SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_047005877.1 NCBI__GCF_001010925.1:WP_047005877.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

7arlD Lolcde in complex with lipoprotein and adp (see paper)
52% identity, 94% coverage: 12:223/226 of query aligns to 7:218/222 of 7arlD

query
sites
7arlD
N
 
N
L
 
L
T
 
C
R
 
K
S
 
R
F
 
Y
Q
 
Q
Q
 
E
G
 
G
D
 
S
V
 
V
R
 
Q
I
 
T
D
 
D
V
 
V
L
 
L
R
 
H
G
 
N
V
 
V
D
 
S
L
 
F
D
 
S
V
 
V
G
 
G
P
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
M
V
 
M
A
 
A
L
 
I
L
 
V
G
 
G
Q
 
S
S
 
S
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
 
T
M
 
L
L
 
L
Q
 
H
A
 
L
V
 
L
G
 
G
L
 
G
L
 
L
E
 
D
G
 
T
G
 
P
F
 
T
G
 
S
G
 
G
S
 
D
I
 
V
R
 
I
I
 
F
A
 
N
G
 
G
K
 
Q
E
 
P
A
 
M
S
 
S
Q
 
K
L
 
L
D
 
S
A
 
S
A
 
A
E
 
A
R
 
K
T
 
A
S
 
E
L
 
L
R
 
R
R
 
N
E
 
Q
H
 
K
L
 
L
G
 
G
F
 
F
V
 
I
Y
 
Y
Q
 
Q
F
 
F
H
 
H
H
 
H
L
 
L
L
 
L
P
 
P
D
 
D
F
 
F
T
 
T
A
 
A
Q
 
L
E
 
E
N
 
N
V
 
V
V
 
A
L
 
M
P
 
P
Q
 
L
L
 
L
L
 
I
L
 
G
G
 
K
T
 
K
K
 
K
R
 
P
A
 
A
E
 
E
A
 
I
E
 
N
L
 
S
R
 
R
A
 
A
Q
 
L
E
 
E
L
 
M
L
 
L
G
 
K
S
 
A
L
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
D
H
 
H
R
 
R
L
 
A
T
 
N
H
 
H
R
 
R
P
 
P
S
 
S
K
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
V
N
 
N
K
 
N
P
 
P
Q
 
R
L
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
D
 
D
E
 
A
K
 
R
T
 
N
S
 
A
E
 
D
R
 
S
V
 
I
L
 
F
S
 
Q
E
 
L
F
 
L
L
 
G
E
 
E
L
 
L
V
 
N
R
 
R
G
 
L
Q
 
Q
G
 
G
S
 
T
A
 
A
A
 
F
L
 
L
V
 
V
A
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
D
E
 
L
R
 
Q
L
 
L
A
 
A
A
 
K
R
 
R
M
 
M
D
 
S
R
 
R
V
 
Q
V
 
L
R
 
E
L
 
M
H
 
R
D
 
D
G
 
G

P75957 Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD; EC 7.6.2.- from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
52% identity, 94% coverage: 12:223/226 of query aligns to 10:221/233 of P75957

query
sites
P75957
N
 
N
L
 
L
T
 
C
R
 
K
S
 
R
F
 
Y
Q
 
Q
Q
 
E
G
 
G
D
 
S
V
 
V
R
 
Q
I
 
T
D
 
D
V
 
V
L
 
L
R
 
H
G
 
N
V
 
V
D
 
S
L
 
F
D
 
S
V
 
V
G
 
G
P
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
M
V
 
M
A
 
A
L
 
I
L
 
V
G
|
G
Q
 
S
S
 
S
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
M
 
L
L
 
L
Q
 
H
A
 
L
V
 
L
G
 
G
L
 
G
L
 
L
E
 
D
G
 
T
G
 
P
F
 
T
G
 
S
G
 
G
S
 
D
I
 
V
R
 
I
I
 
F
A
 
N
G
 
G
K
 
Q
E
 
P
A
 
M
S
 
S
Q
 
K
L
 
L
D
 
S
A
 
S
A
 
A
E
 
A
R
 
K
T
 
A
S
 
E
L
 
L
R
 
R
R
 
N
E
 
Q
H
 
K
L
 
L
G
 
G
F
 
F
V
 
I
Y
 
Y
Q
 
Q
F
 
F
H
 
H
H
 
H
L
 
L
L
 
L
P
 
P
D
 
D
F
 
F
T
 
T
A
 
A
Q
 
L
E
 
E
N
 
N
V
 
V
V
 
A
L
 
M
P
 
P
Q
 
L
L
 
L
L
 
I
L
 
G
G
 
K
T
 
K
K
 
K
R
 
P
A
 
A
E
 
E
A
 
I
E
 
N
L
 
S
R
 
R
A
 
A
Q
 
L
E
 
E
L
 
M
L
 
L
G
 
K
S
 
A
L
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
D
H
 
H
R
 
R
L
 
A
T
 
N
H
 
H
R
 
R
P
 
P
S
 
S
K
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
V
N
 
N
K
 
N
P
 
P
Q
 
R
L
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
D
 
D
E
 
A
K
 
R
T
 
N
S
 
A
E
 
D
R
 
S
V
 
I
L
 
F
S
 
Q
E
 
L
F
 
L
L
 
G
E
 
E
L
 
L
V
 
N
R
 
R
G
 
L
Q
 
Q
G
 
G
S
 
T
A
 
A
A
 
F
L
 
L
V
 
V
A
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
D
E
 
L
R
 
Q
L
 
L
A
 
A
A
 
K
R
 
R
M
 
M
D
 
S
R
 
R
V
 
Q
V
 
L
R
 
E
L
 
M
H
 
R
D
 
D
G
 
G

7mdyC Lolcde nucleotide-bound
52% identity, 94% coverage: 12:223/226 of query aligns to 7:218/226 of 7mdyC

query
sites
7mdyC
N
 
N
L
 
L
T
 
C
R
 
K
S
 
R
F
x
Y
Q
 
Q
Q
 
E
G
 
G
D
 
S
V
 
V
R
 
Q
I
 
T
D
 
D
V
 
V
L
 
L
R
 
H
G
 
N
V
 
V
D
 
S
L
 
F
D
 
S
V
 
V
G
 
G
P
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
M
V
 
M
A
 
A
L
 
I
L
 
V
G
 
G
Q
 
S
S
 
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
M
 
L
L
 
L
Q
 
H
A
 
L
V
 
L
G
 
G
L
 
G
L
 
L
E
 
D
G
 
T
G
 
P
F
 
T
G
 
S
G
 
G
S
 
D
I
 
V
R
 
I
I
 
F
A
 
N
G
 
G
K
 
Q
E
 
P
A
 
M
S
 
S
Q
 
K
L
 
L
D
 
S
A
 
S
A
 
A
E
 
A
R
 
K
T
 
A
S
 
E
L
 
L
R
 
R
R
 
N
E
 
Q
H
 
K
L
 
L
G
 
G
F
 
F
V
 
I
Y
 
Y
Q
|
Q
F
 
F
H
 
H
H
 
H
L
 
L
L
 
L
P
 
P
D
 
D
F
 
F
T
 
T
A
 
A
Q
 
L
E
 
E
N
 
N
V
 
V
V
 
A
L
 
M
P
 
P
Q
 
L
L
 
L
L
 
I
L
 
G
G
 
K
T
 
K
K
 
K
R
 
P
A
 
A
E
 
E
A
 
I
E
 
N
L
 
S
R
 
R
A
 
A
Q
 
L
E
 
E
L
 
M
L
 
L
G
 
K
S
 
A
L
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
D
H
 
H
R
 
R
L
 
A
T
 
N
H
|
H
R
 
R
P
 
P
S
 
S
K
x
E
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
V
N
 
N
K
 
N
P
 
P
Q
 
R
L
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
|
N
L
 
L
D
 
D
E
 
A
K
 
R
T
 
N
S
 
A
E
 
D
R
 
S
V
 
I
L
 
F
S
 
Q
E
 
L
F
 
L
L
 
G
E
 
E
L
 
L
V
 
N
R
 
R
G
 
L
Q
 
Q
G
 
G
S
 
T
A
 
A
A
 
F
L
 
L
V
 
V
A
 
V
T
 
T
H
|
H
N
 
D
E
 
L
R
 
Q
L
 
L
A
 
A
A
 
K
R
 
R
M
 
M
D
 
S
R
 
R
V
 
Q
V
 
L
R
 
E
L
 
M
H
 
R
D
 
D
G
 
G

7v8iD Lolcd(e171q)e with bound amppnp in nanodiscs (see paper)
52% identity, 94% coverage: 12:223/226 of query aligns to 9:220/229 of 7v8iD

query
sites
7v8iD
N
 
N
L
 
L
T
 
C
R
 
K
S
 
R
F
 
Y
Q
 
Q
Q
 
E
G
 
G
D
 
S
V
 
V
R
 
Q
I
 
T
D
 
D
V
|
V
L
 
L
R
 
H
G
 
N
V
 
V
D
 
S
L
 
F
D
 
S
V
 
V
G
 
G
P
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
M
V
 
M
A
 
A
L
 
I
L
 
V
G
 
G
Q
 
S
S
|
S
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
M
 
L
L
 
L
Q
 
H
A
 
L
V
 
L
G
 
G
L
 
G
L
 
L
E
 
D
G
 
T
G
 
P
F
 
T
G
 
S
G
 
G
S
 
D
I
 
V
R
 
I
I
 
F
A
 
N
G
 
G
K
 
Q
E
 
P
A
 
M
S
 
S
Q
 
K
L
 
L
D
 
S
A
 
S
A
 
A
E
 
A
R
 
K
T
 
A
S
 
E
L
 
L
R
 
R
R
 
N
E
 
Q
H
 
K
L
 
L
G
 
G
F
 
F
V
 
I
Y
 
Y
Q
|
Q
F
 
F
H
 
H
H
 
H
L
 
L
L
 
L
P
 
P
D
 
D
F
 
F
T
 
T
A
 
A
Q
 
L
E
 
E
N
 
N
V
 
V
V
 
A
L
 
M
P
 
P
Q
 
L
L
 
L
L
 
I
L
 
G
G
 
K
T
 
K
K
 
K
R
 
P
A
 
A
E
 
E
A
 
I
E
 
N
L
 
S
R
 
R
A
 
A
Q
 
L
E
 
E
L
 
M
L
 
L
G
 
K
S
 
A
L
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
D
H
 
H
R
|
R
L
 
A
T
 
N
H
|
H
R
 
R
P
 
P
S
 
S
K
x
E
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
E
|
E
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
V
N
 
N
K
 
N
P
 
P
Q
 
R
L
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
D
 
D
E
 
A
K
 
R
T
 
N
S
 
A
E
 
D
R
 
S
V
 
I
L
 
F
S
 
Q
E
 
L
F
 
L
L
 
G
E
 
E
L
 
L
V
 
N
R
 
R
G
 
L
Q
 
Q
G
 
G
S
 
T
A
 
A
A
 
F
L
 
L
V
 
V
A
 
V
T
 
T
H
|
H
N
 
D
E
 
L
R
 
Q
L
 
L
A
 
A
A
 
K
R
 
R
M
 
M
D
 
S
R
 
R
V
 
Q
V
 
L
R
 
E
L
 
M
H
 
R
D
 
D
G
 
G

P75831 Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB; EC 7.6.2.- from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
45% identity, 97% coverage: 7:225/226 of query aligns to 4:221/648 of P75831

query
sites
P75831
V
 
L
V
 
L
S
 
E
L
 
L
R
 
K
N
 
D
L
 
I
T
 
R
R
 
R
S
 
S
F
 
Y
Q
 
P
Q
 
A
G
 
G
D
 
D
V
 
E
R
 
Q
I
 
V
D
 
E
V
 
V
L
 
L
R
 
K
G
 
G
V
 
I
D
 
S
L
 
L
D
 
D
V
 
I
G
 
Y
P
 
A
G
 
G
E
 
E
I
 
M
V
 
V
A
 
A
L
 
I
L
 
V
G
 
G
Q
 
A
S
 
S
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
M
 
L
L
 
M
Q
 
N
A
 
I
V
 
L
G
 
G
L
 
C
L
 
L
E
 
D
G
 
K
G
 
A
F
 
T
G
 
S
G
 
G
S
 
T
I
 
Y
R
 
R
I
 
V
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
E
 
D
A
 
V
S
 
A
Q
 
T
L
 
L
D
 
D
A
 
A
A
 
D
E
 
A
R
 
L
T
 
A
S
 
Q
L
 
L
R
 
R
R
 
R
E
 
E
H
 
H
L
 
F
G
 
G
F
 
F
V
 
I
Y
 
F
Q
 
Q
F
 
R
H
 
Y
H
 
H
L
 
L
L
 
L
P
 
S
D
 
H
F
 
L
T
 
T
A
 
A
Q
 
E
E
 
Q
N
 
N
V
 
V
V
 
E
L
 
V
P
 
P
Q
 
A
L
 
V
L
 
Y
L
 
A
G
 
G
T
 
L
K
 
E
R
 
R
A
 
K
E
 
Q
A
 
R
E
 
L
L
 
L
R
 
R
A
 
A
Q
 
Q
E
 
E
L
 
L
L
 
L
G
 
Q
S
 
R
L
 
L
G
 
G
L
 
L
E
 
E
H
 
D
R
 
R
L
 
T
T
 
E
H
 
Y
R
 
Y
P
 
P
S
 
A
K
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
S
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
M
N
 
N
K
 
G
P
 
G
Q
 
Q
L
 
V
V
 
I
L
 
L
A
 
A
D
|
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
A
L
 
L
D
 
D
E
 
S
K
 
H
T
 
S
S
 
G
E
 
E
R
 
E
V
 
V
L
 
M
S
 
A
E
 
-
F
 
I
L
 
L
E
 
H
L
 
Q
V
 
L
R
 
R
G
 
D
Q
 
R
G
 
G
S
 
H
A
 
T
A
 
V
L
 
I
V
 
I
A
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
D
E
 
P
R
 
Q
L
 
V
A
 
A
A
 
A
R
 
Q
M
 
A
D
 
E
R
 
R
V
 
V
V
 
I
R
 
E
L
 
I
H
 
R
D
 
D
G
 
G
V
 
E
I
 
I

2pclA Crystal structure of abc transporter with complex (aq_297) from aquifex aeolicus vf5
46% identity, 89% coverage: 25:225/226 of query aligns to 17:216/223 of 2pclA

query
sites
2pclA
D
 
E
V
 
I
L
 
L
R
 
K
G
 
G
V
 
I
D
 
S
L
 
L
D
 
S
V
 
V
G
 
K
P
 
K
G
 
G
E
 
E
I
 
F
V
 
V
A
 
S
L
 
I
L
 
I
G
 
G
Q
 
A
S
 
S
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
M
 
L
L
 
L
Q
 
Y
A
 
I
V
 
L
G
 
G
L
 
L
L
 
L
E
 
D
G
 
A
G
 
P
F
 
T
G
 
E
G
 
G
S
 
K
I
 
V
R
 
F
I
 
L
A
 
E
G
 
G
K
 
K
E
 
E
A
 
V
S
 
D
Q
 
Y
L
 
T
D
 
N
A
 
E
A
 
K
E
 
E
R
 
L
T
 
S
S
 
L
L
 
L
R
 
R
R
 
N
E
 
R
H
 
K
L
 
L
G
 
G
F
 
F
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
F
 
F
H
 
H
H
 
Y
L
 
L
L
 
I
P
 
P
D
 
E
F
 
L
T
 
T
A
 
A
Q
 
L
E
 
E
N
 
N
V
 
V
V
 
I
L
 
V
P
 
P
Q
 
M
L
 
L
L
 
K
L
 
M
G
 
G
T
 
K
K
 
P
R
 
K
A
 
K
E
 
E
A
 
A
E
 
K
L
 
E
R
 
R
A
 
G
Q
 
E
E
 
Y
L
 
L
L
 
L
G
 
S
S
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
L
E
 
G
H
 
D
R
 
K
L
 
L
T
 
S
H
 
R
R
 
K
P
 
P
S
 
Y
K
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
N
 
N
K
 
E
P
 
P
Q
 
I
L
 
L
V
 
L
L
 
F
A
 
A
D
 
D
E
|
E
P
|
P
T
|
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
D
 
D
E
 
S
K
 
A
T
 
N
S
 
T
E
 
K
R
 
R
V
 
V
L
 
M
S
 
D
E
 
I
F
 
F
L
 
L
E
 
K
L
 
I
V
 
N
R
 
E
G
 
G
Q
 
-
G
 
G
S
 
T
A
 
S
A
 
I
L
 
V
V
 
M
A
 
V
T
|
T
H
 
H
N
 
E
E
 
R
R
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
E
R
 
L
M
 
T
D
 
H
R
 
R
V
 
T
V
 
L
R
 
E
L
 
M
H
 
K
D
 
D
G
 
G
V
 
K
I
 
V

5lilA Structure of aggregatibacter actinomycetemcomitans macb bound to atpys (p21) (see paper)
40% identity, 97% coverage: 7:225/226 of query aligns to 3:220/615 of 5lilA

query
sites
5lilA
V
 
I
V
 
I
S
 
E
L
 
I
R
 
K
N
 
Q
L
 
L
T
 
N
R
 
R
S
 
Y
F
|
F
Q
 
G
Q
 
E
G
 
G
D
 
E
V
 
N
R
 
R
I
 
V
D
 
H
V
|
V
L
 
L
R
 
K
G
 
D
V
 
I
D
 
S
L
 
L
D
 
S
V
 
I
G
 
E
P
 
R
G
 
G
E
 
D
I
 
F
V
 
V
A
 
A
L
 
I
L
 
M
G
 
G
Q
 
Q
S
|
S
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
M
 
L
L
 
M
Q
 
N
A
 
I
V
 
I
G
 
G
L
 
C
L
 
L
E
 
D
G
 
T
G
 
A
F
 
T
G
 
G
G
 
G
S
 
S
I
 
S
R
 
K
I
 
I
A
 
D
G
 
G
K
 
K
E
 
E
A
 
T
S
 
I
Q
 
E
L
 
L
D
 
T
A
 
N
A
 
D
E
 
Q
R
 
L
T
 
S
S
 
D
L
 
L
R
 
R
R
 
S
E
 
Q
H
 
K
L
 
F
G
 
G
F
 
F
V
 
I
Y
 
F
Q
|
Q
F
 
R
H
 
Y
H
 
N
L
 
L
L
 
L
P
 
S
D
 
S
F
 
L
T
 
T
A
 
A
Q
 
A
E
 
E
N
 
N
V
 
V
V
 
A
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
L
 
I
L
 
Y
L
 
A
G
 
G
T
 
M
K
 
P
R
 
Q
A
 
S
E
 
Q
A
 
R
E
 
L
L
 
E
R
 
R
A
 
A
Q
 
K
E
 
Q
L
 
L
L
 
L
G
 
E
S
 
K
L
 
L
G
 
G
L
 
L
E
 
G
H
 
D
R
x
K
L
 
W
T
 
Q
H
 
N
R
 
K
P
 
P
S
 
N
K
x
Q
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
E
x
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
S
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
M
N
 
N
K
 
G
P
 
G
Q
 
E
L
 
I
V
 
I
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
A
L
 
L
D
 
D
E
 
S
K
 
H
T
 
S
S
 
G
E
 
E
R
 
N
V
 
V
L
 
M
S
 
-
E
 
E
F
 
I
L
 
L
E
 
R
L
 
Q
V
 
L
R
 
H
G
 
E
Q
 
E
G
 
G
S
 
H
A
 
T
A
 
I
L
 
I
V
 
M
A
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
D
E
 
K
R
 
H
L
 
I
A
 
A
A
 
A
R
 
S
M
 
A
D
 
N
R
 
R
V
 
I
V
 
I
R
 
E
L
 
I
H
 
K
D
 
D
G
 
G
V
 
E
I
 
I

5lj7A Structure of aggregatibacter actinomycetemcomitans macb bound to atp (p21) (see paper)
40% identity, 97% coverage: 7:225/226 of query aligns to 3:220/592 of 5lj7A

query
sites
5lj7A
V
 
I
V
 
I
S
 
E
L
 
I
R
 
K
N
 
Q
L
 
L
T
 
N
R
 
R
S
 
Y
F
 
F
Q
 
G
Q
 
E
G
 
G
D
 
E
V
 
N
R
 
R
I
 
V
D
 
H
V
|
V
L
 
L
R
 
K
G
 
D
V
 
I
D
 
S
L
 
L
D
 
S
V
 
I
G
 
E
P
 
R
G
 
G
E
 
D
I
 
F
V
 
V
A
 
A
L
 
I
L
 
M
G
 
G
Q
 
Q
S
|
S
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
M
 
L
L
 
M
Q
 
N
A
 
I
V
 
I
G
 
G
L
 
C
L
 
L
E
 
D
G
 
T
G
 
A
F
 
T
G
 
G
G
 
G
S
 
S
I
 
S
R
 
K
I
 
I
A
 
D
G
 
G
K
 
K
E
 
E
A
 
T
S
 
I
Q
 
E
L
 
L
D
 
T
A
 
N
A
 
D
E
 
Q
R
 
L
T
 
S
S
 
D
L
 
L
R
 
R
R
 
S
E
 
Q
H
 
K
L
 
F
G
 
G
F
 
F
V
 
I
Y
 
F
Q
|
Q
F
 
R
H
 
Y
H
 
N
L
 
L
L
 
L
P
 
S
D
 
S
F
 
L
T
 
T
A
 
A
Q
 
A
E
 
E
N
 
N
V
 
V
V
 
A
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
L
 
I
L
 
Y
L
 
A
G
 
G
T
 
M
K
 
P
R
 
Q
A
 
S
E
 
Q
A
 
R
E
 
L
L
 
E
R
 
R
A
 
A
Q
 
K
E
 
Q
L
 
L
L
 
L
G
 
E
S
 
K
L
 
L
G
 
G
L
 
L
E
 
G
H
 
D
R
x
K
L
 
W
T
 
Q
H
 
N
R
 
K
P
 
P
S
 
N
K
x
Q
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
E
x
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
S
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
M
N
 
N
K
 
G
P
 
G
Q
 
E
L
 
I
V
 
I
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
A
L
 
L
D
 
D
E
 
S
K
 
H
T
 
S
S
 
G
E
 
E
R
 
N
V
 
V
L
 
M
S
 
-
E
 
E
F
 
I
L
 
L
E
 
R
L
 
Q
V
 
L
R
 
H
G
 
E
Q
 
E
G
 
G
S
 
H
A
 
T
A
 
I
L
 
I
V
 
M
A
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
D
E
 
K
R
 
H
L
 
I
A
 
A
A
 
A
R
 
S
M
 
A
D
 
N
R
 
R
V
 
I
V
 
I
R
 
E
L
 
I
H
 
K
D
 
D
G
 
G
V
 
E
I
 
I

5ws4A Crystal structure of tripartite-type abc transporter macb from acinetobacter baumannii (see paper)
41% identity, 98% coverage: 5:225/226 of query aligns to 2:221/650 of 5ws4A

query
sites
5ws4A
E
 
Q
A
 
A
V
 
L
V
 
L
S
 
E
L
 
V
R
 
S
N
 
N
L
 
L
T
 
V
R
 
R
S
 
E
F
 
F
Q
 
P
Q
 
A
G
 
G
D
 
E
V
 
S
R
 
T
I
 
I
D
 
Q
V
 
I
L
 
L
R
 
K
G
 
G
V
 
I
D
 
D
L
 
L
D
 
T
V
 
I
G
 
Y
P
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
L
V
 
V
A
 
A
L
 
I
L
 
V
G
 
G
Q
 
Q
S
|
S
G
|
G
S
 
S
G
 
G
K
 
K
S
|
S
T
 
T
M
 
L
L
 
M
Q
 
N
A
 
I
V
 
L
G
 
G
L
 
C
L
 
L
E
 
D
G
 
R
G
 
P
F
 
T
G
 
S
G
 
G
S
 
S
I
 
Y
R
 
K
I
 
V
A
 
N
G
 
G
K
 
Q
E
 
E
A
 
T
S
 
G
Q
 
K
L
 
L
D
 
E
A
 
P
A
 
D
E
 
Q
R
 
L
T
 
A
S
 
Q
L
 
L
R
 
R
R
 
R
E
 
E
H
 
Y
L
 
F
G
 
G
F
 
F
V
 
I
Y
 
F
Q
 
Q
F
 
R
H
 
Y
H
 
H
L
 
L
L
 
L
P
 
G
D
 
D
F
 
L
T
 
S
A
 
A
Q
 
E
E
 
G
N
 
N
V
 
V
V
 
E
L
 
V
P
 
P
Q
 
A
L
 
V
L
 
Y
L
 
A
G
 
G
T
 
V
K
 
T
R
 
P
A
 
A
E
 
D
A
 
R
E
 
K
L
 
Q
R
 
R
A
 
A
Q
 
T
E
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
T
S
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
L
E
 
G
H
 
T
R
 
K
L
 
T
T
 
Q
H
 
N
R
 
R
P
 
P
S
 
S
K
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
S
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
M
N
 
N
K
 
G
P
 
G
Q
 
D
L
 
V
V
 
I
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
A
L
 
L
D
 
D
E
 
S
K
 
H
T
 
S
S
 
G
E
 
V
R
 
E
V
 
V
L
 
M
S
 
R
E
 
I
F
 
L
L
 
R
E
 
E
L
 
L
V
 
-
R
 
N
G
 
A
Q
 
A
G
 
G
S
 
H
A
 
T
A
 
I
L
 
I
V
 
L
A
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
D
E
 
M
R
 
Q
L
 
V
A
 
A
A
 
K
R
 
N
M
 
A
D
 
T
R
 
R
V
 
I
V
 
I
R
 
E
L
 
I
H
 
S
D
 
D
G
 
G
V
 
E
I
 
I

1f3oA Crystal structure of mj0796 atp-binding cassette (see paper)
42% identity, 97% coverage: 7:226/226 of query aligns to 1:224/232 of 1f3oA

query
sites
1f3oA
V
 
M
V
 
I
S
 
K
L
 
L
R
 
K
N
 
N
L
 
V
T
 
T
R
 
K
S
 
T
F
x
Y
Q
 
K
Q
 
M
G
 
G
D
 
E
V
 
E
R
 
I
I
 
I
D
 
Y
V
 
A
L
 
L
R
 
K
G
 
N
V
 
V
D
 
N
L
 
L
D
 
N
V
 
I
G
 
K
P
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
F
V
 
V
A
 
S
L
 
I
L
 
M
G
 
G
Q
 
P
S
 
S
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
M
 
M
L
 
L
Q
 
N
A
 
I
V
 
I
G
 
G
L
 
C
L
 
L
E
 
D
G
 
K
G
 
P
F
 
T
G
 
E
G
 
G
S
 
E
I
 
V
R
 
Y
I
 
I
A
 
D
G
 
N
K
 
I
E
 
K
A
 
T
S
 
N
Q
 
D
L
 
L
D
 
D
A
 
D
A
 
D
E
 
E
R
 
L
T
 
T
S
 
K
L
 
I
R
 
R
R
 
R
E
 
D
H
 
K
L
 
I
G
 
G
F
 
F
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
F
 
Q
H
 
F
H
 
N
L
 
L
L
 
I
P
 
P
D
 
L
F
 
L
T
 
T
A
 
A
Q
 
L
E
 
E
N
 
N
V
 
V
V
 
E
L
 
L
P
 
P
Q
 
-
L
 
L
L
 
I
L
 
F
G
 
K
T
 
Y
K
 
R
R
 
G
A
 
A
-
 
M
-
 
S
-
 
G
-
 
E
E
 
E
A
 
R
E
 
R
L
 
K
R
 
R
A
 
A
Q
 
L
E
 
E
L
 
C
L
 
L
G
 
K
S
 
M
L
 
A
G
 
E
L
 
L
E
 
E
H
 
E
R
 
R
L
 
F
-
 
A
T
 
N
H
 
H
R
 
K
P
 
P
S
 
N
K
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
N
 
N
K
 
N
P
 
P
Q
 
P
L
 
I
V
 
I
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
A
L
 
L
D
 
D
E
 
S
K
 
K
T
 
T
S
 
G
E
 
E
R
 
K
V
 
I
L
 
M
S
 
Q
E
 
L
F
 
L
L
 
K
E
 
K
L
 
L
V
 
N
R
 
E
G
 
E
Q
 
D
G
 
G
S
 
K
A
 
T
A
 
V
L
 
V
V
 
V
A
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
D
E
 
I
R
 
N
L
 
V
A
 
A
A
 
R
R
 
F
M
 
G
D
 
E
R
 
R
V
 
I
V
 
I
R
 
Y
L
 
L
H
 
K
D
 
D
G
 
G
V
 
E
I
 
V
E
 
E

1l2tA Dimeric structure of mj0796, a bacterial abc transporter cassette (see paper)
42% identity, 97% coverage: 7:226/226 of query aligns to 1:224/230 of 1l2tA

query
sites
1l2tA
V
 
M
V
 
I
S
 
K
L
 
L
R
 
K
N
 
N
L
 
V
T
 
T
R
 
K
S
 
T
F
x
Y
Q
 
K
Q
 
M
G
 
G
D
 
E
V
 
E
R
 
I
I
 
I
D
 
Y
V
 
A
L
 
L
R
 
K
G
 
N
V
 
V
D
 
N
L
 
L
D
 
N
V
 
I
G
 
K
P
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
F
V
 
V
A
 
S
L
 
I
L
 
M
G
 
G
Q
 
P
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
M
 
M
L
 
L
Q
 
N
A
 
I
V
 
I
G
 
G
L
 
C
L
 
L
E
 
D
G
 
K
G
 
P
F
 
T
G
 
E
G
 
G
S
 
E
I
 
V
R
 
Y
I
 
I
A
 
D
G
 
N
K
 
I
E
 
K
A
 
T
S
 
N
Q
 
D
L
 
L
D
 
D
A
 
D
A
 
D
E
 
E
R
 
L
T
 
T
S
 
K
L
 
I
R
 
R
R
 
R
E
 
D
H
 
K
L
 
I
G
 
G
F
 
F
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
F
 
Q
H
 
F
H
 
N
L
 
L
L
 
I
P
 
P
D
 
L
F
 
L
T
 
T
A
 
A
Q
 
L
E
 
E
N
 
N
V
 
V
V
 
E
L
 
L
P
 
P
Q
 
-
L
 
L
L
 
I
L
 
F
G
 
K
T
 
Y
K
 
R
R
 
G
A
 
A
-
 
M
-
 
S
-
 
G
-
 
E
E
 
E
A
 
R
E
 
R
L
 
K
R
 
R
A
 
A
Q
 
L
E
 
E
L
 
C
L
 
L
G
 
K
S
 
M
L
 
A
G
 
E
L
 
L
E
 
E
H
 
E
R
 
R
L
x
F
-
 
A
T
 
N
H
 
H
R
 
K
P
 
P
S
 
N
K
x
Q
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
E
x
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
N
 
N
K
 
N
P
 
P
Q
 
P
L
 
I
V
 
I
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
A
L
 
L
D
 
D
E
 
S
K
 
K
T
 
T
S
 
G
E
 
E
R
 
K
V
 
I
L
 
M
S
 
Q
E
 
L
F
 
L
L
 
K
E
 
K
L
 
L
V
 
N
R
 
E
G
 
E
Q
 
D
G
 
G
S
 
K
A
 
T
A
 
V
L
 
V
V
 
V
A
 
V
T
 
T
H
|
H
N
 
D
E
 
I
R
 
N
L
 
V
A
 
A
A
 
R
R
 
F
M
 
G
D
 
E
R
 
R
V
 
I
V
 
I
R
 
Y
L
 
L
H
 
K
D
 
D
G
 
G
V
 
E
I
 
V
E
 
E

5xu1B Structure of a non-canonical abc transporter from streptococcus pneumoniae r6 (see paper)
39% identity, 97% coverage: 7:225/226 of query aligns to 3:220/226 of 5xu1B

query
sites
5xu1B
V
 
L
V
 
I
S
 
S
L
 
L
R
 
K
N
 
N
L
 
I
T
 
F
R
 
R
S
 
S
F
 
Y
Q
 
R
Q
 
N
G
 
G
D
 
D
V
 
Q
R
 
E
I
 
L
D
 
Q
V
 
V
L
 
L
R
 
K
G
 
N
V
 
I
D
 
N
L
 
L
D
 
E
V
 
V
G
 
N
P
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
F
V
 
V
A
 
A
L
 
I
L
 
M
G
 
G
Q
 
P
S
 
S
G
 
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
 
T
M
 
L
L
 
M
Q
 
N
A
 
T
V
 
I
G
 
G
L
 
M
L
 
L
E
 
D
G
 
T
G
 
P
F
 
T
G
 
S
G
 
G
S
 
E
I
 
Y
R
 
Y
I
 
L
A
 
E
G
 
G
K
 
Q
E
 
E
A
 
V
S
 
A
Q
 
G
L
 
L
D
 
G
A
 
E
A
 
K
E
 
Q
R
 
L
T
 
A
S
 
K
L
 
V
R
 
R
R
 
N
E
 
Q
H
 
Q
L
 
I
G
 
G
F
 
F
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
F
 
Q
H
 
F
H
 
F
L
 
L
L
 
L
P
 
S
D
 
K
F
 
L
T
 
N
A
 
A
Q
 
L
E
 
Q
N
 
N
V
 
V
V
 
E
L
 
L
P
 
P
Q
 
L
L
 
I
L
 
Y
L
 
A
G
 
G
T
 
V
K
 
S
R
 
S
A
 
S
E
 
K
A
 
R
E
 
R
L
 
K
R
 
L
A
 
A
Q
 
E
E
 
E
L
 
Y
L
 
L
G
 
D
S
 
K
L
 
V
G
 
E
L
 
L
E
 
T
H
 
E
R
 
R
L
 
S
T
 
H
H
 
H
R
 
L
P
 
P
S
 
S
K
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
V
N
 
N
K
 
N
P
 
P
Q
 
S
L
 
I
V
 
I
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
A
L
 
L
D
 
D
E
 
T
K
 
K
T
 
T
S
 
G
E
 
N
R
 
Q
V
 
I
L
 
M
S
 
Q
E
 
L
F
 
L
L
 
V
E
 
D
L
 
L
V
 
N
R
 
K
G
 
-
Q
 
E
G
 
G
S
 
K
A
 
T
A
 
I
L
 
I
V
 
M
A
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
E
E
 
P
R
 
E
L
 
I
A
 
A
A
 
A
R
 
Y
M
 
A
D
 
K
R
 
R
V
 
Q
V
 
I
R
 
V
L
 
I
H
 
R
D
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
I

P9WQK5 Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein Rv0073 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
42% identity, 94% coverage: 8:220/226 of query aligns to 4:215/330 of P9WQK5

query
sites
P9WQK5
V
 
L
S
 
S
L
 
I
R
 
Q
N
 
N
L
 
L
T
 
V
R
 
V
S
 
E
F
 
Y
Q
 
Y
Q
 
S
G
 
G
D
 
G
V
 
Y
R
 
A
I
 
L
D
 
R
V
 
P
L
 
I
R
 
N
G
 
G
V
 
L
D
 
N
L
 
L
D
 
D
V
 
V
G
 
A
P
 
A
G
 
G
E
 
S
I
 
L
V
 
V
A
 
M
L
 
L
L
 
L
G
 
G
Q
 
P
S
 
S
G
 
G
S
 
C
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
M
 
L
L
 
L
Q
 
S
A
 
C
V
 
L
G
 
G
L
 
G
L
 
I
E
 
L
G
 
R
G
 
P
F
 
K
G
 
S
G
 
G
S
 
A
I
 
I
R
x
K
I
 
F
A
 
D
G
 
E
K
 
V
E
 
D
A
 
I
S
 
T
Q
 
T
L
 
L
D
 
Q
A
 
G
A
 
A
E
 
E
R
 
L
T
 
A
S
 
N
L
 
Y
R
 
R
R
 
R
E
 
N
H
 
K
L
 
V
G
 
G
F
 
I
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
F
 
A
H
 
F
H
 
N
L
 
L
L
 
V
P
 
P
D
 
S
F
 
L
T
 
T
A
 
A
Q
 
V
E
 
E
N
 
N
V
 
V
V
 
M
L
 
V
P
 
P
Q
 
L
L
 
R
L
 
S
L
 
A
G
 
G
T
 
M
K
 
S
R
 
R
A
 
R
E
 
A
A
 
S
E
 
R
L
 
R
R
 
R
A
 
A
Q
 
E
E
 
E
L
 
L
L
 
L
G
 
A
S
 
R
L
 
V
G
 
N
L
 
L
E
 
A
H
 
E
R
 
R
L
 
M
T
 
N
H
 
H
R
 
R
P
 
P
S
 
G
K
 
D
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
V
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
A
N
 
L
K
 
D
P
 
P
Q
 
P
L
 
L
V
 
I
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
G
 
A
N
 
H
L
 
L
D
 
D
E
 
F
K
 
I
T
 
Q
S
 
V
E
 
E
R
 
E
V
 
V
L
 
L
S
 
R
E
 
L
F
 
I
L
 
R
E
 
E
L
 
L
V
 
A
R
 
D
G
 
G
Q
 
E
G
 
-
S
 
R
A
 
V
A
 
V
L
 
V
V
 
V
A
 
A
T
 
T
H
 
H
N
 
D
E
 
S
R
 
R
L
 
M
A
 
L
A
 
P
R
 
M
M
 
A
D
 
D
R
 
R
V
 
V
V
 
V
R
 
E
L
 
L

6z4wA Ftse structure from streptococcus pneumoniae in complex with adp (space group p 1) (see paper)
36% identity, 96% coverage: 6:223/226 of query aligns to 2:215/230 of 6z4wA

query
sites
6z4wA
A
 
S
V
 
I
V
 
I
S
 
E
L
 
M
R
 
R
N
 
D
L
 
V
T
 
V
R
 
K
S
 
K
F
x
Y
Q
 
D
Q
 
N
G
 
G
D
x
T
V
 
T
R
 
-
I
 
-
D
 
-
V
x
A
L
 
L
R
 
R
G
 
G
V
 
V
D
 
S
L
 
V
D
 
S
V
 
V
G
 
Q
P
 
P
G
 
G
E
 
E
I
 
F
V
 
A
A
 
Y
L
 
I
L
 
V
G
 
G
Q
 
P
S
 
S
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
M
 
F
L
 
I
Q
 
R
A
 
S
V
 
L
G
 
Y
L
 
R
L
 
E
E
 
V
G
 
K
G
 
I
F
 
D
G
 
K
G
 
G
S
 
S
I
 
L
R
 
S
I
 
V
A
 
A
G
 
G
K
 
F
E
 
N
A
 
L
S
 
V
Q
 
K
L
 
I
D
 
K
A
 
K
A
 
K
E
 
D
R
 
V
T
 
P
S
 
L
L
 
L
R
 
R
R
 
R
E
 
S
H
 
-
L
 
V
G
 
G
F
 
V
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
F
 
D
H
 
Y
H
 
K
L
 
L
L
 
L
P
 
P
D
 
K
F
 
K
T
 
T
A
 
V
Q
 
Y
E
 
E
N
 
N
V
 
I
V
 
A
L
 
Y
P
 
A
Q
 
M
L
 
E
L
 
V
L
 
I
G
 
G
T
 
E
K
 
N
R
 
R
A
 
R
E
 
N
A
 
I
E
 
K
L
 
R
R
 
R
A
 
V
Q
 
M
E
 
E
L
 
V
L
 
L
G
 
D
S
 
L
L
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
K
H
 
H
R
 
K
L
 
V
T
 
R
H
 
S
R
 
F
P
 
P
S
 
N
K
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
I
A
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
V
N
 
N
K
 
N
P
 
P
Q
 
K
L
 
V
V
 
L
L
 
I
A
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
D
 
D
E
 
P
K
 
D
T
 
N
S
 
S
E
 
W
R
 
E
V
 
I
L
 
M
S
 
N
E
 
-
F
 
L
L
 
L
E
 
E
L
 
R
V
 
I
R
 
N
G
 
L
Q
 
Q
G
 
G
S
 
T
A
 
T
A
 
I
L
 
L
V
 
M
A
 
A
T
 
T
H
 
H
N
 
N
E
 
S
R
 
Q
L
 
I
A
 
V
A
 
N
R
 
T
M
 
L
-
 
R
D
 
H
R
 
R
V
 
V
V
 
I
R
 
A
L
 
I
H
 
E
D
 
N
G
 
G

A0A0H2ZM82 Cell division ATP-binding protein FtsE from Streptococcus pneumoniae serotype 2 (strain D39 / NCTC 7466) (see paper)
36% identity, 96% coverage: 6:223/226 of query aligns to 2:215/230 of A0A0H2ZM82

query
sites
A0A0H2ZM82
A
 
S
V
 
I
V
 
I
S
 
E
L
 
M
R
 
R
N
 
D
L
 
V
T
 
V
R
 
K
S
 
K
F
 
Y
Q
 
D
Q
 
N
G
 
G
D
 
T
V
 
T
R
 
-
I
 
-
D
 
-
V
 
A
L
 
L
R
 
R
G
 
G
V
 
V
D
 
S
L
 
V
D
 
S
V
 
V
G
 
Q
P
 
P
G
 
G
E
 
E
I
 
F
V
 
A
A
 
Y
L
 
I
L
 
V
G
 
G
Q
 
P
S
 
S
G
 
G
S
 
A
G
 
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
M
 
F
L
 
I
Q
 
R
A
 
S
V
 
L
G
 
Y
L
 
R
L
 
E
E
 
V
G
 
K
G
 
I
F
 
D
G
 
K
G
 
G
S
 
S
I
 
L
R
 
S
I
 
V
A
 
A
G
 
G
K
 
F
E
 
N
A
 
L
S
 
V
Q
 
K
L
 
I
D
 
K
A
 
K
A
 
K
E
 
D
R
 
V
T
 
P
S
 
L
L
 
L
R
 
R
R
 
R
E
 
S
H
 
-
L
 
V
G
 
G
F
 
V
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
F
 
D
H
 
Y
H
 
K
L
 
L
L
 
L
P
 
P
D
 
K
F
 
K
T
 
T
A
 
V
Q
 
Y
E
 
E
N
 
N
V
 
I
V
 
A
L
 
Y
P
 
A
Q
 
M
L
 
E
L
 
V
L
 
I
G
 
G
T
 
E
K
 
N
R
 
R
A
 
R
E
 
N
A
 
I
E
 
K
L
 
R
R
 
R
A
 
V
Q
 
M
E
 
E
L
 
V
L
 
L
G
 
D
S
 
L
L
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
K
H
 
H
R
 
K
L
 
V
T
 
R
H
 
S
R
 
F
P
 
P
S
 
N
K
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
I
A
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
V
N
 
N
K
 
N
P
 
P
Q
 
K
L
 
V
V
 
L
L
 
I
A
 
A
D
|
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
D
 
D
E
 
P
K
 
D
T
 
N
S
 
S
E
 
W
R
 
E
V
 
I
L
 
M
S
 
N
E
 
-
F
 
L
L
 
L
E
 
E
L
 
R
V
 
I
R
 
N
G
 
L
Q
 
Q
G
 
G
S
 
T
A
 
T
A
 
I
L
 
L
V
 
M
A
 
A
T
 
T
H
 
H
N
 
N
E
 
S
R
 
Q
L
 
I
A
 
V
A
 
N
R
 
T
M
 
L
-
 
R
D
 
H
R
 
R
V
 
V
V
 
I
R
 
A
L
 
I
H
 
E
D
 
N
G
 
G

6z67B Ftse structure of streptococcus pneumoniae in complex with amppnp at 2.4 a resolution (see paper)
36% identity, 96% coverage: 6:223/226 of query aligns to 2:215/229 of 6z67B

query
sites
6z67B
A
 
S
V
 
I
V
 
I
S
 
E
L
 
M
R
 
R
N
 
D
L
 
V
T
 
V
R
 
K
S
 
K
F
x
Y
Q
 
D
Q
 
N
G
|
G
D
 
T
V
 
T
R
 
-
I
 
-
D
 
-
V
x
A
L
 
L
R
 
R
G
 
G
V
 
V
D
 
S
L
 
V
D
 
S
V
 
V
G
 
Q
P
 
P
G
 
G
E
 
E
I
 
F
V
 
A
A
 
Y
L
 
I
L
 
V
G
 
G
Q
 
P
S
|
S
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
M
 
F
L
 
I
Q
 
R
A
 
S
V
 
L
G
 
Y
L
 
R
L
 
E
E
 
V
G
 
K
G
 
I
F
 
D
G
 
K
G
 
G
S
 
S
I
 
L
R
 
S
I
 
V
A
 
A
G
 
G
K
 
F
E
 
N
A
 
L
S
 
V
Q
 
K
L
 
I
D
 
K
A
 
K
A
 
K
E
 
D
R
 
V
T
 
P
S
 
L
L
 
L
R
 
R
R
 
R
E
 
S
H
 
-
L
 
V
G
 
G
F
 
V
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
F
 
D
H
 
Y
H
 
K
L
 
L
L
 
L
P
 
P
D
 
K
F
 
K
T
 
T
A
 
V
Q
 
Y
E
 
E
N
 
N
V
 
I
V
 
A
L
 
Y
P
 
A
Q
 
M
L
 
E
L
 
V
L
 
I
G
 
G
T
 
E
K
 
N
R
 
R
A
 
R
E
 
N
A
 
I
E
 
K
L
 
R
R
 
R
A
 
V
Q
 
M
E
 
E
L
 
V
L
 
L
G
 
D
S
 
L
L
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
K
H
 
H
R
 
K
L
 
V
T
 
R
H
 
S
R
 
F
P
 
P
S
 
N
K
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
I
A
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
V
N
 
N
K
 
N
P
 
P
Q
 
K
L
 
V
V
 
L
L
 
I
A
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
D
 
D
E
 
P
K
 
D
T
 
N
S
 
S
E
 
W
R
 
E
V
 
I
L
 
M
S
 
N
E
 
-
F
 
L
L
 
L
E
 
E
L
 
R
V
 
I
R
 
N
G
 
L
Q
 
Q
G
 
G
S
 
T
A
 
T
A
 
I
L
 
L
V
 
M
A
 
A
T
 
T
H
 
H
N
 
N
E
 
S
R
 
Q
L
 
I
A
 
V
A
 
N
R
 
T
M
 
L
-
 
R
D
 
H
R
 
R
V
 
V
V
 
I
R
 
A
L
 
I
H
 
E
D
 
N
G
 
G

P30750 Methionine import ATP-binding protein MetN; EC 7.4.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
39% identity, 96% coverage: 7:224/226 of query aligns to 1:211/343 of P30750

query
sites
P30750
V
 
M
V
 
I
S
 
K
L
 
L
R
 
S
N
 
N
L
 
I
T
 
T
R
 
K
S
 
V
F
 
F
Q
 
H
Q
 
Q
G
 
G
D
 
T
V
 
R
R
 
T
I
 
I
D
 
Q
V
 
A
L
 
L
R
 
N
G
 
N
V
 
V
D
 
S
L
 
L
D
 
H
V
 
V
G
 
P
P
 
A
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
V
 
Y
A
 
G
L
 
V
L
 
I
G
 
G
Q
 
A
S
|
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
M
 
L
L
 
I
Q
 
R
A
 
C
V
 
V
G
 
N
L
 
L
L
 
L
E
 
E
G
 
R
G
 
P
F
 
T
G
 
E
G
 
G
S
 
S
I
 
V
R
 
L
I
 
V
A
 
D
G
 
G
K
 
Q
E
 
E
A
 
L
S
 
T
Q
 
T
L
 
L
D
 
S
A
 
E
A
 
S
E
 
E
R
 
L
T
 
T
S
 
K
L
 
A
R
 
R
R
 
R
E
 
Q
H
 
-
L
 
I
G
 
G
F
 
M
V
 
I
Y
 
F
Q
 
Q
F
 
H
H
 
F
H
 
N
L
 
L
L
 
L
P
 
S
D
 
S
F
 
R
T
 
T
A
 
V
Q
 
F
E
 
G
N
 
N
V
 
V
V
 
A
L
 
L
P
 
P
Q
 
L
L
 
E
L
 
L
L
 
D
G
 
N
T
 
T
K
 
P
R
 
K
A
 
D
E
 
E
A
 
V
E
 
K
L
 
R
R
 
R
A
 
V
Q
 
T
E
 
E
L
 
L
L
 
L
G
 
S
S
 
L
L
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
G
H
 
D
R
 
K
L
 
H
T
 
D
H
 
S
R
 
Y
P
 
P
S
 
S
K
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
N
 
S
K
 
N
P
 
P
Q
 
K
L
 
V
V
 
L
L
 
L
A
 
C
D
 
D
E
|
E
P
 
A
T
 
T
G
 
S
N
 
A
L
 
L
D
 
D
E
 
P
K
 
A
T
 
T
S
 
T
E
 
R
R
 
S
V
 
I
L
 
L
S
 
E
E
 
L
F
 
L
L
 
K
E
 
D
L
 
I
V
 
N
R
 
R
G
 
R
Q
 
L
G
 
G
S
 
L
A
 
T
A
 
I
L
 
L
V
 
L
A
 
I
T
 
T
H
 
H
N
 
-
E
 
-
R
 
-
L
 
-
A
 
-
A
 
-
R
 
E
M
 
M
D
 
D
R
 
V
V
 
V
V
 
K
R
 
R
L
 
I
H
 
C
D
 
D
G
 
C
V
 
V

Sites not aligning to the query:

7w79A Heme exporter hrtba in complex with mn-amppnp (see paper)
40% identity, 97% coverage: 4:223/226 of query aligns to 1:213/216 of 7w79A

query
sites
7w79A
A
 
A
E
 
A
A
 
P
V
 
V
V
 
L
S
|
S
L
 
I
R
 
T
N
 
N
L
 
A
T
 
S
R
 
V
S
 
V
F
x
Y
Q
 
P
Q
 
D
G
 
G
D
 
I
V
 
S
R
 
T
I
 
V
D
 
T
V
 
A
L
 
L
R
 
D
G
 
S
V
 
A
D
 
N
L
 
V
D
x
E
V
 
I
G
 
F
P
 
P
G
 
G
E
 
E
I
 
L
V
 
V
A
 
A
L
 
I
L
 
V
G
 
G
Q
 
E
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
M
 
L
L
 
L
Q
 
S
A
 
I
V
 
A
G
 
G
L
 
F
L
 
L
E
 
Q
G
 
E
G
 
P
F
 
T
G
 
S
G
 
G
S
 
T
I
 
V
R
 
T
I
 
L
A
 
H
G
 
G
K
 
A
E
 
E
A
 
G
S
 
-
Q
 
-
L
 
L
D
 
D
A
 
A
A
 
-
E
 
-
R
 
-
T
 
T
S
 
S
L
 
T
R
 
R
R
 
R
E
 
E
H
 
H
L
 
I
G
 
G
F
 
F
V
 
V
Y
 
F
Q
|
Q
F
 
Q
H
 
P
H
 
N
L
 
L
L
 
L
P
 
G
D
 
S
F
 
L
T
 
T
A
 
A
Q
 
R
E
 
E
N
 
Q
V
 
L
V
 
L
L
 
I
P
 
T
Q
 
D
L
 
H
L
 
L
L
 
R
G
 
G
T
 
I
K
 
K
R
 
P
A
 
R
E
 
K
A
 
D
E
 
-
L
 
-
R
 
R
A
 
A
Q
 
D
E
 
E
L
 
L
L
 
L
G
 
A
S
 
R
L
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
K
H
 
G
R
 
L
L
 
G
T
 
G
H
 
R
R
 
R
P
 
V
S
 
A
K
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
N
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
M
N
 
G
K
 
N
P
 
P
Q
 
Q
L
 
L
V
 
L
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
G
 
S
N
 
A
L
 
L
D
 
D
E
 
A
K
 
R
T
 
L
S
 
S
E
 
K
R
 
E
V
 
I
L
 
V
S
 
E
E
 
L
F
 
L
L
 
R
E
 
D
L
 
V
V
 
T
R
 
K
G
 
E
Q
 
F
G
 
A
S
 
L
A
 
A
A
 
T
L
 
L
V
 
M
A
 
V
T
 
T
H
|
H
N
 
D
E
 
R
R
 
S
L
 
Q
A
 
L
A
 
A
R
 
Y
M
 
A
D
 
D
R
 
R
V
 
F
V
 
V
R
 
E
L
 
M
H
 
A
D
 
D
G
 
G

7w78A Heme exporter hrtba in complex with mg-amppnp (see paper)
40% identity, 97% coverage: 4:223/226 of query aligns to 1:213/218 of 7w78A

query
sites
7w78A
A
 
A
E
 
A
A
 
P
V
 
V
V
 
L
S
 
S
L
 
I
R
 
T
N
 
N
L
 
A
T
 
S
R
 
V
S
 
V
F
x
Y
Q
 
P
Q
 
D
G
 
G
D
 
I
V
 
S
R
 
T
I
 
V
D
 
T
V
 
A
L
 
L
R
 
D
G
 
S
V
 
A
D
 
N
L
 
V
D
 
E
V
 
I
G
 
F
P
 
P
G
 
G
E
 
E
I
 
L
V
 
V
A
 
A
L
 
I
L
 
V
G
 
G
Q
 
E
S
|
S
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
M
 
L
L
 
L
Q
 
S
A
 
I
V
 
A
G
 
G
L
 
F
L
 
L
E
 
Q
G
 
E
G
 
P
F
 
T
G
 
S
G
 
G
S
 
T
I
 
V
R
 
T
I
 
L
A
 
H
G
 
G
K
 
A
E
 
E
A
 
G
S
 
-
Q
 
-
L
 
L
D
 
D
A
 
A
A
 
-
E
 
-
R
 
-
T
 
T
S
 
S
L
 
T
R
 
R
R
 
R
E
 
E
H
 
H
L
 
I
G
 
G
F
 
F
V
 
V
Y
 
F
Q
|
Q
F
 
Q
H
 
P
H
 
N
L
 
L
L
 
L
P
 
G
D
 
S
F
 
L
T
 
T
A
 
A
Q
 
R
E
 
E
N
 
Q
V
 
L
V
 
L
L
 
I
P
 
T
Q
 
D
L
 
H
L
 
L
L
 
R
G
 
G
T
 
I
K
 
K
R
 
P
A
 
R
E
 
K
A
 
D
E
 
-
L
 
-
R
 
R
A
 
A
Q
 
D
E
 
E
L
 
L
L
 
L
G
 
A
S
 
R
L
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
K
H
 
G
R
 
L
L
 
G
T
 
G
H
 
R
R
 
R
P
 
V
S
 
A
K
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
N
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
M
N
 
G
K
 
N
P
 
P
Q
 
Q
L
 
L
V
 
L
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
G
 
S
N
 
A
L
 
L
D
 
D
E
 
A
K
 
R
T
 
L
S
 
S
E
 
K
R
 
E
V
 
I
L
 
V
S
 
E
E
 
L
F
 
L
L
 
R
E
 
D
L
 
V
V
 
T
R
 
K
G
 
E
Q
 
F
G
 
A
S
 
L
A
 
A
A
 
T
L
 
L
V
 
M
A
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
D
E
 
R
R
 
S
L
 
Q
A
 
L
A
 
A
R
 
Y
M
 
A
D
 
D
R
 
R
V
 
F
V
 
V
R
 
E
L
 
M
H
 
A
D
 
D
G
 
G

8w6iD Cryo-em structure of escherichia coli str k12 ftsex complex with atp- gamma-s in peptidisc
42% identity, 87% coverage: 27:223/226 of query aligns to 18:213/219 of 8w6iD

query
sites
8w6iD
L
 
L
R
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
T
L
 
F
D
 
H
V
 
M
G
 
Q
P
 
P
G
 
G
E
 
E
I
 
M
V
 
A
A
 
F
L
 
L
L
 
T
G
 
G
Q
 
H
S
|
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
M
 
L
L
 
L
Q
 
K
A
 
L
V
 
I
G
 
C
L
 
G
L
 
I
E
 
E
G
 
R
G
 
P
F
 
S
G
 
A
G
 
G
S
 
K
I
 
I
R
 
W
I
 
F
A
 
S
G
 
G
K
 
H
E
 
D
A
 
I
S
 
T
Q
 
R
L
 
L
D
 
K
A
 
N
A
 
R
E
 
E
R
 
V
T
 
P
S
 
F
L
 
L
R
 
R
R
 
R
E
 
Q
H
 
-
L
 
I
G
 
G
F
 
M
V
 
I
Y
 
F
Q
|
Q
F
 
D
H
 
H
H
 
H
L
 
L
L
 
L
P
 
M
D
 
D
F
 
R
T
 
T
A
 
V
Q
 
Y
E
 
D
N
 
N
V
 
V
V
 
A
L
 
I
P
 
P
Q
 
L
L
 
I
L
 
I
L
 
A
G
 
G
T
 
A
K
 
S
R
 
G
A
 
D
E
 
D
A
 
I
E
 
R
L
 
R
R
 
R
A
 
V
Q
 
S
E
 
A
L
 
A
L
 
L
G
 
D
S
 
K
L
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
L
H
 
D
R
x
K
L
 
A
T
 
K
H
 
N
R
 
F
P
 
P
S
 
I
K
x
Q
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
E
|
E
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
G
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
A
 
V
N
 
N
K
 
K
P
 
P
Q
 
A
L
 
V
V
 
L
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
D
 
D
E
 
D
K
 
A
T
 
L
S
 
S
E
 
E
R
 
G
V
 
I
L
 
L
S
 
R
E
 
L
F
 
F
L
 
E
E
 
E
L
 
F
V
 
N
R
 
R
G
 
-
Q
 
V
G
 
G
S
 
V
A
 
T
A
 
V
L
 
L
V
 
M
A
 
A
T
 
T
H
|
H
N
 
D
E
 
I
R
 
N
L
 
L
A
 
I
A
 
S
R
 
R
M
 
R
D
 
S
-
 
Y
R
 
R
V
 
M
V
 
L
R
 
T
L
 
L
H
 
S
D
 
D
G
 
G

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_047005877.1 NCBI__GCF_001010925.1:WP_047005877.1
MSNAEAVVSLRNLTRSFQQGDVRIDVLRGVDLDVGPGEIVALLGQSGSGKSTMLQAVGLL
EGGFGGSIRIAGKEASQLDAAERTSLRREHLGFVYQFHHLLPDFTAQENVVLPQLLLGTK
RAEAELRAQELLGSLGLEHRLTHRPSKLSGGEQQRVAVARALANKPQLVLADEPTGNLDE
KTSERVLSEFLELVRGQGSAALVATHNERLAARMDRVVRLHDGVIE

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory