SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_035704441.1 NCBI__GCF_000691145.1:WP_035704441.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 6 hits to proteins with known functional sites (download)

5odqB Heterodisulfide reductase / [nife]-hydrogenase complex from methanothermococcus thermolithotrophicus soaked with bromoethanesulfonate. (see paper)
23% identity, 54% coverage: 195:433/446 of query aligns to 2:264/291 of 5odqB

query
sites
5odqB
R
 
K
V
 
Y
A
 
A
F
 
F
F
 
F
T
 
L
G
|
G
C
|
C
L
 
I
M
 
M
D
 
P
T
 
N
V
 
R
F
 
Y
S
 
A
N
 
G
T
 
V
N
 
E
K
 
A
A
 
A
T
 
T
I
 
R
H
 
T
L
 
V
L
 
M
Q
 
E
L
 
K
A
 
L
G
 
G
C
 
V
D
 
E
V
 
L
I
 
V
V
 
D
P
 
M
P
 
T
I
 
G
Q
 
A
T
 
S
C
|
C
C
|
C
G
 
P
A
 
A
L
 
-
H
 
P
G
|
G
H
 
V
S
 
F
G
 
G
E
 
S
K
 
F
D
 
D
Q
 
Q
A
 
K
K
 
T
Q
 
W
-
 
L
-
 
T
L
 
L
A
 
A
K
 
A
R
 
R
N
 
N
I
 
L
E
 
C
A
 
I
F
 
A
E
 
E
E
 
E
T
 
M
D
 
G
A
 
V
D
 
D
A
 
-
I
 
I
I
 
V
M
 
T
N
 
V
A
x
C
G
 
N
G
|
G
C
|
C
G
 
Y
A
 
G
F
 
S
L
 
L
S
 
F
D
 
E
Y
 
A
G
 
A
H
 
H
L
 
L
L
 
L
Q
 
H
D
 
D
D
 
N
P
 
K
D
 
E
-
 
A
-
 
L
-
 
N
-
 
F
-
 
V
-
 
N
-
 
E
-
 
K
F
 
L
Q
 
D
K
 
K
R
 
V
S
 
G
K
 
K
A
 
E
F
 
Y
-
 
K
-
 
G
S
 
N
Q
 
V
K
 
K
I
 
V
T
 
R
D
 
H
I
 
F
S
 
A
S
 
E
I
 
L
L
 
I
V
 
Y
-
 
N
-
 
D
-
 
I
-
 
G
-
 
V
-
 
D
E
 
K
L
 
I
E
 
A
F
 
E
H
 
K
C
 
V
R
 
E
V
 
R
P
 
P
L
 
L
A
 
N
L
 
I
P
 
N
A
 
V
Q
 
G
V
 
V
I
 
-
T
 
-
Y
 
-
Q
 
H
D
 
Y
S
x
G
C
|
C
H
|
H
L
 
F
R
 
L
N
 
K
G
 
P
M
 
T
N
 
D
V
 
V
Q
 
K
-
 
H
-
 
L
-
 
G
-
 
S
-
 
A
Q
 
E
A
 
R
P
 
P
R
 
V
V
 
M
L
 
L
M
 
D
K
 
E
A
 
I
I
 
V
Q
 
E
G
 
A
V
 
T
T
 
G
F
 
A
K
 
K
E
 
S
M
 
V
K
 
P
D
 
Y
A
 
A
G
 
D
R
 
K
-
 
M
-
 
M
C
|
C
C
|
C
G
 
G
S
 
A
A
x
G
G
 
G
I
 
G
Y
 
V
N
x
R
I
 
A
L
 
R
Q
 
E
P
 
L
D
 
E
M
 
L
S
 
S
M
 
L
Q
 
D
I
 
M
L
 
T
D
 
N
H
 
E
K
 
K
M
 
I
T
 
E
E
 
N
A
 
M
S
 
I
N
 
K
T
 
A
A
 
G
A
 
A
A
 
D
A
 
C
I
 
T
V
 
V
T
 
N
S
 
V
N
x
C
P
 
P
G
x
F
C
|
C
Q
 
H
L
|
L
Q
 
Q
M
 
F
A
 
D
A
 
R
G
 
G
-
 
Q
-
 
I
-
 
E
-
 
I
V
 
K
K
 
E
K
 
K
A
 
F
G
 
G
H
 
K
M
 
E
P
 
Y
S
 
N
M
 
F
R
 
P
A
 
V
I
 
L
H
 
H
L
 
L
A
 
S
D
 
Q
F
 
L
L
 
L

5odhH Heterodisulfide reductase / [nife]-hydrogenase complex from methanothermococcus thermolithotrophicus soaked with heterodisulfide for 3.5 minutes (see paper)
23% identity, 54% coverage: 195:433/446 of query aligns to 2:264/291 of 5odhH

query
sites
5odhH
R
 
K
V
 
Y
A
 
A
F
 
F
F
 
F
T
 
L
G
|
G
C
|
C
L
 
I
M
 
M
D
 
P
T
 
N
V
 
R
F
 
Y
S
 
A
N
 
G
T
 
V
N
 
E
K
 
A
A
 
A
T
 
T
I
 
R
H
 
T
L
 
V
L
 
M
Q
 
E
L
 
K
A
 
L
G
 
G
C
 
V
D
 
E
V
 
L
I
 
V
V
 
D
P
 
M
P
 
T
I
 
G
Q
 
A
T
 
S
C
|
C
C
|
C
G
 
P
A
|
A
L
 
-
H
x
P
G
|
G
H
 
V
S
 
F
G
 
G
E
 
S
K
 
F
D
 
D
Q
 
Q
A
 
K
K
 
T
Q
 
W
-
 
L
-
 
T
L
 
L
A
 
A
K
 
A
R
 
R
N
 
N
I
 
L
E
 
C
A
 
I
F
 
A
E
 
E
E
 
E
T
 
M
D
 
G
A
 
V
D
 
D
A
 
-
I
 
I
I
 
V
M
 
T
N
 
V
A
x
C
G
 
N
G
|
G
C
|
C
G
 
Y
A
 
G
F
 
S
L
 
L
S
 
F
D
 
E
Y
 
A
G
 
A
H
 
H
L
 
L
L
 
L
Q
 
H
D
 
D
D
 
N
P
 
K
D
 
E
-
 
A
-
 
L
-
 
N
-
 
F
-
 
V
-
 
N
-
 
E
-
 
K
F
 
L
Q
 
D
K
 
K
R
 
V
S
 
G
K
 
K
A
 
E
F
 
Y
-
 
K
-
 
G
S
 
N
Q
 
V
K
 
K
I
 
V
T
 
R
D
 
H
I
 
F
S
 
A
S
 
E
I
 
L
L
 
I
V
 
Y
-
 
N
-
 
D
-
 
I
-
 
G
-
 
V
-
 
D
E
 
K
L
 
I
E
 
A
F
 
E
H
 
K
C
 
V
R
 
E
V
 
R
P
 
P
L
 
L
A
 
N
L
 
I
P
 
N
A
 
V
Q
 
G
V
 
V
I
 
-
T
 
-
Y
 
-
Q
 
H
D
 
Y
S
 
G
C
|
C
H
|
H
L
 
F
R
 
L
N
 
K
G
 
P
M
 
T
N
 
D
V
 
V
Q
 
K
-
 
H
-
 
L
-
 
G
-
 
S
-
 
A
Q
 
E
A
 
R
P
 
P
R
 
V
V
 
M
L
 
L
M
 
D
K
 
E
A
 
I
I
 
V
Q
 
E
G
 
A
V
 
T
T
 
G
F
 
A
K
 
K
E
 
S
M
 
V
K
 
P
D
 
Y
A
 
A
G
 
D
R
 
K
-
 
M
-
 
M
C
|
C
C
|
C
G
 
G
S
 
A
A
x
G
G
|
G
I
 
G
Y
 
V
N
x
R
I
 
A
L
 
R
Q
 
E
P
 
L
D
 
E
M
 
L
S
 
S
M
 
L
Q
 
D
I
 
M
L
 
T
D
 
N
H
 
E
K
 
K
M
 
I
T
 
E
E
 
N
A
 
M
S
 
I
N
 
K
T
 
A
A
 
G
A
 
A
A
 
D
A
 
C
I
 
T
V
 
V
T
 
N
S
 
V
N
x
C
P
 
P
G
x
F
C
|
C
Q
 
H
L
 
L
Q
 
Q
M
 
F
A
 
D
A
x
R
G
 
G
-
 
Q
-
 
I
-
 
E
-
 
I
V
 
K
K
 
E
K
 
K
A
 
F
G
 
G
H
 
K
M
 
E
P
 
Y
S
 
N
M
 
F
R
 
P
A
 
V
I
 
L
H
 
H
L
 
L
A
 
S
D
 
Q
F
 
L
L
 
L

5odhB Heterodisulfide reductase / [nife]-hydrogenase complex from methanothermococcus thermolithotrophicus soaked with heterodisulfide for 3.5 minutes (see paper)
23% identity, 54% coverage: 195:433/446 of query aligns to 2:264/291 of 5odhB

query
sites
5odhB
R
 
K
V
 
Y
A
 
A
F
 
F
F
 
F
T
 
L
G
|
G
C
|
C
L
x
I
M
 
M
D
 
P
T
 
N
V
 
R
F
 
Y
S
 
A
N
 
G
T
 
V
N
 
E
K
 
A
A
 
A
T
 
T
I
 
R
H
 
T
L
 
V
L
 
M
Q
 
E
L
 
K
A
 
L
G
 
G
C
 
V
D
 
E
V
 
L
I
 
V
V
 
D
P
 
M
P
 
T
I
 
G
Q
 
A
T
 
S
C
|
C
C
|
C
G
 
P
A
 
A
L
 
-
H
x
P
G
|
G
H
 
V
S
 
F
G
 
G
E
 
S
K
 
F
D
 
D
Q
 
Q
A
 
K
K
 
T
Q
 
W
-
 
L
-
 
T
L
 
L
A
 
A
K
 
A
R
 
R
N
 
N
I
 
L
E
 
C
A
 
I
F
 
A
E
 
E
E
 
E
T
 
M
D
 
G
A
 
V
D
 
D
A
 
-
I
 
I
I
 
V
M
 
T
N
 
V
A
x
C
G
 
N
G
|
G
C
|
C
G
 
Y
A
 
G
F
 
S
L
 
L
S
 
F
D
 
E
Y
 
A
G
 
A
H
 
H
L
 
L
L
 
L
Q
 
H
D
 
D
D
 
N
P
 
K
D
 
E
-
 
A
-
 
L
-
 
N
-
 
F
-
 
V
-
 
N
-
 
E
-
 
K
F
 
L
Q
 
D
K
 
K
R
 
V
S
 
G
K
 
K
A
 
E
F
 
Y
-
 
K
-
 
G
S
 
N
Q
 
V
K
 
K
I
 
V
T
 
R
D
 
H
I
 
F
S
 
A
S
 
E
I
 
L
L
 
I
V
 
Y
-
 
N
-
 
D
-
 
I
-
 
G
-
 
V
-
 
D
E
 
K
L
 
I
E
 
A
F
 
E
H
 
K
C
 
V
R
 
E
V
 
R
P
 
P
L
 
L
A
 
N
L
 
I
P
 
N
A
 
V
Q
 
G
V
 
V
I
 
-
T
 
-
Y
 
-
Q
 
H
D
 
Y
S
x
G
C
|
C
H
|
H
L
 
F
R
 
L
N
 
K
G
 
P
M
 
T
N
 
D
V
 
V
Q
 
K
-
 
H
-
 
L
-
 
G
-
 
S
-
 
A
Q
 
E
A
 
R
P
 
P
R
 
V
V
 
M
L
 
L
M
 
D
K
 
E
A
 
I
I
 
V
Q
 
E
G
 
A
V
 
T
T
 
G
F
 
A
K
 
K
E
 
S
M
 
V
K
 
P
D
 
Y
A
 
A
G
 
D
R
 
K
-
 
M
-
 
M
C
|
C
C
|
C
G
 
G
S
 
A
A
 
G
G
 
G
I
 
G
Y
 
V
N
 
R
I
 
A
L
 
R
Q
 
E
P
 
L
D
 
E
M
 
L
S
 
S
M
 
L
Q
 
D
I
 
M
L
 
T
D
 
N
H
 
E
K
 
K
M
 
I
T
 
E
E
 
N
A
 
M
S
 
I
N
 
K
T
 
A
A
 
G
A
 
A
A
 
D
A
 
C
I
 
T
V
 
V
T
 
N
S
 
V
N
x
C
P
 
P
G
x
F
C
|
C
Q
 
H
L
 
L
Q
 
Q
M
 
F
A
 
D
A
 
R
G
 
G
-
 
Q
-
 
I
-
 
E
-
 
I
V
 
K
K
 
E
K
 
K
A
 
F
G
 
G
H
 
K
M
 
E
P
 
Y
S
 
N
M
 
F
R
 
P
A
 
V
I
 
L
H
 
H
L
 
L
A
 
S
D
 
Q
F
 
L
L
 
L

5odcB Heterodisulfide reductase / [nife]-hydrogenase complex from methanothermococcus thermolithotrophicus at 2.3 a resolution (see paper)
23% identity, 54% coverage: 195:433/446 of query aligns to 2:264/291 of 5odcB

query
sites
5odcB
R
 
K
V
 
Y
A
 
A
F
 
F
F
 
F
T
 
L
G
|
G
C
|
C
L
x
I
M
 
M
D
 
P
T
 
N
V
 
R
F
 
Y
S
 
A
N
 
G
T
 
V
N
 
E
K
 
A
A
 
A
T
 
T
I
 
R
H
 
T
L
 
V
L
 
M
Q
 
E
L
 
K
A
 
L
G
 
G
C
 
V
D
 
E
V
 
L
I
 
V
V
 
D
P
 
M
P
 
T
I
 
G
Q
 
A
T
 
S
C
|
C
C
|
C
G
 
P
A
 
A
L
 
-
H
 
P
G
 
G
H
 
V
S
 
F
G
 
G
E
 
S
K
 
F
D
 
D
Q
 
Q
A
 
K
K
 
T
Q
 
W
-
 
L
-
 
T
L
 
L
A
 
A
K
 
A
R
 
R
N
 
N
I
 
L
E
 
C
A
 
I
F
 
A
E
 
E
E
 
E
T
 
M
D
 
G
A
 
V
D
 
D
A
 
-
I
 
I
I
 
V
M
 
T
N
 
V
A
x
C
G
x
N
G
|
G
C
|
C
G
 
Y
A
 
G
F
 
S
L
 
L
S
 
F
D
 
E
Y
 
A
G
 
A
H
 
H
L
 
L
L
 
L
Q
 
H
D
 
D
D
 
N
P
 
K
D
 
E
-
 
A
-
 
L
-
 
N
-
 
F
-
 
V
-
 
N
-
 
E
-
 
K
F
 
L
Q
 
D
K
 
K
R
 
V
S
 
G
K
 
K
A
 
E
F
 
Y
-
 
K
-
 
G
S
 
N
Q
 
V
K
 
K
I
 
V
T
 
R
D
 
H
I
 
F
S
 
A
S
 
E
I
 
L
L
 
I
V
 
Y
-
 
N
-
 
D
-
 
I
-
 
G
-
 
V
-
 
D
E
 
K
L
 
I
E
 
A
F
 
E
H
 
K
C
 
V
R
 
E
V
 
R
P
 
P
L
 
L
A
 
N
L
 
I
P
 
N
A
 
V
Q
 
G
V
 
V
I
 
-
T
 
-
Y
 
-
Q
 
H
D
 
Y
S
x
G
C
|
C
H
 
H
L
 
F
R
 
L
N
 
K
G
 
P
M
 
T
N
 
D
V
 
V
Q
 
K
-
 
H
-
 
L
-
 
G
-
 
S
-
 
A
Q
 
E
A
 
R
P
 
P
R
 
V
V
 
M
L
 
L
M
 
D
K
 
E
A
 
I
I
 
V
Q
 
E
G
 
A
V
 
T
T
 
G
F
 
A
K
 
K
E
 
S
M
 
V
K
 
P
D
 
Y
A
 
A
G
 
D
R
 
K
-
 
M
-
 
M
C
|
C
C
|
C
G
 
G
S
 
A
A
x
G
G
 
G
I
 
G
Y
 
V
N
 
R
I
 
A
L
 
R
Q
 
E
P
 
L
D
 
E
M
 
L
S
 
S
M
 
L
Q
 
D
I
 
M
L
 
T
D
 
N
H
 
E
K
 
K
M
 
I
T
 
E
E
 
N
A
 
M
S
 
I
N
 
K
T
 
A
A
 
G
A
 
A
A
 
D
A
 
C
I
 
T
V
 
V
T
 
N
S
 
V
N
x
C
P
 
P
G
x
F
C
|
C
Q
 
H
L
 
L
Q
 
Q
M
 
F
A
 
D
A
 
R
G
 
G
-
 
Q
-
 
I
-
 
E
-
 
I
V
 
K
K
 
E
K
 
K
A
 
F
G
 
G
H
 
K
M
 
E
P
 
Y
S
 
N
M
 
F
R
 
P
A
 
V
I
 
L
H
 
H
L
 
L
A
 
S
D
 
Q
F
 
L
L
 
L

P21912 Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial; Iron-sulfur subunit of complex II; Ip; Malate dehydrogenase [quinone] iron-sulfur subunit; EC 1.3.5.1; EC 1.1.5.- from Homo sapiens (Human) (see 10 papers)
24% identity, 26% coverage: 1:115/446 of query aligns to 157:280/280 of P21912

query
sites
P21912
M
x
L
S
x
K
S
x
K
S
x
K
S
x
D
K
x
E
Q
x
S
K
x
Q
E
|
E
I
x
G
Q
x
K
Q
|
Q
Q
|
Q
F
x
Y
Q
x
L
E
x
Q
Q
x
S
M
x
I
D
x
E
E
|
E
K
x
R
E
|
E
-
x
K
-
x
L
-
x
D
-
x
G
L
|
L
L
x
Y
N
x
E
C
|
C
M
x
I
R
x
L
C
|
C
G
x
A
F
x
C
C
|
C
L
x
S
P
x
T
S
|
S
C
|
C
P
|
P
T
x
S
Y
|
Y
I
x
W
E
x
W
S
x
N
G
|
G
Q
x
D
Q
x
K
E
x
Y
T
x
L
H
 
-
S
 
-
P
 
-
R
 
-
G
|
G
R
x
P
I
x
A
A
x
V
L
|
L
M
|
M
K
x
Q
A
|
A
V
x
Y
R
|
R
D
x
W
G
 
M
V
 
I
I
 
D
E
 
S
P
 
R
D
 
D
E
 
D
D
 
F
V
 
T
E
 
E
H
 
E
-
 
R
-
 
L
-
 
A
-
 
K
-
 
L
-
 
Q
-
 
D
-
 
P
-
 
F
S
 
S
L
 
L
N
 
Y
L
 
R
C
|
C
L
 
H
G
 
T
C
 
I
R
 
M
A
 
N
C
|
C
E
 
T
P
 
R
V
 
T
C
|
C
P
 
P
S
 
K
G
 
G
V
x
L
K
 
N
Y
 
P
G
 
G
Q
 
K
L
 
A
L
 
I
E
 
A
D
 
E
A
 
I
R
 
K
D
 
K
I
 
M
I
 
M
Q
 
A
Q
 
T
H
 
Y
K
 
K
K
 
E
Q
 
K
S
 
K
F
 
A
P
 
S
V
 
V

Sites not aligning to the query:

Q007T0 Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial; Iron-sulfur subunit of complex II; Ip; Malate dehydrogenase [quinone] iron-sulfur subunit; EC 1.3.5.1; EC 1.1.5.- from Sus scrofa (Pig) (see paper)
24% identity, 25% coverage: 1:111/446 of query aligns to 157:276/280 of Q007T0

query
sites
Q007T0
M
 
L
S
 
K
S
 
K
S
 
K
S
 
D
K
 
E
Q
 
S
K
 
Q
E
 
E
I
 
G
Q
 
K
Q
 
Q
Q
 
Q
F
 
Y
Q
 
L
E
 
Q
Q
 
S
M
 
I
D
 
E
E
 
E
K
 
R
E
 
E
-
 
K
-
 
L
-
 
D
-
 
G
L
 
L
L
 
Y
N
 
E
C
|
C
M
 
I
R
 
L
C
|
C
G
 
A
F
 
C
C
|
C
L
 
S
P
 
T
S
 
S
C
|
C
P
 
P
T
 
S
Y
 
Y
I
 
W
E
x
W
S
 
N
G
 
G
Q
 
D
Q
 
K
E
 
Y
T
 
L
H
 
-
S
 
-
P
 
-
R
 
-
G
 
G
R
 
P
I
 
A
A
 
V
L
 
L
M
 
M
K
 
Q
A
 
A
V
 
Y
R
 
R
D
 
W
G
 
M
V
 
I
I
 
D
E
 
S
P
 
R
D
 
D
E
 
D
D
 
F
V
 
T
E
 
E
H
 
E
-
 
R
-
 
L
-
 
A
-
 
K
-
 
L
-
 
Q
-
 
D
-
 
P
-
 
F
S
 
S
L
 
L
N
 
Y
L
 
R
C
|
C
L
 
H
G
 
T
C
 
I
R
 
M
A
 
N
C
|
C
E
 
T
P
 
G
V
 
T
C
|
C
P
 
P
S
 
K
G
 
G
V
 
L
K
 
N
Y
 
P
G
 
G
Q
 
K
L
 
A
L
 
I
E
 
A
D
 
E
A
 
I
R
 
K
D
 
K
I
 
M
I
 
M
Q
 
A
Q
 
T
H
 
Y
K
 
K
K
 
E
Q
 
K

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_035704441.1 NCBI__GCF_000691145.1:WP_035704441.1
MSSSSKQKEIQQQFQEQMDEKELLNCMRCGFCLPSCPTYIESGQQETHSPRGRIALMKAV
RDGVIEPDEDVEHSLNLCLGCRACEPVCPSGVKYGQLLEDARDIIQQHKKQSFPVKLMRR
VVFKGLFPSQSRMRQAASFLRFYQTSGLQTAARKTRILKVLPSHLQLMEQALPKVPPQKK
KRLNEYKAIGQAKKRVAFFTGCLMDTVFSNTNKATIHLLQLAGCDVIVPPIQTCCGALHG
HSGEKDQAKQLAKRNIEAFEETDADAIIMNAGGCGAFLSDYGHLLQDDPDFQKRSKAFSQ
KITDISSILVELEFHCRVPLALPAQVITYQDSCHLRNGMNVQQAPRVLMKAIQGVTFKEM
KDAGRCCGSAGIYNILQPDMSMQILDHKMTEASNTAAAAIVTSNPGCQLQMAAGVKKAGH
MPSMRAIHLADFLLEAVQYGKKASSS

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory