SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_046158460.1 NCBI__GCF_000971335.1:WP_046158460.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
55% identity, 86% coverage: 43:311/311 of query aligns to 2:270/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
T
 
T
V
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
V
V
 
I
S
 
S
T
 
T
L
 
L
N
 
N
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
|
F
V
 
V
E
 
T
L
 
L
R
 
K
D
 
N
G
 
G
A
 
A
A
 
E
A
 
E
E
 
K
A
 
A
K
 
K
K
 
E
Q
 
L
G
 
G
V
 
Y
N
 
K
L
 
I
I
 
I
T
 
V
V
 
E
D
 
D
A
 
S
Q
 
Q
D
 
N
D
 
D
P
 
S
A
 
S
K
 
K
Q
 
E
Q
 
L
A
 
S
S
 
N
V
 
V
E
 
E
D
 
D
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
K
 
Q
K
 
K
V
 
V
S
 
D
V
 
V
I
 
L
L
 
L
I
 
I
N
 
N
P
 
P
T
 
V
D
 
D
S
 
S
S
 
D
A
 
A
V
 
V
A
 
V
N
 
T
V
 
A
V
 
I
K
 
K
E
 
E
A
 
A
T
 
N
S
 
S
K
 
K
G
 
N
I
 
I
K
 
P
V
 
V
V
 
I
S
 
T
L
 
I
D
|
D
R
|
R
S
 
S
V
 
A
N
 
N
G
 
G
A
 
G
E
 
D
V
 
V
S
 
V
A
 
C
H
 
H
I
 
I
A
 
A
S
 
S
D
 
D
N
 
N
I
 
V
A
 
K
G
 
G
G
 
G
V
 
E
M
 
M
A
 
A
G
 
A
K
 
E
Y
 
F
L
 
I
L
 
A
D
 
K
K
 
A
L
 
L
G
 
K
G
 
G
K
 
K
G
 
G
R
 
N
I
 
V
V
 
V
E
 
E
L
 
L
E
 
E
G
 
G
I
 
I
A
 
P
G
 
G
S
 
A
S
 
S
A
|
A
A
 
A
R
 
R
E
 
D
R
|
R
G
 
G
E
 
K
G
 
G
F
 
F
H
 
D
Q
 
E
V
 
A
V
 
I
D
 
A
K
 
K
K
 
Y
E
 
P
G
 
D
V
 
I
K
 
K
L
 
I
L
 
V
A
 
A
K
 
K
Q
 
Q
P
 
A
A
 
A
D
 
D
F
|
F
D
 
D
R
 
R
A
 
S
K
 
K
G
 
G
L
 
L
S
 
S
V
 
V
M
 
M
E
 
E
N
 
N
I
 
I
I
 
L
Q
 
Q
G
 
A
N
 
Q
K
 
P
D
 
K
I
 
I
Q
 
D
G
 
A
V
 
V
F
 
F
A
 
A
H
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
I
K
 
K
A
 
A
I
 
I
Q
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
N
L
 
R
K
 
Q
N
 
G
V
 
I
A
 
I
V
 
V
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
|
D
A
 
G
T
 
T
P
 
E
D
 
D
A
 
A
V
 
L
A
 
K
A
 
A
V
 
I
K
 
K
A
 
E
G
 
G
A
 
K
L
 
M
S
 
A
A
 
A
T
 
T
V
 
I
Q
 
A
Q
|
Q
Q
 
Q
P
 
P
A
 
A
L
 
L
I
 
M
G
 
G
Q
 
S
Y
 
L
G
 
G
V
 
V
Q
 
E
A
 
M
A
 
A
K
 
D
K
 
K
L
 
Y
A
 
L
D
 
K
G
 
G
Q
 
E
K
 
K
V
 
I
D
 
P
K
 
N
F
 
F
I
 
I
P
 
P
V
 
A
P
 
E
L
 
L
N
 
K
L
 
L
V
 
I
H
 
T
Q
 
K

4zjpA Structure of an abc-transporter solute binding protein (sbp_ipr025997) from actinobacillus succinogenes (asuc_0197, target efi-511067) with bound beta-d-ribopyranose
54% identity, 86% coverage: 43:311/311 of query aligns to 4:270/270 of 4zjpA

query
sites
4zjpA
T
 
T
V
 
I
G
 
A
L
 
L
A
 
T
V
 
V
S
 
S
T
 
T
L
 
L
N
 
D
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
|
F
V
 
V
E
 
S
L
 
L
R
 
K
D
 
D
G
 
G
A
 
A
A
 
Q
A
 
K
E
 
K
A
 
A
K
 
T
K
 
E
Q
 
L
G
 
G
V
 
Y
N
 
K
L
 
L
I
 
V
T
 
V
V
 
L
D
 
D
A
 
S
Q
 
Q
D
 
N
D
 
D
P
 
P
A
 
S
K
 
K
Q
 
E
Q
 
L
A
 
S
S
 
N
V
 
V
E
 
E
D
 
D
L
 
L
I
 
T
Q
 
V
K
 
R
K
 
G
V
 
A
S
 
K
V
 
V
I
 
L
L
 
L
I
 
I
N
 
N
P
 
P
T
 
T
D
 
D
S
 
S
S
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
S
N
 
N
V
 
A
V
 
V
K
 
A
E
 
I
A
 
A
T
 
N
S
 
R
K
 
N
G
 
K
I
 
I
K
 
P
V
 
V
V
 
I
S
 
T
L
 
L
D
|
D
R
|
R
S
 
G
V
 
A
N
 
A
G
 
K
A
 
G
E
 
E
V
 
V
S
 
V
A
 
S
H
 
H
I
 
I
A
 
A
S
 
S
D
 
D
N
 
N
I
 
V
A
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
K
M
 
M
A
 
A
G
 
G
K
 
D
Y
 
F
L
 
I
L
 
A
D
 
Q
K
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
D
K
 
G
G
 
A
R
 
K
I
 
V
V
 
I
E
 
Q
L
 
L
E
 
E
G
 
G
I
 
L
A
 
A
G
 
G
S
 
T
S
 
S
A
 
A
A
 
A
R
 
R
E
 
E
R
|
R
G
 
G
E
 
E
G
 
G
F
 
F
H
 
K
Q
 
Q
V
 
A
V
 
I
D
 
E
K
 
A
K
 
H
E
 
K
G
 
-
V
 
F
K
 
D
L
 
V
L
 
L
A
 
A
K
 
S
Q
 
Q
P
 
P
A
 
A
D
 
D
F
|
F
D
 
D
R
 
R
A
 
T
K
 
K
G
 
G
L
 
L
S
 
N
V
 
V
M
 
T
E
 
E
N
 
N
I
 
L
I
 
L
Q
 
A
G
 
S
N
 
K
K
 
G
D
 
S
I
 
V
Q
 
Q
G
 
A
V
 
I
F
 
F
A
 
A
H
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
L
K
 
R
A
 
A
I
 
I
Q
 
S
A
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
-
K
 
K
N
 
K
V
 
V
A
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
|
D
A
 
G
T
 
T
P
 
E
D
 
D
A
 
G
V
 
V
A
 
K
A
 
A
V
 
V
K
 
K
A
 
S
G
 
G
A
 
K
L
 
L
S
 
A
A
 
A
T
 
T
V
 
V
Q
 
A
Q
|
Q
Q
 
Q
P
 
P
A
 
E
L
 
L
I
 
I
G
 
G
Q
 
S
Y
 
L
G
 
G
V
 
V
Q
 
E
A
 
T
A
 
A
K
 
D
K
 
K
L
 
I
A
 
L
D
 
K
G
 
G
Q
 
E
K
 
K
V
 
V
D
 
D
K
 
A
F
 
K
I
 
I
P
 
P
V
 
V
P
 
A
L
 
L
N
 
K
L
 
V
V
 
V
H
 
T
Q
 
E

1dbpA Identical mutations at corresponding positions in two homologous proteins with non-identical effects (see paper)
54% identity, 86% coverage: 41:309/311 of query aligns to 1:268/271 of 1dbpA

query
sites
1dbpA
K
 
K
V
 
D
T
 
T
V
 
I
G
 
A
L
 
L
A
 
V
V
 
V
S
 
S
T
 
T
L
 
L
N
 
N
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
 
F
V
 
V
E
 
S
L
 
L
R
 
K
D
 
D
G
 
G
A
 
A
A
 
Q
A
 
K
E
 
E
A
 
A
K
 
D
K
 
K
Q
 
L
G
 
G
V
 
Y
N
 
N
L
 
L
I
 
V
T
 
V
V
 
L
D
 
D
A
 
S
Q
 
Q
D
 
N
D
 
N
P
 
P
A
 
A
K
 
K
Q
 
E
Q
 
L
A
 
A
S
 
N
V
 
V
E
 
Q
D
 
D
L
 
L
I
 
T
Q
 
V
K
 
R
K
 
G
V
 
T
S
 
K
V
 
I
I
 
L
L
 
L
I
 
I
N
 
N
P
 
P
T
 
T
D
 
D
S
 
S
S
 
D
A
 
A
V
 
V
A
 
D
N
 
N
V
 
A
V
 
V
K
 
K
E
 
M
A
 
A
T
 
N
S
 
Q
K
 
A
G
 
N
I
 
I
K
 
P
V
 
V
V
 
I
S
 
T
L
 
L
D
|
D
R
|
R
S
 
Q
V
 
A
N
 
T
G
 
K
A
 
G
E
 
E
V
 
V
S
 
V
A
 
S
H
 
H
I
 
I
A
 
A
S
 
S
D
 
D
N
 
N
I
 
V
A
 
L
G
 
G
G
 
G
V
 
K
M
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
D
Y
 
Y
L
 
I
L
 
A
D
 
K
K
 
K
L
 
A
G
 
G
G
 
E
K
 
G
G
 
A
R
 
K
I
 
V
V
 
I
E
 
E
L
 
L
E
 
Q
G
 
G
I
 
I
A
 
A
G
 
G
S
 
T
S
 
S
A
 
A
A
 
A
R
 
R
E
 
E
R
|
R
G
 
G
E
 
E
G
 
G
F
 
F
H
 
Q
Q
 
Q
V
 
A
V
 
V
D
 
A
K
 
A
K
 
H
E
 
K
G
 
-
V
 
F
K
 
N
L
 
V
L
 
L
A
 
A
K
 
S
Q
 
Q
P
 
P
A
 
A
D
 
D
F
|
F
D
 
D
R
 
R
A
 
I
K
 
K
G
 
G
L
 
L
S
 
N
V
 
V
M
 
M
E
 
Q
N
 
N
I
 
L
I
 
L
Q
 
T
G
 
A
N
 
H
K
 
P
D
 
D
I
 
V
Q
 
Q
G
 
A
V
 
V
F
 
F
A
 
A
H
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
L
K
 
R
A
 
A
I
 
L
Q
 
Q
A
 
T
A
 
A
G
 
G
L
 
K
K
 
S
N
 
D
V
 
V
A
 
M
V
 
V
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
|
D
A
 
G
T
 
T
P
 
P
D
 
D
A
 
G
V
 
E
A
 
K
A
 
A
V
 
V
K
 
N
A
 
D
G
 
G
A
 
K
L
 
L
S
 
A
A
 
A
T
 
T
V
 
I
Q
 
A
Q
 
Q
Q
 
L
P
 
P
A
 
D
L
 
Q
I
 
I
G
 
G
Q
 
A
Y
 
K
G
 
G
V
 
V
Q
 
E
A
 
T
A
 
A
K
 
D
K
 
K
L
 
V
A
 
L
D
 
K
G
 
G
Q
 
E
K
 
K
V
 
V
D
 
Q
K
 
A
F
 
K
I
 
Y
P
 
P
V
 
V
P
 
D
L
 
L
N
 
K
L
 
L
V
 
V

7e7mC Crystal structure analysis of the streptococcus agalactiae ribose binding protein rbsb
46% identity, 86% coverage: 42:309/311 of query aligns to 9:274/284 of 7e7mC

query
sites
7e7mC
V
 
L
T
 
K
V
 
L
G
 
G
L
 
V
A
 
S
V
 
I
S
 
S
T
 
T
L
 
T
N
 
N
N
|
N
P
 
P
F
x
Y
F
|
F
V
 
V
E
 
A
L
 
M
R
 
K
D
 
D
G
 
G
A
 
I
A
 
D
A
 
K
E
 
Y
A
 
A
K
 
S
K
 
N
Q
 
K
G
 
K
V
 
I
N
 
S
L
 
I
I
 
K
T
 
V
V
 
A
D
 
D
A
 
A
Q
 
Q
D
 
D
D
 
D
P
 
A
A
 
A
K
 
R
Q
 
Q
Q
 
A
A
 
D
S
 
D
V
 
V
E
 
Q
D
 
N
L
 
F
I
 
I
Q
 
S
K
 
Q
K
 
N
V
 
V
S
 
D
V
 
A
I
 
I
L
 
L
I
 
I
N
 
N
P
 
P
T
 
V
D
 
D
S
 
S
S
 
K
A
 
A
V
 
I
A
 
V
N
 
T
V
 
A
V
 
I
K
 
K
E
 
S
A
 
A
T
 
N
S
 
N
K
 
A
G
 
N
I
 
I
K
 
P
V
 
V
V
 
I
S
 
L
L
 
M
D
|
D
R
|
R
S
 
G
V
 
S
N
 
E
G
 
G
A
 
G
E
 
K
V
 
V
S
 
L
A
 
T
H
 
T
I
 
V
A
 
A
S
 
S
D
 
D
N
 
N
I
 
V
A
 
A
G
 
A
G
 
G
V
 
K
M
 
M
A
 
A
G
 
A
K
 
D
Y
 
Y
L
 
A
L
 
V
D
 
K
K
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
K
K
 
K
G
 
A
R
 
K
I
 
A
V
 
F
E
 
E
L
 
L
E
 
S
G
 
G
I
 
V
A
 
P
G
 
G
S
 
A
S
 
S
A
 
A
A
 
T
R
 
V
E
 
D
R
|
R
G
 
G
E
 
K
G
 
G
F
 
F
H
 
H
Q
 
S
V
 
V
V
 
A
D
 
-
K
 
-
K
 
K
E
 
S
G
 
K
V
 
L
K
 
D
L
 
M
L
 
L
A
 
S
K
 
S
Q
 
Q
P
 
S
A
 
A
D
 
N
F
|
F
D
 
D
R
 
R
A
 
A
K
 
K
G
 
A
L
 
L
S
 
N
V
 
T
M
 
T
E
 
Q
N
 
N
I
 
M
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
N
 
H
K
 
K
D
 
D
I
 
V
Q
 
Q
G
 
I
V
 
I
F
 
F
A
 
A
H
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
A
K
 
Q
A
 
A
I
 
V
Q
 
K
A
 
S
A
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
Q
N
 
N
V
 
V
A
 
L
V
 
I
V
 
V
G
 
G
F
 
I
D
|
D
A
 
G
T
 
Q
P
 
P
D
 
D
A
 
A
V
 
H
A
 
D
A
 
A
V
 
I
K
 
K
A
 
K
G
 
G
A
 
D
L
 
I
S
 
S
A
 
A
T
 
T
V
 
I
Q
 
A
Q
|
Q
Q
 
Q
P
 
P
A
 
A
L
 
K
I
 
M
G
 
G
Q
 
E
Y
 
I
G
 
A
V
 
I
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
K
 
I
K
 
D
L
 
Y
A
 
Y
D
 
K
G
 
G
Q
 
K
K
 
K
V
 
V
D
 
E
K
 
K
F
 
E
I
 
T
P
 
I
V
 
S
P
 
P
L
 
I
N
 
Y
L
 
L
V
 
V

2fn8A Thermotoga maritima ribose binding protein ribose bound form (see paper)
37% identity, 86% coverage: 44:309/311 of query aligns to 4:278/292 of 2fn8A

query
sites
2fn8A
V
 
M
G
 
A
L
 
I
A
 
V
V
 
I
S
 
S
T
 
T
L
 
L
N
 
N
N
|
N
P
 
P
F
x
W
F
|
F
V
 
V
E
 
V
L
 
L
R
 
A
D
 
E
G
 
T
A
 
A
A
 
K
A
 
Q
E
 
R
A
 
A
K
 
E
K
 
Q
Q
 
L
G
 
G
V
 
Y
N
 
E
L
 
A
I
 
T
T
 
I
V
 
F
D
 
D
A
 
S
Q
 
Q
D
 
N
D
 
D
P
 
T
A
 
A
K
 
K
Q
 
E
Q
 
S
A
 
A
S
 
H
V
 
F
E
 
D
D
 
A
L
 
I
I
 
I
Q
 
A
K
 
A
K
 
G
V
 
Y
S
 
D
V
 
A
I
 
I
L
 
I
I
 
F
N
 
N
P
 
P
T
 
T
D
 
D
S
 
A
S
 
D
-
 
G
A
 
S
V
 
I
A
 
A
N
 
N
V
 
V
V
 
-
K
 
K
E
 
R
A
 
A
T
 
K
S
 
E
K
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
V
V
 
F
S
 
C
L
 
V
D
|
D
R
|
R
S
 
G
V
 
I
N
 
N
G
 
A
A
 
R
E
 
G
V
 
L
S
 
A
-
 
V
A
 
A
H
 
Q
I
 
I
A
 
Y
S
 
S
D
 
D
N
 
N
I
 
Y
A
 
Y
G
 
G
G
 
G
V
 
V
M
 
L
A
 
M
G
 
G
K
 
E
Y
 
Y
L
 
F
L
 
V
D
 
K
K
 
F
L
 
L
G
 
K
G
 
E
K
 
K
G
 
Y
R
 
P
-
 
D
-
 
A
-
 
K
-
 
E
-
 
I
-
 
P
I
 
Y
V
 
A
E
 
E
L
 
L
E
 
L
G
 
G
I
 
I
A
 
L
G
 
S
S
 
A
S
 
Q
A
 
P
A
 
T
R
 
W
E
 
D
R
|
R
G
 
S
E
 
N
G
 
G
F
 
F
H
 
H
Q
 
S
V
 
V
V
 
V
D
 
D
K
 
Q
K
 
Y
E
 
P
G
 
E
V
 
F
K
 
K
L
 
M
L
 
V
A
 
A
K
 
Q
Q
 
Q
P
 
S
A
 
A
D
 
E
F
|
F
D
 
D
R
 
R
A
 
D
K
 
T
G
 
A
L
 
Y
S
 
K
V
 
V
M
 
T
E
 
E
N
 
Q
I
 
I
I
 
L
Q
 
Q
G
 
A
N
 
H
K
 
P
D
 
E
I
 
I
Q
 
K
G
 
A
V
 
I
F
 
W
A
 
C
H
 
G
N
|
N
D
 
D
E
 
A
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
M
K
 
K
A
 
A
I
 
C
Q
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
R
K
 
T
N
 
D
V
 
I
A
 
Y
V
 
I
V
 
F
G
 
G
F
 
F
D
|
D
A
 
G
T
 
A
P
 
E
D
 
D
A
 
V
V
 
I
A
 
N
A
 
A
V
 
I
K
 
K
A
 
E
G
 
G
A
 
K
-
 
Q
L
 
I
S
 
V
A
 
A
T
 
T
V
 
I
Q
 
M
Q
|
Q
Q
 
F
P
 
P
A
 
K
L
 
L
I
 
M
G
 
A
Q
 
R
Y
 
L
G
 
A
V
 
V
Q
 
E
A
 
W
A
 
A
K
 
D
K
 
Q
L
 
Y
A
 
L
D
 
R
G
 
G
Q
 
E
K
 
R
-
 
S
V
 
F
D
 
P
K
 
E
F
 
I
I
 
V
P
 
P
V
 
V
P
 
T
L
 
V
N
 
E
L
 
L
V
 
V

1rpjA Crystal structure of d-allose binding protein from escherichia coli (see paper)
36% identity, 83% coverage: 48:304/311 of query aligns to 8:272/288 of 1rpjA

query
sites
1rpjA
V
 
L
S
x
K
T
 
T
L
 
L
N
 
S
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
 
W
V
 
V
E
 
D
L
 
M
R
 
K
D
 
K
G
 
G
A
 
I
A
 
E
A
 
D
E
 
E
A
 
A
K
 
K
K
 
T
Q
 
L
G
 
G
V
 
V
-
 
S
-
 
V
N
 
D
L
 
I
I
 
F
T
 
A
V
 
S
D
 
P
A
 
S
Q
x
E
D
 
G
D
 
D
P
 
F
A
 
Q
K
 
S
Q
 
Q
Q
 
L
A
 
Q
S
 
L
V
 
F
E
 
E
D
 
D
L
 
L
I
 
S
Q
 
N
K
 
K
K
 
N
V
 
Y
S
 
K
V
 
G
I
 
I
L
 
A
I
 
F
N
 
A
P
 
P
T
 
L
D
 
S
S
 
S
S
 
V
A
 
N
V
 
L
A
 
V
N
 
M
V
 
P
V
 
V
K
 
A
E
 
R
A
 
A
T
 
W
S
 
K
K
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
Y
V
 
L
V
 
V
S
 
N
L
 
L
D
|
D
R
 
E
S
 
K
V
 
I
N
 
D
-
 
M
-
 
D
-
 
N
-
 
L
-
 
K
-
 
K
-
 
A
G
 
G
A
 
G
E
 
N
V
 
V
S
 
E
A
 
A
H
 
F
I
 
V
A
 
T
S
 
T
D
 
D
N
 
N
I
 
V
A
 
A
G
 
V
G
 
G
V
 
A
M
 
K
A
 
G
G
 
A
K
 
S
Y
 
F
L
 
I
L
 
I
D
 
D
K
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
A
K
 
E
G
 
G
-
 
G
R
 
E
I
 
V
V
 
A
E
 
I
L
 
I
E
 
E
G
 
G
I
 
K
A
 
A
G
 
G
S
 
N
S
 
A
A
x
S
A
 
G
R
 
E
E
 
A
R
|
R
G
 
R
E
 
N
G
 
G
F
 
A
H
 
T
Q
 
E
V
 
A
V
 
F
D
 
K
K
 
K
K
 
A
E
 
S
G
 
Q
V
 
I
K
 
K
L
 
L
L
 
V
A
 
A
K
 
S
Q
 
Q
P
 
P
A
 
A
D
 
D
F
x
W
D
 
D
R
 
R
A
 
I
K
 
K
G
 
A
L
 
L
S
 
D
V
 
V
M
 
A
E
 
T
N
 
N
I
 
V
I
 
L
Q
 
Q
G
 
R
N
 
N
K
 
P
D
 
N
I
 
I
Q
 
K
G
 
A
V
 
I
F
 
Y
A
 
C
H
 
A
N
|
N
D
 
D
E
 
T
M
 
M
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
V
V
 
A
K
 
Q
A
 
A
I
 
V
Q
 
A
A
 
N
A
 
A
G
 
G
-
 
K
L
 
T
K
 
G
N
 
K
V
 
V
A
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
F
 
T
D
|
D
A
 
G
T
 
I
P
 
P
D
 
E
A
 
A
V
 
R
A
 
K
A
 
M
V
 
V
K
 
E
A
 
A
G
 
G
A
 
Q
L
 
M
S
 
T
A
 
A
T
 
T
V
 
V
Q
 
A
Q
|
Q
Q
 
N
P
 
P
A
 
A
L
 
D
I
 
I
G
 
G
Q
 
A
Y
 
T
G
 
G
V
 
L
Q
 
-
A
 
-
A
 
-
K
 
K
K
 
L
L
 
M
A
 
V
D
 
D
G
 
A
Q
 
E
K
 
K
V
 
S
D
 
G
K
 
K
F
 
V
I
 
I
P
 
P
V
 
L

1gudA Hinge-bending motion of d-allose binding protein from escherichia coli: three open conformations (see paper)
36% identity, 83% coverage: 48:304/311 of query aligns to 8:272/288 of 1gudA

query
sites
1gudA
V
 
L
S
 
K
T
 
T
L
 
L
N
 
S
N
 
N
P
 
P
F
 
F
F
 
W
V
 
V
E
 
D
L
 
M
R
 
K
D
 
K
G
 
G
A
 
I
A
 
E
A
 
D
E
 
E
A
 
A
K
 
K
K
 
T
Q
 
L
G
 
G
V
 
V
-
 
S
-
 
V
N
x
D
L
 
I
I
 
F
T
 
A
V
 
S
D
 
P
A
 
S
Q
 
E
D
 
G
D
 
D
P
 
F
A
 
Q
K
 
S
Q
 
Q
Q
 
L
A
 
Q
S
 
L
V
 
F
E
 
E
D
 
D
L
 
L
I
 
S
Q
 
N
K
 
K
K
 
N
V
 
Y
S
 
K
V
 
G
I
 
I
L
 
A
I
 
F
N
 
A
P
 
P
T
 
L
D
 
S
S
 
S
S
 
V
A
 
N
V
 
L
A
 
V
N
 
M
V
 
P
V
 
V
K
 
A
E
 
R
A
 
A
T
 
W
S
 
K
K
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
Y
V
 
L
V
 
V
S
 
N
L
 
L
D
 
D
R
 
E
S
 
K
V
 
I
N
 
D
-
 
M
-
 
D
-
 
N
-
 
L
-
 
K
-
 
K
-
 
A
G
 
G
A
 
G
E
 
N
V
 
V
S
 
E
A
 
A
H
 
F
I
 
V
A
 
T
S
 
T
D
 
D
N
 
N
I
 
V
A
 
A
G
 
V
G
 
G
V
 
A
M
 
K
A
 
G
G
 
A
K
 
S
Y
 
F
L
 
I
L
 
I
D
 
D
K
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
A
K
 
E
G
 
G
-
 
G
R
 
E
I
 
V
V
 
A
E
 
I
L
 
I
E
 
E
G
 
G
I
 
K
A
 
A
G
 
G
S
 
N
S
 
A
A
 
S
A
 
G
R
 
E
E
 
A
R
 
R
G
 
R
E
 
N
G
 
G
F
 
A
H
 
T
Q
 
E
V
 
A
V
 
F
D
 
K
K
 
K
K
 
A
E
 
S
G
 
Q
V
 
I
K
 
K
L
 
L
L
 
V
A
 
A
K
 
S
Q
 
Q
P
 
P
A
 
A
D
 
D
F
 
W
D
 
D
R
 
R
A
 
I
K
 
K
G
 
A
L
 
L
S
 
D
V
 
V
M
 
A
E
 
T
N
 
N
I
 
V
I
 
L
Q
 
Q
G
 
R
N
 
N
K
 
P
D
 
N
I
 
I
Q
 
K
G
 
A
V
 
I
F
 
Y
A
 
C
H
 
A
N
 
N
D
 
D
E
 
T
M
 
M
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
V
V
 
A
K
 
Q
A
 
A
I
 
V
Q
 
A
A
 
N
A
 
A
G
 
G
-
 
K
L
 
T
K
 
G
N
 
K
V
 
V
A
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
F
 
T
D
 
D
A
 
G
T
 
I
P
 
P
D
 
E
A
 
A
V
 
R
A
 
K
A
 
M
V
 
V
K
 
E
A
 
A
G
 
G
A
 
Q
L
 
M
S
 
T
A
 
A
T
 
T
V
 
V
Q
 
A
Q
 
Q
Q
 
N
P
 
P
A
 
A
L
 
D
I
 
I
G
 
G
Q
 
A
Y
 
T
G
 
G
V
 
L
Q
 
-
A
 
-
A
 
-
K
 
K
K
 
L
L
 
M
A
 
V
D
 
D
G
 
A
Q
 
E
K
 
K
V
 
S
D
 
G
K
 
K
F
 
V
I
 
I
P
 
P
V
 
L

Sites not aligning to the query:

4yo7A Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from bacillus halodurans c-125 (bh2323, target efi- 511484) with bound myo-inositol
34% identity, 86% coverage: 40:306/311 of query aligns to 5:274/287 of 4yo7A

query
sites
4yo7A
G
 
G
K
 
Q
V
 
K
T
 
V
V
 
I
G
 
G
L
 
V
A
 
S
V
 
I
S
 
S
T
 
N
L
 
L
N
x
D
N
 
-
P
 
E
F
 
F
F
 
L
V
 
T
E
 
Y
L
 
M
R
 
Q
D
 
D
G
 
A
A
 
M
A
 
K
A
 
E
E
 
E
A
 
A
K
 
A
K
 
N
Q
 
Y
-
 
P
G
 
D
V
 
F
N
 
E
L
 
F
I
 
I
T
 
F
V
 
S
D
 
D
A
 
A
Q
 
Q
D
 
N
D
 
D
P
 
S
A
 
T
K
 
Q
Q
 
Q
Q
 
M
A
 
A
S
 
Q
V
 
V
E
 
E
D
 
N
L
 
F
I
 
I
Q
 
S
K
 
R
K
 
N
V
 
V
S
 
D
V
 
A
I
 
I
L
 
I
I
 
V
N
 
N
P
 
P
T
 
V
D
 
D
S
 
T
S
 
T
A
 
S
V
 
A
A
 
V
N
 
D
V
 
I
V
 
V
K
 
N
E
 
M
A
 
V
T
 
N
S
 
D
K
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
I
V
 
I
S
 
I
L
 
A
D
x
N
R
|
R
S
 
T
V
 
F
N
 
D
G
 
G
A
 
V
E
 
D
-
 
Q
V
 
A
S
 
T
A
 
A
H
 
F
I
 
V
A
 
G
S
 
S
D
 
E
N
 
S
I
 
I
A
 
Q
G
 
S
G
 
G
V
 
L
M
 
L
A
 
Q
G
 
M
K
 
E
Y
 
E
L
 
V
L
 
A
D
 
K
K
 
L
L
 
L
G
 
N
G
 
N
K
 
E
G
 
G
R
 
N
I
 
I
V
 
A
E
 
I
L
 
M
E
 
D
G
 
G
I
 
E
A
 
L
G
 
G
S
 
H
S
 
E
A
 
A
A
 
Q
R
 
I
E
 
M
R
|
R
G
 
T
E
 
E
G
 
G
F
 
N
H
 
K
Q
 
Q
V
 
I
V
 
I
D
 
E
K
 
E
K
 
H
E
 
D
G
 
G
V
 
L
K
 
E
L
 
V
L
 
V
A
 
L
K
 
Q
Q
 
G
P
 
T
A
 
A
D
 
K
F
 
F
D
 
D
R
 
R
A
 
S
K
 
E
G
 
G
L
 
M
S
 
R
V
 
L
M
 
M
E
 
E
N
 
N
I
 
W
I
 
L
Q
 
N
G
 
S
N
 
G
K
 
T
D
 
E
I
 
I
Q
 
D
G
 
A
V
 
V
F
 
V
A
 
A
H
 
N
N
|
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
I
K
 
L
A
 
A
I
 
L
Q
 
E
A
 
A
A
 
V
G
 
G
-
 
K
L
|
L
K
 
D
N
 
D
V
|
V
A
 
I
V
 
V
V
 
A
G
 
G
F
 
I
D
|
D
A
 
A
T
 
T
P
 
P
D
 
A
A
 
A
V
 
L
A
 
E
A
 
A
V
 
M
K
 
K
A
 
E
G
 
G
A
 
K
L
 
L
S
 
D
A
 
V
T
 
T
V
 
V
Q
 
F
Q
|
Q
Q
 
D
P
 
A
A
 
K
L
 
G
I
 
Q
G
 
G
Q
 
A
Y
 
T
G
 
S
V
 
V
Q
 
K
A
 
V
A
 
A
K
 
V
K
 
Q
L
 
A
A
 
A
D
 
N
G
 
G
Q
 
E
K
 
D
V
 
V
-
 
E
D
 
D
K
 
A
F
 
M
I
 
I
P
 
P
V
 
Y
P
 
E
L
 
L

8wlbA X-ray structure of enterobacter cloacae allose-binding protein in complex with d-psicose (see paper)
35% identity, 83% coverage: 48:304/311 of query aligns to 8:272/288 of 8wlbA

query
sites
8wlbA
V
 
L
S
x
K
T
 
T
L
 
L
N
 
S
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
x
W
V
 
V
E
 
D
L
 
M
R
 
K
D
 
K
G
 
G
A
 
I
A
 
E
A
 
D
E
 
E
A
 
A
K
 
K
K
 
T
Q
 
L
G
 
G
V
 
V
-
 
S
-
 
V
N
 
D
L
 
I
I
 
F
T
 
A
V
 
S
D
 
P
A
 
S
Q
 
E
D
 
G
D
 
D
P
 
F
A
 
Q
K
 
S
Q
 
Q
Q
 
L
A
 
Q
S
 
L
V
 
F
E
 
E
D
 
D
L
 
L
I
 
S
Q
 
N
K
 
K
K
 
K
V
 
Y
S
 
K
V
 
G
I
 
I
L
 
A
I
 
F
N
 
A
P
 
P
T
 
L
D
 
S
S
 
S
S
 
V
A
 
N
V
 
L
A
 
V
N
 
M
V
 
P
V
 
V
K
 
A
E
 
R
A
 
A
T
 
W
S
 
Q
K
 
K
G
 
G
I
 
L
K
 
Y
V
 
L
V
 
V
S
 
N
L
 
L
D
|
D
R
x
E
S
 
K
V
 
I
N
 
D
-
 
M
-
 
D
-
 
N
-
 
L
-
 
K
-
 
K
-
 
A
G
 
G
A
 
G
E
 
N
V
 
V
S
 
E
A
 
G
H
 
F
I
 
V
A
 
T
S
 
T
D
 
D
N
 
N
I
 
V
A
 
A
G
 
V
G
 
G
V
 
A
M
 
K
A
 
G
G
 
A
K
 
D
Y
 
F
L
 
I
L
 
I
D
 
N
K
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
A
K
 
E
G
 
G
-
 
G
R
 
E
I
 
V
V
 
A
E
 
I
L
 
I
E
 
E
G
 
G
I
 
K
A
 
A
G
 
G
S
 
N
S
 
A
A
x
S
A
 
G
R
 
E
E
 
A
R
|
R
G
 
R
E
 
N
G
 
G
F
 
A
H
 
T
Q
 
E
V
 
A
V
 
F
D
 
K
K
 
K
K
 
A
E
 
N
G
 
Q
V
 
I
K
 
K
L
 
L
L
 
V
A
 
A
K
 
S
Q
 
Q
P
 
P
A
 
A
D
 
D
F
 
W
D
 
D
R
 
R
A
 
I
K
 
K
G
 
A
L
 
L
S
 
D
V
 
V
M
 
A
E
 
T
N
 
N
I
 
V
I
 
L
Q
 
Q
G
 
R
N
 
N
K
 
P
D
 
N
I
 
L
Q
 
K
G
 
A
V
 
F
F
 
Y
A
 
C
H
 
A
N
|
N
D
 
D
E
 
T
M
 
M
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
V
V
 
A
K
 
Q
A
 
A
I
 
V
Q
 
A
A
 
N
A
 
A
G
 
G
-
 
K
L
 
I
K
 
G
N
 
K
V
 
V
A
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
F
 
T
D
|
D
A
 
G
T
 
I
P
 
P
D
 
E
A
 
A
V
 
R
A
 
K
A
 
M
V
 
V
K
 
E
A
 
A
G
 
G
A
 
Q
L
 
M
S
 
T
A
 
A
T
 
T
V
 
V
Q
 
A
Q
|
Q
Q
 
N
P
 
P
A
 
A
L
 
D
I
 
I
G
 
G
Q
 
A
Y
 
T
G
 
G
V
 
L
Q
 
-
A
 
-
A
 
-
K
 
K
K
 
L
L
 
M
A
 
V
D
 
D
G
 
A
Q
 
A
K
 
K
V
 
T
D
 
G
K
 
K
F
 
V
I
 
I
P
 
P
V
 
L

8wl9A X-ray structure of enterobacter cloacae allose-binding protein in complex with d-ribose (see paper)
35% identity, 83% coverage: 48:304/311 of query aligns to 8:272/288 of 8wl9A

query
sites
8wl9A
V
 
L
S
 
K
T
 
T
L
 
L
N
 
S
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
 
W
V
 
V
E
 
D
L
 
M
R
 
K
D
 
K
G
 
G
A
 
I
A
 
E
A
 
D
E
 
E
A
 
A
K
 
K
K
 
T
Q
 
L
G
 
G
V
 
V
-
 
S
-
 
V
N
 
D
L
 
I
I
 
F
T
 
A
V
 
S
D
 
P
A
 
S
Q
 
E
D
 
G
D
 
D
P
 
F
A
 
Q
K
 
S
Q
 
Q
Q
 
L
A
 
Q
S
 
L
V
 
F
E
 
E
D
 
D
L
 
L
I
 
S
Q
 
N
K
 
K
K
 
K
V
 
Y
S
 
K
V
 
G
I
 
I
L
 
A
I
 
F
N
 
A
P
 
P
T
 
L
D
 
S
S
 
S
S
 
V
A
 
N
V
 
L
A
 
V
N
 
M
V
 
P
V
 
V
K
 
A
E
 
R
A
 
A
T
 
W
S
 
Q
K
 
K
G
 
G
I
 
L
K
 
Y
V
 
L
V
 
V
S
 
N
L
 
L
D
|
D
R
 
E
S
 
K
V
 
I
N
 
D
-
 
M
-
 
D
-
 
N
-
 
L
-
 
K
-
 
K
-
 
A
G
 
G
A
 
G
E
 
N
V
 
V
S
 
E
A
 
G
H
 
F
I
 
V
A
 
T
S
 
T
D
 
D
N
 
N
I
 
V
A
 
A
G
 
V
G
 
G
V
 
A
M
 
K
A
 
G
G
 
A
K
 
D
Y
 
F
L
 
I
L
 
I
D
 
N
K
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
A
K
 
E
G
 
G
-
 
G
R
 
E
I
 
V
V
 
A
E
 
I
L
 
I
E
 
E
G
 
G
I
 
K
A
 
A
G
 
G
S
 
N
S
 
A
A
 
S
A
 
G
R
 
E
E
 
A
R
|
R
G
 
R
E
 
N
G
 
G
F
 
A
H
 
T
Q
 
E
V
 
A
V
 
F
D
 
K
K
 
K
K
 
A
E
 
N
G
 
Q
V
 
I
K
 
K
L
 
L
L
 
V
A
 
A
K
 
S
Q
 
Q
P
 
P
A
 
A
D
 
D
F
x
W
D
 
D
R
 
R
A
 
I
K
 
K
G
 
A
L
 
L
S
 
D
V
 
V
M
 
A
E
 
T
N
 
N
I
 
V
I
 
L
Q
 
Q
G
 
R
N
 
N
K
 
P
D
 
N
I
 
L
Q
 
K
G
 
A
V
 
F
F
 
Y
A
 
C
H
 
A
N
|
N
D
 
D
E
 
T
M
 
M
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
V
V
 
A
K
 
Q
A
 
A
I
 
V
Q
 
A
A
 
N
A
 
A
G
 
G
-
 
K
L
 
I
K
 
G
N
 
K
V
 
V
A
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
F
 
T
D
|
D
A
 
G
T
 
I
P
 
P
D
 
E
A
 
A
V
 
R
A
 
K
A
 
M
V
 
V
K
 
E
A
 
A
G
 
G
A
 
Q
L
 
M
S
 
T
A
 
A
T
 
T
V
 
V
Q
 
A
Q
|
Q
Q
 
N
P
 
P
A
 
A
L
 
D
I
 
I
G
 
G
Q
 
A
Y
 
T
G
 
G
V
 
L
Q
 
-
A
 
-
A
 
-
K
 
K
K
 
L
L
 
M
A
 
V
D
 
D
G
 
A
Q
 
A
K
 
K
V
 
T
D
 
G
K
 
K
F
 
V
I
 
I
P
 
P
V
 
L

A0QYB5 D-threitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
32% identity, 93% coverage: 11:300/311 of query aligns to 4:293/349 of A0QYB5

query
sites
A0QYB5
G
 
G
I
 
T
L
 
T
A
 
A
F
 
F
G
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
S
C
 
A
S
 
T
K
 
A
Q
 
L
G
 
G
P
 
L
G
 
G
S
 
L
A
 
T
P
 
A
A
 
C
G
 
G
D
 
A
A
 
G
S
 
D
A
 
P
A
 
A
A
 
A
A
 
N
D
 
S
G
 
D
K
 
T
V
 
T
T
 
R
V
 
I
G
 
G
L
 
V
A
 
T
V
 
V
S
x
Y
T
 
D
L
 
M
N
 
S
N
 
S
P
 
-
F
 
F
F
 
I
V
 
T
E
 
A
L
 
G
R
 
K
D
 
E
G
 
G
A
 
M
A
 
D
A
 
A
E
 
Y
A
 
A
K
 
K
K
 
D
Q
 
N
G
 
N
V
 
I
N
 
E
L
 
L
I
 
I
T
 
W
V
 
N
D
 
S
A
 
A
Q
 
N
D
 
L
D
 
D
P
 
V
A
 
S
K
 
T
Q
 
Q
Q
 
A
A
 
S
S
 
Q
V
 
V
E
 
D
D
 
S
L
 
M
I
 
I
Q
 
N
K
 
Q
K
 
G
V
 
V
S
 
D
V
 
A
I
 
I
L
 
I
I
 
V
N
 
V
P
 
P
T
 
V
D
 
Q
S
 
A
S
 
D
A
 
S
V
 
L
A
 
A
N
 
P
V
 
Q
V
 
V
K
 
A
E
 
S
A
 
A
T
 
K
S
 
A
K
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
L
V
 
V
S
 
P
L
 
V
D
x
N
R
 
A
S
 
A
V
 
L
N
 
D
G
 
S
A
 
K
E
 
D
V
 
I
S
 
A
A
 
G
H
 
N
I
 
V
A
 
Q
S
 
P
D
 
D
N
 
D
I
 
V
A
 
A
G
 
A
G
 
G
V
 
A
M
 
Q
A
 
E
G
 
M
K
 
Q
Y
 
M
L
 
M
L
 
A
D
 
D
K
 
R
L
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
R
 
N
I
 
I
V
 
V
E
 
I
L
 
L
E
 
Q
G
 
G
I
 
P
A
 
L
G
 
G
S
 
Q
S
 
S
A
 
G
A
 
E
R
 
L
E
 
D
R
|
R
G
 
S
E
 
K
G
 
G
F
 
I
H
 
E
Q
 
Q
V
 
V
V
 
L
D
 
A
K
 
K
K
 
Y
E
 
P
G
 
D
V
 
I
K
 
K
L
 
V
L
 
L
A
 
A
K
 
K
Q
 
D
P
 
T
A
 
A
D
 
N
F
 
W
D
 
K
R
 
R
A
 
D
K
 
E
G
 
A
L
 
V
S
 
N
V
 
K
M
 
M
E
 
K
N
 
N
I
 
W
I
 
I
Q
 
S
G
 
G
-
 
F
N
 
G
K
 
P
D
 
Q
I
 
I
Q
 
D
G
 
G
V
 
V
F
 
V
A
 
A
H
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
L
K
 
Q
A
 
A
I
 
L
Q
 
K
A
 
E
A
 
S
G
 
G
L
 
R
K
 
T
N
 
G
V
 
V
A
 
P
V
 
I
V
 
V
G
 
G
F
 
I
D
|
D
A
 
G
T
 
I
P
 
E
D
 
D
A
 
G
V
 
L
A
 
N
A
 
A
V
 
V
K
 
K
A
 
S
G
 
G
A
 
D
L
 
F
S
 
I
A
 
G
T
 
T
V
 
S
Q
 
L
Q
|
Q
Q
 
N
P
 
G
A
 
T
L
 
V
I
 
E
G
 
L
Q
 
A
Y
 
A
G
 
G
V
 
L
Q
 
A
A
 
V
A
 
A
K
 
N
K
 
R
L
 
L
A
 
A
D
 
K
G
 
G
Q
 
E
K
 
P
V
 
V
D
 
N
K
 
K

5ibqA Crystal structure of an abc solute binding protein from rhizobium etli cfn 42 (rhe_pf00037,target efi-511357) in complex with alpha-d-apiose
36% identity, 77% coverage: 52:289/311 of query aligns to 13:251/287 of 5ibqA

query
sites
5ibqA
N
 
D
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
 
F
V
 
K
E
 
A
L
 
E
R
 
A
D
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
E
A
 
A
E
 
K
A
 
A
K
 
K
K
 
E
Q
 
L
G
 
G
V
 
Y
N
 
E
L
 
T
I
 
L
T
 
V
V
 
M
D
 
T
A
 
H
Q
 
D
D
 
D
D
 
D
P
 
A
A
 
N
K
 
K
Q
 
Q
Q
 
S
A
 
E
S
 
M
V
 
I
E
 
D
D
 
T
L
 
A
I
 
I
Q
 
G
K
 
R
K
 
G
V
 
A
S
 
K
V
 
A
I
 
I
L
 
I
I
 
L
N
 
D
P
 
N
T
 
A
D
 
G
S
 
A
S
 
D
A
 
A
V
 
S
A
 
V
N
 
A
V
 
A
V
 
V
K
 
K
E
 
K
A
 
A
T
 
K
S
 
D
K
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
S
V
 
F
S
 
L
L
 
I
D
|
D
R
|
R
S
 
E
V
 
I
N
 
N
G
 
A
A
 
T
E
 
G
V
 
V
S
 
A
-
 
V
A
 
A
H
 
Q
I
 
I
A
 
V
S
 
S
D
 
N
N
 
N
I
 
Y
A
 
Q
G
 
G
G
 
A
V
 
Q
M
 
L
A
 
G
G
 
A
K
 
Q
Y
 
E
L
 
F
L
 
V
D
 
K
K
 
L
L
 
M
G
 
G
G
 
E
K
 
K
G
 
G
R
 
N
I
 
Y
V
 
V
E
 
E
L
 
L
E
 
V
G
 
G
I
 
K
A
 
E
G
 
S
S
x
D
S
 
T
A
x
N
A
 
A
R
 
G
E
 
I
R
|
R
G
 
S
E
 
Q
G
 
G
F
 
Y
H
 
H
Q
x
D
V
 
V
V
 
I
D
|
D
K
x
D
K
 
Y
E
 
P
G
 
E
V
 
M
K
 
K
L
 
S
L
 
V
A
 
A
K
 
K
Q
 
Q
P
 
S
A
 
A
D
 
N
F
x
W
D
 
S
R
 
Q
A
 
T
K
 
E
G
 
A
L
 
Y
S
 
S
V
 
K
M
 
M
E
 
E
N
 
T
I
 
I
I
 
L
Q
 
Q
G
 
A
N
 
N
K
 
P
D
 
D
I
 
I
Q
 
K
G
 
G
V
 
V
F
 
I
A
 
S
H
 
G
N
|
N
D
 
D
E
 
T
M
 
M
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
A
V
 
I
K
 
A
A
 
A
I
 
L
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
R
K
 
K
N
 
D
V
 
V
A
 
I
V
 
V
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
|
D
A
 
G
T
 
S
P
 
N
D
 
D
A
 
V
V
 
R
A
 
D
A
 
S
V
 
I
K
 
K
A
 
S
G
 
G
A
 
G
L
 
I
S
 
K
A
 
A
T
 
T
V
 
V
Q
 
L
Q
 
Q
Q
 
P
P
 
A
A
 
Y
L
 
A
I
 
Q
G
 
A
Q
 
Q
Y
 
L
G
 
A
V
 
V
Q
 
E
A
 
Q
A
 
A

4ry0A Crystal structure of ribose transporter solute binding protein rhe_pf00037 from rhizobium etli cfn 42, target efi-511357, in complex with d-ribose
36% identity, 77% coverage: 52:289/311 of query aligns to 13:251/287 of 4ry0A

query
sites
4ry0A
N
 
D
N
|
N
P
 
P
F
 
F
F
|
F
V
 
K
E
 
A
L
 
E
R
 
A
D
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
E
A
 
A
E
 
K
A
 
A
K
 
K
K
 
E
Q
 
L
G
 
G
V
 
Y
N
 
E
L
 
T
I
 
L
T
 
V
V
 
M
D
 
T
A
 
H
Q
 
D
D
 
D
D
 
D
P
 
A
A
 
N
K
 
K
Q
 
Q
Q
 
S
A
 
E
S
 
M
V
 
I
E
 
D
D
 
T
L
 
A
I
 
I
Q
 
G
K
 
R
K
 
G
V
 
A
S
 
K
V
 
A
I
 
I
L
 
I
I
 
L
N
 
D
P
 
N
T
 
A
D
 
G
S
 
A
S
 
D
A
 
A
V
 
S
A
 
V
N
 
A
V
 
A
V
 
V
K
 
K
E
 
K
A
 
A
T
 
K
S
 
D
K
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
S
V
 
F
S
 
L
L
 
I
D
|
D
R
|
R
S
 
E
V
 
I
N
 
N
G
 
A
A
 
T
E
 
G
V
 
V
S
 
A
-
 
V
A
 
A
H
 
Q
I
 
I
A
 
V
S
 
S
D
 
N
N
 
N
I
 
Y
A
 
Q
G
 
G
G
 
A
V
 
Q
M
 
L
A
 
G
G
 
A
K
 
Q
Y
 
E
L
 
F
L
 
V
D
 
K
K
 
L
L
 
M
G
 
G
G
 
E
K
 
K
G
 
G
R
 
N
I
 
Y
V
 
V
E
 
E
L
 
L
E
 
V
G
 
G
I
 
K
A
 
E
G
 
S
S
x
D
S
 
T
A
 
N
A
 
A
R
 
G
E
 
I
R
|
R
G
 
S
E
 
Q
G
 
G
F
 
Y
H
 
H
Q
x
D
V
 
V
V
 
I
D
|
D
K
x
D
K
 
Y
E
 
P
G
 
E
V
 
M
K
 
K
L
 
S
L
 
V
A
 
A
K
 
K
Q
 
Q
P
 
S
A
 
A
D
 
N
F
x
W
D
 
S
R
 
Q
A
 
T
K
 
E
G
 
A
L
 
Y
S
 
S
V
 
K
M
 
M
E
 
E
N
 
T
I
 
I
I
 
L
Q
 
Q
G
 
A
N
 
N
K
 
P
D
 
D
I
 
I
Q
 
K
G
 
G
V
 
V
F
 
I
A
 
S
H
 
G
N
|
N
D
 
D
E
 
T
M
 
M
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
A
V
 
I
K
 
A
A
 
A
I
 
L
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
R
K
 
K
N
 
D
V
 
V
A
 
I
V
 
V
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
|
D
A
 
G
T
 
S
P
 
N
D
 
D
A
 
V
V
 
R
A
 
D
A
 
S
V
 
I
K
 
K
A
 
S
G
 
G
A
 
G
L
 
I
S
 
K
A
 
A
T
 
T
V
 
V
Q
 
L
Q
|
Q
Q
 
P
P
 
A
A
 
Y
L
 
A
I
 
Q
G
 
A
Q
 
Q
Y
 
L
G
 
A
V
 
V
Q
 
E
A
 
Q
A
 
A

4irxA Crystal structure of caulobacter myo-inositol binding protein bound to myo-inositol (see paper)
35% identity, 74% coverage: 51:280/311 of query aligns to 18:253/296 of 4irxA

query
sites
4irxA
L
 
L
N
 
S
N
x
Q
P
 
P
F
|
F
F
 
F
V
 
V
E
 
A
L
 
M
R
 
R
D
 
R
G
 
E
A
 
L
A
 
E
A
 
D
E
 
E
A
 
A
K
 
A
K
 
K
Q
 
L
G
 
G
V
 
V
N
 
K
L
 
V
I
 
Q
T
 
V
V
 
L
D
 
D
A
 
A
Q
 
Q
D
 
N
D
 
N
P
 
S
A
 
S
K
 
K
Q
 
Q
Q
 
I
A
 
S
S
 
D
V
 
L
E
 
Q
D
 
A
L
 
A
I
 
A
Q
 
V
K
 
Q
K
 
G
V
 
A
S
 
K
V
 
V
I
 
V
L
 
I
I
 
V
N
 
A
P
 
P
T
 
T
D
 
D
S
 
S
S
 
K
A
 
A
V
 
L
A
 
A
N
 
G
V
 
A
V
 
A
K
 
D
E
 
D
A
 
L
T
 
V
S
 
E
K
 
Q
G
 
G
I
 
V
K
 
A
V
 
V
V
 
I
S
 
S
L
 
V
D
|
D
R
|
R
S
 
N
V
 
I
N
 
A
G
 
G
A
 
G
E
 
K
V
 
T
S
 
A
A
 
V
-
 
P
H
 
H
I
 
V
A
 
G
S
 
A
D
 
D
N
 
N
I
 
V
A
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
R
M
 
A
A
 
M
G
 
A
K
 
D
Y
 
W
L
 
V
L
 
V
D
 
K
K
 
T
L
 
Y
G
 
P
G
 
A
K
 
G
G
 
A
R
 
R
I
 
V
V
 
V
E
 
V
L
 
I
E
 
T
G
x
N
I
x
D
A
 
P
G
 
G
S
 
S
S
 
S
A
x
S
A
 
S
R
 
I
E
 
E
R
|
R
G
 
V
E
 
K
G
 
G
F
 
V
H
 
H
Q
 
D
-
 
G
V
 
L
V
 
A
D
 
A
K
 
G
K
 
G
E
 
P
G
 
A
V
 
F
K
 
K
L
 
I
L
 
V
A
 
T
K
 
E
Q
 
Q
P
 
T
A
 
A
D
 
N
F
x
S
D
 
K
R
 
R
A
 
D
K
 
Q
G
 
A
L
 
L
S
 
T
V
 
V
M
 
T
E
 
Q
N
 
N
I
 
I
I
 
L
Q
 
T
G
 
S
N
 
M
K
 
R
D
 
D
I
 
T
Q
 
P
G
 
P
-
 
D
-
 
V
V
 
I
F
 
L
A
 
C
H
 
L
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
A
V
 
L
K
 
E
A
 
A
I
 
V
Q
 
R
A
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
D
N
 
S
-
 
A
-
 
K
V
 
V
A
 
K
V
 
V
V
 
I
G
 
G
F
 
F
D
|
D
A
 
A
T
 
I
P
 
P
D
 
E
A
 
A
V
 
L
A
 
A
A
 
R
V
 
I
K
 
K
A
 
A
G
 
G
A
 
E
L
 
M
S
 
V
A
 
A
T
 
T
V
 
V
Q
 
E
Q
|
Q
Q
 
N
P
 
P
A
 
G
L
 
L

5dteB Crystal structure of an abc transporter periplasmic solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z(asuc_0081, target efi-511065) with bound d-allose
34% identity, 77% coverage: 41:278/311 of query aligns to 2:248/287 of 5dteB

query
sites
5dteB
K
 
K
V
 
P
T
 
Q
V
 
I
G
 
A
L
 
L
A
 
L
V
 
M
S
x
K
T
 
T
L
 
L
N
 
S
N
|
N
P
 
E
F
x
Y
F
 
F
V
 
I
E
 
S
L
 
M
R
 
R
D
 
Q
G
 
G
A
 
A
A
 
E
A
 
E
E
 
T
A
 
A
K
 
K
K
 
Q
Q
 
K
G
 
D
V
 
I
N
 
D
L
 
L
I
 
I
T
 
V
V
 
Q
D
 
V
A
 
A
Q
 
E
D
 
K
D
 
E
P
 
D
A
 
S
K
 
T
Q
 
E
Q
 
Q
-
 
L
-
 
V
A
 
G
S
 
L
V
 
V
E
 
E
D
 
N
L
 
M
I
 
I
Q
 
A
K
 
K
K
 
K
V
 
V
S
 
D
V
 
A
I
 
I
L
 
I
I
 
V
N
 
T
P
 
P
T
 
N
D
 
D
S
 
S
S
 
I
A
 
A
V
 
F
A
 
I
N
 
P
V
 
A
V
 
F
K
 
Q
E
 
K
A
 
A
T
 
E
S
 
K
K
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
I
V
 
I
S
 
D
L
 
L
D
|
D
R
 
V
S
 
R
V
 
L
N
 
D
G
 
A
A
 
K
E
 
A
V
 
A
S
 
E
A
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
L
-
 
K
-
 
F
-
 
N
H
 
Y
I
 
V
A
 
G
S
 
V
D
 
D
N
 
N
I
 
F
A
 
N
G
 
G
G
 
G
V
 
Y
M
 
L
A
 
E
G
 
A
K
 
K
Y
 
N
L
 
L
L
 
A
D
 
E
K
 
A
L
 
I
G
 
G
G
 
K
K
 
K
G
 
G
R
 
N
I
 
V
V
 
A
E
 
I
L
 
L
E
 
E
G
 
G
I
 
I
A
 
P
G
 
G
S
 
V
S
 
D
A
x
N
A
 
G
R
 
E
E
 
Q
R
|
R
G
 
K
E
 
G
G
 
G
F
 
A
H
 
L
Q
 
K
V
 
A
V
 
F
D
 
A
K
 
E
K
 
Y
E
 
P
G
 
D
V
 
I
K
 
K
L
 
I
L
 
V
A
 
A
K
 
S
Q
 
Q
P
 
S
A
 
A
D
 
N
F
x
W
D
 
E
R
 
T
A
 
E
K
 
Q
G
 
A
L
 
L
S
 
N
V
 
V
M
 
T
E
 
T
N
 
N
I
 
I
I
 
L
Q
 
T
G
 
A
N
 
N
K
 
P
D
 
N
I
 
I
Q
 
N
G
 
G
V
 
I
F
 
F
A
 
A
H
 
A
N
 
N
D
 
D
E
 
N
M
 
M
A
 
A
L
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
K
 
T
A
 
A
I
 
V
Q
 
E
A
 
N
A
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
A
-
 
G
N
 
K
V
 
V
A
 
L
V
 
V
V
 
S
G
 
G
F
 
Y
D
|
D
A
 
G
T
 
I
P
 
P
D
 
L
A
 
A
V
 
I
A
 
E
A
 
Y
V
 
V
K
 
K
A
 
Q
G
 
G
A
 
K
L
 
M
S
 
Q
A
 
N
T
 
T
V
 
I
Q
 
D
Q
|
Q
Q
 
L
P
 
P

5ocpA The periplasmic binding protein component of the arabinose abc transporter from shewanella sp. Ana-3 bound to alpha and beta-l- arabinofuranose
37% identity, 77% coverage: 42:282/311 of query aligns to 1:249/302 of 5ocpA

query
sites
5ocpA
V
 
T
T
 
T
V
 
V
G
 
G
L
 
F
A
 
S
V
 
Q
S
 
V
T
 
G
L
 
S
N
x
E
N
x
S
P
 
G
F
x
W
F
x
R
V
 
T
E
 
S
L
 
F
R
 
S
D
 
E
G
 
A
A
 
V
A
 
K
A
 
A
E
 
E
A
 
A
K
 
K
K
 
Q
Q
 
R
G
 
G
V
 
I
N
 
D
L
 
L
I
 
K
T
 
F
V
 
A
D
 
D
A
 
A
Q
 
Q
D
 
Q
D
 
K
P
 
Q
A
 
E
K
 
N
Q
 
Q
Q
 
I
A
 
K
S
 
A
V
 
V
E
 
R
D
 
S
L
 
F
I
 
I
Q
 
A
K
 
Q
K
 
G
V
 
V
S
 
D
V
 
A
I
 
I
L
 
I
I
 
I
N
 
A
P
 
P
T
 
V
D
 
V
S
 
E
S
 
T
A
 
G
V
 
W
A
 
K
N
 
P
V
 
V
V
 
L
K
 
K
E
 
E
A
 
A
T
 
K
S
 
R
K
 
A
G
 
K
I
 
I
K
 
P
V
 
V
V
 
V
S
 
I
L
 
V
D
|
D
R
|
R
S
 
N
V
 
I
N
 
K
G
 
V
A
 
D
E
 
D
V
 
D
S
 
S
-
 
L
-
 
F
-
 
L
A
 
T
H
 
R
I
 
I
A
 
A
S
 
S
D
 
D
N
 
F
I
 
S
A
 
E
G
 
E
G
 
G
V
 
R
M
 
K
A
 
I
G
 
G
K
 
Q
Y
 
W
L
 
L
L
 
M
D
 
D
K
 
K
L
 
T
G
 
Q
G
 
G
K
 
N
G
 
C
R
 
D
I
 
I
V
 
A
E
 
E
L
 
L
E
 
Q
G
 
G
I
 
T
A
 
V
G
 
G
S
 
A
S
 
T
A
 
A
A
 
A
R
 
I
E
 
D
R
|
R
G
 
A
E
 
A
G
 
G
F
 
F
H
 
N
Q
 
Q
V
 
V
V
 
I
D
 
A
K
 
N
K
 
Y
E
 
P
G
 
N
V
 
A
K
 
K
L
 
I
L
 
V
A
 
R
K
 
S
Q
 
Q
P
 
T
A
 
G
D
 
E
F
|
F
D
 
T
R
 
R
A
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
K
S
 
E
V
 
V
M
 
M
E
 
E
N
 
G
I
 
F
I
 
L
-
 
K
-
 
A
Q
 
Q
G
 
N
N
 
G
K
 
Q
D
 
P
I
 
L
Q
 
C
G
 
A
V
 
V
F
 
W
A
 
S
H
 
H
N
|
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
V
K
 
Q
A
 
A
I
 
I
Q
 
K
A
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
-
 
K
-
 
P
-
 
G
K
 
K
N
 
D
V
 
I
A
 
L
V
 
I
V
 
V
G
 
S
F
 
V
D
|
D
A
 
G
T
 
V
P
 
P
D
 
D
A
 
Y
V
 
F
A
 
K
A
 
A
V
 
M
K
 
A
A
 
D
G
 
G
A
 
D
L
 
V
S
 
N
A
 
A
T
 
T
V
 
V
Q
 
E
Q
 
L
Q
 
S
P
 
P
A
 
Y
L
 
L
I
 
G
G
 
G

4rsmA Crystal structure of carbohydrate transporter msmeg_3599 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510970, in complex with d-threitol (see paper)
33% identity, 83% coverage: 44:300/311 of query aligns to 5:261/315 of 4rsmA

query
sites
4rsmA
V
 
I
G
 
G
L
 
V
A
 
T
V
 
V
S
x
Y
T
 
D
L
 
M
N
 
S
N
 
S
P
 
-
F
 
F
F
 
I
V
 
T
E
 
A
L
 
G
R
 
K
D
 
E
G
 
G
A
 
M
A
 
D
A
 
A
E
 
Y
A
 
A
K
 
K
K
 
D
Q
 
N
G
 
N
V
 
I
N
 
E
L
 
L
I
 
I
T
 
W
V
 
N
D
 
S
A
 
A
Q
 
N
D
 
L
D
 
D
P
 
V
A
 
S
K
 
T
Q
 
Q
Q
 
A
A
 
S
S
 
Q
V
 
V
E
 
D
D
 
S
L
 
M
I
 
I
Q
 
N
K
 
Q
K
 
G
V
 
V
S
 
D
V
 
A
I
 
I
L
 
I
I
 
V
N
 
V
P
 
P
T
 
V
D
 
Q
S
 
A
S
 
D
A
 
S
V
 
L
A
 
A
N
 
P
V
 
Q
V
 
V
K
 
A
E
 
S
A
 
A
T
 
K
S
 
A
K
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
L
V
 
V
S
 
P
L
 
V
D
x
N
R
 
A
S
 
A
V
 
L
N
 
D
G
 
S
A
 
K
E
 
D
V
 
I
S
 
A
A
 
G
H
 
N
I
 
V
A
 
Q
S
 
P
D
 
D
N
 
D
I
 
V
A
 
A
G
 
A
G
 
G
V
 
A
M
 
Q
A
 
E
G
 
M
K
 
Q
Y
 
M
L
 
M
L
 
A
D
 
D
K
 
R
L
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
R
 
N
I
 
I
V
 
V
E
 
I
L
 
L
E
 
Q
G
 
G
I
 
P
A
 
L
G
 
G
S
 
Q
S
 
S
A
 
G
A
 
E
R
 
L
E
 
D
R
|
R
G
 
S
E
 
K
G
 
G
F
 
I
H
 
E
Q
 
Q
V
 
V
V
 
L
D
 
A
K
 
K
K
 
Y
E
 
P
G
 
D
V
 
I
K
 
K
L
 
V
L
 
L
A
 
A
K
 
K
Q
 
D
P
 
T
A
 
A
D
 
N
F
x
W
D
 
K
R
 
R
A
 
D
K
 
E
G
 
A
L
 
V
S
 
N
V
 
K
M
 
M
E
 
K
N
 
N
I
 
W
I
 
I
Q
 
S
G
 
G
-
 
F
N
 
G
K
 
P
D
 
Q
I
 
I
Q
 
D
G
 
G
V
 
V
F
 
V
A
 
A
H
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
L
K
 
Q
A
 
A
I
 
L
Q
 
K
A
 
E
A
 
S
G
 
G
L
 
R
K
 
T
N
 
G
V
 
V
A
 
P
V
 
I
V
 
V
G
 
G
F
 
I
D
|
D
A
 
G
T
 
I
P
 
E
D
 
D
A
 
G
V
 
L
A
 
N
A
 
A
V
 
V
K
 
K
A
 
S
G
 
G
A
 
D
L
 
F
S
 
I
A
 
G
T
 
T
V
 
S
Q
 
L
Q
|
Q
Q
 
N
P
 
G
A
 
T
L
 
V
I
 
E
G
 
L
Q
 
A
Y
 
A
G
 
G
V
 
L
Q
 
A
A
 
V
A
 
A
K
 
N
K
 
R
L
 
L
A
 
A
D
 
K
G
 
G
Q
 
E
K
 
P
V
 
V
D
 
N