SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_044406137.1 NCBI__GCF_000934765.1:WP_044406137.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 7 hits to proteins with known functional sites (download)

8g1yA Crystal structure of the threonine synthase from streptococcus pneumoniae in complex with pyridoxal 5-phosphate.
40% identity, 94% coverage: 17:478/490 of query aligns to 17:482/496 of 8g1yA

query
sites
8g1yA
V
 
V
T
 
T
F
 
A
S
 
S
E
 
Q
A
 
A
I
 
I
L
 
L
N
 
Q
P
 
G
M
 
L
S
 
A
S
 
T
F
 
D
G
 
G
G
 
G
L
 
L
Y
 
F
S
 
T
P
 
P
K
 
D
S
 
T
L
 
Y
P
 
P
M
 
K
L
 
V
E
 
D
K
 
L
D
 
N
F
 
F
L
 
-
A
 
-
N
 
D
H
 
K
L
 
L
-
 
K
N
 
D
A
 
A
D
 
S
Y
 
Y
K
 
Q
T
 
E
L
 
V
A
 
A
K
 
K
-
 
L
-
 
V
-
 
L
-
 
S
A
 
A
I
 
F
L
 
L
D
 
D
K
 
D
F
 
F
E
 
T
V
 
V
D
 
E
I
 
E
D
 
L
E
 
D
A
 
Y
V
 
C
I
 
I
D
 
N
R
 
N
A
 
A
L
 
-
A
 
-
L
 
-
Y
 
Y
D
 
D
-
 
S
Q
 
K
F
 
F
D
 
D
E
 
T
P
 
P
A
 
A
N
 
-
P
 
I
V
 
A
P
 
P
V
 
L
V
 
V
K
 
K
V
 
L
Y
 
-
D
 
D
D
 
G
L
 
Q
Y
 
Y
V
 
N
S
 
L
E
 
E
L
 
L
F
 
F
H
 
H
G
 
G
P
 
S
T
 
T
R
 
I
A
 
A
F
|
F
K
|
K
D
 
D
M
 
M
A
 
A
L
 
L
Q
 
S
-
 
I
-
 
L
P
 
P
F
 
Y
G
 
F
T
 
M
V
 
T
L
 
T
S
 
A
A
 
A
V
 
K
A
 
K
Q
 
H
A
 
G
R
 
L
N
 
E
E
 
N
Q
 
K
Y
 
I
L
 
V
I
 
I
L
 
L
A
 
T
A
 
A
T
 
T
S
 
S
G
 
G
D
|
D
T
 
T
G
 
G
P
 
K
A
 
A
A
 
A
L
 
M
D
 
A
T
 
G
F
 
F
R
 
A
N
 
N
K
 
V
P
 
P
N
 
G
V
 
T
Q
 
E
V
 
I
V
 
I
C
 
V
M
 
F
Y
 
Y
P
 
P
D
 
K
G
 
D
G
 
G
T
 
V
S
 
S
D
 
K
V
 
I
Q
 
Q
R
 
E
L
 
L
Q
 
Q
M
 
M
V
 
T
T
 
T
E
 
Q
D
 
T
G
 
G
Q
 
D
N
 
N
L
 
T
K
 
H
V
 
V
I
 
I
G
 
A
I
 
I
K
 
D
G
 
G
D
 
N
F
 
F
D
 
D
D
 
D
A
 
A
Q
 
Q
S
 
T
A
 
N
L
 
V
K
 
K
R
 
H
L
 
M
L
 
F
T
 
N
S
 
D
P
 
V
V
 
A
F
 
L
R
 
R
E
 
E
T
 
K
L
 
L
N
 
T
Q
 
T
K
 
N
G
 
K
I
 
L
Q
 
Q
V
 
F
S
 
S
A
 
S
A
 
A
N
 
N
S
 
S
V
 
M
N
 
N
F
 
I
G
 
G
R
 
R
I
 
L
I
 
V
F
 
P
Q
 
Q
T
 
I
L
 
V
Y
 
Y
H
 
Y
V
 
V
H
 
Y
S
 
A
Y
 
Y
L
 
A
E
 
Q
L
 
L
V
 
V
R
 
K
Q
 
T
A
 
G
A
 
E
I
 
I
A
 
V
L
 
A
G
 
G
D
 
E
K
 
K
V
 
V
Y
 
N
L
 
F
N
 
T
V
 
V
P
 
P
S
x
T
G
|
G
N
|
N
F
|
F
G
 
G
N
|
N
A
 
I
L
 
L
G
 
A
G
 
A
Y
 
F
Y
 
Y
A
 
A
Y
 
K
K
 
Q
M
 
I
G
 
G
L
 
L
P
 
P
V
 
V
E
 
G
Q
 
K
I
 
L
L
 
I
I
 
C
A
 
A
S
 
S
N
 
N
N
 
D
N
 
N
N
 
N
V
 
V
L
 
L
T
 
T
R
 
D
F
 
F
I
 
F
N
 
K
E
 
T
G
 
R
I
 
V
Y
 
Y
D
 
D
L
 
-
R
 
K
T
 
K
S
 
R
Q
 
E
V
 
F
I
 
K
P
 
V
T
 
T
S
 
T
S
 
S
P
 
P
A
x
S
M
 
M
D
 
D
I
 
I
L
 
L
K
 
V
S
 
S
S
 
S
N
 
N
I
 
L
E
 
E
R
 
R
I
 
L
L
 
I
F
 
F
D
 
H
L
 
L
F
 
L
G
 
G
-
 
N
-
 
N
A
 
A
E
 
E
R
 
K
T
 
T
K
 
T
A
 
E
L
 
L
M
 
M
L
 
N
A
 
A
L
 
L
D
 
N
N
 
T
D
 
Q
K
 
G
F
 
Q
Y
 
Y
Q
 
K
L
 
L
T
 
T
P
 
-
D
 
D
E
 
F
L
 
D
A
 
A
Q
 
E
V
 
I
Q
 
L
A
 
D
I
 
L
F
 
F
A
 
A
A
 
A
D
 
E
F
 
Y
C
 
A
S
 
T
D
 
E
E
 
E
E
 
E
G
 
T
Q
 
A
A
 
A
Y
 
E
I
 
I
K
 
K
Q
 
R
A
 
V
Y
 
C
D
 
E
A
 
L
-
 
D
G
 
S
Y
 
Y
L
 
I
M
 
E
D
 
D
P
 
P
H
|
H
T
 
T
A
 
A
T
 
V
C
 
A
F
 
S
K
 
A
V
 
V
H
 
Y
D
 
K
T
 
K
-
 
Y
-
 
Q
S
 
S
R
 
A
K
 
T
N
 
G
K
 
D
Q
 
V
L
 
T
K
 
K
T
 
T
I
 
V
V
 
I
Y
 
A
S
 
S
T
|
T
A
 
A
E
 
S
W
 
P
T
 
Y
K
 
K
F
 
F
S
 
P
P
 
V
I
 
V
I
 
A
A
 
V
K
 
E
T
 
A
L
 
V
F
 
T
G
 
G
G
 
K
E
 
A
I
 
G
S
 
L
A
 
T
D
 
D
V
 
F
D
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
A
L
 
Q
I
 
L
A
 
H
D
 
E
K
 
I
G
 
S
Q
 
G
I
 
V
A
 
A
I
 
V
P
 
P
V
 
P
Q
 
A
I
 
V
A
 
D
S
 
G
L
 
L
L
 
E
D
 
I
K
 
A
P
 
P
Q
 
I
V
 
R
Q
 
H
D
 
K
K
 
T
V
 
T
I
 
V
A
 
A

4f4fA X-ray crystal structure of plp bound threonine synthase from brucella melitensis
34% identity, 87% coverage: 1:428/490 of query aligns to 2:416/464 of 4f4fA

query
sites
4f4fA
M
 
M
N
 
K
F
 
Y
I
 
V
E
 
S
T
 
T
R
 
R
G
 
G
N
 
-
D
 
-
G
 
-
Q
 
E
F
 
A
P
 
P
L
 
V
E
 
-
V
 
L
T
 
G
F
 
F
S
 
S
E
 
D
A
 
A
I
 
L
L
 
L
N
 
A
P
 
G
M
 
L
S
 
A
S
 
R
F
 
D
G
 
G
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
S
 
L
P
 
P
K
 
Q
S
 
E
L
 
Y
P
 
P
M
 
Q
L
 
F
E
 
T
K
 
A
D
 
E
F
 
Q
L
 
I
A
 
R
N
 
A
H
 
L
L
 
R
N
 
G
A
 
K
D
 
S
Y
 
Y
K
 
V
T
 
E
L
 
V
A
 
A
K
 
L
A
 
A
I
 
V
L
 
L
D
 
T
K
 
P
F
 
F
E
 
T
V
 
G
-
 
G
D
 
E
I
 
I
D
 
P
E
 
A
A
 
A
V
 
D
I
 
F
D
 
E
R
 
R
A
 
M
L
 
V
-
 
R
A
 
E
L
 
A
Y
 
Y
D
 
G
Q
 
T
F
 
F
D
 
R
E
 
H
P
 
D
A
 
A
N
 
-
P
 
V
V
 
C
P
 
P
V
 
L
V
 
V
K
 
Q
V
 
T
Y
 
D
D
 
A
D
 
N
L
 
E
Y
 
F
V
 
V
S
 
L
E
 
E
L
 
L
F
 
F
H
 
H
G
 
G
P
 
P
T
 
T
R
 
L
A
 
A
F
|
F
K
|
K
D
 
D
M
 
V
A
 
A
L
 
M
Q
 
Q
P
 
L
F
 
L
G
 
A
T
 
R
V
 
M
L
 
M
S
 
D
A
 
Y
V
 
V
A
 
L
Q
 
A
A
 
Q
R
 
R
N
 
G
E
 
E
Q
 
R
Y
 
A
L
 
T
I
 
I
L
 
V
A
 
G
A
 
A
T
 
T
S
 
S
G
 
G
D
 
D
T
 
T
G
 
G
P
 
G
A
 
A
A
 
A
L
 
I
D
 
E
T
 
A
F
 
F
R
 
G
N
 
G
K
 
R
P
 
D
N
 
N
V
 
T
Q
 
D
V
 
I
V
 
F
C
 
I
M
 
L
Y
 
F
P
 
P
D
 
N
G
 
G
G
 
R
T
 
V
S
 
S
D
 
P
V
 
V
Q
 
Q
R
 
Q
L
 
R
Q
 
Q
M
 
M
V
 
T
T
 
S
E
 
S
D
 
G
G
 
F
Q
 
S
N
 
N
L
 
V
K
 
H
V
 
A
I
 
L
G
 
S
I
 
I
K
 
E
G
 
G
D
 
N
F
 
F
D
 
D
D
 
D
A
 
C
Q
 
Q
S
 
N
A
 
L
L
 
V
K
 
K
R
 
G
L
 
M
L
 
F
T
 
N
S
 
D
P
 
L
V
 
E
F
 
F
R
 
C
E
 
D
T
 
A
L
 
L
N
 
S
Q
 
L
K
 
S
G
 
G
I
 
V
Q
 
-
V
 
-
S
 
-
A
 
-
A
 
-
N
 
N
S
 
S
V
 
I
N
 
N
F
 
W
G
 
A
R
 
R
I
 
I
I
 
M
F
 
P
Q
 
Q
T
 
V
L
 
V
Y
 
Y
H
 
Y
V
 
F
H
 
-
S
 
-
Y
 
-
L
 
-
E
 
-
L
 
-
V
 
-
R
 
-
Q
 
T
A
 
A
A
 
A
I
 
L
A
 
S
L
 
L
G
 
G
-
 
A
-
 
P
-
 
D
D
 
R
K
 
A
V
 
V
Y
 
S
L
 
F
N
 
T
V
 
V
P
 
P
S
x
T
G
|
G
N
|
N
F
|
F
G
 
G
N
x
D
A
 
I
L
 
F
G
 
A
G
 
G
Y
 
Y
Y
 
V
A
 
A
Y
 
K
K
 
R
M
 
M
G
 
G
L
 
L
P
 
P
V
 
I
E
 
E
Q
 
Q
I
 
L
L
 
I
I
 
I
A
 
A
S
 
T
N
 
N
N
 
D
N
 
N
N
 
D
V
 
I
L
 
L
T
 
S
R
 
R
F
 
T
I
 
L
N
 
E
E
 
S
G
 
G
I
 
A
Y
 
Y
D
 
E
L
 
M
R
 
R
T
 
G
S
 
-
Q
 
-
V
 
V
I
 
A
P
 
Q
T
 
T
S
 
T
S
 
S
P
 
P
A
x
S
M
|
M
D
 
D
I
 
I
L
 
Q
K
 
I
S
 
S
S
 
S
N
 
N
I
 
F
E
 
E
R
 
R
I
 
L
L
 
L
F
 
F
D
 
E
L
 
A
F
 
H
G
 
G
-
 
R
-
 
D
A
 
A
E
 
A
R
 
A
T
 
V
K
 
R
A
 
G
L
 
L
M
 
M
L
 
Q
A
 
G
L
 
L
D
 
K
N
 
Q
D
 
S
K
 
G
F
 
G
Y
 
F
Q
 
T
L
 
I
T
 
S
P
 
E
D
 
K
E
 
P
L
 
L
A
 
S
Q
 
A
V
 
I
Q
 
R
A
 
S
I
 
E
F
 
F
A
 
S
A
 
A
D
 
G
F
 
R
C
 
S
S
 
T
D
 
V
E
 
D
E
 
E
G
 
T
Q
 
A
A
 
A
Y
 
T
I
 
I
K
 
E
Q
 
S
A
 
V
Y
 
L
D
 
S
A
 
K
-
 
D
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
M
 
L
D
 
D
P
 
P
H
|
H
T
 
S
A
 
A
T
 
I
C
 
G
F
 
V
K
 
K
V
 
V
H
 
A
D
 
-
T
 
R
S
 
E
R
 
K
K
 
A
N
 
S
K
 
G
Q
 
T
L
 
A
K
 
P
T
 
M
I
 
V
V
 
V
Y
 
L
S
 
A
T
|
T
A
 
A
E
 
H
W
 
P
T
 
A
K
 
K
F
 
F

1kl7A Crystal structure of threonine synthase from yeast (see paper)
33% identity, 88% coverage: 7:438/490 of query aligns to 8:462/509 of 1kl7A

query
sites
1kl7A
R
 
R
G
 
S
N
 
T
D
 
R
G
 
S
Q
 
S
F
 
S
P
 
P
L
 
K
E
 
T
V
 
I
T
 
S
F
 
F
S
 
E
E
 
E
A
 
A
I
 
I
L
 
I
N
 
Q
P
 
G
M
 
L
S
 
A
S
 
T
F
 
D
G
 
G
G
 
G
L
 
L
Y
 
F
S
 
I
P
 
P
K
 
P
S
 
T
L
 
I
P
 
P
M
 
Q
L
 
V
E
 
D
K
 
Q
D
 
A
F
 
T
L
 
L
A
 
F
N
 
N
H
 
D
L
 
W
N
 
S
A
 
K
-
 
L
D
 
S
Y
 
F
K
 
Q
T
 
D
L
 
L
A
 
A
K
 
F
A
 
A
I
 
I
L
 
M
D
 
R
K
 
L
F
 
Y
-
 
I
-
 
A
E
 
Q
V
 
E
D
 
E
I
 
I
D
 
P
E
 
D
A
 
A
-
 
D
-
 
L
-
 
K
-
 
D
V
 
L
I
 
I
D
 
K
R
 
R
A
 
S
L
 
Y
A
 
S
L
 
T
Y
 
F
D
 
-
Q
 
R
F
 
S
D
 
D
E
 
E
P
 
V
A
 
T
N
 
P
P
 
L
V
 
V
P
 
Q
-
 
N
V
 
V
V
 
T
K
 
G
V
 
D
Y
 
K
D
 
E
D
 
N
L
 
L
Y
 
H
V
 
I
S
 
L
E
 
E
L
 
L
F
 
F
H
 
H
G
 
G
P
 
P
T
 
T
R
 
Y
A
 
A
F
|
F
K
|
K
D
 
D
M
 
V
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
P
 
F
F
 
V
G
 
G
T
 
N
V
 
L
L
 
F
S
 
E
A
 
Y
V
 
F
A
 
L
Q
 
Q
A
 
R
R
 
T
N
 
N
-
 
A
-
 
N
-
 
L
-
 
P
-
 
E
-
 
G
-
 
E
-
 
K
E
 
K
Q
 
Q
Y
 
I
L
 
T
I
 
V
L
 
V
A
 
G
A
 
A
T
 
T
S
 
S
G
 
G
D
 
D
T
 
T
G
 
G
P
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
I
D
 
Y
T
 
G
F
 
L
R
 
R
N
 
G
K
 
K
P
 
K
N
 
D
V
 
V
Q
 
S
V
 
V
V
 
F
C
 
I
M
 
L
Y
 
Y
P
 
P
D
 
T
G
 
G
G
 
R
T
 
I
S
 
S
D
 
P
V
 
I
Q
 
Q
R
 
E
L
 
E
Q
 
Q
M
 
M
V
 
T
T
 
T
E
 
V
D
 
P
G
 
D
Q
 
E
N
 
N
L
 
V
K
 
Q
V
 
T
I
 
L
G
 
S
I
 
V
K
 
T
G
 
G
D
 
T
F
 
F
D
 
D
D
 
N
A
 
C
Q
 
Q
S
 
D
A
 
I
L
 
V
K
 
K
R
 
A
L
 
I
L
 
F
T
 
G
S
 
D
P
 
K
V
 
E
F
 
F
R
 
N
E
 
H
T
 
-
L
 
-
N
 
-
Q
 
-
K
 
-
G
 
-
I
 
-
Q
 
N
V
 
V
S
 
G
A
 
A
A
 
V
N
 
N
S
 
S
V
 
I
N
 
N
F
 
W
G
 
A
R
 
R
I
 
I
I
 
L
F
 
A
Q
 
Q
T
 
M
L
 
T
Y
 
Y
H
 
Y
V
 
F
H
 
Y
S
 
S
Y
 
F
L
 
F
E
 
Q
L
 
A
V
 
T
R
 
N
Q
 
G
A
 
K
A
 
D
I
 
-
A
 
-
L
 
-
G
 
S
D
 
K
K
 
K
V
 
V
Y
 
K
L
 
F
N
 
V
V
 
V
P
 
P
S
|
S
G
|
G
N
|
N
F
 
F
G
 
G
N
x
D
A
 
I
L
 
L
G
 
A
G
 
G
Y
 
Y
Y
 
F
A
 
A
Y
 
K
K
 
K
M
 
M
G
 
G
L
 
L
P
 
P
V
 
I
E
 
E
Q
 
K
I
 
L
L
 
A
I
 
I
A
 
A
S
 
T
N
 
N
N
 
E
N
 
N
N
 
D
V
 
I
L
 
L
T
 
D
R
 
R
F
 
F
I
 
L
N
 
K
E
 
S
G
 
G
I
 
L
Y
 
Y
D
 
E
L
 
-
R
 
R
T
 
S
S
 
D
Q
 
K
V
 
V
I
 
A
P
 
A
T
 
T
S
 
L
S
 
S
P
 
P
A
|
A
M
 
M
D
 
D
I
 
I
L
 
L
K
 
I
S
 
S
S
 
S
N
 
N
I
 
F
E
 
E
R
 
R
I
 
L
L
 
L
F
 
W
-
 
Y
-
 
L
-
 
A
-
 
R
-
 
E
-
 
Y
-
 
L
-
 
A
-
 
N
-
 
G
-
 
D
D
 
D
L
 
L
F
 
K
G
 
A
A
 
G
E
 
E
R
 
I
T
 
V
K
 
N
A
 
N
L
 
W
M
 
F
L
 
Q
A
 
E
L
 
L
D
 
K
N
 
T
D
 
N
K
 
G
F
 
K
Y
 
F
Q
 
Q
L
 
V
T
 
D
P
 
K
D
 
S
E
 
I
L
 
I
A
 
E
Q
 
G
V
 
A
Q
 
S
A
 
K
I
 
D
F
 
F
A
 
T
A
 
S
D
 
E
F
 
R
C
 
V
S
 
S
D
 
N
E
 
E
E
 
E
G
 
T
Q
 
S
A
 
E
Y
 
T
I
 
I
K
 
K
Q
 
K
A
 
I
Y
 
Y
D
 
E
A
 
S
G
 
S
-
 
V
-
 
N
-
 
P
-
 
K
-
 
H
Y
 
Y
L
 
I
M
 
L
D
 
D
P
 
P
H
|
H
T
 
T
A
 
A
-
 
V
-
 
G
T
 
V
C
 
C
F
 
A
K
 
T
V
 
E
H
 
R
D
 
L
T
 
I
S
 
A
R
 
K
K
 
D
N
 
N
-
 
D
K
 
K
Q
 
S
L
 
I
K
 
Q
T
 
Y
I
 
I
V
 
S
Y
 
L
S
 
S
T
|
T
A
 
A
E
 
H
W
 
P
T
 
A
K
 
K
F
 
F
S
 
A
P
 
D
I
 
A
I
 
V
A
 
N
K
 
N
T
 
A
L
 
L
F
 
S
G
 
G

Q42598 Threonine synthase; TS; EC 4.2.3.1 from Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (Fission yeast) (see paper)
33% identity, 87% coverage: 1:428/490 of query aligns to 5:455/514 of Q42598

query
sites
Q42598
M
 
V
N
 
S
F
 
Y
I
 
L
E
 
S
T
 
T
R
 
R
G
 
G
N
 
G
D
 
S
G
 
S
Q
 
N
F
 
F
P
 
-
L
 
-
E
 
-
V
 
-
T
 
S
F
 
F
S
 
E
E
 
E
A
 
A
I
 
V
L
 
L
N
 
K
P
 
G
M
 
L
S
 
A
S
 
N
F
 
D
G
 
G
G
 
G
L
 
L
Y
 
F
S
 
I
P
 
P
K
 
S
S
 
E
L
 
I
P
 
P
M
 
Q
L
 
L
E
 
P
K
 
S
D
 
G
F
 
W
L
 
I
A
 
E
N
 
A
H
 
W
L
 
K
N
 
D
A
 
K
D
 
S
Y
 
F
K
 
P
T
 
E
L
 
I
A
 
A
K
 
F
A
 
E
I
 
V
L
 
M
D
 
S
K
 
L
F
 
Y
-
 
I
-
 
P
-
 
R
-
 
S
E
 
E
V
 
I
D
 
S
I
 
A
D
 
D
E
 
E
-
 
L
-
 
K
A
 
K
V
 
L
I
 
V
D
 
D
R
 
R
A
 
S
L
 
-
A
 
-
L
 
-
Y
 
Y
D
 
S
Q
 
T
F
 
F
D
 
R
E
 
H
P
 
P
A
 
E
N
 
T
P
 
-
V
 
T
P
 
P
V
 
L
V
 
K
K
 
S
V
 
L
Y
 
K
D
 
N
D
 
G
L
 
L
Y
 
N
V
 
V
S
 
L
E
 
E
L
 
L
F
 
F
H
 
H
G
 
G
P
 
P
T
 
T
R
 
F
A
 
A
F
 
F
K
 
K
D
 
D
M
 
V
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
P
 
F
F
 
L
G
 
G
T
 
N
V
 
L
L
 
F
S
 
E
A
 
F
V
 
F
A
 
L
Q
 
T
A
 
R
R
 
K
N
 
N
-
 
G
-
 
N
-
 
K
-
 
P
-
 
E
-
 
D
-
 
E
-
 
R
E
 
D
Q
 
H
Y
 
L
L
 
T
I
 
V
L
 
V
A
 
G
A
 
A
T
 
T
S
 
S
G
 
G
D
 
D
T
 
T
G
 
G
P
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
I
D
 
Y
T
 
G
F
 
L
R
 
R
N
 
G
K
 
K
P
 
K
N
 
D
V
 
V
Q
 
S
V
 
V
V
 
F
C
 
I
M
 
L
Y
 
F
P
 
P
D
 
N
G
 
G
G
 
R
T
 
V
S
 
S
D
 
P
V
 
I
Q
 
Q
R
 
E
L
 
A
Q
 
Q
M
 
M
V
 
T
T
 
T
E
 
V
D
 
T
G
 
D
Q
 
P
N
 
N
L
 
V
K
 
H
V
 
C
I
 
I
G
 
T
I
 
V
K
 
N
G
 
G
D
 
V
F
 
F
D
 
D
D
 
D
A
 
C
Q
 
Q
S
 
D
A
 
L
L
 
V
K
 
K
R
 
Q
L
 
-
L
 
-
T
 
-
S
 
-
P
 
-
V
 
I
F
 
F
R
 
G
E
 
D
T
 
V
L
 
E
N
 
F
Q
 
N
K
 
K
G
 
K
I
 
H
Q
 
H
V
 
I
S
 
G
A
 
A
A
 
V
N
 
N
S
 
S
V
 
I
N
 
N
F
 
W
G
 
A
R
 
R
I
 
I
I
 
L
F
 
S
Q
 
Q
T
 
I
L
 
T
Y
 
Y
H
 
Y
V
 
L
H
 
Y
S
 
S
Y
 
Y
L
 
L
E
 
S
L
 
V
V
 
Y
R
 
K
Q
 
Q
A
 
G
A
 
K
I
 
-
A
 
-
L
 
-
G
 
A
D
 
D
K
 
D
V
 
V
Y
 
R
L
 
F
N
 
I
V
 
V
P
 
P
S
 
T
G
 
G
N
 
N
F
 
F
G
 
G
N
 
D
A
 
I
L
 
L
G
 
A
G
 
G
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
Y
 
K
K
 
R
M
 
M
G
 
G
L
 
L
P
 
P
V
 
T
E
 
K
Q
 
Q
I
 
L
L
 
V
I
 
I
A
 
A
S
 
T
N
 
N
N
 
E
N
 
N
N
 
D
V
 
I
L
 
L
T
 
N
R
 
R
F
 
F
I
 
F
N
 
K
E
 
T
G
 
G
I
 
R
Y
 
Y
D
 
E
-
 
K
L
 
A
R
 
D
T
 
S
S
 
T
Q
 
Q
V
 
V
I
x
S
P
 
P
-
x
S
-
 
G
-
 
P
-
 
I
-
 
S
-
 
A
-
 
K
-
 
E
T
 
T
S
 
Y
S
 
S
P
 
P
A
 
A
M
 
M
D
 
D
I
 
I
L
 
L
K
 
V
S
 
S
S
 
S
N
 
N
I
 
F
E
 
E
R
 
R
I
 
Y
L
 
L
F
 
W
D
 
Y
L
 
L
F
 
A
-
 
L
-
 
A
-
 
T
-
 
E
-
 
A
-
 
P
-
 
N
-
 
H
-
 
T
-
 
P
-
 
A
-
 
E
G
 
A
A
 
S
E
 
E
R
 
I
T
 
L
K
 
S
A
 
R
L
 
W
M
 
M
L
 
N
A
 
E
L
 
F
D
 
K
N
 
R
D
 
D
K
 
G
F
 
T
Y
 
V
Q
 
T
L
 
V
T
 
R
P
 
P
D
 
E
E
 
V
L
 
L
A
 
E
Q
 
A
V
 
A
Q
 
R
A
 
R
I
 
D
F
 
F
A
 
V
A
 
S
D
 
E
F
 
R
C
 
V
S
 
S
D
 
N
E
 
D
E
 
E
G
 
T
Q
 
I
A
 
D
Y
 
A
I
 
I
K
 
K
Q
 
K
A
 
I
Y
 
Y
D
 
E
A
 
S
-
 
D
G
 
H
Y
 
Y
L
 
I
M
 
I
D
 
D
P
 
P
H
 
H
T
 
T
A
 
A
-
 
V
-
 
G
-
 
V
-
 
E
T
 
T
C
 
G
F
 
L
K
 
R
V
 
C
H
 
L
D
 
E
T
 
K
S
 
T
R
 
-
K
 
K
N
 
D
K
 
Q
Q
 
D
L
 
I
K
 
T
T
 
Y
I
 
I
V
 
C
Y
 
L
S
 
S
T
 
T
A
 
A
E
 
H
W
 
P
T
 
A
K
 
K
F
 
F

1vb3A Crystal structure of threonine synthase from escherichia coli
31% identity, 79% coverage: 16:404/490 of query aligns to 12:359/428 of 1vb3A

query
sites
1vb3A
E
 
Q
V
 
V
T
 
S
F
 
F
S
 
A
E
 
Q
A
 
A
I
 
V
L
 
T
N
 
Q
P
 
G
M
 
L
S
 
G
S
 
K
F
 
N
G
 
Q
G
 
G
L
 
L
Y
 
F
S
 
F
P
 
P
K
 
H
S
 
D
L
 
L
P
 
P
M
 
E
L
 
F
E
 
S
K
 
L
D
 
T
F
 
E
L
 
I
A
 
D
N
 
E
H
 
M
L
 
L
N
 
K
A
 
L
D
 
D
Y
 
F
K
 
V
T
 
T
L
 
R
A
 
S
K
 
A
A
 
K
I
 
I
L
 
L
D
 
S
K
 
A
F
 
F
E
 
I
V
 
G
D
 
D
-
 
E
I
 
I
D
 
P
E
 
Q
A
 
E
V
 
I
I
 
L
D
 
E
R
 
E
A
 
R
L
 
V
A
 
R
L
 
A
Y
 
A
D
 
F
Q
 
-
F
 
-
D
 
-
E
 
-
P
 
-
A
 
A
N
 
F
P
 
P
V
 
A
P
 
P
V
 
V
V
 
A
K
 
N
V
 
V
Y
 
E
D
 
S
D
 
D
L
 
V
Y
 
G
V
 
C
S
 
L
E
 
E
L
 
L
F
 
F
H
 
H
G
 
G
P
 
P
T
 
T
R
 
L
A
 
A
F
 
F
K
|
K
D
 
D
M
 
F
A
 
G
L
 
G
Q
 
R
P
 
F
F
 
M
G
 
A
T
 
Q
V
 
M
L
 
L
S
 
T
A
 
H
V
 
I
A
 
A
Q
 
G
A
 
-
R
 
-
N
 
D
E
 
K
Q
 
P
Y
 
V
L
 
T
I
 
I
L
 
L
A
 
T
A
 
A
T
|
T
S
|
S
G
 
G
D
|
D
T
|
T
G
 
G
P
 
A
A
 
A
A
 
V
L
 
A
D
 
H
T
 
A
F
 
F
R
 
Y
N
 
G
K
 
L
P
 
P
N
 
N
V
 
V
Q
 
K
V
 
V
V
 
V
C
 
I
M
 
L
Y
 
Y
P
 
P
D
 
R
G
 
G
G
 
K
T
 
I
S
 
S
D
 
P
V
 
L
Q
 
Q
R
 
E
L
 
-
Q
 
K
M
 
L
V
 
F
T
 
C
E
 
T
D
 
L
G
 
G
Q
 
G
N
 
N
L
 
I
K
 
E
V
 
T
I
 
V
G
 
A
I
 
I
K
 
D
G
 
G
D
 
D
F
 
F
D
 
D
D
 
A
A
 
C
Q
 
Q
S
 
A
A
 
L
L
 
V
K
 
K
R
 
Q
L
 
-
L
 
-
T
 
-
S
 
-
P
 
-
V
 
A
F
 
F
R
 
D
E
 
D
T
 
E
L
 
E
N
 
L
Q
 
K
K
 
V
G
 
A
I
 
L
Q
 
G
V
 
L
S
 
N
A
 
S
A
 
A
N
|
N
S
|
S
V
 
I
N
 
N
F
 
I
G
 
S
R
|
R
I
 
L
I
 
L
F
 
A
Q
 
Q
T
 
I
L
 
C
Y
 
Y
H
 
-
V
 
-
H
 
-
S
 
-
Y
 
Y
L
 
F
E
 
E
L
 
A
V
 
V
R
 
A
Q
 
Q
A
 
L
A
 
P
I
 
Q
A
 
E
L
 
T
G
 
R
D
 
N
K
 
Q
V
 
L
Y
 
V
L
 
V
N
 
S
V
 
V
P
 
P
S
 
S
G
 
G
N
|
N
F
 
F
G
 
G
N
 
D
A
 
L
L
 
T
G
 
A
G
 
G
Y
 
L
Y
 
L
A
 
A
Y
 
K
K
 
S
M
 
L
G
 
G
L
 
L
P
 
P
V
 
V
E
 
K
Q
 
R
I
 
F
L
 
I
I
 
A
A
 
A
S
 
T
N
 
N
N
 
V
N
 
N
N
 
D
V
 
T
L
 
V
T
 
P
R
 
R
F
 
F
I
 
L
N
 
H
E
 
D
G
 
G
I
 
Q
Y
 
W
D
 
S
L
 
P
R
 
K
T
 
A
S
 
T
Q
 
Q
V
 
A
I
 
-
P
 
-
T
 
T
S
 
L
S
 
S
P
 
N
A
 
A
M
 
M
D
 
D
I
 
V
L
 
S
K
 
Q
S
 
P
S
 
N
N
 
N
I
 
W
E
 
P
R
 
R
I
 
V
L
 
E
F
 
-
D
 
E
L
 
L
F
 
F
G
 
-
A
 
-
E
 
-
R
 
-
T
 
-
K
 
-
A
 
-
L
 
-
M
 
-
L
 
-
A
 
-
L
 
-
D
 
-
N
 
R
D
 
R
K
 
K
F
 
I
Y
 
W
Q
 
Q
L
 
L
T
 
-
P
 
-
D
 
K
E
 
E
L
 
L
A
 
G
Q
 
-
V
 
-
Q
 
-
A
 
-
I
 
-
F
 
Y
A
 
A
A
 
A
D
 
-
F
 
-
C
 
V
S
 
D
D
 
D
E
 
E
E
 
T
G
 
T
Q
 
Q
A
 
Q
Y
 
T
I
 
M
K
 
R
Q
 
E
A
 
L
Y
 
K
D
 
E
A
 
L
G
 
G
Y
 
Y
L
 
T
M
 
S
D
 
E
P
 
P
H
 
H
T
 
A
A
 
A
T
 
V
C
 
A
F
 
Y
K
 
R

2c2bA Crystallographic structure of arabidopsis thaliana threonine synthase complexed with pyridoxal phosphate and s-adenosylmethionine (see paper)
22% identity, 68% coverage: 99:429/490 of query aligns to 112:404/444 of 2c2bA

query
sites
2c2bA
D
 
N
D
 
D
L
 
L
Y
x
W
V
 
V
S
 
K
E
 
H
L
 
C
F
 
G
H
 
I
G
 
S
P
 
H
T
 
T
R
 
G
A
 
S
F
|
F
K
|
K
D
 
D
M
 
L
A
 
G
L
 
M
Q
 
T
P
 
V
F
 
L
G
 
V
T
 
S
V
 
Q
L
 
V
S
 
N
A
 
R
V
 
L
A
 
R
Q
 
K
A
 
M
R
 
K
N
 
R
E
 
P
Q
 
V
Y
 
V
L
 
G
I
 
V
L
 
G
A
 
C
A
 
A
T
 
S
S
 
T
G
 
G
D
|
D
T
 
T
G
 
S
P
 
-
A
 
A
A
 
A
L
 
L
D
 
S
T
 
A
F
 
Y
R
 
C
N
 
A
K
 
S
P
 
A
N
 
G
V
 
I
Q
 
P
V
 
S
V
 
I
C
 
V
M
 
F
Y
 
L
P
 
P
D
 
-
G
 
-
G
 
-
T
 
A
S
 
N
D
 
K
V
 
I
Q
 
S
R
 
M
L
 
A
Q
 
Q
M
 
L
V
 
V
T
 
Q
E
 
P
D
 
I
G
 
A
Q
 
N
N
 
G
L
 
A
K
 
F
V
 
V
I
 
L
G
 
S
I
 
I
K
 
D
G
 
T
D
 
D
F
 
F
D
 
D
D
 
G
A
 
C
Q
 
M
S
 
K
A
 
L
L
 
I
K
 
R
R
 
E
L
 
I
L
 
T
T
 
A
S
 
E
P
 
-
V
 
-
F
 
-
R
 
-
E
 
-
T
 
-
L
 
-
N
 
-
Q
 
-
K
 
-
G
 
-
I
 
L
Q
 
P
V
 
I
S
 
Y
A
 
L
A
 
A
N
 
N
S
 
S
V
 
L
N
 
N
F
 
S
G
 
L
R
 
R
I
 
L
I
 
E
F
 
G
Q
 
Q
T
 
K
L
 
T
Y
 
-
H
 
-
V
 
-
H
 
-
S
 
A
Y
 
A
L
 
I
E
 
E
L
 
I
V
 
L
R
 
Q
Q
|
Q
A
x
F
A
 
D
I
 
W
A
 
Q
L
 
V
G
 
P
D
 
D
K
 
-
V
 
-
Y
 
W
L
 
V
N
 
I
V
 
V
P
 
P
S
x
G
G
|
G
N
|
N
F
x
L
G
|
G
N
|
N
A
 
I
L
 
Y
G
 
A
G
 
F
Y
 
Y
Y
 
K
A
 
G
Y
 
F
K
 
K
M
 
M
-
 
C
-
 
Q
-
 
E
-
 
L
G
 
G
L
 
L
-
 
V
-
 
D
P
 
R
V
 
I
E
 
P
Q
 
R
I
 
M
L
 
V
I
 
C
A
 
A
-
 
Q
S
 
A
N
 
A
N
 
N
N
 
A
N
 
N
V
 
P
L
 
L
T
 
Y
R
 
L
F
 
H
I
 
Y
N
 
K
E
 
S
G
 
G
I
 
W
Y
 
K
D
 
D
L
 
F
R
 
K
T
 
P
S
 
M
Q
 
T
V
 
A
I
 
S
P
 
T
T
 
T
S
 
F
S
 
A
P
 
S
A
|
A
M
 
I
D
 
Q
I
 
I
L
 
G
K
 
D
S
 
P
S
 
V
N
 
S
I
 
I
E
 
D
R
 
R
I
 
A
L
 
V
F
 
Y
D
 
A
L
 
L
F
 
K
G
 
K
A
 
C
E
 
-
R
 
-
T
 
-
K
 
-
A
 
-
L
 
-
M
 
-
L
 
-
A
 
-
L
 
-
D
 
-
N
 
N
D
 
G
K
 
I
F
 
V
Y
 
E
Q
 
E
L
 
A
T
 
T
P
 
E
D
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
M
Q
 
D
V
 
A
Q
 
M
A
 
A
I
 
-
F
 
-
A
 
-
A
 
-
D
 
-
F
 
-
C
 
-
S
 
-
D
 
-
E
 
-
E
 
-
G
 
-
Q
 
-
A
 
-
Y
 
-
I
 
-
K
 
-
Q
 
Q
A
 
A
Y
 
D
D
 
S
A
 
T
G
 
G
Y
 
M
L
 
F
M
 
I
D
 
C
P
 
P
H
|
H
T
 
T
A
 
G
T
 
V
C
 
A
-
 
L
-
 
T
-
 
A
-
 
L
F
 
F
K
 
K
V
 
L
H
 
R
D
 
N
T
 
Q
S
 
G
R
 
V
K
 
I
N
 
A
K
 
P
Q
 
T
L
 
D
K
 
R
T
 
T
I
 
V
V
 
V
Y
 
V
S
 
S
T
|
T
A
 
A
E
 
H
W
 
G
T
 
L
K
 
K
F
 
F
S
 
T

Sites not aligning to the query:

Q9S7B5 Threonine synthase 1, chloroplastic; Protein METHIONINE OVER-ACCUMULATOR 2; EC 4.2.3.1 from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (see 2 papers)
22% identity, 68% coverage: 99:429/490 of query aligns to 187:479/526 of Q9S7B5

query
sites
Q9S7B5
D
x
N
D
 
D
L
 
L
Y
 
W
V
 
V
S
 
K
E
 
H
L
 
C
F
 
G
H
 
I
G
 
S
P
 
H
T
 
T
R
 
G
A
 
S
F
 
F
K
 
K
D
 
D
M
x
L
A
 
G
L
 
M
Q
 
T
P
 
V
F
 
L
G
 
V
T
 
S
V
 
Q
L
 
V
S
 
N
A
 
R
V
 
L
A
 
R
Q
 
K
A
 
M
R
 
K
N
 
R
E
 
P
Q
 
V
Y
 
V
L
 
G
I
 
V
L
 
G
A
 
C
A
 
A
T
 
S
S
 
T
G
 
G
D
 
D
T
 
T
G
 
S
P
 
-
A
 
A
A
 
A
L
 
L
D
 
S
T
 
A
F
 
Y
R
 
C
N
 
A
K
 
S
P
 
A
N
 
G
V
 
I
Q
 
P
V
 
S
V
 
I
C
 
V
M
 
F
Y
 
L
P
 
P
D
 
-
G
 
-
G
 
-
T
 
A
S
 
N
D
 
K
V
 
I
Q
 
S
R
 
M
L
 
A
Q
 
Q
M
 
L
V
 
V
T
 
Q
E
 
P
D
 
I
G
 
A
Q
 
N
N
 
G
L
 
A
K
 
F
V
 
V
I
 
L
G
 
S
I
 
I
K
 
D
G
 
T
D
 
D
F
 
F
D
 
D
D
 
G
A
 
C
Q
 
M
S
 
K
A
 
L
L
 
I
K
 
R
R
 
E
L
 
I
L
 
T
T
 
A
S
 
E
P
 
-
V
 
-
F
 
-
R
 
-
E
 
-
T
 
-
L
 
-
N
 
-
Q
 
-
K
 
-
G
 
-
I
 
L
Q
 
P
V
 
I
S
 
Y
A
 
L
A
 
A
N
 
N
S
 
S
V
 
L
N
 
N
F
 
S
G
 
L
R
 
R
I
 
L
I
 
E
F
 
G
Q
 
Q
T
 
K
L
 
T
Y
 
-
H
 
-
V
 
-
H
 
-
S
 
A
Y
 
A
L
 
I
E
 
E
L
 
I
V
 
L
R
 
Q
Q
 
Q
A
 
F
A
 
D
I
 
W
A
 
Q
L
 
V
G
 
P
D
 
D
K
 
-
V
 
-
Y
 
W
L
 
V
N
 
I
V
 
V
P
 
P
S
 
G
G
 
G
N
 
N
F
 
L
G
 
G
N
 
N
A
 
I
L
 
Y
G
 
A
G
 
F
Y
 
Y
Y
 
K
A
 
G
Y
 
F
K
 
K
M
 
M
-
 
C
-
 
Q
-
 
E
-
 
L
G
 
G
L
 
L
-
 
V
-
 
D
P
 
R
V
 
I
E
 
P
Q
 
R
I
 
M
L
 
V
I
 
C
A
 
A
-
 
Q
S
 
A
N
 
A
N
 
N
N
 
A
N
 
N
V
 
P
L
 
L
T
 
Y
R
 
L
F
 
H
I
 
Y
N
 
K
E
 
S
G
 
G
I
 
W
Y
 
K
D
 
D
L
 
F
R
 
K
T
 
P
S
 
M
Q
 
T
V
 
A
I
 
S
P
 
T
T
 
T
S
 
F
S
 
A
P
 
S
A
 
A
M
 
I
D
 
Q
I
 
I
L
 
G
K
 
D
S
 
P
S
 
V
N
 
S
I
 
I
E
 
D
R
 
R
I
 
A
L
 
V
F
 
Y
D
 
A
L
 
L
F
 
K
G
 
K
A
 
C
E
 
-
R
 
-
T
 
-
K
 
-
A
 
-
L
 
-
M
 
-
L
 
-
A
 
-
L
 
-
D
 
-
N
 
N
D
 
G
K
 
I
F
 
V
Y
 
E
Q
 
E
L
 
A
T
 
T
P
 
E
D
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
M
Q
 
D
V
 
A
Q
 
M
A
 
A
I
 
-
F
 
-
A
 
-
A
 
-
D
 
-
F
 
-
C
 
-
S
 
-
D
 
-
E
 
-
E
 
-
G
 
-
Q
 
-
A
 
-
Y
 
-
I
 
-
K
 
-
Q
 
Q
A
 
A
Y
 
D
D
 
S
A
 
T
G
 
G
Y
 
M
L
 
F
M
 
I
D
 
C
P
 
P
H
 
H
T
 
T
A
 
G
T
 
V
C
 
A
-
 
L
-
 
T
-
 
A
-
 
L
F
 
F
K
 
K
V
 
L
H
 
R
D
 
N
T
 
Q
S
 
G
R
 
V
K
 
I
N
 
A
K
 
P
Q
 
T
L
 
D
K
 
R
T
 
T
I
 
V
V
 
V
Y
 
V
S
 
S
T
 
T
A
 
A
E
 
H
W
 
G
T
 
L
K
 
K
F
 
F
S
 
T

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_044406137.1 NCBI__GCF_000934765.1:WP_044406137.1
MNFIETRGNDGQFPLEVTFSEAILNPMSSFGGLYSPKSLPMLEKDFLANHLNADYKTLAK
AILDKFEVDIDEAVIDRALALYDQFDEPANPVPVVKVYDDLYVSELFHGPTRAFKDMALQ
PFGTVLSAVAQARNEQYLILAATSGDTGPAALDTFRNKPNVQVVCMYPDGGTSDVQRLQM
VTEDGQNLKVIGIKGDFDDAQSALKRLLTSPVFRETLNQKGIQVSAANSVNFGRIIFQTL
YHVHSYLELVRQAAIALGDKVYLNVPSGNFGNALGGYYAYKMGLPVEQILIASNNNNVLT
RFINEGIYDLRTSQVIPTSSPAMDILKSSNIERILFDLFGAERTKALMLALDNDKFYQLT
PDELAQVQAIFAADFCSDEEGQAYIKQAYDAGYLMDPHTATCFKVHDTSRKNKQLKTIVY
STAEWTKFSPIIAKTLFGGEISADVDALKLIADKGQIAIPVQIASLLDKPQVQDKVIAKE
MIEQEIVTSL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory