SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_036376281.1 NCBI__GCF_000015305.1:WP_036376281.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4p4gA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis shikimate dehydrogenase
69% identity, 97% coverage: 5:267/270 of query aligns to 1:261/265 of 4p4gA

query
sites
4p4gA
P
 
P
R
 
K
R
 
K
A
 
A
A
 
G
V
 
V
L
 
L
G
 
G
S
 
S
P
 
P
I
 
I
A
 
A
H
 
H
S
|
S
R
 
R
S
|
S
P
 
P
Q
 
Q
L
 
L
H
 
H
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
L
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
H
D
 
D
W
 
W
T
 
T
Y
 
Y
E
 
E
R
 
R
I
 
I
E
 
E
C
 
C
T
 
G
G
 
A
E
 
A
Q
 
E
L
 
L
P
 
P
G
 
V
V
 
V
V
 
V
A
 
G
G
 
G
F
 
F
G
 
G
P
 
P
E
 
E
W
 
W
V
 
V
G
 
G
V
 
V
S
 
S
V
 
V
T
|
T
M
 
M
P
 
P
G
 
G
K
|
K
F
 
F
A
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
R
V
 
F
A
 
A
D
 
D
E
 
E
A
 
R
T
 
T
D
 
A
R
 
R
A
 
A
R
 
D
M
 
L
V
 
V
G
 
G
S
 
S
A
 
A
N
|
N
T
 
T
L
 
L
V
 
V
R
 
R
S
 
T
S
 
P
A
 
H
G
 
G
W
 
W
R
 
R
A
 
A
D
 
D
N
 
N
T
 
T
D
|
D
I
 
I
D
 
D
G
 
G
V
 
V
V
 
A
G
 
G
A
 
A
L
 
L
S
 
G
G
 
A
V
 
A
Q
 
A
V
 
G
T
 
H
D
 
-
R
 
-
A
 
A
M
 
L
V
 
V
I
 
L
G
 
G
S
 
S
G
 
G
G
 
G
T
 
T
A
 
A
P
 
P
A
 
A
V
 
A
V
 
V
V
 
V
G
 
G
L
 
L
V
 
A
T
 
E
L
 
L
G
 
G
A
 
V
R
 
T
F
 
D
V
 
I
T
 
T
V
 
V
A
 
V
A
 
A
R
 
R
H
 
N
A
 
S
D
 
D
K
 
K
A
 
A
S
 
A
A
 
R
L
 
L
V
 
V
E
 
D
L
 
L
A
 
G
V
 
T
R
 
R
C
 
V
G
 
G
A
 
V
R
 
A
A
 
T
G
 
R
W
 
F
V
 
C
D
 
A
L
 
F
Q
 
D
H
 
S
G
 
G
R
 
G
L
 
L
A
 
A
E
 
D
E
 
A
V
 
V
A
 
A
G
 
A
V
 
A
E
 
E
V
 
V
V
 
L
V
 
V
N
 
S
T
 
T
V
 
I
P
 
P
A
 
A
D
 
E
A
 
V
V
 
A
A
 
A
P
 
G
H
 
Y
A
 
A
A
 
G
A
 
T
L
 
L
A
 
A
G
 
A
T
 
I
P
 
P
V
 
V
L
 
L
L
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
I
Y
|
Y
D
 
D
P
 
P
W
 
W
P
 
P
T
 
T
P
 
P
L
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
V
 
V
Q
 
G
A
 
S
A
 
A
G
 
G
G
 
G
Q
 
R
V
 
V
I
 
I
S
 
S
G
 
G
L
 
L
E
 
Q
M
 
M
L
|
L
L
 
L
N
 
H
Q
|
Q
A
 
A
F
 
F
T
 
A
Q
 
Q
V
 
V
E
 
E
Q
 
Q
F
 
F
T
 
T
G
 
G
L
 
L
P
 
P
A
 
A
P
 
P
K
 
R
E
 
E
A
 
A
M
 
M
R
 
T
A
 
C
A
 
A
L
 
L

7tbvA Crystal structure of the shikimate kinase + 3-dehydroquinate dehydratase + 3-dehydroshikimate dehydrogenase domains of aro1 from candida albicans (see paper)
32% identity, 97% coverage: 6:267/270 of query aligns to 403:679/682 of 7tbvA

query
sites
7tbvA
R
 
K
R
 
K
A
 
F
A
 
W
V
 
V
L
 
I
G
 
G
S
 
S
P
 
P
I
 
I
A
 
E
H
 
H
S
 
S
R
 
R
S
 
S
P
 
P
Q
 
N
L
 
L
H
 
H
L
 
N
A
 
A
A
 
G
Y
 
Y
R
 
K
A
 
A
L
 
L
G
 
N
L
 
L
T
 
P
D
 
-
W
 
Y
T
 
Q
Y
 
F
E
 
G
R
 
R
I
 
F
E
 
E
C
 
A
T
 
T
G
 
D
E
 
V
Q
 
D
L
 
V
P
 
V
G
 
Y
V
 
D
V
 
N
A
 
L
G
 
I
F
 
N
G
 
K
P
 
P
E
 
D
W
 
F
V
 
G
G
 
G
V
 
L
S
 
A
V
 
I
T
 
T
M
 
M
P
 
P
G
 
L
K
 
K
F
 
L
A
 
D
A
 
I
L
 
M
R
 
K
V
 
F
A
 
A
D
 
T
E
 
K
A
 
L
T
 
S
D
 
D
R
 
A
A
 
A
R
 
E
M
 
T
V
 
I
G
 
G
S
 
A
A
 
V
N
 
N
T
 
T
L
 
L
V
 
I
R
 
P
S
 
I
S
 
E
A
 
G
G
 
G
W
 
Y
R
 
F
A
 
G
D
 
D
N
 
N
T
 
T
D
 
D
I
 
W
D
 
V
G
 
G
V
 
I
V
 
S
G
 
N
A
 
S
L
 
F
-
 
I
-
 
R
S
 
A
G
 
G
V
 
V
-
 
P
-
 
P
Q
 
K
V
 
L
T
 
S
D
 
S
R
 
N
A
 
G
M
 
L
V
 
V
I
 
V
G
 
G
S
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
A
 
S
P
 
R
A
 
A
V
 
A
V
 
I
V
 
Y
G
 
A
L
 
L
V
 
H
T
 
Q
L
 
M
G
 
G
A
 
C
R
 
A
F
 
K
V
 
I
T
 
Y
V
 
L
A
 
V
A
 
N
R
 
R
H
 
T
A
 
A
D
 
A
K
 
K
A
 
-
S
 
-
A
 
-
L
 
L
V
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
V
V
 
K
R
 
S
C
 
F
G
 
P
A
 
K
R
 
D
A
 
Y
G
 
N
W
 
L
V
 
E
D
 
I
L
 
V
Q
 
E
H
 
T
G
 
E
R
 
Q
L
 
Q
A
 
A
E
 
D
E
 
K
V
 
A
A
 
S
G
 
K
V
 
V
E
 
L
V
 
L
V
 
V
V
 
V
N
 
S
T
 
C
V
 
I
P
 
P
A
 
A
D
 
D
A
 
K
-
 
P
-
 
L
-
 
D
-
 
G
-
 
E
-
 
V
-
 
L
-
 
K
-
 
K
-
 
I
-
 
E
-
 
R
-
 
I
V
 
L
A
 
S
P
 
N
H
 
G
A
 
S
A
 
E
A
 
Q
L
 
S
A
 
A
G
 
G
-
 
F
T
 
K
P
 
P
V
 
T
L
 
L
L
 
L
D
 
E
A
 
A
I
 
S
Y
 
Y
D
 
K
P
 
P
W
 
R
P
 
V
T
 
T
P
 
P
L
 
I
A
 
M
A
 
K
-
 
L
A
 
A
V
 
E
Q
 
E
A
 
Q
A
 
Y
G
 
K
G
 
W
Q
 
K
V
 
V
I
 
I
S
 
P
G
 
G
L
 
V
E
 
E
M
 
M
L
 
L
L
 
V
N
 
N
Q
 
Q
A
 
G
F
 
D
T
 
R
Q
 
Q
V
 
F
E
 
K
Q
 
L
F
 
H
T
 
T
G
 
G
L
 
F
P
 
I
A
 
A
P
 
P
K
 
Y
E
 
E
A
 
I
M
 
I
R
 
H
A
 
R
A
 
A
L
 
L

Sites not aligning to the query:

6hqvA Pentafunctional arom complex from chaetomium thermophilum (see paper)
32% identity, 97% coverage: 5:267/270 of query aligns to 1264:1548/1555 of 6hqvA

query
sites
6hqvA
P
 
P
R
 
K
R
 
S
A
 
F
A
 
Y
V
 
L
L
 
F
G
 
G
S
 
K
P
 
P
I
 
I
A
 
S
H
 
A
S
|
S
R
 
R
S
|
S
P
 
P
Q
 
A
L
 
L
H
 
H
L
 
N
A
 
T
A
 
L
Y
 
F
R
 
Y
A
 
K
L
 
T
G
 
G
L
 
L
T
 
P
D
 
H
W
 
-
T
 
H
Y
 
Y
E
 
S
R
 
R
I
 
F
E
 
E
C
 
T
T
 
D
-
 
E
-
 
A
G
 
S
E
 
K
Q
 
A
L
 
L
P
 
E
G
 
S
V
 
L
V
 
I
A
 
R
G
 
S
F
 
-
G
 
-
P
 
P
E
 
D
W
 
F
V
 
G
G
 
G
V
 
A
S
 
S
V
 
V
T
|
T
M
 
I
P
 
P
G
 
L
K
|
K
F
 
L
A
 
D
A
 
I
L
 
M
R
 
P
V
 
L
A
 
L
D
 
D
E
 
S
A
 
A
T
 
T
D
 
D
R
 
A
A
 
A
R
 
R
M
 
T
V
 
I
G
 
G
S
 
A
A
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
I
V
 
I
R
 
P
-
 
Q
-
 
T
-
 
R
-
 
D
-
 
G
S
 
S
S
 
T
A
 
T
G
 
T
W
 
L
R
 
V
A
 
G
D
 
D
N
 
N
T
 
T
D
|
D
I
 
W
D
 
R
G
 
G
V
 
M
V
 
V
G
 
H
A
 
A
L
 
L
-
 
L
-
 
H
-
 
S
-
 
S
-
 
G
-
 
S
-
 
G
S
 
S
G
 
V
V
 
V
Q
 
Q
V
 
R
T
 
T
-
 
A
-
 
A
-
 
P
-
 
R
D
 
G
R
 
A
A
 
A
M
 
M
V
 
V
I
 
V
G
 
G
S
 
S
G
 
G
G
 
G
T
 
T
A
 
A
P
 
R
A
 
A
V
 
A
V
 
I
V
 
Y
G
 
A
L
 
L
V
 
H
T
 
D
L
 
L
G
 
G
A
 
F
R
 
A
F
 
P
V
 
I
T
 
W
V
 
I
A
 
V
A
 
A
R
 
R
H
 
S
A
 
E
D
 
E
K
 
R
A
 
V
S
 
A
A
 
E
L
 
L
V
 
V
E
 
R
L
 
-
A
 
-
V
 
-
R
 
-
C
 
-
G
 
-
A
 
-
R
 
-
A
 
-
G
 
G
W
 
F
V
 
D
D
 
G
L
 
Y
Q
 
D
H
 
L
G
 
R
R
 
R
L
 
M
A
 
T
E
 
S
E
 
P
V
 
H
A
 
Q
G
 
G
V
 
K
E
 
D
-
 
N
-
 
M
-
 
P
-
 
S
V
 
V
V
 
V
V
 
I
N
 
S
T
 
T
V
 
I
P
 
P
A
 
A
D
 
T
-
 
Q
-
 
P
-
 
I
-
 
D
-
 
P
-
 
S
-
 
M
-
 
R
-
 
E
-
 
V
-
 
I
-
 
V
A
 
E
V
 
V
A
 
L
P
 
K
H
 
H
A
 
G
A
 
H
A
 
P
L
 
S
A
 
A
G
 
E
T
 
G
P
 
K
V
 
V
L
 
L
L
 
L
D
 
E
A
 
M
I
 
A
Y
 
Y
D
 
Q
P
 
P
W
 
P
P
 
R
T
 
T
P
 
P
L
 
L
A
 
M
A
 
T
A
 
L
V
 
A
Q
 
E
A
 
D
A
 
Q
G
 
G
G
 
W
Q
 
R
V
 
T
I
 
V
S
 
G
G
 
G
L
 
L
E
 
E
M
 
V
L
 
L
L
 
A
N
 
A
Q
|
Q
A
 
G
F
 
W
T
 
Y
Q
 
Q
V
 
F
E
 
Q
Q
 
L
F
 
W
T
 
T
G
 
G
L
 
I
P
 
T
A
 
P
P
 
L
K
 
Y
E
 
E
A
 
E
M
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
V

Sites not aligning to the query:

3dooA Crystal structure of shikimate dehydrogenase from staphylococcus epidermidis complexed with shikimate (see paper)
25% identity, 96% coverage: 7:264/270 of query aligns to 2:249/258 of 3dooA

query
sites
3dooA
R
 
K
A
 
F
A
 
A
V
 
V
L
 
I
G
 
G
S
 
N
P
 
P
I
 
I
A
 
S
H
 
H
S
|
S
R
 
L
S
|
S
P
 
P
Q
 
L
L
 
M
H
 
H
L
 
H
A
 
A
A
 
N
Y
 
F
R
 
Q
A
 
S
L
 
L
G
 
N
L
 
L
T
 
E
D
 
N
W
 
-
T
 
T
Y
 
Y
E
 
E
R
 
A
I
 
I
E
 
N
C
 
V
T
 
P
G
 
V
E
 
N
Q
 
Q
L
 
F
P
 
Q
G
 
D
V
 
I
V
 
K
A
 
K
G
 
I
F
 
I
G
 
S
P
 
E
E
 
K
W
 
S
V
 
I
-
 
D
G
 
G
V
 
F
S
x
N
V
 
V
T
|
T
M
 
I
P
 
P
G
 
H
K
|
K
F
 
E
A
 
R
A
 
I
L
 
I
R
 
P
V
 
Y
A
 
L
D
 
D
E
 
D
A
 
I
T
 
N
D
 
E
R
 
Q
A
 
A
R
 
K
M
 
S
V
 
V
G
 
G
S
 
A
A
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
V
V
 
L
R
 
V
S
 
K
S
 
D
A
 
G
G
 
K
W
 
W
R
 
I
A
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
I
 
G
D
 
I
G
 
G
V
 
Y
V
 
V
G
 
N
A
 
G
L
 
L
S
 
K
G
 
Q
V
 
I
Q
 
Y
-
 
E
-
 
G
V
 
I
T
 
E
D
 
D
-
 
A
R
 
Y
A
 
I
M
 
L
V
 
I
I
 
L
G
 
G
S
 
A
G
 
G
G
 
G
T
 
A
A
 
S
P
 
K
A
 
G
V
 
I
V
 
A
V
 
N
G
 
E
L
 
L
V
 
Y
T
 
K
L
 
I
G
 
V
A
 
R
R
 
P
F
 
T
V
 
L
T
 
T
V
 
V
A
 
A
A
 
N
R
 
R
H
 
T
A
 
M
D
 
S
K
 
R
A
 
F
S
 
N
A
 
-
L
 
-
V
 
-
E
 
-
L
 
-
A
 
-
V
 
-
R
 
N
C
 
W
G
 
S
A
 
L
R
 
N
A
 
I
G
 
N
W
 
K
V
 
I
D
 
N
L
 
L
Q
 
S
H
 
H
G
 
A
R
 
E
L
 
-
A
 
-
E
 
S
E
 
H
V
 
L
A
 
D
G
 
E
V
 
F
E
 
D
V
 
I
V
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
T
V
 
T
P
 
P
A
 
V
D
 
I
A
 
S
V
 
L
A
 
-
P
 
-
H
 
-
A
 
-
A
 
N
A
 
R
L
 
L
A
 
A
G
 
S
T
 
H
P
 
T
V
 
L
L
 
V
L
 
S
D
 
D
A
 
I
I
 
V
Y
 
Y
D
 
N
P
 
P
W
 
Y
P
 
K
T
 
T
P
 
P
L
 
I
A
 
L
A
 
I
A
 
E
V
 
A
Q
 
E
A
 
Q
A
 
R
G
 
G
G
 
N
Q
 
P
V
 
I
I
 
Y
S
 
N
G
 
G
L
 
L
E
 
D
M
 
M
L
x
F
L
 
V
N
 
H
Q
|
Q
A
 
G
F
 
A
T
 
E
Q
 
S
V
 
F
E
 
K
Q
 
I
F
 
W
T
 
T
G
 
N
L
 
L
P
 
E
A
 
P
P
 
D
K
 
I
E
 
K
A
 
A
M
 
M
R
 
K

Q5HNV1 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Staphylococcus epidermidis (strain ATCC 35984 / RP62A) (see paper)
26% identity, 96% coverage: 7:264/270 of query aligns to 2:258/269 of Q5HNV1

query
sites
Q5HNV1
R
 
K
A
 
F
A
 
A
V
 
V
L
 
I
G
 
G
S
 
N
P
 
P
I
 
I
A
 
S
H
 
H
S
|
S
R
x
L
S
|
S
P
 
P
Q
 
L
L
 
M
H
 
H
L
 
H
A
 
A
A
 
N
Y
 
F
R
 
Q
A
 
S
L
 
L
G
 
N
L
 
L
T
 
E
D
 
N
W
 
-
T
 
T
Y
 
Y
E
 
E
R
 
A
I
 
I
E
 
N
C
 
V
T
 
P
G
 
V
E
 
N
Q
 
Q
L
 
F
P
 
Q
G
 
D
V
 
I
V
 
K
A
 
K
G
 
I
F
 
I
G
 
S
P
 
E
E
 
K
W
 
S
V
 
I
-
 
D
G
 
G
V
 
F
S
 
N
V
 
V
T
|
T
M
 
I
P
 
P
G
 
H
K
 
K
F
 
E
A
 
R
A
 
I
L
 
I
R
 
P
V
 
Y
A
 
L
D
 
D
E
 
D
A
 
I
T
 
N
D
 
E
R
 
Q
A
 
A
R
 
K
M
 
S
V
 
V
G
 
G
S
 
A
A
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
V
V
 
L
R
 
V
S
 
K
S
 
D
A
 
G
G
 
K
W
 
W
R
 
I
A
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
I
 
G
D
 
I
G
 
G
V
 
Y
V
 
V
G
 
N
A
 
G
L
 
L
S
 
K
G
 
Q
V
 
I
Q
 
Y
-
 
E
-
 
G
V
 
I
T
 
E
D
 
D
-
 
A
R
 
Y
A
 
I
M
 
L
V
 
I
I
 
L
G
 
G
S
 
A
G
 
G
G
 
G
T
 
A
A
 
S
P
 
K
A
 
G
V
 
I
V
 
A
V
 
N
G
 
E
L
 
L
V
 
Y
T
 
K
L
 
I
G
 
V
A
 
R
R
 
P
F
 
T
V
 
L
T
 
T
V
 
V
A
 
A
A
 
N
R
 
R
H
 
T
A
 
M
D
 
S
K
 
R
A
 
F
S
 
N
A
 
-
L
 
-
V
 
-
E
 
-
L
 
-
A
 
-
V
 
-
R
 
N
C
 
W
G
 
S
A
 
L
R
 
N
A
 
I
G
 
N
W
 
K
V
 
I
D
 
N
L
 
L
Q
 
S
H
 
H
G
 
A
R
 
E
L
 
-
A
 
-
E
 
S
E
 
H
V
 
L
A
 
D
G
 
E
V
 
F
E
 
D
V
 
I
V
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
T
V
 
T
P
 
P
A
 
A
-
 
G
-
 
M
-
 
N
-
 
G
-
 
N
-
 
T
D
 
D
A
 
S
V
 
V
A
 
I
P
 
S
H
 
-
A
 
L
A
 
N
A
 
R
L
 
L
A
 
A
G
 
S
T
 
H
P
 
T
V
 
L
L
 
V
L
 
S
D
 
D
A
 
I
I
 
V
Y
|
Y
D
 
N
P
 
P
W
 
Y
P
 
K
T
 
T
P
 
P
L
 
I
A
 
L
A
 
I
A
 
E
V
 
A
Q
 
E
A
 
Q
A
 
R
G
 
G
G
 
N
Q
 
P
V
 
I
I
 
Y
S
 
N
G
 
G
L
 
L
E
 
D
M
 
M
L
 
F
L
 
V
N
 
H
Q
|
Q
A
 
G
F
 
A
T
 
E
Q
 
S
V
 
F
E
 
K
Q
 
I
F
 
W
T
 
T
G
 
N
L
 
L
P
 
E
A
 
P
P
 
D
K
 
I
E
 
K
A
 
A
M
 
M
R
 
K

P07547 Pentafunctional AROM polypeptide; EC 4.2.3.4; EC 2.5.1.19; EC 2.7.1.71; EC 4.2.1.10; EC 1.1.1.25 from Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (Aspergillus nidulans) (see 2 papers)
29% identity, 97% coverage: 5:266/270 of query aligns to 1289:1578/1583 of P07547

query
sites
P07547
P
 
P
R
 
K
R
 
K
A
 
F
A
 
A
V
 
I
L
 
F
G
 
G
S
 
S
P
 
P
I
 
I
A
 
S
H
 
Q
S
 
S
R
 
R
S
 
S
P
 
P
Q
 
A
L
 
L
H
 
H
L
 
N
A
 
T
A
 
L
Y
 
F
R
 
A
A
 
Q
L
 
V
G
 
G
L
 
L
T
 
P
D
 
H
W
 
-
T
 
N
Y
 
Y
E
 
T
R
 
R
I
 
L
E
 
E
C
 
T
T
 
T
G
 
N
E
 
A
Q
 
Q
L
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
D
V
 
V
A
 
Q
G
 
E
F
 
F
-
 
I
-
 
R
G
 
S
P
 
P
E
 
D
W
 
F
V
 
G
G
 
G
V
 
A
S
 
S
V
 
V
T
 
T
M
 
I
P
 
P
G
 
L
K
 
K
F
 
L
A
 
D
A
 
I
L
 
M
R
 
P
V
 
L
A
 
L
D
 
D
E
 
E
A
 
V
T
 
A
D
 
A
R
 
E
A
 
A
R
 
E
M
 
I
V
 
I
G
 
G
S
 
A
A
 
V
N
 
N
T
 
T
L
 
I
V
 
I
R
 
P
S
 
V
S
 
S
A
 
T
G
 
G
W
 
K
R
 
N
A
 
T
-
 
P
-
 
S
-
 
R
-
 
L
-
 
V
-
 
G
D
 
R
N
 
N
T
 
T
D
 
D
I
 
W
D
 
Q
G
 
G
V
 
M
V
 
I
G
 
L
A
 
S
L
 
L
-
 
R
-
 
K
S
 
A
G
 
G
V
 
V
Q
 
Y
V
 
G
T
 
P
D
 
K
R
 
R
-
 
K
-
 
D
-
 
Q
-
 
E
-
 
Q
-
 
S
A
 
A
M
 
L
V
 
V
I
 
V
G
 
G
S
 
G
G
 
G
G
 
G
T
 
T
A
 
A
P
 
R
A
 
A
V
 
A
V
 
I
V
 
Y
G
 
A
L
 
L
V
 
H
T
 
N
L
 
M
G
 
G
A
 
Y
R
 
S
F
 
P
V
 
I
T
 
Y
V
 
I
A
 
V
A
 
G
R
 
R
H
 
T
A
 
P
D
 
S
K
 
K
A
 
L
S
 
E
A
 
N
L
 
M
V
 
V
E
 
-
L
 
-
A
 
-
V
 
-
R
 
-
C
 
-
G
 
-
A
 
-
R
 
-
A
 
S
G
 
T
W
 
F
V
 
P
D
 
S
L
 
S
Q
 
Y
H
 
N
G
 
I
R
 
R
L
 
I
A
 
V
E
 
E
E
 
S
V
 
P
A
 
S
G
 
S
V
 
F
E
 
E
-
 
S
-
 
V
-
 
P
-
 
H
V
 
V
V
 
A
V
 
I
N
 
G
T
 
T
V
 
I
P
 
P
A
 
A
D
 
D
-
 
Q
-
 
P
-
 
I
-
 
D
-
 
P
-
 
T
-
 
M
-
 
R
-
 
E
-
 
T
-
 
L
-
 
C
-
 
H
-
 
M
-
 
F
-
 
E
-
 
R
-
 
A
-
 
Q
-
 
E
A
 
A
V
 
D
A
 
A
P
 
E
H
 
A
A
 
V
A
 
K
A
 
A
L
 
I
A
 
E
G
 
H
T
 
A
P
 
P
-
 
R
V
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
E
A
 
M
I
 
A
Y
 
Y
D
 
K
P
 
P
W
 
Q
P
 
V
T
 
T
P
 
A
L
 
L
A
 
M
A
 
R
A
 
L
V
 
A
Q
 
S
A
 
D
A
 
S
G
 
G
G
 
W
Q
 
K
V
 
T
I
 
I
S
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
E
M
 
V
L
 
L
L
 
V
N
 
G
Q
 
Q
A
 
G
F
 
W
T
 
Y
Q
 
Q
V
 
F
E
 
K
Q
 
Y
F
 
W
T
 
T
G
 
G
L
 
I
P
 
S
A
 
P
P
 
L
K
 
Y
E
 
E
A
 
S
M
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
C

Sites not aligning to the query:

2o7sA Crystal structure of the a. Thaliana dhq-dehydroshikimate-sdh- shikimate-NADP(h)
31% identity, 93% coverage: 10:261/270 of query aligns to 239:482/500 of 2o7sA

query
sites
2o7sA
V
x
I
L
 
I
G
 
G
S
 
K
P
 
P
I
 
V
A
 
S
H
 
H
S
|
S
R
 
K
S
|
S
P
 
P
Q
 
I
L
 
V
H
 
H
L
 
N
A
 
Q
A
 
A
Y
 
F
R
 
K
A
 
S
L
 
V
G
 
-
L
 
-
T
 
-
D
 
D
W
 
F
T
 
N
Y
 
G
E
 
V
R
 
Y
I
 
V
E
 
H
C
 
L
T
 
L
G
 
V
E
 
D
Q
 
N
L
 
L
P
 
V
G
 
S
V
 
F
V
 
L
A
 
Q
G
 
A
F
 
Y
G
 
S
P
 
S
-
 
S
E
 
D
W
 
F
V
 
A
G
 
G
V
 
F
S
 
S
V
 
C
T
|
T
M
x
I
P
|
P
G
 
H
K
|
K
F
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
V
 
C
A
 
C
D
 
D
E
 
E
A
 
V
T
 
D
D
 
P
R
 
L
A
 
A
R
 
K
M
 
S
V
 
I
G
 
G
S
 
A
A
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
I
V
 
L
R
 
R
S
 
R
S
 
K
A
 
S
G
 
D
W
 
G
R
 
K
-
 
L
-
 
L
A
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
I
 
-
D
 
-
G
 
-
V
 
C
V
 
I
G
 
G
A
 
S
L
 
I
S
 
S
G
 
A
V
 
I
Q
 
E
V
 
D
T
 
G
D
 
L
R
 
T
A
 
V
M
 
V
V
 
V
I
 
I
G
 
G
S
 
A
G
|
G
G
|
G
T
x
A
A
 
G
P
 
K
A
 
A
V
 
L
V
 
A
V
 
Y
G
 
G
L
 
A
V
 
K
T
 
E
L
 
K
G
 
G
A
 
A
R
 
-
F
 
-
V
 
V
T
 
V
V
 
I
A
 
A
A
x
N
R
|
R
H
x
T
A
 
Y
D
 
E
K
x
R
A
 
A
S
 
-
A
 
-
L
 
-
V
 
L
E
 
E
L
 
L
A
 
A
V
 
E
R
 
A
C
 
I
G
 
G
A
 
G
R
 
A
A
 
L
G
 
S
W
 
L
V
 
T
D
 
D
L
 
L
Q
 
D
H
 
N
G
 
Y
R
 
E
-
 
D
-
 
G
-
 
M
-
 
V
L
 
L
A
 
A
E
 
N
E
 
T
V
x
T
A
x
S
-
x
M
G
 
G
V
 
M
E
 
Q
V
 
P
V
 
N
V
 
V
N
 
E
T
 
E
V
 
T
P
 
P
-
 
I
-
 
S
A
 
K
D
 
D
A
 
A
V
 
L
A
 
K
P
 
H
H
 
Y
A
 
A
A
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
T
 
-
P
 
-
V
 
L
L
 
V
L
 
F
D
 
D
A
|
A
I
 
V
Y
|
Y
D
 
T
P
 
P
W
 
R
P
 
I
T
 
T
P
 
R
L
 
L
A
 
L
A
 
R
A
 
E
V
 
A
Q
 
E
A
 
E
A
 
S
G
 
G
G
 
A
Q
 
I
V
 
T
I
 
V
S
 
S
G
 
G
L
 
S
E
 
E
M
|
M
L
x
F
L
 
V
N
 
R
Q
|
Q
A
 
A
F
 
Y
T
 
E
Q
|
Q
V
 
F
E
 
E
Q
 
I
F
 
F
T
 
T
G
 
G
L
 
L
P
 
P
A
 
A
P
 
P
K
 
K
E
 
E

Sites not aligning to the query:

3tozA 2.2 angstrom crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase from listeria monocytogenes in complex with NAD.
28% identity, 96% coverage: 10:267/270 of query aligns to 18:290/291 of 3tozA

query
sites
3tozA
V
 
L
L
 
I
G
 
A
S
 
T
P
 
P
I
 
I
A
 
R
H
 
H
S
 
S
R
 
L
S
 
S
P
 
P
Q
 
T
L
 
M
H
 
H
L
 
N
A
 
E
A
 
A
Y
 
F
R
 
A
A
 
K
L
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
-
D
 
D
W
 
Y
T
 
V
Y
 
Y
E
 
L
R
 
A
I
 
F
E
 
E
C
 
V
T
 
G
G
 
D
E
 
K
Q
 
E
L
 
L
P
 
K
G
 
D
V
 
V
V
 
V
A
 
Q
G
 
G
F
 
F
-
 
R
G
 
A
P
 
M
E
 
N
W
 
L
V
 
R
G
 
G
V
 
W
S
 
N
V
 
V
T
 
S
M
 
M
P
 
P
G
 
N
K
 
K
F
 
T
A
 
N
A
 
I
L
 
H
R
 
K
V
 
Y
A
 
L
D
 
D
E
 
K
A
 
L
T
 
S
D
 
P
R
 
A
A
 
A
R
 
E
M
 
L
V
 
V
G
 
G
S
 
A
A
 
V
N
 
N
T
 
T
L
 
V
V
 
V
R
 
N
S
 
D
S
 
D
A
 
G
G
 
V
W
 
L
R
 
T
A
 
G
D
 
H
N
 
I
T
 
T
D
 
D
I
 
G
D
 
T
G
 
G
V
 
Y
V
 
M
G
 
R
A
 
A
L
 
L
S
 
K
-
 
E
-
 
A
G
 
G
V
 
H
Q
 
D
V
 
I
T
 
I
D
 
G
R
 
K
A
 
K
M
 
M
V
 
T
I
 
I
-
 
C
G
|
G
S
x
A
G
|
G
G
|
G
T
x
A
A
 
A
P
 
T
A
 
A
V
 
I
V
 
C
V
 
I
G
 
Q
L
 
A
V
 
A
T
 
L
L
 
D
G
 
G
A
 
V
R
 
K
F
 
E
V
 
I
T
 
S
V
 
I
A
 
F
A
x
N
R
|
R
H
 
K
A
x
D
D
 
D
-
x
F
-
 
Y
-
 
A
K
 
N
A
 
A
S
 
E
A
 
K
L
 
T
V
 
V
E
 
E
-
 
K
L
 
I
A
 
N
V
 
S
R
 
K
C
 
T
G
 
D
A
 
C
R
 
K
A
 
A
G
 
Q
W
 
L
V
 
F
D
 
D
L
 
I
Q
 
E
-
 
D
H
 
H
G
 
E
R
 
Q
L
 
L
A
 
R
E
 
K
E
 
E
V
 
I
A
 
A
G
 
E
V
 
S
E
 
V
V
 
I
V
 
F
V
 
T
N
 
N
T
 
A
-
x
T
-
x
G
-
x
V
-
 
G
-
x
M
-
 
K
-
 
P
V
x
F
P
 
E
A
 
G
D
 
E
A
 
T
V
 
L
A
 
L
P
 
P
H
 
S
A
 
A
A
 
D
A
 
M
L
 
L
A
 
R
G
 
P
T
 
E
P
 
L
V
 
I
L
 
V
L
 
S
D
 
D
A
x
V
I
 
V
Y
|
Y
D
 
K
P
 
P
W
 
T
P
 
K
T
 
T
P
 
R
L
 
L
A
 
L
A
 
E
A
 
I
V
 
A
Q
 
E
A
 
E
A
 
Q
G
 
G
G
 
C
Q
 
Q
V
 
T
I
 
L
S
 
N
G
|
G
L
 
L
E
 
G
M
|
M
L
x
M
L
 
L
N
 
W
Q
 
Q
A
 
G
F
 
A
T
 
K
Q
 
A
V
 
F
E
 
E
Q
 
I
F
 
W
T
 
T
G
 
H
L
 
K
P
 
E
A
 
M
P
 
P
K
 
V
E
 
D
A
 
Y
M
 
I
R
 
K
A
 
E
A
 
I
L
 
L

Q8Y9N5 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain ATCC BAA-679 / EGD-e)
28% identity, 96% coverage: 10:267/270 of query aligns to 18:290/291 of Q8Y9N5

query
sites
Q8Y9N5
V
 
L
L
 
I
G
 
A
S
 
T
P
 
P
I
 
I
A
 
R
H
 
H
S
|
S
R
x
L
S
|
S
P
 
P
Q
 
T
L
 
M
H
 
H
L
 
N
A
 
E
A
 
A
Y
 
F
R
 
A
A
 
K
L
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
-
D
 
D
W
 
Y
T
 
V
Y
 
Y
E
 
L
R
 
A
I
 
F
E
 
E
C
 
V
T
 
G
G
 
D
E
 
K
Q
 
E
L
 
L
P
 
K
G
 
D
V
 
V
V
 
V
A
 
Q
G
 
G
F
 
F
-
 
R
G
 
A
P
 
M
E
 
N
W
 
L
V
 
R
G
 
G
V
 
W
S
 
N
V
 
V
T
 
S
M
 
M
P
 
P
G
 
N
K
 
K
F
 
T
A
 
N
A
 
I
L
 
H
R
 
K
V
 
Y
A
 
L
D
 
D
E
 
K
A
 
L
T
 
S
D
 
P
R
 
A
A
 
A
R
 
E
M
 
L
V
 
V
G
 
G
S
 
A
A
 
V
N
 
N
T
 
T
L
 
V
V
 
V
R
 
N
S
 
D
S
 
D
A
 
G
G
 
V
W
 
L
R
 
T
A
 
G
D
 
H
N
 
I
T
 
T
D
 
D
I
 
G
D
 
T
G
 
G
V
 
Y
V
 
M
G
 
R
A
 
A
L
 
L
S
 
K
-
 
E
-
 
A
G
 
G
V
 
H
Q
 
D
V
 
I
T
 
I
D
 
G
R
 
K
A
 
K
M
 
M
V
 
T
I
 
I
-
 
C
G
 
G
S
 
A
G
 
G
G
 
G
T
 
A
A
 
A
P
 
T
A
 
A
V
 
I
V
 
C
V
 
I
G
 
Q
L
 
A
V
 
A
T
 
L
L
 
D
G
 
G
A
 
V
R
 
K
F
 
E
V
 
I
T
 
S
V
 
I
A
 
F
A
x
N
R
|
R
H
x
K
A
x
D
D
 
D
-
 
F
-
 
Y
-
 
A
K
 
N
A
 
A
S
 
E
A
 
K
L
 
T
V
 
V
E
 
E
-
 
K
L
 
I
A
 
N
V
 
S
R
 
K
C
 
T
G
 
D
A
 
C
R
 
K
A
 
A
G
 
Q
W
 
L
V
 
F
D
 
D
L
 
I
Q
 
E
-
 
D
H
 
H
G
 
E
R
 
Q
L
 
L
A
 
R
E
 
K
E
 
E
V
 
I
A
 
A
G
 
E
V
 
S
E
 
V
V
 
I
V
 
F
V
 
T
N
 
N
T
 
A
-
 
T
-
 
G
-
 
V
-
 
G
-
x
M
-
 
K
-
 
P
V
 
F
P
 
E
A
 
G
D
 
E
A
 
T
V
 
L
A
 
L
P
 
P
H
 
S
A
 
A
A
 
D
A
 
M
L
 
L
A
 
R
G
 
P
T
 
E
P
 
L
V
 
I
L
 
V
L
 
S
D
 
D
A
 
V
I
 
V
Y
 
Y
D
 
K
P
 
P
W
 
T
P
 
K
T
 
T
P
 
R
L
 
L
A
 
L
A
 
E
A
 
I
V
 
A
Q
 
E
A
 
E
A
 
Q
G
 
G
G
 
C
Q
 
Q
V
 
T
I
 
L
S
 
N
G
 
G
L
 
L
E
 
G
M
 
M
L
 
M
L
 
L
N
 
W
Q
 
Q
A
 
G
F
 
A
T
 
K
Q
 
A
V
 
F
E
 
E
Q
 
I
F
 
W
T
 
T
G
 
H
L
 
K
P
 
E
A
 
M
P
 
P
K
 
V
E
 
D
A
 
Y
M
 
I
R
 
K
A
 
E
A
 
I
L
 
L

3tnlA 1.45 angstrom crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase from listeria monocytogenes in complex with shikimate and NAD.
28% identity, 96% coverage: 10:267/270 of query aligns to 15:287/288 of 3tnlA

query
sites
3tnlA
V
 
L
L
 
I
G
 
A
S
 
T
P
 
P
I
 
I
A
 
R
H
 
H
S
|
S
R
 
L
S
|
S
P
 
P
Q
 
T
L
 
M
H
 
H
L
 
N
A
 
E
A
 
A
Y
 
F
R
 
A
A
 
K
L
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
-
D
 
D
W
 
Y
T
 
V
Y
 
Y
E
 
L
R
 
A
I
 
F
E
 
E
C
 
V
T
 
G
G
 
D
E
 
K
Q
 
E
L
 
L
P
 
K
G
 
D
V
 
V
V
 
V
A
 
Q
G
 
G
F
 
F
-
 
R
G
 
A
P
 
M
E
 
N
W
 
L
V
 
R
G
 
G
V
 
W
S
x
N
V
 
V
T
x
S
M
|
M
P
 
P
G
 
N
K
|
K
F
 
T
A
 
N
A
 
I
L
 
H
R
 
K
V
 
Y
A
 
L
D
 
D
E
 
K
A
 
L
T
 
S
D
 
P
R
 
A
A
 
A
R
 
E
M
 
L
V
 
V
G
 
G
S
 
A
A
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
V
V
 
V
R
 
N
S
 
D
S
 
D
A
 
G
G
 
V
W
 
L
R
 
T
A
 
G
D
 
H
N
 
I
T
 
T
D
|
D
I
 
G
D
 
T
G
 
G
V
 
Y
V
 
M
G
 
R
A
 
A
L
 
L
S
 
K
-
 
E
-
 
A
G
 
G
V
 
H
Q
 
D
V
 
I
T
 
I
D
 
G
R
 
K
A
 
K
M
 
M
V
 
T
I
 
I
-
 
C
G
|
G
S
x
A
G
|
G
G
|
G
T
x
A
A
 
A
P
 
T
A
 
A
V
 
I
V
 
C
V
 
I
G
 
Q
L
 
A
V
 
A
T
 
L
L
 
D
G
 
G
A
 
V
R
 
K
F
 
E
V
 
I
T
 
S
V
 
I
A
 
F
A
x
N
R
|
R
H
 
K
A
x
D
D
 
D
-
x
F
-
 
Y
-
 
A
K
 
N
A
 
A
S
 
E
A
 
K
L
 
T
V
 
V
E
 
E
-
 
K
L
 
I
A
 
N
V
 
S
R
 
K
C
 
T
G
 
D
A
 
C
R
 
K
A
 
A
G
 
Q
W
 
L
V
 
F
D
 
D
L
 
I
Q
 
E
-
 
D
H
 
H
G
 
E
R
 
Q
L
 
L
A
 
R
E
 
K
E
 
E
V
 
I
A
 
A
G
 
E
V
 
S
E
 
V
V
 
I
V
 
F
V
 
T
N
 
N
T
 
A
-
x
T
-
 
G
-
x
V
-
 
G
-
x
M
-
 
K
-
 
P
V
x
F
P
 
E
A
 
G
D
 
E
A
 
T
V
 
L
A
 
L
P
 
P
H
 
S
A
 
A
A
 
D
A
 
M
L
 
L
A
 
R
G
 
P
T
 
E
P
 
L
V
 
I
L
 
V
L
 
S
D
 
D
A
x
V
I
 
V
Y
|
Y
D
 
K
P
 
P
W
 
T
P
 
K
T
 
T
P
 
R
L
 
L
A
 
L
A
 
E
A
 
I
V
 
A
Q
 
E
A
 
E
A
 
Q
G
 
G
G
 
C
Q
 
Q
V
 
T
I
 
L
S
 
N
G
 
G
L
 
L
E
 
G
M
|
M
L
x
M
L
 
L
N
 
W
Q
|
Q
A
 
G
F
 
A
T
 
K
Q
 
A
V
 
F
E
 
E
Q
 
I
F
 
W
T
 
T
G
 
H
L
 
K
P
 
E
A
 
M
P
 
P
K
 
V
E
 
D
A
 
Y
M
 
I
R
 
K
A
 
E
A
 
I
L
 
L

2gptA Crystal structure of arabidopsis dehydroquinate dehydratase-shikimate dehydrogenase in complex with tartrate and shikimate (see paper)
31% identity, 93% coverage: 10:261/270 of query aligns to 239:480/498 of 2gptA

query
sites
2gptA
V
x
I
L
 
I
G
 
G
S
 
K
P
 
P
I
 
V
A
 
S
H
 
H
S
|
S
R
 
K
S
|
S
P
 
P
Q
 
I
L
 
V
H
 
H
L
 
N
A
 
Q
A
 
A
Y
 
F
R
 
K
A
 
S
L
 
V
G
 
-
L
 
-
T
 
-
D
 
D
W
 
F
T
 
N
Y
 
G
E
 
V
R
 
Y
I
 
V
E
 
H
C
 
L
T
 
L
G
 
V
E
 
D
Q
 
N
L
 
L
P
 
V
G
 
S
V
 
F
V
 
L
A
 
Q
G
 
A
F
 
Y
G
 
S
P
 
S
-
 
S
E
 
D
W
 
F
V
 
A
G
 
G
V
 
F
S
 
S
V
 
C
T
|
T
M
 
I
P
 
P
G
 
H
K
|
K
F
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
V
 
C
A
 
C
D
 
D
E
 
E
A
 
V
T
 
D
D
 
P
R
 
L
A
 
A
R
 
K
M
 
S
V
 
I
G
 
G
S
 
A
A
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
I
V
 
L
R
 
R
S
 
R
S
 
K
A
 
S
G
 
D
W
 
G
R
 
K
-
 
L
-
 
L
A
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
I
 
-
D
 
-
G
 
-
V
 
C
V
 
I
G
 
G
A
 
S
L
 
I
S
 
S
G
 
A
V
 
I
Q
 
E
V
 
D
T
 
G
D
 
L
R
 
T
A
 
V
M
 
V
V
 
V
I
 
I
G
 
G
S
 
A
G
 
G
G
 
G
T
 
A
A
 
G
P
 
K
A
 
A
V
 
L
V
 
A
V
 
Y
G
 
G
L
 
A
V
 
K
T
 
E
L
 
K
G
 
G
A
 
A
R
 
K
F
 
-
V
 
V
T
 
V
V
 
I
A
 
A
A
 
N
R
 
R
H
 
T
A
 
Y
D
 
E
K
 
R
A
 
-
S
 
-
A
 
-
L
 
-
V
 
-
E
 
E
L
 
L
A
 
A
V
 
E
R
 
A
C
 
I
G
 
G
A
 
A
R
 
L
A
 
S
G
 
-
W
 
L
V
 
T
D
 
D
L
 
L
Q
 
D
H
 
N
G
 
Y
R
 
E
-
 
D
-
 
G
-
 
M
-
 
V
L
 
L
A
 
A
E
 
N
E
 
T
V
 
T
A
 
S
-
 
M
G
 
G
V
 
M
E
 
Q
V
 
P
V
 
N
V
 
V
N
 
E
T
 
E
V
 
T
P
 
P
-
 
I
-
 
S
A
 
K
D
 
D
A
 
A
V
 
L
A
 
K
P
 
H
H
 
Y
A
 
A
A
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
T
 
-
P
 
-
V
 
L
L
 
V
L
 
F
D
 
D
A
 
A
I
 
V
Y
|
Y
D
 
T
P
 
P
W
 
R
P
 
I
T
 
T
P
 
R
L
 
L
A
 
L
A
 
R
A
 
E
V
 
A
Q
 
E
A
 
E
A
 
S
G
 
G
G
 
A
Q
 
I
V
 
T
I
 
V
S
 
S
G
 
G
L
 
S
E
 
E
M
 
M
L
 
F
L
 
V
N
 
R
Q
|
Q
A
 
A
F
 
Y
T
 
E
Q
|
Q
V
 
F
E
 
E
Q
 
I
F
 
F
T
 
T
G
 
G
L
 
L
P
 
P
A
 
A
P
 
P
K
 
K
E
 
E

Sites not aligning to the query:

2o7qA Crystal structure of the a. Thaliana dhq-dehydroshikimate-sdh- shikimate-NADP(h)
29% identity, 93% coverage: 10:261/270 of query aligns to 239:483/501 of 2o7qA

query
sites
2o7qA
V
x
I
L
 
I
G
 
G
S
 
K
P
 
P
I
 
V
A
 
S
H
 
H
S
|
S
R
 
K
S
|
S
P
 
P
Q
 
I
L
 
V
H
 
H
L
 
N
A
 
Q
A
 
A
Y
 
F
R
 
K
A
 
S
L
 
V
G
 
-
L
 
-
T
 
-
D
 
D
W
 
F
T
 
N
Y
 
G
E
 
V
R
 
Y
I
 
V
E
 
H
C
 
L
T
 
L
G
 
V
E
 
D
Q
 
N
L
 
L
P
 
V
G
 
S
V
 
F
V
 
L
A
 
Q
G
 
A
F
 
Y
G
 
S
P
 
S
-
 
S
E
 
D
W
 
F
V
 
A
G
 
G
V
 
F
S
 
S
V
 
C
T
|
T
M
 
I
P
 
P
G
 
H
K
|
K
F
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
V
 
C
A
 
C
D
 
D
E
 
E
A
 
V
T
 
D
D
 
P
R
 
L
A
 
A
R
 
K
M
 
S
V
 
I
G
 
G
S
 
A
A
 
V
N
 
N
T
 
T
L
 
I
V
 
L
R
 
R
S
 
R
S
 
K
A
 
S
G
 
D
W
 
G
R
 
K
-
 
L
-
 
L
A
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
I
 
-
D
 
-
G
 
-
V
 
C
V
 
I
G
 
G
A
 
S
L
 
I
S
 
S
G
 
A
V
 
I
Q
 
E
V
 
-
T
 
-
D
 
D
R
 
G
A
 
L
M
 
T
V
 
V
I
 
V
G
 
V
S
 
I
G
 
G
G
 
A
T
 
G
A
 
G
P
 
A
A
 
G
V
 
K
V
 
A
V
 
L
G
 
A
L
 
Y
V
 
G
T
 
A
L
 
K
G
 
E
A
 
K
R
 
A
F
 
K
V
 
V
T
 
V
V
 
I
A
 
A
A
 
N
R
 
R
H
 
T
A
 
Y
D
 
E
K
 
R
A
 
A
S
 
-
A
 
-
L
 
-
V
 
L
E
 
E
L
 
L
A
 
A
V
 
E
R
 
A
C
 
I
G
 
G
A
 
G
R
 
K
A
 
A
-
 
L
G
 
S
W
 
L
V
 
T
D
 
D
L
 
L
Q
 
D
H
 
N
G
 
Y
R
 
E
-
 
D
-
 
G
-
 
M
-
 
V
L
 
L
A
 
A
E
 
N
E
 
T
V
 
T
A
 
S
-
 
M
G
 
G
V
 
M
E
 
Q
V
 
P
V
 
N
V
 
V
N
 
E
T
 
E
V
 
T
P
 
P
-
 
I
-
 
S
A
 
K
D
 
D
A
 
A
V
 
L
A
 
K
P
 
H
H
 
Y
A
 
A
A
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
T
 
-
P
 
-
V
 
L
L
 
V
L
 
F
D
 
D
A
 
A
I
 
V
Y
|
Y
D
 
T
P
 
P
W
 
R
P
 
I
T
 
T
P
 
R
L
 
L
A
 
L
A
 
R
A
 
E
V
 
A
Q
 
E
A
 
E
A
 
S
G
 
G
G
 
A
Q
 
I
V
 
T
I
 
V
S
 
S
G
 
G
L
 
S
E
 
E
M
 
M
L
x
F
L
 
V
N
 
R
Q
|
Q
A
 
A
F
 
Y
T
 
E
Q
|
Q
V
 
F
E
 
E
Q
 
I
F
 
F
T
 
T
G
 
G
L
 
L
P
 
P
A
 
A
P
 
P
K
 
K
E
 
E

Sites not aligning to the query:

1nvtB Crystal structure of shikimate dehydrogenase (aroe or mj1084) in complex with NADP+ (see paper)
28% identity, 99% coverage: 1:267/270 of query aligns to 7:281/287 of 1nvtB

query
sites
1nvtB
M
 
I
S
 
N
A
 
A
G
 
K
P
 
T
R
 
K
R
 
V
A
 
I
A
 
G
V
 
L
L
 
I
G
 
G
S
 
H
P
 
P
I
 
V
A
x
E
H
|
H
S
 
S
R
 
F
S
 
S
P
 
P
Q
 
I
L
 
M
H
 
H
L
 
N
A
 
A
A
 
A
Y
 
F
R
 
K
A
 
D
L
 
K
G
 
G
L
 
L
T
 
-
D
 
N
W
 
Y
T
 
V
Y
 
Y
E
 
V
R
 
A
I
 
F
E
 
D
C
 
V
T
 
L
G
 
P
E
 
E
Q
 
N
L
 
L
P
 
K
G
 
Y
V
 
V
V
 
I
A
 
D
G
 
G
-
 
A
-
 
K
-
 
A
F
 
L
G
 
G
P
 
-
E
 
-
W
 
I
V
 
V
G
 
G
V
 
F
S
 
N
V
 
V
T
 
T
M
x
I
P
 
P
G
 
H
K
|
K
F
 
I
A
 
E
A
 
I
L
 
M
R
 
K
V
 
Y
A
 
L
D
 
D
E
 
E
A
 
I
T
 
D
D
 
K
R
 
D
A
 
A
R
 
Q
M
 
L
V
 
I
G
 
G
S
 
A
A
 
V
N
 
N
T
 
T
L
 
I
V
 
K
R
 
I
S
 
E
S
 
D
A
 
G
G
 
K
W
 
A
R
 
I
A
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
I
 
G
D
 
I
G
 
G
V
 
A
V
 
R
G
 
M
A
 
A
L
 
L
S
 
E
G
 
E
V
 
E
-
 
I
-
 
G
Q
 
R
V
 
V
T
 
K
D
 
D
R
 
K
A
 
N
M
 
I
V
 
V
I
 
I
G
 
Y
S
x
G
G
 
A
G
|
G
T
x
G
A
|
A
P
 
A
A
 
R
V
 
A
V
 
V
V
 
A
G
 
F
L
 
E
V
 
L
T
 
A
L
 
K
G
 
D
A
 
N
R
 
N
F
 
I
V
 
I
T
 
-
V
 
I
A
 
A
A
x
N
R
|
R
H
x
T
A
 
V
D
 
E
K
|
K
A
 
A
S
 
E
A
 
A
L
 
L
V
 
A
-
 
K
E
 
E
L
 
I
A
 
A
V
 
E
R
 
K
C
 
L
G
 
N
A
 
K
R
 
K
A
 
F
G
 
G
W
 
E
V
 
-
D
 
E
L
 
V
Q
 
K
H
 
F
G
 
S
R
 
G
L
 
L
A
 
D
E
 
V
E
 
D
V
 
L
A
 
D
G
 
G
V
 
V
E
 
D
V
 
I
V
 
I
V
 
I
N
 
N
T
x
A
V
x
T
P
|
P
A
x
I
D
 
G
A
x
M
-
 
Y
-
 
P
-
 
N
-
 
I
-
 
D
V
 
V
A
 
E
P
 
P
-
 
I
-
 
V
H
 
K
A
 
A
A
 
E
A
 
K
L
 
L
A
 
R
G
 
E
T
 
D
P
 
M
V
 
V
L
 
V
L
 
M
D
 
D
A
x
L
I
 
I
Y
|
Y
D
 
N
P
 
P
W
 
L
P
 
E
T
 
T
P
 
V
L
 
L
A
 
L
A
 
K
A
 
E
V
 
A
Q
 
K
A
 
K
A
 
V
G
 
N
G
 
A
Q
 
K
V
 
T
I
 
I
S
 
N
G
 
G
L
 
L
E
 
G
M
|
M
L
|
L
L
 
I
N
 
Y
Q
 
Q
A
 
G
F
 
A
T
 
V
Q
 
A
V
 
F
E
 
K
Q
 
I
F
 
W
T
 
T
G
 
G
L
 
V
P
 
E
A
 
P
P
 
N
K
 
I
E
 
E
A
 
V
M
 
M
R
 
K
A
 
N
A
 
A
L
 
I

1nvtA Crystal structure of shikimate dehydrogenase (aroe or mj1084) in complex with NADP+ (see paper)
28% identity, 99% coverage: 1:267/270 of query aligns to 7:281/287 of 1nvtA

query
sites
1nvtA
M
 
I
S
 
N
A
 
A
G
 
K
P
 
T
R
 
K
R
 
V
A
 
I
A
 
G
V
 
L
L
 
I
G
 
G
S
 
H
P
 
P
I
 
V
A
 
E
H
 
H
S
 
S
R
 
F
S
 
S
P
 
P
Q
 
I
L
 
M
H
 
H
L
 
N
A
 
A
A
 
A
Y
 
F
R
 
K
A
 
D
L
 
K
G
 
G
L
 
L
T
 
-
D
 
N
W
 
Y
T
 
V
Y
 
Y
E
 
V
R
 
A
I
 
F
E
 
D
C
 
V
T
 
L
G
 
P
E
 
E
Q
 
N
L
 
L
P
 
K
G
 
Y
V
 
V
V
 
I
A
 
D
G
 
G
-
 
A
-
 
K
-
 
A
F
 
L
G
 
G
P
 
-
E
 
-
W
 
I
V
 
V
G
 
G
V
 
F
S
 
N
V
 
V
T
 
T
M
 
I
P
 
P
G
 
H
K
|
K
F
 
I
A
 
E
A
 
I
L
 
M
R
 
K
V
 
Y
A
 
L
D
 
D
E
 
E
A
 
I
T
 
D
D
 
K
R
 
D
A
 
A
R
 
Q
M
 
L
V
 
I
G
 
G
S
 
A
A
 
V
N
 
N
T
 
T
L
 
I
V
 
K
R
 
I
S
 
E
S
 
D
A
 
G
G
 
K
W
 
A
R
 
I
A
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
I
 
G
D
 
I
G
 
G
V
 
A
V
 
R
G
 
M
A
 
A
L
 
L
S
 
E
G
 
E
V
 
E
-
 
I
-
 
G
Q
 
R
V
 
V
T
 
K
D
 
D
R
 
K
A
 
N
M
 
I
V
 
V
I
 
I
G
 
Y
S
x
G
G
 
A
G
 
G
T
 
G
A
|
A
P
 
A
A
 
R
V
 
A
V
 
V
V
 
A
G
 
F
L
 
E
V
 
L
T
 
A
L
 
K
G
 
D
A
 
N
R
 
N
F
 
I
V
 
I
T
 
-
V
 
I
A
 
A
A
x
N
R
|
R
H
x
T
A
 
V
D
 
E
K
|
K
A
 
A
S
 
E
A
 
A
L
 
L
V
 
A
-
 
K
E
 
E
L
 
I
A
 
A
V
 
E
R
 
K
C
 
L
G
 
N
A
 
K
R
 
K
A
 
F
G
 
G
W
 
E
V
 
-
D
 
E
L
 
V
Q
 
K
H
 
F
G
 
S
R
 
G
L
 
L
A
 
D
E
 
V
E
 
D
V
 
L
A
 
D
G
 
G
V
 
V
E
 
D
V
 
I
V
 
I
V
 
I
N
 
N
T
x
A
V
x
T
P
|
P
A
x
I
D
 
G
A
x
M
-
 
Y
-
 
P
-
 
N
-
 
I
-
 
D
V
 
V
A
 
E
P
 
P
-
 
I
-
 
V
H
 
K
A
 
A
A
 
E
A
 
K
L
 
L
A
 
R
G
 
E
T
 
D
P
 
M
V
 
V
L
 
V
L
 
M
D
 
D
A
x
L
I
 
I
Y
|
Y
D
 
N
P
 
P
W
 
L
P
 
E
T
 
T
P
 
V
L
 
L
A
 
L
A
 
K
A
 
E
V
 
A
Q
 
K
A
 
K
A
 
V
G
 
N
G
 
A
Q
 
K
V
 
T
I
 
I
S
 
N
G
|
G
L
 
L
E
 
G
M
|
M
L
|
L
L
 
I
N
 
Y
Q
 
Q
A
 
G
F
 
A
T
 
V
Q
 
A
V
 
F
E
 
K
Q
 
I
F
 
W
T
 
T
G
 
G
L
 
V
P
 
E
A
 
P
P
 
N
K
 
I
E
 
E
A
 
V
M
 
M
R
 
K
A
 
N
A
 
A
L
 
I

Q58484 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (Methanococcus jannaschii) (see paper)
28% identity, 99% coverage: 1:267/270 of query aligns to 2:276/282 of Q58484

query
sites
Q58484
M
 
I
S
 
N
A
 
A
G
 
K
P
 
T
R
 
K
R
 
V
A
 
I
A
 
G
V
 
L
L
 
I
G
 
G
S
 
H
P
 
P
I
 
V
A
 
E
H
 
H
S
 
S
R
 
F
S
 
S
P
 
P
Q
 
I
L
 
M
H
 
H
L
 
N
A
 
A
A
 
A
Y
 
F
R
 
K
A
 
D
L
 
K
G
 
G
L
 
L
T
 
-
D
 
N
W
 
Y
T
 
V
Y
 
Y
E
 
V
R
 
A
I
 
F
E
 
D
C
 
V
T
 
L
G
 
P
E
 
E
Q
 
N
L
 
L
P
 
K
G
 
Y
V
 
V
V
 
I
A
 
D
G
 
G
-
 
A
-
 
K
-
 
A
F
 
L
G
 
G
P
 
-
E
 
-
W
 
I
V
 
V
G
 
G
V
 
F
S
 
N
V
 
V
T
 
T
M
 
I
P
 
P
G
 
H
K
 
K
F
 
I
A
 
E
A
 
I
L
 
M
R
 
K
V
 
Y
A
 
L
D
 
D
E
 
E
A
 
I
T
 
D
D
 
K
R
 
D
A
 
A
R
 
Q
M
 
L
V
 
I
G
 
G
S
 
A
A
 
V
N
 
N
T
 
T
L
 
I
V
 
K
R
 
I
S
 
E
S
 
D
A
 
G
G
 
K
W
 
A
R
 
I
A
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
 
D
I
 
G
D
 
I
G
 
G
V
 
A
V
 
R
G
 
M
A
 
A
L
 
L
S
 
E
G
 
E
V
 
E
-
 
I
-
 
G
Q
 
R
V
 
V
T
 
K
D
 
D
R
 
K
A
 
N
M
 
I
V
 
V
I
 
I
G
 
Y
S
x
G
G
x
A
G
|
G
T
x
G
A
|
A
P
 
A
A
 
R
V
 
A
V
 
V
V
 
A
G
 
F
L
 
E
V
 
L
T
 
A
L
 
K
G
 
D
A
 
N
R
 
N
F
 
I
V
 
I
T
 
-
V
 
I
A
 
A
A
x
N
R
|
R
H
x
T
A
x
V
D
x
E
K
|
K
A
 
A
S
 
E
A
 
A
L
 
L
V
 
A
-
 
K
E
 
E
L
 
I
A
 
A
V
 
E
R
 
K
C
 
L
G
 
N
A
 
K
R
 
K
A
 
F
G
 
G
W
 
E
V
 
-
D
 
E
L
 
V
Q
 
K
H
 
F
G
 
S
R
 
G
L
 
L
A
 
D
E
 
V
E
 
D
V
 
L
A
 
D
G
 
G
V
 
V
E
 
D
V
 
I
V
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
A
V
x
T
P
 
P
A
 
I
D
 
G
A
x
M
-
 
Y
-
 
P
-
 
N
-
 
I
-
 
D
V
 
V
A
 
E
P
 
P
-
 
I
-
 
V
H
 
K
A
 
A
A
 
E
A
 
K
L
 
L
A
 
R
G
 
E
T
 
D
P
 
M
V
 
V
L
 
V
L
 
M
D
 
D
A
x
L
I
 
I
Y
 
Y
D
 
N
P
 
P
W
 
L
P
 
E
T
 
T
P
 
V
L
 
L
A
 
L
A
 
K
A
 
E
V
 
A
Q
 
K
A
 
K
A
 
V
G
 
N
G
 
A
Q
 
K
V
 
T
I
 
I
S
 
N
G
 
G
L
 
L
E
 
G
M
 
M
L
 
L
L
 
I
N
 
Y
Q
 
Q
A
 
G
F
 
A
T
 
V
Q
 
A
V
 
F
E
 
K
Q
 
I
F
 
W
T
 
T
G
 
G
L
 
V
P
 
E
A
 
P
P
 
N
K
 
I
E
 
E
A
 
V
M
 
M
R
 
K
A
 
N
A
 
A
L
 
I

1o9bA Quinate/shikimate dehydrogenase ydib complexed with nadh (see paper)
28% identity, 96% coverage: 10:267/270 of query aligns to 6:278/280 of 1o9bA

query
sites
1o9bA
V
 
L
L
 
M
G
 
A
S
 
Y
P
 
P
I
 
I
A
 
R
H
 
H
S
 
S
R
 
L
S
 
S
P
 
P
Q
 
E
L
 
M
H
 
Q
L
 
N
A
 
K
A
 
A
Y
 
L
R
 
E
A
 
K
L
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
P
D
 
-
W
 
F
T
 
T
Y
 
Y
E
 
M
R
 
A
I
 
F
E
 
E
C
 
V
T
 
D
G
 
N
E
 
D
Q
 
S
L
 
F
P
 
P
G
 
G
V
 
A
V
 
I
A
 
E
G
 
G
F
 
L
G
 
K
P
 
A
-
 
L
E
 
K
W
 
M
V
 
R
G
 
G
V
 
T
S
 
G
V
 
V
T
 
S
M
 
M
P
 
P
G
 
N
K
 
K
F
 
Q
A
 
L
A
 
A
L
 
C
R
 
E
V
 
Y
A
 
V
D
 
D
E
 
E
A
 
L
T
 
T
D
 
P
R
 
A
A
 
A
R
 
K
M
 
L
V
 
V
G
 
G
S
 
A
A
 
I
N
 
N
T
 
T
L
 
I
V
 
V
R
 
N
S
 
D
S
 
D
A
 
G
G
 
Y
W
 
L
R
 
R
A
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
 
D
I
 
G
D
 
T
G
 
G
V
 
H
V
 
I
G
 
R
A
 
A
L
 
I
-
 
K
-
 
E
S
 
S
G
 
G
V
 
F
Q
 
D
V
 
I
T
 
K
D
 
G
R
 
K
A
 
T
M
 
M
V
 
V
-
 
L
I
 
L
G
 
G
S
x
A
G
|
G
G
|
G
T
x
A
A
 
S
P
 
T
A
 
A
V
 
I
V
 
G
V
 
A
G
 
Q
L
 
G
V
 
A
T
 
I
L
 
E
G
 
G
A
 
L
R
 
K
F
 
E
V
 
I
T
 
K
V
 
L
A
 
F
A
 
N
R
|
R
H
 
R
A
 
D
D
 
E
K
x
F
A
 
F
S
 
D
A
 
K
L
 
A
V
 
L
E
 
A
L
 
F
A
 
A
V
 
Q
R
 
R
C
 
V
G
 
N
A
 
E
R
 
N
A
 
T
G
 
D
W
 
C
V
 
V
-
 
V
-
 
T
-
 
V
-
 
T
D
 
D
L
 
L
Q
 
A
H
 
D
G
 
Q
R
 
Q
-
 
A
L
 
F
A
 
A
E
 
E
E
 
A
V
 
L
A
 
A
G
 
S
V
 
A
E
 
D
V
 
I
V
 
L
V
 
T
N
 
N
T
 
G
V
 
T
P
x
K
A
x
V
D
 
G
A
x
M
V
 
K
A
 
P
P
 
L
H
 
E
A
 
N
A
 
E
A
 
S
L
 
L
A
 
V
G
 
N
T
 
D
P
 
I
V
 
S
L
 
L
L
 
L
-
 
H
-
 
P
-
 
G
-
 
L
-
 
L
-
 
V
-
 
T
D
 
E
A
x
C
I
 
V
Y
|
Y
D
 
N
P
 
P
W
 
H
P
 
M
T
 
T
P
 
K
L
 
L
A
 
L
A
 
Q
A
 
Q
V
 
A
Q
 
Q
A
 
Q
A
 
A
G
 
G
G
 
C
Q
 
K
V
 
T
I
 
I
S
 
D
G
 
G
L
 
Y
E
 
G
M
|
M
L
|
L
L
 
L
N
 
W
Q
 
Q
A
 
G
F
 
A
T
 
E
Q
 
Q
V
 
F
E
 
T
Q
 
L
F
 
W
T
 
T
G
 
G
L
 
K
P
 
D
A
 
F
P
 
P
K
 
L
E
 
E
A
 
Y
M
 
V
R
 
K
A
 
Q
A
 
V
L
 
M