SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_044620523.1 NCBI__GCF_000940995.1:WP_044620523.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

O31645 PTS system mannose-specific EIIBCA component; EIIBCA-Man; EII-Man; EC 2.7.1.191 from Bacillus subtilis (strain 168) (see 2 papers)
45% identity, 91% coverage: 10:331/353 of query aligns to 125:461/650 of O31645

query
sites
O31645
R
 
R
H
 
H
L
 
L
L
 
M
T
 
N
G
 
G
T
 
V
S
 
S
H
 
F
M
 
M
L
 
V
P
 
P
F
 
F
V
 
I
V
 
V
A
 
V
G
 
G
G
 
G
V
 
L
L
 
L
L
 
I
A
 
A
L
 
V
S
 
A
V
 
L
M
 
T
L
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
E
G
 
K
A
 
T
-
 
P
-
 
K
-
 
G
-
 
L
-
 
V
V
 
I
P
 
P
E
 
D
G
 
D
V
 
S
F
 
F
L
 
W
E
 
K
G
 
T
L
 
I
W
 
E
D
 
Q
M
 
I
G
 
G
I
 
S
A
 
A
G
 
S
F
 
F
T
 
S
L
 
F
F
 
M
V
 
I
P
 
P
V
 
I
L
 
L
G
 
A
G
 
G
Y
 
Y
I
 
I
A
 
A
Y
 
Y
S
 
S
I
 
I
A
 
A
D
 
D
R
 
K
P
 
P
A
 
G
L
 
L
A
 
V
P
 
P
G
 
G
M
 
M
I
 
I
G
 
G
A
 
G
Y
 
Y
L
 
I
A
 
A
-
 
A
-
 
T
-
 
G
-
 
S
-
 
F
-
 
Y
-
 
D
N
 
S
Q
 
A
V
 
S
Q
 
G
A
 
A
G
 
G
F
 
F
L
 
L
G
 
G
A
 
G
I
 
I
V
 
I
V
 
A
G
 
G
F
 
F
I
 
L
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
V
 
A
V
 
A
L
 
L
Q
 
W
L
 
I
K
 
K
R
 
K
I
 
L
P
 
K
L
 
V
S
 
P
N
 
K
K
 
A
L
 
I
K
 
Q
A
 
P
I
 
I
S
 
M
T
 
P
Y
 
I
F
 
I
I
 
I
L
 
I
P
 
P
I
 
V
G
 
F
G
 
A
T
 
S
F
 
L
I
 
I
V
 
V
S
 
G
G
 
L
L
 
A
V
 
F
I
 
V
W
 
F
V
 
L
I
 
I
G
 
G
T
 
A
P
 
P
I
 
V
A
 
A
M
 
Q
A
 
I
M
 
F
E
 
A
S
 
S
M
 
L
N
 
T
L
 
V
W
 
W
L
 
L
Q
 
A
G
 
G
M
 
M
A
 
K
G
 
G
A
 
S
S
 
S
K
 
S
A
 
I
F
 
L
L
 
L
G
 
A
M
 
L
V
 
I
L
 
L
G
 
G
G
 
A
M
 
M
T
 
I
A
 
S
F
 
F
D
 
D
M
 
M
G
 
G
G
 
G
P
 
P
I
 
V
N
 
N
K
 
K
V
 
V
A
 
A
T
 
F
L
 
L
F
 
F
A
 
G
Q
 
S
T
 
A
Q
 
M
V
 
I
G
 
G
T
 
E
Q
 
G
P
 
N
W
 
Y
-
 
E
L
 
I
M
 
M
G
 
G
G
 
P
V
 
I
G
 
A
I
 
V
A
 
A
I
 
I
C
 
C
V
 
I
P
 
P
P
 
P
L
 
I
G
 
G
M
 
L
F
 
G
L
 
I
A
 
A
T
 
T
L
 
F
L
 
L
S
 
G
P
 
K
K
 
R
R
 
K
Y
 
F
T
 
E
D
 
A
E
x
S
E
 
Q
R
 
R
E
 
E
A
 
M
G
 
G
K
 
K
A
 
A
A
 
A
G
 
F
I
 
T
M
 
M
G
 
G
C
 
L
I
 
F
G
 
G
I
 
I
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
I
 
I
P
 
P
F
 
F
A
 
A
A
 
A
A
 
Q
D
 
D
P
 
P
M
 
L
R
 
R
V
 
V
L
 
I
P
 
P
S
 
S
I
 
I
V
 
M
V
 
A
G
 
G
G
 
S
M
 
M
V
 
T
G
 
G
N
 
S
V
 
V
V
 
I
G
 
A
F
 
M
M
 
I
F
 
G
N
 
N
V
 
V
L
 
G
N
 
D
H
 
R
A
 
V
P
 
A
W
 
H
G
 
G
G
 
G
L
 
P
I
 
I
-
 
V
-
 
A
V
 
V
L
 
L
P
 
G
V
 
A
V
 
V
D
 
D
G
 
H
R
 
V
L
 
L
F
 
M
Y
 
F
I
 
F
V
 
I
G
 
A
I
 
V
A
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
S
L
 
L
T
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
L
M
 
F
V
 
V
N
 
N
A
 
V
L
 
L
K
 
K
K
 
K
P
 
D
I
 
I

Sites not aligning to the query:

P20966 PTS system fructose-specific EIIB'BC component; EIIB'BC-Fru; EC 2.7.1.202 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
43% identity, 91% coverage: 10:330/353 of query aligns to 228:554/563 of P20966

query
sites
P20966
R
 
R
H
 
H
L
 
L
L
 
L
T
 
T
G
 
G
T
 
V
S
 
S
H
 
Y
M
 
M
L
 
L
P
 
P
F
 
M
V
 
V
V
 
V
A
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
L
L
 
C
L
 
I
A
 
A
L
 
L
S
 
S
V
 
F
M
 
A
L
 
F
G
 
G
G
 
I
K
 
E
G
 
A
A
 
F
V
 
K
P
 
E
E
 
P
G
 
G
V
 
T
F
 
L
L
 
A
E
 
A
G
 
A
L
 
L
W
 
M
D
 
Q
M
 
I
G
 
G
I
 
G
-
 
G
A
 
S
G
 
A
F
 
F
T
 
A
L
 
L
F
 
M
V
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
L
G
 
A
G
 
G
Y
 
Y
I
 
I
A
 
A
Y
 
F
S
 
S
I
 
I
A
 
A
D
 
D
R
 
R
P
 
P
A
 
G
L
 
L
A
 
T
P
 
P
G
 
G
M
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
G
Y
 
M
L
 
L
A
 
A
N
 
V
Q
 
S
V
 
T
Q
 
G
A
 
S
G
 
G
F
 
F
L
 
I
G
 
G
A
 
G
I
 
I
V
 
I
V
 
A
G
 
G
F
 
F
I
 
L
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
V
 
I
V
 
A
-
 
K
L
 
L
Q
 
I
L
 
S
K
 
T
R
 
Q
I
 
L
P
 
K
L
 
L
S
 
P
N
 
Q
K
 
S
L
 
M
K
 
E
A
 
A
I
 
L
S
 
K
T
 
P
Y
 
I
F
 
L
I
 
I
L
 
I
P
 
P
I
 
L
G
 
I
G
 
S
T
 
S
F
 
L
I
 
V
V
 
V
S
 
G
G
 
L
L
 
A
V
 
M
I
 
I
W
 
Y
V
 
L
I
 
I
G
 
G
T
 
K
P
 
P
I
 
V
A
 
A
M
 
G
A
 
I
M
 
L
E
 
E
S
 
G
M
 
L
N
 
T
L
 
H
W
 
W
L
 
L
Q
 
Q
G
 
T
M
 
M
A
 
G
G
 
T
A
 
A
S
 
N
K
 
A
A
 
V
F
 
L
L
 
L
G
 
G
M
 
A
V
 
I
L
 
L
G
 
G
G
 
G
M
 
M
T
 
M
A
 
C
F
 
T
D
 
D
M
 
M
G
 
G
G
 
G
P
 
P
I
 
V
N
 
N
K
 
K
V
 
A
A
 
A
T
 
Y
L
 
A
F
 
F
A
 
G
Q
 
V
T
 
G
Q
 
L
V
 
L
G
 
S
T
 
T
Q
 
Q
P
 
T
W
 
Y
-
 
G
L
 
P
M
 
M
G
 
A
G
 
A
V
 
I
G
 
M
I
 
A
A
 
A
I
 
G
C
 
M
V
 
V
P
 
P
P
 
P
L
 
L
G
 
A
M
 
M
F
 
G
L
 
L
A
 
A
T
 
T
L
 
M
L
 
V
S
 
A
P
 
R
K
 
R
R
 
K
Y
 
F
T
 
D
D
 
K
E
 
A
E
 
Q
R
 
Q
E
 
E
A
 
G
G
 
G
K
 
K
A
 
A
A
 
A
G
 
L
I
 
V
M
 
L
G
 
G
C
 
L
I
 
C
G
 
F
I
 
I
T
 
S
E
 
E
G
 
G
A
 
A
I
 
I
P
 
P
F
 
F
A
 
A
A
 
A
A
 
R
D
 
D
P
 
P
M
 
M
R
 
R
V
 
V
L
 
L
P
 
P
S
 
C
I
 
C
V
 
I
V
 
V
G
 
G
G
 
G
M
 
A
V
 
L
G
 
T
N
 
G
V
 
A
V
 
I
G
 
S
F
 
M
M
 
A
F
 
I
N
 
G
V
 
A
L
 
K
N
 
L
H
 
M
A
 
A
P
 
P
W
 
H
G
 
G
G
 
G
L
 
L
I
 
F
V
 
V
L
 
L
P
 
L
V
 
I
-
 
P
-
 
G
-
 
A
V
 
I
D
 
T
G
 
P
R
 
V
L
 
L
F
 
G
Y
 
Y
I
 
L
V
 
V
G
 
A
I
 
I
A
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
T
L
 
L
T
 
V
T
 
A
A
 
G
L
 
L
M
 
A
V
 
Y
N
 
A
A
 
F
L
 
L
K
 
K
K
 
R
P
 
P

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_044620523.1 NCBI__GCF_000940995.1:WP_044620523.1
MKSQLSVLKRHLLTGTSHMLPFVVAGGVLLALSVMLGGKGAVPEGVFLEGLWDMGIAGFT
LFVPVLGGYIAYSIADRPALAPGMIGAYLANQVQAGFLGAIVVGFIAGYVVLQLKRIPLS
NKLKAISTYFILPIGGTFIVSGLVIWVIGTPIAMAMESMNLWLQGMAGASKAFLGMVLGG
MTAFDMGGPINKVATLFAQTQVGTQPWLMGGVGIAICVPPLGMFLATLLSPKRYTDEERE
AGKAAGIMGCIGITEGAIPFAAADPMRVLPSIVVGGMVGNVVGFMFNVLNHAPWGGLIVL
PVVDGRLFYIVGIAAGALTTALMVNALKKPIEQRQDAKVENDSAEDTLELDFD

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory