SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_040535326.1 NCBI__GCF_000469325.1:WP_040535326.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 3 hits to proteins with known functional sites (download)

P39841 Putative mannose-6-phosphate isomerase YvyI; Phosphohexomutase; Phosphomannose isomerase; PMI; EC 5.3.1.8 from Bacillus subtilis (strain 168)
48% identity, 98% coverage: 1:318/324 of query aligns to 1:314/316 of P39841

query
sites
P39841
M
 
M
A
 
T
I
 
Q
E
 
S
P
 
P
L
 
I
F
 
F
L
 
L
H
 
T
P
 
P
Y
 
V
F
 
F
Q
 
K
P
 
E
K
 
K
I
 
I
W
 
W
G
 
G
G
 
G
R
 
T
K
 
A
L
 
L
A
 
R
S
 
D
E
 
R
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
K
 
S
I
 
I
P
 
P
D
 
S
G
 
E
K
 
S
I
 
T
G
 
G
E
 
E
C
 
C
W
 
W
A
 
A
I
 
I
S
 
S
A
 
A
H
 
H
P
 
P
H
 
K
G
 
G
P
 
P
S
 
S
R
 
T
V
 
V
I
 
A
N
 
N
G
 
G
P
 
P
L
 
Y
A
 
K
G
 
G
L
 
K
A
 
T
L
 
L
D
 
I
D
 
E
A
 
L
Y
 
W
K
 
E
L
 
E
H
 
H
P
 
R
E
 
E
Y
 
V
F
 
F
G
 
G
D
 
G
P
 
V
S
 
E
E
 
G
K
 
D
V
 
R
F
 
F
P
 
P
L
 
L
L
 
L
T
 
T
K
 
K
I
 
L
L
 
L
D
 
D
A
 
V
E
 
K
A
 
E
S
 
D
L
 
T
S
 
S
V
 
I
Q
 
K
V
 
V
H
|
H
P
 
P
D
 
D
D
 
D
A
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
E
 
G
E
 
E
H
 
N
E
 
E
H
 
E
-
 
G
E
 
E
L
 
L
G
 
G
K
 
K
T
 
T
E
|
E
C
 
C
W
 
W
Y
 
Y
V
 
I
I
 
I
Q
 
D
A
 
C
D
 
K
P
 
E
G
 
N
S
 
A
Y
 
E
L
 
I
I
 
I
Y
 
Y
G
 
G
H
 
H
H
 
T
A
 
A
Q
 
R
T
 
S
R
 
K
Q
 
T
E
 
E
L
 
L
A
 
V
D
 
T
M
 
M
I
 
I
H
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
D
W
 
W
D
 
E
K
 
G
L
 
L
L
 
L
R
 
R
K
 
R
V
 
I
P
 
K
V
 
I
K
 
K
T
 
P
G
 
G
D
 
D
F
 
F
I
 
Y
F
 
Y
V
 
V
P
 
P
S
 
S
G
 
G
T
 
T
I
 
L
H
|
H
A
 
A
L
 
L
N
 
C
K
 
K
G
 
G
I
 
A
M
 
L
V
 
V
L
 
L
E
 
E
T
 
T
Q
 
Q
Q
 
Q
S
 
N
S
 
S
D
 
D
T
 
A
T
 
T
Y
 
Y
R
 
R
L
 
V
Y
 
Y
D
 
D
Y
 
Y
D
 
D
R
 
R
V
 
L
D
 
D
A
 
S
K
 
-
T
 
N
G
 
G
K
 
S
K
 
P
R
 
R
D
 
E
L
 
L
H
 
H
L
 
F
Q
 
A
Q
 
K
S
 
A
I
 
V
D
 
N
V
 
A
T
 
A
N
 
T
V
 
V
P
 
P
H
 
H
H
 
V
D
 
D
P
 
G
K
 
Y
L
 
I
D
 
D
I
 
E
Q
 
S
T
 
T
E
 
E
Q
 
S
R
 
R
G
 
K
A
 
G
S
 
I
T
 
T
F
 
I
T
 
K
T
 
T
Y
 
F
V
 
V
Q
 
Q
P
 
-
P
 
-
I
 
-
S
 
G
P
 
E
F
 
Y
F
 
F
S
 
S
V
 
V
W
 
Y
Q
 
K
W
 
W
R
 
D
I
 
I
K
 
N
D
 
G
K
 
E
Q
 
A
A
 
E
L
 
M
H
 
A
H
 
Q
V
 
-
S
 
D
A
 
E
P
 
S
Y
 
F
T
 
L
L
 
I
V
 
C
S
 
S
V
 
V
L
 
I
A
 
E
G
 
G
D
 
S
G
 
G
T
 
L
L
 
L
T
 
K
A
 
Y
D
 
E
G
 
D
D
 
K
P
 
T
Y
 
C
E
 
P
L
 
L
H
 
K
K
 
K
G
 
G
M
 
D
H
 
H
F
 
F
I
 
I
I
 
L
P
 
P
A
 
A
Q
 
Q
I
 
M
K
 
P
D
 
D
W
 
F
T
 
T
V
 
I
D
 
K
G
 
G
D
 
T
M
 
C
Q
 
T
I
 
L
I
 
I
A
 
V
S
 
S

1qwrA Crystal structure analysis of the mannose 6-phosphate isomerase from bacillus subtilis
48% identity, 97% coverage: 5:318/324 of query aligns to 4:313/315 of 1qwrA

query
sites
1qwrA
P
 
P
L
 
I
F
 
F
L
 
L
H
 
T
P
 
P
Y
 
V
F
 
F
Q
 
K
P
 
E
K
 
K
I
 
I
W
 
W
G
 
G
G
 
G
R
 
T
K
 
A
L
 
L
A
 
R
S
 
D
E
 
R
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
K
 
S
I
 
I
P
 
P
D
 
S
G
 
E
K
 
S
I
 
T
G
 
G
E
 
E
C
 
C
W
 
W
A
 
A
I
 
I
S
 
S
A
 
A
H
 
H
P
 
P
H
 
K
G
 
G
P
 
P
S
 
S
R
 
T
V
 
V
I
 
A
N
 
N
G
 
G
P
 
P
L
 
Y
A
 
K
G
 
G
L
 
K
A
 
T
L
 
L
D
 
I
D
 
E
A
 
L
Y
 
W
K
 
E
L
 
E
H
 
H
P
 
R
E
 
E
Y
 
V
F
 
F
G
 
G
D
 
G
P
 
V
S
 
E
E
 
G
K
 
D
V
 
R
F
 
F
P
 
P
L
 
L
L
 
L
T
 
T
K
 
K
I
 
L
L
 
L
D
 
D
A
 
V
E
 
K
A
 
E
S
 
D
L
 
T
S
 
S
V
 
I
Q
 
K
V
 
V
H
|
H
P
 
P
D
 
D
D
 
D
A
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
E
 
G
E
 
E
H
 
N
E
 
E
H
 
E
-
 
G
E
 
E
L
 
L
G
 
G
K
 
K
T
 
T
E
|
E
C
 
C
W
 
W
Y
 
Y
V
 
I
I
 
I
Q
 
D
A
 
C
D
 
K
P
 
E
G
 
N
S
 
A
Y
 
E
L
 
I
I
 
I
Y
 
Y
G
 
G
H
 
H
H
 
T
A
 
A
Q
 
R
T
 
S
R
 
K
Q
 
T
E
 
E
L
 
L
A
 
V
D
 
T
M
 
M
I
 
I
H
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
D
W
 
W
D
 
E
K
 
G
L
 
L
L
 
L
R
 
R
K
 
R
V
 
I
P
 
K
V
 
I
K
 
K
T
 
P
G
 
G
D
 
D
F
 
F
I
 
Y
F
 
Y
V
 
V
P
 
P
S
 
S
G
 
G
T
 
T
I
 
L
H
|
H
A
 
A
L
 
L
N
 
C
K
 
K
G
 
G
I
 
A
M
 
L
V
 
V
L
 
L
E
 
E
T
 
T
Q
 
Q
Q
 
Q
S
 
N
S
 
S
D
 
D
T
 
A
T
 
T
Y
 
Y
R
 
R
L
 
V
Y
 
Y
D
 
D
Y
 
Y
D
 
D
R
 
R
V
 
L
D
 
D
A
 
S
K
 
-
T
 
N
G
 
G
K
 
S
K
 
P
R
 
R
D
 
E
L
 
L
H
 
H
L
 
F
Q
 
A
Q
 
K
S
 
A
I
 
V
D
 
N
V
 
A
T
 
A
N
 
T
V
 
V
P
 
P
H
 
H
H
 
V
D
 
D
P
 
G
K
 
Y
L
 
I
D
 
D
I
 
E
Q
 
S
T
 
T
E
 
E
Q
 
S
R
 
R
G
 
K
A
 
G
S
 
I
T
 
T
F
 
I
T
 
K
T
 
T
Y
 
F
V
 
V
Q
 
Q
P
 
-
P
 
-
I
 
-
S
 
G
P
 
E
F
 
Y
F
 
F
S
 
S
V
 
V
W
 
Y
Q
 
K
W
 
W
R
 
D
I
 
I
K
 
N
D
 
G
K
 
E
Q
 
A
A
 
E
L
 
M
H
 
A
H
 
Q
V
 
-
S
 
D
A
 
E
P
 
S
Y
 
F
T
 
L
L
 
I
V
 
C
S
 
S
V
 
V
L
 
I
A
 
E
G
 
G
D
 
S
G
 
G
T
 
L
L
 
L
T
 
K
A
 
Y
D
 
E
G
 
D
D
 
K
P
 
T
Y
 
C
E
 
P
L
 
L
H
 
K
K
 
K
G
 
G
M
 
D
H
 
H
F
 
F
I
 
I
I
 
L
P
 
P
A
 
A
Q
 
Q
I
 
M
K
 
P
D
 
D
W
 
F
T
 
T
V
 
I
D
 
K
G
 
G
D
 
T
M
 
C
Q
 
T
I
 
L
I
 
I
A
 
V
S
 
S

1zx5A The structure of a putative mannosephosphate isomerase from archaeoglobus fulgidus
27% identity, 56% coverage: 17:197/324 of query aligns to 20:200/300 of 1zx5A

query
sites
1zx5A
W
 
W
G
 
G
G
 
G
R
 
E
K
 
W
L
 
I
A
 
A
S
 
L
E
 
L
F
 
K
G
 
G
Y
 
F
K
 
R
I
 
-
P
 
-
D
 
Q
G
 
S
K
 
G
I
 
I
G
 
G
E
 
E
C
 
S
W
 
W
A
 
E
I
 
F
S
 
S
A
 
A
H
 
H
P
 
T
H
 
S
G
 
R
P
 
P
S
 
S
R
 
T
V
 
V
I
 
L
N
 
-
G
 
-
P
 
-
L
 
V
A
 
K
G
 
G
-
 
Q
-
 
Q
L
 
L
A
 
S
L
 
M
D
 
I
D
 
E
A
 
L
Y
 
F
K
 
S
L
 
K
H
 
H
P
 
R
-
 
D
E
 
E
Y
 
L
F
 
L
G
 
G
D
 
R
P
 
A
S
 
A
E
 
E
K
 
K
V
 
F
-
 
S
-
 
K
F
 
F
P
 
P
L
 
I
L
 
L
T
 
V
K
 
R
I
 
L
L
 
I
D
 
D
A
 
A
E
 
A
A
 
S
S
x
P
L
x
T
S
x
Q
V
 
V
Q
 
H
V
 
V
H
 
H
P
 
P
D
 
S
D
 
D
A
 
K
Y
 
A
A
 
A
E
 
E
E
 
S
H
 
L
E
 
G
H
 
E
E
 
A
L
 
E
G
 
G
K
 
G
T
 
V
E
 
E
C
 
S
W
 
A
Y
 
W
V
 
L
I
 
V
Q
 
F
A
 
N
D
 
K
P
 
G
G
 
K
S
 
A
Y
 
Y
L
 
A
I
 
G
Y
 
F
G
 
K
H
 
E
H
 
D
A
 
V
Q
 
K
T
 
I
R
 
E
Q
 
E
E
 
L
L
 
E
A
 
E
D
 
K
M
 
L
I
 
K
H
 
E
A
 
E
G
x
D
-
 
F
E
 
D
W
 
F
D
x
K
K
 
T
L
 
L
L
 
L
R
 
N
K
 
T
V
 
F
P
 
E
V
 
T
K
 
T
T
 
P
G
 
Y
D
 
D
F
 
T
I
 
F
F
 
V
V
 
I
P
 
R
S
 
P
G
 
G
T
 
I
I
 
P
H
 
H
A
 
A
L
 
-
N
 
G
K
 
E
G
 
G
I
 
L
M
 
R
V
 
V
L
 
L
E
 
E
T
 
V
Q
 
S
Q
 
S
S
 
N
S
 
S
D
 
T
T
 
L
T
 
A
Y
 
Y
R
 
F
L
 
F
Y
 
N
D
 
E
Y
 
N
D
 
D

Query Sequence

>WP_040535326.1 NCBI__GCF_000469325.1:WP_040535326.1
MAIEPLFLHPYFQPKIWGGRKLASEFGYKIPDGKIGECWAISAHPHGPSRVINGPLAGLA
LDDAYKLHPEYFGDPSEKVFPLLTKILDAEASLSVQVHPDDAYAEEHEHELGKTECWYVI
QADPGSYLIYGHHAQTRQELADMIHAGEWDKLLRKVPVKTGDFIFVPSGTIHALNKGIMV
LETQQSSDTTYRLYDYDRVDAKTGKKRDLHLQQSIDVTNVPHHDPKLDIQTEQRGASTFT
TYVQPPISPFFSVWQWRIKDKQALHHVSAPYTLVSVLAGDGTLTADGDPYELHKGMHFII
PAQIKDWTVDGDMQIIASEPGQQE

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory