SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_043529645.1 NCBI__GCF_000759345.1:WP_043529645.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1ji0A Crystal structure analysis of the abc transporter from thermotoga maritima
44% identity, 100% coverage: 1:226/226 of query aligns to 6:239/240 of 1ji0A

query
sites
1ji0A
M
 
V
L
 
L
R
 
E
I
 
V
A
 
Q
G
 
S
L
 
L
E
 
H
T
 
V
F
 
Y
Y
|
Y
G
 
G
P
 
A
S
 
I
Q
 
H
A
 
A
L
 
I
F
 
K
G
 
G
V
 
I
D
 
D
L
 
L
D
 
K
V
 
V
A
 
P
A
 
R
G
 
G
E
 
Q
M
 
I
V
 
V
A
 
T
L
 
L
M
 
I
G
 
G
R
 
A
N
 
N
G
|
G
M
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
I
 
L
R
 
S
S
 
A
L
 
I
F
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
V
P
 
R
A
 
A
A
 
Q
R
 
K
G
 
G
T
 
K
V
 
I
E
 
I
F
 
F
E
 
N
S
 
G
R
 
Q
D
 
D
V
 
I
R
 
T
R
 
N
L
 
K
P
 
P
A
 
A
Y
 
H
R
 
V
I
 
I
A
 
N
R
 
R
L
 
M
G
 
G
L
 
I
G
 
A
L
 
L
V
 
V
P
 
P
E
|
E
G
 
G
R
 
R
R
 
R
C
 
I
F
 
F
P
 
P
N
 
E
L
 
L
S
 
T
V
 
V
R
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
L
Q
 
M
-
 
M
-
 
G
A
 
A
T
 
Y
A
 
N
R
 
R
A
 
K
G
 
D
E
 
K
W
 
E
G
 
G
L
 
I
A
 
K
R
 
R
-
 
D
-
 
L
-
 
E
-
 
W
V
 
I
E
 
F
R
 
S
L
 
L
F
 
F
P
 
P
R
 
R
L
 
L
A
 
K
E
 
E
R
 
R
A
 
L
T
 
K
Q
 
Q
S
 
L
A
 
G
R
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
M
L
 
L
A
 
A
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
T
 
S
N
 
R
P
 
P
R
 
K
L
 
L
L
 
L
V
 
M
L
 
M
D
 
D
E
|
E
A
 
P
T
 
S
E
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
A
P
 
P
V
 
I
I
 
L
R
 
V
K
 
S
E
 
E
I
 
V
W
 
F
V
 
E
A
 
V
I
 
I
R
 
Q
T
 
K
L
 
I
K
 
N
E
 
Q
Q
 
E
G
 
G
Q
 
T
S
 
T
T
 
I
L
 
L
I
 
L
V
 
V
D
 
E
K
 
Q
T
 
N
L
 
A
S
 
L
E
 
G
L
 
A
L
 
L
P
 
K
V
 
V
V
 
A
D
 
H
R
 
Y
C
 
G
I
 
Y
I
 
V
L
 
L
E
 
E
K
 
T
G
 
G
L
 
Q
T
 
I
A
 
V
W
 
L
R
 
E
G
 
G
L
 
K
P
 
A
S
 
S
E
 
E
L
 
L
D
 
L
D
 
D
T
 
N
-
 
E
-
 
M
I
 
V
R
 
R
D
 
K
R
 
A
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
V
 
V

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
31% identity, 100% coverage: 1:225/226 of query aligns to 2:235/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
M
 
I
L
 
L
R
 
K
I
 
A
A
 
Q
G
 
H
L
 
L
E
 
A
T
 
K
F
 
S
Y
 
Y
G
 
K
P
 
K
S
 
R
Q
 
K
A
 
V
L
 
V
F
 
S
G
 
D
V
 
V
D
 
S
L
 
L
D
 
Q
V
 
V
A
 
E
A
 
S
G
 
G
E
 
Q
M
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
M
 
L
G
 
G
R
 
P
N
 
N
G
 
G
M
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
T
 
S
I
 
F
R
 
Y
S
 
M
L
 
I
F
 
V
G
 
G
L
 
L
T
 
V
P
 
A
A
 
R
A
 
D
R
 
E
G
 
G
T
 
T
V
 
I
E
 
T
F
 
I
E
 
D
S
 
D
R
 
N
D
 
D
V
 
I
R
 
S
R
 
I
L
 
L
P
 
P
A
 
M
Y
 
H
R
 
S
I
 
R
A
 
S
R
 
R
L
 
M
G
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
C
 
I
F
 
F
P
 
R
N
 
K
L
 
L
S
 
S
V
 
V
R
 
E
E
 
D
N
 
N
L
 
I
Q
 
M
A
 
A
T
 
V
A
 
L
R
 
Q
A
 
T
G
 
R
E
 
E
-
 
E
-
 
L
W
 
T
G
 
H
L
x
E
A
 
E
R
 
R
V
 
Q
E
x
D
R
 
K
L
 
L
F
 
E
P
 
D
R
 
L
L
 
L
A
 
E
E
 
E
R
 
F
A
 
H
T
 
I
Q
 
Q
S
 
H
A
 
I
R
 
R
-
 
K
-
 
S
-
 
A
-
 
G
-
 
M
T
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
T
 
A
N
 
N
P
 
P
R
 
Q
L
 
F
L
 
I
V
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
A
 
P
T
 
F
E
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
I
I
 
S
R
 
V
K
 
I
E
 
D
I
 
I
W
 
K
V
 
K
A
 
I
I
 
I
R
 
E
T
 
H
L
 
L
K
 
R
E
 
D
Q
 
R
G
 
G
Q
 
L
S
 
G
T
 
V
L
 
L
I
 
I
V
 
T
D
 
D
K
 
H
T
 
N
L
 
V
S
 
R
E
 
E
L
 
T
L
 
L
P
 
D
V
 
V
V
 
C
D
 
E
R
 
K
C
 
A
I
 
Y
I
 
I
L
 
V
E
 
S
K
 
Q
G
 
G
L
 
R
T
 
L
A
 
I
W
 
A
R
 
E
G
 
G
L
 
T
P
 
P
S
 
Q
E
 
D
L
 
V
-
 
L
-
 
N
D
 
N
D
 
E
T
 
Q
I
 
V
R
 
K
D
 
Q
R
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
33% identity, 91% coverage: 20:225/226 of query aligns to 21:235/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
V
 
V
D
 
S
L
 
L
D
 
T
V
 
V
A
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
M
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
M
 
L
G
 
G
R
 
P
N
 
N
G
 
G
M
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
T
 
T
I
 
F
R
 
Y
S
 
M
L
 
V
F
 
V
G
 
G
L
 
I
T
 
V
P
 
P
A
 
R
A
 
D
R
 
A
G
 
G
T
 
N
V
 
I
E
 
I
F
 
I
E
 
D
S
 
D
R
 
D
D
 
D
V
 
I
R
 
S
R
 
L
L
 
L
P
 
P
A
 
L
Y
 
H
R
 
A
I
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
C
 
I
F
 
F
P
x
R
N
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
R
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
Q
 
M
A
 
A
T
 
V
A
 
L
R
 
Q
-
 
I
-
 
R
-
 
D
-
 
D
-
 
L
A
 
S
G
 
A
E
 
E
W
 
Q
G
 
R
L
 
E
A
 
D
R
 
R
V
 
A
E
 
N
R
 
E
L
 
L
F
 
M
P
 
E
R
 
E
L
 
F
A
 
H
E
 
I
R
 
E
A
 
H
T
 
L
Q
 
R
S
 
D
A
 
S
-
x
M
-
x
G
R
x
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
T
 
A
N
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
V
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
A
 
P
T
 
F
E
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
I
I
 
S
R
 
V
K
 
I
E
 
D
I
 
I
W
 
K
V
 
R
A
 
I
I
 
I
R
 
E
T
 
H
L
 
L
K
 
R
E
 
D
Q
 
S
G
 
G
Q
 
L
S
 
G
T
 
V
L
 
L
I
 
I
V
 
T
D
 
D
K
 
H
T
 
N
L
 
V
S
 
R
E
 
E
L
 
T
L
 
L
P
 
A
V
 
V
V
 
C
D
 
E
R
 
R
C
 
A
I
 
Y
I
 
I
L
 
V
E
 
S
K
 
Q
G
 
G
L
 
H
T
 
L
A
 
I
W
 
A
R
 
H
G
 
G
L
 
T
P
 
P
S
 
T
E
 
E
L
 
I
-
 
L
-
 
Q
D
 
D
D
 
E
T
 
H
I
 
V
R
 
K
D
 
R
R
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
33% identity, 91% coverage: 20:225/226 of query aligns to 21:235/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
V
 
V
D
 
S
L
 
L
D
 
T
V
 
V
A
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
M
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
M
 
L
G
 
G
R
 
P
N
|
N
G
 
G
M
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
I
 
F
R
 
Y
S
 
M
L
 
V
F
 
V
G
 
G
L
 
I
T
 
V
P
 
P
A
 
R
A
 
D
R
 
A
G
 
G
T
 
N
V
 
I
E
 
I
F
 
I
E
 
D
S
 
D
R
 
D
D
 
D
V
 
I
R
 
S
R
 
L
L
 
L
P
 
P
A
 
L
Y
 
H
R
 
A
I
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
x
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
C
 
I
F
 
F
P
 
R
N
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
R
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
Q
 
M
A
 
A
T
 
V
A
 
L
R
 
Q
-
 
I
-
 
R
-
 
D
-
 
D
-
 
L
A
 
S
G
 
A
E
 
E
W
 
Q
G
 
R
L
 
E
A
 
D
R
 
R
V
 
A
E
 
N
R
 
E
L
 
L
F
 
M
P
 
E
R
 
E
L
 
F
A
 
H
E
 
I
R
 
E
A
 
H
T
 
L
Q
 
R
S
 
D
A
 
S
-
 
M
-
 
G
R
 
Q
T
x
S
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
|
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
T
 
A
N
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
V
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
A
 
P
T
 
F
E
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
I
I
 
S
R
 
V
K
 
I
E
 
D
I
 
I
W
 
K
V
 
R
A
 
I
I
 
I
R
 
E
T
 
H
L
 
L
K
 
R
E
 
D
Q
 
S
G
 
G
Q
 
L
S
 
G
T
 
V
L
 
L
I
 
I
V
 
T
D
 
D
K
 
H
T
 
N
L
 
V
S
 
R
E
 
E
L
 
T
L
 
L
P
 
A
V
 
V
V
 
C
D
 
E
R
 
R
C
 
A
I
 
Y
I
 
I
L
 
V
E
 
S
K
 
Q
G
 
G
L
 
H
T
 
L
A
 
I
W
 
A
R
 
H
G
 
G
L
 
T
P
 
P
S
 
T
E
 
E
L
 
I
-
 
L
-
 
Q
D
 
D
D
 
E
T
 
H
I
 
V
R
 
K
D
 
R
R
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

Sites not aligning to the query:

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
33% identity, 91% coverage: 20:225/226 of query aligns to 21:235/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
V
 
V
D
 
S
L
 
L
D
 
T
V
 
V
A
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
M
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
M
 
L
G
 
G
R
 
P
N
|
N
G
|
G
M
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
I
 
F
R
 
Y
S
 
M
L
 
V
F
 
V
G
 
G
L
 
I
T
 
V
P
 
P
A
 
R
A
 
D
R
 
A
G
 
G
T
 
N
V
 
I
E
 
I
F
 
I
E
 
D
S
 
D
R
 
D
D
 
D
V
 
I
R
 
S
R
 
L
L
 
L
P
 
P
A
 
L
Y
 
H
R
 
A
I
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
x
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
C
 
I
F
 
F
P
 
R
N
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
R
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
Q
 
M
A
 
A
T
 
V
A
 
L
R
 
Q
-
 
I
-
 
R
-
 
D
-
 
D
-
 
L
A
 
S
G
 
A
E
 
E
W
 
Q
G
 
R
L
 
E
A
 
D
R
 
R
V
 
A
E
 
N
R
 
E
L
 
L
F
 
M
P
 
E
R
 
E
L
 
F
A
 
H
E
 
I
R
 
E
A
 
H
T
 
L
Q
 
R
S
 
D
A
 
S
-
 
M
-
 
G
R
 
Q
T
x
S
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
T
 
A
N
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
V
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
A
 
P
T
 
F
E
 
A
G
|
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
I
I
 
S
R
 
V
K
 
I
E
 
D
I
 
I
W
 
K
V
 
R
A
 
I
I
 
I
R
 
E
T
 
H
L
 
L
K
 
R
E
 
D
Q
 
S
G
 
G
Q
 
L
S
 
G
T
 
V
L
 
L
I
 
I
V
 
T
D
 
D
K
x
H
T
 
N
L
 
V
S
 
R
E
 
E
L
 
T
L
 
L
P
 
A
V
 
V
V
 
C
D
 
E
R
 
R
C
 
A
I
 
Y
I
 
I
L
 
V
E
 
S
K
 
Q
G
 
G
L
 
H
T
 
L
A
 
I
W
 
A
R
 
H
G
 
G
L
 
T
P
 
P
S
 
T
E
 
E
L
 
I
-
 
L
-
 
Q
D
 
D
D
 
E
T
 
H
I
 
V
R
 
K
D
 
R
R
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

Sites not aligning to the query:

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
32% identity, 95% coverage: 1:215/226 of query aligns to 2:223/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
M
 
I
L
 
I
R
 
R
I
 
I
A
 
R
G
 
N
L
 
L
E
 
H
T
 
K
F
 
W
Y
x
F
G
 
G
P
 
P
S
 
L
Q
 
H
A
x
V
L
 
L
F
 
K
G
 
G
V
 
I
D
 
H
L
 
L
D
 
E
V
 
V
A
 
A
A
 
P
G
 
G
E
 
E
M
 
K
V
 
L
A
 
V
L
 
I
M
 
I
G
 
G
R
 
P
N
x
S
G
|
G
M
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
L
I
 
I
R
 
R
S
 
T
L
 
I
F
 
N
G
 
R
L
 
L
T
 
E
P
 
D
A
 
F
A
 
Q
R
 
E
G
 
G
T
 
E
V
 
V
E
 
V
F
 
V
E
 
D
S
 
G
R
 
L
D
 
S
V
 
V
R
 
K
R
 
D
L
 
D
P
 
R
A
 
A
Y
 
L
R
 
R
I
 
E
A
 
I
R
 
R
L
 
R
G
 
E
L
 
V
G
 
G
L
 
M
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
Q
R
 
F
R
 
N
C
 
L
F
 
F
P
 
P
N
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
V
R
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
V
Q
 
T
-
 
L
A
 
A
T
 
P
A
 
M
R
 
R
A
 
V
G
 
R
E
 
R
W
 
W
G
 
P
L
 
R
A
 
E
R
 
K
V
 
A
E
 
E
R
 
K
L
 
K
F
 
A
P
 
L
R
 
E
L
 
L
A
 
L
E
 
E
R
 
R
-
 
V
-
 
G
-
 
I
-
 
L
-
 
D
-
 
Q
A
 
A
T
 
R
Q
 
K
S
 
Y
A
 
P
R
 
A
T
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
T
 
M
N
 
E
P
 
P
R
 
K
L
 
I
L
 
M
V
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
A
 
P
T
 
T
E
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
V
 
E
I
 
M
R
 
V
K
 
G
E
 
E
I
 
V
W
 
L
V
 
D
A
 
V
I
 
M
R
 
R
T
 
D
L
 
L
K
 
A
E
 
Q
Q
 
G
G
 
G
Q
 
M
S
 
T
T
 
M
L
 
V
I
 
V
V
 
V
D
 
T
K
 
H
T
 
E
L
 
M
S
 
G
E
 
F
L
 
A
L
 
R
P
 
E
V
 
V
V
 
A
D
 
D
R
 
R
C
 
V
I
 
V
I
 
F
L
 
M
E
 
D
K
 
G
G
 
G
L
 
Q
T
 
I
A
 
V
W
 
E
R
 
E
G
 
G
L
 
R
P
 
P
S
 
E
E
 
E
L
 
I

6mbnA Lptb e163q in complex with atp (see paper)
34% identity, 91% coverage: 20:225/226 of query aligns to 22:236/241 of 6mbnA

query
sites
6mbnA
V
 
V
D
 
S
L
 
L
D
 
T
V
 
V
A
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
M
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
M
 
L
G
 
G
R
 
P
N
|
N
G
|
G
M
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
I
 
F
R
 
Y
S
 
M
L
 
V
F
 
V
G
 
G
L
 
I
T
 
V
P
 
P
A
 
R
A
 
D
R
 
A
G
 
G
T
 
N
V
 
I
E
 
I
F
 
I
E
 
D
S
 
D
R
 
D
D
 
D
V
 
I
R
 
S
R
 
L
L
 
L
P
 
P
A
 
L
Y
 
H
R
 
A
I
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
C
 
I
F
 
F
P
 
R
N
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
R
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
Q
 
M
A
 
A
T
 
V
-
 
L
-
 
Q
A
 
I
R
 
R
A
 
D
G
 
D
E
 
L
W
 
S
G
 
A
L
 
E
A
 
Q
R
 
R
V
 
E
E
 
D
R
 
R
L
 
A
F
 
N
P
 
E
R
 
L
L
 
M
A
 
E
E
 
E
R
 
F
A
 
H
T
 
I
Q
 
E
S
 
H
A
 
L
R
 
R
-
 
D
-
 
S
-
 
M
-
 
G
-
 
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
T
 
A
N
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
V
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
A
 
P
T
 
F
E
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
I
I
 
S
R
 
V
K
 
I
E
 
D
I
 
I
W
 
K
V
 
R
A
 
I
I
 
I
R
 
E
T
 
H
L
 
L
K
 
R
E
 
D
Q
 
S
G
 
G
Q
 
L
S
 
G
T
 
V
L
 
L
I
 
I
V
 
T
D
 
D
K
x
H
T
 
N
L
 
V
S
 
R
E
 
E
L
 
T
L
 
L
P
 
A
V
 
V
V
 
C
D
 
E
R
 
R
C
 
A
I
 
Y
I
 
I
L
 
V
E
 
S
K
 
Q
G
 
G
L
 
H
T
 
L
A
 
I
W
 
A
R
 
H
G
 
G
L
 
T
P
 
P
S
 
T
E
 
E
L
 
I
-
 
L
-
 
Q
D
 
D
D
 
E
T
 
H
I
 
V
R
 
K
D
 
R
R
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

Sites not aligning to the query:

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
34% identity, 91% coverage: 20:224/226 of query aligns to 21:234/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
V
 
V
D
 
S
L
 
L
D
 
T
V
 
V
A
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
M
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
M
 
L
G
 
G
R
 
P
N
|
N
G
|
G
M
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
I
 
F
R
 
Y
S
 
M
L
 
V
F
 
V
G
 
G
L
 
I
T
 
V
P
 
P
A
 
R
A
 
D
R
 
A
G
 
G
T
 
N
V
 
I
E
 
I
F
 
I
E
 
D
S
 
D
R
 
D
D
 
D
V
 
I
R
 
S
R
 
L
L
 
L
P
 
P
A
x
L
Y
x
H
R
 
A
I
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
Y
V
 
L
P
|
P
E
x
Q
G
 
E
R
x
A
R
x
S
C
 
I
F
|
F
P
x
R
N
x
R
L
|
L
S
 
S
V
 
V
R
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
Q
 
M
A
 
A
T
x
V
-
 
L
-
 
Q
A
 
I
R
 
R
A
 
D
G
 
D
E
 
L
W
 
S
G
 
A
L
 
E
A
 
Q
R
 
R
V
 
E
E
 
D
R
 
R
L
 
A
F
 
N
P
 
E
R
 
L
L
 
M
A
 
E
E
 
E
R
 
F
A
 
H
T
 
I
Q
 
E
S
 
H
A
 
L
R
 
R
-
 
D
-
 
S
-
 
M
-
 
G
-
x
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
|
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
T
 
A
N
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
V
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
A
 
P
T
 
F
E
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
I
I
 
S
R
 
V
K
 
I
E
 
D
I
 
I
W
 
K
V
 
R
A
 
I
I
 
I
R
 
E
T
 
H
L
 
L
K
 
R
E
 
D
Q
 
S
G
 
G
Q
 
L
S
 
G
T
 
V
L
 
L
I
 
I
V
 
T
D
 
D
K
 
H
T
 
N
L
 
V
S
 
R
E
 
E
L
 
T
L
 
L
P
 
A
V
 
V
V
 
C
D
 
E
R
 
R
C
 
A
I
 
Y
I
 
I
L
 
V
E
 
S
K
 
Q
G
 
G
L
 
H
T
 
L
A
 
I
W
 
A
R
 
H
G
 
G
L
 
T
P
 
P
S
 
T
E
 
E
L
 
I
-
 
L
-
 
Q
D
 
D
D
 
E
T
 
H
I
 
V
R
 
K
D
 
R
R
 
V
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

4p31A Crystal structure of a selenomethionine derivative of e. Coli lptb in complex with adp-magensium (see paper)
34% identity, 91% coverage: 20:224/226 of query aligns to 21:234/234 of 4p31A

query
sites
4p31A
V
 
V
D
 
S
L
 
L
D
 
T
V
 
V
A
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
M
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
M
 
L
G
 
G
R
 
P
N
 
N
G
|
G
M
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
I
 
F
R
 
Y
S
 
M
L
 
V
F
 
V
G
 
G
L
 
I
T
 
V
P
 
P
A
 
R
A
 
D
R
 
A
G
 
G
T
 
N
V
 
I
E
 
I
F
 
I
E
 
D
S
 
D
R
 
D
D
 
D
V
 
I
R
 
S
R
 
L
L
 
L
P
 
P
A
 
L
Y
 
H
R
 
A
I
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
x
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
C
 
I
F
 
F
P
 
R
N
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
R
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
Q
 
M
A
 
A
T
 
V
-
 
L
-
 
Q
A
 
I
R
 
R
A
 
D
G
 
D
E
 
L
W
 
S
G
 
A
L
 
E
A
 
Q
R
 
R
V
 
E
E
 
D
R
 
R
L
 
A
F
 
N
P
 
E
R
 
L
L
 
M
A
 
E
E
 
E
R
 
F
A
 
H
T
 
I
Q
 
E
S
 
H
A
 
L
R
 
R
-
 
D
-
 
S
-
 
M
-
 
G
-
 
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
T
 
A
N
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
V
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
A
 
P
T
 
F
E
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
I
I
 
S
R
 
V
K
 
I
E
 
D
I
 
I
W
 
K
V
 
R
A
 
I
I
 
I
R
 
E
T
 
H
L
 
L
K
 
R
E
 
D
Q
 
S
G
 
G
Q
 
L
S
 
G
T
 
V
L
 
L
I
 
I
V
 
T
D
 
D
K
 
H
T
 
N
L
 
V
S
 
R
E
 
E
L
 
T
L
 
L
P
 
A
V
 
V
V
 
C
D
 
E
R
 
R
C
 
A
I
 
Y
I
 
I
L
 
V
E
 
S
K
 
Q
G
 
G
L
 
H
T
 
L
A
 
I
W
 
A
R
 
H
G
 
G
L
 
T
P
 
P
S
 
T
E
 
E
L
 
I
-
 
L
-
 
Q
D
 
D
D
 
E
T
 
H
I
 
V
R
 
K
D
 
R
R
 
V
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

6b8bA E. Coli lptb in complex with adp and a novobiocin derivative (see paper)
33% identity, 90% coverage: 20:223/226 of query aligns to 21:233/233 of 6b8bA

query
sites
6b8bA
V
 
V
D
 
S
L
 
L
D
 
T
V
 
V
A
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
M
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
M
 
L
G
 
G
R
 
P
N
 
N
G
|
G
M
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
I
 
F
R
 
Y
S
 
M
L
 
V
F
 
V
G
 
G
L
 
I
T
 
V
P
 
P
A
 
R
A
 
D
R
 
A
G
 
G
T
 
N
V
 
I
E
 
I
F
 
I
E
 
D
S
 
D
R
 
D
D
 
D
V
 
I
R
 
S
R
 
L
L
 
L
P
 
P
A
 
L
Y
 
H
R
 
A
I
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
C
 
I
F
|
F
P
x
R
N
x
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
R
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
Q
 
M
A
 
A
T
 
V
A
 
L
R
 
Q
-
 
I
-
 
R
-
 
D
-
 
D
-
 
L
A
 
S
G
 
A
E
 
E
W
 
Q
G
 
R
L
 
E
A
 
D
R
 
R
V
 
A
E
 
N
R
 
E
L
 
L
F
 
M
P
 
E
R
 
E
L
 
F
A
 
H
E
 
I
R
 
E
A
 
H
T
 
L
Q
 
R
S
 
D
A
 
S
-
 
M
-
 
G
R
 
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
T
 
A
N
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
V
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
A
 
P
T
 
F
E
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
I
I
 
S
R
 
V
K
 
I
E
 
D
I
 
I
W
 
K
V
 
R
A
 
I
I
 
I
R
 
E
T
 
H
L
 
L
K
 
R
E
 
D
Q
 
S
G
 
G
Q
 
L
S
 
G
T
 
V
L
 
L
I
 
I
V
 
T
D
 
D
K
 
H
T
 
N
L
 
V
S
 
R
E
 
E
L
 
T
L
 
L
P
 
A
V
 
V
V
 
C
D
 
E
R
 
R
C
 
A
I
 
Y
I
 
I
L
 
V
E
 
S
K
 
Q
G
 
G
L
 
H
T
 
L
A
 
I
W
 
A
R
 
H
G
 
G
L
 
T
P
 
P
S
 
T
E
 
E
L
 
I
-
 
L
-
 
Q
D
 
D
D
 
E
T
 
H
I
 
V
R
 
K
D
 
R
R
 
V
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
29% identity, 93% coverage: 1:210/226 of query aligns to 4:232/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
M
 
I
L
 
L
R
 
R
I
 
T
A
 
E
G
 
N
L
 
I
E
 
V
T
 
K
F
 
Y
Y
x
F
G
 
G
P
 
E
S
x
F
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
F
 
D
G
 
G
V
 
V
D
 
S
L
 
I
D
 
S
V
 
V
A
 
C
A
 
K
G
 
G
E
 
D
M
 
V
V
 
T
A
 
L
L
 
I
M
 
I
G
 
G
R
 
P
N
 
N
G
|
G
M
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
L
I
 
I
R
 
N
S
 
V
L
 
I
F
 
T
G
 
G
L
 
F
T
 
L
P
 
K
A
 
A
A
 
D
R
 
E
G
 
G
T
 
R
V
 
V
E
 
Y
F
 
F
E
 
E
S
 
N
R
 
K
D
 
D
V
 
I
R
 
T
R
 
N
L
 
K
P
 
E
A
 
P
Y
 
A
R
 
E
I
 
L
A
 
Y
R
 
H
L
 
Y
G
 
G
L
 
I
G
 
V
L
 
R
V
 
T
P
 
F
E
 
Q
G
 
T
R
 
P
R
 
Q
C
 
P
F
 
L
P
 
K
N
 
E
L
 
M
S
 
T
V
 
V
R
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
Q
 
L
-
 
I
A
 
G
T
 
E
A
 
I
R
 
N
A
 
P
G
 
G
E
 
E
W
 
S
G
 
P
L
 
L
A
 
N
R
 
S
-
 
L
-
 
F
-
 
Y
-
 
K
-
 
K
-
 
W
-
 
I
-
 
P
-
 
K
-
 
E
-
 
E
-
 
E
-
 
M
V
 
V
E
 
E
R
 
K
L
 
A
F
 
F
P
 
K
-
 
I
-
 
L
-
 
E
-
 
F
-
 
L
R
 
K
L
 
L
A
 
S
E
 
H
R
 
L
A
 
Y
T
 
D
Q
 
R
S
 
K
A
 
A
R
 
G
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
M
Q
 
K
M
 
L
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
T
 
T
N
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
M
L
 
I
V
 
V
L
 
M
D
 
D
E
|
E
A
 
P
T
 
I
E
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
A
P
 
P
V
 
G
I
 
L
R
 
A
K
 
H
E
 
D
I
 
I
W
 
F
V
 
N
A
 
H
I
 
V
R
 
L
T
 
E
L
 
L
K
 
K
E
 
A
Q
 
K
G
 
G
Q
 
I
S
 
T
T
 
F
L
 
L
I
 
I
V
 
I
D
 
E
K
 
H
T
 
R
L
 
L
S
 
D
E
 
I
L
 
V
L
 
L
P
 
N
V
 
Y
V
 
I
D
 
D
R
 
H
C
 
L
I
 
Y
I
 
V
L
 
M
E
 
F
K
 
N
G
 
G
L
 
Q
T
 
I
A
 
I
W
 
A
R
 
E
G
 
G

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
29% identity, 93% coverage: 1:210/226 of query aligns to 4:232/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
M
 
I
L
 
L
R
 
R
I
 
T
A
 
E
G
 
N
L
 
I
E
 
V
T
 
K
F
 
Y
Y
x
F
G
 
G
P
 
E
S
x
F
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
F
 
D
G
 
G
V
 
V
D
 
S
L
 
I
D
 
S
V
 
V
A
 
N
A
 
K
G
 
G
E
 
D
M
 
V
V
 
T
A
 
L
L
 
I
M
 
I
G
 
G
R
 
P
N
|
N
G
|
G
M
 
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
L
I
 
I
R
 
N
S
 
V
L
 
I
F
 
T
G
 
G
L
 
F
T
 
L
P
 
K
A
 
A
A
 
D
R
 
E
G
 
G
T
 
R
V
 
V
E
 
Y
F
 
F
E
 
E
S
 
N
R
 
K
D
 
D
V
 
I
R
 
T
R
 
N
L
 
K
P
 
E
A
 
P
Y
 
A
R
 
E
I
 
L
A
 
Y
R
 
H
L
 
Y
G
 
G
L
 
I
G
 
V
L
 
R
V
 
T
P
 
F
E
 
Q
G
 
T
R
 
P
R
 
Q
C
 
P
F
 
L
P
 
K
N
 
E
L
 
M
S
 
T
V
 
V
R
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
Q
 
L
-
 
I
A
 
G
T
 
E
A
 
I
R
 
C
A
 
P
G
 
G
E
 
E
W
 
S
G
 
P
L
 
L
A
 
N
R
 
S
-
 
L
-
 
F
-
 
Y
-
 
K
-
 
K
-
 
W
-
 
I
-
 
P
-
 
K
-
 
E
-
 
E
-
 
E
-
 
M
V
 
V
E
 
E
R
 
K
L
 
A
F
 
F
P
 
K
-
 
I
-
 
L
-
 
E
-
 
F
-
 
L
R
 
K
L
 
L
A
 
S
E
 
H
R
 
L
A
 
Y
T
 
D
Q
 
R
S
 
K
A
 
A
R
 
G
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
M
Q
 
K
M
 
L
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
T
 
T
N
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
M
L
 
I
V
 
V
L
 
M
D
 
D
E
 
E
A
 
P
T
 
I
E
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
A
P
 
P
V
 
G
I
 
L
R
 
A
K
 
H
E
 
D
I
 
I
W
 
F
V
 
N
A
 
H
I
 
V
R
 
L
T
 
E
L
 
L
K
 
K
E
 
A
Q
 
K
G
 
G
Q
 
I
S
 
T
T
 
F
L
 
L
I
 
I
V
 
I
D
 
E
K
 
H
T
 
R
L
 
L
S
 
D
E
 
I
L
 
V
L
 
L
P
 
N
V
 
Y
V
 
I
D
 
D
R
 
H
C
 
L
I
 
Y
I
 
V
L
 
M
E
 
F
K
 
N
G
 
G
L
 
Q
T
 
I
A
 
I
W
 
A
R
 
E
G
 
G

7o12B Abc transporter nosdfy, amppnp-bound in gdn (see paper)
33% identity, 95% coverage: 2:215/226 of query aligns to 3:214/298 of 7o12B

query
sites
7o12B
L
 
V
R
 
E
I
 
I
A
 
Q
G
 
G
L
 
V
E
 
S
T
 
Q
F
 
R
Y
|
Y
G
 
G
P
 
S
S
 
M
Q
 
T
A
x
V
L
 
L
F
 
H
G
 
D
V
 
L
D
 
N
L
 
L
D
 
N
V
 
L
A
 
G
A
 
E
G
 
G
E
 
E
M
 
V
V
 
L
A
 
G
L
 
L
M
 
F
G
 
G
R
 
H
N
|
N
G
|
G
M
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
S
I
 
M
R
 
K
S
 
L
L
 
I
F
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
L
P
 
S
A
 
P
A
 
S
R
 
E
G
 
G
T
 
Q
V
 
V
E
 
K
F
 
V
E
 
-
S
 
-
R
 
-
D
 
-
V
 
L
R
 
G
R
 
R
L
 
A
P
 
P
A
 
N
Y
 
D
R
 
P
I
 
Q
A
 
V
R
 
R
L
 
R
G
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
|
E
G
 
N
R
 
V
R
 
T
C
 
F
F
 
Y
P
 
P
N
 
Q
L
 
L
S
 
S
V
 
G
R
 
R
E
 
E
N
 
T
L
 
L
Q
 
R
A
 
H
T
 
F
A
 
A
R
 
R
A
 
L
G
 
K
E
 
G
W
 
A
G
 
A
L
 
L
A
 
T
R
 
Q
V
 
V
E
 
D
R
 
E
L
 
L
F
 
L
P
 
E
R
 
Q
-
 
V
-
 
G
L
 
L
A
 
A
E
 
H
R
 
A
A
 
A
T
 
D
Q
 
R
S
 
R
A
 
V
R
 
K
T
 
T
L
 
Y
S
 
S
G
 
K
G
 
G
E
 
M
Q
 
R
Q
 
Q
M
 
R
L
 
L
A
 
G
I
 
L
G
 
A
R
 
Q
A
 
A
L
 
L
M
 
L
T
 
G
N
 
E
P
 
P
R
 
R
L
 
L
L
 
L
V
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
A
 
P
T
 
T
E
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
D
P
 
P
V
 
I
I
 
A
R
 
T
K
 
Q
E
 
D
I
 
L
W
 
Y
V
 
L
A
 
L
I
 
I
R
 
D
T
 
R
L
 
L
K
 
R
E
 
Q
Q
 
R
G
 
G
Q
 
T
S
 
S
T
 
I
L
 
I
I
 
L
V
 
C
D
 
S
K
 
H
T
 
V
L
 
L
S
 
P
E
 
G
L
 
V
L
 
E
P
 
A
V
 
H
V
 
I
D
 
N
R
 
R
C
 
A
I
 
A
I
 
I
L
 
L
E
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
C
T
 
L
A
 
Q
W
 
A
R
 
V
G
 
G
L
 
S
P
 
L
S
 
S
E
 
Q
L
 
L

7o17B Abc transporter nosdfy e154q, atp-bound in lipid nanodisc (see paper)
33% identity, 95% coverage: 2:215/226 of query aligns to 3:214/298 of 7o17B

query
sites
7o17B
L
 
V
R
 
E
I
 
I
A
 
Q
G
 
G
L
 
V
E
 
S
T
 
Q
F
 
R
Y
|
Y
G
 
G
P
 
S
S
 
M
Q
 
T
A
x
V
L
 
L
F
 
H
G
 
D
V
 
L
D
 
N
L
 
L
D
 
N
V
 
L
A
 
G
A
 
E
G
 
G
E
 
E
M
 
V
V
 
L
A
 
G
L
 
L
M
 
F
G
 
G
R
 
H
N
|
N
G
|
G
M
x
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
S
I
 
M
R
 
K
S
 
L
L
 
I
F
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
L
P
 
S
A
 
P
A
 
S
R
 
E
G
 
G
T
 
Q
V
 
V
E
 
K
F
 
V
E
 
-
S
 
-
R
 
-
D
 
-
V
 
L
R
 
G
R
 
R
L
 
A
P
 
P
A
 
N
Y
 
D
R
 
P
I
 
Q
A
 
V
R
 
R
L
 
R
G
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
|
E
G
 
N
R
 
V
R
 
T
C
 
F
F
 
Y
P
 
P
N
 
Q
L
 
L
S
 
S
V
 
G
R
 
R
E
 
E
N
 
T
L
 
L
Q
 
R
A
 
H
T
 
F
A
 
A
R
 
R
A
 
L
G
 
K
E
 
G
W
 
A
G
 
A
L
 
L
A
 
T
R
 
Q
V
 
V
E
 
D
R
 
E
L
 
L
F
 
L
P
 
E
R
 
Q
-
 
V
-
 
G
L
 
L
A
 
A
E
 
H
R
 
A
A
 
A
T
 
D
Q
x
R
S
 
R
A
 
V
R
 
K
T
|
T
L
 
Y
S
|
S
G
x
K
G
|
G
E
x
M
Q
 
R
Q
 
Q
M
 
R
L
 
L
A
 
G
I
 
L
G
 
A
R
 
Q
A
 
A
L
 
L
M
 
L
T
 
G
N
 
E
P
 
P
R
 
R
L
 
L
L
 
L
V
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
A
 
P
T
 
T
E
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
D
P
 
P
V
 
I
I
 
A
R
 
T
K
 
Q
E
 
D
I
 
L
W
 
Y
V
 
L
A
 
L
I
 
I
R
 
D
T
 
R
L
 
L
K
 
R
E
 
Q
Q
 
R
G
 
G
Q
 
T
S
 
S
T
 
I
L
 
I
I
 
L
V
 
C
D
 
S
K
 
H
T
 
V
L
 
L
S
 
P
E
 
G
L
 
V
L
 
E
P
 
A
V
 
H
V
 
I
D
 
N
R
 
R
C
 
A
I
 
A
I
 
I
L
 
L
E
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
C
T
 
L
A
 
Q
W
 
A
R
 
V
G
 
G
L
 
S
P
 
L
S
 
S
E
 
Q
L
 
L

P69874 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA; EC 7.6.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
27% identity, 100% coverage: 1:225/226 of query aligns to 17:245/378 of P69874

query
sites
P69874
M
 
L
L
 
V
R
 
Q
I
 
L
A
 
A
G
 
G
L
 
I
E
 
R
T
 
K
F
x
C
Y
x
F
G
 
D
P
 
G
S
 
K
Q
 
E
A
 
V
L
 
I
F
 
P
G
 
Q
V
 
L
D
 
D
L
 
L
D
 
T
V
 
I
A
 
N
A
 
N
G
 
G
E
 
E
M
x
F
V
 
L
A
 
T
L
 
L
M
 
L
G
 
G
R
 
P
N
 
S
G
 
G
M
x
C
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
T
 
V
I
x
L
R
 
R
S
 
L
L
 
I
F
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
E
P
 
T
A
 
V
A
 
D
R
 
S
G
 
G
T
 
R
V
 
I
E
 
M
F
x
L
E
 
D
S
 
N
R
 
E
D
 
D
V
 
I
R
 
T
R
 
H
L
 
V
P
 
P
A
 
A
Y
 
-
R
 
-
I
 
-
A
 
E
R
 
N
L
 
R
G
 
Y
L
 
V
G
 
N
L
 
T
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
S
R
 
Y
R
 
A
C
 
L
F
 
F
P
 
P
N
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
V
R
 
F
E
 
E
N
 
N
L
 
V
Q
 
A
A
 
F
T
 
G
A
 
L
R
 
R
A
 
M
G
 
Q
E
 
K
W
 
T
G
 
P
L
 
A
A
 
A
R
 
E
V
 
I
E
 
T
R
 
-
L
 
-
F
 
-
P
 
P
R
 
R
L
 
V
A
 
M
E
 
E
R
 
A
-
 
L
-
 
R
-
 
M
-
x
V
-
 
Q
-
 
L
-
 
E
-
 
T
-
 
F
A
 
A
T
 
Q
Q
 
R
S
 
K
A
 
P
R
 
H
T
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
M
 
V
T
 
N
N
 
K
P
 
P
R
 
R
L
 
L
L
 
L
V
 
L
L
 
L
D
|
D
E
 
E
A
 
S
T
 
L
E
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
Y
V
 
K
I
 
L
R
 
R
K
 
K
E
 
Q
I
 
M
W
 
Q
V
 
N
A
 
E
I
 
L
R
 
K
T
 
A
L
 
L
K
 
Q
E
 
R
Q
 
K
-
 
L
G
 
G
Q
 
I
S
 
T
T
 
F
L
 
V
I
 
F
V
 
V
D
 
T
K
 
H
T
 
D
L
 
Q
S
 
E
E
 
E
L
 
A
L
 
L
P
 
T
V
 
M
V
 
S
D
 
D
R
 
R
C
 
I
I
 
V
I
 
V
L
 
M
E
 
R
K
 
D
G
 
G
L
 
R
T
 
I
A
 
E
W
 
Q
R
 
D
G
 
G
L
 
T
P
 
P
S
 
R
E
 
E
L
 
I
D
 
Y
D
 
E
T
 
E
I
 
P
R
 
K
D
 
N
R
 
L
Y
 
F
L
 
V
G
 
A

Sites not aligning to the query:

P04983 Ribose import ATP-binding protein RbsA; EC 7.5.2.7 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
32% identity, 82% coverage: 20:204/226 of query aligns to 271:471/501 of P04983

query
sites
P04983
V
 
V
D
 
S
L
 
F
D
 
T
V
 
L
A
 
R
A
 
K
G
 
G
E
 
E
M
 
I
V
 
L
A
 
G
L
 
V
M
 
S
G
 
G
R
 
L
N
 
M
G
 
G
M
 
A
G
 
G
K
 
R
T
 
T
T
 
E
T
 
L
I
 
M
R
 
K
S
 
V
L
 
L
F
 
Y
G
 
G
L
 
A
T
 
L
P
 
P
A
 
R
A
 
T
R
 
S
G
 
G
T
 
Y
V
 
V
E
 
T
F
 
L
E
 
D
S
 
G
R
 
H
D
 
E
V
 
V
-
 
V
R
 
T
R
 
R
L
 
S
P
 
P
A
 
Q
Y
 
D
R
 
G
I
 
L
A
 
A
R
 
N
L
 
-
G
 
G
L
 
I
G
 
V
L
 
Y
V
 
I
P
 
S
E
 
E
G
 
D
R
 
R
R
 
K
-
 
R
-
 
D
-
 
G
C
 
L
F
 
V
P
 
L
N
 
G
L
 
M
S
 
S
V
 
V
R
 
K
E
 
E
N
 
N
L
 
M
Q
 
S
A
 
L
T
 
T
A
 
A
-
 
L
-
 
R
-
 
Y
-
 
F
-
 
S
R
 
R
A
 
A
G
 
G
-
 
G
-
 
S
-
 
L
-
 
K
-
 
H
-
 
A
-
 
D
-
 
E
E
 
Q
W
 
Q
G
 
A
L
 
V
A
 
S
R
 
D
V
 
F
E
 
I
R
 
R
L
 
L
F
 
F
P
 
N
R
 
V
L
 
K
A
 
T
E
 
P
R
 
S
A
 
M
T
 
E
Q
 
Q
S
 
A
A
 
I
R
 
G
T
 
L
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
N
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
K
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
G
L
 
L
M
 
M
T
 
T
N
 
R
P
 
P
R
 
K
L
 
V
L
 
L
V
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
A
 
P
T
 
T
E
 
R
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
V
V
 
G
I
 
A
R
 
K
K
 
K
E
 
E
I
 
I
W
 
Y
V
 
Q
A
 
L
I
 
I
R
 
N
T
 
Q
L
 
F
K
 
K
E
 
A
Q
 
D
G
 
G
Q
 
L
S
 
S
T
 
I
L
 
I
I
 
L
V
 
V
D
 
S
K
 
S
T
 
E
L
 
M
S
 
P
E
 
E
L
 
V
L
 
L
P
 
G
V
 
M
V
 
S
D
 
D
R
 
R
C
 
I
I
 
I
I
 
V
L
 
M
E
 
H
K
 
E
G
 
G

Sites not aligning to the query:

4yerA Crystal structure of an abc transporter atp-binding protein (tm_1403) from thermotoga maritima msb8 at 2.35 a resolution
31% identity, 91% coverage: 11:215/226 of query aligns to 14:223/285 of 4yerA

query
sites
4yerA
Y
x
F
G
 
G
P
 
D
S
x
F
Q
 
E
A
 
A
L
 
V
F
 
K
G
 
G
V
 
V
D
 
S
L
 
F
D
 
S
V
 
V
A
 
K
A
 
K
G
 
G
E
 
E
M
 
I
V
 
F
A
 
A
L
 
F
M
 
L
G
 
G
R
 
P
N
|
N
G
|
G
M
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
I
 
I
R
 
H
S
 
M
L
 
L
F
 
T
G
 
T
L
 
L
T
 
L
P
 
K
A
 
P
A
 
T
R
 
S
G
 
G
T
 
K
V
 
A
E
 
W
F
 
V
E
 
A
S
 
G
R
 
H
D
 
D
V
 
V
R
 
L
R
 
K
L
 
E
P
 
P
A
 
-
Y
 
-
R
 
R
I
 
E
A
 
V
R
 
R
L
 
R
G
 
K
L
 
I
G
 
G
L
 
I
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
D
R
 
Q
R
 
S
C
 
L
F
 
D
P
 
R
N
 
E
L
 
L
S
 
T
V
 
A
R
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
M
Q
 
Y
A
 
I
T
 
H
A
 
G
R
 
K
A
 
I
G
 
Y
E
 
G
W
 
Y
G
 
G
L
 
G
A
 
E
R
 
K
V
 
L
E
 
K
R
 
K
-
 
R
-
 
I
-
 
L
-
 
E
-
 
L
-
 
L
L
 
E
F
 
F
P
 
V
R
 
E
L
 
L
A
 
L
E
 
E
R
 
F
A
 
K
T
 
D
Q
 
K
S
 
P
A
 
V
R
 
K
T
|
T
L
x
F
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
 
M
Q
 
A
Q
 
R
M
 
R
L
 
L
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
S
L
 
L
M
 
I
T
 
H
N
 
E
P
 
P
R
 
E
L
 
V
L
 
L
V
 
F
L
 
L
D
 
D
E
 
E
A
 
P
T
 
T
E
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
D
P
 
P
V
 
H
I
 
T
R
 
R
K
 
A
E
 
H
I
 
M
W
 
W
V
 
E
A
 
Y
I
 
I
R
 
S
T
 
K
L
 
M
-
 
K
K
 
K
E
 
E
Q
 
H
G
 
N
Q
 
M
S
 
T
T
 
I
L
 
F
I
 
L
V
 
T
D
 
T
K
 
H
T
 
Y
L
 
M
S
 
D
E
 
E
L
 
A
L
 
E
P
 
Q
V
 
L
V
 
A
D
 
D
R
 
R
C
 
V
I
 
A
I
 
I
L
 
I
E
 
D
K
 
H
G
 
G
L
 
K
T
 
I
A
 
I
W
 
A
R
 
L
G
 
G
L
 
T
P
 
P
S
 
T
E
 
E
L
 
L

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
28% identity, 95% coverage: 1:215/226 of query aligns to 1:223/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
M
 
M
L
 
I
R
 
F
I
 
V
A
 
N
G
 
D
L
 
V
E
 
Y
T
 
K
F
 
N
Y
x
F
G
 
G
P
 
S
S
 
L
Q
 
E
A
x
V
L
 
L
F
 
K
G
 
G
V
 
V
D
 
T
L
 
L
D
 
K
V
 
V
A
 
N
A
 
K
G
 
G
E
 
E
M
 
V
V
 
V
A
 
V
L
 
I
M
 
I
G
 
G
R
 
P
N
x
S
G
|
G
M
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
L
I
 
L
R
 
R
S
 
C
L
 
I
F
 
N
G
 
L
L
 
L
T
 
E
P
 
E
A
 
P
A
 
T
R
 
K
G
 
G
T
 
E
V
 
V
E
 
F
F
 
I
E
 
D
S
 
G
R
 
V
D
 
K
V
 
I
R
 
N
-
 
N
-
 
G
R
 
K
L
 
V
P
 
N
A
 
I
Y
 
N
R
 
K
I
 
V
A
 
-
R
 
R
L
 
Q
G
 
K
L
 
V
G
 
G
L
 
M
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
H
R
 
F
R
 
N
C
 
L
F
 
F
P
 
P
N
 
H
L
 
L
S
 
T
V
 
A
R
 
I
E
 
E
N
 
N
L
 
I
Q
 
T
-
 
L
A
 
A
T
 
P
A
 
V
R
 
K
A
 
V
G
 
K
E
 
K
W
 
M
G
 
N
L
 
K
A
 
K
R
 
E
V
 
A
E
 
E
R
 
E
L
 
L
F
 
A
P
 
V
R
 
D
L
 
L
A
 
L
-
 
A
-
 
K
-
 
V
-
 
G
-
 
L
-
 
L
E
 
D
R
 
K
A
 
K
T
 
D
Q
 
Q
S
 
Y
A
 
P
R
 
I
T
 
K
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
M
 
R
L
 
L
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
T
 
M
N
 
Q
P
 
P
R
 
E
L
 
V
L
 
M
V
 
L
L
 
F
D
 
D
E
|
E
A
 
P
T
 
T
E
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
V
 
E
I
 
M
R
 
V
K
 
K
E
 
E
I
 
V
W
 
L
V
 
N
A
 
V
I
 
M
R
 
K
T
 
Q
L
 
L
K
 
A
E
 
N
Q
 
E
G
 
G
Q
 
M
S
 
T
T
 
M
L
 
V
I
 
V
V
 
V
D
 
T
K
x
H
T
 
E
L
 
M
S
 
G
E
 
F
L
 
A
L
 
R
P
 
E
V
 
V
V
 
G
D
 
D
R
 
R
C
 
V
I
 
I
I
 
F
L
 
M
E
 
D
K
 
D
G
 
G
L
 
V
T
 
I
A
 
V
W
 
E
R
 
E
G
 
G
L
 
T
P
 
P
S
 
E
E
 
E
L
 
I

P19566 Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK; EC 7.5.2.1 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see paper)
30% identity, 91% coverage: 20:225/226 of query aligns to 22:231/369 of P19566

query
sites
P19566
V
 
I
D
 
N
L
 
L
D
 
D
V
 
I
A
 
H
A
 
D
G
 
G
E
 
E
M
 
F
V
 
V
A
 
V
L
 
F
M
 
V
G
 
G
R
 
P
N
 
S
G
 
G
M
 
C
G
 
G
K
 
K
T
 
S
T
 
T
T
 
L
I
 
L
R
 
R
S
 
M
L
 
I
F
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
E
P
 
T
A
 
I
A
 
T
R
 
S
G
 
G
T
 
D
V
 
L
E
 
F
F
 
I
E
 
G
S
 
E
R
 
T
D
 
R
V
 
M
R
 
N
R
 
D
L
 
I
P
 
P
A
 
P
Y
 
-
R
 
-
I
 
-
A
 
A
R
 
E
L
 
R
G
 
G
L
 
V
G
 
G
L
 
M
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
S
R
 
Y
R
 
A
C
x
L
F
 
Y
P
 
P
N
 
H
L
 
L
S
 
S
V
 
V
R
 
A
E
 
E
N
 
N
-
 
M
-
 
S
-
 
F
-
 
G
L
 
L
Q
 
K
A
 
L
T
 
A
A
 
G
R
 
A
A
 
K
G
 
K
E
 
E
W
 
V
G
 
M
L
 
N
A
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
N
R
 
Q
L
 
V
F
 
A
P
 
E
-
 
V
-
 
L
R
 
Q
L
 
L
A
 
A
E
 
H
R
 
L
A
 
L
T
 
E
Q
 
R
S
 
K
A
 
P
R
 
K
T
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
R
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
M
 
V
T
 
A
N
 
E
P
 
P
R
 
R
L
 
V
L
 
F
V
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
A
x
P
T
 
L
E
 
S
G
 
N
L
 
L
A
x
D
P
 
A
V
 
A
I
 
L
R
 
R
K
 
V
E
 
Q
I
 
M
W
 
R
V
 
I
A
 
E
I
 
I
-
 
S
R
 
R
T
 
L
L
 
H
K
 
K
E
 
R
Q
 
L
G
 
G
Q
 
R
S
 
T
T
 
M
L
 
I
I
 
Y
V
 
V
D
 
T
K
 
H
T
 
D
L
 
Q
S
 
V
E
 
E
L
 
A
L
 
M
P
 
T
V
 
L
V
 
A
D
 
D
R
 
K
C
 
I
I
 
V
I
 
V
L
 
L
E
 
D
K
 
A
G
 
G
L
 
R
T
 
V
A
 
A
W
 
Q
R
 
V
G
 
G
L
 
K
P
 
P
S
 
L
E
 
E
L
 
L
D
 
Y
D
 
H
T
 
Y
I
 
P
R
 
A
D
 
D
R
 
R
Y
 
F
L
 
V
G
 
A

Sites not aligning to the query:

8k1pB Mycobacterial efflux pump, adp+vanadate bound state
31% identity, 92% coverage: 2:210/226 of query aligns to 4:211/213 of 8k1pB

query
sites
8k1pB
L
 
I
R
 
E
I
 
I
A
 
R
G
 
G
L
 
L
E
 
T
T
 
K
F
 
H
Y
x
F
G
 
G
P
 
S
S
 
V
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
F
 
D
G
 
G
V
 
L
D
 
D
L
 
L
D
 
T
V
 
V
A
 
R
A
 
E
G
 
G
E
 
E
M
 
V
V
 
H
A
 
G
L
 
F
M
 
L
G
 
G
R
 
P
N
|
N
G
|
G
M
x
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
T
I
 
L
R
 
R
S
 
I
L
 
L
F
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
V
P
 
K
A
 
A
A
 
D
R
 
G
G
 
G
T
 
S
V
 
V
E
 
R
F
 
L
-
 
L
-
 
G
-
 
G
-
 
D
-
 
P
-
 
W
-
 
T
E
 
D
S
 
A
R
 
V
D
 
D
V
 
L
R
 
H
R
 
R
L
 
H
P
 
I
A
 
A
Y
 
Y
R
 
-
I
 
-
A
 
-
R
 
-
L
 
-
G
 
-
L
 
-
G
 
-
L
 
-
V
 
V
P
 
P
E
 
G
G
 
D
R
 
V
R
 
T
C
 
L
F
 
W
P
 
P
N
 
S
L
 
L
S
 
T
V
 
G
R
 
G
E
 
E
N
 
T
L
 
I
Q
 
D
A
 
L
T
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
M
-
 
R
G
 
G
E
 
G
W
 
I
G
 
D
L
 
N
A
 
A
R
 
R
V
 
R
E
 
A
R
 
E
L
 
L
F
 
I
P
 
E
R
 
R
L
 
F
A
 
G
E
 
L
R
 
D
A
 
P
T
 
T
Q
 
K
S
 
K
A
 
A
R
 
R
T
|
T
L
 
Y
S
|
S
G
 
K
G
 
G
E
 
N
Q
 
R
Q
 
Q
M
 
K
L
 
V
A
 
S
I
 
L
G
 
I
R
 
S
A
 
A
L
 
L
M
 
S
T
 
S
N
 
H
P
 
A
R
 
T
L
 
L
L
 
L
V
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
A
 
P
T
 
S
E
 
S
G
 
G
L
 
L
A
 
D
P
 
P
V
 
L
I
 
M
R
 
E
K
 
N
E
 
V
I
 
F
W
 
Q
V
 
Q
A
 
C
I
 
I
R
 
G
T
 
E
L
 
A
K
 
R
E
 
Q
Q
 
R
G
 
G
Q
 
V
S
 
T
T
 
V
L
 
L
I
 
L
V
 
S
D
 
S
K
 
H
T
 
I
L
 
L
S
 
A
E
 
E
L
 
T
L
 
E
P
 
A
V
 
L
V
 
C
D
 
E
R
 
K
C
 
V
I
 
T
I
 
I
L
 
I
E
 
R
K
 
A
G
 
G
L
 
K
T
 
T
A
 
V
W
 
E
R
 
S
G
 
G

Query Sequence

>WP_043529645.1 NCBI__GCF_000759345.1:WP_043529645.1
MLRIAGLETFYGPSQALFGVDLDVAAGEMVALMGRNGMGKTTTIRSLFGLTPAARGTVEF
ESRDVRRLPAYRIARLGLGLVPEGRRCFPNLSVRENLQATARAGEWGLARVERLFPRLAE
RATQSARTLSGGEQQMLAIGRALMTNPRLLVLDEATEGLAPVIRKEIWVAIRTLKEQGQS
TLIVDKTLSELLPVVDRCIILEKGLTAWRGLPSELDDTIRDRYLGV

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory