SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_038140451.1 NCBI__GCF_000621325.1:WP_038140451.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

4ymtC Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines (see paper)
27% identity, 78% coverage: 64:311/317 of query aligns to 5:213/215 of 4ymtC

query
sites
4ymtC
Y
 
F
E
 
L
S
 
S
T
 
M
D
 
V
T
 
K
Y
 
Y
W
 
T
R
 
P
A
 
L
F
 
F
L
 
I
A
 
S
G
 
G
L
 
L
G
 
I
N
 
M
T
 
T
L
 
L
K
 
K
V
 
L
A
 
T
V
 
F
V
 
L
G
 
A
I
 
V
I
 
T
L
 
I
T
 
G
T
 
V
I
 
L
L
 
M
G
 
G
V
 
L
L
 
F
L
 
I
G
 
A
V
 
L
G
 
M
R
 
K
F
 
M
S
 
S
H
 
S
N
 
I
I
 
K
L
 
P
I
 
I
R
 
K
G
 
L
L
 
V
C
 
A
L
 
S
T
 
S
Y
 
Y
V
 
I
E
 
E
V
 
V
F
 
I
R
 
R
N
 
G
V
 
T
P
|
P
L
|
L
L
 
L
L
 
V
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
M
 
L
W
 
I
Y
 
Y
L
 
N
V
 
G
C
 
L
V
 
M
E
 
Q
W
 
F
L
 
-
P
 
-
N
 
-
V
 
-
R
 
-
E
 
-
A
 
-
E
 
-
P
 
-
F
 
-
L
 
-
G
 
-
I
 
-
Y
 
-
L
 
-
T
 
-
K
 
-
A
 
-
G
 
-
L
 
-
A
 
-
L
 
-
P
 
-
W
 
-
F
 
-
G
 
-
D
 
-
M
 
-
P
 
-
V
 
-
K
 
-
A
 
-
G
 
-
F
 
-
G
 
-
I
 
-
K
 
-
G
 
-
G
 
G
V
 
M
N
 
N
L
 
I
S
 
-
P
 
P
E
 
A
F
 
F
F
 
T
A
 
A
L
 
G
L
 
V
L
 
S
G
 
A
L
 
L
T
 
A
I
 
I
Y
x
N
T
 
S
A
 
S
S
 
A
Y
|
Y
I
 
V
A
 
A
E
 
E
I
 
I
V
 
I
R
 
R
S
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
Q
S
 
A
V
 
V
P
 
D
R
 
P
G
 
G
Q
 
Q
R
 
N
E
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
R
A
 
S
L
 
L
G
 
G
L
 
M
S
 
T
R
 
H
G
 
A
Q
 
M
T
 
A
M
 
M
R
 
R
L
 
Y
I
 
V
Q
 
I
L
 
I
P
 
P
Q
 
Q
A
 
A
L
 
I
R
 
K
V
 
N
I
 
I
I
 
L
P
 
P
P
 
A
L
 
L
T
 
G
N
 
N
Q
x
E
Y
 
F
L
 
I
N
 
V
L
x
M
T
 
L
K
|
K
N
x
E
S
 
S
S
 
A
L
 
I
A
 
V
V
 
S
A
 
V
V
 
I
G
 
G
Y
 
F
P
 
A
E
 
D
L
 
L
V
 
T
S
 
R
I
 
Q
A
 
A
N
 
D
T
 
I
S
 
I
L
 
Q
N
 
S
Q
 
V
T
 
T
G
 
Y
R
 
R
A
 
Y
V
 
F
E
 
E
C
 
P
I
 
Y
A
 
I
V
 
I
I
 
I
M
 
A
A
 
A
V
 
I
Y
 
Y
L
 
F
T
 
V
L
 
M
S
 
T
L
 
L
L
 
T
T
 
F
S
 
S
A
 
K
F
 
L
M
 
L
G
 
S
W
 
L
Y
 
F
N
 
E
R
 
R
R
 
R

4ymwC Crystal structure of an amino acid abc transporter with histidines (see paper)
27% identity, 78% coverage: 64:311/317 of query aligns to 5:213/214 of 4ymwC

query
sites
4ymwC
Y
 
F
E
 
L
S
 
S
T
 
M
D
 
V
T
 
K
Y
 
Y
W
 
T
R
 
P
A
 
L
F
 
F
L
 
I
A
 
S
G
 
G
L
 
L
G
 
I
N
 
M
T
 
T
L
 
L
K
 
K
V
 
L
A
 
T
V
 
F
V
 
L
G
 
A
I
 
V
I
 
T
L
 
I
T
 
G
T
 
V
I
 
L
L
 
M
G
 
G
V
 
L
L
 
F
L
 
I
G
 
A
V
 
L
G
 
M
R
 
K
F
 
M
S
 
S
H
 
S
N
 
I
I
 
K
L
 
P
I
 
I
R
 
K
G
 
L
L
 
V
C
 
A
L
 
S
T
 
S
Y
 
Y
V
 
I
E
 
E
V
 
V
F
 
I
R
 
R
N
 
G
V
 
T
P
 
P
L
 
L
L
 
L
L
 
V
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
M
 
L
W
 
I
Y
 
Y
L
 
N
V
 
G
C
 
L
V
 
M
E
 
Q
W
 
F
L
 
-
P
 
-
N
 
-
V
 
-
R
 
-
E
 
-
A
 
-
E
 
-
P
 
-
F
 
-
L
 
-
G
 
-
I
 
-
Y
 
-
L
 
-
T
 
-
K
 
-
A
 
-
G
 
-
L
 
-
A
 
-
L
 
-
P
 
-
W
 
-
F
 
-
G
 
-
D
 
-
M
 
-
P
 
-
V
 
-
K
 
-
A
 
-
G
 
-
F
 
-
G
 
-
I
 
-
K
 
-
G
 
-
G
 
G
V
 
M
N
 
N
L
 
I
S
 
-
P
 
P
E
 
A
F
 
F
F
 
T
A
 
A
L
 
G
L
 
V
L
 
S
G
 
A
L
 
L
T
 
A
I
 
I
Y
x
N
T
 
S
A
 
S
S
 
A
Y
|
Y
I
 
V
A
 
A
E
 
E
I
 
I
V
 
I
R
 
R
S
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
Q
S
 
A
V
 
V
P
 
D
R
 
P
G
 
G
Q
 
Q
R
 
N
E
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
R
A
 
S
L
 
L
G
 
G
L
 
M
S
 
T
R
 
H
G
 
A
Q
 
M
T
 
A
M
 
M
R
 
R
L
 
Y
I
 
V
Q
 
I
L
 
I
P
 
P
Q
 
Q
A
 
A
L
 
I
R
 
K
V
 
N
I
 
I
I
 
L
P
 
P
P
 
A
L
 
L
T
 
G
N
 
N
Q
x
E
Y
 
F
L
 
I
N
 
V
L
 
M
T
 
L
K
 
K
N
x
E
S
 
S
S
 
A
L
 
I
A
 
V
V
 
S
A
 
V
V
 
I
G
 
G
Y
 
F
P
 
A
E
 
D
L
 
L
V
 
T
S
 
R
I
 
Q
A
 
A
N
 
D
T
 
I
S
 
I
L
 
Q
N
 
S
Q
 
V
T
 
T
G
 
Y
R
 
R
A
 
Y
V
 
F
E
 
E
C
 
P
I
 
Y
A
 
I
V
 
I
I
 
I
M
 
A
A
 
A
V
 
I
Y
 
Y
L
 
F
T
 
V
L
 
M
S
 
T
L
 
L
L
 
T
T
 
F
S
 
S
A
 
K
F
 
L
M
 
L
G
 
S
W
 
L
Y
 
F
N
 
E
R
 
R
R
 
R

Query Sequence

>WP_038140451.1 NCBI__GCF_000621325.1:WP_038140451.1
MAFWRNQKTRGWLYQLAALLLVAACIVWLADNTLENMRNRGIQSGFDFLSQPAGFAISES
LFGYESTDTYWRAFLAGLGNTLKVAVVGIILTTILGVLLGVGRFSHNILIRGLCLTYVEV
FRNVPLLLQLLMWYLVCVEWLPNVREAEPFLGIYLTKAGLALPWFGDMPVKAGFGIKGGV
NLSPEFFALLLGLTIYTASYIAEIVRSGIASVPRGQREAALALGLSRGQTMRLIQLPQAL
RVIIPPLTNQYLNLTKNSSLAVAVGYPELVSIANTSLNQTGRAVECIAVIMAVYLTLSLL
TSAFMGWYNRRSAIKER

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory