SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_037374768.1 NCBI__GCF_000428045.1:WP_037374768.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P07821 Iron(3+)-hydroxamate import ATP-binding protein FhuC; Ferric hydroxamate uptake protein C; Ferrichrome transport ATP-binding protein FhuC; Iron(III)-hydroxamate import ATP-binding protein FhuC; EC 7.2.2.16 from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
35% identity, 89% coverage: 9:238/259 of query aligns to 17:247/265 of P07821

query
sites
P07821
L
 
I
T
 
S
V
 
F
S
 
R
L
 
V
G
 
P
G
 
G
V
 
R
T
 
T
I
 
L
L
 
L
N
 
H
G
 
P
V
 
L
D
 
S
F
 
L
N
 
T
L
 
F
K
 
P
A
 
A
G
 
G
E
 
K
M
 
V
L
 
T
G
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
P
 
H
N
 
N
G
 
G
A
 
S
G
 
G
K
|
K
T
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
R
 
K
V
 
M
L
 
L
A
 
G
G
 
R
L
 
H
L
 
Q
K
 
P
P
 
P
R
 
S
S
 
E
G
 
G
T
 
E
L
 
I
C
 
L
W
 
L
E
 
D
E
 
A
A
 
Q
D
 
P
Y
 
L
L
 
E
Q
 
S
L
 
W
S
 
S
P
 
S
Q
 
K
E
 
A
R
 
F
A
 
A
K
 
R
R
 
K
L
 
V
S
 
A
Y
 
Y
L
 
L
A
 
P
Q
 
Q
S
 
Q
G
 
L
T
 
P
A
 
P
H
 
A
W
 
E
P
 
G
M
 
M
S
 
T
V
 
V
E
 
R
R
 
E
L
 
L
V
 
V
A
 
A
L
 
I
G
 
G
R
 
R
L
 
Y
P
 
P
H
 
W
L
 
H
S
 
G
D
 
A
W
 
L
Q
 
G
R
 
R
P
 
F
G
 
G
E
 
A
T
 
A
D
 
D
Q
 
R
A
 
E
L
 
K
I
 
V
A
 
E
Q
 
E
V
 
A
M
 
I
A
 
S
E
 
L
T
 
V
D
 
G
L
 
L
N
 
K
D
 
P
F
 
L
R
 
A
T
 
H
R
 
R
Q
 
L
F
 
V
N
 
D
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
S
 
Q
R
 
R
V
 
A
L
 
W
L
 
I
A
 
A
R
 
M
A
 
L
L
 
V
V
 
A
A
 
Q
E
 
D
P
 
S
Q
 
R
V
 
C
L
 
L
L
 
L
A
 
L
D
|
D
E
|
E
P
 
P
V
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
I
A
 
A
H
 
H
Q
 
Q
I
 
V
E
 
D
V
 
V
M
 
L
S
 
S
L
 
L
L
 
V
Q
 
H
C
 
R
Y
 
L
C
 
S
Q
 
Q
K
 
E
G
 
R
G
 
G
A
 
L
A
 
T
V
 
V
V
 
I
-
 
A
V
 
V
L
 
L
H
 
H
D
 
D
L
 
I
R
 
N
L
 
M
A
 
A
A
 
A
H
 
R
Y
 
Y
C
 
C
H
 
D
R
 
Y
L
 
L
M
 
V
L
 
A
L
 
L
V
 
R
A
 
G
G
 
G
E
 
E
T
 
M
L
 
I
A
 
A
E
 
Q
G
 
G
S
 
T
P
 
P
E
 
A
S
 
E
V
 
I
L
 
M
T
 
R
G
 
G
E
 
E
N
 
T
M
 
L
A
 
E
H
 
M
A
 
I
F
 
Y
G
 
G
V
 
I

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
29% identity, 85% coverage: 18:236/259 of query aligns to 17:233/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
I
 
V
L
 
V
N
 
S
G
 
D
V
 
V
D
 
S
F
 
L
N
 
Q
L
 
V
K
 
E
A
 
S
G
 
G
E
 
Q
M
 
I
L
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
L
 
S
L
 
F
R
 
Y
V
 
M
L
 
I
A
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
V
K
 
A
P
 
R
R
 
D
S
 
E
G
 
G
T
 
T
L
 
I
C
 
T
W
 
I
E
 
D
E
 
D
A
 
N
D
 
D
Y
 
I
L
 
S
Q
 
I
L
 
L
S
 
P
P
 
M
Q
 
H
E
 
S
R
 
R
A
 
S
K
 
R
R
 
M
-
 
G
L
 
I
S
 
G
Y
 
Y
L
 
L
A
 
P
Q
 
Q
S
 
E
G
 
A
T
 
S
A
 
I
H
 
F
W
 
R
P
 
K
M
 
L
S
 
S
V
 
V
E
 
E
R
 
D
-
 
N
-
 
I
L
 
M
V
 
A
A
 
V
L
 
L
G
 
Q
R
 
T
L
 
R
P
 
E
H
 
E
L
 
L
S
 
T
D
 
H
W
x
E
Q
 
E
R
 
R
P
 
-
G
 
-
E
 
-
T
 
-
D
 
-
Q
 
Q
A
x
D
L
 
K
I
 
L
A
 
E
Q
 
D
V
 
L
M
 
L
A
 
E
E
 
E
T
 
F
D
 
H
L
 
I
N
 
Q
D
 
H
F
 
I
R
 
R
T
 
K
R
 
S
Q
 
A
F
 
G
N
 
M
T
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
S
 
R
R
 
R
V
 
V
L
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
Q
 
Q
V
 
F
L
 
I
L
 
L
A
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
V
 
F
A
 
A
A
 
G
L
 
V
D
 
D
L
 
P
A
 
I
H
 
S
Q
 
V
I
 
I
E
 
D
V
 
I
M
 
K
S
 
K
L
 
I
L
 
I
Q
 
E
C
 
H
Y
 
L
C
 
R
Q
 
D
K
 
R
G
 
G
G
 
L
A
 
G
A
 
V
V
 
L
V
 
I
V
 
T
L
 
D
H
 
H
D
 
N
L
 
V
R
 
R
L
 
E
A
 
T
A
 
L
H
 
D
Y
 
V
C
 
C
H
 
E
R
 
K
L
 
A
M
 
Y
L
 
I
L
 
V
V
 
S
A
 
Q
G
 
G
E
 
R
T
 
L
L
 
I
A
 
A
E
 
E
G
 
G
S
 
T
P
 
P
E
 
Q
S
 
D
V
 
V
L
 
L
T
 
N
G
 
N
E
 
E
N
 
Q
M
 
V
A
 
K
H
 
Q
A
 
V
F
 
Y

8dneA Cryoem structure of the a.Aeolicus wzmwzt transporter bound to atp (see paper)
33% identity, 81% coverage: 18:226/259 of query aligns to 36:228/371 of 8dneA

query
sites
8dneA
I
 
V
L
 
L
N
 
K
G
 
G
V
 
I
D
 
N
F
 
L
N
 
E
L
 
I
K
 
E
A
 
K
G
 
G
E
 
E
M
 
V
L
 
L
G
 
G
L
 
I
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
 
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
K
V
 
V
L
 
I
A
 
T
G
 
G
L
 
V
L
 
T
K
 
E
P
 
P
R
 
D
S
 
K
G
 
G
T
 
F
L
 
V
C
 
-
W
 
-
E
 
-
E
 
-
A
 
-
D
 
-
Y
 
-
L
 
-
Q
 
-
L
 
-
S
 
-
P
 
-
Q
 
-
E
 
E
R
 
R
A
 
S
K
 
G
R
 
K
L
 
V
S
 
V
Y
 
G
L
 
L
A
 
L
Q
 
E
S
 
L
G
 
G
T
 
T
A
 
G
-
 
F
H
 
N
W
 
Y
P
 
E
M
 
L
S
 
S
-
 
G
V
 
L
E
 
E
R
 
N
L
 
I
V
 
Y
A
 
V
L
 
N
G
 
A
R
 
S
L
 
L
P
 
L
H
 
G
L
 
L
S
 
S
D
 
-
W
 
-
Q
 
R
R
 
R
P
 
-
G
 
-
E
 
E
T
 
I
D
 
D
Q
 
E
A
 
K
L
 
L
I
 
-
A
 
E
Q
 
S
V
 
I
M
 
I
A
 
E
E
 
F
T
 
S
D
 
E
L
 
L
N
 
D
D
 
D
F
|
F
R
 
I
T
 
N
R
 
K
Q
 
P
F
 
L
N
 
K
T
|
T
L
 
Y
S
|
S
G
 
S
G
|
G
E
 
M
R
 
I
S
 
M
R
 
R
V
 
L
L
 
A
L
 
F
A
 
S
R
 
I
A
 
A
L
 
I
V
 
H
A
 
T
E
 
E
P
 
P
Q
 
E
V
 
C
L
 
F
L
 
I
A
 
I
D
 
D
E
 
E
P
 
A
V
 
L
A
 
A
A
 
V
L
 
G
D
 
D
L
 
A
A
 
H
H
 
F
Q
 
Q
I
 
Q
E
 
K
V
 
C
M
 
F
S
 
R
L
 
K
L
 
L
Q
 
K
C
 
E
Y
 
H
C
 
K
Q
 
Q
K
 
K
G
 
G
G
 
G
A
 
S
A
 
I
V
 
I
V
 
F
V
 
V
L
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
M
R
 
N
L
 
A
A
 
V
A
 
K
H
 
I
Y
 
L
C
 
C
H
 
D
R
 
R
L
 
A
M
 
I
L
 
L
L
 
L
V
 
H
A
 
K
G
 
G
E
 
E
T
 
I
L
 
I
A
 
E
E
 
E
G
 
G
S
 
S
P
 
P
E
 
E
S
 
T
V
 
V

Sites not aligning to the query:

8dncA Cryoem structure of the a. Aeolicus wzmwzt transporter bound to the native o antigen and adp (see paper)
33% identity, 81% coverage: 18:226/259 of query aligns to 36:228/395 of 8dncA

query
sites
8dncA
I
 
V
L
 
L
N
 
K
G
 
G
V
 
I
D
 
N
F
 
L
N
 
E
L
 
I
K
 
E
A
 
K
G
 
G
E
 
E
M
 
V
L
 
L
G
 
G
L
 
I
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
R
 
K
V
 
V
L
 
I
A
 
T
G
 
G
L
 
V
L
 
T
K
 
E
P
 
P
R
 
D
S
 
K
G
 
G
T
 
F
L
 
V
C
 
-
W
 
-
E
 
-
E
 
-
A
 
-
D
 
-
Y
 
-
L
 
-
Q
 
-
L
 
-
S
 
-
P
 
-
Q
 
-
E
 
E
R
 
R
A
 
S
K
 
G
R
 
K
L
 
V
S
 
V
Y
 
G
L
 
L
A
 
L
Q
 
E
S
 
L
G
 
G
T
 
T
A
 
G
-
 
F
H
 
N
W
 
Y
P
 
E
M
 
L
S
 
S
-
 
G
V
 
L
E
 
E
R
 
N
L
 
I
V
 
Y
A
 
V
L
 
N
G
 
A
R
 
S
L
 
L
P
 
L
H
 
G
L
 
L
S
 
S
D
 
-
W
 
-
Q
 
R
R
 
R
P
 
-
G
 
-
E
 
E
T
 
I
D
 
D
Q
 
E
A
 
K
L
 
L
I
 
-
A
 
E
Q
 
S
V
 
I
M
 
I
A
 
E
E
 
F
T
 
S
D
 
E
L
 
L
N
 
D
D
 
D
F
 
F
R
 
I
T
 
N
R
 
K
Q
 
P
F
 
L
N
 
K
T
 
T
L
 
Y
S
 
S
G
 
S
G
 
G
E
 
M
R
 
I
S
 
M
R
 
R
V
 
L
L
 
A
L
 
F
A
 
S
R
 
I
A
 
A
L
 
I
V
 
H
A
 
T
E
 
E
P
 
P
Q
 
E
V
 
C
L
 
F
L
 
I
A
 
I
D
 
D
E
 
E
P
 
A
V
 
L
A
 
A
A
 
V
L
 
G
D
 
D
L
 
A
A
 
H
H
 
F
Q
 
Q
I
 
Q
E
 
K
V
 
C
M
 
F
S
 
R
L
 
K
L
 
L
Q
 
K
C
 
E
Y
 
H
C
 
K
Q
 
Q
K
 
K
G
 
G
G
 
G
A
 
S
A
 
I
V
 
I
V
 
F
V
 
V
L
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
M
R
 
N
L
 
A
A
 
V
A
 
K
H
 
I
Y
 
L
C
 
C
H
 
D
R
 
R
L
 
A
M
 
I
L
 
L
L
 
L
V
 
H
A
 
K
G
 
G
E
 
E
T
 
I
L
 
I
A
 
E
E
 
E
G
 
G
S
 
S
P
 
P
E
 
E
S
 
T
V
 
V

Sites not aligning to the query:

8dkuA Cryoem structure of the a. Aeolicus wzmwzt transporter bound to the native o antigen (see paper)
33% identity, 81% coverage: 18:226/259 of query aligns to 36:228/395 of 8dkuA

query
sites
8dkuA
I
 
V
L
 
L
N
 
K
G
 
G
V
 
I
D
 
N
F
 
L
N
 
E
L
 
I
K
 
E
A
 
K
G
 
G
E
 
E
M
 
V
L
 
L
G
 
G
L
 
I
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
R
 
K
V
 
V
L
 
I
A
 
T
G
 
G
L
 
V
L
 
T
K
 
E
P
 
P
R
 
D
S
 
K
G
 
G
T
 
F
L
 
V
C
 
-
W
 
-
E
 
-
E
 
-
A
 
-
D
 
-
Y
 
-
L
 
-
Q
 
-
L
 
-
S
 
-
P
 
-
Q
 
-
E
 
E
R
 
R
A
 
S
K
 
G
R
 
K
L
 
V
S
 
V
Y
 
G
L
 
L
A
 
L
Q
 
E
S
 
L
G
 
G
T
 
T
A
 
G
-
 
F
H
 
N
W
 
Y
P
 
E
M
 
L
S
 
S
-
 
G
V
 
L
E
 
E
R
 
N
L
 
I
V
 
Y
A
 
V
L
 
N
G
 
A
R
 
S
L
 
L
P
 
L
H
 
G
L
 
L
S
 
S
D
 
-
W
 
-
Q
 
R
R
 
R
P
 
-
G
 
-
E
 
E
T
 
I
D
 
D
Q
 
E
A
 
K
L
 
L
I
 
-
A
 
E
Q
 
S
V
 
I
M
 
I
A
 
E
E
 
F
T
 
S
D
 
E
L
 
L
N
 
D
D
 
D
F
 
F
R
 
I
T
 
N
R
 
K
Q
 
P
F
 
L
N
 
K
T
 
T
L
 
Y
S
 
S
G
 
S
G
 
G
E
 
M
R
 
I
S
 
M
R
 
R
V
 
L
L
 
A
L
 
F
A
 
S
R
 
I
A
 
A
L
 
I
V
 
H
A
 
T
E
 
E
P
 
P
Q
 
E
V
 
C
L
 
F
L
 
I
A
 
I
D
 
D
E
 
E
P
 
A
V
 
L
A
 
A
A
 
V
L
 
G
D
 
D
L
 
A
A
 
H
H
 
F
Q
 
Q
I
 
Q
E
 
K
V
 
C
M
 
F
S
 
R
L
 
K
L
 
L
Q
 
K
C
 
E
Y
 
H
C
 
K
Q
 
Q
K
 
K
G
 
G
G
 
G
A
 
S
A
 
I
V
 
I
V
 
F
V
 
V
L
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
M
R
 
N
L
 
A
A
 
V
A
 
K
H
 
I
Y
 
L
C
 
C
H
 
D
R
 
R
L
 
A
M
 
I
L
 
L
L
 
L
V
 
H
A
 
K
G
 
G
E
 
E
T
 
I
L
 
I
A
 
E
E
 
E
G
 
G
S
 
S
P
 
P
E
 
E
S
 
T
V
 
V

Sites not aligning to the query:

1l7vC Bacterial abc transporter involved in b12 uptake (see paper)
36% identity, 86% coverage: 17:238/259 of query aligns to 13:231/231 of 1l7vC

query
sites
1l7vC
T
 
T
I
 
R
L
 
L
N
 
G
G
 
P
V
 
L
D
 
S
F
 
G
N
 
E
L
 
V
K
 
R
A
 
A
G
 
G
E
 
E
M
 
I
L
 
L
G
 
H
L
 
L
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
A
V
 
R
L
 
M
A
 
A
G
 
G
L
 
M
L
 
T
K
 
S
P
 
G
R
 
K
S
 
-
G
 
G
T
 
S
L
 
I
C
 
Q
W
 
F
E
 
A
E
 
G
A
 
Q
D
 
P
Y
 
L
L
 
E
Q
 
A
L
 
W
S
 
S
P
 
A
Q
 
T
E
 
K
R
 
L
A
 
A
K
 
L
R
 
H
L
 
R
S
 
A
Y
 
Y
L
 
L
A
 
S
Q
 
Q
S
 
Q
G
 
Q
T
 
T
A
 
P
H
 
P
W
 
F
P
 
A
M
 
T
S
 
P
V
 
V
E
 
W
R
 
H
L
 
Y
V
 
L
A
 
T
L
 
L
G
 
-
R
 
-
L
 
-
P
 
-
H
 
H
L
 
Q
S
 
H
D
 
D
W
 
-
Q
 
-
R
 
-
P
 
-
G
 
-
E
 
K
T
 
T
D
 
R
Q
 
T
A
 
E
L
 
L
I
 
L
A
 
N
Q
 
D
V
 
V
M
 
A
A
 
G
E
 
A
T
 
L
D
 
A
L
 
L
N
 
D
D
 
D
F
 
K
R
 
L
T
 
G
R
 
R
Q
 
S
F
 
T
N
 
N
T
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
W
S
 
Q
R
 
R
V
 
V
L
 
R
L
 
L
A
 
A
R
 
A
A
 
V
L
 
V
V
 
L
-
 
Q
-
 
I
-
 
T
-
 
P
-
 
Q
A
 
A
E
 
N
P
 
P
-
 
A
-
 
G
Q
 
Q
V
 
L
L
 
L
L
 
L
A
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
V
 
M
A
 
N
A
 
S
L
 
L
D
 
D
L
 
V
A
 
A
H
 
Q
Q
 
Q
I
 
S
E
 
A
V
 
L
M
 
D
S
 
K
L
 
I
L
 
L
Q
 
S
C
 
A
Y
 
L
C
 
C
Q
 
Q
K
 
Q
G
 
G
G
 
L
A
 
A
A
 
I
V
 
V
V
 
M
V
 
S
L
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
L
R
 
N
L
 
H
A
 
T
A
 
L
H
 
R
Y
 
H
C
 
A
H
 
H
R
 
R
L
 
A
M
 
W
L
 
L
L
 
L
V
 
K
A
 
G
G
 
G
E
 
K
T
 
M
L
 
L
A
 
A
E
 
S
G
 
G
S
 
R
P
 
R
E
 
E
S
 
E
V
 
V
L
 
L
T
 
T
G
 
P
E
 
P
N
 
N
M
 
L
A
 
A
H
 
Q
A
 
A
F
 
Y
G
 
G
V
 
M

6m96A Atp-bound conformation of the wzmwzt o antigen abc transporter (see paper)
32% identity, 81% coverage: 18:226/259 of query aligns to 37:229/238 of 6m96A

query
sites
6m96A
I
x
V
L
 
L
N
 
K
G
 
G
V
 
I
D
 
N
F
 
L
N
 
E
L
 
I
K
 
E
A
 
K
G
 
G
E
 
E
M
 
V
L
 
L
G
 
G
L
 
I
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
K
V
 
V
L
 
I
A
 
T
G
 
G
L
 
V
L
 
T
K
 
E
P
 
P
R
 
D
S
 
K
G
 
G
T
 
F
L
 
V
C
 
-
W
 
-
E
 
-
E
 
-
A
 
-
D
 
-
Y
 
-
L
 
-
Q
 
-
L
 
-
S
 
-
P
 
-
Q
 
-
E
 
E
R
 
R
A
 
S
K
 
G
R
 
K
L
 
V
S
 
V
Y
 
G
L
 
L
A
 
L
Q
 
E
S
 
L
G
 
G
T
 
T
A
 
G
-
 
F
H
 
N
W
 
Y
P
 
E
M
 
L
S
 
S
-
 
G
V
 
L
E
 
E
R
 
N
L
 
I
V
 
Y
A
 
V
L
 
N
G
 
A
R
 
S
L
 
L
P
 
L
H
 
G
L
 
L
S
 
S
D
 
-
W
 
-
Q
 
R
R
 
R
P
 
-
G
 
-
E
 
E
T
 
I
D
 
D
Q
 
E
A
 
K
L
 
L
I
 
-
A
 
E
Q
 
S
V
 
I
M
 
I
A
 
E
E
 
F
T
 
S
D
 
E
L
 
L
N
 
D
D
 
D
F
 
F
R
 
I
T
 
N
R
 
K
Q
 
P
F
 
L
N
 
K
T
 
T
L
 
Y
S
 
S
G
 
S
G
 
G
E
 
M
R
 
I
S
 
M
R
 
R
V
 
L
L
 
A
L
 
F
A
 
S
R
 
I
A
 
A
L
 
I
V
 
H
A
 
T
E
 
E
P
 
P
Q
 
E
V
 
C
L
 
F
L
 
I
A
 
I
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
V
 
L
A
 
A
A
 
V
L
 
G
D
 
D
L
 
A
A
 
H
H
 
F
Q
 
Q
I
 
Q
E
 
K
V
 
C
M
 
F
S
 
R
L
 
K
L
 
L
Q
 
K
C
 
E
Y
 
H
C
 
K
Q
 
Q
K
 
K
G
 
G
G
 
G
A
 
S
A
 
I
V
 
I
V
 
F
V
 
V
L
 
S
H
|
H
D
 
D
L
 
M
R
 
N
L
 
A
A
 
V
A
 
K
H
 
I
Y
 
L
C
 
C
H
 
D
R
 
R
L
 
A
M
 
I
L
 
L
L
 
L
V
 
H
A
 
K
G
 
G
E
 
E
T
 
I
L
 
I
A
 
E
E
 
E
G
 
G
S
 
S
P
 
P
E
 
E
S
 
T
V
 
V

Sites not aligning to the query:

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
30% identity, 90% coverage: 4:236/259 of query aligns to 3:233/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
L
 
L
H
 
T
G
 
A
T
 
K
G
 
N
L
 
L
T
 
A
V
 
K
S
 
A
L
x
Y
G
 
K
G
 
G
V
x
R
T
 
R
I
x
V
L
 
V
N
 
E
G
 
D
V
 
V
D
 
S
F
 
L
N
 
T
L
 
V
K
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
M
 
I
L
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
R
 
Y
V
 
M
L
 
V
A
 
V
G
 
G
L
 
I
L
 
V
K
 
P
P
 
R
R
 
D
S
 
A
G
 
G
T
 
N
L
 
I
C
 
I
W
 
I
E
 
D
E
 
D
A
 
D
D
 
D
Y
 
I
L
 
S
Q
 
L
L
 
L
S
 
P
P
x
L
Q
x
H
E
 
A
R
 
R
A
 
A
K
 
R
R
 
R
-
 
G
L
 
I
S
 
G
Y
 
Y
L
 
L
A
x
P
Q
|
Q
S
 
E
G
x
A
T
x
S
A
 
I
H
x
F
W
x
R
P
x
R
M
x
L
S
 
S
V
 
V
-
 
Y
E
 
D
R
 
N
L
 
L
V
 
M
A
 
A
L
x
V
G
 
L
R
 
Q
L
 
I
-
 
R
P
 
D
H
 
D
L
 
L
S
 
S
D
 
A
W
 
E
Q
 
Q
R
 
R
P
 
E
G
 
D
E
 
R
T
 
A
D
 
N
Q
 
E
A
 
-
L
 
-
I
 
-
A
 
-
Q
 
-
V
 
L
M
 
M
A
 
E
E
 
E
T
 
F
D
 
H
L
 
I
N
 
E
D
 
H
F
 
L
R
 
R
T
 
D
R
 
S
Q
 
M
F
 
G
N
x
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
S
 
R
R
 
R
V
 
V
L
 
E
L
 
I
A
 
A
R
|
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
Q
 
K
V
 
F
L
 
I
L
 
L
A
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
V
 
F
A
 
A
A
 
G
L
 
V
D
 
D
L
 
P
A
 
I
H
 
S
Q
 
V
I
 
I
E
 
D
V
 
I
M
 
K
S
 
R
L
 
I
L
 
I
Q
 
E
C
 
H
Y
 
L
C
 
R
Q
 
D
K
 
S
G
 
G
G
 
L
A
 
G
A
 
V
V
 
L
V
 
I
V
 
T
L
 
D
H
 
H
D
 
N
L
 
V
R
 
R
L
 
E
A
 
T
A
 
L
H
 
A
Y
 
V
C
 
C
H
 
E
R
 
R
L
 
A
M
 
Y
L
 
I
L
 
V
V
 
S
A
 
Q
G
 
G
E
 
H
T
 
L
L
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
S
 
T
P
 
P
E
 
T
S
 
E
V
 
I
L
 
L
T
 
Q
G
 
D
E
 
E
N
 
H
M
 
V
A
 
K
H
 
R
A
 
V
F
 
Y

4p31A Crystal structure of a selenomethionine derivative of e. Coli lptb in complex with adp-magensium (see paper)
30% identity, 90% coverage: 4:236/259 of query aligns to 3:233/234 of 4p31A

query
sites
4p31A
L
 
L
H
 
T
G
 
A
T
 
K
G
 
N
L
 
L
T
 
A
V
 
K
S
 
A
L
x
Y
G
 
K
G
 
G
V
x
R
T
 
R
I
x
V
L
 
V
N
 
E
G
 
D
V
 
V
D
 
S
F
 
L
N
 
T
L
 
V
K
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
M
 
I
L
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
R
 
Y
V
 
M
L
 
V
A
 
V
G
 
G
L
 
I
L
 
V
K
 
P
P
 
R
R
 
D
S
 
A
G
 
G
T
 
N
L
 
I
C
 
I
W
 
I
E
 
D
E
 
D
A
 
D
D
 
D
Y
 
I
L
 
S
Q
 
L
L
 
L
S
 
P
P
 
L
Q
 
H
E
 
A
R
 
R
A
 
A
K
 
R
R
 
R
-
 
G
L
 
I
S
 
G
Y
 
Y
L
 
L
A
 
P
Q
|
Q
S
 
E
G
 
A
T
 
S
A
 
I
H
 
F
W
 
R
P
 
R
M
 
L
S
 
S
V
 
V
-
 
Y
E
 
D
R
 
N
L
 
L
V
 
M
A
 
A
L
 
V
G
 
L
R
 
Q
L
 
I
-
 
R
P
 
D
H
 
D
L
 
L
S
 
S
D
 
A
W
 
E
Q
 
Q
R
 
R
P
 
E
G
 
D
E
 
R
T
 
A
D
 
N
Q
 
E
A
 
-
L
 
-
I
 
-
A
 
-
Q
 
-
V
 
L
M
 
M
A
 
E
E
 
E
T
 
F
D
 
H
L
 
I
N
 
E
D
 
H
F
 
L
R
 
R
T
 
D
R
 
S
Q
 
M
F
 
G
N
 
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
S
 
R
R
 
R
V
 
V
L
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
Q
 
K
V
 
F
L
 
I
L
 
L
A
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
V
 
F
A
 
A
A
 
G
L
 
V
D
 
D
L
 
P
A
 
I
H
 
S
Q
 
V
I
 
I
E
 
D
V
 
I
M
 
K
S
 
R
L
 
I
L
 
I
Q
 
E
C
 
H
Y
 
L
C
 
R
Q
 
D
K
 
S
G
 
G
G
 
L
A
 
G
A
 
V
V
 
L
V
 
I
V
 
T
L
 
D
H
 
H
D
 
N
L
 
V
R
 
R
L
 
E
A
 
T
A
 
L
H
 
A
Y
 
V
C
 
C
H
 
E
R
 
R
L
 
A
M
 
Y
L
 
I
L
 
V
V
 
S
A
 
Q
G
 
G
E
 
H
T
 
L
L
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
S
 
T
P
 
P
E
 
T
S
 
E
V
 
I
L
 
L
T
 
Q
G
 
D
E
 
E
N
 
H
M
 
V
A
 
K
H
 
R
A
 
V
F
 
Y

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
30% identity, 90% coverage: 4:236/259 of query aligns to 3:233/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
L
 
L
H
 
T
G
 
A
T
 
K
G
 
N
L
 
L
T
 
A
V
 
K
S
 
A
L
x
Y
G
 
K
G
 
G
V
 
R
T
 
R
I
 
V
L
 
V
N
 
E
G
 
D
V
 
V
D
 
S
F
 
L
N
 
T
L
 
V
K
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
M
 
I
L
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
R
 
Y
V
 
M
L
 
V
A
 
V
G
 
G
L
 
I
L
 
V
K
 
P
P
 
R
R
 
D
S
 
A
G
 
G
T
 
N
L
 
I
C
 
I
W
 
I
E
 
D
E
 
D
A
 
D
D
 
D
Y
 
I
L
 
S
Q
 
L
L
 
L
S
 
P
P
 
L
Q
 
H
E
 
A
R
 
R
A
 
A
K
 
R
R
 
R
-
 
G
L
 
I
S
 
G
Y
 
Y
L
 
L
A
 
P
Q
|
Q
S
 
E
G
 
A
T
 
S
A
 
I
H
 
F
W
 
R
P
 
R
M
 
L
S
 
S
V
 
V
-
 
Y
E
 
D
R
 
N
L
 
L
V
 
M
A
 
A
L
 
V
G
 
L
R
 
Q
L
 
I
-
 
R
P
 
D
H
 
D
L
 
L
S
 
S
D
 
A
W
 
E
Q
 
Q
R
 
R
P
 
E
G
 
D
E
 
R
T
 
A
D
 
N
Q
 
E
A
 
-
L
 
-
I
 
-
A
 
-
Q
 
-
V
 
L
M
 
M
A
 
E
E
 
E
T
 
F
D
 
H
L
 
I
N
 
E
D
 
H
F
 
L
R
 
R
T
 
D
R
 
S
Q
 
M
F
 
G
N
 
Q
T
x
S
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
E
 
E
R
 
R
S
 
R
R
 
R
V
 
V
L
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
Q
 
K
V
 
F
L
 
I
L
 
L
A
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
V
 
F
A
 
A
A
x
G
L
 
V
D
 
D
L
 
P
A
 
I
H
 
S
Q
 
V
I
 
I
E
 
D
V
 
I
M
 
K
S
 
R
L
 
I
L
 
I
Q
 
E
C
 
H
Y
 
L
C
 
R
Q
 
D
K
 
S
G
 
G
G
 
L
A
 
G
A
 
V
V
 
L
V
 
I
V
 
T
L
 
D
H
|
H
D
 
N
L
 
V
R
 
R
L
 
E
A
 
T
A
 
L
H
 
A
Y
 
V
C
 
C
H
 
E
R
 
R
L
 
A
M
 
Y
L
 
I
L
 
V
V
 
S
A
 
Q
G
 
G
E
 
H
T
 
L
L
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
S
 
T
P
 
P
E
 
T
S
 
E
V
 
I
L
 
L
T
 
Q
G
 
D
E
 
E
N
 
H
M
 
V
A
 
K
H
 
R
A
 
V
F
 
Y

6b8bA E. Coli lptb in complex with adp and a novobiocin derivative (see paper)
30% identity, 90% coverage: 4:236/259 of query aligns to 3:233/233 of 6b8bA

query
sites
6b8bA
L
 
L
H
 
T
G
 
A
T
 
K
G
 
N
L
 
L
T
 
A
V
 
K
S
 
A
L
x
Y
G
 
K
G
 
G
V
x
R
T
 
R
I
x
V
L
 
V
N
 
E
G
 
D
V
 
V
D
 
S
F
 
L
N
 
T
L
 
V
K
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
M
 
I
L
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
R
 
Y
V
 
M
L
 
V
A
 
V
G
 
G
L
 
I
L
 
V
K
 
P
P
 
R
R
 
D
S
 
A
G
 
G
T
 
N
L
 
I
C
 
I
W
 
I
E
 
D
E
 
D
A
 
D
D
 
D
Y
 
I
L
 
S
Q
 
L
L
 
L
S
 
P
P
 
L
Q
 
H
E
 
A
R
 
R
A
 
A
K
 
R
R
 
R
-
 
G
L
 
I
S
 
G
Y
 
Y
L
 
L
A
 
P
Q
 
Q
S
 
E
G
 
A
T
 
S
A
 
I
H
x
F
W
x
R
P
x
R
M
 
L
S
 
S
V
 
V
-
 
Y
E
 
D
R
 
N
L
 
L
V
 
M
A
 
A
L
 
V
G
 
L
R
 
Q
L
 
I
-
 
R
P
 
D
H
 
D
L
 
L
S
 
S
D
 
A
W
 
E
Q
 
Q
R
 
R
P
 
E
G
 
D
E
 
R
T
 
A
D
 
N
Q
 
E
A
 
-
L
 
-
I
 
-
A
 
-
Q
 
-
V
 
L
M
 
M
A
 
E
E
 
E
T
 
F
D
 
H
L
 
I
N
 
E
D
 
H
F
 
L
R
 
R
T
 
D
R
 
S
Q
 
M
F
 
G
N
 
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
S
 
R
R
 
R
V
 
V
L
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
Q
 
K
V
 
F
L
 
I
L
 
L
A
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
V
 
F
A
 
A
A
 
G
L
 
V
D
 
D
L
 
P
A
 
I
H
 
S
Q
 
V
I
 
I
E
 
D
V
 
I
M
 
K
S
 
R
L
 
I
L
 
I
Q
 
E
C
 
H
Y
 
L
C
 
R
Q
 
D
K
 
S
G
 
G
G
 
L
A
 
G
A
 
V
V
 
L
V
 
I
V
 
T
L
 
D
H
 
H
D
 
N
L
 
V
R
 
R
L
 
E
A
 
T
A
 
L
H
 
A
Y
 
V
C
 
C
H
 
E
R
 
R
L
 
A
M
 
Y
L
 
I
L
 
V
V
 
S
A
 
Q
G
 
G
E
 
H
T
 
L
L
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
S
 
T
P
 
P
E
 
T
S
 
E
V
 
I
L
 
L
T
 
Q
G
 
D
E
 
E
N
 
H
M
 
V
A
 
K
H
 
R
A
 
V
F
 
Y

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
30% identity, 90% coverage: 4:236/259 of query aligns to 3:233/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
L
 
L
H
 
T
G
 
A
T
 
K
G
 
N
L
 
L
T
 
A
V
 
K
S
 
A
L
 
Y
G
 
K
G
 
G
V
 
R
T
 
R
I
 
V
L
 
V
N
 
E
G
 
D
V
 
V
D
 
S
F
 
L
N
 
T
L
 
V
K
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
M
 
I
L
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
L
 
T
L
 
F
R
 
Y
V
 
M
L
 
V
A
 
V
G
 
G
L
 
I
L
 
V
K
 
P
P
 
R
R
 
D
S
 
A
G
 
G
T
 
N
L
 
I
C
 
I
W
 
I
E
 
D
E
 
D
A
 
D
D
 
D
Y
 
I
L
 
S
Q
 
L
L
 
L
S
 
P
P
 
L
Q
 
H
E
 
A
R
 
R
A
 
A
K
 
R
R
 
R
-
 
G
L
 
I
S
 
G
Y
 
Y
L
 
L
A
 
P
Q
 
Q
S
 
E
G
 
A
T
 
S
A
 
I
H
 
F
W
x
R
P
 
R
M
 
L
S
 
S
V
 
V
-
 
Y
E
 
D
R
 
N
L
 
L
V
 
M
A
 
A
L
 
V
G
 
L
R
 
Q
L
 
I
-
 
R
P
 
D
H
 
D
L
 
L
S
 
S
D
 
A
W
 
E
Q
 
Q
R
 
R
P
 
E
G
 
D
E
 
R
T
 
A
D
 
N
Q
 
E
A
 
-
L
 
-
I
 
-
A
 
-
Q
 
-
V
 
L
M
 
M
A
 
E
E
 
E
T
 
F
D
 
H
L
 
I
N
 
E
D
 
H
F
 
L
R
 
R
T
 
D
R
 
S
Q
x
M
F
x
G
N
x
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
S
 
R
R
 
R
V
 
V
L
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
Q
 
K
V
 
F
L
 
I
L
 
L
A
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
V
 
F
A
 
A
A
 
G
L
 
V
D
 
D
L
 
P
A
 
I
H
 
S
Q
 
V
I
 
I
E
 
D
V
 
I
M
 
K
S
 
R
L
 
I
L
 
I
Q
 
E
C
 
H
Y
 
L
C
 
R
Q
 
D
K
 
S
G
 
G
G
 
L
A
 
G
A
 
V
V
 
L
V
 
I
V
 
T
L
 
D
H
 
H
D
 
N
L
 
V
R
 
R
L
 
E
A
 
T
A
 
L
H
 
A
Y
 
V
C
 
C
H
 
E
R
 
R
L
 
A
M
 
Y
L
 
I
L
 
V
V
 
S
A
 
Q
G
 
G
E
 
H
T
 
L
L
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
S
 
T
P
 
P
E
 
T
S
 
E
V
 
I
L
 
L
T
 
Q
G
 
D
E
 
E
N
 
H
M
 
V
A
 
K
H
 
R
A
 
V
F
 
Y

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
30% identity, 90% coverage: 4:236/259 of query aligns to 3:233/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
L
 
L
H
 
T
G
 
A
T
 
K
G
 
N
L
 
L
T
 
A
V
 
K
S
 
A
L
x
Y
G
 
K
G
 
G
V
x
R
T
 
R
I
 
V
L
 
V
N
 
E
G
 
D
V
 
V
D
 
S
F
 
L
N
 
T
L
 
V
K
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
M
 
I
L
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
 
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
R
 
Y
V
 
M
L
 
V
A
 
V
G
 
G
L
 
I
L
 
V
K
 
P
P
 
R
R
 
D
S
 
A
G
 
G
T
 
N
L
 
I
C
 
I
W
 
I
E
 
D
E
 
D
A
 
D
D
 
D
Y
 
I
L
 
S
Q
 
L
L
 
L
S
 
P
P
 
L
Q
 
H
E
 
A
R
 
R
A
 
A
K
 
R
R
 
R
-
 
G
L
 
I
S
 
G
Y
 
Y
L
 
L
A
 
P
Q
|
Q
S
 
E
G
 
A
T
 
S
A
 
I
H
 
F
W
 
R
P
 
R
M
 
L
S
 
S
V
 
V
-
 
Y
E
 
D
R
 
N
L
 
L
V
 
M
A
 
A
L
 
V
G
 
L
R
 
Q
L
 
I
-
 
R
P
 
D
H
 
D
L
 
L
S
 
S
D
 
A
W
 
E
Q
 
Q
R
 
R
P
 
E
G
 
D
E
 
R
T
 
A
D
 
N
Q
 
E
A
 
-
L
 
-
I
 
-
A
 
-
Q
 
-
V
 
L
M
 
M
A
 
E
E
 
E
T
 
F
D
 
H
L
 
I
N
 
E
D
 
H
F
 
L
R
 
R
T
 
D
R
 
S
Q
 
M
F
 
G
N
 
Q
T
x
S
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
|
E
R
 
R
S
 
R
R
 
R
V
 
V
L
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
Q
 
K
V
 
F
L
 
I
L
 
L
A
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
V
 
F
A
 
A
A
 
G
L
 
V
D
 
D
L
 
P
A
 
I
H
 
S
Q
 
V
I
 
I
E
 
D
V
 
I
M
 
K
S
 
R
L
 
I
L
 
I
Q
 
E
C
 
H
Y
 
L
C
 
R
Q
 
D
K
 
S
G
 
G
G
 
L
A
 
G
A
 
V
V
 
L
V
 
I
V
 
T
L
 
D
H
 
H
D
 
N
L
 
V
R
 
R
L
 
E
A
 
T
A
 
L
H
 
A
Y
 
V
C
 
C
H
 
E
R
 
R
L
 
A
M
 
Y
L
 
I
L
 
V
V
 
S
A
 
Q
G
 
G
E
 
H
T
 
L
L
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
S
 
T
P
 
P
E
 
T
S
 
E
V
 
I
L
 
L
T
 
Q
G
 
D
E
 
E
N
 
H
M
 
V
A
 
K
H
 
R
A
 
V
F
 
Y

6mbnA Lptb e163q in complex with atp (see paper)
29% identity, 90% coverage: 4:236/259 of query aligns to 4:234/241 of 6mbnA

query
sites
6mbnA
L
 
L
H
 
T
G
 
A
T
 
K
G
 
N
L
 
L
T
 
A
V
 
K
S
 
A
L
x
Y
G
 
K
G
 
G
V
x
R
T
 
R
I
x
V
L
 
V
N
 
E
G
 
D
V
 
V
D
 
S
F
 
L
N
 
T
L
 
V
K
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
M
 
I
L
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
R
 
Y
V
 
M
L
 
V
A
 
V
G
 
G
L
 
I
L
 
V
K
 
P
P
 
R
R
 
D
S
 
A
G
 
G
T
 
N
L
 
I
C
 
I
W
 
I
E
 
D
E
 
D
A
 
D
D
 
D
Y
 
I
L
 
S
Q
 
L
L
 
L
S
 
P
P
 
L
Q
 
H
E
 
A
R
 
R
A
 
A
K
 
R
R
 
R
-
 
G
L
 
I
S
 
G
Y
 
Y
L
 
L
A
 
P
Q
 
Q
S
 
E
G
 
A
T
 
S
A
 
I
H
 
F
W
 
R
P
 
R
M
 
L
S
 
S
V
 
V
-
 
Y
E
 
D
R
 
N
L
 
L
V
 
M
A
 
A
L
 
V
G
 
L
R
 
Q
L
 
I
-
 
R
P
 
D
H
 
D
L
 
L
S
 
S
D
 
A
W
 
E
Q
 
Q
R
 
R
P
 
E
G
 
D
E
 
R
T
 
A
D
 
N
Q
 
E
A
 
-
L
 
-
I
 
-
A
 
-
Q
 
-
V
 
L
M
 
M
A
 
E
E
 
E
T
 
F
D
 
H
L
 
I
N
 
E
D
 
H
F
 
L
R
 
R
T
 
D
R
 
S
Q
 
M
F
 
G
N
 
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
S
 
R
R
 
R
V
 
V
L
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
Q
 
K
V
 
F
L
 
I
L
 
L
A
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
V
 
F
A
 
A
A
 
G
L
 
V
D
 
D
L
 
P
A
 
I
H
 
S
Q
 
V
I
 
I
E
 
D
V
 
I
M
 
K
S
 
R
L
 
I
L
 
I
Q
 
E
C
 
H
Y
 
L
C
 
R
Q
 
D
K
 
S
G
 
G
G
 
L
A
 
G
A
 
V
V
 
L
V
 
I
V
 
T
L
 
D
H
|
H
D
 
N
L
 
V
R
 
R
L
 
E
A
 
T
A
 
L
H
 
A
Y
 
V
C
 
C
H
 
E
R
 
R
L
 
A
M
 
Y
L
 
I
L
 
V
V
 
S
A
 
Q
G
 
G
E
 
H
T
 
L
L
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
S
 
T
P
 
P
E
 
T
S
 
E
V
 
I
L
 
L
T
 
Q
G
 
D
E
 
E
N
 
H
M
 
V
A
 
K
H
 
R
A
 
V
F
 
Y

4fi3C Structure of vitamin b12 transporter btucd-f in a nucleotide-bound state (see paper)
35% identity, 86% coverage: 17:240/259 of query aligns to 13:233/248 of 4fi3C

query
sites
4fi3C
T
 
T
I
x
R
L
 
L
N
 
G
G
 
P
V
 
L
D
 
S
F
 
G
N
 
E
L
 
V
K
 
R
A
 
A
G
 
G
E
 
E
M
 
I
L
 
L
G
 
H
L
 
L
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
A
V
 
R
L
 
M
A
 
A
G
 
G
L
 
M
L
 
T
K
 
S
P
 
G
R
 
K
S
 
-
G
 
G
T
 
S
L
 
I
C
 
Q
W
 
F
E
 
A
E
 
G
A
 
Q
D
 
P
Y
 
L
L
 
E
Q
 
A
L
 
W
S
 
S
P
 
A
Q
 
T
E
 
K
R
 
L
A
 
A
K
 
L
R
 
H
L
 
R
S
 
A
Y
 
Y
L
 
L
A
 
S
Q
|
Q
S
 
Q
G
 
Q
T
 
T
A
 
P
H
 
P
W
 
F
P
 
A
M
 
T
S
 
P
V
 
V
E
 
W
R
 
H
L
 
Y
V
 
L
A
 
T
L
 
L
G
 
-
R
 
-
L
 
-
P
 
-
H
 
H
L
 
Q
S
 
H
D
 
D
W
 
-
Q
 
-
R
 
-
P
 
-
G
 
-
E
 
K
T
 
T
D
 
R
Q
 
T
A
 
E
L
 
L
I
 
L
A
 
N
Q
 
D
V
 
V
M
 
A
A
 
G
E
 
A
T
 
L
D
 
A
L
 
L
N
 
D
D
 
D
F
 
K
R
 
L
T
 
G
R
|
R
Q
 
S
F
 
T
N
 
N
T
x
Q
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
E
|
E
R
 
W
S
 
Q
R
 
R
V
 
V
L
 
R
L
 
L
A
 
A
R
 
A
A
 
V
L
 
V
V
 
L
-
 
Q
-
 
I
-
 
T
-
 
P
-
 
Q
A
 
A
E
 
N
P
 
P
-
 
A
-
 
G
Q
 
Q
V
 
L
L
 
L
L
 
L
A
 
L
D
 
D
E
x
Q
P
 
P
V
 
M
A
 
C
A
 
S
L
 
L
D
 
D
L
 
V
A
 
A
H
 
Q
Q
 
Q
I
 
S
E
 
A
V
 
L
M
 
D
S
 
K
L
 
I
L
 
L
Q
 
S
C
 
A
Y
 
L
C
 
S
Q
 
Q
K
 
Q
G
 
G
G
 
L
A
 
A
A
 
I
V
 
V
V
 
M
V
 
S
L
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
L
R
 
N
L
 
H
A
 
T
A
 
L
H
 
R
Y
 
H
C
 
A
H
 
H
R
 
R
L
 
A
M
 
W
L
 
L
L
 
L
V
 
K
A
 
G
G
 
G
E
 
K
T
 
M
L
 
L
A
 
A
E
 
S
G
 
G
S
 
R
P
 
R
E
 
E
S
 
E
V
 
V
L
 
L
T
 
T
G
 
P
E
 
P
N
 
N
M
 
L
A
 
A
H
 
Q
A
 
A
F
 
Y
G
 
G
V
 
M
R
 
N
L
 
F

5x40A Structure of a cbio dimer bound with amppcp (see paper)
34% identity, 83% coverage: 14:228/259 of query aligns to 16:229/280 of 5x40A

query
sites
5x40A
G
 
G
G
 
G
V
|
V
T
 
K
I
x
A
L
 
L
N
 
D
G
 
D
V
 
L
D
 
S
F
 
L
N
 
A
L
 
V
K
 
P
A
 
K
G
 
G
E
 
E
M
 
S
L
 
L
G
 
A
L
 
I
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
L
V
 
H
L
 
L
A
 
N
G
 
G
L
 
T
L
 
L
K
 
R
P
 
P
R
 
Q
S
 
S
G
 
G
T
 
R
-
 
V
-
 
L
L
 
L
C
 
G
W
 
G
E
 
T
E
 
A
A
 
T
D
 
G
Y
 
H
L
 
S
Q
 
R
L
 
K
S
 
D
P
 
L
Q
 
T
E
 
G
R
 
W
A
 
R
K
 
R
R
 
R
L
 
V
S
 
G
Y
 
L
L
 
V
A
 
L
Q
|
Q
S
 
D
G
 
A
T
 
D
A
 
D
H
 
Q
-
 
L
W
 
F
P
 
A
M
 
T
S
 
T
V
 
V
E
 
F
R
 
E
L
 
D
V
 
V
A
 
S
L
 
F
G
 
G
R
 
P
L
 
L
P
 
N
-
 
L
H
 
G
L
 
L
S
 
S
D
 
E
W
 
A
Q
 
E
R
 
A
P
 
-
G
 
-
E
 
-
T
 
-
D
 
-
Q
 
R
A
 
A
L
 
R
I
 
V
A
 
E
Q
 
E
V
 
A
M
 
L
A
 
A
E
 
A
T
 
L
D
 
S
L
 
I
N
 
S
D
 
D
F
 
L
R
 
R
T
 
D
R
 
R
Q
 
P
F
 
T
N
x
H
T
x
M
L
|
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
E
x
Q
R
 
K
S
 
R
R
 
R
V
 
V
L
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
G
A
 
A
L
 
V
V
 
A
A
 
M
E
 
R
P
 
P
Q
 
E
V
 
V
L
 
L
L
 
L
A
 
L
D
 
D
E
x
Q
P
 
P
V
 
T
A
 
A
A
 
G
L
 
L
D
 
D
L
 
L
A
 
A
H
 
G
Q
 
T
I
 
E
E
 
Q
V
 
L
M
 
L
S
 
T
L
 
L
L
 
L
Q
 
R
C
 
G
Y
 
L
C
 
R
Q
 
A
K
 
A
G
 
G
G
 
M
A
 
T
A
 
L
V
 
V
V
 
F
V
 
S
L
 
T
H
|
H
D
 
D
L
 
V
R
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
A
H
 
A
Y
 
L
C
 
A
H
 
D
R
 
R
L
 
V
M
 
A
L
 
L
L
 
F
V
 
R
A
 
T
G
 
G
E
 
R
T
 
V
L
 
L
A
 
A
E
 
E
G
 
G
S
 
A
P
 
A
E
 
E
S
 
A
V
 
V
L
 
L
T
 
S

Sites not aligning to the query:

8z1xD Cryo-em structure of escherichia coli dppbcdf complex bound to amppnp
30% identity, 90% coverage: 16:247/259 of query aligns to 26:259/325 of 8z1xD

query
sites
8z1xD
V
|
V
T
 
K
I
 
A
L
 
L
N
 
D
G
 
G
V
 
V
D
 
S
F
 
F
N
 
N
L
 
L
K
 
E
A
 
R
G
 
G
E
 
K
M
 
T
L
 
L
G
 
A
L
 
V
I
 
V
G
 
G
P
 
E
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
L
 
G
R
 
R
V
 
L
L
 
L
A
 
T
G
 
M
L
 
I
L
 
E
K
 
M
P
 
P
R
 
T
S
 
G
G
 
G
T
 
E
L
 
L
C
 
Y
W
 
Y
E
 
Q
E
 
G
A
 
Q
D
 
D
Y
 
L
L
 
L
Q
 
K
L
 
H
S
 
D
P
 
P
Q
 
Q
E
 
A
-
 
Q
-
 
K
-
 
L
R
 
R
A
 
R
K
 
Q
R
 
K
L
 
I
S
 
Q
Y
 
I
L
 
V
A
 
F
Q
 
Q
S
 
N
-
 
P
-
 
Y
G
 
G
T
 
S
A
 
L
H
 
N
W
 
P
P
 
R
M
 
K
S
 
K
V
 
V
E
 
G
R
 
Q
L
 
I
V
 
L
A
 
E
L
 
E
G
 
P
R
 
L
L
 
L
P
 
I
H
 
N
-
 
T
-
 
S
L
 
L
S
 
S
D
 
K
W
 
E
Q
 
Q
R
 
R
P
 
-
G
 
R
E
 
E
T
 
K
D
 
A
Q
 
L
A
 
S
L
 
M
I
 
M
A
 
A
Q
 
K
V
 
V
M
 
G
A
 
L
E
 
K
T
 
T
D
 
E
L
 
H
N
 
Y
D
 
D
F
 
-
R
 
-
T
 
-
R
 
R
Q
 
Y
F
 
P
N
 
H
T
 
M
L
 
F
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
R
S
 
Q
R
 
R
V
 
I
L
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
G
L
 
L
V
 
M
A
 
L
E
 
D
P
 
P
Q
 
D
V
 
V
L
 
V
L
 
I
A
 
A
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
V
 
V
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
V
A
 
S
H
 
V
Q
 
R
I
 
A
E
 
Q
V
 
V
M
 
L
S
 
N
L
 
L
L
 
M
Q
 
M
C
 
D
Y
 
L
C
 
Q
Q
 
Q
K
 
E
G
 
L
G
 
G
A
 
L
A
 
S
V
 
Y
V
 
V
V
 
F
L
 
I
-
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
L
R
 
S
L
 
V
A
 
V
A
 
E
H
 
H
Y
 
I
C
 
A
H
 
D
R
 
E
L
 
V
M
 
M
L
 
V
L
 
M
V
 
Y
A
 
L
G
 
G
E
 
R
T
 
C
L
 
V
A
 
E
E
 
K
G
 
G
S
 
T
P
 
K
E
 
D
S
 
Q
V
 
I
L
 
F
T
 
N
G
 
-
E
 
-
N
 
N
M
 
P
A
 
R
H
|
H
A
 
P
F
 
Y
G
 
T
V
 
Q
R
 
A
L
 
L
N
 
L
S
 
S
A
 
A
A
 
T
A
 
P
S
 
R
I
 
L

Sites not aligning to the query:

3d31A Modbc from methanosarcina acetivorans (see paper)
31% identity, 81% coverage: 19:227/259 of query aligns to 16:216/348 of 3d31A

query
sites
3d31A
L
 
L
N
 
D
G
 
N
V
 
L
D
 
S
F
 
L
N
 
K
L
 
V
K
 
E
A
 
S
G
 
G
E
 
E
M
 
Y
L
 
F
G
 
V
L
 
I
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
T
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
L
L
 
F
L
 
L
R
 
E
V
 
L
L
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
F
L
 
H
K
 
V
P
 
P
R
 
D
S
 
S
G
 
G
T
 
R
L
 
I
C
 
L
W
 
L
E
 
D
E
 
G
A
 
K
D
 
D
Y
 
V
L
 
T
Q
 
D
L
 
L
S
 
S
P
 
P
Q
 
E
E
 
K
R
 
H
A
 
D
K
 
-
R
 
-
L
 
I
S
 
A
Y
 
F
L
 
V
A
 
Y
Q
 
Q
S
 
N
G
 
Y
T
 
S
A
 
L
H
 
F
W
 
P
P
 
H
M
 
M
S
 
N
V
 
V
E
 
K
R
 
K
L
 
N
V
 
L
A
 
E
L
 
F
G
 
G
-
 
M
R
 
R
L
 
M
P
 
K
H
 
K
L
 
I
S
 
K
D
 
D
W
 
P
Q
 
K
R
 
R
P
 
V
G
 
L
E
 
D
T
 
T
D
 
A
Q
 
R
A
 
D
L
 
L
I
 
K
A
 
I
Q
 
E
V
 
H
M
 
L
A
 
L
E
 
D
T
 
-
D
 
-
L
 
-
N
 
-
D
 
-
F
 
-
R
 
-
T
 
-
R
 
R
Q
 
N
F
 
P
N
 
L
T
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
Q
S
 
Q
R
 
R
V
 
V
L
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
V
A
 
T
E
 
N
P
 
P
Q
 
K
V
 
I
L
 
L
L
 
L
A
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
V
 
L
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
P
A
 
R
H
 
T
Q
 
Q
I
 
E
E
 
N
V
 
A
M
 
R
S
 
E
L
 
M
L
 
L
Q
 
S
C
 
V
Y
 
L
C
 
H
Q
 
K
K
 
K
G
 
N
G
 
K
A
 
L
A
 
T
V
 
V
V
 
L
-
 
H
V
 
I
L
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
Q
R
 
T
L
 
E
A
 
A
A
 
R
H
 
I
Y
 
M
C
 
A
H
 
D
R
 
R
L
 
I
M
 
A
L
 
V
L
 
V
V
 
M
A
 
D
G
 
G
E
 
K
T
 
L
L
 
I
A
 
Q
E
 
V
G
 
G
S
 
K
P
 
P
E
 
E
S
 
E
V
 
I
L
 
F

Sites not aligning to the query:

8z1wD Cryo-em structure of escherichia coli dppbcdf complex bound to atpgammas
30% identity, 90% coverage: 16:247/259 of query aligns to 27:260/326 of 8z1wD

query
sites
8z1wD
V
 
V
T
 
K
I
 
A
L
 
L
N
 
D
G
 
G
V
 
V
D
 
S
F
 
F
N
 
N
L
 
L
K
 
E
A
 
R
G
 
G
E
 
K
M
 
T
L
 
L
G
 
A
L
 
V
I
 
V
G
 
G
P
 
E
N
 
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
 
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
L
 
G
R
 
R
V
 
L
L
 
L
A
 
T
G
 
M
L
 
I
L
 
E
K
 
M
P
 
P
R
 
T
S
 
G
G
 
G
T
 
E
L
 
L
C
 
Y
W
 
Y
E
 
Q
E
 
G
A
 
Q
D
 
D
Y
 
L
L
 
L
Q
 
K
L
 
H
S
 
D
P
 
P
Q
 
Q
E
 
A
-
 
Q
-
 
K
-
 
L
R
 
R
A
 
R
K
 
Q
R
 
K
L
 
I
S
 
Q
Y
 
I
L
 
V
A
 
F
Q
 
Q
S
 
N
-
 
P
-
 
Y
G
 
G
T
 
S
A
 
L
H
 
N
W
 
P
P
 
R
M
 
K
S
 
K
V
 
V
E
 
G
R
 
Q
L
 
I
V
 
L
A
 
E
L
 
E
G
 
P
R
 
L
L
 
L
P
 
I
H
 
N
-
 
T
-
 
S
L
 
L
S
 
S
D
 
K
W
 
E
Q
 
Q
R
 
R
P
 
-
G
 
R
E
 
E
T
 
K
D
 
A
Q
 
L
A
 
S
L
 
M
I
 
M
A
 
A
Q
 
K
V
 
V
M
 
G
A
 
L
E
 
K
T
 
T
D
 
E
L
 
H
N
 
Y
D
 
D
F
 
-
R
 
-
T
 
-
R
 
R
Q
 
Y
F
 
P
N
 
H
T
 
M
L
 
F
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
R
S
 
Q
R
 
R
V
 
I
L
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
G
L
 
L
V
 
M
A
 
L
E
 
D
P
 
P
Q
 
D
V
 
V
L
 
V
L
 
I
A
 
A
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
V
 
V
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
V
A
 
S
H
 
V
Q
 
R
I
 
A
E
 
Q
V
 
V
M
 
L
S
 
N
L
 
L
L
 
M
Q
 
M
C
 
D
Y
 
L
C
 
Q
Q
 
Q
K
 
E
G
 
L
G
 
G
A
 
L
A
 
S
V
 
Y
V
 
V
V
 
F
L
 
I
-
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
L
R
 
S
L
 
V
A
 
V
A
 
E
H
 
H
Y
 
I
C
 
A
H
 
D
R
 
E
L
 
V
M
 
M
L
 
V
L
 
M
V
 
Y
A
 
L
G
 
G
E
 
R
T
 
C
L
 
V
A
 
E
E
 
K
G
 
G
S
 
T
P
 
K
E
 
D
S
 
Q
V
 
I
L
 
F
T
 
N
G
 
-
E
 
-
N
 
N
M
 
P
A
 
R
H
 
H
A
 
P
F
 
Y
G
 
T
V
 
Q
R
 
A
L
 
L
N
 
L
S
 
S
A
 
A
A
 
T
A
 
P
S
 
R
I
 
L

Sites not aligning to the query:

1vciA Crystal structure of the atp-binding cassette of multisugar transporter from pyrococcus horikoshii ot3 complexed with atp (see paper)
32% identity, 86% coverage: 8:231/259 of query aligns to 11:221/353 of 1vciA

query
sites
1vciA
G
 
N
L
 
L
T
 
T
V
 
K
S
 
R
L
x
F
G
 
G
G
 
N
V
x
F
T
 
T
I
 
A
L
 
V
N
 
N
G
 
K
V
 
L
D
 
N
F
 
L
N
 
T
L
 
I
K
 
K
A
 
D
G
 
G
E
 
E
M
 
F
L
 
L
G
 
V
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
C
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
L
 
L
R
 
R
V
 
M
L
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
E
K
 
E
P
 
P
R
 
T
S
 
E
G
 
G
T
 
R
L
 
I
C
 
Y
W
 
F
E
 
G
E
 
D
A
 
R
D
 
D
Y
 
V
L
 
T
Q
 
Y
L
 
L
S
 
P
P
 
P
Q
 
K
E
 
D
R
 
R
A
 
-
K
 
-
R
 
N
L
 
I
S
 
S
Y
 
M
L
 
V
A
 
F
Q
 
Q
S
 
H
G
 
M
T
 
T
A
 
V
H
 
Y
W
 
E
P
 
N
M
 
I
S
 
A
V
 
F
E
 
-
R
 
-
L
 
-
V
 
-
A
 
P
L
 
L
G
 
K
R
 
K
L
 
F
P
 
P
H
 
K
L
 
-
S
 
-
D
 
-
W
 
-
Q
 
-
R
 
-
P
 
-
G
 
D
E
 
E
T
 
I
D
 
D
Q
 
K
A
 
R
L
 
V
-
 
R
-
 
W
I
 
A
A
 
A
Q
 
E
V
 
L
M
 
L
A
 
Q
E
 
-
T
 
-
D
 
-
L
 
I
N
 
E
D
 
E
F
 
L
R
 
L
T
 
N
R
 
R
Q
 
Y
F
 
P
N
 
A
T
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
R
S
 
Q
R
 
R
V
 
V
L
 
A
L
 
V
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
V
 
V
A
 
V
E
 
E
P
 
P
Q
 
D
V
 
V
L
 
L
L
 
L
A
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
V
 
L
A
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
L
 
A
A
 
K
H
 
L
Q
 
R
I
 
V
E
 
A
V
 
M
M
 
R
S
 
A
L
 
E
L
 
I
Q
 
K
C
 
K
Y
 
L
C
 
Q
Q
 
Q
K
 
K
-
 
L
G
 
K
G
 
V
A
 
T
A
 
T
V
 
I
V
 
Y
V
 
V
L
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
Q
R
 
V
L
 
E
A
 
A
A
 
M
H
 
T
Y
 
M
C
 
G
H
 
D
R
 
R
L
 
I
M
 
A
L
 
V
L
 
M
V
 
N
A
 
R
G
 
G
E
 
Q
T
 
L
L
 
L
A
 
Q
E
 
I
G
 
G
S
 
S
P
 
P
E
 
T
S
 
E
V
 
V
L
 
Y
T
 
L
G
 
R
E
 
P
N
 
N

Query Sequence

>WP_037374768.1 NCBI__GCF_000428045.1:WP_037374768.1
MNRLHGTGLTVSLGGVTILNGVDFNLKAGEMLGLIGPNGAGKTTLLRVLAGLLKPRSGTL
CWEEADYLQLSPQERAKRLSYLAQSGTAHWPMSVERLVALGRLPHLSDWQRPGETDQALI
AQVMAETDLNDFRTRQFNTLSGGERSRVLLARALVAEPQVLLADEPVAALDLAHQIEVMS
LLQCYCQKGGAAVVVLHDLRLAAHYCHRLMLLVAGETLAEGSPESVLTGENMAHAFGVRL
NSAAASIAETLKLPWERSL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory