 
L
-
 
G
D
 
D
V
 
I
V
 
V
R
 
R
D
 
-
N
 
K
Y
 
H
N
 
E
A
 
T
F
 
W
S
 
K
K
 
K
A
 
C
L
 
L
P
 
P
D
 
R
T
 
V
R
 
T
V
 
P
F
 
F
Y
 
Y
A
|
A
V
 
V
K
|
K
A
 
C
N
 
N
P
 
D
D
 
D
P
 
W
Q
 
R
V
 
V
L
 
L
E
 
G
L
 
T
L
 
L
A
 
A
G
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
T
C
 
G
F
 
F
D
 
D
T
 
C
A
 
A
S
 
S
V
 
N
V
 
T
E
 
E
I
 
I
Q
 
Q
Q
 
R
V
 
V
L
 
R
A
 
G
A
 
I
G
 
G
A
 
V
S
 
P
A
 
P
D
 
E
R
 
K
I
 
I
S
 
I
F
 
Y
G
 
A
N
 
N
T
 
P
I
 
C
K
 
K
K
 
Q
E
 
I
R
 
S
D
 
H
I
 
I
A
 
R
R
 
Y
A
 
A
Y
 
R
A
 
D
L
 
S
G
 
G
V
 
V
R
 
D
L
 
V
F
 
M
A
 
T
V
 
F
D
 
D
C
 
C
E
 
V
A
 
D
E
 
E
V
 
L
E
 
E
K
 
K
I
 
V
A
 
A
R
 
K
V
 
T
A
 
H
P
 
P
G
 
K
S
 
A
R
 
K
V
 
M
F
 
V
C
 
L
R
 
R
I
 
I
L
 
-
C
 
-
N
 
-
G
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
-
E
 
-
W
 
-
P
 
-
L
 
S
S
 
T
R
 
V
K
 
K
F
 
F
G
 
G
C
 
A
A
 
K
P
 
V
E
 
E
L
 
D
A
 
C
A
 
R
R
 
F
V
 
I
L
 
L
E
 
E
H
 
Q
A
 
A
H
 
K
R
 
K
L
 
L
G
 
N
L
 
I
Q
 
D
A
 
V
Y
 
T
G
 
G
L
 
V
S
 
S
F
 
F
H
|
H
V
 
V
G
 
G
S
 
S
Q
 
G
Q
 
S
R
 
T
N
 
D
P
 
A
L
 
S
M
 
T
W
 
F
D
 
A
S
 
Q
A
 
A
L
 
I
R
 
S
S
 
D
S
 
S
A
 
R
E
 
F
I
 
V
F
 
F
R
 
D
D
 
M
L
 
G
A
 
T
E
 
E
R
 
L
G
 
G
I
 
F
V
 
N
L
 
M
Q
 
H
M
 
I
V
 
L
N
 
D
L
 
I
G
 
G
G
|
G
G
|
G
F
 
F
P
 
P
T
 
G
K
 
T