SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_038856565.1 NCBI__GCF_001277175.1:WP_038856565.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 4 hits to proteins with known functional sites (download)

P15030 Fe(3+) dicitrate transport system permease protein FecC; Iron(III) dicitrate transport system permease protein FecC from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
39% identity, 85% coverage: 45:329/335 of query aligns to 48:331/332 of P15030

query
sites
P15030
T
 
T
G
 
P
T
 
T
C
 
L
R
 
P
E
 
E
A
 
A
D
 
-
C
 
-
T
 
-
I
 
L
V
 
V
L
 
Q
D
 
N
A
 
L
R
|
R
L
 
L
P
 
P
R
|
R
T
 
S
L
 
L
A
 
V
G
 
A
I
 
V
V
 
L
A
 
I
G
 
G
L
 
A
S
 
S
L
 
L
G
 
A
L
 
L
A
 
A
G
 
G
A
 
T
L
 
L
M
 
L
Q
 
Q
T
 
T
L
 
L
T
 
T
R
 
H
N
 
N
P
 
P
L
 
M
A
 
A
D
 
S
P
 
P
G
 
S
L
 
L
L
 
L
G
 
G
V
 
I
N
 
N
S
 
S
G
 
G
A
 
A
S
 
A
F
 
L
A
 
A
I
 
M
V
 
A
L
 
L
G
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
W
 
-
G
 
-
V
 
-
S
 
-
D
 
S
P
 
P
L
 
T
H
 
P
I
 
I
L
 
A
A
 
G
L
 
Y
A
 
S
L
 
L
-
 
S
-
 
F
-
 
I
-
 
A
-
 
A
C
 
C
G
 
G
A
 
G
L
 
G
A
 
V
A
 
S
T
 
W
L
 
L
V
 
L
V
 
V
A
 
M
F
 
T
T
 
A
G
 
G
S
 
G
A
 
G
G
 
F
G
 
R
G
 
H
Q
 
T
L
 
H
S
 
D
P
 
R
V
 
N
R
 
K
L
 
L
T
 
I
L
 
L
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
L
 
L
A
 
S
A
 
A
V
 
F
L
 
C
E
 
M
G
 
G
L
 
L
S
 
T
G
 
R
G
 
I
I
 
T
A
 
L
L
 
L
L
 
L
N
 
A
P
 
E
V
 
D
V
 
H
Y
 
A
D
 
Y
Q
 
G
L
 
I
R
 
F
F
 
Y
W
 
W
Q
 
L
A
 
A
G
 
G
S
 
G
L
 
V
D
 
S
I
 
H
R
 
A
T
 
R
L
 
W
T
 
Q
T
 
D
L
 
V
K
 
W
A
 
Q
I
 
L
V
 
L
P
 
P
V
 
V
V
 
V
L
 
V
T
 
T
G
 
A
A
 
V
V
 
P
I
 
V
A
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
L
G
 
A
R
 
N
A
 
Q
L
 
L
N
 
N
S
 
L
L
 
L
S
 
N
M
 
L
G
 
S
S
 
D
D
 
S
T
 
T
A
 
A
T
 
H
A
 
T
L
 
L
G
 
G
S
 
V
R
 
N
V
 
L
A
 
T
R
 
R
T
 
L
Q
 
R
V
 
L
F
 
V
G
 
I
L
 
N
I
 
M
A
 
L
I
 
V
T
 
L
L
 
L
L
 
L
C
 
V
A
 
G
S
 
A
A
 
C
T
 
V
A
 
S
V
 
V
V
 
A
G
 
G
P
 
P
I
 
V
A
 
A
F
 
F
I
 
I
G
 
G
L
 
L
M
 
L
M
 
V
P
 
P
H
 
H
L
 
L
A
 
A
R
 
R
W
 
F
L
 
W
V
 
A
G
 
G
A
 
F
D
 
D
H
 
Q
R
 
R
W
 
N
S
 
V
L
 
L
P
 
P
V
 
V
T
 
S
L
 
M
L
 
L
A
 
L
T
 
G
P
 
A
S
 
T
L
 
L
L
 
M
L
 
L
L
 
L
A
 
A
D
 
D
I
 
V
I
 
L
G
 
A
R
|
R
-
 
A
L
 
L
V
 
A
V
 
F
P
 
P
G
 
G
E
 
D
L
 
L
R
 
P
V
 
A
S
 
G
V
 
A
V
 
V
S
 
L
A
 
A
F
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
S
P
 
P
A
 
C
L
 
F
I
 
V
Y
 
W
L
 
L
V
 
V
R
 
R
Q
 
R
R
 
R

P15029 Fe(3+) dicitrate transport system permease protein FecD; Iron(III) dicitrate transport system permease protein FecD from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
36% identity, 91% coverage: 26:329/335 of query aligns to 19:318/318 of P15029

query
sites
P15029
L
 
L
S
 
S
L
 
L
L
 
H
A
 
M
G
 
G
A
 
V
K
 
I
S
 
P
L
 
V
P
 
P
F
 
W
-
 
R
S
 
A
L
 
L
V
 
L
M
 
T
D
 
D
A
 
W
L
 
Q
T
 
A
G
 
G
T
 
-
C
 
-
R
 
-
E
 
H
A
 
E
D
 
H
C
 
Y
T
 
Y
I
 
V
V
 
L
L
 
M
D
 
E
A
 
Y
R
|
R
L
 
L
P
 
P
R
|
R
T
 
L
L
 
L
A
 
L
G
 
A
I
 
L
V
 
F
A
 
V
G
 
G
L
 
A
S
 
A
L
 
L
G
 
A
L
 
V
A
 
A
G
 
G
A
 
V
L
 
L
M
 
I
Q
 
Q
T
 
G
L
 
I
T
 
V
R
 
R
N
 
N
P
 
P
L
 
L
A
 
A
D
 
S
P
 
P
G
 
D
L
 
I
L
 
L
G
 
G
V
 
V
N
 
N
S
 
H
G
 
A
A
 
A
S
 
S
F
 
L
A
 
A
I
 
S
V
 
V
L
 
-
G
 
G
A
 
A
A
 
L
L
 
L
W
 
L
G
 
M
V
 
P
S
 
S
D
 
L
P
 
P
L
 
V
H
 
M
I
 
V
L
 
L
A
 
P
L
 
L
-
 
L
A
 
A
L
 
F
C
 
A
G
 
G
A
 
G
L
 
M
A
 
A
A
 
G
T
 
L
L
 
I
V
 
L
V
 
L
A
 
K
F
 
M
T
 
L
G
 
A
S
 
K
A
 
T
G
 
H
G
 
-
G
 
-
Q
 
-
L
 
-
S
 
Q
P
 
P
V
 
M
R
 
K
L
 
L
T
 
A
L
 
L
A
 
T
G
 
G
V
 
V
A
 
A
L
 
L
A
 
S
A
 
A
V
 
C
L
 
W
E
 
A
G
 
S
L
 
L
S
 
T
G
 
D
G
 
Y
I
 
L
A
 
M
L
 
L
L
 
S
N
 
R
P
 
P
V
 
Q
V
 
D
Y
 
V
D
 
N
Q
 
N
L
 
A
R
 
L
F
 
L
W
 
W
Q
 
L
A
 
T
G
 
G
S
 
S
L
 
L
D
 
W
I
 
G
R
 
R
T
 
D
L
 
W
T
 
S
T
 
F
L
 
V
K
 
K
A
 
I
I
 
A
V
 
I
P
 
P
V
 
L
V
 
M
L
 
I
T
 
L
G
 
F
A
 
L
V
 
P
I
 
L
A
 
S
L
 
L
L
 
S
L
 
F
G
 
C
R
 
R
A
 
D
L
 
L
N
 
D
S
 
L
L
 
L
S
 
A
M
 
L
G
 
G
S
 
D
D
 
A
T
 
R
A
 
A
T
 
T
A
 
T
L
 
L
G
 
G
S
 
V
R
 
S
V
 
V
A
 
P
R
 
H
T
 
T
Q
 
R
V
 
F
F
 
W
G
 
A
L
 
L
I
 
L
A
 
L
I
 
A
T
 
V
L
 
A
L
 
M
C
 
T
A
 
S
S
 
T
A
 
G
T
 
V
A
 
A
V
 
A
V
 
C
G
 
G
P
 
P
I
 
I
A
 
S
F
 
F
I
 
I
G
 
G
L
 
L
M
 
V
M
 
V
P
 
P
H
 
H
L
 
M
A
 
M
R
 
R
W
 
S
L
 
I
V
 
T
G
 
G
A
 
G
D
 
R
H
 
H
R
 
R
W
 
R
S
 
L
L
 
L
P
 
P
V
 
V
T
 
S
L
 
A
L
 
L
A
 
T
T
 
G
P
 
A
S
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
V
L
 
V
A
 
A
D
 
D
I
 
L
I
 
L
G
 
A
R
|
R
L
 
I
V
 
I
V
 
H
P
 
P
G
 
P
-
 
L
E
 
E
L
 
L
R
 
P
V
 
V
S
 
G
V
 
V
V
 
L
S
 
T
A
 
A
F
 
I
I
 
I
G
 
G
A
 
A
P
 
P
A
 
W
L
 
F
I
 
V
Y
 
W
-
 
L
L
 
L
V
 
V
R
 
R
Q
 
M
R
 
R

P06972 Iron(3+)-hydroxamate import system permease protein FhuB; Ferric hydroxamate uptake protein B; Ferrichrome transport system permease protein FhuB; Ferrichrome uptake protein FhuB; Iron(III)-hydroxamate import system permease protein FhuB from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
34% identity, 94% coverage: 14:329/335 of query aligns to 354:658/660 of P06972

query
sites
P06972
G
 
G
C
 
G
L
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
M
L
 
A
L
 
V
M
 
V
V
 
V
A
 
A
L
 
L
S
 
S
L
 
F
L
 
G
A
 
R
G
 
D
A
 
A
K
 
H
S
 
G
L
 
W
P
 
T
F
 
W
S
 
A
L
 
-
V
 
-
M
 
-
D
 
-
A
 
-
L
 
-
T
 
S
G
 
G
T
 
A
C
 
L
R
 
L
E
 
E
A
 
D
D
 
-
C
 
-
T
 
-
I
 
-
V
 
L
L
 
M
D
 
P
A
 
W
R
|
R
L
 
W
P
 
P
R
 
R
T
 
I
L
 
M
A
 
A
G
 
A
I
 
L
V
 
F
A
 
A
G
 
G
L
 
V
S
 
M
L
 
L
G
 
A
L
 
V
A
 
A
G
 
G
A
 
C
L
 
I
M
 
I
Q
 
Q
T
 
R
L
 
L
T
 
T
R
 
G
N
 
N
P
 
P
L
 
M
A
 
A
D
 
S
P
 
P
G
 
E
L
 
V
L
 
L
G
 
G
V
 
I
N
 
S
S
 
S
G
 
G
A
 
A
S
 
A
F
 
F
A
 
G
I
 
V
V
 
V
L
 
L
G
 
M
A
 
L
A
 
F
L
 
L
W
 
V
G
 
P
V
 
G
S
 
N
D
 
A
P
 
F
L
 
G
H
 
W
I
 
L
L
 
L
A
 
P
L
 
A
A
 
G
L
 
S
C
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
A
A
 
V
A
 
T
T
 
L
L
 
L
V
 
I
V
 
I
A
 
M
F
 
I
T
 
-
G
 
-
S
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
R
G
 
G
Q
 
G
L
 
F
S
 
S
P
 
P
V
 
H
R
 
R
L
 
M
T
 
L
L
 
L
A
 
A
G
 
G
V
x
M
A
 
A
L
 
L
A
 
S
A
 
T
V
 
A
L
 
F
E
 
T
G
x
M
L
 
L
S
 
L
G
x
M
G
 
M
I
 
L
A
 
Q
L
 
A
L
 
S
N
 
G
P
 
D
V
 
P
V
 
R
Y
 
M
D
 
A
Q
|
Q
L
 
V
R
 
L
F
x
T
W
 
W
Q
 
I
A
 
S
G
 
G
S
|
S
L
 
-
D
 
-
I
 
-
R
 
-
T
 
-
L
 
-
T
 
T
T
x
Y
L
 
N
K
 
A
A
 
T
I
 
D
V
 
A
P
 
Q
V
 
V
V
 
W
L
 
R
T
 
T
G
 
G
A
 
I
V
 
V
I
 
M
A
 
V
L
 
I
L
 
L
L
 
L
G
 
A
-
 
I
-
 
T
-
 
P
-
 
L
-
 
C
-
 
R
R
 
R
A
 
W
L
 
L
N
 
T
S
 
I
L
 
L
S
 
P
M
 
L
G
 
G
S
 
G
D
 
D
T
 
T
A
 
A
T
 
R
A
 
A
L
 
V
G
 
G
S
 
M
R
 
A
V
 
L
A
 
T
R
 
P
T
 
T
Q
 
R
V
 
I
F
 
A
G
 
L
L
 
L
I
 
L
A
 
L
I
 
A
T
 
A
L
 
C
L
 
L
C
 
T
A
 
A
S
 
T
A
 
A
T
 
T
A
 
M
V
 
T
V
 
I
G
 
G
P
 
P
I
 
L
A
 
S
F
 
F
I
 
V
G
 
G
L
 
L
M
 
M
M
 
A
P
 
P
H
 
H
L
 
I
A
 
A
R
 
R
W
 
-
L
 
M
V
 
M
G
 
G
A
 
-
D
 
-
H
 
F
R
 
R
W
 
R
S
 
T
L
 
M
P
 
P
-
 
H
-
 
I
-
 
V
V
 
I
T
 
S
L
 
A
L
 
L
A
 
V
T
 
G
P
 
G
S
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
V
L
 
F
A
 
A
D
 
D
I
 
W
I
 
C
G
 
G
R
 
R
L
 
M
V
 
V
V
 
L
-
 
F
P
 
P
G
 
F
E
x
Q
L
 
I
R
 
P
V
 
A
S
 
G
V
 
L
V
 
L
S
 
S
A
 
T
F
 
F
I
 
I
G
 
G
A
 
A
P
 
P
A
 
Y
L
 
F
I
 
I
Y
 
Y
L
 
L
V
 
L
R
 
R
Q
 
K
R
 
Q

Sites not aligning to the query:

5b57A Inward-facing conformation of abc heme importer bhuuv from burkholderia cenocepacia (see paper)
37% identity, 96% coverage: 12:331/335 of query aligns to 9:329/330 of 5b57A

query
sites
5b57A
V
 
V
L
 
L
G
 
A
C
 
A
L
 
L
L
 
A
L
 
I
L
 
L
L
 
M
L
 
G
L
 
A
M
 
M
V
 
S
A
 
V
L
 
V
S
 
A
L
 
L
L
 
C
A
 
V
G
 
G
A
 
A
K
 
Y
S
 
R
L
 
I
P
 
P
F
 
L
S
 
A
L
 
E
V
 
A
M
 
W
D
 
A
A
 
A
L
 
L
T
 
S
G
 
G
T
 
D
-
 
P
C
 
A
R
 
A
E
 
Q
A
 
Q
D
 
A
C
 
R
T
 
A
I
 
V
V
 
L
L
 
L
D
|
D
A
 
I
R
 
R
L
 
A
P
 
P
R
 
R
T
 
V
L
 
V
A
 
L
G
 
A
I
 
L
V
x
L
A
 
V
G
 
G
L
 
G
S
 
G
L
 
F
G
 
G
L
 
A
A
 
T
G
 
G
A
 
A
L
 
A
M
 
M
Q
 
Q
T
 
A
L
 
L
T
 
F
R
 
R
N
 
N
P
 
P
L
 
L
A
 
A
D
 
D
P
 
P
G
 
G
L
 
L
L
 
V
G
 
G
V
 
V
N
 
S
S
 
S
G
 
G
A
 
A
S
 
A
F
 
-
A
 
-
I
 
-
V
 
-
L
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
T
L
 
T
W
 
L
G
 
I
V
 
V
S
 
L
D
 
G
P
 
P
L
 
A
H
 
S
I
 
A
L
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
P
L
 
V
C
 
A
-
 
A
-
 
F
-
 
A
G
 
G
A
 
G
L
 
L
A
 
A
A
 
V
T
 
A
L
 
A
V
 
L
V
 
V
A
 
-
F
 
Y
T
 
R
G
 
L
S
 
A
A
 
A
G
 
S
G
 
R
G
 
G
Q
 
R
L
 
L
S
 
A
P
 
L
V
 
P
R
 
L
L
 
L
T
 
L
L
 
L
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
L
 
I
A
 
N
A
 
A
V
 
L
L
 
V
E
 
-
G
 
-
L
 
-
S
 
G
G
 
A
G
 
A
I
 
I
A
 
G
L
 
L
L
 
L
N
 
T
P
 
F
V
 
V
V
 
A
Y
 
D
D
 
D
-
 
A
Q
 
Q
L
 
L
R
 
R
-
 
S
-
 
L
-
 
T
F
 
F
W
 
W
Q
 
S
A
 
L
G
 
G
S
 
S
L
 
L
D
 
G
I
 
G
R
 
A
T
 
Q
L
x
W
T
 
P
T
 
T
L
 
L
K
x
A
A
 
A
I
 
V
V
x
A
P
 
P
V
 
C
V
 
V
L
 
A
T
 
L
G
 
G
A
 
G
V
 
V
I
 
L
A
 
L
L
 
V
L
 
R
L
 
E
G
 
R
R
 
D
A
 
A
L
 
L
N
 
N
S
 
A
L
 
L
S
 
Q
M
 
L
G
 
G
S
 
E
D
 
T
T
 
E
A
 
A
T
 
L
A
 
H
L
 
L
G
 
G
S
 
V
R
 
P
V
 
V
A
 
Q
R
 
R
T
 
L
Q
 
K
V
 
R
F
 
R
G
 
V
L
 
L
I
 
V
A
 
A
I
 
V
T
 
A
L
 
L
L
 
A
C
 
V
A
 
G
S
 
A
A
 
L
T
 
V
A
 
S
V
 
C
V
 
A
G
 
G
P
 
I
I
 
I
A
 
G
F
 
F
I
 
I
G
 
G
L
 
L
M
 
V
M
 
A
P
 
P
H
 
H
L
 
C
A
 
V
R
 
R
W
 
L
L
 
A
V
 
C
G
 
G
A
 
P
D
 
D
H
 
Q
R
 
R
W
 
I
S
 
V
L
 
L
P
 
P
V
 
G
T
 
A
L
 
A
L
 
L
A
 
L
T
 
G
P
 
A
S
 
L
L
 
L
L
 
T
L
 
L
L
 
A
A
 
A
D
 
D
I
 
L
I
 
A
G
 
A
R
 
R
L
 
T
V
 
V
-
 
A
V
 
A
P
 
P
G
 
A
E
 
D
L
 
I
R
 
P
V
 
L
S
 
G
V
 
V
V
 
L
S
 
T
A
 
A
F
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
A
P
 
P
A
 
F
L
 
F
I
 
L
Y
 
A
L
 
L
V
 
L
R
 
W
Q
 
K
R
 
N
R
 
R
G
 
G

Query Sequence

>WP_038856565.1 NCBI__GCF_001277175.1:WP_038856565.1
MSASRLSSRMVVLGCLLLLLLLMVALSLLAGAKSLPFSLVMDALTGTCREADCTIVLDAR
LPRTLAGIVAGLSLGLAGALMQTLTRNPLADPGLLGVNSGASFAIVLGAALWGVSDPLHI
LALALCGALAATLVVAFTGSAGGGQLSPVRLTLAGVALAAVLEGLSGGIALLNPVVYDQL
RFWQAGSLDIRTLTTLKAIVPVVLTGAVIALLLGRALNSLSMGSDTATALGSRVARTQVF
GLIAITLLCASATAVVGPIAFIGLMMPHLARWLVGADHRWSLPVTLLATPSLLLLADIIG
RLVVPGELRVSVVSAFIGAPALIYLVRQRRGGASL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory