SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_042450215.1 NCBI__GCF_002893965.1:WP_042450215.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

8cqxA Ribokinase from t.Sp mutant a92g
45% identity, 95% coverage: 6:284/293 of query aligns to 2:298/300 of 8cqxA

query
sites
8cqxA
I
 
I
V
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
S
 
S
I
 
L
N
 
N
M
 
M
D
 
D
L
 
L
T
 
V
T
 
L
S
 
R
V
 
V
S
 
K
R
 
R
F
 
L
P
 
P
A
 
R
P
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
V
L
 
L
G
 
G
T
 
E
A
 
D
F
 
Y
A
 
Q
T
 
T
A
 
H
A
 
P
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
S
 
A
N
 
N
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
A
 
A
A
 
I
A
 
A
K
 
R
A
 
L
G
 
G
G
 
G
D
 
K
V
 
V
S
 
R
F
 
M
V
 
L
G
 
G
A
 
R
V
 
V
G
 
G
D
 
E
D
 
D
G
 
P
F
 
F
G
 
G
T
 
Q
Q
 
A
L
 
L
R
 
K
E
 
S
T
 
G
L
 
L
Q
 
A
D
 
Q
A
 
E
G
 
G
V
 
V
D
 
D
T
 
V
A
 
A
L
 
W
L
 
V
R
 
L
S
 
E
V
 
T
D
 
P
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
 
G
V
 
T
A
 
G
A
 
F
I
 
I
T
 
L
V
 
V
S
 
D
E
 
P
D
 
E
A
 
G
E
 
Q
N
 
N
N
 
Q
I
 
I
I
 
A
V
 
V
V
 
A
P
 
P
G
 
G
A
 
A
N
 
N
S
 
A
S
 
-
V
 
-
T
 
-
S
 
R
L
 
L
S
 
V
E
 
P
A
 
E
D
 
D
L
 
L
D
 
P
A
 
A
I
 
T
A
 
A
H
 
F
-
 
Q
-
 
G
A
 
V
D
 
G
V
 
V
L
 
V
L
 
L
C
 
L
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
I
 
I
P
 
P
L
 
L
D
 
E
T
 
T
V
 
V
T
 
V
A
 
R
A
 
A
A
 
A
R
 
A
H
 
L
A
 
G
R
 
R
A
 
K
N
 
A
G
 
G
T
 
A
T
 
R
V
 
I
I
 
L
L
 
L
N
 
N
P
 
A
S
 
A
P
 
P
V
 
A
Q
 
H
D
 
A
L
 
L
P
 
P
G
 
S
A
 
E
L
 
I
I
 
L
E
 
Q
S
 
S
V
 
V
D
 
D
I
 
L
L
 
L
I
 
L
V
 
V
N
|
N
Q
 
E
T
 
V
E
 
E
S
 
A
E
 
A
Q
 
Q
L
 
L
A
 
T
-
 
E
-
 
A
-
 
S
-
 
P
-
 
P
-
 
R
-
 
T
-
 
P
-
 
E
-
 
E
-
 
A
-
 
L
A
 
A
V
 
L
T
 
A
G
 
R
R
 
Q
V
 
L
R
 
R
-
 
G
-
 
R
-
 
A
-
 
P
-
 
Q
-
 
A
Y
 
Q
L
 
V
V
 
V
T
 
L
T
|
T
L
 
L
G
|
G
A
|
A
G
 
Q
G
|
G
A
 
A
D
 
-
L
 
V
R
 
W
S
 
S
G
 
G
E
 
T
E
 
E
T
 
E
I
 
S
H
 
H
A
 
F
D
 
P
S
 
A
P
 
F
A
 
P
V
 
V
T
 
R
P
 
A
V
 
V
D
|
D
T
 
T
T
|
T
G
 
A
A
 
A
G
 
G
D
 
D
A
 
A
F
|
F
T
 
A
G
 
G
A
 
A
F
 
L
A
 
A
V
 
L
E
 
G
W
 
L
V
 
A
Q
 
E
G
 
G
Q
 
Q
D
 
N
R
 
M
-
 
R
-
 
A
A
 
A
L
 
L
Q
 
R
F
 
F
A
 
A
A
x
N
T
 
A
A
 
A
G
|
G
S
x
A
L
 
L
A
|
A
T
|
T
T
 
T
V
 
R
R
 
P
G
 
G
A
 
A
S
 
Q
V
 
P
S
|
S
S
 
L
P
 
P
T
 
F
R
 
R
A
 
D
A
 
E
I
 
V
E
 
E
K
 
A
V
 
L
L
 
L

4xckA Vibrio cholerae o395 ribokinase complexed with adp, ribose and cesium ion. (see paper)
39% identity, 96% coverage: 5:284/293 of query aligns to 3:302/306 of 4xckA

query
sites
4xckA
R
 
K
I
 
L
V
 
V
V
 
V
V
 
L
G
 
G
S
 
S
I
 
V
N
|
N
M
 
A
D
|
D
L
 
H
T
 
V
T
 
L
S
 
Q
V
 
V
S
 
P
R
 
S
F
 
F
P
 
P
A
 
R
P
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
L
L
 
H
G
 
G
T
 
R
A
 
N
F
 
Y
A
 
Q
T
 
V
A
 
I
A
 
P
G
 
G
G
|
G
K
|
K
G
 
G
S
 
A
N
|
N
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
R
A
 
M
G
 
Q
G
 
A
D
 
D
V
 
V
S
 
G
F
 
F
V
 
I
G
 
A
A
 
C
V
 
V
G
 
G
D
 
D
D
 
D
G
 
S
F
 
F
G
 
G
T
 
I
Q
 
N
L
 
I
R
 
R
E
 
E
T
 
S
L
 
F
Q
 
K
D
 
L
A
 
D
G
 
G
V
 
I
D
 
N
T
 
T
A
 
A
L
 
G
L
 
V
R
 
K
-
 
L
S
 
Q
V
 
P
D
 
N
G
 
C
P
 
P
S
 
T
G
 
G
V
 
I
A
|
A
A
 
M
I
 
I
T
 
Q
V
 
V
S
 
S
E
 
D
D
 
S
A
 
G
E
 
E
N
 
N
N
 
S
I
|
I
I
 
C
V
x
I
V
 
S
P
 
A
G
 
E
A
 
A
N
 
N
S
 
A
S
 
K
V
 
L
T
 
T
S
 
A
L
 
A
S
 
A
-
 
I
E
 
E
A
 
P
D
 
D
L
 
L
D
 
A
A
 
A
I
 
I
A
 
R
H
 
D
A
 
A
D
 
R
V
 
Y
L
 
L
L
 
L
C
 
M
Q
 
Q
L
 
L
E
|
E
I
 
T
P
 
P
L
 
L
D
 
D
T
 
G
V
 
I
T
 
L
A
 
K
A
 
A
A
 
A
R
 
Q
H
 
E
A
 
A
R
 
K
A
 
T
N
 
A
G
 
K
T
 
T
T
 
N
V
 
V
I
 
I
L
 
L
N
 
N
P
 
P
S
 
A
P
 
P
V
 
A
Q
 
R
D
 
E
L
 
L
P
 
P
G
 
D
A
 
E
L
 
L
I
 
L
E
 
K
S
 
C
V
 
V
D
 
D
I
 
L
L
 
I
I
 
T
V
 
P
N
 
N
Q
 
E
T
 
T
E
 
E
S
 
A
E
 
E
Q
 
V
L
 
L
A
 
T
A
 
G
V
 
I
T
 
T
-
 
V
-
 
Y
-
 
D
-
 
D
-
 
S
-
 
S
-
 
A
-
 
Q
-
 
Q
-
 
A
-
 
A
-
 
D
-
 
A
-
 
L
-
 
H
-
 
C
G
 
K
R
 
G
V
 
I
R
 
E
Y
 
I
L
 
V
V
 
I
T
 
I
T
|
T
L
 
L
G
|
G
A
x
S
G
 
K
G
 
G
A
 
V
D
 
W
L
 
L
R
 
S
S
 
Q
G
 
N
E
 
G
E
 
R
T
 
G
I
 
Q
H
 
R
A
 
I
D
 
P
S
 
G
P
 
F
A
 
V
V
|
V
T
 
K
P
 
A
V
 
T
D
 
D
T
|
T
T
|
T
G
x
A
A
|
A
G
|
G
D
|
D
A
 
T
F
|
F
T
 
N
G
 
G
A
 
A
F
 
L
A
 
V
V
 
T
E
 
G
W
 
L
V
 
L
Q
 
Q
G
 
E
Q
 
M
-
 
P
-
 
L
D
 
E
R
 
S
A
 
A
L
 
I
Q
 
K
F
 
F
A
 
A
A
x
H
T
 
A
A
 
A
G
x
A
S
 
A
L
 
I
A
 
S
T
x
V
T
 
T
V
 
R
R
 
F
G
 
G
A
 
A
S
 
Q
V
 
T
S
 
S
S
 
I
P
 
P
T
 
T
R
 
R
A
 
A
A
 
E
I
 
V
E
 
E
K
 
A
V
 
F
L
 
L

6znxC Ribokinase from thermus species
44% identity, 95% coverage: 6:284/293 of query aligns to 2:263/265 of 6znxC

query
sites
6znxC
I
 
I
V
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
S
 
S
I
 
L
N
 
N
M
 
M
D
 
D
L
 
L
T
 
-
T
 
-
S
 
-
V
 
-
S
 
-
R
 
-
F
 
-
P
 
-
A
 
-
P
 
-
G
 
-
E
 
-
T
 
-
L
 
V
L
 
L
G
 
R
T
 
E
A
 
D
F
 
Y
A
 
Q
T
 
T
A
 
H
A
 
P
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
S
 
A
N
 
N
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
A
 
A
A
 
I
A
 
A
K
 
R
A
 
L
G
 
G
G
 
G
D
 
K
V
 
V
S
 
R
F
 
M
V
 
L
G
 
G
A
 
R
V
 
V
G
 
G
D
 
E
D
 
D
G
 
P
F
 
F
G
 
G
T
 
Q
Q
 
A
L
 
L
R
 
K
E
 
S
T
 
G
L
 
L
Q
 
A
D
 
Q
A
 
E
G
 
G
V
 
V
D
 
D
T
 
V
A
 
A
L
 
W
L
 
V
R
 
L
S
 
E
V
 
T
D
 
P
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
 
G
V
 
T
A
 
A
A
 
-
I
 
-
T
 
F
V
 
V
S
 
D
E
 
P
D
 
E
A
 
G
E
 
Q
N
 
N
N
 
Q
I
 
I
I
 
A
V
 
V
V
 
A
P
 
P
G
 
G
A
 
A
N
 
N
S
 
A
S
 
-
V
 
-
T
 
-
S
 
R
L
 
L
S
 
V
E
 
P
A
 
E
D
 
D
L
 
L
D
 
P
A
 
A
I
 
T
A
 
A
H
 
F
-
 
Q
-
 
G
A
 
V
D
 
G
V
 
V
L
 
V
L
 
L
C
 
L
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
I
 
I
P
 
P
L
 
L
D
 
E
T
 
T
V
 
V
T
 
V
A
 
R
A
 
A
A
 
A
R
 
A
H
 
L
A
 
G
R
 
R
A
 
K
N
 
A
G
 
G
T
 
A
T
 
R
V
 
I
I
 
L
L
 
L
N
 
N
P
 
A
S
 
A
P
 
P
V
 
A
Q
 
H
D
 
A
L
 
L
P
 
P
G
 
S
A
 
E
L
 
I
I
 
L
E
 
Q
S
 
S
V
 
V
D
 
D
I
 
L
L
 
L
I
 
L
V
 
V
N
|
N
Q
 
E
T
 
V
E
 
E
S
 
A
E
 
A
Q
 
Q
L
 
-
A
 
-
A
 
A
V
 
L
T
 
A
G
 
R
R
 
Q
V
 
L
R
 
R
-
 
G
Y
 
A
L
 
Q
V
 
V
T
 
V
T
 
L
L
|
L
G
|
G
A
 
A
G
 
Q
G
 
G
A
 
A
D
 
-
L
 
V
R
 
W
S
 
S
G
 
G
E
 
E
E
 
E
T
 
S
I
 
-
H
 
H
A
 
F
D
 
P
S
 
A
P
 
F
A
 
P
V
 
V
T
 
R
P
 
A
V
 
V
D
 
D
T
 
T
T
 
T
G
 
A
A
 
A
G
 
G
D
 
D
A
 
A
F
|
F
T
 
A
G
 
G
A
 
A
F
 
L
A
 
A
V
 
L
E
 
G
W
 
L
V
 
A
Q
 
E
G
 
G
Q
 
Q
D
 
N
R
 
M
-
 
R
-
 
A
A
 
A
L
 
L
Q
 
R
F
 
F
A
 
A
A
x
N
T
 
A
A
 
A
G
|
G
S
x
A
L
 
L
A
 
A
T
|
T
T
 
T
V
 
R
R
 
P
G
 
G
A
 
A
S
 
Q
V
 
P
S
 
S
S
 
L
P
 
P
T
 
F
R
 
R
A
 
D
A
 
E
I
 
V
E
 
E
K
 
A
V
 
L
L
 
L

1rk2A E. Coli ribokinase complexed with ribose and adp, solved in space group p212121 (see paper)
37% identity, 96% coverage: 6:287/293 of query aligns to 4:305/305 of 1rk2A

query
sites
1rk2A
I
 
L
V
 
V
V
 
V
V
 
L
G
 
G
S
 
S
I
 
I
N
|
N
M
 
A
D
|
D
L
 
H
T
 
I
T
 
L
S
 
N
V
 
L
S
 
Q
R
 
S
F
 
F
P
 
P
A
 
T
P
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
V
L
 
T
G
 
G
T
 
N
A
 
H
F
 
Y
A
 
Q
T
 
V
A
 
A
A
 
F
G
|
G
G
|
G
K
|
K
G
 
G
S
 
A
N
|
N
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
G
K
 
R
A
 
S
G
 
G
G
 
A
D
 
N
V
 
I
S
 
A
F
 
F
V
 
I
G
 
A
A
 
C
V
 
T
G
 
G
D
 
D
D
 
D
G
 
S
F
 
I
G
 
G
T
 
E
Q
 
S
L
 
V
R
 
R
E
 
Q
T
 
Q
L
 
L
Q
 
A
D
 
T
A
 
D
G
 
N
V
 
I
D
 
D
T
 
I
A
 
T
L
 
P
L
 
V
R
 
S
S
 
V
V
 
I
D
 
K
G
 
G
P
 
E
S
 
S
-
 
T
G
 
G
V
 
V
A
 
A
A
 
L
I
 
I
T
 
F
V
 
V
S
 
N
E
 
G
D
 
E
A
 
G
E
 
E
N
 
N
N
 
V
I
 
I
I
 
G
V
 
I
V
 
H
P
 
A
G
 
G
A
 
A
N
 
N
S
 
A
S
 
A
V
 
L
T
 
S
-
 
P
S
 
A
L
 
L
S
 
V
E
 
E
A
 
A
D
 
Q
L
 
R
D
 
E
A
 
R
I
 
I
A
 
A
H
 
N
A
 
A
D
 
S
V
 
A
L
 
L
L
 
L
C
 
M
Q
 
Q
L
 
L
E
|
E
I
 
S
P
 
P
L
 
L
D
 
E
T
 
S
V
 
V
T
 
M
A
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
K
H
 
I
A
 
A
R
 
H
A
 
Q
N
 
N
G
 
K
T
 
T
T
 
I
V
 
V
I
 
A
L
 
L
N
 
N
P
 
P
S
 
A
P
 
P
V
 
A
Q
 
R
D
 
E
L
 
L
P
 
P
G
 
D
A
 
E
L
 
L
I
 
L
E
 
A
S
 
L
V
 
V
D
 
D
I
 
I
L
 
I
I
 
T
V
 
P
N
 
N
Q
 
E
T
 
T
E
 
E
S
 
A
E
 
E
Q
 
K
L
 
L
A
 
T
A
 
G
V
 
I
T
 
R
G
 
V
R
 
E
-
 
N
-
 
D
-
 
E
-
 
D
-
 
A
-
 
A
-
 
K
-
 
A
-
 
A
-
 
Q
-
 
V
-
 
L
-
 
H
-
 
E
-
 
K
-
x
G
V
 
I
R
|
R
Y
 
T
L
 
V
V
 
L
T
 
I
T
|
T
L
 
L
G
|
G
A
x
S
G
 
R
G
 
G
A
 
V
D
 
W
L
 
A
R
 
S
S
 
V
G
 
N
E
 
G
E
 
E
T
 
G
I
 
Q
H
 
R
A
 
V
D
 
P
S
 
G
P
 
F
A
 
R
V
 
V
T
 
Q
P
 
A
V
 
V
D
|
D
T
 
T
T
 
I
G
x
A
A
|
A
G
|
G
D
|
D
A
 
T
F
 
F
T
 
N
G
 
G
A
 
A
F
 
L
A
 
I
V
 
T
E
 
A
W
 
L
V
 
L
Q
 
E
G
 
E
Q
 
K
-
 
P
-
 
L
D
 
P
R
 
E
A
 
A
L
 
I
Q
 
R
F
 
F
A
 
A
A
x
H
T
 
A
A
 
A
G
x
A
S
 
A
L
 
I
A
|
A
T
 
V
T
 
T
V
x
R
R
 
K
G
 
G
A
 
A
S
 
Q
V
 
P
S
|
S
S
 
V
P
 
P
T
 
W
R
 
R
A
 
E
A
 
E
I
 
I
E
 
D
K
 
A
V
 
F
L
 
L
N
 
D
R
 
R
Q
 
Q

1gqtB Activation of ribokinase by monovalent cations (see paper)
37% identity, 96% coverage: 6:287/293 of query aligns to 6:307/307 of 1gqtB

query
sites
1gqtB
I
 
L
V
 
V
V
 
V
V
 
L
G
 
G
S
 
S
I
 
I
N
|
N
M
 
A
D
|
D
L
 
H
T
 
I
T
 
L
S
 
N
V
 
L
S
 
Q
R
 
S
F
 
F
P
 
P
A
 
T
P
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
V
L
 
T
G
 
G
T
 
N
A
 
H
F
 
Y
A
 
Q
T
 
V
A
 
A
A
 
F
G
 
G
G
|
G
K
 
K
G
 
G
S
 
A
N
|
N
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
G
K
 
R
A
 
S
G
 
G
G
 
A
D
 
N
V
 
I
S
 
A
F
 
F
V
 
I
G
 
A
A
 
C
V
 
T
G
 
G
D
 
D
D
 
D
G
 
S
F
 
I
G
 
G
T
 
E
Q
 
S
L
 
V
R
 
R
E
 
Q
T
 
Q
L
 
L
Q
 
A
D
 
T
A
 
D
G
 
N
V
 
I
D
 
D
T
 
I
A
 
T
L
 
P
L
 
V
R
 
S
S
 
V
V
 
I
D
 
K
G
 
G
P
 
E
S
 
S
-
 
T
G
 
G
V
 
V
A
 
A
A
 
L
I
 
I
T
 
F
V
 
V
S
 
N
E
 
G
D
 
E
A
 
G
E
 
E
N
 
N
N
 
V
I
 
I
I
 
G
V
 
I
V
 
H
P
 
A
G
 
G
A
 
A
N
 
N
S
 
A
S
 
A
V
 
L
T
 
S
-
 
P
S
 
A
L
 
L
S
 
V
E
 
E
A
 
A
D
 
Q
L
 
R
D
 
E
A
 
R
I
 
I
A
 
A
H
 
N
A
 
A
D
 
S
V
 
A
L
 
L
L
 
L
C
 
M
Q
 
Q
L
 
L
E
|
E
I
 
S
P
 
P
L
 
L
D
 
E
T
 
S
V
 
V
T
 
M
A
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
K
H
 
I
A
 
A
R
 
H
A
 
Q
N
 
N
G
 
K
T
 
T
T
 
I
V
 
V
I
 
A
L
 
L
N
 
N
P
 
P
S
 
A
P
 
P
V
 
A
Q
 
R
D
 
E
L
 
L
P
 
P
G
 
D
A
 
E
L
 
L
I
 
L
E
 
A
S
 
L
V
 
V
D
 
D
I
 
I
L
 
I
I
 
T
V
 
P
N
|
N
Q
 
E
T
 
T
E
 
E
S
 
A
E
 
E
Q
 
K
L
 
L
A
 
T
A
 
G
V
 
I
T
 
R
G
 
V
R
 
E
-
 
N
-
 
D
-
 
E
-
 
D
-
 
A
-
 
A
-
 
K
-
 
A
-
 
A
-
 
Q
-
 
V
-
 
L
-
 
H
-
 
E
-
 
K
-
 
G
V
 
I
R
 
R
Y
 
T
L
 
V
V
 
L
T
 
I
T
|
T
L
 
L
G
|
G
A
x
S
G
 
R
G
 
G
A
 
V
D
 
W
L
 
A
R
 
S
S
 
V
G
 
N
E
 
G
E
 
E
T
 
G
I
 
Q
H
 
R
A
 
V
D
 
P
S
 
G
P
 
F
A
 
R
V
 
V
T
 
Q
P
 
A
V
 
V
D
|
D
T
 
T
T
x
I
G
x
A
A
|
A
G
|
G
D
|
D
A
 
T
F
 
F
T
 
N
G
 
G
A
 
A
F
 
L
A
 
I
V
 
T
E
 
A
W
 
L
V
 
L
Q
 
E
G
 
E
Q
 
K
-
 
P
-
 
L
D
 
P
R
 
E
A
 
A
L
 
I
Q
 
R
F
 
F
A
 
A
A
x
H
T
 
A
A
 
A
G
x
A
S
 
A
L
 
I
A
|
A
T
 
V
T
 
T
V
x
R
R
 
K
G
 
G
A
 
A
S
 
Q
V
 
P
S
|
S
S
 
V
P
 
P
T
 
W
R
 
R
A
 
E
A
 
E
I
 
I
E
 
D
K
 
A
V
 
F
L
 
L
N
 
D
R
 
R
Q
 
Q

P0A9J6 Ribokinase; RK; EC 2.7.1.15 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
37% identity, 96% coverage: 6:287/293 of query aligns to 7:308/309 of P0A9J6

query
sites
P0A9J6
I
 
L
V
 
V
V
 
V
V
 
L
G
 
G
S
 
S
I
 
I
N
|
N
M
x
A
D
|
D
L
 
H
T
 
I
T
 
L
S
 
N
V
 
L
S
 
Q
R
 
S
F
 
F
P
 
P
A
 
T
P
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
V
L
 
T
G
 
G
T
 
N
A
 
H
F
 
Y
A
 
Q
T
 
V
A
 
A
A
 
F
G
 
G
G
|
G
K
|
K
G
|
G
S
x
A
N
|
N
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
G
K
 
R
A
 
S
G
 
G
G
 
A
D
 
N
V
 
I
S
 
A
F
 
F
V
 
I
G
 
A
A
 
C
V
 
T
G
 
G
D
 
D
D
 
D
G
 
S
F
 
I
G
 
G
T
 
E
Q
 
S
L
 
V
R
 
R
E
 
Q
T
 
Q
L
 
L
Q
 
A
D
 
T
A
 
D
G
 
N
V
 
I
D
 
D
T
 
I
A
 
T
L
 
P
L
 
V
R
 
S
S
 
V
V
 
I
D
 
K
G
 
G
P
 
E
S
 
S
-
 
T
G
 
G
V
 
V
A
 
A
A
 
L
I
 
I
T
 
F
V
 
V
S
 
N
E
 
G
D
 
E
A
 
G
E
 
E
N
 
N
N
 
V
I
 
I
I
 
G
V
 
I
V
 
H
P
 
A
G
 
G
A
 
A
N
 
N
S
 
A
S
 
A
V
 
L
T
 
S
-
 
P
S
 
A
L
 
L
S
 
V
E
 
E
A
 
A
D
 
Q
L
 
R
D
 
E
A
 
R
I
 
I
A
 
A
H
 
N
A
 
A
D
 
S
V
 
A
L
 
L
L
 
L
C
 
M
Q
 
Q
L
 
L
E
|
E
I
 
S
P
 
P
L
 
L
D
 
E
T
 
S
V
 
V
T
 
M
A
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
K
H
 
I
A
 
A
R
 
H
A
 
Q
N
 
N
G
 
K
T
 
T
T
 
I
V
 
V
I
 
A
L
 
L
N
 
N
P
 
P
S
 
A
P
 
P
V
 
A
Q
 
R
D
 
E
L
 
L
P
 
P
G
 
D
A
 
E
L
 
L
I
 
L
E
 
A
S
 
L
V
 
V
D
 
D
I
 
I
L
 
I
I
 
T
V
 
P
N
|
N
Q
 
E
T
 
T
E
 
E
S
 
A
E
 
E
Q
 
K
L
 
L
A
 
T
A
 
G
V
 
I
T
 
R
G
 
V
R
 
E
-
 
N
-
 
D
-
 
E
-
 
D
-
 
A
-
 
A
-
 
K
-
 
A
-
 
A
-
 
Q
-
 
V
-
 
L
-
 
H
-
 
E
-
 
K
-
 
G
V
 
I
R
 
R
Y
 
T
L
 
V
V
 
L
T
 
I
T
|
T
L
|
L
G
|
G
A
x
S
G
x
R
G
|
G
A
 
V
D
 
W
L
 
A
R
 
S
S
 
V
G
 
N
E
 
G
E
 
E
T
 
G
I
 
Q
H
 
R
A
 
V
D
 
P
S
 
G
P
 
F
A
 
R
V
 
V
T
 
Q
P
 
A
V
 
V
D
 
D
T
 
T
T
 
I
G
 
A
A
 
A
G
|
G
D
|
D
A
 
T
F
 
F
T
 
N
G
 
G
A
 
A
F
 
L
A
 
I
V
 
T
E
 
A
W
 
L
V
 
L
Q
 
E
G
 
E
Q
 
K
-
 
P
-
 
L
D
 
P
R
 
E
A
 
A
L
 
I
Q
 
R
F
 
F
A
 
A
A
x
H
T
 
A
A
 
A
G
 
A
S
 
A
L
 
I
A
 
A
T
 
V
T
 
T
V
 
R
R
 
K
G
 
G
A
 
A
S
 
Q
V
 
P
S
 
S
S
 
V
P
 
P
T
 
W
R
 
R
A
 
E
A
 
E
I
 
I
E
 
D
K
 
A
V
 
F
L
 
L
N
 
D
R
 
R
Q
 
Q

6ilsB Structure of arabidopsis thaliana ribokinase complexed with ribose and atp (see paper)
37% identity, 96% coverage: 4:285/293 of query aligns to 3:310/313 of 6ilsB

query
sites
6ilsB
P
 
P
R
 
P
I
 
L
V
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
G
S
 
S
I
 
A
N
|
N
M
 
A
D
|
D
L
 
I
T
 
Y
T
 
V
S
 
E
V
 
I
S
 
E
R
 
R
F
 
L
P
 
P
A
 
K
P
 
E
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
I
L
 
S
G
 
A
T
 
K
A
 
T
F
 
G
A
 
Q
T
 
T
A
 
L
A
 
A
G
 
G
G
|
G
K
|
K
G
 
G
S
 
A
N
|
N
Q
 
Q
A
 
A
I
 
A
A
 
C
A
 
G
A
 
A
K
 
K
A
 
L
G
 
M
G
 
Y
D
 
P
V
 
T
S
 
Y
F
 
F
V
 
V
G
 
G
A
 
R
V
 
L
G
 
G
D
 
E
D
 
D
G
 
A
F
 
H
G
 
G
T
 
K
Q
 
L
L
 
I
R
 
A
E
 
E
T
 
A
L
 
L
Q
 
G
D
 
D
-
 
D
-
 
G
A
 
C
G
 
G
V
 
V
D
 
H
T
 
L
A
 
D
L
 
Y
L
 
V
R
 
R
S
 
S
V
 
V
D
 
N
G
 
N
-
 
E
P
 
P
S
 
T
G
 
G
V
 
H
A
 
A
A
 
V
I
 
V
T
 
M
V
 
L
S
 
Q
E
 
S
D
 
D
A
 
G
E
 
Q
N
 
N
N
 
S
I
 
I
I
 
I
V
 
I
V
 
V
P
 
G
G
 
G
A
 
A
N
 
N
S
 
M
S
 
K
V
 
A
T
 
W
S
 
P
-
 
E
-
 
I
L
 
M
S
 
S
E
 
D
A
 
D
D
 
D
L
 
L
D
 
E
A
 
I
I
 
V
A
 
R
H
 
N
A
 
A
D
 
G
V
 
I
L
 
V
L
 
L
C
 
L
Q
 
Q
L
 
R
E
|
E
I
 
I
P
 
P
L
 
D
D
 
S
T
 
I
V
 
N
T
 
I
A
 
Q
A
 
V
A
 
A
R
 
K
H
 
A
A
 
V
R
 
K
A
 
K
N
 
A
G
 
G
T
 
V
T
 
P
V
 
V
I
 
I
L
 
L
N
 
D
P
 
V
S
 
G
P
 
G
V
 
M
Q
 
D
-
 
T
D
 
P
L
 
I
P
 
P
G
 
N
A
 
E
L
 
L
I
 
L
E
 
D
S
 
S
V
 
I
D
 
D
I
 
I
L
 
L
I
 
S
V
 
P
N
|
N
Q
 
E
T
 
T
E
 
E
-
 
L
-
 
S
-
 
R
-
 
L
-
 
T
-
 
G
-
 
M
-
 
P
-
 
T
-
 
E
-
 
T
S
 
F
E
 
E
Q
 
Q
L
 
I
A
 
S
A
 
Q
V
 
A
T
 
V
G
 
A
R
 
K
-
 
C
-
 
H
-
 
K
-
 
L
-
 
G
V
 
V
R
 
K
Y
 
Q
L
 
V
V
 
L
T
 
V
T
x
K
L
 
L
G
|
G
A
 
S
G
 
K
G
 
G
A
 
S
D
 
A
L
 
L
R
 
F
-
 
I
S
 
Q
G
 
G
E
 
E
E
 
K
T
 
P
I
 
I
H
 
Q
A
 
Q
D
 
S
-
 
I
S
x
I
P
 
P
A
|
A
V
 
A
T
 
Q
P
 
V
V
 
V
D
 
D
T
 
T
T
 
T
G
 
G
A
|
A
G
|
G
D
|
D
A
 
T
F
|
F
T
 
T
G
 
A
A
 
A
F
 
F
A
 
A
V
 
V
E
 
A
W
 
M
V
 
V
Q
 
E
G
 
G
Q
 
K
-
 
S
-
 
H
D
 
E
R
 
E
A
 
C
L
 
L
Q
 
R
F
 
F
A
 
A
A
 
A
T
 
A
A
 
A
G
x
A
S
|
S
L
 
L
A
 
C
T
 
V
T
 
Q
V
 
V
R
 
K
G
 
G
A
 
A
S
 
I
V
 
P
S
 
S
S
 
M
P
 
P
T
 
D
R
 
R
A
 
K
A
 
S
I
 
V
E
 
L
K
 
K
V
 
L
L
 
L
N
 
K

A1A6H3 Ribokinase; AtRBSK; RK; EC 2.7.1.15 from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (see paper)
37% identity, 96% coverage: 4:285/293 of query aligns to 69:376/379 of A1A6H3

query
sites
A1A6H3
P
|
P
R
x
P
I
x
L
V
|
V
V
|
V
V
|
V
G
 
G
S
 
S
I
 
A
N
 
N
M
 
A
D
 
D
L
 
I
T
 
Y
T
 
V
S
 
E
V
 
I
S
 
E
R
 
R
F
 
L
P
 
P
A
 
K
P
 
E
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
I
L
 
S
G
 
A
T
 
K
A
 
T
F
 
G
A
 
Q
T
 
T
A
 
L
A
 
A
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
S
 
A
N
 
N
Q
 
Q
A
 
A
I
 
A
A
 
C
A
 
G
A
 
A
K
 
K
A
 
L
G
 
M
G
 
Y
D
 
P
V
 
T
S
 
Y
F
 
F
V
 
V
G
 
G
A
 
R
V
 
L
G
 
G
D
 
E
D
 
D
G
 
A
F
 
H
G
 
G
T
 
K
Q
 
L
L
 
I
R
 
A
E
 
E
T
 
A
L
 
L
Q
 
G
D
 
D
-
 
D
-
 
G
A
 
C
G
 
G
V
 
V
D
 
H
T
 
L
A
 
D
L
 
Y
L
 
V
R
 
R
S
 
S
V
 
V
D
 
N
G
 
N
-
 
E
P
 
P
S
 
T
G
 
G
V
 
H
A
 
A
A
 
V
I
 
V
T
 
M
V
 
L
S
 
Q
E
 
S
D
 
D
A
 
G
E
 
Q
N
 
N
N
 
S
I
 
I
I
 
I
V
 
I
V
 
V
P
 
G
G
 
G
A
 
A
N
 
N
S
 
M
S
 
K
V
 
A
T
 
W
S
 
P
-
 
E
-
 
I
L
 
M
S
 
S
E
 
D
A
 
D
D
 
D
L
 
L
D
 
E
A
 
I
I
 
V
A
 
R
H
 
N
A
 
A
D
 
G
V
 
I
L
 
V
L
 
L
C
 
L
Q
 
Q
L
 
R
E
 
E
I
 
I
P
 
P
L
 
D
D
 
S
T
 
I
V
 
N
T
 
I
A
 
Q
A
 
V
A
 
A
R
 
K
H
 
A
A
 
V
R
 
K
A
 
K
N
 
A
G
 
G
T
 
V
T
 
P
V
 
V
I
 
I
L
 
L
N
 
D
P
 
V
S
 
G
P
 
G
V
 
M
Q
 
D
-
 
T
D
 
P
L
 
I
P
 
P
G
 
N
A
 
E
L
 
L
I
 
L
E
 
D
S
 
S
V
 
I
D
 
D
I
 
I
L
 
L
I
 
S
V
 
P
N
 
N
Q
 
E
T
 
T
E
 
E
-
 
L
-
 
S
-
 
R
-
 
L
-
 
T
-
 
G
-
 
M
-
 
P
-
 
T
-
 
E
-
 
T
S
 
F
E
 
E
Q
 
Q
L
 
I
A
 
S
A
 
Q
V
 
A
T
 
V
G
 
A
R
 
K
-
 
C
-
 
H
-
 
K
-
 
L
-
 
G
V
 
V
R
 
K
Y
 
Q
L
 
V
V
 
L
T
 
V
T
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
S
G
 
K
G
 
G
A
 
S
D
 
A
L
 
L
R
 
F
-
 
I
S
 
Q
G
 
G
E
 
E
E
 
K
T
 
P
I
 
I
H
 
Q
A
 
Q
D
 
S
-
 
I
S
 
I
P
 
P
A
 
A
V
 
A
T
 
Q
P
 
V
V
 
V
D
 
D
T
 
T
T
 
T
G
 
G
A
 
A
G
 
G
D
 
D
A
 
T
F
 
F
T
 
T
G
 
A
A
 
A
F
 
F
A
 
A
V
 
V
E
 
A
W
 
M
V
 
V
Q
 
E
G
 
G
Q
 
K
-
 
S
-
 
H
D
 
E
R
 
E
A
 
C
L
 
L
Q
 
R
F
 
F
A
 
A
A
 
A
T
 
A
A
 
A
G
 
A
S
 
S
L
 
L
A
 
C
T
 
V
T
 
Q
V
 
V
R
 
K
G
 
G
A
 
A
S
 
I
V
 
P
S
 
S
S
 
M
P
 
P
T
 
D
R
 
R
A
 
K
A
 
S
I
 
V
E
 
L
K
 
K
V
 
L
L
 
L
N
 
K

Sites not aligning to the query:

3go6B Crystal structure of m. Tuberculosis ribokinase (rv2436) in complex with ribose and amp-pnp
43% identity, 91% coverage: 4:269/293 of query aligns to 2:269/287 of 3go6B

query
sites
3go6B
P
 
P
R
 
R
I
 
V
V
 
C
V
 
V
V
 
V
G
 
G
S
 
S
I
 
V
N
 
N
M
 
M
D
 
D
L
 
L
T
 
T
T
 
F
S
 
V
V
 
V
S
 
D
R
 
A
F
 
L
P
 
P
A
 
R
P
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
V
L
 
L
G
 
A
T
 
A
A
 
S
F
 
L
A
 
T
T
 
R
A
 
T
A
 
P
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
S
 
A
N
 
N
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
R
A
 
A
G
 
G
G
 
A
D
 
Q
V
 
V
S
 
Q
F
 
F
V
 
S
G
 
G
A
 
A
V
 
F
G
 
G
D
 
D
D
 
D
G
 
P
F
 
A
G
 
A
T
 
A
Q
 
Q
L
 
L
R
 
R
E
 
A
T
 
H
L
 
L
Q
 
R
D
 
A
A
 
N
G
 
A
V
 
V
D
 
G
T
 
L
A
 
D
L
 
R
L
 
T
R
 
V
S
 
T
V
 
V
D
 
P
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
 
G
V
 
T
A
 
A
A
 
I
I
 
I
T
 
V
V
 
V
S
 
D
E
 
A
D
 
S
A
 
A
E
 
E
N
 
N
N
 
T
I
 
V
I
 
L
V
 
V
V
 
A
P
 
P
G
 
G
A
 
A
N
 
N
S
 
A
S
 
H
V
 
L
T
 
T
S
 
P
L
 
V
S
 
P
E
 
S
A
 
-
D
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
A
I
 
V
A
 
A
H
 
N
A
 
C
D
 
D
V
 
V
L
 
L
L
 
L
C
 
T
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
I
 
I
P
 
P
L
 
V
D
 
A
T
 
T
V
 
A
T
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
R
H
 
A
A
 
A
R
 
Q
A
 
S
N
 
A
G
 
D
T
 
A
T
 
V
V
 
V
I
 
M
L
 
V
N
 
N
P
 
A
S
 
S
P
 
P
-
 
A
-
 
G
-
 
Q
-
 
D
-
 
R
-
 
S
-
 
S
V
 
L
Q
 
Q
D
 
D
L
 
L
P
 
-
G
 
-
A
 
A
L
 
A
I
 
I
E
 
A
S
 
-
V
 
-
D
 
D
I
 
V
L
 
V
I
 
I
V
 
A
N
 
N
Q
 
E
T
 
H
E
 
E
S
 
A
E
 
N
Q
 
D
L
 
W
A
 
P
A
 
S
V
 
P
T
 
P
G
 
-
R
 
-
V
 
-
R
 
T
Y
 
H
L
 
F
V
 
V
T
 
I
T
 
T
L
 
L
G
|
G
A
x
V
G
 
R
G
|
G
A
 
A
D
 
R
L
 
Y
R
 
V
S
 
G
G
 
A
E
 
D
E
 
G
T
 
V
I
 
F
H
 
E
A
 
V
D
 
P
S
 
A
P
 
P
A
 
T
V
|
V
T
 
T
P
 
P
V
 
V
D
|
D
T
|
T
T
x
A
G
|
G
A
|
A
G
|
G
D
|
D
A
 
V
F
 
F
T
 
A
G
 
G
A
 
V
F
 
L
A
 
A
V
 
A
E
 
N
W
 
W
V
 
P
Q
 
R
G
 
N
-
 
P
-
 
G
-
 
S
-
 
P
-
 
A
-
 
E
Q
 
R
D
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
L
Q
 
R
F
 
R
A
 
A
A
x
C
T
 
A
A
 
A
G
|
G
S
x
A
L
 
L
A
|
A
T
|
T
T
 
L
V
|
V
R
 
S
G
|
G

Sites not aligning to the query:

3go6A Crystal structure of m. Tuberculosis ribokinase (rv2436) in complex with ribose and amp-pnp
43% identity, 91% coverage: 4:269/293 of query aligns to 2:269/287 of 3go6A

query
sites
3go6A
P
 
P
R
 
R
I
 
V
V
 
C
V
 
V
V
 
V
G
 
G
S
 
S
I
 
V
N
|
N
M
 
M
D
|
D
L
 
L
T
 
T
T
 
F
S
 
V
V
 
V
S
 
D
R
 
A
F
 
L
P
 
P
A
 
R
P
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
V
L
 
L
G
 
A
T
 
A
A
 
S
F
 
L
A
 
T
T
 
R
A
 
T
A
 
P
G
 
G
G
|
G
K
|
K
G
 
G
S
 
A
N
|
N
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
R
A
 
A
G
 
G
G
 
A
D
 
Q
V
 
V
S
 
Q
F
 
F
V
 
S
G
 
G
A
 
A
V
 
F
G
 
G
D
 
D
D
 
D
G
 
P
F
 
A
G
 
A
T
 
A
Q
 
Q
L
 
L
R
 
R
E
 
A
T
 
H
L
 
L
Q
 
R
D
 
A
A
 
N
G
 
A
V
 
V
D
 
G
T
 
L
A
 
D
L
 
R
L
 
T
R
 
V
S
 
T
V
 
V
D
 
P
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
 
G
V
 
T
A
|
A
A
 
I
I
|
I
T
 
V
V
 
V
S
 
D
E
 
A
D
 
S
A
 
A
E
 
E
N
 
N
N
 
T
I
x
V
I
 
L
V
 
V
V
 
A
P
 
P
G
 
G
A
 
A
N
 
N
S
 
A
S
 
H
V
 
L
T
 
T
S
 
P
L
 
V
S
 
P
E
 
S
A
 
-
D
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
A
I
 
V
A
 
A
H
 
N
A
 
C
D
 
D
V
 
V
L
 
L
L
 
L
C
 
T
Q
 
Q
L
 
L
E
|
E
I
 
I
P
 
P
L
 
V
D
 
A
T
 
T
V
 
A
T
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
R
H
 
A
A
 
A
R
 
Q
A
 
S
N
 
A
G
 
D
T
 
A
T
 
V
V
 
V
I
 
M
L
 
V
N
 
N
P
 
A
S
 
S
P
 
P
-
 
A
-
 
G
-
 
Q
-
 
D
-
 
R
-
 
S
-
 
S
V
 
L
Q
 
Q
D
 
D
L
 
L
P
 
-
G
 
-
A
 
A
L
 
A
I
 
I
E
 
A
S
 
-
V
 
-
D
 
D
I
 
V
L
 
V
I
 
I
V
 
A
N
 
N
Q
 
E
T
 
H
E
 
E
S
 
A
E
 
N
Q
 
D
L
 
W
A
 
P
A
 
S
V
 
P
T
 
P
G
 
-
R
 
-
V
 
-
R
 
T
Y
 
H
L
 
F
V
 
V
T
 
I
T
 
T
L
 
L
G
 
G
A
 
V
G
 
R
G
 
G
A
 
A
D
 
R
L
 
Y
R
 
V
S
 
G
G
 
A
E
 
D
E
 
G
T
 
V
I
 
F
H
 
E
A
 
V
D
 
P
S
 
A
P
 
P
A
 
T
V
 
V
T
 
T
P
 
P
V
 
V
D
|
D
T
 
T
T
 
A
G
|
G
A
|
A
G
|
G
D
|
D
A
 
V
F
 
F
T
 
A
G
 
G
A
 
V
F
 
L
A
 
A
V
 
A
E
 
N
W
 
W
V
 
P
Q
 
R
G
 
N
-
 
P
-
 
G
-
 
S
-
 
P
-
 
A
-
 
E
Q
 
R
D
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
L
Q
 
R
F
 
R
A
 
A
A
 
C
T
 
A
A
 
A
G
 
G
S
 
A
L
 
L
A
|
A
T
 
T
T
 
L
V
|
V
R
 
S
G
 
G

Sites not aligning to the query:

P0DX97 Deoxyribokinase; dRK; ATP:2-deoxy-D-ribose 5-phosphotransferase; EC 2.7.1.229 from Salmonella typhi (see paper)
33% identity, 95% coverage: 6:284/293 of query aligns to 3:302/306 of P0DX97

query
sites
P0DX97
I
 
I
V
 
A
V
 
V
V
 
I
G
 
G
S
 
S
I
 
N
N
x
M
M
 
V
D
 
D
L
 
L
T
 
I
T
 
T
S
 
Y
V
 
T
S
 
N
R
 
Q
F
 
M
P
 
P
A
 
K
P
 
E
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
L
L
 
E
G
 
A
T
 
P
A
 
A
F
 
F
A
 
K
T
 
I
A
 
G
A
 
C
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
S
 
A
N
 
N
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
L
G
 
N
G
 
S
D
 
K
V
 
V
S
 
L
F
 
M
V
 
L
G
 
T
A
 
K
V
 
V
G
 
G
D
 
D
D
 
D
G
 
I
F
 
F
G
 
A
T
 
D
Q
 
N
L
 
T
R
 
I
E
 
R
T
 
N
L
 
L
Q
 
E
D
 
S
A
 
W
G
 
G
V
 
I
D
 
N
T
 
T
A
 
T
L
 
Y
L
 
V
R
 
E
S
 
K
V
 
V
D
 
P
G
 
C
-
 
T
P
 
S
S
 
S
G
 
G
V
 
V
A
 
A
A
 
P
I
 
I
T
 
F
V
 
V
S
 
N
E
 
A
D
 
N
A
 
S
E
 
S
N
 
N
N
 
S
I
 
I
I
 
L
V
 
I
V
 
I
P
 
K
G
 
G
A
 
A
N
 
N
S
 
K
S
 
-
V
 
-
T
 
-
S
 
F
L
 
L
S
 
S
E
 
P
A
 
E
D
 
D
L
 
I
D
 
D
A
 
R
-
 
A
-
 
A
-
 
E
-
 
D
I
 
L
A
 
K
H
 
K
A
 
C
D
 
Q
V
 
L
L
 
I
L
 
V
C
 
L
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
I
 
V
P
 
Q
L
 
L
D
 
E
T
 
T
V
 
V
T
 
Y
A
 
H
A
 
A
A
 
I
R
 
E
H
 
F
A
 
G
R
 
K
A
 
K
N
 
H
G
 
G
T
 
I
T
 
E
V
 
V
I
 
L
L
 
L
N
 
N
P
 
P
S
 
A
P
 
P
-
 
A
V
 
L
Q
 
R
D
 
E
L
 
L
P
 
D
G
 
M
A
 
S
L
 
Y
I
 
A
E
 
C
S
 
K
V
 
C
D
 
D
I
 
F
L
 
F
I
 
V
V
 
P
N
 
N
Q
 
E
T
 
T
E
 
E
S
 
L
E
 
E
Q
 
I
L
 
L
-
 
T
-
 
G
-
 
M
-
 
P
-
 
V
-
 
D
-
 
T
-
 
Y
-
 
D
-
 
H
-
 
I
-
 
R
-
 
A
-
 
A
-
 
A
-
 
R
A
 
S
A
 
L
V
 
V
T
 
D
G
 
K
R
 
G
V
 
L
R
 
N
Y
 
N
L
 
I
V
 
I
T
 
V
T
 
T
L
 
M
G
 
G
A
 
E
G
 
K
G
 
G
A
 
A
D
 
L
L
 
W
R
 
M
S
 
T
G
 
R
E
 
D
E
 
Q
T
 
E
I
 
V
H
 
H
A
 
V
D
 
P
S
 
A
P
 
F
A
 
R
V
 
V
T
 
N
P
 
A
V
 
V
D
 
D
T
 
T
T
 
S
G
 
G
A
 
A
G
 
G
D
 
D
A
 
A
F
 
F
T
 
I
G
 
G
A
 
C
F
 
F
A
 
A
V
 
H
E
 
Y
W
 
Y
V
 
V
Q
 
Q
G
 
S
Q
 
G
D
 
D
-
 
V
-
 
E
R
 
A
A
 
A
L
 
M
Q
 
K
F
 
K
A
 
A
A
 
V
T
 
L
A
 
F
G
 
A
S
 
A
L
 
F
A
 
S
T
 
V
T
 
T
V
 
G
R
 
K
G
 
G
A
 
T
S
 
Q
V
 
S
S
 
S
S
 
Y
P
 
P
T
 
S
R
 
I
A
 
E
A
 
Q
I
 
F
E
 
N
K
 
E
V
 
Y
L
 
L

2fv7A Crystal structure of human ribokinase
35% identity, 85% coverage: 6:255/293 of query aligns to 4:274/308 of 2fv7A

query
sites
2fv7A
I
 
V
V
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
G
S
 
S
I
 
C
N
 
M
M
 
T
D
 
D
L
 
L
T
 
V
T
 
S
S
 
L
V
 
T
S
 
S
R
 
R
F
 
L
P
 
P
A
 
K
P
 
T
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
I
L
 
H
G
 
G
T
 
H
A
 
K
F
 
F
A
 
F
T
 
I
A
 
G
A
 
F
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
S
 
A
N
 
N
Q
 
Q
A
 
C
I
 
V
A
 
Q
A
 
A
A
 
A
K
 
R
A
 
L
G
 
G
G
 
A
D
 
M
V
 
T
S
 
S
F
 
M
V
 
V
G
 
C
A
 
K
V
 
V
G
 
G
D
 
K
D
 
D
G
 
S
F
 
F
G
 
G
T
 
N
Q
 
D
L
 
Y
R
 
I
E
 
E
T
 
N
L
 
L
Q
 
K
D
 
Q
A
 
N
G
 
D
V
 
I
D
 
S
T
 
T
A
 
E
L
 
F
-
 
T
L
 
Y
R
 
Q
S
 
T
V
 
K
D
 
D
G
 
A
P
 
A
S
 
T
G
 
G
V
 
T
A
 
A
A
 
S
I
 
I
T
 
I
V
 
V
S
 
N
E
 
N
D
 
E
A
 
G
E
 
Q
N
 
N
N
 
I
I
 
I
I
 
V
V
 
I
V
 
V
P
 
A
G
 
G
A
 
A
N
 
N
S
 
-
S
 
-
V
 
-
T
 
L
S
 
L
L
 
L
S
 
N
E
 
T
A
 
E
D
 
D
L
 
L
D
 
R
A
 
A
-
 
A
-
 
A
-
 
N
-
 
V
I
 
I
A
 
S
H
 
R
A
 
A
D
 
K
V
 
V
L
 
M
L
 
V
C
 
C
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
I
 
I
P
 
T
L
 
P
D
 
A
T
 
T
V
 
S
T
 
L
A
 
E
A
 
A
A
 
L
R
 
T
H
 
M
A
 
A
R
 
R
A
 
R
N
 
S
G
 
G
T
 
V
T
 
K
V
 
T
I
 
L
L
 
F
N
 
N
P
 
P
S
 
A
P
 
P
-
 
A
V
 
I
Q
 
A
D
 
D
L
 
L
P
 
D
G
 
P
A
 
Q
L
 
F
I
 
Y
E
 
T
S
 
L
V
 
S
D
 
D
I
 
V
L
 
F
I
 
C
V
 
C
N
|
N
Q
 
E
T
 
S
E
 
E
S
 
A
E
 
E
Q
 
I
L
 
L
A
 
T
A
 
G
V
 
L
T
 
T
-
 
V
-
 
G
-
 
S
-
 
A
-
 
A
-
 
D
-
 
A
G
 
G
R
 
E
-
 
A
-
 
A
-
 
L
-
 
V
-
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
R
-
 
G
V
 
C
R
 
Q
Y
 
V
L
 
V
V
 
I
T
 
I
T
|
T
L
 
L
G
|
G
A
 
A
G
 
E
G
|
G
A
 
C
D
 
V
L
 
V
R
 
L
S
 
S
G
 
Q
E
 
T
-
 
E
-
 
P
E
 
E
T
 
P
I
 
K
H
 
H
A
 
I
D
 
P
S
x
T
P
 
E
A
 
K
V
|
V
T
 
K
P
 
A
V
 
V
D
 
D
T
 
T
T
 
T
G
|
G
A
|
A
G
|
G
D
|
D
A
 
S
F
 
F
T
 
V
G
 
G
A
 
A
F
 
L
A
 
A
V
 
F
E
 
Y
W
 
L
V
 
A
Q
 
Y
G
 
Y
Q
 
P
D
 
N
R
 
L
A
 
S
L
 
L
Q
 
E

Sites not aligning to the query:

6wk0B Crystal structure of human ribokinase in complex with amppcp and ribose
35% identity, 85% coverage: 6:255/293 of query aligns to 5:275/311 of 6wk0B

query
sites
6wk0B
I
 
V
V
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
G
S
 
S
I
 
C
N
 
M
M
 
T
D
|
D
L
 
L
T
 
V
T
 
S
S
 
L
V
 
T
S
 
S
R
 
R
F
 
L
P
 
P
A
 
K
P
 
T
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
I
L
 
H
G
 
G
T
 
H
A
 
K
F
 
F
A
 
F
T
 
I
A
 
G
A
 
F
G
 
G
G
|
G
K
|
K
G
 
G
S
 
A
N
|
N
Q
 
Q
A
 
C
I
 
V
A
 
Q
A
 
A
A
 
A
K
 
R
A
 
L
G
 
G
G
 
A
D
 
M
V
 
T
S
 
S
F
 
M
V
 
V
G
 
C
A
 
K
V
 
V
G
 
G
D
 
K
D
 
D
G
 
S
F
 
F
G
 
G
T
 
N
Q
 
D
L
 
Y
R
 
I
E
 
E
T
 
N
L
 
L
Q
 
K
D
 
Q
A
 
N
G
 
D
V
 
I
D
 
S
T
 
T
A
 
E
L
 
F
-
 
T
L
 
Y
R
 
Q
S
 
T
V
 
K
D
 
D
G
 
A
P
 
A
S
 
T
G
 
G
V
 
T
A
|
A
A
 
S
I
 
I
T
 
I
V
 
V
S
 
N
E
 
N
D
 
E
A
 
G
E
 
Q
N
 
N
N
 
I
I
 
I
I
 
V
V
 
I
V
 
V
P
 
A
G
 
G
A
 
A
N
 
N
S
 
-
S
 
-
V
 
-
T
 
L
S
 
L
L
 
L
S
 
N
E
 
T
A
 
E
D
 
D
L
 
L
D
 
R
A
 
A
-
 
A
-
 
A
-
 
N
-
 
V
I
 
I
A
 
S
H
 
R
A
 
A
D
 
K
V
 
V
L
 
M
L
 
V
C
 
C
Q
 
Q
L
 
L
E
|
E
I
 
I
P
 
T
L
 
P
D
 
A
T
 
T
V
 
S
T
 
L
A
 
E
A
 
A
A
 
L
R
 
T
H
 
M
A
 
A
R
 
R
A
 
R
N
 
S
G
 
G
T
 
V
T
 
K
V
 
T
I
 
L
L
 
F
N
 
N
P
 
P
S
 
A
P
 
P
-
 
A
V
 
I
Q
 
A
D
 
D
L
 
L
P
 
D
G
 
P
A
 
Q
L
 
F
I
 
Y
E
 
T
S
 
L
V
 
S
D
 
D
I
 
V
L
 
F
I
 
C
V
 
C
N
|
N
Q
 
E
T
 
S
E
 
E
S
 
A
E
 
E
Q
 
I
L
 
L
A
 
T
A
 
G
V
 
L
T
 
T
-
 
V
-
 
G
-
 
S
-
 
A
-
 
A
-
 
D
-
 
A
G
 
G
R
 
E
-
 
A
-
 
A
-
 
L
-
 
V
-
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
R
-
 
G
V
 
C
R
 
Q
Y
 
V
L
 
V
V
 
I
T
 
I
T
|
T
L
 
L
G
|
G
A
|
A
G
 
E
G
|
G
A
 
C
D
 
V
L
 
V
R
 
L
S
 
S
G
 
Q
E
 
T
-
 
E
-
 
P
E
 
E
T
 
P
I
 
K
H
 
H
A
 
I
D
 
P
S
x
T
P
 
E
A
 
K
V
|
V
T
 
K
P
 
A
V
 
V
D
 
D
T
 
T
T
 
T
G
 
G
A
|
A
G
|
G
D
|
D
A
 
S
F
 
F
T
 
V
G
 
G
A
 
A
F
 
L
A
 
A
V
 
F
E
 
Y
W
 
L
V
 
A
Q
 
Y
G
 
Y
Q
 
P
D
 
N
R
 
L
A
 
S
L
 
L
Q
 
E

Sites not aligning to the query:

5c41A Crystal structure of human ribokinase in complex with amppcp in p21 spacegroup and with 4 protomers
35% identity, 85% coverage: 6:255/293 of query aligns to 5:275/317 of 5c41A

query
sites
5c41A
I
 
V
V
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
G
S
 
S
I
 
C
N
 
M
M
 
T
D
 
D
L
 
L
T
 
V
T
 
S
S
 
L
V
 
T
S
 
S
R
 
R
F
 
L
P
 
P
A
 
K
P
 
T
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
I
L
 
H
G
 
G
T
 
H
A
 
K
F
 
F
A
 
F
T
 
I
A
 
G
A
 
F
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
S
 
A
N
 
N
Q
 
Q
A
 
C
I
 
V
A
 
Q
A
 
A
A
 
A
K
 
R
A
 
L
G
 
G
G
 
A
D
 
M
V
 
T
S
 
S
F
 
M
V
 
V
G
 
C
A
 
K
V
 
V
G
 
G
D
 
K
D
 
D
G
 
S
F
 
F
G
 
G
T
 
N
Q
 
D
L
 
Y
R
 
I
E
 
E
T
 
N
L
 
L
Q
 
K
D
 
Q
A
 
N
G
 
D
V
 
I
D
 
S
T
 
T
A
 
E
L
 
F
-
 
T
L
 
Y
R
 
Q
S
 
T
V
 
K
D
 
D
G
 
A
P
 
A
S
 
T
G
 
G
V
 
T
A
 
A
A
 
S
I
 
I
T
 
I
V
 
V
S
 
N
E
 
N
D
 
E
A
 
G
E
 
Q
N
 
N
N
 
I
I
 
I
I
 
V
V
 
I
V
 
V
P
 
A
G
 
G
A
 
A
N
 
N
S
 
-
S
 
-
V
 
-
T
 
L
S
 
L
L
 
L
S
 
N
E
 
T
A
 
E
D
 
D
L
 
L
D
 
R
A
 
A
-
 
A
-
 
A
-
 
N
-
 
V
I
 
I
A
 
S
H
 
R
A
 
A
D
 
K
V
 
V
L
 
M
L
 
V
C
 
C
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
I
 
I
P
 
T
L
 
P
D
 
A
T
 
T
V
 
S
T
 
L
A
 
E
A
 
A
A
 
L
R
 
T
H
 
M
A
 
A
R
 
R
A
 
R
N
 
S
G
 
G
T
 
V
T
 
K
V
 
T
I
 
L
L
 
F
N
 
N
P
 
P
S
 
A
P
 
P
-
 
A
V
 
I
Q
 
A
D
 
D
L
 
L
P
 
D
G
 
P
A
 
Q
L
 
F
I
 
Y
E
 
T
S
 
L
V
 
S
D
 
D
I
 
V
L
 
F
I
 
C
V
 
C
N
|
N
Q
 
E
T
 
S
E
 
E
S
 
A
E
 
E
Q
 
I
L
 
L
A
 
T
A
 
G
V
 
L
T
 
T
-
 
V
-
 
G
-
 
S
-
 
A
-
 
A
-
 
D
-
 
A
G
 
G
R
 
E
-
 
A
-
 
A
-
 
L
-
 
V
-
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
R
-
 
G
V
 
C
R
 
Q
Y
 
V
L
 
V
V
 
I
T
 
I
T
|
T
L
 
L
G
|
G
A
|
A
G
 
E
G
|
G
A
 
C
D
 
V
L
 
V
R
 
L
S
 
S
G
 
Q
E
 
T
-
 
E
-
 
P
E
 
E
T
 
P
I
 
K
H
 
H
A
 
I
D
 
P
S
 
T
P
 
E
A
 
K
V
|
V
T
 
K
P
 
A
V
 
V
D
 
D
T
 
T
T
 
T
G
|
G
A
|
A
G
|
G
D
|
D
A
 
S
F
 
F
T
 
V
G
 
G
A
 
A
F
 
L
A
 
A
V
 
F
E
 
Y
W
 
L
V
 
A
Q
 
Y
G
 
Y
Q
 
P
D
 
N
R
 
L
A
 
S
L
 
L
Q
 
E

Sites not aligning to the query:

6wjzA Crystal structure of human ribokinase in complex with ampcp
35% identity, 85% coverage: 6:255/293 of query aligns to 5:275/315 of 6wjzA

query
sites
6wjzA
I
 
V
V
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
G
S
 
S
I
 
C
N
 
M
M
 
T
D
 
D
L
 
L
T
 
V
T
 
S
S
 
L
V
 
T
S
 
S
R
 
R
F
 
L
P
 
P
A
 
K
P
 
T
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
I
L
 
H
G
 
G
T
 
H
A
 
K
F
 
F
A
 
F
T
 
I
A
 
G
A
 
F
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
S
 
A
N
 
N
Q
 
Q
A
 
C
I
 
V
A
 
Q
A
 
A
A
 
A
K
 
R
A
 
L
G
 
G
G
 
A
D
 
M
V
 
T
S
 
S
F
 
M
V
 
V
G
 
C
A
 
K
V
 
V
G
 
G
D
 
K
D
 
D
G
 
S
F
 
F
G
 
G
T
 
N
Q
 
D
L
 
Y
R
 
I
E
 
E
T
 
N
L
 
L
Q
 
K
D
 
Q
A
 
N
G
 
D
V
 
I
D
 
S
T
 
T
A
 
E
L
 
F
-
 
T
L
 
Y
R
 
Q
S
 
T
V
 
K
D
 
D
G
 
A
P
 
A
S
 
T
G
 
G
V
 
T
A
 
A
A
 
S
I
 
I
T
 
I
V
 
V
S
 
N
E
 
N
D
 
E
A
 
G
E
 
Q
N
 
N
N
 
I
I
 
I
I
 
V
V
 
I
V
 
V
P
 
A
G
 
G
A
 
A
N
 
N
S
 
-
S
 
-
V
 
-
T
 
L
S
 
L
L
 
L
S
 
N
E
 
T
A
 
E
D
 
D
L
 
L
D
 
R
A
 
A
-
 
A
-
 
A
-
 
N
-
 
V
I
 
I
A
 
S
H
 
R
A
 
A
D
 
K
V
 
V
L
 
M
L
 
V
C
 
C
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
I
 
I
P
 
T
L
 
P
D
 
A
T
 
T
V
 
S
T
 
L
A
 
E
A
 
A
A
 
L
R
 
T
H
 
M
A
 
A
R
 
R
A
 
R
N
 
S
G
 
G
T
 
V
T
 
K
V
 
T
I
 
L
L
 
F
N
 
N
P
 
P
S
 
A
P
 
P
-
 
A
V
 
I
Q
 
A
D
 
D
L
 
L
P
 
D
G
 
P
A
 
Q
L
 
F
I
 
Y
E
 
T
S
 
L
V
 
S
D
 
D
I
 
V
L
 
F
I
 
C
V
 
C
N
|
N
Q
 
E
T
 
S
E
 
E
S
 
A
E
 
E
Q
 
I
L
 
L
A
 
T
A
 
G
V
 
L
T
 
T
-
 
V
-
 
G
-
 
S
-
 
A
-
 
A
-
 
D
-
 
A
G
 
G
R
 
E
-
 
A
-
 
A
-
 
L
-
 
V
-
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
R
-
 
G
V
 
C
R
 
Q
Y
 
V
L
 
V
V
 
I
T
 
I
T
|
T
L
 
L
G
|
G
A
|
A
G
 
E
G
|
G
A
 
C
D
 
V
L
 
V
R
 
L
S
 
S
G
 
Q
E
 
T
-
 
E
-
 
P
E
 
E
T
 
P
I
 
K
H
 
H
A
 
I
D
 
P
S
x
T
P
 
E
A
 
K
V
|
V
T
 
K
P
 
A
V
 
V
D
 
D
T
 
T
T
 
T
G
 
G
A
|
A
G
|
G
D
 
D
A
 
S
F
 
F
T
 
V
G
 
G
A
 
A
F
 
L
A
 
A
V
 
F
E
 
Y
W
 
L
V
 
A
Q
 
Y
G
 
Y
Q
 
P
D
 
N
R
 
L
A
 
S
L
 
L
Q
 
E

Sites not aligning to the query:

5c3yA Structure of human ribokinase crystallized with amppnp
35% identity, 85% coverage: 6:255/293 of query aligns to 4:274/306 of 5c3yA

query
sites
5c3yA
I
 
V
V
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
G
S
 
S
I
 
C
N
 
M
M
 
T
D
 
D
L
 
L
T
 
V
T
 
S
S
 
L
V
 
T
S
 
S
R
 
R
F
 
L
P
 
P
A
 
K
P
 
T
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
I
L
 
H
G
 
G
T
 
H
A
 
K
F
 
F
A
 
F
T
 
I
A
 
G
A
 
F
G
 
G
G