SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_042119339.1 NCBI__GCF_000092045.1:WP_042119339.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5gupE structure of mammalian respiratory supercomplex I1III2IV1 (see paper)
45% identity, 84% coverage: 5:151/174 of query aligns to 39:187/197 of 5gupE

query
sites
5gupE
E
 
K
K
 
R
I
 
I
E
 
E
E
 
A
A
 
I
A
 
V
A
 
K
R
 
N
Y
 
Y
P
 
P
D
 
E
-
 
G
-
 
H
Q
 
K
R
 
A
S
 
A
A
 
A
I
 
V
M
 
L
P
 
P
A
 
V
L
 
L
R
 
D
I
 
L
A
 
A
Q
 
Q
T
 
R
E
 
Q
H
 
N
G
 
G
H
 
W
L
 
L
P
 
P
G
 
I
P
 
S
V
 
A
L
 
M
E
 
N
E
 
K
V
 
V
A
 
A
N
 
E
I
 
I
L
 
L
G
 
Q
V
 
V
E
 
P
R
 
P
I
 
M
W
 
R
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
L
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
T
 
T
L
 
M
F
 
Y
H
 
N
T
 
R
E
 
K
P
 
P
V
 
V
G
 
G
M
 
K
F
 
Y
H
 
H
L
 
I
Q
 
Q
L
 
V
C
|
C
D
 
T
N
x
T
V
 
T
S
x
P
C
|
C
M
 
M
L
 
L
C
 
R
R
 
N
S
 
S
E
 
D
D
 
S
L
 
I
L
 
L
R
 
E
H
 
A
L
 
I
E
 
Q
E
 
K
V
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
K
 
K
K
 
V
G
 
G
E
 
E
T
 
T
T
 
T
P
 
P
D
 
D
R
 
K
L
 
L
F
 
F
T
 
T
L
 
L
S
 
I
T
 
E
V
 
V
E
 
E
C
|
C
L
|
L
G
|
G
A
|
A
C
|
C
E
 
V
M
 
N
A
 
A
P
 
P
V
x
M
M
 
V
Q
 
Q
V
 
I
G
 
N
D
 
D
D
 
N
Y
 
Y
H
 
Y
G
 
E
D
 
D
L
 
L
D
 
T
I
 
P
A
 
K
R
 
D
I
 
I
D
 
E
A
 
E
L
 
I
L
 
I
D
 
D
R
 
E
L
 
L
R
 
K

7dgq9 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial (see paper)
45% identity, 84% coverage: 5:151/174 of query aligns to 22:170/207 of 7dgq9

query
sites
7dgq9
E
 
K
K
x
R
I
 
I
E
 
E
E
 
A
A
 
I
A
 
V
A
x
K
R
 
N
Y
 
Y
P
|
P
D
 
E
-
 
G
-
x
H
Q
 
K
R
 
A
S
 
A
A
 
A
I
 
V
M
 
L
P
 
P
A
 
V
L
 
L
R
 
D
I
 
L
A
 
A
Q
 
Q
T
x
R
E
 
Q
H
 
N
G
 
G
H
 
W
L
 
L
P
 
P
G
 
I
P
 
S
V
 
A
L
 
M
E
 
N
E
 
K
V
 
V
A
 
A
N
 
E
I
 
I
L
 
L
G
 
Q
V
 
V
E
 
P
R
 
P
I
 
M
W
 
R
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
L
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
T
 
T
L
 
M
F
 
Y
H
 
N
T
 
R
E
 
K
P
 
P
V
 
V
G
 
G
M
 
K
F
 
Y
H
 
H
L
 
I
Q
 
Q
L
 
V
C
|
C
D
 
T
N
x
T
V
 
T
S
 
P
C
|
C
M
 
M
L
 
L
C
 
R
R
 
N
S
 
S
E
 
D
D
 
S
L
 
I
L
 
L
R
 
E
H
 
A
L
 
I
E
 
Q
E
 
K
V
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
K
 
K
K
 
V
G
 
G
E
 
E
T
 
T
T
 
T
P
 
P
D
 
D
R
 
K
L
 
L
F
 
F
T
 
T
L
 
L
S
 
I
T
 
E
V
 
V
E
 
E
C
|
C
L
|
L
G
 
G
A
|
A
C
|
C
E
 
V
M
 
N
A
 
A
P
 
P
V
 
M
M
 
V
Q
 
Q
V
 
I
G
 
N
D
 
D
D
 
N
Y
 
Y
H
 
Y
G
 
E
D
 
D
L
 
L
D
 
T
I
 
P
A
 
K
R
 
D
I
 
I
D
 
E
A
 
E
L
 
I
L
 
I
D
 
D
R
 
E
L
 
L
R
 
K

Sites not aligning to the query:

7v2cO Active state complex i from q10 dataset (see paper)
45% identity, 84% coverage: 5:151/174 of query aligns to 29:177/217 of 7v2cO

query
sites
7v2cO
E
 
K
K
 
R
I
 
I
E
 
E
E
 
A
A
 
I
A
 
V
A
 
K
R
 
N
Y
 
Y
P
 
P
D
 
E
-
 
G
-
 
H
Q
 
K
R
 
A
S
 
A
A
 
A
I
 
V
M
 
L
P
 
P
A
 
V
L
 
L
R
 
D
I
 
L
A
 
A
Q
 
Q
T
 
R
E
 
Q
H
 
N
G
 
G
H
 
W
L
 
L
P
 
P
G
 
I
P
 
S
V
 
A
L
 
M
E
 
N
E
 
K
V
 
V
A
 
A
N
 
E
I
 
I
L
 
L
G
 
Q
V
 
V
E
 
P
R
 
P
I
 
M
W
 
R
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
L
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
T
 
T
L
 
M
F
 
Y
H
 
N
T
 
R
E
 
K
P
 
P
V
 
V
G
 
G
M
 
K
F
 
Y
H
 
H
L
 
I
Q
 
Q
L
 
V
C
|
C
D
 
T
N
 
T
V
 
T
S
x
P
C
|
C
M
 
M
L
 
L
C
 
R
R
 
N
S
 
S
E
 
D
D
 
S
L
 
I
L
 
L
R
 
E
H
 
A
L
 
I
E
 
Q
E
 
K
V
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
K
 
K
K
 
V
G
 
G
E
 
E
T
 
T
T
 
T
P
 
P
D
 
D
R
 
K
L
 
L
F
 
F
T
 
T
L
 
L
S
 
I
T
 
E
V
 
V
E
 
E
C
|
C
L
|
L
G
|
G
A
|
A
C
|
C
E
 
V
M
 
N
A
 
A
P
 
P
V
 
M
M
 
V
Q
 
Q
V
 
I
G
 
N
D
 
D
D
 
N
Y
 
Y
H
 
Y
G
 
E
D
 
D
L
 
L
D
 
T
I
 
P
A
 
K
R
 
D
I
 
I
D
 
E
A
 
E
L
 
I
L
 
I
D
 
D
R
 
E
L
 
L
R
 
K

P04394 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial; NADH dehydrogenase subunit II; NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit; EC 7.1.1.2 from Bos taurus (Bovine) (see 2 papers)
45% identity, 84% coverage: 5:151/174 of query aligns to 61:209/249 of P04394

query
sites
P04394
E
 
K
K
 
R
I
 
I
E
 
E
E
 
A
A
 
I
A
 
V
A
 
K
R
 
N
Y
 
Y
P
 
P
D
 
E
-
 
G
-
 
H
Q
 
K
R
 
A
S
 
A
A
 
A
I
 
V
M
 
L
P
 
P
A
 
V
L
 
L
R
 
D
I
 
L
A
 
A
Q
 
Q
T
 
R
E
 
Q
H
 
N
G
 
G
H
 
W
L
 
L
P
 
P
G
 
I
P
 
S
V
 
A
L
 
M
E
 
N
E
 
K
V
 
V
A
 
A
N
 
E
I
 
I
L
 
L
G
 
Q
V
 
V
E
 
P
R
 
P
I
 
M
W
 
R
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
L
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
T
 
T
L
 
M
F
 
Y
H
 
N
T
 
R
E
 
K
P
 
P
V
 
V
G
 
G
M
 
K
F
 
Y
H
 
H
L
 
I
Q
 
Q
L
 
V
C
|
C
D
 
T
N
 
T
V
 
T
S
 
P
C
|
C
M
 
M
L
 
L
C
 
R
R
 
N
S
 
S
E
 
D
D
 
S
L
 
I
L
 
L
R
 
E
H
 
A
L
 
I
E
 
Q
E
 
K
V
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
K
 
K
K
 
V
G
 
G
E
 
E
T
 
T
T
 
T
P
 
P
D
 
D
R
 
K
L
 
L
F
 
F
T
 
T
L
 
L
S
 
I
T
 
E
V
 
V
E
 
E
C
|
C
L
 
L
G
 
G
A
 
A
C
|
C
E
 
V
M
 
N
A
 
A
P
 
P
V
 
M
M
 
V
Q
 
Q
V
 
I
G
 
N
D
 
D
D
 
N
Y
 
Y
H
 
Y
G
 
E
D
 
D
L
 
L
D
 
T
I
 
P
A
 
K
R
 
D
I
 
I
D
 
E
A
 
E
L
 
I
L
 
I
D
 
D
R
 
E
L
 
L
R
 
K

Sites not aligning to the query:

Q9D6J6 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial; NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit; EC 7.1.1.2 from Mus musculus (Mouse) (see paper)
46% identity, 84% coverage: 5:151/174 of query aligns to 60:208/248 of Q9D6J6

query
sites
Q9D6J6
E
 
K
K
 
R
I
 
I
E
 
E
E
 
A
A
 
I
A
 
V
A
 
K
R
 
N
Y
 
Y
P
 
P
D
 
E
-
 
G
-
 
H
Q
 
Q
R
 
A
S
 
A
A
 
A
I
 
V
M
 
L
P
 
P
A
 
V
L
 
L
R
 
D
I
 
L
A
 
A
Q
 
Q
T
 
R
E
 
Q
H
 
N
G
 
G
H
 
W
L
 
L
P
 
P
G
 
I
P
 
S
V
 
A
L
 
M
E
 
N
E
 
K
V
 
V
A
 
A
N
 
E
I
 
V
L
 
L
G
 
Q
V
 
V
E
 
P
R
 
P
I
 
M
W
 
R
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
L
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
T
 
T
L
 
M
F
 
Y
H
 
N
T
 
R
E
 
K
P
 
P
V
 
V
G
 
G
M
 
K
F
 
Y
H
 
H
L
 
I
Q
 
Q
L
 
V
C
|
C
D
 
T
N
 
T
V
 
T
S
 
P
C
|
C
M
 
M
L
 
L
C
 
R
R
 
D
S
 
S
E
 
D
D
 
S
L
 
I
L
 
L
R
 
E
H
 
T
L
 
L
E
 
Q
E
 
R
V
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
K
 
K
K
 
V
G
 
G
E
 
E
T
 
T
T
 
T
P
 
P
D
 
D
R
 
K
L
 
L
F
 
F
T
 
T
L
 
L
S
 
I
T
 
E
V
 
V
E
 
E
C
|
C
L
 
L
G
 
G
A
 
A
C
|
C
E
 
V
M
 
N
A
 
A
P
 
P
V
 
M
M
 
V
Q
 
Q
V
 
I
G
 
N
D
 
D
D
 
N
Y
 
Y
H
 
Y
G
 
E
D
 
D
L
 
L
D
 
T
I
 
P
A
 
K
R
 
D
I
 
I
D
 
E
A
 
E
L
 
I
L
 
I
D
 
D
R
 
E
L
 
L
R
 
K

P19404 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial; NDUFV2; NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit; EC 7.1.1.2 from Homo sapiens (Human) (see 2 papers)
44% identity, 84% coverage: 5:151/174 of query aligns to 61:209/249 of P19404

query
sites
P19404
E
 
K
K
 
R
I
 
I
E
 
E
E
 
A
A
 
I
A
 
V
A
 
K
R
 
N
Y
 
Y
P
 
P
D
 
E
-
 
G
-
 
H
Q
 
K
R
 
A
S
 
A
A
 
A
I
 
V
M
 
L
P
 
P
A
 
V
L
 
L
R
 
D
I
 
L
A
 
A
Q
 
Q
T
 
R
E
 
Q
H
 
N
G
 
G
H
 
W
L
 
L
P
 
P
G
 
I
P
 
S
V
 
A
L
 
M
E
 
N
E
 
K
V
 
V
A
 
A
N
 
E
I
 
V
L
 
L
G
 
Q
V
 
V
E
 
P
R
 
P
I
 
M
W
 
R
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
L
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
T
 
T
L
 
M
F
 
Y
H
 
N
T
 
R
E
 
K
P
 
P
V
 
V
G
 
G
M
 
K
F
 
Y
H
 
H
L
 
I
Q
 
Q
L
 
V
C
 
C
D
 
T
N
 
T
V
 
T
S
 
P
C
 
C
M
 
M
L
 
L
C
 
R
R
 
N
S
 
S
E
 
D
D
 
S
L
 
I
L
 
L
R
 
E
H
 
A
L
 
I
E
 
Q
E
 
K
V
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
K
 
K
K
 
V
G
 
G
E
 
E
T
 
T
T
 
T
P
 
P
D
 
D
R
 
K
L
 
L
F
 
F
T
 
T
L
 
L
S
 
I
T
 
E
V
 
V
E
 
E
C
 
C
L
 
L
G
 
G
A
 
A
C
 
C
E
 
V
M
 
N
A
 
A
P
 
P
V
 
M
M
 
V
Q
 
Q
V
 
I
G
 
N
D
 
D
D
 
N
Y
 
Y
H
x
Y
G
 
E
D
 
D
L
 
L
D
 
T
I
 
A
A
 
K
R
 
D
I
 
I
D
 
E
A
 
E
L
 
I
L
 
I
D
 
D
R
 
E
L
 
L
R
 
K

Sites not aligning to the query:

7zmbH Cryoem structure of mitochondrial complex i from chaetomium thermophilum (state 2) (see paper)
43% identity, 94% coverage: 7:169/174 of query aligns to 29:190/221 of 7zmbH

query
sites
7zmbH
I
 
I
E
 
E
E
 
Q
A
 
I
A
 
L
A
 
K
R
 
R
Y
 
Y
P
 
P
D
 
P
Q
 
Q
-
 
Y
-
 
K
R
 
K
S
 
A
A
 
A
I
 
V
M
 
M
P
 
P
A
 
L
L
 
L
R
 
D
I
 
L
A
 
G
Q
 
Q
T
 
R
E
 
Q
H
 
H
G
 
G
H
 
F
L
 
C
P
 
S
G
 
I
P
 
S
V
 
V
L
 
M
E
 
N
E
 
E
V
 
V
A
 
A
N
 
R
I
 
I
L
 
L
G
 
E
V
 
M
E
 
P
R
 
P
I
 
M
W
 
R
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
L
 
V
A
 
A
T
 
S
F
 
F
Y
 
Y
T
 
T
L
 
M
F
 
Y
H
 
N
T
 
R
E
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
M
 
K
F
 
F
H
 
H
L
 
V
Q
 
Q
L
 
A
C
|
C
D
 
T
N
 
T
V
 
T
S
x
P
C
|
C
M
 
Q
L
 
L
-
 
G
-
 
G
C
 
C
R
 
G
S
 
S
E
 
D
D
 
A
L
 
I
L
 
V
R
 
K
H
 
A
L
 
I
E
 
K
E
 
E
V
 
H
L
 
L
G
 
G
I
 
I
K
 
N
K
 
Q
G
 
G
E
 
E
T
 
T
T
 
T
P
 
P
D
 
D
R
 
G
L
 
L
F
 
F
T
 
T
L
 
F
S
 
I
T
 
E
V
 
V
E
 
E
C
|
C
L
 
L
G
 
G
A
|
A
C
|
C
E
 
V
M
 
N
A
 
A
P
 
P
V
 
M
M
 
V
Q
 
Q
V
 
I
G
 
N
D
 
D
D
 
D
Y
 
Y
H
 
Y
G
 
E
D
 
D
L
 
L
D
 
T
I
 
P
A
 
E
R
 
T
I
 
I
D
 
K
A
 
Q
L
 
V
L
 
L
D
 
T
R
 
A
L
 
L
R
 
K
T
 
E
E
 
S
A
 
V
R
 
N
Q
 
-
P
 
-
T
 
-
G
 
-
A
 
-
D
 
D
L
 
V
A
 
S
L
 
K
A
 
A
A
 
P
P
 
K
P
 
P
G
 
G

7b0nE 3.7-angstrom structure of Yarrowia lipolytica complex I with an R121M mutation in NUCM. (see paper)
41% identity, 98% coverage: 5:174/174 of query aligns to 26:187/216 of 7b0nE

query
sites
7b0nE
E
 
K
K
 
R
I
 
A
E
 
E
E
 
E
A
 
V
A
 
I
A
 
A
R
 
K
Y
 
Y
P
 
P
D
 
P
Q
 
Q
-
 
Y
-
 
K
R
 
K
S
 
A
A
 
A
I
 
V
M
 
M
P
 
P
A
 
L
L
 
L
R
 
D
I
 
I
A
 
G
Q
 
Q
T
 
R
E
 
Q
H
 
L
G
 
G
H
 
Y
L
 
T
P
 
S
G
 
I
P
 
S
V
 
V
L
 
M
E
 
N
E
 
Y
V
 
V
A
 
A
N
 
K
I
 
L
L
 
L
G
 
E
V
 
M
E
 
P
R
 
P
I
 
M
W
 
R
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
L
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
T
 
T
L
 
M
F
 
Y
H
 
N
T
 
R
E
 
T
P
 
P
V
 
M
G
 
G
M
 
R
F
 
Y
H
 
H
L
 
L
Q
 
Q
L
 
I
C
|
C
D
 
T
N
x
T
V
 
T
S
x
P
C
|
C
M
 
Q
L
 
L
C
 
C
R
 
G
S
 
S
E
 
D
D
 
G
L
 
I
L
 
M
R
 
E
H
 
A
L
 
V
E
 
Q
E
 
N
V
 
T
L
 
L
G
 
N
I
 
I
K
 
K
K
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
T
T
 
T
P
 
K
D
 
D
R
 
N
L
 
L
F
 
F
T
 
T
L
 
L
S
 
S
T
 
E
V
 
V
E
 
E
C
|
C
L
|
L
G
 
G
A
|
A
C
|
C
E
 
V
M
 
N
A
 
A
P
 
P
V
 
M
M
 
M
Q
 
A
V
 
I
G
 
N
D
 
D
D
 
D
Y
 
Y
H
 
Y
G
 
E
D
 
D
L
 
L
D
 
T
I
 
P
A
 
E
R
 
G
I
 
T
D
 
V
A
 
K
L
 
L
L
 
L
D
 
E
R
 
D
L
 
C
R
 
K
T
 
A
E
 
-
A
 
G
R
 
K
Q
 
M
P
 
P
T
 
T
G
 
-
A
 
-
D
 
-
L
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
A
 
-
P
 
-
P
 
P
G
 
G
D
 
P
Y
 
E
R
 
N
H
 
H
V
 
V

8eswV2 NADH dehydrogenase (Ubiquinone) 24 kDa subunit, isoform A (see paper)
41% identity, 90% coverage: 4:159/174 of query aligns to 25:182/214 of 8eswV2

query
sites
8eswV2
R
 
K
E
 
K
K
x
R
I
 
V
E
 
E
E
x
A
A
 
I
A
 
L
A
 
S
R
 
I
Y
 
Y
P
 
P
D
x
E
-
 
G
-
 
H
Q
 
K
R
 
R
S
 
G
A
 
A
I
 
M
M
 
I
P
 
P
A
 
L
L
 
L
R
 
D
I
 
L
A
 
A
Q
 
Q
T
x
R
E
 
Q
H
 
Y
G
 
G
H
 
W
L
 
L
P
 
P
G
 
I
P
 
S
V
 
A
L
 
M
E
 
H
E
 
K
V
 
V
A
 
A
N
 
E
I
 
I
L
 
L
G
 
Q
V
 
L
E
 
P
R
 
N
I
 
M
W
 
R
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
L
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
T
 
T
L
 
M
F
 
F
H
 
M
T
 
R
E
 
K
P
 
P
V
 
T
G
 
G
M
 
K
F
 
Y
H
 
H
L
 
I
Q
 
Q
L
 
V
C
|
C
D
 
T
N
 
T
V
 
T
S
 
P
C
|
C
M
 
W
L
 
L
C
 
R
R
 
G
S
 
S
E
 
D
D
 
D
L
 
I
L
 
L
R
 
E
H
 
T
L
 
C
E
 
K
E
 
K
V
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
I
K
 
G
K
 
V
G
 
G
E
 
D
T
 
T
T
 
T
P
 
K
D
 
D
R
 
R
L
 
K
F
 
F
T
 
T
L
 
I
S
 
S
T
 
E
V
 
V
E
 
E
C
|
C
L
|
L
G
|
G
A
 
A
C
|
C
E
 
V
M
 
N
A
 
A
P
 
P
V
 
M
M
 
V
Q
 
A
V
 
I
G
 
N
D
 
D
D
 
D
Y
 
Y
H
 
Y
G
 
E
D
 
D
L
 
L
D
 
T
I
 
S
A
 
K
R
 
D
I
 
M
D
 
Q
A
 
D
L
 
I
L
 
L
D
 
N
R
 
D
L
 
L
R
 
K
T
 
A
E
 
D
A
 
K
R
 
I
Q
 
S
P
 
P
T
 
P
G
 
G

8b9zE Drosophila melanogaster complex i in the active state (dm1) (see paper)
41% identity, 90% coverage: 4:159/174 of query aligns to 25:182/214 of 8b9zE

query
sites
8b9zE
R
 
K
E
 
K
K
 
R
I
 
V
E
 
E
E
 
A
A
 
I
A
 
L
A
 
S
R
 
I
Y
 
Y
P
 
P
D
 
E
-
 
G
-
 
H
Q
 
K
R
 
R
S
 
G
A
 
A
I
 
M
M
 
I
P
 
P
A
 
L
L
 
L
R
 
D
I
 
L
A
 
A
Q
 
Q
T
 
R
E
 
Q
H
 
Y
G
 
G
H
 
W
L
 
L
P
 
P
G
 
I
P
 
S
V
 
A
L
 
M
E
 
H
E
 
K
V
 
V
A
 
A
N
 
E
I
 
I
L
 
L
G
 
Q
V
 
L
E
 
P
R
 
N
I
 
M
W
 
R
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
L
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
T
 
T
L
 
M
F
 
F
H
 
M
T
 
R
E
 
K
P
 
P
V
 
T
G
 
G
M
 
K
F
 
Y
H
 
H
L
 
I
Q
 
Q
L
 
V
C
|
C
D
 
T
N
x
T
V
x
T
S
x
P
C
|
C
M
 
W
L
 
L
C
 
R
R
 
G
S
 
S
E
 
D
D
 
D
L
 
I
L
 
L
R
 
E
H
 
T
L
 
C
E
 
K
E
 
K
V
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
I
K
 
G
K
 
V
G
 
G
E
 
D
T
 
T
T
 
T
P
 
K
D
 
D
R
 
R
L
 
K
F
 
F
T
 
T
L
 
I
S
 
S
T
 
E
V
 
V
E
 
E
C
|
C
L
|
L
G
|
G
A
|
A
C
|
C
E
 
V
M
 
N
A
 
A
P
 
P
V
 
M
M
 
V
Q
 
A
V
 
I
G
 
N
D
 
D
D
 
D
Y
 
Y
H
 
Y
G
 
E
D
 
D
L
 
L
D
 
T
I
 
S
A
 
K
R
 
D
I
 
M
D
 
Q
A
 
D
L
 
I
L
 
L
D
 
N
R
 
D
L
 
L
R
 
K
T
 
A
E
 
D
A
 
K
R
 
I
Q
 
S
P
 
P
T
 
P
G
 
G

3iam2 Crystal structure of the hydrophilic domain of respiratory complex i from thermus thermophilus, reduced, 2 mol/asu, with bound nadh (see paper)
44% identity, 86% coverage: 7:155/174 of query aligns to 10:161/179 of 3iam2

query
sites
3iam2
I
 
L
E
 
E
E
 
E
A
 
T
A
 
F
A
 
A
R
 
K
Y
 
Y
P
 
P
D
 
P
Q
 
E
-
 
G
-
 
R
R
 
R
S
 
A
A
 
A
I
 
I
M
 
M
P
 
P
A
 
L
L
 
L
R
 
R
I
 
R
A
 
V
Q
 
Q
T
 
Q
E
 
E
H
 
E
G
 
G
H
 
W
L
 
I
P
 
R
G
 
P
P
 
E
V
 
R
L
 
I
E
 
E
E
 
E
V
 
I
A
 
A
N
 
R
I
 
L
L
 
V
G
 
G
V
 
T
E
 
T
R
 
P
I
 
T
W
 
E
V
 
V
Y
 
M
E
 
G
L
 
V
A
 
A
T
 
S
F
 
F
Y
 
Y
T
 
S
L
 
Y
F
 
Y
H
 
Q
T
 
F
E
 
V
P
 
P
V
 
T
G
 
G
M
 
K
F
 
Y
H
 
H
L
 
L
Q
 
Q
L
 
V
C
|
C
D
 
A
N
 
T
V
 
L
S
 
S
C
|
C
M
 
K
L
 
L
C
 
A
R
 
G
S
 
A
E
 
E
D
 
E
L
 
L
L
 
W
R
 
D
H
 
Y
L
 
L
E
 
T
E
 
E
V
 
T
L
 
L
G
 
G
I
 
I
K
 
G
K
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
V
T
 
T
P
 
P
D
 
D
R
 
G
L
 
L
F
 
F
T
 
S
L
 
V
S
 
Q
T
 
K
V
 
V
E
 
E
C
|
C
L
 
L
G
 
G
A
 
S
C
|
C
E
 
H
M
 
T
A
 
A
P
 
P
V
 
V
M
 
I
Q
 
Q
V
 
V
G
 
N
D
 
D
D
 
E
-
 
P
Y
 
Y
H
 
V
G
 
E
D
 
C
L
 
V
D
 
T
I
 
R
A
 
A
R
 
R
I
 
L
D
 
E
A
 
A
L
 
L
L
 
L
D
 
A
R
 
G
L
 
L
R
 
R
T
 
A
E
 
G
A
 
K
R
 
R

Q56221 NADH-quinone oxidoreductase subunit 2; NADH dehydrogenase I chain 2; NDH-1 subunit 2; EC 7.1.1.- from Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (see 2 papers)
44% identity, 86% coverage: 7:155/174 of query aligns to 11:162/181 of Q56221

query
sites
Q56221
I
 
L
E
 
E
E
 
E
A
 
T
A
 
F
A
 
A
R
 
K
Y
 
Y
P
 
P
D
 
P
Q
 
E
-
 
G
-
 
R
R
 
R
S
 
A
A
 
A
I
 
I
M
 
M
P
 
P
A
 
L
L
 
L
R
 
R
I
 
R
A
 
V
Q
 
Q
T
 
Q
E
 
E
H
 
E
G
 
G
H
 
W
L
 
I
P
 
R
G
 
P
P
 
E
V
 
R
L
 
I
E
 
E
E
 
E
V
 
I
A
 
A
N
 
R
I
 
L
L
 
V
G
 
G
V
 
T
E
 
T
R
 
P
I
 
T
W
 
E
V
 
V
Y
 
M
E
 
G
L
 
V
A
 
A
T
 
S
F
 
F
Y
 
Y
T
 
S
L
 
Y
F
 
Y
H
 
Q
T
 
F
E
 
V
P
 
P
V
 
T
G
 
G
M
 
K
F
 
Y
H
 
H
L
 
L
Q
 
Q
L
 
V
C
|
C
D
 
A
N
 
T
V
 
L
S
|
S
C
|
C
M
 
K
L
 
L
C
 
A
R
 
G
S
 
A
E
 
E
D
 
E
L
 
L
L
 
W
R
 
D
H
 
Y
L
 
L
E
 
T
E
 
E
V
 
T
L
 
L
G
 
G
I
 
I
K
 
G
K
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
V
T
 
T
P
 
P
D
 
D
R
 
G
L
 
L
F
 
F
T
 
S
L
 
V
S
 
Q
T
 
K
V
 
V
E
 
E
C
|
C
L
 
L
G
 
G
A
 
S
C
|
C
E
 
H
M
 
T
A
 
A
P
 
P
V
 
V
M
 
I
Q
 
Q
V
 
V
G
 
N
D
 
D
D
 
E
-
 
P
Y
 
Y
H
 
V
G
 
E
D
x
C
L
 
V
D
 
T
I
 
R
A
 
A
R
 
R
I
 
L
D
 
E
A
 
A
L
 
L
L
 
L
D
 
A
R
 
G
L
 
L
R
 
R
T
 
A
E
 
G
A
 
K
R
 
R

Sites not aligning to the query:

3i9v2 Crystal structure of the hydrophilic domain of respiratory complex i from thermus thermophilus, oxidized, 2 mol/asu (see paper)
44% identity, 86% coverage: 7:155/174 of query aligns to 9:160/178 of 3i9v2

query
sites
3i9v2
I
 
L
E
 
E
E
 
E
A
 
T
A
 
F
A
 
A
R
 
K
Y
 
Y
P
 
P
D
 
P
Q
 
E
-
 
G
-
 
R
R
 
R
S
 
A
A
 
A
I
 
I
M
 
M
P
 
P
A
 
L
L
 
L
R
 
R
I
 
R
A
 
V
Q
 
Q
T
 
Q
E
 
E
H
 
E
G
 
G
H
 
W
L
 
I
P
 
R
G
 
P
P
 
E
V
 
R
L
 
I
E
 
E
E
 
E
V
 
I
A
 
A
N
 
R
I
 
L
L
 
V
G
 
G
V
 
T
E
 
T
R
 
P
I
 
T
W
 
E
V
 
V
Y
 
M
E
 
G
L
 
V
A
 
A
T
 
S
F
 
F
Y
 
Y
T
x
S
L
 
Y
F
 
Y
H
 
Q
T
 
F
E
 
V
P
 
P
V
 
T
G
 
G
M
 
K
F
 
Y
H
 
H
L
 
L
Q
 
Q
L
 
V
C
|
C
D
 
A
N
x
T
V
 
L
S
|
S
C
|
C
M
 
K
L
 
L
C
 
A
R
 
G
S
 
A
E
 
E
D
 
E
L
 
L
L
 
W
R
 
D
H
 
Y
L
 
L
E
 
T
E
 
E
V
 
T
L
 
L
G
 
G
I
 
I
K
 
G
K
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
V
T
 
T
P
 
P
D
 
D
R
 
G
L
 
L
F
 
F
T
 
S
L
 
V
S
 
Q
T
 
K
V
|
V
E
|
E
C
|
C
L
|
L
G
|
G
A
x
S
C
|
C
E
 
H
M
 
T
A
 
A
P
 
P
V
 
V
M
 
I
Q
 
Q
V
 
V
G
 
N
D
 
D
D
 
E
-
 
P
Y
 
Y
H
 
V
G
 
E
D
 
C
L
 
V
D
 
T
I
 
R
A
 
A
R
 
R
I
 
L
D
 
E
A
 
A
L
 
L
L
 
L
D
 
A
R
 
G
L
 
L
R
 
R
T
 
A
E
 
G
A
 
K
R
 
R

8b6fAI ndutt15 (see paper)
38% identity, 95% coverage: 5:169/174 of query aligns to 26:196/231 of 8b6fAI

query
sites
8b6fAI
E
 
K
K
 
E
I
 
I
E
 
E
E
 
K
A
 
I
A
 
L
A
 
A
R
 
K
Y
 
Y
P
 
P
-
 
L
-
 
K
D
 
Q
Q
 
K
R
 
R
S
 
S
A
 
A
I
 
V
M
 
M
P
 
P
A
 
L
L
 
L
R
 
Y
I
 
L
A
 
V
Q
 
Q
T
 
E
E
 
Q
H
 
N
G
 
N
H
 
N
-
 
W
L
 
V
P
 
P
G
 
L
P
 
S
V
 
A
L
 
M
E
 
K
E
 
K
V
 
I
A
 
A
N
 
K
I
 
L
L
 
L
G
 
E
V
 
M
E
 
P
R
 
E
I
 
I
W
 
D
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
L
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
T
 
T
L
 
M
F
 
Y
H
 
N
T
 
R
E
 
E
P
 
P
V
 
V
G
 
G
M
 
K
F
 
F
H
 
H
L
 
L
Q
 
Q
L
 
I
C
|
C
D
 
G
N
 
T
V
 
T
S
x
P
C
|
C
M
 
Q
L
 
L
C
 
C
R
 
G
S
 
S
E
 
R
D
 
E
L
 
I
L
 
T
R
 
K
H
 
A
L
 
I
E
 
E
E
 
E
V
 
Y
L
 
T
G
 
Q
I
 
T
K
 
K
K
 
L
G
 
G
E
 
H
T
 
T
T
 
S
P
 
A
D
 
D
R
 
G
L
 
K
F
 
W
T
 
T
L
 
L
S
 
E
T
 
E
V
 
V
E
 
E
C
|
C
L
|
L
G
|
G
A
|
A
C
|
C
E
 
S
M
 
N
A
 
A
P
 
P
V
x
M
M
 
I
Q
 
Q
V
 
V
G
 
N
D
 
N
D
 
K
Y
 
W
-
 
V
H
 
Y
G
 
E
D
 
D
L
 
L
D
 
T
I
 
T
A
 
E
R
 
N
I
 
V
D
 
V
A
 
K
L
 
L
L
 
L
D
 
K
R
 
D
L
 
L
R
 
E
-
 
S
-
 
G
T
 
T
E
 
D
A
 
K
R
 
K
Q
 
G
P
 
P
T
 
Q
G
 
N
A
 
H
D
 
R
L
 
N
A
 
Q
L
 
V
A
 
E
A
 
G
P
 
P
P
 
L
G
 
G

P29914 NADH-quinone oxidoreductase chain 2; NADH dehydrogenase I, chain 2; NDH-1, chain 2; EC 7.1.1.- from Paracoccus denitrificans (see paper)
41% identity, 79% coverage: 13:150/174 of query aligns to 29:169/239 of P29914

query
sites
P29914
R
 
K
Y
 
Y
P
 
P
D
 
E
-
 
G
-
 
R
Q
 
Q
R
 
Q
S
 
S
A
 
A
I
 
I
M
 
I
P
 
P
A
 
V
L
 
L
R
 
W
I
 
R
A
 
A
Q
 
Q
T
 
E
E
 
Q
H
 
E
G
 
G
H
 
W
L
 
L
P
 
S
G
 
R
P
 
P
V
 
A
L
 
I
E
 
E
E
 
Y
V
x
C
A
 
A
N
 
D
I
 
L
L
 
L
G
 
G
V
 
M
E
 
P
R
 
Y
I
 
I
W
 
R
V
 
A
Y
 
L
E
 
E
L
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
T
 
F
L
 
M
F
 
F
H
 
Q
T
 
L
E
 
Q
P
 
P
V
 
V
G
 
G
-
 
S
M
 
V
F
 
A
H
|
H
L
 
I
Q
 
Q
L
 
I
C
|
C
D
 
G
N
 
T
V
 
T
S
 
T
C
|
C
M
 
M
L
 
I
C
|
C
R
 
G
S
 
A
E
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
I
R
 
R
H
 
V
L
x
C
E
 
K
E
 
E
V
 
K
L
 
I
G
 
A
I
 
P
K
 
E
K
 
P
G
 
H
E
 
A
T
 
L
T
 
S
P
 
A
D
 
D
R
 
G
L
 
R
F
 
F
T
 
S
L
 
W
S
 
E
T
 
E
V
 
V
E
 
E
C
|
C
L
 
L
G
 
G
A
 
A
C
|
C
E
 
T
M
 
N
A
 
A
P
 
P
V
 
M
M
 
A
Q
 
Q
V
 
I
G
 
G
D
 
K
D
 
D
Y
 
F
H
 
Y
G
 
E
D
 
D
L
 
L
D
 
T
I
 
V
A
 
E
R
 
K
I
 
L
D
 
A
A
 
A
L
 
L
L
 
I
D
 
D
R
 
R
L
 
F

8qbyE Respiratory complex i from paracoccus denitrificans in msp2n2 nanodiscs
41% identity, 79% coverage: 13:150/174 of query aligns to 29:169/236 of 8qbyE

query
sites
8qbyE
R
 
K
Y
 
Y
P
 
P
D
 
E
-
 
G
-
 
R
Q
 
Q
R
 
Q
S
 
S
A
 
A
I
 
I
M
 
I
P
 
P
A
 
V
L
 
L
R
 
W
I
 
R
A
 
A
Q
 
Q
T
 
E
E
 
Q
H
 
E
G
 
G
H
 
W
L
 
L
P
 
S
G
 
R
P
 
P
V
 
A
L
 
I
E
 
E
E
 
Y
V
 
C
A
 
A
N
 
D
I
 
L
L
 
L
G
 
G
V
 
M
E
 
P
R
 
Y
I
 
I
W
 
R
V
 
A
Y
 
L
E
 
E
L
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
T
 
F
L
 
M
F
 
F
H
 
Q
T
 
L
E
 
Q
P
 
P
V
 
V
G
 
G
-
 
S
M
 
V
F
 
A
H
 
H
L
 
I
Q
 
Q
L
 
I
C
|
C
D
 
G
N
 
T
V
 
T
S
 
T
C
|
C
M
 
M
L
 
I
C
 
C
R
 
G
S
 
A
E
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
I
R
 
R
H
 
V
L
 
C
E
 
K
E
 
E
V
 
K
L
 
I
G
 
A
I
 
P
K
 
E
K
 
P
G
 
H
E
 
A
T
 
L
T
 
S
P
 
A
D
 
D
R
 
G
L
 
R
F
 
F
T
 
S
L
 
W
S
 
E
T
 
E
V
 
V
E
 
E
C
|
C
L
 
L
G
|
G
A
|
A
C
|
C
E
 
T
M
 
N
A
 
A
P
 
P
V
x
M
M
 
A
Q
 
Q
V
 
I
G
 
G
D
 
K
D
 
D
Y
 
F
H
 
Y
G
 
E
D
 
D
L
 
L
D
 
T
I
 
V
A
 
E
R
 
K
I
 
L
D
 
A
A
 
A
L
 
L
L
 
I
D
 
D
R
 
R
L
 
F

8e73V2 qcr9 (see paper)
35% identity, 93% coverage: 4:164/174 of query aligns to 24:197/222 of 8e73V2

query
sites
8e73V2
R
 
K
E
 
A
K
 
K
I
 
V
E
 
T
E
 
E
A
 
I
A
 
L
A
 
S
R
 
H
Y
 
Y
P
 
P
D
 
S
-
 
N
-
 
Y
Q
 
K
R
 
Q
S
 
S
A
 
A
I
 
V
M
 
I
P
 
P
A
 
L
L
 
L
R
 
D
I
 
L
A
 
A
Q
 
Q
T
 
Q
E
 
Q
H
 
H
G
 
G
-
 
G
H
 
W
L
 
L
P
 
P
G
 
V
P
 
S
V
 
A
L
 
M
E
 
N
E
 
A
V
 
V
A
 
A
N
 
N
I
 
I
L
 
I
G
 
E
V
 
V
E
 
P
R
 
P
I
 
I
W
 
R
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
L
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
T
 
S
L
 
M
F
 
F
H
 
N
T
 
R
E
 
A
P
 
K
V
 
V
G
 
G
M
 
K
F
 
Y
H
 
H
L
 
L
Q
 
L
L
 
V
C
|
C
D
 
G
N
x
T
V
 
T
S
x
P
C
|
C
M
 
M
L
 
I
C
 
R
R
 
G
S
 
S
E
 
R
D
 
G
L
 
I
L
 
E
R
 
E
H
 
A
L
 
L
E
 
L
E
 
K
V
 
H
L
 
L
G
 
G
I
 
V
K
 
K
K
 
R
G
 
N
E
 
E
T
 
V
T
 
T
P
 
P
D
 
D
R
 
G
L
 
L
F
 
F
T
 
S
L
 
V
S
 
G
T
 
E
V
 
M
E
 
E
C
|
C
L
 
M
G
|
G
A
 
C
C
|
C
E
 
V
M
 
N
A
 
A
P
 
P
V
 
M
M
 
I
Q
 
T
V
 
V
G
 
A
D
 
D
-
 
Y
-
 
S
-
 
N
-
 
G
-
 
S
-
 
E
-
 
G
-
 
Y
-
 
T
-
 
Y
D
 
N
Y
 
Y
H
 
Y
G
 
E
D
 
D
L
 
V
D
 
T
I
 
P
A
 
E
R
 
K
I
 
V
D
 
V
A
 
E
L
 
I
L
 
V
D
 
E
R
 
K
L
 
L
R
 
R
T
 
K
E
 
G
A
 
E
R
 
K
Q
 
P
P
 
P
T
 
H
G
 
G
A
 
T
D
 
Q
L
 
N
A
 
P
L
 
L

8x9vO Crystal structure of xanthomonas oryzae pv. Oryzae nadh-quinone oxidoreductase subunits nuoe and nuof
40% identity, 84% coverage: 4:150/174 of query aligns to 12:162/163 of 8x9vO

query
sites
8x9vO
R
 
R
E
 
A
K
 
H
I
 
I
E
 
D
E
 
H
A
 
W
A
 
L
A
 
A
R
 
K
Y
 
F
P
 
P
-
 
P
-
 
D
D
 
R
Q
 
K
R
 
R
S
 
S
A
 
A
I
 
V
M
 
L
P
 
Q
A
 
G
L
 
L
R
 
H
I
 
A
A
 
A
Q
 
Q
T
 
E
E
 
Q
H
 
N
-
 
Q
G
 
G
H
 
W
L
 
L
P
 
T
G
 
D
P
 
E
V
 
L
L
 
I
E
 
V
E
 
G
V
 
V
A
 
A
N
 
K
I
 
Y
L
 
L
G
 
E
V
 
L
E
 
P
R
 
P
I
 
V
W
 
W
V
 
A
Y
 
Y
E
 
E
L
 
V
A
 
A
T
 
S
F
 
F
Y
 
Y
T
 
S
L
 
M
F
 
F
H
 
E
T
 
T
E
 
E
P
 
K
V
 
V
G
 
G
M
 
R
F
 
H
H
 
N
L
 
V
Q
 
A
L
 
F
C
|
C
D
 
T
N
|
N
V
 
I
S
|
S
C
|
C
M
 
W
L
 
L
C
 
N
R
 
G
S
 
A
E
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
L
R
 
A
H
 
H
L
 
A
E
 
E
E
 
K
V
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
C
K
 
K
K
 
L
G
 
G
E
 
Q
T
 
S
T
 
T
P
 
A
D
 
D
-
 
G
R
 
R
L
 
V
F
 
Y
T
 
L
L
 
K
S
 
R
T
 
E
V
 
E
E
 
E
C
|
C
L
 
L
G
 
A
A
|
A
C
|
C
E
 
S
M
 
A
A
 
A
P
 
P
V
 
M
M
 
M
Q
 
V
V
 
I
G
 
N
D
 
G
D
 
H
Y
 
Y
H
 
H
G
 
E
D
 
H
L
 
L
D
 
T
I
 
K
A
 
E
R
 
K
I
 
V
D
 
D
A
 
A
L
 
L
L
 
L
D
 
D
R
 
G
L
 
L

7a23B Plant mitochondrial respiratory complex i (see paper)
34% identity, 90% coverage: 4:159/174 of query aligns to 24:192/219 of 7a23B

query
sites
7a23B
R
 
Q
E
 
S
K
 
K
I
 
V
E
 
K
E
 
E
A
 
I
A
 
L
A
 
S
R
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
D
 
S
-
 
N
-
 
Y
Q
 
K
R
 
Q
S
 
S
A
 
A
I
 
V
M
 
I
P
 
P
A
 
L
L
 
L
R
 
D
I
 
L
A
 
A
Q
 
Q
T
 
Q
E
 
Q
H
 
N
G
 
G
-
 
G
H
 
W
L
 
L
P
 
P
G
 
V
P
 
S
V
 
A
L
 
M
E
 
N
E
 
A
V
 
V
A
 
A
N
 
K
I
 
V
L
 
I
G
 
E
V
 
V
E
 
A
R
 
P
I
 
I
W
 
R
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
L
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
T
 
S
L
 
M
F
 
F
H
 
N
T
 
R
E
 
A
P
 
K
V
 
V
G
 
G
M
 
K
F
 
Y
H
 
H
L
 
L
Q
 
L
L
 
V
C
|
C
D
 
G
N
 
T
V
 
T
S
x
P
C
|
C
M
 
M
L
 
I
C
 
R
R
 
G
S
 
S
E
 
R
D
 
D
L
 
I
L
 
E
R
 
S
H
 
A
L
 
L
E
 
L
E
 
D
V
 
H
L
 
L
G
 
G
I
 
V
K
 
K
K
 
R
G
 
G
E
 
E
T
 
V
T
 
T
P
 
K
D
 
D
R
 
G
L
 
L
F
 
F
T
 
S
L
 
V
S
 
G
T
 
E
V
 
M
E
 
E
C
|
C
L
x
M
G
|
G
A
x
C
C
|
C
E
 
V
M
 
N
A
 
A
P
 
P
V
 
M
M
 
I
Q
 
T
V
 
V
G
 
A
D
 
D
-
 
Y
-
 
S
-
 
N
-
 
G
-
 
S
-
 
E
-
 
G
-
 
Y
-
 
T
-
 
Y
D
 
N
Y
 
Y
H
 
F
G
 
E
D
 
D
L
 
V
D
 
T
I
 
P
A
 
E
R
 
K
I
 
V
D
 
V
A
 
E
L
 
I
L
 
V
D
 
E
R
 
K
L
 
L
R
 
R
T
 
K
E
 
G
A
 
E
R
 
K
Q
 
P
P
 
P
T
 
H
G
 
G

7t2rC Structure of electron bifurcating ni-fe hydrogenase complex hydabcsl in fmn-free apo state (see paper)
38% identity, 83% coverage: 5:149/174 of query aligns to 6:150/152 of 7t2rC

query
sites
7t2rC
E
 
E
K
 
K
I
 
V
E
 
K
E
 
E
A
 
I
A
 
V
A
 
A
R
 
P
Y
 
W
P
 
K
D
 
G
Q
 
K
R
 
Q
S
 
G
A
 
G
I
 
L
M
 
I
P
 
P
A
 
I
L
 
L
R
 
Q
I
 
E
A
 
V
Q
 
Q
T
 
R
E
 
E
H
 
L
G
 
G
H
 
Y
L
 
L
P
 
P
G
 
E
P
 
E
V
 
A
L
 
L
E
 
L
E
 
T
V
 
I
A
 
S
N
 
R
I
 
E
L
 
L
G
 
K
V
 
M
E
 
P
R
 
K
I
 
A
W
 
E
V
 
V
Y
 
Y
E
 
G
L
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
T
 
A
L
 
Q
F
 
F
H
 
H
T
 
L
E
 
K
P
 
P
V
 
R
G
 
G
M
 
R
F
 
H
H
 
V
L
 
I
Q
 
R
L
 
V
C
|
C
D
 
R
N
 
G
V
 
T
S
 
A
C
|
C
M
 
H
L
 
V
C
 
R
R
 
G
S
 
S
E
 
L
D
 
Q
L
 
I
L
 
L
R
 
E
H
 
K
L
 
V
E
 
K
E
 
Q
V
 
M
L
 
L
G
 
G
I
 
I
K
 
E
K
 
E
G
 
N
E
 
E
T
 
T
T
 
T
P
 
D
D
 
D
R
 
L
L
 
R
F
 
F
T
 
T
L
 
L
S
 
E
T
 
P
V
 
V
E
 
A
C
|
C
L
|
L
G
|
G
A
|
A
C
|
C
E
 
G
M
 
L
A
 
A
P
 
P
V
|
V
M
 
M
Q
 
M
V
 
V
G
 
D
D
 
E
D
 
D
Y
 
T
H
 
H
G
 
G
D
 
R
L
 
M
D
 
T
I
 
P
A
 
D
R
 
K
I
 
I
D
 
Q
A
 
A
L
 
I
L
 
L
D
 
D
R
 
K

Query Sequence

>WP_042119339.1 NCBI__GCF_000092045.1:WP_042119339.1
MTMREKIEEAAARYPDQRSAIMPALRIAQTEHGHLPGPVLEEVANILGVERIWVYELATF
YTLFHTEPVGMFHLQLCDNVSCMLCRSEDLLRHLEEVLGIKKGETTPDRLFTLSTVECLG
ACEMAPVMQVGDDYHGDLDIARIDALLDRLRTEARQPTGADLALAAPPGDYRHV

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory