SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_035236837.1 NCBI__GCF_000745975.1:WP_035236837.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

Q72IB8 Proline dehydrogenase; PRODH; Proline oxidase; TtPRODH; EC 1.5.5.2 from Thermus thermophilus (strain ATCC BAA-163 / DSM 7039 / HB27) (see 2 papers)
38% identity, 88% coverage: 23:289/303 of query aligns to 33:294/307 of Q72IB8

query
sites
Q72IB8
K
 
R
S
 
R
Y
 
Y
I
 
V
A
 
A
G
 
G
T
 
E
T
 
T
T
 
L
Q
 
E
D
 
E
A
 
A
I
 
L
N
 
K
A
 
A
S
 
A
K
 
E
A
 
A
L
 
L
N
 
E
R
 
R
E
 
E
N
 
G
V
 
V
M
 
H
V
 
A
T
 
I
L
 
L
D
 
D
I
 
L
L
 
L
G
 
G
E
 
E
F
 
M
I
 
V
K
 
R
T
 
T
M
 
E
S
 
E
Q
 
E
A
 
A
A
 
R
K
 
A
N
 
F
R
 
Q
D
 
R
D
 
G
Y
 
L
L
 
L
A
 
E
L
 
L
I
 
V
R
 
W
T
 
A
I
 
L
E
 
A
A
 
G
A
 
K
A
 
P
I
 
W
N
 
P
G
 
K
N
 
Y
Y
 
I
S
 
S
L
 
L
K
 
K
P
 
L
S
 
T
M
 
Q
F
 
L
G
 
G
L
 
L
L
 
D
I
 
L
D
 
S
K
 
E
K
 
D
T
 
L
C
 
A
F
 
L
E
 
A
Y
 
L
M
 
L
R
 
R
E
 
E
L
 
V
T
 
L
A
 
R
E
 
E
A
 
A
A
 
E
S
 
P
H
 
R
G
 
G
N
 
V
F
 
F
V
 
V
R
 
R
I
 
L
D
 
D
M
|
M
E
 
E
D
 
D
S
 
S
P
 
P
C
 
R
V
 
V
D
 
E
D
 
A
S
 
T
I
 
L
D
 
R
I
 
L
F
 
Y
R
 
R
R
 
A
L
 
L
K
 
R
Q
 
E
E
 
E
F
 
G
P
 
F
R
 
S
N
 
Q
I
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
L
 
L
Q
|
Q
A
 
S
Y
 
Y
L
 
L
K
 
Y
R
 
R
T
 
T
S
 
E
G
 
K
D
 
D
L
 
L
E
 
L
S
 
D
M
 
L
L
 
L
D
 
P
L
 
Y
R
 
R
R
 
P
D
 
-
D
 
-
A
 
-
D
 
-
L
 
-
N
 
N
F
 
L
R
 
R
L
 
L
V
 
V
K
|
K
G
|
G
V
x
A
Y
 
Y
V
 
R
E
 
E
P
 
P
A
 
K
A
 
E
I
 
V
A
 
A
Y
 
F
K
 
P
A
 
D
Y
x
K
K
 
R
D
 
L
I
 
I
N
 
D
A
 
A
H
 
E
Y
 
Y
L
 
L
E
 
H
D
 
L
L
 
G
E
 
K
F
 
L
M
 
A
F
 
L
K
 
K
N
 
E
N
 
G
V
 
L
Y
 
Y
A
 
V
A
 
A
I
 
F
A
 
A
T
|
T
H
|
H
D
 
D
T
 
P
P
 
R
L
 
I
I
 
I
Q
 
A
G
 
E
A
 
L
L
 
K
D
 
R
L
 
Y
I
 
T
D
 
E
Q
 
A
Y
 
M
Q
 
G
V
 
I
P
 
P
K
 
R
E
 
S
K
 
R
Y
 
F
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
M
 
F
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
T
 
R
P
 
P
K
 
E
K
 
E
R
 
Q
R
 
R
E
 
R
L
 
L
V
 
A
Q
 
R
N
 
E
G
 
G
H
 
Y
R
 
T
M
 
V
R
 
R
V
 
A
Y
 
Y
V
 
V
P
 
P
F
 
Y
G
 
G
E
 
R
Q
 
D
W
 
W
F
 
Y
G
 
P
Y
 
Y
S
 
L
T
 
T
R
 
R
R
 
R
L
 
I
K
 
A
E
 
E
N
 
R
P
 
P

2g37B Structure of thermus thermophilus l-proline dehydrogenase (see paper)
38% identity, 88% coverage: 23:289/303 of query aligns to 39:300/300 of 2g37B

query
sites
2g37B
K
 
R
S
 
R
Y
 
Y
I
 
V
A
 
A
G
 
G
T
 
E
T
 
T
T
 
L
Q
 
E
D
 
E
A
 
A
I
 
L
N
 
K
A
 
A
S
 
A
K
 
E
A
 
A
L
 
L
N
 
E
R
 
R
E
 
E
N
 
G
V
 
V
M
 
H
V
 
A
T
 
I
L
 
L
D
 
D
I
 
L
L
 
L
G
 
G
E
 
E
F
 
M
I
 
V
K
 
R
T
 
T
M
 
E
S
 
E
Q
 
E
A
 
A
A
 
R
K
 
A
N
 
F
R
 
Q
D
 
R
D
 
G
Y
 
L
L
 
L
A
 
E
L
 
L
I
 
V
R
 
W
T
 
A
I
 
L
E
 
A
A
 
G
A
 
K
A
 
P
I
 
W
N
 
P
G
 
K
N
 
Y
Y
 
I
S
 
S
L
 
L
K
 
K
P
 
L
S
 
T
M
 
Q
F
 
L
G
 
G
L
 
L
L
 
D
I
 
L
D
 
S
K
 
E
K
 
D
T
 
L
C
 
A
F
 
L
E
 
A
Y
 
L
M
 
L
R
 
R
E
 
E
L
 
V
T
 
L
A
 
R
E
 
E
A
 
A
A
 
E
S
 
P
H
 
R
G
 
G
N
 
V
F
 
F
V
 
V
R
 
R
I
 
L
D
|
D
M
|
M
E
 
E
D
 
D
S
 
S
P
 
P
C
 
R
V
 
V
D
 
E
D
 
A
S
 
T
I
 
L
D
 
R
I
 
L
F
 
Y
R
 
R
R
 
A
L
 
L
K
 
R
Q
 
E
E
 
E
F
 
G
P
 
F
R
 
S
N
 
Q
I
 
V
G
 
G
L
 
I
V
|
V
L
 
L
Q
 
Q
A
 
S
Y
 
Y
L
 
L
K
 
Y
R
 
R
T
 
T
S
 
E
G
 
K
D
 
D
L
 
L
E
 
L
S
 
D
M
 
L
L
 
L
D
 
P
L
 
Y
R
 
R
R
 
P
D
 
-
D
 
-
A
 
-
D
 
-
L
 
-
N
 
N
F
 
L
R
|
R
L
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
V
x
A
Y
 
Y
V
 
R
E
 
E
P
 
P
A
 
K
A
 
E
I
 
V
A
 
A
Y
 
F
K
 
P
A
 
D
Y
 
K
K
 
R
D
 
L
I
 
I
N
 
D
A
 
A
H
 
E
Y
 
Y
L
 
L
E
 
H
D
 
L
L
 
G
E
 
K
F
 
L
M
 
A
F
 
L
K
 
K
N
 
E
N
 
G
V
 
L
Y
 
Y
A
 
V
A
 
A
I
 
F
A
|
A
T
|
T
H
|
H
D
|
D
T
 
P
P
 
R
L
 
I
I
 
I
Q
 
A
G
 
E
A
 
L
L
 
K
D
 
R
L
 
Y
I
 
T
D
 
E
Q
 
A
Y
 
M
Q
 
G
V
 
I
P
 
P
K
 
R
E
 
S
K
 
R
Y
 
F
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
M
 
F
L
|
L
Y
 
Y
G
 
G
V
|
V
T
 
R
P
 
P
K
 
E
K
 
E
R
 
Q
R
 
R
E
 
R
L
 
L
V
 
A
Q
 
R
N
 
E
G
 
G
H
 
Y
R
 
T
M
 
V
R
 
R
V
 
A
Y
|
Y
V
 
V
P
 
P
F
 
Y
G
 
G
E
 
R
Q
 
D
W
 
W
F
 
Y
G
 
P
Y
 
Y
S
 
L
T
 
T
R
 
R
R
 
R
L
 
I
K
 
A
E
 
E
N
 
R
P
 
P

Q9RW55 Proline dehydrogenase; PRODH; DrPRODH; Proline oxidase; EC 1.5.5.2 from Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / CCUG 27074 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / VKM B-1422 / R1) (see paper)
34% identity, 93% coverage: 18:300/303 of query aligns to 27:308/310 of Q9RW55

query
sites
Q9RW55
I
 
M
W
 
W
Q
 
N
F
 
L
S
 
A
K
 
E
S
 
R
Y
 
F
I
 
V
A
 
A
G
 
G
T
 
E
T
 
S
T
 
I
Q
 
E
D
 
S
A
 
A
I
 
I
N
 
Q
A
 
A
S
 
V
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
N
 
E
R
 
R
E
 
D
N
 
G
V
 
I
M
 
A
V
 
G
T
 
N
L
 
L
D
 
D
I
 
L
L
 
L
G
|
G
E
|
E
F
 
F
I
 
I
K
 
D
T
 
S
M
 
P
S
 
A
Q
 
K
A
 
C
A
 
T
K
 
E
N
 
F
R
 
A
D
 
D
D
 
D
Y
 
V
L
 
I
A
 
K
L
 
L
I
 
I
R
 
E
T
 
A
I
 
A
E
 
H
A
 
A
A
 
A
A
 
G
I
 
I
N
 
K
G
 
P
N
 
Y
Y
 
V
S
 
S
L
 
I
K
|
K
P
 
L
S
 
S
M
 
S
F
 
V
G
 
G
L
 
Q
L
 
G
I
 
K
D
 
D
K
 
E
K
 
N
T
 
G
-
 
E
-
 
D
-
 
L
C
 
G
F
 
L
E
 
T
Y
 
N
M
 
A
R
 
R
E
 
R
L
 
I
T
 
I
A
 
A
E
 
K
A
 
A
A
 
K
S
 
E
H
 
Y
G
 
G
N
 
G
F
 
F
V
 
I
R
 
C
I
 
L
D
 
D
M
|
M
E
 
E
D
 
D
S
 
H
P
 
T
C
 
R
V
 
V
D
 
D
D
 
V
S
 
T
I
 
L
D
 
E
I
 
Q
F
 
F
R
 
R
R
 
T
L
 
L
K
 
V
Q
 
G
E
 
E
F
 
F
-
 
G
P
 
A
R
 
E
N
 
H
I
 
V
G
 
G
L
 
T
V
 
V
L
 
L
Q
|
Q
A
 
S
Y
 
Y
L
 
L
K
 
Y
R
 
R
T
 
S
S
 
L
G
 
G
D
 
D
L
 
R
E
 
A
S
 
S
M
 
L
L
 
D
D
 
D
L
 
L
R
 
R
R
 
P
D
 
-
D
 
-
A
 
-
D
 
-
L
 
-
N
 
N
F
 
I
R
|
R
L
x
M
V
|
V
K
|
K
G
|
G
V
x
A
Y
 
Y
V
 
L
E
 
E
P
 
P
A
 
A
A
 
T
I
 
V
A
 
A
Y
 
Y
K
 
P
A
 
D
Y
 
K
K
 
A
D
 
D
I
 
V
N
 
D
A
 
Q
H
 
N
Y
 
Y
L
 
R
E
 
R
D
 
L
L
 
V
E
 
F
F
 
Q
M
 
H
F
 
L
K
 
K
N
 
A
N
 
G
V
 
N
Y
 
Y
A
 
T
A
 
N
I
 
V
A
 
A
T
|
T
H
|
H
D
 
D
T
 
E
P
 
R
L
 
I
I
 
I
Q
 
D
G
 
D
A
 
V
L
 
K
D
 
R
L
 
F
I
 
V
D
 
L
Q
 
A
Y
 
H
Q
 
G
V
 
I
P
 
G
K
 
K
E
 
D
K
 
A
Y
 
F
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
M
 
M
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
V
 
I
T
 
R
P
 
R
K
 
D
K
 
L
R
 
Q
R
 
K
E
 
Q
L
 
L
V
 
A
Q
 
A
N
 
E
G
 
G
H
 
Y
R
 
R
M
 
V
R
 
R
V
 
V
Y
 
Y
V
 
L
P
 
P
F
 
Y
G
 
G
E
 
R
Q
 
D
W
 
W
F
 
Y
G
 
A
Y
 
Y
S
 
F
T
 
S
R
|
R
R
|
R
L
x
I
K
x
A
E
|
E
N
 
T
P
 
P
A
 
R
M
 
N
V
 
A
R
 
A
H
 
F
I
 
V
L
 
V
K
 
Q
A
 
G
L
 
M
V
 
L

4h6qA Structure of oxidized deinococcus radiodurans proline dehydrogenase complexed with l-tetrahydrofuroic acid (see paper)
36% identity, 90% coverage: 18:289/303 of query aligns to 11:281/281 of 4h6qA

query
sites
4h6qA
I
 
M
W
 
W
Q
 
N
F
 
L
S
 
A
K
 
E
S
 
R
Y
 
F
I
 
V
A
 
A
G
 
G
T
 
E
T
 
S
T
 
I
Q
 
E
D
 
S
A
 
A
I
 
I
N
 
Q
A
 
A
S
 
V
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
N
 
E
R
 
R
E
 
D
N
 
G
V
 
I
M
 
A
V
 
G
T
 
N
L
 
L
D
 
D
I
 
L
L
 
L
G
 
G
E
 
E
F
 
F
I
 
I
K
 
D
T
 
S
M
 
P
S
 
A
Q
 
K
A
 
C
A
 
T
K
 
E
N
 
F
R
 
A
D
 
D
D
 
D
Y
 
V
L
 
I
A
 
K
L
 
L
I
 
I
R
 
E
T
 
A
I
 
A
E
 
H
A
 
A
A
 
A
A
 
G
I
 
I
N
 
K
G
 
P
N
 
Y
Y
 
V
S
 
S
L
 
I
K
|
K
P
 
L
S
 
S
M
 
S
F
 
V
G
 
G
L
 
Q
L
 
G
I
 
K
D
 
D
K
 
E
K
 
N
T
 
G
-
 
E
-
 
D
-
 
L
C
 
G
F
 
L
E
 
T
Y
 
N
M
 
A
R
 
R
E
 
R
L
 
I
T
 
I
A
 
A
E
 
K
A
 
A
A
 
K
S
 
E
H
 
Y
G
 
G
N
 
G
F
 
F
V
 
I
R
 
C
I
 
L
D
|
D
M
|
M
E
 
E
D
 
D
S
 
H
P
 
T
C
 
R
V
 
V
D
 
D
D
 
V
S
 
T
I
 
L
D
 
E
I
 
Q
F
 
F
R
 
R
R
 
T
L
 
L
K
 
V
Q
 
G
E
 
E
F
 
F
-
 
G
P
 
A
R
 
E
N
 
H
I
 
V
G
 
G
L
 
T
V
 
V
L
 
L
Q
|
Q
A
 
S
Y
 
Y
L
 
L
K
 
Y
R
 
R
T
 
S
S
 
L
G
 
G
D
 
D
L
 
R
E
 
A
S
 
S
M
 
L
L
 
D
D
 
D
L
 
L
R
 
R
R
 
P
D
 
-
D
 
-
A
 
-
D
 
-
L
 
-
N
 
N
F
 
I
R
|
R
L
 
M
V
|
V
K
|
K
G
|
G
V
x
A
Y
 
Y
V
 
L
E
 
E
P
 
P
A
 
A
A
 
T
I
 
V
A
 
A
Y
 
Y
K
 
P
A
 
D
Y
 
K
K
 
A
D
 
D
I
 
V
N
 
D
A
 
Q
H
 
N
Y
 
Y
L
 
R
E
 
R
D
 
L
L
 
V
E
 
F
F
 
Q
M
 
H
F
 
L
K
 
K
N
 
A
N
 
G
V
 
N
Y
 
Y
A
 
T
A
 
N
I
 
V
A
|
A
T
|
T
H
|
H
D
 
D
T
 
E
P
 
R
L
 
I
I
 
I
Q
 
D
G
 
D
A
 
V
L
 
K
D
 
R
L
 
F
I
 
V
D
 
L
Q
 
A
Y
 
H
Q
 
G
V
 
I
P
 
G
K
 
K
E
 
D
K
 
A
Y
 
F
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
M
|
M
L
|
L
Y
 
Y
G
 
G
V
x
I
T
 
R
P
 
R
K
 
D
K
 
L
R
 
Q
R
 
K
E
 
Q
L
 
L
V
 
A
Q
 
A
N
 
E
G
 
G
H
 
Y
R
 
R
M
 
V
R
 
R
V
 
V
Y
|
Y
V
 
L
P
 
P
F
 
Y
G
 
G
E
 
R
Q
 
D
W
 
W
F
 
Y
G
 
A
Y
 
Y
S
 
F
T
 
S
R
|
R
R
|
R
L
 
I
K
 
A
E
|
E
N
 
T
P
|
P

4h6rA Structure of reduced deinococcus radiodurans proline dehydrogenase (see paper)
36% identity, 90% coverage: 18:289/303 of query aligns to 2:272/272 of 4h6rA

query
sites
4h6rA
I
 
M
W
 
W
Q
 
N
F
 
L
S
 
A
K
 
E
S
 
R
Y
 
F
I
 
V
A
 
A
G
 
G
T
 
E
T
 
S
T
 
I
Q
 
E
D
 
S
A
 
A
I
 
I
N
 
Q
A
 
A
S
 
V
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
N
 
E
R
 
R
E
 
D
N
 
G
V
 
I
M
 
A
V
 
G
T
 
N
L
 
L
D
 
D
I
 
L
L
 
L
G
 
G
E
 
E
F
 
F
I
 
I
K
 
D
T
 
S
M
 
P
S
 
A
Q
 
K
A
 
C
A
 
T
K
 
E
N
 
F
R
 
A
D
 
D
D
 
D
Y
 
V
L
 
I
A
 
K
L
 
L
I
 
I
R
 
E
T
 
A
I
 
A
E
 
H
A
 
A
A
 
A
A
 
G
I
 
I
N
 
K
G
 
P
N
 
Y
Y
 
V
S
 
S
L
 
I
K
 
K
P
 
L
S
 
S
M
 
S
F
 
V
G
 
G
L
 
Q
L
 
G
I
 
K
D
 
D
K
 
E
K
 
N
T
 
G
-
 
E
-
 
D
-
 
L
C
 
G
F
 
L
E
 
T
Y
 
N
M
 
A
R
 
R
E
 
R
L
 
I
T
 
I
A
 
A
E
 
K
A
 
A
A
 
K
S
 
E
H
 
Y
G
 
G
N
 
G
F
 
F
V
 
I
R
 
C
I
 
L
D
|
D
M
|
M
E
 
E
D
 
D
S
 
H
P
 
T
C
 
R
V
 
V
D
 
D
D
 
V
S
 
T
I
 
L
D
 
E
I
 
Q
F
 
F
R
 
R
R
 
T
L
 
L
K
 
V
Q
 
G
E
 
E
F
 
F
-
 
G
P
 
A
R
 
E
N
 
H
I
 
V
G
 
G
L
 
T
V
|
V
L
 
L
Q
|
Q
A
 
S
Y
 
Y
L
 
L
K
 
Y
R
 
R
T
 
S
S
 
L
G
 
G
D
 
D
L
 
R
E
 
A
S
 
S
M
 
L
L
 
D
D
 
D
L
 
L
R
 
R
R
 
P
D
 
-
D
 
-
A
 
-
D
 
-
L
 
-
N
 
N
F
 
I
R
|
R
L
 
M
V
|
V
K
|
K
G
|
G
V
x
A
Y
 
Y
V
 
L
E
 
E
P
 
P
A
 
A
A
 
T
I
 
V
A
 
A
Y
 
Y
K
 
P
A
 
D
Y
 
K
K
 
A
D
 
D
I
 
V
N
 
D
A
 
Q
H
 
N
Y
 
Y
L
 
R
E
 
R
D
 
L
L
 
V
E
 
F
F
 
Q
M
 
H
F
 
L
K
 
K
N
 
A
N
 
G
V
 
N
Y
 
Y
A
 
T
A
 
N
I
 
V
A
|
A
T
|
T
H
|
H
D
 
D
T
 
E
P
 
R
L
 
I
I
 
I
Q
 
D
G
 
D
A
 
V
L
 
K
D
 
R
L
 
F
I
 
V
D
 
L
Q
 
A
Y
 
H
Q
 
G
V
 
I
P
 
G
K
 
K
E
 
D
K
 
A
Y
 
F
E
 
E
F
 
F
Q
|
Q
M
 
M
L
|
L
Y
 
Y
G
 
G
V
x
I
T
 
R
P
 
R
K
 
D
K
 
L
R
 
Q
R
 
K
E
 
Q
L
 
L
V
 
A
Q
 
A
N
 
E
G
 
G
H
 
Y
R
 
R
M
 
V
R
 
R
V
 
V
Y
|
Y
V
 
L
P
 
P
F
 
Y
G
 
G
E
 
R
Q
 
D
W
 
W
F
 
Y
G
 
A
Y
 
Y
S
 
F
T
 
S
R
 
R
R
|
R
L
 
I
K
 
A
E
|
E
N
 
T
P
|
P

5m42A Structure of thermus thermophilus l-proline dehydrogenase lacking alpha helices a, b and c (see paper)
37% identity, 81% coverage: 30:274/303 of query aligns to 3:242/242 of 5m42A

query
sites
5m42A
T
 
T
T
 
L
Q
 
E
D
 
E
A
 
A
I
 
L
N
 
K
A
 
A
S
 
A
K
 
E
A
 
A
L
 
L
N
 
E
R
 
R
E
 
E
N
 
G
V
 
V
M
 
H
V
 
A
T
 
I
L
 
L
D
 
D
I
 
L
L
 
L
G
 
G
E
 
E
F
 
M
I
 
V
K
 
R
T
 
T
M
 
E
S
 
E
Q
 
E
A
 
A
A
 
R
K
 
A
N
 
F
R
 
Q
D
 
R
D
 
G
Y
 
L
L
 
L
A
 
E
L
 
L
I
 
V
R
 
W
T
 
A
I
 
L
E
 
A
A
 
G
A
 
K
A
 
P
I
 
W
N
 
P
G
 
K
N
 
Y
Y
 
I
S
 
S
L
 
L
K
 
K
P
 
L
S
 
T
M
 
Q
F
 
L
G
 
G
L
 
L
L
 
D
I
 
L
D
 
S
K
 
E
K
 
D
T
 
L
C
 
A
F
 
L
E
 
A
Y
 
L
M
 
L
R
 
R
E
 
E
L
 
V
T
 
L
A
 
R
E
 
E
A
 
A
A
 
E
S
 
P
H
 
R
G
 
G
N
 
V
F
 
F
V
 
V
R
 
R
I
 
L
D
|
D
M
|
M
E
 
E
D
 
D
S
 
S
P
 
P
C
 
R
V
 
V
D
 
E
D
 
A
S
 
T
I
 
L
D
 
R
I
 
L
F
 
Y
R
 
R
R
 
A
L
 
L
K
 
R
Q
 
E
E
 
E
F
 
G
P
 
F
R
 
S
N
 
Q
I
 
V
G
 
G
L
 
I
V
|
V
L
 
L
Q
|
Q
A
 
S
Y
 
Y
L
 
L
K
 
Y
R
 
R
T
 
T
S
 
E
G
 
K
D
 
D
L
 
L
E
 
L
S
 
D
M
 
L
L
 
L
D
 
P
L
 
Y
R
 
R
R
 
P
D
 
-
D
 
-
A
 
-
D
 
-
L
 
-
N
 
N
F
 
L
R
|
R
L
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
V
x
A
Y
 
Y
V
 
R
E
 
E
P
 
P
A
 
K
A
 
E
I
 
V
A
 
A
Y
 
F
K
 
P
A
 
D
Y
 
K
K
 
R
D
 
L
I
 
I
N
 
D
A
 
A
H
 
E
Y
 
Y
L
 
L
E
 
H
D
 
L
L
 
G
E
 
K
F
 
L
M
 
A
F
 
L
K
 
K
N
 
E
N
 
G
V
 
L
Y
 
Y
A
 
V
A
 
A
I
 
F
A
|
A
T
|
T
H
|
H
D
 
D
T
 
P
P
 
R
L
 
I
I
 
I
Q
 
A
G
 
E
A
 
L
L
 
K
D
 
R
L
 
Y
I
 
T
D
 
E
Q
 
A
Y
 
M
Q
 
G
V
 
I
P
 
P
K
 
R
E
 
S
K
 
R
Y
 
F
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
M
 
F
L
|
L
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
T
 
R
P
 
P
K
 
E
K
 
E
R
 
Q
R
 
R
E
 
R
L
 
L
V
 
A
Q
 
R
N
 
E
G
 
G
H
 
Y
R
 
T
M
 
V
R
 
R
V
 
A
Y
 
Y
V
 
V
P
 
P
F
 
Y
G
 
G

4nmaA Crystal structure of proline utilization a (puta) from geobacter sulfurreducens pca in complex with l-tetrahydro-2-furoic acid (see paper)
26% identity, 93% coverage: 8:290/303 of query aligns to 80:410/977 of 4nmaA

query
sites
4nmaA
Q
 
Q
A
 
D
L
 
M
P
 
P
Y
 
A
F
 
F
P
 
L
P
 
N
K
 
K
L
 
V
-
 
L
-
 
T
-
 
S
-
 
N
I
 
I
W
 
E
Q
 
E
F
 
M
S
 
A
K
 
R
S
 
Q
Y
 
F
I
 
I
A
 
V
G
 
G
T
 
E
T
 
T
T
 
T
Q
 
K
D
 
E
A
 
A
I
 
V
N
 
K
A
 
N
S
 
L
K
 
E
A
 
K
L
 
L
N
 
R
R
 
K
E
 
D
N
 
G
V
 
F
M
 
A
V
 
A
T
 
V
L
 
V
D
 
D
I
 
V
L
 
L
G
 
G
E
 
E
F
 
A
I
 
T
K
 
L
T
 
S
M
 
E
S
 
E
Q
 
E
A
 
A
A
 
E
K
 
V
N
 
Y
R
 
T
D
 
N
D
 
T
Y
 
Y
L
 
L
A
 
E
L
 
L
I
 
L
R
 
E
T
 
A
I
 
L
-
 
K
-
 
K
E
 
E
A
 
Q
A
 
G
A
 
S
I
 
W
N
 
K
G
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
G
-
 
K
-
 
G
-
 
G
-
 
D
-
 
P
-
 
G
-
 
L
-
 
D
-
 
W
-
 
G
-
 
H
-
 
A
-
 
P
-
 
K
-
 
V
N
 
N
Y
 
I
S
 
A
L
 
V
K
|
K
P
 
P
S
 
T
M
 
A
F
 
L
G
 
F
L
 
C
L
 
L
I
 
A
D
 
N
K
 
P
K
 
Q
-
 
D
-
 
F
-
 
E
-
 
G
-
 
S
-
 
V
-
 
V
T
 
A
C
 
I
F
 
L
E
 
D
Y
 
R
M
 
M
R
 
R
E
 
R
L
 
I
T
 
F
A
 
K
E
 
K
A
 
V
A
 
M
S
 
E
H
 
L
G
 
N
N
 
G
F
 
F
V
 
L
R
 
C
I
 
I
D
|
D
M
|
M
E
 
E
D
 
S
S
 
Y
P
 
R
C
 
H
V
 
K
D
 
E
D
 
I
S
 
I
I
 
L
D
 
E
I
 
V
F
 
F
R
 
R
R
 
R
L
 
L
K
 
K
Q
 
L
E
 
E
F
 
Y
P
 
R
R
 
D
-
 
Y
-
 
P
N
 
H
I
 
L
G
 
G
L
 
I
V
 
V
L
 
L
Q
|
Q
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
D
T
 
N
S
 
D
G
 
K
D
 
D
L
 
L
E
 
D
S
 
D
M
 
L
L
 
L
D
 
A
L
 
W
R
 
A
R
 
K
D
 
E
-
 
H
D
 
K
A
 
V
D
 
Q
L
 
I
N
 
S
F
 
V
R
|
R
L
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
V
x
A
Y
|
Y
V
x
W
E
 
D
P
 
Y
A
 
E
A
 
T
I
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
K
-
 
Q
-
 
N
-
 
D
-
 
W
-
 
E
-
 
V
-
 
P
A
 
V
Y
x
W
K
x
T
A
x
I
Y
x
K
K
 
A
D
 
E
I
x
S
N
 
D
A
 
A
H
 
A
Y
 
Y
L
 
E
E
 
R
D
 
Q
L
 
A
E
 
R
F
 
K
M
 
I
F
 
L
K
 
E
N
 
N
N
 
H
-
 
Q
-
 
I
V
 
C
Y
 
H
A
 
F
A
 
A
I
 
C
A
|
A
T
x
S
H
|
H
D
x
N
T
 
I
P
 
R
L
 
T
I
 
I
Q
 
S
G
 
A
A
 
V
L
 
M
D
 
E
L
 
M
I
 
A
D
 
R
Q
 
E
Y
 
L
Q
 
N
V
 
V
P
 
P
K
 
E
E
 
D
K
 
R
Y
 
Y
E
 
E
F
 
F
Q
|
Q
M
 
V
L
|
L
Y
 
Y
G
 
G
V
 
M
T
 
A
P
 
E
K
 
P
K
 
V
R
 
R
R
 
K
E
 
G
L
 
I
V
 
L
Q
 
K
N
 
V
G
 
A
H
 
G
R
 
R
M
 
I
R
 
R
V
 
L
Y
|
Y
V
 
A
P
 
P
F
 
Y
G
 
G
E
 
N
Q
 
M
-
 
V
-
 
P
W
 
G
F
 
M
G
 
G
Y
|
Y
S
 
L
T
 
V
R
|
R
R
|
R
L
 
L
K
 
L
E
|
E
N
 
N
P
 
T
A
 
A

Sites not aligning to the query:

4nmdA Crystal structure of proline utilization a (puta) from geobacter sulfurreducens pca reduced with dithionite (see paper)
26% identity, 90% coverage: 18:290/303 of query aligns to 94:410/979 of 4nmdA

query
sites
4nmdA
I
 
I
W
 
E
Q
 
E
F
 
M
S
 
A
K
 
R
S
 
Q
Y
 
F
I
 
I
A
 
V
G
 
G
T
 
E
T
 
T
T
 
T
Q
 
K
D
 
E
A
 
A
I
 
V
N
 
K
A
 
N
S
 
L
K
 
E
A
 
K
L
 
L
N
 
R
R
 
K
E
 
D
N
 
G
V
 
F
M
 
A
V
 
A
T
 
V
L
 
V
D
 
D
I
 
V
L
 
L
G
 
G
E
 
E
F
 
A
I
 
T
K
 
L
T
 
S
M
 
E
S
 
E
Q
 
E
A
 
A
A
 
E
K
 
V
N
 
Y
R
 
T
D
 
N
D
 
T
Y
 
Y
L
 
L
A
 
E
L
 
L
I
 
L
R
 
E
T
 
A
I
 
L
-
 
K
-
 
K
E
 
E
A
 
Q
A
 
G
A
 
S
I
 
W
N
 
K
G
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
G
-
 
K
-
 
G
-
 
G
-
 
D
-
 
P
-
 
G
-
 
L
-
 
D
-
 
W
-
 
G
-
 
H
-
 
A
-
 
P
-
 
K
-
 
V
N
 
N
Y
 
I
S
 
A
L
 
V
K
 
K
P
 
P
S
 
T
M
 
A
F
 
L
G
 
F
L
 
C
L
 
L
I
 
A
D
 
N
K
 
P
K
 
Q
-
 
D
-
 
F
-
 
E
-
 
G
-
 
S
-
 
V
-
 
V
T
 
A
C
 
I
F
 
L
E
 
D
Y
 
R
M
 
M
R
 
R
E
 
R
L
 
I
T
 
F
A
 
K
E
 
K
A
 
V
A
 
M
S
 
E
H
 
L
G
 
N
N
 
G
F
 
F
V
 
L
R
 
C
I
 
I
D
|
D
M
|
M
E
 
E
D
 
S
S
 
Y
P
 
R
C
 
H
V
 
K
D
 
E
D
 
I
S
 
I
I
 
L
D
 
E
I
 
V
F
 
F
R
 
R
R
 
R
L
 
L
K
 
K
Q
 
L
E
 
E
F
 
Y
P
 
R
R
 
D
-
 
Y
-
 
P
N
 
H
I
 
L
G
 
G
L
 
I
V
|
V
L
 
L
Q
|
Q
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
D
T
 
N
S
 
D
G
 
K
D
 
D
L
 
L
E
 
D
S
 
D
M
 
L
L
 
L
D
 
A
L
 
W
R
 
A
R
 
K
D
 
E
-
 
H
D
 
K
A
 
V
D
 
Q
L
 
I
N
 
S
F
 
V
R
|
R
L
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
V
x
A
Y
 
Y
V
x
W
E
 
D
P
 
Y
A
 
E
A
 
T
I
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
K
-
 
Q
-
 
N
-
 
D
-
 
W
-
 
E
-
 
V
-
 
P
A
 
V
Y
x
W
K
x
T
A
x
I
Y
x
K
K
 
A
D
 
E
I
x
S
N
 
D
A
 
A
H
 
A
Y
 
Y
L
 
E
E
 
R
D
 
Q
L
 
A
E
 
R
F
 
K
M
 
I
F
 
L
K
 
E
N
 
N
N
 
H
-
 
Q
-
 
I
V
 
C
Y
 
H
A
 
F
A
 
A
I
 
C
A
|
A
T
x
S
H
|
H
D
x
N
T
 
I
P
 
R
L
 
T
I
 
I
Q
 
S
G
 
A
A
 
V
L
 
M
D
 
E
L
 
M
I
 
A
D
 
R
Q
 
E
Y
 
L
Q
 
N
V
 
V
P
 
P
K
 
E
E
 
D
K
 
R
Y
 
Y
E
 
E
F
 
F
Q
|
Q
M
x
V
L
|
L
Y
 
Y
G
 
G
V
 
M
T
 
A
P
 
E
K
 
P
K
 
V
R
 
R
R
 
K
E
 
G
L
 
I
V
 
L
Q
 
K
N
 
V
G
 
A
H
 
G
R
 
R
M
 
I
R
 
R
V
 
L
Y
|
Y
V
 
A
P
 
P
F
 
Y
G
 
G
E
 
N
Q
 
M
-
 
V
-
 
P
W
 
G
F
 
M
G
 
G
Y
 
Y
S
 
L
T
 
V
R
 
R
R
 
R
L
 
L
K
 
L
E
 
E
N
 
N
P
 
T
A
 
A

Sites not aligning to the query:

7na0A Structure of geobacter sulfurreducens proline utilization a (puta) variant a206w (see paper)
26% identity, 90% coverage: 18:290/303 of query aligns to 94:410/981 of 7na0A

query
sites
7na0A
I
 
I
W
 
E
Q
 
E
F
 
M
S
 
A
K
 
R
S
 
Q
Y
 
F
I
 
I
A
 
V
G
 
G
T
 
E
T
 
T
T
 
T
Q
 
K
D
 
E
A
 
A
I
 
V
N
 
K
A
 
N
S
 
L
K
 
E
A
 
K
L
 
L
N
 
R
R
 
K
E
 
D
N
 
G
V
 
F
M
 
A
V
 
A
T
 
V
L
 
V
D
 
D
I
 
V
L
 
L
G
 
G
E
 
E
F
 
A
I
 
T
K
 
L
T
 
S
M
 
E
S
 
E
Q
 
E
A
 
A
A
 
E
K
 
V
N
 
Y
R
 
T
D
 
N
D
 
T
Y
 
Y
L
 
L
A
 
E
L
 
L
I
 
L
R
 
E
T
 
A
I
 
L
-
 
K
-
 
K
E
 
E
A
 
Q
A
 
G
A
 
S
I
 
W
N
 
K
G
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
G
-
 
K
-
 
G
-
 
G
-
 
D
-
 
P
-
 
G
-
 
L
-
 
D
-
 
W
-
 
G
-
 
H
-
 
A
-
 
P
-
 
K
-
 
V
N
 
N
Y
 
I
S
 
A
L
 
V
K
 
K
P
 
P
S
 
T
M
 
W
F
 
L
G
 
F
L
 
C
L
 
L
I
 
A
D
 
N
K
 
P
K
 
Q
-
 
D
-
 
F
-
 
E
-
 
G
-
 
S
-
 
V
-
 
V
T
 
A
C
 
I
F
 
L
E
 
D
Y
 
R
M
 
M
R
 
R
E
 
R
L
 
I
T
 
F
A
 
K
E
 
K
A
 
V
A
 
M
S
 
E
H
 
L
G
 
N
N
 
G
F
 
F
V
 
L
R
 
C
I
 
I
D
|
D
M
|
M
E
 
E
D
 
S
S
 
Y
P
 
R
C
 
H
V
 
K
D
 
E
D
 
I
S
 
I
I
 
L
D
 
E
I
 
V
F
 
F
R
 
R
R
 
R
L
 
L
K
 
K
Q
 
L
E
 
E
F
 
Y
P
 
R
R
 
D
-
 
Y
-
 
P
N
 
H
I
 
L
G
 
G
L
 
I
V
|
V
L
 
L
Q
|
Q
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
D
T
 
N
S
 
D
G
 
K
D
 
D
L
 
L
E
 
D
S
 
D
M
 
L
L
 
L
D
 
A
L
 
W
R
 
A
R
 
K
D
 
E
-
 
H
D
 
K
A
 
V
D
 
Q
L
 
I
N
 
S
F
 
V
R
|
R
L
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
V
x
A
Y
|
Y
V
x
W
E
 
D
P
 
Y
A
 
E
A
 
T
I
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
K
-
 
Q
-
 
N
-
 
D
-
 
W
-
 
E
-
 
V
-
 
P
A
 
V
Y
x
W
K
x
T
A
x
I
Y
x
K
K
 
A
D
 
E
I
x
S
N
 
D
A
 
A
H
 
A
Y
 
Y
L
 
E
E
 
R
D
 
Q
L
 
A
E
 
R
F
 
K
M
 
I
F
 
L
K
 
E
N
 
N
N
 
H
-
 
Q
-
 
I
V
 
C
Y
 
H
A
 
F
A
 
A
I
 
C
A
|
A
T
x
S
H
|
H
D
x
N
T
 
I
P
 
R
L
 
T
I
 
I
Q
 
S
G
 
A
A
 
V
L
 
M
D
 
E
L
 
M
I
 
A
D
 
R
Q
 
E
Y
 
L
Q
 
N
V
 
V
P
 
P
K
 
E
E
 
D
K
 
R
Y
 
Y
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
M
 
V
L
|
L
Y
 
Y
G
 
G
V
 
M
T
 
A
P
 
E
K
 
P
K
 
V
R
 
R
R
 
K
E
 
G
L
 
I
V
 
L
Q
 
K
N
 
V
G
 
A
H
 
G
R
 
R
M
 
I
R
 
R
V
 
L
Y
|
Y
V
 
A
P
 
P
F
 
Y
G
 
G
E
 
N
Q
 
M
-
 
V
-
 
P
W
 
G
F
 
M
G
 
G
Y
 
Y
S
 
L
T
 
V
R
 
R
R
 
R
L
 
L
K
 
L
E
|
E
N
 
N
P
 
T
A
 
A

Sites not aligning to the query:

4nmfA Crystal structure of proline utilization a (puta) from geobacter sulfurreducens pca inactivated by n-propargylglycine and complexed with menadione bisulfite (see paper)
26% identity, 90% coverage: 18:290/303 of query aligns to 90:406/973 of 4nmfA

query
sites
4nmfA
I
 
I
W
 
E
Q
 
E
F
 
M
S
 
A
K
 
R
S
 
Q
Y
 
F
I
 
I
A
 
V
G
 
G
T
 
E
T
 
T
T
 
T
Q
 
K
D
 
E
A
 
A
I
 
V
N
 
K
A
 
N
S
 
L
K
 
E
A
 
K
L
 
L
N
 
R
R
 
K
E
 
D
N
 
G
V
 
F
M
 
A
V
 
A
T
 
V
L
 
V
D
 
D
I
 
V
L
 
L
G
 
G
E
 
E
F
 
A
I
 
T
K
 
L
T
 
S
M
 
E
S
 
E
Q
 
E
A
 
A
A
 
E
K
 
V
N
 
Y
R
 
T
D
 
N
D
 
T
Y
 
Y
L
 
L
A
 
E
L
 
L
I
 
L
R
 
E
T
 
A
I
 
L
-
 
K
-
 
K
E
 
E
A
 
Q
A
 
G
A
 
S
I
 
W
N
 
K
G
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
G
-
 
K
-
 
G
-
 
G
-
 
D
-
 
P
-
 
G
-
 
L
-
 
D
-
 
W
-
 
G
-
 
H
-
 
A
-
 
P
-
 
K
-
 
V
N
 
N
Y
 
I
S
 
A
L
 
V
K
|
K
P
 
P
S
 
T
M
 
A
F
 
L
G
 
F
L
 
C
L
 
L
I
 
A
D
 
N
K
 
P
K
 
Q
-
 
D
-
 
F
-
 
E
-
 
G
-
 
S
-
 
V
-
 
V
T
 
A
C
 
I
F
 
L
E
 
D
Y
 
R
M
 
M
R
 
R
E
 
R
L
 
I
T
 
F
A
 
K
E
 
K
A
 
V
A
 
M
S
 
E
H
 
L
G
 
N
N
 
G
F
 
F
V
 
L
R
 
C
I
 
I
D
|
D
M
|
M
E
 
E
D
 
S
S
 
Y
P
 
R
C
 
H
V
 
K
D
 
E
D
 
I
S
 
I
I
 
L
D
 
E
I
 
V
F
 
F
R
 
R
R
 
R
L
 
L
K
 
K
Q
 
L
E
 
E
F
 
Y
P
 
R
-
 
D
-
 
Y
R
 
P
N
 
H
I
 
L
G
 
G
L
 
I
V
|
V
L
 
L
Q
|
Q
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
D
T
 
N
S
 
D
G
 
K
D
 
D
L
 
L
E
 
D
S
 
D
M
 
L
L
 
L
D
 
A
L
 
W
R
 
A
R
 
K
D
 
E
-
 
H
D
 
K
A
 
V
D
 
Q
L
 
I
N
 
S
F
 
V
R
|
R
L
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
V
x
A
Y
|
Y
V
x
W
E
 
D
P
 
Y
A
 
E
A
 
T
I
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
K
-
 
Q
-
 
N
-
 
D
-
 
W
-
 
E
-
 
V
-
 
P
A
 
V
Y
x
W
K
x
T
A
x
I
Y
x
K
K
 
A
D
 
E
I
x
S
N
 
D
A
 
A
H
 
A
Y
 
Y
L
 
E
E
 
R
D
 
Q
L
 
A
E
 
R
F
 
K
M
 
I
F
 
L
K
 
E
N
 
N
N
 
H
-
 
Q
-
 
I
V
 
C
Y
 
H
A
 
F
A
 
A
I
 
C
A
|
A
T
x
S
H
|
H
D
x
N
T
 
I
P
 
R
L
 
T
I
 
I
Q
 
S
G
 
A
A
 
V
L
 
M
D
 
E
L
 
M
I
 
A
D
 
R
Q
 
E
Y
 
L
Q
 
N
V
 
V
P
 
P
K
 
E
E
 
D
K
 
R
Y
 
Y
E
 
E
F
 
F
Q
|
Q
M
x
V
L
|
L
Y
 
Y
G
 
G
V
 
M
T
 
A
P
 
E
K
 
P
K
 
V
R
 
R
R
 
K
E
 
G
L
 
I
V
 
L
Q
 
K
N
 
V
G
 
A
H
 
G
R
 
R
M
 
I
R
 
R
V
 
L
Y
|
Y
V
 
A
P
 
P
F
 
Y
G
 
G
E
 
N
Q
 
M
-
 
V
-
 
P
W
 
G
F
 
M
G
 
G
Y
|
Y
S
 
L
T
 
V
R
|
R
R
|
R
L
 
L
K
 
L
E
|
E
N
 
N
P
 
T
A
 
A

Sites not aligning to the query:

4nmfB Crystal structure of proline utilization a (puta) from geobacter sulfurreducens pca inactivated by n-propargylglycine and complexed with menadione bisulfite (see paper)
26% identity, 90% coverage: 18:290/303 of query aligns to 93:409/979 of 4nmfB

query
sites
4nmfB
I
 
I
W
 
E
Q
 
E
F
 
M
S
 
A
K
 
R
S
 
Q
Y
 
F
I
 
I
A
 
V
G
 
G
T
 
E
T
 
T
T
 
T
Q
 
K
D
 
E
A
 
A
I
 
V
N
 
K
A
 
N
S
 
L
K
 
E
A
 
K
L
 
L
N
 
R
R
 
K
E
 
D
N
 
G
V
 
F
M
 
A
V
 
A
T
 
V
L
 
V
D
 
D
I
 
V
L
 
L
G
 
G
E
 
E
F
 
A
I
 
T
K
 
L
T
 
S
M
 
E
S
 
E
Q
 
E
A
 
A
A
 
E
K
 
V
N
 
Y
R
 
T
D
 
N
D
 
T
Y
 
Y
L
 
L
A
 
E
L
 
L
I
 
L
R
 
E
T
 
A
I
 
L
-
 
K
-
 
K
E
 
E
A
 
Q
A
 
G
A
 
S
I
 
W
N
 
K
G
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
G
-
 
K
-
 
G
-
 
G
-
 
D
-
 
P
-
 
G
-
 
L
-
 
D
-
 
W
-
 
G
-
 
H
-
 
A
-
 
P
-
 
K
-
 
V
N
 
N
Y
 
I
S
 
A
L
 
V
K
|
K
P
 
P
S
 
T
M
 
A
F
 
L
G
 
F
L
 
C
L
 
L
I
 
A
D
 
N
K
 
P
K
 
Q
-
 
D
-
 
F
-
 
E
-
 
G
-
 
S
-
 
V
-
 
V
T
 
A
C
 
I
F
 
L
E
 
D
Y
 
R
M
 
M
R
 
R
E
 
R
L
 
I
T
 
F
A
 
K
E
 
K
A
 
V
A
 
M
S
 
E
H
 
L
G
 
N
N
 
G
F
 
F
V
 
L
R
 
C
I
 
I
D
|
D
M
|
M
E
 
E
D
 
S
S
 
Y
P
 
R
C
 
H
V
 
K
D
 
E
D
 
I
S
 
I
I
 
L
D
 
E
I
 
V
F
 
F
R
 
R
R
 
R
L
 
L
K
 
K
Q
 
L
E
 
E
F
 
Y
P
 
R
-
 
D
-
 
Y
R
 
P
N
 
H
I
 
L
G
 
G
L
 
I
V
|
V
L
 
L
Q
|
Q
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
D
T
 
N
S
 
D
G
 
K
D
 
D
L
 
L
E
 
D
S
 
D
M
 
L
L
 
L
D
 
A
L
 
W
R
 
A
R
 
K
D
 
E
-
 
H
D
 
K
A
 
V
D
 
Q
L
 
I
N
 
S
F
 
V
R
|
R
L
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
V
x
A
Y
|
Y
V
x
W
E
 
D
P
 
Y
A
 
E
A
 
T
I
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
K
-
 
Q
-
 
N
-
 
D
-
 
W
-
 
E
-
 
V
-
 
P
A
 
V
Y
x
W
K
x
T
A
x
I
Y
x
K
K
 
A
D
 
E
I
x
S
N
 
D
A
 
A
H
 
A
Y
 
Y
L
 
E
E
 
R
D
 
Q
L
 
A
E
 
R
F
 
K
M
 
I
F
 
L
K
 
E
N
 
N
N
 
H
-
 
Q
-
 
I
V
 
C
Y
 
H
A
 
F
A
 
A
I
 
C
A
|
A
T
x
S
H
|
H
D
x
N
T
 
I
P
 
R
L
 
T
I
 
I
Q
 
S
G
 
A
A
 
V
L
 
M
D
 
E
L
 
M
I
 
A
D
 
R
Q
 
E
Y
 
L
Q
 
N
V
 
V
P
 
P
K
 
E
E
 
D
K
 
R
Y
 
Y
E
 
E
F
 
F
Q
|
Q
M
 
V
L
|
L
Y
 
Y
G
 
G
V
 
M
T
 
A
P
 
E
K
 
P
K
 
V
R
 
R
R
 
K
E
 
G
L
 
I
V
 
L
Q
 
K
N
 
V
G
 
A
H
 
G
R
 
R
M
 
I
R
 
R
V
 
L
Y
|
Y
V
 
A
P
 
P
F
 
Y
G
 
G
E
 
N
Q
 
M
-
 
V
-
 
P
W
 
G
F
 
M
G
 
G
Y
|
Y
S
 
L
T
 
V
R
|
R
R
|
R
L
 
L
K
 
L
E
|
E
N
 
N
P
 
T
A
 
A

Sites not aligning to the query:

4nmeA Crystal structure of proline utilization a (puta) from geobacter sulfurreducens pca inactivated by n-propargylglycine (see paper)
26% identity, 90% coverage: 18:290/303 of query aligns to 92:405/972 of 4nmeA

query
sites
4nmeA
I
 
I
W
 
E
Q
 
E
F
 
M
S
 
A
K
 
R
S
 
Q
Y
 
F
I
 
I
A
 
V
G
 
G
T
 
E
T
 
T
T
 
T
Q
 
K
D
 
E
A
 
A
I
 
V
N
 
K
A
 
N
S
 
L
K
 
E
A
 
K
L
 
L
N
 
R
R
 
K
E
 
D
N
 
G
V
 
F
M
 
A
V
 
A
T
 
V
L
 
V
D
 
D
I
 
V
L
 
L
G
 
G
E
 
E
F
 
A
I
 
T
K
 
L
T
 
S
M
 
E
S
 
E
Q
 
E
A
 
A
A
 
E
K
 
V
N
 
Y
R
 
T
D
 
N
D
 
T
Y
 
Y
L
 
L
A
 
E
L
 
L
I
 
L
R
 
E
T
 
A
I
 
L
-
 
K
-
 
K
E
 
E
A
 
Q
A
 
G
A
 
S
I
 
W
N
 
K
G
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
G
-
 
K
-
 
G
-
 
G
-
 
D
-
 
P
-
 
G
-
 
L
-
 
D
-
 
W
-
 
G
-
 
H
-
 
A
-
 
P
-
 
K
-
 
V
N
 
N
Y
 
I
S
 
A
L
 
V
K
|
K
P
 
P
S
 
T
M
 
A
F
 
L
G
 
F
L
 
C
L
 
L
I
 
A
D
 
N
K
 
P
K
 
Q
-
 
D
-
 
F
-
 
E
-
 
G
-
 
S
-
 
V
-
 
V
T
 
A
C
 
I
F
 
L
E
 
D
Y
 
R
M
 
M
R
 
R
E
 
R
L
 
I
T
 
F
A
 
K
E
 
K
A
 
V
A
 
M
S
 
E
H
 
L
G
 
N
N
 
G
F
 
F
V
 
L
R
 
C
I
 
I
D
|
D
M
|
M
E
 
E
D
 
S
S
 
Y
P
 
R
C
 
H
V
 
K
D
 
E
D
 
I
S
 
I
I
 
L
D
 
E
I
 
V
F
 
F
R
 
R
R
 
R
L
 
L
K
 
K
Q
 
L
E
 
E
F
 
Y
P
 
R
R
 
D
-
 
Y
-
 
P
N
 
H
I
 
L
G
 
G
L
 
I
V
|
V
L
 
L
Q
|
Q
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
D
T
 
N
S
 
D
G
 
K
D
 
D
L
 
L
E
 
D
S
 
D
M
 
L
L
 
L
D
 
A
L
 
W
R
 
A
R
 
K
D
 
E
-
 
H
D
 
K
A
 
V
D
 
Q
L
 
I
N
 
S
F
 
V
R
|
R
L
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
V
x
A
Y
 
Y
V
x
W
E
 
D
P
 
Y
A
 
E
A
 
T
I
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
K
-
 
Q
-
 
N
-
 
D
-
 
W
-
 
E
-
 
V
-
 
P
A
 
V
Y
x
W
K
x
T
A
x
I
Y
x
K
K
 
A
D
 
E
I
x
S
N
 
D
A
 
A
H
 
A
Y
 
Y
L
 
E
E
 
R
D
 
Q
L
 
A
E
 
R
F
 
K
M
 
I
F
 
L
K
 
E
N
 
N
N
 
H
-
 
Q
-
 
I
V
 
C
Y
 
H
A
 
F
A
 
A
I
 
C
A
|
A
T
x
S
H
|
H
D
x
N
T
 
I
P
 
R
L
 
T
I
 
I
Q
 
S
G
 
A
A
 
V
L
 
M
D
 
E
L
 
M
I
 
A
D
 
R
Q
 
E
Y
 
L
Q
 
N
V
 
V
P
 
P
K
 
E
E
 
D
K
 
R
Y
 
Y
E
 
E
F
 
F
Q
|
Q
M
 
V
L
|
L
Y
 
Y
G
 
G
V
 
M
T
 
V
P
 
-
K
 
-
K
 
-
R
 
R
R
 
K
E
 
G
L
 
I
V
 
L
Q
 
K
N
 
V
G
 
A
H
 
G
R
 
R
M
 
I
R
 
R
V
 
L
Y
|
Y
V
 
A
P
 
P
F
 
Y
G
 
G
E
 
N
Q
 
M
-
 
V
-
 
P
W
 
G
F
 
M
G
 
G
Y
 
Y
S
 
L
T
 
V
R
 
R
R
 
R
L
 
L
K
 
L
E
|
E
N
 
N
P
 
T
A
 
A

Sites not aligning to the query:

5ur2B Crystal structure of proline utilization a (puta) from bdellovibrio bacteriovorus inactivated by n-propargylglycine (see paper)
27% identity, 90% coverage: 16:288/303 of query aligns to 84:399/959 of 5ur2B

query
sites
5ur2B
K
 
K
L
 
N
I
 
V
W
 
M
Q
 
G
F
 
M
S
 
A
K
 
K
S
 
M
Y
 
F
I
 
I
A
 
T
G
 
G
T
 
E
T
 
S
T
 
P
Q
 
D
D
 
E
A
 
A
I
 
L
N
 
P
A
 
V
S
 
L
K
 
K
A
 
K
L
 
A
N
 
R
R
 
K
E
 
N
N
 
K
V
 
M
M
 
T
V
 
F
T
 
T
L
 
V
D
 
D
I
 
I
L
 
L
G
 
G
E
 
E
F
 
A
I
 
T
K
 
L
T
 
S
M
 
E
S
 
K
Q
 
E
A
 
A
A
 
Q
K
 
D
N
 
Y
R
 
S
D
 
N
D
 
K
Y
 
Y
L
 
M
A
 
E
L
 
L
I
 
V
-
 
T
-
 
W
-
 
L
-
 
A
-
 
K
-
 
D
-
 
A
-
 
E
-
 
K
-
 
W
-
 
D
-
 
E
-
 
V
-
 
P
-
 
Q
-
 
I
-
 
D
R
 
R
T
 
D
I
 
H
E
 
E
A
 
G
A
 
A
A
 
L
I
 
P
N
 
K
G
 
V
N
 
N
Y
 
V
S
 
S
L
 
V
K
|
K
-
 
M
P
 
T
S
 
A
M
 
L
F
 
Y
G
 
S
L
 
Q
L
 
I
I
 
K
D
 
D
-
 
A
-
 
A
-
 
W
-
 
D
-
 
E
-
 
S
K
 
K
K
 
K
T
 
I
C
 
L
F
 
K
E
 
D
Y
 
R
M
 
L
R
 
R
E
 
P
L
 
V
T
 
F
A
 
R
E
 
L
A
 
G
A
 
M
S
 
E
H
 
K
G
 
G
N
 
V
F
 
F
V
 
V
R
 
N
I
 
L
D
|
D
M
|
M
E
 
E
D
 
Q
S
 
Y
P
 
S
C
 
V
V
 
K
D
 
H
D
 
L
S
 
T
I
 
L
D
 
E
I
 
V
F
 
F
R
 
T
R
 
E
L
 
L
-
 
I
-
 
N
K
 
E
Q
 
P
E
 
E
F
 
F
P
 
K
-
 
N
-
 
Y
R
 
K
N
 
F
I
 
F
G
 
G
L
 
I
V
 
V
L
 
I
Q
|
Q
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
K
 
R
R
 
D
T
 
S
S
 
F
G
 
E
D
 
D
L
 
V
E
 
K
S
 
S
M
 
L
L
 
T
D
 
E
L
 
F
-
 
A
R
 
Q
R
 
K
D
 
R
D
 
G
A
 
T
D
 
P
L
 
F
N
 
W
F
 
V
R
 
R
L
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
V
x
A
Y
 
Y
V
x
W
E
 
D
P
 
Y
A
 
E
A
 
T
I
 
I
-
 
E
-
 
A
-
 
E
-
 
Q
-
 
R
-
 
G
-
 
W
-
 
P
-
 
V
-
 
P
-
 
V
-
x
Y
A
x
T
Y
x
N
K
|
K
A
 
A
Y
 
E
K
x
S
D
 
D
I
 
A
N
 
N
-
 
Y
-
 
E
-
 
L
-
 
C
-
 
A
A
 
K
H
 
Y
Y
 
L
L
 
L
E
 
E
D
 
N
L
 
I
E
 
K
F
 
F
M
 
-
F
 
-
K
 
-
N
 
-
N
 
-
V
 
I
Y
 
R
A
 
P
A
 
A
I
 
F
A
|
A
T
x
S
H
|
H
D
x
N
T
 
V
P
 
R
L
 
T
I
 
L
Q
 
A
G
 
A
A
 
C
L
 
M
D
 
L
L
 
Y
I
 
A
D
 
E
Q
 
K
Y
 
L
Q
 
N
V
 
I
P
 
P
K
 
K
E
 
E
K
 
A
Y
 
L
E
 
E
F
 
F
Q
|
Q
M
|
M
L
|
L
Y
 
Y
G
 
G
V
 
M
T
 
A
P
 
E
K
 
P
K
 
I
R
 
K
R
 
K
E
 
T
L
 
I
V
 
V
Q
 
D
N
 
M
G
 
G
H
 
Y
R
 
R
M
 
M
R
 
R
V
 
E
Y
|
Y
V
 
A
P
 
P
F
 
V
G
 
G
E
 
E
Q
 
L
W
 
I
F
 
P
G
 
G
-
 
M
-
 
A
Y
 
Y
S
 
L
T
 
V
R
 
R
R
 
R
L
 
L
K
 
L
E
|
E
N
 
N

Sites not aligning to the query:

4nmcA Crystal structure of oxidized proline utilization a (puta) from geobacter sulfurreducens pca complexed with zwittergent 3-12 (see paper)
25% identity, 91% coverage: 18:292/303 of query aligns to 83:400/941 of 4nmcA

query
sites
4nmcA
I
 
I
W
 
E
Q
 
E
F
 
M
S
 
A
K
 
R
S
 
Q
Y
 
F
I
 
I
A
 
V
G
 
G
T
 
E
T
 
T
T
 
T
Q
 
K
D
 
E
A
 
A
I
 
V
N
 
K
A
 
N
S
 
L
K
 
E
A
 
K
L
 
L
N
 
R
R
 
K
E
 
D
N
 
G
V
 
F
M
 
A
V
 
A
T
 
V
L
 
V
D
 
D
I
 
V
L
 
L
G
 
G
E
 
E
F
 
A
I
 
T
K
 
L
T
 
S
M
 
E
S
 
E
Q
 
E
A
 
A
A
 
E
K
 
V
N
 
Y
R
 
T
D
 
N
D
 
T
Y
 
Y
L
 
L
A
 
E
L
 
L
I
 
L
R
 
E
T
 
A
I
 
L
-
 
K
-
 
K
E
 
E
A
 
Q
A
 
G
A
 
S
I
 
W
N
 
K
G
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
G
-
 
K
-
 
G
-
 
G
-
 
D
-
 
P
-
 
G
-
 
L
-
 
D
-
 
W
-
 
G
-
 
H
-
 
A
-
 
P
-
 
K
-
 
V
N
 
N
Y
 
I
S
 
A
L
 
V
K
 
K
P
 
P
S
 
T
M
 
A
F
 
L
G
 
F
L
 
C
L
 
L
I
 
A
D
 
N
K
 
P
K
 
Q
-
 
D
-
 
F
-
 
E
-
 
G
-
 
S
-
 
V
-
 
V
T
 
A
C
 
I
F
 
L
E
 
D
Y
 
R
M
 
M
R
 
R
E
 
R
L
 
I
T
 
F
A
 
K
E
 
K
A
 
V
A
 
M
S
 
E
H
 
L
G
 
N
N
 
G
F
 
F
V
 
L
R
 
C
I
 
I
D
|
D
M
|
M
E
 
E
D
 
S
S
 
Y
P
 
R
C
 
H
V
 
K
D
 
E
D
 
I
S
 
I
I
 
L
D
 
E
I
 
V
F
 
F
R
 
R
R
 
R
L
 
L
K
 
K
Q
 
L
E
 
E
F
 
Y
P
 
R
-
 
D
-
 
Y
R
 
P
N
 
H
I
 
L
G
 
G
L
 
I
V
|
V
L
 
L
Q
|
Q
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
D
T
 
N
S
 
D
G
 
K
D
 
D
L
 
L
E
 
D
S
 
D
M
 
L
L
 
L
D
 
A
L
 
W
R
 
A
R
 
K
D
 
E
-
 
H
D
 
K
A
 
V
D
 
Q
L
 
I
N
 
S
F
 
V
R
|
R
L
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
V
x
A
Y
 
Y
V
x
W
E
 
D
P
 
Y
A
 
E
A
 
T
I
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
K
-
 
Q
-
 
N
-
 
D
-
 
W
-
 
E
-
 
V
-
 
P
A
 
V
Y
x
W
K
x
T
A
x
I
Y
x
K
K
 
A
D
 
E
I
x
S
N
 
D
A
 
A
H
 
A
Y
 
Y
L
 
E
E
 
R
D
 
Q
L
 
A
E
 
R
F
 
K
M
 
I
F
 
L
K
 
E
N
 
N
N
 
H
-
 
Q
-
 
I
V
 
C
Y
 
H
A
 
F
A
 
A
I
 
C
A
|
A
T
x
S
H
|
H
D
x
N
T
 
I
P
 
R
L
 
T
I
 
I
Q
 
S
G
 
A
A
 
V
L
 
M
D
 
E
L
 
M
I
 
A
D
 
R
Q
 
E
Y
 
L
Q
 
N
V
 
V
P
 
P
K
 
E
E
 
D
K
 
R
Y
 
Y
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
M
 
V
L
|
L
Y
 
Y
G
 
G
V
 
M
T
 
A
P
 
E
K
 
P
K
 
V
R
 
R
R
 
K
E
 
G
L
 
I
V
 
L
Q
 
K
N
 
V
G
 
A
H
 
G
R
 
R
M
 
I
R
 
R
V
 
L
Y
|
Y
V
 
A
P
 
P
F
 
Y
G
 
G
E
 
N
Q
 
M
W
 
V
F
 
P
G
 
G
Y
 
M
S
 
G
-
 
Y
T
 
L
R
 
E
R
 
R
L
 
L
K
 
L
E
 
E
N
 
D
P
 
P
A
 
A
M
 
V
V
 
T

Sites not aligning to the query:

9d7lA Bifunctional protein PutA (see paper)
26% identity, 89% coverage: 20:290/303 of query aligns to 52:355/380 of 9d7lA

query
sites
9d7lA
Q
 
K
F
 
H
S
 
G
K
 
E
S
 
Q
Y
 
F
I
 
V
A
 
T
G
 
G
T
 
E
T
 
T
T
 
I
Q
 
R
D
 
E
A
 
A
I
 
L
N
 
K
A
 
R
S
 
S
K
 
K
A
 
E
L
 
L
N
 
E
R
 
E
E
 
K
N
 
G
V
 
F
M
 
S
V
 
Y
T
 
S
L
 
Y
D
 
D
I
 
M
L
 
L
G
 
G
E
 
E
F
 
A
I
 
A
K
 
T
T
 
T
M
 
A
S
 
A
Q
 
D
A
 
A
A
 
E
K
 
R
N
 
Y
R
 
Y
D
 
R
D
 
D
Y
 
Y
L
 
E
A
 
S
L
 
A
I
 
I
R
 
H
T
 
A
I
 
I
-
 
G
E
 
K
A
 
A
A
 
S
A
 
A
I
 
G
N
 
R
G
 
G
N
 
I
Y
 
Y
-
 
E
-
 
G
-
 
P
-
 
G
-
 
I
S
 
S
L
 
I
K
|
K
P
 
L
S
 
S
M
 
A
F
 
L
G
 
H
L
 
P
L
 
R
I
 
Y
D
 
S
K
 
R
K
 
A
T
 
Q
C
 
A
F
 
A
E
 
R
Y
 
V
M
 
M
R
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
L
A
 
P
E
 
R
-
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
L
-
 
A
-
 
L
-
 
L
A
 
A
A
 
K
S
 
N
H
 
Y
G
 
D
N
 
I
F
 
G
V
 
L
R
 
N
I
 
I
D
|
D
M
x
A
E
 
E
D
 
E
S
 
A
P
 
D
C
 
R
V
 
L
D
 
E
D
 
L
S
 
S
I
 
L
D
 
D
I
 
L
F
 
L
R
 
E
R
 
V
L
 
L
K
 
C
Q
 
L
E
 
D
F
 
G
P
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
G
-
 
W
R
 
N
N
 
G
I
 
M
G
 
G
L
 
F
V
|
V
L
 
V
Q
|
Q
A
 
A
Y
 
Y
L
 
G
K
 
K
R
 
R
T
 
C
S
 
P
G
 
F
D
 
V
L
 
L
E
 
D
S
 
F
M
 
I
L
 
I
D
 
D
L
 
L
-
 
A
R
 
R
R
 
R
D
 
S
D
 
G
A
 
R
D
 
R
L
 
I
N
 
M
F
 
V
R
|
R
L
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
V
x
A
Y
|
Y
V
x
W
E
 
D
P
 
A
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
R
-
 
A
-
 
Q
-
 
L
-
 
D
-
 
A
-
 
D
-
 
F
A
 
P
A
 
V
I
x
F
A
x
T
Y
x
R
K
|
K
A
 
I
Y
 
H
K
x
T
D
 
D
I
 
V
N
 
S
A
 
Y
H
 
I
Y
 
A
L
 
C
E
 
A
D
 
A
L
 
K
E
 
L
F
 
L
M
 
A
F
 
A
K
 
T
N
 
D
N
 
V
V
 
V
Y
 
F
A
 
P
A
 
Q
I
 
F
A
|
A
T
|
T
H
|
H
D
x
N
T
 
A
P
 
Q
L
 
T
I
 
L
Q
 
A
G
 
A
A
 
I
L
 
Y
D
 
H
L
 
M
I
 
A
D
 
G
Q
 
K
-
 
D
Y
 
F
Q
 
H
V
 
V
P
 
G
K
 
-
E
 
-
K
 
K
Y
 
Y
E
 
E
F
 
F
Q
|
Q
M
x
C
L
|
L
Y
 
H
G
 
G
V
 
M
T
 
G
P
 
E
K
 
P
K
 
L
R
 
Y
R
 
E
E
 
E
L
 
V
V
 
V
Q
 
G
N
 
R
G
 
G
-
 
K
-
 
L
-
 
D
H
 
R
R
 
P
M
 
C
R
 
R
V
 
I
Y
|
Y
V
 
A
P
 
P
F
 
V
G
 
G
-
 
T
-
 
H
E
 
E
Q
 
T
W
 
L
F
 
L
G
 
A
Y
|
Y
S
 
L
T
 
V
R
 
R
R
 
R
L
 
L
K
 
L
E
|
E
N
 
N
P
 
G
A
 
A

Sites not aligning to the query:

9c8aA Minimal puta proline dehydrogenase domain (design #2) with the fad n5 modified with propanal resulting from inactivation with n- allylglycine(replicate #1) (see paper)
26% identity, 89% coverage: 20:290/303 of query aligns to 51:356/382 of 9c8aA

query
sites
9c8aA
Q
 
K
F
 
H
S
 
G
K
 
E
S
 
Q
Y
 
F
I
 
V
A
 
T
G
 
G
T
 
E
T
 
T
T
 
I
Q
 
R
D
 
E
A
 
A
I
 
L
N
 
K
A
 
R
S
 
S
K
 
K
A
 
E
L
 
L
N
 
E
R
 
E
E
 
K
N
 
G
V
 
F
M
 
S
V
 
Y
T
 
S
L
 
Y
D
 
D
I
 
M
L
 
L
G
 
G
E
 
E
F
 
A
I
 
A
K
 
T
T
 
T
M
 
A
S
 
A
Q
 
D
A
 
A
A
 
E
K
 
R
N
 
Y
R
 
Y
D
 
R
D
 
D
Y
 
Y
L
 
E
A
 
S
L
 
A
I
 
I
R
 
H
T
 
A
I
 
I
-
 
G
E
 
K
A
 
A
A
 
S
A
 
A
I
 
G
N
 
R
G
 
G
N
 
I
Y
 
Y
-
 
E
-
 
G
-
 
P
-
 
G
-
 
I
S
 
S
L
 
I
K
 
K
P
 
L
S
 
S
M
 
A
F
 
L
G
 
H
L
 
P
L
 
R
I
 
Y
D
 
S
K
 
R
K
 
A
T
 
Q
C
 
A
F
 
A
E
 
R
Y
 
V
M
 
M
R
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
L
A
 
P
E
 
R
-
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
L
-
 
A
-
 
L
-
 
L
A
 
A
A
 
K
S
 
N
H
 
Y
G
 
D
N
 
I
F
 
G
V
 
L
R
 
N
I
 
I
D
|
D
M
x
A
E
 
E
D
 
E
S
 
A
P
 
D
C
 
R
V
 
L
D
 
E
D
 
L
S
 
S
I
 
L
D
 
D
I
 
L
F
 
L
R
 
E
R
 
V
L
 
L
K
 
C
Q
 
L
E
 
D
F
 
G
P
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
G
-
 
W
R
 
N
N
 
G
I
 
M
G
 
G
L
 
F
V
|
V
L
 
V
Q
|
Q
A
 
A
Y
 
Y
L
 
G
K
 
K
R
 
R
T
 
C
S
 
P
G
 
F
D
 
V
L
 
L
E
 
D
S
 
F
M
 
I
L
 
I
D
 
D
L
 
L
-
 
A
R
 
R
R
 
R
D
 
S
D
 
G
A
 
R
D
 
R
L
 
I
N
 
M
F
 
V
R
|
R
L
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
V
x
A
Y
|
Y
V
x
W
E
 
D
P
 
A
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
R
-
 
A
-
 
Q
-
 
L
-
 
D
-
 
G
-
 
L
-
 
A
-
 
D
-
 
F
A
 
P
A
 
V
I
x
F
A
x
T
Y
x
R
K
|
K
A
 
I
Y
 
H
K
x
T
D
 
D
I
 
V
N
 
S
A
 
Y
H
 
I
Y
 
A
L
 
C
E
 
A
D
 
A
L
 
K
E
 
L
F
 
L
M
 
A
F
 
A
K
 
T
N
 
D
N
 
V
V
 
V
Y
 
F
A
 
P
A
 
Q
I
 
F
A
|
A
T
|
T
H
|
H
D
x
N
T
 
A
P
 
Q
L
 
T
I
 
L
Q
 
A
G
 
A
A
 
I
L
 
Y
D
 
H
L
 
M
I
 
A
D
 
G
Q
 
K
-
 
D
Y
 
F
Q
 
H
V
 
V
P
 
G
K
 
-
E
 
-
K
 
K
Y
 
Y
E
 
E
F
 
F
Q
|
Q
M
x
C
L
|
L
Y
 
H
G
 
G
V
 
M
T
 
G
P
 
E
K
 
P
K
 
L
R
 
Y
R
 
E
E
 
E
L
 
V
V
 
V
Q
 
G
N
 
R
G
 
G
-
 
K
-
 
L
-
 
D
H
 
R
R
 
P
M
 
C
R
 
R
V
 
I
Y
 
Y
V
 
A
P
 
P
F
 
V
G
 
G
-
 
T
-
 
H
E
 
E
Q
 
T
W
 
L
F
 
L
G
 
A
Y
 
Y
S
 
L
T
 
V
R
 
R
R
 
R
L
 
L
K
 
L
E
|
E
N
 
N
P
 
G
A
 
A

Sites not aligning to the query:

8w0kB Minimal puta proline dehydrogenase domain (design #2) complexed with 1-hydroxyethane-1-sulfonate (see paper)
26% identity, 89% coverage: 22:290/303 of query aligns to 54:357/383 of 8w0kB

query
sites
8w0kB
S
 
G
K
 
E
S
 
Q
Y
 
F
I
 
V
A
 
T
G
 
G
T
 
E
T
 
T
T
 
I
Q
 
R
D
 
E
A
 
A
I
 
L
N
 
K
A
 
R
S
 
S
K
 
K
A
 
E
L
 
L
N
 
E
R
 
E
E
 
K
N
 
G
V
 
F
M
 
S
V
 
Y
T
 
S
L
 
Y
D
 
D
I
 
M
L
 
L
G
 
G
E
 
E
F
 
A
I
 
A
K
 
T
T
 
T
M
 
A
S
 
A
Q
 
D
A
 
A
A
 
E
K
 
R
N
 
Y
R
 
Y
D
 
R
D
 
D
Y
 
Y
L
 
E
A
 
S
L
 
A
I
 
I
R
 
H
T
 
A
I
 
I
-
 
G
E
 
K
A
 
A
A
 
S
A
 
A
I
 
G
N
 
R
G
 
G
N
 
I
Y
 
Y
-
 
E
-
 
G
-
 
P
-
 
G
-
 
I
S
 
S
L
 
I
K
|
K
P
 
L
S
 
S
M
 
A
F
 
L
G
 
H
L
 
P
L
 
R
I
 
Y
D
 
S
K
 
R
K
 
A
T
 
Q
C
 
A
F
 
A
E
 
R
Y
 
V
M
 
M
R
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
L
A
 
P
E
 
R
-
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
L
-
 
A
-
 
L
-
 
L
A
 
A
A
 
K
S
 
N
H
 
Y
G
 
D
N
 
I
F
 
G
V
 
L
R
 
N
I
 
I
D
|
D
M
x
A
E
 
E
D
 
E
S
 
A
P
 
D
C
 
R
V
 
L
D
 
E
D
 
L
S
 
S
I
 
L
D
 
D
I
 
L
F
 
L
R
 
E
R
 
V
L
 
L
K
 
C
Q
 
L
E
 
D
F
 
G
P
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
G
-
 
W
R
 
N
N
 
G
I
 
M
G
 
G
L
 
F
V
|
V
L
 
V
Q
|
Q
A
 
A
Y
 
Y
L
 
G
K
 
K
R
 
R
T
 
C
S
 
P
G
 
F
D
 
V
L
 
L
E
 
D
S
 
F
M
 
I
L
 
I
D
 
D
L
 
L
-
 
A
R
 
R
R
 
R
D
 
S
D
 
G
A
 
R
D
 
R
L
 
I
N
 
M
F
 
V
R
|
R
L
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
V
x
A
Y
|
Y
V
x
W
E
 
D
P
 
A
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
R
-
 
A
-
 
Q
-
 
L
-
 
D
-
 
G
-
 
L
-
 
A
-
 
D
-
 
F
A
 
P
A
 
V
I
x
F
A
x
T
Y
x
R
K
|
K
A
 
I
Y
 
H
K
x
T
D
 
D
I
 
V
N
 
S
A
 
Y
H
 
I
Y
 
A
L
 
C
E
 
A
D
 
A
L
 
K
E
 
L
F
 
L
M
 
A
F
 
A
K
 
T
N
 
D
N
 
V
V
 
V
Y
 
F
A
 
P
A
 
Q
I
 
F
A
|
A
T
|
T
H
|
H
D
x
N
T
 
A
P
 
Q
L
 
T
I
 
L
Q
 
A
G
 
A
A
 
I
L
 
Y
D
 
H
L
 
M
I
 
A
D
 
G
Q
 
K
-
 
D
Y
 
F
Q
 
H
V
 
V
P
 
G
K
 
-
E
 
-
K
 
K
Y
 
Y
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
M
x
C
L
|
L
Y
 
H
G
 
G
V
 
M
T
 
G
P
 
E
K
 
P
K
 
L
R
 
Y
R
 
E
E
 
E
L
 
V
V
 
V
Q
 
G
N
 
R
G
 
G
-
 
K
-
 
L
-
 
D
H
 
R
R
 
P
M
 
C
R
 
R
V
 
I
Y
|
Y
V
 
A
P
 
P
F
 
V
G
 
G
-
 
T
-
 
H
E
 
E
Q
 
T
W
 
L
F
 
L
G
 
A
Y
|
Y
S
 
L
T
 
V
R
|
R
R
|
R
L
 
L
K
 
L
E
|
E
N
 
N
P
 
G
A
 
A

Sites not aligning to the query:

8dkoB Minimal puta proline dehydrogenase domain (design #1) complexed with s-(-)-tetrahydro-2-furoic acid (see paper)
26% identity, 89% coverage: 21:290/303 of query aligns to 58:362/393 of 8dkoB

query
sites
8dkoB
F
 
M
S
 
G
K
 
E
S
 
Q
Y
 
F
I
 
V
A
 
T
G
 
G
T
 
E
T
 
T
T
 
I
Q
 
R
D
 
E
A
 
A
I
 
L
N
 
K
A
 
R
S
 
S
K
 
K
A
 
E
L
 
L
N
 
E
R
 
E
E
 
K
N
 
G
V
 
F
M
 
S
V
 
Y
T
 
S
L
 
Y
D
 
D
I
 
M
L
 
L
G
 
G
E
 
E
F
 
A
I
 
A
K
 
T
T
 
T
M
 
A
S
 
A
Q
 
D
A
 
A
A
 
E
K
 
R
N
 
Y
R
 
Y
D
 
R
D
 
D
Y
 
Y
L
 
E
A
 
S
L
 
A
I
 
I
R
 
H
T
 
A
I
 
I
-
 
G
E
 
K
A
 
A
A
 
S
A
 
A
I
 
G
N
 
R
G
 
G
N
 
I
Y
 
Y
-
 
E
-
 
G
-
 
P
-
 
G
-
 
I
S
 
S
L
 
I
K
|
K
P
 
L
S
 
S
M
 
A
F
 
L
G
 
H
L
 
P
L
 
R
I
 
Y
D
 
S
K
 
R
K
 
A
T
 
Q
C
 
A
F
 
A
E
 
R
Y
 
V
M
 
M
R
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
L
A
 
P
E
 
R
-
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
L
-
 
A
-
 
L
-
 
L
A
 
A
A
 
K
S
 
N
H
 
Y
G
 
D
N
 
I
F
 
G
V
 
L
R
 
N
I
 
I
D
|
D
M
x
A
E
 
E
D
 
E
S
 
A
P
 
D
C
 
R
V
 
L
D
 
E
D
 
L
S
 
S
I
 
L
D
 
D
I
 
L
F
 
L
R
 
E
R
 
V
L
 
L
K
 
C
Q
 
L
E
 
D
F
 
G
P
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
G
-
 
W
R
 
N
N
 
G
I
 
M
G
 
G
L
 
F
V
|
V
L
 
V
Q
|
Q
A
 
A
Y
 
Y
L
 
G
K
 
K
R
 
R
T
 
C
S
 
P
G
 
F
D
 
V
L
 
L
E
 
D
S
 
F
M
 
I
L
 
I
D
 
D
L
 
L
-
 
A
R
 
R
R
 
R
D
 
S
D
 
G
A
 
R
D
 
R
L
 
I
N
 
M
F
 
V
R
|
R
L
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
V
x
A
Y
|
Y
V
x
W
E
 
D
P
 
A
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
R
-
 
A
-
 
Q
-
 
L
-
 
D
-
 
G
-
 
L
-
 
A
-
 
D
-
 
F
A
 
P
A
 
V
I
x
F
A
x
T
Y
x
R
K
|
K
A
 
I
Y
 
H
K
x
T
D
 
D
I
 
V
N
 
S
A
 
Y
H
 
I
Y
 
A
L
 
C
E
 
A
D
 
A
L
 
K
E
 
L
F
 
L
M
 
A
F
 
A
K
 
T
N
 
D
N
 
V
V
 
V
Y
 
F
A
 
P
A
 
Q
I
 
F
A
|
A
T
|
T
H
|
H
D
x
N
T
 
A
P
 
Q
L
 
T
I
 
L
Q
 
A
G
 
A
A
 
I
L
 
Y
D
 
H
L
 
M
I
 
A
D
 
G
Q
 
K
-
 
D
Y
 
F
Q
 
H
V
 
V
P
 
-
K
 
-
E
 
G
K
 
K
Y
 
Y
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
M
x
C
L
|
L
Y
 
H
G
 
G
V
 
M
T
 
G
P
 
E
K
 
P
K
 
L
R
 
Y
R
 
E
E
 
E
L
 
V
V
 
V
Q
 
G
N
 
R
G
 
G
-
 
K
-
 
L
-
 
D
H
 
R
R
 
P
M
 
C
R
 
R
V
 
I
Y
|
Y
V
 
A
P
 
P
F
 
V
G
 
G
-
 
T
-
 
H
E
 
E
Q
 
T
W
 
L
F
 
L
G
 
A
Y
 
Y
S
 
L
T
 
V
R
|
R
R
|
R
L
 
L
K
 
L
E
|
E
N
 
N
P
 
G
A
 
A

Sites not aligning to the query:

8w0kA Minimal puta proline dehydrogenase domain (design #2) complexed with 1-hydroxyethane-1-sulfonate (see paper)
26% identity, 89% coverage: 22:290/303 of query aligns to 51:354/380 of 8w0kA

query
sites
8w0kA
S
 
G
K
 
E
S
 
Q
Y
 
F
I
 
V
A
 
T
G
 
G
T
 
E
T
 
T
T
 
I
Q
 
R
D
 
E
A
 
A
I
 
L
N
 
K
A
 
R
S
 
S
K
 
K
A
 
E
L
 
L
N
 
E
R
 
E
E
 
K
N
 
G
V
 
F
M
 
S
V
 
Y
T
 
S
L
 
Y
D
 
D
I
 
M
L
 
L
G
 
G
E
 
E
F
 
A
I
 
A
K
 
T
T
 
T
M
 
A
S
 
A
Q
 
D
A
 
A
A
 
E
K
 
R
N
 
Y
R
 
Y
D
 
R
D
 
D
Y
 
Y
L
 
E
A
 
S
L
 
A
I
 
I
R
 
H
T
 
A
I
 
I
-
 
G
E
 
K
A
 
A
A
 
S
A
 
A
I
 
G
N
 
R
G
 
G
N
 
I
Y
 
Y
-
 
E
-
 
G
-
 
P
-
 
G
-
 
I
S
 
S
L
 
I
K
|
K
P
 
L
S
 
S
M
 
A
F
 
L
G
 
H
L
 
P
L
 
R
I
 
Y
D
 
S
K
 
R
K
 
A
T
 
Q
C
 
A
F
 
A
E
 
R
Y
 
V
M
 
M
R
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
L
A
 
P
E
 
R
-
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
L
-
 
A
-
 
L
-
 
L
A
 
A
A
 
K
S
 
N
H
 
Y
G
 
D
N
 
I
F
 
G
V
 
L
R
 
N
I
 
I
D
|
D
M
x
A
E
 
E
D
 
E
S
 
A
P
 
D
C
 
R
V
 
L
D
 
E
D
 
L
S
 
S
I
 
L
D
 
D
I
 
L
F
 
L
R
 
E
R
 
V
L
 
L
K
 
C
Q
 
L
E
 
D
F
 
G
P
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
G
-
 
W
R
 
N
N
 
G
I
 
M
G
 
G
L
 
F
V
|
V
L
 
V
Q
|
Q
A
 
A
Y
 
Y
L
 
G
K
 
K
R
 
R
T
 
C
S
 
P
G
 
F
D
 
V
L
 
L
E
 
D
S
 
F
M
 
I
L
 
I
D
 
D
L
 
L
-
 
A
R
 
R
R
 
R
D
 
S
D
 
G
A
 
R
D
 
R
L
 
I
N
 
M
F
 
V
R
|
R
L
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
V
x
A
Y
|
Y
V
x
W
E
 
D
P
 
A
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
R
-
 
A
-
 
Q
-
 
L
-
 
D
-
 
G
-
 
L
-
 
A
-
 
D
-
 
F
A
 
P
A
 
V
I
x
F
A
x
T
Y
x
R
K
|
K
A
 
I
Y
 
H
K
x
T
D
 
D
I
 
V
N
 
S
A
 
Y
H
 
I
Y
 
A
L
 
C
E
 
A
D
 
A
L
 
K
E
 
L
F
 
L
M
 
A
F
 
A
K
 
T
N
 
D
N
 
V
V
 
V
Y
 
F
A
 
P
A
 
Q
I
 
F
A
|
A
T
|
T
H
|
H
D
x
N
T
 
A
P
 
Q
L
 
T
I
 
L
Q
 
A
G
 
A
A
 
I
L
 
Y
D
 
H
L
 
M
I
 
A
D
 
G
Q
 
K
-
 
D
Y
 
F
Q
 
H
V
 
V
P
 
G
K
 
-
E
 
-
K
 
K
Y
 
Y
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
M
x
C
L
|
L
Y
 
H
G
 
G
V
 
M
T
 
G
P
 
E
K
 
P
K
 
L
R
 
Y
R
 
E
E
 
E
L
 
V
V
 
V
Q
 
G
N
 
R
G
 
G
-
 
K
-
 
L
-
 
D
H
 
R
R
 
P
M
 
C
R
 
R
V
 
I
Y
|
Y
V
 
A
P
 
P
F
 
V
G
 
G
-
 
T
-
 
H
E
 
E
Q
 
T
W
 
L
F
 
L
G
 
A
Y
|
Y
S
 
L
T
 
V
R
|
R
R
|
R
L
 
L
K
 
L
E
|
E
N
 
N
P
 
G
A
 
A

Sites not aligning to the query:

8uq1A Minimal puta proline dehydrogenase domain (design #2) complexed with (allylthio)acetic acid (see paper)
26% identity, 88% coverage: 23:290/303 of query aligns to 64:366/393 of 8uq1A

query
sites
8uq1A
K
 
E
S
 
Q
Y
 
F
I
 
V
A
 
T
G
 
G
T
 
E
T
 
T
T
 
I
Q
 
R
D
 
E
A
 
A
I
 
L
N
 
K
A
 
R
S
 
S
K
 
K
A
 
E
L
 
L
N
 
E
R
 
E
E
 
K
N
 
G
V
 
F
M
 
S
V
 
Y
T
 
S
L
 
Y
D
 
D
I
 
M
L
 
L
G
 
G
E
 
E
F
 
A
I
 
A
K
 
T
T
 
T
M
 
A
S
 
A
Q
 
D
A
 
A
A
 
E
K
 
R
N
 
Y
R
 
Y
D
 
R
D
 
D
Y
 
Y
L
 
E
A
 
S
L
 
A
I
 
I
R
 
H
T
 
A
I
 
I
-
 
G
E
 
K
A
 
A
A
 
S
A
 
A
I
 
G
N
 
R
G
 
G
N
 
I
Y
 
Y
-
 
E
-
 
G
-
 
P
-
 
G
-
 
I
S
 
S
L
 
I
K
|
K
P
 
L
S
 
S
M
 
A
F
 
L
G
 
H
L
 
P
L
 
R
I
 
Y
D
 
S
K
 
R
K
 
A
T
 
Q
C
 
A
F
 
A
E
 
R
Y
 
V
M
 
M
R
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
L
A
 
P
E
 
R
-
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
L
-
 
A
-
 
L
-
 
L
A
 
A
A
 
K
S
 
N
H
 
Y
G
 
D
N
 
I
F
 
G
V
 
L
R
 
N
I
 
I
D
|
D
M
x
A
E
 
E
D
 
E
S
 
A
P
 
D
C
 
R
V
 
L
D
 
E
D
 
L
S
 
S
I
 
L
D
 
D
I
 
L
F
 
L
R
 
E
R
 
V
L
 
L
K
 
C
Q
 
L
E
 
D
F
 
G
P
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
G
-
 
W
R
 
N
N
 
G
I
 
M
G
 
G
L
 
F
V
|
V
L
 
V
Q
|
Q
A
 
A
Y
 
Y
L
 
G
K
 
K
R
 
R
T
 
C
S
 
P
G
 
F
D
 
V
L
 
L
E
 
D
S
 
F
M
 
I
L
 
I
D
 
D
L
 
L
-
 
A
R
 
R
R
 
R
D
 
S
D
 
G
A
 
R
D
 
R
L
 
I
N
 
M
F
 
V
R
|
R
L
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
V
x
A
Y
|
Y
V
x
W
E
 
D
P
 
A
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
R
-
 
A
-
 
Q
-
 
L
-
 
D
-
 
G
-
 
L
-
 
A
-
 
D
-
 
F
A
 
P
A
 
V
I
x
F
A
x
T
Y
x
R
K
|
K
A
 
I
Y
 
H
K
x
T
D
 
D
I
 
V
N
 
S
A
 
Y
H
 
I
Y
 
A
L
 
C
E
 
A
D
 
A
L
 
K
E
 
L
F
 
L
M
 
A
F
 
A
K
 
T
N
 
D
N
 
V
V
 
V
Y
 
F
A
 
P
A
 
Q
I
 
F
A
|
A
T
|
T
H
|
H
D
x
N
T
 
A
P
 
Q
L
 
T
I
 
L
Q
 
A
G
 
A
A
 
I
L
 
Y
D
 
H
L
 
M
I
 
A
D
 
G
Q
 
K
-
 
D
Y
 
F
Q
 
H
V
 
V
P
 
G
K
 
-
E
 
-
K
 
K
Y
 
Y
E
 
E
F
 
F
Q
|
Q
M
x
C
L
|
L
Y
 
H
G
 
G
V
 
M
T
 
G
P
 
E
K
 
P
K
 
L
R
 
Y
R
 
E
E
 
E
L
 
V
V
 
V
Q
 
G
N
 
R
G
 
G
-
 
K
-
 
L
-
 
D
H
 
R
R
 
P
M
 
C
R
 
R
V
 
I
Y
|
Y
V
 
A
P
 
P
F
 
V
G
 
G
-
 
T
-
 
H
E
 
E
Q
 
T
W
 
L
F
 
L
G
 
A
Y
|
Y
S
 
L
T
 
V
R
|
R
R
|
R
L
 
L
K
 
L
E
|
E
N
 
N
P
 
G
A
 
A

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_035236837.1 NCBI__GCF_000745975.1:WP_035236837.1
MFHKIISQALPYFPPKLIWQFSKSYIAGTTTQDAINASKALNRENVMVTLDILGEFIKTM
SQAAKNRDDYLALIRTIEAAAINGNYSLKPSMFGLLIDKKTCFEYMRELTAEAASHGNFV
RIDMEDSPCVDDSIDIFRRLKQEFPRNIGLVLQAYLKRTSGDLESMLDLRRDDADLNFRL
VKGVYVEPAAIAYKAYKDINAHYLEDLEFMFKNNVYAAIATHDTPLIQGALDLIDQYQVP
KEKYEFQMLYGVTPKKRRELVQNGHRMRVYVPFGEQWFGYSTRRLKENPAMVRHILKALV
DKG

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory