SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_047212584.1 NCBI__GCF_001931675.1:WP_047212584.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 8 hits to proteins with known functional sites (download)

3fijA Crystal structure of a uncharacterized protein lin1909
41% identity, 44% coverage: 193:360/380 of query aligns to 42:208/224 of 3fijA

query
sites
3fijA
L
 
V
D
 
D
G
 
G
L
 
L
V
 
L
L
 
L
Q
 
T
G
 
G
G
 
G
A
 
Q
D
 
D
V
 
I
S
 
T
P
 
P
Q
 
Q
S
 
L
Y
 
Y
S
 
L
E
 
E
V
 
E
A
 
P
T
 
S
R
 
Q
H
 
E
E
 
I
W
 
G
Q
 
A
G
 
Y
D
 
F
R
 
P
M
 
P
R
 
R
D
 
D
M
 
S
Y
 
Y
E
 
E
L
 
I
E
 
A
L
 
L
L
 
V
H
 
R
E
 
A
F
 
A
I
 
L
D
 
D
A
 
A
G
 
G
K
 
K
P
 
P
V
 
I
L
 
F
G
 
A
V
 
I
C
 
C
R
 
R
G
 
G
C
 
M
Q
 
Q
L
 
L
I
 
V
N
 
N
V
 
V
A
 
A
F
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
L
Y
 
Y
Q
 
Q
D
 
D
I
 
I
Q
 
S
T
 
Q
E
 
V
L
 
E
P
 
T
D
 
K
A
 
A
I
 
L
P
 
Q
H
|
H
-
 
L
-
 
Q
-
 
R
V
 
V
N
 
D
E
 
E
Q
 
Q
Y
 
L
D
 
G
A
 
S
N
 
-
R
 
-
H
|
H
T
 
T
L
 
I
S
 
D
F
 
I
P
 
E
E
 
P
G
 
T
S
 
S
S
 
E
L
 
L
K
 
-
A
 
-
M
 
-
L
 
-
A
 
-
A
 
A
Q
 
K
G
 
H
T
 
H
P
 
P
-
 
N
-
 
K
-
 
K
I
 
L
V
 
V
N
 
N
S
|
S
I
 
L
H
|
H
H
 
H
Q
 
Q
S
 
F
V
 
I
R
 
K
T
 
K
L
 
L
G
 
A
R
 
P
D
 
S
L
 
F
S
 
K
V
 
V
E
 
T
A
 
A
I
 
R
S
 
T
A
 
A
E
 
-
D
 
D
G
 
G
V
 
M
I
 
I
E
|
E
A
 
A
I
 
V
R
 
E
H
 
G
R
 
D
K
 
N
S
 
L
P
 
P
-
 
S
F
 
W
V
 
Y
V
 
L
G
 
G
L
 
V
Q
 
Q
W
 
W
H
 
H
P
 
P
E
 
E
F
 
L
H
 
M
R
 
F
A
 
Q
G
 
T
G
 
D
P
 
P
E
 
E

O33341 Putative glutamine amidotransferase Rv2859c; EC 2.4.2.- from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
37% identity, 42% coverage: 193:352/380 of query aligns to 124:279/308 of O33341

query
sites
O33341
L
 
L
D
 
H
G
 
A
L
 
L
V
 
V
L
 
I
Q
 
T
G
 
G
G
 
G
A
 
Y
D
 
D
V
 
L
S
 
D
P
 
P
Q
 
A
S
 
A
Y
 
Y
S
 
G
E
 
Q
V
 
E
-
 
P
-
 
H
-
 
P
A
 
A
T
 
T
R
 
D
H
 
H
E
 
P
W
 
R
Q
 
P
G
 
G
D
 
-
R
 
-
M
 
-
R
 
R
D
 
D
M
 
A
Y
 
W
E
 
E
L
 
F
E
 
A
L
 
L
L
 
L
H
 
R
E
 
G
F
 
A
I
 
L
D
 
Q
A
 
R
G
 
G
K
 
M
P
 
P
V
 
V
L
 
L
G
 
G
V
 
I
C
 
C
R
 
R
G
 
G
C
 
T
Q
 
Q
L
 
V
I
 
L
N
 
N
V
 
V
A
 
A
F
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
L
Y
 
H
Q
 
Q
D
 
-
I
 
-
Q
 
-
T
 
-
E
 
H
L
 
L
P
 
P
D
 
D
A
 
I
I
 
L
P
 
G
H
 
H
V
 
S
N
 
G
E
 
H
Q
 
R
Y
 
A
D
 
G
A
 
N
N
 
G
R
 
V
H
 
F
T
 
T
-
 
R
-
 
L
-
 
P
L
 
V
S
 
H
F
 
T
P
 
A
E
 
S
G
 
G
S
 
T
S
 
R
L
 
L
K
 
A
A
 
E
M
 
L
L
 
I
A
 
G
A
 
E
Q
 
S
G
 
A
T
 
D
P
 
-
I
 
-
V
 
V
N
 
P
S
 
C
I
 
Y
H
 
H
H
 
H
Q
 
Q
S
 
A
V
 
I
R
 
D
T
 
Q
L
 
V
G
 
G
R
 
E
D
 
G
L
 
L
S
 
V
V
 
V
E
 
S
A
 
A
I
 
V
S
 
D
A
 
V
E
 
-
D
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
I
E
 
E
A
 
A
I
 
L
R
 
E
H
 
L
R
 
P
K
 
G
S
 
D
P
 
T
F
 
F
V
 
V
V
 
L
G
 
A
L
 
V
Q
 
Q
W
 
W
H
 
H
P
 
P
E
 
E

Sites not aligning to the query:

7d50B Spua mutant - h221n with glutamyl-thioester (see paper)
40% identity, 45% coverage: 193:362/380 of query aligns to 64:238/255 of 7d50B

query
sites
7d50B
L
 
V
D
 
D
G
 
G
L
 
L
V
 
L
L
 
F
Q
 
T
G
 
G
G
 
S
-
 
P
A
 
S
D
 
N
V
 
V
S
 
E
P
 
P
Q
 
R
S
 
H
Y
 
Y
S
 
S
E
 
G
V
 
P
A
 
A
T
 
S
R
 
E
H
 
P
E
 
G
W
 
T
Q
 
L
G
 
H
D
 
D
R
 
S
M
 
D
R
 
R
D
 
D
M
 
A
Y
 
T
E
 
T
L
 
L
E
 
P
L
 
L
L
 
V
H
 
R
E
 
A
F
 
A
I
 
I
D
 
D
A
 
A
G
 
G
K
 
I
P
 
P
V
 
V
L
 
L
G
 
G
V
 
I
C
 
C
R
 
R
G
 
G
C
 
F
Q
 
Q
L
 
E
I
 
M
N
 
N
V
 
V
A
 
A
F
 
F
G
 
G
G
 
G
T
 
S
L
 
L
Y
 
H
Q
 
Q
D
 
K
I
 
V
Q
 
H
T
 
-
E
 
E
L
 
V
P
 
G
D
 
T
A
 
F
I
 
M
P
 
D
H
|
H
-
 
R
-
 
E
-
 
P
-
 
A
-
 
D
-
 
Q
-
 
P
V
 
L
N
 
E
E
 
V
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
-
A
 
A
N
 
P
R
 
R
H
|
H
T
 
A
L
 
M
S
 
H
F
 
V
P
 
Q
E
 
P
G
 
G
S
 
-
S
 
-
L
 
-
K
 
-
A
 
G
M
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
G
Q
 
I
G
 
G
T
 
L
P
 
P
I
 
S
-
 
E
-
 
F
-
 
Q
V
 
V
N
 
N
S
|
S
I
 
I
H
|
H
H
 
G
Q
 
Q
S
 
G
V
 
V
R
 
D
T
 
R
L
 
L
G
 
A
R
 
P
D
 
G
L
 
L
S
 
R
V
 
V
E
 
E
A
 
A
I
 
L
S
 
-
A
 
A
E
 
P
D
 
D
G
 
G
V
 
L
I
 
V
E
|
E
A
 
A
I
 
I
R
 
S
-
 
V
H
 
E
R
 
G
K
 
A
S
 
K
P
 
A
F
 
F
V
 
A
V
 
L
G
 
G
L
 
V
Q
 
Q
W
 
W
H
 
N
P
 
P
E
 
E
F
 
W
H
 
Q
R
 
V
A
 
L
G
 
T
G
 
N
P
 
P
E
 
N
L
 
Y
L
 
L

7d53A Spua mutant - h221n with glu (see paper)
40% identity, 45% coverage: 193:362/380 of query aligns to 58:232/249 of 7d53A

query
sites
7d53A
L
 
V
D
 
D
G
 
G
L
 
L
V
 
L
L
 
F
Q
 
T
G
|
G
G
x
S
-
x
P
A
x
S
D
x
N
V
 
V
S
 
E
P
 
P
Q
 
R
S
 
H
Y
 
Y
S
 
S
E
 
G
V
 
P
A
 
A
T
 
S
R
 
E
H
 
P
E
 
G
W
 
T
Q
 
L
G
 
H
D
 
D
R
 
S
M
 
D
R
 
R
D
 
D
M
 
A
Y
 
T
E
 
T
L
 
L
E
 
P
L
 
L
L
 
V
H
 
R
E
 
A
F
 
A
I
 
I
D
 
D
A
 
A
G
 
G
K
 
I
P
 
P
V
 
V
L
 
L
G
 
G
V
 
I
C
|
C
R
|
R
G
 
G
C
 
F
Q
|
Q
L
 
E
I
 
M
N
 
N
V
 
V
A
 
A
F
 
F
G
 
G
G
 
G
T
 
S
L
 
L
Y
 
H
Q
 
Q
D
 
K
I
 
V
Q
 
H
T
 
-
E
 
E
L
 
V
P
 
G
D
 
T
A
 
F
I
 
M
P
 
D
H
|
H
-
 
R
-
 
E
-
 
P
-
 
A
-
 
D
-
 
Q
-
 
P
V
 
L
N
 
E
E
 
V
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
-
A
 
A
N
 
P
R
 
R
H
|
H
T
 
A
L
 
M
S
 
H
F
 
V
P
 
Q
E
 
P
G
 
G
S
 
-
S
 
-
L
 
-
K
 
-
A
 
G
M
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
G
Q
 
I
G
 
G
T
 
L
P
 
P
I
 
S
-
 
E
-
 
F
-
 
Q
V
 
V
N
 
N
S
|
S
I
|
I
H
|
H
H
x
G
Q
|
Q
S
 
G
V
 
V
R
 
D
T
 
R
L
 
L
G
 
A
R
 
P
D
 
G
L
 
L
S
 
R
V
 
V
E
 
E
A
 
A
I
 
L
S
 
-
A
 
A
E
 
P
D
 
D
G
 
G
V
 
L
I
 
V
E
|
E
A
 
A
I
 
I
R
 
S
-
 
V
H
 
E
R
 
G
K
 
A
S
 
K
P
 
A
F
 
F
V
 
A
V
 
L
G
 
G
L
 
V
Q
 
Q
W
 
W
H
 
N
P
 
P
E
 
E
F
 
W
H
 
Q
R
 
V
A
 
L
G
 
T
G
 
N
P
 
P
E
 
N
L
 
Y
L
 
L

6vtvB Crystal structure of puud gamma-glutamyl-gamma-aminobutyrate hydrolase from e. Coli
31% identity, 56% coverage: 144:354/380 of query aligns to 17:224/252 of 6vtvB

query
sites
6vtvB
L
 
L
R
 
K
S
 
G
K
 
H
T
 
A
L
 
T
Q
 
Q
Y
 
T
L
 
L
E
 
Q
E
 
E
S
 
K
I
 
Y
A
 
L
H
 
N
W
 
A
V
 
I
M
 
I
S
 
H
R
 
A
D
 
G
V
 
G
L
 
L
V
 
P
F
 
I
M
 
A
I
 
L
P
 
P
T
 
-
V
 
-
D
 
-
T
 
-
Q
 
H
G
 
A
L
 
L
L
 
A
H
 
E
P
 
P
S
 
S
H
 
-
I
 
-
R
 
L
L
 
L
R
 
E
D
 
Q
Y
 
L
A
 
L
K
 
P
H
 
K
L
 
L
D
 
D
G
 
G
L
 
I
V
 
Y
L
 
L
Q
 
P
G
 
G
G
 
S
-
 
P
A
 
S
D
 
N
V
 
V
S
 
Q
P
 
P
Q
 
H
S
 
L
Y
 
Y
S
 
G
E
 
E
V
 
-
A
 
-
T
 
N
R
 
G
H
 
D
E
 
E
W
 
P
Q
 
D
G
 
A
D
 
D
R
 
P
M
 
G
R
 
R
D
 
D
M
 
L
Y
 
L
E
 
S
L
 
M
E
 
A
L
 
I
L
 
I
H
 
N
E
 
A
F
 
A
I
 
L
D
 
E
A
 
R
G
 
R
K
 
I
P
 
P
V
 
I
L
 
F
G
 
A
V
 
I
C
 
C
R
 
R
G
 
G
C
 
L
Q
 
Q
L
 
E
I
 
L
N
 
V
V
 
V
A
 
A
F
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
S
L
 
L
Y
 
H
Q
 
R
D
 
K
I
 
L
Q
 
-
T
 
C
E
 
E
L
 
Q
P
 
P
D
 
E
A
 
L
I
 
L
P
 
E
H
|
H
-
 
R
-
 
E
-
 
D
-
 
P
-
 
E
-
 
L
-
 
P
V
 
V
N
 
E
E
 
Q
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
-
A
 
A
N
 
P
R
 
S
H
|
H
T
 
E
L
 
V
S
 
Q
F
 
V
P
 
E
E
 
E
G
 
G
S
 
G
S
 
L
L
 
L
K
 
S
A
 
A
M
 
L
L
 
L
A
 
P
A
 
E
Q
 
C
G
 
S
T
 
N
P
 
F
I
 
W
V
 
V
N
 
N
S
|
S
I
 
L
H
|
H
H
 
G
Q
 
Q
S
 
G
V
 
A
R
 
K
T
 
V
L
 
V
G
 
S
R
 
P
D
 
R
L
 
L
S
 
R
V
 
V
E
 
E
A
 
A
I
 
R
S
 
S
A
 
P
E
 
-
D
 
D
G
 
G
V
 
L
I
 
V
E
|
E
A
 
A
I
 
V
R
 
S
H
 
V
R
 
I
K
 
N
S
 
H
P
 
P
F
 
F
V
 
A
V
 
L
G
 
G
L
 
V
Q
 
Q
W
 
W
H
 
H
P
 
P
E
 
E
F
 
W
H
 
N

P76038 Gamma-glutamyl-gamma-aminobutyrate hydrolase PuuD; Gamma-Glu-GABA hydrolase; EC 3.5.1.94 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
31% identity, 56% coverage: 144:354/380 of query aligns to 19:226/254 of P76038

query
sites
P76038
L
 
L
R
 
K
S
 
G
K
 
H
T
 
A
L
 
T
Q
 
Q
Y
 
T
L
 
L
E
 
Q
E
 
E
S
 
K
I
 
Y
A
 
L
H
 
N
W
 
A
V
 
I
M
 
I
S
 
H
R
 
A
D
 
G
V
 
G
L
 
L
V
 
P
F
 
I
M
 
A
I
 
L
P
 
P
T
 
-
V
 
-
D
 
-
T
 
-
Q
 
H
G
 
A
L
 
L
L
 
A
H
 
E
P
 
P
S
 
S
H
 
-
I
 
-
R
 
L
L
 
L
R
 
E
D
 
Q
Y
 
L
A
 
L
K
 
P
H
 
K
L
 
L
D
 
D
G
 
G
L
 
I
V
 
Y
L
 
L
Q
 
P
G
 
G
G
 
S
-
 
P
A
 
S
D
 
N
V
 
V
S
 
Q
P
 
P
Q
 
H
S
 
L
Y
 
Y
S
 
G
E
 
E
V
 
-
A
 
-
T
 
N
R
 
G
H
 
D
E
 
E
W
 
P
Q
 
D
G
 
A
D
 
D
R
 
P
M
 
G
R
 
R
D
 
D
M
 
L
Y
 
L
E
 
S
L
 
M
E
 
A
L
 
I
L
 
I
H
 
N
E
 
A
F
 
A
I
 
L
D
 
E
A
 
R
G
 
R
K
 
I
P
 
P
V
 
I
L
 
F
G
 
A
V
 
I
C
|
C
R
 
R
G
 
G
C
 
L
Q
 
Q
L
 
E
I
 
L
N
 
V
V
 
V
A
 
A
F
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
S
L
 
L
Y
 
H
Q
 
R
D
 
K
I
 
L
Q
 
-
T
 
C
E
 
E
L
 
Q
P
 
P
D
 
E
A
 
L
I
 
L
P
 
E
H
 
H
-
 
R
-
 
E
-
 
D
-
 
P
-
 
E
-
 
L
-
 
P
V
 
V
N
 
E
E
 
Q
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
-
A
 
A
N
 
P
R
 
S
H
 
H
T
 
E
L
 
V
S
 
Q
F
 
V
P
 
E
E
 
E
G
 
G
S
 
G
S
 
L
L
 
L
K
 
S
A
 
A
M
 
L
L
 
L
A
 
P
A
 
E
Q
 
C
G
 
S
T
 
N
P
 
F
I
 
W
V
 
V
N
 
N
S
 
S
I
 
L
H
 
H
H
 
G
Q
 
Q
S
 
G
V
 
A
R
 
K
T
 
V
L
 
V
G
 
S
R
 
P
D
 
R
L
 
L
S
 
R
V
 
V
E
 
E
A
 
A
I
 
R
S
 
S
A
 
P
E
 
-
D
 
D
G
 
G
V
 
L
I
 
V
E
 
E
A
 
A
I
 
V
R
 
S
H
 
V
R
 
I
K
 
N
S
 
H
P
 
P
F
 
F
V
 
A
V
 
L
G
 
G
L
 
V
Q
 
Q
W
 
W
H
 
H
P
 
P
E
 
E
F
 
W
H
 
N

7d4rB Spua native structure (see paper)
42% identity, 35% coverage: 231:362/380 of query aligns to 65:200/215 of 7d4rB

query
sites
7d4rB
L
 
L
L
 
V
H
 
R
E
 
A
F
 
A
I
 
I
D
 
D
A
 
A
G
 
G
K
 
I
P
 
P
V
 
V
L
 
L
G
 
G
V
 
I
C
 
C
R
 
R
G
 
G
C
 
F
Q
 
Q
L
 
E
I
 
M
N
 
N
V
 
V
A
 
A
F
 
F
G
 
G
G
 
G
T
 
S
L
 
L
Y
 
H
Q
 
Q
D
 
K
I
 
V
Q
 
H
T
 
-
E
 
E
L
 
V
P
 
G
D
 
T
A
 
F
I
 
M
P
 
D
H
|
H
-
 
R
-
 
E
-
 
P
-
 
A
-
 
D
-
 
Q
-
 
P
V
 
L
N
 
E
E
 
V
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
-
A
 
A
N
 
P
R
 
R
H
|
H
T
 
A
L
 
M
S
 
H
F
 
V
P
 
Q
E
 
P
G
 
G
S
 
G
S
 
-
L
 
-
K
 
-
A
 
-
M
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
G
Q
 
I
G
 
G
T
 
L
P
 
P
I
 
S
-
 
E
-
 
F
-
 
Q
V
 
V
N
 
N
S
|
S
I
 
I
H
|
H
H
 
G
Q
 
Q
S
 
G
V
 
V
R
 
D
T
 
R
L
 
L
G
 
A
R
 
P
D
 
G
L
 
L
S
 
R
V
 
V
E
 
E
A
 
A
I
 
L
S
 
-
A
 
A
E
 
P
D
 
D
G
 
G
V
 
L
I
 
V
E
|
E
A
 
A
I
 
I
R
 
S
H
 
V
R
 
E
K
 
G
S
 
A
-
 
K
P
 
A
F
 
F
V
 
A
V
 
L
G
 
G
L
 
V
Q
 
Q
W
 
W
H
 
H
P
 
P
E
 
E
F
 
W
H
 
Q
R
 
V
A
 
L
G
 
T
G
 
N
P
 
P
E
 
N
L
 
Y
L
 
L

Q42565 Anthranilate synthase beta subunit 1, chloroplastic; Anthranilate synthase component 2-1; Anthranilate synthase, glutamine amidotransferase component 2-1; Protein TRYPTOPHAN BIOSYNTHESIS 4; Protein WEAK ETHYLENE INSENSITIVE 7; EC 4.1.3.27 from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (see 2 papers)
29% identity, 29% coverage: 241:352/380 of query aligns to 147:249/276 of Q42565

query
sites
Q42565
P
 
P
V
 
L
L
 
F
G
|
G
V
 
V
C
 
C
R
 
M
G
 
G
C
 
L
Q
 
Q
L
 
C
I
 
I
N
 
G
V
 
E
A
 
A
F
 
F
G
 
G
G
 
G
T
 
K
L
 
I
Y
 
V
Q
 
R
D
 
S
I
 
-
Q
 
-
T
 
-
E
 
-
L
 
-
P
 
P
D
 
F
A
 
G
I
 
V
P
 
M
H
 
H
V
 
-
N
 
-
E
 
-
Q
 
-
Y
 
-
D
 
-
A
 
-
N
x
G
R
 
K
H
 
S
T
 
S
L
 
M
S
 
V
F
 
H
P
 
Y
E
 
D
G
 
E
S
 
K
S
 
G
L
 
E
K
 
E
A
 
G
M
 
L
L
 
F
A
 
S
A
 
G
Q
 
L
G
 
S
T
 
N
P
 
P
I
 
F
V
 
I
N
 
V
S
 
G
I
 
R
H
 
Y
H
 
H
Q
 
S
S
 
L
V
 
V
-
 
I
-
 
E
-
 
K
R
 
D
T
 
T
L
 
F
G
 
P
R
 
S
D
 
D
-
 
E
L
 
L
S
 
E
V
 
V
E
 
T
A
 
A
I
 
W
S
 
T
A
 
-
E
 
E
D
 
D
G
 
G
V
 
L
I
 
V
E
 
M
A
 
A
I
 
A
R
 
R
H
 
H
R
 
R
K
 
K
S
 
Y
P
 
K
F
 
H
V
 
I
V
 
Q
G
 
G
L
 
V
Q
 
Q
W
 
F
H
 
H
P
 
P
E
 
E

Query Sequence

>WP_047212584.1 NCBI__GCF_001931675.1:WP_047212584.1
MTDSQDPKQPQTPSQPAPPSATPSEVDPASAHIASDHPVPPPIQGAESNEPPSRVAHPAG
AEPPSEPPPAQPSNPAEAPGGSGGNTGMPSYLSSADTPLGVLRRIVTARFRAWYDRAGQR
ITQRTLKIGISARIFHPEPGSKGLRSKTLQYLEESIAHWVMSRDVLVFMIPTVDTQGLLH
PSHIRLRDYAKHLDGLVLQGGADVSPQSYSEVATRHEWQGDRMRDMYELELLHEFIDAGK
PVLGVCRGCQLINVAFGGTLYQDIQTELPDAIPHVNEQYDANRHTLSFPEGSSLKAMLAA
QGTPIVNSIHHQSVRTLGRDLSVEAISAEDGVIEAIRHRKSPFVVGLQWHPEFHRAGGPE
LLDCTPVLDTFLRAARETRF

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory