SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_041937010.1 NCBI__GCF_000009265.1:WP_041937010.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

8b01B Cryo-em structure of the tripartite atp-independent periplasmic (trap) transporter siaqm from photobacterium profundum in a nanodisc (see paper)
28% identity, 82% coverage: 82:472/475 of query aligns to 43:424/427 of 8b01B

query
sites
8b01B
N
 
Q
Q
 
Q
T
 
M
Y
 
I
S
 
G
V
 
G
I
 
L
Q
 
D
N
 
N
D
 
F
V
 
T
L
 
L
T
 
L
A
 
A
I
 
V
P
 
P
L
 
F
F
 
F
L
 
V
F
 
L
M
 
T
G
 
G
Y
 
H
I
 
L
V
 
M
E
 
N
R
 
S
A
 
A
N
 
G
I
 
I
V
 
T
D
 
E
R
 
R
L
 
I
F
 
F
S
 
N
T
 
F
L
 
A
F
 
K
N
 
A
V
 
M
T
 
V
R
 
G
R
 
H
V
 
I
P
 
T
G
 
G
S
 
S
M
 
L
A
 
G
V
 
H
A
 
V
A
 
N
L
 
I
V
 
L
T
 
A
C
 
S
T
 
L
L
 
L
F
 
F
A
x
S
T
 
G
A
 
M
T
x
S
G
|
G
I
 
S
V
 
A
G
 
L
A
 
A
V
 
D
V
 
A
T
 
G
L
 
G
M
 
L
G
 
G
L
 
Q
L
 
L
A
 
E
L
 
I
P
 
K
A
 
S
M
 
M
L
 
R
K
 
D
A
 
A
K
 
K
Y
 
Y
D
 
D
V
 
D
R
 
D
Y
 
F
A
 
A
T
 
G
G
 
G
V
 
L
I
 
T
C
 
A
A
 
A
G
 
S
G
 
C
T
 
I
L
 
I
G
|
G
I
 
P
L
 
L
I
x
V
P
|
P
P
|
P
S
 
S
I
 
I
L
 
P
L
 
L
I
 
V
V
 
I
Y
 
Y
A
 
G
A
 
V
T
 
V
S
 
S
G
 
N
I
 
T
S
 
S
V
 
I
V
 
G
R
 
A
M
 
L
Y
 
F
A
 
L
A
 
A
A
 
G
L
 
A
L
 
I
P
 
P
G
 
G
L
 
L
-
 
L
-
 
C
A
 
C
L
 
I
A
 
A
G
 
L
F
 
C
Y
 
I
L
 
M
I
 
T
Y
 
Y
V
 
F
V
 
I
V
 
A
R
 
K
A
 
K
I
 
R
L
 
G
Q
 
Y
P
 
M
Q
 
T
L
 
L
A
 
-
P
 
P
R
 
R
P
 
A
T
 
S
K
 
R
E
 
K
D
 
E
V
 
-
G
 
-
E
 
R
H
 
L
T
 
I
P
 
A
V
 
F
Q
 
R
L
 
D
A
 
A
W
 
F
M
 
L
-
 
S
M
 
L
L
 
L
T
 
T
S
 
P
F
 
F
A
 
-
P
 
-
L
 
-
A
 
-
F
 
-
L
 
-
I
 
-
L
 
-
A
 
I
V
 
I
L
 
I
G
 
G
A
 
G
I
 
I
L
 
F
F
 
S
G
 
G
L
 
K
A
 
F
T
 
T
P
 
P
S
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
I
I
 
I
G
 
S
A
 
S
L
 
L
G
 
Y
G
 
A
L
 
L
A
 
F
L
 
L
A
 
G
A
 
T
-
 
V
A
 
V
Y
 
Y
R
 
K
A
 
S
L
 
L
T
 
T
W
 
M
Q
 
D
R
 
K
L
 
F
K
 
I
E
 
K
S
 
L
V
 
V
Y
 
Q
L
 
E
T
 
T
A
 
V
R
 
T
T
 
T
T
 
T
A
 
S
M
 
V
V
 
V
C
 
A
W
 
L
L
 
M
F
 
V
V
 
M
G
 
G
S
 
V
A
 
T
T
 
V
F
 
F
A
 
G
S
 
W
V
 
I
F
 
V
A
 
A
Y
 
R
L
 
E
G
 
Q
G
 
L
Q
 
P
Q
 
Q
F
 
Q
I
 
L
S
 
A
D
 
E
F
 
L
V
 
F
T
 
L
G
 
S
L
 
I
D
 
S
M
 
D
S
 
N
P
 
P
L
 
L
M
 
I
F
 
L
L
 
L
I
 
L
L
 
L
A
 
I
Q
 
N
I
 
L
I
 
L
I
 
L
F
 
L
I
 
F
L
 
L
G
|
G
W
x
T
P
 
F
L
 
I
E
 
E
W
 
S
T
 
L
E
 
A
I
 
L
I
 
L
V
 
L
I
 
L
F
 
L
I
 
V
P
 
P
I
 
F
F
 
L
I
 
V
P
 
P
L
 
V
L
 
A
P
 
T
H
 
S
F
 
V
G
 
G
I
 
I
D
 
D
P
 
P
L
 
V
F
 
H
F
 
F
G
 
G
I
 
V
L
 
M
V
 
A
A
 
I
I
 
L
N
 
N
L
 
L
Q
 
M
T
 
I
A
x
G
F
x
I
L
 
L
S
x
T
P
 
P
P
 
P
M
|
M
A
x
G
M
 
M
S
 
A
A
 
L
Y
 
Y
Y
 
V
L
 
V
K
 
S
G
 
K
V
 
V
S
 
G
-
 
N
-
 
I
P
 
P
P
 
F
H
 
H
V
 
V
K
 
-
L
 
-
T
 
-
D
 
-
I
 
L
F
 
T
R
 
R
G
 
G
M
 
V
M
 
L
P
 
P
Y
 
L
M
 
L
L
 
V
I
 
P
V
 
L
I
 
F
L
 
I
C
 
V
M
 
L
V
 
G
F
 
L
I
 
I
Y
 
I
L
 
V
F
 
F
P
 
P
S
 
Q
I
 
I
V
 
T
Y
 
L
M
 
F
L
 
L
P
 
P
N
 
Q
L
 
L
L
 
V
Y
 
L
G
 
G

8y4wA Sialic acid bound form of tripartite atp-independent periplasmic (trap) transporter from fusobacterium nucleatum.
24% identity, 79% coverage: 93:468/475 of query aligns to 246:612/612 of 8y4wA

query
sites
8y4wA
L
 
L
T
 
L
A
 
S
I
 
V
P
 
P
L
 
F
F
 
F
L
 
I
F
 
L
M
 
T
G
 
G
Y
 
I
I
 
L
V
 
M
E
 
N
R
 
G
A
 
A
N
 
G
I
 
I
V
 
T
D
 
E
R
 
R
L
 
I
F
 
F
S
 
N
T
 
F
L
 
A
F
 
K
N
 
A
V
 
M
T
 
L
R
 
G
R
 
H
V
 
Y
P
 
T
G
 
G
S
 
G
M
 
M
A
 
G
V
 
H
A
 
V
A
 
N
L
 
V
V
 
A
T
 
A
C
 
S
T
 
L
L
 
I
F
 
F
A
 
S
T
 
G
A
 
M
T
 
S
G
 
G
I
x
S
V
x
A
G
 
I
A
 
A
V
 
D
V
 
A
T
 
G
L
 
G
M
 
L
G
 
G
L
 
Q
L
 
L
A
 
E
L
 
I
P
 
K
A
 
A
M
 
M
L
 
R
K
 
D
A
 
E
K
 
G
Y
 
Y
D
 
D
V
 
D
R
 
D
Y
 
I
A
 
C
T
 
G
G
 
G
V
 
L
I
 
T
C
 
A
A
 
A
G
 
S
G
 
C
T
 
I
L
 
I
G
 
G
I
 
P
L
 
L
I
 
V
P
 
P
P
 
P
S
 
S
I
 
I
L
 
S
L
 
M
I
 
I
V
 
I
Y
 
Y
A
 
G
A
 
V
T
 
I
S
 
A
G
 
N
I
 
Q
S
 
S
V
 
I
V
 
A
R
 
K
M
 
L
Y
 
F
A
 
L
A
 
A
A
 
G
L
 
F
L
 
V
P
 
P
G
 
G
L
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
F
 
-
Y
 
-
L
 
F
I
 
L
Y
 
T
V
 
T
V
 
I
V
 
A
R
 
L
A
 
M
I
 
I
L
 
M
Q
 
N
P
 
Y
Q
 
F
L
 
V
A
 
C
P
 
K
R
 
K
P
 
R
T
 
G
K
 
Y
E
 
K
D
 
K
V
 
T
G
 
A
E
 
K
H
 
A
T
 
S
P
 
P
V
 
K
Q
 
E
L
 
R
A
 
W
W
 
I
M
 
A
M
 
F
L
 
K
T
 
K
S
 
S
F
 
F
A
 
W
P
 
A
L
 
L
A
 
L
F
 
T
L
 
P
I
 
I
L
 
L
A
 
-
V
 
I
L
 
I
G
 
G
A
 
G
I
 
I
L
 
F
F
 
S
G
 
G
L
 
I
A
 
F
T
 
T
P
 
P
S
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
V
I
 
I
G
 
A
A
 
T
L
 
F
G
 
Y
G
 
S
L
 
I
A
 
I
L
 
L
A
 
G
A
 
G
-
 
F
A
 
I
Y
 
Y
R
 
K
A
 
E
L
 
L
T
 
T
-
 
V
-
 
K
-
 
S
-
 
F
W
 
F
Q
 
K
R
 
H
L
 
C
K
 
V
E
 
E
S
 
A
V
 
V
Y
 
A
L
 
I
T
 
S
A
 
G
R
 
V
T
 
T
T
 
V
A
 
L
M
 
M
V
 
I
C
 
-
W
 
-
L
 
-
F
 
-
V
 
M
G
 
T
S
 
V
A
 
T
T
 
F
F
 
F
A
 
G
S
 
D
V
 
I
F
 
I
A
 
A
Y
 
R
L
 
E
G
 
Q
G
 
V
Q
 
A
Q
 
M
F
 
R
I
 
V
S
 
A
D
 
E
F
 
I
V
 
F
T
 
I
G
 
K
L
 
Y
D
 
A
M
 
T
S
 
S
P
 
P
L
 
M
M
 
M
F
 
V
L
 
L
I
 
V
L
 
M
A
 
I
Q
 
N
I
 
L
I
 
L
I
 
L
F
 
L
I
 
F
L
 
L
G
 
G
W
 
M
P
 
F
L
 
I
E
x
D
W
 
A
T
 
L
E
 
A
I
 
L
I
 
Q
V
 
F
I
 
L
F
 
V
I
 
L
P
 
P
I
 
M
F
 
L
I
 
I
P
 
P
L
 
I
L
 
A
P
 
E
H
 
Q
F
 
V
G
 
G
I
 
I
D
 
D
P
 
L
L
 
V
F
 
F
F
 
F
G
 
G
I
 
V
L
 
M
V
 
T
A
 
T
I
 
L
N
 
N
L
 
M
Q
 
M
T
 
I
A
 
G
F
 
I
L
 
L
S
 
T
P
 
P
P
 
P
M
 
M
A
 
G
M
|
M
S
 
A
A
 
L
Y
 
F
Y
 
V
L
 
V
K
 
A
G
 
Q
V
 
V
S
 
G
P
 
-
P
 
-
H
 
K
V
 
M
K
 
S
L
 
V
T
 
S
D
 
T
I
 
V
F
 
A
R
 
K
G
 
G
M
 
V
M
 
L
P
 
P
Y
 
F
M
 
L
L
 
L
I
 
P
V
 
I
I
 
F
L
 
I
C
 
T
M
 
L
V
 
V
F
 
I
I
 
I
Y
 
T
L
 
I
F
 
F
P
 
P
S
 
Q
I
 
I
V
 
I
Y
 
L
M
 
F
L
 
L
P
 
P
N
 
N

Query Sequence

>WP_041937010.1 NCBI__GCF_000009265.1:WP_041937010.1
MTDAHIAVGMLLILILTIFLGFPVAFTLMALGVGFGYYAYFDAGRMWRGYDRALESGGDA
ATLAQTWIGGFFNNRIFDLFVNQTYSVIQNDVLTAIPLFLFMGYIVERANIVDRLFSTLF
NVTRRVPGSMAVAALVTCTLFATATGIVGAVVTLMGLLALPAMLKAKYDVRYATGVICAG
GTLGILIPPSILLIVYAATSGISVVRMYAAALLPGLALAGFYLIYVVVRAILQPQLAPRP
TKEDVGEHTPVQLAWMMLTSFAPLAFLILAVLGAILFGLATPSEAAAIGALGGLALAAAY
RALTWQRLKESVYLTARTTAMVCWLFVGSATFASVFAYLGGQQFISDFVTGLDMSPLMFL
ILAQIIIFILGWPLEWTEIIVIFIPIFIPLLPHFGIDPLFFGILVAINLQTAFLSPPMAM
SAYYLKGVSPPHVKLTDIFRGMMPYMLIVILCMVFIYLFPSIVYMLPNLLYGGQR

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory