SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_050654881.1 NCBI__GCF_002893965.1:WP_050654881.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

6co9A Crystal structure of rhodococcus jostii rha1 ipdab cochea-coa complex (see paper)
31% identity, 87% coverage: 20:298/322 of query aligns to 5:287/295 of 6co9A

query
sites
6co9A
D
 
D
K
 
K
T
 
R
L
 
I
S
 
S
M
 
L
K
 
D
E
 
D
A
 
A
V
 
V
G
 
G
R
 
E
Y
 
-
V
 
L
E
 
R
D
 
S
G
 
G
M
 
M
T
 
T
V
 
I
A
 
G
L
 
I
E
 
G
G
 
G
F
 
W
-
 
G
S
 
S
H
 
R
L
 
R
I
 
K
P
 
P
F
 
M
A
 
A
A
 
L
A
 
V
H
 
R
E
 
A
I
 
L
I
 
L
R
 
R
Q
 
S
G
 
D
R
 
V
K
 
T
D
 
D
L
 
L
T
 
T
L
 
V
C
 
V
R
 
T
M
 
Y
T
 
G
-
 
G
P
 
P
D
 
D
I
 
L
V
 
-
S
 
-
D
 
G
Q
 
L
L
 
L
V
 
C
A
 
S
A
 
A
G
 
G
C
 
K
V
 
V
R
 
T
K
 
K
L
 
A
V
 
Y
A
 
Y
S
 
G
F
 
F
F
 
V
A
 
S
S
 
L
G
 
D
S
 
S
A
 
A
G
 
-
S
 
P
L
 
F
Y
|
Y
E
 
D
-
 
P
-
 
W
-
 
F
L
 
A
R
 
K
R
 
A
R
 
R
I
 
T
E
 
A
N
 
G
Q
 
E
D
 
-
P
 
-
L
 
-
P
 
-
L
 
I
E
 
A
V
 
V
E
 
R
E
 
E
Y
 
M
S
 
D
H
x
E
Y
 
G
G
 
M
M
 
V
V
 
K
C
 
C
R
 
G
Y
 
L
Q
 
E
A
 
A
G
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
R
L
 
L
P
 
P
F
 
F
F
 
L
P
 
P
L
 
I
R
 
R
S
 
A
Y
 
G
A
 
L
G
 
G
S
 
S
D
 
D
L
 
V
P
 
R
A
 
R
L
 
F
-
 
W
N
 
G
P
 
D
Q
 
E
L
 
L
R
 
R
L
 
T
V
 
V
E
 
T
D
 
S
P
 
P
Y
 
Y
G
 
P
G
 
D
G
 
A
S
 
S
-
 
G
-
 
K
-
 
S
-
 
E
-
 
T
V
 
L
Y
 
I
V
 
A
V
 
M
P
 
P
P
 
A
L
 
L
N
 
N
P
 
L
D
 
D
V
 
A
T
 
A
I
 
L
I
 
V
G
 
H
A
 
L
Q
 
N
R
 
L
A
 
G
D
 
D
T
 
K
S
 
H
G
 
G
N
 
N
A
 
A
Q
 
A
I
 
Y
W
 
T
G
 
G
I
 
V
A
 
D
G
 
P
V
 
Y
Q
 
F
Q
 
D
E
 
D
A
 
L
-
 
Y
V
 
C
Y
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
E
K
 
K
A
 
R
I
 
F
V
 
V
V
 
S
V
 
V
E
 
E
E
 
R
L
 
V
V
 
V
D
 
E
-
 
T
D
 
E
E
 
E
V
 
L
I
 
V
R
 
K
S
 
T
D
 
V
P
 
P
S
 
L
R
 
Q
T
 
N
L
 
L
I
 
I
P
 
L
S
 
N
H
 
R
A
 
M
-
 
M
V
 
V
D
 
D
A
 
G
V
 
V
V
 
V
V
 
E
C
 
A
P
 
P
R
 
N
G
 
G
A
 
A
H
 
H
P
 
F
S
 
T
Y
 
L
A
 
A
Q
 
G
G
 
D
Y
 
S
Y
 
Y
D
 
G
R
 
R
D
 
D
C
 
E
G
 
K
F
 
F
Y
 
Q
R
 
R
R
 
H
W
 
Y
T
 
A
E
 
E
I
 
S
S
 
A
K
 
K
D
 
T
P
 
P
S
 
Q
L
 
A
L
 
W
R
 
Q
N
 
Q
W
 
F
L
 
V
D
 
A
E
 
-
W
 
-
V
 
T
Y
 
Y
T
 
L
L
 
S
G
 
G
D
 
S
H
 
E
D
 
D
E
 
D
Y
 
Y
L
 
Q
A
 
A
K
 
A
L
 
V

Q0S7P9 Cholesterol ring-cleaving hydrolase IpdA subunit; (3E)-2-(2-carboxylatoethyl)-3-methyl-6-oxocyclohex-1-ene-1-carboxyl-CoA hydrolase alpha subunit; COCHEA-CoA hydrolase alpha subunit; EC 4.1.99.- from Rhodococcus jostii (strain RHA1) (see paper)
31% identity, 87% coverage: 20:298/322 of query aligns to 6:288/296 of Q0S7P9

query
sites
Q0S7P9
D
 
D
K
 
K
T
 
R
L
 
I
S
 
S
M
 
L
K
 
D
E
 
D
A
 
A
V
 
V
G
 
G
R
 
E
Y
 
-
V
 
L
E
 
R
D
 
S
G
 
G
M
 
M
T
 
T
V
 
I
A
 
G
L
 
I
E
 
G
G
 
G
F
 
W
-
 
G
S
 
S
H
 
R
L
 
R
I
 
K
P
 
P
F
 
M
A
 
A
A
 
L
A
 
V
H
 
R
E
 
A
I
 
L
I
 
L
R
 
R
Q
 
S
G
 
D
R
 
V
K
 
T
D
 
D
L
 
L
T
 
T
L
 
V
C
 
V
R
 
T
M
 
Y
T
 
G
-
 
G
P
 
P
D
 
D
I
 
L
V
 
-
S
 
-
D
 
G
Q
 
L
L
 
L
V
 
C
A
 
S
A
 
A
G
 
G
C
 
K
V
 
V
R
 
T
K
 
K
L
 
A
V
 
Y
A
 
Y
S
 
G
F
 
F
F
 
V
A
 
S
S
 
L
G
 
D
S
 
S
A
 
A
G
 
-
S
 
P
L
 
F
Y
 
Y
E
 
D
-
 
P
-
 
W
-
 
F
L
 
A
R
 
K
R
 
A
R
 
R
I
 
T
E
 
A
N
 
G
Q
 
E
D
 
-
P
 
-
L
 
-
P
 
-
L
 
I
E
 
A
V
 
V
E
 
R
E
 
E
Y
 
M
S
 
D
H
x
E
Y
 
G
G
 
M
M
 
V
V
 
K
C
 
C
R
 
G
Y
 
L
Q
 
E
A
 
A
G
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
R
L
 
L
P
 
P
F
 
F
F
 
L
P
 
P
L
 
I
R
 
R
S
 
A
Y
 
G
A
 
L
G
 
G
S
 
S
D
 
D
L
 
V
P
 
R
A
 
R
L
 
F
-
 
W
N
 
G
P
 
D
Q
 
E
L
 
L
R
 
R
L
 
T
V
 
V
E
 
T
D
 
S
P
 
P
Y
 
Y
G
 
P
G
 
D
G
 
A
S
 
S
-
 
G
-
 
K
-
 
S
-
 
E
-
 
T
V
 
L
Y
 
I
V
 
A
V
 
M
P
 
P
P
 
A
L
 
L
N
 
N
P
 
L
D
 
D
V
 
A
T
 
A
I
 
L
I
 
V
G
 
H
A
 
L
Q
 
N
R
 
L
A
 
G
D
 
D
T
 
K
S
 
H
G
 
G
N
 
N
A
 
A
Q
 
A
I
 
Y
W
 
T
G
 
G
I
 
V
A
 
D
G
 
P
V
 
Y
Q
 
F
Q
 
D
E
 
D
A
 
L
-
 
Y
V
 
C
Y
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
E
K
 
K
A
 
R
I
 
F
V
 
V
V
 
S
V
 
V
E
 
E
E
 
R
L
 
V
V
 
V
D
 
E
-
 
T
D
 
E
E
 
E
V
 
L
I
 
V
R
 
K
S
 
T
D
 
V
P
 
P
S
 
L
R
 
Q
T
 
N
L
 
L
I
 
I
P
 
L
S
 
N
H
 
R
A
 
M
-
 
M
V
 
V
D
 
D
A
 
G
V
 
V
V
 
V
V
 
E
C
 
A
P
 
P
R
 
N
G
 
G
A
 
A
H
 
H
P
 
F
S
 
T
Y
 
L
A
 
A
Q
 
G
G
 
D
Y
 
S
Y
 
Y
D
 
G
R
 
R
D
 
D
C
 
E
G
 
K
F
 
F
Y
 
Q
R
 
R
R
 
H
W
 
Y
T
 
A
E
 
E
I
 
S
S
 
A
K
 
K
D
 
T
P
 
P
S
 
Q
L
 
A
L
 
W
R
 
Q
N
 
Q
W
 
F
L
 
V
D
 
A
E
 
-
W
 
-
V
 
T
Y
 
Y
T
 
L
L
 
S
G
 
G
D
 
S
H
 
E
D
 
D
E
 
D
Y
 
Y
L
 
Q
A
 
A
K
 
A
L
 
V

Query Sequence

>WP_050654881.1 NCBI__GCF_002893965.1:WP_050654881.1
MSSSETDRVRERTRRGTHVDKTLSMKEAVGRYVEDGMTVALEGFSHLIPFAAAHEIIRQG
RKDLTLCRMTPDIVSDQLVAAGCVRKLVASFFASGSAGSLYELRRRIENQDPLPLEVEEY
SHYGMVCRYQAGAARLPFFPLRSYAGSDLPALNPQLRLVEDPYGGGSVYVVPPLNPDVTI
IGAQRADTSGNAQIWGIAGVQQEAVYAAKKAIVVVEELVDDEVIRSDPSRTLIPSHAVDA
VVVCPRGAHPSYAQGYYDRDCGFYRRWTEISKDPSLLRNWLDEWVYTLGDHDEYLAKLGA
DYWSDLEVGPKLSTPVDYGSRL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory