SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_037446129.1 NCBI__GCF_000576635.1:WP_037446129.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4pe6B Crystal structure of abc transporter solute binding protein from thermobispora bispora dsm 43833
30% identity, 48% coverage: 34:214/380 of query aligns to 1:184/324 of 4pe6B

query
sites
4pe6B
K
 
K
H
 
P
K
 
F
I
 
I
F
 
A
L
 
L
S
 
S
M
 
N
S
 
G
Y
 
F
I
 
I
G
 
G
N
 
N
D
 
G
W
|
W
Q
x
R
A
 
Q
E
 
T
A
 
M
S
 
I
N
 
A
M
 
K
I
 
F
K
 
E
A
 
E
M
 
A
A
 
A
A
 
K
H
 
Q
P
 
A
D
 
Q
M
 
A
A
 
D
G
 
G
K
 
L
V
 
I
D
 
G
L
 
K
Q
 
Y
V
 
K
Q
 
V
V
 
V
S
 
N
G
 
A
P
 
P
-
 
G
-
 
N
-
 
N
N
 
S
A
 
A
Q
 
T
K
 
E
Q
 
Q
I
 
V
Q
 
A
Q
 
Q
I
 
I
N
 
K
S
 
S
M
 
L
V
 
L
Q
 
L
A
 
Q
G
 
K
A
 
P
E
 
D
A
 
A
I
 
L
V
 
L
V
 
I
Y
 
N
P
 
P
I
 
A
S
 
S
P
 
P
T
 
T
A
 
A
L
 
L
N
 
Q
Q
 
P
V
 
V
V
 
I
K
 
Q
N
 
Q
A
 
A
C
 
C
G
 
D
K
 
A
G
 
G
V
 
V
V
 
K
V
 
V
I
 
V
A
 
V
Y
 
F
D
|
D
A
 
S
E
 
A
I
 
I
S
 
D
E
 
A
P
 
P
C
 
C
A
 
A
Y
 
Y
N
 
I
V
 
L
S
 
Q
I
 
N
D
 
S
Q
x
F
E
 
V
E
 
D
A
x
W
G
 
A
R
 
T
V
 
Y
T
 
A
A
 
A
E
 
K
W
 
P
L
 
V
A
 
L
E
 
E
K
 
S
M
 
I
N
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
I
 
V
I
 
I
A
 
V
I
 
V
T
 
R
G
 
G
V
 
V
P
 
V
G
 
G
T
 
S
S
 
Q
V
 
P
D
 
E
T
 
A
L
 
E
R
 
M
T
 
Y
K
 
E
A
 
T
A
 
T
K
 
K
A
 
K
V
 
I
F
 
L
S
 
A
K
 
E
H
 
Y
P
 
P
D
 
Q
M
 
V
K
 
K
I
 
T
V
 
V
A
 
A
E
 
T
A
 
V
P
 
T
G
 
G
M
 
M
W
 
C
S
 
D
Q
 
G
A
 
A
V
 
T
A
 
A
R
 
Q
T
 
K
E
 
A
L
 
V
S
 
L
K
 
G
I
 
V
L
 
L

Sites not aligning to the query:

2x7xA Fructose binding periplasmic domain of hybrid two component system bt1754 (see paper)
24% identity, 69% coverage: 69:329/380 of query aligns to 32:279/301 of 2x7xA

query
sites
2x7xA
V
 
V
D
 
S
L
 
V
Q
 
E
V
 
I
Q
 
R
V
 
S
S
 
A
G
 
G
P
 
D
N
 
D
A
 
N
Q
 
S
K
 
K
Q
 
Q
I
 
A
Q
 
E
Q
 
D
I
 
V
N
 
H
S
 
Y
M
 
F
V
 
M
Q
 
D
A
 
E
G
 
G
A
 
V
E
 
D
A
 
L
I
 
L
V
 
I
V
 
I
Y
 
S
P
 
A
I
 
N
S
 
E
P
 
A
T
 
A
A
 
P
L
 
M
N
 
T
Q
 
P
V
 
I
V
 
V
K
 
E
N
 
E
A
 
A
C
 
Y
G
 
Q
K
 
K
G
 
G
V
 
I
V
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
L
Y
 
V
D
|
D
A
x
R
E
 
K
I
 
I
-
 
L
S
 
S
E
 
D
P
 
K
C
 
Y
A
 
T
Y
 
A
N
 
Y
V
 
I
S
 
G
I
 
A
D
 
D
Q
 
N
E
 
Y
E
 
E
A
 
I
G
 
G
R
 
R
V
 
S
T
 
V
A
 
G
E
 
N
W
 
Y
L
 
I
A
 
A
E
 
S
K
 
S
M
 
L
N
 
K
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
I
 
V
A
 
E
I
 
L
T
 
T
G
 
G
V
 
L
P
 
S
G
 
G
T
 
S
S
 
T
V
x
P
D
 
A
T
 
M
L
 
E
R
|
R
T
 
H
K
 
Q
A
 
G
A
 
F
K
 
M
A
 
A
V
 
A
F
 
I
S
 
S
K
 
K
H
 
F
P
 
P
D
 
D
M
 
I
K
 
K
I
 
L
V
 
I
A
 
D
E
 
K
A
 
A
P
 
D
G
 
A
M
 
A
W
|
W
S
 
E
Q
 
R
A
 
G
V
 
P
A
 
A
R
 
E
T
 
I
E
 
E
L
 
M
S
 
D
K
 
S
I
 
M
L
 
L
A
 
R
T
 
R
Q
 
H
G
 
P
W
 
-
D
 
-
R
 
K
I
 
I
D
 
D
G
 
A
L
 
V
W
 
Y
M
 
A
Q
 
H
V
 
-
G
 
-
C
 
-
F
 
-
T
 
-
A
 
-
N
 
-
Q
 
-
M
 
-
Q
 
-
L
 
-
E
 
-
A
 
-
G
 
-
I
 
-
P
 
-
E
x
N
D
 
D
K
x
R
L
 
I
K
 
A
P
 
P
C
 
G
A
 
A
G
 
Y
E
 
Q
G
 
A
S
 
A
N
 
K
-
 
M
-
 
A
G
 
G
G
 
R
R
 
E
V
 
K
Q
 
E
M
 
M
L
 
I
P
 
F
A
 
V
G
 
G
-
 
I
T
x
D
A
 
A
V
 
L
E
 
P
G
 
G
-
 
K
A
 
G
N
 
N
G
 
G
A
 
L
Y
 
E
K
 
L
P
 
V
M
 
L
G
 
D
A
 
S
P
 
V
R
 
L
I
 
D
S
 
A
Y
 
T
A
 
F
S
 
I
P
 
Y
P
 
P
Y
 
T
S
 
N
G
 
G
A
 
D
L
 
K
A
 
V
L
 
L
K
 
Q
L
 
L
A
 
A
V
 
M
K
 
D
K
 
I
L
 
L
E
 
E
G
 
K
G
 
K
E
 
P
I
 
Y
A
 
P
R
 
K
N
 
E
T
 
T
V
 
V
L
 
M
P
 
N
L
 
T
P
 
A
V
 
V
V
 
V
T
 
D
S
 
R
E
 
T
T
 
N
A
 
A
K
 
H
L
 
V
C
 
M

Sites not aligning to the query:

A0QYB5 D-threitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
28% identity, 63% coverage: 7:244/380 of query aligns to 12:244/349 of A0QYB5

query
sites
A0QYB5
S
 
S
I
 
A
A
 
T
A
 
A
A
 
L
C
 
G
L
 
L
G
 
G
L
 
L
L
 
T
A
 
A
T
 
C
G
 
G
A
 
A
A
 
-
V
 
-
S
 
-
A
 
-
P
 
-
G
 
G
D
 
D
A
 
P
A
 
A
A
 
A
Q
 
N
D
 
S
K
 
D
K
 
T
H
 
T
K
 
R
I
 
I
F
 
G
L
 
V
S
 
T
M
 
V
S
x
Y
Y
 
-
I
 
-
G
 
-
N
 
-
D
 
-
W
 
-
Q
 
-
A
 
-
E
 
D
A
 
M
S
 
S
N
 
S
M
 
F
I
 
I
K
 
T
A
 
A
M
 
G
A
 
K
A
 
E
H
 
G
P
 
M
D
 
D
M
 
A
A
 
Y
G
 
A
K
 
K
-
 
D
-
 
N
-
 
N
V
 
I
D
 
E
L
 
L
Q
 
I
V
 
W
Q
 
N
V
 
S
S
 
A
G
 
N
P
 
L
N
 
D
A
 
V
Q
 
S
K
 
T
Q
 
Q
I
 
A
Q
 
S
Q
 
Q
I
 
V
N
 
D
S
 
S
M
 
M
V
 
I
Q
 
N
A
 
Q
G
 
G
A
 
V
E
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
I
V
 
V
Y
 
V
P
 
P
I
 
V
S
 
Q
P
 
A
T
 
D
A
 
S
L
 
L
N
 
A
Q
 
P
V
 
Q
V
 
V
K
 
A
N
 
S
A
 
A
C
 
K
G
 
A
K
 
K
G
 
G
V
 
I
V
 
P
V
 
L
I
 
V
A
 
P
Y
 
V
D
x
N
A
 
A
E
 
A
I
 
L
-
 
D
S
 
S
E
 
K
P
 
D
C
 
I
A
 
A
Y
 
G
N
 
N
V
 
V
S
 
Q
I
 
P
D
 
D
Q
 
D
E
 
V
E
 
A
A
 
A
G
 
G
R
 
A
V
 
Q
T
 
E
A
 
M
E
 
Q
W
 
M
L
 
M
A
 
A
E
 
D
K
 
R
M
 
L
N
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
I
 
V
A
 
I
I
 
L
T
 
Q
G
 
G
V
 
P
P
 
L
G
 
G
T
 
Q
S
 
S
V
 
G
D
 
E
T
 
L
L
 
D
R
|
R
T
 
S
K
 
K
A
 
G
A
 
I
K
 
E
A
 
Q
V
 
V
F
 
L
S
 
A
K
 
K
H
 
Y
P
 
P
D
 
D
M
 
I
K
 
K
I
 
V
V
 
L
A
 
A
E
 
K
A
 
D
P
 
T
G
 
A
M
 
N
W
 
W
S
 
K
Q
 
R
A
 
D
V
 
E
A
 
A
R
 
V
T
 
N
E
 
K
L
 
M
S
 
K
K
 
N
I
 
W
L
 
I
A
 
S
T
 
G
Q
 
F
G
 
G
W
 
-
D
 
P
R
 
Q
I
 
I
D
 
D
G
 
G
L
 
V
W
 
V
M
 
A
Q
 
Q
-
x
N
-
 
D
-
 
D
-
 
M
-
 
G
V
 
L
G
 
G
C
 
A
F
 
L
T
 
Q
A
 
A
N
 
L
Q
 
K
M
 
E
Q
 
S
L
 
G
E
 
R
A
 
T
G
 
G
I
 
V
P
 
P

Sites not aligning to the query:

A0QYB3 Xylitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
31% identity, 38% coverage: 83:228/380 of query aligns to 78:223/349 of A0QYB3

query
sites
A0QYB3
Q
 
Q
I
 
A
Q
 
S
Q
 
Q
I
 
V
N
 
D
S
 
S
M
 
L
V
 
I
Q
 
N
A
 
Q
G
 
G
A
 
V
E
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
I
V
 
V
Y
 
V
P
 
P
I
 
V
S
 
Q
P
 
A
T
 
D
A
 
S
L
 
L
N
 
G
Q
 
P
V
 
Q
V
 
V
K
 
A
N
 
S
A
 
A
C
 
K
G
 
S
K
 
K
G
 
G
V
 
I
V
 
P
V
 
L
I
 
L
A
 
A
Y
 
V
D
x
N
A
 
A
E
 
A
I
 
L
S
 
E
E
 
T
P
 
P
-
 
D
C
 
L
A
 
A
Y
 
G
N
 
N
V
 
V
S
 
Q
I
 
P
D
 
D
Q
 
D
E
 
V
E
 
A
A
 
A
G
 
G
R
 
A
V
 
Q
T
 
E
A
 
M
E
 
Q
W
 
M
L
 
M
A
 
A
E
 
D
K
 
R
M
 
L
N
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
I
 
V
A
 
I
I
 
L
T
 
Q
G
 
G
V
 
P
P
 
L
G
 
G
T
 
G
S
 
S
V
 
G
D
 
E
T
 
I
L
 
N
R
|
R
T
 
G
K
 
K
A
 
G
A
 
I
K
 
D
A
 
Q
V
 
V
F
 
L
S
 
A
K
 
K
H
 
Y
P
 
P
D
 
D
M
 
I
K
 
K
I
 
V
V
 
L
A
 
A
E
 
K
A
 
D
P
 
T
G
 
A
M
 
N
W
 
W
S
 
K
Q
 
R
A
 
D
V
 
E
A
 
A
R
 
V
T
 
N
E
 
K
L
 
M
S
 
K
K
 
N
I
 
W
L
 
I
A
 
S
T
 
S
Q
 
F
G
 
G
W
 
-
D
 
P
R
 
Q
I
 
I
D
 
D
G
 
G
L
 
V
W
 
V
M
 
A
Q
 
Q

Sites not aligning to the query:

4rs3A Crystal structure of carbohydrate transporter a0qyb3 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with xylitol (see paper)
31% identity, 38% coverage: 83:228/380 of query aligns to 45:190/315 of 4rs3A

query
sites
4rs3A
Q
 
Q
I
 
A
Q
 
S
Q
 
Q
I
 
V
N
 
D
S
 
S
M
 
L
V
 
I
Q
 
N
A
 
Q
G
 
G
A
 
V
E
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
I
V
 
V
Y
 
V
P
 
P
I
 
V
S
 
Q
P
 
A
T
 
D
A
 
S
L
 
L
N
 
G
Q
 
P
V
 
Q
V
 
V
K
 
A
N
 
S
A
 
A
C
 
K
G
 
S
K
 
K
G
 
G
V
 
I
V
 
P
V
 
L
I
 
L
A
 
A
Y
 
V
D
x
N
A
 
A
E
 
A
I
 
L
S
 
E
E
 
T
P
 
P
-
 
D
C
 
L
A
 
A
Y
 
G
N
 
N
V
 
V
S
 
Q
I
 
P
D
 
D
Q
 
D
E
 
V
E
 
A
A
 
A
G
 
G
R
 
A
V
 
Q
T
 
E
A
 
M
E
 
Q
W
 
M
L
 
M
A
 
A
E
 
D
K
 
R
M
 
L
N
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
I
 
V
A
 
I
I
 
L
T
 
Q
G
 
G
V
 
P
P
 
L
G
 
G
T
 
G
S
 
S
V
 
G
D
 
E
T
 
I
L
 
N
R
|
R
T
 
G
K
 
K
A
 
G
A
 
I
K
 
D
A
 
Q
V
 
V
F
 
L
S
 
A
K
 
K
H
 
Y
P
 
P
D
 
D
M
 
I
K
 
K
I
 
V
V
 
L
A
 
A
E
 
K
A
 
D
P
 
T
G
 
A
M
 
N
W
|
W
S
 
K
Q
 
R
A
 
D
V
 
E
A
 
A
R
 
V
T
 
N
E
 
K
L
 
M
S
 
K
K
 
N
I
 
W
L
 
I
A
 
S
T
 
S
Q
 
F
G
 
G
W
 
-
D
 
P
R
 
Q
I
 
I
D
 
D
G
 
G
L
 
V
W
 
V
M
 
A
Q
 
Q

Sites not aligning to the query:

5hkoA Crystal structure of abc transporter solute binding protein msmeg_3598 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with l-sorbitol
31% identity, 38% coverage: 83:228/380 of query aligns to 45:190/314 of 5hkoA

query
sites
5hkoA
Q
 
Q
I
 
A
Q
 
S
Q
 
Q
I
 
V
N
 
D
S
 
S
M
 
L
V
 
I
Q
 
N
A
 
Q
G
 
G
A
 
V
E
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
I
V
 
V
Y
 
V
P
 
P
I
 
V
S
 
Q
P
 
A
T
 
D
A
 
S
L
 
L
N
 
G
Q
 
P
V
 
Q
V
 
V
K
 
A
N
 
S
A
 
A
C
 
K
G
 
S
K
 
K
G
 
G
V
 
I
V
 
P
V
 
L
I
 
L
A
 
A
Y
 
V
D
x
N
A
|
A
E
 
A
I
 
L
S
 
E
E
 
T
P
 
P
-
 
D
C
 
L
A
 
A
Y
 
G
N
 
N
V
 
V
S
 
Q
I
 
P
D
 
D
Q
 
D
E
 
V
E
 
A
A
 
A
G
 
G
R
 
A
V
 
Q
T
 
E
A
 
M
E
 
Q
W
 
M
L
 
M
A
 
A
E
 
D
K
 
R
M
 
L
N
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
I
 
V
A
 
I
I
 
L
T
 
Q
G
 
G
V
 
P
P
 
L
G
 
G
T
 
G
S
 
S
V
 
G
D
 
E
T
 
I
L
 
N
R
|
R
T
 
G
K
 
K
A
 
G
A
 
I
K
 
D
A
 
Q
V
 
V
F
 
L
S
 
A
K
 
K
H
 
Y
P
 
P
D
 
D
M
 
I
K
 
K
I
 
V
V
 
L
A
 
A
E
 
K
A
 
D
P
 
T
G
 
A
M
 
N
W
|
W
S
 
K
Q
 
R
A
 
D
V
 
E
A
 
A
R
 
V
T
 
N
E
 
K
L
 
M
S
 
K
K
 
N
I
 
W
L
 
I
A
 
S
T
 
S
Q
 
F
G
 
G
W
 
-
D
 
P
R
 
Q
I
 
I
D
 
D
G
 
G
L
 
V
W
 
V
M
 
A
Q
 
Q

Sites not aligning to the query:

4rsmA Crystal structure of carbohydrate transporter msmeg_3599 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510970, in complex with d-threitol (see paper)
30% identity, 43% coverage: 83:244/380 of query aligns to 46:212/315 of 4rsmA

query
sites
4rsmA
Q
 
Q
I
 
A
Q
 
S
Q
 
Q
I
 
V
N
 
D
S
 
S
M
 
M
V
 
I
Q
 
N
A
 
Q
G
 
G
A
 
V
E
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
I
V
 
V
Y
 
V
P
 
P
I
 
V
S
 
Q
P
 
A
T
 
D
A
 
S
L
 
L
N
 
A
Q
 
P
V
 
Q
V
 
V
K
 
A
N
 
S
A
 
A
C
 
K
G
 
A
K
 
K
G
 
G
V
 
I
V
 
P
V
 
L
I
 
V
A
 
P
Y
 
V
D
x
N
A
 
A
E
 
A
I
 
L
-
 
D
S
 
S
E
 
K
P
 
D
C
 
I
A
 
A
Y
 
G
N
 
N
V
 
V
S
 
Q
I
 
P
D
 
D
Q
 
D
E
 
V
E
 
A
A
 
A
G
 
G
R
 
A
V
 
Q
T
 
E
A
 
M
E
 
Q
W
 
M
L
 
M
A
 
A
E
 
D
K
 
R
M
 
L
N
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
I
 
V
A
 
I
I
 
L
T
 
Q
G
 
G
V
 
P
P
 
L
G
 
G
T
 
Q
S
 
S
V
 
G
D
 
E
T
 
L
L
 
D
R
|
R
T
 
S
K
 
K
A
 
G
A
 
I
K
 
E
A
 
Q
V
 
V
F
 
L
S
 
A
K
 
K
H
 
Y
P
 
P
D
 
D
M
 
I
K
 
K
I
 
V
V
 
L
A
 
A
E
 
K
A
 
D
P
 
T
G
 
A
M
 
N
W
|
W
S
 
K
Q
 
R
A
 
D
V
 
E
A
 
A
R
 
V
T
 
N
E
 
K
L
 
M
S
 
K
K
 
N
I
 
W
L
 
I
A
 
S
T
 
G
Q
 
F
G
 
G
W
 
-
D
 
P
R
 
Q
I
 
I
D
 
D
G
 
G
L
 
V
W
 
V
M
 
A
Q
 
Q
-
x
N
-
 
D
-
 
D
-
 
M
-
 
G
V
 
L
G
 
G
C
 
A
F
 
L
T
 
Q
A
 
A
N
 
L
Q
 
K
M
 
E
Q
 
S
L
 
G
E
 
R
A
 
T
G
 
G
I
 
V
P
 
P

Sites not aligning to the query:

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
24% identity, 67% coverage: 73:327/380 of query aligns to 35:274/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
V
 
V
Q
 
E
V
 
D
S
 
S
G
 
Q
P
 
N
N
 
D
A
 
S
Q
 
S
K
 
K
Q
 
E
I
 
L
Q
 
S
Q
 
N
I
 
V
N
 
E
S
 
D
M
 
L
V
 
I
Q
 
Q
A
 
Q
G
 
K
A
 
V
E
 
D
A
 
V
I
 
L
V
 
L
V
 
I
Y
 
N
P
 
P
I
 
V
S
 
D
P
 
S
T
 
D
A
 
A
L
 
V
N
 
V
Q
 
T
V
 
A
V
 
I
K
 
K
N
 
E
A
 
A
C
 
N
G
 
S
K
 
K
G
 
N
V
 
I
V
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
T
Y
 
I
D
|
D
A
x
R
E
 
S
I
 
A
S
 
N
E
 
G
-
 
G
P
 
D
C
 
V
A
 
V
Y
 
C
N
 
H
V
 
I
S
 
A
I
 
S
D
 
D
Q
 
N
E
 
V
E
 
K
A
 
G
G
 
G
R
 
E
V
 
M
T
 
A
A
 
A
E
 
E
W
 
F
L
 
I
A
 
A
E
 
K
K
 
A
M
 
L
N
 
K
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
I
 
V
I
 
V
A
 
E
I
 
L
T
 
E
G
 
G
V
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
A
S
 
S
V
x
A
D
 
A
T
 
R
L
 
D
R
|
R
T
 
G
K
 
K
A
 
G
A
 
F
K
 
D
A
 
E
V
 
A
F
 
I
S
 
A
K
 
K
H
 
Y
P
 
P
D
 
D
M
 
I
K
 
K
I
 
I
V
 
V
A
 
A
E
 
K
A
 
Q
P
 
A
G
 
A
M
 
D
W
x
F
S
 
D
Q
 
R
A
 
S
V
 
K
A
 
G
R
 
L
T
 
S
E
 
V
L
 
M
S
 
E
K
 
N
I
 
I
L
 
L
A
 
-
T
 
-
Q
 
Q
G
 
A
W
 
Q
D
 
P
R
 
K
I
 
I
D
 
D
G
 
A
L
 
V
W
 
F
M
 
A
Q
 
Q
V
 
-
G
 
-
C
 
-
F
 
-
T
 
-
A
x
N
N
 
D
Q
 
E
M
 
M
Q
 
A
L
 
L
E
 
G
A
 
A
G
 
-
I
 
-
P
 
-
E
 
-
D
 
-
K
 
-
L
 
-
K
 
-
P
 
I
C
 
K
A
 
A
G
 
I
E
 
E
G
 
A
S
 
A
N
 
N
G
 
-
G
 
-
R
 
R
V
 
Q
Q
 
G
M
 
I
L
 
I
P
 
V
A
 
V
G
 
G
T
 
-
A
 
-
V
 
F
E
x
D
G
 
G
A
 
T
N
 
E
G
 
D
A
 
A
Y
 
L
K
 
K
P
 
A
M
 
I
G
 
K
A
 
E
P
 
G
R
 
K
I
 
M
S
 
A
Y
 
A
A
 
T
-
 
I
-
 
A
-
x
Q
S
 
Q
P
 
P
P
 
A
Y
 
L
S
 
M
G
 
G
A
 
S
L
 
L
A
 
G
L
 
V
K
 
E
L
 
M
A
 
A
V
 
D
K
 
K
K
 
Y
L
 
L
E
 
K
G
 
G
G
 
E
E
 
K
I
 
I
A
 
P
R
 
N
N
 
F
T
 
I
V
 
P
L
 
A
P
 
E
L
 
L
P
 
K
V
 
L
V
 
I
T
 
T
S
 
K
E
 
E
T
 
N
A
 
V
K
 
Q

Sites not aligning to the query:

4ys6A Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from clostridium phytofermentans (cphy_1585, target efi- 511156) with bound beta-d-glucose
28% identity, 44% coverage: 48:216/380 of query aligns to 15:195/324 of 4ys6A

query
sites
4ys6A
W
|
W
Q
 
N
A
 
Q
E
 
D
A
 
G
S
 
S
N
 
N
M
 
M
I
 
E
K
 
K
A
 
Q
M
 
L
A
 
-
A
 
-
H
 
-
P
 
K
D
 
D
M
 
A
A
 
G
G
 
Y
K
 
E
V
 
V
D
 
D
L
 
L
Q
 
Q
V
 
Y
Q
 
-
V
 
-
S
 
A
G
 
S
P
 
N
N
 
D
A
 
V
Q
 
Q
K
 
T
Q
 
Q
I
 
V
Q
 
S
Q
 
Q
I
 
I
N
 
E
S
 
N
M
 
M
V
 
I
Q
 
S
A
 
N
G
 
G
A
 
C
E
 
K
A
 
L
I
 
L
V
 
V
V
 
I
Y
 
A
P
 
S
I
 
I
S
 
E
P
 
G
T
 
D
A
 
S
L
 
L
N
 
G
Q
 
T
V
 
V
V
 
L
K
 
A
N
 
Q
A
 
A
C
 
K
G
 
K
K
 
K
G
 
G
V
 
I
V
 
S
V
 
V
I
 
I
A
 
A
Y
 
Y
D
|
D
A
x
R
E
 
L
I
 
I
-
 
M
-
 
N
S
 
S
E
 
D
P
 
A
C
 
V
A
 
S
Y
 
Y
N
 
Y
V
 
A
S
 
T
I
 
F
D
 
D
Q
 
N
E
 
Y
E
 
M
A
 
V
G
 
G
R
 
T
V
 
K
T
 
Q
A
 
G
E
 
E
W
 
Y
L
 
I
A
 
K
E
 
E
K
 
K
M
 
L
N
 
N
-
 
L
-
 
E
-
 
T
-
 
A
-
 
K
G
 
G
K
 
P
G
 
F
N
 
N
I
 
L
I
 
E
A
 
I
I
 
F
T
 
T
G
 
G
V
 
D
P
 
P
G
 
G
T
x
D
S
 
N
V
x
N
D
 
A
T
 
R
L
 
F
R
 
F
T
 
Y
K
 
G
A
 
G
A
 
A
K
 
M
A
 
D
V
 
V
F
 
L
S
 
K
K
 
P
H
 
Y
P
 
V
D
 
D
M
 
G
K
 
G
I
 
V
V
 
L
A
 
V
E
 
V
A
 
K
P
 
S
G
 
G
M
 
S
-
 
V
-
 
A
-
 
F
-
 
E
-
 
K
-
 
V
-
 
A
-
 
T
-
 
A
-
 
G
W
|
W
S
 
S
Q
 
T
A
 
E
V
 
T
A
 
A
R
 
Q
T
 
N
E
 
R
L
 
M
S
 
D
K
 
A
I
 
I
L
 
I
A
 
A
T
 
S

Sites not aligning to the query:

5ocpA The periplasmic binding protein component of the arabinose abc transporter from shewanella sp. Ana-3 bound to alpha and beta-l- arabinofuranose
24% identity, 56% coverage: 39:250/380 of query aligns to 3:213/302 of 5ocpA

query
sites
5ocpA
L
 
V
S
 
G
M
 
F
S
 
S
Y
 
Q
I
 
V
G
 
G
N
 
S
D
x
E
-
x
S
-
 
G
W
|
W
Q
x
R
A
 
T
E
 
S
A
 
F
S
 
S
N
 
E
M
 
A
I
 
V
K
 
K
A
 
A
M
 
E
A
 
A
A
 
K
H
 
Q
P
 
R
D
 
-
M
 
-
A
 
-
G
 
-
K
 
G
V
 
I
D
 
D
L
 
L
Q
 
K
V
 
F
Q
 
A
V
 
D
S
 
A
G
 
Q
P
 
Q
N
 
K
A
 
Q
Q
 
E
K
 
N
Q
 
Q
I
 
I
Q
 
K
Q
 
A
I
 
V
N
 
R
S
 
S
M
 
F
V
 
I
Q
 
A
A
 
Q
G
 
G
A
 
V
E
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
I
V
 
I
Y
 
A
P
 
P
I
 
V
S
 
V
P
 
E
T
 
T
A
 
G
L
 
W
N
 
K
Q
 
P
V
 
V
V
 
L
K
 
K
N
 
E
A
 
A
C
 
K
G
 
R
K
 
A
G
 
K
-
 
I
-
 
P
V
 
V
V
 
V
V
 
I
I
 
V
A
x
D
Y
x
R
D
 
N
A
 
I
E
 
K
I
 
V
S
 
D
E
 
D
P
 
D
C
 
S
A
 
L
Y
 
F
-
 
L
-
 
T
N
 
R
V
 
I
S
 
A
I
 
S
D
 
D
Q
 
F
E
 
S
E
 
E
A
 
E
G
 
G
R
 
R
V
 
K
T
 
I
A
 
G
E
 
Q
W
 
W
L
 
L
A
 
M
E
 
D
K
 
K
M
 
T
N
 
Q
G
 
G
K
 
N
G
 
C
N
 
D
I
 
I
I
 
A
A
 
E
I
 
L
T
 
Q
G
 
G
V
 
T
P
 
V
G
 
G
T
 
A
S
 
T
V
 
A
D
 
A
T
 
I
L
 
D
R
|
R
T
 
A
K
 
A
A
 
G
A
 
F
K
 
N
A
 
Q
V
 
V
F
 
I
S
 
A
K
 
N
H
 
Y
P
 
P
D
 
N
M
 
A
K
 
K
I
 
I
V
 
V
A
 
R
E
 
S
A
 
Q
P
 
T
G
 
G
M
 
E
W
x
F
S
 
T
Q
 
R
A
 
A
V
 
K
A
 
G
R
 
K
T
 
E
E
 
V
L
 
M
S
 
E
K
 
G
I
 
F
L
 
L
A
 
K
T
 
A
Q
 
Q
G
 
N
W
 
G
D
 
Q
R
 
P
I
 
L
D
 
C
G
 
A
L
 
V
W
 
W
M
 
S
Q
 
H
V
 
-
G
 
-
C
 
-
F
 
-
T
 
-
A
x
N
N
 
D
Q
 
E
M
 
M
Q
 
A
L
 
L
E
 
G
A
 
A
-
 
V
-
 
Q
G
 
A
I
 
I
P
 
K
E
 
E
D
 
A
K
 
G
L
 
L
K
 
K
P
 
P

Sites not aligning to the query:

5dteB Crystal structure of an abc transporter periplasmic solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z(asuc_0081, target efi-511065) with bound d-allose
26% identity, 53% coverage: 34:234/380 of query aligns to 2:210/287 of 5dteB

query
sites
5dteB
K
 
K
H
 
P
K
 
Q
I
 
I
F
 
A
L
 
L
S
 
L
M
 
M
S
x
K
Y
 
T
I
 
L
G
 
S
N
|
N
D
 
E
W
x
Y
Q
 
F
A
 
I
E
 
S
A
 
M
S
 
R
N
 
Q
M
 
G
I
 
A
K
 
E
A
 
E
M
 
T
A
 
A
A
 
K
H
 
Q
P
 
K
D
 
D
M
 
-
A
 
-
G
 
-
K
 
-
V
 
I
D
 
D
L
 
L
Q
 
I
V
 
V
Q
 
Q
V
 
V
S
 
A
G
 
E
P
 
K
-
 
E
-
 
D
N
 
S
A
 
T
Q
 
E
K
 
Q
Q
 
L
I
 
V
Q
 
G
Q
 
L
I
 
V
N
 
E
S
 
N
M
 
M
V
 
I
Q
 
A
A
 
K
G
 
K
A
 
V
E
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
I
V
 
V
Y
 
T
P
 
P
I
 
N
S
 
D
P
 
S
T
 
I
A
 
A
L
 
F
N
 
I
Q
 
P
V
 
A
V
 
F
K
 
Q
N
 
K
A
 
A
C
 
E
G
 
K
K
 
A
G
 
G
V
 
I
V
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
D
Y
 
L
D
|
D
A
 
V
E
 
R
I
 
L
S
 
D
E
 
A
P
 
K
C
 
A
A
 
A
-
 
E
-
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
L
-
 
K
Y
 
F
N
 
N
-
 
Y
V
 
V
S
 
G
I
 
V
D
 
D
Q
 
N
E
 
F
E
 
N
A
 
G
G
 
G
R
 
Y
V
 
L
T
 
E
A
 
A
E
 
K
W
 
N
L
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
A
M
 
I
N
 
G
G
 
K
K
 
K
G
 
G
N
 
N
I
 
V
I
 
A
A
 
I
I
 
L
T
 
E
G
 
G
V
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
V
S
 
D
V
x
N
D
 
G
T
 
E
L
 
Q
R
|
R
T
 
K
K
 
G
A
 
G
A
 
A
K
 
L
A
 
K
V
 
A
F
 
F
S
 
A
K
 
E
H
 
Y
P
 
P
D
 
D
M
 
I
K
 
K
I
 
I
V
 
V
A
 
A
E
 
S
A
 
Q
P
 
S
G
 
A
M
 
N
W
|
W
S
 
E
Q
 
T
A
 
E
V
 
Q
A
 
A
R
 
L
T
 
N
E
 
V
L
 
T
S
 
T
K
 
N
I
 
I
L
 
L
A
 
T
T
 
A
Q
 
N
G
 
-
W
 
-
D
 
P
R
 
N
I
 
I
D
 
N
G
 
G
L
 
I
W
 
F
-
 
A
-
 
A
-
 
N
-
 
D
-
 
N
M
 
M
Q
 
A
V
 
I
G
 
G
C
 
A
F
 
V
T
 
T
A
 
A

Sites not aligning to the query:

3ma0A Closed liganded crystal structure of xylose binding protein from escherichia coli (see paper)
24% identity, 51% coverage: 73:266/380 of query aligns to 37:209/313 of 3ma0A

query
sites
3ma0A
V
 
V
Q
 
Q
V
 
S
S
 
A
G
 
N
P
 
G
N
 
N
A
 
E
Q
 
E
K
 
T
Q
 
Q
I
 
M
Q
 
S
Q
 
Q
I
 
I
N
 
E
S
 
N
M
 
M
V
 
I
Q
 
N
A
 
R
G
 
G
A
 
V
E
 
D
A
 
V
I
 
L
V
 
V
V
 
I
Y
 
I
P
 
P
I
 
Y
S
 
N
P
 
G
T
 
Q
A
 
V
L
 
L
N
 
S
Q
 
N
V
 
V
V
 
V
K
 
K
N
 
E
A
 
A
C
 
K
G
 
Q
K
 
E
G
 
G
V
 
I
V
 
K
V
 
V
I
 
L
A
 
A
Y
 
Y
D
|
D
A
x
R
E
 
M
I
 
I
S
 
N
E
 
D
-
 
A
P
 
D
C
 
I
A
 
D
Y
 
F
N
 
Y
V
 
I
S
 
S
I
 
F
D
 
D
Q
 
N
E
 
E
E
 
K
A
 
V
G
 
G
R
 
E
V
 
L
T
 
Q
A
 
A
E
 
K
W
 
A
L
 
L
A
 
V
E
 
D
K
 
I
M
 
V
N
 
-
G
 
P
K
 
Q
G
 
G
N
 
N
I
 
Y
I
 
F
A
 
L
I
 
M
T
 
G
G
 
G
V
 
S
P
 
P
G
 
V
T
x
D
S
 
N
V
x
N
D
 
A
T
 
K
L
 
L
R
 
F
T
 
R
K
 
A
A
 
G
A
 
Q
K
 
M
A
 
K
V
 
V
F
 
L
S
 
K
K
 
P
H
 
Y
P
 
V
D
 
D
M
 
S
K
 
G
I
 
K
V
 
I
A
 
K
E
 
V
A
 
V
P
 
G
G
 
D
M
 
Q
W
 
W
S
 
-
Q
 
-
A
 
-
V
 
-
A
 
-
R
 
-
T
 
-
E
 
-
L
 
-
S
 
-
K
 
-
I
 
-
L
 
-
A
 
-
T
 
V
Q
 
D
G
 
G
W
|
W
D
 
L
R
 
P
I
 
E
D
 
N
G
 
A
L
 
L
W
 
K
M
 
I
Q
 
M
V
 
E
G
 
N
C
 
A
F
 
L
T
 
T
A
 
A
N
 
N
Q
 
N
M
 
N
Q
 
K
L
 
I
E
 
D
A
 
A
G
 
V
I
 
V
P
 
-
E
 
-
D
 
-
K
 
-
L
 
-
K
 
-
P
 
-
C
 
A
A
 
S
G
x
N
E
 
D
G
 
A
S
 
T
N
 
A
G
 
G
G
 
G
R
 
A
V
 
I
Q
 
Q
M
 
A
L
 
L
P
 
S
A
 
A

Sites not aligning to the query:

3uugA Crystal structure of the periplasmic sugar binding protein chve (see paper)
27% identity, 44% coverage: 48:215/380 of query aligns to 17:196/329 of 3uugA

query
sites
3uugA
W
 
W
Q
 
I
A
 
D
E
 
D
A
 
G
S
 
N
N
 
N
M
 
I
I
 
V
K
 
K
A
 
Q
M
 
L
A
 
Q
A
 
-
H
 
-
P
 
-
D
 
E
M
 
A
A
 
G
G
 
Y
K
 
K
V
 
T
D
 
D
L
 
L
Q
 
Q
V
 
Y
Q
 
-
V
 
-
S
 
A
G
 
D
P
 
D
N
 
D
A
 
I
Q
 
P
K
 
N
Q
 
Q
I
 
L
Q
 
S
Q
 
Q
I
 
I
N
 
E
S
 
N
M
 
M
V
 
V
Q
 
T
A
 
K
G
 
G
A
 
V
E
 
K
A
 
V
I
 
L
V
 
V
V
 
I
Y
 
A
P
 
S
I
 
I
S
 
D
P
 
G
T
 
T
A
 
T
L
 
L
N
 
S
Q
 
D
V
 
V
V
 
L
K
 
K
N
 
Q
A
 
A
C
 
G
G
 
E
K
 
Q
G
 
G
V
 
I
V
 
K
V
 
V
I
 
I
A
 
A
Y
 
Y
D
|
D
A
x
R
E
 
L
I
 
I
-
 
R
-
 
N
S
 
S
E
 
G
P
 
D
C
 
V
A
 
S
Y
 
Y
N
 
Y
V
 
A
S
 
T
I
 
F
D
 
D
Q
 
N
E
 
F
E
 
Q
A
 
V
G
 
G
R
 
V
V
 
L
T
 
Q
A
 
A
E
 
T
W
 
S
L
 
I
A
 
T
E
 
D
K
 
K
M
 
L
-
 
G
-
 
L
-
 
K
N
 
D
G
 
G
K
 
K
G
 
G
-
 
P
-
 
F
N
 
N
I
 
I
I
 
E
A
 
L
I
 
F
T
 
G
G
 
G
V
 
S
P
 
P
G
 
D
T
x
D
S
 
N
V
x
N
D
 
A
T
 
F
L
 
F
R
 
F
T
 
Y
K
 
D
A
 
G
A
 
A
K
 
M
A
 
S
V
 
V
F
 
L
S
 
K
K
 
P
H
 
Y
P
 
I
D
 
D
M
 
S
-
 
G
K
 
K
I
 
L
V
 
V
A
 
V
E
 
K
A
 
S
P
 
G
G
 
Q
M
 
M
-
 
G
-
 
M
-
 
D
-
 
K
-
 
V
-
 
G
-
 
T
-
 
L
-
 
R
W
|
W
S
 
D
Q
 
P
A
 
A
V
 
T
A
 
A
R
 
Q
T
 
A
E
 
R
L
 
M
S
 
D
K
 
N
I
 
L
L
 
L
A
 
S

Sites not aligning to the query:

3urmA Crystal structure of the periplasmic sugar binding protein chve (see paper)
27% identity, 44% coverage: 48:215/380 of query aligns to 17:196/329 of 3urmA

query
sites
3urmA
W
 
W
Q
 
I
A
 
D
E
 
D
A
 
G
S
 
N
N
 
N
M
 
I
I
 
V
K
 
K
A
 
Q
M
 
L
A
 
Q
A
 
-
H
 
-
P
 
-
D
 
E
M
 
A
A
 
G
G
 
Y
K
 
K
V
 
T
D
 
D
L
 
L
Q
 
Q
V
 
Y
Q
 
-
V
 
-
S
 
A
G
 
D
P
 
D
N
 
D
A
 
I
Q
 
P
K
 
N
Q
 
Q
I
 
L
Q
 
S
Q
 
Q
I
 
I
N
 
E
S
 
N
M
 
M
V
 
V
Q
 
T
A
 
K
G
 
G
A
 
V
E
 
K
A
 
V
I
 
L
V
 
V
V
 
I
Y
 
A
P
 
S
I
 
I
S
 
D
P
 
G
T
 
T
A
 
T
L
 
L
N
 
S
Q
 
D
V
 
V
V
 
L
K
 
K
N
 
Q
A
 
A
C
 
G
G
 
E
K
 
Q
G
 
G
V
 
I
V
 
K
V
 
V
I
 
I
A
 
A
Y
 
Y
D
|
D
A
x
R
E
 
L
I
 
I
-
 
R
-
 
N
S
 
S
E
 
G
P
 
D
C
 
V
A
 
S
Y
 
Y
N
 
Y
V
 
A
S
 
T
I
 
F
D
 
D
Q
 
N
E
 
F
E
 
Q
A
 
V
G
 
G
R
 
V
V
 
L
T
 
Q
A
 
A
E
 
T
W
 
S
L
 
I
A
 
T
E
 
D
K
 
K
M
 
L
-
 
G
-
 
L
-
 
K
N
 
D
G
 
G
K
 
K
G
 
G
-
 
P
-
 
F
N
 
N
I
 
I
I
 
E
A
 
L
I
 
F
T
 
G
G
 
G
V
 
S
P
 
P
G
 
D
T
x
D
S
 
N
V
x
N
D
 
A
T
 
F
L
 
F
R
 
F
T
 
Y
K
 
D
A
 
G
A
 
A
K
 
M
A
 
S
V
 
V
F
 
L
S
 
K
K
 
P
H
 
Y
P
 
I
D
 
D
M
 
S
-
 
G
K
 
K
I
 
L
V
 
V
A
 
V
E
 
K
A
 
S
P
 
G
G
 
Q
M
 
M
-
 
G
-
 
M
-
 
D
-
 
K
-
 
V
-
 
G
-
 
T
-
 
L
-
 
R
W
|
W
S
 
D
Q
 
P
A
 
A
V
 
T
A
 
A
R
 
Q
T
 
A
E
 
R
L
 
M
S
 
D
K
 
N
I
 
L
L
 
L
A
 
S

Sites not aligning to the query:

P39325 Galactofuranose-binding protein YtfQ from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
24% identity, 44% coverage: 39:204/380 of query aligns to 26:194/318 of P39325

query
sites
P39325
L
 
V
S
 
G
M
 
F
S
 
S
Y
 
Q
I
 
V
G
 
G
N
 
S
D
x
E
-
x
S
-
x
G
W
|
W
Q
x
R
A
 
A
E
 
A
A
 
E
S
 
T
N
 
N
M
 
V
I
 
A
K
 
K
A
 
S
M
 
E
A
 
A
A
 
E
H
 
K
P
 
R
D
 
G
M
 
I
A
 
T
G
 
-
K
 
-
V
 
-
D
 
-
L
 
L
Q
 
K
V
 
I
Q
 
A
V
 
D
S
 
G
G
 
Q
P
 
Q
N
 
K
A
 
Q
Q
 
E
K
 
N
Q
 
Q
I
 
I
Q
 
K
Q
 
A
I
 
V
N
 
R
S
 
S
M
 
F
V
 
V
Q
 
A
A
 
Q
G
 
G
A
 
V
E
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
F
V
 
I
Y
 
A
P
 
P
I
 
V
S
 
V
P
 
A
T
 
T
A
 
G
L
 
W
N
 
E
Q
 
P
V
 
V
V
 
L
K
 
K
N
 
E
A
 
A
C
 
K
G
 
D
K
 
A
G
 
E
V
 
I
V
 
P
V
 
V
I
 
F
A
 
L
Y
 
L
D
|
D
A
x
R
-
 
S
-
 
I
E
 
D
I
 
V
S
 
K
E
 
D
P
 
K
C
 
S
A
 
L
Y
 
Y
-
 
M
-
 
T
N
 
T
V
 
V
S
 
T
I
 
A
D
 
D
Q
 
N
E
 
I
E
 
L
A
 
E
G
 
G
R
 
K
V
 
L
T
 
I
A
 
G
E
 
D
W
 
W
L
 
L
A
 
V
E
 
K
K
 
E
M
 
V
N
 
N
G
 
G
K
 
K
-
 
P
G
x
C
N
 
N
I
 
V
I
 
V
A
 
E
I
 
L
T
 
Q
G
 
G
V
 
T
P
 
V
G
 
G
T
 
A
S
 
S
V
 
V
D
 
A
T
 
I
L
 
D
R
|
R
T
 
K
K
 
K
A
 
G
A
 
F
K
 
A
A
 
E
V
 
A
F
 
I
S
 
K
K
 
N
H
 
A
P
 
P
D
 
N
M
 
I
K
 
K
I
 
I
V
 
I
A
 
R
E
 
S
A
 
Q
P
 
S
G
 
G
M
 
D
W
 
F
S
 
T
Q
 
R
A
 
S

Sites not aligning to the query:

2vk2A Crystal structure of a galactofuranose binding protein (see paper)
24% identity, 44% coverage: 39:204/380 of query aligns to 4:172/296 of 2vk2A

query
sites
2vk2A
L
 
V
S
 
G
M
 
F
S
 
S
Y
 
Q
I
 
V
G
 
G
N
 
S
D
x
E
-
x
S
-
 
G
W
 
W
Q
x
R
A
 
A
E
 
A
A
 
E
S
 
T
N
 
N
M
 
V
I
 
A
K
 
K
A
 
S
M
 
E
A
 
A
A
 
E
H
 
K
P
 
R
D
 
G
M
 
I
A
 
T
G
 
-
K
 
-
V
 
-
D
 
-
L
 
L
Q
 
K
V
 
I
Q
 
A
V
 
D
S
 
G
G
 
Q
P
 
Q
N
 
K
A
 
Q
Q
 
E
K
 
N
Q
 
Q
I
 
I
Q
 
K
Q
 
A
I
 
V
N
 
R
S
 
S
M
 
F
V
 
V
Q
 
A
A
 
Q
G
 
G
A
 
V
E
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
F
V
 
I
Y
 
A
P
 
P
I
 
V
S
 
V
P
 
A
T
 
T
A
 
G
L
 
W
N
 
E
Q
 
P
V
 
V
V
 
L
K
 
K
N
 
E
A
 
A
C
 
K
G
 
D
K
 
A
G
 
E
V
 
I
V
 
P
V
 
V
I
 
F
A
 
L
Y
 
L
D
|
D
A
x
R
-
 
S
-
 
I
E
 
D
I
 
V
S
 
K
E
 
D
P
 
K
C
 
S
A
 
L
Y
 
Y
-
 
M
-
 
T
N
 
T
V
 
V
S
 
T
I
 
A
D
 
D
Q
 
N
E
 
I
E
 
L
A
 
E
G
 
G
R
 
K
V
 
L
T
 
I
A
 
G
E
 
D
W
 
W
L
 
L
A
 
V
E
 
K
K
 
E
M
 
V
N
 
N
G
 
G
K
 
K
-
 
P
G
 
C
N
 
N
I
 
V
I
 
V
A
 
E
I
 
L
T
 
Q
G
 
G
V
 
T
P
 
V
G
 
G
T
 
A
S
 
S
V
 
V
D
 
A
T
 
I
L
 
D
R
|
R
T
 
K
K
 
K
A
 
G
A
 
F
K
 
A
A
 
E
V
 
A
F
 
I
S
 
K
K
 
N
H
 
A
P
 
P
D
 
N
M
 
I
K
 
K
I
 
I
V
 
I
A
 
R
E
 
S
A
 
Q
P
 
S
G
 
G
M
 
D
W
x
F
S
 
T
Q
 
R
A
 
S

Sites not aligning to the query:

4wwhA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from mycobacterium smegmatis (msmeg_1704, target efi- 510967) with bound d-galactose
25% identity, 48% coverage: 48:228/380 of query aligns to 17:197/329 of 4wwhA

query
sites
4wwhA
W
 
W
Q
 
V
A
 
A
E
 
D
A
 
G
S
 
Q
N
 
N
M
 
M
I
 
V
K
 
D
A
 
Q
M
 
F
A
 
K
A
 
A
H
 
F
P
 
-
D
 
-
M
 
-
A
 
-
G
 
-
K
 
G
V
 
Y
D
 
D
L
 
T
Q
 
D
V
 
L
Q
 
Q
V
 
Y
S
 
G
G
 
D
P
 
D
N
 
V
A
 
V
Q
 
Q
K
 
N
Q
 
Q
I
 
V
Q
 
S
Q
 
Q
I
 
I
N
 
E
S
 
N
M
 
M
V
 
I
Q
 
T
A
 
K
G
 
G
A
 
V
E
 
K
A
 
L
I
 
L
V
 
V
V
 
I
Y
 
A
P
 
P
I
 
I
S
 
D
P
 
G
T
 
S
A
 
S
L
 
L
N
 
T
Q
 
N
V
 
T
V
 
L
K
 
Q
N
 
H
A
 
A
C
 
A
G
 
D
K
 
L
G
 
K
V
 
I
V
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
S
Y
 
Y
D
|
D
A
x
R
E
 
L
I
 
I
-
 
K
-
 
G
S
 
T
E
 
P
P
 
N
C
 
V
A
 
D
Y
 
Y
N
 
Y
V
 
A
S
 
T
I
 
F
D
 
D
Q
 
N
E
 
T
E
 
K
A
 
V
G
 
G
R
 
V
V
 
L
T
 
Q
A
 
A
E
 
N
W
 
Y
L
 
I
A
 
V
E
 
D
K
 
T
M
 
L
-
 
G
-
 
V
-
 
A
N
 
D
G
 
G
K
 
K
G
 
G
-
 
P
-
 
F
N
 
N
I
 
L
I
 
E
A
 
L
I
 
F
T
 
A
G
 
G
V
 
S
P
 
P
G
 
D
T
x
D
S
 
N
V
x
N
D
 
A
T
 
T
L
 
Y
R
 
F
T
 
F
K
 
Q
A
 
G
A
 
A
K
 
M
A
 
S
V
 
V
F
 
L
S
 
Q
K
 
P
H
 
Y
P
 
I
D
 
D
M
 
S
-
 
G
K
 
K
I
 
L
V
 
V
A
 
V
E
 
K
A
 
S
P
 
-
G
 
-
M
 
-
W
 
-
S
 
-
Q
 
-
A
 
-
V
 
-
A
 
G
R
 
Q
T
 
T
E
 
T
L
 
F
S
 
D
K
 
Q
I
 
I
L
 
-
A
 
A
T
 
T
Q
 
L
G
 
R
W
|
W
D
 
D
-
 
G
-
 
G
-
 
L
-
 
A
-
 
Q
-
 
S
R
 
R
I
 
M
D
 
D
G
 
N
L
 
L
W
 
L
M
 
S
Q
 
Q

Sites not aligning to the query:

6hbdA Crystal structure of msmeg_1712 from mycobacterium smegmatis in complex with beta-d-galactofuranose (see paper)
26% identity, 44% coverage: 48:216/380 of query aligns to 16:187/305 of 6hbdA

query
sites
6hbdA
W
 
W
Q
x
R
A
 
T
E
 
A
A
 
N
S
 
T
N
 
E
M
 
S
I
 
I
K
 
K
A
 
S
M
 
A
A
 
A
A
 
E
H
 
E
P
 
-
D
 
-
M
 
-
A
 
A
G
 
G
K
 
-
V
 
V
D
 
N
L
 
L
Q
 
K
V
 
F
Q
 
A
V
 
D
S
 
A
G
 
N
P
 
G
N
 
E
A
 
Q
Q
 
E
K
 
K
Q
 
Q
I
 
I
Q
 
S
Q
 
A
I
 
I
N
 
R
S
 
S
M
 
F
V
 
I
Q
 
Q
A
 
Q
G
 
G
A
 
V
E
 
D
A
 
V
I
 
I
V
 
A
V
 
F
Y
 
S
P
 
P
I
 
V
S
 
V
P
 
R
T
 
T
A
 
G
L
 
W
N
x
D
Q
 
A
V
 
V
V
 
L
K
 
Q
N
 
E
A
 
T
C
 
K
G
 
N
K
 
A
G
 
G
V
 
I
V
 
P
V
 
V
I
 
I
-
 
L
-
 
T
-
x
D
-
x
R
A
 
A
Y
 
V
D
 
D
A
 
T
E
 
Q
I
x
D
S
 
T
E
 
D
P
 
V
C
 
Y
A
 
K
Y
 
T
N
 
F
V
 
I
S
 
G
I
 
A
D
 
D
Q
x
F
E
 
I
E
 
E
A
 
E
G
 
G
R
 
R
V
 
R
T
 
A
A
 
G
E
 
Q
W
 
W
L
 
V
A
 
A
E
 
D
K
 
Q
M
 
Y
-
 
A
-
 
S
-
 
A
N
 
T
G
 
G
K
 
P
G
 
V
N
 
N
I
 
I
I
 
V
A
 
Q
I
 
L
T
 
E
G
 
G
V
 
T
P
 
T
G
 
G
T
 
A
S
x
D
V
 
P
D
 
A
T
 
I
L
x
D
R
|
R
T
 
K
K
 
T
A
 
G
A
 
F
K
 
A
A
 
E
V
 
G
F
 
I
S
 
S
K
 
K
H
 
N
P
 
P
D
 
N
M
 
L
K
 
K
I
 
I
V
 
V
A
 
A
E
 
S
A
 
Q
P
 
T
G
 
G
M
 
D
W
x
F
S
 
T
Q
 
R
A
 
S
V
 
G
A
 
G
R
 
K
T
 
Q
E
 
V
L
 
M
S
 
E
K
 
A
I
 
F
L
 
L
A
 
K
T
 
S

Sites not aligning to the query:

6hyhA Crystal structure of msmeg_1712 from mycobacterium smegmatis in complex with beta-d-fucofuranose (see paper)
26% identity, 44% coverage: 48:216/380 of query aligns to 15:186/304 of 6hyhA

query
sites
6hyhA
W
 
W
Q
x
R
A
 
T
E
 
A
A
 
N
S
 
T
N
 
E
M
 
S
I
 
I
K
 
K
A
 
S
M
 
A
A
 
A
A
 
E
H
 
E
P
 
-
D
 
-
M
 
-
A
 
A
G
 
G
K
 
-
V
 
V
D
 
N
L
 
L
Q
 
K
V
 
F
Q
 
A
V
 
D
S
 
A
G
 
N
P
 
G
N
 
E
A
 
Q
Q
 
E
K
 
K
Q
 
Q
I
 
I
Q
 
S
Q
 
A
I
 
I
N
 
R
S
 
S
M
 
F
V
 
I
Q
 
Q
A
 
Q
G
 
G
A
 
V
E
 
D
A
 
V
I
 
I
V
 
A
V
 
F
Y
 
S
P
 
P
I
 
V
S
 
V
P
 
R
T
 
T
A
 
G
L
 
W
N
x
D
Q
 
A
V
 
V
V
 
L
K
 
Q
N
 
E
A
 
T
C
 
K
G
 
N
K
 
A
G
 
G
V
 
I
V
 
P
V
 
V
I
 
I
-
 
L
-
 
T
-
x
D
-
x
R
A
 
A
Y
 
V
D
 
D
A
 
T
E
 
Q
I
x
D
S
 
T
E
 
D
P
 
V
C
 
Y
A
 
K
Y
 
T
N
 
F
V
 
I
S
 
G
I
 
A
D
 
D
Q
x
F
E
 
I
E
 
E
A
 
E
G
 
G
R
 
R
V
 
R
T
 
A
A
 
G
E
 
Q
W
 
W
L
 
V
A
 
A
E
 
D
K
 
Q
M
 
Y
-
 
A
-
 
S
-
 
A
N
 
T
G
 
G
K
 
P
G
 
V
N
 
N
I
 
I
I
 
V
A
 
Q
I
 
L
T
 
E
G
 
G
V
 
T
P
 
T
G
 
G
T
 
A
S
x
D
V
x
P
D
 
A
T
 
I
L
x
D
R
|
R
T
 
K
K
 
T
A
 
G
A
 
F
K
 
A
A
 
E
V
 
G
F
 
I
S
 
S
K
 
K
H
 
N
P
 
P
D
 
N
M
 
L
K
 
K
I
 
I
V
 
V
A
 
A
E
 
S
A
 
Q
P
 
T
G
 
G
M
 
D
W
x
F
S
 
T
Q
 
R
A
 
S
V
 
G
A
 
G
R
 
K
T
 
Q
E
 
V
L
 
M
S
 
E
K
 
A
I
 
F
L
 
L
A
 
K
T
 
S

Sites not aligning to the query:

6hbmA Crystal structure of msmeg_1712 from mycobacterium smegmatis in complex with alpha-l-arabinofuranose (see paper)
26% identity, 44% coverage: 48:216/380 of query aligns to 15:186/304 of 6hbmA

query
sites
6hbmA
W
 
W
Q
 
R
A
 
T
E
 
A
A
 
N
S
 
T
N
 
E
M
 
S
I
 
I
K
 
K
A
 
S
M
 
A
A
 
A
A
 
E
H
 
E
P
 
-
D
 
-
M
 
-
A
 
A
G
 
G
K
 
-
V
 
V
D
 
N
L
 
L
Q
 
K
V
 
F
Q
 
A
V
 
D
S
 
A
G
 
N
P
 
G
N
 
E
A
 
Q
Q
 
E
K
 
K
Q
 
Q
I
 
I
Q
 
S
Q
 
A
I
 
I
N
 
R
S
 
S
M
 
F
V
 
I
Q
 
Q
A
 
Q
G
 
G
A
 
V
E
 
D
A
 
V
I
 
I
V
 
A
V
 
F
Y
 
S
P
 
P
I
 
V
S
 
V
P
 
R
T
 
T
A
 
G
L
 
W
N
x
D
Q
 
A
V
 
V
V
 
L
K
 
Q
N
 
E
A
 
T
C
 
K
G
 
N
K
 
A
G
 
G
V
 
I
V
 
P
V
 
V
I
 
I
-
 
L
-
 
T
-
x
D
-
x
R
A
 
A
Y
 
V
D
 
D
A
 
T
E
 
Q
I
x
D
S
 
T
E
 
D
P
 
V
C
 
Y
A
 
K
Y
 
T
N
 
F
V
 
I
S
 
G
I
 
A
D
 
D
Q
 
F
E
 
I
E
 
E
A
 
E
G
 
G
R
 
R
V
 
R
T
 
A
A
 
G
E
 
Q
W
 
W
L
 
V
A
 
A
E
 
D
K
 
Q
M
 
Y
-
 
A
-
 
S
-
 
A
N
 
T
G
 
G
K
 
P
G
 
V
N
 
N
I
 
I
I
 
V
A
 
Q
I
 
L
T
 
E
G
 
G
V
 
T
P
 
T
G
 
G
T
 
A
S
 
D
V
 
P
D
 
A
T
 
I
L
 
D
R
|
R
T
 
K
K
 
T
A
 
G
A
 
F
K
 
A
A
 
E
V
 
G
F
 
I
S
 
S
K
 
K
H
 
N
P
 
P
D
 
N
M
 
L
K
 
K
I
 
I
V
 
V
A
 
A
E
 
S
A
 
Q
P
 
T
G
 
G
M
 
D
W
 
F
S
 
T
Q
 
R
A
 
S
V
 
G
A
 
G
R
 
K
T
 
Q
E
 
V
L
 
M
S
 
E
K
 
A
I
 
F
L
 
L
A
 
K
T
 
S

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_037446129.1 NCBI__GCF_000576635.1:WP_037446129.1
MTRIRNSIAAACLGLLATGAAVSAPGDAAAQDKKHKIFLSMSYIGNDWQAEASNMIKAMA
AHPDMAGKVDLQVQVSGPNAQKQIQQINSMVQAGAEAIVVYPISPTALNQVVKNACGKGV
VVIAYDAEISEPCAYNVSIDQEEAGRVTAEWLAEKMNGKGNIIAITGVPGTSVDTLRTKA
AKAVFSKHPDMKIVAEAPGMWSQAVARTELSKILATQGWDRIDGLWMQVGCFTANQMQLE
AGIPEDKLKPCAGEGSNGGRVQMLPAGTAVEGANGAYKPMGAPRISYASPPYSGALALKL
AVKKLEGGEIARNTVLPLPVVTSETAKLCAEGTWTEMANGCNVFQPSIVSNPGWFASIFS
AETPEVALQAALVGQPEAKK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory