SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_038211563.1 NCBI__GCF_000745855.1:WP_038211563.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1zuiA Structural basis for shikimate-binding specificity of helicobacter pylori shikimate kinase (see paper)
28% identity, 52% coverage: 138:299/311 of query aligns to 1:158/158 of 1zuiA

query
sites
1zuiA
R
 
Q
R
 
H
I
 
L
A
 
V
L
 
L
V
 
I
G
 
G
L
 
F
R
x
M
G
 
G
A
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
S
L
 
L
G
 
A
Q
 
Q
M
 
E
L
 
L
A
 
G
D
 
L
D
 
A
L
 
L
E
 
K
L
 
L
P
 
E
F
 
V
I
 
L
E
 
D
L
 
T
G
x
D
R
 
M
E
 
I
V
 
I
E
 
S
K
 
E
L
 
R
A
 
V
G
 
G
C
 
L
S
 
S
V
 
V
R
 
R
E
 
E
I
 
I
H
x
F
D
 
E
L
 
E
Y
 
L
G
 
G
T
 
E
N
 
D
A
 
N
Y
 
F
R
|
R
R
 
M
Y
 
F
E
 
E
R
 
K
R
 
N
A
 
L
L
 
I
E
 
D
E
 
E
T
 
L
V
 
K
Q
 
T
I
 
L
Y
 
K
S
 
T
E
 
P
V
 
H
V
 
V
I
 
I
A
 
S
T
 
T
P
x
G
G
|
G
G
 
G
I
 
I
V
 
V
S
 
M
D
 
H
P
 
E
A
 
-
T
 
-
F
 
-
N
 
-
E
 
N
L
 
L
L
 
K
A
 
G
H
 
L
C
 
G
T
 
T
T
 
T
V
 
F
W
 
Y
L
 
L
R
 
K
A
 
M
R
 
D
P
 
F
E
 
E
E
 
T
H
 
L
M
 
I
G
 
K
R
 
R
V
 
L
A
 
-
A
 
N
Q
 
Q
G
 
R
D
x
E
V
 
K
R
|
R
P
 
P
M
 
L
A
 
L
A
 
N
S
 
N
R
 
-
E
 
-
A
 
-
M
 
L
D
 
T
D
 
Q
L
 
A
K
 
K
R
 
E
I
 
L
L
 
F
D
 
E
G
 
K
R
|
R
A
 
Q
A
 
A
F
 
L
Y
 
Y
S
 
E
K
 
K
-
 
N
A
 
A
D
 
S
L
 
F
Q
 
I
V
 
I
D
 
D
T
 
A
S
 
R
G
 
G
-
 
G
-
 
L
-
 
N
R
 
N
T
 
S
L
 
L
Q
 
K
Q
 
Q
A
 
V
F
 
L
E
 
Q
A
 
F
L
 
I

3mufA Shikimate kinase from helicobacter pylori in complex with shikimate-3- phosphate and adp (see paper)
28% identity, 52% coverage: 138:299/311 of query aligns to 1:160/160 of 3mufA

query
sites
3mufA
R
 
Q
R
 
H
I
 
L
A
 
V
L
 
L
V
 
I
G
 
G
L
 
F
R
x
M
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
x
S
L
 
L
G
 
A
Q
 
Q
M
 
E
L
 
L
A
 
G
D
 
L
D
 
A
L
 
L
E
 
K
L
 
L
P
 
E
F
 
V
I
 
L
E
 
D
L
 
T
G
x
D
R
 
M
E
 
I
V
 
I
E
 
S
K
 
E
L
 
R
A
 
V
G
 
G
C
 
L
S
 
S
V
 
V
R
 
R
E
 
E
I
 
I
H
 
F
D
 
E
L
 
E
Y
 
L
G
 
G
T
 
E
N
 
D
A
 
N
Y
 
F
R
|
R
R
 
M
Y
 
F
E
 
E
R
 
K
R
 
N
A
 
L
L
 
I
E
 
D
E
 
E
T
 
L
V
 
K
Q
 
T
I
 
L
Y
 
K
S
 
T
E
 
P
V
 
H
V
 
V
I
 
I
A
 
S
T
 
T
P
x
G
G
|
G
G
|
G
I
 
I
V
 
V
S
 
M
D
 
H
P
 
E
A
 
-
T
 
-
F
 
-
N
 
-
E
 
N
L
 
L
L
 
K
A
 
G
H
 
L
C
 
G
T
 
T
T
 
T
V
 
F
W
 
Y
L
 
L
R
 
K
A
x
M
R
 
D
P
 
F
E
 
E
E
 
T
H
 
L
M
 
I
G
 
K
R
|
R
V
 
L
A
 
N
A
 
Q
Q
 
K
G
 
E
-
 
R
D
 
E
V
 
K
R
|
R
P
 
P
M
 
L
A
 
L
A
 
N
S
 
N
R
 
-
E
 
-
A
 
-
M
 
L
D
 
T
D
 
Q
L
 
A
K
 
K
R
 
E
I
 
L
L
 
F
D
 
E
G
 
K
R
|
R
A
 
Q
A
 
A
F
 
L
Y
 
Y
S
 
E
K
 
K
-
 
N
A
 
A
D
 
S
L
 
F
Q
 
I
V
 
I
D
 
D
T
 
A
S
 
R
G
|
G
-
x
G
-
 
L
-
 
N
R
 
N
T
 
S
L
 
L
Q
 
K
Q
 
Q
A
 
V
F
 
L
E
 
Q
A
 
F
L
 
I

3n2eA Crystal structure of helicobactor pylori shikimate kinase in complex with nsc162535 (see paper)
28% identity, 52% coverage: 138:299/311 of query aligns to 2:161/168 of 3n2eA

query
sites
3n2eA
R
 
Q
R
 
H
I
 
L
A
 
V
L
 
L
V
 
I
G
 
G
L
x
F
R
 
M
G
 
G
A
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
S
L
 
L
G
 
A
Q
 
Q
M
 
E
L
 
L
A
 
G
D
 
L
D
 
A
L
 
L
E
 
K
L
 
L
P
 
E
F
 
V
I
 
L
E
 
D
L
 
T
G
 
D
R
 
M
E
 
I
V
 
I
E
 
S
K
 
E
L
 
R
A
 
V
G
 
G
C
 
L
S
 
S
V
 
V
R
|
R
E
 
E
I
 
I
H
x
F
D
 
E
L
 
E
Y
 
L
G
 
G
T
 
E
N
 
D
A
 
N
Y
 
F
R
|
R
R
 
M
Y
 
F
E
 
E
R
 
K
R
 
N
A
 
L
L
 
I
E
 
D
E
 
E
T
 
L
V
 
K
Q
 
T
I
 
L
Y
 
K
S
 
T
E
 
P
V
 
H
V
 
V
I
 
I
A
 
S
T
 
T
P
 
G
G
|
G
G
|
G
I
 
I
V
 
V
S
x
M
D
 
H
P
 
E
A
 
-
T
 
-
F
 
-
N
 
-
E
 
N
L
 
L
L
 
K
A
 
G
H
 
L
C
 
G
T
 
T
T
 
T
V
 
F
W
 
Y
L
 
L
R
 
K
A
 
M
R
 
D
P
 
F
E
 
E
E
 
T
H
 
L
M
 
I
G
 
K
R
 
R
V
 
L
A
 
N
A
 
Q
Q
 
K
G
 
E
D
 
-
V
 
-
R
 
-
P
 
-
M
 
-
A
 
R
A
 
A
S
 
K
R
|
R
E
 
P
A
 
L
M
 
L
D
 
N
D
 
N
L
 
L
-
 
T
-
 
Q
-
 
A
K
 
K
R
 
E
I
 
L
L
 
F
D
 
E
G
 
K
R
|
R
A
 
Q
A
 
A
F
x
L
Y
|
Y
S
 
E
K
 
K
-
 
N
A
 
A
D
 
S
L
 
F
Q
 
I
V
 
I
D
 
D
T
 
A
S
 
R
G
 
G
-
 
G
-
 
L
-
 
N
R
 
N
T
 
S
L
 
L
Q
 
K
Q
 
Q
A
 
V
F
 
L
E
 
Q
A
 
F
L
 
I

1u8aA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis shikimate kinase in complex with shikimate and adp at 2.15 angstrom resolution (see paper)
30% identity, 48% coverage: 142:291/311 of query aligns to 6:151/163 of 1u8aA

query
sites
1u8aA
L
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
R
 
P
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
I
G
 
G
Q
 
R
M
 
R
L
 
L
A
 
A
D
 
K
D
 
A
L
 
L
E
 
G
L
 
V
P
 
G
F
 
L
I
 
L
E
 
D
L
 
T
G
x
D
R
 
V
E
 
A
V
 
I
E
 
E
K
 
Q
L
 
R
A
 
T
G
 
G
C
 
R
S
 
S
V
 
I
R
 
A
E
 
D
I
 
I
H
x
F
D
 
A
L
 
T
Y
 
D
G
 
G
T
 
E
N
 
Q
A
 
E
Y
 
F
R
|
R
R
 
R
Y
 
I
E
 
E
R
 
E
R
 
D
A
 
V
L
 
V
E
 
R
E
 
A
T
 
A
V
 
L
Q
 
A
I
 
D
Y
 
H
S
 
-
E
 
D
V
 
G
V
 
V
I
 
L
A
 
S
T
 
L
P
 
G
G
|
G
G
|
G
I
 
A
V
 
V
S
 
T
D
 
S
P
 
P
A
 
G
T
 
V
F
 
R
N
 
A
E
 
A
L
 
L
L
 
A
A
 
G
H
 
H
C
 
-
T
 
T
T
 
V
V
 
V
W
 
Y
L
 
L
R
 
E
A
 
I
R
 
S
P
 
A
E
 
A
E
 
E
H
 
G
M
 
V
G
 
R
R
|
R
V
 
T
A
 
-
A
 
-
Q
 
-
G
 
G
D
 
G
V
 
V
R
 
R
P
 
P
M
x
L
A
 
L
A
 
A
S
 
G
R
 
P
E
 
D
A
 
R
M
 
A
D
 
E
D
 
K
L
 
Y
K
 
R
R
 
A
I
 
L
L
 
M
D
 
A
G
 
K
R
|
R
A
 
A
A
 
P
F
 
L
Y
 
Y
S
 
R
K
 
R
-
 
V
A
 
A
D
 
T
L
 
M
Q
 
R
V
 
V
D
 
D
T
 
T
S
 
N
G
 
R
R
|
R
T
 
N

Sites not aligning to the query:

2iywA Shikimate kinase from mycobacterium tuberculosis in complex with mgatp, open lid (conf. B) (see paper)
30% identity, 48% coverage: 142:291/311 of query aligns to 6:153/178 of 2iywA

query
sites
2iywA
L
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
R
 
P
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
I
G
 
G
Q
 
R
M
 
R
L
 
L
A
 
A
D
 
K
D
 
A
L
 
L
E
 
G
L
 
V
P
 
G
F
 
L
I
 
L
E
 
D
L
 
T
G
 
D
R
 
V
E
 
A
V
 
I
E
 
E
K
 
Q
L
 
R
A
 
T
G
 
G
C
 
R
S
 
S
V
 
I
R
 
A
E
 
D
I
 
I
H
 
F
D
 
A
L
 
T
Y
 
D
G
 
G
T
 
E
N
 
Q
A
 
E
Y
 
F
R
 
R
R
 
R
Y
 
I
E
 
E
R
 
E
R
 
D
A
 
V
L
 
V
E
 
R
E
 
A
T
 
A
V
 
L
Q
 
A
I
 
D
Y
 
H
S
 
-
E
 
D
V
 
G
V
 
V
I
 
L
A
 
S
T
 
L
P
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
A
V
 
V
S
 
T
D
 
S
P
 
P
A
 
G
T
 
V
F
 
R
N
 
A
E
 
A
L
 
L
L
 
A
A
 
G
H
 
H
C
 
-
T
 
T
T
 
V
V
 
V
W
 
Y
L
 
L
R
 
E
A
 
I
R
 
S
P
 
A
E
 
A
E
 
E
H
 
G
M
 
V
G
 
R
R
|
R
V
 
T
A
 
G
A
 
G
Q
 
N
G
 
-
D
 
T
V
 
V
R
 
R
P
 
P
M
 
L
A
 
L
A
 
A
S
 
G
R
 
P
E
 
D
A
 
R
M
 
A
D
 
E
D
 
K
L
 
Y
K
 
R
R
 
A
I
 
L
L
 
M
D
 
A
G
 
K
R
 
R
A
 
A
A
 
P
F
 
L
Y
 
Y
S
 
R
K
 
R
-
 
V
A
 
A
D
 
T
L
 
M
Q
 
R
V
 
V
D
 
D
T
 
T
S
 
N
G
 
R
R
|
R
T
 
N

Sites not aligning to the query:

4bqsA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis shikimate kinase in complex with adp and a shikimic acid derivative. (see paper)
30% identity, 48% coverage: 142:291/311 of query aligns to 6:153/169 of 4bqsA

query
sites
4bqsA
L
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
R
x
P
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
I
G
 
G
Q
 
R
M
 
R
L
 
L
A
 
A
D
 
K
D
 
A
L
 
L
E
 
G
L
 
V
P
 
G
F
 
L
I
 
L
E
 
D
L
 
T
G
x
D
R
 
V
E
 
A
V
 
I
E
 
E
K
 
Q
L
 
R
A
 
T
G
 
G
C
 
R
S
 
S
V
 
I
R
 
A
E
 
D
I
 
I
H
 
F
D
 
A
L
 
T
Y
 
D
G
 
G
T
 
E
N
 
Q
A
 
E
Y
 
F
R
 
R
R
 
R
Y
 
I
E
 
E
R
 
E
R
 
D
A
 
V
L
 
V
E
 
R
E
 
A
T
 
A
V
 
L
Q
 
A
I
 
D
Y
 
H
S
 
-
E
 
D
V
 
G
V
 
V
I
 
L
A
 
S
T
 
L
P
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
A
V
 
V
S
 
T
D
 
S
P
 
P
A
 
G
T
 
V
F
 
R
N
 
A
E
 
A
L
 
L
L
 
A
A
 
G
H
 
H
C
 
-
T
 
T
T
 
V
V
 
V
W
 
Y
L
 
L
R
 
E
A
 
I
R
 
S
P
 
A
E
 
A
E
 
E
H
 
G
M
 
V
G
 
R
R
|
R
V
 
T
A
 
G
A
 
G
Q
 
N
G
 
-
D
 
T
V
 
V
R
 
R
P
 
P
M
 
L
A
 
L
A
 
A
S
 
G
R
 
P
E
 
D
A
 
R
M
 
A
D
 
E
D
 
K
L
 
Y
K
 
R
R
 
A
I
 
L
L
 
M
D
 
A
G
 
K
R
|
R
A
 
A
A
 
P
F
 
L
Y
 
Y
S
 
R
K
 
R
-
 
V
A
 
A
D
 
T
L
 
M
Q
 
R
V
 
V
D
 
D
T
 
T
S
 
N
G
 
R
R
|
R
T
 
N

Sites not aligning to the query:

2iyyA Shikimate kinase from mycobacterium tuberculosis in complex with shikimate-3-phosphate and so4 (see paper)
30% identity, 48% coverage: 142:291/311 of query aligns to 6:153/169 of 2iyyA

query
sites
2iyyA
L
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
R
 
P
G
 
G
A
 
S
G
 
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
L
 
I
G
 
G
Q
 
R
M
 
R
L
 
L
A
 
A
D
 
K
D
 
A
L
 
L
E
 
G
L
 
V
P
 
G
F
 
L
I
 
L
E
 
D
L
 
T
G
x
D
R
 
V
E
 
A
V
 
I
E
|
E
K
 
Q
L
 
R
A
 
T
G
 
G
C
 
R
S
|
S
V
x
I
R
 
A
E
 
D
I
 
I
H
 
F
D
 
A
L
 
T
Y
 
D
G
 
G
T
 
E
N
 
Q
A
 
E
Y
 
F
R
|
R
R
 
R
Y
 
I
E
 
E
R
 
E
R
 
D
A
 
V
L
 
V
E
 
R
E
 
A
T
 
A
V
 
L
Q
 
A
I
 
D
Y
 
H
S
 
-
E
 
D
V
 
G
V
 
V
I
 
L
A
 
S
T
 
L
P
 
G
G
|
G
G
|
G
I
 
A
V
 
V
S
 
T
D
 
S
P
 
P
A
 
G
T
 
V
F
 
R
N
 
A
E
 
A
L
 
L
L
 
A
A
 
G
H
 
H
C
 
-
T
 
T
T
 
V
V
 
V
W
 
Y
L
 
L
R
 
E
A
 
I
R
 
S
P
 
A
E
 
A
E
 
E
H
 
G
M
 
V
G
 
R
R
 
R
V
 
T
A
 
G
A
 
G
Q
 
N
G
 
-
D
 
T
V
 
V
R
 
R
P
 
P
M
x
L
A
 
L
A
 
A
S
 
G
R
 
P
E
 
D
A
 
R
M
 
A
D
 
E
D
 
K
L
 
Y
K
 
R
R
 
A
I
 
L
L
 
M
D
 
A
G
 
K
R
|
R
A
 
A
A
 
P
F
 
L
Y
 
Y
S
 
R
K
 
R
-
 
V
A
 
A
D
 
T
L
 
M
Q
 
R
V
 
V
D
 
D
T
 
T
S
 
N
G
 
R
R
 
R
T
 
N

3bafA Crystal structure of shikimate kinase from mycobacterium tuberculosis in complex with amp-pnp
30% identity, 48% coverage: 142:291/311 of query aligns to 6:153/165 of 3bafA

query
sites
3bafA
L
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
R
x
P
G
 
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
I
G
 
G
Q
 
R
M
 
R
L
 
L
A
 
A
D
 
K
D
 
A
L
 
L
E
 
G
L
 
V
P
 
G
F
 
L
I
 
L
E
 
D
L
 
T
G
x
D
R
 
V
E
 
A
V
 
I
E
 
E
K
 
Q
L
 
R
A
 
T
G
 
G
C
 
R
S
 
S
V
 
I
R
 
A
E
 
D
I
 
I
H
 
F
D
 
A
L
 
T
Y
 
D
G
 
G
T
 
E
N
 
Q
A
 
E
Y
 
F
R
 
R
R
 
R
Y
 
I
E
 
E
R
 
E
R
 
D
A
 
V
L
 
V
E
 
R
E
 
A
T
 
A
V
 
L
Q
 
A
I
 
D
Y
 
H
S
 
-
E
 
D
V
 
G
V
 
V
I
 
L
A
 
S
T
 
L
P
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
A
V
 
V
S
 
T
D
 
S
P
 
P
A
 
G
T
 
V
F
 
R
N
 
A
E
 
A
L
 
L
L
 
A
A
 
G
H
 
H
C
 
-
T
 
T
T
 
V
V
 
V
W
 
Y
L
 
L
R
 
E
A
 
I
R
 
S
P
 
A
E
 
A
E
 
E
H
 
G
M
 
V
G
 
R
R
|
R
V
 
T
A
 
G
A
 
G
Q
 
N
G
 
-
D
 
T
V
 
V
R
|
R
P
 
P
M
 
L
A
 
L
A
 
A
S
 
G
R
 
P
E
 
D
A
 
R
M
 
A
D
 
E
D
 
K
L
 
Y
K
 
R
R
 
A
I
 
L
L
 
M
D
 
A
G
 
K
R
|
R
A
 
A
A
 
P
F
 
L
Y
 
Y
S
 
R
K
 
R
-
 
V
A
 
A
D
 
T
L
 
M
Q
 
R
V
 
V
D
 
D
T
 
T
S
 
N
G
 
R
R
 
R
T
 
N

2dfnA Structure of shikimate kinase from mycobacterium tuberculosis complexed with adp and shikimate at 1.9 angstrons of resolution (see paper)
30% identity, 48% coverage: 142:291/311 of query aligns to 6:153/165 of 2dfnA

query
sites
2dfnA
L
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
R
x
P
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
I
G
 
G
Q
 
R
M
 
R
L
 
L
A
 
A
D
 
K
D
 
A
L
 
L
E
 
G
L
 
V
P
 
G
F
 
L
I
 
L
E
 
D
L
 
T
G
x
D
R
 
V
E
 
A
V
 
I
E
 
E
K
 
Q
L
 
R
A
 
T
G
 
G
C
 
R
S
 
S
V
x
I
R
 
A
E
 
D
I
 
I
H
 
F
D
 
A
L
 
T
Y
 
D
G
 
G
T
 
E
N
 
Q
A
 
E
Y
x
F
R
|
R
R
 
R
Y
 
I
E
 
E
R
 
E
R
 
D
A
 
V
L
 
V
E
 
R
E
 
A
T
 
A
V
 
L
Q
 
A
I
 
D
Y
 
H
S
 
-
E
 
D
V
 
G
V
 
V
I
 
L
A
 
S
T
 
L
P
x
G
G
|
G
G
|
G
I
 
A
V
 
V
S
 
T
D
 
S
P
 
P
A
 
G
T
 
V
F
 
R
N
 
A
E
 
A
L
 
L
L
 
A
A
 
G
H
 
H
C
 
-
T
 
T
T
 
V
V
 
V
W
 
Y
L
 
L
R
 
E
A
 
I
R
 
S
P
 
A
E
 
A
E
 
E
H
 
G
M
 
V
G
 
R
R
|
R
V
 
T
A
 
G
A
 
G
Q
 
N
G
 
-
D
 
T
V
 
V
R
|
R
P
 
P
M
 
L
A
 
L
A
 
A
S
 
G
R
 
P
E
 
D
A
 
R
M
 
A
D
 
E
D
 
K
L
 
Y
K
 
R
R
 
A
I
 
L
L
 
M
D
 
A
G
 
K
R
|
R
A
 
A
A
 
P
F
 
L
Y
 
Y
S
 
R
K
 
R
-
 
V
A
 
A
D
 
T
L
 
M
Q
 
R
V
 
V
D
 
D
T
 
T
S
 
N
G
 
R
R
|
R
T
 
N

Sites not aligning to the query:

1we2A Crystal structure of shikimate kinase from mycobacterium tuberculosis in complex with mgadp and shikimic acid (see paper)
30% identity, 48% coverage: 142:291/311 of query aligns to 6:153/165 of 1we2A

query
sites
1we2A
L
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
R
x
P
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
I
G
 
G
Q
 
R
M
 
R
L
 
L
A
 
A
D
 
K
D
 
A
L
 
L
E
 
G
L
 
V
P
 
G
F
 
L
I
 
L
E
 
D
L
 
T
G
x
D
R
 
V
E
 
A
V
 
I
E
 
E
K
 
Q
L
 
R
A
 
T
G
 
G
C
 
R
S
 
S
V
x
I
R
 
A
E
 
D
I
 
I
H
x
F
D
 
A
L
 
T
Y
 
D
G
 
G
T
 
E
N
 
Q
A
 
E
Y
 
F
R
 
R
R
 
R
Y
 
I
E
 
E
R
 
E
R
 
D
A
 
V
L
 
V
E
 
R
E
 
A
T
 
A
V
 
L
Q
 
A
I
 
D
Y
 
H
S
 
-
E
 
D
V
 
G
V
 
V
I
 
L
A
 
S
T
 
L
P
x
G
G
|
G
G
|
G
I
 
A
V
 
V
S
 
T
D
 
S
P
 
P
A
 
G
T
 
V
F
 
R
N
 
A
E
 
A
L
 
L
L
 
A
A
 
G
H
 
H
C
 
-
T
 
T
T
 
V
V
 
V
W
 
Y
L
 
L
R
 
E
A
 
I
R
 
S
P
 
A
E
 
A
E
 
E
H
 
G
M
 
V
G
 
R
R
|
R
V
 
T
A
 
G
A
 
G
Q
 
N
G
 
-
D
 
T
V
 
V
R
|
R
P
 
P
M
x
L
A
 
L
A
 
A
S
 
G
R
 
P
E
 
D
A
 
R
M
 
A
D
 
E
D
 
K
L
 
Y
K
 
R
R
 
A
I
 
L
L
 
M
D
 
A
G
 
K
R
|
R
A
 
A
A
 
P
F
 
L
Y
 
Y
S
 
R
K
 
R
-
 
V
A
 
A
D
 
T
L
 
M
Q
 
R
V
 
V
D
 
D
T
 
T
S
 
N
G
 
R
R
 
R
T
 
N

1zyuA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis shikimate kinase in complex with shikimate and amppcp at 2.85 angstrom resolution (see paper)
30% identity, 48% coverage: 142:291/311 of query aligns to 6:153/168 of 1zyuA

query
sites
1zyuA
L
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
R
x
P
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
I
G
 
G
Q
 
R
M
 
R
L
 
L
A
 
A
D
 
K
D
 
A
L
 
L
E
 
G
L
 
V
P
 
G
F
 
L
I
 
L
E
 
D
L
 
T
G
x
D
R
 
V
E
 
A
V
 
I
E
 
E
K
 
Q
L
 
R
A
 
T
G
 
G
C
 
R
S
 
S
V
 
I
R
 
A
E
 
D
I
 
I
H
 
F
D
 
A
L
 
T
Y
 
D
G
 
G
T
 
E
N
 
Q
A
 
E
Y
 
F
R
|
R
R
 
R
Y
 
I
E
 
E
R
 
E
R
 
D
A
 
V
L
 
V
E
 
R
E
 
A
T
 
A
V
 
L
Q
 
A
I
 
D
Y
 
H
S
 
-
E
 
D
V
 
G
V
 
V
I
 
L
A
 
S
T
 
L
P
 
G
G
 
G
G
|
G
I
 
A
V
 
V
S
 
T
D
 
S
P
 
P
A
 
G
T
 
V
F
 
R
N
 
A
E
 
A
L
 
L
L
 
A
A
 
G
H
 
H
C
 
-
T
 
T
T
 
V
V
 
V
W
 
Y
L
 
L
R
 
E
A
 
I
R
 
S
P
 
A
E
 
A
E
 
E
H
 
G
M
 
V
G
 
R
R
|
R
V
 
T
A
 
G
A
 
G
Q
 
N
G
 
-
D
 
T
V
 
V
R
 
R
P
|
P
M
x
L
A
 
L
A
 
A
S
 
G
R
 
P
E
 
D
A
 
R
M
 
A
D
 
E
D
 
K
L
 
Y
K
 
R
R
 
A
I
 
L
L
 
M
D
 
A
G
 
K
R
|
R
A
 
A
A
 
P
F
 
L
Y
 
Y
S
 
R
K
 
R
-
 
V
A
 
A
D
 
T
L
 
M
Q
 
R
V
 
V
D
 
D
T
|
T
S
 
N
G
 
R
R
|
R
T
 
N

Sites not aligning to the query:

P10880 Shikimate kinase 2; SK 2; Shikimate kinase II; SKII; EC 2.7.1.71 from Dickeya chrysanthemi (Pectobacterium chrysanthemi) (Erwinia chrysanthemi) (see paper)
32% identity, 45% coverage: 140:278/311 of query aligns to 5:143/173 of P10880

query
sites
P10880
I
 
I
A
 
F
L
 
M
V
 
V
G
 
G
L
 
A
R
 
R
G
 
G
A
x
C
G
 
G
K
|
K
S
 
T
T
 
T
L
 
V
G
 
G
Q
 
R
M
 
E
L
 
L
A
 
A
D
 
R
D
 
A
L
 
L
E
 
G
L
 
Y
P
 
E
F
 
F
I
 
V
E
 
D
L
 
T
G
x
D
R
 
I
E
 
F
V
 
M
E
 
Q
K
 
H
L
 
T
A
 
S
G
 
G
C
 
M
S
 
T
V
 
V
R
 
A
E
 
D
I
 
V
H
 
V
D
 
A
L
 
A
Y
 
E
G
 
G
T
 
W
N
 
P
A
 
G
Y
 
F
R
 
R
R
 
R
Y
 
R
E
 
E
R
 
S
R
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
E
 
A
T
 
V
V
 
A
Q
 
T
I
 
-
Y
 
-
S
 
P
E
 
N
V
 
R
V
 
V
I
 
V
A
 
A
T
 
T
P
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
M
V
 
V
S
 
L
D
 
L
P
 
E
A
 
Q
T
 
N
F
 
R
N
 
Q
E
 
F
L
 
M
L
 
R
A
 
A
H
 
H
C
 
G
T
 
T
T
 
V
V
 
V
W
 
Y
L
 
L
R
 
F
A
 
A
R
 
P
P
 
A
E
 
E
E
 
E
H
 
L
M
 
A
G
 
L
R
 
R
V
 
L
A
 
Q
A
 
A
-
 
S
-
 
P
Q
 
Q
G
 
A
D
 
H
V
 
Q
R
 
R
P
 
P
M
 
T
A
 
L
A
 
T
S
 
G
R
 
R
E
 
P
A
 
I
M
 
A
D
 
E
D
 
E
L
 
M
K
 
E
R
 
A
I
 
V
L
 
L
D
 
R
G
 
E
R
 
R
A
 
E
A
 
A
F
 
L
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

2iyvA Shikimate kinase from mycobacterium tuberculosis in complex with adp, open lid (conf. B) (see paper)
30% identity, 48% coverage: 142:291/311 of query aligns to 6:153/179 of 2iyvA

query
sites
2iyvA
L
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
R
 
P
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
I
G
 
G
Q
 
R
M
 
R
L
 
L
A
 
A
D
 
K
D
 
A
L
 
L
E
 
G
L
 
V
P
 
G
F
 
L
I
 
L
E
 
D
L
 
T
G
 
D
R
 
V
E
 
A
V
 
I
E
 
E
K
 
Q
L
 
R
A
 
T
G
 
G
C
 
R
S
 
S
V
 
I
R
 
A
E
 
D
I
 
I
H
 
F
D
 
A
L
 
T
Y
 
D
G
 
G
T
 
E
N
 
Q
A
 
E
Y
 
F
R
 
R
R
 
R
Y
 
I
E
 
E
R
 
E
R
 
D
A
 
V
L
 
V
E
 
R
E
 
A
T
 
A
V
 
L
Q
 
A
I
 
D
Y
 
H
S
 
-
E
 
D
V
 
G
V
 
V
I
 
L
A
 
S
T
 
L
P
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
A
V
 
V
S
 
T
D
 
S
P
 
P
A
 
G
T
 
V
F
 
R
N
 
A
E
 
A
L
 
L
L
 
A
A
 
G
H
 
H
C
 
-
T
 
T
T
 
V
V
 
V
W
 
Y
L
 
L
R
 
E
A
 
I
R
 
S
P
 
A
E
 
A
E
 
E
H
 
G
M
 
V
G
 
R
R
|
R
V
 
T
A
 
G
A
 
G
Q
 
N
G
 
-
D
 
T
V
 
V
R
 
R
P
 
P
M
 
L
A
 
L
A
 
A
S
 
G
R
 
P
E
 
D
A
 
R
M
 
A
D
 
E
D
 
K
L
 
Y
K
 
R
R
 
A
I
 
L
L
 
M
D
 
A
G
 
K
R
 
R
A
 
A
A
 
P
F
 
L
Y
 
Y
S
 
R
K
 
R
-
 
V
A
 
A
D
 
T
L
 
M
Q
 
R
V
 
V
D
 
D
T
 
T
S
 
N
G
 
R
R
|
R
T
 
N

Sites not aligning to the query:

P07547 Pentafunctional AROM polypeptide; EC 4.2.3.4; EC 2.5.1.19; EC 2.7.1.71; EC 4.2.1.10; EC 1.1.1.25 from Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (Aspergillus nidulans) (see 2 papers)
36% identity, 30% coverage: 130:222/311 of query aligns to 855:949/1583 of P07547

query
sites
P07547
A
 
A
A
 
A
V
 
S
D
 
G
P
 
P
A
 
D
R
 
R
S
 
A
R
 
N
-
 
A
R
 
S
I
 
I
A
 
Y
L
 
I
V
 
I
G
 
G
L
 
M
R
 
R
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
A
G
 
G
Q
 
N
M
 
W
L
 
V
A
 
S
D
 
K
D
 
A
L
 
L
E
 
N
L
 
R
P
 
P
F
 
F
I
 
V
E
 
D
L
 
L
G
 
D
R
 
T
E
 
E
V
 
L
E
 
E
K
 
T
L
 
V
A
 
E
G
 
G
C
 
M
S
 
T
V
 
I
R
 
P
E
 
D
I
 
I
H
 
I
D
 
K
L
 
T
Y
 
R
G
 
G
T
 
W
N
 
Q
A
 
G
Y
 
F
R
 
R
R
 
N
Y
 
A
E
 
E
R
 
L
R
 
E
A
 
I
L
 
L
E
 
K
E
 
R
T
 
T
V
 
L
Q
 
K
I
 
E
Y
 
R
S
 
S
E
 
R
-
 
G
V
 
Y
V
 
V
I
 
F
A
 
A
T
 
C
P
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
V
V
 
V
S
 
E
D
 
M
P
 
P

Sites not aligning to the query:

1e6cA K15m mutant of shikimate kinase from erwinia chrysanthemi (see paper)
31% identity, 45% coverage: 140:278/311 of query aligns to 5:143/170 of 1e6cA

query
sites
1e6cA
I
 
I
A
 
F
L
 
M
V
 
V
G
 
G
L
 
A
R
|
R
G
|
G
A
 
C
G
 
G
K
x
M
S
x
T
T
 
T
L
 
V
G
 
G
Q
 
R
M
 
E
L
 
L
A
 
A
D
 
R
D
 
A
L
 
L
E
 
G
L
 
Y
P
 
E
F
 
F
I
 
V
E
 
D
L
 
T
G
 
D
R
 
I
E
 
F
V
 
M
E
 
Q
K
 
H
L
 
T
A
 
S
G
 
G
C
 
M
S
 
T
V
 
V
R
 
A
E
 
D
I
 
V
H
 
V
D
 
A
L
 
A
Y
 
E
G
 
G
T
 
W
N
 
P
A
 
G
Y
 
F
R
 
R
R
 
R
Y
 
R
E
 
E
R
 
S
R
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
E
 
A
T
 
V
V
 
A
Q
 
T
I
 
-
Y
 
-
S
 
P
E
 
N
V
 
R
V
 
V
I
 
V
A
 
A
T
 
T
P
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
M
V
 
V
S
 
L
D
 
L
P
 
E
A
 
Q
T
 
N
F
 
R
N
 
Q
E
 
F
L
 
M
L
 
R
A
 
A
H
 
H
C
 
G
T
 
T
T
 
V
V
 
V
W
 
Y
L
 
L
R
 
F
A
 
A
R
 
P
P
 
A
E
 
E
E
 
E
H
 
L
M
 
A
G
 
L
R
 
R
V
 
L
A
 
Q
A
 
A
-
 
S
-
 
L
Q
 
Q
G
 
A
D
 
H
V
 
Q
R
 
R
P
 
P
M
 
T
A
 
L
A
 
T
S
 
G
R
 
R
E
 
P
A
 
I
M
 
A
D
 
E
D
 
E
L
 
M
K
 
E
R
 
A
I
 
V
L
 
L
D
 
R
G
 
E
R
 
R
A
 
E
A
 
A
F
 
L
Y
 
Y

2shkB The three-dimensional structure of shikimate kinase from erwinia chrysanthemi complexed with adp (see paper)
32% identity, 45% coverage: 140:278/311 of query aligns to 5:133/162 of 2shkB

query
sites
2shkB
I
 
I
A
 
F
L
 
M
V
 
V
G
 
G
L
 
A
R
 
R
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
V
G
 
G
Q
 
R
M
 
E
L
 
L
A
 
A
D
 
R
D
 
A
L
 
L
E
 
G
L
 
Y
P
 
E
F
 
F
I
 
V
E
 
D
L
 
T
G
 
D
R
 
I
E
 
F
V
 
M
E
 
Q
K
 
H
L
 
T
A
 
S
G
 
G
C
 
M
S
 
T
V
 
V
R
 
A
E
 
D
I
 
V
H
 
V
D
 
A
L
 
A
Y
 
E
G
 
G
T
 
W
N
 
P
A
 
G
Y
 
F
R
 
R
R
 
R
Y
 
R
E
 
E
R
 
S
R
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
E
 
A
T
 
V
V
 
A
Q
 
T
I
 
-
Y
 
-
S
 
P
E
 
N
V
 
R
V
 
V
I
 
V
A
 
A
T
 
T
P
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
M
V
 
V
S
 
L
D
 
L
P
 
E
A
 
Q
T
 
N
F
 
R
N
 
Q
E
 
F
L
 
M
L
 
R
A
 
A
H
 
H
C
 
G
T
 
T
T
 
V
V
 
V
W
 
Y
L
 
L
R
 
F
A
 
A
R
 
P
P
 
A
E
 
E
E
 
E
H
 
L
M
 
A
G
 
L
R
|
R
V
 
L
A
 
Q
A
 
L
Q
 
T
G
 
G
D
 
-
V
 
-
R
 
R
P
 
P
M
 
I
A
 
A
A
 
-
S
 
-
R
 
-
E
 
-
A
 
-
M
 
-
D
 
E
D
 
E
L
 
M
K
 
E
R
 
A
I
 
V
L
 
L
D
 
R
G
 
E
R
 
R
A
 
E
A
 
A
F
 
L
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

6hqvA Pentafunctional arom complex from chaetomium thermophilum (see paper)
34% identity, 28% coverage: 133:219/311 of query aligns to 837:926/1555 of 6hqvA

query
sites
6hqvA
D
 
D
P
 
P
A
 
T
R
 
G
S
 
T
-
 
D
R
 
R
R
 
S
I
 
I
A
 
F
L
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
M
R
 
R
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
A
G
 
G
Q
 
R
M
 
W
L
 
M
A
 
S
D
 
E
D
 
L
L
 
L
E
 
K
L
 
R
P
 
P
F
 
L
I
 
V
E
 
D
L
 
L
G
x
D
R
 
A
E
 
E
V
 
L
E
 
E
K
 
R
L
 
R
A
 
E
G
 
G
C
 
M
S
 
T
V
 
I
R
 
P
E
 
E
-
 
I
I
 
I
H
 
R
D
 
G
L
 
E
Y
 
R
G
 
G
T
 
W
N
 
E
A
 
G
Y
 
F
R
 
R
R
 
Q
Y
 
A
E
 
E
R
 
L
R
 
E
A
 
L
L
 
L
E
 
Q
E
 
D
T
 
V
V
 
I
Q
 
K
I
 
N
Y
 
Q
S
 
S
E
 
K
-
 
G
V
 
Y
V
 
I
I
 
F
A
 
S
T
 
C
P
 
G
G
|
G
G
|
G
I
 
I
V
 
V

Sites not aligning to the query:

1shkA The three-dimensional structure of shikimate kinase from erwinia chrysanthemi (see paper)
31% identity, 40% coverage: 140:264/311 of query aligns to 5:127/158 of 1shkA

query
sites
1shkA
I
 
I
A
 
F
L
 
M
V
 
V
G
 
G
L
 
A
R
 
R
G
 
G
A
 
C
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
V
G
 
G
Q
 
R
M
 
E
L
 
L
A
 
A
D
 
R
D
 
A
L
 
L
E
 
G
L
 
Y
P
 
E
F
 
F
I
 
V
E
 
D
L
 
T
G
 
D
R
 
I
E
 
F
V
 
M
E
 
Q
K
 
H
L
 
T
A
 
S
G
 
G
C
 
M
S
 
T
V
 
V
R
 
A
E
 
D
I
 
V
H
 
V
D
 
A
L
 
A
Y
 
E
G
 
G
T
 
W
N
 
P
A
 
G
Y
 
F
R
 
R
R
 
R
Y
 
R
E
 
E
R
 
S
R
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
E
 
A
T
 
V
V
 
A
Q
 
T
I
 
-
Y
 
-
S
 
P
E
 
N
V
 
R
V
 
V
I
 
V
A
 
A
T
 
T
P
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
M
V
 
V
S
 
L
D
 
L
P
 
E
A
 
Q
T
 
N
F
 
R
N
 
Q
E
 
F
L
 
M
L
x
R
A
|
A
H
 
H
C
x
G
T
 
T
T
 
V
V
 
V
W
 
Y
L
 
L
R
 
F
A
 
A
R
 
P
P
 
A
E
 
E
E
 
E
H
 
L
M
 
A
G
 
L
R
 
R
V
 
L
A
 
Q
A
 
I
Q
 
A
G
 
E
D
 
E
V
 
M
R
 
E
P
 
A
M
 
V
A
 
L
A
 
R
S
 
E
R
 
R
E
 
E
A
 
A
M
 
L

Sites not aligning to the query:

C1CYP4 HTH-type transcriptional regulator DdrOC from Deinococcus deserti (strain DSM 17065 / CIP 109153 / LMG 22923 / VCD115) (see paper)
44% identity, 20% coverage: 34:94/311 of query aligns to 5:65/129 of C1CYP4

query
sites
C1CYP4
E
 
E
R
 
R
V
 
L
R
 
R
S
 
E
L
 
L
R
 
R
A
 
S
R
 
E
R
 
R
G
 
G
L
 
L
T
 
R
R
 
L
K
 
K
A
 
D
V
 
V
A
 
A
L
 
E
A
 
V
A
 
A
D
 
Q
V
 
I
S
 
S
E
 
V
R
 
P
H
 
Y
L
 
L
A
 
S
N
 
D
L
 
L
E
 
E
Y
 
R
G
 
G
T
 
R
G
 
T
N
 
N
V
 
P
S
 
S
I
 
L
L
 
E
V
 
T
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
T
V
 
L
A
 
A
G
 
G
A
 
A
L
 
Y
Q
 
N
C
 
I
S
 
T
M
 
V
A
 
H
E
 
D
L
 
L
L
 
L
G
 
E
D
 
G
V
 
V

Sites not aligning to the query:

7tbvA Crystal structure of the shikimate kinase + 3-dehydroquinate dehydratase + 3-dehydroshikimate dehydrogenase domains of aro1 from candida albicans (see paper)
29% identity, 27% coverage: 135:219/311 of query aligns to 1:86/682 of 7tbvA

query
sites
7tbvA
A
 
S
R
 
S
S
 
D
R
 
K
R
 
S
I
 
I
A
 
I
L
 
V
V
 
I
G
 
G
L
 
M
R
 
R
G
 
G
A
 
T
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
G
 
S
Q
 
E
M
 
W
L
 
L
A
 
A
D
 
S
D
 
F
L
 
L
E
 
G
L
 
F
P
 
K
F
 
M
I
 
L
E
 
D
L
 
M
G
 
D
R
 
K
E
 
Y
V
 
L
E
 
E
K
 
E
L
 
K
A
 
L
G
 
G
C
 
T
S
 
G
V
 
I
R
 
K
E
 
S
I
 
L
H
 
I
D
 
K
L
 
A
Y
 
K
G
 
G
T
 
W
N
 
E
A
 
Y
Y
 
F
R
 
R
R
 
Q
Y
 
E
E
 
E
R
 
A
R
 
I
A
 
V
L
 
A
E
 
K
E
 
E
T
 
C
V
 
F
Q
 
T
I
 
K
Y
 
F
S
 
S
E
 
K
-
 
G
V
 
Y
V
 
V
I
 
L
A
 
S
T
 
T
P
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
V
 
V

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_038211563.1 NCBI__GCF_000745855.1:WP_038211563.1
MTDQESALAVRPAQEHAAAEPAESRDPLLTAVGERVRSLRARRGLTRKAVALAADVSERH
LANLEYGTGNVSILVLQQVAGALQCSMAELLGDVTTSSPEWLLIRELLENRSEPDLRRVR
MAIGELLGTAAVDPARSRRIALVGLRGAGKSTLGQMLADDLELPFIELGREVEKLAGCSV
REIHDLYGTNAYRRYERRALEETVQIYSEVVIATPGGIVSDPATFNELLAHCTTVWLRAR
PEEHMGRVAAQGDVRPMAASREAMDDLKRILDGRAAFYSKADLQVDTSGRTLQQAFEALR
TAVRQAMAEAG

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory