SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_049326229.1 NCBI__GCF_000013785.1:WP_049326229.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 9 hits to proteins with known functional sites (download)

5i39A High resolution structure of l-amino acid deaminase from proteus vulgaris with the deletion of the specific insertion sequence (see paper)
23% identity, 82% coverage: 43:405/444 of query aligns to 23:370/383 of 5i39A

query
sites
5i39A
Q
 
K
R
 
Q
A
 
A
D
 
D
V
 
V
C
 
V
I
 
V
V
|
V
G
|
G
G
 
A
G
|
G
F
x
I
S
x
L
G
 
G
L
 
I
N
 
M
T
 
T
A
 
A
I
 
I
E
 
N
L
 
L
A
 
V
E
 
E
R
 
R
G
 
G
L
 
L
S
 
S
V
 
V
I
 
V
L
 
I
L
x
V
E
|
E
A
x
K
H
 
G
C
 
N
I
 
I
G
 
A
W
 
G
G
 
E
A
x
Q
S
|
S
G
 
S
R
 
R
N
x
F
G
x
Y
G
 
G
Q
|
Q
L
x
A
I
 
I
R
 
S
G
 
Y
V
 
K
G
 
M
H
 
P
D
 
D
V
 
E
E
 
T
Q
 
F
F
 
L
T
 
L
N
 
H
I
 
H
L
 
L
G
 
G
E
 
K
E
 
H
G
 
R
V
 
W
D
 
R
E
 
E
L
 
M
K
 
N
-
 
A
R
 
K
M
 
V
G
 
G
F
 
I
E
 
D
A
 
T
V
 
T
E
 
Y
I
 
R
V
 
T
R
 
Q
Q
 
G
R
 
R
I
 
V
E
 
E
R
 
V
Y
 
P
A
 
L
I
 
D
D
 
E
C
 
E
D
 
D
L
 
L
T
 
V
W
 
-
G
 
-
Y
 
-
C
 
-
D
 
-
L
 
-
A
 
-
T
 
-
K
 
-
P
 
-
R
 
-
H
 
N
L
 
V
K
 
R
G
 
K
F
 
W
D
 
I
E
 
D
D
 
E
Y
 
R
S
 
S
D
 
K
L
 
N
L
 
V
R
 
G
L
 
S
G
 
D
Y
 
I
P
 
P
H
 
F
P
 
K
L
 
T
Q
 
R
R
 
I
V
 
I
S
 
E
R
 
G
P
 
A
N
 
E
L
 
L
A
 
-
T
 
-
V
 
-
I
 
-
G
 
-
S
 
N
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
L
L
 
R
G
 
G
G
 
A
L
 
T
L
 
T
D
 
D
M
 
W
-
 
K
-
 
I
-
 
A
-
 
G
-
 
F
-
 
E
-
 
E
G
 
D
S
 
S
G
 
G
H
 
S
L
 
F
H
 
D
P
 
P
L
 
E
N
 
V
L
 
A
A
 
T
L
 
F
G
 
V
E
 
M
A
 
A
A
 
E
A
 
Y
A
 
A
Q
 
K
S
 
K
L
 
M
G
 
G
V
 
V
R
 
R
L
 
I
F
 
Y
E
 
T
H
 
Q
S
 
C
K
x
A
V
x
A
E
 
R
R
 
G
I
 
L
E
 
E
Y
 
T
-
 
Q
-
 
A
G
 
G
Q
 
V
Q
 
I
V
 
S
K
 
D
V
 
V
H
 
V
T
 
T
A
 
E
N
 
K
G
 
G
V
 
A
V
 
I
Q
 
K
A
 
T
E
 
S
T
 
Q
L
 
V
V
 
V
L
 
V
A
 
A
C
x
G
N
x
G
A
 
V
Y
x
W
L
 
S
N
 
R
G
 
L
L
 
F
Q
 
M
P
 
Q
K
 
N
L
 
L
A
 
N
G
 
-
K
 
-
V
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
-
G
 
-
S
 
-
Y
 
-
I
 
-
I
 
V
A
 
D
T
 
V
E
 
P
R
 
T
L
 
L
P
 
P
E
 
A
P
 
Y
L
x
Q
C
 
S
R
x
Q
E
 
Q
L
 
L
L
 
I
P
 
S
Q
 
G
N
 
S
T
 
P
A
 
T
V
 
A
C
 
P
D
 
G
Q
 
G
R
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
D
x
P
-
 
G
-
 
G
-
 
I
Y
 
F
F
 
F
R
 
R
L
 
E
S
 
Q
A
 
A
D
 
D
G
 
G
R
 
T
L
 
Y
L
 
A
F
 
T
G
 
S
G
 
P
A
 
R
C
 
V
H
 
I
Y
 
V
S
 
A
G
 
L
R
 
P
D
 
D
P
 
L
K
 
P
D
 
E
I
 
L
A
 
N
A
 
A
Y
 
S
M
 
L
Q
 
E
P
 
-
K
 
K
M
 
L
L
 
K
E
 
A
V
 
E
F
 
F
P
 
P
Q
 
A
L
 
F
I
 
K
G
 
E
I
 
S
G
 
K
I
 
L
D
 
I
Y
 
D
Q
 
Q
W
 
W
G
 
S
G
|
G
M
 
A
I
x
M
G
 
A
I
 
I
G
 
A
A
 
P
N
 
D
R
 
E
L
 
N
P
 
P
Q
 
I
I
 
I
G
 
S
R
 
E
L
 
V
P
 
K
E
 
E
Q
 
Y
P
 
P
N
 
G
V
 
L
F
 
V
Y
 
I
A
 
N
Q
 
T
A
 
A
Y
 
-
S
x
T
G
|
G
H
x
W
G
|
G
L
x
M
N
x
T
A
 
E
T
 
S
H
 
P
L
 
V
A
 
S
G
 
A
R
 
E
L
 
L
L
 
T
A
 
A
E
 
D
A
 
L
I
 
L
T
 
L
A
 
G
Q
 
K
Q
 
K

1y56B Crystal structure of l-proline dehydrogenase from p.Horikoshii (see paper)
23% identity, 82% coverage: 43:406/444 of query aligns to 3:356/374 of 1y56B

query
sites
1y56B
Q
 
E
R
 
K
A
 
S
D
 
E
V
 
I
C
 
V
I
 
V
V
 
I
G
|
G
G
 
G
G
|
G
F
x
I
S
x
V
G
 
G
L
 
V
N
 
T
T
 
I
A
 
A
I
 
H
E
 
E
L
 
L
A
 
A
E
 
K
R
 
R
G
 
G
L
 
E
S
 
E
V
 
V
I
 
T
L
 
V
L
x
I
E
|
E
A
x
K
H
 
R
C
 
F
I
 
I
G
 
G
W
 
S
G
 
G
A
x
S
S
x
T
G
x
F
R
|
R
N
x
C
G
|
G
G
x
T
Q
x
G
L
 
I
I
 
-
R
 
-
G
 
-
V
 
-
G
 
-
H
 
-
D
 
-
V
 
R
E
 
Q
Q
 
Q
F
 
F
T
 
N
N
 
D
I
 
-
L
 
-
G
 
-
E
 
E
E
 
A
G
 
N
V
 
V
D
 
R
E
 
V
L
 
M
K
 
K
R
 
R
M
 
-
G
 
-
F
 
-
E
 
-
A
 
S
V
 
V
E
 
E
I
 
L
V
 
W
R
 
K
Q
 
K
R
 
Y
I
 
S
E
 
E
R
 
E
Y
 
Y
A
 
G
I
 
F
D
 
S
C
 
F
D
 
K
L
 
Q
T
 
T
W
 
-
G
 
G
Y
 
Y
C
 
L
D
 
F
L
 
L
A
 
L
T
 
Y
K
 
D
P
 
D
R
 
E
H
 
E
L
 
V
K
 
K
G
 
T
F
 
F
D
 
K
E
 
R
D
 
N
Y
 
I
S
 
E
D
 
I
L
 
Q
L
 
N
R
 
K
L
 
F
G
 
G
Y
 
V
P
 
P
H
 
T
P
 
K
L
 
L
Q
 
I
R
 
T
V
 
P
S
 
E
R
 
E
-
 
A
P
 
K
N
 
E
L
 
I
A
 
V
T
 
P
V
 
L
I
 
L
G
 
D
S
 
I
Q
 
S
R
 
E
Y
 
V
L
 
I
G
 
A
G
 
A
L
 
S
L
 
W
D
 
N
M
 
P
G
 
T
S
 
D
G
 
G
H
 
K
L
 
A
H
 
D
P
 
P
L
 
F
N
 
E
L
 
A
A
 
T
L
 
T
G
 
A
E
 
F
A
 
A
A
 
V
A
 
K
A
 
A
Q
 
K
S
 
E
L
 
Y
G
 
G
V
 
A
R
 
K
L
 
L
F
 
L
E
 
E
H
 
Y
S
 
T
K
x
E
V
|
V
E
 
K
-
 
G
-
 
F
R
 
L
I
 
I
E
 
E
Y
 
N
G
 
N
Q
 
E
Q
 
I
V
 
K
K
 
G
V
 
V
H
 
K
T
 
T
A
 
N
N
 
K
G
 
G
V
 
I
V
 
I
Q
 
K
A
 
T
E
 
G
T
 
I
L
 
V
V
 
V
L
 
N
A
 
A
C
x
T
N
|
N
A
 
A
Y
x
W
L
 
A
N
 
N
-
 
L
-
 
I
-
 
N
-
 
A
-
 
M
-
 
A
G
 
G
L
 
I
Q
 
K
P
 
T
K
 
K
L
 
I
A
 
P
G
 
-
K
 
-
V
 
I
L
 
E
P
 
P
A
 
Y
G
 
K
S
x
H
Y
 
Q
I
 
A
I
 
V
A
 
I
T
 
T
E
 
-
R
 
-
L
 
-
P
 
-
E
 
Q
P
 
P
L
 
I
C
 
K
R
 
R
E
 
G
L
 
T
L
 
I
P
 
-
Q
 
-
N
 
N
T
x
P
A
 
M
V
 
V
C
 
I
D
 
S
Q
 
F
R
 
K
V
 
Y
A
 
G
L
 
H
D
 
A
Y
 
Y
-
 
L
-
 
T
-
 
Q
-
 
T
F
 
F
R
 
H
L
 
G
S
 
G
A
 
I
D
x
I
G
 
G
R
 
G
L
 
I
L
 
G
F
 
Y
G
 
E
G
 
I
A
 
G
C
 
P
H
 
T
Y
 
Y
S
 
D
G
 
L
R
 
T
D
 
P
P
 
T
K
 
Y
D
 
E
I
 
F
A
 
L
A
 
R
Y
 
E
M
 
V
Q
 
S
P
 
Y
K
 
Y
M
 
F
L
 
T
E
 
K
V
 
I
F
 
I
P
 
P
Q
 
A
L
 
L
I
 
K
G
 
N
I
 
L
G
 
L
I
 
I
D
 
L
Y
x
R
Q
 
T
W
|
W
G
 
A
G
|
G
M
x
Y
I
x
Y
G
 
A
I
 
K
G
 
T
A
 
P
N
 
D
R
 
S
L
 
N
P
 
P
Q
 
A
I
 
I
G
 
G
R
 
R
L
 
I
P
 
E
E
 
E
Q
 
L
P
 
N
N
 
D
V
 
Y
F
 
Y
Y
 
I
A
 
A
Q
 
A
A
 
G
Y
 
F
S
 
S
G
|
G
H
|
H
G
|
G
L
x
F
N
x
M
A
 
M
T
 
A
H
 
P
L
 
A
A
 
V
G
 
G
R
 
E
L
 
M
L
 
V
A
 
A
E
 
E
A
 
L
I
 
I
T
 
T
A
 
K
Q
 
G
Q
 
K
S
 
T

Q63342 Dimethylglycine dehydrogenase, mitochondrial; ME2GLYDH; EC 1.5.8.4 from Rattus norvegicus (Rat) (see 2 papers)
25% identity, 69% coverage: 12:316/444 of query aligns to 10:303/857 of Q63342

query
sites
Q63342
R
 
R
A
 
G
S
 
L
A
 
A
S
 
L
N
 
R
T
 
S
S
 
S
D
 
Q
H
 
G
A
 
R
P
 
P
S
 
S
Y
 
S
Y
 
A
A
 
G
A
 
L
S
 
R
V
 
E
N
 
G
R
 
Q
E
 
E
L
 
S
S
 
P
F
 
P
E
 
S
P
 
P
L
 
P
Q
 
E
G
 
W
E
 
K
Q
 
D
R
 
R
A
 
A
D
 
E
V
 
T
C
 
V
I
 
I
V
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
F
x
C
S
x
V
G
 
G
L
 
V
N
 
S
T
 
L
A
 
A
I
 
Y
E
 
H
L
 
L
A
 
A
E
 
K
R
 
A
G
 
G
L
 
M
-
 
R
S
 
D
V
 
V
I
 
V
L
 
L
L
 
L
E
|
E
A
x
K
H
 
S
C
 
E
I
 
L
G
 
T
W
 
A
G
|
G
A
x
S
S
x
T
G
x
W
R
x
H
N
x
A
G
x
A
G
|
G
Q
 
-
L
 
-
I
 
-
R
 
-
G
 
-
V
 
-
G
 
-
H
 
-
D
 
-
V
 
-
E
 
-
Q
 
-
F
 
-
T
x
L
N
 
T
I
 
T
L
 
Y
G
 
F
E
 
H
E
 
P
G
 
G
V
 
I
D
 
N
E
 
-
L
 
L
K
 
K
R
 
K
M
 
I
G
 
H
F
 
Y
E
 
D
A
 
S
V
 
I
E
 
K
I
 
L
V
 
Y
R
 
E
Q
 
R
R
 
L
I
 
E
E
 
E
R
 
E
Y
 
T
A
 
G
I
 
Q
D
 
V
C
 
V
D
 
G
L
 
F
T
 
H
W
 
Q
-
 
P
G
 
G
Y
 
S
C
 
I
D
 
R
L
 
L
A
 
A
T
 
T
K
 
T
P
 
P
R
 
E
H
 
R
L
 
V
K
 
-
G
 
-
F
 
-
D
 
D
E
 
E
D
 
F
Y
 
K
S
 
Y
D
 
Q
L
 
M
L
 
T
R
 
R
L
 
T
G
 
N
Y
 
W
P
 
H
H
 
A
P
 
T
L
 
E
Q
 
Q
R
 
Y
V
 
I
S
 
I
R
 
E
P
 
P
-
 
E
-
 
K
-
 
I
-
 
H
N
 
E
L
 
L
A
 
F
T
 
P
V
 
L
I
 
L
G
 
N
S
 
M
Q
 
D
R
 
K
Y
 
I
L
 
L
G
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
Y
D
 
N
M
 
P
G
 
G
S
 
D
G
 
G
H
 
H
L
 
I
H
 
D
P
 
P
L
 
Y
N
 
S
L
 
L
A
 
T
L
 
M
G
 
A
E
 
L
A
 
A
A
 
T
A
 
G
A
 
A
Q
 
R
S
 
K
L
 
Y
G
 
G
V
 
V
R
 
L
L
 
L
F
 
K
E
 
Y
H
 
P
S
 
A
K
 
P
V
|
V
E
 
T
R
 
S
I
 
L
E
 
K
Y
 
P
G
 
R
Q
 
P
Q
 
D
-
 
G
-
 
T
V
 
W
K
 
D
V
 
V
H
 
E
T
 
T
A
 
P
N
 
Q
G
 
G
V
 
S
V
 
V
Q
 
R
A
 
A
E
 
N
T
 
R
L
 
I
V
 
V
L
 
N
A
 
A
C
 
A
N
 
G
A
 
F
Y
x
W
L
 
A
N
 
R
-
 
E
-
 
V
G
 
G
L
 
K
Q
 
M
P
 
I
K
 
G
L
 
L
A
 
D
G
 
H
K
 
P
V
 
L
L
 
I
P
 
P
A
 
V
G
 
Q
S
 
H
Y
 
Q
I
 
Y
I
 
V
A
 
V
T
 
T
E
 
S
R
 
T
L
 
I
P
 
P
E
 
E
-
 
V
-
 
K
P
 
A
L
 
L
C
 
K
R
 
R
E
 
E
L
 
L
L
 
-
P
 
-
Q
 
-
N
 
-
T
 
-
A
 
P
V
 
V
C
 
L
D
 
R
Q
 
D
R
 
L
V
 
E
A
 
G
L
 
S
D
 
Y
Y
 
Y
F
 
L
R
 
R
L
 
Q
S
 
E
A
 
R
D
 
D
G
 
G
R
 
-
L
 
L
L
 
L
F
 
F
G
 
G

Sites not aligning to the query:

O31616 Glycine oxidase; GO; EC 1.4.3.19 from Bacillus subtilis (strain 168) (see 3 papers)
22% identity, 55% coverage: 160:405/444 of query aligns to 104:350/369 of O31616

query
sites
O31616
D
 
D
L
 
V
L
 
L
R
 
Q
L
 
L
G
 
R
Y
 
Q
P
 
M
H
 
D
P
 
D
L
 
L
Q
 
D
R
 
S
V
 
V
S
 
S
R
 
W
P
 
Y
N
 
S
L
 
K
A
 
E
T
 
E
V
 
V
I
 
L
G
 
E
S
 
K
Q
 
E
R
 
P
Y
 
Y
-
 
A
-
 
S
-
 
G
-
 
D
-
 
I
L
 
F
G
 
G
G
 
A
L
 
S
L
 
F
D
 
I
M
 
Q
G
 
D
S
 
D
G
 
V
H
 
H
L
 
V
H
 
E
P
 
P
L
 
Y
N
 
F
L
 
V
A
 
C
L
 
K
G
 
A
E
 
Y
A
 
V
A
 
K
A
 
A
A
 
A
Q
 
K
S
 
M
L
 
L
G
 
G
V
 
A
R
 
E
L
 
I
F
 
F
E
 
E
H
 
H
S
 
T
K
 
P
V
|
V
E
 
L
R
 
H
I
 
V
E
 
E
Y
 
R
-
 
D
G
 
G
Q
 
E
Q
 
A
V
 
L
K
 
F
V
 
I
H
 
K
T
 
T
A
 
P
N
 
S
G
 
G
V
 
D
V
 
V
Q
 
W
A
 
A
E
 
N
T
 
H
L
 
V
V
 
V
L
 
V
A
 
A
C
 
S
N
 
G
A
 
V
Y
 
W
L
 
-
N
 
S
G
 
G
L
 
M
-
 
F
-
 
F
-
 
K
Q
 
Q
P
 
L
K
 
G
L
 
L
A
 
N
G
 
N
K
 
A
V
 
F
L
 
L
P
 
P
A
 
V
G
 
K
S
 
G
Y
 
E
I
 
C
I
 
L
A
 
S
T
 
V
E
 
W
R
 
N
L
 
D
P
 
D
E
 
I
P
 
P
L
 
L
C
 
T
R
 
K
E
 
T
L
 
L
L
 
Y
P
 
H
Q
 
D
N
x
H
T
 
C
A
 
Y
V
 
I
C
 
V
D
 
P
Q
 
R
R
 
K
V
 
-
A
 
-
L
 
-
D
 
-
Y
 
-
F
 
-
R
 
-
L
 
-
S
 
-
A
 
-
D
 
S
G
 
G
R
 
R
L
 
L
L
 
V
F
 
V
G
 
G
G
 
A
A
 
T
C
 
M
H
 
K
-
 
P
-
 
G
-
 
D
-
 
W
Y
 
S
S
 
E
G
 
T
R
 
P
D
 
D
P
 
L
K
 
G
D
 
G
I
 
L
A
 
E
A
 
S
Y
 
V
M
 
M
Q
 
K
P
 
-
K
 
K
M
 
A
L
 
K
E
 
T
V
 
M
F
 
L
P
 
P
Q
 
A
L
 
I
I
 
Q
G
 
N
I
 
M
G
 
K
I
 
V
D
 
D
Y
 
R
Q
 
F
W
 
W
G
 
A
G
 
G
M
 
L
I
x
R
G
 
P
I
 
G
G
 
T
A
 
K
N
 
D
R
 
G
L
 
K
P
 
P
Q
 
Y
I
 
I
G
 
G
R
 
R
L
 
H
P
 
P
E
 
E
Q
 
D
P
 
S
N
 
R
V
 
I
F
 
L
Y
 
F
A
 
A
Q
 
A
A
 
G
Y
x
H
S
x
F
G
x
R
H
x
N
G
|
G
L
x
I
N
x
L
A
 
L
T
 
A
H
 
P
L
 
A
A
 
T
G
 
G
R
 
A
L
 
L
L
 
I
A
 
S
E
 
D
A
 
L
I
 
I
T
 
M
A
 
N
Q
 
K
Q
 
E

Sites not aligning to the query:

1ng3A Complex of thio (glycine oxidase) with acetyl-glycine (see paper)
22% identity, 55% coverage: 160:405/444 of query aligns to 104:350/364 of 1ng3A

query
sites
1ng3A
D
 
D
L
 
V
L
 
L
R
 
Q
L
 
L
G
 
R
Y
 
Q
P
 
M
H
 
D
P
 
D
L
 
L
Q
 
D
R
 
S
V
 
V
S
 
S
R
 
W
P
 
Y
N
 
S
L
 
K
A
 
E
T
 
E
V
 
V
I
 
L
G
 
E
S
 
K
Q
 
E
R
 
P
Y
 
Y
-
 
A
-
 
S
-
 
G
-
 
D
-
 
I
L
 
F
G
 
G
G
 
A
L
 
S
L
 
F
D
 
I
M
 
Q
G
 
D
S
 
D
G
 
V
H
 
H
L
 
V
H
 
E
P
 
P
L
 
Y
N
 
F
L
 
V
A
 
C
L
 
K
G
 
A
E
 
Y
A
 
V
A
 
K
A
 
A
A
 
A
Q
 
K
S
 
M
L
 
L
G
 
G
V
 
A
R
 
E
L
 
I
F
 
F
E
 
E
H
 
H
S
 
T
K
 
P
V
|
V
E
 
L
R
 
H
I
 
V
E
 
E
Y
 
R
-
 
D
G
 
G
Q
 
E
Q
 
A
V
 
L
K
 
F
V
 
I
H
 
K
T
 
T
A
 
P
N
 
S
G
 
G
V
 
D
V
 
V
Q
 
W
A
 
A
E
 
N
T
 
H
L
 
V
V
 
V
L
 
V
A
 
A
C
x
S
N
x
G
A
 
V
Y
x
W
L
 
-
N
 
S
G
 
G
L
 
M
-
x
F
-
 
F
-
 
K
Q
 
Q
P
 
L
K
 
G
L
 
L
A
 
N
G
 
N
K
 
A
V
 
F
L
 
L
P
 
P
A
 
V
G
 
K
S
 
G
Y
 
E
I
 
C
I
 
L
A
 
S
T
 
V
E
 
W
R
 
N
L
 
D
P
 
D
E
 
I
P
 
P
L
 
L
C
 
T
R
 
K
E
 
T
L
 
L
L
 
Y
P
 
H
Q
 
D
N
 
H
T
 
C
A
x
Y
V
 
I
C
 
V
D
 
P
Q
 
R
R
 
K
V
 
-
A
 
-
L
 
-
D
 
-
Y
 
-
F
 
-
R
 
-
L
 
-
S
 
-
A
 
-
D
 
S
G
 
G
R
|
R
L
 
L
L
 
V
F
 
V
G
 
G
G
 
A
A
 
T
C
 
M
H
 
K
-
 
P
-
 
G
-
 
D
-
 
W
Y
 
S
S
 
E
G
 
T
R
 
P
D
 
D
P
 
L
K
 
G
D
 
G
I
 
L
A
 
E
A
 
S
Y
 
V
M
 
M
Q
 
K
P
 
-
K
 
K
M
 
A
L
 
K
E
 
T
V
 
M
F
 
L
P
 
P
Q
 
P
L
 
I
I
 
Q
G
 
N
I
 
M
G
 
K
I
 
V
D
 
D
Y
 
R
Q
 
F
W
 
W
G
 
A
G
|
G
M
 
L
I
x
R
G
 
P
I
 
G
G
 
T
A
 
K
N
 
D
R
 
G
L
 
K
P
 
P
Q
 
Y
I
 
I
G
 
G
R
 
R
L
 
H
P
 
P
E
 
E
Q
 
D
P
 
S
N
 
R
V
 
I
F
 
L
Y
 
F
A
 
A
Q
 
A
A
 
G
Y
x
H
S
 
F
G
x
R
H
x
N
G
|
G
L
x
I
N
 
L
A
 
L
T
 
A
H
 
P
L
 
A
A
 
T
G
 
G
R
 
A
L
 
L
L
 
I
A
 
S
E
 
D
A
 
L
I
 
I
T
 
M
A
 
N
Q
 
K
Q
 
E

Sites not aligning to the query:

3if9A Crystal structure of glycine oxidase g51s/a54r/h244a mutant in complex with inhibitor glycolate (see paper)
22% identity, 55% coverage: 160:405/444 of query aligns to 104:350/364 of 3if9A

query
sites
3if9A
D
 
D
L
 
V
L
 
L
R
 
Q
L
 
L
G
 
R
Y
 
Q
P
 
M
H
 
D
P
 
D
L
 
L
Q
 
D
R
 
S
V
 
V
S
 
S
R
 
W
P
 
Y
N
 
S
L
 
K
A
 
E
T
 
E
V
 
V
I
 
L
G
 
E
S
 
K
Q
 
E
R
 
P
Y
 
Y
-
 
A
-
 
S
-
 
G
-
 
D
-
 
I
L
 
F
G
 
G
G
 
A
L
 
S
L
 
F
D
 
I
M
 
Q
G
 
D
S
 
D
G
 
V
H
 
H
L
 
V
H
 
E
P
 
P
L
 
Y
N
 
F
L
 
V
A
 
C
L
 
K
G
 
A
E
 
Y
A
 
V
A
 
K
A
 
A
A
 
A
Q
 
K
S
 
M
L
 
L
G
 
G
V
 
A
R
 
E
L
 
I
F
 
F
E
 
E
H
 
H
S
 
T
K
x
P
V
|
V
E
 
L
R
 
H
I
 
V
E
 
E
Y
 
R
-
 
D
G
 
G
Q
 
E
Q
 
A
V
 
L
K
 
F
V
 
I
H
 
K
T
 
T
A
 
P
N
 
S
G
 
G
V
 
D
V
 
V
Q
 
W
A
 
A
E
 
N
T
 
H
L
 
V
V
 
V
L
 
V
A
 
A
C
x
S
N
x
G
A
 
V
Y
x
W
L
 
-
N
 
S
G
 
G
L
 
M
-
x
F
-
 
F
-
 
K
Q
 
Q
P
 
L
K
 
G
L
 
L
A
 
N
G
 
N
K
 
A
V
 
F
L
 
L
P
 
P
A
 
V
G
 
K
S
 
G
Y
 
E
I
 
C
I
 
L
A
 
S
T
 
V
E
 
W
R
 
N
L
 
D
P
 
D
E
 
I
P
 
P
L
 
L
C
 
T
R
 
K
E
 
T
L
 
L
L
 
Y
P
 
H
Q
 
D
N
 
A
T
 
C
A
x
Y
V
 
I
C
 
V
D
 
P
Q
 
R
R
 
K
V
 
-
A
 
-
L
 
-
D
 
-
Y
 
-
F
 
-
R
 
-
L
 
-
S
 
-
A
 
-
D
 
S
G
 
G
R
 
R
L
 
L
L
 
V
F
 
V
G
 
G
G
 
A
A
 
T
C
 
M
H
 
K
-
 
P
-
 
G
-
 
D
-
 
W
Y
 
S
S
 
E
G
 
T
R
 
P
D
 
D
P
 
L
K
 
G
D
 
G
I
 
L
A
 
E
A
 
S
Y
 
V
M
 
M
Q
 
K
P
 
-
K
 
K
M
 
A
L
 
K
E
 
T
V
 
M
F
 
L
P
 
P
Q
 
A
L
 
I
I
 
Q
G
 
N
I
 
M
G
 
K
I
 
V
D
 
D
Y
 
R
Q
 
F
W
 
W
G
 
A
G
|
G
M
 
L
I
x
R
G
 
P
I
 
G
G
 
T
A
 
K
N
 
D
R
 
G
L
 
K
P
 
P
Q
 
Y
I
 
I
G
 
G
R
 
R
L
 
H
P
 
P
E
 
E
Q
 
D
P
 
S
N
 
R
V
 
I
F
 
L
Y
 
F
A
 
A
Q
 
A
A
 
G
Y
x
H
S
x
F
G
x
R
H
x
N
G
|
G
L
x
I
N
 
L
A
 
L
T
 
A
H
 
P
L
 
A
A
 
T
G
 
G
R
 
A
L
 
L
L
 
I
A
 
S
E
 
D
A
 
L
I
 
I
T
 
M
A
 
N
Q
 
K
Q
 
E

Sites not aligning to the query:

5hxwA L-amino acid deaminase from proteus vulgaris (see paper)
25% identity, 48% coverage: 43:255/444 of query aligns to 15:221/433 of 5hxwA

query
sites
5hxwA
Q
 
K
R
 
Q
A
 
A
D
 
D
V
 
V
C
 
V
I
 
V
V
|
V
G
|
G
G
 
A
G
|
G
F
x
I
S
x
L
G
 
G
L
 
I
N
 
M
T
 
T
A
 
A
I
 
I
E
 
N
L
 
L
A
 
V
E
 
E
R
 
R
G
 
G
L
 
L
S
 
S
V
 
V
I
 
V
L
 
I
L
 
V
E
|
E
A
x
K
H
 
G
C
 
N
I
 
I
G
 
A
W
 
G
G
x
E
A
x
Q
S
|
S
G
 
S
R
|
R
N
x
F
G
x
Y
G
|
G
Q
|
Q
L
x
A
I
 
I
R
 
S
G
 
Y
V
 
K
G
 
M
H
 
P
D
 
D
V
 
E
E
 
T
Q
 
F
F
 
L
T
 
L
N
 
H
I
 
H
L
 
L
G
 
G
E
 
K
E
 
H
G
 
R
V
 
W
D
 
R
E
 
E
L
 
M
K
 
N
-
 
A
R
 
K
M
 
V
G
 
G
F
 
I
E
 
D
A
 
T
V
 
T
E
 
Y
I
 
R
V
 
T
R
 
Q
Q
 
G
R
 
R
I
 
V
E
 
E
R
 
V
Y
 
P
A
 
L
I
 
D
D
 
E
C
 
E
D
 
D
L
 
L
T
 
V
W
 
-
G
 
-
Y
 
-
C
 
-
D
 
-
L
 
-
A
 
-
T
 
-
K
 
-
P
 
-
R
 
-
H
 
N
L
 
V
K
 
R
G
 
K
F
 
W
D
 
I
E
 
D
D
 
E
Y
 
R
S
 
S
D
 
K
L
 
N
L
 
V
R
 
G
L
 
S
G
 
D
Y
 
I
P
 
P
H
 
F
P
 
K
L
 
T
Q
 
R
R
 
I
V
 
I
S
 
E
R
 
G
P
 
A
N
 
E
L
 
L
A
 
-
T
 
-
V
 
-
I
 
-
G
 
-
S
 
N
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
L
L
 
R
G
 
G
G
 
A
L
 
T
L
 
T
D
 
D
M
 
W
-
 
K
-
 
I
-
 
A
-
 
G
-
 
F
-
 
E
-
 
E
G
 
D
S
 
S
G
 
G
H
 
S
L
 
F
H
 
D
P
 
P
L
 
E
N
 
V
L
 
A
A
 
T
L
 
F
G
 
V
E
 
M
A
 
A
A
 
E
A
 
Y
A
 
A
Q
 
K
S
 
K
L
 
M
G
 
G
V
 
V
R
 
R
L
 
I
F
 
Y
E
 
T
H
 
Q
S
 
C
K
x
A
V
x
A
E
 
R
R
 
G
I
 
L
E
 
E
Y
 
T
-
 
Q
-
 
A
G
 
G
Q
 
V
Q
 
I
V
 
S
K
 
D
V
 
V
H
 
V
T
 
T
A
 
E
N
 
K
G
 
G
V
 
A
V
 
I
Q
 
K
A
 
T
E
 
S
T
 
Q
L
 
V
V
 
V
L
 
V
A
 
A
C
x
G
N
x
G
A
 
V
Y
x
W

Sites not aligning to the query:

Q9UI17 Dimethylglycine dehydrogenase, mitochondrial; ME2GLYDH; EC 1.5.8.4 from Homo sapiens (Human) (see 4 papers)
25% identity, 62% coverage: 40:316/444 of query aligns to 45:310/866 of Q9UI17

query
sites
Q9UI17
Q
 
Q
G
 
W
E
 
K
Q
 
D
R
 
R
A
 
A
D
 
E
V
 
T
C
 
V
I
 
I
V
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
F
x
C
S
x
V
G
 
G
L
 
V
N
 
S
T
 
L
A
 
A
I
 
Y
E
 
H
L
 
L
A
 
A
E
 
K
R
 
A
G
 
G
L
 
M
S
 
K
-
 
D
V
 
V
I
 
V
L
 
L
L
 
L
E
|
E
A
x
K
H
 
S
C
 
E
I
 
L
G
 
T
W
 
A
G
|
G
A
x
S
S
x
T
G
x
W
R
x
H
N
x
A
G
x
A
G
|
G
Q
 
-
L
 
-
I
 
-
R
 
-
G
 
-
V
 
-
G
 
-
H
 
-
D
 
-
V
 
-
E
 
-
Q
 
-
F
 
-
T
x
L
N
 
T
I
 
T
L
 
Y
G
 
F
E
 
H
E
 
P
G
 
G
V
 
I
D
 
N
E
 
-
L
 
L
K
 
K
R
 
K
M
 
I
G
x
H
F
 
Y
E
 
D
A
 
S
V
 
I
E
 
K
I
 
L
V
 
Y
R
 
E
Q
 
K
R
 
L
I
 
E
E
 
E
R
 
E
Y
 
T
A
 
G
I
 
Q
D
 
V
C
 
V
D
 
G
L
 
F
T
 
H
W
 
Q
-
 
P
G
 
G
Y
 
S
C
 
I
D
 
R
L
 
L
A
 
A
T
 
T
K
 
T
P
 
P
R
 
V
H
 
R
L
 
V
K
 
-
G
 
-
F
 
-
D
 
D
E
 
E
D
 
F
Y
 
K
S
 
Y
D
 
Q
L
 
M
L
 
T
R
 
R
L
 
T
G
 
G
Y
 
W
P
 
H
H
 
A
P
 
T
L
 
E
Q
 
Q
R
 
Y
V
 
L
S
 
I
R
 
E
P
 
P
-
 
E
-
 
K
-
 
I
-
 
Q
N
 
E
L
 
M
A
 
F
T
 
P
V
 
L
I
 
L
G
 
N
S
 
M
Q
 
N
R
 
K
Y
 
V
L
 
L
G
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
Y
D
 
N
M
 
P
G
 
G
S
 
D
G
 
G
H
 
H
L
 
I
H
 
D
P
 
P
L
 
Y
N
 
S
L
 
L
A
 
T
L
 
M
G
 
A
E
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
G
A
 
A
Q
 
R
S
 
K
L
 
C
G
 
G
V
 
A
R
 
L
L
 
L
F
 
K
E
 
Y
H
 
P
S
 
A
K
 
P
V
|
V
E
 
T
R
 
S
I
 
L
E
 
K
Y
 
A
G
 
R
Q
 
S
Q
 
D
-
 
G
-
 
T
V
 
W
K
 
D
V
 
V
H
 
E
T
 
T
A
 
P
N
 
Q
G
 
G
V
 
S
V
 
M
Q
 
R
A
 
A
E
 
N
T
 
R
L
 
I
V
 
V
L
 
N
A
 
A
C
 
A
N
 
G
A
 
F
Y
 
W
L
 
A
N
 
R
-
 
E
-
 
V
G
 
G
L
 
K
Q
 
M
P
 
I
K
 
G
L
 
L
A
 
E
G
 
H
K
 
P
V
 
L
L
 
I
P
 
P
A
 
V
G
 
Q
S
 
H
Y
 
Q
I
 
Y
I
 
V
A
 
V
T
 
T
E
 
S
R
 
T
L
 
I
P
x
S
E
 
E
-
 
V
-
 
K
P
 
A
L
 
L
C
 
K
R
 
R
E
 
E
L
 
L
L
 
-
P
 
-
Q
 
-
N
 
-
T
 
-
A
 
P
V
 
V
C
 
L
D
 
R
Q
 
D
R
 
L
V
 
E
A
 
G
L
 
S
D
 
Y
Y
 
Y
F
 
L
R
 
R
L
 
Q
S
 
E
A
 
R
D
 
D
G
 
G
R
 
-
L
 
L
L
 
L
F
 
F
G
 
G

Sites not aligning to the query:

S5FMM4 Glycine oxidase; GO; BliGO; EC 1.4.3.19 from Bacillus licheniformis (see paper)
22% identity, 46% coverage: 198:401/444 of query aligns to 147:346/369 of S5FMM4

query
sites
S5FMM4
H
 
H
L
 
V
H
 
E
P
 
P
L
 
A
N
 
A
L
 
V
A
 
C
L
 
R
G
 
A
E
 
F
A
 
A
A
 
R
A
 
G
A
 
A
Q
 
R
S
 
M
L
 
L
G
 
G
V
 
A
R
 
D
L
 
V
F
 
F
E
 
E
H
 
Y
S
 
T
K
 
P
V
 
V
E
 
L
R
 
S
I
 
I
E
 
E
Y
 
S
-
 
E
G
 
A
Q
 
G
Q
 
A
V
 
V
K
 
R
V
 
V
H
 
T
T
 
S
A
 
A
N
 
S
G
 
G
V
 
T
V
 
A
Q
 
E
A
 
A
E
 
E
T
 
H
L
 
A
V
 
V
L
 
I
A
 
A
C
x
S
N
 
G
A
 
V
Y
 
W
L
 
S
N
 
G
G
 
A
L
 
L
-
 
F
-
 
K
Q
 
Q
P
 
I
K
 
G
L
 
L
A
 
D
G
 
K
K
 
R
V
 
F
L
 
Y
P
 
P
A
 
V
G
 
K
S
 
G
Y
 
E
I
 
C
I
 
L
A
 
S
T
 
V
E
 
W
R
 
N
L
 
D
P
 
G
E
 
I
P
 
S
L
 
L
C
 
T
R
 
R
E
 
T
L
 
L
L
 
Y
P
 
H
Q
 
D
N
 
H
T
 
C
A
 
Y
V
 
I
C
 
V
D
 
P
Q
 
R
R
 
H
V
 
-
A
 
-
L
 
-
D
 
-
Y
 
-
F
 
-
R
 
-
L
 
-
S
 
-
A
 
-
D
 
S
G
 
G
R
 
R
L
 
L
L
 
V
F
 
V
G
 
G
G
 
A
A
 
T
C
 
M
H
 
K
Y
 
P
S
 
G
G
 
D
R
 
W
D
 
N
P
 
E
K
 
Q
D
 
P
I
 
E
A
 
L
A
 
G
Y
 
G
M
 
I
Q
 
E
P
 
E
-
 
L
-
 
I
-
 
R
K
 
K
M
 
A
L
 
K
E
 
S
V
 
M
F
 
L
P
 
P
Q
 
G
L
 
I
I
 
E
G
 
S
I
 
M
G
 
K
I
 
I
D
 
D
Y
 
Q
Q
 
C
W
 
W
G
 
A
G
 
G
M
 
L
I
 
R
G
 
P
I
 
E
G
 
T
A
 
G
N
 
D
R
 
G
L
 
N
P
 
P
Q
 
Y
I
 
I
G
 
G
R
 
R
L
 
H
P
 
P
E
 
E
Q
 
N
P
 
D
N
 
R
V
 
I
F
 
L
Y
 
F
A
 
A
Q
 
A
A
 
G
Y
 
H
S
 
F
G
 
R
H
 
N
G
 
G
L
x
I
N
 
L
A
 
L
T
 
A
H
 
P
L
 
A
A
 
T
G
 
G
R
 
E
L
 
M
L
x
M
A
 
A
E
 
D
A
 
M
I
 
I

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_049326229.1 NCBI__GCF_000013785.1:WP_049326229.1
MQTFHDTSVNHRASASNTSDHAPSYYAASVNRELSFEPLQGEQRADVCIVGGGFSGLNTA
IELAERGLSVILLEAHCIGWGASGRNGGQLIRGVGHDVEQFTNILGEEGVDELKRMGFEA
VEIVRQRIERYAIDCDLTWGYCDLATKPRHLKGFDEDYSDLLRLGYPHPLQRVSRPNLAT
VIGSQRYLGGLLDMGSGHLHPLNLALGEAAAAQSLGVRLFEHSKVERIEYGQQVKVHTAN
GVVQAETLVLACNAYLNGLQPKLAGKVLPAGSYIIATERLPEPLCRELLPQNTAVCDQRV
ALDYFRLSADGRLLFGGACHYSGRDPKDIAAYMQPKMLEVFPQLIGIGIDYQWGGMIGIG
ANRLPQIGRLPEQPNVFYAQAYSGHGLNATHLAGRLLAEAITAQQSHGFDLFAKVPHPTF
PGGRLLRSPLLAMGMLWYRLKDRF

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory