SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_041938808.1 NCBI__GCF_000058485.1:WP_041938808.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

8idrC Crystal structure of apo-form of dehydroquinate dehydratase from corynebacterium glutamicum (see paper)
42% identity, 94% coverage: 4:141/147 of query aligns to 4:142/147 of 8idrC

query
sites
8idrC
L
 
I
L
 
L
L
 
L
V
 
L
N
 
N
G
 
G
P
 
P
N
 
N
L
 
L
G
 
N
I
 
M
L
 
L
G
 
G
R
 
K
R
 
R
Q
 
E
P
 
P
E
 
D
V
 
I
Y
 
Y
G
 
G
T
 
H
A
 
D
T
 
T
L
 
L
A
 
E
D
 
D
I
 
V
E
 
V
T
 
A
A
 
L
V
 
A
T
 
T
A
 
A
R
 
E
I
 
A
A
 
A
E
 
K
R
 
H
G
 
G
W
 
L
K
 
E
L
 
V
V
 
E
S
 
A
V
 
L
Q
 
Q
R
 
S
E
 
N
S
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
L
I
 
I
H
 
D
A
 
A
I
 
L
Q
 
H
D
 
N
N
 
A
Y
 
R
D
 
G
S
 
T
-
 
H
V
 
I
G
 
G
A
 
C
I
 
V
V
 
I
N
|
N
P
 
P
G
|
G
A
 
G
L
 
L
M
 
T
M
 
H
Y
 
T
G
 
S
W
 
V
S
 
A
L
 
L
R
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
V
A
 
K
N
 
A
Y
 
S
P
 
E
N
 
L
P
 
P
W
 
T
I
 
V
E
 
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
V
 
P
W
 
H
A
 
A
R
 
R
E
 
E
S
 
E
F
 
F
R
 
R
H
 
H
E
 
H
S
 
S
I
 
Y
L
 
I
S
 
S
A
 
L
L
 
A
A
 
A
R
 
V
G
 
S
V
 
V
I
 
I
V
 
A
G
 
G
L
 
A
G
 
G
P
 
I
L
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
R
L
 
F
A
 
A
A
 
V
Q
 
D
A
 
I
L
 
L
L
 
A
S
 
N
L
 
L

5ydbA Crystal structure of the complex of type ii dehydroquinate dehydratase from acinetobacter baumannii with dehydroquinic acid at 1.76 angstrom resolution
47% identity, 90% coverage: 2:134/147 of query aligns to 1:135/145 of 5ydbA

query
sites
5ydbA
S
 
S
T
 
T
L
 
I
L
 
L
L
 
V
V
 
I
N
 
H
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
G
 
N
I
 
L
L
 
L
G
 
G
R
 
K
R
|
R
Q
 
E
P
 
P
E
 
E
V
 
V
Y
|
Y
G
 
G
T
 
H
A
 
L
T
 
T
L
 
L
A
 
D
D
 
N
I
 
I
E
 
N
T
 
R
A
 
Q
V
 
L
T
 
I
A
 
A
R
 
Q
I
 
A
A
 
E
E
 
Q
R
 
A
G
 
S
W
 
I
K
 
T
L
 
L
V
 
D
S
 
T
V
 
F
Q
 
Q
R
 
S
E
 
N
S
 
W
E
 
E
G
 
G
E
 
A
L
 
I
I
 
V
H
 
D
A
 
R
I
 
I
-
 
H
Q
 
Q
D
 
A
N
 
Q
Y
 
T
D
 
E
S
 
G
V
 
V
G
 
K
-
 
L
A
 
I
I
 
I
V
 
I
N
|
N
P
 
P
G
x
A
A
|
A
L
 
L
M
 
T
M
x
H
Y
 
T
G
 
S
W
 
V
S
 
A
L
 
L
R
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
L
A
 
L
N
 
G
Y
 
V
P
 
A
N
 
I
P
 
P
W
 
F
I
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
|
L
S
|
S
N
 
N
V
 
V
W
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
A
F
 
F
R
|
R
H
 
H
E
 
H
S
 
S
I
 
Y
L
 
L
S
 
S
A
 
D
L
 
K
A
 
A
R
 
I
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
C
G
 
G
L
 
L
G
 
G
P
 
A
L
 
K
G
 
G
Y
 
Y
E
 
S
L
 
F
A
 
A

5b6pB Structure of the dodecameric type-ii dehydrogenate dehydratase from acinetobacter baumannii at 2.00 a resolution (see paper)
47% identity, 90% coverage: 2:134/147 of query aligns to 1:135/145 of 5b6pB

query
sites
5b6pB
S
 
S
T
 
T
L
 
I
L
 
L
L
 
V
V
 
I
N
 
H
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
G
 
N
I
 
L
L
 
L
G
 
G
R
 
K
R
|
R
Q
 
E
P
 
P
E
 
E
V
 
V
Y
|
Y
G
 
G
T
 
H
A
 
L
T
 
T
L
 
L
A
 
D
D
 
N
I
 
I
E
 
N
T
 
R
A
 
Q
V
 
L
T
 
I
A
 
A
R
 
Q
I
 
A
A
 
E
E
 
Q
R
 
A
G
 
S
W
 
I
K
 
T
L
 
L
V
 
D
S
 
T
V
 
F
Q
 
Q
R
 
S
E
 
N
S
 
W
E
 
E
G
 
G
E
 
A
L
 
I
I
 
V
H
 
D
A
 
R
I
 
I
-
 
H
Q
 
Q
D
 
A
N
 
Q
Y
 
T
D
 
E
S
 
G
V
 
V
G
 
K
-
 
L
A
 
I
I
 
I
V
 
I
N
|
N
P
 
P
G
 
A
A
|
A
L
 
L
M
 
T
M
 
H
Y
 
T
G
 
S
W
 
V
S
 
A
L
 
L
R
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
L
A
 
L
N
 
G
Y
 
V
P
 
A
N
 
I
P
 
P
W
 
F
I
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
|
L
S
|
S
N
 
N
V
 
V
W
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
A
F
 
F
R
 
R
H
 
H
E
 
H
S
 
S
I
 
Y
L
 
L
S
 
S
A
 
D
L
 
K
A
 
A
R
 
I
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
C
G
 
G
L
 
L
G
 
G
P
 
A
L
 
K
G
 
G
Y
 
Y
E
 
S
L
 
F
A
 
A

8iduA Crystal structure of substrate bound-form dehydroquinate dehydratase from corynebacterium glutamicum (see paper)
42% identity, 94% coverage: 4:141/147 of query aligns to 4:142/145 of 8iduA

query
sites
8iduA
L
 
I
L
 
L
L
 
L
V
 
L
N
 
N
G
 
G
P
 
P
N
 
N
L
 
L
G
 
N
I
 
M
L
 
L
G
 
G
R
 
K
R
 
A
Q
 
E
P
 
P
E
 
D
V
 
I
Y
|
Y
G
 
G
T
 
H
A
 
D
T
 
T
L
 
L
A
 
E
D
 
D
I
 
V
E
 
V
T
 
A
A
 
L
V
 
A
T
 
T
A
 
A
R
 
E
I
 
A
A
 
A
E
 
K
R
 
H
G
 
G
W
 
L
K
 
E
L
 
V
V
 
E
S
 
A
V
 
L
Q
 
Q
R
 
S
E
 
N
S
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
L
I
 
I
H
 
D
A
 
A
I
 
L
Q
 
H
D
 
N
N
 
A
Y
 
R
D
 
G
S
 
T
-
 
H
V
 
I
G
 
G
A
 
C
I
 
V
V
 
I
N
|
N
P
 
P
G
|
G
A
x
G
L
 
L
M
 
T
M
x
H
Y
 
T
G
 
S
W
 
V
S
 
A
L
 
L
R
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
V
A
 
K
N
 
A
Y
 
S
P
 
E
N
 
L
P
 
P
W
 
T
I
 
V
E
 
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
V
 
P
W
 
H
A
 
A
R
 
R
E
 
E
S
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
H
E
 
H
S
 
S
I
 
Y
L
 
I
S
 
S
A
 
L
L
 
A
A
 
A
R
 
V
G
 
S
V
 
V
I
 
I
V
 
A
G
 
G
L
 
A
G
 
G
P
 
I
L
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
R
L
 
F
A
 
A
A
 
V
Q
 
D
A
 
I
L
 
L
L
 
A
S
 
N
L
 
L

3n8kM Type ii dehydroquinase from mycobacterium tuberculosis complexed with citrazinic acid (see paper)
48% identity, 94% coverage: 1:138/147 of query aligns to 7:147/151 of 3n8kM

query
sites
3n8kM
M
 
M
S
 
S
T
 
E
L
 
L
L
 
I
L
 
V
-
 
N
-
 
V
V
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
G
 
G
I
 
R
L
 
L
G
 
G
R
 
R
R
|
R
Q
 
E
P
 
P
E
 
A
V
 
V
Y
|
Y
G
 
G
T
 
G
A
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
D
 
E
I
 
L
E
 
V
T
 
A
A
 
L
V
 
I
T
 
E
A
 
R
R
 
E
I
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
L
G
 
G
W
 
L
K
 
K
L
 
A
V
 
V
S
 
V
V
 
R
Q
 
Q
R
 
S
E
 
D
S
 
S
E
 
E
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
I
 
L
H
 
D
A
 
W
I
 
I
Q
 
H
D
 
Q
N
 
A
Y
 
A
D
 
D
S
 
A
V
 
A
G
 
E
-
 
P
A
 
V
I
 
I
V
 
L
N
|
N
P
 
A
G
|
G
A
x
G
L
 
L
M
 
T
M
x
H
Y
 
T
G
 
S
W
 
V
S
 
A
L
 
L
R
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
A
 
A
N
 
E
Y
 
L
P
 
S
N
 
A
P
 
P
W
 
L
I
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
V
 
V
W
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
R
E
 
H
S
 
S
I
 
Y
L
 
L
S
 
S
A
 
P
L
 
I
A
 
A
R
 
T
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
G
 
G
P
 
I
L
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
L
Q
 
R
A
 
Y
L
 
L

3n76A Crystal structure of 3-dehydroquinate dehydratase from mycobacterium tuberculosis in complex with compound 5 (see paper)
49% identity, 90% coverage: 6:138/147 of query aligns to 6:139/143 of 3n76A

query
sites
3n76A
L
 
V
V
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
G
 
G
I
x
R
L
 
L
G
 
G
R
 
R
R
|
R
Q
 
E
P
 
P
E
 
A
V
 
V
Y
|
Y
G
 
G
T
 
G
A
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
D
 
E
I
 
L
E
 
V
T
 
A
A
 
L
V
 
I
T
 
E
A
 
R
R
 
E
I
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
L
G
 
G
W
 
L
K
 
K
L
 
A
V
 
V
S
 
V
V
 
R
Q
 
Q
R
 
S
E
 
D
S
 
S
E
 
E
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
-
 
L
-
 
D
-
 
W
I
 
I
H
 
H
A
 
Q
I
 
A
Q
 
A
D
 
D
N
 
A
Y
 
A
D
 
E
S
 
P
V
 
V
G
 
-
A
 
-
I
 
I
V
 
L
N
|
N
P
 
A
G
|
G
A
x
G
L
 
L
M
 
T
M
x
H
Y
 
T
G
 
S
W
 
V
S
 
A
L
 
L
R
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
A
 
A
N
 
E
Y
 
L
P
 
S
N
 
A
P
 
P
W
 
L
I
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
V
 
V
W
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
R
E
 
H
S
 
S
I
 
Y
L
 
L
S
 
S
A
 
P
L
 
I
A
 
A
R
 
T
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
G
 
G
P
 
I
L
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
L
Q
 
R
A
 
Y
L
 
L

4b6pA Structure of mycobacterium tuberculosis type ii dehydroquinase inhibited by (2s)-2-perfluorobenzyl-3-dehydroquinic acid (see paper)
49% identity, 90% coverage: 6:138/147 of query aligns to 5:138/142 of 4b6pA

query
sites
4b6pA
L
 
V
V
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
G
 
G
I
 
R
L
|
L
G
 
G
R
 
R
R
|
R
Q
 
E
P
 
P
E
 
A
V
 
V
Y
|
Y
G
 
G
T
 
G
A
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
D
 
E
I
 
L
E
 
V
T
 
A
A
 
L
V
 
I
T
 
E
A
 
R
R
 
E
I
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
L
G
 
G
W
 
L
K
 
K
L
 
A
V
 
V
S
 
V
V
 
R
Q
 
Q
R
 
S
E
 
D
S
 
S
E
 
E
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
-
 
L
-
 
D
-
 
W
I
 
I
H
 
H
A
 
Q
I
 
A
Q
 
A
D
 
D
N
 
A
Y
 
A
D
 
E
S
 
P
V
 
V
G
 
-
A
 
-
I
 
I
V
 
L
N
|
N
P
 
A
G
|
G
A
x
G
L
 
L
M
 
T
M
x
H
Y
 
T
G
 
S
W
 
V
S
 
A
L
 
L
R
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
A
 
A
N
 
E
Y
 
L
P
 
S
N
 
A
P
 
P
W
 
L
I
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
V
 
V
W
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
R
E
 
H
S
 
S
I
 
Y
L
 
L
S
 
S
A
 
P
L
 
I
A
 
A
R
 
T
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
G
 
G
P
 
I
L
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
L
Q
 
R
A
 
Y
L
 
L

4b6oA Structure of mycobacterium tuberculosis type ii dehydroquinase inhibited by (2s)-2-(4-methoxy)benzyl-3-dehydroquinic acid (see paper)
49% identity, 90% coverage: 6:138/147 of query aligns to 6:139/142 of 4b6oA

query
sites
4b6oA
L
 
V
V
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
G
 
G
I
 
R
L
 
L
G
 
G
R
 
R
R
|
R
Q
 
E
P
 
P
E
 
A
V
 
V
Y
|
Y
G
 
G
T
 
G
A
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
D
 
E
I
 
L
E
 
V
T
 
A
A
 
L
V
 
I
T
 
E
A
 
R
R
 
E
I
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
L
G
 
G
W
 
L
K
 
K
L
 
A
V
 
V
S
 
V
V
 
R
Q
 
Q
R
 
S
E
 
D
S
 
S
E
 
E
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
-
 
L
-
 
D
-
 
W
I
 
I
H
 
H
A
 
Q
I
 
A
Q
 
A
D
 
D
N
 
A
Y
 
A
D
 
E
S
 
P
V
 
V
G
 
-
A
 
-
I
 
I
V
 
L
N
|
N
P
 
A
G
|
G
A
x
G
L
 
L
M
 
T
M
x
H
Y
 
T
G
 
S
W
 
V
S
 
A
L
 
L
R
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
A
 
A
N
 
E
Y
 
L
P
 
S
N
 
A
P
 
P
W
 
L
I
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
V
 
V
W
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
R
E
 
H
S
 
S
I
 
Y
L
 
L
S
 
S
A
 
P
L
 
I
A
 
A
R
 
T
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
G
 
G
P
 
I
L
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
L
Q
 
R
A
 
Y
L
 
L

3n59C Type ii dehydroquinase from mycobacterium tuberculosis complexed with 3-dehydroshikimate (see paper)
49% identity, 90% coverage: 6:138/147 of query aligns to 6:139/142 of 3n59C

query
sites
3n59C
L
 
V
V
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
G
 
G
I
 
R
L
 
L
G
 
G
R
 
R
R
|
R
Q
 
E
P
 
P
E
 
A
V
 
V
Y
|
Y
G
 
G
T
 
G
A
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
D
 
E
I
 
L
E
 
V
T
 
A
A
 
L
V
 
I
T
 
E
A
 
R
R
 
E
I
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
L
G
 
G
W
 
L
K
 
K
L
 
A
V
 
V
S
 
V
V
 
R
Q
 
Q
R
 
S
E
 
D
S
 
S
E
 
E
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
-
 
L
-
 
D
-
 
W
I
 
I
H
 
H
A
 
Q
I
 
A
Q
 
A
D
 
D
N
 
A
Y
 
A
D
 
E
S
 
P
V
 
V
G
 
-
A
 
-
I
 
I
V
 
L
N
|
N
P
 
A
G
|
G
A
x
G
L
 
L
M
 
T
M
x
H
Y
 
T
G
 
S
W
 
V
S
 
A
L
 
L
R
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
A
 
A
N
 
E
Y
 
L
P
 
S
N
 
A
P
 
P
W
 
L
I
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
V
 
V
W
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
R
E
 
H
S
 
S
I
 
Y
L
 
L
S
 
S
A
 
P
L
 
I
A
 
A
R
 
T
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
G
 
G
P
 
I
L
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
L
Q
 
R
A
 
Y
L
 
L

4kiwA Design and structural analysis of aromatic inhibitors of type ii dehydroquinate dehydratase from mycobacterium tuberculosis - compound 49e [5-[(3-nitrobenzyl)amino]benzene-1,3-dicarboxylic acid] (see paper)
49% identity, 90% coverage: 6:138/147 of query aligns to 5:138/141 of 4kiwA

query
sites
4kiwA
L
 
V
V
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
|
L
G
 
G
I
x
R
L
|
L
G
 
G
R
 
R
R
|
R
Q
 
E
P
 
P
E
 
A
V
 
V
Y
|
Y
G
 
G
T
 
G
A
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
D
 
E
I
 
L
E
 
V
T
 
A
A
 
L
V
 
I
T
 
E
A
 
R
R
 
E
I
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
L
G
 
G
W
 
L
K
 
K
L
 
A
V
 
V
S
 
V
V
 
R
Q
 
Q
R
 
S
E
 
D
S
 
S
E
 
E
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
-
 
L
-
 
D
-
 
W
I
 
I
H
 
H
A
 
Q
I
 
A
Q
 
A
D
 
D
N
 
A
Y
 
A
D
 
E
S
 
P
V
 
V
G
 
-
A
 
-
I
 
I
V
 
L
N
|
N
P
 
A
G
|
G
A
x
G
L
 
L
M
 
T
M
x
H
Y
 
T
G
 
S
W
 
V
S
 
A
L
 
L
R
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
A
 
A
N
 
E
Y
 
L
P
 
S
N
 
A
P
 
P
W
 
L
I
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
V
|
V
W
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
R
E
 
H
S
 
S
I
 
Y
L
 
L
S
 
S
A
 
P
L
 
I
A
 
A
R
 
T
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
G
 
G
P
 
I
L
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
L
Q
 
R
A
 
Y
L
 
L

4kiuA Design and structural analysis of aromatic inhibitors of type ii dehydroquinate dehydratase from mycobacterium tuberculosis - compound 49d [5-[(3-nitrobenzyl)oxy]benzene-1,3-dicarboxylic acid] (see paper)
49% identity, 90% coverage: 6:138/147 of query aligns to 5:138/141 of 4kiuA

query
sites
4kiuA
L
 
V
V
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
G
 
G
I
x
R
L
|
L
G
 
G
R
 
R
R
|
R
Q
x
E
P
 
P
E
 
A
V
 
V
Y
|
Y
G
 
G
T
 
G
A
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
D
 
E
I
 
L
E
 
V
T
 
A
A
 
L
V
 
I
T
 
E
A
 
R
R
 
E
I
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
L
G
 
G
W
 
L
K
 
K
L
 
A
V
 
V
S
 
V
V
 
R
Q
 
Q
R
 
S
E
 
D
S
 
S
E
 
E
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
-
 
L
-
 
D
-
 
W
I
 
I
H
 
H
A
 
Q
I
 
A
Q
 
A
D
 
D
N
 
A
Y
 
A
D
 
E
S
 
P
V
 
V
G
 
-
A
 
-
I
 
I
V
 
L
N
|
N
P
 
A
G
|
G
A
x
G
L
 
L
M
 
T
M
x
H
Y
 
T
G
 
S
W
 
V
S
 
A
L
 
L
R
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
A
 
A
N
 
E
Y
 
L
P
 
S
N
 
A
P
 
P
W
 
L
I
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
V
 
V
W
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
R
E
 
H
S
 
S
I
 
Y
L
 
L
S
 
S
A
 
P
L
 
I
A
 
A
R
 
T
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
G
 
G
P
 
I
L
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
L
Q
 
R
A
 
Y
L
 
L

4ciwA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis type 2 dehydroquinase in complex with (1r,4r,5r)-1,4,5-trihydroxy-3-(2-hydroxy) ethylcyclohex-2-ene-1-carboxylic acid (see paper)
49% identity, 90% coverage: 6:138/147 of query aligns to 5:138/141 of 4ciwA

query
sites
4ciwA
L
 
V
V
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
G
 
G
I
 
R
L
 
L
G
 
G
R
 
R
R
|
R
Q
 
E
P
 
P
E
 
A
V
 
V
Y
|
Y
G
 
G
T
 
G
A
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
D
 
E
I
 
L
E
 
V
T
 
A
A
 
L
V
 
I
T
 
E
A
 
R
R
 
E
I
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
L
G
 
G
W
 
L
K
 
K
L
 
A
V
 
V
S
 
V
V
 
R
Q
 
Q
R
 
S
E
 
D
S
 
S
E
 
E
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
-
 
L
-
 
D
-
 
W
I
 
I
H
 
H
A
 
Q
I
 
A
Q
 
A
D
 
D
N
 
A
Y
 
A
D
 
E
S
 
P
V
 
V
G
 
-
A
 
-
I
 
I
V
 
L
N
|
N
P
 
A
G
|
G
A
x
G
L
 
L
M
 
T
M
x
H
Y
 
T
G
 
S
W
 
V
S
 
A
L
 
L
R
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
A
 
A
N
 
E
Y
 
L
P
 
S
N
 
A
P
 
P
W
 
L
I
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
V
 
V
W
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
R
E
 
H
S
 
S
I
 
Y
L
 
L
S
 
S
A
 
P
L
 
I
A
 
A
R
 
T
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
G
 
G
P
 
I
L
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
L
Q
 
R
A
 
Y
L
 
L

3n87A Crystal structure of 3-dehydroquinate dehydratase from mycobacterium tuberculosis in complex with inhibitor 3 (see paper)
49% identity, 90% coverage: 6:138/147 of query aligns to 5:138/141 of 3n87A

query
sites
3n87A
L
 
V
V
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
G
 
G
I
 
R
L
 
L
G
 
G
R
 
R
R
|
R
Q
 
E
P
 
P
E
 
A
V
 
V
Y
|
Y
G
 
G
T
 
G
A
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
D
 
E
I
 
L
E
 
V
T
 
A
A
 
L
V
 
I
T
 
E
A
 
R
R
 
E
I
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
L
G
 
G
W
 
L
K
 
K
L
 
A
V
 
V
S
 
V
V
 
R
Q
 
Q
R
 
S
E
 
D
S
 
S
E
 
E
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
-
 
L
-
 
D
-
 
W
I
 
I
H
 
H
A
 
Q
I
 
A
Q
 
A
D
 
D
N
 
A
Y
 
A
D
 
E
S
 
P
V
 
V
G
 
-
A
 
-
I
 
I
V
 
L
N
|
N
P
 
A
G
|
G
A
x
G
L
 
L
M
 
T
M
x
H
Y
 
T
G
 
S
W
 
V
S
 
A
L
 
L
R
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
A
 
A
N
 
E
Y
 
L
P
 
S
N
 
A
P
 
P
W
 
L
I
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
V
 
V
W
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
R
E
 
H
S
 
S
I
 
Y
L
 
L
S
 
S
A
 
P
L
 
I
A
 
A
R
 
T
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
G
 
G
P
 
I
L
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
L
Q
 
R
A
 
Y
L
 
L

3n86A Crystal structure of 3-dehydroquinate dehydratase from mycobacterium tuberculosis in complex with inhibitor 4 (see paper)
49% identity, 90% coverage: 6:138/147 of query aligns to 5:138/141 of 3n86A

query
sites
3n86A
L
 
V
V
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
G
 
G
I
x
R
L
 
L
G
 
G
R
 
R
R
|
R
Q
x
E
P
 
P
E
 
A
V
 
V
Y
|
Y
G
 
G
T
 
G
A
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
D
 
E
I
 
L
E
 
V
T
 
A
A
 
L
V
 
I
T
 
E
A
 
R
R
 
E
I
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
L
G
 
G
W
 
L
K
 
K
L
 
A
V
 
V
S
 
V
V
 
R
Q
 
Q
R
 
S
E
 
D
S
 
S
E
 
E
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
-
 
L
-
 
D
-
 
W
I
 
I
H
 
H
A
 
Q
I
 
A
Q
 
A
D
 
D
N
 
A
Y
 
A
D
 
E
S
 
P
V
 
V
G
 
-
A
 
-
I
 
I
V
 
L
N
|
N
P
 
A
G
|
G
A
x
G
L
 
L
M
 
T
M
x
H
Y
 
T
G
 
S
W
 
V
S
 
A
L
 
L
R
 
R
D
|
D
A
 
A
L
 
C
A
 
A
N
x
E
Y
 
L
P
 
S
N
 
A
P
 
P
W
 
L
I
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
V
 
V
W
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
R
E
 
H
S
 
S
I
 
Y
L
 
L
S
 
S
A
 
P
L
 
I
A
 
A
R
 
T
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
G
 
G
P
 
I
L
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
L
Q
 
R
A
 
Y
L
 
L

2xb8A Structure of mycobacterium tuberculosis type ii dehydroquinase in complex with inhibitor compound (2r)-2-(4-methoxybenzyl)-3- dehydroquinic acid (see paper)
49% identity, 90% coverage: 6:138/147 of query aligns to 5:138/141 of 2xb8A

query
sites
2xb8A
L
 
V
V
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
|
L
G
 
G
I
 
R
L
 
L
G
 
G
R
 
R
R
|
R
Q
 
E
P
 
P
E
 
A
V
 
V
Y
|
Y
G
 
G
T
 
G
A
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
D
 
E
I
 
L
E
 
V
T
 
A
A
 
L
V
 
I
T
 
E
A
 
R
R
 
E
I
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
L
G
 
G
W
 
L
K
 
K
L
 
A
V
 
V
S
 
V
V
 
R
Q
 
Q
R
 
S
E
 
D
S
 
S
E
 
E
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
-
 
L
-
 
D
-
 
W
I
 
I
H
 
H
A
 
Q
I
 
A
Q
 
A
D
 
D
N
 
A
Y
 
A
D
 
E
S
 
P
V
 
V
G
 
-
A
 
-
I
 
I
V
 
L
N
|
N
P
 
A
G
|
G
A
x
G
L
 
L
M
 
T
M
x
H
Y
 
T
G
 
S
W
 
V
S
 
A
L
 
L
R
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
A
 
A
N
 
E
Y
 
L
P
 
S
N
 
A
P
 
P
W
 
L
I
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
V
|
V
W
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
R
E
 
H
S
 
S
I
 
Y
L
 
L
S
 
S
A
 
P
L
 
I
A
 
A
R
 
T
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
G
 
G
P
 
I
L
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
L
Q
 
R
A
 
Y
L
 
L

4cl0A Structure of the mycobacterium tuberculosis type ii dehydroquinase inhibited by a 3-dehydroquinic acid derivative
49% identity, 90% coverage: 6:138/147 of query aligns to 5:138/140 of 4cl0A

query
sites
4cl0A
L
 
V
V
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
G
 
G
I
 
R
L
 
L
G
 
G
R
 
R
R
|
R
Q
 
E
P
 
P
E
 
A
V
 
V
Y
|
Y
G
 
G
T
 
G
A
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
D
 
E
I
 
L
E
 
V
T
 
A
A
 
L
V
 
I
T
 
E
A
 
R
R
 
E
I
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
L
G
 
G
W
 
L
K
 
K
L
 
A
V
 
V
S
 
V
V
 
R
Q
 
Q
R
 
S
E
 
D
S
 
S
E
 
E
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
-
 
L
-
 
D
-
 
W
I
 
I
H
 
H
A
 
Q
I
 
A
Q
 
A
D
 
D
N
 
A
Y
 
A
D
 
E
S
 
P
V
 
V
G
 
-
A
 
-
I
 
I
V
 
L
N
|
N
P
 
A
G
|
G
A
x
G
L
 
L
M
 
T
M
x
H
Y
 
T
G
 
S
W
 
V
S
 
A
L
 
L
R
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
A
 
A
N
 
E
Y
 
L
P
 
S
N
 
A
P
 
P
W
 
L
I
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
V
 
V
W
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
R
E
 
H
S
 
S
I
 
Y
L
 
L
S
 
S
A
 
P
L
 
I
A
 
A
R
 
T
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
G
 
G
P
 
I
L
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
L
Q
 
R
A
 
Y
L
 
L

4kijA Design and structural analysis of aromatic inhibitors of type ii dehydroquinase dehydratase from mycobacterium tuberculosis - compound 35c [3,4-dihydroxy-5-(3-nitrophenoxy)benzoic acid] (see paper)
48% identity, 90% coverage: 6:138/147 of query aligns to 6:139/142 of 4kijA

query
sites
4kijA
L
 
V
V
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
G
 
G
I
 
R
L
 
L
G
 
A
R
 
R
R
|
R
Q
x
E
P
 
P
E
 
A
V
 
V
Y
|
Y
G
 
G
T
 
G
A
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
D
 
E
I
 
L
E
 
V
T
 
A
A
 
L
V
 
I
T
 
E
A
 
R
R
 
E
I
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
L
G
 
G
W
 
L
K
 
K
L
 
A
V
 
V
S
 
V
V
 
R
Q
 
Q
R
 
S
E
 
D
S
 
S
E
 
E
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
-
 
L
-
 
D
-
 
W
I
 
I
H
 
H
A
 
Q
I
 
A
Q
 
A
D
 
D
N
 
A
Y
 
A
D
 
E
S
 
P
V
 
V
G
 
-
A
 
-
I
 
I
V
 
L
N
|
N
P
 
A
G
|
G
A
x
G
L
 
L
M
 
T
M
 
H
Y
 
T
G
 
S
W
 
V
S
 
A
L
 
L
R
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
A
 
A
N
 
E
Y
 
L
P
 
S
N
 
A
P
 
P
W
 
L
I
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
V
 
V
W
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
R
E
 
H
S
 
S
I
 
Y
L
 
L
S
 
S
A
 
P
L
 
I
A
 
A
R
 
T
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
G
 
G
P
 
I
L
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
L
Q
 
R
A
 
Y
L
 
L

4b6sA Structure of helicobacter pylori type ii dehydroquinase inhibited by (2s)-2-perfluorobenzyl-3-dehydroquinic acid (see paper)
39% identity, 95% coverage: 4:142/147 of query aligns to 3:145/158 of 4b6sA

query
sites
4b6sA
L
 
I
L
 
L
L
 
V
V
 
I
N
 
Q
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
G
 
N
I
 
M
L
|
L
G
 
G
R
 
H
R
|
R
Q
 
D
P
 
P
E
 
R
V
 
L
Y
|
Y
G
 
G
T
 
M
A
 
V
T
 
T
L
 
L
A
 
D
D
 
Q
I
 
I
E
 
H
T
 
E
A
 
I
V
 
M
T
 
Q
A
 
T
R
 
F
I
 
V
A
 
K
E
 
Q
R
 
G
G
 
N
W
 
L
-
 
D
-
 
V
K
 
E
L
 
L
V
 
E
S
 
F
V
 
F
Q
 
Q
R
 
T
E
 
N
S
 
F
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
I
I
 
I
H
 
D
A
 
K
I
 
I
Q
 
Q
D
 
E
N
 
S
Y
 
V
-
 
G
-
 
S
D
 
D
S
 
Y
V
 
E
G
 
G
A
 
I
I
 
I
V
 
I
N
|
N
P
 
P
G
|
G
A
|
A
L
 
F
M
 
S
M
x
H
Y
 
T
G
 
S
W
 
I
S
 
A
L
 
I
R
 
A
D
 
D
A
 
A
L
 
I
A
 
M
N
 
L
Y
 
A
P
 
G
N
 
K
P
 
P
W
 
V
I
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
|
L
S
x
T
N
 
N
V
 
I
W
 
Q
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
K
E
 
N
S
 
S
I
 
Y
L
 
T
S
 
G
A
 
A
L
 
A
A
 
C
R
 
G
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
M
G
 
G
L
 
F
G
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
E
 
N
L
 
M
A
 
A
A
 
L
Q
 
M
A
 
A
L
 
M
L
 
V
S
 
N
L
 
I
V
 
L

2xb9A Structure of helicobacter pylori type ii dehydroquinase in complex with inhibitor compound (2r)-2-(4-methoxybenzyl)-3-dehydroquinic acid (see paper)
39% identity, 95% coverage: 4:142/147 of query aligns to 3:145/158 of 2xb9A

query
sites
2xb9A
L
 
I
L
 
L
L
 
V
V
 
I
N
 
Q
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
G
 
N
I
 
M
L
 
L
G
 
G
R
 
H
R
|
R
Q
 
D
P
 
P
E
 
R
V
 
L
Y
|
Y
G
 
G
T
 
M
A
 
V
T
 
T
L
 
L
A
 
D
D
 
Q
I
 
I
E
 
H
T
 
E
A
 
I
V
 
M
T
 
Q
A
 
T
R
 
F
I
 
V
A
 
K
E
 
Q
R
 
G
G
 
N
W
 
L
-
 
D
-
 
V
K
 
E
L
 
L
V
 
E
S
 
F
V
 
F
Q
 
Q
R
 
T
E
 
N
S
 
F
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
I
I
 
I
H
 
D
A
 
K
I
 
I
Q
 
Q
D
 
E
N
 
S
Y
 
V
-
 
G
-
 
S
D
 
D
S
 
Y
V
 
E
G
 
G
A
 
I
I
 
I
V
 
I
N
|
N
P
 
P
G
 
G
A
|
A
L
 
F
M
 
S
M
x
H
Y
 
T
G
 
S
W
 
I
S
 
A
L
 
I
R
 
A
D
 
D
A
 
A
L
 
I
A
 
M
N
 
L
Y
 
A
P
 
G
N
 
K
P
 
P
W
 
V
I
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
|
L
S
x
T
N
 
N
V
 
I
W
 
Q
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
K
E
 
N
S
 
S
I
 
Y
L
 
T
S
 
G
A
 
A
L
 
A
A
 
C
R
 
G
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
M
G
 
G
L
 
F
G
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
E
 
N
L
 
M
A
 
A
A
 
L
Q
 
M
A
 
A
L
 
M
L
 
V
S
 
N
L
 
I
V
 
L

1j2yA Crystal structure of the type ii 3-dehydroquinase (see paper)
39% identity, 95% coverage: 4:142/147 of query aligns to 3:145/158 of 1j2yA

query
sites
1j2yA
L
 
I
L
 
L
L
 
V
V
 
I
N
 
Q
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
G
 
N
I
 
M
L
 
L
G
 
G
R
 
H
R
|
R
Q
 
D
P
 
P
E
 
R
V
 
L
Y
|
Y
G
 
G
T
 
M
A
 
V
T
 
T
L
 
L
A
 
D
D
 
Q
I
 
I
E
 
H
T
 
E
A
 
I
V
 
M
T
 
Q
A
 
T
R
 
F
I
 
V
A
 
K
E
 
Q
R
 
G
G
 
N
W
 
L
-
 
D
-
 
V
K
 
E
L
 
L
V
 
E
S
 
F
V
 
F
Q
 
Q
R
 
T
E
 
N
S
 
F
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
I
I
 
I
H
 
D
A
 
K
I
 
I
Q
 
Q
D
 
E
N
 
S
Y
 
V
-
 
G
-
 
S
D
 
D
S
 
Y
V
 
E
G
 
G
A
 
I
I
 
I
V
 
I
N
|
N
P
 
P
G
|
G
A
|
A
L
 
F
M
 
S
M
x
H
Y
 
T
G
 
S
W
 
I
S
 
A
L
 
I
R
 
A
D
 
D
A
 
A
L
 
I
A
 
M
N
 
L
Y
 
A
P
 
G
N
 
K
P
 
P
W
 
V
I
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
|
L
S
x
T
N
 
N
V
 
I
W
 
Q
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
K
E
 
N
S
 
S
I
 
Y
L
 
T
S
 
G
A
 
A
L
 
A
A
 
C
R
 
G
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
M
G
 
G
L
 
F
G
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
E
 
N
L
 
M
A
 
A
A
 
L
Q
 
M
A
 
A
L
 
M
L
 
V
S
 
N
L
 
I
V
 
L

Query Sequence

>WP_041938808.1 NCBI__GCF_000058485.1:WP_041938808.1
MSTLLLVNGPNLGILGRRQPEVYGTATLADIETAVTARIAERGWKLVSVQRESEGELIHA
IQDNYDSVGAIVNPGALMMYGWSLRDALANYPNPWIEVHLSNVWARESFRHESILSALAR
GVIVGLGPLGYELAAQALLSLVPSSSG

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory