SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_036260973.1 NCBI__GCF_000746085.1:WP_036260973.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5ugrA Malyl-coa lyase from methylobacterium extorquens (see paper)
32% identity, 97% coverage: 2:286/295 of query aligns to 14:316/323 of 5ugrA

query
sites
5ugrA
R
 
R
S
 
S
Q
 
E
L
 
L
F
 
A
V
 
V
P
 
P
A
 
G
D
 
S
S
 
N
E
 
P
K
 
T
K
 
F
L
 
M
E
 
E
K
 
K
G
 
S
L
 
A
A
 
A
S
 
S
G
 
K
A
 
A
D
 
D
C
 
V
L
 
I
F
 
F
L
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
E
D
|
D
S
 
A
V
 
V
A
 
A
L
 
P
G
 
D
A
 
D
K
 
K
P
 
E
K
 
Q
A
 
A
R
 
R
R
 
K
L
 
N
A
 
I
A
 
I
E
 
Q
F
 
A
L
 
L
A
 
N
E
 
D
A
 
L
Q
 
D
R
 
W
R
 
G
S
 
N
P
 
K
R
 
-
P
 
-
L
 
T
L
 
M
Y
 
M
V
 
I
R
 
R
V
 
I
N
 
N
G
 
G
L
 
L
E
 
D
S
 
T
G
 
H
L
 
Y
I
 
M
E
 
Y
T
 
R
D
 
D
L
 
V
E
 
V
A
 
D
V
 
I
A
 
V
E
 
E
G
 
A
A
 
C
P
 
P
-
 
R
-
 
L
D
 
D
G
 
M
V
 
I
V
 
L
L
 
I
P
 
P
K
 
K
C
 
-
V
 
V
N
 
G
G
 
V
A
 
P
A
 
A
L
 
D
Q
 
V
H
 
Y
L
 
A
G
 
I
A
 
D
M
 
V
L
 
L
A
 
T
V
 
T
K
 
Q
E
 
I
A
 
E
Q
 
Q
A
 
A
D
 
K
L
 
K
A
 
R
D
 
E
G
 
K
A
 
K
I
 
I
K
 
G
I
 
F
I
 
-
P
 
E
I
 
V
V
 
L
T
 
I
E
|
E
T
 
T
A
 
A
A
 
L
A
 
G
L
 
M
F
 
A
N
 
N
M
 
V
G
 
E
T
 
A
Y
 
I
A
 
A
G
 
T
A
 
S
S
 
S
Q
 
K
R
 
R
L
 
L
A
 
E
G
 
A
L
 
M
T
 
S
W
 
F
G
 
G
A
 
V
E
 
A
D
|
D
L
 
Y
A
 
A
A
 
A
C
 
S
L
 
T
G
 
R
A
 
A
E
 
R
E
 
S
-
 
T
-
 
V
-
 
I
-
 
G
-
 
G
-
 
V
-
 
N
-
 
A
-
 
D
-
 
Y
-
 
S
-
 
V
-
 
L
-
 
T
N
 
D
R
 
K
D
 
D
E
 
E
D
 
A
G
 
G
A
 
N
-
 
R
-
 
Q
-
 
T
-
 
H
Y
 
W
R
 
Q
G
 
D
P
 
P
Y
 
W
A
 
L
L
 
F
A
 
A
R
 
Q
N
 
N
L
 
R
T
 
M
L
 
L
L
 
V
A
 
A
A
 
C
S
 
R
A
 
A
A
 
Y
D
 
G
V
 
L
P
 
R
A
 
P
I
 
I
D
 
D
T
 
G
V
 
P
Y
 
F
L
 
G
N
 
D
F
 
F
R
 
S
D
 
D
L
 
P
A
 
D
G
 
G
F
 
Y
R
 
-
L
 
-
E
 
-
C
 
T
A
 
S
A
 
A
A
 
A
R
 
R
R
 
R
D
 
C
-
 
A
-
 
A
-
 
L
G
 
G
F
 
F
I
 
E
G
 
G
K
 
K
M
 
W
A
 
A
I
 
I
H
 
H
P
 
P
A
 
S
Q
 
Q
V
 
I
E
 
D
I
 
L
I
 
A
N
 
N
E
 
E
V
 
V
F
 
F
T
 
T
P
 
P
S
 
S
E
 
E
A
 
A
S
 
E
I
 
V
A
 
T
R
 
K
A
 
A
H
 
R
A
 
R
V
 
I
V
 
L
A
 
E
A
 
A
F
 
M
-
 
E
-
 
E
A
 
A
A
 
A
D
 
K
P
 
A
E
 
G
A
 
R
G
 
G
V
 
A
V
 
V
S
 
S
L
 
L
E
 
D
G
 
G
E
 
R
M
 
L
L
 
I
D
 
D
A
 
I
P
 
A
H
 
S
L
 
I
K
 
R
R
 
M
A
 
A
R
 
E
R
 
A
L
 
L
L
 
I
E
 
Q
R
 
K

5vxoA Crystal structure analysis of human clybl in complex with propionyl- coa (see paper)
32% identity, 95% coverage: 2:281/295 of query aligns to 7:289/298 of 5vxoA

query
sites
5vxoA
R
 
R
S
 
A
Q
 
V
L
 
L
F
x
Y
V
 
V
P
 
P
A
 
G
D
 
N
S
 
D
E
 
E
K
|
K
K
|
K
L
 
I
E
 
K
K
|
K
G
 
I
L
 
P
A
 
S
S
 
L
G
 
N
A
 
V
D
 
D
C
 
C
L
 
A
F
 
V
L
 
L
D
 
D
L
 
C
E
 
E
D
 
D
S
x
G
V
 
V
A
 
A
L
 
A
G
 
N
A
 
K
K
 
K
P
 
N
K
 
E
A
 
A
R
 
R
R
 
L
L
 
R
A
 
I
A
 
V
E
 
K
F
 
T
L
 
L
A
 
E
E
 
D
A
 
I
Q
 
D
R
 
L
R
 
G
S
 
P
P
 
T
R
 
E
P
 
K
L
 
C
L
 
-
Y
 
-
V
 
V
R
|
R
V
 
V
N
 
N
G
 
S
L
 
V
E
 
S
S
 
S
G
 
G
L
 
L
I
 
A
E
 
E
T
 
E
D
 
D
L
 
L
E
 
E
A
 
T
V
 
L
A
 
L
E
 
Q
G
 
S
-
 
R
-
 
V
A
 
L
P
 
P
D
 
S
G
 
S
V
 
L
V
 
M
L
 
L
P
 
P
K
 
K
C
 
V
V
 
E
N
 
S
G
 
P
A
 
E
A
 
E
L
 
I
Q
 
Q
H
 
W
L
 
F
G
 
A
A
 
D
M
 
K
L
 
F
A
 
S
V
 
F
K
 
H
E
 
L
A
 
K
Q
 
G
A
 
R
D
 
K
L
 
L
A
 
-
D
 
E
G
 
Q
A
 
P
I
 
M
K
 
N
I
 
L
I
 
I
P
 
P
I
 
F
V
 
V
T
 
-
E
 
E
T
 
T
A
 
A
A
 
M
A
 
G
L
 
L
F
 
L
N
 
N
M
 
F
G
 
K
T
 
A
Y
 
V
A
 
C
G
 
E
A
 
E
S
 
T
Q
 
L
R
 
K
-
 
V
-
 
G
-
 
P
-
 
Q
-
 
V
-
 
G
-
 
L
-
 
F
L
 
L
A
 
D
G
 
A
L
 
V
T
 
V
W
 
F
G
 
G
A
 
G
E
 
E
D
 
D
L
 
F
A
 
R
A
 
A
C
 
S
L
 
I
G
 
G
A
 
A
E
 
T
E
 
S
N
 
S
R
 
K
D
 
E
E
 
T
-
 
L
D
 
D
G
 
I
A
 
L
Y
 
Y
R
 
-
G
 
-
P
 
-
Y
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
A
R
 
R
N
 
Q
L
 
K
T
 
I
L
 
V
L
 
V
A
 
I
A
 
A
S
 
K
A
 
A
A
 
F
D
 
G
V
 
L
P
 
Q
A
 
A
I
 
I
D
 
D
T
 
L
V
 
V
Y
 
Y
L
 
I
N
 
D
F
 
F
R
 
R
D
 
D
L
 
G
A
 
A
G
 
G
F
 
L
R
 
L
L
 
R
E
 
Q
C
 
S
A
 
R
A
 
E
A
 
G
R
 
A
R
 
A
D
 
M
G
 
G
F
 
F
I
 
T
G
 
G
K
 
K
M
 
Q
A
 
V
I
|
I
H
|
H
P
|
P
A
 
N
Q
 
Q
V
 
I
E
 
A
I
 
V
I
 
V
N
 
Q
E
 
E
V
 
Q
F
 
F
T
 
S
P
 
P
S
 
S
E
 
P
A
 
E
S
 
K
I
 
I
A
 
K
R
 
W
A
 
A
H
 
E
A
 
E
V
 
L
V
 
I
A
 
A
A
 
A
F
 
F
A
 
K
A
 
E
D
 
H
P
 
Q
E
 
Q
-
 
L
-
 
G
A
 
K
G
 
G
V
 
A
V
 
F
S
 
T
L
 
F
E
 
Q
G
 
G
E
 
S
M
 
M
L
 
I
D
 
D
A
 
M
P
 
P
H
 
L
L
 
L
K
 
K
R
 
Q
A
 
A
R
 
Q

Q8N0X4 Citramalyl-CoA lyase, mitochondrial; (3S)-malyl-CoA thioesterase; Beta-methylmalate synthase; Citrate lyase subunit beta-like protein; Citrate lyase beta-like; Malate synthase; EC 4.1.3.25; EC 3.1.2.30; EC 2.3.3.-; EC 2.3.3.9 from Homo sapiens (Human) (see 5 papers)
32% identity, 95% coverage: 2:281/295 of query aligns to 46:328/340 of Q8N0X4

query
sites
Q8N0X4
R
 
R
S
 
A
Q
 
V
L
 
L
F
x
Y
V
 
V
P
 
P
A
 
G
D
 
N
S
 
D
E
 
E
K
|
K
K
 
K
L
 
I
E
 
K
K
|
K
G
 
I
L
 
P
A
 
S
S
 
L
G
 
N
A
 
V
D
 
D
C
 
C
L
 
A
F
 
V
L
 
L
D
 
D
L
 
C
E
 
E
D
 
D
S
 
G
V
 
V
A
 
A
L
 
A
G
 
N
A
 
K
K
 
K
P
 
N
K
 
E
A
 
A
R
 
R
R
 
L
L
 
R
A
 
I
A
 
V
E
 
K
F
 
T
L
 
L
A
 
E
E
 
D
A
 
I
Q
 
D
R
 
L
R
 
G
S
 
P
P
 
T
R
 
E
P
 
K
L
 
C
L
 
-
Y
 
-
V
 
V
R
|
R
V
 
V
N
 
N
G
 
S
L
 
V
E
 
S
S
 
S
G
 
G
L
 
L
I
 
A
E
 
E
T
 
E
D
 
D
L
 
L
E
 
E
A
 
T
V
 
L
A
 
L
E
 
Q
G
 
S
-
 
R
-
 
V
A
 
L
P
 
P
D
 
S
G
 
S
V
 
L
V
 
M
L
 
L
P
 
P
K
 
K
C
 
V
V
 
E
N
 
S
G
 
P
A
 
E
A
 
E
L
 
I
Q
 
Q
H
 
W
L
 
F
G
 
A
A
 
D
M
 
K
L
 
F
A
 
S
V
 
F
K
 
H
E
 
L
A
 
K
Q
 
G
A
 
R
D
 
K
L
 
L
A
 
-
D
 
E
G
 
Q
A
 
P
I
 
M
K
 
N
I
 
L
I
 
I
P
 
P
I
 
F
V
 
V
T
 
-
E
|
E
T
 
T
A
 
A
A
 
M
A
 
G
L
 
L
F
 
L
N
 
N
M
 
F
G
 
K
T
 
A
Y
 
V
A
 
C
G
 
E
A
 
E
S
 
T
Q
 
L
R
 
K
-
 
V
-
 
G
-
 
P
-
 
Q
-
 
V
-
 
G
-
 
L
-
 
F
L
 
L
A
 
D
G
 
A
L
 
V
T
 
V
W
 
F
G
 
G
A
 
G
E
 
E
D
|
D
L
 
F
A
 
R
A
 
A
C
 
S
L
 
I
G
 
G
A
 
A
E
 
T
E
 
S
N
 
S
R
 
K
D
 
E
E
 
T
-
 
L
D
 
D
G
 
I
A
 
L
Y
 
Y
R
 
-
G
 
-
P
 
-
Y
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
A
R
 
R
N
 
Q
L
 
K
T
 
I
L
 
V
L
 
V
A
 
I
A
 
A
S
 
K
A
 
A
A
 
F
D
 
G
V
 
L
P
 
Q
A
 
A
I
|
I
D
 
D
T
 
L
V
 
V
Y
 
Y
L
 
I
N
 
D
F
 
F
R
 
R
D
 
D
L
 
G
A
 
A
G
 
G
F
 
L
R
 
L
L
 
R
E
 
Q
C
 
S
A
x
R
A
x
E
A
x
G
R
x
A
R
x
A
D
x
M
G
|
G
F
|
F
I
x
T
G
|
G
K
|
K
M
x
Q
A
x
V
I
|
I
H
|
H
P
|
P
A
x
N
Q
|
Q
V
x
I
E
x
A
I
x
V
I
x
V
N
x
Q
E
|
E
V
x
Q
F
|
F
T
x
S
P
|
P
S
|
S
E
x
P
A
x
E
S
x
K
I
|
I
A
x
K
R
x
W
A
|
A
H
x
E
A
x
E
V
x
L
V
x
I
A
|
A
A
|
A
F
|
F
A
x
K
A
x
E
D
x
H
P
x
Q
E
x
Q
-
x
L
-
x
G
A
x
K
G
|
G
V
x
A
V
x
F
S
x
T
L
x
F
E
x
Q
G
|
G
E
x
S
M
|
M
L
x
I
D
|
D
A
x
M
P
|
P
H
x
L
L
|
L
K
|
K
R
x
Q
A
|
A
R
x
Q

Sites not aligning to the query:

5vxcA Crystal structure analysis of human clybl in complex with free coash (see paper)
32% identity, 95% coverage: 2:281/295 of query aligns to 7:289/301 of 5vxcA

query
sites
5vxcA
R
 
R
S
 
A
Q
 
V
L
 
L
F
x
Y
V
 
V
P
 
P
A
 
G
D
 
N
S
 
D
E
 
E
K
|
K
K
|
K
L
 
I
E
 
K
K
|
K
G
 
I
L
 
P
A
 
S
S
 
L
G
 
N
A
 
V
D
 
D
C
 
C
L
 
A
F
 
V
L
 
L
D
 
D
L
 
C
E
 
E
D
 
D
S
 
G
V
 
V
A
 
A
L
 
A
G
 
N
A
 
K
K
 
K
P
 
N
K
 
E
A
 
A
R
 
R
R
 
L
L
 
R
A
 
I
A
 
V
E
 
K
F
 
T
L
 
L
A
 
E
E
 
D
A
 
I
Q
 
D
R
 
L
R
 
G
S
 
P
P
 
T
R
 
E
P
 
K
L
 
C
L
 
-
Y
 
-
V
 
V
R
|
R
V
 
V
N
 
N
G
 
S
L
 
V
E
 
S
S
 
S
G
 
G
L
 
L
I
 
A
E
 
E
T
 
E
D
 
D
L
 
L
E
 
E
A
 
T
V
 
L
A
 
L
E
 
Q
G
 
S
-
 
R
-
 
V
A
 
L
P
 
P
D
 
S
G
 
S
V
 
L
V
 
M
L
 
L
P
 
P
K
 
K
C
 
V
V
 
E
N
 
S
G
 
P
A
 
E
A
 
E
L
 
I
Q
 
Q
H
 
W
L
 
F
G
 
A
A
 
D
M
 
K
L
 
F
A
 
S
V
 
F
K
 
H
E
 
L
A
 
K
Q
 
G
A
 
R
D
 
K
L
 
L
A
 
-
D
 
E
G
 
Q
A
 
P
I
 
M
K
 
N
I
 
L
I
 
I
P
 
P
I
 
F
V
 
V
T
 
-
E
|
E
T
 
T
A
 
A
A
 
M
A
 
G
L
 
L
F
 
L
N
 
N
M
 
F
G
 
K
T
 
A
Y
 
V
A
 
C
G
 
E
A
 
E
S
 
T
Q
 
L
R
 
K
-
 
V
-
 
G
-
 
P
-
 
Q
-
 
V
-
 
G
-
 
L
-
 
F
L
 
L
A
 
D
G
 
A
L
 
V
T
 
V
W
 
F
G
 
G
A
 
G
E
 
E
D
|
D
L
 
F
A
 
R
A
 
A
C
 
S
L
 
I
G
 
G
A
 
A
E
 
T
E
 
S
N
 
S
R
 
K
D
 
E
E
 
T
-
 
L
D
 
D
G
 
I
A
 
L
Y
 
Y
R
 
-
G
 
-
P
 
-
Y
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
A
R
 
R
N
 
Q
L
 
K
T
 
I
L
 
V
L
 
V
A
 
I
A
 
A
S
 
K
A
 
A
A
 
F
D
 
G
V
 
L
P
 
Q
A
 
A
I
 
I
D
 
D
T
 
L
V
 
V
Y
 
Y
L
 
I
N
 
D
F
 
F
R
 
R
D
 
D
L
 
G
A
 
A
G
 
G
F
 
L
R
 
L
L
 
R
E
 
Q
C
 
S
A
 
R
A
 
E
A
 
G
R
 
A
R
 
A
D
 
M
G
 
G
F
 
F
I
 
T
G
 
G
K
 
K
M
 
Q
A
 
V
I
|
I
H
|
H
P
|
P
A
 
N
Q
 
Q
V
 
I
E
 
A
I
 
V
I
 
V
N
 
Q
E
 
E
V
 
Q
F
 
F
T
 
S
P
 
P
S
 
S
E
 
P
A
 
E
S
 
K
I
 
I
A
 
K
R
 
W
A
 
A
H
 
E
A
 
E
V
 
L
V
 
I
A
 
A
A
 
A
F
 
F
A
 
K
A
 
E
D
 
H
P
 
Q
E
 
Q
-
 
L
-
 
G
A
 
K
G
 
G
V
 
A
V
 
F
S
 
T
L
 
F
E
 
Q
G
 
G
E
 
S
M
 
M
L
 
I
D
 
D
A
 
M
P
 
P
H
 
L
L
 
L
K
 
K
R
 
Q
A
 
A
R
 
Q

6aq4B Crystal structure of protein cite from mycobacterium tuberculosis in complex with magnesium, pyruvate and citramalyl-coa (see paper)
34% identity, 96% coverage: 5:286/295 of query aligns to 11:266/268 of 6aq4B

query
sites
6aq4B
L
 
L
F
|
F
V
 
C
P
|
P
A
 
A
D
 
D
S
 
R
E
 
P
K
 
E
K
x
R
L
 
F
E
 
A
K
|
K
G
 
A
L
 
A
A
 
A
S
 
A
G
 
-
A
 
A
D
 
D
C
 
V
L
 
V
F
 
I
L
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
E
D
 
D
S
 
G
V
 
V
A
 
A
L
 
E
G
 
A
A
 
Q
K
 
K
P
 
P
K
 
A
A
 
A
R
 
R
R
 
N
L
 
A
A
 
L
A
 
R
E
 
D
F
 
T
L
 
P
A
 
L
E
 
D
A
 
P
Q
 
E
R
 
R
R
 
-
S
 
-
P
 
-
R
 
-
P
 
-
L
 
-
L
 
T
Y
 
V
V
 
V
R
|
R
V
 
I
N
 
N
G
 
A
L
 
G
E
 
G
S
 
T
G
 
A
L
 
D
I
 
Q
E
 
A
T
 
R
D
 
D
L
 
L
E
 
E
A
 
A
V
 
L
A
 
A
E
 
G
G
 
T
A
 
A
P
 
Y
D
 
T
G
 
T
V
 
V
V
 
M
L
 
L
P
 
P
K
 
K
C
 
A
V
 
-
N
 
-
G
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
-
Q
 
-
H
 
-
L
 
-
G
 
-
A
 
-
M
 
-
L
 
-
A
 
-
V
 
-
K
 
-
E
 
E
A
 
S
Q
 
A
A
 
A
D
 
Q
L
 
V
A
 
I
D
 
E
G
 
L
A
 
A
I
 
P
K
 
R
I
 
D
I
 
V
P
 
I
I
 
A
V
 
L
T
 
V
E
|
E
T
 
T
A
 
A
A
 
R
A
 
G
L
 
A
F
 
V
N
 
C
M
 
A
G
 
A
T
 
E
Y
 
I
A
 
A
G
 
A
A
 
A
S
 
D
Q
 
P
R
 
T
L
 
V
A
 
-
G
 
G
L
 
M
T
 
M
W
 
W
G
|
G
A
 
A
E
|
E
D
|
D
L
 
L
A
 
I
A
 
A
C
 
T
L
 
L
G
 
G
A
 
G
E
 
S
E
 
S
N
 
S
R
 
R
D
 
R
E
 
A
D
 
D
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
G
 
D
P
 
V
Y
 
A
A
 
R
L
 
H
A
 
V
R
 
R
N
 
S
L
 
T
T
 
I
L
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
A
S
 
S
A
 
A
A
 
F
D
 
G
V
 
R
P
 
L
A
 
A
I
 
L
D
 
D
T
 
A
V
 
V
Y
 
H
L
 
L
N
 
D
F
 
I
R
 
L
D
 
D
L
 
V
A
 
E
G
 
G
F
 
L
R
 
Q
L
 
E
E
 
E
C
 
A
A
 
R
A
 
D
A
 
A
R
 
A
R
 
A
D
 
V
G
 
G
F
 
F
I
 
D
G
 
V
K
 
T
M
 
V
A
 
C
I
|
I
H
|
H
P
|
P
A
 
S
Q
 
Q
V
 
I
E
 
P
I
 
V
I
 
V
N
 
R
E
 
K
V
 
A
F
 
Y
T
 
R
P
 
P
S
 
S
E
 
H
A
 
E
S
 
K
I
 
L
A
 
A
R
 
W
A
 
A
H
 
R
A
 
R
V
 
V
V
 
L
A
 
A
A
 
-
F
 
-
A
 
A
A
 
S
D
 
R
P
 
S
E
 
E
A
 
R
G
 
G
V
 
A
V
 
F
S
 
A
L
 
F
E
 
E
G
 
G
E
 
Q
M
 
M
L
 
V
D
 
D
A
 
S
P
 
P
H
 
V
L
 
L
K
 
T
R
 
H
A
 
A
R
 
E
R
 
T
L
 
M
L
 
L
E
 
R
R
 
R

6arbA Crystal structure of protein cite from mycobacterium tuberculosis in complex with magnesium, pyruvate and coenzyme a (see paper)
34% identity, 96% coverage: 5:286/295 of query aligns to 10:265/268 of 6arbA

query
sites
6arbA
L
 
L
F
|
F
V
x
C
P
|
P
A
 
A
D
 
D
S
 
R
E
 
P
K
 
E
K
x
R
L
 
F
E
 
A
K
 
K
G
 
A
L
 
A
A
 
A
S
 
A
G
 
-
A
 
A
D
 
D
C
 
V
L
 
V
F
 
I
L
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
E
D
 
D
S
 
G
V
 
V
A
 
A
L
 
E
G
 
A
A
 
Q
K
 
K
P
 
P
K
 
A
A
 
A
R
 
R
R
 
N
L
 
A
A
 
L
A
 
R
E
 
D
F
 
T
L
 
P
A
 
L
E
 
D
A
 
P
Q
 
E
R
 
R
R
 
-
S
 
-
P
 
-
R
 
-
P
 
-
L
 
-
L
 
T
Y
 
V
V
 
V
R
|
R
V
 
I
N
 
N
G
 
A
L
 
G
E
 
G
S
 
T
G
 
A
L
 
D
I
 
Q
E
 
A
T
 
R
D
 
D
L
 
L
E
 
E
A
 
A
V
 
L
A
 
A
E
 
G
G
 
T
A
 
A
P
 
Y
D
 
T
G
 
T
V
 
V
V
 
M
L
 
L
P
 
P
K
 
K
C
 
A
V
 
-
N
 
-
G
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
-
Q
 
-
H
 
-
L
 
-
G
 
-
A
 
-
M
 
-
L
 
-
A
 
-
V
 
-
K
 
-
E
 
E
A
 
S
Q
 
A
A
 
A
D
 
Q
L
 
V
A
 
I
D
 
E
G
 
L
A
 
A
I
 
P
K
 
R
I
 
D
I
 
V
P
 
I
I
 
A
V
 
L
T
 
V
E
|
E
T
 
T
A
 
A
A
 
R
A
 
G
L
 
A
F
 
V
N
 
C
M
 
A
G
 
A
T
 
E
Y
 
I
A
 
A
G
 
A
A
 
A
S
 
D
Q
 
P
R
 
T
L
 
V
A
 
-
G
 
G
L
 
M
T
 
M
W
 
W
G
|
G
A
 
A
E
|
E
D
|
D
L
 
L
A
 
I
A
 
A
C
 
T
L
 
L
G
 
G
A
 
G
E
 
S
E
 
S
N
 
S
R
 
R
D
 
R
E
 
A
D
 
D
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
G
 
D
P
 
V
Y
 
A
A
 
R
L
 
H
A
 
V
R
 
R
N
 
S
L
 
T
T
 
I
L
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
A
S
 
S
A
 
A
A
 
F
D
 
G
V
 
R
P
 
L
A
 
A
I
 
L
D
 
D
T
 
A
V
 
V
Y
 
H
L
 
L
N
 
D
F
 
I
R
 
L
D
 
D
L
 
V
A
 
E
G
 
G
F
 
L
R
 
Q
L
 
E
E
 
E
C
 
A
A
 
R
A
 
D
A
 
A
R
 
A
R
 
A
D
 
V
G
 
G
F
 
F
I
 
D
G
 
V
K
 
T
M
 
V
A
 
C
I
|
I
H
|
H
P
|
P
A
 
S
Q
 
Q
V
 
I
E
 
P
I
 
V
I
 
V
N
 
R
E
 
K
V
 
A
F
 
Y
T
 
R
P
 
P
S
 
S
E
 
H
A
 
E
S
 
K
I
 
L
A
 
A
R
 
W
A
 
A
H
 
R
A
 
R
V
 
V
V
 
L
A
 
A
A
 
-
F
 
-
A
 
A
A
 
S
D
 
R
P
 
S
E
 
E
A
 
R
G
 
G
V
 
A
V
 
F
S
 
A
L
 
F
E
 
E
G
 
G
E
 
Q
M
 
M
L
 
V
D
 
D
A
 
S
P
 
P
H
 
V
L
 
L
K
 
T
R
 
H
A
 
A
R
 
E
R
 
T
L
 
M
L
 
L
E
 
R
R
 
R

6as5A Crystal structure of protein cite from mycobacterium tuberculosis in complex with magnesium, acetoacetate and coenzyme a (see paper)
34% identity, 96% coverage: 5:286/295 of query aligns to 9:264/267 of 6as5A

query
sites
6as5A
L
 
L
F
|
F
V
x
C
P
|
P
A
 
A
D
 
D
S
 
R
E
 
P
K
 
E
K
x
R
L
 
F
E
 
A
K
 
K
G
 
A
L
 
A
A
 
A
S
 
A
G
 
-
A
 
A
D
 
D
C
 
V
L
 
V
F
 
I
L
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
E
D
 
D
S
 
G
V
 
V
A
 
A
L
 
E
G
 
A
A
 
Q
K
 
K
P
 
P
K
 
A
A
 
A
R
 
R
R
 
N
L
 
A
A
 
L
A
 
R
E
 
D
F
 
T
L
 
P
A
 
L
E
 
D
A
 
P
Q
 
E
R
 
R
R
 
-
S
 
-
P
 
-
R
 
-
P
 
-
L
 
-
L
 
T
Y
 
V
V
 
V
R
|
R
V
 
I
N
 
N
G
 
A
L
 
G
E
 
G
S
 
T
G
 
A
L
 
D
I
 
Q
E
 
A
T
 
R
D
 
D
L
 
L
E
 
E
A
 
A
V
 
L
A
 
A
E
 
G
G
 
T
A
 
A
P
 
Y
D
 
T
G
 
T
V
 
V
V
 
M
L
 
L
P
 
P
K
 
K
C
 
A
V
 
-
N
 
-
G
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
-
Q
 
-
H
 
-
L
 
-
G
 
-
A
 
-
M
 
-
L
 
-
A
 
-
V
 
-
K
 
-
E
 
E
A
 
S
Q
 
A
A
 
A
D
 
Q
L
 
V
A
 
I
D
 
E
G
 
L
A
 
A
I
 
P
K
 
R
I
 
D
I
 
V
P
 
I
I
 
A
V
 
L
T
 
V
E
|
E
T
 
T
A
 
A
A
 
R
A
 
G
L
 
A
F
 
V
N
 
C
M
 
A
G
 
A
T
 
E
Y
 
I
A
 
A
G
 
A
A
 
A
S
 
D
Q
 
P
R
 
T
L
 
V
A
 
-
G
 
G
L
 
M
T
 
M
W
 
W
G
|
G
A
|
A
E
|
E
D
|
D
L
 
L
A
 
I
A
 
A
C
 
T
L
 
L
G
 
G
A
 
G
E
 
S
E
 
S
N
 
S
R
 
R
D
 
R
E
 
A
D
 
D
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
G
 
D
P
 
V
Y
 
A
A
 
R
L
 
H
A
 
V
R
 
R
N
 
S
L
 
T
T
 
I
L
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
A
S
 
S
A
 
A
A
 
F
D
 
G
V
 
R
P
 
L
A
 
A
I
 
L
D
 
D
T
 
A
V
 
V
Y
 
H
L
 
L
N
 
D
F
 
I
R
 
L
D
 
D
L
 
V
A
 
E
G
 
G
F
 
L
R
 
Q
L
 
E
E
 
E
C
 
A
A
 
R
A
 
D
A
 
A
R
 
A
R
 
A
D
 
V
G
 
G
F
 
F
I
 
D
G
 
V
K
 
T
M
 
V
A
 
C
I
|
I
H
|
H
P
|
P
A
 
S
Q
 
Q
V
 
I
E
 
P
I
 
V
I
 
V
N
 
R
E
 
K
V
 
A
F
 
Y
T
 
R
P
 
P
S
 
S
E
 
H
A
 
E
S
 
K
I
 
L
A
 
A
R
 
W
A
 
A
H
 
R
A
 
R
V
 
V
V
 
L
A
 
A
A
 
-
F
 
-
A
 
A
A
 
S
D
 
R
P
 
S
E
 
E
A
 
R
G
 
G
V
 
A
V
 
F
S
 
A
L
 
F
E
 
E
G
 
G
E
 
Q
M
 
M
L
 
V
D
 
D
A
 
S
P
 
P
H
 
V
L
 
L
K
 
T
R
 
H
A
 
A
R
 
E
R
 
T
L
 
M
L
 
L
E
 
R
R
 
R

6aq4C Crystal structure of protein cite from mycobacterium tuberculosis in complex with magnesium, pyruvate and citramalyl-coa (see paper)
34% identity, 96% coverage: 5:286/295 of query aligns to 11:266/267 of 6aq4C

query
sites
6aq4C
L
 
L
F
 
F
V
 
C
P
 
P
A
 
A
D
 
D
S
 
R
E
 
P
K
 
E
K
 
R
L
 
F
E
 
A
K
 
K
G
 
A
L
 
A
A
 
A
S
 
A
G
 
-
A
 
A
D
 
D
C
 
V
L
 
V
F
 
I
L
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
E
D
 
D
S
 
G
V
 
V
A
 
A
L
 
E
G
 
A
A
 
Q
K
 
K
P
 
P
K
 
A
A
 
A
R
 
R
R
 
N
L
 
A
A
 
L
A
 
R
E
 
D
F
 
T
L
 
P
A
 
L
E
 
D
A
 
P
Q
 
E
R
 
R
R
 
-
S
 
-
P
 
-
R
 
-
P
 
-
L
 
-
L
 
T
Y
 
V
V
 
V
R
 
R
V
 
I
N
 
N
G
 
A
L
 
G
E
 
G
S
 
T
G
 
A
L
 
D
I
 
Q
E
 
A
T
 
R
D
 
D
L
 
L
E
 
E
A
 
A
V
 
L
A
 
A
E
 
G
G
 
T
A
 
A
P
 
Y
D
 
T
G
 
T
V
 
V
V
 
M
L
 
L
P
 
P
K
 
K
C
 
A
V
 
-
N
 
-
G
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
-
Q
 
-
H
 
-
L
 
-
G
 
-
A
 
-
M
 
-
L
 
-
A
 
-
V
 
-
K
 
-
E
 
E
A
 
S
Q
 
A
A
 
A
D
 
Q
L
 
V
A
 
I
D
 
E
G
 
L
A
 
A
I
 
P
K
 
R
I
 
D
I
 
V
P
 
I
I
 
A
V
 
L
T
 
V
E
|
E
T
 
T
A
 
A
A
 
R
A
 
G
L
 
A
F
 
V
N
 
C
M
 
A
G
 
A
T
 
E
Y
 
I
A
 
A
G
 
A
A
 
A
S
 
D
Q
 
P
R
 
T
L
 
V
A
 
-
G
 
G
L
 
M
T
 
M
W
 
W
G
|
G
A
 
A
E
|
E
D
|
D
L
 
L
A
 
I
A
 
A
C
 
T
L
 
L
G
 
G
A
 
G
E
 
S
E
 
S
N
 
S
R
 
R
D
 
R
E
 
A
D
 
D
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
G
 
D
P
 
V
Y
 
A
A
 
R
L
 
H
A
 
V
R
 
R
N
 
S
L
 
T
T
 
I
L
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
A
S
 
S
A
 
A
A
 
F
D
 
G
V
 
R
P
 
L
A
 
A
I
 
L
D
 
D
T
 
A
V
 
V
Y
 
H
L
 
L
N
 
D
F
 
I
R
 
L
D
 
D
L
 
V
A
 
E
G
 
G
F
 
L
R
 
Q
L
 
E
E
 
E
C
 
A
A
 
R
A
 
D
A
 
A
R
 
A
R
 
A
D
 
V
G
 
G
F
 
F
I
 
D
G
 
V
K
 
T
M
 
V
A
 
C
I
 
I
H
 
H
P
 
P
A
 
S
Q
 
Q
V
 
I
E
 
P
I
 
V
I
 
V
N
 
R
E
 
K
V
 
A
F
 
Y
T
 
R
P
 
P
S
 
S
E
 
H
A
 
E
S
 
K
I
 
L
A
 
A
R
 
W
A
 
A
H
 
R
A
 
R
V
 
V
V
 
L
A
 
A
A
 
-
F
 
-
A
 
A
A
 
S
D
 
R
P
 
S
E
 
E
A
 
R
G
 
G
V
x
A
V
 
F
S
 
A
L
 
F
E
 
E
G
 
G
E
 
Q
M
|
M
L
 
V
D
|
D
A
 
S
P
 
P
H
 
V
L
 
L
K
 
T
R
 
H
A
 
A
R
 
E
R
 
T
L
 
M
L
 
L
E
 
R
R
 
R

Q3J5L6 L-malyl-CoA/beta-methylmalyl-CoA lyase; (3S)-malyl-CoA/beta-methylmalyl-CoA lyase; (S)-citramalyl-CoA lyase; EC 4.1.3.24; EC 4.1.3.25 from Cereibacter sphaeroides (strain ATCC 17023 / DSM 158 / JCM 6121 / CCUG 31486 / LMG 2827 / NBRC 12203 / NCIMB 8253 / ATH 2.4.1.) (Rhodobacter sphaeroides) (see paper)
31% identity, 97% coverage: 2:286/295 of query aligns to 15:312/318 of Q3J5L6

query
sites
Q3J5L6
R
 
R
S
 
C
Q
 
Q
L
 
L
F
|
F
V
 
G
P
 
P
A
 
G
D
 
S
S
x
R
E
 
P
K
 
A
K
 
L
L
 
F
E
 
E
K
|
K
G
 
M
L
 
A
A
 
A
S
 
S
G
 
A
A
 
A
D
 
D
C
 
V
L
 
I
F
 
N
L
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
E
D
 
D
S
 
S
V
 
V
A
 
A
L
 
P
G
 
D
A
 
D
K
 
K
P
 
A
K
 
Q
A
 
A
R
 
R
R
 
A
L
 
N
A
 
I
A
 
I
E
 
E
F
 
A
L
 
I
A
 
N
E
 
G
A
 
L
Q
 
D
R
 
W
R
 
G
S
 
-
P
 
-
R
 
R
P
 
K
L
 
Y
L
 
L
Y
 
S
V
 
V
R
|
R
V
 
I
N
 
N
G
 
G
L
 
L
E
 
D
S
 
T
G
 
P
L
 
F
I
 
W
E
 
Y
T
 
R
D
 
D
L
 
V
E
 
V
A
 
D
V
 
L
A
 
L
E
 
E
G
 
Q
A
 
A
P
 
G
D
 
D
-
 
R
-
 
L
-
 
D
G
 
Q
V
 
I
V
 
M
L
 
I
P
 
P
K
 
K
C
 
V
V
 
G
N
 
C
G
 
A
A
 
A
A
 
D
L
 
V
Q
 
Y
H
 
A
L
 
V
G
 
D
A
 
A
M
 
L
L
 
V
A
 
T
V
 
A
K
 
I
E
 
E
A
 
-
Q
 
-
A
 
-
D
 
-
L
 
R
A
 
A
D
 
K
G
 
G
A
 
R
I
 
T
K
 
K
I
 
P
I
 
L
P
 
S
-
 
F
-
 
E
I
 
V
V
 
I
T
 
I
E
|
E
T
 
S
A
 
A
A
 
A
A
 
G
L
 
I
F
 
A
N
 
H
M
 
V
G
 
E
T
 
E
Y
 
I
A
 
A
G
 
A
A
 
S
S
 
S
Q
 
P
R
 
R
L
 
L
A
 
Q
G
 
A
L
 
M
T
 
S
W
 
L
G
 
G
A
 
A
E
x
A
D
|
D
L
 
F
A
 
A
A
 
A
C
 
S
L
 
M
G
 
G
-
 
M
-
 
Q
-
 
T
-
 
T
-
 
G
-
 
I
-
 
G
-
 
G
A
 
T
E
 
Q
E
 
E
N
 
N
-
 
Y
-
 
Y
-
 
M
-
 
L
R
 
H
D
 
D
E
 
G
D
 
Q
G
 
K
A
 
H
Y
 
W
R
 
S
G
 
D
P
 
P
Y
 
W
A
 
H
L
 
W
A
 
A
R
 
Q
N
 
A
L
 
A
T
 
I
L
 
V
L
 
A
A
 
A
A
 
C
S
 
R
A
 
T
A
 
H
D
 
G
V
 
I
P
 
L
A
 
P
I
 
V
D
 
D
T
 
G
V
 
P
Y
 
F
L
 
G
N
 
D
F
 
F
R
 
S
D
 
D
L
 
D
A
 
E
G
 
G
F
 
F
R
 
R
L
 
A
E
 
Q
C
 
A
A
 
R
A
 
R
A
 
S
R
 
A
R
 
T
D
 
L
G
 
G
F
 
M
I
 
V
G
 
G
K
 
K
M
 
W
A
 
A
I
|
I
H
|
H
P
 
P
A
 
K
Q
 
Q
V
 
V
E
 
A
I
 
L
I
 
A
N
 
N
E
 
E
V
 
V
F
 
F
T
 
T
P
 
P
S
 
S
E
 
E
A
 
T
S
 
A
I
 
V
A
 
T
R
 
E
A
 
A
H
 
R
A
 
E
V
 
I
V
 
L
A
 
A
A
 
A
F
 
M
A
 
D
A
 
A
D
 
A
P
 
K
E
 
A
-
 
R
-
 
G
A
 
E
G
 
G
V
 
A
V
 
T
S
 
V
L
 
Y
E
 
K
G
 
G
E
 
R
M
 
L
L
 
V
D
 
D
A
 
I
P
 
A
H
 
S
L
 
I
K
 
K
R
 
Q
A
 
A
R
 
E
R
 
V
L
 
I
L
 
V
E
 
R
R
 
Q

4l9yA Crystal structure of rhodobacter sphaeroides malyl-coa lyase in complex with magnesium, glyoxylate, and propionyl-coa (see paper)
31% identity, 97% coverage: 2:286/295 of query aligns to 14:311/314 of 4l9yA

query
sites
4l9yA
R
 
R
S
 
C
Q
 
Q
L
 
L
F
 
F
V
 
G
P
 
P
A
 
G
D
 
S
S
 
R
E
 
P
K
 
A
K
 
L
L
 
F
E
 
E
K
 
K
G
 
M
L
 
A
A
 
A
S
 
S
G
 
A
A
 
A
D
 
D
C
 
V
L
 
I
F
 
N
L
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
E
D
 
D
S
 
S
V
 
V
A
 
A
L
 
P
G
 
D
A
 
D
K
 
K
P
 
A
K
 
Q
A
 
A
R
 
R
R
 
A
L
 
N
A
 
I
A
 
I
E
 
E
F
 
A
L
 
I
A
 
N
E
 
G
A
 
L
Q
 
D
R
 
W
R
 
G
S
 
-
P
 
-
R
 
R
P
 
K
L
 
Y
L
 
L
Y
 
S
V
 
V
R
 
R
V
 
I
N
 
N
G
 
G
L
 
L
E
 
D
S
 
T
G
 
P
L
 
F
I
 
W
E
 
Y
T
 
R
D
 
D
L
 
V
E
 
V
A
 
D
V
 
L
A
 
L
E
 
E
G
 
Q
A
 
A
P
 
G
D
 
D
-
 
R
-
 
L
-
 
D
G
 
Q
V
 
I
V
 
M
L
 
I
P
 
P
K
 
K
C
 
V
V
 
G
N
 
C
G
 
A
A
 
A
A
 
D
L
 
V
Q
 
Y
H
 
A
L
 
V
G
 
D
A
 
A
M
 
L
L
 
V
A
 
T
V
 
A
K
 
I
E
 
E
A
 
-
Q
 
-
A
 
-
D
 
-
L
 
R
A
 
A
D
 
K
G
 
G
A
 
R
I
 
T
K
 
K
I
 
P
I
 
L
P
 
S
-
 
F
-
 
E
I
 
V
V
 
I
T
 
I
E
|
E
T
 
S
A
 
A
A
 
A
A
 
G
L
 
I
F
 
A
N
 
H
M
 
V
G
 
E
T
 
E
Y
 
I
A
 
A
G
 
A
A
 
S
S
 
S
Q
 
P
R
 
R
L
 
L
A
 
Q
G
 
A
L
 
M
T
 
S
W
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
A
D
|
D
L
 
F
A
 
A
A
 
A
C
 
S
L
 
M
G
 
G
-
 
M
-
 
Q
-
 
T
-
 
T
-
 
G
-
 
I
-
 
G
-
 
G
A
 
T
E
 
Q
E
 
E
N
 
N
-
 
Y
-
 
Y
-
 
M
-
 
L
R
 
H
D
 
D
E
 
G
D
 
Q
G
 
K
A
 
H
Y
 
W
R
 
S
G
 
D
P
 
P
Y
 
W
A
 
H
L
 
W
A
 
A
R
 
Q
N
 
A
L
 
A
T
 
I
L
 
V
L
 
A
A
 
A
A
 
C
S
 
R
A
 
T
A
 
H
D
 
G
V
 
I
P
 
L
A
 
P
I
 
V
D
 
D
T
 
G
V
 
P
Y
 
F
L
 
G
N
 
D
F
 
F
R
 
S
D
 
D
L
 
D
A
 
E
G
 
G
F
 
F
R
 
R
L
 
A
E
 
Q
C
 
A
A
 
R
A
 
R
A
 
S
R
 
A
R
 
T
D
 
L
G
 
G
F
 
M
I
 
V
G
 
G
K
 
K
M
 
W
A
 
A
I
 
I
H
 
H
P
 
P
A
 
K
Q
 
Q
V
 
V
E
 
A
I
 
L
I
 
A
N
 
N
E
 
E
V
 
V
F
 
F
T
 
T
P
 
P
S
 
S
E
 
E
A
 
T
S
 
A
I
 
V
A
 
T
R
 
E
A
 
A
H
 
R
A
 
E
V
 
I
V
 
L
A
 
A
A
 
A
F
 
M
A
 
D
A
 
A
D
 
A
P
 
K
E
 
A
-
 
R
-
 
G
A
 
E
G
 
G
V
 
A
V
 
T
S
 
V
L
 
Y
E
 
K
G
 
G
E
 
R
M
x
L
L
 
V
D
|
D
A
 
I
P
 
A
H
 
S
L
 
I
K
 
K
R
 
Q
A
 
A
R
 
E
R
 
V
L
 
I
L
 
V
E
 
R
R
 
Q

4l9zA Crystal structure of rhodobacter sphaeroides malyl-coa lyase in complex with magnesium, oxalate, and coa (see paper)
31% identity, 97% coverage: 2:286/295 of query aligns to 13:310/313 of 4l9zA

query
sites
4l9zA
R
 
R
S
 
C
Q
 
Q
L
 
L
F
|
F
V
x
G
P
|
P
A
 
G
D
 
S
S
 
R
E
 
P
K
 
A
K
x
L
L
 
F
E
 
E
K
|
K
G
x
M
L
 
A
A
 
A
S
 
S
G
 
A
A
 
A
D
 
D
C
 
V
L
 
I
F
 
N
L
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
E
D
 
D
S
|
S
V
 
V
A
 
A
L
 
P
G
 
D
A
 
D
K
 
K
P
 
A
K
 
Q
A
 
A
R
 
R
R
 
A
L
 
N
A
 
I
A
 
I
E
 
E
F
 
A
L
 
I
A
 
N
E
 
G
A
 
L
Q
 
D
R
 
W
R
 
G
S
 
-
P
 
-
R
 
R
P
 
K
L
 
Y
L
 
L
Y
 
S
V
 
V
R
 
R
V
 
I
N
 
N
G
 
G
L
 
L
E
 
D
S
 
T
G
 
P
L
 
F
I
 
W
E
 
Y
T
 
R
D
 
D
L
 
V
E
 
V
A
 
D
V
 
L
A
 
L
E
 
E
G
 
Q
A
 
A
P
 
G
D
 
D
-
 
R
-
 
L
-
 
D
G
 
Q
V
 
I
V
 
M
L
 
I
P
 
P
K
 
K
C
 
V
V
 
G
N
 
C
G
 
A
A
 
A
A
 
D
L
 
V
Q
 
Y
H
 
A
L
 
V
G
 
D
A
 
A
M
 
L
L
 
V
A
 
T
V
 
A
K
 
I
E
 
E
A
 
-
Q
 
-
A
 
-
D
 
-
L
 
R
A
 
A
D
 
K
G
 
G
A
 
R
I
 
T
K
 
K
I
 
P
I
 
L
P
 
S
-
 
F
-
 
E
I
 
V
V
 
I
T
 
I
E
|
E
T
 
S
A
 
A
A
 
A
A
 
G
L
 
I
F
 
A
N
 
H
M
 
V
G
 
E
T
 
E
Y
 
I
A
 
A
G
 
A
A
 
S
S
 
S
Q
 
P
R
 
R
L
 
L
A
 
Q
G
 
A
L
 
M
T
 
S
W
 
L
G
|
G
A
 
A
E
x
A
D
|
D
L
 
F
A
 
A
A
 
A
C
 
S
L
 
M
G
 
G
-
 
M
-
 
Q
-
 
T
-
 
T
-
 
G
-
 
I
-
 
G
-
 
G
A
 
T
E
 
Q
E
 
E
N
 
N
-
 
Y
-
 
Y
-
 
M
-
 
L
R
 
H
D
 
D
E
 
G
D
 
Q
G
 
K
A
 
H
Y
 
W
R
 
S
G
 
D
P
 
P
Y
 
W
A
 
H
L
 
W
A
 
A
R
 
Q
N
 
A
L
 
A
T
 
I
L
 
V
L
 
A
A
 
A
A
 
C
S
 
R
A
 
T
A
 
H
D
 
G
V
 
I
P
 
L
A
 
P
I
 
V
D
 
D
T
 
G
V
x
P
Y
 
F
L
 
G
N
 
D
F
 
F
R
 
S
D
 
D
L
 
D
A
 
E
G
 
G
F
 
F
R
 
R
L
 
A
E
 
Q
C
 
A
A
 
R
A
 
R
A
 
S
R
 
A
R
 
T
D
 
L
G
 
G
F
 
M
I
 
V
G
 
G
K
 
K
M
 
W
A
 
A
I
|
I
H
 
H
P
|
P
A
 
K
Q
 
Q
V
 
V
E
 
A
I
 
L
I
 
A
N
 
N
E
 
E
V
 
V
F
 
F
T
 
T
P
 
P
S
 
S
E
 
E
A
 
T
S
 
A
I
 
V
A
 
T
R
 
E
A
 
A
H
 
R
A
 
E
V
 
I
V
 
L
A
 
A
A
 
A
F
 
M
A
 
D
A
 
A
D
 
A
P
 
K
E
 
A
-
 
R
-
 
G
A
 
E
G
 
G
V
 
A
V
 
T
S
 
V
L
 
Y
E
 
K
G
 
G
E
 
R
M
 
L
L
 
V
D
 
D
A
 
I
P
 
A
H
 
S
L
 
I
K
 
K
R
 
Q
A
 
A
R
 
E
R
 
V
L
 
I
L
 
V
E
 
R
R
 
Q

4l9yC Crystal structure of rhodobacter sphaeroides malyl-coa lyase in complex with magnesium, glyoxylate, and propionyl-coa (see paper)
31% identity, 97% coverage: 2:286/295 of query aligns to 14:311/316 of 4l9yC

query
sites
4l9yC
R
 
R
S
 
C
Q
 
Q
L
 
L
F
 
F
V
 
G
P
 
P
A
 
G
D
 
S
S
 
R
E
 
P
K
 
A
K
 
L
L
 
F
E
 
E
K
 
K
G
 
M
L
 
A
A
 
A
S
 
S
G
 
A
A
 
A
D
 
D
C
 
V
L
 
I
F
 
N
L
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
E
D
 
D
S
 
S
V
 
V
A
 
A
L
 
P
G
 
D
A
 
D
K
 
K
P
 
A
K
 
Q
A
 
A
R
 
R
R
 
A
L
 
N
A
 
I
A
 
I
E
 
E
F
 
A
L
 
I
A
 
N
E
 
G
A
 
L
Q
 
D
R
 
W
R
 
G
S
 
-
P
 
-
R
 
R
P
 
K
L
 
Y
L
 
L
Y
 
S
V
 
V
R
 
R
V
 
I
N
 
N
G
 
G
L
 
L
E
 
D
S
 
T
G
 
P
L
 
F
I
 
W
E
 
Y
T
 
R
D
 
D
L
 
V
E
 
V
A
 
D
V
 
L
A
 
L
E
 
E
G
 
Q
A
 
A
P
 
G
D
 
D
-
 
R
-
 
L
-
 
D
G
 
Q
V
 
I
V
 
M
L
 
I
P
 
P
K
 
K
C
 
V
V
 
G
N
 
C
G
 
A
A
 
A
A
 
D
L
 
V
Q
 
Y
H
 
A
L
 
V
G
 
D
A
 
A
M
 
L
L
 
V
A
 
T
V
 
A
K
 
I
E
 
E
A
 
R
Q
 
-
A
 
-
D
 
-
L
 
-
A
 
A
D
 
K
G
 
G
A
 
R
I
 
T
K
 
K
I
 
P
I
 
L
P
 
S
-
 
F
-
 
E
I
 
V
V
 
I
T
 
I
E
|
E
T
 
S
A
 
A
A
 
A
A
 
G
L
 
I
F
 
A
N
 
H
M
 
V
G
 
E
T
 
E
Y
 
I
A
 
A
G
 
A
A
 
S
S
 
S
Q
 
P
R
 
R
L
 
L
A
 
Q
G
 
A
L
 
M
T
 
S
W
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
A
D
|
D
L
 
F
A
 
A
A
 
A
C
 
S
L
 
M
G
 
G
-
 
M
-
 
Q
-
 
T
-
 
T
-
 
G
-
 
I
-
 
G
-
 
G
A
 
T
E
 
Q
E
 
E
N
 
N
-
 
Y
-
 
Y
-
 
M
-
 
L
R
 
H
D
 
D
E
 
G
D
 
Q
G
 
K
A
 
H
Y
 
W
R
 
S
G
 
D
P
 
P
Y
 
W
A
 
H
L
 
W
A
 
A
R
 
Q
N
 
A
L
 
A
T
 
I
L
 
V
L
 
A
A
 
A
A
 
C
S
 
R
A
 
T
A
 
H
D
 
G
V
 
I
P
 
L
A
 
P
I
 
V
D
 
D
T
 
G
V
 
P
Y
 
F
L
 
G
N
 
D
F
 
F
R
 
S
D
 
D
L
 
D
A
 
E
G
 
G
F
 
F
R
 
R
L
 
A
E
 
Q
C
 
A
A
 
R
A
 
R
A
 
S
R
 
A
R
 
T
D
 
L
G
 
G
F
 
M
I
 
V
G
 
G
K
 
K
M
 
W
A
 
A
I
 
I
H
 
H
P
 
P
A
 
K
Q
 
Q
V
 
V
E
 
A
I
 
L
I
 
A
N
 
N
E
 
E
V
 
V
F
 
F
T
 
T
P
 
P
S
 
S
E
 
E
A
 
T
S
 
A
I
 
V
A
 
T
R
 
E
A
 
A
H
 
R
A
 
E
V
 
I
V
 
L
A
 
A
A
 
A
F
 
M
A
 
D
A
 
A
D
 
A
P
 
K
E
 
A
-
 
R
-
 
G
A
 
E
G
 
G
V
 
A
V
 
T
S
 
V
L
 
Y
E
 
K
G
 
G
E
 
R
M
 
L
L
 
V
D
 
D
A
 
I
P
 
A
H
 
S
L
 
I
K
 
K
R
 
Q
A
 
A
R
 
E
R
 
V
L
 
I
L
 
V
E
 
R
R
 
Q

8wcoA (S)-citramalyl-coa lyase (see paper)
34% identity, 97% coverage: 1:286/295 of query aligns to 6:270/275 of 8wcoA

query
sites
8wcoA
M
 
V
R
 
R
S
 
S
Q
 
A
L
 
L
F
|
F
V
|
V
P
 
P
A
 
A
D
 
T
S
 
R
E
 
P
K
 
E
K
x
R
L
 
I
E
 
P
K
|
K
G
x
A
L
 
L
A
 
A
S
 
S
G
 
G
A
 
A
D
 
D
C
 
R
L
 
V
F
 
I
L
 
V
D
 
D
L
 
L
E
 
E
D
 
D
S
 
A
V
 
V
A
 
E
L
 
E
G
 
G
A
 
L
K
 
K
P
 
V
K
 
E
A
 
A
R
 
R
R
 
A
L
 
N
A
 
L
A
 
R
E
 
R
F
 
F
L
 
L
A
 
V
E
 
D
A
 
-
Q
 
-
R
 
-
R
 
-
S
 
T
P
 
P
R
 
E
P
 
A
L
 
R
L
 
V
Y
 
L
V
 
V
R
|
R
V
 
I
N
 
N
G
 
A
L
 
A
E
 
E
S
 
H
G
 
P
L
 
G
I
 
H
E
 
A
T
 
D
D
 
D
L
 
L
E
 
A
A
 
L
V
 
C
A
 
R
E
 
D
G
 
H
A
 
A
P
 
G
-
 
V
D
 
I
G
 
G
V
 
L
V
 
L
L
 
L
P
 
P
K
 
K
C
 
V
V
 
E
N
 
S
G
 
A
A
 
A
A
 
Q
L
 
V
Q
 
R
H
 
H
L
 
-
G
 
-
A
 
-
M
 
-
L
 
-
A
 
-
V
 
-
K
 
-
E
 
-
A
 
-
Q
 
-
A
 
A
D
 
A
L
 
V
A
 
A
D
 
S
G
 
G
A
 
K
I
 
-
K
 
P
I
 
V
I
 
W
P
 
P
I
 
I
V
 
V
T
 
E
E
 
S
T
 
A
A
 
R
A
 
G
A
 
L
L
 
A
F
 
A
N
 
L
M
 
G
G
 
E
T
 
I
Y
 
A
A
 
A
G
 
A
A
 
A
S
 
G
Q
 
V
R
 
E
L
 
R
A
 
L
G
 
S
L
 
F
T
 
G
W
 
S
G
 
L
A
 
D
E
 
L
D
 
A
L
 
L
A
 
D
A
 
L
C
 
D
L
 
L
G
 
N
A
 
S
E
 
G
E
 
S
N
 
N
R
 
A
D
 
A
E
 
E
D
 
Q
G
 
I
A
 
L
Y
 
G
R
 
H
G
 
A
P
 
R
Y
 
Y
A
 
A
L
 
L
A
 
L
R
 
L
N
 
Q
L
 
T
T
 
R
L
 
L
L
 
-
A
 
-
A
 
-
S
 
-
A
 
A
A
 
G
D
 
L
V
 
A
P
 
P
A
 
P
I
 
L
D
 
D
T
 
G
V
 
V
Y
 
Y
L
 
P
N
 
A
F
 
I
R
 
Q
D
 
N
L
 
R
A
 
A
G
 
G
F
 
L
R
 
V
L
 
E
E
 
A
C
 
V
A
 
R
A
 
F
A
 
A
R
 
R
R
 
D
D
 
M
G
 
G
F
 
F
I
 
G
G
 
G
K
 
L
M
 
L
A
 
C
I
|
I
H
|
H
P
|
P
A
 
S
Q
 
Q
V
 
V
E
 
E
I
 
P
I
 
I
N
 
H
E
 
Q
V
 
T
F
 
L
T
 
M
P
 
P
S
 
S
E
 
P
A
 
A
S
 
E
I
 
L
A
 
E
R
 
W
A
 
A
H
 
R
A
 
R
V
 
V
V
 
A
A
 
E
A
 
A
F
 
G
A
 
A
A
 
S
D
 
G
P
 
-
E
 
-
A
 
A
G
 
G
V
 
V
V
 
F
S
 
V
L
 
V
E
 
D
G
 
G
E
 
E
M
|
M
L
 
V
D
|
D
A
 
A
P
 
P
H
 
V
L
 
L
K
 
G
R
 
R
A
 
A
R
 
R
R
 
R
L
 
L
L
 
L
E
 
E
R
 
R

8khlA (S)-citramalyl-coa lyase (see paper)
34% identity, 97% coverage: 1:286/295 of query aligns to 6:270/275 of 8khlA

query
sites
8khlA
M
 
V
R
 
R
S
 
S
Q
 
A
L
 
L
F
|
F
V
|
V
P
 
P
A
 
A
D
 
T
S
 
R
E
 
P
K
 
E
K
x
R
L
 
I
E
 
P
K
|
K
G
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
S
G
 
G
A
 
A
D
 
D
C
 
R
L
 
V
F
 
I
L
 
V
D
 
D
L
 
L
E
 
E
D
 
D
S
 
A
V
 
V
A
 
E
L
 
E
G
 
G
A
 
L
K
 
K
P
 
V
K
 
E
A
 
A
R
 
R
R
 
A
L
 
N
A
 
L
A
 
R
E
 
R
F
 
F
L
 
L
A
 
V
E
 
D
A
 
-
Q
 
-
R
 
-
R
 
-
S
 
T
P
 
P
R
 
E
P
 
A
L
 
R
L
 
V
Y
 
L
V
 
V
R
 
R
V
 
I
N
 
N
G
 
A
L
 
A
E
 
E
S
 
H
G
 
P
L
 
G
I
 
H
E
 
A
T
 
D
D
 
D
L
 
L
E
 
A
A
 
L
V
 
C
A
 
R
E
 
D
G
 
H
A
 
A
P
 
G
-
 
V
D
 
I
G
 
G
V
 
L
V
 
L
L
 
L
P
 
P
K
 
K
C
 
V
V
 
E
N
 
S
G
 
A
A
 
A
A
 
Q
L
 
V
Q
 
R
H
 
H
L
 
-
G
 
-
A
 
-
M
 
-
L
 
-
A
 
-
V
 
-
K
 
-
E
 
-
A
 
-
Q
 
-
A
 
A
D
 
A
L
 
V
A
 
A
D
 
S
G
 
G
A
 
K
I
 
-
K
 
P
I
 
V
I
 
W
P
 
P
I
 
I
V
 
V
T
 
E
E
 
S
T
 
A
A
 
R
A
 
G
A
 
L
L
 
A
F
 
A
N
 
L
M
 
G
G
 
E
T
 
I
Y
 
A
A
 
A
G
 
A
A
 
A
S
 
G
Q
 
V
R
 
E
L
 
R
A
 
L
G
 
S
L
 
F
T
 
G
W
 
S
G
 
L
A
 
D
E
 
L
D
 
A
L
 
L
A
 
D
A
 
L
C
 
D
L
 
L
G
 
N
A
 
S
E
 
G
E
 
S
N
 
N
R
 
A
D
 
A
E
 
E
D
 
Q
G
 
I
A
 
L
Y
 
G
R
 
H
G
 
A
P
 
R
Y
 
Y
A
 
A
L
 
L
A
 
L
R
 
L
N
 
Q
L
 
T
T
 
R
L
 
L
L
 
-
A
 
-
A
 
-
S
 
-
A
 
A
A
 
G
D
 
L
V
 
A
P
 
P
A
 
P
I
 
L
D
 
D
T
 
G
V
 
V
Y
 
Y
L
 
P
N
 
A
F
 
I
R
 
Q
D
 
N
L
 
R
A
 
A
G
 
G
F
 
L
R
 
V
L
 
E
E
 
A
C
 
V
A
 
R
A
 
F
A
 
A
R
 
R
R
 
D
D
 
M
G
 
G
F
 
F
I
 
G
G
 
G
K
 
L
M
 
L
A
 
C
I
|
I
H
|
H
P
|
P
A
 
S
Q
 
Q
V
 
V
E
 
E
I
 
P
I
 
I
N
 
H
E
 
Q
V
 
T
F
 
L
T
 
M
P
 
P
S
 
S
E
 
P
A
 
A
S
 
E
I
 
L
A
 
E
R
 
W
A
 
A
H
 
R
A
 
R
V
 
V
V
 
A
A
 
E
A
 
A
F
 
G
A
 
A
A
 
S
D
 
G
P
 
-
E
 
-
A
 
A
G
 
G
V
 
V
V
 
F
S
 
V
L
 
V
E
 
D
G
 
G
E
 
E
M
 
M
L
 
V
D
 
D
A
 
A
P
 
P
H
 
V
L
 
L
K
 
G
R
 
R
A
 
A
R
 
R
R
 
R
L
 
L
L
 
L
E
 
E
R
 
R

Q9RUZ0 Citrate lyase subunit beta-like protein; EC 4.1.-.- from Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / CCUG 27074 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / VKM B-1422 / R1)
34% identity, 97% coverage: 1:286/295 of query aligns to 8:282/284 of Q9RUZ0

query
sites
Q9RUZ0
M
 
L
R
 
R
S
 
S
Q
 
V
L
 
L
F
 
F
V
 
A
P
 
P
A
 
G
D
 
N
S
 
R
E
 
A
K
 
D
K
 
L
L
 
I
E
 
A
K
 
K
G
 
L
L
 
P
A
 
R
S
 
S
G
 
A
A
 
P
D
 
D
C
 
A
L
 
V
F
 
V
L
 
I
D
 
D
L
 
L
E
 
E
D
 
D
S
 
A
V
 
V
A
 
P
-
 
G
-
 
T
-
 
A
-
 
E
-
 
A
-
 
K
L
 
A
G
 
A
A
 
A
K
 
R
P
 
P
K
 
V
A
 
A
R
 
H
R
 
D
L
 
A
A
 
A
A
 
R
E
 
D
F
 
L
L
 
I
A
 
A
E
 
A
A
 
A
Q
 
-
R
 
-
R
 
-
S
 
-
P
 
P
R
 
H
P
 
L
L
 
A
L
 
V
Y
 
F
V
 
V
R
|
R
V
 
V
N
 
N
G
 
A
L
 
L
E
 
H
S
 
S
G
 
P
L
 
Y
I
 
F
E
 
E
T
 
D
D
 
D
L
 
L
E
 
-
A
 
S
V
 
V
A
 
L
E
 
T
G
 
P
A
 
E
P
 
L
D
 
S
G
 
G
V
 
V
V
 
V
L
 
V
P
 
P
K
 
K
C
 
L
V
 
E
N
 
M
G
 
G
A
 
A
A
 
E
L
 
A
Q
 
R
H
 
Q
L
 
V
G
 
A
A
 
Q
M
 
M
L
 
L
A
 
Q
V
 
E
K
 
R
E
 
S
A
 
L
Q
 
P
A
 
-
D
 
-
L
 
-
A
 
-
D
 
-
G
 
-
A
 
-
I
 
-
K
 
-
I
 
-
I
 
L
P
 
P
I
 
I
V
 
L
T
 
A
-
 
G
-
 
L
E
|
E
T
 
T
A
 
G
A
 
A
A
 
G
L
 
V
F
 
W
N
 
N
M
 
-
G
 
-
T
 
-
Y
 
-
A
 
A
G
 
R
A
 
E
S
 
I
Q
 
M
R
 
E
L
 
V
A
 
P
G
 
E
L
 
V
T
 
A
W
 
W
G
 
-
A
 
-
E
 
-
D
 
-
L
 
-
A
 
-
A
 
A
C
 
Y
L
 
F
G
 
G
A
 
A
E
 
E
E
x
D
N
 
Y
R
 
T
D
 
T
E
 
D
D
 
L
G
 
G
A
 
G
Y
 
K
R
 
R
G
 
T
P
 
P
Y
 
G
A
 
G
L
 
L
-
 
E
-
 
V
-
 
L
-
 
Y
A
 
A
R
 
R
N
 
S
L
 
Q
T
 
V
L
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
S
 
R
A
 
L
A
 
T
D
 
G
V
 
V
P
 
A
A
 
A
I
 
L
D
 
D
T
 
I
V
 
V
Y
 
V
L
 
T
N
 
A
F
 
L
R
 
N
D
 
D
L
 
P
A
 
E
G
 
T
F
 
F
R
 
R
L
 
A
E
 
D
C
 
A
A
 
E
A
 
Q
A
 
G
R
 
R
R
 
A
D
 
L
G
 
G
F
 
Y
I
 
S
G
 
G
K
 
K
M
 
L
A
 
C
I
 
I
H
 
H
P
 
P
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
E
 
A
I
 
L
I
 
A
N
 
H
E
 
E
V
 
Y
F
 
F
T
 
G
P
 
P
S
 
T
E
 
E
A
 
A
S
 
D
I
 
R
A
 
A
R
 
R
A
 
A
H
 
R
A
 
A
V
 
L
V
 
L
A
 
D
A
 
A
F
 
A
A
 
A
A
 
A
D
 
A
P
 
A
E
 
Q
-
 
R
-
 
G
A
 
H
G
 
G
V
 
A
V
 
F
S
 
S
L
 
F
E
 
E
G
 
G
E
 
Q
M
 
M
L
 
V
D
 
D
A
 
E
P
 
P
H
 
M
L
 
L
K
 
A
R
 
K
A
 
A
R
 
R
R
 
T
L
 
L
L
 
L
E
 
S
R
 
H

1u5vA Structure of cite complexed with triphosphate group of atp form mycobacterium tuberculosis
33% identity, 73% coverage: 25:239/295 of query aligns to 30:221/223 of 1u5vA

query
sites
1u5vA
C
 
V
L
 
V
F
 
I
L
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
E
D
 
D
S
 
G
V
 
V
A
 
A
L
 
A
G
 
A
A
 
Q
K
 
K
P
 
P
K
 
A
A
 
A
R
 
R
R
 
N
L
 
A
A
 
L
A
 
R
E
 
D
F
 
T
L
 
P
A
 
L
E
 
D
A
 
P
Q
 
E
R
 
R
R
 
-
S
 
-
P
 
-
R
 
-
P
 
-
L
 
-
L
 
T
Y
 
V
V
 
V
R
 
R
V
 
I
N
 
N
G
 
A
L
 
G
E
 
G
S
 
T
G
 
A
L
 
D
I
 
Q
E
 
A
T
 
R
D
 
D
L
 
L
E
 
E
A
 
A
V
 
L
A
 
A
E
 
G
G
 
T
A
 
A
P
 
Y
D
 
T
G
 
T
V
 
V
V
 
M
L
 
L
P
 
P
K
 
K
C
 
A
V
 
-
N
 
-
G
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
-
Q
 
-
H
 
-
L
 
-
G
 
-
A
 
-
M
 
-
L
 
-
A
 
-
V
 
-
K
 
-
E
 
E
A
 
S
Q
 
A
A
 
A
D
 
Q
L
 
V
A
 
I
D
 
E
G
 
L
A
 
A
I
 
P
K
 
R
I