SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_046158020.1 NCBI__GCF_000971335.1:WP_046158020.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
31% identity, 87% coverage: 26:297/313 of query aligns to 3:273/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
I
 
I
G
 
G
I
 
L
S
 
V
V
 
I
G
 
S
A
 
T
L
 
L
D
 
N
N
|
N
P
 
P
F
|
F
Y
x
F
Q
 
V
A
 
T
L
 
L
A
 
K
R
 
N
G
 
G
A
 
A
V
 
E
Q
 
E
A
 
K
A
 
A
H
 
K
R
 
E
L
 
L
N
 
-
P
 
-
A
 
G
V
 
Y
R
 
K
I
 
I
T
 
I
S
 
V
Q
 
E
S
 
D
A
 
S
N
 
Q
F
 
N
T
 
D
L
 
S
E
 
S
Q
 
K
Q
 
E
Q
 
L
E
 
S
Q
 
N
L
 
V
R
 
E
R
 
D
L
 
L
I
 
I
A
 
Q
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
D
 
D
L
 
V
I
 
L
L
 
L
L
 
I
G
 
N
A
 
P
V
 
V
D
 
D
S
 
S
R
 
D
A
 
A
V
 
V
A
 
V
P
 
T
L
 
A
V
 
I
R
 
K
Q
 
E
A
 
A
R
 
N
A
 
S
A
 
K
G
 
N
I
 
I
T
 
P
V
 
V
V
 
I
A
 
T
V
 
I
D
|
D
-
x
R
-
 
S
V
 
A
D
 
N
A
 
G
P
 
G
D
 
D
V
 
V
D
 
V
G
 
C
T
 
H
V
 
I
K
 
A
S
 
S
D
 
D
N
 
N
R
 
V
Q
 
K
A
 
G
G
 
G
E
 
E
I
 
M
V
 
A
C
 
A
R
 
E
Y
 
F
L
 
I
A
 
A
Q
 
K
R
 
A
L
 
L
N
 
K
G
 
G
R
 
K
G
 
G
T
 
N
L
 
V
V
 
V
-
 
E
V
 
L
Q
 
E
G
 
G
G
 
I
P
 
P
P
 
G
I
 
A
T
 
S
S
x
A
V
 
A
S
 
R
D
 
D
R
|
R
A
 
G
A
 
K
G
 
G
C
 
F
H
 
D
A
 
E
A
 
A
L
 
I
A
 
A
A
 
K
F
 
Y
P
 
P
R
 
D
I
 
I
R
 
K
A
 
I
V
 
V
D
 
A
D
 
K
G
 
Q
V
 
A
N
 
-
A
 
A
Q
 
D
G
x
F
S
 
D
S
 
R
L
 
S
G
 
K
G
 
G
Q
 
L
R
 
S
A
 
V
M
 
M
Q
 
E
Q
 
N
A
 
I
L
 
L
L
 
Q
R
 
A
W
 
Q
P
 
P
D
 
K
L
 
I
A
 
D
A
 
A
V
 
V
F
 
F
A
 
A
I
 
Q
N
|
N
D
 
D
R
 
E
Q
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
I
K
 
K
A
 
A
L
 
I
R
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
N
R
 
R
K
 
Q
Q
 
G
A
 
I
L
 
I
I
 
V
G
 
V
S
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
S
 
T
P
 
E
D
 
D
I
 
A
E
 
L
R
 
K
A
 
A
L
 
I
K
 
K
L
 
-
S
 
E
G
 
G
Q
 
K
I
 
M
V
 
A
A
 
A
S
 
T
A
 
I
S
 
A
Q
|
Q
S
 
Q
P
 
P
Y
 
A
L
 
L
I
 
M
G
 
G
R
 
S
E
 
L
A
 
G
V
 
V
K
 
E
L
 
M
G
 
A
A
 
D
R
 
K
L
 
Y
R
 
L
G
 
K
G
 
G
G
 
E
A
 
K
T
 
I
T
 
P
R
 
N
Q
 
F
V
 
I
T
 
P
V
 
A
P
 
E
V
 
L
G
 
K
L
 
L
V
 
I
T
 
T
R
 
K
D
 
E
N
 
N
L
 
V

7e7mC Crystal structure analysis of the streptococcus agalactiae ribose binding protein rbsb
29% identity, 89% coverage: 25:303/313 of query aligns to 10:284/284 of 7e7mC

query
sites
7e7mC
R
 
K
I
 
L
G
 
G
I
 
V
S
 
S
V
 
I
G
 
S
A
 
T
L
 
T
D
 
N
N
|
N
P
 
P
F
x
Y
Y
x
F
Q
 
V
A
 
A
L
 
M
A
 
K
R
 
D
G
 
G
A
 
I
V
 
D
Q
 
K
A
 
Y
A
 
A
H
 
S
R
 
-
L
 
-
N
 
N
P
 
K
A
 
K
V
 
I
R
 
S
I
 
I
T
 
K
S
 
V
Q
 
A
S
 
D
A
 
A
N
 
Q
F
 
D
T
 
D
L
 
A
E
 
A
Q
 
R
Q
 
Q
Q
 
A
E
 
D
Q
 
D
L
 
V
R
 
Q
R
 
N
L
 
F
I
 
I
A
 
S
Q
 
Q
K
 
N
V
 
V
D
 
D
L
 
A
I
 
I
L
 
L
L
 
I
G
 
N
A
 
P
V
 
V
D
 
D
S
 
S
R
 
K
A
 
A
V
 
I
A
 
V
P
 
T
L
 
A
V
 
I
R
 
K
Q
 
S
A
 
A
R
 
N
A
 
N
A
 
A
G
 
N
I
 
I
T
 
P
V
 
V
V
 
I
A
 
L
V
 
M
D
|
D
-
x
R
-
 
G
V
 
S
D
 
E
A
 
G
P
 
G
D
 
K
V
 
V
D
 
L
G
 
T
T
 
T
V
 
V
K
 
A
S
 
S
D
 
D
N
 
N
R
 
V
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
K
I
 
M
V
 
A
C
 
A
R
 
D
Y
 
Y
L
 
A
A
 
V
Q
 
K
R
 
K
L
 
L
N
 
G
G
 
K
R
 
K
G
 
A
T
 
K
-
 
A
L
 
F
V
 
E
V
 
L
Q
 
S
G
 
G
G
 
V
P
 
P
P
 
G
I
 
A
T
 
S
S
 
A
V
 
T
S
 
V
D
 
D
R
|
R
A
 
G
A
 
K
G
 
G
C
 
F
H
 
H
A
 
S
A
 
V
L
 
A
A
 
-
A
 
-
F
 
-
P
 
-
R
 
-
I
 
-
R
 
K
A
 
S
V
 
K
D
 
L
D
 
D
G
 
M
V
 
L
N
 
S
A
 
S
Q
 
Q
G
 
S
S
 
A
S
 
N
L
x
F
G
 
D
G
 
R
Q
 
A
R
 
K
A
 
A
M
 
L
-
 
N
-
 
T
-
 
T
Q
 
Q
Q
 
N
A
 
M
L
 
I
L
 
Q
R
 
G
W
 
H
P
 
K
D
 
D
L
 
V
A
 
Q
A
 
I
V
 
I
F
 
F
A
 
A
I
 
Q
N
|
N
D
 
D
R
 
E
Q
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
A
K
 
Q
A
 
A
L
 
V
R
 
K
A
 
S
A
 
A
G
 
G
R
 
L
K
 
Q
Q
 
N
A
 
V
L
 
L
I
 
I
G
 
V
S
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
S
 
Q
P
 
P
D
 
D
I
 
A
E
 
H
R
 
D
A
 
A
L
 
I
K
 
K
L
 
-
S
 
K
G
 
G
Q
 
D
I
 
I
V
 
S
A
 
A
S
 
T
A
 
I
S
 
A
Q
|
Q
S
 
Q
P
 
P
Y
 
A
L
 
K
I
 
M
G
 
G
R
 
E
E
 
I
A
 
A
V
 
I
K
 
Q
L
 
A
G
 
A
A
 
I
R
 
D
L
 
Y
R
 
Y
G
 
K
G
 
G
G
 
K
A
 
K
T
 
V
T
 
E
R
 
K
Q
 
E
V
 
T
T
 
I
V
 
S
P
 
P
V
 
I
G
 
Y
L
 
L
V
 
V
T
 
T
R
 
K
D
 
D
N
 
N
L
 
V
S
 
E
R
 
K
Y
 
Y
Q
 
N
G
 
-
W
 
W

2fn8A Thermotoga maritima ribose binding protein ribose bound form (see paper)
30% identity, 89% coverage: 25:303/313 of query aligns to 3:289/292 of 2fn8A

query
sites
2fn8A
R
 
K
I
 
M
G
 
A
I
 
I
S
 
V
V
 
I
G
 
S
A
 
T
L
 
L
D
 
N
N
|
N
P
 
P
F
x
W
Y
x
F
Q
 
V
A
 
V
L
 
L
A
 
A
R
 
E
G
 
T
A
 
A
V
 
K
Q
 
Q
A
 
R
A
 
A
H
 
E
R
 
Q
L
 
L
N
 
G
P
 
Y
A
 
E
V
 
A
R
 
T
I
 
I
T
 
F
S
 
D
Q
 
-
S
 
S
A
 
Q
N
 
N
F
 
D
T
 
T
L
 
A
E
 
-
Q
 
K
Q
 
E
Q
 
S
E
 
A
Q
 
H
L
 
F
R
 
D
R
 
A
L
 
I
I
 
I
A
 
A
Q
 
A
K
 
G
V
 
Y
D
 
D
L
 
A
I
 
I
L
 
I
L
 
F
G
 
N
A
 
P
V
 
T
D
 
D
S
 
A
R
 
D
A
 
G
V
 
S
A
 
I
P
 
A
L
 
N
V
 
V
R
 
K
Q
 
R
A
 
A
R
 
K
A
 
E
A
 
A
G
 
G
I
 
I
T
 
P
V
 
V
V
 
F
A
 
C
V
 
V
D
|
D
-
x
R
-
 
G
V
 
I
D
 
N
A
 
A
P
 
R
D
 
G
V
 
L
D
 
A
-
 
V
G
 
A
T
 
Q
V
 
I
K
 
Y
S
 
S
D
 
D
N
 
N
R
 
Y
Q
 
Y
A
 
G
G
 
G
E
 
V
I
 
L
V
 
M
C
 
G
R
 
E
Y
 
Y
L
 
F
A
 
V
Q
 
K
R
 
F
L
 
L
N
 
K
G
 
E
R
 
K
-
 
Y
-
 
P
-
 
D
-
 
A
-
 
K
-
 
E
-
 
I
-
 
P
-
 
Y
-
 
A
-
 
E
-
 
L
-
 
L
G
 
G
T
 
I
L
 
L
V
 
S
V
 
A
Q
 
Q
G
 
-
G
 
-
P
 
-
P
 
-
I
 
-
T
 
-
S
 
P
V
 
T
S
 
W
D
 
D
R
|
R
A
 
S
A
 
N
G
 
G
C
 
F
H
 
H
A
 
S
A
 
V
L
 
V
A
 
D
A
 
Q
F
 
Y
P
 
P
R
 
E
I
 
F
R
 
K
A
 
M
V
 
V
D
 
A
D
 
Q
G
 
Q
V
 
-
N
 
S
A
 
A
Q
 
E
G
x
F
S
 
D
S
 
R
L
 
D
G
 
T
G
 
A
Q
 
Y
R
 
K
A
 
V
M
 
T
Q
 
E
Q
 
Q
A
 
I
L
 
L
L
 
Q
R
 
A
W
 
H
P
 
P
D
 
E
L
 
I
A
 
K
A
 
A
V
 
I
F
 
W
A
 
C
I
 
G
N
|
N
D
 
D
R
 
A
Q
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
M
K
 
K
A
 
A
L
 
C
R
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
G
R
 
R
K
 
T
Q
 
D
A
 
I
L
 
Y
I
 
I
G
 
F
S
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
S
 
A
P
 
E
D
 
D
I
 
V
E
 
I
R
 
N
A
 
A
L
 
I
K
 
K
L
 
E
S
 
G
G
 
K
Q
 
Q
I
 
I
V
 
V
A
 
A
S
 
T
A
 
I
S
 
M
Q
|
Q
S
 
F
P
 
P
Y
 
K
L
 
L
I
 
M
G
 
A
R
 
R
E
 
L
A
 
A
V
 
V
K
 
E
L
 
W
G
 
A
A
 
D
R
 
Q
-
 
Y
L
 
L
R
 
R
G
 
G
G
 
E
G
 
R
A
 
S
T
 
F
T
 
P
R
 
E
Q
 
I
V
 
V
T
 
P
V
 
V
P
 
T
V
 
V
G
 
E
L
 
L
V
 
V
T
 
T
R
 
R
D
 
E
N
 
N
L
 
I
S
 
D
R
 
K
Y
 
Y
Q
 
T
G
 
A
W
 
Y

A0QYB5 D-threitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
29% identity, 90% coverage: 17:298/313 of query aligns to 28:308/349 of A0QYB5

query
sites
A0QYB5
P
 
P
A
 
A
A
 
A
A
 
N
T
 
S
N
 
D
L
 
T
S
 
T
R
 
R
I
 
I
G
 
G
I
 
V
S
 
T
V
 
V
G
x
Y
A
 
D
L
 
M
D
 
-
N
 
S
P
 
S
F
 
F
Y
 
I
Q
 
T
A
 
A
L
 
G
A
 
K
R
 
E
G
 
G
A
 
-
V
 
-
Q
 
M
A
 
D
A
 
A
H
 
Y
R
 
A
L
 
K
N
 
D
P
 
N
A
 
N
V
 
I
R
 
E
I
 
L
T
 
I
S
 
W
Q
 
N
S
 
S
A
 
A
N
 
N
F
 
L
T
 
D
L
 
V
E
 
S
Q
 
T
Q
 
Q
Q
 
A
E
 
S
Q
 
Q
L
 
V
R
 
D
R
 
S
L
 
M
I
 
I
A
 
N
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
A
I
 
I
L
 
I
L
 
V
G
 
V
A
 
P
V
 
V
D
 
Q
S
 
A
R
 
D
A
 
S
V
 
L
A
 
A
P
 
P
L
 
Q
V
 
V
R
 
A
Q
 
S
A
 
A
R
 
K
A
 
A
A
 
K
G
 
G
I
 
I
T
 
P
V
 
L
V
 
V
A
 
P
V
 
V
D
x
N
-
 
A
-
 
A
V
 
L
D
 
D
A
 
S
P
 
K
D
 
D
V
 
I
D
 
A
G
 
G
T
 
N
V
 
V
K
 
Q
S
 
P
D
 
D
N
 
D
R
 
V
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
A
I
 
Q
V
 
E
C
 
M
R
 
Q
Y
 
M
L
 
M
A
 
A
Q
 
D
R
 
R
L
 
L
N
 
G
G
 
G
R
 
K
G
 
G
T
 
N
L
 
I
V
 
V
V
 
I
Q
 
L
G
 
Q
G
 
G
P
 
P
P
 
L
I
 
G
T
 
Q
S
 
S
V
 
G
S
 
E
-
 
L
D
 
D
R
|
R
A
 
S
A
 
K
G
 
G
C
 
I
H
 
E
A
 
Q
A
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
K
F
 
Y
P
 
P
R
 
D
I
 
I
R
 
K
A
 
V
V
 
L
-
 
A
-
 
K
-
 
D
-
 
T
-
 
A
-
 
N
-
 
W
-
 
K
-
 
R
D
 
D
D
 
E
G
 
A
V
 
V
N
 
N
A
 
K
Q
 
M
G
 
K
S
 
N
S
 
W
L
 
I
G
 
S
G
 
G
Q
 
-
R
 
-
A
 
-
M
 
-
Q
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
-
R
 
F
W
 
G
P
 
P
D
 
Q
L
 
I
A
 
D
A
 
G
V
 
V
F
 
V
A
 
A
I
 
Q
N
|
N
D
 
D
R
 
D
Q
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
L
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
K
A
 
E
A
 
S
G
 
G
R
 
R
K
 
T
Q
 
G
A
 
V
L
 
P
I
 
I
G
 
V
S
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
S
 
I
P
 
E
D
 
D
I
 
G
E
 
L
R
 
N
A
 
A
L
 
V
K
 
K
L
 
-
S
 
S
G
 
G
Q
 
D
I
 
F
V
 
I
A
 
G
S
 
T
A
 
S
S
 
L
Q
|
Q
S
 
N
P
 
G
Y
 
T
L
 
V
I
 
E
G
 
L
R
 
A
E
 
A
A
 
G
V
 
L
K
 
A
L
 
V
G
 
A
A
 
N
R
 
R
L
 
L
R
 
A
G
 
K
G
 
G
G
 
E
A
 
P
T
 
V
T
 
N
R
 
K
Q
 
E
V
 
P
T
 
V
V
 
Y
P
 
I
V
 
M
G
 
P
L
 
A
V
 
I
T
 
T
R
 
K
D
 
D
N
 
N
L
 
V
S
 
D

1dbpA Identical mutations at corresponding positions in two homologous proteins with non-identical effects (see paper)
29% identity, 86% coverage: 26:294/313 of query aligns to 4:270/271 of 1dbpA

query
sites
1dbpA
I
 
I
G
 
A
I
 
L
S
 
V
V
 
V
G
 
S
A
 
T
L
 
L
D
 
N
N
|
N
P
 
P
F
|
F
Y
 
F
Q
 
V
A
 
S
L
 
L
A
 
K
R
 
D
G
 
G
A
 
A
V
 
Q
Q
 
K
A
 
E
A
 
A
H
 
D
R
 
K
L
 
L
N
 
G
P
 
Y
A
 
N
V
 
L
R
 
V
I
 
V
T
 
L
S
 
D
Q
 
S
S
 
Q
A
 
N
N
 
N
F
 
P
T
 
A
L
 
-
E
 
-
Q
 
K
Q
 
E
Q
 
L
E
 
A
Q
 
N
L
 
V
R
 
Q
R
 
D
L
 
L
I
 
T
A
 
V
Q
 
R
K
 
G
V
 
T
D
 
K
L
 
I
I
 
L
L
 
L
L
 
I
G
 
N
A
 
P
V
 
T
D
 
D
S
 
S
R
 
D
A
 
A
V
 
V
A
 
D
P
 
N
L
 
A
V
 
V
R
 
K
Q
 
M
A
 
A
R
 
N
A
 
Q
A
 
A
G
 
N
I
 
I
T
 
P
V
 
V
V
 
I
A
 
T
V
 
L
D
|
D
V
x
R
D
 
Q
A
 
A
P
 
T
-
 
K
-
 
G
D
 
E
V
 
V
D
 
V
G
 
S
T
 
H
V
 
I
K
 
A
S
 
S
D
 
D
N
 
N
R
 
V
Q
 
L
A
 
G
G
 
G
E
 
K
I
 
I
V
 
A
C
 
G
R
 
D
Y
 
Y
L
 
I
A
 
A
Q
 
K
R
 
K
L
 
A
N
 
-
G
 
G
R
 
E
G
 
G
T
 
A
L
 
K
V
 
V
V
 
I
-
 
E
-
 
L
Q
 
Q
G
 
G
G
 
I
P
 
A
P
 
G
I
 
T
T
 
S
S
 
A
V
 
A
S
 
R
D
 
E
R
|
R
A
 
G
A
 
E
G
 
G
C
 
F
H
 
Q
A
 
Q
A
 
A
L
 
V
A
 
A
A
 
A
-
 
H
-
 
K
-
 
F
-
 
N
-
 
V
-
 
L
-
 
A
-
 
S
-
 
Q
-
 
P
-
 
A
-
 
D
F
|
F
P
 
D
R
 
R
I
 
I
R
 
K
A
 
-
V
 
-
D
 
-
D
 
-
G
 
-
V
 
-
N
 
-
A
 
-
Q
 
-
G
 
-
S
 
-
S
 
-
L
 
-
G
 
-
G
 
G
Q
 
L
R
 
N
A
 
V
M
 
M
Q
 
Q
Q
 
N
A
 
L
L
 
L
L
 
T
R
 
A
W
 
H
P
 
P
D
 
D
L
 
V
A
 
Q
A
 
A
V
 
V
F
 
F
A
 
A
I
 
Q
N
|
N
D
 
D
R
 
E
Q
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
L
K
 
R
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
A
 
T
A
 
A
G
 
G
R
 
K
K
 
S
Q
 
D
A
 
V
L
 
M
I
 
V
G
 
V
S
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
S
 
T
P
 
P
D
 
D
I
 
G
E
 
E
R
 
K
A
 
A
L
 
V
K
 
N
L
 
-
S
 
D
G
 
G
Q
 
K
I
 
L
V
 
A
A
 
A
S
 
T
A
 
I
S
 
A
Q
 
Q
S
 
L
P
 
P
Y
 
D
L
 
Q
I
 
I
G
 
G
R
 
A
E
 
K
A
 
G
V
 
V
K
 
E
L
 
T
G
 
A
A
 
D
R
 
K
L
 
V
R
 
L
G
 
K
G
 
G
G
 
E
A
 
K
T
 
V
T
 
Q
R
 
A
Q
 
K
V
 
Y
T
 
P
V
 
V
P
 
D
V
 
L
G
 
K
L
 
L
V
 
V
T
 
V
R
 
K

4rsmA Crystal structure of carbohydrate transporter msmeg_3599 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510970, in complex with d-threitol (see paper)
28% identity, 88% coverage: 22:298/313 of query aligns to 1:276/315 of 4rsmA

query
sites
4rsmA
N
 
D
L
 
T
S
 
T
R
 
R
I
 
I
G
 
G
I
 
V
S
 
T
V
 
V
G
x
Y
A
 
D
L
 
M
D
 
-
N
 
S
P
 
S
F
 
F
Y
 
I
Q
 
T
A
 
A
L
 
G
A
 
K
R
 
E
G
 
G
A
 
-
V
 
-
Q
 
M
A
 
D
A
 
A
H
 
Y
R
 
A
L
 
K
N
 
D
P
 
N
A
 
N
V
 
I
R
 
E
I
 
L
T
 
I
S
 
W
Q
 
N
S
 
S
A
 
A
N
 
N
F
 
L
T
 
D
L
 
V
E
 
S
Q
 
T
Q
 
Q
Q
 
A
E
 
S
Q
 
Q
L
 
V
R
 
D
R
 
S
L
 
M
I
 
I
A
 
N
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
A
I
 
I
L
 
I
L
 
V
G
 
V
A
 
P
V
 
V
D
 
Q
S
 
A
R
 
D
A
 
S
V
 
L
A
 
A
P
 
P
L
 
Q
V
 
V
R
 
A
Q
 
S
A
 
A
R
 
K
A
 
A
A
 
K
G
 
G
I
 
I
T
 
P
V
 
L
V
 
V
A
 
P
V
 
V
D
x
N
-
 
A
-
 
A
V
 
L
D
 
D
A
 
S
P
 
K
D
 
D
V
 
I
D
 
A
G
 
G
T
 
N
V
 
V
K
 
Q
S
 
P
D
 
D
N
 
D
R
 
V
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
A
I
 
Q
V
 
E
C
 
M
R
 
Q
Y
 
M
L
 
M
A
 
A
Q
 
D
R
 
R
L
 
L
N
 
G
G
 
G
R
 
K
G
 
G
T
 
N
L
 
I
V
 
V
V
 
I
Q
 
L
G
 
Q
G
 
G
P
 
P
P
 
L
I
 
G
T
 
Q
S
 
S
V
 
G
S
 
E
-
 
L
D
 
D
R
|
R
A
 
S
A
 
K
G
 
G
C
 
I
H
 
E
A
 
Q
A
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
K
F
 
Y
P
 
P
R
 
D
I
 
I
R
 
K
A
 
V
V
 
L
-
 
A
-
 
K
-
 
D
-
 
T
-
 
A
-
 
N
-
x
W
-
 
K
-
 
R
D
 
D
D
 
E
G
 
A
V
 
V
N
 
N
A
 
K
Q
 
M
G
 
K
S
 
N
S
 
W
L
 
I
G
 
S
G
 
G
Q
 
-
R
 
-
A
 
-
M
 
-
Q
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
-
R
 
F
W
 
G
P
 
P
D
 
Q
L
 
I
A
 
D
A
 
G
V
 
V
F
 
V
A
 
A
I
 
Q
N
|
N
D
 
D
R
 
D
Q
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
L
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
K
A
 
E
A
 
S
G
 
G
R
 
R
K
 
T
Q
 
G
A
 
V
L
 
P
I
 
I
G
 
V
S
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
S
 
I
P
 
E
D
 
D
I
 
G
E
 
L
R
 
N
A
 
A
L
 
V
K
 
K
L
 
-
S
 
S
G
 
G
Q
 
D
I
 
F
V
 
I
A
 
G
S
 
T
A
 
S
S
 
L
Q
|
Q
S
 
N
P
 
G
Y
 
T
L
 
V
I
 
E
G
 
L
R
 
A
E
 
A
A
 
G
V
 
L
K
 
A
L
 
V
G
 
A
A
 
N
R
 
R
L
 
L
R
 
A
G
 
K
G
 
G
G
 
E
A
 
P
T
 
V
T
 
N
R
 
K
Q
 
E
V
 
P
T
 
V
V
 
Y
P
 
I
V
 
M
G
 
P
L
 
A
V
 
I
T
 
T
R
 
K
D
 
D
N
 
N
L
 
V
S
 
D

A0QYB3 Xylitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
30% identity, 78% coverage: 18:260/313 of query aligns to 29:270/349 of A0QYB3

query
sites
A0QYB3
A
 
A
A
 
A
A
 
N
T
 
S
N
 
D
L
 
T
S
 
K
R
 
R
I
 
I
G
 
G
I
 
V
S
 
T
V
 
V
G
x
Y
A
 
D
L
 
M
D
 
-
N
 
S
P
 
S
F
 
F
Y
 
I
Q
 
T
A
 
E
L
 
G
A
 
K
R
 
E
G
 
G
A
 
M
V
 
D
Q
 
T
A
 
Y
A
 
A
H
 
K
R
 
A
L
 
N
N
 
N
P
 
-
A
 
-
V
 
I
R
 
E
I
 
L
T
 
V
S
 
W
Q
 
N
S
 
S
A
 
A
N
 
N
F
 
N
T
 
D
L
 
V
E
 
S
Q
 
T
Q
 
Q
Q
 
A
E
 
S
Q
 
Q
L
 
V
R
 
D
R
 
S
L
 
L
I
 
I
A
 
N
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
A
I
 
I
L
 
I
L
 
V
G
 
V
A
 
P
V
 
V
D
 
Q
S
 
A
R
 
D
A
 
S
V
 
L
A
 
G
P
 
P
L
 
Q
V
 
V
R
 
A
Q
 
S
A
 
A
R
 
K
A
 
S
A
 
K
G
 
G
I
 
I
T
 
P
V
 
L
V
 
L
A
 
A
V
 
V
D
x
N
-
 
A
-
 
A
V
 
L
D
 
E
A
 
T
P
 
P
D
 
D
V
 
L
D
 
A
G
 
G
T
 
N
V
 
V
K
 
Q
S
 
P
D
 
D
N
 
D
R
 
V
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
A
I
 
Q
V
 
E
C
 
M
R
 
Q
Y
 
M
L
 
M
A
 
A
Q
 
D
R
 
R
L
 
L
N
 
G
G
 
G
R
 
K
G
 
G
T
 
N
L
 
I
V
 
V
V
 
I
Q
 
L
G
 
Q
G
 
G
P
 
P
P
 
L
I
 
G
T
 
G
S
 
S
V
 
G
S
 
E
-
 
I
D
 
N
R
|
R
A
 
G
A
 
K
G
 
G
C
 
I
H
 
D
A
 
Q
A
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
K
F
 
Y
P
 
P
R
 
D
I
 
I
R
 
K
A
 
V
V
 
L
D
 
-
D
 
-
G
 
-
V
 
-
N
 
-
A
 
A
Q
 
K
G
 
D
S
 
T
S
 
A
L
 
N
G
 
W
G
 
K
Q
 
R
R
 
D
A
 
E
M
 
A
Q
 
V
Q
 
N
A
 
K
L
 
M
L
 
K
R
 
N
W
 
W
-
 
I
-
 
S
-
 
S
-
 
F
-
 
G
P
 
P
D
 
Q
L
 
I
A
 
D
A
 
G
V
 
V
F
 
V
A
 
A
I
 
Q
N
|
N
D
 
D
R
 
D
Q
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
L
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
K
A
 
E
A
 
A
G
 
G
R
 
R
K
 
T
Q
 
G
A
 
V
L
 
P
I
 
I
G
 
V
S
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
S
 
I
P
 
E
D
 
D
I
 
G
E
 
L
R
 
N
A
 
A
L
 
V
K
 
K
L
 
-
S
 
S
G
 
G
Q
 
D
I
 
F
V
 
I
A
 
G
S
 
T
A
 
S
S
 
L
Q
|
Q
S
 
N

5hkoA Crystal structure of abc transporter solute binding protein msmeg_3598 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with l-sorbitol
30% identity, 75% coverage: 25:260/313 of query aligns to 3:237/314 of 5hkoA

query
sites
5hkoA
R
 
R
I
 
I
G
 
G
I
 
V
S
 
T
V
|
V
G
x
Y
A
 
D
L
 
M
D
 
-
N
 
S
P
 
S
F
 
F
Y
 
I
Q
 
T
A
x
E
L
 
G
A
 
K
R
 
E
G
 
G
A
 
M
V
 
D
Q
 
T
A
 
Y
A
 
A
H
 
K
R
 
A
L
 
N
N
 
N
P
 
-
A
 
-
V
 
I
R
 
E
I
 
L
T
 
V
S
 
W
Q
 
N
S
 
S
A
 
A
N
 
N
F
 
N
T
x
D
L
 
V
E
x
S
Q
 
T
Q
 
Q
Q
 
A
E
 
S
Q
 
Q
L
 
V
R
 
D
R
 
S
L
 
L
I
 
I
A
 
N
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
A
I
 
I
L
 
I
L
 
V
G
 
V
A
 
P
V
 
V
D
 
Q
S
 
A
R
 
D
A
 
S
V
 
L
A
 
G
P
 
P
L
 
Q
V
 
V
R
 
A
Q
 
S
A
 
A
R
 
K
A
 
S
A
 
K
G
 
G
I
 
I
T
 
P
V
 
L
V
 
L
A
 
A
V
 
V
D
x
N
-
x
A
-
 
A
V
 
L
D
 
E
A
 
T
P
 
P
D
 
D
V
 
L
D
 
A
G
 
G
T
 
N
V
 
V
K
 
Q
S
 
P
D
 
D
N
 
D
R
 
V
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
A
I
 
Q
V
 
E
C
 
M
R
 
Q
Y
 
M
L
 
M
A
 
A
Q
 
D
R
 
R
L
 
L
N
 
G
G
 
G
R
 
K
G
 
G
T
 
N
L
 
I
V
 
V
V
 
I
Q
 
L
G
 
Q
G
 
G
P
 
P
P
 
L
I
 
G
T
 
G
S
 
S
V
 
G
S
 
E
-
 
I
D
 
N
R
|
R
A
 
G
A
 
K
G
 
G
C
 
I
H
 
D
A
 
Q
A
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
K
F
 
Y
P
 
P
R
 
D
I
 
I
R
 
K
A
 
V
V
 
L
D
 
-
D
 
-
G
 
-
V
 
-
N
 
-
A
 
A
Q
 
K
G
 
D
S
 
T
S
 
A
L
 
N
G
x
W
G
 
K
Q
 
R
R
 
D
A
 
E
M
 
A
Q
 
V
Q
 
N
A
 
K
L
 
M
L
 
K
R
 
N
W
 
W
-
 
I
-
 
S
-
 
S
-
 
F
-
 
G
P
 
P
D
 
Q
L
 
I
A
 
D
A
 
G
V
 
V
F
 
V
A
 
A
I
 
Q
N
|
N
D
 
D
R
 
D
Q
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
L
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
K
A
 
E
A
 
A
G
 
G
R
 
R
K
 
T
Q
 
G
A
 
V
L
 
P
I
 
I
G
 
V
S
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
S
 
I
P
x
E
D
 
D
I
 
G
E
 
L
R
 
N
A
 
A
L
 
V
K
 
K
L
 
-
S
 
S
G
 
G
Q
 
D
I
 
F
V
 
I
A
 
G
S
 
T
A
 
S
S
 
L
Q
|
Q
S
 
N

4rs3A Crystal structure of carbohydrate transporter a0qyb3 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with xylitol (see paper)
30% identity, 75% coverage: 25:260/313 of query aligns to 3:237/315 of 4rs3A

query
sites
4rs3A
R
 
R
I
 
I
G
 
G
I
 
V
S
 
T
V
 
V
G
x
Y
A
 
D
L
 
M
D
 
-
N
 
S
P
 
S
F
 
F
Y
 
I
Q
 
T
A
x
E
L
 
G
A
 
K
R
 
E
G
 
G
A
 
M
V
 
D
Q
 
T
A
 
Y
A
 
A
H
 
K
R
 
A
L
 
N
N
 
N
P
 
-
A
 
-
V
 
I
R
 
E
I
 
L
T
 
V
S
 
W
Q
 
N
S
 
S
A
 
A
N
 
N
F
 
N
T
 
D
L
 
V
E
 
S
Q
 
T
Q
 
Q
Q
 
A
E
 
S
Q
 
Q
L
 
V
R
 
D
R
 
S
L
 
L
I
 
I
A
 
N
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
A
I
 
I
L
 
I
L
 
V
G
 
V
A
 
P
V
 
V
D
 
Q
S
 
A
R
 
D
A
 
S
V
 
L
A
 
G
P
 
P
L
 
Q
V
 
V
R
 
A
Q
 
S
A
 
A
R
 
K
A
 
S
A
 
K
G
 
G
I
 
I
T
 
P
V
 
L
V
 
L
A
 
A
V
 
V
D
x
N
-
 
A
-
 
A
V
 
L
D
 
E
A
 
T
P
 
P
D
 
D
V
 
L
D
 
A
G
 
G
T
 
N
V
 
V
K
 
Q
S
 
P
D
 
D
N
 
D
R
 
V
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
A
I
 
Q
V
 
E
C
 
M
R
 
Q
Y
 
M
L
 
M
A
 
A
Q
 
D
R
 
R
L
 
L
N
 
G
G
 
G
R
 
K
G
 
G
T
 
N
L
 
I
V
 
V
V
 
I
Q
 
L
G
 
Q
G
 
G
P
 
P
P
 
L
I
 
G
T
 
G
S
 
S
V
 
G
S
 
E
-
 
I
D
 
N
R
|
R
A
 
G
A
 
K
G
 
G
C
 
I
H
 
D
A
 
Q
A
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
K
F
 
Y
P
 
P
R
 
D
I
 
I
R
 
K
A
 
V
V
 
L
D
 
-
D
 
-
G
 
-
V
 
-
N
 
-
A
 
A
Q
 
K
G
 
D
S
 
T
S
 
A
L
 
N
G
x
W
G
 
K
Q
 
R
R
 
D
A
 
E
M
 
A
Q
 
V
Q
 
N
A
 
K
L
 
M
L
 
K
R
 
N
W
 
W
-
 
I
-
 
S
-
 
S
-
 
F
-
 
G
P
 
P
D
 
Q
L
 
I
A
 
D
A
 
G
V
 
V
F
 
V
A
 
A
I
 
Q
N
|
N
D
 
D
R
 
D
Q
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
L
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
K
A
 
E
A
 
A
G
 
G
R
 
R
K
 
T
Q
 
G
A
 
V
L
 
P
I
 
I
G
 
V
S
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
S
 
I
P
x
E
D
 
D
I
 
G
E
 
L
R
 
N
A
 
A
L
 
V
K
 
K
L
 
-
S
 
S
G
 
G
Q
 
D
I
 
F
V
 
I
A
 
G
S
 
T
A
 
S
S
 
L
Q
|
Q
S
 
N

4zjpA Structure of an abc-transporter solute binding protein (sbp_ipr025997) from actinobacillus succinogenes (asuc_0197, target efi-511067) with bound beta-d-ribopyranose
29% identity, 86% coverage: 26:294/313 of query aligns to 5:270/270 of 4zjpA

query
sites
4zjpA
I
 
I
G
 
A
I
 
L
S
 
T
V
 
V
G
 
S
A
 
T
L
 
L
D
 
D
N
|
N
P
 
P
F
|
F
Y
x
F
Q
 
V
A
 
S
L
 
L
A
 
K
R
 
D
G
 
G
A
 
A
V
 
Q
Q
 
K
A
 
K
A
 
A
H
 
T
R
 
E
L
 
L
N
 
G
-
 
Y
P
 
K
A
 
L
V
 
V
R
 
V
I
 
L
T
 
D
S
 
S
Q
 
Q
S
 
N
A
 
-
N
 
-
F
 
-
T
 
D
L
 
P
E
 
S
Q
 
K
Q
 
E
Q
 
L
E
 
S
Q
 
N
L
 
V
R
 
E
R
 
D
L
 
L
I
 
T
A
 
V
Q
 
R
K
 
G
V
 
A
D
 
K
L
 
V
I
 
L
L
 
L
L
 
I
G
 
N
A
 
P
V
 
T
D
 
D
S
 
S
R
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
S
P
 
N
L
 
A
V
 
V
R
 
A
Q
 
I
A
 
A
R
 
N
A
 
R
A
 
N
G
 
K
I
 
I
T
 
P
V
 
V
V
 
I
A
 
T
V
 
L
D
|
D
V
x
R
D
 
G
A
 
A
P
 
A
-
 
K
-
 
G
D
 
E
V
 
V
D
 
V
G
 
S
T
 
H
V
 
I
K
 
A
S
 
S
D
 
D
N
 
N
R
 
V
Q
 
A
A
 
G
G
 
G
E
 
K
I
 
M
V
 
A
C
 
G
R
 
D
Y
 
F
L
 
I
A
 
A
Q
 
Q
R
 
K
L
 
L
N
 
-
G
 
G
R
 
D
G
 
G
T
 
A
L
 
K
V
 
V
V
 
I
Q
 
Q
-
 
L
-
 
E
G
 
G
G
 
L
P
 
A
P
 
G
I
 
T
T
 
S
S
 
A
V
 
A
S
 
R
D
 
E
R
|
R
A
 
G
A
 
E
G
 
G
C
 
F
H
 
K
A
 
Q
A
 
A
L
 
I
A
 
E
A
 
A
-
 
H
-
 
K
-
 
F
-
 
D
-
 
V
-
 
L
-
 
A
-
 
S
-
 
Q
-
 
P
-
 
A
-
 
D
F
|
F
P
 
D
R
 
R
I
 
T
R
 
K
A
 
-
V
 
-
D
 
-
D
 
-
G
 
G
V
 
L
N
 
N
A
 
V
Q
 
T
G
 
E
S
 
N
S
 
L
L
 
L
G
 
A
G
 
S
Q
 
K
R
 
G
A
 
S
M
 
V
Q
 
Q
Q
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
-
R
 
-
W
 
-
P
 
-
D
 
-
L
 
-
A
 
-
A
 
A
V
 
I
F
 
F
A
 
A
I
 
Q
N
|
N
D
 
D
R
 
E
Q
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
L
K
 
R
A
 
A
L
 
I
R
 
S
A
 
A
A
 
A
G
 
G
R
 
K
K
 
K
Q
 
V
A
 
L
L
 
V
I
 
V
G
 
G
S
 
-
V
 
F
D
|
D
G
 
G
S
 
T
P
 
E
D
 
D
I
 
G
E
 
V
R
 
K
A
 
A
L
 
V
K
 
K
L
 
-
S
 
S
G
 
G
Q
 
K
I
 
L
V
 
A
A
 
A
S
 
T
A
 
V
S
 
A
Q
|
Q
S
 
Q
P
 
P
Y
 
E
L
 
L
I
 
I
G
 
G
R
 
S
E
 
L
A
 
G
V
 
V
K
 
E
L
 
T
G
 
A
A
 
D
R
 
K
L
 
I
R
 
L
G
 
K
G
 
G
G
 
E
A
 
K
T
 
V
T
 
D
R
 
A
Q
 
K
V
 
I
T
 
P
V
 
V
P
 
A
V
 
L
G
 
K
L
 
V
V
 
V
T
 
T
R
 
E

2x7xA Fructose binding periplasmic domain of hybrid two component system bt1754 (see paper)
29% identity, 67% coverage: 25:234/313 of query aligns to 3:212/301 of 2x7xA

query
sites
2x7xA
R
 
R
I
 
I
G
 
G
I
 
V
S
 
A
V
 
Q
G
 
C
A
 
S
L
 
-
D
 
D
N
x
D
P
 
S
F
x
W
Y
x
R
Q
 
H
A
 
K
L
 
M
A
 
N
R
 
D
G
 
E
A
 
I
V
 
L
Q
 
R
A
 
E
A
 
A
H
 
M
R
 
F
L
 
Y
N
 
N
P
 
-
A
 
G
V
 
V
R
 
S
I
 
V
T
 
E
S
 
I
Q
 
R
S
 
S
A
 
A
N
 
G
F
 
D
T
 
D
L
 
N
E
 
S
Q
 
K
Q
 
Q
Q
 
A
E
 
E
Q
 
D
L
 
V
R
 
H
R
 
Y
L
 
F
I
 
M
A
 
D
Q
 
E
K
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
L
I
 
L
L
 
I
L
 
I
G
 
S
A
 
A
V
 
N
D
 
E
S
 
A
R
 
A
A
 
P
V
 
M
A
 
T
P
 
P
L
 
I
V
 
V
R
 
E
Q
 
E
A
 
A
R
 
Y
A
 
Q
A
 
K
G
 
G
I
 
I
T
 
P
V
 
V
V
 
I
A
 
L
V
 
V
D
|
D
-
x
R
-
 
K
V
 
I
D
 
L
A
 
S
P
 
D
D
 
K
V
 
Y
D
 
T
G
 
A
T
 
Y
V
 
I
K
 
G
S
 
A
D
 
D
N
 
N
R
 
Y
Q
 
E
A
 
I
G
 
G
E
 
R
I
 
S
V
 
V
C
 
G
R
 
N
Y
 
Y
L
 
I
A
 
A
Q
 
S
R
 
S
L
 
L
N
 
K
G
 
G
R
 
K
G
 
G
T
 
N
L
 
I
V
 
V
-
 
E
V
 
L
Q
 
T
G
 
G
G
 
L
P
 
S
P
 
G
I
 
S
T
 
T
S
x
P
V
 
A
S
 
M
D
 
E
R
|
R
A
 
H
A
 
Q
G
 
G
C
 
F
H
 
M
A
 
A
A
 
A
L
 
I
A
 
S
A
 
K
F
 
F
P
 
P
R
 
D
I
 
I
R
 
K
A
 
L
V
 
I
D
 
D
-
 
K
-
 
A
D
 
D
G
 
A
V
 
A
N
x
W
A
 
E
Q
 
R
G
 
G
S
 
P
S
 
A
L
 
-
G
 
-
G
 
-
Q
 
E
R
 
I
A
 
E
M
 
M
Q
 
D
Q
 
S
A
 
M
L
 
L
L
 
R
R
 
R
W
 
H
P
 
P
D
 
K
L
 
I
A
 
D
A
 
A
V
 
V
F
 
Y
A
 
A
I
 
H
N
|
N
D
 
D
R
|
R
Q
 
I
A
 
A
L
 
P
G
 
G
A
 
A
E
 
Y
K
 
Q
A
 
A
L
 
A
R
 
K
A
 
M
A
 
A
G
 
G
R
 
R
K
 
E
Q
 
K
A
 
E
L
 
M
I
 
I

Sites not aligning to the query:

5ocpA The periplasmic binding protein component of the arabinose abc transporter from shewanella sp. Ana-3 bound to alpha and beta-l- arabinofuranose
29% identity, 73% coverage: 68:295/313 of query aligns to 43:279/302 of 5ocpA

query
sites
5ocpA
E
 
E
Q
 
N
Q
 
Q
Q
 
I
E
 
K
Q
 
A
L
 
V
R
 
R
R
 
S
L
 
F
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
A
I
 
I
L
 
I
L
 
I
G
 
A
A
 
P
V
 
V
D
 
V
S
 
E
R
 
T
A
 
G
V
 
W
A
 
K
P
 
P
L
 
V
V
 
L
R
 
K
Q
 
E
A
 
A
R
 
K
A
 
R
A
 
A
G
 
K
I
 
I
T
 
P
V
 
V
V
 
V
A
 
I
V
 
V
D
|
D
V
x
R
D
 
N
A
 
I
P
 
K
D
 
V
V
 
D
D
 
D
G
 
D
T
 
S
-
 
L
-
 
F
-
 
L
-
 
T
-
 
R
V
 
I
K
 
A
S
 
S
D
 
D
N
 
F
R
 
S
Q
 
E
A
 
E
G
 
G
E
 
R
I
 
K
V
 
I
C
 
G
R
 
Q
Y
 
W
L
 
L
A
 
M
Q
 
D
R
 
K
L
 
T
N
 
Q
G
 
G
R
 
N
G
 
C
T
 
D
L
 
I
V
 
A
-
 
E
V
 
L
Q
 
Q
G
 
G
G
 
T
P
 
V
P
 
G
I
 
A
T
 
T
S
 
A
V
 
A
S
 
I
D
 
D
R
|
R
A
 
A
A
 
A
G
 
G
C
 
F
H
 
N
A
 
Q
A
 
V
L
 
I
A
 
A
A
 
N
F
 
Y
P
 
P
R
 
N
I
 
A
R
 
K
A
 
I
V
 
V
D
 
R
D
 
S
G
 
Q
V
 
T
N
 
G
A
 
E
Q
x
F
G
 
T
S
 
R
S
 
A
L
 
K
G
 
G
G
 
-
Q
 
-
R
 
K
A
 
E
M
 
V
Q
 
M
Q
 
E
A
 
G
L
 
F
L
 
L
R
 
K
W
 
A
P
 
Q
D
 
N
-
 
G
-
 
Q
-
 
P
L
 
L
A
 
C
A
 
A
V
 
V
F
 
W
A
 
S
I
 
H
N
|
N
D
 
D
R
 
E
Q
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
V
K
 
Q
A
 
A
L
 
I
R
 
K
A
 
E
A
 
A
G
 
G
R
 
L
-
 
K
-
 
P
-
 
G
K
 
K
Q
 
D
A
 
I
L
 
L
I
 
I
G
 
V
S
 
S
V
 
V
D
|
D
G
 
G
S
 
V
P
 
P
D
 
D
I
 
Y
E
 
F
R
 
K
A
 
A
L
 
M
K
 
-
L
 
A
S
 
D
G
 
G
Q
 
D
I
 
V
V
 
N
A
 
A
S
 
T
A
 
V
S
 
E
Q
 
L
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
L
 
L
I
 
G
G
 
G
R
 
P
E
 
A
A
 
F
V
 
D
K
 
A
L
 
I
G
 
D
A
 
A
R
 
Y
L
 
L
R
 
K
G
 
G
G
 
N
G
 
K
A
 
D
T
 
Q
T
 
A
R
 
K
Q
 
L
V
 
I
T
 
S
V
 
T
P
 
T
V
 
G
G
 
D
L
 
V
V
 
F
T
 
T
R
 
Q
D
 
E

Sites not aligning to the query:

5ibqA Crystal structure of an abc solute binding protein from rhizobium etli cfn 42 (rhe_pf00037,target efi-511357) in complex with alpha-d-apiose
29% identity, 76% coverage: 26:262/313 of query aligns to 5:241/287 of 5ibqA

query
sites
5ibqA
I
 
I
G
 
A
I
 
I
S
 
I
V
 
T
G
 
P
A
 
A
L
 
H
D
 
D
N
|
N
P
 
P
F
|
F
Y
 
F
Q
 
K
A
 
A
L
 
E
A
 
A
R
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
E
Q
 
A
A
 
K
A
 
A
H
 
K
R
 
E
L
 
L
N
 
G
P
 
Y
A
 
E
V
 
T
R
 
L
I
 
V
T
 
M
S
 
T
Q
 
H
S
 
D
A
 
D
N
 
D
F
 
-
T
 
-
L
 
A
E
 
N
Q
 
K
Q
 
Q
Q
 
S
E
 
E
Q
 
M
L
 
I
R
 
D
R
 
T
L
 
A
I
 
I
A
 
G
Q
 
R
K
 
G
V
 
A
D
 
K
L
 
A
I
 
I
L
 
I
L
 
L
G
 
D
A
 
N
V
 
A
D
 
G
S
 
A
R
 
D
A
 
A
V
 
S
A
 
V
P
 
A
L
 
A
V
 
V
R
 
K
Q
 
K
A
 
A
R
 
K
A
 
D
A
 
A
G
 
G
I
 
I
T
 
P
V
 
S
V
 
F
A
 
L
V
 
I
D
|
D
-
x
R
-
 
E
V
 
I
D
 
N
A
 
A
P
 
T
D
 
G
V
 
V
D
 
A
-
 
V
G
 
A
T
 
Q
V
 
I
K
 
V
S
 
S
D
 
N
N
 
N
R
 
Y
Q
 
Q
A
 
G
G
 
A
E
 
Q
I
 
L
V
 
G
C
 
A
R
 
Q
Y
 
E
L
 
F
A
 
V
Q
 
K
R
 
L
L
 
M
N
 
G
G
 
E
R
 
K
G
 
G
T
 
N
L
 
Y
V
 
V
-
 
E
V
 
L
Q
 
V
G
 
G
G
 
K
P
 
E
P
 
S
I
x
D
T
 
T
S
x
N
V
 
A
S
 
G
D
 
I
R
|
R
A
 
S
A
 
Q
G
 
G
C
 
Y
H
 
H
A
x
D
A
 
V
L
 
I
A
x
D
A
x
D
F
 
Y
P
 
P
R
 
E
I
 
M
R
 
K
A
 
S
V
 
V
D
 
A
D
 
K
G
 
Q
V
 
-
N
 
S
A
 
A
Q
 
N
G
x
W
S
 
S
S
 
Q
L
 
T
G
 
E
G
 
A
Q
 
Y
R
 
S
A
 
K
M
 
M
Q
 
E
Q
 
T
A
 
I
L
 
L
L
 
Q
R
 
A
W
 
N
P
 
P
D
 
D
L
 
I
A
 
K
A
 
G
V
 
V
F
 
I
A
 
S
I
 
G
N
|
N
D
 
D
R
 
T
Q
 
M
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
A
E
 
I
K
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
A
 
A
A
 
A
G
 
G
R
 
R
K
 
K
Q
 
D
A
 
V
L
 
I
I
 
V
G
 
V
S
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
S
 
S
P
 
N
D
 
D
I
 
V
E
 
R
R
 
D
A
 
S
L
 
I
K
 
K
L
 
-
S
 
S
G
 
G
Q
 
G
I
 
I
V
 
K
A
 
A
S
 
T
A
 
V
S
 
L
Q
 
Q
S
 
P
P
 
A
Y
 
Y

4ry0A Crystal structure of ribose transporter solute binding protein rhe_pf00037 from rhizobium etli cfn 42, target efi-511357, in complex with d-ribose
29% identity, 76% coverage: 26:262/313 of query aligns to 5:241/287 of 4ry0A

query
sites
4ry0A
I
 
I
G
 
A
I
 
I
S
 
I
V
 
T
G
 
P
A
 
A
L
 
H
D
 
D
N
|
N
P
 
P
F
 
F
Y
x
F
Q
 
K
A
 
A
L
 
E
A
 
A
R
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
E
Q
 
A
A
 
K
A
 
A
H
 
K
R
 
E
L
 
L
N
 
G
P
 
Y
A
 
E
V
 
T
R
 
L
I
 
V
T
 
M
S
 
T
Q
 
H
S
 
D
A
 
D
N
 
D
F
 
-
T
 
-
L
 
A
E
 
N
Q
 
K
Q
 
Q
Q
 
S
E
 
E
Q
 
M
L
 
I
R
 
D
R
 
T
L
 
A
I
 
I
A
 
G
Q
 
R
K
 
G
V
 
A
D
 
K
L
 
A
I
 
I
L
 
I
L
 
L
G
 
D
A
 
N
V
 
A
D
 
G
S
 
A
R
 
D
A
 
A
V
 
S
A
 
V
P
 
A
L
 
A
V
 
V
R
 
K
Q
 
K
A
 
A
R
 
K
A
 
D
A
 
A
G
 
G
I
 
I
T
 
P
V
 
S
V
 
F
A
 
L
V
 
I
D
|
D
-
x
R
-
 
E
V
 
I
D
 
N
A
 
A
P
 
T
D
 
G
V
 
V
D
 
A
-
 
V
G
 
A
T
 
Q
V
 
I
K
 
V
S
 
S
D
 
N
N
 
N
R
 
Y
Q
 
Q
A
 
G
G
 
A
E
 
Q
I
 
L
V
 
G
C
 
A
R
 
Q
Y
 
E
L
 
F
A
 
V
Q
 
K
R
 
L
L
 
M
N
 
G
G
 
E
R
 
K
G
 
G
T
 
N
L
 
Y
V
 
V
-
 
E
V
 
L
Q
 
V
G
 
G
G
 
K
P
 
E
P
 
S
I
x
D
T
 
T
S
 
N
V
 
A
S
 
G
D
 
I
R
|
R
A
 
S
A
 
Q
G
 
G
C
 
Y
H
 
H
A
x
D
A
 
V
L
 
I
A
x
D
A
x
D
F
 
Y
P
 
P
R
 
E
I
 
M
R
 
K
A
 
S
V
 
V
D
 
A
D
 
K
G
 
Q
V
 
-
N
 
S
A
 
A
Q
 
N
G
x
W
S
 
S
S
 
Q
L
 
T
G
 
E
G
 
A
Q
 
Y
R
 
S
A
 
K
M
 
M
Q
 
E
Q
 
T
A
 
I
L
 
L
L
 
Q
R
 
A
W
 
N
P
 
P
D
 
D
L
 
I
A
 
K
A
 
G
V
 
V
F
 
I
A
 
S
I
 
G
N
|
N
D
 
D
R
 
T
Q
 
M
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
A
E
 
I
K
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
A
 
A
A
 
A
G
 
G
R
 
R
K
 
K
Q
 
D
A
 
V
L
 
I
I
 
V
G
 
V
S
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
S
 
S
P
 
N
D
 
D
I
 
V
E
 
R
R
 
D
A
 
S
L
 
I
K
 
K
L
 
-
S
 
S
G
 
G
Q
 
G
I
 
I
V
 
K
A
 
A
S
 
T
A
 
V
S
 
L
Q
|
Q
S
 
P
P
 
A
Y
 
Y

P39325 Galactofuranose-binding protein YtfQ from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
29% identity, 63% coverage: 68:265/313 of query aligns to 66:274/318 of P39325

query
sites
P39325
E
 
E
Q
 
N
Q
 
Q
Q
 
I
E
 
K
Q
 
A
L
 
V
R
 
R
R
 
S
L
 
F
I
 
V
A
 
A
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
A
I
 
I
L
 
F
L
 
I
G
 
A
A
 
P
V
 
V
D
 
V
S
 
A
R
 
T
A
 
G
V
 
W
A
 
E
P
 
P
L
 
V
V
 
L
R
 
K
Q
 
E
A
 
A
R
 
K
A
 
D
A
 
A
G
 
E
I
 
I
T
 
P
V
 
V
V
 
F
A
 
L
V
 
L
D
|
D
-
x
R
-
 
S
V
 
I
D
 
D
A
 
V
P
 
K
D
 
D
V
 
K
D
 
S
-
 
L
-
 
Y
-
 
M
G
 
T
T
 
T
V
 
V
K
 
T
S
 
A
D
 
D
N
 
N
R
 
I
Q
 
L
A
 
E
G
 
G
E
 
K
I
 
L
V
 
I
C
 
G
R
 
D
Y
 
W
L
 
L
A
 
V
Q
 
K
R
 
E
L
 
V
N
 
N
G
 
G
R
 
K
G
 
P
T
x
C
L
 
N
V
 
V
V
 
V
-
 
E
-
 
L
Q
 
Q
G
 
G
G
 
T
P
 
V
P
 
G
I
 
A
T
 
S
S
 
V
V
 
A
S
 
I
D
 
D
R
|
R
A
 
K
A
 
K
G
 
G
C
 
F
H
 
A
A
 
E
A
 
A
L
 
I
A
 
K
A
 
N
F
 
A
P
 
P
R
 
N
I
 
I
R
 
K
A
 
I
V
 
I
-
 
R
-
 
S
-
 
Q
-
 
S
D
 
G
D
 
D
G
 
F
V
 
T
N
 
R
A
 
S
Q
 
K
G
 
G
S
 
K
S
 
E
L
 
V
G
 
-
G
 
-
Q
 
M
R
 
E
A
 
S
M
 
F
Q
 
I
Q
 
K
A
 
A
L
 
E
L
 
N
R
 
N
W
 
G
P
 
K
D
 
N
L
 
I
A
x
C
A
 
M
V
 
V
F
 
Y
A
 
A
I
 
H
N
|
N
D
 
D
R
 
D
Q
 
M
A
 
V
L
 
I
G
 
G
A
 
A
E
 
I
K
 
Q
A
 
A
L
 
I
R
 
K
A
 
E
A
 
A
G
 
G
R
 
L
K
 
K
-
 
P
-
 
G
-
 
K
Q
 
D
A
 
I
L
 
L
I
 
T
G
 
G
S
 
S
V
 
I
D
|
D
G
 
G
S
 
V
P
 
P
D
 
D
I
 
I
E
 
Y
R
 
K
A
 
A
L
 
M
K
 
-
L
 
M
S
 
D
G
 
G
Q
 
E
I
 
A
V
 
N
A
 
A
S
 
S
A
 
V
S
 
E
Q
 
L
S
 
T
P
 
P
Y
 
N
L
 
M
I
 
A
G
 
G

Sites not aligning to the query:

2vk2A Crystal structure of a galactofuranose binding protein (see paper)
29% identity, 63% coverage: 68:265/313 of query aligns to 44:252/296 of 2vk2A

query
sites
2vk2A
E
 
E
Q
 
N
Q
 
Q
Q
 
I
E
 
K
Q
 
A
L
 
V
R
 
R
R
 
S
L
 
F
I
 
V
A
 
A
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
A
I
 
I
L
 
F
L
 
I
G
 
A
A
 
P
V
 
V
D
 
V
S
 
A
R
 
T
A
 
G
V
 
W
A
 
E
P
 
P
L
 
V
V
 
L
R
 
K
Q
 
E
A
 
A
R
 
K
A
 
D
A
 
A
G
 
E
I
 
I
T
 
P
V
 
V
V
 
F
A
 
L
V
 
L
D
|
D
-
x
R
-
 
S
V
 
I
D
 
D
A
 
V
P
 
K
D
 
D
V
 
K
D
 
S
-
 
L
-
 
Y
-
 
M
G
 
T
T
 
T
V
 
V
K
 
T
S
 
A
D
 
D
N
 
N
R
 
I
Q
 
L
A
 
E
G
 
G
E
 
K
I
 
L
V
 
I
C
 
G
R
 
D
Y
 
W
L
 
L
A
 
V
Q
 
K
R
 
E
L
 
V
N
 
N
G
 
G
R
 
K
G
 
P
T
 
C
L
 
N
V
 
V
V
 
V
-
 
E
-
 
L
Q
 
Q
G
 
G
G
 
T
P
 
V
P
 
G
I
 
A
T
 
S
S
 
V
V
 
A
S
 
I
D
 
D
R
|
R
A
 
K
A
 
K
G
 
G
C
 
F
H
 
A
A
 
E
A
 
A
L
 
I
A
 
K
A
 
N
F
 
A
P
 
P
R
 
N
I
 
I
R
 
K
A
 
I
V
 
I
-
 
R
-
 
S
-
 
Q
-
 
S
D
 
G
D
 
D
G
x
F
V
 
T
N
 
R
A
 
S
Q
 
K
G
 
G
S
 
K
S
 
E
L
 
V
G
 
-
G
 
-
Q
 
M
R
 
E
A
 
S
M
 
F
Q
 
I
Q
 
K
A
 
A
L
 
E
L
 
N
R
 
N
W
 
G
P
 
K
D
 
N
L
 
I
A
 
C
A
 
M
V
 
V
F
 
Y
A
 
A
I
 
H
N
|
N
D
 
D
R
 
D
Q
 
M
A
 
V
L
 
I
G
 
G
A
 
A
E
 
I
K
 
Q
A
 
A
L
 
I
R
 
K
A
 
E
A
 
A
G
 
G
R
 
L
K
 
K
-
 
P
-
 
G
-
 
K
Q
 
D
A
 
I
L
 
L
I
 
T
G
 
G
S
 
S
V
 
I
D
|
D
G
 
G
S
 
V
P
 
P
D
 
D
I
 
I
E
 
Y
R
 
K
A
 
A
L
 
M
K
 
-
L
 
M
S
 
D
G
 
G
Q
 
E
I
 
A
V
 
N
A
 
A
S
 
S
A
 
V
S
 
E
Q
x
L
S
 
T
P
 
P
Y
 
N
L
 
M
I
 
A
G
 
G

Sites not aligning to the query:

5hqjA Crystal structure of abc transporter solute binding protein b1g1h7 from burkholderia graminis c4d1m, target efi-511179, in complex with d-arabinose
25% identity, 85% coverage: 36:300/313 of query aligns to 18:287/289 of 5hqjA

query
sites
5hqjA
P
 
P
F
|
F
Y
 
F
Q
 
D
A
 
D
L
 
C
A
 
N
R
 
K
G
 
G
A
 
A
V
 
K
Q
 
T
A
 
A
A
 
A
H
 
D
R
 
K
L
 
A
N
 
G
P
 
V
A
 
K
V
 
Y
R
 
Q
-
 
W
I
 
V
T
 
V
S
 
P
Q
 
Q
S
 
-
A
 
-
N
 
N
F
 
T
T
 
Q
L
 
G
E
 
S
Q
 
T
Q
 
Q
Q
 
V
E
 
Q
Q
 
I
L
 
I
R
 
E
R
 
D
L
 
L
I
 
I
A
 
S
Q
 
R
K
 
H
V
 
V
D
 
D
L
 
G
I
 
I
L
 
A
L
 
I
G
 
S
A
 
V
V
 
N
D
 
E
S
 
P
R
 
K
A
 
S
V
 
V
A
 
E
P
 
S
L
 
V
V
 
M
R
 
K
Q
 
R
A
 
A
R
 
E
A
 
Q
A
 
S
G
 
G
I
 
I
T
 
K
V
 
V
V
 
L
A
 
T
V
 
Y
D
|
D
V
 
S
D
 
D
A
 
S
P
 
P
D
 
K
V
 
S
D
 
G
G
 
R
T
 
S
-
 
M
-
 
Y
V
 
I
K
 
G
S
 
T
D
 
N
N
 
N
R
 
E
Q
 
Q
A
 
A
G
 
G
E
 
A
I
 
T
V
 
M
C
 
A
R
 
E
Y
 
T
L
 
M
A
 
G
Q
 
K
R
 
A
L
 
L
N
 
N
G
 
G
R
 
Q
G
 
G
T
 
E
L
 
V
-
 
A
V
 
I
V
 
I
Q
 
T
G
 
G
G
 
Q
P
 
L
P
 
G
I
 
A
T
 
V
S
x
N
V
 
L
S
 
N
D
 
E
R
|
R
A
 
I
A
 
A
G
 
G
C
 
I
H
 
K
A
 
K
A
 
G
L
 
L
A
 
A
A
 
K
F
 
Y
P
 
P
R
 
G
I
 
I
R
 
K
A
 
V
V
 
V
D
 
E
D
 
-
G
 
-
V
 
-
N
 
-
A
 
T
Q
 
Q
G
 
G
S
 
T
S
 
D
L
 
D
G
 
D
-
 
L
-
 
A
-
 
R
G
 
G
Q
 
V
R
 
S
A
 
V
M
 
V
Q
 
E
Q
 
T
A
 
T
L
 
L
L
 
R
R
 
A
W
 
H
P
 
P
D
 
N
L
 
L
A
 
K
A
 
G
V
 
I
F
 
F
A
 
G
I
 
V
N
x
S
D
x
Q
R
 
V
Q
 
G
A
 
G
L
 
P
G
 
A
A
 
V
E
 
A
K
 
K
A
 
V
L
 
L
R
 
N
A
 
T
-
 
R
-
 
E
-
 
F
-
 
G
-
 
A
-
 
M
A
 
K
G
 
G
R
 
K
K
 
L
Q
 
E
A
 
V
L
 
L
I
 
-
G
 
-
S
 
A
V
 
F
D
|
D
G
 
D
S
 
L
P
 
P
D
 
D
I
 
T
E
 
L
R
 
K
A
 
G
L
 
L
K
 
K
L
 
-
S
 
D
G
 
G
Q
 
Y
I
 
I
V
 
Q
A
 
G
S
 
I
A
 
M
S
 
V
Q
|
Q
S
 
R
P
 
P
Y
 
V
L
 
T
I
 
M
G
 
G
R
 
S
E
 
L
A
 
A
V
 
V
-
 
D
K
 
H
L
 
L
G
 
V
A
 
A
R
 
Q
L
 
I
R
 
Q
G
 
G
G
 
Q
G
 
E
A
 
G
T
 
Q
T
 
P
R
 
K
Q
 
D
V
 
I
T
 
D
V
 
T
P
 
G
V
 
V
G
 
T
L
 
V
V
 
V
T
 
T
R
 
K
D
 
D
N
 
N
L
 
M
S
 
T
R
 
S
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

5dteB Crystal structure of an abc transporter periplasmic solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z(asuc_0081, target efi-511065) with bound d-allose
26% identity, 69% coverage: 25:241/313 of query aligns to 4:229/287 of 5dteB

query
sites
5dteB
R
 
Q
I
 
I
G
 
A
I
 
L
S
 
L
V
 
M
G
x
K
A
 
T
L
 
L
D
 
S
N
|
N
P
 
E
F
x
Y
Y
 
F
Q
 
I
A
 
S
L
 
M
A
 
R
R
 
Q
G
 
G
A
 
A
V
 
E
Q
 
E
A
 
T
A
 
A
H
 
K
R
 
Q
L
 
K
N
 
D
P
 
I
A
 
D
V
 
L
R
 
I
I
 
V
T
 
Q
S
 
V
Q
 
A
S
 
E
A
 
K
N
 
E
F
 
D
T
 
S
L
 
T
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
L
Q
 
V
E
 
G
Q
 
L
L
 
V
R
 
E
R
 
N
L
 
M
I
 
I
A
 
A
Q
 
K
K
 
K
V
 
V
D
 
D
L
 
A
I
 
I
L
 
I
L
 
V
G
 
T
A
 
P
V
 
N
D
 
D
S
 
S
R
 
I
A
 
A
V
 
F
A
 
I
P
 
P
L
 
A
V
 
F
R
 
Q
Q
 
K
A
 
A
R
 
E
A
 
K
A
 
A
G
 
G
I
 
I
T
 
P
V
 
I
V
 
I
A
 
D
V
 
L
D
|
D
V
 
V
-
 
R
-
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
K
D
 
A
V
 
A
D
 
E
-
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
L
-
 
K
-
 
F
G
 
N
T
 
Y
V
 
V
K
 
G
S
 
V
D
 
D
N
 
N
R
 
F
Q
 
N
A
 
G
G
 
G
E
 
Y
I
 
L
V
 
E
C
 
A
R
 
K
Y